| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集(ACME)算法 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包构建器 |
| 注释 | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 微阵列注释 |
| AnnotationDbi | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 标注数据库接口 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA阵列质量控制及预处理 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 表达集上的质量度量 |
| beadarray | 马克·邓宁 | BeadArrays的质量控制和低级分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | Illumina BeadChip数据的QC、标准化、注释和探索 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | 一种鉴定蛋白质家族残基的方法 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| Biobase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Biobase: Bioconductor的基函数 |
| biocGraph | 李长 | 生物信息学中的图表示例和用例 |
| biocViews | Biocore Team c/o BioC用户列表 | R包存储库的分类视图 |
| bioDist | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 不同的距离测量 |
| biomaRt | 史蒂芬Durinck | 与BioMart数据库(例如ensemble bl, Wormbase, Gramene和Uniprot)的接口 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| Biostrings | h .页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| BSgenome | h .页面 | 基于生物链的基因组数据包的基础设施 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | B. M.博尔斯塔德 | 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 类别 | 罗伯特先生 | 类别分析 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 细胞筛选分析 |
| cellHTS2 | Ligia胸罩 | 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 基因表达数据的多模态可视化 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| CoCiteStats | r .绅士 | 基于共引的不同测试统计。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| 科兹摩 | 奥利弗Bembom | DNA序列中保守基序的监督检测 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 用于构造cosmo包使用的约束集的GUI |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| DynDoc | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 动态文档工具 |
| EBarrays | 明元 | 同时进行基因聚类和差异表达识别的统一方法 |
| EBImage | 奥列格Sklyar | 图像处理和图像分析工具包R |
| ecolitk | 劳伦特 | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fbat | Weiliang邱 | 基因数据的基于家族的关联测试。 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| flowCore | Nolwenn Le Meur | flowCore:流式细胞仪数据的基本结构 |
| flowUtils | Florian Hahne | 流式细胞仪实用程序 |
| flowViz | Florian Hahne | 流式细胞术可视化 |
| 群 | 保罗·香农 | 在R和Java生物信息学程序之间广播数据 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| GeneMeta | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 高通量实验的元分析 |
| geneplotter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Bioconductor的图形相关功能 |
| 总的来说 | y d 'Aubenton-Carafa | R代表基因和序列分析 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneSpring | Thon de Boer | genspring R集成函数 |
| GeneticsBase | 格雷戈里警告 | 处理遗传数据的类和函数 |
| GeneticsDesign | Weiliang邱 | 设计遗传学研究的功能 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| 麝猫 | Korbinian Strimmer | 微阵列时间序列与网络分析 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| GGtools | 文斯凯里 | 基因基因组学软件和数据(c) 2006 VJ Carey |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| GOstats | 罗伯特先生 | 用于操作GO和微阵列的工具。 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| gpl | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 广义偏最小二乘分类 |
| 图 | 罗伯特先生 | graph:处理图数据结构的包 |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| GSEABase | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因集富集数据结构与方法 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六边形装箱例程 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和折叠混合(HOPACH) |
| 超图 | 罗伯特先生 | 提供超图数据结构的包 |
| Icens | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 删减和截断数据的NPMLE |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科玛 | 染色体组型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| iSNetwork | 伊丽莎白·惠伦 | 交互式网络图 |
| iSPlot | 伊丽莎白·惠伦 | 连接图 |
| keggorth | VJ凯里 | 图形支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGSOAP | 罗伯特先生 | 客户端SOAP访问KEGG |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 约翰·蒂 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| maanova | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| made4 | Aedin Culhane | 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计包 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算壁炉架集群相关性 |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| matchprobes | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 阵列上探针序列匹配的工具 |
| MCRestimate | 马库斯Ruschhaupt | 交叉验证的错误分类误差估计 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 生物导体容器中数据的R机器学习过程的统一接口 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略 | 用于高吞吐量SNP阵列的类 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | Raffaele A Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。 |
| ontoTools | 文斯凯里 | 用于使用本体的图和稀疏矩阵;具有出处管理的命名的正式对象 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测 |
| pamr | Rob Tibshirani | 微阵列预测分析 |
| panp | 华伦 | 负链匹配探针集的存在-缺席调用 |
| pathRender | 李长 | 渲染分子路径 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林t平方法 |
| pdInfoBuilder | 文斯凯里 | 平台设计信息包构建器 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 基于惩罚判别法的微阵列样品分类 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | PostgreSQL数据库的实用函数 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 软件包依赖工具 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 预处理函数的集合 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里 | 错误发现率控制的q值估计 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| RankProd | Fangxin香港 | 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格Bioconductor专著 |
| RBGL | 李长 | 接口，以促进c++图形库 |
| rbsurv | Sukwoo金 | 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞分析的统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | 李长 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | R NimbleGen寡聚阵列的研究 |
| Rintact | 托尼蒋介石 | 与EBI完整蛋白质相互作用数据库的接口 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 非对称SNP阵列的基因型调用算法 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| rmap | VJ凯里 | mapper.chip.org的接口 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | ROC的实用程序，以uarray为焦点 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R对SBML的支持，使用libsbml |
| RSNPper | VJ凯里 | 到chip.org::SNPper的接口，以获取snp相关数据 |
| Ruuid | Biocore Team c/o BioC用户列表 | Ruuid:提供唯一的ID值 |
| RWebServices | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 通过Java/Axis/Apache将R函数公开为web服务 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的显著性分析 |
| SAGElyzer | Jianhua张 | 处理SAGE库的包 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅交互组 |
| SemSim | 湘郭 | 基于基因本体的语义相似性度量 |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | DNA序列比对的序列标识 |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 对AP-MS技术进行了计算模拟。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 用于高吞吐量SNP芯片数据的类和方法 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具 |
| splicegear | 劳伦特 | splicegear |
| splots | 奥列格Sklyar | 用于高通量屏幕的可视化例程 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| tilingArray | w·休伯 | 高密度寡核苷酸平铺阵列分析 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| TypeInfo | 邓肯庙朗 | 可选类型规格 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | SNP芯片数据的隐马尔可夫模型拟合方法 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetInvoke | 杰夫绅士 | 函数的计算小部件 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC/MS和GC/MS数据分析 |