tilingArray

分析高密度寡核苷酸花砖数组

包提供了一些功能,可以用于高密度花砖微阵列数据的分析(如Affymetrix genechips)测量转录丰度和建筑。包装的主要功能是:类“分割”代表一个线性系列的分划的数据。配件的功能段的分段常数模型使用动态编程算法,既快又准确,和“confint”使用strucchange包计算置信区间。函数的plotAlongChrom生成漂亮的情节。函数的normalizeByReference探查序列依赖响应从一个(组)参考杂交过程调整。

作者 沃尔夫冈•休伯Joern Toedling,马特·里奇
维护人员 w·休伯

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“tilingArray”)

小插曲(文档)

包下载
assessNorm.pdf
costMatrix.pdf
findsegments.pdf
segmentation.pdf
源 tilingArray_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 tilingArray_1.16.0.zip
OS X的二进制 tilingArray_1.16.0.tgz

细节

biocViews
微阵列,OneChannel,预处理,可视化
取决于 R,方法、Biobase affy RColorBrewer,网格,strucchange, vsn, genefilter, geneplotter,象图
建议
进口
SystemRequirements
许可证 艺术许可证,2.0版
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