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Bioconductor软件包
Bioconductor版本:2.10
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| a4 | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析雨伞包 |
| a4Base | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析基础包 |
| a4Classif | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析分类方案 |
| a4Core | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析核心包 |
| a4Preproc | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析预处理方案 |
| a4Reporting | 韦贝克托拜厄斯 | 自动Affymetrix阵列分析报告包 |
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Microrarray (AB1700)基因表达数据。 |
| aCGH | 季米特洛夫彼得 | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 算法计算微阵列浓缩(ACME) |
| ADaCGH2 | 雷蒙Diaz-Uriarte | 从aCGH实验分析数据使用并行计算和ff对象 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix SDK文件解析 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | 结构化的腐败affymetrix玻璃纸文件数据 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyILM | Myriam Kroll和法布里斯·伯杰 | 线性模型的背景减法和朗缪尔等温线 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | 并行预处理方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| AffyRNADegradation | 马里奥Fasold | 正确分析和探测位置偏差在微阵列数据由于RNA降解 |
| AffyTiling | 查尔斯·g·丹科 | 容易提取个人探针Affymetrix花砖数组 |
| AGDEX | Cuilan lani高 | 协议分析的微分表达式 |
| Agi4x44PreProcess | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦4 x44数组数据的预处理 |
| AgiMicroRna | 佩德罗Lopez-Romero | 处理和微分表达式安捷伦微分析芯片 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 选择提供环境(又名probeset映射) |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| 注释 | Bioconductor包维护者 | 注释的微阵列 |
| AnnotationDbi | Bioconductor包维护者 | 注释数据库接口 |
| AnnotationFuncs | 斯蒂芬·麦金农爱德华兹 | 注释翻译功能 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| anota | Ola拉尔森 | 分析转化活动(ANOTA)。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| ArrayExpress | 奥黛丽考夫曼 | 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet |
| ArrayExpressHTS | 安琪拉Goncalves,安德鲁Tikhonov | ArrayExpress高通量测序处理管道 |
| arrayMvout | 诉凯利 | 多元异常值检测表达阵列QA |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 质量标准在微阵列数据集 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| ASEB | Likun王 | 预测赖氨酸乙酰化位点 |
| 吸引 | 杰西卡3月 | 方法找到的基因表达模块代表考夫曼司机的吸引子的风景 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯分析Chip-chip实验 |
| BayesPeak | 乔纳森·凯恩斯 | 贝叶斯分析ChIP-seq数据 |
| baySeq | 托马斯·Hardcastle | 经验贝叶斯分析的微分表达式模式计数数据 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排名DNA序列预测结合位点的共识 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列 |
| BeadDataPackR | 迈克•史密斯 | Illumina公司BeadArray数据的压缩 |
| betr | 阿尔耶前来马丁 | 识别差异表达基因微阵列数据时间进程 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | BGAfun方法识别specifity确定残留的蛋白质家族 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 贝叶斯模型微分基因表达 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 六氯 | 丰富的野蛮 | 贝叶斯层次聚类 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | Biclustering分析和探索的结果 |
| Biobase | Bioconductor包维护者 | Bioconductor Biobase:基函数 |
| BiocCaseStudies | Bioconductor包维护者 | BiocCaseStudies:支持案例研究专著 |
| BiocGenerics | Bioconductor包维护者 | 通用函数Bioconductor |
| biocGraph | Florian Hahne | 在生物信息学和用例图示例 |
| BiocInstaller | Bioconductor包维护者 | 安装/更新Bioconductor和凹口包 |
| biocViews | Bioconductor包维护者 | 分类视图的R包存储库 |
| bioDist | Bioconductor包维护者 | 不同距离的措施 |
| biomaRt | 史蒂芬Durinck | 接口BioMart数据库(例如运用,宇宙,Wormbase和Gramene) |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类 |
| 生命网络 | 马库斯> | 例程,生物网络的功能分析 |
| BioSeqClass | 李红 | 生物序列分类 |
| Biostrings | h .页面 | 字符串对象代表生物序列,和匹配算法 |
| biovizBase | 腾飞阴 | 基因组数据的可视化的基本图形工具。 |
| birta | Benedikt米基罗 | 贝叶斯推理的转录活动的监管 |
| BitSeq | 彼得Glaus | 转录表达推理和微分表达式为RNA-seq数据分析 |
| 大脑 | 彼得亚雷Dittwald | 令人困惑的同位素分布计算的递归算法 |
| BrainStars | Itoshi NIKAIDO | 查询基因表达数据和情节BrainStars (B *) |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| BSgenome | h .页面 | 基础设施Biostrings-based基因组数据的包 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛Bolstad | 一个矩阵数据存储对象保存在临时文件 |
| BufferedMatrixMethods | b . m . Bolstad | 微阵列数据相关的方法,形式美而言BufferedMatrix对象 |
| 公共汽车 | 远华刘 | 基因网络的重建 |
| CALIB | 回族赵 | 校准模型估计绝对从微阵列数据表达水平 |
| 相机 | 卡斯滕•库尔 | 质谱数据的收集相关的注释方法 |
| CancerMutationAnalysis | Simina m·博卡 | 癌症突变分析 |
| 类别 | Bioconductor包维护者 | 类别分析 |
| categoryCompare | 罗伯特·m·飞行 | 荟萃分析的高通量实验使用功能注释 |
| cellGrowth | 朱利安Gagneur | 拟合细胞人口增长模型 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 分析基于单元的屏幕 |
| cellHTS2 | 约瑟夫·巴里 | 分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本 |
| CellNOptR | T.Cokelaer | CellNOpt的R版本,只有布尔特性 |
| CGEN | 威廉-惠勒 | R包遗传流行病学病例对照分析研究 |
| CGHbase | 会发生Vosse | CGHbase:基函数和类arrayCGH数据分析。 |
| CGHcall | 马克•范由 | 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。 |
| cghMCR | j .张 | 发现染色体区域显示共同收益/损失 |
| CGHnormaliter | 巴特P.P. van Houte | 正常化全息阵列数据与不平衡的畸变。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 全息阵列数据的降维以最少的信息丢失。 |
| 魅力 | 阿尔耶前来马丁 | DNA甲基化魅力微阵列数据的分析 |
| ChemmineR | ChemmineR团队 | 分析小分子和筛选数据 |
| ChIPpeakAnno | 利华国际朱莉朱 | 批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围。 |
| chipseq | Bioconductor包维护者 | 为分析chipseq chipseq:一个包的数据 |
| ChIPseqR | 彼得汉保格 | 高通量测序数据中识别蛋白质结合位点 |
| ChIPsim | 彼得汉保格 | 模拟ChIP-seq实验 |
| 筷子 | Hin-Tak梁 | 苏格兰民族党。矩阵和X.snp。矩阵类 |
| ChromHeatMap | 蒂姆·f·雷纳 | 热量由基因组地图绘制坐标 |
| clippda | Stephen Nyangoma | 为临床蛋白质组分析数据分析包 |
| 单克隆 | Irina Ostrovnaya | 单克隆测试 |
| 凯 | 诺亚·霍夫曼 | 由当地相似性阈值分类 |
| clstutils | 诺亚·霍夫曼 | 工具来执行分类任务。 |
| clusterProfiler | Guangchuang余 | 统计分析和visulization基因和基因的功能配置集群 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算集群稳定微阵列数据的分数 |
| CMA | Christoph Bernau | 合成芯片的分类 |
| cn.farms | Andreas Mitterecker | cn.farms- Factor Analysis for copy number estimation |
| cn.mops | 京特·Klambauer | cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data |
| CNAnorm | 斯特凡诺拜里 | 拷贝数差的归一化法癌症样本 |
| CNTools | j .张 | 段数据转换成一个地区样本矩阵,以便其他高水平的计算分析。 |
| cnvGSA | 罗伯特•齐曼 | 基因集合(罕见)拷贝数变异的分析 |
| CNVtools | 克里斯·巴恩斯 | 一个包来测试遗传协会CNV数据 |
| CoCiteStats | Bioconductor包维护者 | 基于co-citation不同的测试数据。 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| CoGAPS | 伊莱娜·j .多数Michael f . Ochs | 协调基因活动模式集 |
| coGPS | 迎迎魏 | 癌症基因异常资料集 |
| ConsensusClusterPlus | 马特·威尔克森 | ConsensusClusterPlus |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| Cormotif | 迎迎魏 | 相关主题适合 |
| coRNAi | 艾琳Axelsson | co-knock-down RNAi数据的分析 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| 科兹摩 | 奥利弗Bembom | 监督检测DNA序列的守恒的图案 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 所使用的GUI构建约束集cosmo包 |
| cqn | Kasper丹尼尔·汉森 | 条件分位数正常化 |
| CRImage | Henrik Failmezger,茵茵元 | CRImage包分类细胞和肿瘤细胞结构计算 |
| crlmm | 罗伯特•Scharpf Benilton卡瓦略,马特·里奇 | 基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组。 |
| CSAR | Jose M Muino | ChIP-seq数据的分析统计工具 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| 腰带 | 忠诚的a·高夫 | 分析、勘探、操纵和袖扣高通量测序数据的可视化。 |
| 周期 | 马提亚Futschik | 周期性的表达模式在时间序列数据的重要性 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据 |
| 飞镖 | 凯瑟琳·劳勒 | 基于相关性去噪算法网络拓扑 |
| DAVIDQuery | 罗杰一天 | 从大卫生物信息学数据资源检索到R |
| ddCt | 张Jitao大卫 | ddCt算法分析定量实时PCR(存在) |
| 解读 | 埃里克·赖特 | 为理想的探针杂交利用R数据库启用代码 |
| DEDS | 肖渊源 | 微分表达式通过距离微阵列数据的总结 |
| deepSNV | 莫里茨Gerstung | 测试subclonal SNVs深测序实验。 |
| DEGraph | 洛朗•雅各布 | 两个示例测试图 |
| DEGseq | Likun王 | 从RNA-seq数据识别差异表达基因 |
| DESeq | 西蒙•安德斯 | 差异基因表达分析基于负二项分布 |
| DEXSeq | 亚历杭德罗雷耶斯 | 推理RNA-Seq微分外显子的使用 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| DiffBind | 罗里斯塔克 | 微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| dk | 杰弗里·t .韭菜 | 双Kolmogorov-Smirnov方案评估多个测试程序。 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数的数据分析 |
| domainsignatures | Florian Hahne | 基于InterPro Geneset浓缩域签名 |
| 剂量 | Guangchuang余 | 疾病本体语义和富集分析 |
| DTA | Bjoern Schwalb | 动态转录组分析 |
| dualKS | 埃里克j . Kort | 双重KS判别分析和分类 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | GASSCO方法为纠正slide-dependent gene-specific染料的偏见 |
| DynDoc | Bioconductor包维护者 | 动态文档工具 |
| easyRNASeq | 尼古拉斯Delhomme | 数为RNA-Seq数据汇总和规范化。 |
| EBarrays | 明元 | 统一的方法同时基因集群和微分表达式识别 |
| EBcoexpress | 约翰·a·道森 | EBcoexpress微分Co-Expression分析 |
| EBImage | 格雷戈勒加索尔 | 图像处理工具箱为R |
| ecolitk | Laurent Gautier | 元数据和工具为大肠杆菌 |
| EDASeq | 大卫。Risso | 探索性数据分析和RNA-Seq正常化 |
| 刨边机 | 马克·罗宾逊戴维斯麦卡锡,Yunshun Chen戈登·史密斯 | 数字在R基因表达数据的实证分析 |
| eisa | 伽柏Csardi | 通过迭代签名算法表达数据分析 |
| ENVISIONQuery | 亚历克斯Lisovich,罗杰 | 检索从设想生物信息学数据门户到R |
| ExiMiR | Sylvain Gubian | R功能正常化Exiqon microrna的数组数据 |
| exomeCopy | 迈克尔的爱 | CNV检测从外显子组测序深度阅读 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性数据分析的GUI系统生物学数据 |
| ExpressionView | 伽柏Csardi | 可视化biclusters中确定的基因表达数据 |
| externalVector | Bioconductor包维护者 | 向量R与外部存储对象 |
| fabia。 | 然而Hochreiter | Bicluster收购FABIA:因子分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 的阶乘设计微阵列实验分析 |
| 农场 | Djork-Arne Clevert | 农场——因子分析健壮的微阵列总结 |
| fastseg | 京特·Klambauer | fastseg——快速分割算法 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME) |
| ffpe | 李维沃尔德伦 | FFPE芯片表达数据的质量评价和控制 |
| flagme | 马克。罗宾逊 | 代谢组学分析GC / MS数据 |
| flowClust | 拉斐尔Gottardo | 集群的流式细胞术 |
| flowCore | M.Jiang | flowCore:流式细胞仪的基本结构数据 |
| flowFlowJo | 约翰·j·Gosink | 从FlowJo工作区中提取信息的工具和使用中的数据flowCore范例。 |
| flowFP | 草Holyst | 指纹识别的流式细胞术 |
| flowMeans | 尼玛Aghaeepour | 非参数流式细胞仪数据选通 |
| flowMerge | 格雷格Finak | 集群为流式细胞仪数据合并 |
| flowPhyto | David m . Schruth | 连续流式细胞术方法 |
| flowPlots | n .霍金斯 | flowPlots:封闭的流式细胞术分析情节和数据类数据 |
| flowQ | 迈克江 | 流式细胞仪的质量控制 |
| flowStats | 格雷格Finak江和迈克 | 流式细胞仪数据的统计方法进行分析 |
| flowTrans | 格雷格Finak | 流式细胞仪数据转换参数优化 |
| flowType | 尼玛Aghaeepour | 表现型流式细胞术分析 |
| flowUtils | 作者Nishant葛 | 公用事业的流式细胞术 |
| flowViz | 迈克江 | 可视化的流式细胞术 |
| flowWorkspace | 格雷格Finak | flowJo工作区导入BioConductor和复制与flowCore flowJo浇注 |
| frma | 马修·n·考尔 | 冷冻RMA和条形码 |
| frmaTools | 马修·n·考尔 | 冷冻RMA工具 |
| gaga | 大卫Rossell | GaGa层次模型为高通量数据分析 |
| 计 | Weijun罗 | 一般适用于基因片段的浓缩途径分析 |
| 群 | 克里斯托弗·裸 | R和群之间的广播数据 |
| 盖亚 | 美国摩根氏菌属 | 盖亚:R包基因组分析重要的染色体畸变。 |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| gene2pathway | Holger Froehlich | 预测KEGG通路成员基于InterPro域的单个基因签名 |
| GeneAnswers | 帮派,杜潘添夏 | 综合解释基因 |
| GeneExpressionSignature | 杨曹,范 | 基于基因表达特征的相似性度量 |
| genefilter | Bioconductor包维护者 | genefilter:筛选基因微阵列实验的方法 |
| genefu | 本杰明Haibe-Kains,马库斯·施罗德 | 相关功能基因表达分析,特别是乳腺癌。 |
| GeneGA | 振鹏李 | 设计基于信使rna二级结构和基因密码子使用遗传算法使用偏差 |
| GeneGroupAnalysis | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 类基因功能分析 |
| GeneMeta | Bioconductor包维护者 | MetaAnalysis为高通量实验 |
| geneplotter | Bioconductor包维护者 | 图形为Bioconductor相关功能 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基因选择基于基因资料的边际分布的特征是三分量的多元分布的混合物 |
| GeneSelector | 马丁Slawski | 稳定和排名基因的聚合列表 |
| GeneticsDesign | R基因工程 | 功能设计遗传学研究 |
| GeneticsPed | 大卫·亨德森 | 血统和基因功能的关系 |
| genoCN | 魏太阳 | 基因分型和拷贝数的研究工具 |
| GenomeGraphs | 史蒂芬Durinck | 从运用绘制基因组信息 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因操作的间隔 |
| 基因组 | 克里斯Stubben | 基因组测序项目元数据 |
| GenomicFeatures | Bioconductor包维护者 | 工具制造和操作记录为中心的注释 |
| GenomicRanges | Bioconductor包维护者 | 表示和操纵基因间隔 |
| Genominator | 布拉德 | 分析、管理和存储基因组数据 |
| genoset | 彼得·m·哈 | 提供类类似于ExpressionSet拷贝数分析 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 一个编译从NCBI地理元数据 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| GEOsubmission | 亚历山大·库恩 | 准备微阵列数据提交地理 |
| GEWIST | 魏问:邓 | 基因环境交互搜索阈值 |
| GGBase | VJ凯里 | GGtools GGBase基础遗传学基因表达的包 |
| ggbio | 腾飞阴 | 静态基因组数据的可视化。 |
| GGtools | VJ凯里 | 软件和数据分析基因表达的基因 |
| girafe | j . Toedling | 基因组的间隔和阅读校准功能的探索 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | 曼胡默尔 | 计算全球测试组间差异基因表达 |
| globaltest | Jelle Goeman | 协变量的测试组/特性与响应变量,应用基因测试 |
| GOFunction | 郑郭 | function:推导biologcially相关函数统计上显著的功能 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles: R包统计分析功能的配置文件 |
| GOSemSim | Guangchuang余 | GO-terms语义相似性度量 |
| goseq | 马修年轻 | 基因本体论分析器RNA-seq和其他长度偏差数据 |
| GOstats | Bioconductor包维护者 | 去微阵列的操作工具。 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| gpl | Bioconductor包维护者 | 使用广义偏最小二乘回归分类 |
| gprege | 阿尔弗雷多·a·Kalaitzis | 排名和基因表达时间序列估计高斯过程 |
| 图 | 赛斯猎鹰 | 图:一个包来处理图形数据结构 |
| GraphAlignment | Joern p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图理论协会测试 |
| 石墨 | Gabriele销售 | 从路径拓扑图形交互环境 |
| GRENITS | 爱德华·莫 | 使用时间序列基因调控网络推理 |
| GSEABase | Bioconductor包维护者 | 基因集富集的数据结构和方法 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 线性模型工具集基因集富集分析 |
| GSRI | 朱利安格林 | 基因设置调节指数 |
| GSVA | 贾斯汀Guinney | 组基因变异分析 |
| Gviz | Florian Hahne | 策划沿着基因组坐标数据和注释信息 |
| gwascat | VJ凯里 | NHGRI GWAS的表示和建模数据目录 |
| GWASTools | 斯蒂芬妮·m·Gogarten | 全基因组关联研究的工具 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“纠正化妆”计划 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 热图协变量行和/或列和彩色的集群 |
| 帮助 | 里德·汤普森 | 帮助数据分析的工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线的可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| HiTC | n的仆人 | 高吞吐量染色体构象捕获分析 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃 |
| HTqPCR | 海蒂Dvinge | 高通量qPCR数据的自动化分析 |
| HTSanalyzeR | 新王 | 为高通量基因代表,浓缩和网络分析屏幕 |
| htSeqTools | 奥斯卡雷纳 | 质量控制、可视化和高通量测序数据的处理 |
| HybridMTest | Demba Fofana | 混合多个测试 |
| hyperdraw | 保罗马雷尔 | 可视化Hypergaphs |
| 超图 | Bioconductor包维护者 | 一个包提供超图数据结构 |
| iASeq | 迎迎魏 | iASeq:集成多个测序检测allele-specific事件的数据集 |
| iBBiG | Aedin Culhane | 迭代的二进制Biclustering Genesets |
| ibh | Kircicegi Korkmaz | 基于交互的同质性评估基因列表 |
| Icens | Bioconductor包维护者 | NPMLE审查和截断数据 |
| iChip | Qianxing莫 | 通过隐伊辛模型的贝叶斯模型ChIP-chip数据 |
| 染色体组型 | 卡尔·j·Dykema | 染色体组型 |
| IdMappingAnalysis | 亚历克斯Lisovich,罗杰 | ID映射分析 |
| IdMappingRetrieval | 亚历克斯Lisovich,罗杰 | ID映射数据检索 |
| iFlow | Kyongryun李 | 流式细胞术的基于GUI的可视化 |
| imageHTS | 格雷戈勒加索尔 | 高通量分析microscopy-based屏幕 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | 转嫁:微阵列数据的归责 |
| inSilicoDb | Jonatan Taminau,大卫Steenhoff | 访问InSilico数据库 |
| inSilicoMerging | Jonatan Taminau, Stijn Meganck Cosmin Lazar | 基因表达数据的融合技术的集合 |
