Bioconductor Task视图:软件

子视图的

子视图

包视图

维护人员 标题
ABarray 永明安德鲁太阳 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Micorarray (AB1700)基因表达数据。
aCGH 简Fridlyand 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
affxparser Kasper丹尼尔·汉森 Affymetrix SDK文件解析
affy 拉斐尔·a·伊 方法Affymetrix寡核苷酸阵列
affycomp 拉斐尔·a·伊 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。
affydata 劳伦特 Affymetrix数据出于演示目的
affyio 本杰明·米洛Bolstad 解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 基斯Satterley GUI使用limma affy分析包
affypdnn 劳伦特 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包
affyPLM 本Bolstad 方法拟合probe-level模型
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象QC报告生成
altcdfenvs Laurent Gautier 替代cdfenvs
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据注释工具
AnnBuilder j .张 Bioconductor注释数据包生成器
注释 Biocore团队 注释的微阵列
apComplex 丹尼斯Scholtens 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据
applera 弗朗西斯卡Cordero applera
aroma.light 亨利克·本特松 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型
arrayMagic Andreas Buness 双色cDNA数组质量控制和预处理
arrayQCplot Eun-kyung李 探索微阵列数据和检查质量和再现性。
arrayQuality 答:Paquet 数组质量评估发现数组
beadarray 马克·邓宁 质量控制和低级BeadArrays分析
beadarraySNP 1月东 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列
BeadExplorer 加雷斯·维奇 QC、正常化、注释和探索Illumina公司BeadChip数据
荡妇 布莱恩·扬德尔 贝叶斯区间映射诊断
Biobase Biocore团队 Bioconductor Biobase:基函数
biocViews 赛斯猎鹰 分类视图的R包存储库
bioDist Biocore团队 不同距离的措施
biomaRt 史蒂芬Durinck 接口BioMart数据库(例如运用,Wormbase, Gramene和Uniprot)
BioMVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类
Biostrings h .页面 字符串对象代表生物序列,和匹配算法
拉斐尔Gottardo 贝叶斯强劲的推理微分基因表达
BSgenome h .页面 基础设施Biostrings-based基因组数据的包
类别 美国猎鹰 类别分析
cellHTS Ligia胸罩 分析基于单元的屏幕
cghMCR j .张 发现染色体区域显示共同收益/损失
ChromoViz Jihoon金 多通道基因表达数据的可视化
clusterStab 詹姆斯·w·麦克唐纳 计算集群稳定微阵列数据的分数
CoCiteStats r .绅士 基于co-citation不同的测试数据。
codelink 迭戈Diez 操纵Codelink Bioarrays数据。
转换 绮华(Jean) 微阵列数据转换对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 函数来执行癌症离群值剖面分析。
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
daMA Jobst Landgrebe 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据
DEDS 肖渊源 微分表达式通过距离微阵列数据的总结
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 执行差异基因表达分析
DNAcopy e . s .万卡特拉曼·莱马克里斯 DNA拷贝数的数据分析
DynDoc Biocore团队 动态文档工具
EBarrays Deepayan Sarkar 经验贝叶斯微阵列
EBImage 奥列格Sklyar 图像处理与分析工具箱为R
ecolitk 劳伦特 元数据和工具为大肠杆菌
edd 文斯凯里 表达密度诊断
factDesign 丹尼斯Scholtens 的阶乘设计微阵列实验分析
fdrame 有效率切尼克斯贝格 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME)
保罗·香农 R和Java之间广播数据生物信息学计划
gcrma z吴 背景调整使用序列信息
