| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Micorarray (AB1700)基因表达数据。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包生成器 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列,找到直接同源使用平面文件数据库 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA数组质量控制和预处理 |
| arrayQCplot | Eun-kyung李 | 探索微阵列数据和检查质量和再现性。 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量控制和低级BeadArrays分析 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | QC、正常化、注释和探索Illumina公司BeadChip数据 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| CALIB | 回族赵 | 校准模型估计绝对从微阵列数据表达水平 |
| cghMCR | j .张 | 发现染色体区域显示共同收益/损失 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 多通道基因表达数据的可视化 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据 |
| DEDS | 肖渊源 | 微分表达式通过距离微阵列数据的总结 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | e . s .万卡特拉曼·莱马克里斯 | DNA拷贝数的数据分析 |
| EBarrays | Deepayan Sarkar | 经验贝叶斯微阵列 |
| exonmap | 米甲Okoniewski | 高水平的分析Affymetrix外显子数组的数据 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 的阶乘设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME) |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore团队 | genefilter:筛选基因微阵列实验的方法 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算全球测试组间差异基因表达 |
| globaltest | Jelle Goeman | 测试协会组织的基因与临床变量 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| gpl | Biocore团队 | 使用广义偏最小二乘回归分类 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“纠正化妆”计划 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 一个热图显示协变量和着色集群 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | 转嫁:微阵列数据的归责 |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI对limma包 |
| LMGene | 约翰·蒂 | LMGene日期转换软件和识别差异表达基因的基因表达的数组 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法 |
| 光民 | 杜潘 | BeadArray Illumina公司芯片的具体方法 |
| maanova | Lei吴 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| marray | 绮华(Jean) | 探索性分析可以发现微阵列数据 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 显著的基因表达谱在时间进程Differeneces微阵列数据 |
| matchprobes | Biocore团队 | 工具的探针序列匹配的数组 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据的荟萃分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类处罚后分类 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | Resampling-based多重假设检验 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套的效应模型重建表型层次结构 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展affylmGUI图形界面的功能。 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 相似基因的有序列表 |
| pamr | Rob Tibshirani | 帕姆:预测分析微阵列 |
| panp | 华伦 | 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 坐标和霍特林的丁字尺方法原则 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因芯片表达数据分析 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 传播微阵列分析的不确定性 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 强大的微阵列分析 |
| rbsurv | Sukwoo金 | 强大的基于可能性生存与微阵列数据建模 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数RMA +和RMA + +方法。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 读取注释数据从TIGR Resourcerer或注释数据转换成pacakge Bioconductor数据。 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐藏变量的动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | 罗氏Oligoarrays R调查 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 意义的分析功能和表达 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | 萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| sizepower | Weiliang邱 | 在Micorarray研究中样本容量和功率计算 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割,正常化和处理。 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点分割和网格块微阵列斑点 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 估计Microarry样本大小 |
| stepNorm | 肖渊源 | 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能 |
| tilingArray | w·休伯 | 分析高密度寡核苷酸花砖数组 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:浓缩分析基因本体 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计当地的错误发现率 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定化和校准 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |