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BSGENOME

此软件包适用于生物导体的2.10版;对于稳定的最新版本,请参阅BSGENOME

基于生物弦的基础架构基因组数据包

生物导体版本:2.10

所有基于生物弦的基因组数据包共享的基础架构

作者:Herve页面

维护者:H。页面>

引用(从r内,输入引用(“ BSENOME”)):

安装

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文档

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Browsevignettes(“ BSGENOME”)

PDF 使用生物弦和BSGENOME数据包进行有效的基因组搜索
PDF 如何伪造BSGENOME数据包
PDF 参考手册

细节

生物浏览 注解,,,,datarepresentation,,,,遗传学,,,,基础设施,,,,SNP,,,,测序,,,,软件
版本 1.24.0
在生物导体中 Bioc 1.9(R-2.4)(9。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.8.0),方法,生物基因(> = 0.1.2),iranges(> = 1.13.6),基因组机(> = 1.7.5),生物弦(> = 2.23.3)
进口
链接
建议 运行,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce2(> = 1.3.11),bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19(> = 1.3.11),snplocs.hsapiens.dbsnp.20100427,,,,HGU95AV2Probe,,,,生物酶
系统要求
增强
URL
取决于我 bsgenome.alyrata.jgi.v1,,,,bsgenome.amellifera.beebase.sembly4,,,,bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2,,,,bsgenome.Athaliana.tair.04232008,,,,bsgenome.Athaliana.tair.tair9,,,,bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3,,,,bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce2,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce6,,,,bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7,,,,bsgenome.ecoli.ncbi.20080805,,,,bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1,,,,bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9,,,,bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2,,,,bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3,,,,bsgenome.tgondii.toxodb.7.0,,,,Chippeakanno,,,,chipseq,,,,EasyRnaseq,,,,htseqtools,,,,Leebamviews,,,,Medips,,,,图片,,,,R3CSEQ,,,,redseq,,,,rgadem
进口我 bsgenome.alyrata.jgi.v1,,,,bsgenome.amellifera.beebase.sembly4,,,,bsgenome.amellifera.ucsc.apimel2,,,,bsgenome.Athaliana.tair.04232008,,,,bsgenome.Athaliana.tair.tair9,,,,bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3,,,,bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce2,,,,bsgenome.celegans.ucsc.ce6,,,,bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER5,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER6,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7,,,,bsgenome.ecoli.ncbi.20080805,,,,bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1,,,,bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,BSGENOME.MMULATTA.UCSC.RHEMAC2,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9,,,,bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2,,,,bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn4,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER1,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2,,,,BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER3,,,,bsgenome.tgondii.toxodb.7.0,,,,魅力,,,,Chippeakanno,,,,chipseq,,,,Genoset,,,,GGBIO,,,,girafe,,,,Medips,,,,图片,,,,ping,,,,R453plus1toolbox,,,,repitools,,,,rtracklayer,,,,变体
建议我 生物弦,,,,Biovizbase,,,,Generegionscan,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,Onechannelgui,,,,repitools,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20090506,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20100427,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.20110815,,,,snplocs.hsapiens.dbsnp.2011119
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 bsgenome_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 bsgenome_1.24.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹)
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/bsgenome/tree/release-2.10
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bsgenome/
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