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此包适用于Bioconductor的2.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见科兹摩．

DNA序列中保守基序的监督检测

Bioconductor版本:2.10

cosmo在一组未对齐的DNA序列中寻找共享的基序，例如，该基序可能代表一个共同的转录因子结合位点。该算法与模因相似，但也允许用户指定一组约束，未知基序的位置权矩阵必须满足。例如，这些限制可能包括未知基序某些区域的信息含量界限，通常可以根据有关转录因子结构的先验知识制定。未知的motif宽度，motif出现的分布(OOPS, ZOOPS，或TCM)，以及适当的约束集可以数据自适应地选择。

作者:Oliver Bembom, Fabian Gallusser, Sandrine Dudoit

维护者:Oliver Bembom < Oliver。Bembom在gmail.com>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("cosmo")

文档

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browseVignettes (cosmo)

PDF		用cosmo对DNA序列中保守基序的监督检测
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	SequenceMatching，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 2.0 (R-2.5)(9年)
许可证	文件许可
取决于	R(>= 2.4.0)，方法，utils，seqLogo
进口
链接
建议	cosmoGUI
SystemRequirements
增强了
URL	http://cosmoweb.berkeley.edu/intro.htmlhttp://www.bepress.com/sagmb/vol6/iss1/art8
全靠我	cosmoGUI
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	cosmo_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	cosmo_1.22.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/cosmo/tree/release-2.10
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cosmo/
软件包下载报告	下载数据