| 反演 | 亚历杭德罗卡塞雷斯 | 在基因型数据反演 |
| iontree | Mingshu曹 | 数据管理和分析离子阱质谱的离子的树木 |
| IPPD | 马丁Slawski | 同位素峰模式反褶积对蛋白质质谱分析的模板匹配 |
| IRanges | Bioconductor包维护者 | 基础设施用于操作间隔序列 |
| iSeq | Qianxing莫 | 贝叶斯分层ChIP-seq数据通过隐藏的伊辛模型的建模 |
| 等压线 | Florian P布雷特 | 标记msm蛋白质组学数据分析和定量的恒压的 |
| IsoGeneGUI | Setia Pramana | 一个图形用户界面进行剂量反应分析微阵列数据 |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均迭代算法(BMA) |
| iterativeBMAsurv | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均(BMA)算法的迭代进行生存分析 |
| joda | Ewa Szczurek | JODA算法量化基因管制使用知识 |
| KCsmart | 约玛•德过来 | 多样品aCGH使用内核卷积分析包 |
| KEGGgraph | 张Jitao大卫 | KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路 |
| keggorthology | VJ凯里 | 图支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGSOAP | Bioconductor包维护者 | 客户端SOAP访问KEGG |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| 莱斯 | 朱利安格林 | 确定微分影响瓷砖微阵列数据 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI对limma包 |
| LiquidAssociation | Yen-Yi何 | LiquidAssociation |
| LMGene | 布莱斯Durbin-Johnson | LMGene数据转换软件和识别差异表达基因的基因表达的数组 |
| logicFS | Holger Schwender | 识别SNP的交互 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| 哈哈 | 茵茵元 | 大量的套索 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 修正的地方集中错误(简述)方法来取代渐近方差无偏调整基于样本大小调整。 |
| 光民 | 杜潘 | BeadArray Illumina公司甲基化和微阵列表达的具体方法 |
| LVSmiRNA | 斯特凡诺Calza | lv为安捷伦microrna的数据规范化 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| made4 | Aedin Culhane | 使用ADE4微阵列数据的多变量分析 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| 外套 | David m . Schruth | 微生物组合规范化记录分析 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 曼特尔计算集群的相关性 |
| marray | 绮华(Jean) | 探索性分析可以发现微阵列数据 |
| maSigPro | 玛丽亚·约瑟夫Nueda | 显著的基因表达谱差异时间进程微阵列数据 |
| maskBAD | 迈克尔Dannemann | 屏蔽探测器与亲和力的差异 |
| MassArray | 里德·汤普森 | MassArray数据分析工具 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 质谱处理小波算法 |
| MBCB | 杰夫•艾伦 | Beadarray MBCB(基于模型的背景校正) |
| mBPCR | P.M.V. Rancoita | 贝叶斯分段常数回归进行DNA拷贝数的估计 |
| mcaGUI | 韦德k·科普兰 | 微生物群落分析GUI |
| MCRestimate | 马克•约翰内斯 | 用交叉验证错误分类误差估计 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 而距离质量控制芯片 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 测量误差模型相关系数的估计 |
| MEDIPS | 卢卡斯查韦斯 | MeDIP-Seq数据分析 |
| MEDME | 马狄亚 | 造型从MeDIP浓缩实验数据 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据的荟萃分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 分层的依赖在荟萃分析 |
| methVisual | 阿里Zackay | 方法对DNA甲基化数据可视化和统计 |
| methylumi | 肖恩·戴维斯 | 处理Illumina公司甲基化数据 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| mgsa | 塞巴斯蒂安·鲍尔 | 基于模型的基因集分析 |
| MiChip | 乔纳森•布莱克 | MiChip解析和总结功能 |
| 微 | “詹姆斯·f·里德” | 数据和函数来处理小分子核糖核酸 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络 |
| minfi | Kasper丹尼尔·汉森 | 分析Illumina公司的450 k甲基化数组 |
| MinimumDistance | Scharpf Moiz Bootwalla罗伯特•B | 一个包在case-parent新创CNV检测三人小组 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类处罚后分类 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: microrna的表达数据的通路富集 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 统一的接口在Bioconductor R机器学习程序数据容器 |
| 中长期规划 | 韦贝克托拜厄斯 | 中长期规划 |
| MmPalateMiRNA | 家伙布鲁克 | 小鼠口感microrna的表达分析 |
| 马赛克 | 东峻涌 | 马赛克(基于模型的一个和两个样品分析和推理ChIP-Seq) |
| motifRG | Zizhen么 | 歧视主题发现包,专为高通量测序数据集 |
| MotIV | Mercier翻出来,拉斐尔Gottardo | 主题识别和验证 |
| MSnbase | 劳伦特与 | MSnbase:基函数和类MS-based蛋白质组学 |
