2023年4月26日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.17,包含2230个软件包,419实验数据包,912注释包,27个工作流和3本书。

有79个新的软件包,7包新数据实验,没有新的注释包、2个新的工作流,没有新的书,许多更新和改进现有的包。

Bioconductor 3.17兼容4.3 R,并支持Linux上,64位Windows,英特尔64位macOS 11(大苏尔)或更高版本和macOS arm64。这个版本还包括Bioconductor更新码头工人的容器。

Bioconductor谢谢你们每个人的贡献

访问bob 体育平台下载 对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.17
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 新闻从现有的软件包
• 新闻从现有数据实验包
• 新闻从现有的工作流
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.17

更新或安装Bioconductor 3.17:

1. 安装4.3 R。Bioconductor 3.17设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在bob 体育网址 。

新的软件包

有79个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• AHMassBank供应AnnotationHub MassBank代谢物/复合注释捆绑在CompDb SQLite数据库。CompDb SQLite数据库包含一般复合注释以及化合物的离子碎片光谱代表分裂模式。从https://massbank MassBank检索数据。使用辅助函数从欧盟/ MassBank和加工CompoundDb Bioconductor包成可再发行的SQLite数据库。

• 雪花石膏伞的雪花石膏套件,为所有人提供一个单行的进口雪花石膏。*包。安装这个包确保所有已知的雪花石膏。*包也安装,避免包裹丢失的问题,当一个分段方法或要求动态加载函数。显然,这是需要安装更多的包,所以高级用户和应用程序开发人员可能更喜欢安装所需的雪花石膏。bob电竞体育官网*单独包装。

• alabaster.base工件,将Bioconductor数据结构保存到文件并加载到内存中。这是一个更健壮的和便携式的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.bumpy工件,将BumpyMatrix对象保存到文件并加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.mae工件,将MultiAssayExperiments保存到文件并加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.matrix保存矩阵、数组和类似的构件对象文件,并重新加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.ranges拯救GenomicRanges IRanges工件和相关数据结构文件,并重新加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.sce工件,将SingleCellExperiment保存到文件并加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.schemas商店模式所需的各种雪花石膏。*包。没有计算应该由这个包,因为这是由alabaster.base处理。我们使用一个单独的包而不是存储模式在雪花石膏。基地本身,避免把维修管理模式的代码。

• alabaster.se工件,将SummarizedExperiments保存到文件并加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.spatial工件将SpatialExperiment对象和它们的图像保存到文件,并重新加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.string工件Biostrings对象保存到文件,加载到内存中。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• alabaster.vcf变体叫SummarizedExperiment保存到文件和加载回VCF对象。这是一个更方便的选择到RDS文件序列化的对象。每个工件与元数据相关进一步解释;下游应用程序可以丰富这个元数据与上下文特定的属性。

• AnVILWorkflow砧是云计算资源开发的国家人类基因组研究所的一部分。主要基于云砧项目是Terra基因组平台驱逐出境。AnVILWorkflow包允许远程访问Terra实现工作流,使终端用户能够利用地球/砧提供资源,如数据、工作流和灵活/ scalble计算资源——通过传统的R功能。

• BG2这个包是建立执行使用BG2 GWAS分析非高斯数据。BG2方法使用惩罚quasi-likelihood以及外地先验两步的方式来识别在GWAS snp分析。相关的研究这个包的部分支持由国家科学基金会奖DMS 1853549和DMS 1853549。

• BiocHail使用通过蛇怪冰雹在适当的时候,或通过网状。这个包可以用在terra。生物与英国生物库资源由hail.is处理。

• BiocHubsShiny一个包,允许交互式探索AnnotationHub和ExperimentHub资源。它使用DT /数据表显示多个生物资源。它提供了模板代码重现性和下载资源包通过指定的中心。

• BSgenomeForge一组工具打造BSgenome数据包。取代旧seed-based BSgenome软件包的工具。这个包允许用户创建一个BSgenome数据包装在一个函数调用,简化了老seed-based过程。

• CBNplot这个包提供了可视化的贝叶斯网络推断从基因表达数据。网络是基于浓缩分析结果推断从包包括clusterProfiler和ReactomePA。通道内的网络通路和基因之间可以推断和可视化。

• cfToolscfTools R包提供的方法(cfDNA) DNA甲基化数据分析,以促进游离cfDNA-based研究。鉴于cfDNA样本的甲基化测序数据,对于每个癌症标记或组织标记,我们deconvolve tumor-derived或组织读都读标志地区下降。我们read-based反褶积算法利用DNA甲基化的普遍性信号增强,因此可以敏感识别肿瘤特异性的微量或组织cfDNA等离子体。cfTools提供功能(1)癌症检测:敏感检测tumor-derived cfDNA和估计tumor-derived cfDNA分数(肿瘤负荷);(2)组织反褶积:推断的组织类型组成和cfDNA分数多种组织类型的等离子体cfDNA样本。为更高级的cfDNA-based这些函数可以作为基础研究,包括癌症诊断和疾病监测。

• chihaya节省的延迟操作DelayedArray HDF5文件。这使得有效的复苏DelayedArray在其他语言和分析框架的内容。

• clevRvisclevRvis克隆进化提供了一组可视化技术。这些包括鲨鱼情节,海豚情节和鲽鱼块。的时间点插值算法以及治疗效果的评估。Phylogeny-aware颜色编码实现。用于生成情节的shiny-app交互是另外提供。

• concordexR许多分析工作流包括最近的邻居图近似图的聚类结构。concordex系数估计图和聚类结果之间的一致性。包“concordexR”是一个R实现最初的concordex面向命令行工具。

• CoSIA跨物种调查和分析(CoSIA)是一个方案,为研究人员提供了另一种方法来比较跨物种和组织使用正常野生型RNA-Seq从Bgee基因表达数据。使用RNA-Seq基因表达数据,CoSIA提供了多种可视化工具来探索在基因转录组的多样性和变化,组织,和物种。CoSIA使用变异系数和香农熵计算和特异性转录组的多样性和变异。CoSIA还提供了额外的转换工具和实用程序提供一个简化的方法跨物种的比较。

• CTdata从公开的数据库数据(GTEx CCLE, TCGA和编码)和CTexploreR为了重新定义一个全面和彻底策划的CT基因列表及其主要特点。

• cytofQCcytofQC CyTOF数据的首次清洗是一个包。它使用半监督方法标记细胞与他们最有可能的数据类型(珠,紧身上衣,碎片,死了),他们属于每个标签类型的概率。这个包不删除数据的数据集,但提供标签和信息援助中用户的数据清洗他们的数据。我们的算法是能够区分紧身衣和大细胞。

• CytoPipeline这个包提供了支持流式细胞仪的自动化和可视化数据分析管道。在当前状态,包关注预处理和质量控制的部分。框架是基于两个主要S4类,即CytoPipeline和CytoProcessingStep。管道的步骤都与相应的R函数CytoPipeline包中提供的,要么是本身,或从第三方包出口,或用户编码的她/他自己。集中和显式地指定的处理步骤需要使用json输入文件或通过一步一步的建立一个CytoPipeline对象与专门的方法。后运行管道,结果在所有步骤可以检索和可视化由于文件缓存(运行设施使用BiocFileCache实现)。包还提供了特定的可视化工具比如管道工作流程总结显示,和1 d和2 d比较块flowFrames获得管道的各个步骤。

• cytoviewer这个R包支持交互式可视化成像质量产生的多通道图像和分割面具血细胞计数和其他高度多路复用使用闪亮的成像技术。cytoviewer界面分为映像级别(复合和渠道)和具有可视化(面具)。它允许用户覆盖单个图像分割面具,集成SingleCellExperiment和SpatialExperiment对象元数据可视化和支持图像下载。

• DELocalDELocal的目标是识别DE基因相邻的基因相比,他们从同一染色体的位置。已经表明,基因的相关功能通常是非常远离彼此的染色体。DELocal utilzes这些信息来识别DE基因与邻近的基因进行比较。

• DESpace直观的识别框架空间变量基因(svg)通过磨边机,一个受欢迎的方法进行差异表达分析。基于pre-annotated空间集群作为空间信息总结,DESpace模型使用负二项(NB)基因表达,通过磨边机、协变量与空间集群。svg然后被测试的意义空间集群。方法灵活和健壮,比最SV方法快。此外,我们所知,这是唯一SV方法,允许:执行SV -测试每个单独的空间集群,因此识别关键区域的组织受到空间变异性;——共同安装多个样本,针对基因一致的空间模式复制。

• doubletroubledoubletrouble旨在识别重复基因的全基因组蛋白质序列和基于他们的重复模式进行分类。复制模式:即全基因组重复(WGD);二世。串联重复(TD);三世。近端复制(PD);转置重复(TRD)和承运;诉分散重复(DD)。如果用户想要一个简单的分类方案,副本也可以分为WGD -和SSD-derived(小规模重复)基因对。除了分类基因对,用户还可以分类的基因,所以,每个基因都指定了一个惟一的方式重复。 Users can also calculate substitution rates per substitution site (i.e., Ka and Ks) from duplicate pairs, find peaks in Ks distributions with Gaussian Mixture Models (GMMs), and classify gene pairs into age groups based on Ks peaks.

• EDIRqueryEDIRquery提供了一个工具来寻找感兴趣的基因的外显子组数据库内散布重复(EDIR)。基因的名字是必需的输入,用户可以另外指定重复序列的长度,最小和最大序列之间的距离,以及是否允许1-bp不匹配。输出包括总结的结果重复长度,以及dataframe的查询结果。例子包括提供的数据的一个子集的数据基因棉酚(ENSG00000171298)。查询完整的数据库需要提供一个路径下载数据库文件作为参数。

• 埃舍尔建立有效的可视化是数据分析的一个基本组成部分。在生物医学研究中,新的挑战出现可视化多维数据在二维空间中,但是目前的数据可视化工具的能力有限。为了解决这个问题,我们利用完形原则来改进设计和可解释性2 d数据可视化多维数据的分层美学来显示多个变量。提出了可视化可以应用于在转录组数据,但也大致在2 d空间数据可视化,如嵌入可视化。我们提供这个开源R包埃舍尔,这是建造的最先进的ggplot2可视化框架,可以无缝地整合到基因组学工具箱和工作流。

• FeatSeekR使用重复测量FeatSeekR执行无监督特征选择。它迭代选择特性在复制再现性最高,投影后这些维度从数据之前所张成的选择功能。选定的一组特性具有很高的复制再现性和高度的独特性。

• flowGateflowGate添加一个交互式的应用程序允许手动基于gui的闸门使用flowGate r .流式细胞仪数据,你可以画1 d和2 d跨度/矩形盖茨象限盖茨,和多边形盖茨在流式细胞仪数据交互绘图盖茨在一块数据,而不是通过指定门坐标。这个包是特别针对湿实验室cytometerists寻求利用R血细胞计数分析,没有一定有很多经验。

• GeoTcgaData基因表达综合(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)为我们提供了大量的数据,如RNA-seq、DNA甲基化,SNP和拷贝数变异数据。很容易从TCGA使用环球数码创意工具下载数据,但处理这些数据格式适用于生物信息学分析需要更多的工作。这个R包被开发来处理这些数据。

• HiCExperiment高c联系矩阵R的通用接口(m)酷,.hic或HiC-Pro导出格式,以及其他高c处理文件格式。联系矩阵可以使用一个随机存取方法,部分解析允许节约内存高c r中的数据的表示HiCExperiment类存储高c联系人从当地联系矩阵解析文件。HiCExperiment可以进一步研究R使用实例HiContacts分析包。

• HiCoolHiCool提供了一个R接口流程和规范化高c paired-end fastq读。(m)文件。降温。(m)酷是一个紧凑,索引HDF5文件格式专门针对有效存储HiC-based数据。处理fastq读取,HiCool报告提供了一个方便的函数来生成共享报告总结高c实验,包括质量控制。

• IFAA这个包提供了一个健壮的协变量的方法进行推理协会的绝对丰度(AA)的微生物生态系统。也可以直接应用于相对丰度(RA)数据AA做出推断,因为两个RA的比率等于AA的比率。该算法可以估计和测试感兴趣的关联,同时为潜在的混杂因素调整。该方法的估计很容易解释像一个典型的回归分析。协变量高维正规化处理,由并行计算实现。错误发现率自动控制的这种方法。0不需要估算的积极价值的分析。IFAA包还提供了“MZILN”函数估计和测试协会协变量的丰度比值。

• 完整的这个包集成colocalization概率与transcriptome-wide colocalization分析研究协会(TWAS)扫描汇总统计数据表明基因可能是生物相关复杂的特征。这个包中实现的概率框架约束TWAS扫描z-score-based可能性使用能够colocalization概率。鉴于基因注释,这个包可以使用后验概率估计基因集富集TWAS-colocalization集成的步骤。

• IntOMICSIntOMICS是一种有效的基于贝叶斯网络的综合框架。IntOMICS系统地分析基因表达(GE), DNA甲基化(冰毒),拷贝数变异(CNV)和生物学先验知识(B)来推断监管网络。IntOMICS补充丢失的生物学先验知识通过所谓的经验生物知识(empB),估计从可用的实验数据。获得一个自动调整算法(罗森塔尔和杨,2017)估计模型参数和经验的生物知识。常规密度与额外的马尔科夫毯重采样算法(MBR)步骤(Su Borsuk, 2016)推断造成监管网络结构组成的三种类型的节点:通用电气节点指的是基因表达水平,CNV节点引用拷贝数变化有关,和冰毒节点引用相关的DNA甲基化探针(年代)。

• 喜鹊这个包MeRIP-seq研究旨在执行能力分析。它计算罗斯福,FDC、力量和精度在不同研究设计参数,包括但不限于样本大小,测序深度和测试方法。它还可以输出结果为.xlsx文件或产生相应数据的选择。

• 水手工具操纵搭配范围和处理高c数据在r功能包括操纵/成对区域合并,生成搭配范围,提取/聚合互动.hic文件,并可视化结果。为兼容plotgardener可视化。

• mastRmastR R包设计的自动筛选签名感兴趣的特定的研究问题。包开发生成精制签名列表基因从多个组比较基于磨边机和limma微分表达式的结果(DE)分析工作流。它还考虑tissue-specificity的背景噪音,经常被忽略的其他标记生成工具。这个包是特别有用的识别标记在各种生物和医学应用,包括癌症和发育生物学的研究。

• mbQTLmbQTL统计R包同时16 srrna 16 srdna(微生物)和变体,SNP, SNV(主机)的关系,相关性,回归研究。我们应用线性、物流和关联关系的基础统计识别分类单元,属,物种和变体,SNP, SNV在受感染的主机。我们生产各种统计意义等措施P值,罗斯福,BC和概率估计显示这些关系的重要性。进一步我们提供各种可视化功能缓解和澄清这些分析的结果。包与dataframe兼容,MRexperiment和文本格式。

• microSTASIS工具箱的µSTASIS或microSTASIS了稳定性分析的微生物群在一个时间框架利用迭代聚类。具体,核心函数使用Hartigan-Wong k - means算法尽可能多次强调了配对样本相同的个人测试如果他们仍然在一起的多个数字集群的整个数据集的个人。此外,该包包含多个功能子集配对样本,验证结果或可视化输出。

• MoleculeExperimentMoleculeExperiment包含函数来创建和使用对象的新的MoleculeExperiment类。我们介绍基于这类分析分子空间转录组数据(例如,宾客礼物10 x, Cosmx重度Nanostring,和Merscope Vizgen)。这使得研究人员分析空间转录组数据在分子层面上,跨越供应商和标准化的数据格式。

• MsBackendSql基于sql的质谱(MS)数据后端支持storange和非常大的数据集的处理。对象从这个包应该用于光谱Bioconductor包。通过MsBackendSql最小的内存占用,因此这个包提供了另一种数据表示女士非常大的女士或远程数据集。

• MsDataHubMsDataHub包使用ExperimentHub基础设施来分发原始质谱数据文件,肽谱匹配或定量蛋白质组学和代谢组学实验的数据。

• MsQualityMsQuality提供的功能为大规模spectrometry-derived计算质量指标,在每份样品光谱数据的水平。MsQuality依赖mzQC框架定义的质量量度人类Proteom Organization-Proteomics标准倡议(HUPO-PSI)。这些指标量化的质量谱原始文件使用受控词汇表。包尤其对解决用户获得大规模的质谱数据(例如数据集组成的临床设置几个成千上万的样品)。MsQuality包允许计算低级的质量指标要求最低的质谱数据信息:保留时间,m / z值和强度有关。MsQuality依赖光谱包,或者MsExperiment包,其基础设施存储光谱数据。

• MultimodalExperimentMultimodalExperiment是一个S4类,它集成了大部分和单细胞实验数据;这是最佳storage-efficient,其方法是特别快。它毫不费力地代表了多通道数据的性质和特征归一化实验,主题,示例中,注释和细胞,通过地图相关潜在生物实验。协调的方法是选择和使用的数据库连接操作内部提供多通道数据的快速和灵活的管理。

• OutSplice一个易于使用的工具,可以在肿瘤和正常组织样本比较剪接事件使用一个用户生成矩阵,或数据从癌症基因组图谱(TCGA)。这个包生成一个矩阵的剪接异常值显著或underexpressed肿瘤样本相比,正常用染色体的位置。包还将计算拼接在每个肿瘤负担和剪接事件发生的类型特征。

• pairedGSEApairedGSEA使它运行一个简单配对(DGE)和Differencital基因差异表达基因剪接(DGS)分析。包允许你存储中间结果进一步investiation,如果需要的话。pairedGSEA附带了一个包装器函数运行一个代表分析(ORA)和功能策划结果。

• pfamAnalyzeR蛋白质域是一种最进口annoation蛋白质我们与(到目前为止)的数据库/工具包含了最常用的工具。这个R包允许用户读取包含预测网络服务器和独立运行到R .我们最近发现大多数人类蛋白质域存在多个不同的变体称为域同形像。不同域同形像被用在一个细胞,组织,针对疾病的方式。因此,我们发现域同形像,与对方相比,调节或废除一个蛋白质的功能域。这个R包能够识别和分类的领域从包含数据同形像。

• planttfhunterplanttfhunter是用来识别植物转录因子(TFs)从蛋白质序列数据和分类成科和亚科使用PlantTFDB实现的分类方案。TFs标识使用预构建的dna结合域的隐马尔可夫模型配置。然后,辅助使用和禁止的领域与dna结合域分类TFs科和亚科(适用时)。目前,TFs可分为在58个TF科/亚科不同。

• Rarr分块的Zarr规范定义了一个格式,压缩,n维数组。它的设计允许高效的访问存储数组的子集,并支持本地和云存储系统。Rarr打算实现这个specifcation R以最小的依赖外部工具和库。

• RBioFormatsR包中耳炎Bio-Formats Java库的接口允许阅读专用显微镜图像数据和元数据。

• Rcollectl提供函数来获取仪表数据流程在unix环境中。解析collectl运行的输出。Vizualize方面的系统使用一段时间后,与注释。

• 改造改造是一个贝叶斯非负矩阵分解框架分解细胞类型混合在圣不使用外部单细胞表达式引用的数据。改造优于现有reference-based方法在估算细胞类型比例和重构基因表达式在模拟不同的光斑大小和样本的异质性,无论质量和可用性的单细胞参考。改造概括已知程控本地化模式在Slide-seq小鼠小脑不使用任何单细胞数据的数据集。

• ReUseDataReUseData是一个R / Bioconductor软件工具提供一个系统的和通用的方法标准化和可复制的数据管理。ReUseData促进转型壳或其他特别的脚本数据预处理workflow-based数据食谱。评估数据配方生成策划他们的通用格式的数据文件(例如,VCF、床)。食谱和数据缓存使用数据库基础设施,以方便数据管理和重用。预先构建的数据食谱可以通过ReUseData门户(“https://rcwl.org/dataRecipes/”),完整的注释和用户指令。Pregenerated数据通过ReUseData云桶直接下载“getCloudData ()”。

• rifiComparative“rifiComparative”rifi包的延续。比较两个条件的输出rifi使用半衰期和mRNA在时刻0段。作为输入分割,不同的行使和log2FC半衰期mRNA在时刻0。包提供分类、统计、汇总表,可视化和一些额外的有用的情节片段进行进一步的分析。

• S4ArraysS4Arrays包定义了数组虚拟类延长其他S4类希望实现一个容器用类似数组的语义。它还提供了:(1)低级功能旨在帮助开发者的容器实现基本操作,比如显示,构造子集,或强迫类数组对象一个普通矩阵或数组,和(2)一个框架,有助于阻止类数组对象(通常是磁盘上的对象)的处理。

• SCArray.sat扩展了修拉的类和函数支持基因组数据结构(GDS)文件作为数据表示DelayedArray后端。它依赖于实现的gds模式DelayedMatrix SCArray包表示单细胞RNA-seq数据。常见的优化算法利用gds模式和单一特异性DelayedMatrix SC_GDSMatrix SCArray包中实现。这个包引入了一个新的SCArrayAssay类(来自修试验),包装原始计数,规范化的表情和扩展数据矩阵基于GDS-specific DelayedMatrix。它被设计为与修包提供无缝集成SeuratObject-based工作流中常用的数据分析。相比之下,修,SCArray。坐显著降低了内存的使用,可以应用到非常大的数据集。

• scFeaturesscFeatures构造多视点单细胞和空间数据的表示。scFeatures是一个工具,生成的多视点表示单细胞通过建设和空间数据共有17个特征类型。这些特性可以用于各种各样的分析在Biocondutor使用其他软件。

• screenCounter从高通量测序提供了计算函数读取屏幕数据(如CRISPR,成分)量化条形码丰富。目前支持单条形码在单或paired-end数据,和组合在paired-end条形码数据。

• scRNAseqAppscRNAseqApp是一个闪亮的程序包,允许用户可视化单细胞数据交互。它是从ShinyCell修改和重新打包工具显示多个数据。它可以与多个visulize数据信息。

• scviR这个包定义接口从R scvi-tools。一个装饰图案是通过分析CITE-seq数据totalVI教程。另一个装饰图案比较输出OSCA书第12章的类似的输出基于totalVI量化。scvi-tools未来工作将地址其他组件,关注建筑的理解基于变分autoencoders概率方法。

• seq.hotSPOTseq.hotSPOTprovides a resource for designing effective sequencing panels to help improve mutation capture efficacy for ultradeep sequencing projects. Using SNV datasets, this package designs custom panels for any tissue of interest and identify the genomic regions likely to contain the most mutations. Establishing efficient targeted sequencing panels can allow researchers to study mutation burden in tissues at high depth without the economic burden of whole-exome or whole-genome sequencing. This tool was developed to make high-depth sequencing panels to study low-frequency clonal mutations in clinically normal and cancerous tissues.

• seqArchRplusseqArchRplus促进下游的启动子序列分析架构/集群被seqArchR(或任何其他工具/方法)。与TPM等额外的可用信息价值和interquantile宽度(IQWs)笼标签集群,seqArchRplus可以命令输入子簇的形状(IQWs),并编写集群信息浏览器/ IGV跟踪文件。提供可视化的两种:每个样本/舞台,每个集群可视化。那些第一类包括:阴谋每个集群每个样本显示面板形状,TPM和其他分数分布,序列标识,和峰值注释。第二个包括每个集群chromosome-wise和链分布,主题出现的热图,充实。此外,seqArchRplus还可以生成HTML报告,以便查看和比较样本之间的启动子架构/阶段(未来)。

• SGCP国网公司基因是基因聚类的半监督管道co-expression网络。国网公司小说包含多个步骤,使计算的高纯度模块以一种无监督的方式。但与所有现有的框架,进一步包括一个新颖的步骤,利用基因本体信息的半监督聚类方法,进一步提高了计算模块的质量。

• SiPSiC推断出从单细胞生物途径活性细胞RNA-sequencing数据通过计算途径得分为每个细胞(通路的基因是由用户指定)。建议在Transcripts-Per-Million数据(TPM)或Counts-Per-Million (CPM)单位,等待最好的结果。分数可能会改变当添加细胞或删除数据。SiPSiC代表单一途径分析单一细胞。

• SparseArraySparseArray包定义了SparseArray虚拟类延长其他S4类希望代表内存中的多维稀疏阵列。SVT_SparseArray阶级,就是这样一个扩展包中定义,提供了一个非零的高效表示多维数据通过小说布局称为“SVT布局”。SVT_SparseArray对象模仿普通矩阵或数组的行为在R尽可能多。特别是,他们最支架中定义的“标准阵列API”基地R。

• SpatialOmicsOverlayNanoString技术GeoMx技术的工具。包很容易OME-TIFF形象的图表上。策划注释范围可以从组织部分基因的表达。

• 散斑斑纹包包含函数分析单细胞RNA-seq数据。斑纹包目前包含函数来分析不同的细胞类型比例。也有函数来估计贝塔分布基于给定的参数数量矩阵,和一个函数计算矩阵中值正常化库大小。有绘图函数想象细胞类型比例和细胞类型比例和数量的均值-方差的关系。作为我们研究专业的单细胞分析数据继续我们预料的包将被更新新的功能。

• SVMDO这是一个易于使用的GUI使用检测肿瘤疾病信息/正常样本识别基因差异表达基因集。我们的方法是基于迭代算法筛选基因与疾病本体富集分析和wilkλ标准连接到支持向量机分类模型建设。随着基因集提取,SVMDO还提供了个体预后标志物检测。算法是专为FPKM和RPKM规范化RNA-Seq转录组数据集。

• TDbasedUFE这是一个全面的计划来执行基于张量分解的无监督特征提取。它可以执行无监督特征提取。它使用张量分解。它适用于基因表达、DNA甲基化和组蛋白修饰等。它可以执行multiomics分析。它也可能适用于单个细胞组学数据集。

• TDbasedUFEadvTDbasedUFE这是一个高级版本,这是一个全面的计划来执行基于张量分解的无监督特征提取。相比TDbasedUFE可以执行简单的特征选择和multiomics分析,这个包可以执行更复杂和高级的特性,但他们不是很普遍。只需要更具体的功能的用户可以使用其功能。

• 前顶部构造一个跨基因表达平台转移模型对未来实验。这样可以训练转移模型进行预测对独立验证数据的准确性是类似于re-substituted模型。顶部过程也有灵活性,适合于最常见的临床反应变量,包括线性响应、二项和考克斯PH值模型。

• ZygosityPredictorZygosityPredictor允许预测有多少基因拷贝受到小变异的影响。除了基本的计算受影响的拷贝数变异,Zygosity-Predictor可以集成在几种变异基因的影响,最终发表声明如果有多少野生型基因的副本。这些信息被证明是转化医学的特定上下文中使用。例如,在癌症基因组,Zygosity-Predictor地址是否可以不突变肿瘤抑制基因的副本。除此之外,可以让这个声明的所有基因的有机体。Zygosity-Predictor主要是开发处理SNVs和INDELs(后来称为small-variants)体细胞和生殖系的起源。为了不忽视small-variant上下文之外的严重影响,它已经扩展的评估大规模删除,导致整个基因或部分的损失。

新数据实验包

有7包Bioconductor这个版本的新数据实验。

• CoSIAdata方差稳定读计数转换来自Bgee RNA-Seq表达数据。表达数据包括注释和跨6种(智人,亩,鼠形,鲐鱼类、果蝇,线虫),132多个组织。数据表示为ExperimentHub RData文件和可用。

• DNAZooDataDNAZooData是一个数据包给基因组装配和高c编程访问联系矩阵统一处理DNA动物园财团。在多分辨率矩阵.hic格式。一个URL来纠正基因组装配.fastq格式也提供给终端用户。

• fourDNDatafourDNData是一个数据包给高c编程访问联系矩阵统一处理4 dn财团。在多分辨率矩阵.mcool格式。

• gDNAinRNAseqData提供了访问BAM文件从RNA-seq生成数据产生不同程度的gDNA污染。目前允许下载数据的一个子集发布的李et al ., BMC基因组学、23:554,
  1. 这个子集的数据是由BAM文件约有100000比对三个不同级别的gDNA污染。

• marinerData子样品高c HEK细胞表达NHA9融合与F S变异印尼盾(FS)或没有任何突变的印尼盾(“野生型”或“WT”)。这些文件用于测试水手功能和一些例子。

• 红外望远镜这个包包含预处理微生物数据的工具和方法。功能包括库生成、多路分解、对齐和微生物鉴定。这部分是一个R PathoScope 2.0管道的翻译。

• scMultiome单细胞multiome数据,包含染色质可访问性(scATAC-seq)和基因表达(scRNA-seq)信息分析ArchR包和MultiAssayExperiment对象。

新的注释包

没有新的注释包。

新的工作流包

有两个新的工作流包Bioconductor的这个版本。

• seqpacSeqpac提供功能和工作流分析短测序读。它最初是为小RNA分析开发,但是可以实现在任何测序原始数据(作为fastq-file提供),计量单位的项独特的序列。seqpac工作流的核心是标准化的生成和子序列分析/可视化对象称为PAC。使用一个创新的目标系统,seqpac过程,分析和可视化使用PAC对象样本或序列组差异。PAC对象最基本的形式是一个列表,它包含三种类型的数据帧。——表型表(P):样品名称(行)和相关的元数据(列)如治疗。——注释表(A):独特的序列(行)和注释(列),如:参考比对。——计算表(C):项独特的序列(行)为每个样本(列)。PAC-object遵循规则:行名称必须相同列名在C - P行名称与行必须是相同的名称在C P和C描述行和列,分别。定位系统,要么目标特定的样本在P (pheno_target)或序列(anno_target)和组根据目标列在P和,分别详细信息(见插图)。

• spicyWorkflow我们已经开发了一个分析框架,从高维数据分析原位血细胞计数分析包括法典,CycIF, IMC和高清晰度空间转录组。这个框架利用功能从我们Bioconductor包spicyR lisaClust, scFeatures, FuseSOM, simpleSeg ClassifyR和包含的最关键步骤需要询问这些令人兴奋的新技术所产生的综合空间信息包括细胞分割、功能正常化,细胞类型识别、微环境描述、空间假设检验和患者分类。最终,我们的模块化分析框架提供了一个有凝聚力和访问入口点到空间解决单一细胞数据分析对任何R-based bioinformatician。

新的在线书籍

没有新的在线书籍。

新闻从现有的软件包

ADaCGH2

版本变化2.39.1 (2023-04-14)

• 固定“DLL需要使用本地符号”R-4.3.0。

affxparser

版本变化1.73.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.18 R (> = 4.4.0)。

  版本变化1.72.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.17 R(安装> = 4.3.0)。

  版本变化1.71.2 (2023-04-23)

错误修复

• src / _mingw修复。托马斯Kalibera提供的h。

  版本变化1.71.1 (2023-04-04)

错误修复

• 修复的两个实例“看多态类型的类,除了“价值[-Wcatch-value =]”编译器警告。

  版本变化1.71.0 (2022-11-01)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前Bioconductor 3.17 R重击。

AHMassBank

0.99版本的变化

AHMassBank 0.99.3

• 添加包文档。
• 增加需要R版本。

AHMassBanki 0.99.0

• 添加元数据MassBank 2022.12.1。

alevinQC

1.15.1版本的变化

• 支持BiocStyle:: pdf_document BiocStyle:: html_document输出格式(感谢迈克史密斯的见解关于BiocStyle)

AlpsNMR

4.1.6版本的变化(2023-02-16)

• 下载的改进:
• 进度条
• 检测用户的干扰

• 睡眠3秒之间进行重试失败的下载

  4.1.5版本的变化(2023-02-10)

• 取代弃用dplyr: select()调用。
• 删除工作区mixOmics bug,凹凸mixOmics依赖
• 简化实现(相同的算法)来确定最优的潜变量plsda模型。

• 撞dplyr依赖版本。

  4.1.4版本的变化(2022-11-08)

• 禁用嵌套的并行化
• 更新工作区Biocparallel bpmapply

• 恢复bpstop睡觉

  4.1.3版本的变化(2022-11-07)

• 接近修复

  4.1.2版本的变化(2022-11-04)

• 尝试一种更健壮的修复palomino4 (bpstop()而不是睡眠)
• 使用注册()一个例子来避免进一步破坏

• 解决性能问题BiocParallel:: bpmapply () (https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/228)

  版本变化以下4.4.1 (2022-11-02)

• 删除归档的依赖
• 试着在palomino4修复建设,由于R CMD的竞态条件检查

AneuFinder

1.27.1版本的变化

用户级的重大变化

• 删除参数从clusterHMMs“类”()。这是由于缺失的依赖关系(ReorderCluster包)。对不起!

• 参数“reorder.by删除。从heatmapGenomewide阶级”()。这是由于缺失的依赖关系(ReorderCluster包)。对不起!

AnnotationForge

1.41.0版本的变化

修改

• 1.41.5添加RUnit建议

• 1.41.3 viableID更新。rda为即将发布

• 1.41.2使用dbExecute()而不是dbGetQuery()或dbSendQuery()来避免警告

增强

• 1.41.4 Knoknok优化并允许所需运用的规范

• 1.41.1詹姆斯·麦克唐纳固定makeOrgPackageFromNCBI使用现有的下载文件

AnnotationHub

3.7.0版本的变化

新功能

• (3.7.4)抑制快照日期,除非交互式会话

• (3.7.1)添加DispatchClass keras模型权重

弃用

• (3.7.2章)反对显示赞成BiocHubsShiny;看到小插图

AnnotationHubData

1.29.0版本的变化

新功能

• 1.29.2嗝作为可接受的源类型

• 1.29.1添加提供可接受的源类型

铁砧

1.12.0版本的变化

用户可见的变化

• (v 1.11.2)更新流程文件发现使用API,而不是“刮”谷歌桶。https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/69

• (v 1.11.3) Gen3服务弃用

• (v 1.11.5)添加处理na na =编码avtable () / avtable_import ()。更改默认行为。https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/75

错误修复

• (v 1.11.1)一贯URLencode工作区和工作流的名字,以允许空间。https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/67

AnVILWorkflow

1.0.0版本的变化

• 最初版本的“AnVILWorkflow”包

aroma.light

版本变化3.31.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.18 R (> = 4.4.0)。

  版本变化3.30.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.17 R(安装> = 4.3.0)。

  版本变化3.29.0 (2022-11-01)

ArrayExpress

1.58.0版本的变化

• 更新访问ArrayExpress BioStudies集合。

ATACseqQC

1.23.1版本的变化

• 增加TSSEscore光滑函数。
• 添加pseudoPausingIndex函数。

ATACseqTFEA

1.1.1版本的变化

• 在sample_scripts.R修复bug。

atena

版本变化1.6.0 (2023-04-20)

用户可见的变化

• 改善的准确性atena表达量化方法。

• 固定的数值不稳定TEtranscripts方法。

• 添加函数(.matchSeqinfo)协调seqinfo()对象对齐和对象的功能注释。

• “OneCodeToFindThemAll”RepeatMasker注释注释解析器实现。

• “atena”RepeatMasker注释注释解析器实现。

• 添加示例的小插曲TE注释预处理步骤使用解析器实现。

• 改变默认值的geneFeatures为NULL参数对象。

错误修复

• 固定的错误搭配不当。

基础知识

版本变化2.11.9 (2023-03-07)

• 修复在test_denoised.R小虫子

  版本变化2.11.8 (2023-03-07)

• 合并后修复冲突和版本只撞

  版本变化2.11.7 (2023-03-07)

• 更新新闻

• 撞触发新的构建版本

• 在测试(test_misc修复小bug。R和test_divide_and_conquer.R)

• BiocCheck提出的轻微变化

  版本变化2.11.6 (2023-02-07)

• 增加了BASiCS_CalculateERCC ()命名空间

• 创建单元测试BASiCS_CalculateERCC ()

  版本变化2.11.5 (2023-01-04)

• 改变维护者

• 删除文档中的unicodeμ

  版本变化2.11.4 (2022-12-15)

• 解决错误的BASiCS_DiagPlot ()

  版本变化14 (2022-12-15)

• 创建BASiCS_CalculateSpikeIns ()(取决于执行激增计算scRNAseq包)。

• 增加了额外的选项来获得诊断(如绘图函数。BASiCS_DiagPlot ())

  2.11.2版本的变化(2022-11-23)

• 错误修复DetectLVG / HVG,看到问题# 265;δ列在结果实际上是复制μ列。

• 改变BASiCS_CorrectOffset也改变正常化的规模因素当WithSpikes = FALSE。

• “小红帽”选项添加到BASiCS_DiagHist BASiCS_DiagPlot

basilisk.utils

1.12.0版本的变化

• 添加Arm64支持Linux。

后面;

1.16.0版本的变化

• 错误修复的rownames mnnCorrect()当使用正确的输出。所有与subset.row = = TRUE。

benchdamic

1.5.3(2023-04-20)更正版本的变化

• 添加引用文件

• 更新README。md文件

• 为作者添加ORCID

• DA_MAST bug修复()函数

  1.5.2版本的变化(2022-11-21)

• 正确的罗斯福总统在装饰图案的描述

• 添加BiocParallel支持runMocks()和runSplits()函数

• 添加示例基于ANCOMBC并行方法

  1.5.1版本的变化(2022-11-14)

• 添加罗斯福总统在第一类误差控制的计算分析

• 添加BiocParallel支持runMocks()和runSplits()函数

• 更新装饰图案

  版本变化1.5.0 (2022-11-01)

• 新的重击版本

BiocCheck

1.36.0版本的变化

新功能

• 包括数据文件的大小限制检查数据,本月/ extdata,data-raw文件夹(@lshep @const-ae, # 167, # 67)

• 包目录,包括一个来源本月/医生现在文件夹与文件标记为错误。医生期间生成的文件夹R CMD构建。

• 错误的包托管在凹口已经被转换为一个警告(@lshep # 177)。任何此类的包之前必须从凹口以下Bioconductor释放。

BUG修复和小改进

• 过滤包的doctype从“\价值”documentaiton检查(@grimbough # 189)

• 获得更多的弃用包的完整列表checkDeprecatedPkgs

• 解决问题的路径分离器在Windows(' \ '、‘/’)引起的单元测试getBiocCheckDir报告错误的不匹配(@grimbough # 175)

• 修复错误,错了函数的长度大于50报道(@grimbough # 182)

• biocViews任期的建议应该是一个标量字符(@lcolladotor # 184)

• 更新邮件bioc-devel订阅检查(@lshep # 185)

• 当没有R代码处理函数长度检查(@lshep # 186)

• 编辑警告文本当空或失踪价值部分被发现在一个包(@vjcitn)

• checkForValueSection重新实现清晰;过滤掉注释价值部分(@LiNk-NY)

• 正确识别理查德·道金斯更新正则表达式来识别他们的言论(@LiNk-NY)

BiocFileCache

2.7版本的变化

用户可见的变化

• (2.7.1)把rappdirs正式从包后不以为然的功能和使用默认R工具缓存位置移动。

错误修复

• (2.7.2)修正的参数不匹配函数为bfcupdate通用

BiocHail

1.0.0版本的变化

• 残疾mac构建Bioconductor构建系统,但包应该用JDK版本可用< = 11

BiocHubsShiny

1.0.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

BiocIO

1.10.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 所有的文档已经更新对用户更友好。

BiocParallel

1.34版本的变化

新功能

• 通过环境变量(1.33.2)限制工人数量。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/229

• (v1.33.3) bpmapply()不整的参数列表发送给所有员工。相反,它需要的参数和切割,通过相应的片每个工人。谢谢Sergio轮胎式压路机!https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/229

用户可见的变化

• (1.33.1)Mark BatchJobsParam bprunMPIslave不复存在。

• (1.33.9)改变默认的力量。GC =为FALSE MulticoreParam ()。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/238

• (1.33.11)改变内容的“回溯”错误包括堆栈的位置误差的invokation乐趣。以前,回溯是有趣的顶级代码工人,提供有限的洞察嵌套的错误。

• (1.33.12)力的函数参数,以避免懒惰的后果评估讨论https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/241 # issuecomment - 1445006892

错误修复

• (1.33.6)恢复“出口”全局变量SerialParam () https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/234

• (1.33.7)的配置。交流的使用c++编译器和检查需要头的存在https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/236

• (1.33.8 / v 1.32.5)套接字闲置超时设置为一个较大的值,以避免过早职工终止和符合雪/并行违约。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/237

• (1.33.10 / v 1.32.6)一定要清理TransientMulticoreParam状态每个作业的开始。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/243

BiocPkgTools

1.18.0版本的变化

用户可见的明显变化

• biocLastBuildDate已经弃用,搬到了吗BiocArchive。

• pkgBiocDeps只返回包的Bioconductor依赖关系对于一个给定的向量;可以设置为所有依赖项。

错误修复

• 使用bfcdownload当需要更新web资源。功能受到影响,包括下载和缓存文件biocBuildReport,biocDownloadStats,biocPkgRanges,CRANstatus。

• biocPkgList抛出一个描述性的错误使用另一个存储库时默认的凹口,例如,RSPM在哪里packages.rds文件不存在。

BiocSet

1.14版本的变化

错误修复

• (1.12.1 / 1.13.1)传播元数据与map_ *()函数;再出口()元数据,元数据()< -泛型和方法供公众使用https://github.com/Bioconductor/BiocSet/issues/6

BiocStyle

2.28.0版本的变化

错误修复

• 解决问题,当使用新版本的Pandoc,脚注会出现底部的HTML输出而不是移动到边缘。

• 固定的问题包括R减价的引用文件输出格式时BiocStyle:: pdf_document (https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/94)

biocthis

1.9.2版本的变化

错误修复

• use_bioc_github_action()现在又正常工作当码头工人= TRUE。在幕后,现在这个函数使用码头工人/ build-docker-action@v4而不是弃用的码头工人/ build-docker-action@v1。这些更新在https://github.com/lcolladotor/ExampleBiocWorkshop2023上进行了测试。

biocViews

1.67.0版本的变化

增强

• (1.67.1)添加WorkflowManagement biocViews术语

• (1.67.3)添加LongRead biocViews术语

biodbHmdb

1.5.1版本的变化(2023-03-22)

• 删除R_front脚本。

• secondary.accessions定义新的字段。

biomaRt

2.56.0版本的变化

错误修复

• 解决问题当多个缓存条目可以创建相同的ID。(由于Herve页& Henrik Bengtsson独立这个问题的报告。)

• bmRequest()现在将尊重设置选项(“超时”)

BioNAR

这次1.2.1版本的变化

• 允许的分析有向图,添加四个新的中心措施具体指示图。
• 修改注释功能允许注释节点不仅通过它的名称横房地产,其他任意属性的值唯一地标识的节点。
• 增加了新的浓缩结果的可视化和分析框架。

咆哮

1.10.0版本的变化

• 比矩阵的修正计算pairwiseRand () = TRUE调整时,这样的比率有1的一个上界。

BRGenomics

1.11.1版本的变化

• 更新了import_bam_ATAC()函数稍微修改选项和操作
• 固定失效链接文档

BridgeDbR

2.9.2版本的变化

新功能

• 更新为BridgeDb 3.0.21

  2.9.1版本的变化

新功能

• 更新为BridgeDb 3.0.19

BSgenomeForge

1.0.0版本的变化

• 第一个版本的包准备普遍使用。

篮球选手

2.6.0版本的变化

错误修复

• 重新启用启动子功能转变(修复# 4)。
• 计算集群主导TSS信息共识(修复# 1)。

新功能

• Inter-quantile宽度也计算在没有样本被选中。
• 增强器检测使用一个包装器CAGEfighter quickEnhancers包的函数()。

红衣主教

版本变化3.0.1 (2022-11-14)

用户可见的明显变化

• 覆盖现有的MSI文件现在是一个警告,而不是一个错误

错误修复

• 固定问题的peakAlign()的引用m / z的和独特的

cBioPortalData

2.12.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 这个方案要取得更新的阈值和修复长时间测试

CBNplot

版本变化0.99.5 (2023-04-13)

• 改变了依赖R版本

  版本变化0.99.4 (2023-04-07)

• 固定包建设者在bioconductor.org上的警告

  版本变化0.99.3 (2023-04-07)

• 固定在审查的问题

  版本变化0.99.1 (2022-02-24)

• 固定的错误和警告在提前预支了

  版本变化0.99.0 (2021-07-29)

• 准备提交Bioconductor

celda

版本变化1.14.2 (2023-01-19)

• 更新以匹配Bioconductor发布版本

cellxgenedp

1.4版本的变化

用户可见的明显变化

• 作者(v 1.3.3)添加publisher_metadata(),()和()的链接让访问集合()的嵌套数据更直接

CeTF

1.11.1版本的变化

• Biocondutor 3.17版本的更新

cfDNAPro

1.5.4版本的变化

• 除了“砰”和“皮卡”文件作为输入,现在我们接受“cfdnapro”要对各种功能,这‘cfdnapro read_bam_insert_metrics函数的输入是输出在cfdnapro包中。它是一个包含两列tsv文件,即。,“insert_size” (fragment length) and “All_Reads.fr_count” (the count of the fragment length).

  1.5.3版本的变化

• 添加支持hg38-NCBI版本,即GRCh38

cfTools

1.0.0版本的变化

• 1版本的包

• 提交给Bioconductor

ChIPpeakAnno

3.33.1版本的变化

• 更新的文档富集分析

• 更新disjointExons exonicParts ensembldb

ChIPQC

1.35.1版本的变化

• 汇总的修正

ChIPseeker

1.35.3版本的变化

• 固定的R检查通过删除调用BiocStyle: Biocpkg()在装饰图案,相反,我们使用yulab.utils:: Biocpkg()(2023-04-11,星期二)

  1.35.2版本的变化

• 固定的R检查通过添加“prettydoc”表明(2023-04-04,星期二)

  1.35.1版本的变化

• 使用ggplot情节的热图(2022-12-30,星期五,# 203)
• 更新公司信息显示“当前协议(2022)”。

ClassifyR

3.4.0版本的变化

• 同伴网站更深入的解释和例子。

• 现在默认随机森林分类器基于管理员两步分类;一个变量重要性和一个模型拟合,推荐游侠的开发人员。

• 更多的功能使用自动选择参数值作为缺省值。

• randomSelection函数选择交叉验证随机集的特性。

• 通过extraParams crossValidate函数现在允许自定义参数调优。

• 弹性网的漠视和普通的漠视现在计算类权重被默认,以便在class-imbalanced场景中表现良好。

• precisionPathwaysTrain和precisionPathwaysPredict函数构建树状模型的多个化验calcCostsAndPerformance及其附属功能,bubblePlot,流程图,strataPlot绩效评估模型。

• crissCrossValidate函数需要一个列表的数据集相同的特性和集相同的结果集和所有可能对评估generalisability训练和预测。crissCrossPlot视觉评估。

clevRvis

版本变化0.99.5 (2023-01-16)

• 固定的记录BiocCheck

  版本变化0.99.4 (2023-01-04)

• 包括审稿人反馈

  版本变化0.99.3 (2022-12-20)

• 删除R项目文件

  版本变化0.99.2 (2022-12-06)

• 信息数据添加到装饰图案

• 显示seaObject方法添加

  版本变化0.99.1 (2022-11-26)

• 初始提交Bioconductor

clusterProfiler

4.7.1版本的变化

• 根据KEGG api更新变化(2023-03-01,结婚)

CNVfilteR

1.13.2版本的变化

小

• 固定的错误:样品名称列CNV调用文件总是解释为字符,防止以后的错误。

  1.13.1版本的变化

小

• 装饰图案:基因组在loadVCFs明确显示为一个选项()

• 装饰图案:mutiallelic网站目前不支持和bcftools可以作为解决方案

cogeqc

1.3.1版本的变化

变化

• 添加功能探索组装和注释数据上下文:组装和注释数据NCBI基因组可以通过数据API中提取并与用户定义的值。新功能:get_genome_stats (), compare_genome_stats(),和plot_genome_stats ()。

可乐

2.5.4版本的变化

• 适应与减价v1.6代码

  2.5.3版本的变化

• 名字是自动添加cola_opt color_set_1美元和cola_opt color_set_2美元具体没有名字。

  2.5.1版本的变化

• rmarkdown,替换消息= FALSE来消息= NA。

• 使用% dorng %直线计算

compcodeR

1.35.1版本的变化

• 添加一个函数为上海广电+ limma微分表达式分析

ComplexHeatmap

2.15.3版本的变化

• 传奇():legend_gp还控制行颜色、宽度和风格。

• anno_mark ()标签可以被复制。

  2.15.1版本的变化

• 传奇():允许NA在pch。

• SingleAnnotation ():正确计算一个向量的最大宽度/高度的文本。

• to_unit ():固定一个错误当单位是负的。

• 传奇():添加tick_length论点。

• 传奇()当差异:颜色是正确计算在是不平等的。

CompoundDb

1.3版本的变化

v1.3.3变化

• 添加backendBpparam定义(禁用)MsBackendCompDb端并行处理。

1.3.2版本的变化

• 评估的有效性MsBackendCompDb充分利用光谱的测试套件包。

1.3.2版本的变化

• 添加参数不间断compound_tbl_sdf传递参数skipErrors ChemmineR:: read.SDFset。问题# 110

1.3.0版本版本的变化

• Bioconductor 3.17发展版本。

concordexR

0.99.0版本的变化

• 提交Biconductor。

CoSIA

0.99.0版本的变化

• CoSIA R包提供了另一种框架,用于跨物种的转录组比较十几野生型RNA序列基因表达数据组织和物种通过可视化的可变性,多样性,和特异性指标。检查装饰图案和Readme文件以获得更多的信息关于如何加载和使用CoSIA。

COTAN

1.99.3版本的变化

更新了装饰图案,README。md和NEWS.md

1.99.2版本的变化

了第二个小插图:将合并在另一个…

1.99.1版本的变化

小bug修复和新clustersMarkersHeatmapPlot()函数

1.99.0版本的变化

包括Bioc 2.17版本的新功能:

