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此软件包适用于生物导体的2.10版；对于稳定的最新版本，请参阅HTSANALYZER。

基因设置过分代表，高通量屏幕的富集和网络分析

生物导体版本：2.10

该软件包提供了基因设置过度占代表性，丰富和网络分析的类和方法。过度代表分析是基于高几何测试进行的。富集分析基于GSEA算法（Subramanian等人PNAS 2005）。网络分析根据Bionet软件包中的算法确定了富集的子网（Beisser等人，Bioinformatics 2010）。还专门为CellHTS2对象设计了管道，以执行高通量RNA干扰屏幕的集成网络分析。用户可以根据此软件包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者：Xin Wang ，Camille terfve ，John C. Rose ，Florian Markowetz

维护者：Xin Wang

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

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文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ HTSANALYZER”）

PDF		图.pdf
PDF		主要小插图：使用HTSANALYZER的高通量RNAi屏幕数据的基因集富集和网络分析
PDF		参考手册

细节

生物浏览	生物信息学，，，，蜂窝基，，，，多蛋白酶，，，，软件
版本	2.8.3
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（5。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.10），igraph0，gseabase，，，，Bionet，，，，CellHTS2，，，，rankprod， 方法
进口	图形，igraph0，gseabase，，，，Bionet，，，，CellHTS2，，，，AnnotationDbi，，，，Biomart
链接
建议	kegg.db，，，，go.db，，，，org.dm.eg.db，，，，gostats，，，，org.ce.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，雪
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	Mulder2012，，，，表
建议我	Reder
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源	htsanalyzer_2.8.3.tar.gz
Windows二进制	htsanalyzer_2.8.3.zip
Mac OS X 10.6（雪豹）
颠覆源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/bioconductor-mirror/htsanalyzer/tree/release-2.10
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/htsanalyzer/
软件包下载报告	下载统计