要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gage”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见

途径分析的一般适用基因集富集

Bioconductor版本:2.10

GAGE是一种已发表的基因集或通路分析方法。GAGE通常适用于独立于微阵列数据属性,包括样本量、实验设计、微阵列平台和其他类型的异质性,并且始终优于其他常用方法。在gage包中,我们提供了基本gage分析、结果处理和表示的功能。我们还建立了一批多个GAGE分析的管道例程,并行分析之间的比较,以及来自不同来源/研究的异质数据的组合分析。此外,我们还提供了基于KEGG通路和GO术语的演示微阵列数据和常用基因集数据。这些功能和数据对于使用其他方法进行基因集分析也很有用。

作者:罗维钧

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

引文(从R内,输入引用(“规”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“gage”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“规”)

PDF 通用基因集/通路分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 生物信息学DataRepresentationDifferentialExpression遗传学微阵列MultipleComparisonsOneChannel通路RNAseq软件TwoChannel
版本 2.6.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年)
许可证 GPL (> = 2.0)
取决于 R (>= 2.10),
进口
链接
建议 gageDataGO.dbGSEABaseKEGG.dborg.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
全靠我
进口我
建议我 gageData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 gage_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 gage_2.6.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/gage/tree/release-2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gage/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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