要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gene2pathway”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

gene2pathway

此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见gene2pathway

基于InterPro结构域特征的单个基因KEGG通路成员度预测

Bioconductor版本:2.10

该软件包获取一个基因列表,并预测每个基因映射到哪个KEGG通路。这是通过观察每个基因的InterPro结构域来完成的。每个预测都被赋予一个置信度分数。该包还允许预测信号通路内基因的连接组件成员。可以训练由KEGG支持的每种生物的单独模型。

作者:Holger Froehlich

维护者:Holger Froehlich

引文(从R内,输入引用(“gene2pathway”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gene2pathway”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gene2pathway”)

PDF gene2pathway
PDF 参考手册

细节

biocViews 生物信息学分类GraphsAndNetworks微阵列通路软件
版本 2.10.1
在Bioconductor BioC 2.4 (R-2.9)(7年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.10.0),kernlab(> = 0.9),biomaRt(> = 1.12.1),KEGGSOAP(> = 1.12.0),RBGLAnnotationDbiorg.Dm.eg.dbkeggorthology(> = 2.0)
进口 SSOAP,RCurl
链接
建议
SystemRequirements
增强了 doMC
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 gene2pathway_2.10.1.tar.gz
Windows二进制 gene2pathway_2.10.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/gene2pathway/tree/release-2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gene2pathway/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
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