要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ggbio")
在大多数情况下,您根本不需要下载包归档文件。
这个包是2.10版本的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见ggbio。
Bioconductor版本:2.10
ggbio包扩展并专门化了生物数据的图形语法。这些图形旨在回答常见的科学问题,特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。在适当的情况下,支持所有核心Bioconductor数据结构。该软件包支持特定基因组区域的详细视图,以及全基因组概述。支持的概览包括表意图和大线性视图。高级图包括序列片段长度、边缘链接到数据视图的间隔、错配堆积和多个拼接摘要。
作者:尹腾飞,黛安·库克,迈克尔·劳伦斯
维护者:tenfei Yin
引用(来自R,输入引用(“ggbio”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("ggbio")
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:
browseVignettes(“ggbio”)
生物导论 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 生物信息学,基础设施,软件,可视化 |
版本 | 1.4.6 |
在Bioconductor中 | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | 方法,ggplot2(> = 0.9) |
进口 | 方法,biovizBase(> = 1.4.2),reshape2,ggplot2(> = 0.9),BiocGenerics,Biobase,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,Rsamtools,BSgenome,gridExtra,尺度,plyr,VariantAnnotation,Hmisc,rtracklayer |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,affyPLM |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://tengfei.github.com/ggbio/ |
这取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。
包的来源 | ggbio_1.4.6.tar.gz |
Windows二进制 | ggbio_1.4.6.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/ggbio/tree/release-2.10 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |