2018年10月31日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.8,包含1649个软件包,360实验数据包,941注释包,23工作流。

有95个新的软件包,21个新数据实验包、2个新的工作流,和许多更新和改进现有的包;与R 3.5.0 Bioconductor 3.8兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.anjoumacpherson.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.8
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的工作流程
• 来自新的和现有的软件包的新闻
• 新闻来自新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有的工作流的新闻
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.8

更新或安装Bioconductor 3.8:

1. 安装R > = 3.5.0。Bioconductor 3.8设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.anjoumacpherson.com/install/。

新的软件包

有95个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• abseqRAbSeq是一个全面的生物信息学分析管道的测序数据集产生的抗体库和abseqR是它的一个包。abseqR授权的用户abseqPy (https://github.com/malhamdoosh/abseqPy)策划和报告功能,并允许他们生成交互的HTML报告为方便查看和分享与其他研究人员。此外,abseqR延伸下游abseqPy比较多个曲目分析和执行分析它的输出。

• 王牌使用分段拷贝数的数据来估计肿瘤细胞百分比和生产拷贝数块显示绝对数字副本。

• AffiXcan归咎于GReX(基因调控表达)一组样品中基因的个体,使用一个方法基于总绑定关联(稍后通知)。统计模型推导出GReX可以训练一个训练数据集,真正的总表达式的值是已知的。

• appreci8Rappreci8R R版本appreci8-algorithm -管道的精确变量调用集成8工具。变体打电话的结果我们标准appreci8-tools (GATK,鸭嘴兽,VarScan FreeBayes, LoFreq, SNVer, samtools和VarDict),以及5额外工具相结合,评估和筛选。

• artMSartMS提供了一组工具,用于分析蛋白质组学label-free数据集。需要作为输入MaxQuant搜索结果输出(证据。txt文件)和执行质量控制,相对量化使用MSstats,下游分析和集成。artMS还提供了一组函数需要格式化您所需要,让它兼容其他分析工具,包括SAINTq SAINTexpress, Phosfate,光子。

• AssessORF为了评估质量的一组预测基因的基因组,证据必须首先被映射到基因组。接下来,每个基因都必须分类基于强度的证据支持或反对基因。AssessORF包提供了完成这些任务所需的函数和类结构,使用蛋白质组支安打,进化保存起始密码子作为形式的证据。

• bayNormbayNorm用于单细胞正常化RNA-seq数据。

• BDMMAcorrect宏基因组测序技术使微生物的定量分析。然而,结合微生物数据从这些实验挑战是由于实验之间的差异。现有的方法纠正批不考虑variables-microbial分类单元之间的交互影响微生物研究和微生物的overdispersion数据。因此,他们并不适用于微生物组的数据。我们开发一种新方法,贝叶斯Dirichlet-multinomial回归分析(BDMMA),同时模型批处理效果和检测与表型相关的微生物类群。BDMMA自动模型微生物类群之间的依赖和强劲的高维度微生物及其协会稀疏。

• BiocNeighbors实现了精确和近似最近邻方法检测,在一个框架内,让他们很容易切换Bioconductor包或工作流。具体算法与k - means算法,使用pre-clustering实现所描述的王(2012)。这是邻居搜索速度比传统kd-trees较高(> 20)维度数据。近似方法使用惹恼算法。功能还提供了搜索所有的邻居在一个给定的距离。并行实现方法使用BiocParallel框架。

• BiocPkgToolsBioconductor有着丰富的生态系统元数据的包,使用和构建状态。这个包是一个简单的函数来访问集合r .我们的目标是使元数据的元数据的数据挖掘和包装等增值功能搜索,文本挖掘,分析包。

• brainImageRBrainImageR是一个软件包,它提供的用户信息在人类的大脑基因集对应。这是提供一个连续变量,更容易解释的形象。BrainImageR有额外的功能识别大约在发育基因表达数据集对应的时间。空间基因集富集和发育时间点预测评估相比,艾伦大脑图集参考数据。

• breakpointR这个方案实现了功能寻找断点,策划和Strand-seq出口数据。

• BUScorrect高通量实验数据积累指数在公共数据库。然而,从这些丰富的资源挖掘有效的科学发现是受到技术工件和固有的生物学异质性。前者通常称为“批处理效果,而后者往往是模仿“亚型。“R包BUScorrect符合贝叶斯层次模型,Batch-effects-correction-with-Unknown-Subtypes模型(公共汽车),正确的批处理效果的未知的亚型。总线的能力(a)纠正批效果明确,(b)分组样本特征相似子类型,区分亚型(c)识别功能,(d)享受线性顺序计算复杂性。

• CAMTHCR包组织异质性特征凸分析的混合物(CAM)。它提供基本功能对混合物进行无监督反褶积表达谱由凸轮和一些辅助功能来帮助理解subpopulation-specific结果。它还实现了功能来执行监督反褶积基于先验知识分子标记,S矩阵或矩阵。结合分子标记从凸轮和先验知识可以实现semi-supervised反褶积的混合物。

• celaref单细胞RNAseq实验的聚类步骤之后,这个计划的目的是建议标签/细胞类型的集群,相似性的基础上,参考数据集。它需要读表数每细胞基因,和一系列的细胞属于每个集群,(用于测试和参考数据)。

• CellTrailsCellTrails是新创的无监督算法按时间排序,单细胞表达数据的可视化和分析。CellTrails利用几何的低维流形学习动机的概念,展示大量的美德,抵消内在的声音单细胞数据造成的辍学生,技术变化,预测变量的冗余。CellTrails使分支轨迹和重建提供了一个直观的图形表示形式表达模式同时沿着所有分支。它允许用户定义和推断出个体的表达动态和多个通路对不同的表型。

• 西塞罗西塞罗计算假定的顺式地图从单细胞染色质易访问性数据。它还扩展了单片眼镜2用于染色质易访问性数据。

• 可可可可方法对于理解样本之间的差异,可以使用数据,包括基因组DNA甲基化等坐标。在一个高水平、可可使用一个数据库的“区域设置”和主成分分析(PCA)的数据,以确定样本之间的差异的来源。一套区域是一组共享一个生物学注释的基因组区域,例如,转录因子结合区域,组蛋白修饰地区,或开放的染色质区域。可可在监督(已知的样本组)和无监督(组)的情况下,可以用作补充“微分”方法,发现离散群体之间的差异。可可可以识别生物意义的来源样本之间的差异,提高对您的数据的变化的理解。

• compartmapCompartmap执行A / B室推理从ATAC-seq萎缩和甲基化数组。

• condcomp对于一个给定的集群数据,也可以分成两个条件,这个包提供了一种方法来表示集群上执行一个条件比较数据。在每个集群上执行比较。使用和一些统计数据,分析结合在一起使用时,可能会给一些见解的异质性的集群。

• 共识的实现美国和材料试验学会(ASTM)标准E691多个实验室的测试程序,用于跨平台基因组测量。鉴于三(3)或多个基因组平台或实验室协议,这个包提供了多个实验室的测试程序给每个平台之间的灵敏度和精度比较。

• consensusDE这个包允许用户执行DE分析使用多个算法。它从多个方法寻求共识。目前它支持“轰”,“磨边机”和“DESeq”,但可以很容易地扩展。它使用RUV-seq(可选)删除批处理效果。

• 警戒线密码子使用的工具分析各种未经或KEGG /齿轮带注释的DNA序列。计算不同措施的铜偏差和预测基因的表现度,可见光谱线并执行基因集富集分析带注释的序列。实现了几种方法对铜和富集分析结果的可视化。

• countsimQCcountsimQC提供功能来创建一个全面的报告比较广泛的跨数的集合特征矩阵。一个重要的用例是一个或多个合成数矩阵的比较实际数矩阵,这也许是一个潜在的模拟。然而,任何数矩阵可以比较的集合。

• cTRAP比较结果与已知的基因差异表达细胞扰动(如基因混战,过度或小分子)的连接图。这种分析不仅可以推断分子会导致观察到的差异基因表达来确定小分子可以开车或恢复特定的转录组变化。

• DEqMSDEqMS开发Limma之上。然而,同样Limma假定先验方差对所有基因。在蛋白质组学,蛋白质丰度估计的准确性不同肽的数量/ psm量化label-free和标签数据。由多个多肽或蛋白质量化psm更准确。DEqMS包之前能够估计不同差异蛋白质量化由不同数量的psm /肽,因此人们更好的精度。这个包可以应用于分析label-free和标记蛋白质组学数据。

• EnhancedVolcano火山块代表一个有用的方式想象微分表达式的结果分析。在这里,我们提出一个高度可配置的功能,产生publication-ready火山地块。EnhancedVolcano将试图满足尽可能多的记录名称在图窗口,从而避免“堵塞”情节的标签,否则无法阅读。

• ERSSAERSSA包需要用户提供RNA-seq微分表达式的数据集和计算的数量差异表达基因在不同生物复制水平。这允许用户来决定,而不依赖任何先验假设,足够的微分检测是否已经获得RNA-seq数据集。

• ExClusterExCluster趋于平缓运用和GENCODE GTF文件到人造石铺地面文件,用于计算读取/重叠外显子本从BAM文件。这读计数使用函数featureCounts Rsubread的包。所有生物复制库大小归一化,然后ExCluster比较两个不同的条件来检测右派不同拼接基因。这个过程至少需要两个独立的生物repliates每条件和ExCluster只接受两个条件。ExCluster最终产生错误发现率(罗斯福)基因,用于检测的意义。外显子log2褶皱变化log2FC均值和方差可能策划对于每一个显著差异的基因,这有助于科学家开发的假设和目标微分剪接事件RT-qPCR湿实验室验证。

• FastqCleaner交互式web应用程序的质量控制、过滤和修剪FASTQ文件。这个用户友好工具结合的管道数据处理基于Biostrings和ShortRead基础设施、先进的视觉环境。Single-Read和Paired-End文件可以在本地处理。诊断互动情节(CG内容,每个基站序列质量等)提供的输入和输出文件。

• FCBF这个包提供了一个简单的基于R实现快速相关滤波器中描述,l·刘,h;高维数据的特征选择:基于快速相关过滤解决方案,Proc。20 Intl。相依马赫。学习。(icml - 2003), 2003年华盛顿当前包是一个意图bioinformaticians更容易利用FCBF特征选择,尤其是转录组数据。这意味着使离散表达式(函数discretize_exprs)之前计算解释类的功能,但不可以预测的其他特性。算法的基础上实现的功能是Yu和刘,2003年和Rajarshi古的实现从13/05/2005可用(26/08/2018)http://www.rguha.net/code/R/fcbf.R。

• FoldGOFoldGO包设计注释基因集来自表达实验和识别fold-change-specific条款。

• GeneAccord统计框架检查组合共存的克隆肿瘤。更确切地说,该算法发现双基因突变在相同的肿瘤,但在不同的克隆,即他们subclonal突变概要文件是互斥的。我们称此为无性繁殖系地排斥。这意味着肿瘤的突变发生在不同的分支系统学,表明平行进化的克隆。我们统计框架评估是否克隆排他模式比预期更经常发生偶然在一群病人。所需的输入数据的变异gene-to-clone任务从队列的癌症患者,运行得到的种系发生树推理方法。重建一个肿瘤的进化历史和检测克隆是具有挑战性的。为不确定性算法,重复树推理运行可能导致不同mutation-to-clone作业。因此,我们的算法是为了允许输入多个gene-to-clone作业每个病人。他们可能已经被反复执行生成树推理,或通过抽样从树的后验分布。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

• GIGSEA我们提出Genotype-imputed基因集富集分析(GIGSEA),一个新颖的方法,使用GWAS-and-eQTL-imputed trait-associated审问基因差异表达基因集富集trait-associated snp。通过合并eQTL从大型基因表达研究,例如GTEx, GIGSEA适当地址等挑战SNP浓缩基因大小、基因边界,SNP远端管理,多种标记物的监管。加权线性回归模型,以模型权重归责的准确性和完整性,是用来执行浓缩试验,正确调整偏差由于不同的基因集的冗余。排列测试,此外,用于评估的意义浓缩,可以很大程度上提高表达效率的计算密集型大型矩阵运算方面的一部分。我们展示了适当的类型我错误率GIGSEA(< 5%),初步结果也显示其良好的性能,发现真正的信号。

• glmSparseNetglmSparseNet是一种R-package,概括了稀疏的回归模型时(如基因)的特性有一个图结构(如蛋白质-蛋白质之间的关系),包括基于网络的regularizers。glmSparseNet使用glmnet R-package,包括网络的中心措施惩罚权重正规化。当前版本实现正规化基于节点度,即强度和/或相关的边缘,通过促进中心在解决方案或孤儿基因在解决方案。所有glmnet分布的家庭支持,即“高斯”、“泊松”,“二”,“多项”、“考克斯”,“mgaussian”。

• gpart软件我们提供一个新的SNP序列分区方法分区整个SNP序列基于不仅LD块结构,而且基因的位置信息。LD块施工GPART软件是使用Big-LD执行算法,使用额外的改进从先前版本报道金正日et al。(2017)。我们也添加一个可视化工具显示LD的LD的热图的信息块边界和基因位置在包。

• gwasurvivrgwasurvivr包进行生存分析使用Cox比例风险模型估算遗传数据。

• HiCBricks一个灵活的框架,用于存储和访问高分辨率高c数据通过HDF文件。HiCBricks允许进口高c数据通过2 d矩阵等各种格式格式或广义n列表的格式。访问,HiCBricks提供函数来检索值从基因组位点隔开一定距离,或获取的能力矩阵使用单词相似术语子集。HiCBricks将在晚些时候提供的能力获取多个子集矩阵使用更少的电话。它提供能力来存储GenomicRanges可能关联到一个特定的高c实验,做基本范围重叠(任何)高c实验相关的对象和范围还存储任何元数据,用户可能会认为是相关的高c实验。最后,你可以与迷幻药和创建漂亮的热图的电话。

• hierinf工具来执行一个或多个研究层次推理/基于高维数据集多元线性模型(普遍)。可能的应用程序执行分层推理GWA研究发现重要的组或单个snp(如果信号强)在一个数据驱动和自动化的过程。方法是基于一个有效的分层多个测试校正和控制弗兰克-威廉姆斯。的功能可以很容易地并行地运行。

• HIREewas在epigenome-wide协会的研究中,每个样本的测量信号是甲基化的混合物从不同的细胞类型配置文件。目前协会检测方法只要求是否cytosine-phosphate-guanine (CpG)与表型相关的网站,但是他们不能确定的细胞类型risk-CpG网站表型的影响。我们提出一个可靠的统计方法,高分辨率(雇佣),这不仅大大提高了协会的力量在聚合级检测比现有的方法还允许risk-CpG网站的检测单个细胞类型。“HIREewas”是实现雇佣模型R R包。

• HPAanalyze提供检索功能,探索人类蛋白质图谱数据分析和可视化。

• iasva迭代调整代理变量分析(IA-SVA)是一个统计框架发现隐藏的变异来源,即使这些来源是相关的。IA-SVA提供了一个灵活的方法我)确定一个不必要的异质性的隐藏因素而调整了所有已知的因素;ii)测试的意义的假定的隐藏因素解释了未建模的变化数据;和iii),如果重要,使用估计因子作为下一次迭代的其他已知因素进一步揭示隐藏的因素。

• iceteaicetea(集成帽浓缩与转录表达分析)提供了多个5 '端到端分析功能分析方法如笼,横冲直撞,MAPCap,开始从原始读取使用复制转录起始点的检测。它还允许执行微分TSS检测组样品之间,因此,整合mRNA帽与转录表达浓缩信息分析。

• 事实上集成的实现使数据的微分表达式和差网络分析。微分获得网络基于偏相关或相关性。

• ipdDb所有从IPD IMGT / HLA等位基因https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/和IPD吉珥https://www.ebi.ac.uk/ipd/kir/数据库智人。上海黄金交易所参考:罗宾逊J, Maccari G,沼泽,沃尔特·L Blokhuis J, Bimber B, Parham P, De Groot NG Bontrop再保险公司Guethlein洛杉矶,和哈蒙德JA吉珥命名法非人类物种的免疫遗传学(2018),在准备。

• IsoCorrectoRIsoCorrectoR是纠正天然同位素丰度贡献的工具跟踪实验。

• KinSwingR质谱仪KinSwingR phosphosite集成数据来源于数据和kinase-substrate预测预测激酶活性。几个函数允许用户建立PWM kinase-subtrates模型,统计推断PWM:基质匹配,并整合这些数据来推断激酶活性。

• 利瓦伊从生物网络与转录组工具集成数据,显示一个热图表面曲线的证据改变的区域。

• LoomExperimentLoomExperiment类提供了一种方便地转换Bioconductor织机的“实验”类文件,反之亦然。

• LRBaseDbi界面构建LRBase包(LRBase.XXX.eg.db)。

• 微波激射器这个包提供了功能分析、注释和visualizaton可变剪接事件。

• methylGSA主要功能为methylGSA methylglm methylRRA。methylGSA实现逻辑回归调整探针作为协变量的数量。methylRRA调整多个假定值的每个基因强大等级聚合。为更详细的帮助信息,请参阅装饰图案。

• MetID这个包使用一个创新的基于网络的方法,将增强我们的能力,以确定重要离子的身份被质。

• MetNetMetNet包含功能代谢网络拓扑推断从定量数据和高分辨率质量/电荷信息。使用统计模型(包括相关性、互信息、回归和贝叶斯统计数据)和定量数据特性(强度值)邻接矩阵是推断,可以结合一个共识矩阵。质量/电荷之间的质量差异计算值的特性将匹配的数据帧提供质量/电荷差异指转换酶的活动。第三步,两个矩阵组合起来形成一个邻接矩阵推断从定量和结构信息。

• miRSM包旨在识别microrna的海绵模块通过集成表达数据和miRNA-target绑定信息。它提供了一些函数来研究microrna的海绵模块,包括流行的方法推断基因模块(候选人microrna的海绵模块),和一个函数来识别microrna的海绵模块,以及一个函数进行功能分析的microrna的海绵模块。

• mixOmics多元方法适合大型组学数据集数量的变量(如基因、蛋白质、代谢物)的数量远远大于样品(病人、细胞、老鼠)。他们有吸引力的属性数据的维数减少使用工具变量(组件),它被定义为所有变量的组合。然后使用这些组件生产有用的图形输出,使更好的理解之间的关系和相关结构集成不同的数据集。mixOmics提供了一个广泛的多元方法探索和集成的生物数据集与特定关注变量选择。包提出几个稀疏的多变量模型我们开发了识别的关键变量高度相关,和/或解释的生物感兴趣的结果。的数据可以分析mixOmics可能来自高通量测序技术,比如组学数据(转录组、代谢组学、蛋白质组学、宏基因组等)但也超出组学的领域(如光谱成像)。mixOmics实现的方法也可以处理缺失值,而无需删除整行与缺失的数据。一个非详尽的清单包括变异普遍典型相关分析的方法,稀疏的偏最小二乘和稀疏的判别分析。最近我们实施综合方法将多个数据集:N-integration变异普遍典型相关分析和P-integration多群偏最小二乘的变体。

• mlm4omics进行贝叶斯推理回归与多级反应解释变量和缺失值;它使用函数从“斯坦”,软件使用哈密顿实现后抽样MC及其变异Non-U-Turn算法。它实现了后抽样多层次回归模型的回归系数。包有两个主要函数来处理not-missing-at-random失踪的反应和left-censored随机反应完全不是右翼保守势力的迷失了。目的是提供一个类似的格式作为其他R回归函数,但使用“斯坦”模型。

• MPRAnalyzeMPRAnalyze为数据分析提供统计框架生成的大规模并行记者化验(MPRAs),用来直接测量增强活动。MPRAnalyze可用于增强活动的量化,分类之间的活性增强剂和增强剂的比较分析活动的条件。嵌套MPRAnalyze构建一个对广义线性模型(glm)与DNA和RNA的观察,很容易可调各种实验设计和条件,提供了一组严格的统计testig方案。

• MSstatsTMT猎枪质量工具对蛋白质意义分析spectrometry-based蛋白质组学实验与串联质量标签(TMT)标签。

• MTseeker线粒体遗传变异分析工具。

• multiHiCcomparemultiHiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。这个扩展的原始HiCcompare包现在允许高c实验有超过2组每组和多个样本。multiHiCcompare作用于处理高c数据稀疏的上三角矩阵的形式。它接受四列(染色体,region1 region2,如果)制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵。multiHiCcompare快速提供循环黄土和黄土(fastlo)方法适应共同规范高c数据。此外,它提供了一个通用线性模型(GLM)框架刨边机包适应检测距离高c数据依赖的方式的差异。

• NBSplice方案提出了一种微分拼接基于同种型量化评价方法。应用广义线性模型与负二项分布来推断同种型相对表达的变化。

• NeighborNet识别的机制解释活动调查表型的基因之间的相互作用。

• NormalyzerDENormalyzerDE提供标准化筛选方法基于质表达数据。计算一系列规范化矩阵使用现有方法和一种新的time-segmented方法,计算性能措施和生成一个评估报告。此外,它提供了一种简便的效用Limma——或方差分析——基于微分表达分析。

• nuCposnuCpos NuPoP的衍生物,是预测的R包核小体的位置。隐马尔可夫模型在nuCpos,持续时间是训练有素的核小体的化学地图从出芽酵母,裂殖酵母或老鼠胚胎干细胞。nuCpos输出维特比(最可能的)道路nucleosome-linker状态,预测核小体入住率分数和组蛋白亲和力(HBA)分数NuPoP一样。nuCpos也可以计算局部和整体nucleosomal HBA分数147 -英国石油(bp)对于一个给定的序列。此外,基因改变对核小体的影响入住率可以预测这个包中。父母包NuPoP,这是基于一个MNase-seq-based地图出芽酵母核小体,是由王中正金立群Xi, GPL-2授权许可。

• OMICsPCAOMICsPCA分析管道设计整合多组学实验在不同的主题(例如细胞系,个人),治疗(如疾病/控制)或时间点,分析集成数据从各种不同的角度和观点。在它的核心OMICsPCA使用主成分分析(PCA)集成来自各种来源,因此multiomics实验数据的能力不足问题通过使用ingegrated数据作为代表。OMICsPCA可用于各种应用程序包括总体布局分析组学分析在不同样本/个人/时间点;由用户定义的分组化验条件;识别来源的变异,分析之间的相似/不同,变量或个人。

• onlineFDR这个包允许用户控制的错误发现率在线假设检验,在假设到达顺序流,由Javanmard和Montanari (2015、2018)。在这个框架中,零假设被拒绝只基于先前的决定,作为未来的假定值和假设检验的数量是未知的。

• 先驱者在RNA-seq aberrent基因表达数据的识别。读计数预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,RNA-seq读计数假定遵循gene-specific色散的负二项分布。离群值被确定为读计数显著偏离这一分布。进一步的先驱者提供有用的绘图函数分析和可视化的结果。

• PepsNMR这个包提供了常见R函数应用于pre-procssing步骤1 h - nmr数据。它还提供了一个函数读取FID信号直接在力量的格式。

• plotGrouper闪亮的app-based为ggplot GUI包装器内置统计分析。导入的数据文件并使用下拉菜单和复选框指定绘制变量,图表类型,看看你的阴谋。一旦创建,情节可以保存独立或存储在一份报告中,可以保存为pdf。如果新数据添加到文件,报告可以更新包括新的数据。统计测试可以选择并添加到图表中。流式细胞术分析数据尤其与plotGrouper集成。统计数据可以转化为返回细胞样本的绝对数量(此功能需要包容的珠子每样的数量和信息进行的任何稀释)。

• primirTSS一个快速、方便的工具来识别microrna的tss集成H3K4me3和波尔II的数据以及结合保护水平和序列功能,提供命令行和图形界面内,达到一个更好的性能比前non-cell-specific microrna的tss的方法。

• ProteoMMProteoMM是统计方法来执行基于模型肽水平微分表达式分析单个或多个数据集。多个数据集ProteoMM产生一个褶皱变化和假定值为每个蛋白质跨多个数据集。ProteoMM提供功能正常化,缺失值归责和微分表达式。基于模型肽水平非难和微分表达式分析组件的包之前描述的分析”统计框架基于自下而上的女士的蛋白质定量蛋白质组学”(Karpievitch et al .生物信息学2009)。EigenMS正常化实现中描述“正常化的峰值强度自下而上MS-based使用奇异值分解蛋白质组学。”(Karpievitch et al . 2009年生物信息学)。

• qPLEXanalyzer定量蛋白质组学数据分析工具从qPLEX-RIME生成方法。

• QSutils组病毒准物种的效用函数与门店数据分析。大多数函数都同样有用的宏基因组研究。有三个主要类型:(1)对转换读取数据操作和exploration-functions有用单体型频率,修复读取、交叉链单和可视化单体型排列。(2)多样性indices-functions计算多样性和熵,发病率,丰度,和功能指标。(3)病毒准物种生成随机的数据simulation-functions有用的数据。

• REBET人们越来越关注调查罕见变异和疾病之间的关系。REBET包实现了subREgion-based负担测试这是一个强大的压力测试,同时识别易感性位点和分区。

• RmmquantRNA-Seq目前常用,它提供了准确的信息在基因转录。然而,该方法不能准确估计重复基因表达。几个策略曾被使用,但是他们提供带有偏见的结果。Rmmquant,如果读地图在不同位置,工具检测到相应的基因复制;它合并并创建一个融合基因的基因。然后基于项的读取输入基因和合并后的基因。Rmmquant是广泛使用的替代工具findOverlaps和featureCounts处理multi-mapping unabiased方式读取。

• RNASeqR这个R包是专为病例对照RNA-Seq分析(群)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“读取对齐和量化”,“能够微分分析”和“功能分析”。每一步都对应一个函数在这个包中。在运行功能,基本RNASeq分析将是很容易完成的。

• SCBN这个包提供了一个基于规模的标准化(SCBN)方法来识别不同物种之间的基因差异表达。它考虑守恒的直系同源基因的可用知识和假设检验框架来检测差异表达同源基因。本文中描述的方法在这个包的一个统计RNA-seq数据的归一化法和微分表达式分析不同物种的燕周、朱Jiadi,铁军,冰清林Junhui Wang Jun张(2018年,即将出版)。

• 颈背管道的进程单细胞RNA-seq (scRNA-seq)读取CEL-seq和CEL-seq2协议。分工scRNA-seq FASTQ文件,读取对齐使用Rsubread参考基因组,并生成UMI过滤数矩阵。还提供了可视化的读取比对和预处理和post-alignment质量控制指标。

• 芝麻工具分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组。

• sigFeature这个包提供了一个新颖的特征选择算法的二进制分类使用支持向量机的递归特性消除SVM-RFE和t统计量。在这个特性选择过程中,所选择的两个类之间的特性差异显著,还与更高程度的他们是很好的分类器分类精度。

• SIMD这个包提供了一个推论分析方法检测差异表达CpG网站MeDIP-seq数据。它使用统计框架和EM算法,识别差异表达CpG网站。本文中描述的方法在这个包的微分Methylation-level推论和检测甲基化与Medip-seq数据“燕周、朱Jiadi, Mingtao赵,Baoxue张Chunfu江,龚喜颜杨(2018年,即将出版)。

• 弹弓为推断提供了函数连续,分支家族结构的低维数据。弹弓设计模型发展轨迹在单细胞RNA序列数据和作为一个组件在一个分析降维后管道和集群。它足够灵活,可以处理任意多分支事件和允许的先验知识通过监督图施工。

• 紧身的包装器查询L1000元数据可以通过线索。io REST API以及助手处理距离gctx文件,提取感兴趣的数据集,将SummarizedExperiment对象,和一些设施来执行简化微分表达式对这些数据集的分析。

• sparsenetgls结合图结构的包提供方法学习和广义最小二乘回归,提高回归估计。主要功能sparsenetgls()提供解决方案与高斯分布的依赖变量和解释变量多元回归的形式美而言多个著名的图结构学习方法估计精度矩阵,并使用惩罚方差协方差矩阵和距离图结构的调优参数推导三明治在广义最小二乘估计(gl)回归。这个包还提供了函数来评估一个高斯分布的图形模型,使用惩罚的方法。它使用接收机的特性曲线的可视化工具评估。

• strandCheckR这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。

• TimeSeriesExperiment可视化和分析工具箱短时间课程数据包括降维、集群、两个示例微分表达式测试和基因排序技术。包还提供了获取丰富的方法途径。

• 石棉水泥板石棉水泥板是一种计算方法,允许监管作用的综合分析rna结合蛋白在各种细胞过程利用先前存在的基因表达数据和当前绑定偏好的rna结合蛋白的知识。

• tRNAtRNA包允许访问和tRNA序列和结构用于构造子集。另外,它还提供了可视化工具比较多个tRNA集的特性参数和关联他们额外的数据。tRNA包使用农庄对象作为输入只需要一些额外的列的数据集。

• tRNAdbImporttRNAdbImport进口tRNAdb的条目和mtRNAdb农庄组织对象(http://trna.bioinf.uni-leipzig.de)。

• tximeta成绩单量化从三文鱼进口自动元数据和记录范围人口。过滤、组合或新创转录组可以链接到适当的来源与linkedTxomes和共享的分析。

• UlarcircUlarcirc读入恒星对齐接头连接文件和剪接分析提供了可视化和分析工具。用户可以评估backsplice连接和转发规范连接。

• universalmotif允许使用的最常见的主题类型导入R函数提供的其他Bioconductor motif-related包。图案可以导出为最主要的主题从不同的类所定义的其他格式Bioconductor包。一套包括主题和序列操作和分析功能,包括浓缩、比较,假定值计算,洗牌,修剪,高阶主题等等。

• 扳手扳手是规范化的包稀疏基因组数数据,这样起源于16 s宏基因组调查。

• XINA直观的R包简化网络分析输出多路复用高维蛋白质组学/ trascriptomics动力学数据。

新数据实验包

有21个新数据实验包Bioconductor的这个版本。

• allenpvcCelular分类法初级视觉皮层的成年老鼠基于单细胞RNA-sequencing从由艾伦脑科学研究所的一项研究。在研究49转录组细胞类型识别。

• AssessORFData这个包提供了访问映射和结果AssessORF包生成的对象,以及菌株的基因组序列对应于这些对象。

• brainImageRdatabrainImageRdata包含图像面具为发展中人类和成年人的大脑。可以使用这些面具与基因表达数据生成空间基因集富集的情节。它还包含15 pcw人类大脑的表达数据,成年人的大脑,和人类大脑发展。

• breakpointRdataStrand-seq breakpointR包的数据展示功能。

• celarefData这个实验数据包含一些处理数据用于celaref包装饰图案。这些都是公开可用的数据集,由celaref处理方案,并可以进一步操作。

• CopyNeutralIMA提供了一组基因复制中性样品杂化使用Illumina公司甲基化数组(450 k和史诗)。

• DuoClustering2018预处理实验和模拟scRNA-seq数据集用于评价聚类方法scRNA-seq Duo et al(2018)中的数据。还包含结果的几种聚类方法应用到每一个数据集,为策划方法和功能性能。

• FlowSorted.Blood.EPIC原始数据对象用于血细胞比例估计minfi和类似的包。FlowSorted.Blood。史诗对象位于样品化验布鲁克克里斯腾森和他的同事;详细信息请参阅萨拉斯et al . 2018。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110554。

• GIGSEAdata基因集合用于GIGSEA包。

• mcsurvdata这个包商店两个合并expressionSet对象包含的基因表达谱和临床信息——- 6乳腺癌组和- b - 4结直肠癌组。乳腺癌数据用于装饰图案hrunbiased包的生存分析的基因签名。

• MSMB数据集的书“现代统计现代生物学”,福尔摩斯和w·胡贝尔。…

• MTseekerData提供例子MTseeker包装饰图案。

• OMICsPCAdata为包OMICsPCA支持数据

• PepsNMRData这个包包含所有PepsNMR包中使用的数据集。

• qPLEXdataqPLEX-RIME和全蛋白质组TMT质谱数据集。

• RegParallel在许多分析,大量的变量必须是独立测试感兴趣的特征/端点,并调整为协变量和混杂因素在同一时间。这些是主要瓶颈所花费的时间完成这些分析。RegParallel,大量的测试可以同时被执行。144年新款高能效型opteron系统变量可以同时测试,与1000年代的变量处理在几秒钟内通过“嵌套”并行处理。适用于逻辑回归、线性回归条件逻辑回归,Cox比例风险和生存模型,贝叶斯逻辑回归和负二项回归。

• RNASeqRDataRNASeqRData装饰图案是一个辅助实验方案演示目的RNASeqR软件包。

• sesameData为芝麻包提供了支持注释和测试数据。

• TabulaMurisData访问处理10 x(液滴)和SmartSeq2 FACS-sorted细胞单细胞RNA-seq数据从横膈缪里斯财团(http://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)。

• tcgaWGBSData.hg19数据包TCGA WGBS数据。数据存储为SummarizedExperiment格式。看到小插图如何提取数据和执行差异甲基化分析。

• TENxPBMCData对PBMC细胞单细胞RNA-seq数据,生成的10倍基因组学。

新的工作流程

有两个新的工作流包Bioconductor的这个版本。

• maEndToEnd在本文中,我们走过一个端到端的Affymetrix微阵列微分表达式工作流使用Bioconductor包。这个工作流是直接适用于当前的“基因”类型的数组,如HuGene或MoGene数组,但是可以很容易地适应类似的平台。这里的数据分析是一个典型的临床微阵列数据集比较发炎和non-inflamed结肠组织在两个疾病亚型。对于每一个疾病,炎症之间的差异基因表达和non-inflamed结肠组织进行了分析。我们将开始从玻璃纸的原始数据文件,展示如何将它们导入到一个Bioconductor ExpressionSet,执行质量控制和标准化,最后(DE)基因差异表达分析,其次是一些富集分析。

• rnaseqDTURNA-seq工作流微分成绩单使用鲑鱼量化后(系统)。这个工作流使用Bioconductor包tximport、DRIMSeq DEXSeq执行系统分析模拟数据。它还展示了如何使用经验丰富的人来执行两级的测试里程计,统计框架屏幕在基因水平然后确认成绩单中重要基因显示系统的证据。

来自新的和现有的软件包的新闻

ABAEnrichment

的变化版本1.11.7:

用户级的变化

• 简化功能“get_expression”和“plot_expression”(删除选项自动使用数据从去年aba_enrich-call)

• “plot_expression”现在需要矩阵从“get_expression”作为输入,而不是调用get_expression内部

• 添加颜色键“plot_expression”相关的基因变量时的热图显示在一个彩色的侧边栏

的变化版本1.11.6:

用户级的变化

• 排序输出aba_enrich由弗兰克-威廉姆斯()[[1]],然后按年龄分类(原来是按年龄分类排序第一)

1.11.3版本的变化:

• 删除所有c++代码和依赖包GOfuncR代替

的变化版本1.11.2:

用户级的变化

• 当使用坐标时,删除与多个基因gene-coordinates(坐标纠正familiy-wise错误率时用于基因长度或空间聚类的基因)

1.11.1版本的变化:

新功能

• 允许自定义gene-coordinates(替代综合坐标;坐标纠正familiy-wise错误率时用于基因长度或空间聚类的基因)

abseqR

的变化版本0.99.0:

• 提交给Bioconductor

ABSSeq

版本变化1.35.2 (2018-06-28):

• 更新!延长aFold配对样本

王牌

版本变化0.99.8 (2018-09-06):

• 错误修复squaremodelsummary:删除标准singleplot电话

版本变化0.99.6 (2018-07-26):

• 错误修复在linkvariants:没有默认freqindex

版本变化0.99.4 (2018-06-26):

改进

• 改变linkmutationdata linkvariants

• linkvariants可以估计杂合的生殖系变异的副本

• linkvariants计算给定置信水平的上限和下限当阅读深度

• postanalysisloop适应linkvariants改变

• 添加参数在runACE指定基因组构建

• 几个小文档修改

• 使用seq和seq_along功能提高了编码的鲁棒性

版本变化0.99.0 (2018-05-24):

提交

• 初始提交Bioconductor

ADaCGH2

版本变化2.21.1 (2018-07-16):

• 删除了所有提到老安装程序

affxparser

版本变化1.53.2 (2018-10-22):

文档

• 链接在GitHub Affx融合SDK存档。

• 拼写纠正。

版本变化1.53.1 (2018-08-28):

• 在README.md更新安装说明。

版本变化1.53.0 (2018-04-30):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC 3.8 R (> = 3.5.0)。

AnnotationFilter

1.5.2版本的变化:

用户可见的变化

• 重命名GenenameFilter GenenameFilter和轻视GenenameFilter(问题# 22)。

AnnotationHubData

的变化版本1.11.0:

修改

• 删除脚本为Pazar DB网站不再活跃

• 更新BiocInstaller BiocManager

新功能

• 物种和taxonomyId现在针对GenomeInfoDbData对象进行验证

错误修复

• 修复receipe TwoBit资源。将DNA不是C T, G, N, N rtracklayer做设计::TwoBit出口

• 修复bug annotationhub赋值的标签

• makeEpigenomeRoadMap配方更新占XML错误,无法处理http url。更新到https

anota2seq

1.3.1版本的变化:

• 固定一个缺陷在anota2seqPlotPvalues和anota2seqPlotFC对比名称没有显示正确的选择只有1对比时,以防有多个

• 使用anota2seqRun函数和自定义过滤参数maxP仍基于maxPAdj 0.15。这是固定的,即当maxP过滤应用没有maxPAdj将使用过滤器。

apeglm

1.3.2版本的变化:

• 解决简单的错误当没有样品只有拦截系数。

aroma.light

3.11.2版本的变化(2018-09-04):

代码重构

• fitPrincipalCurve()现在需要princurve(> = 2.1.2)和更新使用新的principcal_curve类而不是弃用principcal。曲线类。这个更新“不应该”影响的结果,但见https://github.com/dynverse/princurve/issues/8 princurve改变信息的包在这方面。

版本变化3.11.1 (2017-08-28):

• 在README.md更新安装说明。

版本变化3.11.0 (2017-04-30):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC 3.8 R (> = 3.6.0)。

artMS

的变化版本0.99.25:

• 更新装饰图案输出html

的变化版本0.99.02:

• 添加Bioconductor webhook

的变化版本0.99.01:

• 对于开发人员提交包Bioconductor项目bob电竞体育官网

• 所有函数名必须有前缀“artms”

• 使用roxygen2弃用标准化的所有文档

• 还没有已

• 还没有什么

亚瑟士

变化的1.1.1版:

改进

• 需要指定数量的核心使用并行环境

• 参考库(改进参考光谱的清洁)

分配

的变化版本1.17.2:

• 错误修复。步骤2,迫使战斗输入矩阵

• 添加新的参数来分配。包装器指定签名基因的方向。

• 在分配参数文件。包装现在在yaml格式。

吸引

版本变化1.33.2 (2018-06-29):

• 解决新闻

• 改变维护者的电子邮件

版本变化1.33.1 (2018-05-15):

• 解决新闻

基础知识

版本变化1.3.24 (2018-10-21):

• 撞触发新的构建版本

版本变化1.3.23 (2018-10-18):

• 南加州爱迪生公司更新装饰图案包括简单的例子没有激增的信息

版本变化1.3.22 (2018-10-19):

• 更新的描述需要c++ 11

• 再一次,更换R: lgammafn通过std:: lgamma在c++代码

版本变化1.3.21 (2018-10-19):

• 恢复使用R: lgammafn由于Bioconductor构建报告中的错误

版本变化1.3.20 (2018-10-18):

• 小更新的自述和装饰图案(如包括基本贴纸)

版本变化1.3.19 (2018-10-18):

• 更换R: lgammafn通过std:: lgamma在c++代码(伟大的加速!由于Shian Su (@Shians))

版本变化1.3.18 (2018-10-15):

• BASiCS_D_TestDE已弃用(取代了吗BASiCS_TestDE)

• SingleCellExperiment::添加到所有调用的isSpike

• 额外的输入检测BASiCS_MCMC为了避免问题由于spike-ins存在多种类型的数据。

版本变化1.3.17 (2018-10-11):

• 新的单元测试不同参数设置BASiCS_MCMC函数

版本变化1.3.16 (2018-10-08):

• 减少检查不是newBASiCS_Data函数生成的数据

版本变化1.3.15 (2018-10-07):

• 固定的错误当存储链non-spikes情况

版本变化1.3.13 (2018-09-30):

• 一些Rd文件生成的

版本变化1.3.11 (2018-09-30):

• 艾伦作为贡献者添加

版本变化1.3.10 (2018-09-28):

• 防止BASiCS_Chain崩溃当StoreAdapt = TRUE的回归

• 防止情节功能错误

• 更新文档使用roxygen2

版本的变化就开始(2018-09-27):

• 改变了原始数据访问器“计数”而不是“分析”

• makeExampleBASiCS_Data现在产生30细胞而不是20

• 单元测试来匹配这些30细胞更新

版本变化1.3.8 (2018-09-05):

• 更新的自述。医学博士(特拉维斯/ codecov徽章)+细胞系统的更新引用

版本变化1.3.7 (2018-09-05):

• 提交激活特拉维斯/ codecov

1.3.6版的变化(2018-09-04):

• 更新后的引用文件

1.3.5版本的变化(2018-08-31):

• 最新更新的参考论文

v1.3.3变化(2018-05-21):

• 行添加到test_data_examples.R失踪

1.3.2版本的变化(2018-05-21):

• 版本只撞

1.3.1版本的变化(2018-05-21):

• 单元测试创建选择c++函数(Hidden_rDirichlet和Hidden_muUpdate)

• 更新单元测试在激增参数估计有公差(临时修复)

• 小更新makeExampleBASiCS_Data和newBASiCS_Data允许不同的激增类型(如函数SingleCellExperiment)

bayNorm

的变化版本0.99.19:

• 取代foreach BiocParallel

• 在BB_fun修复一些错误

的变化版本0.99.9:

• 让更多的例子可运行;更新装饰图案;包括SingleCellExperiment类。

的变化版本0.99.8:

• 修复一些错误。

的变化版本0.99.4:

• 应用审查员提出的修正,更多细节请参见< URL: https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/878 >

的变化版本0.99.1:

• 解决两个警告Bioconductor *报道警告:使用真/假代替T / F,发现文件:测试/ testthat / test-bayNorm。r *警告:使用()是()或!

的变化版本0.99.0:

• 通过所有检查的CMD构建和R CMD BiocCheck。

• 未来工作:*装饰图案需要进一步改善。*需要改善手册页。*提交Bioconductor。

bcSeq

v1.3.3变化:

• 更新消息格式

1.3.2版本的变化:

• 更新引用和修正错误

1.3.1版本的变化:

• 更新引用

beachmat

更改版本1.4.0:

• 删除本机支持RleMatrix和对称矩阵。

• 添加多行/列getter。

• 添加任意通过矩阵的本机支持的机制。

• 转向行/ colGrid()定义块支持矩阵。

BEclear

版本变化1.13.11 (2018-10-25):

• 实现进一步的测试

版本变化1.13.10 (2018-10-24):

• 测试gdepoch函数

• 简化的代码

• 性能改进

版本变化1.13.9 (2018-10-23):

• 损失函数的测试

• 一些简化

版本变化1.13.8 (2018-10-22):

• 第一个实现testthat的测试

• 简化的代码

版本变化1.13.7 (2018-10-10):

• 小错误修复

版本变化1.13.6 (2018-10-05):

• 一些小问题的计算假定值是固定的

版本变化1.13.5 (2018-10-04):

• 检查输入的有效性

• 一些性能改进

版本变化1.13.4 (2018-10-02):

• 主要性能改进

版本变化1.13.3 (2018-09-28):

• 使用的数据。表为various functions for performance improvement

• 简化的源代码

版本变化1.13.2 (2018-09-27):

• bug修复,在假定值无法计算出一个基因只有在批处理缺失值(# 1)

版本变化1.13.1 (2018-09-25):

• BEclear使用现在BiocParallel代替parallelisation降雪

• roxygen2现在用于生成文档

• 主要代码重构

• 一些小错误修正

• 性能改进

BgeeDB

2.6.2版本的变化:

• 解决问题formatData()函数。现在可以使用Bgee时格式使用fpkm表达式值14.0。

• 执行回归测试

• 更新装饰图案和自述文件

2.6.1的变化:

• 解决问题Bgee 14.0焦油。广州注释文件管理。

• 更新的自述和描述文件。

BiFET

1.1.5版本的变化(2018-07-02):

• 固定的R #更新日期字段描述文档说明

bioCancer

的变化版本1.9.07:

• 取代剂量::dotplot clusterProfiler:: dotplot

• 取代r_data r_info的报告

• 不需要定义genelist r_data

• 更新ReactomeFI。RDS文件(2017年版)

• 更新DisGeNet0918。RDS文件(2018年9月版),把它从wiki.ubuntu.com到github / kmezhoud

的变化版本1.9.06:

• min和max函数rm警告消息

• 当getListProfData运行getFreqMutData()()而不是getCoffeeWheel_Mut ()。避免错误当加载x档案数据工作区。

• 包括工具面板进入工作区面板。

• 更新概述图像

的变化版本1.9.05:

• r_data vs r_info…https://radiant-rstats.github.io/docs/news.html

• 使用r_info数据集列表和r_data基因列表

• 设置进度条

的变化版本1.9.04:

• 添加样式。css文件:raduce padding-top 0 px

的变化版本1.9.03:

• 修改停止功能

• 更新粘贴基因列表功能

的变化版本1.9.02:

• 上传和下载使用Rstudio文件浏览器删除plot_downloader函数和替换它download_link(辐射中定义。R文件)

• 添加radiant_old。R文件需要radiant.data但不再使用的功能

的变化版本1.9.01:

• 由get_data取代getdata () ()

• 拉普兰人取代因式分解()(因素)

BiocCheck

1.17版本的变化:

新功能

• (1.17.21)添加quit-with-status选项BiocCheck和BiocCheckGitClone与特拉维斯的兼容性

• (1.17.18)更新使用BiocManager指令代替BiocInstaller重击

• (1.17.17)添加一个新函数,可以运行交互式或命令行BiocCheckGitClone只运行在一个源目录不是一个tarball。这将检查坏的系统文件

• (1.17.17)BiocCheck加法:检查小插图目录中间和结束文件不应包括在内。

• (1.17.16)检查Bioconductor tarball包大小要求如果检查

错误修复

• (1.17.19)更新内部函数来使用BiocManger代替BiocInstaller

BiocFileCache

1.5版本的变化:

新功能

• (诉1.5.1)添加的确切= '的精确匹配bfcquery (), bfcrpath ()。bfcrpath(诉1.5.2)默认为TRUE ()

错误修复

• (诉1.5.2)bfcrpath()添加正则表达式rnames时更健壮。

用户可见的变化

• (诉1.5.4)bfcpath()实现改变。只显示rpath并可以处理多个rid。bfcpath只为rpath访问而bfcrpath选择或添加。

BiocInstaller

的变化版本1.31.2:

新功能

• “BiocInstaller”目前弃用。所有安装Bioconductor包将会通过BiocManager一个凹口包。

错误修复

• 文档错误地提到遥控器:安装这不是一个导出函数的方案。这个链接是固定的。

BiocNeighbors

版本1.0.0的变化:

• 新包kmknn k-means-based再检测。

BioCor

1.5.4版本的变化:

• 改进的拼写

• 降低了复杂性fo combineScoresPar和combineScores。

• 提高效率的代码片段。

• 改变新闻节

• 添加一个部分关于GeneOverlap包。

• 改变了许可证

BiocParallel

1.16版本的变化:

新功能

• (v 1.15.9) BatchtoolsParam()资源收益=()列表模板文件替换。

• (v 1.15.12) bpexportglobals()为所有BPPARAM出口(即全球选项。基础::选项())的工人。违约事实。

错误修复

• (v 1.15.6) bpiterate序列法不返回一个列表()当减少(https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/77)

• (v 1.15.7) bpaggregate公式法未能找到BPREDO (https://support.bioconductor.org/p/110784)

• (v 1.15.13) bplappy BatchtoolsParam()强制列表,列表(https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/82)

• (v 1.15.14)隐式加载BiocParallel当加载第三方包失败是因为引用类初始化()方法不正确安装。这个bug修复结果在实现显著的修订,以便有效的对象必须通过公共构造函数构造,例如:BatchtoolsParam ()

breakpointR

的变化版本0.99.0:

• 这个包实现各种功能找到模板链changepoints Strand-seq数据。

bsseq

1.17版本的变化:

• BSseq()将不再重新排序输入。此前,返回BSseq对象被下令位点命令,尽管这种行为没有记录。BSseq()仍可能过滤掉位点如果rmZeroCov = FALSE或崩溃位点strandCollapse = FALSE或重复位点被检测到,但是基因座的相对顺序输出输入的数据匹配。

• 修复bug BSmooth maxGap争论的()。错误意味着两个甲基化位点的最大差距是不正确地设置为2 *代替maxGap maxGap + 1。这可能并不影响结果的用户离开的默认值maxGap = 10 ^ 8但可能影响结果为小maxGap的价值观。

BUScorrect

版本变化0.99.13 (2018-10-09):

• 提高了‘postprob_DE_thr_fun”功能。

版本变化0.99.6 (2018-07-27):

• 创建了一个消息。跑龙套Rd文件解析:本月内:新闻文件夹

CAGEfightR

1.5版本的变化:

• 集群添加新的功能空间分析:findLinks发现附近对集群(例如tss和增强剂)和计算表达它们之间的相关性。findStretches找到延伸到基因组,集群在一定的距离彼此(例如组增强剂形成一个超级增强剂),并计算平均之间的两两相关成员。

• 改变了集群的工作方式:CAGEfightR使用覆盖率()来计算全基因组信号,现在轮产生的信号一定数量的数字(这可以通过CAGEfightR修改。圆的选项),防止小积极或消极的价值观由于浮点错误。这使得集群更稳定意义tuneTagClustering功能现在已经弃用。这也应该增加大多数功能的速度。

• CAGEfightR现在使用gpo存储ctss农庄,这将导致内存性能的改善。

• 几个clusterBidirectionality变化:平衡是现在计算中点(防止一些罕见的情况下,中点可以掩盖一个高度表达CTSS),现在汇集CTSS信号预滤器双向性增加速度和自定义平衡功能可以提供(包括Bhattacharyya系数与安德森的D)。

• 增添了新的check-functions更容易检查对象是否正确格式化

篮球选手

的变化版本1.24.0:

新功能

• plotAnnot():“集团”的论点现在接受公式如“b ~ +”表示元数据列的名字将被粘贴在一起,形成一个新组的因素。

错误修复

• 从生产colData防止mergeSamples(),导致其他功能崩溃后,强迫data.frame。

• 修复paraclu支持CAGEset对象。

• normalizeTagCount()的作品再次CAGEset对象。

• consensusClustersGR()报告表达的所选样本(而不是默默地忽略了“sample”观点和报告表达和所有的样品)。

红衣主教

版本变化1.99.2 (2018-10-28):

用户可见的明显变化

• 2.0更新小品文的红衣主教

错误修复

• 在Windows上移除单元测试了

版本变化1.99.1 (2018-10-26):

新功能

• 2.0增加了对红衣主教的片段和文档

版本变化1.99.0 (2018-10-25):

用户可见的明显变化

• 版本撞红衣主教v2候选版本

版本变化1.13.3 (2018-10-24):

新功能

• 添加过程的排队延迟的方法处理功能成像数据集和应用它们

• 添加新的处理方法等基本v2的新版本“正常化”,‘smoothSignal’,‘reduceBaseline’,‘peakPick’,‘peakAlign’,‘peakFilter’

• 添加新的“peakBin”函数装箱峰值

• 更新的显示方法为新主教v2类

• 新的支持出口“加工”imzML文件通过“writeImzML”功能

的变化版本1.13.2:

新功能

• 添加新类为红衣主教v2包括‘XDataFrame’,‘PositionDataFrame’,‘MassDataFrame’,‘ImagingExperiment’,‘SparseImagingExperiment’,‘MSImagingExperiment’

的变化版本1.13.1:

用户可见的明显变化

• 更新安装说明“CardinalWorkflows”

1.12.1版本的变化:

错误修复

• 修正7.5版本在阅读分析文件

cbaf

更改版本1.4.0 (2018-10-30):

新功能

• obtainOneStudy()和obtainMultipleStudies()函数可以获得数据组的基因都拥有超过250个基因(基因数量几乎无限)。

• 一个新的理由xlsxOutput()函数来交换行和列。

ccfindR

1.1.2版本的变化:

变化

• 添加vb_factorize c++代码更新一步(…,美国铀浓缩公司= TRUE)

• vb_factorize添加奇异值分解初始化(…,初始值设定项= svd2)随机初始条件:初始化=“随机”

• 改变默认值:filter_genes (…rescue.genes = FALSE)

• vmr改变filter_genes ()。分钟从vmr > = vmr行动。分钟vmr > vmr。min(删除基因vmr = 0)

• 添加并行运行vb_factorize (…, ncores = 10)

• 添加feature_map (…)

celaref

的变化版本0.99.1:

错误修复

• 代码风格。

• 不要试图在windows上多流(在linux上建议mulithread)。

的变化版本0.99.0:

新功能

• 最初的版本。

CellTrails

的变化版本0.99.15:

• 修正:调整名称空间最近SingleCellExperiment释放

的变化版本0.99.14:

• 修正:过滤。无效的用户输入。——集群。参数设置导致至少每个初始状态的样品数< = 1捕获。

的变化版本0.99.13:

• 修正:可视化。包是兼容最新ggplot2发布(3. x.x)。

• 更新的引用

的变化版本0.99.0:

• 公众对Bioconductor提交预发布

• CellTrails完全兼容“SingleCellExperiment”对象

• 修正

chimeraviz

1.7.1上版本的变化:

变化

• 介绍了对oncofuse的支持。Ref https://github.com/stianlagstad/chimeraviz/issues/47和https://github.com/stianlagstad/chimeraviz/pull/48/files。

ChIPpeakAnno

的变化版本3.15.2:

• 修复bug binOverRegions binOverGene

的变化版本3.15.1:

• 修复bug的assignChromosomeRegion Jaccard指数计算。

chromstaR

版本是1.7.2变化:

修正

• 新版本的兼容性修正ggplot2 (3.0.0)。

• seqlevels()小于binsize下跌正常fixedWidthBins()和variableWidthBins ()。

CHRONOS

1.9.2版本的变化:

• 重新格式化消息文件。

1.9.1版本的变化:

• 重新配置KEGG途径下载通过KEGG API。

ClassifyR

version 2.2.0变化:

• PredictParams getclass不再是一个槽。每个预测函数需要返回向量类的一个因素,一个数值向量类分数第二课堂,与一列或一个数据帧的预测类和另一个二等的分数。

• 交叉验证使用折叠确保样本属于每个类都在大约相同的比例对整个数据集。

• 分类可以通过使用previousTrained重用以前的拟合模型分类功能。

• 使用基因集特征选择和网络。分类可以使用meta-features源自个体特性用于特征选择。

• tTestSelection函数特征选择基于普通t检验统计排名。现在默认特征选择函数,如果没有指定。

• 调优参数优化指标是通过提供一个指定TrainParams tuneOptimise参数而不是根据ResubstituteParams使用特征选择。

clusterExperiment

2.1.5版本的变化(2018-06-28):

变化

• 添加功能getBestFeatures允许刨边机德,以及重量使用刨边机为zinbwave兼容。这种变化的一部分:移除isCount论点,取而代之的是更细粒度DEMethod论点getBestFeatures,mergeClusters;或mergeDEMethod在RSEC。- - - - - -改变类定义:添加槽merge_demethod跟踪DE方法合并使用

• 改变函数名(旧函数名现在depricated): -combineMany- >makeConsensus- - - - - -removeUnclustered- >removeUnassigned

• 函数的参数改变:-combineProportion- >consensusProportion在RSEC- - - - - -combineMinSize- >consensusMinSize在RSEC- - - - - -sampleData- >colData匹配SummarizedExperiment语法(在许多绘图功能)。- - - - - -alignSampleData- >alignColData在plotHeatmap- - - - - -ignoreUnassignedVar- >filterIgnoresUnassigned在mergeClusters为了简单,(和其他功能)。- - - - - -removeNegative- >removeUnassigned在getBestFeatures一致性-删除largeDataset选项subsampleClustering因为不再提供了优势。- - - - - -nBlank- >nBlankFeatures在makeBlankData允许样本

• 创建函数:primaryClusterLabel和primaryClusterType- - - - - -getReducedData- - - - - -assignUnassigned:最近的集群——分配未赋值的样本renameClusters和recolorClusters:分配新名称/颜色在一个特定的集群化—集群clusterMatrixColors:包装convertClusterLegend返回矩阵等clusterMatrix只有颜色的内部(如现有集群idclusterMatrixNamed)- - -plotClustersTable策划一个热图显示的结果tableClusters- - - - - -subsetByCluster为构造子集CE对象只有那些样品在一个特定的集群的集群(s)。- - - - - -plotFeatureScatter的散点图2 +特性(基因)的集群addToColData和colDataClusters添加集群信息colData对象。addToColData返回对象colData增强,而colDataClusters就返回DataFrame添加了聚类。- - - - - -updateObject从以前的版本更新历史对象创建到当前的类定义。

• 添加参数:-whichAssay所有功能允许用户选择的试验操作将被执行。- - - - - -stopOnErrors来RSEC- - - - - -nColLegend来plotReducedDims- - - - - -子样品和顺序来RSEC从这些选项允许选择(但违约真正的不像clusterMany)- - -nBlankSamples和groupsOfSamples来makeBlankData(列)——允许分离的样品添加和位置来plotClusterLegend

• makeBlankData现在将允许让空白列单独组样本。

• plotDendrogram现在允许策划colData(以前sampleData)像plotHeatmap或plotClusters

• clusterMany现在允许用户定义ClusterFunction对象参数clusterFunction。

• 被限制在plotClustersWorkflow,只有clusterType = " clusterMany "允许的。

• 允许getClusterManyParams搜索老clusterMany运行。

• 添加表方法plotHeatmap(策划的热图的结果表函数)

• 添加错误捕捉如果试图给参数whichCluster来mergeCluster。

• 添加错误捕捉如果给参数whichClusters只需要的功能whichCluster(单数)作为参数

• plotFeatureBoxplot现在返回(不可见)的颜色和clusterIds箱线图的信息。

错误

• 添加检查merge_nodeMerge表mergeClusterId列不能NA的条目isMerged = TRUE

• 解决内部.makeIntegerClusters如果给定值1:K输入聚类将保留这些相同的值(问题# 227)

• mergeClusters现在返回的对象保存合并信息(和删除旧信息和更新clusterType / clusterLabel合并现有的集群),即使mergeMethod = "没有"。

• 修复removeClusterings所以不松散的合并信息,除非删除相关的集群。

2.1.4版本的变化(2018-06-27):

错误

• 解决测试失败Bioconductor重击的版本(由于其他包的变化)

2.1.3版本的变化(2018-05-24):

错误

• 修复错误的clusterMany和defaultNDims选择处理过滤reduceMethod。

• 固定的错误的方式clusterMany指定的标签名称

• 固定的错误,clusterMany标签(迭代版本添加)如果增加clusterMany重新运行。同时,用户定义的标签等功能mergeClusters现在更新迭代值复制。

2.1.2版本的变化(2018-05-17):

错误

• 解决非空比例的估计mergeClusters总是积极的。

• 修复,这样计算的过滤器ignoreUnassignedVar不删除现有基础相同类型的滤波器。

• 修复plotClustersWorkflow错的集群是抓住情节的地方。

• 修复错误的plotDendrogram在集群绘制的颜色可以由颜色subsumbed先前的集群。(git问题# 220)

更改版本2.1.1 (2018-05-15):

错误:

• 固定的错误在2.0.0参数介绍mergeCutoff和mergeLogFCcutoff通过来dendroNDims。

cogena

1.15.1版本的变化(2018-05-30):

• 添加dotplot heatmapPEI和小插曲

• 多群标签

指南针

的变化版本1.19.4:

• 修正了错误在FunctionalityScore和PolyfunctionalityScore api标记=参数传递进来,而不是null。

compcodeR

的变化版本1.17.1:

• 删除支持SAMseq samr以来从凹口

compEpiTools

1.15.1版本的变化:

• 以下函数+ heatmapPlot更新。R: hclust函数更新删除无用的调用,从而减少了一半所需的时间为集群。+ topGOres。R:函数是sligtly修改为更有效率的去对多个基因集富集分析。本体的索引现在只执行一次,大大提高的速度函数。

ComplexHeatmap

的变化版本1.19.1:

• 热图():没有列名添加如果输入矩阵列矩阵。

• oncoPrint ():尺度行注释现在如果行分裂。

共识

的变化版本0.99.0:

• 原始提交Bioconductor

警戒线

的变化版本0.99.11:

• 新包警戒线,密码子使用情况的分析。

countsimQC

的变化版本0.99.0:

• 遵守Bioconductor指南,随机种子(二次抽样的样本和的色散特性和相关性计算的)不再是内部函数,参数是远离countsimQCReport ()。可重复的结果,请R会话中显式地设置随机种子。

的变化版本0.5.2:

• 添加选项沉默进度指标

• 修复在色散可视化

的变化版本0.5.0:

• 添加一个号码两两比较的量化评估标准和测试数据集

• 这个论点subsampleSize到countsimQCReport ()功能现在确定数量的观察(耗时的)统计计算

• 一个新的观点maxNForCorr被添加到countsimQCReport ()函数来表示数量的观察两两相关性计算

• 改进的文档

的变化版本0.4.6:

• 允许代码折叠showCode = TRUE

的变化版本0.4.5:

• 允许数据帧或矩阵作为输入(假设设计= ~ 1)

• 第一个实现ECDFs之间的区域

• 增加透明度散射点的情节

的变化版本0.4.4:

• 包括有效的图书馆规模评估。

的变化版本0.4.2:

• 允许使用只有一个子集的样品分散计算。

的变化版本0.4.1:

• 添加成对样本和变量相关性分布。

• 添加盒阴谋和小提琴的阴谋。

的变化版本0.4.0:

• 大修的函数和参数名称增加一致性。

的变化版本0.3.2:

• 均值-方差的阴谋。

的变化版本0.3.0:

• 添加钴统计数据。

• 添加线密度的情节。

CrispRVariants

1.9.2版本的变化:

• 保持元数据列的目标

• 添加函数分割插入序列

csaw

的变化版本1.16.0:

• 添加normFactors()函数来避免混淆当normOffsets()返回的因素。

• 弃用类型=“缩放”选项normOffsets ()。

• 添加calculateCPM()函数(日志)cpm的方便计算。

• 分手consolidateSizes()函数到consolidateWindows (), consolidateTests()和consolidateOverlaps ()。弃用consolidateSizes()本身。

• 转换的输出combineTests()和getBestTest DataFrame()和相关功能。

• 修改mergeWindows指定标志=()行为,处理嵌套的窗户反对的迹象。

• 改变controlClusterFDR()的最大调整假定值阈值,产生一个集群级别罗斯福低于目标=。

• 简化detailRanges()输出,使它不再返回任意数量外显子。

customProDB

的变化版本1.20.3:

更新的功能

• PrepareAnnotationRefseq.R修复缺陷的功能

• aaVariation更新功能。R为避免“测试”和“认定”转化为“M”

cydar

的变化版本1.6.0:

• 重组CyData类为简单起见和内部字段。

• 弃用plotCell *功能,重命名plotSphere *。

• 方便添加createColorBar()函数。

• 删除了diffIntDist()函数。

• 恢复选项的分位数正常化normalizeBatch ()。切换到确定性抽样算法当模式=“扭曲”。

cytofkit

3.6版本的变化:

• 包含所有的修改和修复1.8.2 1.9.5

dada2

1.9.2版本的变化:

新功能

• PacBio CCS读现在同时支持3个碱基。也看到PacBioErrfun, PacBio CCS的新推荐的误差估计函数数据。

用户可见的明显变化

• 底漆。前方已经取代了东方。fwd filterAndTrim函数。这个选项一直朝向mixed-orientation单头或paired-end读取基于匹配提供的序列片段的开始或结束阅读(或配对阅读)。用于使用mixed-orientation读,包括测序引物。如果引物不包括在扩增子,外部定位解决方案仍然是可取的。

• trimRight filterAndTrim功能已被添加。这消除了指定数量的基地从每个读的(“正确的”)。

错误修复

• collapseNoMismatch现在崩溃相同的序列(以前的行为是togglable)。

1.9.1版本的变化:

错误修复

• 现在mergePairs优雅地处理情况下零读成功合并。

• plotQualityProfile现在correclty当给定一个目录包含fastq文件。

DaMiRseq

1.5.2版本的变化:

• 一。归一化函数嵌入“logcpm”正常化。

• 现在,一。EnsembleLearning计算的阳性预测值(PPV)以及阴性预测值(NPV)。

• 三个新功能已经实现二进制分类任务:一。EnsembleLearning2cl_Training,一。EnsembleLearning2cl_Test DaMiR.EnsembleLearning2cl_Predict。第一个允许用户执行训练任务和选择模型准确性或平均精度最高的;第二个函数允许用户测试选中的分类模型在测试集定义的用户;最后一个函数允许用户预测新样本的类。

• 黑点在小提琴的阴谋。

1.4.1版本的变化:

• 敏感性和特异性的计算调整。

DChIPRep

1.11.1版本的变化:

• 固定单元测试策划没有复制DESeq2不再支持silentl治疗如复制自1.22版

debrowser

的变化版本1.9.21:

• 去年出版的修复

版本1.8.6的变化:

• 的列字符串加载时删除

• 标签可以改变的主要情节

• 情节信息框添加到提供更多关于情节的信息。

的变化版本1.8.4:

• 计算padj和foldchange列添加到所有基因检测的结果

• 比较表中标准化问题是固定的

1.8.3版本的变化:

• 磨边机和Limma

的变化版本1.8.2:

• 包安装改为警告

• 依存关系从描述抑制加载信息

• Biarxiv引用添加

1.8.1版本的变化:

• 交互式的热图高度和宽度

• DEBrowser转向一个模块化的结构。模块可以用于其他的应用程序。

• 更多的交互性的热图和主要情节。

• 套索选择添加到主要情节

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

的变化版本1.17.8:

• 解决办法:在作为输入错误。从DESeq2 DEGSet对象。

的变化版本1.17.7:

• 解决办法:需要格式化您所需要的新闻文件

的变化版本1.17.6:

• 解决办法:错误degCovariate当不存在相关性。

的变化版本1.17.5:

• 修正:修正文档警告。

的变化版本1.17.4:

• 特点:减少参数用于删除离群点聚类后的基因。

• 功能:添加最大log2FoldChange意义使用多个比较时作为输入输出。

• 功能:删除non-mapped degPlot基因。

• 功能:添加特定的函数绘制degPatterns集群。

• 解决办法:支持DESeqResults DEGSets列表。

• 功能:添加变量协变量选择与个人电脑在degCovariate函数。

• 特点:套索作为一个选项添加到变量选择协变量分析。

• 特点:充满颜色只有重要变量lm或套索,并绘制borber供cor.test相关变量。

的变化版本1.17.3:

• 解决办法:degCovariates与元数据只有数值变量

• • 特点:提高支持DEGSet转换。

• 解决办法:删除主题设置degPCA阴谋。

• 特点:让函数为元数据生成颜色变量注释列的热图图。

• 特点:提高degCovariates添加协变量的影响大小。由于@vbarrera

• 解决办法:提高degCovariates手册页。

的变化版本1.17.1:

• 解决办法:消除离散degPCA规模的颜色。

• 特点:与单个基因为degPatterns返回相同的输出。谢谢阿米尔,贾西姆。

• 特点:允许自定义在degPlot轴实验室。谢谢@vbarrera。

DEGseq

的变化版本1.34.1:

• 删除函数samWrapper

DelayedArray

的变化版本0.8.0:

新功能

• 添加get / setAutoBlockSize (), getAutoBlockLength (), get / setAutoBlockShape()和得到/ setAutoGridMaker ()。

• 添加rowGrid()和colGrid(),除了blockGrid ()。

• 添加get / setAutoBPPARAM()来控制使用的自动的BPPARAM blockApply ()。

• 减少内存使用,实现稀疏DelayedArray到磁盘

  +磁盘实现DelayedArray据报道对象稀疏(is_sparse())到一个“sparsity-optimized”后端(即与内存高效write_sparse_block后端()像TENxMatrix端及其——表示“状态”HDF5Array包)现在保存数据的稀疏表示。更准确地说,每个数据块都是现在保存在一个稀疏的形式在它通过3个步骤:读取种子,实现在内存中,写入磁盘。

• 宏()现在显示树状节点或者叶被认为是稀疏的。

• 加强“aperm”方法,昏暗的()为DelayedArray对象setter。除了允许删除“无效的维度”(即尺寸等于1)从DelayedArray对象,aperm昏暗()()和setter现在允许添加“无效的维度”。

• 提高subassignment DelayedArray对象。

  +迄今为止subassignment DelayedArray对象仅支持* *线性形式* *(即x[我]< -值),并有很强的限制(下标“我”必须是一个逻辑DelayedArray相同的维度为“x”,和“价值”必须是一个普通的向量长度1)。+此外线性形式,subassignment DelayedArray对象现在支持* * * *多维形式(如x[3:1, 6] < - 0)。这种形式,每个维度,提供一个下标,每个下标可以失踪或被任何多维subassignment普通数组的支持。重置价值(即正确的值)可以类似数组的对象(如普通数组,dgCMatrix对象,DelayedArray对象,等)或者一个普通的向量的长度是1。像线性形式,多维形式同样被实现为一个延迟操作。

• 重新实现内部辅助simple_abind (C)和支持长数组。simple_abind()是实现arbind背后的主力()和acbind DelayedArray上()操作对象。

• 添加“表”和“独特”(限制)方法DelayedArray对象,block-processed。

• 范围()(block-processed)现在支持的“有限的”论点DelayedArray对象。

• % * % (block-processed)现在DelayedMatrix对象和一个普通的向量之间的工作。

• 改进支持DelayedArray类型的“列表”。

• TENxMatrix添加到列表实现后端支持。

• 添加backend-agnostic RealizationSink()构造函数。

• 添加linearInd()效用将数组指标转化为线性指标。注意,linearInd()执行基本的逆向转换::arrayInd ()。

• 添加底层工具mapToGrid()和mapToRef()引用数组位置映射到网格位置,反之亦然。

• 添加downsample()为减少ArrayGrid对象的“决议”。

• 添加最大长度()一般为ArrayGrid对象和方法。

用户可见的明显变化

• 多维构造子集时不再延迟下降= TRUE,结果只有一个维度。在这种情况下,现在的结果是作为一个返回普通的向量(原子或列表)。这是唯一的多维单支架构造子集不推迟。

• 重命名defaultGrid () - > blockGrid ()。“max.block。长度的参数被替换为“块。长度的参数。2新论据补充道:“块。网格”和“block.shape”。

• 主要改进块处理机制。现在所有block-processed操作(除了实现块)的支持任意的几何,而不是只用于块。' blockGrid (x)”,这是由block-processed调用操作的网格块使用“x”,有以下新特性:+“块意识”。这意味着,当块网格是已知的(即当“chunkGrid (x)的not NULL),“blockGrid (x)的定义块与块即“兼容”,任何块完全包含在一个块中。换句话说,选择块那块不跨越边界。+当块网格是未知的(即当“chunkGrid (x)”为空),块“各向同性”,也就是说,他们尽可能的超立方体,而不是“用于”(用于块,也称为“线性块”,沿着第一维是细长的,然后沿着第二维度,等等…)+返回电网最低的“决议”兼容的getAutoBlockSize()”,也就是说,尽可能大的块,只要他们在内存大小不超过“getAutoBlockSize ()”。注意,这不是一个新特性。现在新是一个例外是当块网格是已知的和一些块> =“getAutoBlockSize()”,在这种情况下,“blockGrid (x)的返回一个网格,网格是一样的块。+这些新特性应该使返回的网格块“最优”处理。(还需要完成一些基准确认/量化。)

• 现在自动块大小设置为100 Mb(而不是之前4.5 Mb)包启动。使用setAutoBlockSize()改变自动块大小。

• 没有更多的“BPREDO”参数blockApply ()。

• 与blockReduce取代block_APPLY_and_COMBINE () ()。

错误修复

• 无操作操作DelayedArray导数真的像下面。操作DelayedArray导数(例如RleArray, HDF5Array或GDSArray)将返回一个原始类的对象如果结果是“原始”(即如果不带延迟操作)而不是退化DelayedArray实例的对象。这例如适用于“t (t (x))”或“dimnames (x) < - dimnames (x)”等…

derfinder

的变化版本1.15.4:

用户可见的明显变化

• 从“输出文件”转向“日志”当调用BiocParalle:: SnowParam ()。因此define_cluster()现在有一个代替mc.outfile mc.log论点。

1.15.2版本的变化:

错误修复

• 修复一个消息关于弃用IRanges子集的方法。

1.15.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

derfinderHelper

1.15.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

derfinderPlot

1.15.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

DESeq2

的变化版本1.22.0:

• 没有复制的设计不再支持(以前版本开始弃用警告)。

• 不混合()现在可以返回(方差稳定空间)的相关性拟合数据的原始数据,拟合数据的矩阵(格式=“列表”)。论证“损失”改为“权力”。会给警告如果‘纯’的列有高度的相关性(在方差稳定空间)。

的变化版本1.21.21:

• 改进代码的linearModelMu(内部拟合函数用于分散估计对一些模型)由沃尔夫冈·胡贝尔加速内部一步2数量级。

的变化版本1.21.15:

• 成排的权重矩阵会产生退化的设计矩阵,而不是给了一个错误,将会产生一个警告,这些行将被视为如果他们包含所有零(mcols (dds) allZero美元mcols (dds) weightsFail美元将被设置为TRUE)。

的变化版本1.21.14:

• nbinom {WaldTest,轻轨交通}函数不会停止如果设计生成矩阵模型,这个模型没有满秩和betaPrior = FALSE(默认)。DESeq2代码,这是假设,因为错误产生对象构造和分散估计,但可以叫nbinomLRT()从DEXSeq分散估计后,最终得到一个完整的模型矩阵满秩。应该从DEXSeq相反testForDEU ()。

的变化版本1.21.13:

• 从1.15版本增加一个功能,对比两组的两个都零计数将利物浦zero-ed出来,而不是输出一个虽小但非零值。可取为瓦尔德测试,利物浦被设置为零等形成了鲜明对比。

的变化版本1.21.9:

• DESeq()现在只说一次“使用提供的模型矩阵”,以前这是重复三次项子功能。项子功能因此不再打印此消息。

• 固定的错误当lfcShrink运行后直接轻轨交通提供的模型矩阵。

• 添加基于启发式防止库克的离群值过滤当马克斯·库克的样本数量低于3其他样本。数据集限制为两组比较。

DEsingle

的变化版本1.0.5:

• 优化的速度和内存。

版本1.0.1的变化:

• 优化内存管理。

DEsubs

1.7.4版本的变化:

• 重新格式化消息文件。

1.7.3版本的变化:

• 更新rankedList论点DEsubs()获得在任何支持的mRNAnomenclatures基因标识符。

版本是1.7.2变化:

• 删除“意义的微阵列分析”(SAM)从可用微分表达式分析选项由于删除从生态系统的方案。

diffHic

的变化版本1.14.0:

• 添加了readMTX2IntSet()函数来从文件创建InteractionSets。

diffuStats

版本1.0.0的变化:

• 五扩散内核可用,它们可以计算从一个“igraph”对象。

• 扩散实现分为“diffuse_raw”确定的分数和diffuse_mc排列分析,这是由。总共七个扩散分数是通过“扩散”函数来访问。

• 绩效评估裹在“性能”功能。

• 辅助函数的帮手。R(情节扩散分数,检查如果内核矩阵是一个内核,从图像中提取最大CC)

导演

1.7.3版本的变化:

• 添加引用

DMCHMM

1.3.1版本的变化:

自去年时间变化

• 添加一个新的引用。

• 一些错误修正。

dmrseq

版本变化1.1.20 (2018-10-11):

• 小错误修正为一种罕见的情况,发生在一个多层次的协变量的兴趣如果地区水平模型拟合过程不收敛。

更改版本1.1.2 (2018-05-09):

• 新添加的chrsPerChunk参数指定了染色体的数量来计算一次(默认为1)。

DominoEffect

1.1.2版本的变化:

错误修复

• 添加缺失的空间装饰图案

变化的1.1.1版:

UDPATE

• 从bioclite BiocManager

1.1.0版本的变化:

新功能

• DominoEffect BioC 3.8开发版本

drawProteins

变化的1.1.1版:

特性

• 名为draw_folding()的新函数。这个函数允许链的画,螺旋和转类型表示区域的蛋白质组装beta-strands,αhelicies转弯或蛋白质的三维结构。

• 名为parse_gff()的新函数。这个函数导入文件或url链接GFF3格式和解析数据允许它被绘制。

DropletUtils

的变化版本1.2.0:

• removeSwappedDrops添加(删除)在其他类型的droplet-based数据交换。

• 添加α=参数testEmptyDrops overdispersion在抽样()来支持。返回参数和元数据的估计testEmptyDrops (), emptyDrops ()。

• 添加encodeSequences()为方便2比特编码序列。

• 添加get10xMolInfoStats()函数来计算每个细胞分子的统计数据信息文件。

• 弃用read10xMatrix(),因为它不增加多少实用价值矩阵::readMM ()。

• 支持10 x稀疏HDF5格式read10xCounts ()。

• 支持10 x稀疏HDF5格式write10xCounts ()。

dupRadar

1.11.1版本的变化:

• 添加支持,依靠不同的功能类型,而不是外显子(感谢约翰壮族)

刨边机

的变化版本3.24.0:

• 新功能catchKallisto()和catchSalmon()从kallisto读取输出和鲑鱼为每个记录和计算overdispersion因素从引导样品。

• readBismark2DGE()的新函数读取覆盖率文件由俾斯麦BS-seq甲基化数据。

• 新方法“TMMwzp calcNormFactors()来更好地处理和样品大部分零计数。

• 之前的默认值。数从0.25增加到2 cpm()和rpkm ()。新值是更一般的有用和同意默认值aveLogCPM与plotMDS DGEList方法()和()。

• zscoreNBinom()现在支持非整数q值。

• DGEList S3 scaleOffset()方法和默认对象现在注册的名称空间。以前出口但不注册为S3的函数方法。

• rowsum()方法(rowsum.DGEList)现在DGEList对象自动删除基因注释列不组级别。

• 更具体的错误信息从DGEList()当无效(NA -或无限)计算值检测。

• 错误修复glmfit.default()当lib.size指定。

• 错误修复返回的列名称decideTestsDGE ()。

EGSEA

1.9.1版本的变化:

• 修正:一个小错误,允许用户生成EGSEA报告只有一个基本方法

• 固定:几个小错误

• 改变:从biocLite BiocManager

EnhancedVolcano

版本1.0.0的变化:

• 用户现在可以供应她/他/它自己的标签颜色向量的点

• 默认是现在画网格线,只有左边和底部边界

• 当selectLab不是零,甚至现在不通过阈值的变量标签连同那些做什么,即使DrawConnectors要么是真或假。

• 正确捕获非数字x或y变量,并抛出错误。

• 函数现在容忍的P值0(零)与最低的双取代这些值,给定一个用户的特定的计算机体系结构和R版本。

EnrichedHeatmap

1.11.1版本的变化:

• 添加as.normalizedMatrix ()函数将一个矩阵normalizedMatrix类

EnrichmentBrowser

的变化版本2.12.0:

• 主要的ID映射重构rownames SummarizedExperiment:(功能idmap / probe2gene): -。构成了rowData列ID也可以支持用户定义的映射,支持数据驱动策略对于很多:1和1:许多映射——同步行为的微阵列探针ID映射(probe2gene)和通用基因ID映射(idmap)

• 基于GSEABase备选表示的基因集::GeneSet和GSEABase:: GeneSetCollection促进基因ID映射集(函数getGenesets)

• 输出目的地的HTML报告(功能eaBrowse / ebrowser):扩展通过参数控制。dir和report.name覆盖相应配置默认值(configEBrowser)

• 分离的名义和调整假定值DE和EA结果表(函数deAna / sbea / nbea)

ensembldb

的变化版本2.5.9:

• 写官方学名“有机体”元数据字段。

的变化版本2.5.8:

• 进一步提高MySQL支持和性能。

2.5.6版本的变化:

• 添加额外的(整数)ID列的表MySQL后端来提高性能。

• 使用整数主键列连接查询在MySQL / MariaDB EnsDb数据库。

2.5.5版本的变化:

• 从RMySQL RMariaDB。

2.5.2版本的变化:

• 从GenenameFilter GenenameFilter AnnotationHub > = 1.5.2。

2.5.1版本的变化:

• 在getGeneRegionTrackForGviz修复bug,抛出一个错误如果蛋白质编码和非编码记录都拿来。

ensemblVEP

的变化版本1.24.0:

新功能

• 添加对运用释放94的支持(这也应该包含93)

ERSSA

的变化版本0.99.8:

• 修复一个缺陷在调用BiocParallel

的变化版本0.99.7:

• 代码的改进

的变化版本0.99.5:

• 在情节增加字体大小

• 添加行意味着度发现interect阴谋

• 提高土地的清晰

• 装饰图案接收主要编辑提高清晰度

的变化版本0.99.4:

• 更新安装在装饰图案教学

的变化版本0.99.3:

• 添加额外的引用

• 用更少的组合减少示例运行时

的变化版本0.99.2:

• 从包删除set.seed代码

的变化版本0.99.0:

• 代码准备bioconductor提交

• 添加完整的示例数据集

• 清理输出更具描述性的和附加ERSSA_所有文件

• 写故事

esetVis

1.7.3版本的变化:

• 装饰图案:使用打印,而“knit_print.ggvis”

• 位置传奇ggvis:包括透明度、解决问题

• rbokeh:用矢量代替ly_hexbin列名

版本是1.7.2变化:

• ggplotEsetPlot:使标题/轴标签类型的表达式

1.7.1上版本的变化:

• 解决相同问题重复列当列用于多个美学(ggplot2报告为问题:2.2.1.9000)

EventPointer

2.0版本的变化:

• 小虫子固定(ClassifyEvents)

• 相对误差是现在获得当获得PSI

• 新的基于PSI的统计分析和相关的相对误差

• 新管道RNA-Seq基于量化使用转录组的引用

• 多路径事件检测o事件被检测到有超过两个可选路径

ExCluster

的变化版本0.99.13:

• 固定错误会导致ExCluster崩溃或不恰当的情节在某些情况下的结果

的变化版本0.99.12:

• 放松了罗斯福计算略(ExCluster有点太严格的)

• 添加情节。类型选择plotExonlog2FC函数,它接受“位图”和“PNG”

• Bug-tested阴谋。类型,这样机器至少内容或X11转发会有最小的问题

• 改变了文件/文件夹写&检测到有写权限,以避免错误

• 更新使用BiocManager代替biocLite的装饰图案

的变化版本0.99.11:

• 删除一些重复代码(剥离ID数字,计算假定值)

• 删除几个实例的猫()和(),取而代之的是打印信息()

• 改变()代码适用于使用matrixStats相反,这是快500倍(谢谢Lori !)

• 这之前的变化加速算法从1小时+ ~ 20分钟运行时

• 改变了测试数据集的基因有一个假定值< 0.05和阴谋的结果

的变化版本0.99.10:

• 现在GFF_convert函数输出GFF3格式化的注释

• 修改其他功能(processCounts ExCluster) GFF3格式化的注释

• 改变了GFF_convert的输出是一个农庄的对象说GFF3注释

• 创建一个单独的、内部,load_ExCluster_functions。R脚本加载辅助函数

• 删除很多depenencies表示函数变量外的环境

• 创建一个库ExCluster_errors的错误消息。R脚本(内部)

• 分离大ExCluster ExCluster函数。R, ExClust_compute_stats。R, ExClust_main_function.R

的变化版本0.99.9:

• 添加函数rtracklayerGTFtoGFF,趋于平缓GTF rtracklayer人造石铺地面格式文件导入

• 添加函数GRangesFromGFF,将人造石铺地面格式的数据转换成农庄组织格式

• 添加函数GRangesFromExClustResults,把ExCluster函数结果农庄组织格式

• 删除重复的代码从GFF_convert函数

• 现在大多数功能检查,以确保GTF,人造石铺地面,ExClustResults正确格式化的数据

• processCounts函数作了改进,处理边界情况更好一些(零读在某些情况下)

的变化版本0.99.8:

• 固定从0.99.7构建检查错误

的变化版本0.99.7:

• 固定的错误造成ExCluster()函数代码更改

• 更新的小插图正确反映变化Bioconductor审查的建议

• 添加几包进口,以更好地跟踪全局变量/函数

• 可以减少代码的长度线的实例

• ExCluster清理错误消息()函数

的变化版本0.99.6:

• 完全改写了GFF_convert()函数来辅助函数,利用GenomicRanges

• 改变processCounts,错误地计算读取作为链(现在是设置为unstranded)

• 改变ExCluster零假设模拟跑得更快(约4倍)

• 多次小的改变解决问题首先Bioconductor审查

的变化版本0.99.5:

• 固定错误地推动改变,导致构建错误

的变化版本0.99.4:

• 重新格式化装饰图案和描述与Sweave正确处理的装饰图案

的变化版本0.99.3:

• 删除多余的文件导致构建错误

的变化版本0.99.2:

• 重新格式化装饰图案和描述与Sweave正确处理的装饰图案

的变化版本0.99.1:

• 删除多余的文件导致构建错误

的变化版本0.99.0:

• ExCluster包现在通过R CMD构建和检查,和BiocCheck !

• 大约需要2 - 3小时大型数据集上运行

• 添加了一个数据集“玩具”功能包中手动运行的例子

• 更多的代码在ExCluster变成函数来减少重复代码

• 仍然有一些重复的代码(如解析EnsIDs和外显子垃圾箱)

ExperimentHubData

的变化版本1.7.0:

新功能

• 现在有有效性检查标签(有效biocViews描述),RDataPath(必须定义),SourceUrls(必须定义和显示url),基因组(有效长度),sourcetype(从有效条目的列表),物种和分类id(从GenomeInfoDbData验证)

修改

• 修改使用BiocManager代替BiocInstaller

小伙子

1.1.6版本的变化:

• 固定装饰图案指数

1.1.5版本的变化:

• 在斑马鱼数据集添加完整的装饰图案

• 小修改亩骶装饰图案

更改版本1.1.4:

• 添加了一个完整的小插图显示亩进行案例研究

• 功能getCom和getGraph现在出口

• 添加DT和其他包装建议

• 小补丁BiocCheck

更改版本1.1.3:

• 1.1.2版本没有跳过这样的测试

1.1.2版本的变化:

• 禁用buildGraphFromKEGGREST测试在32位Windows由于其内存的使用

FGNet

3.15版本的变化:

• plotKegg()方法现在已被淘汰。它将从包在即将发布的版本。

fgsea

1.7.1上版本的变化:

• 设置colwidth零使列不能画

• 在plotEnrichment线宽变化多端

flowAI

1.10.1版本的变化:

• 添加并行处理兼容性

flowCL

的变化版本1.19.1:

• 改变了消息显示。

的变化版本1.19.0:

• 和以前的一样。由BioConductor撞。

FoldGO

版本变化0.99.10 (2018-09-27):

• 支持MgsaSets对象(mgsa包)补充道

的变化版本0.99.9:

• 文档更新

的变化版本0.99.8:

• 手册页列表缩短到10页

• 文档更新

版本变化0.99.7 (2018-07-19):

• 参数指定列与基因id添加到GAFReader类

• 示例gaf文件截断(不要用它来实分析!)