| Mulcom | 克劳迪奥·Isella | 计算Mulcom测试 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | R包组合多个扫描 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | Resampling-based多重假设检验 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| mzR | 贝恩德•菲舍尔。劳伦Steffen Neumann与 | 解析器netCDF、mzXML mzData和mzML文件(质谱数据) |
| NarrowPeaks | 佩德罗情歌 | 功能主成分分析来缩小转录因子结合位点的候选人 |
| ncdfFlow | m .江 | ncdfFlow:一个包,它提供了基于ncdf流式细胞仪数据的存储。 |
| NCIgraph | 洛朗•雅各布 | 从数据库NCI通路途径 |
| nem | Holger Froehlich | 嵌套的效应模型重建表型层次结构 |
| netresponse | 狮子座拉赫蒂 | NetResponse:功能性网络分析 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络 |
| NormqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 功能正常化RT-qPCR数据 |
| 特种加工 | 远华刘 | 预测基因网络使用一个基于常微分方程(ODE)的方法 |
| 诊断 | 奥斯卡弗洛 | 核小体定位方案 |
| 推动 | n .院长 | 正常的统一微分基因表达检测 |
| NuPoP | 中正大学王 | R包核小体定位预测 |
| occugene | 奥利弗将 | 函数多项式用房分布 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 预处理工具寡核苷酸阵列。 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略和罗伯特Scharpf | 类大规模数组由低聚糖和crlmm支持 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 图形界面设计来促进微阵列分析和microrna / RNA-seq数据在笔记本电脑上。 |
| ontoCAT | Natalja Kurbatova | 本体遍历和搜索 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 相似基因的有序列表 |
| OTUbase | 丹尼尔·贝克 | 提供了结构和功能的分析OTU数据 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 异常值检测利用分位数回归在—高通量数据的散点图 |
| PAnnBuilder | 李红 | 蛋白质注释数据包生成器 |
| panp | 华伦 | 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用 |
| PANR | 新王 | 后协会网络和功能模块推断从富裕表型的基因扰动 |
| 拙劣的模仿 | VJ凯里 | 离群值DYtection参数和的抵抗力 |
| pathRender | 李长 | 使分子途径 |
| PatientGeneSets | Simina m·博卡 | Patient-oriented基因片段的分析 |
| pcaGoPromoter | Morten汉森 | pcaGoPromoter用于分析DNA微阵列数据 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的丁字尺方法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包生成器 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 微阵列分类样本使用惩罚判别方法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | 效用函数为PostgreSQL数据库 |
| phenoDist | 西安张 | 表型距离措施 |
| phenoTest | Evarist星球 | 工具来测试基因表达和表型之间的联系的方式高效、结构化、快速和可伸缩的。我们还提供了工具来做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。 |
| phyloseq | Paul j . McMurdie | 处理和高通量系统发育序列数据的分析。 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因芯片表达数据分析 |
| 图片 | Arnaud所有权 | 概率推理的ChIP-seq |
| 平 | Xuekui张,拉斐尔Gottardo Sangsoon哇, | 核小体定位的概率推理MNase-based或用短内容数据 |
| 一品脱的量 | olli - pekka Huovilainen | 成对的集成功能基因组学数据 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 包依赖工具 |
| plateCore | 埃罗尔应变 | 统计工具和数据结构为plate-based流式细胞术 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 检测差异表达基因芯片和蛋白质组学数据集的幂律全球误差模型(PLGEM) |
| 钳子 | Crispin米勒 | 算法实现了Affymetrix钳子 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 当地集中错误检测与配对的高通量数据微分表达式 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 调查当地主持加权t水平。 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质相互作用的统计软件包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 数据分析对细胞功能检测 |
| PREDA | 弗朗西斯科·法拉利 | 位置相关数据分析 |
| predictionet | 本杰明Haibe-Kains, Catharina奥尔森 | 推理预测网络设计(但不限于)基因组数据 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛Bolstad | 预处理功能的集合 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| procoil | 乌尔里希Bodenhofer | 预测的卷曲螺旋蛋白质寡聚化 |
| 承诺 | 斯坦磅,学苑曹 | 最有趣的统计证据的投影 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 传播微阵列分析的不确定性 |
| pvac | 小君,皮埃尔·r·蒲式耳 | PCA-based基因筛选Affymetrix数组 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 数据驱动的高通量qPCR数据标准化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 逆向工程与qp-graphs的分子调控网络 |
| qrqc | 文斯水牛 | 快速阅读质量控制 |
