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RNA-SEQ的探索性数据分析与标准化

生物导体版本：2.10

RNA-SEQ读取数据的数值和图形摘要。在读数上调整GC含量效果（或其他基因级别效应）的车内归一化程序：黄土强大的本地回归，全局缩放和全部定量标准化（Risso等，2011）。车道之间的归一化程序，以调整泳道之间的分布差异（例如，测序深度）：全局缩放和全部定量标准化（Bullard等，2010）。

作者：Davide Risso和Sandrine Dudoit

维护者：Davide Risso

安装

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PDF.		edaseq：RNA-SEQ数据的探索性数据分析和归一化
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文本		消息

细节

Biocviews.	不同的亚兴那Highthrougputsequencing.那预处理那QualityControl.那rnaseq.那软件
版本	1.2.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（4.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.1.3），BioBase.（> = 2.15.1），缩短（> = 1.11.42），RSAMTOOLS.（> = 1.5.75），Aroma.Light.
进口	方法，图形，生物根系那绞喉（> = 1.13.9），DESEQ.
链接到
建议	YeaStrnaseq.那Leebamviews.那edger.那DESEQ.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我	onechannelgui.
建立报告

包档案包

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包来源	edaseq_1.2.0.tar.gz.
Windows二进制文件	edaseq_1.2.0.zip.
Mac OS x 10.6（雪豹）
subversion源	（用户名/密码：ReadOnly）
git源	https://github.com/biocumon-mirror/edaseq/tree/release-2.10
包短网址	http://biocidodder.org/packages/edaseq//
包裹下载报告	下载统计信息