版本变化0.99.6 (2018-07-19):

• 固定畸形的描述提出问题

• 进口统计数据和方法包补充道

版本变化0.99.5 (2018-07-16):

• 3.4.4依赖从版本3.5 R版本

版本变化0.99.4 (2018-07-16):

• 小插曲更新:少块eval = FALSE

• /数据添加到.Rbuildignore

版本变化0.99.3 (2018-07-13):

• 小插曲更新

• 错误文档固定

• R CMD检查没有警告

版本变化0.99.2 (2018-07-12):

• 订阅了bioc-devel邮件列表。

版本变化0.99.1 (2018-07-12):

• .Rproj文件从库中删除

版本变化0.99.0 (2018-07-12):

• 提交给Bioconductor

gdsfmt

的变化版本1.17.1-1.17.6:

新功能

• 新选项“递归”和“包括。dirs”ls.gdsn ():清单递归到子节点

公用事业公司

• 与BiocManager取代BiocInstaller biocLite提到

• digest.gdsn ()如果消化包没有安装失败

• SIMD优化2比特阵列解码逻辑向量的选择(3 x加速当有很多零)

错误修复

• 缺陷修正:put.attr.gdsn ()未能更新现有的属性

GeneAccord

版本变化0.99.13 (2018-08-02):

• 提高了代码从tidyverse包括更多;简化代码

• 使用现在roxygen2创建名称空间和进口indiviually每个函数

• 创建了一个消息。Rd文件解析的跑龙套:本月新闻文件夹

genefilter

的变化版本1.64.0:

新功能

• 添加na。rm =行/ colttests,请求https://github.com/Bioconductor/genefilter/issues/1

GeneNetworkBuilder

的变化版本1.23.2:

• 解决问题时的交互网络是打破。

《创世纪》

的变化版本2.12.0:

• pcair和pcrelate已经完全重写了更好的一致性与其他方法。一些参数名称发生了变化;见文档。pcrelate现在的输出列表data.frames代替矩阵的列表。

• pcrelateReadKinship pcrelateReadInbreed弃用,因为现在这些表是由pcrelate返回。

• pcrelateMakeGRM弃用;使用新的pcrelateToMatrix pcrelate输出格式。

• king2mat弃用;使用kingToMatrix代替。

• fitNullMM、fitNullReg assocTestMM, admixMapMM弃用。assocTestSeq和assocTestSeqWindow都已经不复存在了。使用fitNullModel、assocTestSingle assocTestAggregate, admixMap代替。

的变化版本2.11.15:

• 重构pcrelate。

的变化版本2.11.14:

• 添加assocTestAggregate GenotypeData对象的方法。

的变化版本2.11.11:

• 重构pcair。

的变化版本2.11.8:

• 添加取代admixMapMM admixMap函数。

的变化版本2.11.4:

• 添加assocTestSingle和fitNullModel GenotypeData对象的方法。

GenomeInfoDb

1.18.0版本的变化

新功能

• 添加checkCompatibleSeqinfo ()。

用户可见的明显变化

• 更新genomeMappingTbl。csv, db内部使用genomeBuilds()和家庭。

GenomicDataCommons

的变化版本1.5.8:

• 现在证明管道过滤器

GenomicFeatures

的变化版本1.34.0:

新功能

• 2改变makeTxDbFromGFF () / makeTxDbFromGRanges(): +现在他们支持GFF3文件,cd父是一个外显子,而不是记录。注意,这种GFF3文件非常罕见,而且没有遵循GFF3规范完善的会议记录:https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md +现在他们接受缺少/无效的cd阶段(警告)。

• makeTxDb()现在接受失踪cd阶段。

GenomicFiles

的变化版本1.18.0:

新功能

• (诉1.17.3)添加vcfFields VcfStack-method。

GenomicRanges

的变化版本1.34.0:

新功能

• 添加强制从GenomicRanges IRangesList和GenomicRanges CompressedIRangesList。这两个新的强制相当于强制GenomicRanges IntegerRangesList,也就是说,如果GenomicRanges对象的gr,胁迫后的3是等价的,返回相同的CompressedIRangesList对象:一样(gr,“IntegerRangesList”) (gr,“IRangesList”) (gr,“CompressedIRangesList”)

弃用,已经

• 反对几个RangedData方法:seqinfo, seqinfo <——seqnames, findOverlaps # RangedData # GenomicRanges

  + RangedData对象将被弃用BioC 3.9(使用以来一直沮丧BioC 2.12,也就是说,自2014年以来)。包开发人员仍然使bob电竞体育官网用RangedData对象需要他们的代码迁移到使用农庄或GRangesList对象。

错误修复

• [[,as.list(),拉普兰人(),和unlist GenomicRanges对象()失败更优雅。

• 让GenomicRanges“秀”方法和gpo对象健壮等特殊元数据列名“stringsAsFactors”。

• 出口农庄组织对象的“更新”的方法。这个地址https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues/7

GenomicScores

的变化版本1.6.0:

用户可见的变化

• 函数和类弃用在以前的版本中(分数,MafDb类)现在已经从包中删除。

• 添加支持最新版本2.1 gnomAD加数据,存储在包MafDb.gnomAD.r2.1。hs37d5 MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5。

genphen

变化在版本1.9 (2018-10-20):

变化

• 贝叶斯分层模型实现= >多重比较解决

• 从效果指标过渡到漠视

• 后预测检查自动

• 回顾可用功率分析

• 斯坦模型调试可能

• 多核加速

• 系统偏差量化

• 基于随机森林数据简化与诊断过程

要做

• 包括一个配置文件来改变内部参数

• 添加实际例子genphen一直使用。

• 实现模块增加数据

• 增加数据后更新待办事项

GGBase

的变化版本3.43.1:

• 手册页链接现代化

• 装饰图案来限制型心肌病

• 警告加到小插图表明gQTLBase / gQTLstats更现代

GlobalAncova

的变化版本4.0.0:

• 新功能的gGlobalAncova广义线性模型:测试组变量可以量化,甚至直言,顺序和混合类型

• 新功能的阴谋。功能的显示单个变量的贡献全球检验统计量;相当于“阴谋。基因”,但对“gGlobalAncova”

• 新功能的gGlobalAncova。层次的分层测试。

• 新S4-class GAhier gGlobalAncova.hierarchical存储结果

• 新方法“显示”,“结果”、“sigEndnodes”,和“阴谋。层次结构的访问和可视化结果从“GAhier”对象

• 添加引用和新闻文件

• 小插曲,现在使用knitr创建

GOfuncR

1.1.5版本的变化:

用户级的变化

• 添加名字和域类别在get_anno_categories ()

• 更新GO-graph(11 - 10月- 2018年版)

1.1.2版本的变化:

新功能

• 允许自定义基因坐标(替代默认Bioconductor注释包;坐标纠正familiy-wise错误率时用于基因长度或空间聚类的基因)

用户级的变化

• 基因坐标用于gene-length校正或空间聚类不限于染色体22页,X, Y,太了

gpart软件

版本1.0.0的变化:

新功能

• 添加新功能、BigLD CLQD GPART软件,LDblockHeatmap convert2SumExpObj

石墨

版本变化1.27.6 (2018-10-25):

• 更新所有路径数据。

• 添加PathBank数据库。

版本变化1.27.2 (2018-05-22):

• 装饰图案描述混合分析基因和代谢产物。

gtrellis

的变化版本1.13.2:

• add_rect_track():高度不再转化为毫米

GWASTools

的变化版本1.27.1:

• 添加GenotypeIterator和GenotypeBlockIterator类。这些类允许返回的单核苷酸多态性与每个调用iterateFilter块。

HDF5Array

的变化版本1.10.0:

新功能

• 实现TENxMatrix容器(DelayedArray端HDF5-based稀疏矩阵表示使用10倍基因组学)。也添加writeTENxMatrix TENxMatrix()和胁迫。

用户可见的明显变化

• 默认自动HDF5数据集的数据集(例如,调用时写入磁盘”(x,“HDF5Array”))现在100万块创建数组元素(revious默认是1/75的‘getAutoBlockLength (x)”)。这可以控制新底层工具/ setHDF5DumpChunkLength ()。

• 现在默认自动HDF5数据集创建块形状的“规模”而不是“first-dim-grows-first”。这可以控制新底层工具/ setHDF5DumpChunkShape ()。

• getHDF5DumpChunkDim()失去“类型”和“比”参数(只剩下‘暗’)。

HIBAG

的变化版本1.17.1:

• 新功能hlaDistance ()

HilbertCurve

1.11.1版本的变化:

• 移动IRanges GenomicRanges进口字段描述

hipathia

更改版本1.1.2 (2018-09-07):

• 基因的名字添加到工具提示

• 图修复bug。R,保存。R, stats.R

版本1.0.1的变化(2018-06-14):

• 修复小虫在heatmap_plot方差以防variable_cluster = TRUE。

• 修复visualize_report小虫子。

• 添加test_package。R文件。

HPAanalyze

的变化版本0.99.19:

• 小改变:更新引用

的变化版本0.99.18:

• 小改变:-“杂志”添加到引用添加“+文件许可”来描述

的变化版本0.99.17:

• 微小的变化:规范新闻文件,添加引用文件

的变化版本0.99.16:

• 微小的变化:更新执照。现在使用GPL-3而不是麻省理工学院。

的变化版本0.99.14:

• 微小的变化:取代visType = = '所有' hpaVis()与相同(visType '所有')-取代extractType = = '所有' hpaXml()相同(extractType,“所有”)

的变化版本0.99.13:

• 于2018年8月6日回应Bioconductor审查

• 微小的变化:修复例子hpaXml()(# 5)问题-更新文档hpa_downloaded_histology_v18数据集(# 6)问题- Re-name R /数据。R R / hpa_downloaded_histology_v18。R(问题# 7)——交叉引用文件(问题# 8 # 9)——结合hpaListParam()和hpaSubset()在一个页面(问题# 10)

的变化版本0.99.12:

• 小改变:-小编辑hpaXml()函数

的变化版本0.99.11:

• 应对Bioconductor回顾2018年6月11日

• 重大变化:添加hpaVis()函数像一把伞,为整个家庭——添加hpaXml()函数像一把伞,为所有XML提取

• 小改变:-删除忽略/目录导入单个函数xml2 -删除/ dontrun{}手册页,修改hpaVis功能更好的一致性——更新了帮助文件,详细介绍每个函数的输出

的变化版本0.99.10:

• 初Bioconductor看过的版本

hpar

的变化版本1.23.3:

• 使用BiocManager安装< 2018-07-19 >星期四

的变化版本1.23.2:

• 16.1重命名对象< 2018-05-23 >结婚

的变化版本1.23.1:

• 新Bioconductor重击

• 更新18 HPA版本

iasva

的变化版本0.99.3:

修改

• 更新R函数使用stopifnot()错误控制

• 改变猫()为交流输出消息()

• 改变使用R凹口BiocParallel并行功能

• 日期字段替换hard-corded日期在装饰图案

• 更新变量名来降低蛇在装饰图案

• 增加了新的biocViews (RNASeq软件、StatisticalMethod FeatureExtraction)

illuminaio

版本变化0.23.2 (2018-07-18):

新功能

• readIDAT()函数获得“是什么”论点(仅为未加密的IDAT文件)。这允许快速返回的数量“nSNPsRead”(文件)的探测和“IlluminaID”(probenames)。这是允许IDAT minfi包中的文件的快速处理。

版本变化0.23.1 (2018-07-18):

软件质量

• 鲁棒性:现在注册本地例程。

版本变化0.23.0 (2018-05-01):

笔记

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.8 R (> = 3.5.0)。

immunoClust

的变化版本1.13.3:

新FEATRUES

• 额外的变体t-mixture尊重截断模型拟合观测值

变化

• 小的修正和代码清理

InteractionSet

的变化版本1.10.0:

• 错误修复seqinfo <——支持通用的其他参数。

• 修改的行为夸大为GInteractions对象与未指明的填补= ()。

感兴趣

1.5.2版本的变化:

新功能

• buildSsTypePwms()函数支持的可能性选择开始和结束点的序列拼接网站pwm。它还支持可能粘贴拼接网站建立PWM。

错误修复

• interest.sequential感兴趣()和()修正对象输出选项。

• annotateU12()修改为正常工作的新变化Biostrings包。

• buildSsTypePwms()更正和修改,以更好的适应数据从SpliceRack和U12DB所有物种。

首次公开募股

1.7.5版本的变化:

• unix系统上添加使用聚类方法叉(由于巴勃罗Moreno)

• 固定在并行bug,以防止冲突包“雪”

1.7.4版本的变化:

• 之前parallel-functions与并行::使用正确的包

• 固定错误函数writeRScript使用“黄土”保留时间软木。

• 减少运行时R CMD检查IPO

1.7.3版本的变化:

• 添加了可运行的例子

• 减少图片的大小片段/ rsmDirectory

• 减少了运行时的单元测试

• 取代扩张。与expand.grid网格。在utils.R子集()

版本是1.7.2变化:

• 错误修复:试图阻止calcPPS误差可能引起的NAs

• 更换猫()和print()调用和消息()

1.7.1上版本的变化:

• 检查与窦峰形曲线的相关性(π-π/ 2 * 1.5),正态分布或checkBorderIntensity

• findIsotopes。首次公开募股renamed parameter checkBorderIntensity to checkPeakShape

• 性能改进calcPPS checkPeakShape = FALSE

• 计算xcmsSet-object和各自的PPS为每个DoE。(PPS估计不再是rsm)

• 另外转发nSlaves xcmsSet-function(也看到getDefaultXcmsSetStartingParams ())

的变化版本1.7.0:

• 添加支持XCMS-method retcor.loess

• 帮助文件更新

• getRGTVValues改变返回值

• 采用单元测试

• 可以设置参数scanrange XCMS-methods findPeaks但不优化

1.6.2版本的变化:

• 更新了getNormalizedResponse()函数来防止NAs

1.6.1版本的变化:

• 添加安装脚本和安装在装饰图案描述

IRanges

2.16.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 优化unlist()视图对象。

• 优化范围(),()和()在任何CompressedRleList对象。

• 宽度优化开始(),(),()setter CompressedRangesList对象。

弃用,已经

• 反对几种RangedData方法:+得分,得分< -,拉普兰人在countOverlaps;+强制从列表,data.frame DataTable, Rle, RleList, RleViewsList, IntegerRanges或IntegerRangesList RangedData。+ RangedData对象将被弃用BioC 3.9(使用以来一直沮丧BioC 2.12,也就是说,自2014年以来)。包开发人员仍然使bob电竞体育官网用RangedData对象需要他们的代码迁移到使用农庄或GRangesList对象。

  • RangesList()构造函数现在已经在BioC 3.7)(后被弃用。

错误修复

• 修复DF (IRanges(…)]与data.frame DataFrame列。

• [[,as.list(),拉普兰人(),和unlist IRanges对象()失败更优雅。

• NCList对象现在正确地支持c ()。

iSEE

1.1.13版本的变化:

• 添加缺失的观察者分析输入行数据面板。

• 为选择器添加缺失的观察者当着色功能名称基于行的情节,在基于列的情节或样本的名字。

• 计算时忽略NA值范围的着色。

• 添加一个规模扩张因子(5倍)时所选择的点着色功能名称的基于行的情节,在基于列的情节或样本的名字。

• 解决冗余的选择时候色素着色功能名称基于行的情节,在基于列的情节或样本的名字。

• 更新基本的装饰图案。

1.1.12版本的变化:

• 新闻更新文件。

1.1.11版本的变化:

• 出口的小组名称和代码列表。

的变化版本1.1.10:

• 修色标度不变时选择不同的颜色。

• 防止热图情节板限制零样本。

1.1.9版本的变化:

• 解决兼容DelayedArray化验。

的变化版本1.1.8:

• 扩展单元测试覆盖率。

• 泛型移动到单独的文件中。

• 小annotateEnsembl修复。

• 更新的功能列表README。

1.1.7版的变化:

• 解决BiocManager消息。

1.1.6版本的变化:

• 小修复Windows单元测试。

1.1.5版本的变化:

• 新面板的颜色。

• 通过操作按钮控制参数自定义面板。

• 区分可见活跃参数自定义面板。

更改版本1.1.4:

• 分裂吗?违约帮助页面的面板类型。

• 广义支持custome阴谋和统计数据表。

更改版本1.1.3:

• 添加新样品分析情节面板类型。

• 扩展的文档。

• 装饰图案分割成三个部分:基本、先进,ExperimentColorMap。

• 解决初始化降低维度的一个阴谋轴的选择。

• 替代气馁酸式焦磷酸钠的使用。

• 移动roxygen importFrom接近相关代码的指令。

• 增加单元测试覆盖率。

• 坚持使用“colormap”包。

• 更新安装说明。

• 添加引用文件。

• 在README添加图1条。

1.1.2版本的变化:

• 使小面由行和列,适当的更新刷和套索。

• 使形成的数据点。

• 小解决抖动的小提琴和广场的情节。

• 内部:启用存储额外的阴谋。数据超出all.coordinates X和Y。看到.allCoordinatesNames不变。刷子在在上雕琢平面的块的正确行为的必要条件。

版本1.0.1的变化:

• 重命名功能块表达特性分析情节,普遍性。

IsoCorrectoR

的变化版本0.1.27:

• 准备Biocoductor提交

IsoformSwitchAnalyzeR

1.3.10版本的变化:

• isoformSwitchTestDEXSeq的问题是固定的(),这可能导致连续co-variables解释为离散co-variables。

• importRdata()更新更versetile关于接受isoform_ids row.names。

• isoformSwitchTestDRIMSeq()和isoformSwitchTestDRIMSeq()更新所以结果中的“isoformSwitchAnalysis”条目switchAnalyzeRlist还包含结果与假定值设置为NA。(NA过滤器移除)。Furthemore设计矩阵的解释关于连续或离散变量得到了改进。

• 装饰图案是更新周围包括常见问题部分:

• “我应该使用量化工具(s) ?”

• “构建一个独立的生物复制什么?”