| 限定符 | 迈克江 | 水准控制选通流式细胞仪实验 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和基因组数组数据的可视化 |
| qvalue | 约翰·d·层 | 错误发现率控制核反应能量估计 |
| r3Cseq | Supat Thongjuea | 分析染色体构象捕获和下一代测序(3 c-seq) |
| R453Plus1Toolbox | 汉斯克莱因 | 一个包的导入从罗氏的基因组定序器系统和分析数据。 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 强大的微阵列分析 |
| RamiGO | 马库斯·施罗德 | 朋友R可视化界面 |
| randPack | 罗伯特先生 | 随机临床试验的例程 |
| RankProd | Fangxin香港 | 产品排名的方法识别差异表达基因在荟萃分析中的应用 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持Springer Bioconductor专著 |
| RBGL | Bioconductor包维护者 | 一个接口来提高图形库 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 强大的基于可能性生存与微阵列数据建模 |
| RCASPAR | Douaa Mugahid Lars Kaderali | 包为生存时间预测基于分段基线风险Cox回归模型。 |
| RchyOptimyx | 尼玛Aghaeepour Adrin拉里说道 | Optimyzed细胞流式细胞术的层次结构 |
| RCytoscape | 保罗·香农 | 在Cytoscape显示和操作图 |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| RDRToolbox | Christoph Bartenhagen | 一个包的非线性降维Isomap和米歇尔。 |
| ReactomePA | Guangchuang余 | Reactome途径分析 |
| ReadqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 读取qPCR数据 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| 红色的 | 毛罗·卡斯特罗 | 之间的鸿沟方面层次网络表示法和功能分析。 |
| REDseq | 利华国际朱莉朱 | 高通量测序数据的分析处理限制性内切酶消化 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数外推的策略(RMA +)和外推平均(RMA + +)方法。 |
| Repitools | 马克。罗宾逊 | 外遗传性工具 |
| ReQON | 克里斯托弗Cabanski | 调整质量的核苷酸 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 读取注释数据从TIGR Resourcerer或注释数据转换成pacakge Bioconductor数据。 |
| rGADEM | Arnaud所有权 | 新创主题发现 |
| Rgraphviz | Kasper汉森 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rhdf5 | 贝恩德•菲舍尔 | R HDF5接口 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐藏变量的动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | R调查ChIP-chip Oligoarrays |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 微阵列Gene-expression-based错误率评估程序 |
| rmap | Heike Sichtig,阿尔贝托·里瓦 | R接口映射器的转录因子结合位点数据库 |
| rMAT | Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo | R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。 |
| RmiR | 弗朗西斯科·Favero | 包与microrna与R microrna的目标 |
| RNAinteract | 贝恩德•菲舍尔 | 估计成对从多维交互功能 |
| RNAither | 诺拉Rieber | 统计分析的高通量RNAi屏幕 |
| rnaSeqMap | 米甲Okoniewski | rnaSeq二次分析 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 中华民国的公用事业,uarray焦点 |
| Rolexa | 雅克Rougemont | Solexa测序数据的统计分析 |
| 战 | 狮子座拉赫蒂 | 战:健壮的概率平均probe-level分析 |
| RpsiXML | 张Jitao大卫 | PSI-MI 2.5 R接口文件 |
| rqubic | 张Jitao大卫 | 定性biclustering R表达数据分析算法 |
| Rsamtools | Bioconductor包维护者 | 二进制对齐(BAM),变体叫(供应量),或tabix文件导入 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | 使用libsbml R支持用 |
| Rsubread | 施魏 | Rsubread:一个超级快速、敏感和准确的读对准器映射下一代测序读 |
| RTCA | 张Jitao大卫 | 开源工具箱分析数据从xCELLigence系统(RTCA) |
| RTopper | 路易吉马尔基奥尼 | 这个包是用来执行组基因分析跨多个基因组平台 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口基因组浏览器及其注释 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix: Mutagenetic树木混合模型。 |
| RWebServices | 马丁•摩根 | R功能公开为web服务通过Java /轴/ Apache |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 意义的分析功能和表达 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 为阅读和比较圣人库函数的集合 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| SamSPECTRAL | Habil Zare | 识别的细胞群在流式细胞仪的数据。 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅片Interactome |
| segmentSeq | 托马斯·Hardcastle | 方法从高通量测序数据识别小RNA基因座 |
| seqbias | 丹尼尔·琼斯 | 高通量测序数据估计per-position的偏见 |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | DNA序列比对的序列标识 |