genArise 国际金融公司的开发团队 微阵列分析工具
genefilter Biocore团队 genefilter:筛选基因微阵列实验的方法
GeneMeta Biocore团队 MetaAnalysis为高通量实验
geneplotter Biocore团队 Grapics Bioconductor相关功能
总的来说 y d 'Aubenton-Carafa R基因和序列分析
geneRecommender 格雷格已经 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因
GeneSpring 索恩de Boer GeneSpring R集成功能
GeneTraffic 丹尼尔Iordan GeneTraffic R集成功能
麝猫 Korbinian Strimmer 微阵列时间序列和网络分析
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据
gff3Plotter 奥列格Sklyar 绘制基因组布局上的实验数据
GGtools stvjc 软件和数据起源的基因组学(c) 2006 VJ凯莉
很高兴 菲利普·玫瑰� DNA的得失分析
GlobalAncova r·迈斯特 计算全球测试组间差异基因表达
globaltest Jelle Goeman 测试协会组织的基因与临床变量
GOstats 美国猎鹰 去微阵列的操作工具。
goTools 艾格尼丝Paquet 功能基因本体数据库
gpl Biocore团队 使用广义偏最小二乘回归分类
赛斯猎鹰 图:一个包来处理图形数据结构
GraphAT 托马斯LaFramboise 图理论协会测试
Harshlight 莫里吉奥Pellegrino 微阵列芯片的“纠正化妆”计划
Heatplus 亚历山大plone ( 一个热图显示协变量和着色集群
哼哼 HyungJun曹 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别
hexbin 尼古拉斯Lewin-Koh 六角面元的例程
hopach 凯瑟琳·s·波拉德 分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃
超图 赛斯猎鹰 一个包提供超图数据结构
Icens Biocore团队 NPMLE审查和截断数据
染色体组型 卡尔·j·Dykema 染色体组型
嫁祸于 Balasubramanian纳史木汗 转嫁:微阵列数据的归责
iSNetwork 伊丽莎白·惠伦 交互式网络图
iSPlot 伊丽莎白·惠伦 连接图
KEGGSOAP j .张 客户端SOAP访问KEGG
lapmix Yann Ruffieux 拉普拉斯混合模型在微阵列实验
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
limmaGUI 基斯Satterley GUI对limma包
LMGene Geun Cheol李 LMGene日期转换软件和识别差异表达基因的基因表达的数组
logicFS Holger Schwender 识别SNP的交互
简述 Nitin耆那教徒的 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法
maanova Lei吴 分析微阵列实验的工具
macat Joern Toedling 微阵列染色体分析工具
maCorrPlot 亚历山大plone ( 在微阵列数据可视化人工相关性
时间的 约翰内斯Rainer 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。
made4 Aedin Culhane 使用ADE4微阵列数据的多变量分析
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 提供环境制造商
庄园 皮埃尔Neuvial 全息微阵列正常化
MantelCorr 布莱恩Steinmeyer 曼特尔计算集群的相关性
marray 绮华(Jean) 探索性分析可以发现微阵列数据
maSigPro 安娜Conesa 显著的基因表达谱在时间进程Differeneces微阵列数据
matchprobes Biocore团队 工具的探针序列匹配的数组
MCRestimate 马库斯Ruschhaupt 用交叉验证错误分类误差估计
MeasurementError.cor 坞城叮 测量误差模型相关系数的估计
MergeMaid 于宁波钟 合并女仆
metaArray 遭受崔 集成微阵列数据的荟萃分析
Mfuzz 马提亚Futschik 软聚类时间序列基因表达数据
MLInterfaces 诉凯利 统一的接口在Bioconductor R机器学习程序数据容器
mmgmos Xuejun刘 multi-chip修改γ的寡核苷酸信号模式
凯瑟琳·s·波拉德 Resampling-based多重假设检验
MVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类
nem Florian Markowetz 嵌套的效应模型重建表型层次结构
nnNorm Tarca Laurentiu 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络
推动 n .院长 正常的统一微分基因表达检测
OCplus 亚历山大plone ( 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验
奥林 马提亚Futschik 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列
OLINgui 马提亚Futschik 奥林的图形用户界面
ontoTools 文斯凯里 图和稀疏矩阵处理本体;正式对象的术语来源管理
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 相似基因的有序列表
pairseqsim 维特尔Wolski 两两序列比对相似简单。
pamr Rob TIbshirani 帕姆:预测分析微阵列
panp 华伦 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用
pathRender 李长 使分子途径
pcaMethods Wolfram Stacklies PCA方法的集合。
pcot2 莎拉的歌 坐标和霍特林的丁字尺方法原则
pdmclass 詹姆斯·w·麦克唐纳 微阵列分类样本使用惩罚判别方法
pgUtils 约翰内斯Rainer 效用函数为PostgreSQL数据库
pickgene 布莱恩·扬德尔 适应性基因芯片表达数据分析
pkgDepTools 赛斯猎鹰 包依赖工具
plgem 马狄亚 幂律全局误差模型
钳子 Crispin米勒 算法实现了Affymetrix钳子
ppiStats 托尼蒋介石 蛋白质相互作用的统计软件包
普拉达 Florian Hahne 数据分析对细胞功能检测
过程 小春就李 Ciphergen SELDI-TOF处理
quantsmooth 1月东 分位数平滑和基因组数组数据的可视化
qvalue 约翰·d·层 错误发现率控制核反应能量估计
罗摩 拉斐尔Gottardo 强大的微阵列分析
RankProd Fangxin香港 产品排名的方法识别差异表达基因在荟萃分析中的应用
RbcBook1 文斯凯里 支持Springer Bioconductor专著
RBGL 李长 接口来提高c++图形自由
Rdbi Jianhua张 通用数据库方法
RdbiPgSQL Jianhua张 PostgreSQL访问
犹太人的尊称 卡尔·j·Dykema 区域表达偏见
Resourcerer Jianhua张 读取注释数据从TIGR Resourcerer或注释数据转换成pacakge Bioconductor数据。
rflowcyt n . Le Meur 流式细胞术分析统计工具和数据结构
Rgraphviz 杰夫绅士 为R图对象提供绘图功能
RMAGEML 史蒂芬Durinck 处理MAGEML文档
rmap VJ凯里 接口到mapper.chip.org
中华民国 文斯凯里 中华民国的公用事业,uarray焦点
Rredland VJ凯里 接口redland RDF工具
RSNPper VJ凯里 SNP-related数据接口chip.org: snp
Ruuid Biocore团队 Ruuid:提供统一的惟一ID值
安全 威廉·t·巴里 意义的分析功能和表达
SAGElyzer Jianhua张 一个包,用于处理圣人库
sagenhaft 蒂姆Beissbarth 为阅读和比较圣人库函数的集合
SAGx 每Broberg GeneChip的统计分析
SBMLR 托马斯Radivoyevitch SBML-R接口和分析工具
ScISI 托尼蒋介石 在硅片Interactome
siggenes Holger Schwender 萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法
sigPathway Weil赖 路径分析
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
simulatorAPMS 托尼蒋介石 计算模拟了AP-MS技术。
sizepower Weiliang邱 在Micorarray研究中样本容量和功率计算
snapCGH 迈克•史密斯 aCGH数据的分割,正常化和处理。
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具
splicegear 劳伦特 splicegear
splots 奥列格Sklyar 可视化程序的高吞吐量的屏幕
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列点分割和网格块微阵列斑点
sscore 理查德•肯尼迪 S-Score算法Affymetrix寡核苷酸微阵列
ssize 格雷戈里·r·警告 估计Microarry样本大小
斯塔姆 克劳迪奥·Lottaz 微阵列数据的结构化分析
stepNorm 肖渊源 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能
tilingArray w·休伯 分析高密度寡核苷酸花砖数组
timecourse 玉川泰 统计分析发育微阵列时间进程的数据
tkWidgets j .张 基于R tk小部件
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 估计当地的错误发现率
TypeInfo 邓肯寺郎 可选的类型规范原型
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据的方差稳定化和校准
韦弗 赛斯猎鹰 为处理Sweave文档工具和扩展
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
widgetInvoke 杰夫绅士 评价函数的小部件
widgetTools Jianhua张 创建一个交互式tcltk小部件
xcms 科林·a·史密斯 LC / MS与GC / MS数据分析