要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“lumi”)
在大多数情况下，根本不需要下载包存档。
光民
  |
这个包是2.10版本的Bioconductor;有关稳定的、最新的发布版本，请参见光民．
BeadArray用于Illumina甲基化和表达芯片的特定方法
Bioconductor版本:2.10
lumi软件包提供了Illumina微阵列数据分析的集成解决方案。它包括Illumina BeadStudio (genome estudio)的数据输入、质量控制、beadarray特有的方差稳定、归一化和探针水平的基因注释功能。还包括了Illumina甲基化微阵列的加工功能，特别是Illumina Infinium甲基化微阵列。
作者:杜盼、冯刚、沃伦·基布、林赛门
维护者:盼盼<盼盼。邮件在gmail.com >
引文(从R中输入引用(“光民”))：
安装
要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“lumi”)
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“光民”)
| 分析Illumina Infinium甲基化芯片数据 | ||
| Bioc2007_lumi_presentation.pdf | ||
| lumi包中VST算法的评价 | ||
| 通过nuID解决Illumina标识符不一致的问题 | ||
| 使用lumi A封装处理Illumina微阵列 | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，软件，TwoChannel |
| 版本 | 2.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.0 (R-2.5)(9年) |
| 许可证 | LGPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 2.10),methylumi(> = 1.7.4),Biobase(> = 2.5.5),nleqslv |
| 进口 | affy(> = 1.23.4),methylumi，genoset，GenomicRanges，IRanges，rtracklayer，注释，Biobase(> = 2.5.5),mgcv(1.4 > = 0),hdrcde，KernSmooth，preprocessCore，RSQLite，DBI，AnnotationDbi，质量，图表，统计，统计s4，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | beadarray，limma，vsn，lumiBarnes，lumiHumanAll.db，lumiHumanIDMapping，genefilter，RColorBrewer |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | arrayMvout，ffpeExampleData，lumiBarnes，lumiHumanIDMapping，lumiMouseIDMapping，lumiRatIDMapping，MAQCsubset，MAQCsubsetILM，mvoutData |
| 进口我 | ffpe |
| 建议我 | beadarray，methylumi，tigre，virtualArray |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 包的来源 | lumi_2.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | lumi_2.8.0.zip |
| Mac OS X 10.6(雪豹) | |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/lumi/tree/release-2.10 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
