##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

这个包是2.10版本的Bioconductor;有关稳定的、最新的发布版本，请参见Rsamtools．

二进制对齐(BAM)、变体调用(BCF)或tabix文件导入

Bioconductor版本:2.10

这个包提供了'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序的接口(见'LICENCE')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，二进制变体调用(BCF)和压缩索引tab分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag ' es

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装这个软件包，请从R开始，然后输入:

##如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF		Rsamtools简介
PDF		使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.8.6
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	art -2.0 +文件许可
取决于	方法,IRanges(> = 1.13.30),GenomicRanges(> = 1.7.43),Biostrings(> = 2.21.12)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomicRanges，Biostrings，zlibbioc，bitops，BiocGenerics(> = 0.1.3)
链接	Biostrings，IRanges
建议	ShortRead(> = 1.13.19),GenomicFeatures，RUnit，KEGG.db
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
取决于我	ArrayExpressHTS，BitSeq，deepSNV，easyRNASeq，EDASeq，exomeCopy，GGtools，ggtut，girafe，ind1KG，leeBamViews，oneChannelGUI，qrqc，ReQON，rnaSeqMap，ShortRead，TEQC，VariantAnnotation
进口我	ArrayExpressHTS，biovizBase，cn.mops，deepSNV，ggbio，R453Plus1Toolbox，rtracklayer，ShortRead，VariantAnnotation
建议我	GenomicRanges，R453Plus1Toolbox，RnaSeqTutorial，seqbias，彩带
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源	Rsamtools_1.8.6.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.8.6.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Rsamtools/tree/release-2.10
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
包下载报告	下载数据