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这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅斯塔尔。

简单的瓷砖阵列分析Affymetrix ChIP-chip数据

Bioconductor版本:2.11

斯塔尔促进ChIP-chip数据的分析,特别是Affymetrix花砖的数组。包提供了数据导入功能、质量评估、数据可视化和探索。此外,它包括高级分析功能,如协会芯片信号与注释功能,芯片信号的相关分析和其他基因组数据(如基因表达),peak-finding CMARRT算法和ChIP-profiles的比较显示多个集群。它使用基本Bioconductor类ExpressionSet和probeAnno Bioconductor最大与其他软件的兼容性。可以使用所有功能从斯塔尔调查从林格包预处理数据,反之亦然。小说的一个重要工具自动生成正确的,最新的微阵列探针注释(bpmap)文件,依靠高效的短序列的映射(如芯片上的探针序列)任意基因组。

作者:Benedikt米基罗,Johannes Soeding裴分矿,马提亚Siebert Achim Tresch

维护人员:Benedikt米基罗<米基罗在lmb.uni-muenchen.de >

安装

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PDF	R脚本	简单的瓷砖阵列分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPchip,DataImport,微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	林格,affy,affxparser
进口	pspline,质量,zlibbioc
链接
建议
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	Starr_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	Starr_1.14.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/starr/tree/release - 2.11
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Starr/
包下载报告	下载数据