BSgenome
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这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BSgenome。
基础设施Biostrings-based基因组数据的包
Bioconductor版本:2.11
基础设施由所有Biostrings-based基因组数据共享包
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细节
| biocViews |
注释,DataRepresentation,遗传学,基础设施,单核苷酸多态性,SequenceMatching,软件 |
| 版本 |
1.26.1 |
| Bioconductor自 |
BioC 1.9 (r - 2.4)(9.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 2.8.0)、方法BiocGenerics(> = 0.1.2),IRanges(> = 1.13.6),GenomicRanges(> = 1.7.5),Biostrings(> = 2.23.3) |
| 进口 |
|
| 链接 |
|
| 建议 |
RUnit,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.11),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,hgu95av2probe,Biobase |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
BSgenome.Alyrata.JGI.v1,BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4,BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2,BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008,BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Celegans.UCSC.ce6,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Tgondii.ToxoDB.7.0,ChIPpeakAnno,chipseq,easyRNASeq,htSeqTools,leeBamViews,MEDIPS,r3Cseq,REDseq,rGADEM,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608 |
| 进口我 |
BSgenome.Alyrata.JGI.v1,BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4,BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2,BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008,BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Celegans.UCSC.ce6,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Tgondii.ToxoDB.7.0,魅力,ChIPpeakAnno,chipseq,ggbio,girafe,Gviz,MEDIPS,平,R453Plus1Toolbox,Repitools,rtracklayer,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,VariantAnnotation |
| 建议我 |
Biostrings,biovizBase,GeneRegionScan,GenomicFeatures,GenomicRanges,海市蜃楼,oneChannelGUI,Repitools,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119,waveTiling |
| 构建报告 |
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