• 创建一个新的COTAN类替换旧scCOTAN:这类提供了内部不变量以及大主机的访问器允许用户避免偷看里面的类

• 制造了一个新的多核实现模型的参数估计和COEX计算达到更高的速度。

• 添加新功能基因集群从给定的标记列表

• 添加新功能统一细胞集群基于最大GDI水平集群

• 添加函数得到一个微分表达式估计每个集群对背景

• 添加函数得到一个浓缩得分为每个集群给定的列表标记特定细胞的人口

• 在清洗阶段添加情节驴气候资料信息

crisprBase

v1.3.3变化

• 添加BiocStyle建议。

  1.3.2版本的变化

• 添加核酸酶疯了。

crisprBowtie

1.3.2版本的变化

• 染色体中没有BSgenome对象(通常是额外染色体)被忽略。

crisprDesign

1.1.25版本的变化

• 当有重复gRNAs添加一条警告消息。

  1.1.21版本的变化

• 固定的染色体基因间注释校准的标准。

  1.1.20版本的变化

• 现在flattenGuideSet GuideSet2DataFrames。

  1.1.19版本的变化

• 改变了默认参数standard_chr_only假getSpacerAlignments功能和朋友。

  1.1.18版本的变化

• 最新更新对象guideSetExampleWithAlignments包含注释。

  1.1.17版本的变化

• 最新更新对象guideSetExampleFullAnnotation包含注释。

  1.1.12版本的变化

• 重构addGeneAnnotation。

  1.1.10版本的变化

• 添加函数getPreMrnaSequence。

  1.1.8版本的变化

• 添加了新功能控制(addNtcs)。

crisprScore

1.3.4版本的变化

• 固定单元测试为麻省理工学院的分数。

  v1.3.3变化

• 一个修复麻省理工学院得分。上次忘了保存sysdata。

  1.3.1版本的变化

• 固定的麻省理工学院的公式。先前的计算是错误的。

csdR

1.5.1版本的变化

• 固定段错误问题确实发生在partial_argsort n_elements参数时()大于输入向量的长度。为了确保与秩序等价(x,减少= TRUE) [1: n_elements],额外的元素,如果有的话)的最后答案的NA值。

CTdata

0.99版本的变化

CTdata 0.99.0

• bob体育取款很慢包提交Biocoductor。

cytofQC

版本变化0.99.3 (2022-11-11)

• 重新提交Bioconductor
  • 添加脚本演示了如何创建extdata本月/脚本
  • 删除doc文件夹和内容
  • 添加一个男人cytofQC级别页面
  • 添加relavence Bioconductor装饰图案
  • 添加函数技术,分数,聚合氯化铝,最初,标签替换之前得到函数执行相同的功能更符合Bioconductor语法
  • 添加匹配。参数检查数据类型的所有过程和相关功能
  • plotInitialGuess plotInitialGuess2删除和添加参数选择如果一个或两个图形绘制

  • 清理警告和信息报表

    版本变化0.99.0 (2022-09-13)

• 提交给Bioconductor

cytomapper

1.11.3版本的变化(2023-01-23)

• loadimage:添加选项读多通道的单通道图像

  版本变化1.11.2 (2023-02-02)

• 错误修复:measureObjects内部设置正确的通道名称

  1.11.1版本的变化(2023-01-18)

• 错误修复:设置默认躲避。geom_quasirandom宽度=零

CytoML

3.11版本的变化

API的变化

• 重命名参数sampNLoc - > sample_names_from open_flowjo_xml
• 现在所有解析器(flowjo / cytobank / diva_to_gatingset)返回GatingSet基于cytoset而不是ncdfFlowSet
• 添加反式参数cytobank_to_gatingset允许覆盖从gatingML文件的转换(# 76)
• gatingset_to_flowjo现在使用一个码头工人形象与编译器:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• 一些更新flowjo_to_gatingset搜索FCS文件(# 77)
• 添加include_empty_tree选项没有盖茨flowjo_to_gatingset包括样本
• 允许gatingset_to_flowjo GatingSet档案目录的路径
• 添加gating_graphGML替代浇注。graphGML openCyto方法:闸门一般
• 过滤器样品面板当解析cytobank实验和添加ce_get_samples ce_get_panels

修复/内部变化

• 自动缩放的样本FlowJo工作区现在由flowjo_to_gatingset RGLab / cytolib # 33
• 处理变更违约stringsAsFactors 4.0 R = FALSE
• 消除多余的中间文件工作区解析期间留在临时目录
• 开关的使用GatingSetList merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 从实验::文件系统来提高::文件系统在c++ FlowJo解析器

• 添加安装CytoML XSD

  3.10版本的变化

API的变化

• 改变处理四门根据RGLab / cytolib # 16

• 重命名的方法:

• openWorkspace - > open_diva_xml open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace - > flowjo_to_gatingset diva_to_gatingset
• getSampleGroups - > fj_ws_get_sample_groups diva_get_sample_groups
• getSamples - > fj_ws_get_samples diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。项- > gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。集,CytoML.par。设置参数得到CytoML名称空间

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank出口cytobank毫升属性名称空间
• 从xml允许diva_to_gatingset使用补偿矩阵
• 通过从cytobank_to_gatingset…args适当FCS解析器
• 修复一些问题与扩展的解析盖茨天后工作区(# 64)
• 防范不支持的转换期间被添加到GatingSet天后解析
• 开关使用flowjo_log_trans代替logtGml2_trans diva_to_gatingset
• 修复移植flowUtils: xmlTag启用自动关闭的标签
• 使闸门。graphGML查找定制盖茨通过FCS的名字以及文件id
• 添加一些灵活性getSpilloverMat gatingset_to_flowjo使用

CytoPipeline

0.99版本的变化

CytoPipeline 0.99.6

• 纠正OMIP021Samples fcs数据为了保持原始文件的名字
• 错误更正:错误消息没有示例文件的执行
• 添加phenoData槽CytoPipeline对象
• 更新readSamples()允许通过pData参数
• 更新compensateFromMatrix()允许通过基于pData变量映射
• 更新readSamples()允许选择一个随机数样本和移除selectSamples ()
• 装饰图案和演示视频的链接

CytoPipeline 0.99.5

• 重新激活ggplot2对象的单元测试
• 添加手册页获得CytoPipeline包
• 几个modifs相关的装饰图案Bioc审查过程
• 由基地取代withr: local_tempdir ():: tempdir ()
• 删除多余的空格在CytoPipeline显示()方法
• 删除LazyData:适用于描述文件
• 取代paste0(路径“/”,文件名)文件。路径(路径,文件名)
• 在描述文件更新执照

CytoPipeline 0.99.4

• 改善CytoPipeline构造函数(experimentName和sampleFiles现在参数的构造函数版本)
• 集中的生产标准输出管道执行期间,所有在执行调优参数设置()而不是槽CytoPipeline对象。

CytoPipeline 0.99.3

• 一些微小的改动BiocCheck ()

CytoPipeline 0.99.2

• 删除依赖许多包,搬到相应的实现CytoProcessingSteps(包装)到CytoPipelineUtils包中

CytoPipeline 0.99.1

• 维护由于Bioc版本变化(3.17)
• 删除使用openCyto:: gate_tail () (w / o弃用)消失了,取而代之的是flowDensity::打浇口()
• 实现出口预处理文件(writeFlowFrame CytoProcessingStep实现)
• 扩展readSampleFiles:渠道和标记之间的映射
• selectRandomSamples(新CytoProcessing一步实现)

CytoPipeline 0.99.0

• Bioconductor之前提交

cytoviewer

版本变化0.99.3 (2023-04-18)

• 添加初始颜色控制单元

  版本变化0.99.2 (2023-04-13)

• 图片下载修复

  版本变化0.99.1 (2023-04-12)

• 代码Bioconductor批准后调整

• 包括反应图像/面具阅读

  版本变化0.99.0 (2023-03-23)

• Bioconductor准备提交代码

dearseq

1.11.1版本的变化(2023-03-16)

• 在Windows上添加并行支持

deconvR

1.5.2版本的变化

• 固定deconvolute bug
• findSignatures现在可以构建组织特定甲基化签名
• findSignatures现在可以构建组织特定的纯数字

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25)

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

  版本变化1.99.2 (2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

  版本变化1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

  版本变化1.99.0 (2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DelayedArray

0.26.0版本的变化

• 在这个版本没有变化。

DELocal

0.99.1版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

DepInfeR

1.3.1版本的变化(2023-04-04)

• 在描述文件中添加BiocStyle依赖以避免vingette构建在Linux上的错误

DESeq2

1.39.8版本的变化

• 改变了低= 0来低= 1 e-6在不混合(),0的下界是生产在Linux ARM64 sqrt(消极的)错误。https://support.bioconductor.org/p/9150056/

  1.39.7版本的变化

• 修复bug在独立的过滤:很少拒绝的数字曲线的变化阈值,当最大只有达到接近尾声,默认过滤不会获得足够的过滤。这也解决了检查一个阈值的90%,或者80%的安装数量的拒绝。注:IHW过滤的首选方法,并可以很容易地通过调用使用filterFun = ihw。

  1.39.6版本的变化

• 修复bug在estimateDispersionsGeneEst硝石大于1在GitHub上(# 64)。

  1.39.5版本的变化

• 从Hendrik weis公关lfcShrink当结果表附加列比()所产生的结果。

  1.39.4版本的变化

• 删除geneplotter依赖性。

  1.39.1版本的变化

• 删除genefilter依赖,转向matrixStats。这应该解决gfortran问题。

DESpace

1.0.0版本的变化

• 1版本的包

• 提交给Bioconductor

DiffBind

3.9.4版本的变化

• 展期的修正

• 添加选项返回ggplot dba.plotVolcano

DNAfusion

1.3.0版本版本的变化

• 添加introns_ALK_EML4 ()
• 添加find_variants ()
• 更新break_position_depth ()
• 更新break_position ()
• 精制EML4_ALK_detection ()
• 装饰图案包括新功能更新

• 清洗Bioconductor 3.17版本的功能

  1.1.1版本的变化

• 更新示例文件包括碱性读取

  1.1.0版本的变化

• 更新描述

doubletrouble

0.99.3版本的变化

错误修复

• 更新功能(例如,get_anchor_list (), collinearity2blocks())在syntenet更新后。

  0.99.2版本的变化

变化

• 小变化在编码风格Bioconductor同行评审(m: n取代c (m, n)和seq (m, n))

  0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

刨边机

3.42.0版本的变化

• 新功能Seurat2PB()来创建一个视总体DGEList对象从修的对象。新案例研究使用手册说明其使用。

• 新功能normLibSizes()现在是一个同义词calcNormFactors ()。

• 重命名effectiveLibSizes () getNormLibSizes ()。

• DGEList()现在是一个S3 data.frames泛型函数的方法。data.frame方法允许用户指定该列包含基因注释和含有数量。如果未指定注释列,函数将检查非数字列,将尝试设置列到最后非数字列注释。“y”现在是一个强制的理由DGEList ()。以前它违约与零行和零矩阵列。

• 新案例研究用户指南在转录水平上不同的表达分析。

• alernative拼接的案例研究用户的指南被替换为一个新数据的例子。

enrichplot

在version 1.19.2变化

• 修复emapplot()的参数不匹配(2023-02-20,Mon)
• 修复ridgeplot错误当x@readable = = TRUE和长度(x@gene2Symbol) = 0 (2022-12-5, Mon)

• 修复ridgeplot错误当x@readable = = TRUE和长度(x@gene2Symbol) = 0(2022-12-5,星期一,# 217)

  1.19.1版本的变化

• node_label参数是翻转修复cnetplot()(2022-12-04,太阳,# 216)
• 臭虫固定在treeplot()(2022-11-18,星期五)
• 使dotplot()和autofacet gseaResultList对象()

ensembldb

2.23.2版本的变化

• 修复SQLite数据库名称包括亚种。

  2.23.1版本的变化

• 删除disjointExons方法。

EpiCompare

1.3.4版本的变化

新功能

• 示例报告:
• 删除报告/文件夹,上传版本而不是:https://github.com/neurogenomics/EpiCompare/releases
• 添加Rscript复制示例报告在本月/例子。
• EpiCompare
• 新的参数add_download_button。
• 总是保持峰值进行后期处理文件下载按钮。

错误修复

• README.Rmd:

• 修复破碎的示例报告链接。

  v1.3.3变化

新功能

• download_button:
• 保存和下载文件。
• prepare_blacklist:
• 自动选择合适的黑名单,或者返回指定的选项。
• EpiCompare(黑名单= NULL)现在是默认的。
• prepare_genome_builds:
• 更新处理提供构建“peakfiles”和“参考”而不是“黑名单”(只要黑名单参数不是一个用户提供的农庄对象)
• 添加mm9_blacklist
• 让更多的情节互动:
• width_boxplot
• plot_enrichment
• plot_ChIPseeker_annotation
• overlap_stat_plot
• 产出的Name元素列表。
• 注释参数更改为更丰富txdb参数,设置默认为NULL, ChIPseeker函数将自动处理。
• 新功能as_interactive:
• 帮助标准化。
• 新EpiCompare: EpiCompare参数:
• 错误:继续编织甚至错误。
• TSS tss_distance:上游或下游。
• 安静:针织
• 重命名”test-EpiCompare_combinations。R”- >“test-EpiCompare.R”
• test-generalMetrics_functions分开。R函数专用测试文件。
• test-peakOverlap_functions分开。R函数专用测试文件。
• 与新func:漂亮的头
• report_header ()
• 创建EpiCompare命令代码作为文本:
• report_command ()
• width_boxplot:
• 更有效的数据。表和拉普兰人
• 更新十六进制标签匹配的风俗。css调色板。
• README.Rmd
• 更详细的部分崩溃。

错误修复

• tss_plot:
• 修复/例子测试后血清参数更新。
• 通过上游和下游ChIPseeker:: getTagMatrix
• 让互动
• 情节在名单上
• 删除不必要的额外层次的嵌套列表。
• 尽可能使文档宽度< 80行。
• EpiCompare.Rmd
• 删除方法::显示所有部分
• 名字的块
• 解释更清楚
• 为主要添加目录3部分。
• 解决头水平
• 设置结果=“黑名单”在全球范围内,而不是在每个块头。
• 自动数字部分yaml参数:number_sections:真的
• 省略具体标题与{-}标签编号系统。
• 添加custom.css
• plot_chromHMM:
• (误差函数(类、fdef mtable)无法找到一种遗传方法函数的annotateWithFeatures签名的“SimpleGRangesList”、“列表”
• 误导性的错误消息;实际上是由于chromHMM_annotation GRangesList没有被转换从一个列表中。

• 改变yaml arg peakfile - > peakfiles与其他变量是一致的。

  1.3.1版本的变化

新功能

• 獾换成rworkfows:
• 使用rworkflows:: use_badges
• 新辅助函数:
• precision_recall_matrix
• report_time
• overlap_upset_plot:
• 切换为ComplexUpsetto UpSetR显示百分比。
• 上升dep检查函数的开始。
• 处理错误的热图通过检查参数,可以使用:
• check_heatmap_args
• tss_plot:
• 添加单元测试
• 大大减少例子/测试运行时通过设置上游= 50
• compute_corr:
• 减少示例运行时通过设置bin_size = 200000 (< 2 s)。

错误修复

• 在EpiCompare文档修复错误:“hg38黑名单数据集”
• 避免显式地指定路径“/”来帮助跨平台测试。
• tss_plot:
• 使用并行::detectCores-1默认设置工人,但在例子设置为1 /测试满足凹口/ Bioc标准。

EpiDISH

2.15.0版本的变化

• 添加12血程控DNAm参考矩阵450 k和史诗数组。

epigraHMM

版本是1.7.2变化

• 在Windows上修复callPeaks作家,作品

  1.7.1上版本的变化

• 修复callPeaks函数导出轮回,.wig .bedGraph文件
• 输出文件已经覆盖,如果现有的

epistack

1.5.4版本的变化(2022-04-05)

• 引用添加

  1.5.3(2022-04-04)更正版本的变化

• plotAverageProfile plotEpistack reversed_z_order现在暴露
• 95%置信区间在plotEpistack现在是默认的

• plotEpistck的传说也显示为轴标题plotAverageProfile情节

  1.5.2版本的变化(2022-04-03)

• 更改默认本颜色
• bin_palette plotEpistack (), plotBoxMetric(),和plotAverageProfile(),和调色板plotBinning()现在可以向量的颜色而不是调色板功能

• 给现在接受调色板功能和面板的功能列表,除了颜色。

  1.5.1版本的变化(2022-03-30)

• 装饰图案的改进(由于伊莎贝尔Stevant)
• 文档改进:多个zlims可能如果提供一个列表

erccdashboard

1.33.1版本的变化

重要用户可见的变化/错误修复

• 装饰图案输出显示错误的mRNA分数估计和错误的LODR估计由于stringsAsFactors = FALSE开关与R > 4.0。比率值没有被当作因素loadERCCInfo函数,这是导致错误的比率值est_r_m作业。R的函数。一个显式的问题已经解决。loadERCCInfo因子赋值。R的函数。

埃舍尔

0.99.8版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加一个新的参数y_reverse = TRUE make_escheR现货情节之间提供一个一致的方向和组织图像(参见问题# 13)

