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斯塔尔

此软件包适用于生物导体的2.10版;对于稳定的最新版本,请参阅斯塔尔

Affymetrix芯片芯片数据的简单平铺阵列分析

生物导体版本:2.10

Starr促进了芯片芯片数据的分析,尤其是Affymetrix平铺阵列的数据。该软件包为数据导入,质量评估,数据可视化和探索提供了功能。此外,它还包括高级分析特征,例如芯片信号与带注释的特征的关联,芯片信号的相关分析和其他基因组数据(例如基因表达),使用CMARRT算法进行峰值调查以及比较芯片 - 芯片群的比较显示器。它使用基本的生物导体类表达组和probeanno,以最大程度地兼容生物导体上的其他软件。Starr的所有功能均可用于研究Ringo软件包中的预处理数据,反之亦然。一个重要的新颖工具是自动生成正确的,最新的微阵列探针注释(BPMAP)文件,该文件依赖于对短序列(例如,微阵列上的探针序列)的有效映射到任意基因组。

作者:Benedikt Zacher,Johannes Soeding,Pei Fen Kuan,Matthias Siebert,Achim Tresch

维护者:benedikt Zacher

引用(从r内,输入引用(“ Starr”)):

安装

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文档

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Browsevignettes(“ Starr”)

PDF 简单的平铺阵列分析
PDF 参考手册

细节

生物浏览 芯片,,,,DataImport,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 2.5(R-2.10)(6。5年)
执照 艺术2.0
要看 林戈,,,,副词,,,,affxparser
进口 pspline,,,,大量的,,,,Zlibbioc
链接
建议
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包装档案

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包源 starr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 starr_1.12.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/starr/tree/release-2.10
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/starr/
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