益生元
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这个包是2.10版本的Bioconductor;有关稳定的、最新的发布版本，请参见益生元．
寡核苷酸阵列的预处理工具。
Bioconductor版本:2.10
在探针水平分析寡核苷酸阵列(表达/SNP/贴片/外显子)的包。它目前支持Affymetrix (CEL文件)和NimbleGen数组(XYS文件)。
作者:Benilton Carvalho和Rafael Irizarry。贡献者:Ben Bolstad, Vincent Carey, Wolfgang Huber, Harris Jaffee, Jim MacDonald, Matt Settles
维护者:卡瓦略<贝尼顿。卡瓦略在cancer.org.uk >
安装
要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“oligo”)
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“益生元”)
细节
| biocViews |
生物信息学，DataImport，DifferentialExpression，ExonArray，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，单核苷酸多态性，软件，TwoChannel |
| 版本 |
1.20.4 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.0 (R-2.5)(9年) |
| 许可证 |
LGPL (> = 2) |
| 取决于 |
R (> = 2.14.0),oligoClasses(> = 1.17.35) |
| 进口 |
affyio(> = 1.23.2),affxparser(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.4),Biostrings(> = 2.23.6),BiocGenerics(> = 0.1.14),DBI(> = 0.2 5),ff、图形的方法,preprocessCore(>= 1.17.7)， splines, stats, stats4, utils，zlibbioc |
| 链接 |
preprocessCore |
| 建议 |
hapmap100kxba，pd.mapping50k.xba240，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hg18.60mer.expr，pd.hugene.1.0.st.v1，maqcExpression4plex，genefilter，limma，RColorBrewer，oligoData，RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
ff，doMC，doMPI |
| URL |
|
| 取决于我 |
斜体，oligoData，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.charm.hg18.example，pd.chicken，pd.citrus，pd.cotton，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.felgene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.rat230.2，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rn.u34，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，pdInfoBuilder |
| 进口我 |
魅力，cn.farms，frma，斜体 |
| 建议我 |
BiocGenerics，fastseg，frmaTools，hapmap100khind，hapmap100kxba，hapmap500knsp，hapmap500ksty，hapmapsnp5，hapmapsnp6，maqcExpression4plex |
| 构建报告 |
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包档案
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