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在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

Girafe.

此套餐适用于Biocumonders 2.10版;对于稳定的最新版本版本,请参阅Girafe.

基因组间隔和读取对齐的功能探索

生物导体版本:2.10

包装'Girafe'处理来自下一代测序数据的对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类,用于使基因组间隔的详细描述具有对齐的读取和功能,用于比较,可视化,导出和使用这种间隔和对齐的读取。因此,包装与包装短read,绞盘和基因组内的链接相互作用并提供联系。

作者:Joern Toedling,来自Constance Ciaudo,Olivier Voinnet,Edith Heard,Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber的贡献

维护者:J. Toedling

引文(从R内,输入引文(“Girafe”)):

安装

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##尝试http://如果不支持https:// urls源(“https://biocadiond.org/bioclite.r”)bioclite(“girafe”)

文件

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Browsevignettes(“Girafe”)

PDF. 基因组间隔和读取对齐的功能探索
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. Highthrougputsequencing.测序软件
版本 1.8.0.
在生物导体中以来 BIOC 2.6(R-2.11)(6年)
执照 艺术-2.0
依靠 R(> = 2.10.0),方法,绞喉(> = 1.3.53),RSAMTOOLS.缩短(> = 1.3.21),间隔(> = 0.13.1),GenomeIntervals.(> = 1.7.3),网格
进口 方法,BioBase.生物仪器bsgenome.,图形,grdevices,stats,utils,绞喉
链接到
建议 大量的org.mm.eg.db.rcolorbrewer.
系统要求
加强 GenomeIntervals.
URL.
取决于我 hit
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

包来源 girafe_1.8.0.tar.gz.
Windows二进制文件 girafe_1.8.0.zip.(32-&64位)
Mac OS x 10.6(雪豹)
subversion源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/biocumon-mirror/girafe/tree/release-2.10
包短网址 http://biocidodder.org/packages/girafe/
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