  0.99.7版本的变化

用户可见的明显变化

• 添加默认颜色方案(viridis) add_fill
• 添加显式引用在make_escheR spatialLIBD文档

• 添加安装用户pre-R4.3 R版本的说明书

  0.99.6版本的变化

用户可见的明显变化

• minimium版本添加到依赖和进口包
• 从包导入单个函数名称空间
• 清理代码的注释

• 接受Bioconductor Bioconductor 3.17中并将被释放

  0.99.1版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 第一个完整版本的方案提交给Bioconductor。看到Bioconductor提交。

EWCE

1.7.3版本的变化

新功能

• check_ewce_genelist_inputs / bootstrap_enrichment_test
• 新的参数:sctSpecies_origin允许用户澄清他们的数据最初来自老鼠即使目前格式化为人类直接同源。这是必要的,为创建适当的背景基因列表。
• 完全删除grDevices dep。
• fix_celltype_names
• 添加新的参数make_unique让这个函数很容易用于向量相同celltype多次出现。
• bootstrap_enrichment_test
• 返回根据从generate_bootstrap_plots改编的代码能够得分。现在作为一个名叫gene_data列表元素存储在数据。表的格式。
• generate_bootstrap_plots
• 改进包装代码可重用的子功能。
• 避免重采样随机基因在基因数据存储在gene_data引导的结果。它也将告诉你哪一个选项是使用。
• 如果grDevices保存与ggsave相反。
• 方面通过celltype代替生成大量的独立的情节。
• 让用户决定中断阈值与新arg adj_pval_thresh
• 现在返回指定列情节本身(“阴谋”)和他们保存路径(路径),而不是仅仅是一个更高层次的目录路径,用户必须寻找正确的文件(和以往没有访问ggplot2对象)。
• 显示意义而不是asterices barplot填补/颜色。现在更容易看到。
• 改变savePath arg save_dir更准确。向用户公开附加BootstrapPlots内的参数。
• generate_bootstrap_plots_for_transcriptome
• 改变savePath arg save_dir更准确。向用户公开附加BootstrapPlots内的参数。
• 如果grDevices保存与ggsave相反。
• 标准化命中+ hitGenes arg支安打。
• 更新十六进制:
• 负载大源图像从装饰板材释放而不是包括在包中。

错误修复

• drop_uninformative_genes / generate_celltype_data
• 通过详细的参数矩阵格式功能。
• generate_controlled_bootstrap_geneset
• 删除combinedGenes参数,因为它没有被使用在任何地方。
• check_args_for_bootstrap_plot_generation
• 删除未使用的参数:ttSpecies sctSpecies
• test-bootstrap_enrichment_test_2.R
• “monkey_ctd”测试似乎比以前更顺畅地进行(不是刚刚NAs)。这可能与orthogene数据库必须改善。
• 令人放心的是,“哥斯拉”测试仍然失败像预期的那样:)

• 添加/ testthat / Rplots苔丝。.gitignore pdf。

  1.7.1上版本的变化

新功能

• 使用rworkflows GHA。
• 添加rworkflows:: use_badges README.Rmd。
• 删除Dockerfile(不再需要)。
• 让所有3平台(Linux、Mac, Windows)使用Bioc dev,作为ewceData(> = 1.7.1上)现在是必需的,由于只在rtracklayer的开发版本修复了。
• 删除cowplot依赖性。

• 替换所有% > %

  >

错误修复

• calc_quantiles:
• 这个函数只用于filter_variance_quantiles
• 对比数据::ecdf vs dplyr:: ntile方法。
• 除掉EWCE不再使用的任何地方。
• bin_columns_into_quantiles:
• 重命名参数matrixIn - > vec反映函数实际上是什么。
• filter_variance_quantiles:
• 改变使用bin_columns_into_quantiles而不是calc_quantiles与分位数的处理方式是一致的EWCE的其余部分。
• 在test-get_celltype_table更新测试。r反映基因筛选的数量是影响正常化过程(当分位数计算统计数据::分位数)。
• ewce_plot:
• Celltypes生产NAs的名字因为结果并不总是以同样的方式标准化,供。这是内部完成的。
• Celltypes没有下令因素,这意味着系统树图不正确。
• 从gridArrange / cowplot拼凑。
• 添加专用的单元测试文件:test-ewce_plot.r

新功能

• 启用离线运行功能使用参考数据集(从ewceData)。这些函数的参数localhub添加到控制。

ExperimentHub

2.7.1版的变化

反对

• (2.7.1)反对赞成BiocHubsShiny显示

extraChIPs

版本就开始变化

• 改变标签plotPie策略()

  1.3.8版本的变化

• 添加使用覆盖makeConsensus ()

  1.3.7版本的变化

• 添加plotAssayHeatmap ()

• 添加fitAssayDiff()和添加TopTags对象的胁迫

  1.3.6版的变化

• 扩大了plotSpliDonut参数()

• 添加mergeByHMP()合并重叠窗口使用调和平均数p

  1.3.5版本的变化

• 添加plotSplitDonut ()

• 错误修复在plotAssayDensities()和plotAssayRle()以及使策划组

  1.3.4版本的变化

• 添加mergeBySig ()

FeatSeekR

0.99.1版本的变化

• 提交给Bioconductor

fgsea

1.25.1版本的变化

• 更灵活的策划介绍plotEnrichmentData()函数

• 更新GESECA阴谋行为

鱼池

2.5.4版本的变化

• CellRanger 7包括拼接和unspliced计数的计数矩阵,我们想模仿这种行为通过添加更多的预定义loadFry函数输出格式。我们添加了“所有”和“U + S +“包括所有方面的数矩阵。此外,现在“scRNA”输出格式“unspliced”字段,其中包含unspliced数矩阵。

  2.5.3版本的变化

• 修复bug, salmonEC没有正确的等价类的名字从0-indexing 1-indexing内部。在之前的版本中,正确链接等价类基因名称,用户需要手动添加一个值为1的等价类的名字,这是错误的不是人提到的文件。这个bug修复后,如果等价类标识符读取1 | 2 | 8,等价类是直接兼容成绩单和各自的基因在第1行,2和8“tx2gene_matched”,没有任何进一步的用户干预。

  2.5.1版本的变化

• 修复plotAllelicGene(),这样当样本有一个等位基因没有表达在基因层面上,它不会抛出一个错误尝试除以0。

flowGate

版本变化0.99.3 (2023-03-15)

• 文件清理bioconductor审查的一部分

FlowSOM

2.7.9版本的变化

• readInput和FlowSOM适应文档。它也可以用一个矩阵列名称

  2.7.8版本的变化

• 添加PlotOutliers和文档

  2.7.7版本的变化

• 更新TestOutliers

  2.7.5版本的变化

• 编辑PlotManualBars,显示了细胞的百分比

• 编辑PlotDimRed这样随意的使用scattermore是否安装

  第2.7.4版本的变化

• AggregateFlowFrames现在也可以重新取样如果更多的细胞比在fcs文件要求。默认保持假,最多fcs文件中细胞的数量

  2.7.2版本的变化

• 结合Bioconductor撞版本

• 更新为aggregateFlowFrames好处理迭代聚合在FlowSOMmary显示可视化(+)。AggregateFlowFrames现在将介绍中如果一个通道不存在0值fcs的文件之一。如果没有提供渠道作为参数,使用第一个文件的渠道。

• 添加支持abbrevations PlotDimRed“colorBy”。

• 返回0,而不是NA的集群GetCounts / GetPercentages空

flowSpecs

版本变化1.13.1 (2023-04-05)

• + specMatCalc与大脚更新数据。

核磁共振

2.0.0版本的变化

改进自去年发布

• 包使用打电话给函数重写。
• 威布尔分布的代码改进。

错误修复

• 一些错误是固定导致结果不同,相同的分析。

gdsfmt

1.36.0版本的变化

公用事业公司

• 解决编译器警告:sprintf弃用

• LZ4更新v1.9.4

• XZ更新v5.2.9

• 更新zlib v1.2.13

新功能

• system.gds()美元compiler.flag [1]“64位”或“32位”指示的数量的内部数据指针

• 新参数的使用。abspath = TRUE”openfn.gds ()和createfn.gds ():行为之前v1.35.4 use.abspath = TRUE”是一样的

  1.34.1版本的变化

公用事业公司

• 避免使用蜡笔:模糊()在显示器(屏幕输出RStudio模糊了)

genbankr

1.27.1版本的变化

修正

• 解析器现在正确地读取“D-loop”功能类型(# 22)

GeneTonic

版本变化测试盒框

新功能

• enhance_table()现在可能情节的视觉摘要脊线。
• 绘图时选择的基因表达特征gene-geneset-graph盒子,现在可以禁用标签的显示(有时可能导致不必要的杂物)。

其他的笔记

• 强化的行为gene_plot()提供无效值时失败早intgroup参数。

GenomAutomorphism

1.0.3版本的变化

• 添加新功能和模块化的矩阵运算

  在以前的版本1.0.2中变化

• 修复错误的并行计算在Windows (12/08/2022)

  版本1.0.1的变化

• 扩展分析,包括基于密码子的胺基酸相似距离。三个新功能添加:codon_dist codon_dist_matrix, aminoacid_dist。在https://is.gd/oYLDK4上看到一个教程应用这些功能。

GenomeInfoDb

1.36.0版本的变化

新功能

• 注册以下NCBI组件:
  • bCatUst1.alt。v2和bCatUst1.pri。v2总成
  • felCat9.1_X F.catus_Fca126_mat1.0总成
  • Gossypium_hirsutum_v2.1大会
  • Kamilah_GGO_v0大会
  • Xenopus_laevis_v2 Xenopus_laevis_v10.1总成
• 注册以下UCSC基因组:
  • gorGor6(与Kamilah_GGO_v0)
  • xenLae2(与Xenopus_laevis_v2)

• 添加Gossypium_hirsutum。txt本月/ extdata /实际上/(由埃默里卢卡斯提供bararayung123@hotmail.com)

• 添加“有机体”参数registered_UCSC_genomes()(由Kirabo Kakopo)。

用户可见的明显变化

• 基于GRCh38 UCSC基因组hg38现在。好而不是GRCh38。p13(这种变化起源于UCSC的)。看到091 b5d2提交。

• NCBI的提交者大会Dog10K_Boxer_Tasha更新的信息太序列,这是反映在getChromInfoFromNCBI的输出(“Dog10K_Boxer_Tasha”)。看到79 a066c提交。

• Accept-organism-for-GenomeInfoDb插曲被从Rnw转换限制型心肌病(由于Haleema汗和Jen Wokaty转换)。

• 小改进低级助手find_NCBI_assembly_ftp_dir ()。

GenomicAlignments

1.36.0版本的变化

新功能

• 添加“strandMode”参数readGAlignmentsList()(由罗伯特·Castelo)。

错误修复

• 增加“cigar_buf”大小减少缓冲区溢出的风险cigar-utils C代码。

GenomicDataCommons

1.24.0版本的变化

Bug修复和小改进

• gdc_clinical处理零响应当诊断不用于所有id查询(# 109,@zx8754)。
• 小更新体细胞突变vignette和单元测试。

GenomicFeatures

1.52.0版本的变化

新功能

• 小改进makeTxDbFromEnsembl():现在可以调用这个函数缩写生物,例如“hsapiens”,除了“智人”。

弃用,已经

• 最后删除disjointExons()(在BioC弃用3.13和已经在BioC 3.15)。

错误修复

• 解决问题的顺序序列seqinfo (makeTxDbFromUCSC ())。看到提交e4381bc。

GenomicRanges

1.52.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 提高文档findOverlaps()的论点“minoverlap”:现在的手册页解释了findOverlaps()论点解释“minoverlap”当“查询”或“主题”是GRangesList对象。

GeoTcgaData

0.99.2版本的变化

• 使用SummarizedExperiment输入(2023-1-29,阳光)
• 修复的返回值differential_array(2022-10-8,坐)
• 修复基因长度错误countToTpm()和countToFpkm()(2022年_9_22,星期二)
• 修复一个缺陷在id_conversion(2022-8-27,坐)
• 修复一个缺陷在differential_RNA (useTopconfects = TRUE)(2022-8-12,冷杉)
• 添加函数methydifferential_ucsc和methydifferential_limma(2021-10-24,阳光)
• 更新hgnc_file数据(2021-10-24,阳光)
• 添加函数RNA-seq differential_RNA做差异分析数据(2021-7-20,星期二)
• 添加数据hgnc_file
• 更新功能:id_ava ()
• 添加功能:ann_merge (), countToFpkm (), countToTpm ()

ggtree

3.7.2章版本的变化

• ggtree()支持“dendro”对象(ggdendro: dendro_data()输出)(2023-03-02,清华)
• 更新theme_dendrogram()使用ggfun:: theme_noxaxis () (2022-11-21, Mon)

• 使用cli:: cli_alert_warning()而不是warning_wrap(2022-11-10,清华)

  3.7.1版本的变化

• 兼容ggplot2 v = 3.4.0 (2022-11-07, Mon)
• 允许设置选项(clade_align = TRUE)对齐geom_hilight()层和允许设置选项(clade_width_extend = 0.35)设置的宽度扩展(轴)量geom_hilight ()。这两个特性是专为ggtreeDendro: geom_rect_subtree()层(2022-11-06,阳光)

ggtreeDendro

1.1.3版本的变化

• autoplot“genoMatriXeR”和“multiLocalZScore”对象的方法(包括“regioneReloaded”中定义的包)(2023-02-11,坐)

• autoplot方法“ClusterExperiment”对象(2022-11-28,Mon)

  1.1.2版本的变化

• plot_wgcna(可视化)WGCNA系统树图(2022-11-06,阳光)
• 支持hkmeans factoextra包中定义的对象(2022-11-06,阳光)

• 设置默认选项对齐geom_rect_subtree()和调整宽度扩展。

  1.1.1版本的变化

• geom_rect_subtree层hilight子树(2022-11-03,清华)
• 支持bclust e1071对象(S3)输出::bclust ()
• 支持hdbscan对象

ggtreeExtra

1.9.2版本的变化

• 添加限制参数的轴。参数显示x轴的范围。温(2023-03-08)
• 使用cli取代警告或停止。(2022-11-24,清华)
• 使用rlang转移几何学参数。(2022-11-24,清华)
• 使用pwidth取代宽度仅当x有一个独特的价值与几何学= geom_tile和宽度没有提供。星期五(2022-11-25)——https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/11 # issuecomment - 873335702
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/12
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/25
• 添加信息展示如何调整颜色规模色彩审美时使用内部几何学= geom_boxplot等。(2022-12-01,清华)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues/551

  1.9.1版本的变化

• 检查进口cli避免警告,使用最新ggplot2(2022-11-08,星期二)

glmGamPoi

变化在1.11版本中(2023-01-03)

• 断变化:重命名“pseudobulk_sce”“pseudobulk”

• 添加一个新的小插图解释如何以及为什么pseudobulking单细胞数据分析是一个强大的概念

• Depcreate pseudobulk_by的论点“test_de”。使用“pseudobulk”函数。

• 添加一个新参数“max_lfc”还“test_de”来避免大日志褶皱低表达基因的变化。

• 支持rlang quosures对比论证的“test_de”

• 添加一个名为“事实”的helper函数简化了对比说明,对于复杂的实验设计

• 添加“use_assay”参数“glm_gp”

• 添加vctrs作为依赖项。复制的计划是必要的group_by的行为dplyr。

• 添加' size_factors =”比“模仿的行为DESeq2计算的规模因素

• 确保“ignore_degeneracy”参数是传播到“test_de”

GRaNIE

版本变化1.3.34 (2023-03-29)

修正

• 许多小的修正和其他小型改进用户体验由于同质化的使用系统的单元测试

  版本变化1.3.33 (2023-03-06)

新功能和装饰图案的更新

• 我们提供了两个新功能更新:

1. getGRNSummary(),总结了入库单对象并返回一个名为列表,可以用来比较不同入库单对象矿石容易彼此间,为例。
2. plotCorrelations()基础数据的散点图TF-peak, peak-gene或TF-gene对。这可能是有用的可视化特定TF-peak peak-gene TF-gene对调查基础数据和判断的合理性的连接。

• 装饰图案的更新方法

  版本变化1.3.31-1.3.32 (2023-03-06)

修正

• 各种小错误修正,意外地介绍了使用TF的最新变化。ID而不是TF.name列作为唯一的TF标识符

  版本变化1.3.26-1.3.30 (2023-03-06)

新功能和装饰图案的更新

• 添加了两个新的支持基因组:rn6 / rn7和德国马克的老鼠和果蝇果蝇基因组,分别
• 添加初步支持一个新的替代方法如何特遣部队和TFBS数据导入GRaNIE。我们现在另外提供一个更友好的方式通过直接使用JASPAR2022数据库成为可能。你不需要任何自定义文件为这种方法了!看到更多的细节装饰图案的包。

修正

• 固定一个回归bug addConnections_TF_peak peak.GC(列。类不存在。),是由于最近的GC引起的修改

  版本变化1.3.25 (2023-02-20)

新功能和装饰图案的更新

• 额外的重要装饰图案的更新方法
• 更新和澄清的工作流装饰图案
• 新QC情节plotDiagnosticPlots_TFPeaks(和间接在addConnections_TF_peak plotDiagnosticPlots = TRUE) 1页显示真正的总连接数和背景TF-peak链接计算并存储在入库单对象,分层TF-peak罗斯福和相关性。这是一个类似的情节为我们展示纸和帮助比较前景和背景。

改进

• 速度提升plotDiagnosticPlots_TFPeaks(或间接在addConnections_TF_peak plotDiagnosticPlots = TRUE)当plotAsPDF = FALSE

修正

• 修正了错误,只有发生在addConnections_TF_peak当使用useGCCorrection = TRUE

  版本变化1.3.24 (2023-02-20)

新功能和装饰图案的更新

• 重要的方法装饰图案的更新,帮助澄清方法的细节

  版本变化1.3.22-1.3.23 (2023-02-15)

微小的变化

• 小工作流描述更新

错误修复

• 我们被告知,新版本dplyr(1.1.0)改变了默认的行为函数if_else当涉及到零,导致一个错误。我们改变了实现适应现在避免dplyr: R ifelse: if_else并使用基地。

  版本变化1.3.18-1.3.21 (2023-02-07)

微小的变化

• 小插曲的更新和修复错误/改进的措辞

错误修复

• 由于从南加州大学影响GenomeInfoDb:: getChromInfoFromUCSC (“hg38”)(看到的更多细节),所需的最低版本的GenomeInfoDb 1.34.8必须增加。如果你有麻烦至少安装这个版本,我们建议更新到最新Bioconductor版本3.16或(不保证)使用以下行来手动安装最新版本直接从GitHub Bioconductor之外(不推荐):BiocManager::安装(“Bioconductor / GenomeInfoDb)”
• 小变化addData(),这样峰名称相同的id存储在对象的用户id峰值所对应的格式:开始:结束与所需的装备:起始-结束。filterData()否则不正确丢弃所有山峰由于ID不匹配造成的两种不同的格式。

• 固定一个罕见的极端例子filterGRNAndConnectGenes(),导致一个错误事先0 TF-peak连接时被发现

  版本变化1.3.17 (2023-01-26)

新功能

• 我们兴奋地宣布,我们添加了一个新的装饰图案为单细胞如何使用GRaNIE数据!我们计划定期更新新的信息。检查一下这里!

