2017年10月31日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.6，由1473个软件包、326个实验数据包和911个注释包组成。

有100个新的软件包，对现有软件包进行了许多更新和改进;Bioconductor 3.6兼容r3.4.2，并支持Linux、32位和64位Windows以及Mac OS x。该版本将包括更新的BioconductorAmazon机器图像而且码头工人的容器．

访问//www.anjoumacpherson.com有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.6入门
• 新软件包
• 来自新包和现有包的新闻
• 已弃用和失效的包

Bioconductor 3.6入门

更新或安装Bioconductor 3.6:

1. 安装R >=3.4.2。Bioconductor 3.6是专门为R。

2. 按照以下的说明操作//www.anjoumacpherson.com/install/．

新软件包

在这个版本的Bioconductor中有100个新软件包。

• amplicanamplican执行放大器读取对齐，规范化收集的数据，计算多个统计数据(例如切割率，帧转换)，并以聚合报告的形式显示结果。数据和统计数据可以通过实验、条形码、用户定义的组、指南和放大器进行分解，以便快速识别潜在的问题。

• 曾帮工该软件包通过亲和网络融合整合多组学数据，用于复杂的患者聚类。

• anota2seqanota2seq为通过RNA测序或dna微阵列量化的多聚体分析和核糖体分析研究(两个或两个以上的样本类)提供翻译效率分析和差异表达分析。多聚体分析和核糖体分析通常为两个RNA源生成数据;翻译mRNA和总mRNA。差异表达分析用于估计每个RNA源(即翻译mRNA或总mRNA)内的变化。对翻译效率的分析旨在识别导致蛋白质水平变化的翻译效率变化，而蛋白质水平变化不依赖于总mRNA水平(即转译mRNA的变化不依赖于总mRNA水平)或缓冲机制，这是一种调节翻译效率的机制，使蛋白质水平在总mRNA水平波动的情况下保持不变(即总mRNA的变化不依赖于转译mRNA水平)。Anota2seq应用偏方差分析和随机方差模型来完成这些任务。

• apeglmapeglm为各种GLM模型的效应大小提供贝叶斯收缩估计，使用个别系数的后验逼近。

• AUCellAUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集(如签名、基因模块等)的细胞。AUCell使用“曲线下面积”(AUC)来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUC评分在所有细胞中的分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排名的，AUCell独立于基因表达单元和归一化过程。此外，由于单元格是单独计算的，它可以很容易地应用于更大的数据集，如果需要，可以对表达式矩阵进行分组。

• 基础知识单细胞mRNA测序可以在看似同质的细胞群中发现新的细胞间基因表达水平异质性。然而，这些实验容易受到高水平的技术干扰，为识别在被研究细胞群中显示真正异质表达的基因带来了新的挑战。basic(单细胞测序数据贝叶斯分析)是一个集成的贝叶斯层次模型，用于在监督实验的背景下对单细胞RNA测序数据集进行统计分析(其中感兴趣的细胞组是先验已知的，例如实验条件或细胞类型)。BASiCS执行内置数据规范化(全局缩放)和技术噪声量化(基于峰值基因)。BASiCS为单个细胞组内的高(或低)可变基因提供了直观的检测标准。此外，BASiCS还可以比较两个或多个预先指定的细胞组之间的基因表达模式。与传统的差异表达工具不同的是，BASiCS量化的表达变化超出了平均数的比较范围，也允许研究细胞间异质性的变化。后者通过生物过色散参数量化，该参数测量了归一化和技术噪声去除后的剩余过色散(相对泊松采样)。

• beachmat为各种常用的矩阵类型提供一致的c++类接口，包括稀疏矩阵和支持hdf5的矩阵。

• BiocSklearn这个包为选定的sklearn元素提供接口，并演示了需要大量迭代的python模块的容错使用。

• bnbc用于规范化来自复制的(几个)Hi-C数据的工具。

• cbaf这个包包含的功能可以方便地分析和比较来自不同癌症/癌症亚组的各种基因组。到目前为止，它是兼容RNA-seq, microRNA-seq，微阵列和甲基化数据集存储在cbioportal.org。

• CEMiToolCEMiTool包以全自动的方式统一了共表达基因模块的发现和分析，同时提供了具有高质量图表的用户友好的html报告。我们的工具评估模块中是否包含特定路径过度代表的基因或在特定样本组中被改变的基因。此外，CEMiTool能够将转录组数据与交互组信息集成，识别每个网络上的潜在集线器。

• ChIPanalyser基于统计热力学框架，chipanalyzer尝试生成ChIP-seq类剖面。该模型依赖于四个考虑因素:可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分，DNA可达性在转录因子结合中发挥作用，结合曲线依赖于与DNA结合的转录因子的数量，最后结合能(描述PWM的另一种方式)或结合特异性应被调制(因此引入了结合特异性调制器)。chipanalyzer的最终结果是生成模拟真实ChIP-seq剖面的剖面，并在与真实ChIP-seq数据进行比较后提供这些预测剖面的精度测量。最终的目标是产生ChIP-seq类的配置文件，预测ChIP-seq类的配置文件，以避免产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

• chromswitchChromswitch实现了一种灵活的方法，在特定基因组区域的两种生物条件下检测样本之间的染色质状态开关，给定峰值或ChIP-seq数据中的染色质状态调用。

• chromVAR确定染色质可达性在注释或峰值集之间的变化。主要为单细胞或稀疏染色质可达性数据设计，例如来自scATAC-seq或稀疏大块ATAC或dna -seq实验。

• ClusterJudgeClusterJudge实现了Gibbons、FD和Roth FP作为算法发布的函数、示例和其他软件。这篇文章名为“使用基因注释判断基于基因表达的聚类方法的质量”，发表在《基因组研究》第12卷，pp1574-1581(2002)。看到包吗?ClusterJudge的概述。

• coexnet从GEO数据集中提取基因表达矩阵。CEL文件)作为AffyBatch对象。另外，可以使用两种不同的方法(vsn和rma)进行归一化处理。总结(从多个探针传递到一个基因)使用两个不同的标准(样本表达数据的最大值和中位数)和基因差异表达分析过程使用两种方法(sam和acde)。共表达网络的构建可以使用两种不同的方法，皮尔逊相关系数(PCC)或互信息(MI)，并使用图论方法选择阈值。

• consensusOV该包实现了由Helland等人(PLoS One, 2011)、Bentink等人(PLoS One, 2012)、Verhaak等人(J clinin Invest, 2013)和Konecny等人(J Natl cancer institute, 2014)描述的高级别浆液性(HGS)卵巢癌的四种主要亚型分类器。此外，该软件包实现了一个共识分类器，该分类器巩固并提高了拟议的亚型分类器的鲁棒性，从而为亚型明确的HGS卵巢肿瘤患者提供了可靠的分层。

• cytolib这个包提供了核心数据结构和API来表示门控细胞检测数据并与之交互。

• DASC该包用于识别高维数据集中的批。

• DelayedMatrixStats' matrixStats ' API的一个端口，用于使用' DelayedArray '包中的DelayedMatrix对象。对DelayedMatrix对象的行和列进行操作的高性能函数，例如col / rowMedians()， col / rowRanks()和col / rowSds()。针对每个数据类型和子集计算进行优化的函数，以最小化内存使用和处理时间。

• 部该软件包提供了一个集成的分析工作流，用于差异蛋白表达或差异富集的质谱蛋白质组学数据的健壮性和可重复性分析。它需要由原始质谱数据的定量分析软件(如MaxQuant或IsobarQuant)生成的表格式输入(如txt文件)。提供了数据准备、筛选、方差归一化和缺失值的归一化以及差异富集/表达蛋白的统计检验功能。它还包括检查工作流中的中间步骤的工具，例如规范化和缺失值归责。最后，提供了可视化工具来探索结果，包括热图，火山图和barplot表示。对于在R方面经验有限的科学家来说，这个包还包含包含完整分析工作流和生成报告的包装器功能。更容易使用的是由包提供的交互式闪亮应用程序。

• diffuStats标签传播方法是计算生物学中广泛使用的一种方法，它利用网络数据为分子实体提供上下文。节点标签可以从基因表达、全基因组关联研究、蛋白质结构域或代谢组学分析中获得，它们被传播到网络中的相邻节点，通过先前注释的知识有效地平滑分数，并优先考虑新的候选节点。R包diffuStats包含一组扩散核和评分方法，以促进它们的计算和基准测试。

• DMCHMMDMCHMM是一种利用隐马尔可夫模型在亚硫酸氢盐测序数据中识别差异甲基化CpG位点的新型分析工具。

• DoschedaDoscheda专注于定量化学蛋白质组学，用于使用质谱数据确定来自整个细胞或组织裂解物的小分子的蛋白质相互作用谱。这个包提供了一个闪亮的应用程序来运行管道，一些可视化和一个可下载的实验报告。

• EpiDISHEpiDISH是一个R包，用来推断在代表这些细胞类型混合物的样本中存在的先验已知细胞亚型的比例。推理通过三种方法之一进行(鲁棒偏相关- rpc，数字排序(CBS)，约束投影(CP))，由用户决定。

• epivizrChart这个包提供了一个API，用于使用epiviz web组件对基因组数据进行交互式可视化。R/BioConductor中的对象可以用来生成交互式R标记/笔记本文档，也可以在R Studio的默认查看器中可视化。

• esATAC这个包为ATAC-seq read的量化和分析提供了一个框架和完整的预设管道。它涵盖了从原始序列读取、比对和质量控制报告的创建到感兴趣的基因组区域的量化的完整工作流。该软件包采用数据流图的方式进行管理，用户还可以轻松、灵活地建立自己的管道。

• GA4GHshinyGA4GHshiny包提供了一种与基于全球基因组学与健康联盟(GA4GH)基因组学API的数据服务器交互的简单方法。它还集成了信标网络。

• GENIE3这个包实现了GENIE3算法，用于从表达数据推断基因调控网络。

• HiCcompareHiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。HiCcompare以染色体特异性染色质相互作用矩阵的形式对处理过的Hi-C数据进行操作。它接受三列制表符分隔的文本文件，以稀疏矩阵格式存储染色质相互作用矩阵，可从多个来源获得。HiCcompare的设计目的是让用户能够对处于不同生物状态的细胞基因组的三维结构进行比较分析。HiCcompare与其他试图比较Hi-C数据的软件包不同的是，它处理染色质相互作用矩阵格式的处理数据，而不是预处理的测序数据。此外,HiCcompare为两个Hi-C数据集之间的联合归一化和去除偏差提供了一种非参数方法，以进行比较分析。HiCcompare还提供了一种简单而健壮的排列方法来检测Hi-C数据集之间的差异。

• InterMineR基于InterMine平台的数据库，如FlyMine、modMine (modENCODE)、RatMine、YeastMine、HumanMine和TargetMine是各种生物基因组、表达和蛋白质数据的综合数据库。集成数据使得运行复杂的数据挖掘查询成为可能，这些查询跨越了生物知识的各个领域。这个R包通过webservices提供与这些数据库的接口。它主要利用R中的数据帧对象和数据库中的表对象的对应关系，同时隐藏了通过XML或JSON进行数据交换的细节。

• IntramiRExploreRIntra-miR-ExploreR是一种综合的miRNA靶点预测生物信息学工具，结合给定microRNA (miR)的表达和生物物理相互作用确定靶点。使用该工具，我们利用来自Affymetrix 1和Affymetrix2微阵列阵列平台的表达数据，确定了D. melanogaster中92个基因内miR的靶点，提供了果蝇基因内miR靶点的全球视角。使用DAVID基因本体工具根据生物功能对预测靶标进行分组，并基于生物学相关评分系统进行排名，使用户能够识别给定miR的功能相关靶标。

• IrisSpatialFeaturesIrisSpatialFeatures读取PerkinElmer inForm软件的输出，并计算各种空间统计数据。除了简单的计数之外，它还可以为每种细胞类型导出平均最近邻居和每种细胞类型的交互摘要配置文件。这些统计数据是跨图像派生的，包括由用户定义掩码定义的总体和感兴趣的区域。

• IsoformSwitchAnalyzeRIsoformSwitchAnalyzeR可通过Kallisto、Salmon、Cufflinks/Cuffdiff、RSEM等方法的量化，识别和分析具有预测功能后果(如蛋白质结构域的获得/丢失等)的IsoformSwitchAnalyzeR。

• iterClust迭代执行聚类分析的框架。

• ivygapSE定义一个关于Ivy-GAP胶质母细胞瘤图像、表达和临床数据的总结实验和探索性应用程序。

• JASPAR2018JASPAR 2018的数据包。要搜索此数据库，请使用TFBSTools包(>= 1.15.6)。

• M3C分层医学基因组数据分析的核心任务是通过聚类来发现类。然而，目前的聚类算法有一个尚未解决的问题，那就是它们没有检验零假设并推导出p值。为了解决这个问题，我们开发了一种新的假设检验框架，该框架使用共识聚类，称为蒙特卡洛共识聚类(M3C)。M3C使用多核支持的蒙特卡罗模拟，使用与真实基因相同的基因-基因相关结构的空数据集，为每个簇的数量生成稳定性分数的分布。这些分布用于推导p值，beta分布拟合数据，以便宜地估计超出模拟极限的p值。M3C提高了准确性，允许拒绝原假设，消除系统偏差，并使用p值来做出类数决策。我们认为M3C解决了当前自动化类发现工具的一个主要缺陷。

• MetaCyto该软件包提供了细胞检测数据的预处理、自动门控和元分析功能。它还提供了从ImmPort数据库收集细胞术数据的功能。

• methimpute这个包实现了调用甲基化和非甲基化区域的函数，并估计样本群体中的可变性。

• methInheritSim使用一个真实的控制数据集模拟一个多代甲基化案例与对照实验，具有继承关系。

• methyvim这个包提供了基于可变重要性度量(VIMs)的差异甲基化分析工具，VIMs是因果推理中产生的一类统计目标参数。所提供的估计和推断过程是非参数的，依靠集成机器学习来灵活评估协变量之间的函数关系和感兴趣的结果。这些工具可以应用于CpG位点水平上的差异甲基化，经过多次假设检验具有有效的推论。

• mfaMFA使用贝叶斯层次混合因子分析法对基因组分岔进行建模。

• 微生物组微生物组分析的实用程序。

• 米拉MIRA测量感兴趣的调控位点(如转录因子结合位点)周围甲基化水平的“下降”程度，然后用于推断整个基因组中该类型位点的调控活性。

• miRBaseConverter一个全面的工具转换和检索miRNA的名称，接入，序列，版本，历史和家族信息在不同的miRBase版本。它可以在短时间内处理大量的mirna，而不需要其他依赖。

• miRminemiRmine数据库是来自不同公开可用的miRNA-seq数据集的表达谱集合，Panwar等人(2017)miRmine:一个人类miRNA表达数据库，用这个数据包作为rangedsummarizeexperiment准备。

• miRsponge该软件包提供了研究miRNA海绵(也称为ceRNA或miRNA诱饵)的几种功能，包括识别miRNA海绵相互作用的流行方法，整合不同方法的miRNA海绵相互作用的集成方法，以及验证miRNA海绵相互作用的功能，并推断miRNA海绵模块，进行模块富集分析，进行模块生存分析。

• motifmatchr快速找到图案匹配的许多图案和许多序列。包装来自mood主题调用库的c++代码，该库由Pasi Rastas、Janne Korhonen和Petri Martinmäki开发。

• mpra用于大规模并行报告分析(MPRA)中的数据管理、计数预处理和差异分析的工具。

• MSstatsQCMSstatsQC是一个R包，它为蛋白质组学实验提供了纵向系统适用性监测工具。

• multiMiR来自外部资源的microRNAs/靶标的集合，包括验证过的microRNAs -靶标数据库(miRecords、miRTarBase和TarBase)、预测microrna -靶标数据库(DIANA-microT、ElMMo、microcosma、miRanda、miRDB、PicTar、PITA和TargetScan)和microrna -疾病/药物数据库(miR2Disease、Pharmaco-miR VerSe和PhenomiR)。

• ndexr这个包提供了一个到NDEx服务器的接口，例如http://ndexbio.org/的公共服务器。它可以通过API检索和保存网络。网络作为RCX对象和引语表示提供。

• omicRexposomeomicRexposome将暴露数据与组组数据之间的关联评估系统化，利用MultiDataSet进行数据协调管理，利用rexposome进行暴露数据定义，利用limma进行关联测试。还可以使用多共固有分析(omicade4)和多典型相关分析(PMA)进行数据集成，混合暴露数据和组学数据。

• 奥纳西斯一个包，它允许使用本体术语(主要来自OBO本体)对文本进行注释，并根据不同注释样本之间的本体结构计算语义相似性度量。

• oncomix该软件包有助于识别肿瘤子集中相对于正常组织中过表达的mrna。理想的输入是来自许多患者相同组织的肿瘤-正常数据配对(>15对)。这种无监督的方法依赖于观察到的致癌基因只在人群中的一个肿瘤子集中具有特征性的过表达，并可能纯粹基于之前未知亚型之间mRNA表达的差异来帮助识别致癌基因候选基因。

• oneSENSE一个图形用户界面，促进基于t分布随机邻居嵌入(t-SNE)算法的降维方法，用于细胞术数据的分类分析。在one - sense中，测量的参数被分组到预定义的类别中，单元格被投影到每个类别的一维空间中。每个维度都是信息丰富的，可以通过使用与每个轴平行排列的热图进行注释，允许在二维图中同时可视化两个类别。结果图的细胞占用允许直接评估类别之间的关系。

• ontoProc支持收集不同的生物信息本体，特别使用CRAN上的本体索引包。我们提供关于细胞、细胞系、化合物和解剖学术语的关键本体论快照，以帮助分析基因组规模的实验，特别是细胞x化合物筛选。另一个目的是加强引人注目的用例的开发，以便为新兴本体提供更丰富的接口。

• openPrimeR多重PCR引物设计、评价和比较方法的实现。引物的设计是通过解决集合覆盖问题，使覆盖模板序列的数量以尽可能小的引物集最大化。为保证产生高质量的引物，只选择满足其理化性质约束的引物。一个闪亮的应用程序为这个包的功能提供了一个用户界面，它是由' openPrimeRui '包提供的。

• openPrimeRui一个闪亮的应用程序提供方法，设计，评估和比较引物集的多重聚合酶链反应。引物的设计是通过解决集合覆盖问题，使覆盖模板序列的数量以尽可能小的引物集最大化。为保证产生高质量的引物，只选择满足其理化性质约束的引物。

• OPWeight该包执行基于加权pvalue的多重假设检验，并提供相应的信息，如排序概率、权重、显著性检验等。为了进行这个测试过程，测试方法应用了测试等级和相应的测试效应量之间的概率关系。

• panelcn.mops针对NGS面板数据的CNV检测工具。扩展的cn。拖把包。

• PathwaySplice如果不考虑与每个基因相关的外显子数量的不同，替代剪接的路径分析将是有偏见的，因为外显子数量较高的基因更有可能被包括在替代剪接的“重要”基因列表中。PathwaySplice是一个R包，它:(1)进行路径分析，明确调整与每个基因相关的外显子数量(2)可视化由于每个基因的外显子数量不同而导致的选择偏倚(3)使用逻辑回归正式测试偏倚的存在(4)基于基因本体论术语支持基因集，以及更广泛定义的基因集(如MSigDB)或用户定义的基因集(5)识别驱动通路显著性的显著基因(6)用富集图组织显著通路，其中具有大量重叠基因的通路被分组在一个网络图中

• pcxn发现单个通路/基因集的相关通路/基因集，或发现多个通路/基因集之间的相关关系。绘制热图或创建查询的网络，并提取在可用集合中发现的每个通路/基因集的成员(MSigDB H hallmark, MSigDB C2 Canonical pathways, MSigDB C5 GO BP和Pathprint)。

• phenopathPhenoPath在异质遗传和环境背景的存在下推断基因组轨迹(假时间)，并测试它们之间的相互作用。

• 后代这个包提供了使用PROGENy从基因表达推断途径活性的功能。它包含了我们在《摄动反应基因揭示癌症基因表达中的信号足迹》一文中推断的线性模型。

• 道具这个程序包使用基因表达数据计算概率路径得分。使用生物途径的贝叶斯网络表示，基因表达值被聚合为基于途径的得分。

• Rbowtie2这个包提供了流行的bowtie2测序读取对齐器和AdapterRemoval的R包装器，AdapterRemoval是快速适配器修剪、识别和读取合并的方便工具。

• restfulSE这个包提供了函数和类，通过操作类似summarizedexperiment的对象与远程数据存储连接。

• rexposome软件包，允许探索暴露和执行暴露与健康结果之间的关联分析。

• rhdf5client提供了从R内部从h5serv服务器读取数据的功能。

• Rhdf5lib提供C和c++的hdf5库。

• RProtoBufLib这个包提供了头文件和协议缓冲区2.6.0的静态库，供其他R包编译和链接。

• RTNsurvivalRTNsurvival是一个将RTN包生成的规则与生存信息集成的工具。对于给定的规则，双尾GSEA方法为每个个体样本计算差异富集分数(dES)，然后使用所有样本的dES分布来评估队列的生存统计数据。有两个主要的生存分析工作流程:Cox比例风险方法用于建模规则作为生存时间的预测因素，以及Kaplan-Meier分析评估基于规则活动的队列分层。所有地块都可以根据用户的规格进行微调。

• runibic这个包在r中实现了UbiBic算法。这个用于分析基因表达数据的聚类算法是由Zhenjia Wang等人在2016年提出的。它被认为是目前最有前途的聚类方法，用于识别复杂和噪声数据中的有意义结构。

• 旅游房车罕见变异共享(RVS)实现了在家族样本中罕见遗传变异基因型和二分表型(例如疾病状态)之间的关联和联系的检测。这些检测基于在罕见变异与表现型之间不存在联系和关联的原假设下亲属共享罕见变异的概率，并适用于一个地区的单个变异或多个变异(例如基于基因的检测)。

• Scale4CScale4C是一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的尺度空间转换和可视化。尺度空间变换是一种多尺度可视化技术，通过应用不同的平滑核(高斯，σ增加)，将二维信号(例如在选择的基因组区间上的4C-seq读取)转换为尺度空间(2D，基因组位置x尺度因子)中的镶嵌。这种转换允许对数据结构与其他样本进行探索性分析和比较。

• scfind最近，一个非常大的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据集已经生成并公开发布。为了使集合有用，必须以支持与研究人员相关的查询的方式组织信息。scfind从scRNA-seq数据集建立一个索引，该索引以适当和紧凑的方式组织信息，以便能够非常有效地搜索数据集中表达特定基因列表的细胞或细胞类型。

• scmap单细胞RNA-seq (scRNA-seq)被广泛用于研究复杂组织的组成，因为该技术允许研究人员使用转录组的无监督聚类来定义细胞类型。然而，由于实验方法和计算分析的差异，直接比较两个不同实验中识别的细胞往往具有挑战性。scmap是一种将scna -seq实验中的细胞投射到不同实验中识别的细胞类型上的方法。

• SCnorm这个包实现了SCnorm -一种规范化单细胞RNA-seq数据的方法。

• scoreInvHapscoreInvHap可以获取已知逆序的样本逆序状态。scoreInvHap使用SNP数据作为输入，需要关于反演的以下信息:不同单倍型的基因型频率、区域SNP与反演状态之间的R2以及参考文献中的杂合子基因型。该数据包包括两个众所周知的逆温(8p23和17q21.31)和另外两个区域的数据。

• scPipe处理从fastq到基因计数矩阵的单细胞RNA-seq数据。它可以处理CEL-seq、MARS-seq、Drop-seq和SMART-seq生成的数据。

• seqCATseqCAT包使用来自高通量测序技术的可变调用数据(以VCF文件的形式)来验证和验证科学研究中使用的生物样本的来源、功能和特征。

• seqcombo提供用于可视化序列重组和病毒重组事件的有用功能。

• SeqSQCSeqSQC设计用于识别NGS数据中的问题样本，包括性别不匹配、污染、隐相关性和群体离群值的样本。

• SingleCellExperiment定义一个S4类，用于存储来自单单元实验的数据。这包括用于存储和检索峰值信息、每个细胞的降维坐标和大小因子的专门方法，以及用于基因和文库的常用元数据。

• 激流回旋slalom是一个可扩展的单细胞RNA-seq数据建模框架，它使用基因集注释来分析单细胞转录组异质性，从而识别细胞间差异性的生物驱动因素和模型混杂因素。

• 海绵该软件包提供了有效检测两个基因间竞争性内源性RNA相互作用的方法。这种相互作用是由一个或几个miRNA介导的，因此需要大量样本的基因和miRNA表达数据作为输入。

• 经验丰富的人分期包允许自动分期分析高通量基因表达数据。该方法目前以预印本的形式发布在http://biorxiv.org/content/early/2017/02/16/109082

• tenXplore对来自10x基因组的130万小鼠神经元的scRNA-seq进行本体论探索。

• TFARM它在特定的基因组区域中搜索转录因子与转录因子靶标的相关关联。它还允许评估关联规则中转录因子(以及转录因子组合)的重要性指数分布。

• TFHAZ它发现了转录因子(TF)高积累的DNA区域，即基因组沿线不同转录因子高度存在的区域。从包含TF结合区域基因组位置的数据集开始，对所选染色体的每个碱基计算TF的积累。有三种不同类型的积累(TF、区域和基数积累)，并考虑到在单一基数积累计算中，在给定宽度的窗口内，TF不仅出现在单一基数中，而且出现在其附近。然后，高积累DNA区被定义为由连续碱基形成的基因组区域，其积累等于或高于给定的阈值。此外，还提供了一些函数，以便对不同输入参数的结果进行分析、可视化和比较。

• TMixClust基于高斯变量和非参数三次样条估计混合效应模型的时间序列基因表达数据聚类方法的实现。该方法可以稳健地解释典型基因表达时间序列数据集中存在的高水平噪声。

• 三硝基甲苯一个到TnT javascript库(https://github.com/ tntvis)的R接口，提供基于轨迹的基因组数据的交互式和灵活的可视化。

• topdownr自顶向下套件可以自动和系统地调查碎片状况。它创建Thermo Orbitrap Fusion Lumos方法文件来测试数百个碎片条件。此外，它还提供了分析和处理生成的MS数据的功能，并确定最佳条件，以最大化整体碎片覆盖率。

• transcriptogramerR包用于基于转录图的转录分析，这是一种分析转录组的方法，将表达值投射到一组有序蛋白质上，其排列方式是，基因产物参与同一代谢途径的概率随着排序的两个蛋白质之间的距离的增加呈指数下降。因此，转录图是全基因组基因表达谱，提供了细胞代谢的全局视图，同时指示了表达被改变的基因集。

• trena重建转录调控网络的方法，特别是在具有全基因组TF结合位点信息的物种中。

• 火神Vulcan (VirtUaL ChIP-Seq Analysis through Networks)是一个程序包，它可以查询基因调控网络，从而推断出来自ChIP-Seq数据的差异绑定签名中显著丰富的辅因子。为此，我们的软件包结合了来自不同BioConductor软件包的策略:DESeq用于数据规范化，ChIPpeakAnno和DiffBind用于注释和定义ChIP-Seq基因组峰值，csaw用于定义最佳峰值宽度，viper用于在差分绑定签名上应用调控网络。

• zFPKM对RNA-seq FPKM数据执行zFPKM转换。该算法基于Hart等人2013年发表的论文(Pubmed ID 24215113)。推荐使用zFPKM > -3筛选表达基因。用编码的开放/封闭染色体数据进行验证。使用FPKM或TPM可以很好地处理基因水平数据。似乎不能很好地校准转录水平数据。

• zinbwave实现一个通用和灵活的零膨胀负二项模型，可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型考虑了零通货膨胀(退出)、过度分散和数据的计数性质。该模型还考虑了库大小的差异，并可选地考虑了批处理效应和/或其他协变量，从而避免了对数据进行预规范化的需要。

来自新包和现有包的新闻

ABAEnrichment

1.8.0版本的更改:

新功能

• 有两种新的统计检验(除了超几何和威尔考克森秩和检验之外):1)当基因与两种计数(例如，自同一祖先以来两个物种的氨基酸变化数量)相关联时的二项检验;2) 2x2列联表检验，当基因与四个计数(例如，物种之间固定或物种内部可变的非同义或同义变体的数量)相关时。

• 新的' silent '选项抑制所有输出到屏幕上，除了警告和错误消息

用户级的变化

• 默认的“基因”输入现在是一个数据帧，在第一列中有基因标识符，在其他列中有基因相关的变量，如分数或计数(旧的矢量输入仍然适用于超几何和Wilcxon秩和测试)

• sort aba_rich(…)[[1]]output also on structure-ID(在对年龄类别和FWER排序后)

• 对' get_annotated_genes '输出中的基因进行排序(mixedsort)

• 将aba_rich()列“times_FWER_under_0.05”重命名为“n_significant”

改进

• aba_rich和get_annotated_genes的性能改进

• 修改后的临时文件生成允许使用McLapply进行并行处理

ABSSeq

版本:2017-07-18发布日期:2017-07-18类别:更新中!将aFold模型应用于复杂设计的线性模型(R函数:ABSSeqlm)

版本:2017-06-02发布日期:2017-06-02文字:1)更新!引入一种新的归一化方法，如qtotal (R函数:qtotalNormalized)

版本:2017-02-14发布日期:2017-02-14类别:更新中!添加新方法:通过fold-change调用DE

版本:2016-02-29发布日期:2016-02-29类别:更新!通过在' ABSDataSet '对象中设置' paired '参数来启用配对比较。

版本:2015-08-24发布日期:2015-08-24类别:这是ABSSeq的第二个版本:1)使用NB分布代替GP来模拟条件之间的计数差异2)引入一种有效的离群值检测方法:缓和的MAD 3)引入对色散估计的惩罚4)在表达水平和基因特异性色散上提供log2折变化的调节

affycoretools

版本:1.50.0类别:用户可见的重大变化

版本:1.50.0类别:转换runRomer和outputRomer到S4，在流程重构

版本:1.50.0类别:他们现在接受ExpressionSet和MArrayLM对象(对于文本:

版本:1.50.0类别:Affymetrix微阵列分析)，DGEList和DGEGLM对象(用于文本:

版本:1.50.0类别:RNA-Seq分析使用edgeR)或一个列表和MArrayLM对象(用于文本:

类别:安捷伦单色微阵列分析或limma- boom RNA-Seq

版本:1.50.0类别:分析

版本:1.50.0类别:affycoretools v1.43.1

版本:1.50.0类别:更改文本:

版本:1.50.0类别:添加了自动注释表达式集的新功能

版本:1.50.0类别:使用ChipDb(例如，hugene10sttranscriptcluster.db)包

版本:1.50.0类别:pdInfo(例如，pd.hugen .1.0.v1)包，或用户提供的文本:

版本:1.50.0类别:data.frames。文本:

ALDEx2

1.9.2版本的更改:

新功能(jrw, GBG

• 增加了自动选择低方差高相对丰度特征作为基础的能力

• 添加了新的类和泛型定义，以获得用作基础的特性

• 可以导出getDenom函数

• 更新以上文件

• 版本撞

1.8.1版本的更改:

新特性(tpq

• 更新了aldex功能

• 新的“test = iterative”使用一个t检验的结果作为第二个t检验的“denom”输入

• 对函数文档进行了很大的改进

• rennovated aldex。tt函数

• “进度条”跟踪蒙特卡洛实例之间的进度

• aldex。Ttest函数更快(10,000个特性可达300%)

• 现在使用威尔考克斯签名秩测试时'配对。test = TRUE '

• aldex补充道。签名“矩阵”的CLR方法

amplican

1.0.0版本的更改:

新功能

• ampliCan首次释放

Anaquin

2.0版本的变化:

• 对所有R函数进行了重大修改

• 为种系和癌症突变准备了即将到来的亮片

• 为宏基因组亮片准备即将到来的亮片

AneuFinder

版本:1.5.1类别:用户级别的重大变化

版本:1.5.1类别:BUG修复文本:可以使用BSgenomeNCBI现在GC校正(只对BSgenome有效加州大学之前)。

文本:bam2GRanges(…，pairedEndReads=TRUE)中的错误修复，如果两个对齐不在同一染色体上。

AnnotationFilter

1.1.2版本的更改:

新功能

• supportFilters返回一个data.frame，其中包含过滤器类名和字段。

AnnotationHub

在2.10.0版本的更改:

新功能

• AnnotationHub现在将使用参数' localHub '离线工作;如果没有检测到互联网连接，也将自动使用此选项。

• 增加了新的GDSResource类

• 增加了创建AnnotationHub包的文档

修改

• 修改标签矢量时传递给显示，以提高显示查询速度

• 从AnnotationHubData中移动readMetadataFromCsv。

• 从AnnotationHub中删除listResources和loadResource;没有实现，只在ExperimentHub中有效

错误修复

• 暴露快照小于或等于发布日期

• 如果索引文件损坏或过时，强制重新构建索引

AnnotationHubData

1.8.0版本的更改:

新功能

• 不使用dropbox或ftp将贡献的资源交付给Bioconductor Core，而是利用S3上对Annotation-Contributor用户的临时访问。

修改

• 修改readMetadataFromCsv;如果location_prefix是Bioconductor S3桶，则RDataPath必须以包名开头

错误修复

• 增加垃圾回收修复2位内存分配错误

• 修复了文件名中不能删除的特殊字符

• 从DBI导入dbGetQuery

• 在单元测试中删除硬编码的biocVersion

anota2seq

0.99.2版本的更改:

• 重命名以坚持类、函数和数据对象的Bioconductor命名风格

• 修正anota2seq_data手册页中的错误

• 修改默认值(强制参数没有NULL默认值)

• 修复了plot函数中参数fileName的错误

在0.99.1版本的更改:

• BiocStyle的latex2函数在开发版中已被弃用。用乳胶代替()

• 删除inst/doc和build/文件夹

• 更新手册页

• 修改anota2seqDataSetFromSE中assayNum的默认值为1

• anota2seq show方法的格式化(以及对象描述中的少量文本编辑)

• 修复了anota2seqSelSigGenes中sortBy参数的相关问题

• 在给用户的消息中进行小文本编辑

• 修复了anota2seqPlotFC中阈值线的错误

• 修复了当useRVM = FALSE且只选择一个基因时anota2seqSelSigGenes的错误

在0.99.0版本的更改:

• 首次提交版本

apeglm

1.0.0版本的更改:

• apeglm在Bioconductor发布!方法可以在DESeq2中通过type= " apeglm "调用' lfcShrink '来访问。

arrayQualityMetrics

3.33.2版本的更改:

用户可见更改

• 取消了对SVGAnnotation的依赖，因为BioCextra存储库正在被撤销。目前，SVG绘图不是交互式的。

ASpli

1.3.12版本的更改:

特性

• 为了清晰起见，以前命名为“as”的事件现在命名为“未定义as”。

• 增强小插曲。

错误修复

• DUreport方法增加了verbose和filterwithcontrast参数。

1.3.11版本的更改:

特性

• 更改一些' ES* '事件的分配为' as '事件。

• 增加DUreportBinSplice方法的详细选项

• junctionDUReport方法更改为junctionDUReport以与其他方法名称一致。

错误修复

• 插图和手册页中有许多修改。

• 在小插图/图像中的ZNF410_E013.gr.pdf文件被更改为ZNF410_E013_gr.pdf，以便在乳胶代码中正确使用。

1.3.10版本的更改:

文档

• 更新Vignette以反映对象、方法和函数的更改。仍然需要进行小的修改。

错误修复

• plotgenomic icregions现在可以正确地从未合并的块茎中制作地块。

1.3.9版本的更改:

错误修复

• plobins函数现在正确显示x-tick标签。

1.3.8版本的更改:

特性

• plotgenomic icregions不需要ASpliCounts对象

错误修复

• AsDiscover和DUreport可以处理一个样本的情况。结果应该谨慎对待，但ASpli不会崩溃。

1.3.7版本的更改:

特性

• 增加了通过读计数和读密度过滤ASpliCounts对象元素的功能。

1.3.6版本的更改:

特性

• geneMode是偏移量估计的默认模式。

1.2.1版本的更改:

错误修复

• AsDiscover()不再包含irPIR表中某些IR和IR* bin的混合行数据。

• DUReport()能正确计算出共用一端的结的结比。计数表。

• 当没有共享起始或结束的连接时，DUReport()不再失败。

• reacCounts()需要显式的targets参数，而不是从全局环境中获取该参数(在全局环境中可能不存在该名称)。

吸引

版本:1.29.1发布日期:2017-05-31类别:修复使用微阵列数据和活性基因集时的错误

AUCell

在0.99.6版本的更改:

• 界面更改以符合Bioconductor的要求。(函数名和参数，GSEABase中“GeneSet”的用法…)

基础知识

1.1.0版本的更改(2017-08-16):

• 需要通过BiocCheck的微小更改(使用formatR和BiocCheck)

1.0.13版本(2017-08-15)的更改:

• 文档的微小更改

• 小改动的插图

1.0.12版本的变更(2017-08-14):

• ' summarizeexperiment '类被' singlecellexperexperimental '类替换

• 更新后的装饰图案

1.0.11(2017-08-06)版本的更改:

• BASiCS_VarianceDecomp:小错误修复(未使用的数据对象)

• 固定在细胞特定插槽ChainSC和ChainRNA上的colname

• 在c++代码中为中断激活Rcpp::checkUserInterrupt()

• 添加' grDevices '作为依赖项

• ' WithSpikes '参数从' BASiCS_LoadChain '函数中移除

1.0.10版本的变更(2017-08-06):

• BASiCS_TestDE:输出消息的更改

• 在BASiCS_Chain对象的plot方法中添加了基因名称

1.0.9版本的变更(2017-08-04):

• newBASiCS_Data:增加检查以确保SpikeInfo是一个data.frame

• BASiCS_TestDE: EpsilonM和EpsilonD的默认值已经改变

• 插图+例子更新相应

1.0.8版本的变更(2017-08-03):

• ' Data '参数从' HiddenHeaderDetectHVG_LVG ' + ' HiddenVarDecomp ' + ' BASiCS_DetectHVG ' + ' BASiCS_DetectLVG ' + ' BASiCS_VarThresholdSearchLVG '中的参数中删除

• ' object '参数在' BASiCS_DetectHVG ' + ' BASiCS_DetectLVG ' + ' basics_varthresholdsearchvg ' + ' BASiCS_VarThresholdSearchLVG '中被重命名为' Chain '

• BASiCS_MCMC中的示例更新为使用内置链

• 删除' BASiCS_Summary '类中的' smoothPlot '用法(避免日志问题)

• 在BASiCS_TestDE函数中添加了火山绘图

• 解决了' smoothScatter '中对数刻度的问题

• 修复了BASiCS_TestDE中的小错误

• ' bases_hvg ' + ' BASiCS_LVG '中的' evevthreshold '参数被' ProbThreshold '替换

• Vignette相应地更新

1.0.7版本的更改(2017-08-03):

• BASiCS_TestDE的多个变化:*增加了文档中的表格查看示例*增加了运行示例的链提取*差异分散的结果，以排除差异平均基因*增加了EFDR / EFNR控制图*增加了MA图

• 主要隐藏函数移动到单独的文件

• ' graphics ' + ' KernSmooth '作为依赖添加到使用' smoothScatter '

• ' smooth '参数在plot函数/方法中更改为' SmoothPlot '

• 增加了对基本函数的引用::(例如boxplot, var, acf等)

• devtools::check() OK - 1 warning: BiocStyle in vignette

1.0.6版本的变更(2017-08-02):

• 在DESCRIPTION中' Imports '中添加' matrixStats '(使用' colMedians '函数)

• 一个函数一个函数的小改动(文档的修订+小错误)* BASiCS_TestDE:改进的偏移图

• * BASiCS_TestDE: Ref/Test表示法更改为Group1/2 +输出表名称更改为Mean/Disp +偏移量校正对象作为输出+分离输出表Mean/Disp + post prob阈值移动到隐藏函数(避免重复代码)

1.0.5版本的变更(2017-08-01):

• 一个函数一个函数的主要变化* BASiCS_TestDE:添加了偏移量的绘图功能

• ACF图添加到BASiCS_Chain图

1.0.4版本的变更(2017-08-01):

• 函数对函数的微小更改(文档的修订+微小错误)* basics_varthresholdsearchvg / LVG: EFDR标准更新为BASiCS_DetectHVG / LVG * BASiCS_TestDE:添加示例

• 主要的变化函数一个函数一个函数* BASiCS_D_TestDE:不再使用消息添加

• BASiCS_MCMC中的示例相应更新

• Vignette相应地更新

• 更新的DESCRIPTION文件(作者和描述)

• 更新的欢迎辞(链接到新的wiki)

1.0.3版本的变更(2017-08-01):

• * BASiCS_DetectHVG / LVG:在EFDR/EFND图中添加垂直/水平线，子任务移动到隐藏函数(避免重复代码)

• * BASiCS_DetectHVG / LVG:当最优值< 0.5时，修复默认的问题阈值= 0.5

• BASiCS_MCMC中的示例相应更新

• Vignette相应地更新

1.0.2版本的变更(2017-08-01):

• 一个函数一个函数的微小更改(文档的修订+小错误)* BASiCS_MCMC: ' MCMC_Output '在示例中被' Chain '替换

• * BASiCS_MCMC:链存储一个单独的。rds文件，使用BASiCS_Chain格式(而不是单独的。txt文件)* BASiCS_LoadChain:相应更新* BASiCS_DetectHVG:证据threhold只由EFDR定义

• Vignette相应地更新

1.0.1版本变更(2017-07-31):

• 小的变化函数逐个函数(修订文档+小的错误)* newBASiCS_Data:添加ref to GB paper +默认面值文档+ Nils作为作者* BASiCS_Filter:添加ref to GB paper +默认面值文档+ Nils作为作者* makeExampleBASiCS_Data:添加ref to GB paper +默认面值文档+ Nils作为作者* BASiCS_MCMC:添加ref to GB paper + Nils作为作者+修复打印系统。时间+更新示例

• 主要更改函数的函数* makeExampleBASiCS_Data:Case1Param替换为例子* BASiCS_MCMC: PriorDelta的默认值设置为' log-normal ' * HiddenBASiCS_MCMC_Start: delta的新起始值(如在主回购中)

1.0.0版本更改(2017-07-29):

• 初始大合并@nilseling更改(为Bioconductor提交做准备)

• *为每个R函数创建单独的。R(但所有' Hidden '函数都在一个文件中)* BASiCS_Data类替换为summarizeexperiment类(Bioconductor) *联系邮箱更新为' cvallejos@@turing.ac。*清除BASiCS_Data和BASiCS_D_Data对象的方法(这些类不再存在)*调整newBASiCS_Data函数创建一个summarizeexperiment对象* ' cat '调用替换为' message '调用*清除BASiCS_D_TestDE函数(删除不使用的参数)*清除BASiCS_DetectHVG_LVG函数(使用summarizeexperiment类)*清除BASiCS_MCMC函数(使用summarizeexperiment类)*清除BASiCS_Sim函数(使用summarizeexperiment类;额外的参数muSpikes) *清理BASiCS_DetectHVG_LVG功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_VarianceDecomp功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_VarThresholdSearchHVG功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_DenoisedCounts功能(使用SummarizedExperiment类)*清理BASiCS_DenoisedRates功能(使用SummarizedExperiment类)*清理HiddenBASiCS_MCMC_Start功能(使用*清除makeExampleBASiCS_Data函数(使用summarizeexperiment类)*删除与BASiCS_D_MCMC类相关的方法(不再使用)* NAMESPACE +相应更新的Rd文件*相应更新的DESCRIPTION文件*相应更新的Vignette文件

在0.99.14(2017-10-19)版本的更改:

• 增加了检查以确保输入SingleCellExperiment对象拥有所有信息

在0.99.13(2017-10-17)版本的更改:

• @neling电子邮件添加到描述+作者投稿

在0.99.12版本(2017-10-17)的更改:

• 更新的新闻与变化@neling

• 修正了@neling上次提交的类有效性的小错误

• 的变化BASiCS_Chain而且BASiCS_Summary类来包含单个列表存储所有参数的槽位。这允许更大的灵活性，以合并正在进行的基础开发，但不影响用户界面。

• BASiCS_DenoisedCounts，BASiCS_DenoisedRates，BASiCS_DetectHVG，BASiCS_DetectLVG，BASiCS_MCMC，BASiCS_TestDE，HiddenVarDecomp，newBASiCS_Chain函数和所有方法都相应更新

• ChainSC而且ChainRNA相应更新的示例对象

• 相应地更新单元测试

• Wiki页面相应更新

• updateObject导入的泛型方法BiocGenerics

• 新的泛型方法定义移动到AllGenerics。R

• 更改类定义以存储当前packageVersion

• BASiCS_LoadChain函数已更新以处理旧的类定义和.txt存储。

• 简短的欢迎词。

• 健康检入BASiCS_TestDE移动到单独的文件。

• 更新了代码缩进BASiCS_TestDE

• 警告BASiCS_DetectHVG而且BASiCS_DetectLVG当用户提供后验概率阈值作为输入时

• 未使用的实参已从HiddenEFDR而且HiddenEFNR功能

• 小的改变通过R CMD检查

• 检查库通过R CMD BiocCheck

• 整理命名空间

• 整理新闻

• 将develop_class合并到主分支中

在0.99.10(2017-10-17)版本的更改:

• 更新了README，包含bios安装说明和@nturaga确认

在0.99.9版本(2017-10-16)的更改:

• 在描述中更新URL和BugReports

在0.99.8(2017-10-10)版本的更改:

• 版本碰撞触发新的生物导体构建

在0.99.7版本的更改:

• 本月文件夹已被删除

• 删除.．.参数在段-情节方法BASiCS_Summary

0.99.5(2017-09-26)版本的更改:

• 更改默认值PriorDelta价值BASiCS_MCMC

• 相应修改的单元测试

0.99.4(2017-09-25)版本的更改:

• 格式BASiCS_MCMC

• 修复了小错误BASiCS_DetectLVG情节

• 新增示例BASiCS_DenoisedCounts+BASiCS_DenoisedRates

• 删除例子论点makeExampleBASiCS_D_Data

• 小插图中的格式

• R CMD检查通过

• R CMD BiocCheck通过

0.99.3(2017-09-21)版本更改:

• 额外的单元测试(给定种子的参数估计)

• 格式+向量化HiddenThresholdSearchTestDE函数

• HiddenProbDE不再需要时删除

• 增加了微分测试的额外单元测试

• 格式BASiCS_TestDE函数

• 格式HiddenBASiCS_MCMC_Start函数

• 格式HiddenChecksBASiCS函数

• 格式BASiCS_D_TestDE

• 所有S4方法的格式

• 2^添加到FC中BASiCS_TestDETableDisp

• 数据文档格式

• 类定义的格式

• 格式+向量化BASiCS_Filter

• 格式BASiCS_LoadChain

• 删除第二个例子makeExampleBASiCS_Data(由于DataSC, DataRNA不再需要)

• 格式makeExampleBASiCS_Data

• 格式BASiCS_Sim

• 格式+ matrixStats的使用BASiCS_VarianceDecomp

• 增加了HVG/LVG检测的单元测试

• 小错误BASiCS_TestDE已解决(与colMeans2的使用有关)

• 格式+ matrixStats的使用HiddenVarDecomp

• 消息取而代之的是猫在方法。R

• 删除不再需要的隐藏函数

• 格式HiddenHeaderDetectHVG_LVG

• 格式HiddenPlot1DetectHVG_LVG+HiddenPlot2DetectHVG_LVG

• 格式+ matrixStats的使用BASiCS_DetectHVG+BASiCS_DetectLVG

• 格式BASiCS_VarThresholdSearchHVG

• 格式HiddenThresholdSearchDetectHVG_LVG

• 计算BASiCS_DenoisedRates转移到c++以提高速度

• 格式BASiCS_DenoisedCounts

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数* mu存储到q0的尺寸*创建通用存储值*形成长行*删除不再需要的函数和调试行

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数* MH更新的优化

• 编辑在HiddenBASiCS_MCMCcpp和相关的c++函数*批处理和非批处理版本合并在一个函数中*避免链存储的双重响应

0.99.2版本的更改:

• ' newBASiCS_Data ':格式+检查移动到HiddenChecksBASiCS_Data函数

• HiddenChecksBASiCS_Data:使用colMeans2, rowMeans2

• 欢迎词格式

• “newBASiCS_Chain”:格式

在0.99.0版本(2017-08-28)的更改:

• 完成Bioconductor提交清单的微小更改

• 版本根据Bioconductor指南重新编号

0.7.30(2017-07-26)版本的更改:

• 修复' BASiCS:::HiddenBASiCS_MCMC_Start '函数中的错字(感谢@bdulken指出此问题)

0.7.29(2017-07-24)版本的更改:

• ' BASiCS:::HiddenBASiCS_MCMC_Start '函数修改了mu的起始值定义(以避免在不必要的情况下添加+1)

• ' BASiCS:::HiddenBASiCS_MCMC_Start '修改为delta有更好的起始值(这是基于Vallejos等人2016年的eq 2)

0.7.28(2017-07-21)版本的更改:

• 修正了对' data '的依赖。table '来防止' BASiCS_LoadChain '函数出错(感谢Yongchao Ge指出这个问题)。此更改会影响DESCRIPTION文件以及' BASiCS_LoadChain '函数。

0.7.27版本的更改(2017-05-09):

• 修复了' BASiCS_Filter '函数中的错误，以阻止在所有细胞中有零计数的基因时代码崩溃。

0.7.26版本的更改(2017-02-09):

• 更新' BASiCS_Filter '函数以包含' BatchInfo '参数(感谢Dmitriy Zhukov的建议)

• Vignette文件相应更新。

• 更新了' newBASiCS_Data '函数，以防止当' BatchInfo '参数被设置为' factor '时与未使用的级别相关的问题(感谢Kevin Rue-Albrecht指出了这个问题)

0.7.25(2017-01-11)版本的更改:

• 修正了小插图文件中的错别字(感谢Dmitriy Zhukov指出这一点)

0.7.24(2016-11-23)版本的更改:

• 在计算无尖峰情况下的可识别性约束时，中值更改为平均值

0.7.23(2016-11-21)版本变更:

• 清除无尖峰情况下的可识别性约束选项

0.7.22(2016-11-16)版本的更改:

• 修正了' ConstrainType ' = 5的错误(只影响无尖峰情况)

0.7.21(2016-11-15)版本的更改:

• ' ConstrainType ' = 4,5添加(排除在' ConstrainLimit '小于100%细胞捕获的基因)

0.7.20(2016-11-14)版本的更改:

• ' newBASiCS_Data '函数修改为不允许有尖峰情况

0.7.19(2016-11-14)版本的更改:

• RefGene信息存储为。txt文件

0.7.18(2016-11-08)版本的更改:

• 添加' BASiCS_LoadChain '函数以简化预计算链的加载

• 从' testthat '库导入到命名空间文件

• 对' BASiCS_D '类进行小的更改以允许偏移

0.7.17(2016-11-07)版本的更改:

• 修正RefGenes定义中的错误

0.7.16(2016-11-07)版本的更改:

• ConstrainType = 3(随机参考)为无尖峰情况重新引入

0.7.15(2016-11-07)版本的更改:

• ConstrainType = 1 (untrim)为无尖峰情况重新引入(仅用于演示)

• RefGene从AR报告中删除

• 增加了RefGene选择的控制台报告

0.7.14(2016-11-03)版本更改:

• 从' muUpdateNoSpikes '函数中删除调试消息。

0.7.13(2016-11-02)版本的更改:

• 修复了' HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes '函数参数的错字(' constraint '而不是' ConstrainType ')

• 有效性检查' (y(i) > 1e-3) '稍后在' deltaUpdateNoSpikes '中移动，以避免在不必要的情况下破坏代码!

0.7.12(2016-11-01)版本的更改:

• 默认值“PriorDelta”(v 0.7.9)的更改已恢复为可再现性问题。添加到函数开头的消息，以便用户知道所做的更改。

• PriorDelta = ' gamma '现在允许没有峰值的情况

0.7.11(2016-10-31)版本的更改:

• 添加注释以澄清' BASiCS_MCMC '函数中没有尖峰情况。

0.7.10(2016-10-31)版本的更改:

• 对' BASiCS_MCMC '进行了微小的更改，以拥有更有意义的变量名

• 对' BASiCS_MCMC '的微小更改使无尖峰case具有功能

0.7.9版本(2016-10-31)的更改:

• 清理了有关参数更新的c++代码(没有尖峰情况)

• 在描述文件和欢迎词中更新了电子邮件

• ' BASiCS_MCMC '被修改，因此" log-normal "是PriorDelta的默认值

0.7.8版本的变更(2016-08-15):

• ConstrainType = 4实现(仅无尖峰情况)

0.7.7版本(2016-08-12)的变更:

• ConstrainType = 3已实现(仅无尖峰情况)

0.7.6版本的更改(2016-08-11):

• 作为v 0.7.5，但有额外的参数约束限制(只有无尖峰情况)

0.7.5版本的更改(2016-08-10):

• 修改约束以只包括“表达”基因(仅无尖峰情况)

0.7.4版本的变更(2016-08-09):

• 修改约束以只包括“表达”基因(仅无尖峰情况)

0.7.3版本(2016-08-08)的变更:

• 参考集是最接近平均值的基因(仅无尖峰情况)

0.7.2版本的更改(2016-08-05):

• 与v 0.7.2相同，但效率更高

0.7.1版本(2016-08-05)的变更:

• 在mu的连续更新中随机引用(仅无尖峰情况)

0.7.0版本的更改(2016-08-02):

• 在MCMC中对mu进行连续更新(仅无尖峰情况)

0.6.9版本(2016-08-01)的变更:

• 基于dirichlet的MCMC中mu的建议(仅无尖峰情况)

0.6.8版本变更(2016-07-28):

• 在MCMC中对mu进行连续更新(仅无尖峰情况)

0.6.7版本的更改(2016-07-28):

• 对' BASiCS_D_Data '对象的有效性检查进行了微小更改

0.6.6版本变更(2016-07-27):

• 无尖峰情况的第一个工作版本(受约束的mu)

0.6.5版本的变化:

• 修改无尖峰情况下的可识别性约束。

0.6.4版本的更改(2016-06-01):

• 安全检查添加到“phiUpdateNoSpikes”

0.6.3版本变更(2016-05-31):

• 欢迎信息中的小更新。

0.6.2版本变更(2016-05-31):

• 添加了“phiUpdateNoSpikes”的模板。

• 对所有' HiddenBASiCS_MCMCcpp '函数的' phiUpdate '进行了微小更改(以避免重写phi0)

• ' HiddenBASiCS_MCMCcppBatch ' ' HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes '的更快适配步骤

• ' HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes '已为测试阶段完成(尚未为用户准备好)

0.6.1版本的更改(2016-05-25):

• 参数' WithSpikes '添加到' makeExampleBASiCS_Data '，生成一个没有尖峰的示例数据

• 修改' BASiCS_Data '类的有效性检查，以允许没有尖峰情况(SpikeInput = 1)

• ' BASiCS_Data '类的' show '方法修改为处理无尖峰情况

• 检查“BASiCS_Data”对象修改为需要:峰值或批次

• ' BASiCS_MCMC '被修改为没有尖峰情况(只有if/else语句，还没有功能)

• ' HiddenBASiCS_MCMC_Start '修改为无尖峰情况

• 添加了' HiddenBASiCS_MCMCcppNoSpikes '函数。' phi '的更新正在等待中。

• 小的小插图文件没有增加尖峰案件

0.5.11(2016-05-24)版本变更:

• ' importMethodsFrom(scran, computeSumFactors) '添加到命名空间

0.5.10(2016-05-20)版本变更:

• 更新了' HiddenBASiCS_MCMC_Start '函数中的bug(感谢Joanna Dreux注意到这个问题)

0.5.9版本变更(2016-05-19):

• 添加了对' scran '的依赖

• ' HiddenBASiCS_MCMC_Start '修改为使用' scran '估计作为起始值。这允许更快的收敛。

• 更新的自述。Md '文件来构建和访问安装期间的小插图

0.5.8版本变更(2016-05-18):

• 在分析了c++函数之后，进行了一些小的编辑，以提高内存的使用。这些不会影响用户界面

• 对' makeExampleBASiCS_Data '函数进行了小的更改，以避免' NOTICE '消息

0.5.7版本的更改(2016-04-27):

• 欢迎留言

0.5.6版本的更改(2016-04-19):

• 固定消息BASiCS_D_Test函数。这不会影响功能。只有在控制台中打印的消息。

0.5.5版本的更改(2016-04-18):

• 检查有效性时的小修正BASiCS_D_Data对象。感谢Nils Eling。

• 修正了文档文件的问题。

在0.5.4版本(2016-04-15)的更改:

• 文档文件的小修正

• 论点GenesSelect被添加到功能中BASiCS_D_TestDE允许在细胞类型之间的比较中包含用户定义的基因列表。

0.5.3(2016-03-09)版本的更改:

• 槽BatchInfoTest而且BatchInfoRef添加到BASiCS_D_Data类。

• newBASiCS_D_Data修改后的功能BatchInfoTest而且BatchInfoRef槽。

• CombineBASiCS_Data修改后的功能BatchInfoTest而且BatchInfoRef槽。

• 显示方法BASiCS_D_Data修改后的类BatchInfoTest而且BatchInfoRef槽。

• GeneNames中缺少参数makeExampleBASiCS_D_Data已添加。

• 槽thetaTest而且thetaRef的BASiCS_D_Chain修改为接受矩阵的对象(允许多个批处理是必需的)。

0.5.2(2016-03-07)版本的更改:

• 在功能上BASiCS_D_TestDE．当EFDR校准失败时，将概率阈值设置为0.90(空值下的模拟)

• 固定版本号在描述文件。

0.5.1版本(2016-03-07)的更改:

• 在功能上BASiCS_D_TestDE．当EFDR校准失败时，将概率阈值设置为0.95(空值下的模拟)

0.5.0版本的更改(2016-03-03):

• 扩展的包描述，包括预先指定的细胞群之间的比较

• BASiCS_DV_Data，BASiCS_DV_Chain而且BASiCS_DV_Summary由BASiCS_D_Data，BASiCS_D_Chain而且BASiCS_D_Summary类,分别。

• 槽'偏移'添加到BASiCS_D_Chain而且BASiCS_D_Summary类。

• 插槽“probHPD”添加BASiCS_D_Summary类。

• 创建CombineBASiCS_Data功能结合2独立BASiCS_Data对象合并为一个BASiCS_D_Data对象。

• 的输入中增加的偏移值显示方法BASiCS_D_Chain而且BASiCS_D_Summary类。

• 创建CombineBASiCS_Chain功能结合2独立BASiCS_Chain对象合并为一个BASiCS_D_Chain对象。

• 添加了“GeneNames”插槽BASiCS_Data类

0.4.1版本的变更(2016-02-05):

• 修正了小插图(使用newBASiCS_Data功能)。在类的文档中已经修复了相同的错误BASiCS_Data．

• 可选参数' Start '被添加BASiCS_MCMC函数允许运行具有各种用户定义起点的链。一般来说，我们不建议使用此参数，因为默认选项已经过调优以促进收敛。

• 更新了' BASiCS_DetectHVG '和' BASiCS_VarianceDecomp '函数的文档(删除了' GeneNames '参数)

• 更新了' BASiCS_DV_TestDE '函数的文档。

• 几个. rd文件中缺少@description部分。

0.4.0版本(2015-12-21)的更改:

• 添加了差异表达分析(平均值和过分散)的初步功能。

0.3.5版本(2015-11-27)的更改:

• 可选参数PriorDelta添加到BASiCS_MCMC功能，以允许可选使用γ或对数正态分布的先验。

• 在BASiCS_MCMC函数，更改默认值s2.mu到0.5。在基因在所有细胞中计数为零的情况下，允许更好的收缩。

• 在BASiCS_Data类。一个基因在所有细胞中计数为零的计数矩阵现在是允许的。但是，在这种情况下，将返回一个警告。仅在运行差异表达式结果时使用此类矩阵。

在0.3.4版本(2015-11-11)的更改:

• 修复了newBASiCS_Data函数的示例代码。感谢Simon Andrews指出这个问题。

0.3.3版本(2015-11-05)的更改:

• 与以前的方法相同，但改进了c++代码的性能

在0.3.2版本(2015-10-23)的更改:

• 的输出的微小更改BASiCS_MCMC函数(与参数$\theta$相关的元素的冒号)

• 增加额外的可选参数ls.phi0来BASiCS_MCMC函数。当默认值导致与规范化常数$\phi_j$ ' s相关的链混合缓慢时，这是很有帮助的。

0.3.1版本变更(2015-09-17):

• ' BASiCS_Data '类中的新槽位gennames

• 构造函数中的更改newBASiCS_Data使…的建造更容易BASiCS_Data对象

• 对一些函数的输出进行微小更改，以使用' BASiCS_Data '类的新GeneNames插槽

0.3.0版本变更(2015-07-31):

• 在' BASiCS_Data '类中新增槽BacthInfo

• 允许使用批次特定的技术变异性参数

• 修改' BASiCS_VarianceDecomp '以适应批成员关系(包括图形输出)

0.2.1版本的更改(2015-07-23):

• 参数' GeneNames '已添加到函数' BASiCS_VarianceDecomp '， ' BASiCS_DetectHVG '， ' BASiCS_DetectLVG '中，以便用户可以指定将用于这些函数输出的基因标签或名称。

0.2.0版本的更改(2015-06-24):

• mRNA含量大小因子$\phi_j$的新参数化，改善了MCMC算法的混合(使用自适应狄利克雷提议)

• 更新后的装饰图案

0.1.6版本的更改(2015-06-01):

• 用泛型方法displayChainBASiCS替换特定于参数的' displayChain '函数

• 用泛型方法displaySummaryBASiCS替换特定参数的' displaySummary '函数

• 在' BASiCS_DetectHVG '和' BASiCS_DetectLVG '中:向问题>= 0.5添加的约束需要检测HVG和LVG

0.1.5版本的更改(2015-05-27):

• 修复了' basics_varthresholdsearchvg '和' BASiCS_VarThresholdSearchLVG '中的小错误。

0.1.4版本的更改(2015-05-21):

• 添加' basics_降噪'函数。它生成一个归一化和去噪的表达式计数表(在去除技术变化的影响后)。

0.1.3版本的更改(2015-05-18):

• ' plotBASiCSDispVsExp ': ' log= " xy " '参数添加

• ' BASiCS_Data ':添加内部检查(样本和文本的预过滤)

• ' BASiCS_MCMC ' c++代码:Rcpp::checkUserInterrupt()用于MCMC采样器的快速用户请求中断

• S4方法“plot”用于“BASiCS_Chain”签名:参数“Column”替换为“Gene”和“Cell”

• 用S4方法' plot ' (' BASiCS_Summary '签名)替换' plotBASiCSNormPhi '和' plotbasicsnorm '

• S4方法' plot '用于' BASiCS_Summary '签名:不包括所有模型参数的plot

• S4方法' plot '用于' BASiCS_Summary '签名:不包括基因特异性和细胞特异性模型参数的散点图(取代' plotBASiCSExpVsDisp ')

• ' BASiCS_VarianceDecomp '已经对用户可见(以前的' HiddenVarDecomp '函数)，输出现在允许基因注释。

• 添加' BASiCS_Filter '函数。

• Vignette已经根据上面的变化更新了。增加了安装说明。

• 添加' BASiCS_Filter '函数。

• 添加了对R的依赖关系(>= 3.1.0)。

在0.1.2版本(2015-04-23)的更改:

• 在' BASiCS_Sim '中:将' sum(phi)==n '修改为' all.equal(sum(phi)，n) '

0.1.1版本的变更(2015-04-21):

• 改进的文档

0.1版本的更改(2015-04-20):

• 最初的发布

beachmat

1.0.0版本的更改:

• 新的包beachmat，它提供了一个c++ API来处理各种R矩阵类型。

BgeeDB

2.3.2版本的更改:

• 包中的TopAnat部分与新的Bgee发行版14 (www.bgee.org/bgee14/)的兼容性。

• 更好地管理本体结构的潜在问题

2.3.1版本的更改:

• 与新的Bgee版本14 (www.bgee.org/bgee14/)的兼容性仅用于处理后的数据下载部分。

• 在webservice准备好之前，TopAnat部分仍然临时使用Bgee 13.2版本的数据。

• 复古兼容Bgee版本13.2 (www.bgee.org/bgee13/)

Biobase

在2.37版本的更改:

错误修复

• ' $ '完成在eSet和ExpressionSet在RStudio工作。

bioCancer

类别:蜕变:生物癌症是一种辐射。数据扩展

版本:1.6.00类别:减少包的大小一半14 -> 7 mb文本:

版本:1.5.12类别:改进Reactome_ui函数

版本:1.5.11类别:添加切换按钮到ui_circomics

版本:1.5.11类别:改进circomics功能

版本:1.5.09类别:删除注释文件和图片

分类:cleanup ui_radiant， /Rbis， /quant， / bioccancer

版本:1.5.08类别:switchButton文字:

版本:1.5.07类别:data.row.names(row.names, rowsi, i)

版本:1.5.07类别:some row.names duplicate: 11,12,13,14 - > row.names NOT used Text:

版本:1.5.06类别:dplyr::mutate_each()已弃用

版本:1.5.06类别:dply::summarise_each()已弃用

版本:1.5.06类别:用prettydoc替换BiocStyle

类型:Warning in formal (fun):实参不是函数

类别:警告体(fun):实参不是函数

版本:1.5.04类别:修复设置情节大小

版本:1.5.03类别:改变圆形布局图的颜色范围，如标准

版本:1.5.02分类:更新相关方法

类别:将门户中的。libpath()替换为path.package(' bioCancer ')。R文件文本:

BiocCheck

1.14版本的更改:

新功能

• 说明当无法检查维护者订阅bio -devel邮件列表时(检查需要邮件列表管理员密码)。

错误修复

• 使用shell引号在包路径中允许空格

BiocFileCache

1.1版的更改:

新功能

• (v. 1.1.7) bfcmeta()和朋友允许记录上的任意元数据和查询bfcmeta数据的能力。

用户可见的变化

• (v. 1.1.16)如果htt::HEAD失败，不要尝试htt::GET，只报告不可用

• (v. 1.1.7) bfcquery()语法改为grep()，而不是SQL ' LIKE '。

• bfcquery()支持用户指定的' fields= '。

• queryCount重命名为bfccount

• (v. 1.1.2)添加用户指定的扩展名到缓存中的文件

• 使用dbExecute/dbSendStatement而不是粘贴查询

• 缓存中的文件保留原始文件的基名和扩展名

BiocInstaller

1.28.0版本的更改:

新功能

• biocLite()支持完整的url，例如归档的Bioconductor包。

• 支持MRAN (Microsoft R)档案。

BiocParallel

1.12版本的更改:

错误修复

• 更改注册后端初始化为第一次调用，而不是加载时。

• (v 1.11.8)确保注册表在(公共)使用前已初始化。问题# 65

新功能

• (v. 1.11.2) bpitere()获得一个进度计数器。

• ipclock()等:进程间锁和计数器

BiocStyle

在2.6.0版本的更改:

用户可见的重大更改

• 将' latex2 '、' pdf_document2 '和' html_document2 '分别重命名为' latex '、' pdf_document '和' html_document '

• 将参数从“使用”重命名为“pdf_document”。Unsrturl '到' use_unsrturl '，以与rmarkdown命名方案一致

• 拆分图/表标题“。“而不是”。，以减少碰到小数点的可能性，等等。

PDF样式的Bug修复和改进

• 使针织者选择无花果。Pos ' function in ' pdf_document '

• 改进TOC章节条目的格式(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/35)

• 根据“fig.wide”/“fig.”调整非浮动图形的宽度。小布景(艾伦·伦报道)

• Robustify \texttt，例如通过启用反勾和固定控制空格的替换

• 更新LaTeX代码，突出显示pandoc输出的宏(由Vince Carey报道)

• 当源文件缺少最后一个EOL时，' latex() '中发出的消除伪警告

• 修复针织钩调整页面宽度的破碎代码

• 在R Markdown文档中包含包版本字段，即使它们缺少一个抽象(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/29)

• 在LaTeX ' adjustwidth '环境中封装非浮动图形的正确方法(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/28)

HTML样式的Bug修复和改进

• 正确显示上标文字

• 允许在' knitr::kable ' (https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/30)中修改表布局

• 正确填充嵌套列表，文档日期和多行标题的缩进

• 修复了函数匹配作者关系(https://support.bioconductor.org/p/98155/)的错误

• 正确的水平对齐ggplotly图形(https://support.bioconductor.org/p/97609/)

• 修复与' runtime: shiny '文档选项的兼容性

biomaRt

在2.34.0版本的更改:

新功能

• 增加了listEnsemblArchives()函数。这将返回一个包含可用的ensemble存档的表，并将archive = TRUE参数替换为几个不再工作的函数。

错误修复

• 如果提交的过滤值超过500个，则ensemble bl BioMart服务器并不总是响应良好。如果查询超过了这个值，biomaRt将批量提交查询，并在完成时连接结果。

微小的变化

• 现在，您可以在主机的开头提供' http:// '，或者在末尾提供' / '(通常从浏览器复制/粘贴)，useMarts()将处理这些问题。

BiRewire

3.9.1版本的更改:

• 修复了一个小错误(没有使用图形保存顺序)。矩阵中的边缘和无限循环只有一个条目)

bnbc

0.99版的变化:

• Bioconductor的初始版本。

分歧点

版本:1.3.0类别:改进的函数速度

类别:合并和重命名的函数

版本:1.3.0类别:升级到单gbm模型

版本:1.3.0类别:Bug修复

版本:1.3.1类别:版本

BrowserViz

1.9.8版本的更改:

错误修复

• 显著(3倍)加速。一个5000节点、6000边的图大约在20秒内从R传输到Cytoscape。

bsseq

1.13版本的更改:

• 1.13.6:修复BSmooth()中的性能回归。感谢Shan Andrews的报道()。

• 1.13.5:修复combine()和combineList()中的主要错误。这个错误导致错误的BSseq对象，由于不正确的“M”，“Cov”，“coef”和“se”，甲基化估计不正确。系数的化验。为了安全起见，使用1.13.0到1.13.4版本创建的BSseq对象应该使用更新的版本重新创建。更具体地说，应该重新创建使用combine()或combineList()创建的任何BSseq对象。此外，使用read.bismark()或read.bsmooth()创建的带有多个“文件”的BSseq对象应该被重新创建。感谢Alejandro Reyes (@areyesq89)的报告()。

• 1.13.4:修复在提供' regions '时getMeth()和getCoverage()中的性能回归。感谢Alejandro Reyes (@areyesq89)的报告()。

• 移动小片段到Rmd。

篮球选手

1.18.1版本的更改:

• getCTSS()现在可以从大型BAM文件加载数据。在此更新之前，当从包含数百万个序列的数据集中过滤低质量读取时，会出现“负长度向量”错误。

相机

1.33.3版本的更改:

错误修复

• 修复getPeaklist不能正确拉出行名，关闭#22，感谢Jan Stanstrup

1.33.2版本的更改:

错误修复

• 修复getPeaklist，更新getReducedPeaklist()，感谢Kristian Peters

1.33.1版本的更改:

新功能

• 在getPeaklist (J. Stanstrup)中允许匹配过滤器替换intval

• 将intval从Groupcorr传递给calcCaS

• getReducedPeaklist每个pspec只返回一个强度(K. Peters)

癌症

版本:3.1

版本:3.2文字:尺寸水平将绘图。1- dialogMetOption():添加" Circos "参数来区分getMetDataMultipleGene()和getListMetData() 2- getGeneList():添加rm(" GeneListMSigDB " "， environment = " myGlobalEnv ")

红衣主教

1.9.2版本(2017-10-25)的更改:

错误修复

• 修正了所有文档中的作者姓名

1.9.1版本(2017-10-23)的更改:

错误修复

• 修复了包依赖关系' matter '影响可以用' batchProcess '处理的数据集大小的错误

• 修复了单位=“ppm”的容器尺寸是“readImzML”和“reduceDimension”中宽度的两倍的问题

categoryCompare

版本:1.21.4

cbaf

1.0.0版本变更(2017-09-10):

新功能

• 新的availableData()函数用于扫描所有癌症研究，以检查RNA-seq、microRNA-seq、微阵列(mRNA)、微阵列(miRNA)和甲基化数据的存在。

• 新的obtainOneStudy()函数用于获取和存储癌症研究中多个亚组中至少一组基因的支持数据。此外，它还可以检查是否所有基因都包含在癌症研究的不同亚组中，如果不是，就寻找替代基因名称。

• 新的obtainmultistudies()函数用于获取和存储多个癌症研究中至少一组基因的支持数据。它可以检查是否所有的基因都包含在每一项癌症研究中，如果没有，它就寻找替代基因名称。

• 新的automatedStatistics()函数来计算由obtainOneStudy()或obtainMultipleStudies()函数获得的数据的统计数据。根据用户的喜好，这些统计可以包括大于特定值的样本的频率百分比、频率比、平均值和中值。此外，它还可以在每种癌症中寻找包含最高值的基因，列出频率百分比、平均值和中位数前5位的基因。

• 新的heatmapOutput()函数为automatedStatistics()函数提供的频率百分比、平均值和中值数据准备热图。每个基因组的热图都存储在单独的文件夹中。

• 新的xlsxOutput()函数以excel文件的形式导出automatedStatistics()的输出和一个obtainOneStudy()或obtainMultipleStudies()函数的基因验证结果。对于每个基因组，将生成一个excel文件并存储在与热图相同的文件夹中。

• 新的cleanDatabase()函数用于删除cbaf包目录中创建的数据库。这有助于用户从cbioportal.org获得最新的数据。

• 新的processOneStudy()函数组合了obtainOneStudy()， automatedStatistics()， heatmapOutput()和xlsxOutput()函数，以方便使用。

• 新的processMultipleStudies()函数组合了obtainMultipleStudies()、automatedStatistics()、heatmapOutput()和xlsxOutput()函数，以方便使用。

冠军

在2.8.8版本的更改:

• 在champ.load()中增加了“force”参数，它可以用于“minfi”加载方法，如果你的数据来自不同的数组，force参数将允许minfi的read. metu .exp函数提取它们的公共探测并继续分析。

在2.8.7版本的更改:

• 使champ.import()对于修改过的csv文件更加健壮。

在2.8.5版本的更改:

• dmp()现在工作在数值变量上

• champ.DMP()对每两个分类表型进行两两比较。

• 戈塞克被戈麦斯取代。

• DMP.GUI()被大量修改。

• SVD情节增加了传奇。

• “minfi”加载方法固定。

• 小插图的ChAMP和github演示页面更新。

• 在小插图中增加了一些来自GSE40279的数字。

在2.8.3版本的更改:

• 更新后的打鼾声。Rfile, which means the loading messages would be different.

• 修正了champ.load.Rd文件中的警告。

• 修正了champ.filter()的错误，如果filerDetP为false，更新pd部分会因为缺少RemainSample变量而失败。

在2.8.2版本的更改:

• 更新EPIC注释到B4版本。B4版本可从illumina网站下载。

• 在champ.load()函数中增加了一个新的参数“method”，允许用户选择他们想要使用的方法来读取数据。ChAMP或Minfi。

• Champ.filter()已经完全重新编码，现在用户可以对他们想要的任何数据集进行任何过滤。仅champ.filter()专注于将champ.import()结果作为输入，并生成过滤后的beta值以供将来分析。

• 提供全新的函数champ.import()来读取IDAT文件到R，这类似于minfi的read. meme .exp()函数。

• 在champ.runCombat()中增加了更严格的检查，现在champ.runCombat()将检查你的变量和批次是否相互冲突。

• 删除一些无用的代码在champ.DMR()使它更快。

在2.8.1版本的更改:

• 增加了champ.load()的impute选项。

• 在champ.load()中添加ProbeCutoff和SampleCutoff参数。

• 在github上添加Demo:为了回应审稿人的问题，也为了让用户更好的理解我们的包，我们在一些数据集上对ChAMP进行了充分的处理，并保存了处理过程中显示的所有消息。我们把这些信息上传到github．

ChemmineR

2.30.0版本的更改:

新功能

• 可以使用OpenBabel库生成图(需要ChemmineOB包和OpenBabel)

• 直接从PubChem查询数据的函数。

chipenrich

2.2.0版本的更改:

新功能

• polyenrichment现在支持按信号值加权峰值

• 对于那些不确定在chipenrich()和polyrich()之间使用哪种测试的人，可以使用混合测试hybridenrich()。

• 一个连接两个不同结果文件的函数，hybrid.join()，它将使用这两个函数给出一组调整后的p值和fdr调整后的p值。

• 一种新的近似方法使用分数测试可用于快速结果的chippenrich和polyrich。只推荐显著丰富结果，而不是减少结果。~快30倍。

改进

• 小插图的几个更新

ChIPpeakAnno

3.11.8版本的更改:

• 使featureAlignedExtendSignal接受GAlignments列表对象

3.11.6版本的更改:

• 修复Codoc文档对象“peakPermTest”不匹配的bug

3.11.4版的更改:

• 修复当annoMcols为数值时的错误。

3.11.3版的更改:

• 更新函数featureAlignedSignal

3.11.2版本的更改:

• 添加新的功能binOverGene, binOverRegions, plotBinOverRegions。

3.11.1版本的更改:

• 提供常见问题解答

• 修复了在annoPeaks中警告超出范围的错误

ChIPQC

在1.13.2版本的更改:

• 修正了当指定一致峰值集为grange时的错误

ChIPseeker

1.13.1版本的更改:

• 修复了intronList <2017-07-06, Thu> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/57#issuecomment-313342399的命名问题

chromstaR

1.3.1版本的更改:

新功能

• 新参数“stepsize”允许滑动垃圾箱。这提高了峰值的本地化。

重大的用户级别更改

• Chromstar的新默认值(…，步长= 1/2 * binsize)。

ClassifyR

1.12.0版本的更改:

• 使情节与ggplot 2.2版本及更高版本兼容的更改。

• calcPerformance可以基于具有两个以上类的数据集计算分类任务的一些性能指标。

• 与样本相关的度量，比如特定于样本的错误率和特定于样本的准确性，是通过calcPerformance计算并添加到ClassifyResult对象，而不是通过samplesMetricMap计算并对最终用户不可访问。

切肉刀

1.15.1(2017-06-08)版本更改:

• 不要认为最后一个氨基酸是裂解位点。cleavageSites(“消”,自定义=“K”)结果整型()而不是3.现在。谢谢Apurva Hegdeahegde@tgen.org感谢你报告这个问题。

• 中删除多余的“遗漏的乳沟”参数cleavageSites．

clustComp

1.5.2版本的更改:

• 为flatVShier()添加了一个新特性;如果将树状图的扩展版本绘制出来，右手边的彩色条显示基因是如何分布在平坦的簇上的。

• 新参数bar1。Col '和' bar2。col ' in flatVShier()允许在绘制展开的树状图时调整彩色条。

• flatVSflat()中的参数' weights '被' flat1 '和' flat2 '替换，以类推flatVShier()。

• flatVSflat()中的新参数' greedy '允许在找到双图的最佳布局后显示超集群之间的一对一映射，就像flatVShier()中那样。

• 新的论点是“贪婪”。colors '允许设置超集群之间映射的可视化，如flatVShier()。

• 在SCmapping()中，超集群的可视化包括带有大小的新标签。

• 内部函数drawTreeGraph()包含新参数的平面。obj”、“bar1。Col '和' bar2。Col '来显示第二个彩色条并控制颜色。

clusterExperiment

1.3.7版本(2017-10-24)的更改:

变化

• 添加函数tableClusters用于按名称列出集群。

• subsamplecclustering中增加了largeDataset选项

• 允许mergeInfo被叫进去plotDendrogram在绘图中使用存储的合并信息。

错误

• 修复了getFeatures中。makemergedendrogram的错误

1.3.6版本(2017-10-18)的更改:

变化

• 对职业定义的主要改变:增加了插槽ClusterExperiment对象，以便该对象保留关于合并的信息，并添加相应的帮助函数(参见文档)。这意味着以前的版本ClusterExperiment对象将不再是有效对象!从以前版本保存的旧对象必须手动调整以具有这些插槽(与零或NA适当的值)。

• 添加函数plotClustersWorkflow，参见文档

• 添加函数plotDimReduce用于用聚类标记的点绘制低暗pca。

• 添加函数plotContrastHeatmap绘制出getBestFeatures结果的重要基因

• getBestFeatures:现在可以在mergeClusters的结果上运行，而不必为合并的集群再次调用makeDendrogram。

• 将参数更改为plotClusters而且plotBarplot从集群来对象

• makeDendrogram:默认在现在dimReduce = "疯狂"避免不小心用dimReduce = "没有"(以前的默认值)，它可以杀死交互式的R会话。

• 更改plotHeatmap: -默认在plotHeatmap来clusterSamplesData = " dendrogramValue "．-改变了处理clusterSamplesData论点plotHeatmap所以if argument等于dendrogramValue或primaryCluster并给出不好的结果/错误，将给出警告并适当更改参数。-增加了参数plotHeatmap当有基因分组时，允许更多的用户控制空白行。

• mergeClusters现在对齐颜色mergeClusters而且combineMany在内部。

• mergeClusters现在抑制由百分比非空估计创建的警告，除非showWarnings = TRUE．

• plotDendrogram-有新的论点clusterLabelAngle允许用户改变打印在顶部的clusterLabel的角度(当plot是“colorblock”类型时)-参数labelType已更改为plotType

错误

• 传递给mergeClusters， ClusterExperiment版本，通过.．.命令现在将首先转到mergeClusters然后到绘图上，如文档中所述(绘图参数在函数的clusterExperiment版本上被忽略)。

1.3.4版本变更(2017-09-28):

变化

• 添加参数clusterLabels来plotClusters允许用户在不改变对象的情况下设置clusterLabels。

• 增加了RSEC运行的数据对象。改变了lazyLoad来假因为在安装时加载这个对象会产生错误。

• 更新小插图，以更完全覆盖RSEC。

• 改变默认的clusterFunction参数RSEC是" hierarchical01 "而不是所有01方法(以前的默认值)。这减少了简单调用的负载。

• 更新有效性检查以减少内存负载，并删除validObject调用。

• 添加函数getClusterManyParams解析clusterMany中的clusterLabels中的参数值

• 移除对图表的旧依赖(来自之前的插图，不再需要)

错误

• 修复了当dendrogram被附加时clusterExperiment对象的子类设置错误(之前没有将dendro_outbranch重置为NA)

1.3.3版本变更(2017-09-07):

变化

• 修正了clustercontrast的错误-丢失match.arg选择outputType论点

1.3.2版本变更(2017-07-05):

变化

• 默认为top.can在seqCluster中更改为top.can = 5．

• makeDendrogram现在有默认参数ignoreUnassignedVar = TRUE就像RSEC

• 添加ClusterFunction类并更新所有函数来处理这个问题。所有内建的集群函数现在都被赋予了ClusterFunction对象，所以所有内建的集群函数现在都可以工作subsampleClustering或mainClustering．这也使得用户更容易定义自己的ClusterFunction对象，并让它被诸如clusterSingle．这是对一些底层函数工作方式的主要更改，但不应影响诸如clusterMany而且RSEC．对于程序员来说，一些更显著的变化是:-clusterD而且clusterDArgs已更改为mainClustering而且mainClusterArgs．这样做是为了使这些参数在聚类工作流中的作用更加明确(因为clusterD指的是聚类一个不相似点，但它现在已经在许多版本中聚类了x或D)。-seqCluster而且clusterSingle不要再争论了clusterFunction．clusterFunction必须通过mainClusterArgs而且subsampleArgs传递给mainClustering或subsamplingCluster,分别。现在只有上层函数了clusterMany需要clusterFunction直接作为一个参数。-mainClustering(以前clusterD),subsampleClustering不再接受k也不α作为直接论证。这些实参，就像集群函数直接使用的所有实参一样，现在需要通过列表via传递给集群函数clusterArgs．-包提供的可用的内置集群例程列表现在可以通过listBuiltInFunctions ()．用于这些函数的函数现在可以通过用户可以使用该函数访问的ClusterFunction对象向用户提供getBuiltInFunction．(见? listBuiltInFunctions)

• hiearchical01集群现在有了一个不同的默认值，即应用as.dist到输入迪斯为了得到a经销对象，而不是dist (1-diss)因为历史原因，这在之前是默认的。这是由参数控制的whichHierDist，并可以通过传递设置为以前的版本whichHierDist = "距离"到clusterArgs两者中的论证subsampleArgs或mainClusterArgs，取决于在哪里hierarchical01正在被使用。

• 光谱聚类现已可用(“谱”)经specc的函数kernlab．

• clusterSingle现在只返回不相似矩阵coClustering槽,如果子样品= TRUE在电话里。此外，对于由此产生的不相似性进行替换coClustering槽位值，用户必须通过设置请求它replaceCoClustering = TRUE在呼唤clusterSingle．

• 移除参数的默认值比例在combineMany．之前的默认值是比例= 1但与大多数常见用例不匹配，并被RSEC等上层函数意外调用。

• 如果clusterFunction争论是不给的subsampleArgs由用户显式地clusterFunction的mainClusterArgs是否合适，它会被用来做什么subsampleClustering；如果clusterFunction在mainClusterArgs不合适(例如:subsampleClustering需要一个类型K因为顺序= TRUE的默认值subsampleClustering将“帕姆”．的先前行为subsampleClustering在用户没有明确给出的所有情况下，默认是' pam '。这个更改应该对RSEC没有影响:因为clusterFunction为mainClusteringTerms是一个“01”输入RSEC和subsampleClustering必须是类型“K”当顺序= TRUE，它将恢复到默认值“帕姆”像以前一样。

错误

• 修正了where if的错误clusterSingle在现有的clusterExperiment对象上调用，它将覆盖现有的clusterExperiment对象。

• 固定RSEC如果现在重新运行clusterExperiment对象，它将从矩阵版本中获取默认值(以前的默认值是底层函数的默认值，它们并不总是相同的，例如。combineProportion违约之前是1)

• 固定clusterMany现在它显式地设置dimReduce = "没有"在呼唤中clusterSingle．以前，可能一直在叫所有的dimReduce默认值(即所有的!)

