要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815

此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815

智人的SNP位点(dbSNP Build 134)

Bioconductor版本:2.10

从NCBI dbSNP Build 134中提取的智人SNP位点和等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2011年8月15日创建,包含映射到参考基因组GRCh37.p2的snp。警告:请注意,GRCh37。p2基因组是GRCh37的补丁版本,但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组*相同*除了线粒体染色体。因此,该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19,它们将降落在正确的位置,但这种注入将排除chrM(即没有任何东西将以该顺序注入)。

作者:Herve Pages

维护:H. Pages

引文(从R内,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815”)

文档

PDF 参考手册

细节

biocViews AnnotationData遗传学Homo_sapiens
版本 0.99.6
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),IRangesGenomicRanges
进口 方法,IRangesGenomicRanges
链接
建议 BiostringsBSgenome(> = 1.16.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 VariantAnnotation

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815_0.99.6.tar.gz
Windows二进制 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815_0.99.6.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815/
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