  版本变化1.3.16 (2023-01-24)

新功能

• 重大更新包细节装饰图案
• 重新审视和改进内部日志和对象的历史。当一个函数被称为现在添加到列表的名称,它允许多个实例的存储相同的功能。
• 新参数addData (): geneAnnotation_customHost指定一个自定义主机和重写默认和以前当检索基因注释的数据通过biomaRt硬编码的主机名。

• 函数getGRNConnections()现在也可以包括所有类型参数的各种额外的元数据和all.filtered不仅默认类型。

  版本变化1.3.15 (2023-01-20)

错误修复

• 固定一个错误出现在罕见的情况下当一个染色体的名字从峰值或RNA数据无法找到biomaRt GL000194.1等。山峰从染色体长度无法挽回现在自动丢弃。

• 重大的更新包细节装饰图案

  版本变化1.3.13-1.3.14 (2023-01-20)

新功能

• 函数plotDiagnosticPlots_peakGene()(也称为间接从addConnections_peak_gene()当设置plotDiagnosticPlots = TRUE)现在商店QC阴谋情节数据从第一页到入库单对象。它存储在GRN@stats peak_genes美元
• 结果表的列getGRNConnections()现在在R帮助详细解释,我们参考这个小插图和其他地方
• 各种重大的小插图更新

错误修复

• 优化的列名getGRNConnections()函数,它现在不返回重复的列特定情况下了
• 提高印刷的日志功能filterData()和addData ()
• loadExampleObject()函数进行了优化,现在应该强迫下载对象当请求一个例子。
• 包版本的存储在入库单对象现在正确地工作。

微小的变化

• 进一步清理代码的tidyselect版本1.2.0消除弃用警告的变化
• 默认为addConnections_peak_gene基因类型()和plotDiagnosticPlots_peakGene()均质和改变列表(c(“所有”),c (“protein_coding”))。之前,默认列表(c (“protein_coding”、“lincRNA”)),但现在我们决定这个分割成两个独立的列表:一旦所有基因无关的基因类型和一次只蛋白编码基因。和之前一样,lincRNA或其他基因类型当然仍然可以选择和选择。

• 各种微小的变化

  版本变化1.3.12 (2022-12-22)

错误修复

• 在plotCommunitiesEnrichment bug修复(),介绍了由于tidyselect 1.2.0变化

微小的变化

• 进一步清理代码的tidyselect版本1.2.0消除弃用警告的变化

  版本变化1.3.11 (2022-12-16)

重大变化

• 入库单例对象的默认URL loadExampleObject()必须改变由于IT基础设施的变化。现在新的稳定默认URL \ URL {https://git.embl.de/grp-zaugg/GRaNIE/-/raw/master/data/GRN.rds},在相同的Git存储库提供GRaNIE Bioconductor之外。

错误修复

• 修复bug引入由于tidyverse 1.2.0清洁相关代码

• 其他错误修复意外中引入前提交

  版本变化1.3.10 (2022-12-15)

错误修复

• 重新审视TADs进口,使代码更容易出错和固定TADs一些相关的bug。进口TADs现在又像以前一样工作。

微小的变化

• 代码清理的tidyselect版本1.2.0消除弃用警告的变化

新功能

• 新论点addConnections_peak_gene (): TADs_mergeOverlapping。看到R帮助更多的细节。

  版本的变化就开始(2022-12-14)

新功能

• 新论点addConnections_peak_gene (): shuffleRNACounts。看到R帮助更多的细节。

微小的变化

• 第一轮代码清理的tidyselect版本1.2.0消除弃用警告的变化

  版本变化1.3.4-1.3.8 (2022-12-06)

重大变化

• topGO包现在要求不再包和可选的。理由是标准的小插图应通过使用默认参数,运行,注释是默认本体所以topGO是必要的。尽管这仍然包从一个严格的工作流程可选的观点来看,我们觉得这是一个更好的方法,提高用户友好不需要安装另一个包中间的工作流。

微小的变化

• 在initializeGRN (), objectMetadata参数现在检查它是否只包含原子元素,则抛出一个错误,如果情况不是这样。这个列表是不应该包含实际数据,检查这可以防止不必要的打印(入库单)函数打印整个内容提供对象的元数据,从而打破原来的目的。

新功能

• addTFBS()有两个参数,使其更加灵活。现在,可以指定文件的名称通过论证translationTable使用转换表,这使得它比以前更灵活”translationTable.csv硬编码的名称。此外,现在可以指定列分隔符的文件通过translationTable_sep的论证
• 高峰重叠TFBS数据与容错,现在更没有错误的情况下,一些染色体或重叠群名称从TFBS床文件包含元素的大小不能在线检索。这是一些重叠群名称后缀诱饵,例如。如果找到这样的元素,抛出一个警告,他们将被忽略,因为他们通常不希望。
• 如果一个入库单对象包含0连接(e . .g,因为太严格过滤),后续函数以及打印函数现在给出一个更友好的警告/错误消息。

石墨

版本变化1.45.1 (2023-04-19)

• 更新所有路径数据。

杂环胺

1.8版本的变化

新功能

• (诉1.7.1上)实现project_title()和project_information()来检索摘要信息从项目id。

HDF5Array

1.28.0版本的变化

• 在这个版本没有变化。

HIBAG

1.34.1版本的变化

• 解决编译器警告:sprintf弃用

• 正确显示“64位”当运行在Windows上

HiCDOC

变化的1.1.1版(2022-11-30)

• 改变selfInteraction的计算(仅使用对角线)

• 检查距离正常化(消除偏见)

• 改变做作是selfInteractionRatio高隔间

HilbertCurve

1.29.1版本的变化

• 添加hc_which ()。

hipathia

版本变化2.99.0 (2022-12-01)

• 单添加参数。条款和走。hipathia条款,在这个函数计算功能活动。

• 添加函数DAcomp、DAtop DAsummary、DAoverview define_colors, plotVG DAreport。

• DAdata Modifyng对象的结构,通过创建对象,其中包括更多的信息比传统hipathia结果对象。这包括:

  • 活动值的节点、路径和选择功能
  • 额外的路径信息,构成了rowData SummarizedExperiments元素节点和功能

HPAanalyze

1.17版本的变化

• 1.17.0版本的变化
  • 起始猛击Bioconductor 3.18
• 1.17.1版本的变化
  • 内置数据更新到版本22.0。
• 1.17.2版本的变化
  • 更新HPA下载正确下载新版本22.0的数据。
  • 更新文档。

hpar

1.41版本的变化

1.41.1版本的变化

• 下降getHpa()函数并使用基本R或tidyverse(见小插图)。
• Repalce getHpa (type = "详细信息")browseHPA ()。
• 通过ExperimentHub服务数据。
• 21.1版本更新HPA < 2022-05-31 >星期二
• 添加新数据集:rnaConsensusTissue rnaHpaTissue、rnaGtexTissue rnaFantomTissue。
• 数据集rnaGeneTissue变得rnaGeneTissue21.0 21.1版本中不再可用

IFAA

0.99.8版本的变化

• 阶段1和阶段2中添加分区算法。

  0.99.4版本的变化

• 在第一阶段提高速度更新算法。

illuminaio

版本变化0.43.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.18 R (> = 4.4.0)。

  版本变化0.42.0 (2023-04-25)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.17 R(安装> = 4.3.0)。

  版本变化0.41.0 (2022-11-01)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前Bioconductor R-devel 3.17。

imcRtools

1.5.5版本的变化(2023-04-20)

• 错误修复:在角情况下,水平排列的因素testInteractions功能不匹配基准。

• 错误修复:testInteractions目前在细胞不下令分组级别

• 添加了一些功能,明确消息输出命令的形象

  1.5.4版本的变化(2023-04-04)

• 添加选项排列计数testInteractions归来

  1.5.3(2023-03-23)更正版本的变化

• left_join合并功能,安全措施所取代

  1.5.2版本的变化(2022-11-23)

• 错误修复minDistToCells:返回NA当所有细胞图像的属于一个补丁

  1.5.1版本的变化(2022-11-22)

• 修复轴。比率为1 plotSpatial功能和设置尺度=“固定”

immunoClust

1.31.12版本的变化

• 变化

  • 介绍单E M-steps

    1.31.8版本的变化

• 变化

  • 在plot.immunoClust错误修复

    1.31.5版本的变化

• 变化

  • 在meta.export错误修复

    1.31.3版本的变化

• 新功能

  • 介绍了与儿子/ ormalization meta-clustering

    1.31.2版本的变化

• 变化

  • 在meta.export错误修复functions

    1.31.1版本的变化

• 变化
  • 附加选项控制元的刺。SubClustering过程
  • 代码清理

infercnv

版本变化1.15.3 (2023-03-29)

• 现在使用的第一个颜色2条左边的观测的热图显示subclusters时已经计算并没有使用k_obs_groups(> 1)当cluster_by_groups = F。

• 增加出口infercnv subclusters add_to_seurat修对象和功能文件生成的。

• 添加write_phylo选项运行()和plot_cnv()来控制,如果一个文件系统树图与newick字符串是生成的。

• 完全转移subclustering信息运行时plot_per_group每个注释的对象利用subcluster显示颜色酒吧了。

• 解决“meanvar”sim_method hspike代当没有引用和一个观察注释只有一个细胞。

• 修复plot_subclusters()在使用一个对象处理cluster_by_groups = FALSE。

• 改变默认k_obs_groups plot_cnv 1而不是3中使用新的默认subclustering着色。

  1.15.2版本的变化(2023-03-08)

• “infercnv_subclusters”情节subclustering一步运行()显示subclusters现在控制自己的“inspect_subclusters”选项。

  1.15.1版本的变化(2023-02-24)

• 添加辅助方法plot_subclusters()情节subclusters作为注释更容易检查如果subclustering设置使用产生好结果,所以可以调整设置。

• 改变cluster_by_groups默认为True。

  版本变化1.14.2 (2023-03-08)

• 添加“infercnv_subclusters”情节subclustering一步()显示subclusters运行。可以禁用与现有no_plot论点。

  版本变化1.14.1 (2023-02-24)

• 每个染色体修复subclustering不仅使用的所有数据和去年注释组的数据没有异常值过滤由z_score(这总是发生在没有引用定义)。

• 应用/嗯subcluster共识预测对象直接启用每个染色体subclustering时,而不是只运行在写作之前三种输出和图。这使得infercnv_obj策划也包含相同的值。

• 默认情况下禁用每个染色体subclustering。选择仍然是可用的。

• 改变运行subclustering hspike避免问题与莱顿设置调优。现在只是把假的细胞是如何生成的结构。

• 莱顿分区解决顺序制成hclust /系统树图,以避免问题单(只要有非单例)。

• 修复选项infercnv对象存储在备份时不能正常更新更新改变的设置重新运行。

• 修复正常重启过了贝叶斯网络的一步,如果它已经运行,只有BayesMaxPNormal过滤器已经改变了。

完整的

0.99.0版本的变化

新功能

• 试点方案

用户可见的明显变化

• 试点方案

InteractiveComplexHeatmap

1.7.1上版本的变化

• row_names_max_width和column_names_max_height都是传递给sub-heatmaps。

感兴趣

1.24.0版本的变化

新功能

• strandSpecific是一个新的参数添加到兴趣()和interest.sequential ()。现在strand-aware表示感兴趣。所有的分析可以同时考虑运行(或忽略)的链特异性序列读取。

• referencePrepare可以创建引用(倒塌外显子),不忽略链信息。

用户可见的明显变化

• GenomicFiles::现在reduceByYield函数是用来代替BiocParallel:: bpiterat提高效率和可读性。这与分析相关的不同的校准数据是分布在sumarized并行核心和结果。

错误修复

• 兴趣()和和interest.sequential()结果的不同方法的研究结果矩阵修正。正确运行的分析使用多种方法和一个命令现在是可能的。

IRanges

2.34.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 改善AtomicList构造函数,当输入的错误处理太大了。

ISAnalytics

1.9.3版本的变化(2023-04-04)

增强和重构

• 包不再取决于magrittr
• 所有功能与数据相关联。表现在是完全可选的,将只在内部使用,如果包是可用的
• 几包从进口表明,函数将通知当请求额外的包是为特定的功能
• 所有已知的弃用或取代函数从其他包已经被删除或替换

补丁和更新

• 增加了一个新的标签“barcode_mux”available_tags ()
• 函数HSC_population_size_estimate()现在更好支持估计的计算不同组的细胞类型和组织在同一时间。表格输出现在包含一个额外的列“Timepoints_included”指定了估计包含多少时间点
• is_sharing()函数可以处理更好的限制情况下,由提供适当的包的选项是可用的(更好的性能)

不支持&打破改动

• 函数import_parallel_Vispa2Matrices_auto()和import_parallel_Vispa2Matrices_interactive()被正式废除,而且不会被导出了从下一个发布周期
• import_parallel_Vispa2Matrices()的参数模式不再接受互动作为一个有效的选项和交互模式被认为是现已倒闭,因为使用非常限制和有限的
• 不再争论association_file import_parallel_Vispa2Matrices()接受一个字符串代表一个路径。协会文件导入完全委托专门的功能。
• 函数threshold_filter()是不赞成的,因为它的使用是相当复杂的,而不是使用标准的过滤与dplyr或类似的工具

微小的变化

• default_af_transform()现在垫基于时间点的最大字符数+ 1的列

  1.9.2版本的变化(2023-01-26)

补丁和更新

• ifelse函数固定一个问题top_abund_tableGrob()——现在有用的函数有一个新的参数transform_by控制排序的列
• 更新后的引用文件
• 包DT被移动(可能暂时)进口- https://github.com/calabrialab/ISAnalytics/issues/2有关问题

• 固定其他拼写错误和次要的问题

  版本变化1.9.1 (2022-12-01)

• 固定所有tidyselect警告(内部使用. data美元选择上下文)
• 添加在gene_frequency_fisher bonferroni调整

iSEE

2.11.4版本的变化

• 2.11.2中引入修复bug。

  14版本的变化

• 使用标准语法包括空图标相关的地方。

  2.11.2版本的变化

• 可以隐藏“视觉参数”框。

  2.11.1版本的变化

• 增加工具提示。signif registerAppOptions()来调节有效数字的数量显示在工具提示中。

iSEEhub

1.1.1版本的变化

小更新

• 更新截图《天方夜谭》中。

iSEEu

1.11.2版本的变化

• 调整代码正确地解析和重命名KEGG路径标识符。

  1.11.1版本的变化

• 更新AggregatedDotPlot ggplot2进口。

IsoformSwitchAnalyzeR

2.01.14版本的变化

• 更新类型:小。

• 更新Bioconductor

  2.01.13版本的变化

• 更新类型:小。

• 固定的问题分析5 _utr_seq_similarity analyzeSwitchConsequences ()