| ShortRead | Bioconductor包维护者 | 高通量测序短内容数据的类和方法。 |
| sigaR | 韦塞尔n . van Wieringen | 在R统计综合基因组学分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 多个测试使用萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| SIM卡 | 范Iterson | 综合分析两个人类基因组数据集 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| sizepower | Weiliang邱 | 在Micorarray研究中样本容量和功率计算 |
| SJava | 马丁•摩根 | 为R Omegahat接口和Java。 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命的基因相互作用 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | 函数在SIRS-Lab GmbH实时定量PCR分析数据 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 一个节段最大后验全息阵列拷贝数分析方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割,正常化和处理。 |
| 球形结构 | 禁闭室Mecham | 监督规范化的微阵列 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 可视化的拷贝数变化 |
| snpStats | 大卫·克莱顿 | SnpMatrix XSnpMatrix类和方法 |
| 铲 | 出演Linderman迈克尔 | 铁锹,流式细胞仪分析和可视化工具 |
| SpeCond | 弗洛伦斯卡瓦利 | 条件表达式的具体检测数据 |
| SPIA | Adi Laurentiu Tarca | 信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N考尔 | 在数组的方法 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| splots | 沃尔夫冈•休伯 | 高通量分析的可视化microtitre板或幻灯片格式 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点分割和网格块微阵列斑点 |
| SQUADD | 武术Sankar | 附加的软件 |
| SRAdb | 杰克朱 | 从NCBI SRA编译的元数据和工具 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | S-Score算法Affymetrix寡核苷酸微阵列 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 样本量估计微阵列 |
| SSPA | 范Iterson | 微阵列数据的样本大小和动力分析 |
| 斯塔尔 | Benedikt米基罗 | 简单的瓷砖阵列分析Affymetrix ChIP-chip数据 |
| stepNorm | 肖渊源 | 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能 |
| stepwiseCM | 阿Obulkasim | 逐步分类癌症的样本使用临床和分子数据 |
| 拖缆 | 马丁•摩根 | 使流处理大型文件 |
| survcomp | 本杰明Haibe-Kains,马库斯·施罗德Catharina奥尔森 | 生存分析的性能评估和比较 |
| 股东价值分析 | 杰弗里·t .韭菜 | 代理变量分析 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | 一个包的gc - ms代谢物分析数据的分析。 |
| TDARACNE | Zoppoli Pietro | 从时间进程数据网络反向工程。 |
| TEQC | 曼胡默尔 | 质量控制目标捕获实验 |
| ternarynet | 马修·n·考尔 | 三元网络评估 |
| tigre | Antti Honkela | 转录因子通过高斯过程推理重建的表达 |
| tilingArray | (徐 | 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组 |
| timecourse | 玉川泰 | 统计分析发育微阵列时间进程的数据 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:浓缩分析基因本体 |
| 触发 | 约翰·d·层 | 从遗传基因表达的转录监管推理 |
| tspair | 杰弗里·t .韭菜 | 最高得分对芯片的分类 |
| TSSi | 朱利安格林 | 转录起始点识别 |
| TurboNorm | 范Iterson | 一个快速散点图平滑适合微阵列正常化 |
| tweeDEseq | 胡安·R·冈萨雷斯 | RNA-seq数据分析使用Poisson-Tweedie分布的家庭 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计当地的错误发现率 |
| TypeInfo | 邓肯寺郎 | 可选的类型规范原型 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因序列的隐马尔可夫模型 |
| VariantAnnotation | 瓦莱丽Obenchain | 注释的基因变异 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项概率单位回归 |
| 维加 | 桑德罗摩根氏菌属 | R包拷贝数数据分割 |
| VegaMC | 桑德罗摩根氏菌属 | VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症 |
| virtualArray | 安德烈亚斯•海德 | 从不同的微阵列平台构建虚拟数组 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定化和校准 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 为处理Sweave文档工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xcms | 拉尔夫Tautenhahn | LC / MS与GC / MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:贝叶斯分层模型cross-study差异基因表达分析 |
| xmapbridge | 蒂姆·耶茨 | 策划文件导出到xmapBridge X:可视化的地图 |
| xmapcore | 蒂姆·耶茨 | 核心数据库访问xmap(单独安装) |
| xps | 基督教Stratowa | 处理和分析Affymetrix寡核苷酸阵列包括外显子数组,全基因组阵列和板阵列 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制和再现性分析 |
| zlibbioc | Bioconductor包维护者 | R打包zlib-1.2.5 |
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