要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ggbio")

在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。

ggbio

这个包是2.10版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见ggbio

基因组数据的静态可视化。

Bioconductor版本:2.10

ggbio包扩展并专门化了生物数据的图形语法。这些图形旨在回答常见的科学问题,特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。在适当的情况下,支持所有核心Bioconductor数据结构。该软件包支持特定基因组区域的详细视图,以及全基因组概述。支持的概览包括表意图和大线性视图。高级图包括序列片段长度、边缘链接到数据视图的间隔、错配堆积和多个拼接摘要。

作者:尹腾飞,黛安·库克,迈克尔·劳伦斯

维护者:tenfei Yin

引用(来自R,输入引用(“ggbio”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ggbio")

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:

browseVignettes(“ggbio”)

PDF 生物导论
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 生物信息学,基础设施,软件,可视化
版本 1.4.6
在Bioconductor中 BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,ggplot2(> = 0.9)
进口 方法,biovizBase(> = 1.4.2),reshape2,ggplot2(> = 0.9),BiocGenerics,Biobase,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,Rsamtools,BSgenome,gridExtra,尺度,plyr,VariantAnnotation,Hmisc,rtracklayer
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,affyPLM
SystemRequirements
增强了
URL http://tengfei.github.com/ggbio/
这取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

包的来源 ggbio_1.4.6.tar.gz
Windows二进制 ggbio_1.4.6.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/ggbio/tree/release-2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
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Bioconductor

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  • 支持网站-有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表-用于包开发人员bob电竞体育官网
Fred Hutchinson癌症研究中心