要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“exomeCopy”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

exomeCopy

此包适用于Bioconductor 2.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见exomeCopy

从外显子组测序深度检测CNV

Bioconductor版本:2.10

检测拷贝数变异(CNV)从外显子组测序样本,包括未配对的样本。该包实现了一个隐马尔可夫模型,该模型使用位置协变量,如背景读取深度和GC-content,同时将样本归一化并分割为常量拷贝计数的区域。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:Michael Love < Love at molgen.mpg.de>

引文(从R内,输入引用(“exomeCopy”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“exomeCopy”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“exomeCopy”)

PDF 外显子组测序数据中的CNV检测
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariants遗传学HighThroughputSequencing测序软件
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 IRangesGenomicRangesRsamtools
进口 stats4、方法
链接
建议 Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 exomeCopy_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 exomeCopy_1.2.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/exomeCopy/tree/release-2.10
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/
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Bioconductor

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弗雷德哈钦森癌症研究中心