• 一个错误消息是给又纠正错误

• 各种小更新

更改版本就开始:

• 更新名称空间解决1.3.8 importCufflinksFiles的更新

• 更新解决头装饰图案

的变化版本1.3.8:

• 更新importCufflinksFiles使它更快和更健壮。

1.3.7版本的变化:

• isoformSwitchTestDEXSeq()更新使用testForDEU而不是nbinomLRT现在作者推荐的。

1.3.5版本的变化:

• 一行摘要:改进的健壮性、可用性和速度

• 主要变化:

• isoformSwitchTestDEXSeq()介绍新默认的测试,因为它是一个更强大和更可靠的微分同种型测试使用。

• 原isoformSwitchTest()退役是因为它是不如isoformSwitchTestDEXSeq()和isoformSwitchTestDRIMSeq()在大多数方面。

• importIsoformExpression()现在也支持进口StringTie量化。

• 更新,允许更好的整体数据的处理。

• 更新整个R包使IsoformSwitchAnalyzeR更快和更可靠的(大部分)。

• 具体的变化是函数:

• isoformSwitchTestDEXSeq()介绍作为默认开关同种型开关测试函数

• 我处理错误发现率更好

• 它允许批量修正效果的评估

• 这是一个很好的交易更快(小样本大小)

• 处理连续co-variates isoformSwitchTestDRIMSeq()更新。

• isoformSwitchTest()已经从包中删除,因为它是obsolte。

• importRdata ():

• 允许进口通过复制丰富或replciate计数数据(或者两者都有——这是高度推荐的)。

• 这些变化反映在createSwitchAnalyzeRlist ()

• 测试实验设计的满秩

• importCufflinksCummeRbund()和importCufflinksFiles()现在也摘抄、复制同种型丰富的估计。

• importRdata功能(),importCufflinksCummeRbund()和importCufflinksFiles ()

• 基于复制同种型分数矩阵计算同种型分数(而不是基于平均同种型和基因表达)提供更准确的estimataes。

• uptimized所以他们更精简,更快。

• importGTF(也被importRdata())更新来处理问题,不与其他运用版本编号数据。

• 支持批处理校正功能isoformSwitchTestDEXSeq subsetSwitchAnalyzeRlist()的()函数被修改当构造子集switchAnalyzeRList的外显子条目,以及任何矩阵复制条目(计数,丰度或同种型分数),所有亚型基因中至少一个同种型通过过滤器。

• isoformToIsoformFraction()——一个通用函数计算同种型分数(IFs)从同种型表达式,介绍了

• isoformToGeneExp()函数更新是真的通用(不严格的数据安排),由于tidyverse 2 x-10x之间解决核心问题是现在比以前快(和增大更快的大型数据集)

• createSwitchAnalyzeRlist()更新

• 处理复制数据

• 修复条件的名字问题

• 测试设计的满秩

• importIsoformExpression()更新为:

• 支持StringTie数据。

• 执行实现正常化后宽容表达式截止列车应用(去除大多数非常低表达亚型)。

• 现在使用的“scaledTPM”而不是“lengthScaledTPM”tximport选项当imporitng countsFromAbundance = TRUE ignoreAfterBar tximport论证()现在也支持。

• 我们引入removeAnnoationData()函数eables去除生物序列和/或复制从switchAnalyzeRlist量化数据threby显著去除大小。

• 默认在switchPlot IFcutoff()和switchPlotTopSwitches()更新到0.05会导致清洁块(meaningisoforms只有贡献最小的父母基因表达现在从情节省略了)。

• 特别是包维护更改:

• 周围速度提升主要是由于更新关于两个bottelnecks:

• stringr: str_c取代paste0因为它是data.frames快10倍

• dplyr: inner_join()或dplyr: left_join()已经取代了最基础::合并()opperations以来因为它们快10倍。

• 现在所有的文档和示例基于鲑鱼数据。袖扣是显示为一个特例。

• 这个开关的新示例数据是包含在包中。

• 必须suppor袖扣/通过腰带R Cuffdiff文件包(通过importCufflinksCummeRbund函数)已被移除。使用importCufflinksFiles ()。

• analyzeSignalP、analyzePFAM analyzeCPAT现在更好的处理空文件。

• 关于更新包含了所有文档使用EBI的主页(和限制)。

• 更新包名称反映了可变剪接模块的介绍

• 要求tximport > = 1.8.0介绍了(由于从RSEM进口问题在以前的版本)

• Highligting进口GTF文件可以解压缩和gzip GTF文件。

• 更新新闻文件遵循bioconductor风格指南

• 普通更新支持条件(和协变量)名字兼容模型建立在R。

• 所有通用支持函数(潜在)使用不止一次被转移到工具的地方。R和名字被精简。

• 装饰图案的各种更新,以反映所有更改上面的描述以及更新的安装说明。

• 各种更新输入测试通常发生问题。

• 纠正拼写错误的kinde指出@afonsoguerra -谢谢!

isomiRs

的变化版本1.9.5:

修复

• 修复消息格式

的变化版本1.9.4:

• 支持对象创建从rawData当前IsomirDataSeq对象。

1.9.3版本的变化:

• 修复在dosc警告。

1.9.2版本的变化:

• 修复bug,量化错误的参考序列。

1.9.1版本的变化:

主要

• 提高集群isoNetwork阴谋。

• 使用varianceStabilizingTransformation正常化。

• 用一个不太常见的列作为样本的ID isoPLot fn。

• 添加updateIsomirDataSeq兼容以前的版本。

• 所有功能适应新对象。修复文档。

• 减少对象的大小和结构

kmknn

版本1.0.0的变化:

• 新包kmknn k-means-based再检测。

limma

的变化版本3.38.0:

• plotExonJunc()的新函数绘制结果diffSplice ()。

• 新功能logsumexp ()。

• 新论点霍奇金淋巴瘤。volcanoplot坳(),允许用户指定颜色的基因名称突出> 0时。

• barcodeplot()不再假定“统计”具有独特的名字。以前它返回一个错误如果名称(统计)包含任何重复的值。

• 颜色“蓝”、“红”和“黄色”使用coolmap()改为“blue2”、“red2”和“yellow2”用在颜色面板与白色。

• goana。Rd现在更明确地解释,假定值调整为多个测试。

• arrayWeights。为表达对象Rd现在提到最小尺寸。

• 更建议选择“利物浦”添加到治疗()帮助页面。

• 小错误修正从烤()和混合假定值mroast()当set.statistic =“floormean”。

• cumOverlap Bug修复(),在某些情况下以来明显少算了过度饮酒的重叠。

LRBaseDbi

的变化版本0.99.17:

• 错误发生时,操作系统是windows ?

的变化版本0.99.16:

• 本月/ LRBasePkg-template /男人/ @PKGNAME@。理查德·道金斯被修改

的变化版本0.99.15:

• 综述了

的变化版本0.99.14:

• 装饰图案修改

的变化版本0.99.13:

• 装饰图案修改

的变化版本0.99.12:

• 装饰图案修改

的变化版本0.99.11:

• 装饰图案修改

的变化版本0.99.10:

• 本月/ doc和小插曲

的变化版本0.99.9:

• 删除小插曲

的变化版本0.99.8:

• 添加本月/医生

的变化版本0.99.7:

• 添加本月/医生

的变化版本0.99.6:

• rm射频本月/医生

的变化版本0.99.5:

• 添加VignetteBuilder和VignetteEngine

• 设置为BiocStyle的一幕

的变化版本0.99.4:

• vignette-related文件(.Rmd / . html)在小插图目录移动到本月/ doc direcotry

的变化版本0.99.3:

• vignette-related文件(.Rmd / . html)本月/ doc目录中删除

的变化版本0.99.2:

• vignette-related文件(.Rmd / . html)本月/ doc目录中删除

的变化版本0.99.1:

• vignette-related文件(.Rmd / . html)本月/ doc目录中删除

的变化版本0.99.0:

• 包发布

maftools

版本1.8.0的变化:

新功能

• OncogenicPathways——执行浓缩TCGA的已知的致癌途径研究。

• PlotOncogenicPathways——情节OncogenicPathways结果

• 从数据库DGIB drugInteractions——药物基因的相互作用。

显著地提高用户级

• trinucleotideMatrix功能现在BSgenomes而不是耗时fasta工作文件

• 现在rainfallPlot检测Kataegis基于贪婪算法

MAGeCKFlute

1.1.9版本的变化:

• 添加参数“pathway_limit”/“限制”/“gmtpath”FluteRRA, FluteMLE,浓缩功能,允许用户定制基因集富集分析。

• 删除大卫和GOstats,不推荐。

• 添加浓缩得分在浓缩结果从所有算法。

1.1.6版本的变化:

• 功能添加到情节人物NatureProtocol手稿。

• 缩短检查时间。

• 删除空的人物pathview部分。

变化的1.1.1版:

• 加快富集分析。

• 释放内存。

事

的变化版本1.7.6:

新功能

• 添加“应用”“sparse_mat”和“virtual_mat”的方法

• 还说“vm_used函数导出内部公用事业

• 可以推断出“matter_vec”路径的长度什么时候失踪的

• 可以强迫“matter_list”“matter_matc”或“matter_matr”如果列表的所有元素都是相同的长度吗

用户可见的明显变化

• 初始化一个对象的数据到现有的文件不再导致警告如果filemode提供

错误修复

• 固定的缺陷,构造子集sparse_mat的对象将会“matter_list”键值到内存中

• 构造子集的sparse_mat对象与界外下标“滴= NULL”现在是一个错误

1.7.5版本的变化:

新功能

• 添加”。矩阵方法的sparse_mat’和‘virtual_mat”

1.7.4版本的变化:

新功能

• 添加强制从“matter_mat”到“matter_list”

1.7.3版本的变化:

新功能

• 还说“rep_vt类虚拟复制向量

版本是1.7.2变化:

新功能

• 更新为BiocManager安装说明

• 设置“sparse_mat”键也nrows / ncols更新

错误修复

• 固定mem()来反映R > = 3.5 gc()函数

1.7.1上版本的变化:

错误修复

• 固定file.exists()错误当长度(路径)> 1

网格

1.7.1上版本的变化:

• 添加引用< 2018-05-25,星期五>

MetCirc

1.11.3版本的变化(2018-10-22):

• 调整新闻文件到新的格式根据?新闻:o条目分组根据版本,版本标题“版本”的变化在一行的开头,后跟一个版本号,选择后跟一个ISO 8601格式的日期,可能括号o条目可能根据类别分组,与一个类别标题(不同版本头)开始在一行的开头写成itemize-type o条目列表,使用o, *, -或+项目标签。条目必须缩进和理想情况下使用一个通用的项目文本缩进

版本变化1.11.2 (2018-10-15):

• 删除目录小品文/ Makefile

• 检查如果包通过CMD构建和R CMD检查没有任何错误消息和装饰图案可以运行没有任何错误

methInheritSim

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 新引用指相关的文章发表在核酸研究。

methylInheritance

1.5.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 新引用指相关的文章发表在核酸研究。

methylKit

的变化版本1.7.10:

改进和错误修正

• 更新人:更新对象和函数描述解决文件链接作为主题的windows下的警告

的变化版本1.7.9:

改进和错误修正

• 错误修复:内部函数.checkdbdir更多错误的证明

的变化版本1.7.8:

改进和错误修正

• 内部applyTbxByOverlap():没有正常工作回报。类型设置为“data.frame”或“数据。表”,由于缺少参数。https://github.com/al2na/methylKit/issues/131

1.7.7版本的变化:

改进和错误修正

• 团结():跳过检查如果destranded tabix文件存在

的变化版本1.7.6:

新功能和特性

• methSeg():介绍参数initialize.on.subset初始化的数据子集的混合建模;更新描述;添加测试

1.7.4版本的变化:

改进和错误修正

• 更新链接methSeg测试文件()函数

1.7.3版本的变化:

改进和错误修正

• selectByOverlap():更新描述;改进方法签名只支持农庄作为范围参数;更新名称空间导入subjectHits S4Vectors()方法

版本是1.7.2变化:

新功能和特性

• 新构造函数方法methylRawList()可以用来结合成methylRawList methylRaw对象列表

改进和错误修正

• 修复bug methSeg: joinSegments激活时,诊断情节总是被绘制

• 修复在selectByOverlap()函数:更新描述,表明任何methylKit对象(tabix)可以使用;固定破碎方法@subjectHits后不再可用

• .checkTabixFileExists功能,修复错误,导致覆盖的文件

MetNet

版本变化0.99.24 (2018-10-22):

• 调整新闻文件到新的格式根据?新闻:o条目分组根据版本,版本标题“版本”的变化在一行的开头,后跟一个版本号,选择后跟一个ISO 8601格式的日期,可能括号o条目可能根据类别分组,与一个类别标题(不同版本头)开始在一行的开头写成itemize-type o条目列表,使用o, *, -或+项目标签。条目必须缩进和理想情况下使用一个通用的项目文本缩进

版本变化0.99.23 (2018-10-16):

• 改善createStructuralAdjacency功能

版本变化0.99.20 (2018-08-06):

• 取代心理::相关系数。测试WGCNA:: corAndPvalue来提高速度

版本变化0.99.19 (2018-07-26):

• 打印消息createStatisticalAdjacency模型计算时完成

版本变化0.99.18 (2018-07-19):

• 设置rfPermute。为mula to rfPermute.default in order to use num.cores

版本变化0.99.17 (2018-07-19):

• randomForest test_statistical num.cores设置为1

版本变化0.99.15 (2018-07-16):

• 不从刺穿了进口stabsel

版本变化0.99.14 (2018-07-14):

• 用BiocManager代替BiocLite安装

版本变化0.99.13 (2018-07-12):

• 不出口函数threeDotsCall和addToList

版本变化0.99.12 (2018-07-12):

• 使用BiocStyle包装饰图案

• 删除Makefile

• 使用BiocParallel而不是平行的,例如使用bplapply代替mclapply

版本变化0.99.11 (2018-07-03):

• 由vectorizing rtCorrection加速功能

版本变化0.99.10 (2018-07-03):

• 由vectorizing createStructuralAdjacencyMatrix加速功能

版本变化0.99.9 (2018-06-26):

• 改变1:…seq_len ()

版本变化0.99.8 (2018-06-26):

• 实现函数rtCorrection

版本变化0.99.6 (2018-06-13):

• 使用camelCaps功能

• 使用“=”和命名参数之间没有空格

• 修复错误的套索函数

版本变化0.99.5 (2018-06-12):

• 改变1:…seq_len ()

版本变化0.99.4 (2018-06-12):

• 改变1:…seq_len ()

版本变化0.99.3 (2018-06-11):

• 删除和检查相关

版本变化0.99.2 (2018-06-11):

• 需要R版本> = 3.5

版本变化0.99.1 (2018-06-11):

• 删除错误没有警告和错误在运行CMD检查和R CMD BiocCheck

• 减少peaklist_example.RData的文件大小

• 提交Bioconductor

版本变化0.99.0 (2018-05-14):

• 实现功能来计算相关的统计模型(斯皮尔曼皮尔逊)套索,随机森林,上下文可能性或亲缘网络算法,准确的蜂窝网络的重建的算法,基于结构学习算法

• 实现的功能create_statistical_network calcululate一致矩阵不同statistically-infered网络

• 实现函数create_structural_network计算分子量差异和创建一个网络

• 实现功能combine_structural_statistical structurally-derived和统计产生网络结合起来

• 实现模型部分和semi-partial培生/斯皮尔曼相关使用ppcor包

minfi

1.27版本的变化:

• v1.27.2修复bug在preprocessQuantile()检查输入时出现之前的预处理方法。感谢@DelnazR报告(< URL: https://github.com/hansenlab/minfi/issues/165 >)。

• v1.27.3固定缺陷相关开关A和B我当使用convertArray / combineArrays类型的snp。报道了珍妮van幅。

• 在dmpFinder v1.27.3固定错误。

• 初步支持HorvathMammalMethylChip40补充道。

miRSM

的变化版本0.99.28:

• 更新module_biclust函数< 2018-10-23,Thue >

的变化版本0.99.27:

• 更新module_NMF函数< 2018-10-20,坐>

的变化版本0.99.26:

• 更新module_biclust函数< 2018-10-18,因此>

的变化版本0.99.25:

• 更新module_NMF函数< 2018-10-12,星期五>

的变化版本0.99.24:

• 更新miRSM。R < 2018-10-10,结婚>

的变化版本0.99.23:

• 更新小插曲< 2018-08-31,星期五>

的变化版本0.99.15-0.99.22:

• 更新R代码、描述、新闻、README < 2018-08-27,我的>

的变化版本0.99.8-0.99.14:

• 更新miRSM。限制型心肌病< 2018-08-07,Thue >

的变化版本0.99.4-0.99.7:

• 更新运行的示例< 2018-08-06,我的>

的变化版本0.99.3:

• 更新src < 2018-08-03,星期五>

的变化版本0.99.2:

• 更新module_biclust函数< 2018-08-03,星期五>

的变化版本0.99.1:

• 改变输入数据到SummarizedExperiment对象的类型。波兰miRSM.R的文件。< 2018-08-03,星期五>

的变化版本0.99.0:

• 这是第一个版本的miRSM包。如果有任何错误,请让我知道。联系电子邮件:zhangjunpeng_411@yahoo.com < 2018-08-03,星期五>

miRsponge

1.7.5版本的变化:

• 更新miRsponge。限制型心肌病< 2018-08-25,坐>。

1.7.4版本的变化:

• 更新netModule函数< 2018-08-10,星期五>。

1.7.3版本的变化:

• 更新netModule函数< 2018-07-31,外胎>。

版本是1.7.2变化:

• 更新netModule函数< 2018-07-31,外胎>。

1.7.1上版本的变化:

• 更新netModule函数< 2018-07-29,太阳>。

的变化版本1.7.0:

• 更新netModule函数< 2018-07-27,星期五>。

missMethyl

1.15.2版本的变化:

• 更新getMappedEntrezIDs gometh和gsameth加快执行通过注释作为一个可选的参数数组。

• missMethyl现在使用最新的IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2。hg19注释默认为史诗数组。

1.15.1版本的变化:

• 添加getAdjusted函数提取RUVm调整数据可视化的目的

• 更新的小插图来展示getAdjusted函数的使用

• 装饰图案现在包括一个例子如何处理案件与RUVm样本数大于Illumina公司负面的控制

motifcounter

1.5.4版本的变化:

• 接受DNAString无论DNAStringSet被接受。

1.5.3:更正版本的变化

• 主题匹配各种改进改善主题匹配速度快实现了。1。预先计算的位置权重,以避免invokation对数函数的扫描。2。阈值参数添加到避免单独确定每个序列的分数分布。3所示。尽快停止主题评分不能或肯定是超过阈值。

1.5.2版本的变化:

• scoreSequence、scoreHistogram scoreProfile motifHits, motifHitProfile可以用于N-containing序列。位置的主题与N将NaN。

• 背景可以计算从DNAString除了DNAStringSet对象。

1.5.1版本的变化:

• 背景可以计算序列包含N。

MotifDb

1.24版本的变化:

新功能

• 现在查询方法灵活,“接”、“orStrings”、“notStrings”参数前仍然支持使用样式。看到手册页。

• associateTranscriptionFactors(主题)显著更快

motifStack

的变化版本1.25.2:

• 修复bug时情节“他人”的主题类型。

的变化版本1.25.1:

• 修复一个缺陷的轴的阴谋。

MPRAnalyze

版本变化0.99.0 (2018-08-07):

• 提交给Bioconductor

MSnbase

的变化版本2.7.12:

• 修复windows上的警告(见# 371)< 2018-10-26 >星期五

• 添加参数ppm consensusSpectrum和meanMzInts(有关详细信息,请参阅# 373)< 2018-10-26 >星期五

的变化版本2.7.11:

• 改变默认的timeDomain在combineSpectra和combineSpectraMovingWindow来假< 2018-10-18 >星期四

• 添加新的光谱组合功能consensusSpectrum< 2018-10-24 >结婚

• 修改情节,光谱1和2(见# 369)

的变化版本2.7.10:

• 方法对光谱类< 2018-10-15我>

2.7.9版本的变化:

• 进口而不是依靠BiocParallel < 2018-10-15我>

• 修复失败的测试在Windows(要求normalizePath) < 2018-10-15我>

的变化版本2.7.8:

• 得到一个新的MGF出口国addFields参数(见公关# 362)< 2018-10-12 >星期五

• 新光谱(SimpleList的Sepctrum对象)(见公关# 361)< 2018-10-13 >坐

2.7.7版本的变化:

• 修复单元测试(问题# 360,错误的女士鄂博简历条件数据平滑(女士:1000592)和基线校正(女士:1000593))

改变2.7.6版:

• 修复错误的女士鄂博简历条件数据平滑(女士:1000592)和基线校正(女士:1000593)。

2.7.5版本的变化:

• 添加一个注意并行处理的装饰图案(见背景)# 356 < 2018-09-04 >星期二

第2.7.4版本的变化:

• 修复filterMz光谱没有non-NA强度在m / z范围(见# 355)< 2018-08-08 >结婚

2.7.3版本的变化:

• 修复bug在健壮的总结(见公关# 349)< 2018-07-28 >坐

• 修复失败的单元测试< 2018-07-28 >坐

2.7.2版本的变化:

• 处理文件没有任何光谱看到# 342 < 2018-05-15 >星期二

• 新mergeFeatureVars和expandFeatureVars函数< 2018-05-30 >结婚

• 更新图,谱方法与宽容和相关参数(见# 350)< 2018-06-29 >星期五

2.7.1版的变化:

• 版本撞力构建新的一幕

的变化版本2.7.0:

• 新的重击Bioc 3.8 # MSnbase 2.6版本

MSnID

1.15.1版本的变化:

• mzR现在添加扫描数量(s)到表的表示mzIdentML对象。作为一个结果会产生一个错误在我的单元测试检查如果文件读取正确。固定这个检查更新后的散列。

msPurity

1.6.1版本的变化:

• 错误修复。pos / neg交换收购可以生成两个文件时,将从原始转换为mzML (neg pos, 1)。生成的文件保留时间扫描没有被跟踪正确msPurity在这些情况下。这是固定的。感谢朱利安(https://github.com/jsaintvanne),发现bug。

MSstatsTMT

版本变化0.99.0 (2018-09-21):

• 提交给Bioconductor

multiClust

的变化版本1.11.2:

• 更新装饰图案限制型心肌病文件地址错误getGEO获得表达数据

1.11.1版本的变化:

• 更新新闻文件格式,以反映变化的版本

mzR

的变化版本2.15.5:

• 修复错误# 181

的变化版本2.15.4:

• 使用新的依赖ncdf4 netCDF阅读、删除与旧libnetcdf-dev链接建立的麻烦。

• specParams返回一个数值scan.number.s。

的变化版本2.15.3:

• 添加MS-GF +信息,如扫描时间和更可靠的扫描数,由FarmGeek4Life(见公关# 174)。

2.15.2版本的变化:

• 添加标题列ionMobilityDriftTime报告相应的简历参数(https://github.com/sneumann/mzR/issues/44)问题。

• 确保离子注入时间总是报道,以毫秒为单位。

• 取代BiocInstaller: biocLite BiocManager::安装(Bioc核心)

的变化版本2.15.1:

• 修复错误(参见https://github.com/sneumann/mzR/pull/162)

• 新的.hasSpectra和.hasChromatograms私有函数(参见https://github.com/lgatto/MSnbase/issues/343)

• 修复bug在得分比预期更多的cvParams读——参见https://github.com/sneumann/mzR/issues/136 < 2018-05-26 >坐

的变化版本2.15.0:

• 新Bioc猛击版本

NBSplice

的变化版本0.99.4:

• 代码:修改fitModel函数修正由用户指定的评估与对比

NormalyzerDE

的变化版本0.99.24:

• 各种输入检查添加

的变化版本0.99.22:

• 输入解析纠正,这样一个明确的错误信息是当设计矩阵提供的样品不匹配的数据矩阵头

的变化版本0.99.21:

• 文档例子修复

的变化版本0.99.20:

• 激活分位数正常化

的变化版本0.99.19:

• 空的注释编写输出时不再会导致崩溃

的变化版本0.99.17:

• 非常小的修正函数从SummarizedExperiment没有检索到正确的地方

的变化版本0.99.16:

• 崩溃的时候喂SummarizedExperiment作为输入是固定的

• 如果只包含整行NA值过滤,生成一个警告

的变化版本0.99.15:

• 纠正vapp的预期输出相关矩阵(以前的不同长度引起的崩溃)

• 清晰的错误消息在提供无效的样本/组条件统计模块

• 问题,几个相同RT-values RT-slicing固定崩溃引起的

omicplotR

1.1.2版本的变化:

• 海内外的bug修复RAB的情节。如果不是0,情节会失败。

• 更新后的安装指示使用BiocManager

变化的1.1.1版:

• 添加滑块输入改变大小和透明度biplot和彩色biplot样品名称

• 改变了过滤页面的UI

• 添加脚本PCA biplots下载,系统树图/ barplots,影响情节(简单的情节影响脚本)。

OncoSimulR

2.11.1版本的变化:

• robustify test.fixation。R,当地的马克斯,宽容

onlineFDR

的变化版本0.99.7:

修改

• 随机的批次现在通过randBatch helper函数实现

• 更新的引用

• 更新后的装饰图案

的变化版本0.99.5:

修改

• 用硬编码在装饰图案替换日期字段

• 更新data.frame行由集团现在使用“split-apply-combine”

• vectorise LOND功能的一部分

• 与seq_len取代1:N (N)

• 应用一致的格式和缩进

• 添加新的测试

oposSOM

2.0.1版本的变化:

• 彩色边缘样本相关性网络&只是小修小补。

变化在2.0.0版本:

• 巨大的性能提升,实现并行SOM计算。“索玛”包依赖移除。

ORFik

1.1.12版本的变化:

用户可见的明显变化

• orf找到函数现在发现最长的orf每停止密码如果你设置在findORFS longestORF = TRUE, findMapORFs findORFsFasta

PathoStat

1.8.1版本的变化:

• 更新数据上传

• 修改可视化

• 添加生物标记选项卡

pathVar

版本变化1.11.2 (2018-06-29):

• pathVar文件更新消息

• 更新维护人员的电子邮件地址

1.11.1版本的变化(2018-05-15):

• pathVar文件更新消息

pcaExplorer

的变化版本2.8.0:

新功能

• PCA情节现在正确地生成与固定的坐标

PGA

的变化版本1.11.4:

• PrepareAnnotationRefseq2.R修复缺陷的功能

的变化版本1.11.2:

• 添加一个选项“tabFile”的“dbCreator”函数Hisat2 splicesites”的支持。选项卡“枢纽建设。HISAT2是继任者HISAT和TopHat2,我们建议用户切换到“tabFile”来自TopHat2 HISAT2代替“bedFile”。

phantasus

1.1.6版本的变化:

• 小bug修复

1.1.5版本的变化:

• PCA阴谋使用注释配色方案

• 重命名列注释实现的

• log2 (1 + x)调整工具补充道

• 计算注释修改

• 注释数据修改并搬到文件

• 会话同步改善。

• 扫描调整实施

更改版本1.1.3:

• 选择垂直GSEA情节

• 显示的热图沿着GSEA阴谋

• 改变滤波器方案

• 更好的会话fronend和后端之间的同步

1.1.2版本的变化:

• 搬到3.4 protobuf码头工人(支持消息2 gb)

• 精确匹配设置为默认值

• 行配置文件设置为默认的图表

变化的1.1.1版:

• 修复在PCA情节

• GSEA plotCHANGES 0.99.34版本

• 检测条件和地理数据的复制

钢琴

的变化版本1.22.0:

文档

• 更新安装说明在装饰图案

的变化版本1.20.1:

文档

• 更新GitHub着陆页(README.md)

Pigengene

版本是1.7.2变化(2018-05-22):

一般

• 网版的包现在需要至少0.1.2这出口as.party.C5.0()函数。

plotGrouper

的变化版本0.99.37:

新功能

• 添加显示调整p值的能力

的变化版本0.99.24:

新功能

• 闪亮的应用添加单元测试。

的变化版本0.99.15:

新功能

• 现在可以加载. csv和. tsv文件。

的变化版本0.99.14:

小的改进和错误修正

• 使用vapp ()而不是酸式焦磷酸钠()更安全的代码。

聚酯

的变化版本1.99.3:

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

的变化版本1.99.2:

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

PowerExplorer

变化的1.1.1版:

• 添加缺失的值模拟的Bug修复。

1.1.0版本的变化:

• 发布版本。

primirTSS

的变化版本0.99.7:

• 最初版本的primirTSS包

pRoloc

的变化版本1.21.9:

• 修正输入小插图标题< 2018-09-18 >星期二

• 修复bug ThetaRegRes对象图方法< 2018-09-24我>

的变化版本1.21.8:

• 添加一个fcol参数plotDist情节和颜色的所有配置文件< 2018-08-09 >星期四

的变化版本1.21.7:

• 使用BiocManager装饰图案

• 修复bug plot2D:通过…hexbin < 2018-08-02 >星期四

的变化版本1.21.6:

• 使用BiocManager安装说明

的变化版本1.21.5:

• 在贝叶斯空间添加新的部分蛋白质组学小插图获得详细输出处理< 2018-07-07 >坐

的变化版本1.21.4:

• 在tagmMcmcPredict修复bug, fcol被忽视< 2018-06-05 >星期二

• 顺序片段通过加前缀的文件数量< 2018-06-05 >星期二

的变化版本1.21.3:

• 新TAGM-MCMC生成模型,由奥利弗·克鲁克< 2018-05-18 >星期五

的变化版本1.21.2:

• 版本撞BiocStyle更新:装饰图案需要重建错误固定在BiocStyle脚注呈现。

1.21.1版本的变化:

• 修复bug在higlightOnPlot失踪fcol(见# 105)< 2018-05-03 >星期四

• 新TAGM-MAP生成模型,由奥利弗·克鲁克< 2018-05-18 >星期五

• 新plotEllipse函数来想象和评估TAGM模型< 2018-05-18 >星期五

PureCN

的变化版本1.12.0:

新功能

• normalDB不需要输入正常覆盖率文件创建后(所以结果normalDB。rds文件可以移动)

• 基础质量过滤可以通过设置min.base关掉。质量为0或NULL

• 可能改变POP_AF信息字段名

• 可能改变POP_AF截止前设置一个高生殖系

• 可能改变min.cosmic.cnt max.homozygous。损失PureCN.R

• 设置PureCN的核心。R(由于布拉德)

用户可见的明显变化

• 重命名reptimingbinsize IntervalFile reptimingwidth。preprocessIntervals R,添加这个功能

• 澄清了“目标”与“间隔”;每当有困难的东西影响目标和非目标,现在叫做“间隔”。只有目标,例如在annotateTargets,“目标”。

• gc.gene。文件已经

• 新的默认min.cosmic.cnt = 6(而不是4)

修正

• 抓住各种输入问题和提供更好的错误消息,而不是崩溃

• 链输入床文件不会引起问题了

• 固定一个错误当只有一个局部最优测试(发生只有当用户复制的例子限制搜索的讲话,以避免长时间运行时)

• 添加缺失的QC国旗predictSomatic VCF注释

qPLEXanalyzer

的变化版本0.99.0:

• 实现以下功能:初始版本+ convertToMSnset + summarizeIntensities + normalizeQuantiles + normalizeScaling + groupScaling + rowScaling + regressIntensity + computeDiffStats + getContrastResults + assignColours + intensityPlot
  • intensityBoxplot + peptideIntensityPlot + pcaPlot + maVolPlot + corrPlot + rliPlot + hierarchicalPlot + plotMeanVar + coveragePlot

qsea

1.7.4版本的变化:

• 重新格式化消息文件

1.7.3版本的变化:

• 装饰图案适应BiocManager安装过程

版本是1.7.2变化:

• 修正:addCoverage固定的染色体片段大小sd 1读- addCoverage固定失踪地区count_matrix染色体没有读

1.7.1上版本的变化:

• 错误修复:addCoverage崩溃当没有读取染色体/重叠群

RCy3

version 2.2.0变化:

• 新功能删除重复的边缘- deleteDuplicateEdges deleteSelfLoops

• 新的节点选择函数——selectNodesConnectedBySelectedEdges

• 新的视觉风格管理功能- importVisualStyles deleteVisualStyle deleteStyleMapping

• 新的边缘捆绑功能——bundleEdges

• 新的自定义图形选择节点- setNodeCustomBarChart setNodeCustomBoxChart setNodeCustomHeatMapChart - setNodeCustomLineChart setNodeCustomPieChart setNodeCustomRingChart - setNodeCustomLinearGradient setNodeCustomRadialGradient - setNodeCustomPosition removeNodeCustomGraphics

• 新的过滤函数- applyFilter createColumnFilter createCompositeFilter - createDegreeFilter getFilterList - exportFilters importFilters

• 改进的速度绕过大部分节点和边缘属性

• Bug修复- selectEdgesConnectingSelectedNodes设置默认。坳= '名字' - setEdgeLineWidthMapping修复输入类型- getGroupInfo作品没有崩溃- getTableColumns处理列表类型列

• 为开发人bob电竞体育官网员——更新许多功能正确通过基地。url参数getNetworkSuid之类的函数。请注意,vigilent与未来发展。——通过使用seq_len ()。请注意,vigilent。——更换了所有但一例酸式焦磷酸钠(vapp) ()。

• 弃用,没有什么

• ——以前在v2.0弃用功能从旧1。x版本的包

ReactomePA

的变化版本1.25.1:

• 添加在viewPathway keyType参数(2018-09-04,星期二)

REBET

版本变化0.99.0 (2018-07-12):

• 提交给Bioconductor

重新计票

1.7.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• add_metadata()现在可以下载recount_brain_v2数据。

1.7.4版本的变化:

错误修复

• 解决关于RefManageR的注意。

1.7.3版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

版本是1.7.2变化:

错误修复

• 修复一个单元测试。

1.7.1上版本的变化:

用户可见的明显变化

• 现在rse_tx url指向傅v2,以反映最近的变化等。

地区

的变化版本1.13.2:

错误修复

• createRandomRegions忽视了非。重叠的论点。现在它的工作。

的变化版本1.13.1:

新功能

• 修改toGRanges现在接受UCSC基因组区域描述使用和进口(“chr9:23000 - 25000”)。它也可能需要一个基因组参数,并相应地设置这些农庄的基因组信息。

regionReport

的变化版本1.15.4:

错误修复

• 修复一个缺陷报告和固定的顺序由@bounlu https://github.com/leekgroup/regionReport/pull/9/

的变化版本1.15.3:

错误修复

• 与DESeq2Exploration固定的一个问题。限制型心肌病影响DESeq2Report和edgeReport。这个也应该修复重新计票bioc-release(3.7)和bioc-devel(3.8)分支。

• 固定一个名称空间问题rmarkdown: html_document BiocStyle:: html_document

1.15.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

1.15.1版本的变化:

错误修复

• 修复名称空间问题与BiocStyle: html_document2

rGREAT

的变化版本1.13.1:

• plotRegionGeneAssociationGraphs ():票面价值(mfrow)自动设置的长度吗类型。

RNASeqR

的变化版本0.99.25:

• 限制型心肌病文件更新一幕。< 2018-10-26 >星期四

的变化版本0.99.24:

• 改变描述描述文件。< 2018-10-24 >星期二

的变化版本0.99.23:

• 添加显示RNASeqRParam S4对象和方法修改装饰图案。< 2018-10-16 >星期二

RnBeads

的变化版本1.99.0:

• RnBeadsDJ:更新文档和工具提示

• 停用intersample情节(探索性模块)为BS-seq数据作为默认选项

• Roxygen文档更新

• 扩展方法描述在报告(归责、过滤、微分、…)

• 杂项RnBeadsDJ修正和性能改善,污名,…

的变化版本1.13.3:

• 添加CNV估计使用高兴包质量控制模块

• 一些修正

• “性别”改为“性”,影响功能和选项的rnb.execute.gender。预测”和“import.gender.prediction”

的变化版本1.13.2:

• 增加了qvalue建议包

的变化版本1.13.1:

• 洛拉DB更新下载链接

的方式

2.9.4版本的变化:

• 修复单元测试< 2018-10-06 >坐

的变化版本2.9.3:

• 更新新闻和pkgdown

2.9.2版本的变化:

• 与BiocManager取代BiocInstaller biocLite提到

2.9.1版本的变化:

• 修复bug的祖先函数,由荷兰基督教(有关详细信息,请参阅https://github.com/lgatto/rols/issues/26) < 2018-06-01 >星期五

的变化版本2.9.0:

• Bioconductor重击

ropls

的变化版本1.13.8:

内部修改

• 小修正在文档中

的变化版本1.13.6:

内部修改

• 更新包的装饰图案

的变化版本1.13.4:

内部修改

• 固定的错误在单元测试

的变化版本1.13.2:

错误修正

• 预测的预测方法:命名Y矩阵输出列的请多个响应的建模

内部修改

• ropls。Rproj文件添加与RStudio包管理

rpx

的变化版本1.17.2:

• 更新新闻和pkgdown网站

的变化版本1.17.1:

• 与BiocManager取代BiocInstaller biocLite提到

的变化版本1.17.0:

• 新版本Bioconductor重击

Rsamtools

1.33版本的变化:

新功能

• (v 1.33.4 1.33.7) scanBamFlag isSupplementaryAlignment支持()收益。

错误修复

• (v 1.33.1)不要试图增加零(not-yet-encountered)标签(https://support.bioconductor.org/p/110609/;罗伯特·布拉德利)

• (v 1.33.5)检查腐败指数(https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues/3;kjohnsen)

Rsubread

的变化版本1.32.0:

• flattenGTF()的新函数为一个区间,合并重叠的特性。

• 新参数一致()和subjunc (): sortReadsByCoordinates。

• 新的参数featureCounts (): readShiftType, readShiftSize additionalAttributes。

• 为每个图书馆单独指定链协议featureCounts ()。

• 大大改善了速度一致()和subjunc ()。

• 对齐()和subjunc()返回映射数据。

• buildindex()的默认设置更改为构建一个块完整的索引。

研制

的变化版本2.6.0:

• 让single-sample可用GSEA-2T和aREA-3T算法分析。

RTNduals

的变化版本1.6.0:

• 改进工作流程,与导数包(研制/ RTNsurvival)的集成。

S4Vectors

0.20.0版本的变化

新功能

• rbind()现在支持DataFrame对象相同的列名称在不同的顺序,即使一些列名称重复。如何rbind()重新排列的各种对象的列绑定的第一个对象是一致的基础:::rbind.data.frame ()。

• 添加isSequence()低级帮手。

• 添加“nodup”参数selectHits ()。

用户可见的明显变化

• 的rownames DataFrame不再需要是唯一的。

• 改变“use.names”默认从mcols假为真()的getter。

• 强迫DataFrame现在总是传播的名字。

• 重命名低级通用concatenateObjects () - > bindROWS ()。

• replaceROWS()现在派遣“x”和“我”,而不是“x”。

• 加速DataFrame许多列的行构造子集。

弃用,已经

• phead (), ptail()和strsplitAsListOfIntegerVectors()现在已经在BioC 3.7)(后被弃用。

错误修复

• 修复窗口()与data.frame DataFrame列。

• 2修复“rbind”方法DataFrame对象:+现在正确地处理与重复colnames DataFrame对象。注意,新的行为基本是一致的::rbind.data.frame ()。+现在正确地处理DataFrame对象与一维数组的列。

• 对嵌套data-frame-like修复showAsCell()对象。

• 2修复“as.data.frame”方法DataFrame对象:+现在工作如果DataFrame对象包含嵌套data-frame-like对象或其他复杂的S4对象(只要这些复杂对象反过来支持as.data.frame ())。+现在处理stringsAsFactors论点正确。最初报道:https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues/18

嘘

的变化版本1.10.0:

• 修复所有小提琴情节,以确保散射与小提琴轮廓。

• 矩形分类/分类区崩溃镜像酒吧当因素只包含一个水平。

• 删除scater_gui (), downsampleCounts (), read10xResults (), normalizeExprs ()。

• 简化plotRLE()来避免需要内部小面。

• 添加选择行构造子集在librarySizeFactors ()。

• 确保calcAverage()与subset_row =行为如果子集矩阵函数调用之前。添加支持并行化。

• 确保calculateCPM()与subset_row =行为如果子集矩阵函数调用之前。

• 增加了支持并行nexprs ()。

• 添加readSparseCounts()来创建一个稀疏矩阵从一系列密集的文件。

• 添加normalizeCounts(),便于分工矩阵列的大小的因素。修改抛出错误时遇到消极,NA或零大小的因素。

• 添加preserve_zeroes =选择normalizeSCE()保持与复本稀疏pseudo-counts。

• 添加runUMAP()和plotUMAP()使用UMAP降维方法。

• 添加plotExplanatoryPCs()和getExplanatoryPCs()与pc与已知因素。弃用findImportantPCs ()。

• 添加getVarianceExplained()的基因表达差异用已知的因素来解释。

• 删除runKallisto()和runSalmon ()。

• 使用tximport切换readTxResults ()。切换readSalmonResults()和readKallistoResults()使用readTxResults ()。

• 删除过时的领域calculateQCMetrics ()。移动处理为一个单程的算法c++。支持并行化在细胞质量控制计算。

• 添加sumCountsAcrossFeatures()和计数跨多个冗余功能。弃用summariseExprsAcrossFeatures ()。

• 现在所有绘图函数可以访问内部字段通过使用一个特征向量和NA第一个元素。

• 返回属性的阈值的输出isOutlier ()。

• 弃用的蜱虫plotReducedDim ()。

SCBN

的变化版本0.99.1:

• 修改描述描述文件。

• 改变seq_len(长度(x)) seq_along sageTestNew (x)。R的函数。

scmeth

1.1.7版的变化:

包裹的特性

• methylationDist函数产生更多的可翻译的意味着甲基化值

• 除了QC_Summary文本文件生成的报告文件。还mbia表和downsample表存储为文本文件

• 添加“全部”选项等功能,利用二次抽样,鉴于“所有”选项特定函数将应用于所有论文认定没有任何子样品或抵消

scPipe

的变化版本1.3.8:

• 修复一个小虫子在细胞条形码多路分解

1.3.6版的变化:

• 支持多个bam文件相同的样本池作为外显子映射的输入

1.3.5版本的变化:

• 错误修复

1.3.4版本的变化:

• 把distance_to_end回来。

1.3.2版本的变化:

• 添加gzip输出sc_trim_barcode (),如果输出文件名结尾. gz然后gzip输出会产生。

• 添加get_read_str ()函数获取共同读结构。

1.3.1版本的变化:

• 更新了sc_exon_mappping函数所以现在可以接受多个bam文件,连同细胞id或细胞条形码的列表。

食物

的变化版本1.10.0:

• 删除selectorPlot (), exploreData赞成iSEE()函数。

• 固定下溢问题mnnCorrect()在处理高斯内核。mnnCorrect下降默认σ=()默认性能更好。

• 支持并行基于块处理quickCluster ()。弃用马克斯。大小= max.cluster。在computeSumFactors大小= ()。弃用。排名=支持scaledColRanks ()。

• max.cluster补充道。大小=参数computeSumFactors ()。支持并行cluster-wise处理。池大小,以避免罕见的失败如果增加细胞的数量是5的倍数。小改进为尺度改变意味着过滤是如何实现跨集群computeSumFactors ()。把错误在min.mean =零,曾经是有效的。积极= TRUE行为转向使用cleanSizeFactors ()。

• 添加simpleSumFactors()作为一个简化替代quickCluster()和computeSumFactors ()。

• 添加了scaledColRanks()函数计算规模和集中列。

• 支持并行gene-wise处理trendVar()和decomposeVar ()。支持直接使用设计=效率的一个因素。

• 添加doubletCluster()来检测其他集群的集群,包括对比。

• 添加doubletCells()检测细胞通过模拟对比的其他细胞。

• 弃用兰德。种子= buildSNNGraph()支持显式set.seed()调用。添加类型=参数加权边缘基于共同邻居的数量。

• 弃用兰德。种子= buildKNNGraph ()。

• 添加multiBlockNorm()函数的多个块方差建模之前spike-abundance-preserving正常化。

• 添加multiBatchNorm()函数之前持续缩小规模批次批量修正。

• 添加cleanSizeFactors()来强迫非容积大小因素积极价值观基于检测到的基因数。

• 添加了fastMNN()函数提供更快、更稳定的替代方案的内容修正。

• 添加BPPARAM =选择并行执行makeTechTrend ()。增加了约。《不扩散核武器条约》=选择interpolation-based近似对许多细胞。

• 添加pairwiseTTests()直接计算两两之间的t统计量组。

• 添加pairwiseWilcox()直接计算成对Wilcoxon等级和测试组之间。

• 添加combineMarkers()来巩固任意两两比较标记列表。

• 修正使用块=,利物浦在findMarkers = =和设计参数()。重构使用pairwiseTTests()和combineMarkers内部()。添加BPPARAM =选择并行执行。

• 重构overlapExprs()根据pairwiseWilcox按假定值排序()和combineMarkers ()。删除设计=参数不符合假定值计算。

• 修正使用她的Z方法在combineVar ()。

• 添加combinePValues()作为一个集中的内部函数结合假定值。

SDAMS

1.1.2版本的变化:

• 文件更新消息。

变化的1.1.1版:

• 允许协变量的调整;

• 更新“SDA”的附加参数传递给“qvalue”。

SeqArray

的变化版本1.21.1-1.21.7:

公用事业公司

• 避免重复的元信息行seqVCF2GDS ()和seqVCF_Header ()

• 需要> = R_v3.5.0,因为阅读文本模式连接的缓冲

• seqDigest ()需要消化包

• 优化阅读基因型的样本(根据gdsfmt_1.17.5)的一个子集

新功能

• seqSNP2GDS ()进口剂量GDS文件

• seqVCF_Header ()允许供应量文件作为输入

• 一个新的函数seqRecompress ()

• 一个新的函数seqCheck ()检查数据完整性的一个SeqArray GDS文件

• seqGDS2SNP ()剂量GDS出口文件

错误修复

• seqVCF2GDS ()和seqVCF_Header ()能够导入网站只VCF文件(即。,已没有样品)

• 修复seqVCF2GDS ()和seqBCF2GDS ()因为阅读文本模式连接的是R > = v3.5.0缓冲

的变化版本1.20.1:

错误修复

• seqExport ()无法导出单倍体数据(例如,Y染色体)

• seqVCF2GDS ()未能将信息变量当数=“R”

seqCAT

更改版本1.4.0:

特性

• 加上便利的函数用于创建和阅读多个SNV概要文件

• 阅读一般的宇宙突变数据添加功能,不仅细胞系突变数据

修复

• 修复一个问题当阅读宇宙数据由于新农庄组织功能

杂项:

• 更新的引用信息现在公布seqCAT-specific文章

芝麻

版本1.0.0的变化:

• 第一次提交的芝麻包。

签名者

1.7.1上版本的变化:

• genCountMatrixFromVcf函数的优化

SIMAT

的变化版本1.13.1:

• 解决兼容性问题与新ggplot包(2018-08-02结婚)

SIMD

的变化版本0.99.9:

• 最后将返回语句的代码。

• 而不是写在每一行,你粘贴在一个粘贴调用输出行,然后使用一个编写调用。

• 使用包BiocManager代替biocLite小品文。

• 删除一些eval = FALSE部分装饰图案以确保装饰图案被评估。

的变化版本0.99.8:

• 修改小插图BiocStyle输出。

• 在README文件添加一些信息。

的变化版本0.99.6:

• 调整代码格式编码风格。

• .Rd形式生成消息文件。

• 在README添加一些信息。医学博士,小插曲和描述文件包SIMD更可以理解的。

的变化版本0.99.5:

• 修改“超时”发生在R biocheck。

的变化版本0.99.4:

• 在R biocheck修改一些问题。

的变化版本0.99.3:

• 在R biocheck修改一些问题。

• 重新编译.Rd roxygen2包在R。

的变化版本0.99.2:

• 在R biocheck修改一些问题。

• 改变的消息格式。

的变化版本0.99.1:

• 在R检查修改的问题。

• 的小插曲R减价而不是Sweave。

• 添加新闻。医学博士在包中。

SIMLR

1.7.3版本的变化(2018-10-13):

• 删除CIMLR实现。

simulatorZ

1.15.1版本的变化:

• 更新getTrueModel、zmatrix simTime协变量包括额外的预测因子

• 简化的例子

SingleCellExperiment

更改版本1.4.0:

• 允许…构成了rowData()和参数传递给colData ()。

• 添加权重()方法获取/设置观察权重。

• 添加reducedDimNames < -方法设置维度降低槽的名字。

• 添加withDimnames reducedDim =参数()和reducedDims ()。

• 出口的内部元数据字段的getter和setter。

• 添加开发人员利用内部的元数据字段说明。

singleCellTK

版本变化1.1.26 (2018-10-23):

• 新的UI设计的微分表达式选项卡。

• 新的UI设计的数据总结和过滤选项卡。

• 支持额外的化验修改包括日志转换任何分析和重命名化验。

• 新功能visPlot创建散点图、箱线图的热图,barplots定制基因集。

• Downsample标签现在通用计算矩阵

• 你可以上传SCtkExperiment对象或一个SingleCellExperiment对象保存在一个RDS文件上传选项卡上。

• 微分表达式的结果构成了rowData的现在可以保存在对象和加载后分析。

• 提高保存生物标志物根据用户选择的能力。

• 微分表达式情节不是自动创建,为更多的用户控制的大型数据集。

更改版本1.1.3:

• 策划的改进,改变文字大小和隐藏标签gsva情节。

• 桅杆小提琴和线性模型块绘图时现在更广场不到49方面。

• y轴标签在plotBatchVariance改为“解释变化百分比”

1.1.2版本的变化:

• 隐藏在SCTK GUI版本号的能力。

变化的1.1.1版:

• 固定一个错误会导致diffex颜色栏不显示特殊字符在注释。

紧身的

的变化版本0.99.0:

新功能

• 首次提交。一切都是新鲜的。

SNPRelate

的变化版本1.15.1-1.15.5:

• “useMatrix”一个新选项允许使用矩阵包在拥挤的对称矩阵snpgdsIBDMoM (),snpgdsIBDKING ()和snpgdsIBS ()

• 修复一个缺陷的失踪和SNP id的输出示例snpgdsIndInb ()

• 新选项的开始。pos”snpgdsLDpruning ()

• 新方法在snpgdsIndInb ():gcta2 gcta1 gcta3;进步的信息显示在运行功能

• snpgdsCombineGeno ()支持剂量

SparseSignatures

更改版本1.1.4:

• 移动NMF取决于部分

更改版本1.1.3:

• 与基函数解决问题

statTarget

2.0版本的变化:

新功能

• 新的GUI o鼠标悬停帮助信息o . log文件

• 新的信号校正o QC-RFSC代谢组学和蛋白质组学数据的方法

• 新特性选择只o随机森林和基于排列的变量重要性措施o新MDSplot基于随机森林o假定值的重要情节

• 新的数据预处理o PQN /金额/没有正常化o中心/没有一个扩展方法

strandCheckR

的变化版本0.99.16:

• 提交版本Bioconductor

SummarizedExperiment

的变化版本1.12.0:

新功能

• 包有一个新的小插图“扩展SummarizedExperiment类”亚伦Lun用于开发人员。bob电竞体育官网这文档的细节的过程实现SummarizedExperiment扩展(又名子类)。

用户可见的明显变化

• rowData use.names = TRUE()收益观点;之前的行为是use.names = FALSE。rowData()默认情况下失败当rownames()包含NAs。

错误修复

• 更好的错误处理SummarizedExperiment()构造函数。SummarizedExperiment(现在)时输出一个知识性错误消息提供化验有疯狂rownames或colnames。这个地址https://github.com/Bioconductor/SummarizedExperiment/issues/7

SWATH2stats

的变化版本1.11.7:

更新

• 避免在add_gene_symbol排序当添加基因符号

的变化版本1.11.6:

错误修复

• 修复手册页面和功能在convert_protein_ids复制non-converted id

1.11.5版本的变化:

UDPATE

• 从bioclite BiocManager

的变化版本1.11.4:

错误修复

• convert_protein_ids修复手册页面

1.11.3版本的变化:

错误修复

• 更新convert_protein_ids,看到convert4aLFQ输出特征向量

的变化版本1.11.2:

新功能

• 添加函数convert_protein_ids、load_mart add_genesymbol

1.11.1版本的变化:

错误修复

• 从手册页SWATH2stats-package删除链接

的变化版本1.11.0:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.8开发版本

synapter

2.5.2版本的变化:

• 使用BiocManager:安装[2018-07-16]。# Synapter 2.3

TargetSearch

的变化版本1.38.0:

新功能

• 新功能checkRimLim前vizualise保留指数标记实际时间校正。它可以有助于解决搜索的限制。

• 峰值检测方法(NetCDFPeakFinding)已经选择使用高斯平滑除了通常的移动平均线。

• 检测时发现如果不提供文件导入样本描述。此外,搜索列名匹配一个模式如果预期的名字是没有找到。

• 添加支持自定义提供更快的数据检索文件。

用户可见的明显变化

• 的参数massRange(m / z质量范围),用于需要在某些功能是deprected。它主要被用于一个提示,通常自动检测。如果通过了,就不会有效果。

错误修复

• 大的C代码重构,消除重复代码和分离电阻-电容是什么代码(即饱和度指数结构)的C代码,实际上的东西。

• 一般R代码重构和管家。

移行细胞癌

的变化版本1.21.3:

• 固定的bug(输出的顺序从猛击版本baySeq不能排序)在“.testByBayseq”。

• 禁用“samseq”选项,因为samr包已被删除从凹口。

• 改变设计矩阵用于DESeq2

TFEA.ChIP

变化的1.1.1版:

新特性:

• 函数GeneID2entrez现在从鼠标杆翻译运用基因id和MGI鼠标Entrez基因符号id

• 76个新ChIP-Seq实验添加到数据库中

tofsims

099.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 改变函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

内部

• 现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

• 与消息交换各种print () ()

topdownr

1.3.6版的变化:

• 帕维尔和Ole ORCID添加到描述[2018-10-23]。

1.3.5版本的变化:

• 固定的格式roxygen对外包的链接,以避免链接警告R CMD检查[2018-10-10]。

1.3.4版本的变化:

• 添加本月/引用文件[2018-09-26]。

v1.3.3变化:

• 回复提交c6e8dfd:“适应MSnbase 2.7.2内部碎片;看到# 82 (2018-06-03)。”

1.3.2版本的变化:

• 使用BiocManager:安装[2018-07-16]。

1.3.1版本的变化:

• 适应MSnbase 2.7.2内部碎片;看到# 82 [2018-06-03]。

• 修复FragmentViews开始/结束/宽度和标签内部碎片[2018-06-03]。

• 修复“MSnSet”(tds)单元测试[2018-07-06]。

• 使用elementMetadata (…use.names = FALSE)在结合,FragmentViews FragmentViews-method避免重复rownames elementMetadata槽[2018-07-06]。

1.3.0版本版本的变化:

• 新版本3.8 Bioc(猛击)# topdownr 1.2

trackViewer

的变化版本1.17.8:

• 修复bug在图标题的故事。

的变化版本1.17.7:

• 从0允许ylim跟踪不固定。

的变化版本1.17.6:

• 修复一个问题棒棒糖圈的阴谋。

的变化版本1.17.4:

• 添加标记类型在棒棒糖的阴谋。

的变化版本1.17.3:

• dandelion.plot情节位置调整。

的变化版本1.17.2:

• 为dandelion.plot添加Yscales。

的变化版本1.17.1:

• 为跟踪添加光滑函数。

transcriptogramer

1.3.6版的变化:

• 槽genesInTerm添加到Transcriptogram类。

• 论点boundaryConditions从differentiallyExpressed():默认从假的变成真的。

• 论点onlyGenesInDE从clusterVisualization():默认从真的变成假的。

• 论点onlyGenesInDE从clusterEnrichment():默认从真的变成假的。

• 论点的颜色添加到differentiallyExpressed()方法。

• 论点的颜色添加到clusterVisualization()方法。

• 论点的颜色添加到enrichmentPlot()方法。

• 参数α添加到enrichmentPlot()方法。

1.3.4版本的变化:

• 论点宇宙从clusterEnrichment():默认改为“所有的蛋白质存在于transcriptogramS2槽”,“所有的蛋白质存在于订购槽”。

v1.3.3变化:

• 的变化对clusterEnrichment()方法返回。

• 槽Protein2GO,添加到Transcriptogram类。

• 新方法:enrichmentPlot()和()。

1.3.1版本的变化:

• 论点boundaryConditions添加到differentiallyExpressed()方法。

• 槽Protein2Symbol、集群和中国人民银行添加到Transcriptogram类。

• 论点onlyGenesInDE添加到clusterVisualization()方法。

• 论点onlyGenesInDE添加到clusterEnrichment()方法。

石棉水泥板

的变化版本0.99.0:

• 最初版本

tRNAscanImport

版本变化1.1.9 (2018-10-24):

• 一些功能转移到tRNA包

• 增加了对tRNA的依赖包

1.1.1版的变化(2018-08-16):

• 为识别假基因注释错误修复

tximeta

的变化版本0.0.16:

• 所有手册页添加示例。

tximport

的变化版本1.9.11:

• 简单的内部函数导出makeCountsFromAbundance ()。

的变化版本1.9.10:

• 添加infRepStat的论点提供re-compution计数和使用一个函数应用于推论复制丰度,例如matrixStats: rowMedian使用后样品的中值点估计提供的“数量”和“丰富”。如果指定“countsFromAbundance”,这将重新计算丰度计算计数一次。

的变化版本1.9.9:

• 添加支持能够总结推论的复制。这发生在推论上执行行总结复制(计数)以同样的方式与原始计数(和可选地计算方差)。

的变化版本1.9.6:

• 增加了新的countsFromAbundance方法:“dtuScaledTPM”。这为系统分析和设计是用于txOut = TRUE。它提供的数量是按比例缩小的,基因亚型中间记录长度,然后由样本的测序深度,与其他两种方法。记录长度计算,首先采取平均跨样本。使用这种新方法,基因在所有样品中的丰度都扩大了同样的长度,保持同种型比例计算的。

的变化版本1.9.4:

• 改变了summarizeToGene()现在将提供不同的输出一个警告,提醒用户。情况是:如果tximport()运行countsFromAbundance =“scaledTPM”或“lengthScaledTPM”和txOut = TRUE,其次是summarizeToGene () countsFromAbundance =“不”。这是一系列问题的电话,以前这是无视这一事实的重要原始计数。现在,summarizeToGene()方法将抛出一个警告和覆盖countsFromAbundance =“不”,而不是将其设置为使用价值当tximport最初运行时,“scaledTPM”或“lengthScaledTPM”。

1.9.1版本的变化:

• 固定磨边机示例代码在装饰图案使用scaleOffset建议从亚伦Lun (2018-05-25)。

Ularcirc

的变化版本0.99.0:

• Pre-Bioconductor提交

Uniquorn

2.1.4版本的变化(2018-10-10):

Bioconductor合规

• 小修正关于进一步的去除

2.1.3版本的变化(2018-10-03):

Bioconductor合规

• 小修正关于进一步的去除和引用库

variancePartition

的变化版本1.11.13:

• 解决多线程问题

利用1.11.11版本的变化:

• 梦想可以同时处理多个对比

的变化版本1.11.10:

• 修复拼写错误在梦中故事

的变化版本1.11.8:

• 检查和停止()如果反应变量的方差在梦中0 - (),fitExtractVarPartModel(),和fitVarPartModel ()

• 隐式添加standardized_t_stat()在ebay()使用MArrayLM2类——这将减少t统计量转换成具有相同的自由度

的变化版本1.11.7:

• 简化对象返回的梦想更更类似于lmFit MArrayLM代替MArrayLMM_lmer——现在的回报

• 如果指定一个固定的影响公式(即不是随机的术语)——梦叫lmFit端getContrast()无缝工作

• 梦想()现在返回基因注释如果传递给函数

的变化版本1.11.6:

• 添加错误checing L的梦想

• 修复错误的梦想的故事

• 在theory_practice_random_effects.Rnw修复错误

1.11.5版本的变化:

• 添加梦想函数微分表达式重复措施线性混合模型

的变化版本1.11.2:

• 添加警告canCorPairs共线的条件

1.11.1版本的变化:

• 添加装饰图案:theory_practice_random_effects.Rnw

VariantAnnotation

的变化版本1.28.0:

新功能

• 更新包支持VCF格式版本4.3 -样品电场线现在可以有关键的“样本”或“元”。以避免名称冲突,现有的“元”DataFrame已经行成独立的DataFrames分割了。元(VCFHeader)的getter现在返回头DataFrame /独特的关键之一。——现在血统标题行始于“ID”

• 添加角色vcfFields方法、VCFHeader VcfFile和CharacterList VCF返回所有可用的VCF字段()。

• 添加支持单一breakend符号(感谢d-cameron)

错误修复

• 现在.formatInfo()返回一个列有“NA”缺失值,而不是删除列。

xcms

3.3.6版本的变化:

• 添加类型=“多边形”highlightChromPeaks允许填补实际信号识别色谱峰面积。

3.3.5版本的变化:

• 性能增强chromPeakSpectra和featureSpectra功能。

3.3.4版本的变化:

• 为每个特性添加featureChromatograms提取离子色谱图。

• 添加hasFilledChromPeaks函数。

• 添加参数skipFilled featureSummary函数。

3.3.3版本的变化:

• 添加chromPeakSpectra和featureSpectra函数提取一份为色谱峰和特征光谱,分别(问题# 321)。

• 修复profMat处理数据文件与空光谱(问题# 312)。

• 添加参数ylim plotAdjustedRtime(问题# 314)。

• 添加imputeRowMin和imputeRowMinRand,两个简单的缺失值归责helper函数。

• 解决其他问题中提到的问题# 301 obiwarp保留时间校正,如果一些光谱m / z值NA。

• 解决问题# 300避免与rtmin > rtmax色谱峰。

• 修复的问题# 291,# 296。

• 添加参数“失踪”diffreport允许NA换成任意数字。

• 添加exportMetaboAnalyst函数导出MetaboAnalyst格式的特征矩阵。

• 添加参数缺失featureValues允许指定如何处理/报告缺失值。

• chromPeaks矩阵已经rownames来唯一地标识色谱峰的一个实验。色谱峰IDs开始“CP”后跟一个数字。

3.3.2版本的变化:

• 添加writeMSData XCMSnExp方法允许写mzML / mzXML文件调整保留时间(问题# 294)。

• 修复profEIC呼吁single-scan-peak(拉请求从@trljcl # 287)。

• 修复centWave避免相同的峰值多次报道如果使用fitgauss = TRUE(问题# 284)。

• featureSummary报道还相对标准偏差(相对标准偏差)的特征在样本(问题# 286)。

• 添加参数fixedMz和fixedRt FillChromPeaksParam允许增加特性的m / z和rt宽度的常数因子。

• 添加选项”和“featureValues求和的方法参数允许的峰值强度被分配到相同的功能在文件/样品。

3.3.1版本的变化:

• 添加overlappingFeatures函数来识别重叠或关闭功能。

• 添加支持类型=“featureDefinitions apex_within”。

• 修复一个缺陷在fillChromPeaks返回集成信号正无穷。

• 解决问题# 267:错误fillChromPeaks当峰的保留时间的保留时间范围以外的某些文件。

• 新的featureSummary函数计算基本特征总结(样本数山峰被发现等)。

• 参数的类型添加到plotChromPeakDensity和highlightChromPeaks“whichPeaks”。这两个参数传递给chromPeaks的“类型”参数。

• 参数chromPeaks得到额外的“类型”选择“apex_within”返回色谱峰的顶端在定义rt和/或m / z范围。

• 添加函数rla和rowRla计算rla日志(相对丰度)。

• 添加peaksWithMatchedFilter执行峰值检测色谱(MRM / SRM)数据(问题# 277和# 278)。

• 添加peaksWithCentWave执行centWave峰值检测色谱(MRM / SRM)数据(问题# 279)。

• 添加findChromPeaks色谱方法CentWaveParam和MatchedFilterParam(问题# 280)。

XINA

版本1.0.0的变化:

新功能

• 没有变化

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

xps

1.41版本的变化:

• 更新消息文件

zinbwave

1.3.1版本的变化(2018-05-09):

• 新zinbsurf函数实现了对大型矩阵近似方法。

• 新选项which_genes在zinbwave指定使用哪个基因来计算W。

新闻来自新的和现有的数据实验包

celarefData

版本变化0.99.0 (2018-08-05):

• 提交给Bioconductor

CopyNeutralIMA

1.0版本的变化:

• 包发布

dsQTL

2.17版本的变化:

用户可见的变化

• ch2locs(可收回通过dsQTL:: getSNPlocs)已经改变了在1850位置rs号码已经与hg19地址;dsQTL地区作为都是chr2 hg18…SNP地址。以前发现rs数据用在芝加哥分布从http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/映射通过SNPlocs…20111119,但现在他们直接来自芝加哥的文本文件。

DuoClustering2018

的变化版本0.1.0:

• 最初版本的包

FlowSorted.Blood.EPIC

版本变化0.99.37 (2018-10-25):

• 提出以下重大改变初始释放Bioconductor o更新手稿参考

版本变化0.99.36 (2018-03-24):

• 提交给Bioconductor

• 添加消息文件

GIGSEAdata

版本变化0.99.8 (2018-06-30):

• 改变:走。rda org.Hs.eg.GO.rda

• 补充道:小插曲

版本变化0.99.1 (2018-06-04):

• 说:走。rda和Fantom5.TF.rda

mcsurvdata

版本1.0.1的变化:

• bob体育取款很慢

pRolocdata

的变化版本1.19.4:

• 新的酵母空间蛋白质组数据集< 2018-08-14 >星期二

的变化版本1.19.3:

• 新的集胞藻属空间蛋白质组< 2018-07-26 >星期四

在version 1.19.2变化:

• 修复错误在beltran2016手册页< 2018-07-24 >星期二

• 添加LOPIT-DC和hyperLOPIT U2OS数据< 2018-07-25 >结婚

的变化版本1.19.1:

• 添加hyperLOPIT TAGM结果< 2018-05-21我>

的变化版本1.19.0:

• 新Bioconductor猛击版本

PtH2O2lipids

2016-04-21版本的变化:

• 初始释放Bioconductor

qPLEXdata

的变化版本0.99.0:

• 初始提交qPLEX-RIME和全蛋白质组TMT的数据。

RforProteomics

的变化版本1.19.3:

• 使用BiocManager

• 修复错误的限制型心肌病

的变化版本1.19.0:

• 新Bioconductor猛击版本

sesameData

版本1.0.0的变化:

• 第一次提交sesameData包。

TabulaMurisData

的变化版本0.99.0:

• 最初版本的包

tcgaWGBSData.hg19

的变化版本0.99.3:

包裹的特性

• 这是一个数据包包含亚硫酸氢全基因组测序(WGBS) TCGA的数据。

来自新的和现有的工作流的新闻

maEndToEnd

的变化版本1.99.6:

• 一些小修复RLE部分

• 小文本编辑建议由詹姆斯•麦克唐纳F1000

• 修改检查乳胶编译的代码块

的变化版本1.99.2:

• 改变BiocManager安装说明

的变化版本0.99.0:

• 新提交在6月18日Bioc

recountWorkflow

1.3.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用BiocManager

弃用和已经包

七个软件包从这个版本(Bioc 3.7中被弃用后):ontoCat,连接工具,OperaMate, DASC, PAnnBuilder, phenoDist BrowserVizDemo。

13个软件弃用这个版本,将被删除Bioc 3.9: BiocInstaller, GoogleGenomics, IrisSpatialFeatures, facopy,加乌乔人,推动,RamiGO mQTL。核磁共振、cytofkit pbcmc、GeneSelector ampliQueso prot2D。

三个实验数据包被在此版本中(BioC 3.7中被弃用后):RnaSeqTutorial, cheung2010 MEALData。

两个实验数据包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.9: iontreeData MSBdata。