• 修正了如果哪个集群在plotBarplot跟任何东西都不匹配。

1.3.1版本变更(2017-06-14):

变化

• 改变plotHeatmap处理visualizeData参数，因此不需要有与原始基因相同数量的基因，只需要相同数量的样本。

• 如果给定向量的颜色clusterLegend没有名字，plotHeatmap将给它们匹配变量的名称，以便它们将被使用aheatmap(以前会留下所有的颜色白色，因为没有匹配的名称)。

• 树状图绘制方式的巨大变化plotDendrogram而且mergeClusters．这包括在mergecluster结果旁边查看之前和之后的集群，以及添加到clusterExperiment类的新插槽(dendro_outbranch)．的几个参数的名称mergeClusters而且plotDendrogram更改为更清晰:-叶子现在是leafType在plotDendrogram．-plotType现在是plotInfo在mergeClusters-doPlot现在是情节在mergeClusters-leafType现在是一个选项吗mergeClusters也-现在什么时候plotInfo(以前plotType)设置为没有一个时，图仍然绘制，只是没有添加关于合并的信息到图中。要完全不绘制树状图，请设置情节= FALSE．-选项labelType在这两种plotDendrogram或mergeClusters控制名称(的名字)或对应于聚类(colorblock)放在树状图的顶端，以标记聚类/样本。

• 添加dendroClusterIndex行为类似于primaryClusterIndex

• 增加给予的能力dendro作为字符选项whichClusters论点

• 添加转换< -能够手动分配转换槽

• 将MAST移动到“建议”包中，这样就不需要r3.4来运行包了。

• 改变计算PCA降维方法的使用圣言会从RSpectra提高速度的软件包

错误

• 修正了RSEC的错误combineProportion参数被忽略(设置为1)

• 修正了定义中的错误变换所以它扩展了现有的泛型而不是掩盖它。

1.3.0版本变更(2017-05-24):

变化

• plotHeatmap接受data.frame或ExpressionSet对象的数据参数(调用data.matrix或exprs在对象上并发送到矩阵版本)

• 添加plotBarplot绘制1个聚类的条形图或2个聚类的比较以及测试。

• 添加whichClusters参数clusterMatrix只返回与某些集群对应的集群。主要与使用诸如工作流由其他命令使用(否则只能手动索引完整的矩阵…)

错误修复

• plotHeatmap现在我们来看看clusterLegend输入并删除sampleData中不存在的级别;这导致了不正确的着色clusterLegend有更多(或更少)的层次，它分配的颜色比sampleData(例如，如果sampleData是一个更大的数据集的子集，在此基础上分配原始颜色。)注意:如果数据中没有表示所有值，那么现在的效果是不绘制clusterLegend中的所有值，从而改变之前的行为plotHeatmap传奇。

• 修正了如何plotHeatmap检查用户提供的树状图的尺寸是否与数据(矩阵版本)匹配。

• 固定convertClusterLegend所以,当输出是matrixNames或matrixColors，得到的矩阵有colnames等于集群标签，比如clusterMatrix．

• 内部函数. converttonum现在保留输入向量的名称。

• 修复了合并集群绘图的错误;之前如果plotType= " all "，可能没有使用正确的树状图内部节点进行正确的绘制。

ClusterJudge

0.99版的变化:

用户可见更改

• 添加了一个介绍小插图

clusterProfiler

3.5.6版本的更改:

• 固定R检查<2017-09-28,Thu>

3.5.5版本的更改:

• ko2name <2017-08-14, Mon>

• biogit过渡<2017-07-18,Tue>

3.5.4版本的更改:

• 将“wealthgo”中的keytype参数修改为“keytype for consistent”<2017-06-28,Wed> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/91#issuecomment-311657933

• 修正了compareCluster结果<2017-06-19,Mon> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/67#issuecomment-307815402的简化的错误

3.5.3版本的更改:

• 修正了https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/88 <2017-05-24, Wed>

• 接受背景基因列表通过宇宙参数enrichDAVID<2017-05-16, Tue> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/87

3.5.2版本的更改:

• support keyType in enrichment mkegg <2017-05-10, Wed>

• 修复了在绘图compareCluster结果<2017-05-02,Tue> + https://support.bioconductor.org/p/95400/#95426时维护输入列表顺序的问题

3.5.1版本的更改:

• 修复了使用KEGG.db <2017-04-28, Fri> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/85将KEGG PATH ID转换为NAME的错误

ClusterSignificance

1.5.3版本的更改:

• 修正了pcp 2D投影图中颜色与分类图不匹配的错误。

1.5.2版本的更改:

• 固定的错别字在小插图。

cn

3.5版的更改:

新功能

• 增加函数orgKEGGIds2EntrezIDs获取KEGG id和Entrez id的对应关系

• 添加函数makeAxtTracks

• 添加add祖宗go函数

3.4版的更改:

新功能

• 更新了CNE类，用于存储关于运行管道的所有信息。

• 添加read. rmmask . granges读取RepeatMasker .out文件。

• 添加阅读。rmskFasta to read soft repeat masked fasta file.

• 增加axt对齐匹配的分布图。

• 增加CNE长度分布图。

• 为axt对齐和GRangePairs添加syntenicDotplot。

• 当readAxt和readBed时，seqinfo在可用时被保留。

• 新的fixCoordinates函数使Axt对齐的坐标总是相对于正链。

• 为Axt对齐添加并行子Axt。

• 添加CNE基因组分布图。

• 增加CNEs的整理床和大文件功能。

错误修复

• 当没有识别出cne时，返回一个空的GRangePairs而不是一个错误。

3.3版的更改:

错误修复

• 修复blat步骤中“format”导致的错误。

新功能

• 添加两两全基因组比对管道

• 添加一个新类“GRangePairs”

• “Axt”类现在基于“GRangePairs”类。

• readAncora用于读取Ancora格式的CNE文件。

coexnet

版本:0.1.0类别:新功能文字:18/04/17 - >改变CCP功能。>在bioconductor -devel中发布，>基因符号错误测试修复。

指南针

1.15.1版本的更改:

• 导出SimpleCOMPASS接口，用于计数矩阵

• 以前的版本-添加了translate_mark_names API用于SimpleCOMPASS

ComplexHeatmap

1.15.1版本的更改:

• 随机颜色由new生成rand_color ()功能在圆形包装。

• 添加density_param在densityHeatmap ()函数

• 名称重复的注释不再有图例

• 重新实现grid.xaxis ()以旋转90度绘制轴标

• 离散图例中的网格按ncol > 1中的行排列

• 光栅图像是在一个独立的R会话中生成的

• 注释或heatmap中的空字符串被映射到NA

• 注释和热图图例可以合并到一个列中。

• 的默认值row_names_max_width而且column_names_max_height

• 连续值的默认图例样式更改为" continuous "

• 添加grid.dendrogram2 ()哪一种绘制树叶位置不均匀的树状图

• 移动dendextendto建议字段，因为它依赖/间接导入rlangprint.frame ()函数，它将影响打印框架返回的对象。frameGrob ()．

• decorate_ * ()函数返回到调用它们的视口。

• 修正了为所有行片绘制注释名称的错误。

• 在Windows下构造一个有效路径

cosmiq

1.11.3版本变更(2017-06-19):

• 添加小插曲/海报。Rmd for 13th Annual Conference of the Metabolomics Society (in portrait).

CountClust

1.5.1版本的更改:

• 我们添加了一个FitGoMpool()函数，它自动执行具有多个起点的GoM模型，并输出具有最优BIC的一个运行。此外，从cowplot中删除了switch_axis_position()作为依赖项，因为该函数已被弃用。r

CrispRVariants

1.5.9版本的更改:

• 在readsToTarget中进行更全面的输入检查，从CrisprSet初始化器中删除冗余检查。

• 修复了如果目标在负链上但正链引用给定，序列错误地调用没有变体的错误。

• 改变默认SNV调用下游6个基地而不是5个，以覆盖PAM

• 增加了不匹配引用和目标的测试

1.5.8版本的更改:

• 添加一个选项，在计数或绘图时按名称过滤变量

1.5.7版本的更改:

• 修复了在plotFreqHeatmap中阻止过滤的主要bug

• 修复了当嵌合体不可合并时嵌合体的错误

1.5.6版本的更改:

• 为readsToTarget选项自动生成bam索引= " ignore "

1.5.3版本的更改:

• plotAlignments现在接受与variantCounts相同的过滤参数

1.5.1版本的更改:

• plotAlignments和plotFreqHeatmap中的新参数等位基因，用于选择要显示的等位基因或指定绘图顺序

• 从CrisprRun类中删除不必要的字段

• 新的访问器函数alns从CrisprSet获得对齐

• 改进情节，以避免传说中不必要的符号

• 修复plotFreqHeatmap头部时使用type = " proportion "和提供样本顺序

• consensusSeqs现在默认情况下返回雪茄作为元数据

• 开始时缩进了四个空格

csaw

在1.11.4版本的更改:

• 移除对paramList对象的支持。

• 为normOffsets()添加返回包含归一化数据的summarizeexperiment对象的选项。

• 已弃用normalize()以避免S4方法冲突。

• 将基于控件的过滤之前的缩放移动到一个新函数scaleControlFilter()中，以实现更大的模块化。

• 更新了用户指南。

cydar

1.1.4版本的更改:

• 添加了labelSpheres()函数，用于标记未注释的超球体。

• 导出multiIntHist()，用于绘制多个强度直方图。

• 对spatialFDR()的轻微修正，它现在计算正确的第n个近邻。

cytofkit

1.9.5版本的更改(2017-10-23):

修改

• 在闪亮的应用程序中，在样本中标准化plot scale

错误修复

• 修正了一个问题与表型失败，如果采样替换完成。现在，cytofkit测试任何FCS文件的事件是否少于fixedNum参数中指定的事件。

1.9.4版本变更(2017-09-27):

修改

• 增加了函数cytof_clustermtrx()，以获取给定集群中细胞的标记表达值。

• 将cytof_clustermtrx()包含到主要的cytofkit函数中。

• 集群ID整数作为附加通道保存到fcs文件中。

错误修复

• 快速修复FCS保存。

1.9.3版本变更(2017-09-27):

修改

• 为cytofkit()和cytof_cluster()添加了参数，允许用户设置种子，以获得可复制的结果。

错误修复

• 用户现在可以在重命名示例后从闪亮的输出中保存.fcs。

1.9.2版本变更(2017-09-11):

修改

• 为闪亮的应用程序添加了保存数据选项。现在你可以选择.fcs， .csv和.rdata输出的任何组合。

• cytofkitShinyAPP()使用来自cytofkit_shinyAPP的代码。R表示在本地机器上的可视化，而ui。R和服务器。Rcan be used separately to host the app on servers.

错误修复

• 修复了在闪亮应用中查看和下载标记热图的一些问题

• 修正了用于聚类的表达式数据对用于降维的标记没有选择性的不一致问题

1.8.3版本变更(2017-09-06):

错误修复

• cytofkitShinyAPP文件大小上限始终设置为100mb

1.8.2版本变更(2017-07-24):

新功能

• cytofkitShinyAPP函数现在以RData为参数，跳过重新加载RData

• 当选择选定的标记进行降维和聚类时，所有标记都可以在闪亮的应用程序中可视化

• 增加了一个“重置”按钮的ShinyApp清除会话和重新开始

• 增加了服务器文件选择按钮，允许浏览服务器文件

修改

• 将两个cytofkitShinyAPP功能合并为一个

• ShinyApp使用actionButton代替downloadHandler进行下载

• ShinyApp显示了什么。rdata加载到它的反应数据

• ShinyApp按字母顺序列出标记

• 标记选择在降维阶段完成，而不是在原始数据转换阶段，以允许所有的表达数据在后面的阶段可视化

• 更新示例和小插图，以说明所做的更新

• 更新维护人员邮箱地址

1.8.1版本的更改(2017-04-26):

新功能

• 修复了函数cytofkitShinyAPP2的文档警告

• 更新了我的维护者电子邮件地址

DAPAR

1.9.15版本的更改:

错误修复

• 当聚合步骤完成后，界面切换到“描述性统计”的第一个选项卡，以便查看关于新数据集(蛋白质数据集)的信息。

• 一个新的包(readxl)用于读取xls或xlxs文件。在某些情况下，前一个包openxlsx的功能不能正确解码Excel文件。

• 当在Prostar中转换一个新的(文本或Excel)文件时:缺少的值没有按预期注册。特别是在火山区上方的表格中，它们没有以蓝色显示。错误修复

新功能

• 实现一个并行版本的函数，在聚合步骤之后保存(新的)蛋白质数据集。

• 增强了基于字符串的过滤UI

• 分析报告的自动生成已经集成在数据集管理器(菜单“导出”)中。它允许用户从他们的数据集中下载Prostar中使用的图表和参数。

• 实现一个并行版本的函数，在聚合步骤之后保存(新的)蛋白质数据集。

• 在数据处理中增加了基因本体(GO)分析模块。该模块允许执行GO分组和GO富集

• 现在有几个图是基于包highcharter的，它是highcharts图形库的包装器。它提供了与用户的交互性。

DASC

0.1.0版本的变化:

• 要求:在安装DASC包之前，请先安装NMF、cvxclustr、Biobase R包。

• 工作流程:convexBatch()函数执行检测数据集中批处理的所有步骤。

DChIPRep

1.7.2版本的更改:

• 添加betaPrior = TRUE到nbinomWaldTest，以保持log2倍的收缩变化。(收缩现在在DESeq2中默认禁用)

• 将R依赖关系更改为r3.4

• 添加了全基因组生物视图

1.7.1版本的更改:

• 扩展了小插图中的导入部分

• 修正了稳健的平均函数，现在绘图也可以不复制

• 用于绘图的新函数robust_mean

• 当导入矩阵时，现在检查它们的列名是否与给定的示例id对应

debrowser

1.5.4版本的更改:

• 热图红蓝修复

1.5.3版本的更改:

• 图标题修复

• 菜单修复

1.5.2版本的更改:

• Img路径构建修复

deepSNV

1.99.3(2013-07-25)版本更改:

更新

• 对shearwater vignette做了一些改动

• 重命名参数pi。基因和π。makprior()中的backgr

修正

• 修正了bf2Vcf()在没有变量被调用时的错误

1.99.2(2013-07-11)版本更改:

更新

• 更新的引用

• 为bam2R添加verbose选项以抑制输出

• 将loadAllData()的值的mode()更改为" integer "

修正

• 修正了在bf2Vcf()中只调用一个变量的问题

1.99.1(2013-06-25)版本更改:

更新

• 使用编织为更漂亮的小插图

• 包括shearwater vignette

修正

• 修复了bf2Vcf的删除问题

• makprior()为所有网站添加背景

1.99.0(2013-04-30)版本更改:

更新

• 新的shearwater算法

• 通过汇总包含VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DEGreport

文本:2017-10-11 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:在degcovariables中返回pc和元数据之间的散点图。特点:使用ConsensusClusterPlus对degPatterns进行基因聚类。

文本:2017-09-22 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特点:具有DESeqResults类的重要工作。修复:log2在degPlot不活跃。特性:在degCheckFactor中允许绘图样本一起或不一起。特点:迁移小插图到新的BiocStyle。修复:自动QC报告。删减最终报告中最重要的数据。

文本:2017-09-07 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com修复:完成小插图与新功能。特点:添加DEGSet构造来接受其他源。特点:适应degQC接受DEGSet对象。特点:允许多组degMB和degVB。特点:增加可选的基因绘图log2。特征:缩小与未耸平的对数2fc的相关图。特点:可以绘制原始的MA图。特点:适应DESeq2Results总结到data.frame和兼容markdown输出，和多个alpha值。修复:手册页中的链接。功能:在degCorCov.@vbarrera中传递选项到Heatmap。 Feature: Add parameter to select top rows from DEGset. Fix: Change method names to short words. Feature: degVolcano accepts DESeq2Results class. Fix: degPCA print the correct PC number on x/ylabels. Fix: Move NEWS to parent folder. Feature: Add method to get significant genes from DEGSet class. Feature: Add plotMA method to show shrunken effect. @vbarrera Fix: Move to testthat for examples. Feature: Adding main class and methods to handle DEG output. Fix: axis in degPCA now show the values. Feature: Handle multiple contrasts/coefficient for DESeq2 results.

版本:1.13.7文本:2017-08-08 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:新函数分析元数据协变量之间的相关性弃用:所有与foldchange准确性相关的函数被删除。使用lfcShrink现在更好了风格:添加更多的单元测试功能:接受SE类对象到degPlot和使用更好的基因名称，如果rowData有功能:使用plot_grid为degPattern和保存plot功能:使用文本或点在degPCA功能:修复degPlot的标签功能:接受矩阵在degPlot修复:正确处理rowData在SE对象degPlot修复:plot仅图例如果组> 1功能:更多的degPattern输出风格:在degCovariates函数内更改为小写

版本:1.13.6文本:2017-05-30 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特征:添加Rory Kirchner的degPCA图

文本:2017-05-30 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:接受degwideploy的矩阵

版本:1.13.4文本:2017-05-22 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:添加degCovariates，从计数数据和元数据协变量计算pc之间的相关性

版本:1.13.3文本:2017-05-19 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:为PCA类聚类图添加degMDS特性:为degPlot添加标签参数

版本:1.13.2文本:2017-05-05 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特点:增加degFilter，按组过滤基因

文本:2017-04-27 Lorena Pantanolorena.pantano@gmail.com特性:在degResults中使用theme_minimal特性:在degResults中更改某些部分的标题

部

1.0.0版本的更改:

• 第一个用于蛋白质组学数据差异富集分析的DEP包的发布。

derfinder

1.11.8版本的更改:

错误修复

• 改进了当运行analyzeChr()[和间接运行preprocessCoverage()]时coverageInfo$position为NULL时的错误文档。详情请参见https://support.bioconductor.org/p/99400/。

1.11.7版本的更改:

用户可见的重大更改

• Vignette现在使用最新发布的BiocStyle::html_document。

在1.11.4版本的更改:

错误修复

• regionMatrix()现在将把隐藏参数' species '和' currentStyle '传递给getRegionCoverage()，以便它们可以被extendedMapSeqlevels()使用。相关https://support.bioconductor.org/p/95721/。

1.11.2版本的更改:

错误修复

• 改进了extendedMapSeqlevels()的文档。相关https://support.bioconductor.org/p/95521/。

• 基于https://github.com/lcolladotor/derfinder/issues/38改进的filterData()

derfinderHelper

1.11.2版本的更改:

用户可见的重大更改

• Vignette现在使用最新发布的BiocStyle::html_document。

derfinderPlot

1.11.2版本的更改:

用户可见的重大更改

• Vignette现在使用最新发布的BiocStyle::html_document。

DESeq2

1.18.0版本的更改:

• lfcShrink()提供了可供选择的估算器type= " apeglm "和type= " ashr "，分别在' apeglm '和' ashr '包中使用收缩估算器。参见?lfcShrink获得更多详细信息和适当的参考。这些替代收缩估计器的集成仍在开发中。此外，DESeqResults对象获得priorInfo(res)，它在LFC上传递拟合先验的详细信息。

• 使用字母、数字、' _ '和'以外的字符分解级别。’将打印一条消息(不是警告或错误)，建议将其限制为这些“安全字符”。这遵循了来自Bioconductor支持站点的建议，以避免用户错误。

DEsubs

版本:1.3.4文本:登陆页面的包和输出。

版本:1.3.3文本:放置外部图形导入块。

版本:1.3.2

版本:1.3.1

DiffBind

在2.6.0版本的更改:

• 功能的变化

  • 更改dba中的sortFun参数。plotHeatmap来default sd, with FALSE as option for no sorting

  • 更改dba中的sortFun参数。plotHeatmap来default sd, with FALSE as option for no sorting

  • 直接通过dba.peakset添加时对峰值进行排序

  • 如果dba.report中没有initString，不要添加_

  • 内部特性:备用峰值计数:pv.resetCounts

• 错误修复

  • 修复dba中的错误。plotHeatmap是all values in a row are zero

  • 更改小插图的作者以符合新标准

  • 固定单峰边界条件

  • 屏蔽时的子集配置$fragmentSize

  • 更新示例峰值以匹配数据对象

  • 修复dba中的错误。plotHeatmapif all values in a row are zero

  • 当返回报告为只有一个站点的grange时的错误修正

  • 修正了在绘制一致峰值集的维恩时的错误

  • 修复了在MacOS上缓冲区溢出导致的段错误

diffHic

1.9.9版本的更改:

• 增加了extractPatch()函数来计数交互空间中指定区域的bin对。

• 修改connectCounts()以消除对搁浅项、未知染色体的警告。输入区域的所有条目现在都被保留，尽管不一定按照输入顺序。也将原始元数据切换到NA当第二。Regions是一个整数。

• 修改preparepair()，以便在考虑互相重叠的面向内的读取时更加慷慨。

• 修正了savePairs()在执行索引排序时无法交换其他信息的错误。

• 添加了mergeCMs()函数，以允许从ContactMatrix对象进入管道。

• 将预处理脚本从包中移到用户指南的存储库中。

• 更新了presplit_map.py，使用新的samtools API进行排序。

• 更新了用户指南。

diffuStats

1.0.0版本的更改:

• 五个扩散核可用，它们可以从一个“igraph”对象计算。

• 扩散实现分为' diffuse_raw '用于确定性评分和' diffuse_mc '用于排列分析，这是并行的。总共有7个扩散分数可以通过“扩散”功能访问。

• 性能评估包装在' perf '函数中。

• Helper在Helper中起作用。R(to plot diffusion scores, to check if a kernel matrix is actually a kernel, to extract largest CC from a graph)

导演

1.3.1版本的更改:

• 改进了发现的反馈循环的通知。

• 添加示例输入与反馈循环的手动。

DMCHMM

在0.99.10版本的更改:

自上次以来的变化

• 已经修复了几个问题。

• 做了一些修改以加快这一过程。

• 使用的不是并行包，而是biopar列包。

在0.99.9版本的更改:

自上次以来的变化

• 为了使运行时间更快，修改了示例中的一些参数。

• bsdata方法更改为cbsdata方法。

• 将BSDMCs-method修改为cBSDMCs-method。错误修复

• 没有报道。

在0.99.0版本的更改:

自上次以来的改进

• 我们已经改进了一些代码以加快包的运行。

未来的发展

• 一些函数将在C中重新编写。

错误修复

• 到目前为止还没有报道。

剂量

3.3.2版本的更改:

• 新的项目网站使用blogdown <2017-09-28, Thu>

• ridgeplot for gseaResult <2017-08-17, Thu>

3.3.1版本的更改:

• 失败时抛出警告而不是错误setReadable．<2017-06-28, Wed> + https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/91

• 在GSEA <2017-06-01, Thu> + https://support.bioconductor.org/p/96512/#96516中使用错误的ID类型时更好的msg

EBImage

在4.20.0版本的更改:

新功能

• ' abind() '方法用于组合图像数组

• ' floodFill() '已经通过参数' pt '和' col '向量化，允许指定多个起始点和不同的填充颜色

用户可见的重大更改

• ' display() ' " browser "模式已更新为使用htmlwidgets基础结构

• 当过滤器大小等于图像大小时，' filter2() '不要求过滤器尺寸为奇数

错误修复

• 修复了“normalize()”的问题(https://github.com/aoles/EBImage/issues/25)

• 对' clahe() '函数的各种改进

刨边机

3.20.0版本的更改:

• DGEList()设置具有相同行名的基因和计数。

• topTags()保留行名。

• estimateDisp()如果存在' y$design '则使用它。

• estimateDisp()在先验中不使用平均log-CPM。Df计算如果'趋势。方法'是' none '。

• estimateDisp()不返回趋势。色散趋势。方法'是' none '。

• 在所有的基因集检测功能中，设计矩阵默认在“y$samples$group”之前为“y$ Design”。

• mglmOneWay()的新参数' group '。导致glmFit()的速度略有提高。

• prefc()的' design '参数现在是强制性的。

• 切换的系数。start '返回到mglmOneGroup()中的一个向量。

• 新增函数cpmByGroup()和rpkmByGroup()。

• 在cpm()和rpkm()中将arg ' x '重命名为' y '。

• 在glmFit()中恢复null色散检查。

• 从glmQLFit()中删除' offset '参数以与glmFit()一致。

• 导出压缩矩阵子集运算符。

• 重构c++代码，提供更大的c++ 11支持，以使用Rcpp。

• c++代码中简化的输入维度检查。

• 支持对addPriorCounts() c++代码的零行输入。

• 为DGEList对象增加了cbind和rbind S3方法。

• 添加' Dims '作为compressedMatrix类的一部分。

• 增加了compressedMatrix类的通用方法。

• 为compressedMatrix注册S3方法。

• 在用户指南中增加了甲基化差异分析的案例研究。

EGSEA

1.5.6版本变更(2017-09-11):

• modified:由于gsa开发人员对返回值和参数的更改而调用gsabob电竞体育官网

1.5.5版本的变更(2017-08-24):

• 修正:egsea的bug。或a where interpret files not generated correctly.

• 固定:总结情节基于排名时使用egsea.ora

• 重命名:在egsea的entrezIDs。ora变成geneid

• 修正:egsea的bug。或a when ‘title’ includes white spaces or special characters

• 修正:几个小错误

1.5.4版本的变更(2017-08-10):

• 更改:在buildCustomIdx和buildGMTIdx中entrezIDs变成geneIDs。

1.5.3版本的更改(2017-07-20):

• 替换:小插图中下划线字符和用破折号表示的点。R和htmultils。R

1.5.2(2017-07-18)版本更改:

• 更改:方法名称从getlogFCFromLMFit到runStandardLimmaDEA

• 修正:一个小bug buildKEGGIdx

• 添加:votep合并p值

• 改变:egsea。Dir到report.dir

• 替换:打印语句与消息，警告，停止在适当的地方。

• 新增:交互式统计表和交互式汇总图。

• 添加:参数' interactive '到egsea的主要功能，generateReport和plotSummary

• 修改:小插图，以使未生成的图像被替换为警告消息

1.5.1版本的更改(2017-04-11):

• 合并:将相关at函数的文档合并到一个帮助页面中

• 新增:函数buildGMTIdx从GMT文件构建基因集收集索引

• 新增:一个名为egsea的新函数。ma使用Microarray数据集

• 修改:当对比参数为NULL时，egsea函数生成所有的成对比较(对比度)。这主要是基于设计矩阵的主要因素，由' group '参数或voom.results$targets$group中的列定义。

ENmix

在1.13.9版本的更改:

• getBeta:修复了处理大型数据集的错误

1.13.7版本的更改:

• 更新的用户指南

1.13.6版本的更改:

• 改正后的使用指南

1.13.4版本的更改:

• 错误修复

1.13.3版本的更改:

• 添加管道函数mpreprocess

• 错误修复

1.12.1版本的更改:

• 错误修复

• 错误修复

EnrichedHeatmap

1.7.1版本的更改:

• Show_row_names放在函数参数列表中

• 我们不使用0(或+1或-1)的位置

• 添加dist_by_closeness ()

• 添加extract_anno_enriched ()

• 在坐标轴上添加刻度

• 添加一个新的小插图(比较行排序方法)

EnrichmentBrowser

2.8.0版本的更改:

• 主要从ExpressionSet迁移到summarizeexperiment

ensembldb

2.1.12版本的更改:

错误修复

• 在transcriptsByOverlaps和exonsByOverlaps方法中，为参数maxgap = -1L, minoverlap = 0L使用IRanges包中的新默认值。

• 删除RSQLite警告(issue #54)。

2.1.11版本的更改:

错误修复

• 对于有多个空格的GTF文件，ensDbFromGtf解析头文件失败。

2.1.10版本的更改:

用户可见更改

• supportedFilters返回一个带有过滤器类名和相应字段(列)名的数据帧。

在2.1.9版本的更改:

新功能

• 支持EnsDb对象中的全局过滤器。

• 增加过滤功能。

在2.1.8版本的更改:

新功能

• EnsDb对象中可用的新注释:gene.description和tx.tx_support_level。

• 新的TxSupportLevelFilter对象。

EpiDISH

在0.99.0版本的更改:

• 初步提交给Bioconductor。

• 新增新闻文件。

• 增加CP模式下的约束模式参数。

epiNEM

版本:2017.01分类:Github公开并提交给Bioconductor

epivizrChart

在0.99.0版本的更改:

• 生物开发发布

epivizrData

999.999版本的更改:

• 这个NEWS文件只是一个占位符。999.999版本实际上并不存在。请在Github上阅读新闻:

epivizrServer

999.999版本的更改:

• 这个NEWS文件只是一个占位符。999.999版本实际上并不存在。请在Github上阅读新闻:

epivizrStandalone

999.999版本的更改:

• 这个NEWS文件只是一个占位符。999.999版本实际上并不存在。请在Github上阅读新闻:

esATAC

版本:1.0.0类别:初始版本

版本:1.0.0类别:预设管道可用于案例研究和病例对照研究

版本:1.0.0类别:预置管道中的所有基本元素都可用于构建定制管道。文本:

ExperimentHub

1.4.0版本的更改:

新功能

• ExperimentHub现在将使用参数' localHub '离线工作;如果没有检测到互联网连接，也将自动使用此选项。

• 为创建ExperimentHub包添加新的插图

修改

• 更新AnnotationHub依赖;新建资源类RDSResource

• 将listResources和loadResources从AnnotationHub移动到这里

错误修复

• 修复硬编码值createHubAccessors中的拼写错误

ExperimentHubData

1.4.0版本的更改:

修改

• 移动小插图到ExperimentHub作为更实际的使用;创建新的小插图

• 允许使用inst/extdata中的元数据文件规范

错误修复

• 更新addresource

FamAgg

1.5.3版本的更改:

用户可见的重大更改

• 绘图支持device = " txt "，它只是为haplopaint写入data.frame并返回文件名，但是不调用haplopaint。

1.5.2版本的更改:

新功能

• 实现了新的二项式测试(binomialTest和fabntestresults对象)。

GA4GHclient

1.2版本的更改:

错误修复

• 修复由于dplyr包更改而引起的错误

计

在2.27.3版本的更改:

• 修复了小桶的bug。gsets函数，当物种= " ko " (KEGG Orthology)时导致错误。

在2.27.1版本的更改:

• korg的主要扩展，现在包括KEGG和NCBI分类ID，另外两种基因ID类型，即NCBI蛋白和uniprot ID。此外，Entrez或NCBI基因id在大多数原核生物中被停用。

• korg现在包括4800个KEGG物种，同时，一个更新版本的korg现在检查从路径视图Web服务器每次R会话当KEGG。第一次调用Gsets函数。版本2.20.1

• 更新RNA-seq工作流小插图，特别是第1步总结重叠，并纠正tophat web链接。2.19.1版本

• 更新了计量仪主插图和RNA-seq工作流插图。增加物种和基因ID数据一致性检查提醒，修正Cufflinks输出格式和网页链接。版本2.17.2

• 更新khier以包括新添加的参考路径。kegg。Gsets现在可以处理397个路径。版本2.15.5

• 更新了korg，包括超过80个新加入的物种，如绵羊，苹果，橘子等。Pathview现在可以使用3050个物种。版本2.14.3

• 修改了内部功能gs。热图可以直接或通过sigGeneSet调整基因集热图的边缘大小。版本2.14.1

• 修订了“RNA-Seq数据通路和基因集分析工作流程”，以反映总结重叠()迁移到Bioc 2.14的基因组校准包。版本2.13.5

• 添加函数。gsets，它生成最新的19个常见物种的氧化石墨烯基因集，并在Bioconductor上注释，以及用户所注释的更多其他物种。版本2.13.3 (2.12.3)

• 更新了korg，包括超过600个新添加的物种。kegg。Gsets现在可以处理2970个物种。

• 修复了Cufflinks(第13页)的联合工作流中的拼写错误:range(exp.fc) to range(cuff.fc) 2.12.2版本

• 修正了与DESeq2联合工作流中的拼写错误(第11页):cnts.kegg.p应该是fc.kegg.p

gdsfmt

1.14.0版本的更改:

• 调整错误消息

GeneNetworkBuilder

1.19.1版本的更改:

• 修复STRINGdb不工作时的问题。

《创世纪》

在2.7.4版本的更改:

• 在fitNullMM中，对于二项式GLM族和泊松GLM族，固定效应的方差不会乘以色散参数RSS。

2.7.3版本的更改:

• 更改assocTestSeq*: SKAT p-值的Davies方法中的默认值。

geneXtendeR

1.3.5版本的更改:

• 删除已弃用的README。

1.3.4版本的更改:

• 更新引用。

1.3.3版本的更改:

• 新增peaksMerge()函数。

1.3.2版本的更改:

• 新增allpeaklength()函数。

1.3.1版本的更改:

• 新的累积线形图(cumlinePlot())函数。

• 现在，distinct()函数的输出在视觉上更吸引人了(不再有制表符分隔符符号)，耶!

• 新的差异基因本体(diffGO())函数。

• 新的基因- go网络(makeNetwork())功能。

• 新增GO词云(makeWordCloud())函数。

• 新的barplot函数用于绘制GO术语中的词频(plotWordFreq())。

• 新的有效峰值/总峰值(hotspotPlot())函数。

• 添加新的meanPeakLength()、meanPeakLengthPlot()和peakLengthBoxplot()函数。

GENIE3

删除了参数seed，使用set。小的改进

文本:函数和参数重命名为CamelCase而不是包含点(例如get.link.list into getLinkList)

GENIE3现在接受ExpressionSet, summarizeexperiment和SCESet作为输入

genomation

版本:1.9.7类别:改进和错误修复文本:有关计算在scoreMatrixBin函数的最后一个bin的错误修复。op = " max " (https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/166)

版本:1.9.7类别:实现由Bozena Mika-Gospodorz

版本:1.9.6类别:改进和BUG修复文本:与scoreMatrixBin函数(https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/166)中最后一个bin计算相关的BUG修复

版本:1.9.6类别:实现由Bozena Mika-Gospodorz

richmentmatrix()函数计算IP样本在IgG或输入DNA对照样本上的富集(issue: https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/138)

版本:1.9.5类别:改进和BUG修复文本:在checkBedValidity()函数中删除了在染色体名称中有' chr '字符串的要求(问题:https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/160)

版本:1.9.5类别:实现由Bozena Mika-Gospodorz

文本:为每个窗口创建一个矩阵存储数据的c++函数:- listSliceMean() -调用binMean()函数，- listSliceMedian() -调用binMedian()， - listSliceMax() -调用binMax()， - listSliceMin() -调用binMin()， - listSliceSum() -调用binSum()。

文本:计算每个bin值的c++函数:- binMean() -计算平均值，- binMedian() -计算中值，- binMax() -计算最大值，- binMin() -计算最小值，- binSum() -计算和值。

c++函数Median_c()——从vector中计算中值。

版本:1.9.4类别:实现由Bozena Mika-Gospodorz

版本:1.9.3类别:改进和错误修复文本:测试ScoreMatrixBin的不同参数组合

c()函数用于将一个ScoreMatrix和一个ScoreMatrixList附加到一个现有的ScoreMatrixList(问题:https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/151)。由Bozena Mika-Gospodorz执行。

文本:增加了一个插槽“names”到一个ScoreMatrixList类

版本:1.9.1类别:改进和BUG修复文本:knitrBootstrap依赖被删除，以下问题被修复- https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/135 - https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/146 - https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues/147

GenomeInfoDb

版本:1.14.0类别:新功能文字:

版本:1.14.0类别:显著的用户可见的变化

从seqinfo()和seqlevels() setter中删除' force '参数(该参数在BioC 3.5中已被弃用，以支持新的更灵活的'修剪'。模式的参数)。

文本:为黑腹果蝇和褐家鼠添加seqlevel样式数据库中缺失的Y/chrY条目。

GenomicAlignments

1.14.0版本的更改:

重大的用户级别更改

• makeGAlignmentPairs()不再使用不一致的seqname删除pair。

• 更改findOverlaps()方法中的' maxgap '和' minoverlap '参数默认值，使它们遵循IRanges 2.12.0中定义的泛型的新参数默认值。有关此更改的更多信息，请参见irams包中的NEWS文件。

已弃用和失效

• 从seqinfo()和seqlevels() setter中删除' force '参数(该参数在BioC 3.5中被弃用，以支持新的更灵活的'修剪'。模式的参数)。

错误修复

• 修复了readGAlignmentPairs()的配对代码中由于用户提供的筛选(例如mapqFilter=10)而丢失一对中的一个配对的问题。

GenomicFeatures

1.30版本的更改:

新功能

• 添加makeTxDbFromEnsembl()，用于直接查询一个ensemble MySQL服务器来创建TxDb对象。这似乎比makeTxDbFromBiomart()更快更可靠。

• 改进makeTxDbFromBiomart()对ensemble blgenomes marts fungal_mart、metazoa_mart、plants_mart和protist_mart的支持。

• makeTxDbFromGFF()和makeTxDbFromGRanges()现在导入CDS阶段。这需要在TxDb对象的底层SQLite db的模式中进行更改。这仍然是一个正在进行的工作，例如cdsBy(txdb, by= " tx ")仍然需要修改以返回阶段信息。

用户可见的重大更改

• *ByOverlaps()函数现在使用与subsetByOverlaps()相同的' maxgap '和' minoverlap '默认值。

已弃用和失效

• 从seqinfo()和seqlevels() setter中删除' force '参数(该参数在BioC 3.5中被弃用，以支持新的更灵活的'修剪'。模式的参数)。

错误修复

• 现在已经记录了exonicParts()和intronicParts()。

• 解决Matt Chambers在内部助手get_organizm_from_ensemble bl_mart_dataset()和makeTxDbFromBiomart()使用的. extractensemblreleasefromdbversion()中指出的几个问题。

• 修复内部实用程序. ensemble bl_getmysqlcoredir()。对于来自ensemble mart的69个数据集中的某些数据集失败，导致makeTxDbFromBiomart()在查找生物体学名和染色体长度时失败。感谢马特·钱伯斯的报道。

• 支持RSQLite 2.0需要一些调整和修复。

GenomicRanges

1.30.0版本的更改:

新功能

• 支持基于pos的GRangesList对象。

• 添加“na。rm’ argument to binnedAverage().

重大的用户级别更改

• 更改findOverlaps()和家族(即countOverlaps()、overlapsAny()和subsetByOverlaps())的' maxgap '和' minoverlap '默认值。这个更改解决了两个长期存在的问题:(1)默认情况下零宽度范围不再被排除，(2)零宽度范围和相邻范围的控制最终被解耦(只是部分解耦)。' minoverlap '的新默认值是0而不是1。' maxgap '的新默认值是-1而不是0。有关' maxgap '和-1含义的更多信息，请参见?findOverlaps。例如，如果' type '是" any "，你需要设置' maxgap '为0，如果你想相邻的范围被认为是重叠的。

• GPos现在扩展了grange，但有一个范围插槽，该插槽必须是一个IPos对象。用updateObject()更新“旧的”GPos对象。

• 移动pos()通用到irams包。

• 将rglist()泛型移动到IRanges包中。

• 分别将genome icrangesormissing和genome icrangesorgrangeslist类重命名为> genome icranges_or_missing和genome icranges_or_grangeslist。

• 删除RangesList对象的" seqinfo "方法。

• 移除基因组范围列表对象的“堆栈”方法。

已弃用和失效

• 从seqinfo()和seqlevels() setter中删除' force '参数(该参数在BioC 3.5中被弃用，以支持新的更灵活的'修剪'。模式的参数)。

错误修复

• nearest()和distanceToNearest()现在在内部调用findOverlaps()， maxgap=0和minoverlap=0。这修复了在某些情况下获得的不正确的结果，例如在这里报告的情况:https://support.bioconductor.org/p/99369/(零宽度范围)，但也在这种情况下:最近(GRanges(" chr1 "， IRanges(5,10))， GRanges(" chr1 "， IRanges(1,4:5))，选择= " all ")的主题中的两个范围这两个最接近5-10的范围。

• “$”完成在基因组范围工作在RStudio。

• 从字符转换到grange和反向转换的小调整。

GenomicScores

1.2.0版本的更改:

用户可见更改

• 为GScores对象增加了方法“name()”和“type()”。

• 支持检索每个基因组位置的多个评分值(例如，CADD或M-CAP评分)。

• 增加了方法' citation() '来获取基因组分数的引用信息。

• 增加了' makeGScoresPackage() '函数，从AnnotationHub基因组分数资源创建注释包。

• 增加了' qfun() '和' dqfun() '方法来获取用于存储和检索基因组分数的量化和去量化函数。

• 在' scores() '方法中添加' quantized '参数，如果用户希望自己去量化值，则获取量化值。

• 如果没有internet连接，无法通过AnnotationHub资源获取基因组分数，则退回到本地AnnotationHub。

• 增加了“MafDb”类，从“GScores”派生来存储和访问次要的等位基因频率值。这最初是在' VariantFiltering '包中定义的。

• 小插图已经更新，以说明以前的一些更改的使用。

GEOquery

改进:* GPL解析速度快4-5倍* GSM解析速度快3倍* GSEMatrix解析相对于样本特征要聪明得多。简而言之，对于实际使用样本特征的gse, pData应该有漂亮、整洁的列标题，列中包含表型数据键和值，包括对缺失值的正确处理等。

版本:2.45.1文本:Bug修复* getDirectoryListing修复了NCBI服务器列表格式的变化

改进:* GDS解析速度提高2-3倍* GSEMatrix解析速度提高2-3倍

ggcyto

类别:通过%+%操作符添加数据替换功能

ggtree

1.9.4版的更改:

• geom_hilight_surround and geom_cladelabel2 <2017-09-12, Tue> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/152

• set_hilight_legend <2017-08-30, Wed>

• geom_motif for aligned motif <2017-08-22, Tue> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/148

• 固定R CMD构建error: cannot stat ' ggtree/site_src/themes ': No such file or directory <2017-08-22, Tue> . error: cannot stat ' ggtree/site_src/themes ':没有这样的文件或目录

1.9.3版本的更改:

• 更新到使用!!在tidyr::gather for compatible with tidyr 0.7.0 <2017-08-03, Thu>

• 现在geom_text2, geom_label2, geom_point2和geom_segment2与ggplot2 <2017-08-01, Tue>

• 更新enhance .jplace以支持放置数量(nplace) <2017-07-27, Thu>

1.9.2版本的更改:

• 在msaplot <2017-07-26中添加bg_line和height参数，Wed> +可以设置bg_line = FALSE和height = 1来绘制更漂亮的对齐

• 扩展参数在geom_cladebar <2017-07-26, Wed> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/142#issuecomment-317817995

• scaleClade在调用viewClade <2017-07-20, Thu> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer#!主题/ bioc-ggtree / QVSryszPaFY

• gheatmap支持处理倒塌树<2017-06-29,Thu> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/137

1.9.1版本的更改:

• 现在映射参数将传递到分段层在geom_tiplab(align=T) <2017-06-19, Mon>

• geom_cladelabel支持角=“自动”对于圆形布局树<2017-05-05，星期五>

Glimma

1.6.0版本的更改:

• MDS图新增表。

• 改变了javascript数据的编码更紧凑

• 固定处理的顶部和基因。glMDSPlot中的选择参数

GoogleGenomics

在2.0.0版本的更改:

gRPC支持和更多的身份验证选项

• 可以使用gRPC访问v1 API中的整个方法集。

• 支持应用程序默认凭证。

• 支持GCE服务帐户凭证。

GOSemSim

2.3.1版本的更改:

• 新的项目网站使用blogdown <2017-09-28, Thu>

• 通过预计算GO相似度<2017-05-22,Mon> +由Lluís Revilla Sancho + https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/pull/13贡献

石墨

1.23.7版本(2017-10-19)的更改:

• 在原始数据库中提供每个路径的URL。

• 描述代谢活性途径分析的新插图。

1.23.6版本(2017-10-18)的更改:

• 移除DEGraph支持。

1.23.5版本(2017-10-13)的更改:

• runClipper获得了一个为随机数生成设置种子的选项。

1.23.3版本(2017-10-12)的更改:

• 代谢产物在通路中。

• 每个途径的多个视角:只看蛋白质，只看代谢物或两者都看。

• 新的数据库:SMPDB和PharmGKB。

• 删除了对RCytoscape的支持(默认情况下，使用RCy3)。

• 代谢物标识符的转换。

• 多核系统上更快的标识符转换。

GraphPAC

1.19.1版本的更改:

• 新的pdb.org网站文件结构的Url更正。

GRmetrics

1.3.3版本的更改:

• 将GR值表的“GR”列重命名为“GRvalue”，以匹配其他代码。

• 修正了划分率GR值计算的错误信息

1.3.2版本的更改:

• 重命名相对单元数曲线的一些曲线参数

• 将“IC”改为“rel_cell”。

• 将基于相对细胞计数的剂量响应曲线的GRdrawDRC函数参数选项从' metric = " IC " '更改为' metric = " rel_cell " '。

• 改变grif(和enf)值到平均GR值(相对细胞数)的最小值，在两个最高浓度的水平线拟合测试情况下(与GRmax相同)。

• 更改了GRmax(和Emax)，以便在多个条件的平均值情况下，所取的值是在两个最高浓度下GR值(相对细胞数)的平均值的最小值，而不是在这些浓度下GR值的绝对最小值。

• 输入中的“duration”列更改为“treatment_duration”，以匹配其他代码中的命名法。

• 增加了从案例“C”的分割率计算GR值

1.3.1版本的更改:

• 增加了从案例“A”的分割率计算GR值

• 现在接受列" duration "和" division_time "而不是" cell_count__time0 "

• 增加了一些计算参数

• “control_cell_dou倍增”是在检测过程中发生在对照组群体中的细胞倍增数量，由初始和最终细胞计数或给定的分裂率和检测时间计算。

• " concentration_points "是实验中使用的不同浓度的数量

GSEABase

1.39版本的更改:

错误修复

• goSlim()没有正确地计算重复的标识符。(https://support.bioconductor.org/p/100403/)

GSVA

1.26版本的更改:

用户可见更改

• 更新了选项' abs '的实现。ranking=TRUE’ to use the original Kuiper statistic.

• 参数“rnaseq”和“kernel”已经被弃用，取而代之的是一个新的参数“kcdf”。

• “不争论。bootstrap和bootstrap。百分比已被弃用。

• 带有默认参数' method= " gsa " '的返回值已经简化，它不再是一个列表对象。现在，当输入表达式数据也是一个' ExpressionSet '对象时，' gsa() '函数总是返回一个矩阵或' ExpressionSet '对象。

• ' gsa() '函数现在可以通过运行' igsa() '函数的闪亮应用程序来使用。

gtrellis

1.9.1版本的更改:

• 导入基因组中的功能

GWASTools

1.23.2版本的更改:

• 添加一个函数将一个GenotypeData对象强制到VCF对象中，以便与VariantAnnotation一起使用。

1.23.1版本的更改:

• 将ncdf4从“导入”移动到“建议”。希望使用NetCDF文件而不是GDS的用户必须单独安装ncdf4包。对于计划只使用GDS的用户，此更改消除了在Linux机器上安装NetCDF库的需求。

Heatplus

在2.23.1版本的更改:

• 解决了同一设备上绘图不一致的问题

hiAnnotator

1.11.1版本的更改:

• 基因组范围包更新调整和改进的测试

HIBAG

1.14.0版本的更改:

• 修改内核以支持GPU扩展

• 增加匹配比例来衡量训练数据集和测试数据集之间SNP单倍型的相似性

• 新功能hlaReportPlot ()

• 参数' cl '在predict.hlaAttrBagClass ()，hlaPredict ()而且hlaParallelAttrBagging ()允许为内核数设置一个数值

HiTC

1.21.0版本的更改:

错误修复

• 修复了非对称数据的getExpectedCountsMean的错误

• 在getPearson函数中处理NA

• 修复normLGF导致矩阵不对称的错误

hpar

1.19.1版本的更改:

• 从脚本/getHpaData重新生成数据集。R，as discrepancies with the data downloaded form the hpa site were documented by Martin Bush <2017-07-19 Wed>

1.19.0版本的更改:

• 新生物导体发展

iCOBRA

1.5.5版本的更改:

• 为提高一致性，ROC曲线和FP曲线默认选择的测量值已被更改。首选顺序是pval, padj, score。以前版本的行为可以通过在calculate_performance()中设置prefer_pval = FALSE来获得。注意，用于计算某个性能值的度量类型可以从cobrperformance和COBRAPlot对象的各自插槽中检索。

• 改进了用于FDR/TPR和FDR/NBR曲线的度量选择的鲁棒性，特别是对于p值和得分都可用的方法。

• pval和padj槽的额外有效性检查

1.5.1版本的更改:

• 增加了对误号率计算的支持

immunoClust

可选的标签参数在元集群中继续元集群的初始集群到元集群的分配

更改*小的改进和额外的选项在plot和splm方法*引入ALPHA选项也为规范化程序

intansv

1.17.1版本的更改:

笔记

• 修复了函数methodsMerge中的一个小错误。

1.17.0版本的更改:

笔记

• 更新到不同工具的最新版本。

InteractionSet

1.5.7版本的更改:

• 删除了InteractionSet的c()方法，ginteraction的rbind方法。

• 广义ContactMatrix允许任何类型的矩阵类对象。

• 支持的膨胀()的g交互不指定填充。更改InteractionSet的默认填充为缺失。

• 分离子集和合并文档到两个不同的页面。

• 在所有对象的基因组范围插槽上为resize()， narrow()和shift()添加了方便的包装器。

• 修改了锚()返回一个列表而不是GRangesList。

• 修改ginteraction的width()返回list()而不是DataFrame()。还更改了列表元素的名称。

• 增加了anchorIds()函数，用于快速提取锚的id。

• 在pcompare()和match()中删除了对相同区域的要求。

感兴趣

1.2.0版本的更改:

新功能

• DEXSeqIntEREst()在summarizeexperiment对象上运行DEXSeq差异外显子使用情况或内含子保留测试(由interest()或interest. sequence()分析产生)。

• unionRefTr()对参考数据帧中内含子/外显子重叠的基因进行联合。每个重复外显子或内含子的结果数据帧特征仅为单个副本。

• deseqInterest()运行从DESeq2包改编的差异内含子保留测试。

• interestResultIntEx()从内含子保留和外显子-外显子连接对象(由interest()、interest. sequence()和/或InterestResult()函数产生)构建一个summarizeexperiment对象。将两侧外显子连接水平的平均值与内含子保留值一起加入summerized实验。

用户可见的重大更改

• u12Index()支持intronExon参数，该参数提供了从summerizeexperiment对象中提取表示u12型内含子的行或u12型内含子侧翼的外显子的可能性。

错误修复

• 纠正interestAnalyse。R而且在terestAnalyse.sequential.R so that interest() and interest.sequential() support bam files with single (unpaired) reads.

• 纠正interest()中的bpparam设置。

iPAC

1.20.1版本的更改:

• 新的pdb.org网站文件结构的Url更正。

首次公开募股

1.7.5版本的更改:

• 在unix系统上增加了FORK聚类方法的使用(感谢Pablo Moreno)

• 修复了并行化中防止与包“snow”发生冲突的错误

1.7.4版本的更改:

• 前面的parallel-函数带有' parallel:: '来使用正确的包

• 修正了函数writeRScript使用“黄土”保留时间cor的错误。

• 减少了R CMD检查IPO的运行时间

1.7.3版本的更改:

• 添加了可运行的示例

• 减少图片在vignettes/rsmDirectory的大小

• 减少了单元测试的运行时

• 取代扩张。在utils.R中使用expand.grid.子集

1.7.2版本的更改:

• bug修复:尝试防止calcPPS中可能由NAs引起的错误

• 用message()替换cat()和print()调用

1.7.1版本的更改:

• 检查峰形与窦性曲线(-pi/2 ~ pi*1.5)、正态分布或checkBorderIntensity的相关性

• findIsotopes。首次公开募股renamed parameter checkBorderIntensity to checkPeakShape

• 性能改进calcPPS为checkPeakShape=FALSE

• 计算每个DoE的xcmsset对象和各自的PPS。(PPS不再由rsm估算)

• 另外转发xcmsSet-function的nSlaves(也参见getDefaultXcmsSetStartingParams())

1.7.0版本的更改:

• 增加了对XCMS-method retcor.黄土的支持

• 更新的帮助文件

• 改变getRGTVValues的返回值

• 改编的单元测试

• findPeaks可以设置，但不能优化

1.6.2版本的更改:

• 更新了函数getNormalizedResponse()以防止NAs

1.6.1版本的更改:

• 增加安装脚本和安装说明在插图

1.6版的更改:

• 增加了对CAMERA同位素识别的支持(findisotopps .CAMERA)

• findIsotopes选择性。首次公开募股may be increased if checkBorderIntensity is set to TRUE: ‘maxo’ of each peak of an isotopologue must be three times higher than the intensities at ‘rtmin’ and ‘rtmax’

• calcPPS()的返回值简化为具有意义名称的vector

• 修改了min_peakdwidth = c(12,28)和ppm为c(17,32)的getDefaultXcmsSetStartingParams()

1.5.7.1版本的更改:

• 使用predict()来确定最佳级别并展开。网格为模型生成测试数据

1.5.7版本的更改:

• 支持单参数优化。只有在连续do中具有冗余级别的基本版本

• 除了预过滤器(I)和步骤之外，所有findPeaks参数的最大聚焦去掉整数舍入

• 更新文档以匹配代码

• 删除使用getwd()防止绝对子目录路径

1.5.6版本的更改:

• 更新后的装饰图案

• 一般采用中心复合设计代替Box-Behnken设计

• 修复了在函数optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup中定义subdir=NULL时的错误

• 修改单元测试以处理> 1.5.6版本

• 添加函数writeRScript到命名空间导出

• 更新了optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup的man

1.5.5版本的更改:

• calcPPS中可靠峰值的召回率增加。改变PPS计算的指数从1.5到2

1.5.4.8版本的更改:

• 删除optimizeXcmsSet中的文件查找，并将其留给xcmsSet()

1.5.4.7版本的更改:

• 如果nSlaves=1，显式使用串行求值，以帮助调试

1.5.4.6版本的更改:

• 消除对Rmpi的依赖

1.5.4.5版本的更改:

• 从msdata中添加了例子

• fix Depends, imports和library()和require()调用

1.5.4.4版本的更改:

用户可见更改

• 打包脚本

• 更改方法名称attachparams为attachList

• 更改方法名称calculateRGTV为getRGTVValues

• 将方法名称getdefaultstartingxmsparams更改为getDefaultXcmsSetStartingParams

• 将方法名称typeCastFactor更改为typeCastParams

• 将方法名称writeRScript更改为writeRScript

• 将参数名称n_slaves更改为nSlaves

• resultincrease:如果上次优化得分为0，则没有发现同位素，因此数据集不能用IPO进行优化。

• 为attachList, calcPPS, combineParams, createModel, decode, decodeAll, encode, getBbdParameter, getCcdParameter, getDefaultRetCorCenterSample, getDefaultRetGroupStartingParams, getDefaultXcmsSetStartingParams, getNormalizedResponse, getRGTVValues, IPO-package, optimizeRetGroup, optimizeXcmsSet, startSlaves, toMatrix, typeCastParams添加man文件

• xcmsSetsettingsAsString删除。R

• getResponses:现在能够处理切片参数的NULL值

• calcPPS:在同位素鉴定前去掉NA值的峰

• 如果subdir为NULL，则不保存rsm

• #IPO_V1.5.4.3: * LIP计算在calcPPS修正#IPO_V1.5.4.2: *增加初始参数检查# *重命名所有因素变量到params # *在optimizeXcmsSet: -也寻找mzML-files # -检查文件被发现# *优化匹配过滤器的bug修正#IPO_V1.5.4.1: calcPPS中的更改:# rt_window <- rt * 0.005 # rt_lower <- part_peaks[， " rt "] - rt_window # rt_upper <- part_peaks[， " rt "] + rt_window #IPO_V1.5.4: if bad_group == 0;bad_group = 1 && good_group += 1 #IPO_V1.5.3:无同位素检测参数。# c13_peak[， " mz "]必须在(mzmin +同位素质量)和(mzmax +同位素质量)# c13_peak[， " rt "]必须在(rtmin +同位素质量)和(rtmax +同位素质量)#IPO_V1.5之内。:在rcsandgsadded:也使用了good_groups ^ 2 #IPO_V1.4。:向量化同位素鉴定;#无强度窗口，在最大碳强度和1 #IPO_V1.3之间。: good_groups ^ 2增加召回率

1.3.3版本的更改:

用户可见

• 新情节参数为optimizeXcmsSet而且optimizeRetGroup控制绘图(#51)

1.3.2版本的更改:

• 错误修正#50:纠正peak -matrix，以处理旧版本XCMS的XCMS错误(sneumann/ XCMS #220)

• 测试参数的顺序进行优化

1.3.1版本的更改:

• 修复了关于BPPARAM和nSlaves参数冲突的错误(感谢@lauzikaite)

IRanges

2.12.0版本的更改:

新功能

• 添加IPos对象，用于存储一组整数位置，其中大多数位置通常(但不一定)相邻。

• 向IRanges对象添加表示范围的字符向量或因子的强制转换(例如“22-155”)，以及“as”。字符“和”作为。方法。

• 引入overlapsRanges()来替代Hits和HitsList对象的“ranges”方法，并弃用后者。

• 添加”。unsorted”方法用于range对象。

• 为ranges对象添加" ranges "方法(将对象降级为IRanges实例并删除其元数据列)。

• 添加“use.names”和“use.names”。McOls的参数到ranges()泛型。

用户可见的重大更改

• 更改findOverlaps()和家族(即countOverlaps()、overlapsAny()和subsetByOverlaps())的' maxgap '和' minoverlap '默认值。这个更改解决了两个长期存在的问题:(1)默认情况下零宽度范围不再被排除，(2)零宽度范围和相邻范围的控制最终被解耦(只是部分解耦)。' minoverlap '的新默认值是0而不是1。' maxgap '的新默认值是-1而不是0。有关' maxgap '和-1含义的更多信息，请参见?findOverlaps。例如，如果' type '是" any "，你需要设置' maxgap '为0，如果你想相邻的范围被认为是重叠的。注意，贫困()仍然使用旧的' maxgap '和' minoverlap '默认值。

• subsetByOverlaps()前两个参数现在被命名为' x '和' ranges '(而不是' query '和' subject ')，以与来自基因组特征包的转录tsbyoverlaps ()， exonsByOverlaps()和cdsByOverlaps()函数以及来自BSgenome包的snpsByOverlaps()函数保持一致。

• 用ifelse2()(急切语义)替换ifelse()泛型和方法。

• 从range到range的强制转换现在会传播元数据列。

• 将rglist()仿制药从genome icranges移动到IRanges包中。

• range对象的" union "、" intersect "和" setdiff "方法不再像自同态一样:现在它们总是返回一个IRanges实例无论范围的派生传递给他们(例如NCList或NormalIRanges)。

已弃用和失效

• 弃用Hits和HitsList对象的“ranges”方法(替换为overlapsRanges())。

• 弃用RangedData对象的" overlapsAny "， " subsetByOverlaps "， " coverage "和" range "方法。

• 弃用universe() getter和setter，以及RangesList()、IRangesList()、RleViewsList()和RangedData()构造函数的' universe '参数。

• 默认的" togroup "方法现在无效(在bios 3.3中已弃用)。

• 移除grouplength()(在BioC 3.3中已弃用，并被grouplths替换，然后在BioC 3.4中失效)。

错误修复

• nearest()和distanceToNearest()现在在内部调用findOverlaps()， maxgap=0和minoverlap=0。这修复了在某些情况下获得的不正确的结果，例如在这里报告的情况:https://support.bioconductor.org/p/99369/(零宽度范围)，但也在这种情况下:在主题中的两个范围的最接近(IRanges(5,10)， IRanges(1,4:5)， select= " all ")这两个最接近5-10的范围。

• 修复带有元数据列的IRanges对象上的restrict()和reverse()。

• 在Ranges对象上修复表()。

• 各种其他小修复。

IrisSpatialFeatures

0.99.3(2017-08-10)版本的更改:

• 第一个版本

IsoformSwitchAnalyzeR

文本:修正了文档中导致构建警告的一个小错误

版本:2017-10-22文本:isoformSwitchTestDRIMSeq()被更新为默认使用dmFilter()

文字:文档的小更新更好地解释了udate 0.99.12的功能

文字:Bioconductor的版本更新

importtisoformexpression()已经完全重新设计，以利用tximport包以及实现丰度(TxPM)值的库间规范化选项。

文字:小插图得到了彻底的修井-巨大的呼喊玛利亚·达尔比的帮助!

isoformSwitchTestDRIMSeq()被扩展为还包括dmFilter()功能作为工作流的一部分。

从isoform表达计算基因表达的内部过程被转换为它自己的函数:isoformToGeneExp()。

文本:修正了从GTF文件导入cds时可能导致的错误

文字:更新了描述和其他小的风格问题。

为了遵守Bioconductor的约定，subsetSwitchAnalyzeRlist()方法被删除，并被subsetSwitchAnalyzeRlist()函数所取代。

当从Kallisto, Salmon和RSEM导入数据时，importtisoformexpression()函数被更新，以支持导入每百万文本(TxPM)作为相对丰度度量(而不是TPM和RPKM/FPKM，这两个已经停止)。

isoformSwitchTestDRIMSeq()函数被更新为一个线性模型(一个dmFit)，而不是每对比较一个模型。

对switchPlot()函数进行了小的更新，使其对非必要数据的NA注释更加健壮。

版本:2017-06-01文本:自从描述R包的文章发表以来，增加了引用信息:Vitting-Seerup et al.。人类癌症中的亚型开关。Mol. Cancer Res.(2017)。

修复了Bioconductor评审中提出的一些问题

修复了在最近的更新中引入的pfam结果如何集成的问题。

版本:2017-05-24文字:提高可读性的小插图的更新。

1)在switchAnalyzeRlist中引入iso_ref和gene_ref句柄，这允许跨不同的条目轻松集成数据。2)现在提供了与DRIMSeq工具的完全集成，该工具利用先进的线性模型在isoform级别识别isoform用法的显著变化，使更复杂的设计(包括批处理效应)能够进行健壮的分析。可以通过isoformSwitchTestDRIMSeq()函数进行集成。3)更新IsoformSwitchAnalyzeR以处理运行Pfam的EBI的新服务器。4)启用与DRIMSeq switchAnalyzeRlist对象的集成已扩展:b)设计矩阵。5)预过滤功能已经更新了新的功能和默认截止，更适合与DRIMSeq使用。详细信息请参见函数文档。6)执行来自Bioconductor评审人员的建议更新。这个更新是如此之大的向后兼容，不幸的是不可行，所以所有现有的switchAnalyzeRlists将不得不重新制作。switchAnalyzeRlist的扩展在如何导入必要的数据方面也做了一些更改。具体来说:- importtrdata()函数现在将复制计数矩阵作为它的主输入，复制FPKM矩阵是可选的。 - The importBallgownData() function and it’s accompanying “exampleRdata.RData” have been decapitated since it does not contain count information. - The importIsoformExpression() function have been introduced to help with importing data from Kallisto, Salmon and RSEM. This function generates a isoform count matrix from the parent directory of the Kallisto/Salmon/RSEM analysis - which can easily be used with the importRdata() function to generate a switchAnalyzeRlist. Lastly the vignette have naturally been updated and improved accordingly.

文本:小的增量更新，以确保IsoformSwitchAnalyzeR符合所有Bioconductor标准，主要是保存名称空间的组织和导入方式。

新增如下功能:—在preFilter()函数中启用对重要开关的过滤。extractGenomeWideAnalysis()函数扩展了“annotationToAnalyze”参数，支持对注释类型进行分析的规范。- analyzeSwitchConsequences()函数被扩展为支持截断蛋白质的分析(通过向' resulencestoanalyze '参数提供' domain_length ')。- analyzeSwitchConsequences()函数被扩展，因此' ntCutoff '也适用于TSS和TTS分析。修正了以下错误:- importCufflinksCummeRbund()导入了包括CDS等在内的所有亚型的基因组特征，导致复制区域，导致内含子保留分析出现问题。这只是对于Cufflinks/Cuffdiff分析的一个问题，其中参考转录组包含gtf文件的非外显子注释(在类型列(第3列)中定义)。analyzePFAM()函数中的一个bug，有时会阻止IsoformSwitchAnalyzeR正确格式化结果文件，从而导致该函数无法运行。多线程选项被移除，因为windows电脑不支持它。我们计划在稍后的更新中恢复它。-手动提供开始和停止密码子序列的选项，annotateORF()函数应该在转录本中扫描。 Furthermorethe vignette was extended for enhanced usability.

isomiRs

1.5.5版本的更改:

修复

• 迁移小插图到新的BiocStyle

• 删除不使用的函数join_all

• 使用参数而不是整数

• 将测试用于单元测试

1.5.4版本的更改:

特性

• 更好的iscorrection函数文档。添加正确的作者和引文。

1.5.3版本的更改:

特性

• 同分异构体极性图的更好的颜色

修复

• 修复对dplyr/ggplot函数中的变量进行R CHECK时的注意事项

• 使用roxygen2作为NAMESPACE

1.5.2版本的更改:

修复

• 消除TMB依赖性

1.5.1版本的更改:

特性

• 同时添加新的极坐标来绘制所有同分异构体

• 添加NLQO分布以纠正已知测序偏差的表达[Argyropoulos等，2017]

• 改进数据文档

IWTomics

版本:1.1.1

版本:1.1.2

版本:1.1.3

JASPAR2018

3.6版的更改:

新功能

• JASPAR2018数据包

JunctionSeq

1.7.5版本的更改:

结构性改革

• 对DESeq2的更改使得有必要从DESeq2中复制c++代码。结果:JunctionSeq再次需要编译。

• 轻微的修正。

• 当遇到不兼容的GFF /计数文件时，增加了更多有用的错误消息。

KEGGprofile

1.19.3版本的更改:

• 修复了由于KEGG网站更新而导致的download_KEGGfile函数的bug。

1.19.1版本的更改:

• 修复了由KEGG网站更新导致的download_KEGGfile函数的错误。

limma

3.34.0版本的更改:

• read.idat()现在可以处理SNP格式的idat文件。

• 新参数的排序。for topSplice()。

• diffSplice()现在将任何NA geneid视为具有一个外显子的独立基因。以前所有的NA基因都被视为同一基因。

• 修复了plotSplice()的错误，在某些情况下，它没有突出显子。

• 在volcanoplot()中' style '的默认值更改为" p-value "而不是" p "。这不会改变函数的行为。

• volcanoplot()不能与treat()生成的MArrayLM对象一起工作。现在修好了。

• alias2SymbolUsingNCBI()的gene.info.file参数现在将可选地接受data.frame而不是文件名。

• alias2SymbolUsingNCBI()现在总是产生一个data.frame。以前，单列data.frame作为向量返回。

• 修复了' index '包含字符行名时camera()和cameraPR()的错误。

• 新的论点'限制。宇宙’ for the default kegga() method. The default is now not to the restrict the universe to genes with KEGG annotation.

• Goana.default()代码被重写以更接近kegga.default。速度略有提高。先验概率现在使用带有GO注释的受限宇宙计算，而不是整个宇宙。

• 修复了当trend=TRUE或优先级时kegga()的错误。指定了概率或协变量。以前，向下p值基本上太小，向上p值太大。

• plotWithHighlights()检查' status '是否是一个因子并转换为字符。

• 修复了beadCountWeights()的错误。Default现在为' design '设置为正确的，当' y '是一个包含珠子标准误差而不是标准偏差的EList对象时，函数现在可以正常工作。

LymphoSeq

1.4.1版本的更改:

• 修正了topSeqPlot中的错误

maftools

1.4.00版本的更改:

新功能

• plotApobecDiff -绘制APOBEC富集和非APOBEC富集样品之间的差异

• gisticOncoplot、gisticBubblePlot和gisticChromPlot来可视化GISTIC结果

• 躯体交互作用-识别互斥/共发生的基因集

• 基因型矩阵-创建基因型矩阵的功能

• mutCountMatrix -生成计数矩阵

显著的用户级别改进

• 对MAF对象的更改:它现在包括临床数据槽类似于表达式集对象的表型数据。

• 对MAF对象的更改:Silent变量将单独存储在MAF对象中，不会与非syn变量混合。

• 对MAF对象的更改:Oncomatrix在需要时动态构建，它不再存储在MAF对象中。

• 你可以通过read.maf中的参数vc_nonSyn指定一个变量分类的手动列表，将其视为非同义的

• 删除mutExclusive功能-使用躯体交互代替。

• oncplot的许多排序选项和绘图改进。

• 可以在oncoplot中包含mutsig(或任何类似程序)的q值作为侧边barplot

• rainfallPlot可以通过ChangePoint检测方法检测超突变基因组片段

• plotSignatures包括余弦相似度评分和被检测签名的原因

• readGistic有参数cnLevel来选择深或浅CN变量

• 异质性包括数学成绩在图中

• Tumor_Sample_Barcodes保持原样;之前的' - '被转换为'。’的例子名称

非显著变化

• mafCompare输出包括调整的p值

• trinucleotideMatrix输出包括为APOBEC富集调整的p值

• 在lollipopPlot中添加了plot参数来控制标题大小和点大小

错误修复

• 修复了签名分析中的主要错误

• 修复了oncostrip中的小错误

事

1.3.8版本的更改(2017-10-26):

新功能

• 为磁盘上的因子添加了' matter_fc '类

用户可见的重大更改

• 增加字符编码' matter_str '的磁盘字符串

错误修复

• 修正了' matter_df '按列分组时的错误

• 修正了强制' data.frame '到' matter_df '的错误

1.3.7版本(2017-10-25)的更改:

错误修复

• 修正了默认的' matter_df ' chunksize很小的错误

• 将matter_df的“数据模式”从“列表”改为“虚拟”

1.3.6版本的更改(2017-10-20):

用户可见的重大更改

• 列表(不规则数组)现在可能是异构的(元素仍然必须是向量)

• 当长度(data)为1时，对磁盘上的数据进行更有效的内存初始化

• 现在，如果文件不存在，则默认在构造函数中创建

• 当用“as”胁迫时。事’, names and/or dimnames are now retained

1.3.5版本(2017-10-18)的更改:

用户可见的重大更改

• 改进了在给构造函数数据时的length/dim默认值

错误修复

• 尝试写入只读数据集现在会优雅地失败

• 修正了通过subsetMatterMatrix进行分组时整数溢出的问题

1.3.4版本的更改:

错误修复

• 修正了na不能正确传播整数的错误

• 当' matter() '不能推断数据结构时，它现在是一个错误

1.3.3版本的更改:

用户可见的重大更改

• 添加了新的小插图与基准和真实数据的例子

错误修复

• 修正了矢量运算延迟的错误

1.3.2版本的更改:

新功能

• 为同构列表(不规则数组)增加了类' matter_list '

• 为磁盘上的字符串增加了类' matter_str '

• 为磁盘数据帧增加了类' matter_df '

• 添加”。事’ for function coercing to matter objects

1.3.1版本的更改:

新功能

• 更新了基本事项类(matter_vec, matter_mat, matter_arr)以支持' Arith '和' Compare '组泛型

餐

版本:1.8.0类别:主要变化文字:

版本:1.8.0类别:o替换AnalysisResults和AnalysisRegionResults的ResultSet文本:

版本:1.8.0类别:o替代MethylationSet的基因组比率设置

版本:1.8.0类别:用户可见的变化

分类:o重命名分析函数文本:

为每个DMR方法创建包装器

版本:1.8.0类别:新功能文字:

版本:1.8.0类别:o增加差异分析

版本:1.8.0类别:o添加新的绘图，以同时显示同一区域的所有结果

网格

1.3.1版本的更改:

• 新项目地点<2017-09-30星期五>

metabomxtr

1.11.1版本的更改:

• 修正了当混合模型包含最多1个预测器时发生的错误

MetaboSignal

1.7.12版本的更改:

• MetaboSignal集成了KEGG代谢和信号网络与OmniPath和trust报道的调控相互作用。

• 新增函数:" MS2_ppiNetwork() "和" MS2_mergeNetworks() "。

1.7.8版本的更改:

• MetaboSignal包含一个新函数:“MS_getPathIds()”，它允许检索给定生物体的所有代谢和信号KEGG通路的标识符(id)。

• " MS_keggNetwork() "现在可以将KEGG id转换为Entrez基因id(使用expand_genes = TRUE, convert_entrez = TRUE)。

• “MS_filterNetwork()”已重命名为“MS_topologyFilter”。

1.7.2版本的更改:

• 函数名的主要变化:

• " MetaboSignal_matrix() "重命名为" MS_keggNetwork "

• " metabosignal_distance() "重命名为" ms_distance "

• " MetaboSignal_NetworkCytoscape() "重命名为" MS_shortestPathsNetwork "

• " MS_ToCytoscape() "重命名为" MS_exportCytoscape "

• " MS_ChangeNames() "重命名为" MS_ChangeNames "

• " MS_FilterNetwork() "重命名为" MS_FilterNetwork "

• " MS_FindKEGG() "重命名为" MS_keggFinder "

• " MS_GetKEGG_GeneID "更名为" MS_convertGene "

• " MS_NodeBW() "重命名为" MS_NodeBW "

• " MS_ReplaceNode() "重命名为" MS_ReplaceNode "

• " MS_RemoveNode() "重命名为" MS_RemoveNode "

• " MS_FindMappedNodes() "重命名为" MS_FindMappedNodes "

• 新功能:

• “MS_tissueFilter()”:允许基于组织表达数据过滤网络。

• 功能:删除

• " MS_interactionType() ":现在可以直接从MS_keggNetwork检索交互。

• 功能变化:

• " MS_keggNetwork() ":输出网络现在被格式化为3列矩阵，其中第三列表示交互类型。与MetaboSignal_matrix不同，“MS_keggNetwork()”不根据组织表达数据执行网络过滤。组织过滤现在通过“MS_tissueFilter()”完成。此外，网络的复合节点不仅是代谢物，还有药物和聚糖。

• " ms_distance () "， " MS_shortestPathNetworks() ":使用网络节点(即KEGG id)作为源节点，而不是entrez id或基因符号。然而，函数“MS_convertGene()”允许轻松地将entrez id或基因符号转换为KEGG id。

1.7.1版本的更改:

• 对“MetaboSignal_matrix()”中的组织过滤选项进行了显著改进。

• 现在导出的Cytoscape .txt文件带有一个头文件。

metaseqR

1.17.4(2017-10-06)版本更改:

新功能

• 新选项:utr。在分析Quant-Seq数据时，对3 ' UTR侧面区域进行计数。

• 新的基因过滤器:将x个样本的数量少于y个样本的基因排除在统计检验之外。X被确定为可用样本的分数。

错误修复

• 修正了目标文件中搁浅的向后兼容性问题，导致搁浅被忽略(感谢Martin Reczko, BSRC“Alexander Fleming”)。

metavizr

1.3.20版本的更改:

• 由于引入了独立模式，现在epivizr包含了一个功能减弱的版本。epiviz web应用程序使用' httpuv ' s http服务器在本地运行

• 添加和删除seqinfo(例如，染色体信息)到任何epiviz会话

1.3.11版本的更改:

• 添加新闻文件

• 更新“幻灯片”功能的文档

1.3.10版本的更改:

• 更改' slideshow '的默认值以显示所有范围

1.3.9版本的更改:

• 增加了“heatmapChart”便利功能

1.3.8版本的更改:

• 修正了' startEpiviz '不正确发送' seqName '参数的错误

1.3.7版本的更改:

• 修正了' EpivizBpData '以错误格式发送'元数据'信息的错误

1.3.6版本的更改:

• 使用“EpivizDeviceMgr”中的列表更改槽位到环境，以避免由于检查管理器对象而导致RStudio崩溃

1.3.5版本的更改:

• Windows上的daemonization请求失败

• 弃用' proxy '参数为' startEpiviz '

1.3.4版本的更改:

• 升级到Epiviz v2 webapp

MetCirc

1.5.0版本的更改:

• 没有变化，检查包是否通过R CMD构建和R CMD检查，没有任何错误消息和vignette可以运行没有任何错误[2017-10-20星期五]

methimpute

版本:1.0.0类别:初始版本

methylInheritance

1.1.1版本的更改:

用户可见的重大更改

• 函数runobreservations()和runPermutation()不再返回结果。结果保存在RDS文件中。结果可以通过loadAllRDSResults()函数加载。

• 新的plotConvergence()函数支持收敛的可视化

• 新的“saveInfoByGeneration”参数，该参数生成包含每个排列的每一代信息的RDS文件

Bug修复和改进

• 对并行处理进行了重大更改，以限制内存消耗

methylKit

1.3.8版本的更改:

改进和bug修复

• 对methCall()的更改:更详细的输出，减少-Wunsigned警告，检查片段染色体顺序，将转换统计写入额外的文件

• 添加检查染色体紊乱的测试

1.3.7版本的更改:

改进和bug修复

• 如果甲基diff对象在qvalue/meth中包含NA。getMethylDiff函数返回一个错误。这个问题现在得到了解决:https://github.com/al2na/methylKit/issues/83

• 更改了regionCounts的methylBase版本处理缺失值的方式。以前，丢失的值会导致整个区域/贴图丢失。现在，缺失的值将被视为零覆盖率的站点。由Karl贡献Nordström: https://github.com/al2na/methylKit/pull/77

1.3.6版本的更改:

• 对methSeg()函数的更改:通过更明确地说明排序来更新函数描述，sort(x,ignore.strand=TRUE)现在在需要时调用一次，更新测试

1.3.5版本的更改:

改进和bug修复

• 修复了当GRanges没有按位置排序时methSeg()错误的问题

1.3.4版本的更改:

改进和bug修复

• 修复了methylBaseDB上的assocComp()的问题

1.3.3版本的更改:

改进和bug修复

• 对calculateDiffMeth()函数的更改:添加一条消息，解释基于两个或多个处理组的计算过程，修正了禁止在两个组情况下使用0/1以外的处理组的错误，允许两个以上的组，更新测试

• 在methSeg()函数中的更改:更新函数文档以告知如果Granges必须排序，则添加检查Granges是否已排序并且包含至少一个meta.col

1.3.2版本的更改:

改进和bug修复

• 快速修复长文件名问题:在unite()和calculateMethylDiff()中，而不是连接的sample_ids，文件名将是“methylBase”连接13个字符的随机字符串或提供的后缀

• 更新小插图:增加了两个简短的常见问题

1.3.1版本的更改:

改进和bug修复

• 修复methCall()中的转化率错误

微生物组

0.99.8(2017-08-21)版本的更改:

• 在散度输出中增加了样本名称

• Coreset选项添加在散度

• 增加了plot_taxa_患病率参数“检测”

• 为了简单起见，从plot_composition中删除转换参数

• data/DynamicsIBD数据集和相关文档被删除以缩小包

• 删除Inst /extdata/qiita数据集和相关文档以缩小包

• 删除百特数据以节省空间

• 不属于移动到维护分支的包的实用程序

0.99.6(2017-07-21)版本的更改:

• 修正了转换选项“clr”的错误

• “lineplot”选项添加到plot_composition中

0.99.5(2017-07-07)版本的更改:

• 固定小插图标题

• 热函数现在也将标签作为顺序的输入。Rows and order.cols

• 添加了age_group和bmi_group以方便访问这些变量的标准分组

• 包主页主机位置更改为master:docs/

0.99.3版本(2017-06-05)的更改:

• 减少依赖的数量

• 删除边缘功能

版本0.99.1(2017-05-15)的更改:

• 包的主要重写

• 切换到支持phyloseq类

• 添加HTML小插图

• 添加了一个单独的在线教程

• 删除不太重要的功能和依赖项

0.99.0(2014-09-14)版本更改:

• bios发布版本的初稿

0.12.14版本的更改(2012-05-10):

• 在分析的PITChip数组名称列表中增加了pitchipdb。R

0.12.12版本的更改(2012-05-02):

• 增加了MITChip level 0

• 增加了单独的get. phylogenesis .MITChip函数，包括MITChip的0级

在0.12.10版本(2012-04-17)的更改:

• 在run. profile .script中自动化了级别和方法输出

• 现在在run. profile .script输出中也提供了非对数化的数据矩阵

• 在run. profile .script保存中添加。图像(粘贴(params wdir美元,“/ tmp。RData”, sep = “”)) to enable the use of data from the current workspace during a session

• 依赖中的多比较被并行取代

• 删除了“从工作区使用现有数据”(useDB)选项。从函数内部调用时出现的问题。当使用run.profiling.script进行预处理，并且根据需要根据分析输出文件将任何新绘图作为单独的步骤执行时，会更加清晰和模块化。

• 移动run.profiling.script的绘图到它们自己的函数中，并在vignette中添加了使用示例。

在0.12.08版本(2012-04-05)的更改:

• 详细的协议添加到小插图中

• 分层聚类方法在概要脚本中从完全转移到ward，就像在以前的一些版本中一样

• 在MITChip配置中添加了“级别0”

• 从输出文件中删除特征配置文件以节省磁盘空间，通常不需要

• 为run.profiling.script和FetchHITChipAtlas函数添加remove.nonspecific.oligos选项(通过get.phylogeny)

• 总结。修改后的探查集以“关卡”的形式包含关卡。1”和“一级”

在0.12.06版本(2012-04-04)的更改:

• 修复了pitchip特定的问题

• 从依赖项中删除了并行以兼容R-2.12.2

在0.12.05(2012-03-29)版本的更改:

• 从分析脚本(run.profiling.script)中删除背景校正

• 保留了标准规格化:无、最小值、分位数-删除了其他规格化

• 现在使用16S系统发育分析脚本。删除其他选项

• 打磨功能

• 来自phyloarray包的合并函数

• 从剖析中移除最小值，量子范数。R的函数

0.12.04版本的更改(2012-03-28):

• 删除了额外的背景校正步骤，这将导致相当大的信息损失基于外部验证

在0.12.01(2012-03-23)版本的更改:

• PlotMatrix更新

在0.3.63(2012-12-24)版本的更改:

• 将MySQL/预处理功能分离到一个独立的包HITChipDB中

0.3.43(2012-09-28)版本更改:

• 添加相对。丰富的功能

• 的估计。多样化的功能

• 增加功能:丰富，均匀，多样性

0.3.15(2012-08-31)版本的更改:

• FetchHITChipAtlas和run.profiling.script相互验证

• 从run. profile .script中删除默认添加;这对规范化数据有相当大的影响

0.3.13(2012-08-30)版本的更改:

• 管道标准化;根据以前的图集版本验证输出

0.3.05(2012-08-22)版本的更改:

• MDS补充道。类ical and MDS.isometric to project.data

0.3.02版本的更改(2012-06-20):

• 计算。增加稳定性功能

• 增加L2->物种选项的水平映射功能

• 估计。多样性功能更新。检测阈值具有丰富度和均匀性

• 改进了Estimate.min.threshold模式检测

• 十字架。增加关联函数

0.3.01(2012-06-19)版本更改:

• GitHub的草稿版本

0.2.04版本的更改(2012-06-15):

• 从显式依赖中删除RMySQL

0.2.03(2012-06-06)版本的更改:

• hitchip。phylodistance补充道

• 增加了交叉混合控制功能

0.2.02版本的更改(2012-06-03):

• 新增注释功能

0.2.01版本的更改(2012-05-31):

• 从run.profiling.script输出中删除绝对比例矩阵。其思想是，每个系统发育级别只输出一个log10文件，然后用户可以使用其他读取/分析例程来读取数据，必要时转换到原始的非日志域，等等。这是为了提供一种独特的输出格式，以避免错误。

• 保存。数据和树。从run.profiling.script参数中删除的显示

• 结合。然后得到。phylogenesis . mitchip

• 将绘图函数从run.profiling.script移动到一个单独的函数profiling.hclust;

• 在ReadParameters函数中删除了从R文件读取分析参数的选项

• 输出文件名phylogenyinfo。TAB变成了phylogenyinfo-nspecies.tab

• 使run.profiling.script在预处理、绘图、数据存储和日志记录方面模块化

• 在小插图中增加了读取最终数据的说明

版本0.0.12(2012-03-15)的更改:

• 从依赖中删除多核

• 装饰图案更新

• R-2.12.1所需

版本0.0.10(2012-03-06)的更改:

• 包含标准分析脚本

• 添加选中。在fetch.sample.info中获取样本

0.0.08版本的更改(2012-02-25):

• Atlas预处理完成。有关用法示例，请参见小插图。

0.0.05版本的更改(2012-02-22):

• Atlas函数的添加和优化

0.0.02版本的更改(2012-02-06):

• profiling_010。rscript functions and dependencies added

0.0.01版本的更改(2012-01-12):

• 基于分析脚本版本010的第一个版本

minfi

1.23版本的更改:

• 固定从rgchannelsetextend到RGChannelSet的as()(强制)，以支持read.matharray()中的参数extended=TRUE。核心问题是新的(“rchannelsetextend”)是一个无效的对象，因为它没有分析槽的正确元素。我没有解决这个问题，而是在强制函数中使用了ncol=0, nrow=0的检查，假设存在正确命名的测试。由斯图尔特·莫里斯原创报道swmorris@exseed.ed.ac.uk．

