| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数。 |
| affydata | 劳伦特 | 演示用Affymetrix数据 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 使用limma包进行affy分析的GUI |
| affypdnn | 劳伦特 | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包构建器 |
| applera | 弗朗西斯卡Cordero | applera |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA阵列质量控制及预处理 |
| arrayQCplot | Eun-kyung李 | 探索微阵列数据并检查质量和再现性。 |
| arrayQuality | 答:Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| beadarray | 马克·邓宁 | BeadArrays的质量控制和低级分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | Illumina BeadChip数据的QC、标准化、注释和探索 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 细胞筛选分析 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 基因表达数据的多模态可视化 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | e·s·文卡特拉曼 | DNA拷贝数数据分析 |
| EBarrays | Deepayan Sarkar | 微阵列的经验贝叶斯 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore团队 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| gff3Plotter | 奥列格Sklyar | 基因组布局实验数据绘制 |
| 很高兴 | 菲利普·玫瑰� | DNA得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测具有临床变量的基因组的关联 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| gpl | Biocore团队 | 广义偏最小二乘分类 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色集群的热图 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | 用于limma包的GUI |
| LMGene | 李根哲 | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| maanova | Lei吴 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用功能。 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 时间过程微阵列数据中基因表达谱的显著差异 |
| matchprobes | Biocore团队 | 阵列上探针序列匹配的工具 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| mmgmos | Xuejun刘 | 寡核苷酸信号的多芯片修正γ模型 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套效应模型来重建表型层次结构 |
| nnNorm | Tarca Laurentiu | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| 推动 | n .院长 | 正态均匀差分基因表达检测 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| pamr | Rob TIbshirani | 微阵列预测分析 |
| panp | 华伦 | 负链匹配探针集的存在-缺席调用 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 原理坐标和霍特林t平方法 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| RSNPper | VJ凯里 | 到chip.org::SNPper的接口，以获取snp相关数据 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的显著性分析 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| siggenes | Holger Schwender | SAM和Efron的经验贝叶斯方法 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| snapCGH | 迈克•史密斯 | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| splicegear | 劳伦特 | splicegear |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| tilingArray | w·休伯 | 高密度寡核苷酸平铺阵列分析 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |