# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rMAT”)

这个包是2.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rMAT。

R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。

Bioconductor版本:2.10

这个包是一个R版本的包垫,包含函数来解析和合并Affymetrix BPMAP和玻璃纸花砖数组文件(使用c++基础融合SDK和Bioconductor包affxparser),规范化花砖数组使用序列特定模型,检测富集地区ChIP-chip实验。注意:用户应该GSL GenomeGraphs安装。Windows用户:“请教README文件中可用的本月目录源分布为必要的配置指令的。雪豹的用户可以利用提高速度与中央调度!

作者:查尔斯·张Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。在crchuq.ulaval所有权。ca >和拉斐尔Gottardo < rgottard fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rMAT”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rMAT”)

PDF		rMAT用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,预处理,软件
版本	3.6.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.9.0),BiocGenerics(> = 0.1.3),IRanges(> = 1.13.10),Biobase(> = 2.15.1),affxparser
进口	统计数据、方法BiocGenerics,IRanges,Biobase,affxparser,stats4
链接
建议	GenomeGraphs,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	rMAT_3.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rmat/tree/release - 2.10
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rMAT/
包下载报告	下载数据