QRQC - 变化的历史。版权所有(C)Vince Buffalo 2011-2012版本1.9.1:(2012-02-20) - 由Qualplot,Baseplot,SEQLenplot和GCPlot替换的PlotQuals,Plotbase,Plotseqlengths,Plotgc分别。这些应该用于所有绘图;现在已弃用这些其他功能。这些新方法都基于GGPLOT2。这些新的绘图函数现在具有用于SequencySummary对象的命名列表的方法,这可以在一次比较许多序列文件时很有用。- 还有辅助绘图函数scale_color_dna,scale_color_iupac和geom_qlinerange用于创建图。- eportMethods现在使用这些新的绘图方法。- 新的访问器功能GetBase,GetBaseProp,GetQual,GetSeqlen和GetMcQual可用于从SemencySummary对象返回数据帧。- 添加函数列表2df,用于将函数应用于命名列表中的对象,并将结果与​​数据帧组合成一个数据帧。 This is used in graphing lists of SequencySummary objects. - Removed Phred quality as a visible option in readSeqFile. I don't believe this should affect any users, but if it does, let me know.