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此软件包适用于生物导体的2.10版;对于稳定的最新版本,请参阅斯塔尔。
生物导体版本:2.10
Starr促进了芯片芯片数据的分析,尤其是Affymetrix平铺阵列的数据。该软件包为数据导入,质量评估,数据可视化和探索提供了功能。此外,它还包括高级分析特征,例如芯片信号与带注释的特征的关联,芯片信号的相关分析和其他基因组数据(例如基因表达),使用CMARRT算法进行峰值调查以及比较芯片 - 芯片群的比较显示器。它使用基本的生物导体类表达组和probeanno,以最大程度地兼容生物导体上的其他软件。Starr的所有功能均可用于研究Ringo软件包中的预处理数据,反之亦然。一个重要的新颖工具是自动生成正确的,最新的微阵列探针注释(BPMAP)文件,该文件依赖于对短序列(例如,微阵列上的探针序列)的有效映射到任意基因组。
作者:Benedikt Zacher,Johannes Soeding,Pei Fen Kuan,Matthias Siebert,Achim Tresch
维护者:benedikt Zacher
引用(从r内,输入引用(“ Starr”)
):
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Browsevignettes(“ Starr”)
简单的平铺阵列分析 | ||
参考手册 |
生物浏览 | 芯片,,,,DataImport,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件 |
版本 | 1.12.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.5(R-2.10)(6。5年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | 林戈,,,,副词,,,,affxparser |
进口 | pspline,,,,大量的,,,,Zlibbioc |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
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取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | starr_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | starr_1.12.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.6(雪豹) | |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/starr/tree/release-2.10 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/starr/ |
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