# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“deepSNV”)

这个包是2.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅deepSNV。

测试subclonal SNVs深测序实验。

Bioconductor版本:2.10

这个包提供了提供了一个定量变量调用者在深海探测subclonal突变(> = 100 x报道)测序实验。它假定一个比较设置对照实验相同的位点和beta-binomial模型区别测序错误和subclonal SNVs。

作者:莫里茨Gerstung和妮可Beerenwinkel

维护人员:莫里茨Gerstung < gemoritz在ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“deepSNV”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“deepSNV”)

PDF		R包检测低频变异在深测序实验
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.2.3
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.13.0),Rsamtools(> = 3),GenomicRanges,IRanges,Biostrings,VGAM、方法、图形
进口	Rsamtools
链接	Rsamtools
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cbg.ethz.ch/software/deepSNV
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	deepSNV_1.2.3.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.2.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/deepsnv/tree/release - 2.10
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
包下载报告	下载数据