版本1.2.0的更改----------------------------- *修复了方法plotequality和plotntfquency中的错误，该错误现在允许链信息在SAM/BAM文件。*修复方法中的错误。它不再需要PDATA的一列称为“条件”。* Seqexpressetet的Biasplot方法现在具有参数“ col”来指定用于颜色编码的PDATA列。版本0.99.1的更改------------------------------ * *读取级别的EDA现在基于RSAMTOOLS的BAMFILELIST和FASTQFILELIST的类。shortreadset类不再存在。*更改版本0.99.0中的Vignette更改------------------------------ *版本编号更改以提交给生物导体更改版本0.0.6 ------------------------------ *修复了内义规范化中的错误以与未命名的矩阵一起工作 *修复了Biasplot中的错误以使用单车道实验 *添加了MDPLOT和BiasboxPlot *更改了Vignette，并为NewSeqExpression函数更改版本0.0.5 ---------------------------- *修改后的Coerce从seqexpressetet到CountDataSet，添加了一个帮助页面。 to treat the two class comparison in a separate way Changes in Version 0.0.4 ------------------------ * Added Vignette * Adjusted xlab in the boxplot method for signature FastqQuality * Changed getOffset and setOffset<- methods in offst and offst<- for compatibility with edgeR Changes in Version 0.0.3 ------------------------ * Added CITATION file * Added Help pages * Added data and extdata for the examples