要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“puma”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见彪马.
Bioconductor版本:2.10
大多数Affymetrix基因芯片数据的分析都是基于表达水平的点估计,而忽略了这种估计的不确定性。通过将不确定性传播到下游分析,我们可以改进微阵列分析的结果。puma包首次为普通用户提供了一套不确定性传播方法。与以前可用的不确定性传播方法相比,Puma还在范围和执行速度方面提供了改进。包括摘要,差分表达式检测,聚类和PCA方法,以及有用的绘图和数据操作功能。
作者:Richard D. Pearson,刘学军,Magnus Rattray, Marta Milo, Neil D. Lawrence, Guido Sanguinetti,张莉
维护者:Richard Pearson < Richard。Pearson在well.ox.ac.uk>
引文(从R内,输入引用(“彪马”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“puma”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“彪马”)
彪马- 014. - pdf | ||
彪马- 015. - pdf | ||
彪马- 016. - pdf | ||
彪马- 022. - pdf | ||
彪马- 023. - pdf | ||
彪马- 024. - pdf | ||
puma.pdf | ||
参考手册 |
biocViews | 生物信息学,聚类,DifferentialExpression,微阵列,OneChannel,预处理,软件 |
版本 | 2.8.0 |
在Bioconductor | BioC 2.0 (R-2.5)(9年) |
许可证 | LGPL |
取决于 | R (>= 2.10),Biobase(> = 2.5.5),affy(>= 1.23.4),图形,grDevices,方法,统计,utils,mclust |
进口 | Biobase(> = 2.5.5),affy(> = 1.23.4) |
链接 | |
建议 | pumadata,affydata,雪,limma,注释,ROCR |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/puma |
全靠我 | pumadata |
进口我 | tigre |
建议我 | tigre |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | puma_2.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | puma_2.8.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/puma/tree/release-2.10 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/puma/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |