| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 应用生物系统公司(Applied Biosystems)基因组调查(Genome Survey)的微阵列(Microarray)基因表达数据的QA和统计数据分析。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix寡核苷酸阵列的方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix表达式度量评估的图形工具箱 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对于那些使用Affymetrix基因芯片做重复分析的人有用的函数。 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma软件包进行affy分析的GUI |
| affypdnn | Laurent Gautier | affy包的探针依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | affyBatch对象的QC报告生成 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | 生物导体注释数据包生成器 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据归一化和可视化的轻量级方法 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA阵列质量控制与预处理 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 在斑点阵列上评估阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 表达式集的质量度量 |
| beadarray | 马克·邓宁 | BeadArrays的质量控制和低水平分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵的正规化和报告 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | Illumina BeadChip数据的质量控制、规范化、注释和探索 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据中估计绝对表达水平的校准模型 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 基于细胞的屏幕分析 |
| cellHTS2 | Ligia胸罩 | 基于细胞的屏幕分析-细胞hts的修订版 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 调用阵列CGH肿瘤谱的畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同得失的染色体区域 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 基因表达数据的多模态可视化 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操纵。 |
| 转换 | 杨宜华(珍) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 功能执行癌症异常轮廓分析。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树的转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 因子双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据通过距离总结的差异表达 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 进行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数数据分析 |
| exonmap | Crispin米勒 | Affymetrix外显子阵列数据的高水平分析 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据探索性数据分析的GUI |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 芯片实验的FDR调整(FDR- ame) |
| gcrma | z吴 | 使用序列信息的背景调整 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 基因过滤器:从微阵列实验中筛选基因的方法 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与基因查询集共同表达的基因 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | 融合功能 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 获取NCBI基因表达综合系统(GEO)数据 |
| GGtools | 文斯凯里 | 基因基因组学软件和数据(c) 2006 VJ Carey |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测基因组与临床变量的关联 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| gpl | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 用广义偏最小二乘分类 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色簇的热图 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因识别的异质错误模型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的Imputation |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI的limma软件包 |
| LMGene | 约翰·蒂 | 基因表达阵列数据转换及差异表达基因鉴定的LMGene软件 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的识别 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 分析微阵列数据的方法使用局部池错误(LPE)方法 |
| 光民 | 杜潘 | Illumina微阵列的BeadArray特定方法 |
| maanova | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和实用功能的微阵列数据分析。 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| marray | 杨宜华(珍) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程芯片数据中显著的基因表达谱差异 |
| matchprobes | Biocore Team c/o BioC用户列表 | 用于数组探测序列匹配的工具 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行meta分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后分类 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| nem | Florian Markowetz | 重建表型层次的嵌套效应模型 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于稳健神经网络的cDNA微阵列数据空间和强度归一化 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特性加上样本大小和局部fdr微阵列实验 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 双色微阵列的优化局部强度相关归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展了affylmGUI图形界面的功能。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因列表的相似性 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归来检测离群值 |
| pamr | Rob Tibshirani | 微阵列的预测分析 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的t平方方法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集合富集分析 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因挑选用于微阵列表达数据分析 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 微阵列分析中的传播不确定性 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑和基因组可视化 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| rbsurv | Sukwoo金 | 基于微阵列数据的稳健概率生存模型 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐变量动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | NimbleGen寡核苷酸阵列的研究 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | Affymetrix SNP序列的基因型调用算法 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| RSNPper | VJ凯里 | interface to chip.org::SNPper for snp相关数据 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的意义分析 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 利用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重检验 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据高级分析 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本量和功率计算 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 数组cgh拷贝数分析的分段最大后验方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 高吞吐量SNP芯片数据的类和方法 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix Spike-in Langmuir等温数据分析工具 |
| splicegear | 劳伦特 | splicegear |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点块的分割和网格化 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 估计微孔样本量 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA微阵列的逐步归一化功能 |
| tilingArray | w·休伯 | 高密度寡核苷酸贴片阵列分析 |
| timecourse | 玉川泰 | 开发芯片时间历程数据的统计分析 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:基因本体的富集分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 局部错误发现率的估计 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | SNP芯片数据拟合隐马尔可夫模型的方法 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定和校正 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |