biomaRt

接口BioMart数据库(例如运用)

包提供了在R和API查询BioMart数据库等运用(http://www.ensembl.org),一个软件系统,生产和维护自动在后生动物的基因组注释。目前实现两种功能。第一套功能旨在模仿其他BioMart api的功能,如Martshell Martview等等。(有关更多信息,请参见http://www.biomart.org)。这些函数是非常普遍的,并且可以用于任何BioMart系统。他们允许检索其他BioMart api提供的所有信息。第二组功能是专门针对运用和一组常用的查询在微阵列数据分析。这两组的功能,例如可以注释的功能与最新注释从数组标识符如affy id, locuslink, RefSeq, entrezgene, . .注释包括基因名称、去人类注释等。包还提供了相同的映射在运用这些标识符在所有物种之间存在。基因可以被选中,这样他们满足一定要求如给所有人类refseq ids的基因被认为与糖尿病。除此之外,biomaRt使您能够从biomaRt数据库检索任何类型的信息从R。

作者	史蒂芬Durinck,沃尔夫冈•休伯肖恩·戴维斯
维护人员	史蒂芬Durinck

小插曲(文档)	包下载
biomaRt.pdf prettyOutput.pdf	源 biomaRt_1.6.3.tar.gz Windows二进制 biomaRt_1.6.3.zip OS X的二进制 biomaRt_1.6.3.tgz

细节

biocViews	注释
取决于	方法,XML, RCurl
建议	注释
进口
SystemRequirements
许可证	LGPL版本
URL	http://www.esat.kuleuven.ac.be/ sdurinck
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