• 改进(使其更美观)在read.metharray()和友元中打印消息。

• 更改seqlevels(…，force = TRUE)为seqlevel(…，pruning。Mode = "粗")。

miRmine

版本:0.99.8

版本:0.99.1

版本:0.99.0

miRsponge

版本号:1.1.1类别:Update miRsponge。R <2017-10-01, Sun

版本:1.1.0类别:更新netModule函数<2017-09-07，周四

版本:0.99.17类别:更新说明<2017-08-23,Wed文本:

版本:0.99.16类别:Update modulessurvival function <2017-08-08, Tues

版本号:0.99.15类别:更新test_miRsponge。R <2017-07-22, Sat

版本号:0.99.14类别:更新test_miRsponge。R <2017-07-22, Sat

版本:0.99.13类别:改进miRsponge的代码。R <2017-07-22, Sat

版本:0.99.12类别:更新man文件夹中的相关引用<2017-07-20,Thur文本:

版本:0.99.11类别:改进miRsponge的代码。R <2017-07-20，周四

版本:0.99.10类别:更新README。md和mir海绵。Rmd <2017-07-18, Tues Text:

版本:0.99.9类别:更新模块生存函数<2017-07-14，星期五

版本:0.99.8类别:更新cernia。路和赫尔墨斯。Rd <2017-07-13, Thur Text:

版本:0.99.7类别:更新dtHybrid函数<2017-07-13,Thur

版本:0.99.6类别:版本BUMP REQUIRED <2017-07-13，周四文本:

版本:0.99.5类别:更新描述文件<2017-07-13，周四文本:

重命名R文件夹中的函数<2017-07-13,Thur文本:

版本:0.99.3类别:更新LICENSE文件<2017-07-13,Mon文本:

版本:0.99.2类别:改进miRsponge的代码格式。R <2017-07-13, Mon>。文本:

版本:0.99.1类别:改进miRsponge的代码格式。R <2017-07-13, Mon>。文本:

版本:0.99.0类别:这是miRsponge包的第一个版本。如果有任何bug，请告诉我。联系邮箱:zhangjunpeng_411@yahoo.com

单片眼镜

在2.5.0版本的更改:

• 各种绘图工具，用于可视化复杂的发展轨迹(plot_complex_cell_trajectory)、多路动力学曲线和多路热图(plot_multiple_branches_pseudotime, plot_multiple_branches_heatmap)。

• ClusterCells现在原则上支持100 k+细胞的聚类，这取决于一个基于kNN的密度峰值聚类算法的过程。用户使用此功能需要densityClust包版本0.3。

• 新功能支持将scater或Seurat cd导入monocle或反之亦然(importCDS, exportCDS)。

motifcounter

1.1.9版本的更改:

• 删除编译器警告

• 对小插图的更改

1.1.8版本的更改:

• 内部重构

• 更改引用信息

MotifDb

1.20版本的更改:

新功能

• 现在有13个来源，52个生物，8369个图案

• 新资料来源:HOCOMOCOv10, HOMER, jaspar2016, SwissRegulon

• 新方法:motifToGene, geneToMotif, associate转录tionfactors

用户可见的重大更改

• 上述新方法提供了从基序到同源转录因子的严格和允许的映射，从而支持可复制的调控网络构建。

motifStack

1.21.7版本的更改:

• 在RUNX1.pfm末尾添加换行符

1.21.6版本的更改:

• 更新文档

1.21.5版本的更改:

• 添加类psam

• 添加函数plotAffinityLogo

1.21.4版本的更改:

• 添加函数importMatrix

1.21.3版本的更改:

• 为motifpile和motifCircos添加一个选项

1.21.2版本的更改:

• 修复了pcm的plotMotifLogo中的一个bug

1.21.1版本的更改:

• 更新小插图。

mpra

0.99版的变化:

• Bioconductor的初始版本。

MSnbase

2.3.14版本的变化:

• 使用normalizePath强制导入绝对文件路径readMSData．

2.3.13版本的变化:

• 添加对MSnExp和OnDiskMSnExp对象的写支持，允许将MS数据保存到mzML或mzXML文件。< 2017-09-15 >星期五

2.3.12版本的变化:

• 保持protocolData等压定量;修复# 265

2.3.11版本的更改:

• 修改addIdentificationData当sourceInfo报告多个文件和当标识结果中缺少分数时(关闭#261)。

• 不要覆盖processingData槽时创建MSnSet对象(关闭#264)。

2.3.10版本的更改:

• 新isCentroidedFromFilefunction <2017-08-11星期五>

• 添加msLevel插槽到色谱对象<2017-08-16 Wed>

• 将msLevel参数添加到色谱图中，MSnExp方法<2017-08-16 Wed>

• calculateFragments现在计算所有的片段n - 1L债券(在它错误地添加额外的债券之前;<2017-08-20太阳>

• 添加isEmpty的方法色谱图而且色谱图对象<2017-09-05 Tue>

• plot, chromatography [s]创建一个空的plot，如果chromatography [s]对象为空(issue #249) <2017-09-05 Tue>时返回一个警告

2.3.9版本的更改:

• 使用新的mzR::openIdfile后端将识别数据添加到原始和定量数据(参见issue #232) <2017-07-28星期五>

• 新的utils函数:factorsAsStrings, makeCamelCase和reduce,data.frame <2017-07-29 Sat>

• 强制mzRident到data.frames <2017-07-29 Sat>

• 将表型数据插槽添加到<2017-08-02 Wed>色谱类中

• 新的readMzIdData函数读取mzId文件作为data.frames(使用新的coerce,mzRident,data.frame方法)<2017-08-03 Thu> .frame

• 新的filterIdentificationDataFrame函数用于过滤由readMzIdData生成的PSM数据帧。也在addIdentificationData方法中使用。< 2017-08-03 >星期四

• readMSData有一个新的mode参数来设置onDisk或inMemory(默认)模式<2017-08-10 Thu>

在2.3.8版本的更改:

• 色谱数据的新基础设施<2017-06-24 Sat>

• 改变光谱命名方案:FFILEID。SSPECTRUMID，例如F01.S0001。之前是XSPECTRUMID.FILEID。新的命名方案改变了光谱的顺序。详见#255(和PR #256) <2017-06-25 Sun>。

在2.3.7版本的更改:

• 出口filterEmptySpectra

在2.3.6版本的更改:

• 野蛮地删除xic和色谱功能/方法，用色谱[s]基础设施取代<2017-06-15 Thu>

2.3.5版本的更改:

• 修复demo小插图<2017-06-14 Wed>中的上标语法

在2.3.4版本的更改:

• 使用mzR的注入时间(参见PR #109)，现在以秒(以前以毫秒)为单位<2017-06-13 Tue>

2.3.3版本的更改:

• 重写getColsFromPattern而且getRowsFromPattern并添加单元测试<2017-05-11 Thu>。

• 添加.filterNA和重写filterNA为矩阵而且MSnSet< 2017-05-11 >星期四。

• 将主MSnbase-demo小片段转换为Rmd/html <2017-05-27 Sat>

• naplot获得reorderRows而且reorderColumnsargument <2017-06-05 Mon>。

2.3.2版本的更改:

• 重写utils.clean．它现在只保留直接邻近的零(参见#210)<2017-05-04 Thu>。

2.3.1版本的更改:

• 介绍“NTR”方法combineFeatures< 2017-04-26 >结婚。

• 重写nQuants而且featureCV避免返回空因子的行;详见PR #208 <2017-04-28星期五>。

• 添加$，pSet方法来方便地访问表型数据中的列(见#203)

2.3.0版本的更改:

• 版本碰撞为新的Bioc开发。

MSnID

1.11.1版本的更改:

• 在滤波器优化中从mclapply切换到parapply。这修复了一个错误“断言失败在kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null。”也允许在windows OS上并行运行

msPurity

1.3.9版本的更改:

• 增加了非常基本的模拟人生缝合兼容性

• pcalc可以处理NAs

• 更新purityX以处理obiwarp RT校正(需要在较早的步骤记录RT RAW)

• 修复了库光谱大于目标光谱的bug(谢谢Martin)

1.3.1版本的更改:

• 增加LC-MS/MS光谱匹配功能

MSstats

版本:3.9.7文本:新功能-集群(默认=1)不再适用于groupComparison功能，由于内存问题。

版本:3.8.6文本:新功能-可以集群(默认=1)的dataProcess和groupComparison函数(谢谢约翰!!)

版本:3.8.5文本:BUG FIXES - PDtoMSstatsFormat:添加了三个选项的输出从不同版本的PD。(感谢费利佩!)量化。蛋白，这是。序列

版本:3.8.4发布日期:2017-08-28文字:BUG FIXES - SkylinetoMSstatsFormat: DDA case在求和峰值后丢失' StandardType '列。固定的。(谢谢你,尼克)

版本:3.8.3发布日期:2017-07-13文字:新特性—SpectronauttoMSstatsFormat:如果PG.Qvalue可用，则过滤掉大于0.01的数据。- dataProcessPlots, groupComparisonPlots, modelBasedPlots: with address=FALSE选项，每次可以在面板中绘制一个plot，而不会保存为pdf格式。SkylinetoMSstatsFormat:当Condition和bioreplreplication列为NA时，合并注释时存在问题。- SkylinetoMSstatsFormat:修复了只有一个肽的蛋白质的错误:' removeProtein_with1Peptide = TRUE ' - dataProcess: when cutofflower为负，maxquantilefordeleted选项+ censoredInt= ' 0 '， 0 log2内生强度应该被删除。—ProgenesistoMSstatsFormat:处理一些有限列的输入。比如没有光谱。计算列。

版本:3.8.2发布日期:2017-04-21文字:新功能-预处理注释中所需的“分数”信息-合并分数的dataProcess函数已更新

multiClust

6-19-16版本的更改:

• -包版本推至1.0.3 -更新包标题和摘要，以反映发表在癌症信息学DOI: 10.4137/CIN.S38000。

3-2-16版本的更改:

• -包版本升级到0.99.6 -在包建议中增加了Biobase, GEOquery和preprocessCore

版本2-13-16的更改:

• -在number_probes函数中使用Adaptive GMM方法时，增加了指定FDR截止的选项。更新了小插图中的文档

版本2-11-16的更改:

• -打包更改到0.99.4版本-修改了小片段中的代码-增加了使用RNA-seq数据的解释与小片段中的包-修改了probe_ranking函数的代码文档

MWASTools

1.1.1版本的更改:

• MWASTools包含了新的函数:" MWAS_heatmap() "， " mwas_kegg_paths () "， " MWAS_KEGG_network() "和" MWAS_KEGG_shortestpaths() "。

mzR

2.11.11版本的更改:

• 修复writeMSData中的问题:确保在前兆扫描不可用的情况下前兆数据也被保存(参见MSnbase issue #245)。

在2.11.10版本的更改:

• 修复了当MS数据与丢失的前体扫描的光谱链接被保存时，writeMSData/copyWriteMSData中可能导致SEGFAULT的问题(issue #129)。

在2.11.9版本的更改:

• 更新峰值手册页，包含spectrumId、acquitionnum和seqNum的详细信息

在2.11.8版本的更改:

• 增加贡献指南和行为准则。

• 更新Mac的安装说明。

• 在报头data.frame(列spectrumId)中报告频谱ID。

• 修正了copyWriteMSData和writeMSData，确保MSn数据是正确的

• 导入pwiz r11174修复mzML没有(参见#113)。

在2.11.7版本的更改:

• 还没有。

• 导入修复由Brian Pratt (pwiz r11174)为mzML没有的另一种方法修复#113

• 从手动页面删除mz5支持，因为目前不支持。

在2.11.6版本的更改:

• runInfo从提供该信息的文件(mzML文件)返回运行开始时间戳。

2.11.5版本的更改:

• writeMSData和copyWriteMSData函数，用于将MS数据导出到mzML或mzXML文件。

在2.11.4版本的更改:

• 使用完整的TMT文件模式来选择单个文件

在2.11.3版本的更改:

• 从mzML文件中读取离子注入时间，并将其添加到header函数返回的data.frame中。

在2.11.2版本的更改:

• pwiz后端的新getScanHeaderInfo和getAllScanHeaderInfo实现。修复了MSnbase的第106和216问题。

2.11.1版本的更改:

• 将默认I/O后端从Ramp更改为pwiz。

在2.11.0版本的更改:

• 生物发展3.6

NanoStringQCPro

1.9.1版本(2017-10-11)的更改:

• 修复了最近大修BiocStyle(参看https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/blob/master/announcement.md (91e6565于8月9日)后的小插图构建问题。

ndexr

在0.99.10版本的更改:

• 破坏函数名的更改!

• 改变了函数的命名:点被下划线代替，这样函数就不会与S3方法混淆。命名约定本身不会改变!例如，函数" ndex.network.update.aspect "的新名称现在是" ndex_network_update_aspect "

• 将包http, jsonlite, plyr和tidyr从" Depends "字段移动到" Imports "字段(导入到NAMESPACE不需要，因为外部包函数名总是显式限定的)

• 修正了ngraph_frommrcx中的错误，该错误阻止了正确设置节点属性的结果ngraph对象。这也会导致以下警告:“vattrs[[name]][index] <- value:要替换的条目数量不是替换长度的倍数”

• 改变了函数，从传递一个带引号的字符串(例如host = " ndexConf$connection$host ")作为默认参数，到使用实际的对象(例如host = ndexConf$connection$host)

• 对nddexconnection对象做了一些小的更改;删除了一个不必要的警告。

• 为类" nddexconnection "和" RCX "实现一个打印方法，为用户提供这个复杂对象的有用摘要

• 更改为使用message()而不是cat()进行详细输出，在此情况下还未执行此操作

• 指定单个“维护者”，表示与此包相关的维护问题的主要联系人。

• 从该目录中删除了.gitignore文件

• 在小插图中将安装说明更改为Bioconductor

在0.99.0版本的更改:

• 根据Bioconductor检查表将版本号推至0.99.0

• 初步提交给Bioconductor

normr

版本:1.3.1类别:特征文字:总结()输出更简洁

版本:1.3.1类别:特征文字:getEnrichment ()需要F用于指定所需的前台组件，用于浓缩的标准化

版本:1.3.1类别:特征文字:迭代参数允许使用不同的起始值运行多个匹配

版本:1.3.1类别:特征文本:T过滤器阈值现在可以指定与minP主张不那么严格的过滤

版本:1.3.1类别:特征文本:增加了一个normR概述方案的小插图

通过指定prop的范围，改进了Qvalue的计算。的H_0

文本:修正了提供的GR对象在char,char,GRanges中的错误平铺

版本:1.3.1类别:bug修复diffR ()是否通过标签转换更健壮

版本:1.3.0

版本:3.6

版本:3.5

版本:3.4

奥纳西斯

在0.99.8版本的更改:

• SRAdbHandler

• GEOHandler

• EntityFinder-methods

• 相似方法

• AllGenerics

• AllClasses

• AllFunctions

• CMdict-methods

• Init_methods

• onLoad

• SupportingFunctions

• CMoptions-methods

oncomix

在0.99.0版本的更改:

• oncomix的第一个版本(0.99.0)已经可用。

• 论文很快就会跟进!

OncoSimulR

2.7.2版本(2017-09-27)变更:

• genot_to_adj_mat在c++。

• Fast_peaks(用于没有反向突变的情况)。

• 更好地解释和测试波谷。

• 明确了simOGraph传递约简。

• 更好地处理紧急案件。

• 麦哲伦阅读功能适用于麦哲伦更新(截至2017-07)版本的输出。

• 对allGenotypes_to_matrix中的基因名进行排序。

• sampledGenotypes:带有排序的基因名的基因型名。

oneSENSE

版本0.99.1(2017-07-04)的更改:

修改

• 格式变化

• 添加装饰图案

• 删除了对全局变量的赋值

在0.99.0版本的更改:

修改

• 将包名从onesense重命名为onesense

ontoProc

版本:1.0.1

oposSOM

版本:1.15.1

OPWeight

1.0.0版本的更改:

• 使用Bioconductor发布的第一个稳定版本(2017-06)

pathview

1.17.7版本的更改:

• combineKEGGnodes更新。R，i.e. changed the stop error to a warning message when a group node include different node types, i.e. both gene and compound. This problematic KEGG node definition does exist in pathway 04136 Autophagy - other, and caused error when calling pathview with kegg.native = F.

• 修正了在1.15.1中引入的mol.sum的错误，即使用which(f.idx)进行索引。这个问题只影响直接调用mol.sum和sum。除了“和”和“平均数”之外的方法。

1.17.1版本的更改:

• korg的主要扩展，现在包括KEGG和NCBI分类ID，另外两种基因ID类型，即NCBI蛋白和uniprot ID。此外，Entrez或NCBI基因id在大多数原核生物中被停用。

• korg现在包括4800个KEGG物种，同时，更新版本的korg现在从Pathview Web服务器检出每次Pathview包加载。

PathwaySplice

在0.99.0版本的更改:

• 初始版本(2016-12-09)

philr

1.3.1版本的更改:

用户可见的变化

• 在philr和philrInv中处理矢量输入的压缩错误

钢琴

1.18.0版本的更改:

文档

• 切换到使用roxygen在r文件中容纳文档

错误修复

• 修复GSC打印addInfo的bug

在1.16.4版本的更改:

错误修复

• 修复了R CMD检查的问题

1.16.3版本的更改:

错误修复

• 修复加载时BiocGenerics::sd和stats::sd碰撞的问题

1.16.2版本的更改:

错误修复

• 修复在gsea方法的runGSA过程中偶尔出现的错误:“if (maxP > -minP) {: TRUE/FALSE需要的地方缺少值”。当运行和仅为正或仅为负时，就会发生这种情况，导致if-语句由于缺少值而中断。

1.16.1版本的更改:

错误修复

• 修复vignette中的biomaRt Rchunk以避免构建错误

Pigengene

1.3.8版本变更(2017-09-13):

现有功能的更改

• pheatmap中的条件顺序。类型现在可以由用户确定。

1.3.6版本变更(2017-08-20):

现有功能的更改

• 基因中的一个bug。mapping()函数修正为更好地映射探测id。

1.3.4版本变更(2017-07-31):

现有功能的更改

• doTranspose参数添加到heatmap.type()函数。

聚酯

版本:1.99.3文本:NB功能现在导出

文本:注意GitHub上的1.99.3版本是Bioconductor上的1.1.0版本。

版本:1.99.2文本:修复了片段生成的错误(文本的最后2个碱基从未排序)

版本:1.99.1

pRoloc

1.17.5版本的更改:

• 使用t-SNE方法<2017-10-15 Sun>运行plot2D时过滤唯一特征

1.17.4版本的更改:

• 增加了新的(私有)变暗功能，计算降维<2017-06-05 Mon>

• 在引文<2017-06-22 Thu>中添加f1000研究工作流

• 分类函数现在将所有类的分类评分矩阵作为fData中的一个列返回，而不是每个类作为它自己的fData列返回。< 2017-09-01 >星期五

1.17.3版本的更改:

• 将小片段转换为带有html输出的Rmd

• 导入，而不是建议Rtsne <2017-05-25 Thu>

1.17.2版本的更改:

• phendisco速度改进，增加了对t-SNE <2017-05-19星期五>的支持

1.17.1版本的更改:

• 支持Rtsne的新pca_center和pca_scale参数<2017-05-02 Tue>

1.17.0版本的更改:

• Bioc devel 3.6版本碰撞

pRolocGUI

1.11.2版本的更改:

• 修复小插图中的链接指向新的html pRoloc小插图<2017-05-30 Tue>

1.11.1版本的更改:

• 避免在每个反应渲染时计算降维，确保其他更慢的方法，特别是t-SNE，可以在<2017-05-20 Sat>时使用

1.11.0版本的更改:

• Bioc devel 3.6的新版本

Prostar

1.9.15版本的更改:

错误修复

• 当聚合步骤完成后，界面切换到“描述性统计”的第一个选项卡，以便查看关于新数据集(蛋白质数据集)的信息。

• 实现一个并行版本的函数，在聚合步骤之后保存(新的)蛋白质数据集。

• 禁用将文本文件转换为MSnSet文件时在元数据表中出现的额外行。

• 禁用将文本文件转换为MSnSet文件时在元数据表中出现的额外行。

• 一个新的包(readxl)用于读取xls或xlxs文件。在某些情况下，前一个包openxlsx的功能不能正确解码Excel文件。

• 当在Prostar中转换一个新的(文本或Excel)文件时:缺少的值没有按预期注册。特别是在火山区上方的表格中，它们没有以蓝色显示。错误修复

• 用户在Prostar中连续加载多个数据集时出现错误。之前的记录被正确地擦除了，这导致了副作用。这个错误现在已经修复

新功能

• 增强了基于字符串的过滤UI

• 分析报告的自动生成已经集成在数据集管理器(菜单“导出”)中。它允许用户从他们的数据集中下载Prostar中使用的图表和参数。

• 在数据处理中增加了基因本体(GO)分析模块。该模块允许执行GO分组和GO富集。

• 现在有几个图是基于包highcharter的，它是highcharts图形库的包装器。它提供了与用户的交互性。

ProtGenerics

1.9.1版本的更改:

• add writeMSData <2017-09-20 Wed>

PSEA

1.11.1版本的更改(2017-06-09):

• 一个新的小插图展示了我们如何应用PSEA从RNA混合物中解涡表达(最初发表在《自然方法》的论文中)。

PureCN

1.8.0版本的更改:

新功能

• 支持拷贝数规范化和分段中的脱靶读取

• 增加了突变负担计算

• 更健壮的映射偏差估计

• 增加了对CNVkit报道文件的支持(*.cnn， *.cnr)

• IntervalFile。Rcan annotate targets with gene symbols and automatically convert chromosome naming styles

• 通过更有效地使用normalDB来更好地过滤工件

• 支持可映射性评分

• 覆盖计算现在可以包括副本

• calculateBamCoverageByInterval现在提供片段计数和复制率

• findBestNormal池现在基于片段计数，而不是基于覆盖率

• GATK4的实验支持

• predictSomatic现在报告次要段副本号的后验概率，如果副本号不可靠标记段

• 目标可以用多个基因符号进行注释(逗号分隔)

• 代码清理(在可能的情况下切换到grange，在命令行工具中切换到optparse)

API的变化

• 由于对所提供的诱饵间隔进行了新颖的优化，我们强烈建议重新生成间隔文件和普通数据库，并从BAM文件重新计算所有覆盖率

• 新函数:annotattargets, callMutationBurden

• 失效函数:createSNPBlacklist, getDiploid, autoCurateResults, readCoverageGatk

• min.normals在setMappingBiasVcf中默认为2(从4更改)

• 在filterTargets中，normalDB.min.coverage默认为0.25(从0.2更改)

• log.ratio.calibration在runAbsoluteCN中默认为0.1(从0.25);相对于纯度，而不是对数比噪声

• gc。来自filterTargets的数据，因为gc_bias现在被添加到肿瘤覆盖率中

• purecn下降。输出从correctCoverageBias (no two-pass anymore)

• 报道。R论点–gatkcoverage renamed to –coverage

• 在NormalDB中删除gc规范化功能，因为这现在可以在Coverage中方便地完成。R

• 重命名PureCN。R–outdir argument to –out. Can now specify a file prefix as in GATK. Filenames are thus not forced to sample id anymore. If –out is a directory, it will behave like before and will use out/sampleid_suffix as filename.

qcmetrics

1.15.2版本的更改:

• 通过aoles合并PR以重用BiocStyle(详见commit 381d01d1c4dcced040f77a447962cd7865cb7417) <2017-10-27 Fri>

1.15.1版本的更改:

• 不要为vignette使用BiocStyle来允许从vignette内部编织文档。这是在构建时修复错误所需要的。< 2017-10-25 >结婚

1.15.0版本的更改:

• Bioconductor重击

qpgraph

2.12版本的更改:

用户可见更改

• 更新引用数据，包括在Castelo和Roverato(2017)发表的关于路径权重的研究。

qsea

1.3.2版本的更改:

新功能

• 选择活性bs基因组掩膜进行模式密度估计

错误修复

• 适应基因组变化的行为

1.3.1版本的更改:

• 过渡到Github

QuartPAC

1.8.1版本的更改:

• 修复了支持新的pdb文件位置的错误。

Rbowtie2

1.0.0版本的更改:

最初版本

• Bowtie2版本2.3.2

• AdapterRemoval版本2.2.1a

RCyjs

1.9.8版本的更改:

错误修复

• 显著(3倍)加速。一个5000节点、6000边的图大约在20秒内从R传输到Cytoscape。

ReactomePA

1.21.3版本的更改:

• 新的项目网站使用blogdown <2017-09-30，星期五>

1.21.2版本的更改:

• 更正插图<2017-05-18,Thu>中的错别字

1.21.1版本的更改:

• 根据reacome .db(路径ID已更改)的变化更新vignette <2017-04-28，星期五>

重新计票

1.3.13版本的更改:

错误修复

• 更改了reproduction ranges()，因为不连接的外显子在下游分析中比减少的外显子更有用。

1.3.12版本的更改:

新功能

• 增加了函数read_counts()。

1.3.9版本的更改:

用户可见的重大更改

• 增加了https://www.biorxiv.org/content/early/2017/06/03/145656和https://f1000research.com/articles/6-1558/v1的引用，以及在小插图中提到他们。

1.3.7版本的更改:

用户可见的重大更改

• add_forecasts()升级到0.0.05版本

1.3.5版本的更改:

用户可见的重大更改

• Vignette现在使用最新发布的BiocStyle::html_document。

1.3.2版本的更改:

新功能

• Coverage_matrix()现在有两个新参数:scale和round。使用scale = FALSE获取原始覆盖率计数，然后可以使用scale_counts()进行缩放。scale默认设置为TRUE，因此计数被缩放到库大小为4000万次读取。round在默认情况下设置为FALSE，但如果您想获得整数计数，则可以将其设置为TRUE，就像scale_counts()的默认值一样。

1.3.1版本的更改:

用户可见的重大更改

• 将add_forecasts()的默认版本参数更改为' latest '。在内部，它仍然是0.0.03。

红色的

1.26.0版本的更改:

• 定期维护，释放稳定。

地区

1.9.2版本的更改:

新功能

• 简化了togrange的接口，以便在手动创建grange时使用更简单。现在togrange (" chr1 "， 10,20)是有效的。

错误修复

• 多个小错误修复

regionReport

1.11.6版本的更改:

用户可见的重大更改

• 更改默认样式为BiocStyle::html_document，以反映BiocStyle的最近更改。

在1.11.4版本的更改:

用户可见的重大更改

• Vignette现在使用最新发布的BiocStyle::html_document。

1.11.2版本的更改:

错误修复

• 修正了引用。

• 修正了limma-results的DESeq2Report()，以便它能正确引用limma。

1.11.1版本的更改:

用户可见的重大更改

• DESeq2Report()现在可以与其他软件一起使用，如果它们的结果看起来像DESeq2的结果。例如，limma- boom结果。

错误修复

• 使DESeq2Report()更加健壮，以防rlog()初始失败。

rGREAT

1.9.1版本的更改:

• 根据GREAT网站的变化更改url

Rhdf5lib

1.0版本的变化:

新功能

• HDF5内部版本更新到1.8.19

错误修复

• 切换Windows编译脚本，使用CMake而不是配置。这似乎解决了使用不同访问模式打开多个文件的问题。

0.99版的变化:

• 方案提交

RnaSeqSampleSize

1.9.1版本的变更(2017-08-03):

错误修复

• 修复了由于KEGG网站更新而导致的est_power_distribution函数路径功率估计基因的错误。

RnBeads

1.9.4版的更改:

• 现在，您可以使用rnb.load.annotation.from.db函数从RnBeads资源中检索自定义区域集

• 改善从GEO的进口

• Bigff磁盘转储现在是处理基于磁盘的大矩阵的默认选项

• 在Greedycut，标准化，亚硫酸氢盐数据加载和其他方面修复了几个错误和性能改进

• 除了差异甲基化，增加了差异变异分析

1.9.3版本的更改:

• LOLA支持差异甲基化区域

• 各种LOLA实用函数

• 以前的“差速器”是什么?“浓缩”选项现在称为“差异化浓缩”。以反映go和LOLA富集分析的区别

• 缺失的甲基化数据现在可以进行推断(使用均值、随机或最近邻推断)

• 性别预测现在支持测序和EPIC数据

• 添加了一个函数，用于组合来自(可能)不同平台的两个基于数组的数据集。

• 修复了几个错误并改进了性能

的方式

在2.5.6版本的更改:

• 凹凸版

2.5.5版本的更改:

• 修复失败的测试做不同的顺序<2017-10-23星期一>

在2.5.4版本的更改:

• 修复了在报告children，祖宗，…(见问题#25)<2017-10-17 Tue>时页面大小限制的错误

• data.frame coersion methods <2017-10-14 Sat>

2.5.3版本的更改:

