要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“puma”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

彪马

此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见彪马

微阵列分析中的传播不确定性

Bioconductor版本:2.10

大多数Affymetrix基因芯片数据的分析都是基于表达水平的点估计,而忽略了这种估计的不确定性。通过将不确定性传播到下游分析,我们可以改进微阵列分析的结果。puma包首次为普通用户提供了一套不确定性传播方法。与以前可用的不确定性传播方法相比,Puma还在范围和执行速度方面提供了改进。包括摘要,差分表达式检测,聚类和PCA方法,以及有用的绘图和数据操作功能。

作者:Richard D. Pearson,刘学军,Magnus Rattray, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Guido Sanguinetti,张莉

维护者:Richard Pearson < Richard。Pearson在well.ox.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“彪马”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“puma”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“彪马”)

PDF 彪马- 014. - pdf
PDF 彪马- 015. - pdf
PDF 彪马- 016. - pdf
PDF 彪马- 022. - pdf
PDF 彪马- 023. - pdf
PDF 彪马- 024. - pdf
PDF puma.pdf
PDF 参考手册

细节

biocViews 生物信息学聚类DifferentialExpression微阵列OneChannel预处理软件
版本 2.8.0
在Bioconductor BioC 2.0 (R-2.5)(9年)
许可证 LGPL
取决于 R (>= 2.10),Biobase(> = 2.5.5),affy(>= 1.23.4),图形,grDevices,方法,统计,utils,mclust
进口 Biobase(> = 2.5.5),affy(> = 1.23.4)
链接
建议 pumadataaffydatalimma注释ROCR
SystemRequirements
增强了
URL http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/puma
全靠我 pumadata
进口我 tigre
建议我 tigre
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 puma_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 puma_2.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/puma/tree/release-2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/puma/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心