建华,我认为我们需要试着找出是什么/并通过KEGG不可用。我已经开始写方案,但我希望你能做很多的基本实现和文档。大部分的类型等可从KEGG网页,我们的确需要一个可行的年底的版本在八月的第一周,我想有一些在书中。附近我可以告诉我们需要某种形式的物种清单三个字母的缩写,他们使用的是——这样一个可以请求路径数据为一个特定的物种。和我不确定如何影响KEGG中的数据,因为我认为我们现在是不正确的。环境:KEGGPATHID2EXTID和KEGGEXTID2PATHID不能吧,我猜,我们需要把这些某种生物体特定数据库或KEGGSOAP包。例如:大多数与这些插槽get_xxx函数将返回对象。我不认为我们需要一个S4类但我们应该文档将会发生什么事。查询的返回类型:genes_id1 genes_id (string) genes_id2 genes_id目标(string) sw_score genes_id1之间均为得分和genes_id2 (int) bit_score genes_id1之间的分数和genes_id2(浮动)身份标识genes_id1和genes_id2之间(浮动)重叠genes_id1之间重叠长度和genes_id2 (int) start_position1起始位置的对齐genes_id1 (int) end_position1结束位置的对齐genes_id1 (int) start_position2起始位置的对齐genes_id2 (int) end_position2结束位置的对齐genes_id2 (int) best_flag_1to2最佳国旗从genes_id1 genes_id2(布尔)best_flag_2to1最佳国旗从genes_id2 genes_id1(布尔)清晰度定义字符串的genes_id1 (string) definition2 genes_id2的定义字符串(字符串)length1氨基酸genes_id1长度(int) length2氨基酸genes_id2长度(int)另外,我发现很多例子:http://cvs.bioperl.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/io/keggapi.rb?cvsroot=bioruby&rev=1.5(就在谷歌搜索类似get_motifs_by_gene这出现。似乎有一些合理的值。 Here are some examples that I have got to go, together with my simple package example. Which is on rna in ~rgentlem/Rpacks/KEGGSOAP and the SSOAP that I have done some surgery on is there as well. g1 = get_best_neighbors_by_gene("eco:b0002",1, 5) sapply(g1, function(x) x$genes_id2) g2 = get_genes_by_pathway("path:hsa00020") g3 = get_genes_by_pathway("path:eco00020") g4 = get_genes_by_pathway("path:ddi00020") dbs = list_databases() xx=get_motifs_by_gene("eco:b0002", "pfam")