• importRdata()更新更好地处理股东价值分析分析

• importRdata()被移除addIFmatrix参数更新为现在alwasy需要如果矩阵

• importRdata()是detectAndCorrectUnwantedEffects参数更新

• isoformSwitchTestDEXSeq更新不批正确的价值观,因为这是已经由importRdata完成

• 各种文档的更新

  2.01.12版本的变化

• 更新类型:小。

• 更新switchPlot()关闭拓扑绘制

• 更新importRdata()来更好地处理数据集没有复制

  2.01.11版本的变化

• 更新类型:小。

• importRdata()更新fasta进口来解决问题。

  2.01.10版本的变化

• 更新类型:小。

• 土星更新版本要求

• 更新importRdata()允许跳过incoperation股东价值分析分析。

• 相应地更新importRdata()的文档。

• 更新importRdata()更好地描述switchAnalyzeRlist创建的文档。

• 更新isoformSwitchTestSatuRn()更健壮的各种id类型。

  2.01.09版本的变化

• 更新类型:小。

• 还更新importRdata()来处理运行上海广电当有几个样品。

  2.01.08版本的变化

• 更新类型:小。

• 更新importRdata()使用更严格的筛选(受磨边机:filterByExpr())前股东价值分析。输出最终switchAnalyzeRlist不受影响(即未被过滤)。

• 更新importRdata()也发现许多股东价值分析时处理。

• 还更新importRdata()来处理运行上海广电当有几个样品。

  2.01.07版本的变化

• 更新类型:小。

• 固定在importRdata edgecase错误()

  2.01.06版本的变化

• 更新类型:小。

• 固定的错误isoformSwitchAnalysisPart2(),可能导致问题没有运行时拓扑分析。

• 引入了一个更好的错误消息analyzeORF ()。

  2.01.05版本的变化

• 更新类型:小。

• 更新switchPlotTranscript()消息英斯达的一个错误当plotTopology = TRUE但是同种型拓扑结构没有反馈补充道。

• 更详细的描述analyzeDeepTMHMM()和analyzeDeepLoc2()添加到装饰图案。

  2.01.04版本的变化

• 更新类型:小。

• 修复处理重复的水平

  2.01.03版本的变化

• 更新类型:小。

• 修复容纳dplyr更新

  2.01.02版本的变化

• 更新类型:小。

• 固定问题批量调整importRdata ()

  2.01.01版本的变化

• 更新类型:专业。

• createSwitchAnalyzeRlist()了。所有用户应该使用importRdata ()。

• importRdata()现在自动检测un-annoated协变量在数据通过上海广电包。

• importRdata()现在为协变量的自动纠正丰富和同种型分数(通过上海广电提供使用和发现的)。

• 因此所有批量修正functionallity isoformSwitchTestDEXSeq()函数删除。

• isoformSwitchTestSatuRn ()。这个测试使用土星开关识别工程非常好,更大的样本量。巨大的感谢珀斯吉利·让这个功能和拉请求!

• 因此次优isoformSwitchTestDRIMSeq函数已被移除。所有文档相应更新。

• IsoformSwitchAnalyzeR现在取决于R包pfamAnalyzeR分析包含域同形像。

• analyzeSignalP()更新与SignalP6支持导入的结果预测。

• analyzeDeepTMHMM()介绍了添加switchAnalyzeRList拓扑预测。

• analyzeDeepLoc2()介绍了添加switchAnalyzeRList的亚细胞定位预测。

• analyzeIUPred2A()测试结果文件从IUPred3和似乎工作。

• analyzeSwitchConsequences()更新预测新的基于上述新annoation后果。

• analyzeSwitchConsequences()的AaFracCutoff默认更新从0.5到0.8导致放宽差异被发现。

• extractSubCellShifts()介绍了使一个深入的分析亚细胞定位的变化由于同种型开关。

• 装饰图案更新推荐等产量曲线而不是爪长时间读取数据。

• analyzePFAM()更新进口信封(而非对齐)坐标作为目前被看好。在实践中这是一个局部的改变对于大多数领域。

• 示例数据被更新以反映新的annoation和后果,可以预测

• 各种代码的修正和改进

• 各种文档的改进

  1.99.16版本的变化

• 更新类型:小。

• 更新Bioconductor

烤肉串

1.33.2版本的变化

• 修复在src /烤肉串。h为了避免内存问题在32位架构

  1.33.1版本的变化

• 修复在几个帮助页面避免警告

  1.33.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.17重击

limma

3.56.0版本的变化

• 重命名readSampleInfoFromGEO () sampleInfoFromGEO ()。

• 添加新的参数p.value对于topGO()和topKEGG ()。

• 修复一个问题从KEGG路径名称不一致。由于改变KEGG网站上,路径名称从getGeneKEGGLinks()有“路径:”前缀但通路的名字从getKEGGPathwayNames ()。路径名称一致,getGeneKEGGLinks()删除“路径:”前缀。

• ebay现在()检查是否适合是一个列表对象之前进行其他测试。

• 修改轰。理查德·道金斯来specify that y-values in voom plot are sqrt residual standard deviations.

• 更新过时的url的帮助页面和用户指南。引用url转换为必须。

• 引用转换为使用新的bibentry()而不是citEntry ()。

喜鹊

0.99.10版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

水手

0.99.0版本的变化

Bug修复和改进:

• 提高调度速度mergePairs()通过移除S4方法分派所有参数x和半径。

• 修复bug在mergePairs()期间,所有对改变的模式转变。现在访问时保留原始双getPairClusters ()。

• 设置替换方法计数< - InteractionMatrix对象的访问器。有利于将DelayedMatrix转换为矩阵。

• 更新pixelsToMatrix保存元数据列,包括一些额外的测试。

• 添加plotMatrix()函数来绘制矩阵数据作为一个热图。有用的可视化DelayedMatrices pullHicMatrices()和aggHicMatrices ()。兼容plotgardener包。

• 允许plotMatrix接受na.color ()

• 错误修复在mergePairs(),允许列命名为“半径”和/或“方法”。

• 交换”binSize”和“文件”的论点顺序pullHicPixels pullHicMatrices

• 允许pullHicPixels覆盖现有的HDF5文件。

• 有效性检查和函数来访问/更新InteractionMatrix HDF5路径对象,即使这些路径已被破坏了。

• 添加临时plotBullseye函数。

• 选择函数矩阵的选择指数:

• selectCenterPixel
• selectRadius
• selectSubmatrix
• selectCoordinates
• selectBlock
• selectTopLeft
• selectTopRight
• selectBottomRight
• selectBottomLeft
• selectCorners
• selectRows
• selectCols
• selectInner

• selectOuter

• calcLoopEnrichment函数灵活计算浓缩的交互与当地背景。

• adjustEnrichment和plotEnrichment调整循环浓缩去除循环的影响大小在浓缩和可视化这个修正选择参数。

  0.2.0版本的变化

方法将高c像素矩阵从.hic文件和磁盘HDF5Array和DelayedArray存储它们。

概述的功能

新的或更新的功能:

• snapToBins ()

• “快照”范围GInteractions对象最近本的边界。允许跨越多个箱子。

• pullHicPixels()提取接触频率从.hic文件并返回一个InteractionMatrix对象包含一个矩阵的高c(行)和样品(列)的相互作用。

• 包括矩阵的计数()访问器。
• 自定义显示()方法。

• rbind()和cbind()方法。

• pullHicMatrices()提取子矩阵的联系频率从.hic文件并返回一个InteractionArray对象包含高c子矩阵的四维数组,rownames, colnames。

• 包括子矩阵的计数()访问器。
• 自定义显示()方法。

• rbind()和cbind()方法。

• pixelsToMatrices()接受GInteractions(即包含单个像素。,each range represents one binSize) and expands ranges such that there is a buffer of pixels around each range.

• changePixelRes()接受一个GInteractions对象包含感兴趣的像素和大小从分辨率/ binSize(如果它没有)。然后为每个交互和.hic数矩阵提取文件使用新的决议。数矩阵是由相互作用提供的aggFUN聚合和选择一个新的像素selectFUN提供。允许块处理大型数据集。返回的对象是一个GInteractions对象与更新的像素范围以及一列包含聚合最小/最大像素值。

• calcLoopEnrichment()将高c背景像素和计算浓缩返回DelayedMatrix浓缩成绩的交互行和列是高c文件。

• 访问器等GInteractions对象seqnames1 (), start1 (), end1 (), seqnames2 (), start2 (), end2 ()。

  0.1.0版本的变化

水手第一预发布功能集中在操纵,集群,合并配对互动。

概述的功能

• paired-range数据的转换与as_ginteractions GInteractions / makeGInteractionsFromDataFrame

• 功能操作与binPairs GInteractions和农庄组织对象,binRanges shiftRanges。

• 功能聚类和合并与mergePairs GInteractions对象的列表。

• 扩展GInteractions类MergedGInteractions, DelegatingGInteractions。

• MergedGInteractions访问器功能:

• aggPairMcols
• 聚集元数据列集群交互。
• getPairClusters
• 返回每个集群的互动交互。
• selectionMethod
• 方法选择对每个集群的互动。
• 来源
• 名单(或指标)作为输入用于集群和合并。
• subsetBySource
• 返回交互的每个源或来源的组合。

MassSpecWavelet

版本变化1.65.1 (2023-04-07)

• 修复打电话给()r - 4.3。感谢Steffen诺伊曼。关闭# 5

  版本变化1.64.1 (2023-01-30)

• 修复MassSpecWavelet.Rmd未定义的变量

mastR

0.99.9版本的变化

• 更新装饰图案BiocStyle包链接功能。

  0.99.8版本的变化

• 联系外部包使用BiocStyle函数在装饰图案,固定使用粘贴的注意条件。

  0.99.7版本的变化

• 提高测试覆盖率深度、修改演示装饰图案和更新显示包。

  0.99.6版本的变化

• 粘贴在信息()。

  0.99.5版本的变化

• R依赖更新,删除.Rhistory文件,所有通用功能转移到一个单独的文件“AllGenerics.R”。

  0.99.4版本的变化

• *删除。Rproj文件停止git跟踪。

  0.99.3版本的变化

• *补充道。Rproj .gitignore。

  0.99.2版本的变化

• non-emtpy返回值添加到文件,更新函数pca阴谋。

  0.99.1版本的变化

• 固定在R CMD检查。

  0.99.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

MatrixQCvis

版本变化1.7.7 (2023-04-20)

• 添加包statmod建议

  版本变化1.7.6 (2023-04-19)

• 建议添加包jpeg

  1.7.5的变化版本(2023-04-18)

• 调整测试错误消息

  1.7.4版本的变化(2023-01-26)

• 添加ExperimentHub和GEOquery名称空间

  1.7.3版本的变化(2023-01-23)

• 使用TCGA RNA-seq和细胞株蛋白质组学数据集从ExperimentHub装饰图案展示包的功能

  版本是1.7.2变化(2022-11-24)

• 取代aes_string aes因为aes_string弃用的最新ggplot2版本

  版本变化1.7.1上(2022-11-08)

• 更新包后调整单元测试中的错误

事

2.1.1版本的变化

错误修复

• 通过导入固定名称空间问题的矩阵:rowSums()”等。

  2.0.1版本变化(2022-11-16)

用户可见的明显变化

• 更新“用户指南”装饰图案

错误修复

• 固定结合向量和列表

• 固定缓慢matter_mat()构造函数对于大型#的原子

• BPPARAM不是通过固定错误”rowStats ()”/“colStats ()”

MBECS

1.3.1版本的变化

• 包括PLSDA算法。

• 在制品的数量需要调整的装饰图案和测试,应该工作。

mbQTL

版本变化0.99.6 (2023-03-30)

• 更改在装饰图案

  版本变化0.99.5 (2023-02-25)

• 基于错误Bioconductor所做的更改

  版本变化0.99.4 (2023-02-05)

• 基于错误Bioconductor所做的更改

  版本变化0.99.3 (2023-02-05)

• 基于Bioconductor的警告所做的更改

  版本变化0.99.2 (2023-02-05)

• 基于Bioconductor团队顾问所做的更改

  版本变化0.99.1 (2023-01-19)

• 纠正数据加载问题的例子

  版本变化0.99.0 (2023-01-15)

• 启动文件包和消息

MEB

1.13.1版本的变化

• 添加新函数scMEB ()。

metabCombiner

1.9.2版本的变化

• featdata重新命名为featdata

• 相关方法也更名为:
  • adductdata () - > adductdata ()
  • iddata () - > iddata ()
  • mzdata () - > mzdata ()
  • Qdata () - > Qdata ()
  • rtdata () - > rtdata ()
• 新方法combineData ():

  • 合并列combinedTable()和featData ()

    1.9.1版本的变化

• 改变metabData ():
  • 处理重大变化复制功能
  • 错误修复现有的重复过滤的代码
  • 重复的参数修改了接受一个参数列表
  • 行添加选项合并重复的特性
  • 过滤重复的特性或合并前missingness过滤器
  • 新的rowID列添加到metabData对象
• 新功能opts.duplicate ():
  • 列表默认参数复制功能处理metabData ()
  • 新的复制功能合并选项(选择。复制(解决=“合并”))
• 小改变evaluateParams ():
  • “分数”列更改为“totalScore”(清晰)

metabinR

版本变化1.2.0 (2023-04-21)

• 撞x.y。甚至y z版本之前创建RELEASE_3_17分支。

  改变版本1.1.0 (2022-11-01)

• 撞x.y。z版本创建RELEASE_3_16后奇怪的y分支。

MetaboAnnotation

1.3版本的变化

1.3.2变化

• 添加mzR建议包,以确保包可以建造的小插曲。bob彩票平台

1.3.1变化

• 小的变化在matchSpectra避免不必要的对象创建。
• 使用backendBpparam禁用并行处理matchSpectra如果后端不支持它。

MetCirc

版本变化1.29.2 (2023-04-18)

• 取代shinyCircos测试的错误消息

  版本变化1.29.1 (2022-11-23)

• 取代aes_string aes因为aes_string弃用的最新ggplot2版本

MetNet

版本变化1.17.1 (2022-11-23)

• 取代aes_string aes因为aes_string弃用的最新ggplot2版本

米娅

1.7版本的变化

• 弃用assay_name参数,assay.type所取代

• 删除abund_values论点

• makePhyloseqFromTreeSE:从多个rowTrees添加选项选择一个树

• 合并:匹配行构成了rowData。基于所有可用的分类水平数据

• 合并:修复bug相关同样命名变量,不同的类

• 合并:选择合并多个化验

• 从TreeSE calculateUnifrac:选项用于指定树

• transformCounts:利用素食包

• calculateUnifrac:基于数据子集树

• agglomerateByRank:考虑多个树

• loadFromBiom:构成了rowData基于前缀的名称列

• 反对transformSamples, *特性、relabundance ZTransform relAbundanceCounts

• 合并:快树合并

• 信仰的指数:修复缺陷发生时只有一个分类单元

miaViz

版本是1.7.2变化(2022-02-17)

• assay.type assay_name参数改变

  1.7版本的变化

• 固定plotGraph *爆发是由于依赖关系的变化

MicrobiotaProcess

1.11.5版本的变化

• 更新使用几何学ggdiffclade ggtree层。(2023-03-02)
• 更新mp_cal_dist支持存储之间的距离特性与action =“添加”。(2023-03-28)

• 解决特殊符号与mp_diff_analysis组名称。(2023-04-11)

  1.11.4版本的变化

• 更新mp_plot_diff_res和mp_plot_diff_boxplot支持想象丰富(不是相对丰度)。星期五(2022-12-02)
• 修复的尖端。标签和rownames化验的树中提供mp_import_dada2(2022-12-02,星期五)
• 微分特性时添加消息信息过滤mp_diff_analysis在第一次和第二次测试。(星期二,2022-12-06)

• 修复left_join的动态点问题。(2022-12-15,清华)

  1.11.3版本的变化

• 更新mp_plot_abundance兼容最新ggplot2。(星期二,2022-11-08)
• 添加mp_plot_diff_manhattan想象不同的结果与曼哈顿的阴谋。(我2022-11-21)

microSTASIS

版本变化0.99.0 (2022-09-25)

• 提交Bioconductor。以前在凹口。做了以下修改:

• 添加支持TreeSumarizedExperiment对象

• 改变从未来BiocParallel并行化

• 合并iterative_clustering()和stabilitas()到iterativeClustering ()

• 添加了一个包装器自动多个配对时间点pairedTimes()和iterativeClustering ()

• 分裂CV_results()到mSerrorCV()和mSlinesCV ()

• 添加循环而不是申请和通用编码实现

• 删除依赖于其他包

• 删除pre_radarPC()和radarPC ()

miQC

版本变化1.7.1上(2023-01-04)

• 增加了新的功能,get1DCutoff

mirTarRnaSeq

版本变化1.7.1上(2023-04-12)

• 固定的ubuntu错误

mistyR

1.7版本的变化的变化版本1.6.1

• 停止使用. data由于以来弃用tidyselect 1.2.0。
• 更新所需的最低版本相关的一些tidyverse包由于弃用功能。

MoleculeExperiment

版本变化0.99.5 (2023-04-17)

• 实现为Bioconductor提交审查反馈。

  版本变化0.99.0 (2023-03-30)

• 提交Bioconductor。

msa

1.31.7版本的变化

• 更改版本1.31.6撤销(修复没有工作在Mac OS)

• 更新ClustalW makefile,避免出现的问题与c++编译ClustalW 17:添加化c++ 14

  1.31.6版本的变化

• 更新ClustalW makefile,避免出现的问题与c++编译ClustalW 17:添加-D_HAS_AUTO_PTR_ETC = 1

  1.31.5版本的变化

• 更新的肌肉源代码,以避免出现的问题与c++编译肌肉17:重命名类型“字节”兆字节的

  版本的变化应用于

• src /肌肉/ subfams更新。cpp来避免冲突的定义一些Mac系统的无穷

  1.31.3版本的变化

• 更新后的配置。子和配置。猜ClustalW和ClustalOmega解决编译的源代码问题aarch64(感谢江Yikun贡献这解决!)

