安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rMAT”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

rMAT

这个包是2.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rMAT

R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。

Bioconductor版本:2.10

这个包是一个R版本的包垫,包含函数来解析和合并Affymetrix BPMAP和玻璃纸花砖数组文件(使用c++基础融合SDK和Bioconductor包affxparser),规范化花砖数组使用序列特定模型,检测富集地区ChIP-chip实验。注意:用户应该GSL GenomeGraphs安装。Windows用户:“请教README文件中可用的本月目录源分布为必要的配置指令的。雪豹的用户可以利用提高速度与中央调度!

作者:查尔斯·张Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。在crchuq.ulaval所有权。ca >和拉斐尔Gottardo < rgottard fhcrc.org >

从内部引用(R,回车引用(“rMAT”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“rMAT”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rMAT”)

PDF rMAT用户指南
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列,预处理,软件
版本 3.6.0
Bioconductor自 BioC 2.4 (r - 2.9)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.9.0),BiocGenerics(> = 0.1.3),IRanges(> = 1.13.10),Biobase(> = 2.15.1),affxparser
进口 统计数据、方法BiocGenerics,IRanges,Biobase,affxparser,stats4
链接
建议 GenomeGraphs,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 rMAT_3.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/rmat/tree/release - 2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rMAT/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心