• 在命名空间中添加导入本体

2.5.2版本的更改:

• 更新到最新的BiocStyle <2017-09-01星期五>

• 快速修复问题#24(报告的上行蒸汽)<2017-09-02 Sat>

• 使用Ontology generic from BiocGenerics <2017-09-03 Sun>

2.5.1版本的更改:

• 修复单元测试<2017-06-20 Tue>

在2.5.0版本的更改:

• Bioconductor devel 3.6

腐烂

1.6.0版本的更改:

• 增加了对测试多个组的支持

• 错误修复

rpx

1.13.4版本的更改:

• 恢复参考单元测试

1.13.3版本的更改:

• 没有提交

在1.13.2版本的更改:

• 修复由于PX侧的变化而产生的错误。PXD000001参考资料仍未经过测试-详情请参阅https://twitter.com/lgatt0/status/885091284142239744。< 2017-07-12 >结婚

1.13.1版本的更改:

• 使用xml2 <2017-06-13 Tue>

• 使用函数而不是方法

1.13.0版本的更改:

• 生物发展3.6

1.12.1版本的更改:

• 使用xml2(从devel背移植)<2017-06-13 Tue>

• 使用函数而不是方法(从devel背移植)<2017-06-13 Tue>

Rqc

1.12版本的更改:

错误修复

• 修复在Windows系统上生成报告时的错误

• 使用默认的图形设备生成报告

rSFFreader

版本:0.99.0类别:西雅图时间

版本:0.99.0类别:Marc将联系您off-tracker后续文本:

版本:0.99.0类别:MS:如果版本设置为0.5，包仍然去发布分支，或停留在devel中

版本:0.99.0类别:如果它发布了，我很酷，它仍在建设中，但功能文本:

Rsubread

版本:1.28.0类别:新功能文字:

新增函数:promoterRegions()和txUnique

featucounts()中用于计数长读的新参数- ' isLongRead Text:

featucounts()中的新参数，用于按读组计数读取- ' byReadGroup

featucounts()中的新参数，用于要求每个feature中重叠基数的最小比例- ' fracOverlapFeature

每次读取的分配结果可以通过featucounts (' reportReads '选项添加到所提供的SAM/BAM文件中。

Align()和subjunc()生成一个映射摘要，包括唯一映射读、多映射读和未映射读的百分比。

RTCA

版本2009-07-13更改:

• combineRTCA(list):将附加列重命名为Plate。从列表项名称计算值。当列表没有名称时，将使用从1开始的整数索引。在文档中特别注意列出带有名称的部分。

• parseRTCA(文件,12月= "。，表型数据，skipWell，…):导入预配置表型数据的文档中增加举例。重写了文档中的详细信息部分，以描述解析过程。

• RTCA-class:添加到RTCA类的实验ID

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务，如检查和安装

• plotgrideeffect:接受' column '而不是' col '作为模式参数，并将模式作为图例的标题呈现。文档更新。

• plotRTCA:从包中删除，由plot函数代替。

研制

1.16.0版本的更改:

• 改进了TNA/TNI类的注释槽。

RTNduals

1.2.0版本的更改:

• 改进了与衍生包的工作流集成(RTN / RTNsurvival)。

RTNsurvival

1.0.0版本的更改:

• RTNsurvival的第一个Bioconductor发布[2017-03-01]。

runibic

版本:0.99.14类别:更新教程，添加引用

版本:0.99.13类别:包的文档已更新。文本:

版本:0.99.9类别:包括所需的生物视图。重构R代码

版本:0.99.8

版本:0.99.6类别:使用OpenMP的并行版本

修复离散化()函数的错误

版本:0.99.2类别:改进包中函数的性能

版本:0.99.2类别:删除一些错误和警告

版本:0.99.1类别:兼容摘要实验文本:

类别:提供文档和示例

版本:0.99.0类别:开发runibic包原型完成

版本:0.99.0类别:首次上传至Bioconductor

版本:0.90.1类别:UniBic算法的工作版本

S4Vectors

在0.16.0版本的更改:

新功能

• 引入FilterResults作为FilterMatrix的泛型父类。

• Rle对象通过整数向量的优化子集。与BioC 3.5相比，大物体的速度大约是3倍或更多。

用户可见的重大更改

• coerce,list,DataFrame生成“有效的”名称时，list没有。这最终导致了DataFrame和data.frame之间的不一致，但可以说这是一个很好的方法。我们不应该依赖DataFrame()从头生成变量名。

错误修复

• 修复了具有单列的数据框架类对象和数组类对象以及SplitDataFrameList对象上的showAsCell()。

• 用显式的' row.names=NULL '调用DataFrame()应该会阻止行名推断。

• bind.DataFrame()确保每个参数都是DataFrame，而不是第一个参数。

• Rbind_mcols()现在对缺少' x '是健壮的。

• 修复下标为RangeNSBS时数组的extractROWS()。

• 临时解决方法，使Hits对象的“union”方法即使在缓存中存在另一个“union”泛型时也能工作(例如，如果用户加载了润滑包)。

• 对List对象的“unlist”方法做了一些(长期以来应该做的)调整和修复，使其行为与CompressedList对象的“unlist”方法一致。

• 修改Mini radix C代码，以适应Apple LLVM版本6.1.0优化器中的一个错误。(提交241150 d2b043e8fcf6721005422891baff018586)

• 修复match,Pairs,Pairs() [commit a08c12bf4c31b7304d25122c411d882ec52b360c]

• 各种其他小修复。

SC3

1.5.5版本的更改(2017-10-19):

• 嘘现在工作的基础是SingleCellExperiment类

• sc3槽已经移动到元数据槽的SingleCellExperiment类

• 嘘类已完全弃用SC3

• 所有嘘功能可以在SingleCellExperiment类

• 集群逻辑根本没有改变

Scale4C

版本:1.0.0类别:Scale4C的第一个版本

嘘

1.5.11版本的更改:

• 完成对包的重构，以使用singlecel实验类

scfind

在0.99.0版本的更改:

• scmap的第一个版本提交给了Bioconductor。

scmap

0.99.2版本(2017-07-05)的更改:

• 修复了Bioconductor第一轮评审的问题。

在0.99.0版本(2017-06-28)的更改:

• scmap的第一个版本提交给了Bioconductor。

司康饼

1.1.3(2018-10-19)版本变更:

• 修改COR评分，以反映R^2对UV/WV/QC的回归，而不是最大相关性。

• 修复了闪亮报告的Bug。

• 更新后的装饰图案。

1.1.2版本的更改:

• 移动许多进口:包建议:以减少影响加载司康

1.1.1版本的更改:

• 增加了快速ziber imputation方法

scPipe

在0.99.20(2017-09-22)版本的更改:

• scPipe现在支持singlecellexperexperiment类，并将其用作基类

• 添加两个函数plot_demultiplex而且plot_UMI_dup

• scPipe支持单元条码和UMI的正式bam标记

0.99.0版本(2017-07-28)的更改:

• 准备好Bioconductor提交的软件包。

食物

1.5.13版本的更改:

• 支持并行化buildSNNGraph()， overlapExprs()与BPPARAM选项。

• 在correlatePairs()， overlapExprs()中强制零派生残差为恒定值。

• 允许findMarkers()返回IUT p值，以识别每个簇中唯一表达的基因。增加了指定对数折叠变化方向的选项，以关注每个簇中上调的基因。

• 修正了correlatePairs()在每。基因=TRUE和没有峰值可用。添加块。参数来控制缓存。

• 切换所有c++代码来使用beachmat API。修改了几个函数，以接受任何矩阵类对象，而不是只接受基本矩阵对象。

• 带有method= " igraph "的quickCluster()现在将基于模块化进行合并，以满足最小大小要求。马克斯。选项，以限制输出集群的大小。

• 用参数、方法参数更新了trendVar()接口。弃用了trend= " semiloess "选项，改为parameter =TRUE和method= "黄土"。修正NLS方程，保证参数趋势系数非负。稍微修改了NLS启动参数的估计。拟合f分布的第二个d.f.现在报告为输出中的df2。

• 修改了decomposeVar()，当test= " f "时自动使用第二个d.f.。

• 在降噪epca()中增加了返回组件数量或低秩近似的选项。解释的方差比例也作为一个属性存储在所有返回值中。

• 修正了mnnCorrect()中的各种错误。

SeqArray

1.18.0版本的更改:

新功能

• 进度信息:完成时显示总体运行时间

• 中可以使用新的变量名“$ref”和“$alt”seqGetData ()而且seqBlockApply ()

• 新的论点。”进步的seqDigest ()

• 新参数' ref。等位基因的seqAlleleCount ()

• 中可以使用新的变量名“$chrom_pos_allele”seqGetData ()而且seqBlockApply ()

公用事业公司

• 将VariantAnnotation从import字段移动到建议字段

• 删除未使用的参数'。list_dup”seqBlockApply ()

• 的计算效率略有提高seqAlleleFreq ()而且seqAlleleCount ()当“ref.allele = 0”

• seqGetData (f,“chrom_pos美元”)输出格式为'染色体:位置'而不是'染色体位置'的字符

错误修复

• 修复意外的行为seqSetFilter (action =“推”)而且seqSetFilter (action =“推+相交”)

• 修复一个bugseqGetData (f,“剂量”美元)当一个位点上的唯一等位基因数量大于3 (https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/21)

• 修复一个bugseqSNP2GDS ()用于从SNP GDS文件导入数据时的倒置基因型(https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/22)

• 修复了没有相位数据的问题seqExport ()

seqCAT

1.0.0版本的更改:

特性

• 从RNA/DNA-seq样本中创建单核苷酸变异(SNV)图谱

• 描述样品之间的生物等效性和差异

• 评估不同样本之间snv的假定影响

• 调查和验证已知的变异和特定的基因组区域

• 用已知的SNV配置文件或COSMIC数据库验证细胞系

seqcombo

在0.99.11版本的更改:

• geom_gene type <2017-08-29, Tue>

在0.99.10版本的更改:

• geom_hybrid <2017-08-17, Thu>

在0.99.9版本的更改:

• hybrid_plot <2017-06-30，星期五>

0.0.3版本的变化:

• 更多参数为绘图，by, xlab，颜色，填充等。

0.0.2版本的变化:

• 添加装饰图案

0.0.1版本的变化:

• 两个对齐序列之间核苷酸差异的绘图法初始版本<2016-11-16,Wed>

SeqSQC

版本:0.99.10文字:-更新了男人为sampleQC而且LoadVfile．

版本:0.99.9文本:更新输出函数的参数sampleQC而且LoadVfile的默认值sampleqc在工作目录中。在vignette和这两个函数的示例代码中，保存QC结果的目录使用临时目录。

文本:小插图，使用tempdir()进行小插图输出。

文本:Vignette:额外的解释添加了选项做一个包装全包的QC或特定的QC步骤。

文本:“LoadVfile”和“sampleQC”中的参数“output”的文档，以指示目录名(输出)将被用作保存其他QC结果的目录. txt在图中. pdf．默认值添加为file.path (tempdir(),“sampleqc”)．

文本:sampleQC。R:关于策划= TRUE,结果= TRUE添加并记录，让用户可以选择是否输出QC结果和图。问题列表总是输出最简单的样品QC结果和总结。

文本:包文档更新，增加了一个@seealso查看SeqSQC的主要功能链接。

文本:增加了subsetGDS输入检查。

删除了subsetGDS的注释代码。

文本:SeqSQC类重命名为SeqSQC。

文本:mergeGDS.R。对一些重复的函数使用lapply，比如" read.gdsn(index.gdsn()) "。在SexCheck，近亲繁殖，IBDCheck, pccheck。

文本:sampleQC: 1。检查vfile的类是否为SeqSQC文件或vcf/plink文件，而不是使用vfile / sfile。

文字:绘图函数单独编写(不导出)，包装plotQC()。

文本:删除IBDRemoveAll.R。将通过在“IBDRemove.R”中添加参数“all”来检查所有样本对(包括基准样本)的IBD。

文本:调试来自" LoadVfile "和使用" rbokeh "的警告消息。

文本:修改SeqSQC类为SeqSQC(不在小插图..)。

文本:本地安装BiocGenerics。

加载基准测试数据来自ExperimentHub

版本:0.99.4类别:o添加在R脚本，将只下载一次与第一次运行的LoadVfile()或sampleQC文本:

版本:0.99.4类别:Bioconductor提交检查:

版本:0.99.4类别:o新增单元测试文本:

添加了一个新闻文件来跟踪变化文本:

版本:0.99.4类别:o增加zzz。R来fix the no visible binding for global functions or variables. Text:

版本:0.99.4类别:o增加了“example_sub.”vcf的1000行变量作为例子运行在包小插图文本:

增加了SeqSQCclass数据结构的访问器方法，以获取“gdsfile”和“QCresult”的槽位:

版本:0.99.4

在小插图中增加了生物导体安装和库加载部分。文本:

版本:0.99.4类别:o添加可运行的示例vcf文件添加在“instt /extdata/example_sub. exe”中。Vcf”，有1000行变体。文本:

版本:0.99.4类别:MAN:文本:

增加了数据集、类、方法和构造函数的包文档。

SeqVarTools

1.15.3版本的更改:

• 在计算X和Y染色体的频率时，allelfrequency方法考虑了性别。

1.15.2版本的更改:

• 新增迭代器类:SeqVarBlockIterator, SeqVarRangeIterator, SeqVarWindowIterator, SeqVarListIterator。

• 创建带有缺失样本或变体注释的SeqVarData对象将在sampleData或variantData中存储0列数据帧，而不是复制样本。Id和variable . Id。

• 增加了以扩展形式返回变量数据的方法，每个交替等位基因一行。

1.15.1版本的更改:

• 在SeqArray之后，移除对VariantAnnotation的依赖

• 添加泛型isSNV(替换之前从VariantAnnotation导入的此泛型)

ShortRead

1.35版本的更改:

用户可见的重大更改

• 可以解析最多2M个碱基的读数

SIMLR

1.3.1版本变更(2017-09-15):

• 实现了从数据中估计集群数量

1.2.1版本变更(2017-05-29):

• 修复Windows内存使用问题

SingleCellExperiment

在0.99.4版本的更改:

• 新包singlecellexperexperimental，用于表示单细胞基因组数据。

激流回旋

在0.99.0版本的更改:

• 实现f-scLVM模型的R/ c++包提交给Bioconductor

SNPRelate

1.12.0版本的更改:

• 新参数' with.sample。Id '和' with.snp。id”snpgdsSNPRateFreq ()

1.10.2版本的更改:

• 进度信息:完成时显示总体运行时间

• 线程中的意外异常可能导致死锁:当前实现显示错误信息并退出R会话

飞溅

1.1.8版本的更改(2017-10-13):

• 现在发表在《基因组生物学》上!

• 转换为singlecel实验对象

• 增加新的模拟:基础，mfa, PhenoPath, ZINB-WaVE

• 为Splat模拟添加了批处理效果。这需要对SplatParams对象进行更改。

• 改进的scDD估计

• 增加和改进了比较功能

• 改进了默认的Splat参数和估计

• Lun2Params对象的改进

• 增加了addGeneLength函数

• 更新的模拟参考资料

• 其他各种小的更新和bug修复

海绵

在0.99.1版本的更改:

• 对ExpressionSet的支持

• 广泛的单元测试

• 简化的依赖关系

• 代码的改进

• 方法在默认情况下返回数据帧

• 默认的日志级别现在是ERROR

SummarizedExperiment

版本:1.8.0类别:新功能文本:添加' chunk_dim '和' level '参数savehdf5summarizeexperiment ()

版本:1.8.0类别:新功能文本:添加强制从表达式集到摘要实验。

版本:1.8.0类别:用户可见的重大变化

从seqinfo()和seqlevels() setter中删除' force '参数(该参数在BioC 3.5中已被弃用，以支持新的更灵活的'修剪'。模式的参数)。

版本:1.8.0类别:错误修复文本:强制从summarizeexperiment到rangedsummarizeexperiment丢失了元数据列。固定了。

当一些测试是DataFrame或data.frame对象时，修正summarizeexperiment对象的cbind()和rbind()。

版本:1.8.0类别:错误修复文本:' $ '完成的summarizeexperiment工作在RStudio和rangedsummarizeexperiment。

SWATH2stats

1.7.7版本的更改:

错误修复

• 更新小插图以防止误解要加载什么数据

1.7.6版本的更改:

错误修复

• 手动convert4PECA

1.7.5版本的更改:

错误修复

• 小插图中未识别库

1.7.4版本的更改:

新功能

• 添加convert4PECA函数

1.7.3版本的更改:

新功能

• 添加选项，以保持所有列的分解功能

1.7.2版本的更改:

新功能

• 为filter_proteotypic_多肽()、filter_on_max_多肽()和filter_on_min_多肽()添加了no not remove诱饵的选项

1.7.1版本的更改:

新功能

• 在BioC 3.6开发版本中的SWATH2stats

1.6.1版本的更改:

新功能

• 在BioC 3.5版本中的SWATH2stats

TarSeqQC

1.7.1版本的更改:

• 添加了CITATION文件，以包括在真实数据集上描述TarSeqQC应用程序的新出版物

TFARM

在0.99.8版本的更改:

主要修正

• 两个数据集被重命名(从I到TF_Imp，从p到p_tf)

• 一些循环在小插图中向量化

TFBSTools

3.5版的更改:

新功能

• 增加函数解析模因输出。

• 增加了searchSeq的并行计算。

3.4版的更改:

错误修复

• 修复PFMSimilarity中的一个bug。

• 修正了motif矩阵有多个类时的错误。

新功能

• readJASPARMatrix函数添加JASPAR格式文件。

3.3版的更改:

错误修复

• 调整runMEME以与meme 4.10一起工作。x版本。

• 修复run_MEME中的科学符号

• 更好的模因包装错误处理

tofsims

文本:将整个包中的函数行为从ref - call-by-ref更改为value - call-by。相应地调整了所有的例子和小插图。

文本:现在依赖于使用“mz”的ProtGenerics

版本:099.1类别:INTERNALS文本:交换了各种print()与message()

版本:099.1类别:BUGFIXES文本:

topdownr

0.99.0版本(2017-10-05)的更改:

• 第一次公开发布。

泛太平洋伙伴关系

3.5.0版的更改:

• 新的Bioconductor候选版本!3.5版中的Chenges。xx(2017年5月- xx):

• 导入整个tidyverse，而不是单独导入ggplot2、dplyr等

• 将tidyverse和Biobase转换为“依赖”，以便它们可以自动用于下游分析。

trackViewer

1.13.11版本的更改:

• 修复了findOverlaps中maxgap不能小于0的错误

1.13.10版本的更改:

• 修复ideogramPlot文档与代码不一致的bug。

在1.13.9版本的更改:

• 修复了使用findOverlaps的错误，当' type '为" any "时，' maxgap '和' minoverlap '中至少有一个必须设置为默认值

1.13.8版本的更改:

• 在ideogramPlot中自动设置字体大小

1.13.7版本的更改:

• 修复了当热图布局的数据范围相同时ideogramPlot的错误。

1.13.6版本的更改:

• 在browseTracks函数中添加可拖动的轨道

在1.13.5版本的更改:

• 在browseTracks函数中添加箭头工具

1.13.4版本的更改:

• 在browseTracks函数中添加标签工具

1.13.3版本的更改:

• 修复了browseTracks函数中的bug

在1.13.2版本的更改:

• 向GRoperator函数添加更多列

• 添加browseTracks函数

transcriptogramer

1.0.0版本的更改:

• Bioconductor发布转录记录程序包[YYYY-MM-DD]。

treeio

1.1.2版本的更改:

• 新的项目网站使用blogdown <2017-09-28, Thu>

1.1.1版本的更改:

• parse mlc file without dNdS <2017-08-31, Thu> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer#!主题/ bioc-ggtree / hTRj-uldgAg

• 更好地实现了merge_tree <2017-08-31, Thu>

TRONCO

在2.8.1版本的更改:

• 文档的小修正

TVTB

1.3.2版本变更(2017-09-02):

错误修复

• 更新了小插图输出格式，以兼容BiocStyle (>= 2.5.19);一个小片段转到PDF格式，以尊重新环境下的包大小限制。

1.3.1版本变更(2017-05-30):

错误修复

• 固定VCF从多个文件导入闪亮的应用程序。

VariantFiltering

1.14版本的更改:

用户可见更改

• “MafDb”类和方法已经转移到“基因组分数”包中。

• ' VariantFilteringResults '对象现在还存储一个' GenomeDescription '对象，可以使用' referenceGenome() '方法获取该对象。

• 更改' VariantFilteringResults '对象的内部存储，允许使用' saveRDS() '序列化这种类型的对象。

wiggleplotr

1.1.2版本的更改:

• 新的makeManhattanPlot()函数使关联p值与读覆盖率和抄本结构图更容易可视化。

xcms

在2.99.10版本的更改:

错误修复

• 修复#230:Windows上的小插图失败。

在2.99.9版本的更改:

用户可见更改

• 色谱峰检测在对齐的XCMSnExp对象上使用调整的保留时间(issue #213， #208)。

• processshhistory的新参数msLevel,XCMSnExp。

• 新参数keepAdjustedRtime为filterMsLevel,XCMSnExp, dropChromPeaks, XCMSnExp和dropFeatureDefinitions,XCMSnExp。

• 添加参数msLevel到色谱图，XCMSnExp方法(issue #205)。

• Obiwarp对齐现在在一个MS级别上执行，调整适用于所有MS级别(issue #214)。

• 添加函数plotMsData来绘制一个样本中MS切片的强度与保留时间的关系以及m/z与保留时间的关系。

• 将参数msLevel = 1L添加到extractMsData方法(issue #223)。

• 新的applyadjuststedrtime函数来巩固对齐结果，即用调整后的保留时间替换XCMSnExp中的原始保留时间。

• [，XCMSnExp方法获得参数keepAdjustedRtime，以允许在子设置中保留调整后的保留时间。

• 实现spectrapply、XCMSnExp，以确保返回的结果使用调整后的保留时间(如果存在)。

• [[，XCMSnExp方法返回一个调整过的保留时间的Spectrum对象，如果XCMSnExp包含调整过的保留时间。

• 参数' sampleGroups '是' PeakDensityParam ' (issue #228)的必选项。

错误修复

• 修正#191:fillPeaks中过度的内存使用。

• 修复220:如果在第一个样本中没有发现峰值，那么峰值矩阵就会丢失一列“sample”。

• 修复#222:findChromPeaks不返回过滤到单个MS级别的XCMSnExp对象，尽管在单个级别上执行峰值检测。

• 修复plotMsData中导致错误的颜色用于标记数据点的问题。

在2.99.8版本的更改:

错误修复

• 用Rmd vignette替换xcmsMSn Rnw以修复Windows构建错误。

在2.99.7版本的更改:

错误修复

• 修正#201:警告:' readMSData2 '已弃用，感谢L. Gatto。

• 转换后与BioC git合并

在2.99.6版本的更改:

新功能

• 校准，XCMSnExp方法，允许校准色谱峰。

用户可见更改

• 导出表型datafrompaths函数(发行195美元)。

• 向featureDefinitions方法添加参数mz和rt，允许在指定范围内提取特征。

• 在基于组密度的通信中，将密度函数调用的n增加2。

• 取代xcmsDirect。Rnw with rmarkdown-based vignette using the new user interface.

错误修复

• issue #196:在adjuststrtime,XCMSnExp,ObiwarpParam中删除了不必要的对同维配置文件矩阵的要求。

• 问题#194:修复了retcor。obiwarp: 1)如果scanrange != NULL则将原始数据子集化。2)如果要对齐的两个文件的mz范围不同，请正确展开。根据profStep和mz值/范围的不同，矩阵没有正确展开。

• plotChromPeakDensity函数中的潜在问题。

在2.99.5版本的更改:

用户可见更改

• 在findPeaks中重新启用睡眠参数。centWave和findPeaks.matchedFilter。

在2.99.4版本的更改:

新功能

• 增加plotChromPeaks函数，将一个文件检测到的色谱峰的定义(rt和mz范围)绘制到mz-rt平面。

• 添加plotChromPeakImage函数，沿着每个文件的保留时间轴绘制检测到的峰值数量，作为图像图。

用户可见更改

• 将色谱类和功能移动到MSnbase包中

• 将参数msLevel添加到findChromPeaks方法中，允许在MS级别> 1上进行(色谱)峰值检测。

错误修复

• 没有从mzXML文件中读取极性信息(issue #192)。

在2.99.3版本的更改:

错误修复

• 问题#188:如果文件结尾未知，则从文件内容确定文件类型。

2.99.2版本的更改:

错误修复

• 问题#181:当iscentrroided时，由于频谱中峰值太少，频谱方法返回NA。固定检查在这样的情况下，文件中的所有光谱。

• 问题184:在do_groupChromPeaks_density函数中添加sleep参数以向后兼容旧的group.density代码。

2.99.1版本的更改:

新功能

• extractMsData提取原始MS数据作为data.frame (issue #120)。

错误修复

• 问题175:如果没有确定峰值组来纠正峰值组保留时间，将抛出一个错误。

• 第178个问题:当报告调整后的范围时，扫描范围崩溃了(Jan Stanstrup的拉请求)。

• 问题180:retcor方法中同时提供了参数method和smooth时出现错误。

在2.99.0版本的更改:

新功能

• plotchromatography和highlightChromPeaks功能。

• plotChromPeakDensity函数。

• 色谱类的清洁方法。

用户可见更改

• 将chromPeaks方法中ppm参数的默认值更改为0。

• extractchromatography支持提取多个rt和mz范围。

• 萃取色谱图缺少新参数，允许指定用于rts的强度值，在mz范围内没有可用信号。

• extractchromatography返回长度等于指定rt范围内扫描次数的色谱图，即使没有测量到信号(强度值为NA)。

版本1.53.1的变化:

错误修复

• 增加峰值密度对应方法中密度调用的参数n。这使得使用小n分离相邻的峰值(issue #161)。感谢Jan Stanstrup。

xps

3.4版的更改:

版本xps-1.37.2

• 配置。在file - unix line endings

版本xps-1.37.1

• 更新安装和README文件

山药

1.3版本的更改:

• 更新引文信息。

• 与将Bioconductor从SVN移动到GIT相关的更改。

zFPKM

在0.99.18版本的更改:

• 最初版本

• 方法改编自原稿

zinbwave

在0.99.10版本(2017-10-23)的更改:

• 增加AIC和BIC来决定因素数量

• 增加了计算DE的观测权重的功能

0.99.7版本(2017-07-17)的更改:

• zinbwave ()现在返回SingleCellExperiment对象。

0.99.6版本(2017-07-05)的更改:

• 修正了在zin . loglike .matrix中避免Inf值的错误

0.99.5(2017-07-03)版本的更改:

• 增加了computedevianceresuals()函数来计算残差

• 增加了函数imputeZeros()来使用模型来计算技术零位

• 增加了zinbwave()函数来执行降维

• 改变小插图说明新功能

在0.99.4(2017-06-08)版本的更改:

• 从并行切换到BiocParallel

• 代码效率的改进，例如，避免复制ZinbModel对象

版本0.99.3(2017-05-31)的更改:

• 描述:字段

• 改进的文档

• 增加了getAlpha, getBeta和getGamma访问函数

• 改进的show()方法

• zinbSim()中的向量化代码

• 修正了初始化X或V为空的对象时引入的错误

• 增加了数值正确性测试

0.99.2版本的更改(2017-05-12):

• 新的公式界面总结实验

• 添加t-SNE示例到小插图

0.99.0版本的更改(2017-05-09):

• 提交给Bioconductor的碰撞版本

• 小改动编译小插图

• 要求R版本3.4

在0.1.4版本(2017-04-10)的更改:

• 改进的文档

• zinbSim现在生成J x n维的矩阵

• 移除对clusterExperiment的不必要依赖

• 额外的测试

• 最好默认为

0.1.2版本的更改(2017-03-29):

• 新装饰图案

• 将名称更改为zinbwave

0.1.0版本(2016-09-23)的更改:

• 介绍S4类zinbModel

• 初始化和优化的主要重构(见小插图)

• 方法zinbFit来拟合模型

• 许多其他方法，包括zinbInitialize, zinbOptimize, zinbSim

已弃用和失效的包

9个软件包从这个版本中删除(在BioC 3.5中已弃用):pdmclass、coRNAi、GENE。E, mmnet, AtlasRDF, CopyNumber450k, saps, MeSHSim, GEOsearch。

9个软件包(BioMedR、ddgraph、EWCE、HCsnip、stepwiseCM、domainsignatures、iontree、oneChannelGUI、RCytoscape)在本版本中已弃用，并将在BioC 3.7中删除。

这个版本删除了一个实验数据包(CopyNumber450kData)(在BioC 3.5中已弃用)。

在这个版本中没有弃用任何实验数据包。