在这个R扩展的功能是为了基因表达阵列数据的交叉研究比较。用户需要的是基因表达矩阵及其对应的基因id向量和其他有用的信息,它们可以是“list”、“matrix”、“expresset”或“ExpressionSet”。主要功能是“mergeExprs”,它将输入对象转换为合并格式的数据,这样就可以很容易地找到不同数据集中的共同基因。用函数incor计算相关系数。其他函数使用'modelOutcome'的输出图形化地显示结果,并交叉验证基因表达数据与生存率的关联。
作者 | 钟小刚Leslie Cope Elizabeth Garrett Giovanni Parmigiani |
维护人员 | 于宁波钟 |
要安装这个包,启动R并输入:
源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MergeMaid”)
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biocViews | |
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取决于 | R,生存,Biobase, MASS,方法 |
建议 | |
进口 | |
SystemRequirements | |
许可证 | GPL版本2或更高 |
URL | http://astor.som.jhmi.edu/MergeMaid |
dependsOnMe | metaArray |
suggestsMe |