  1.31.2版本的变化

• msa()函数变化,这样它也适用如果包没有连接到工作区

  1.31.1版本的变化

• gc的更新

  1.31.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.17重击

MSA2dist

1.3.1版本的变化(2022-11-08)

重大变化

小的改进和错误修正

• 额外的基因编码成base.cpp

MsBackendMassbank

1.7版本的变化

1.7.4变化

• 添加backendBpparam MsBackendMassbankSql;并行处理的光谱MsBackendMassbankSql默默地将禁用并行处理。

1.7.3变化

• 添加对EAD参数的支持。

1.7.2变化

• 避免出口保留时间数据如果不是可用的。

1.7.1上的变化

• 从光谱运行完整的测试套件包验证MsBackend实现。

MsBackendMgf

1.7版本的变化

1.7.5的变化

• 从MGF文件支持进口女士水平。

1.7.4变化

• 修复bug在进口m / z值排序。

1.7.3变化

• 执行m / z值越来越有序而进口。

1.7.2变化

• 从光谱运行完整的单元测试套件包MsBackendMgf检查有效性。

1.7.1上的变化

• 使用压缩NumericList = FALSE。

1.7.0变化

• Bioconductor 3.17发展分支。

MsBackendMsp

1.3版本的变化

1.3.1变化

• 使用光谱的完整的单元测试套件包MsBackendMsp检查有效性。

MsBackendSql

0.99版本的变化

0.99.7变化

• 降低要求R版本4.2。

0.99.6变化

• 添加mzR可以建立适当的建议,以确保包小插曲。bob彩票平台

0.99.5变化

• 添加MsBackendOfflineSql贯通的后端数据库为每个查询。

0.99.4变化

• 添加backendBpparam方法确保MsBackendSql端并行处理是禁用的。

0.99.3变化

• 添加backendMerge方法。
• 添加参数数据backendInitialize允许创建一个新的MsBackendSql数据库和存储值数据。这使得使用光谱,setBackend MsBackendSql转换任何后端。
• 实现supportsSetBackend使setBackend,光谱,MsBackendSql。

0.99.2变化

• 评估的有效性MsBackendSql使用光谱的完整的单元测试套件包。

0.99.1变化

• 地址凯拉包审核评论。

0.99.0变化

• 准备提交Bioconductor包。

  0.98版本的变化

0.98.1变化

• 重命名MsqlBackend MsBackendSql。

0.98.0变化

• 添加装饰图案。

  0.1版本的变化

0.1.0变化

• 添加参数blob允许存储m / z和强度值作为数据库中的blob数据类型。MsBackendSql将使用不同的功能来从数据库中检索数据,这种类型的存储。

MsCoreUtils

1.11版本的变化

MsCoreUtils 1.11.6

• 修复bug在impute_MinDet(利润= 1)并添加单元测试。
• 检查加载包是可用的和命名空间添加stopifnot()当调用requireNamespace ()。

MsCoreUtils 1.11.5

• 添加函数马克西确定最大强度值。这个函数返回NA_real_代替无穷如果所有值丢失或者输入参数的长度为0。

MsCoreUtils 1.11.4

• 检查参数y越来越在本命令:# 108的问题。

MsCoreUtils 1.11.3

• 添加函数烟灰墨和强度值与正确的NA处理。

MsCoreUtils 1.11.2

• 重装之间用C(见问题# 105)。
• 使用符号来调用注册C方法更快的查找(看到公关# 106和写作R扩展:将一个包转换为使用登记)。
• 文档改进:明确提及impute_mle2()大中型企业的归责的段落。

MsCoreUtils 1.11.1

• 添加一个保证金参数(相关)归责功能支持(并使其显式)沿着维度(行或列)进行归责。
• 新impute_mle2()函数,它使用norm2(见问题# 100)。

MsCoreUtils 1.11.0

• 新Bioconductor 3.17(猛击)释放

MsDataHub

0.99版本的变化

MsDataHub 0.99.3

• 更新基于方案评审(见https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/2887 issuecomment - 1463655683)。

MsDataHub 0.99.2

• 解决make.names标题名称()宣称,他们将代表有效函数名后运行ExperimentHub:: createHubAccessors ()。
• 在装饰图案中执行块。

MsDataHub 0.99.1

• 运行createHubAccessors()当加载方案。

MsDataHub 0.99.0

• bob体育取款很慢包提交Biocoductor。

MsExperiment

1.1版本的变化

MsExperiment 1.1.4

• 修复和改善,MSnExperiment。
• 新otherData setter和getter函数。

MsExperiment 1.1.3

• 在单元测试解决问题。

MsExperiment 1.1.2

• 添加readMsExperiment函数(问题# 32)。

MsExperiment 1.1.1

• 使用S4Vectors:: findMatches linkSampleData这提高了性能,特别是对于大数据集。

MsExperiment 1.1.0

• Bioconductor 3.17版本(猛击)。

MSnbase

2.25版本的变化

MSnbase 2.25.2

• 在descendPeaks修复bug(见# 583)

MSnbase 2.25.1

• 解决远程mztab文件名。

MSnbase 2.25.0

• 新的重击(Bioc 3.17)

MsQuality

0.99版本的变化

版本变化0.99.9 (2023-04-18)

• 使在calculateMetricsFromSpectra并行处理。
• 将ticQuantileToQuantileLogRatio重命名为ticQuartileToQuartileLogRatio
• 将rtOverTicQuantile重命名为rtOverTicQuantiles
• 四分位数回归,而不是在precursorIntensityQuartiles分位数
• 添加mzR在描述说明

版本变化0.99.8 (2023-09-02)

• 调整的行为指标函数时光谱对象长度为0的,返回NA值而不是提高一个错误

版本变化0.99.7 (2023-06-02)

• 调整ticQuantileToQuantileLogRatio坚持Quameter计算

版本变化0.99.6 (2022-11-29):

• 扩展部分描述的描述
• 在描述中添加部分BugReports和URL
• 更新依赖4.2.0 R版本
• 转移在R / Lee2019-data源代码。R本月/ / Lee2019-data-source.R来源
• 使用partial_bundle减少文件大小绘制图形

版本变化0.99.5 (2022-10-12):

• 在装饰图案中添加部分替代软件
• 简化的装饰图案处理RPLC HILIC示例数据集和调整Lee2019-data。R相应地保持RPLC / HILIC dataOrigin槽的光谱信息对象

版本变化0.99.4 (2022-10-11):

• 在描述中添加缺少的逗号

版本变化0.99.3 (2022-10-11):

• 删除维护者字段描述
• 在装饰图案和README安装MsQuality添加指令。通过遥控器/ md BiocManager代替devtools

版本变化0.99.2 (2022-09-20):

• 创建分支msexperiment msexperiment对象的存储基础设施和功能
• 删除MsExperiment对象因为这是仍在BioC审查和仅仅依靠光谱对象
• 调整文档实现变化(MsExperiment删除)

版本变化0.99.1 (2021-11-23)

• 简化calculateMetricsFromSpectra:
• 该函数不不再匹配参数形式参数的度量函数
• 不会再结合参数的函数
• 附加参数不需要更长时间参数的参数列表,但逗号分隔参数给…
• 对所有指标…参数添加功能
• 调整小插图,帮助页面
• 重命名函数驼峰式大小写

版本变化0.99.0 (2021-09-10)

• 添加质量指标/功能(基于HUPO-mzQC指标):
• rtDuration (QC: 4000053),
• rtOverTICquantile (QC: 4000054),
• rtOverMsQuarters (rtOverMsQuarters),
• ticQuantileToQuantileLogRatio (QC: 4000057, QC: 4000058),
• numberSpectra (QC: 4000059, QC: 4000060),
• medianPrecursorMz (QC: 4000065),
• rtIQR (QC: 4000072),
• rtIQRrate (QC: 4000073),
• areaUnderTIC (QC: 4000077),
• areaUnderTICRTquantiles (QC: 4000078),
• extentIdentifiedPrecursorIntensity (QC: 4000125),
• medianTICRTIQR (QC: 4000130),
• medianTICofRTRange (QC: 4000132),
• mzAcquisitionRange (QC: 4000138),
• rtAcquisitionRange (QC: 4000139),
• precursorIntensityRange (QC: 4000144),
• precursorIntensityQuartiles (QC QC: 4000167, QC: 4000228: 4000233),
• precursorIntensityMean (QC QC: 4000168, QC: 4000229: 4000234),
• precursorIntensitySD (QC QC: 4000169, QC: 4000230: 4000235),
• msSignal10XChange (QC: 4000172, QC: 4000173),
• ratioCharge1over2 (QC: 4000174, QC: 4000179),
• ratioCharge3over2 (QC: 4000175, QC: 4000180),
• ratioCharge4over2 (QC: 4000176, QC: 4000181),
• meanCharge (QC: 4000177, QC: 4000182),
• medianCharge (QC: 4000178, QC: 4000183)
• .rt_order_spectra (helper函数)
• 添加函数calculateMetricsFromSpectra calculateMetricsFromMsExperiment计算指标基于光谱和MsExperiment对象
• 添加函数plotMetric plotMetric_tibble可视化指标
• 添加的应用程序shinyMsQuality交互式可视化指标

MSstatsConvert

1.9.1版本的变化

• 添加DIA-NN转换器。

MSstatsTMT

2.6.1变化(2023-02-26)

• 小改变:更新PhilosophertoMSstatsTMTFormat功能正常化

MultiAssayExperiment

1.26.0版本的变化

新功能

• showReplicated显示实际colnames试验和生物技术复制的单位。
• 括号替换方法(<——MultiAssayExperiment现在也取代了名字与右边的操作,如果任何(@DarioS # 319)

Bug修复和小改进

• 在单一试验替代[[< -,分析基于价值的重新排序输入无效当空化验(@danielinteractive # 322)。
• 名字的顺序排列化验也更新sampleMap MultiAssayExperiment和化验

MultimodalExperiment

0.99.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

MungeSumstats

1.7.18版本的变化

新功能

• 检查补充道,确保BP 1 -染色体使用引用染色体的长度。

  1.7.17版本的变化

新功能

• 额外的映射碱基对位置(BP)列补充道

  1.7.14版本的变化

错误修复

• 解决运用链文件检索所有工作环境

  1.7.13版本的变化

错误修复

• write_sumstats:
• 修复索引问题由于不完整的基因组坐标排序:https://github.com/neurogenomics/MungeSumstats/issues/117
• 添加默认ref_genome NULL。
• 检查ref_genome(只有在其使用条件)。
• sort_coord:
• 从sort_coordinates更名为r文件来匹配当前函数的名字。
• 添加多个sort_methods,包括改善/更健壮的数据。table-native方法。
• 在test-index_tabular.R添加专用的单元测试。
• 新的辅助函数:check_numeric:
• 确保相关sumstats关口是数字。
• 添加内部:sort_coord read_header
• rworkflows.yml:
• 省略窗户跑。
• 打开run_biocheck
• to_GRanges。R / to_VRanges.R:
• 重命名文件来匹配当前函数的名字。
• 删除额外extdata文件(我认为这些是由事故):
• ALSvcf.vcf.bgz
• ALSvcf.vcf.bgz.bgz
• ALSvcf.vcf.bgz.bgz.tbi
• ALSvcf.vcf.bgz.tbi
• ALSvcf.vcf.gz
• 删除.DS_Store文件。
• 不检查重复与Indels基于RS ID,先删除这些。

新功能

• 实现rworkflows。
• 删除旧Dockerfile(不再需要)和工作流yaml。

• 添加drop_indels参数用户可以决定删除从sumstats indels。

  1.7.12版本的变化

错误修复

• 下载文件使用sed - e而不是sed - r作为其兼容mac sed - r的问题

新功能

• 对单个列对应情况,英国石油(BP), A1和A2。默认订单已更新装备:英国石油公司:A1, A2与SPDI对齐格式。如果你的格式不同和海量存储系统(MSS)中不接,更新列名称正确格式例如装备:英国石油公司:A2: A1

  1.7.11版本的变化

新功能

• 更新到SNP列是由四个科,英国石油(BP), A1, A2。现在,如果A1和A2也是一个单独的列中,这些将被用来推断出订单。

  1.7.10版本的变化

错误修复

• 进一步解决乳胶问题时呈现PDF的例子。

  1.7.9版本的变化

错误修复

• 修复乳胶问题时呈现PDF的例子。

  1.7.3版本的变化

错误修复

• 解决离线运行和访问链文件从1.7.2。

  版本是1.7.2变化

新功能

• 新链文件用于起重基因组构建从运用现在已经补充道。这些将被设置为默认链文件代替UCSC的由于授权问题。选择使用UCSC的文件依然存在,但文件将不会被存储在包本身,他们将被下载使用。

  1.7.1上版本的变化

新功能

• 的使用在format_sumstats log_folder参数()已更新。它仍然是指向的目录用于MungeSumstats消息的日志文件和日志存储。和默认的仍然是一个临时目录中。然而,现在的日志文件的名称(日志消息和日志输出)是一样的文件中指定的名称与扩展的_log_msg save_path参数。txt”和“_log_output。txt的分别。

马斯喀特

1.12.1版本的变化

• 固定的各种小插曲拼写错误

• 内部修复跟上“ggplot2”&“dplyr”更新

• 错误修复的simd计算意味着当一组失踪

• 错误修复的resDS直到测试的cpm / frq = TRUE”

mzR

2.33.1版本的变化

• 解决办法:更新一个新的PSI-MS鄂博例如ZenoTOF简历项关闭# 278

NanoMethViz

2.6.0版本的变化

• 添加初步modbam文件支持。
• 改变地毯情节出现在其他几何学。这有助于与甲基化时能见度数据值接近于0。
• 热图α从0.5改为1,线条宽度从1.0到1.2,线的颜色从黑色到darkgrey。
• 改变轴限制土地使用coord_cartesian代替scale_x_continuous控制。情节现在应该准确地表示数据的边界。

NanoStringNCTools

版本变化1.7.1上(2022-01-25)

• 更新的参数添加ggiraph调用

纳米管

1.5.1版本的变化

• 我们发表在生物信息学!引用文件更新。

ndexr

1.21.1版本的变化

• 更新:使用RCX包处理网络。

• 所有功能的旧RCX实现从这个包删除

netZooR

1.3.2版本的变化

• R蜘蛛的实现
• R的实现龙
• 标题论点pandaPy

ngsReports

2.1.5版本的变化

• 添加处理fastp FastpData和FastpDataList类报告

  2.1.4版本的变化

• 添加umi_tools dedup importNgsLogs

  2.1.3版本的变化

• 在导入错误修复duplicationMetrics

nullranges

1.5.19版本的变化

• 删除speedglm依赖,因为它被撤凹口(2023年4月)。

oncoscanR

1.1.0版本的变化

• 为了简化工作流程,病人的性别不再考虑。意味着男性样本,获得X或Y染色体上的3个额外的副本被认为是获得,而不是一个放大了。女性样本,没有什么变化。
• oncoscan覆盖率只有被修正以反映地区的调查。孤立的探测器,导致问题识别arm-level改变底盘部分,没有扩展到这些探针和90%的门槛可能永远不会得到满足(尤其是染色体臂上9 p和Yq)。
• 微小的修改在装饰图案

OncoSimulR

4.1.4版本的变化(2023-03-08)

• 更新exprTk(由于将请求从乔Partow)。

  4.1.3版本的变化(2023-02-20)

• 不需要指定CXX_STD = CXX14 R-4.1.0以来(默认)。

  4.1.2版本的变化(2023-02-20)

• 名称空间:不要.rbind.data进口。从数据表(不再出口。表1.14.8和不需要与R > = 4.0.0)。

  变化在4.1版本中(2022-11-24)

• 更快,更清洁,更好的干预试验。

OrganismDbi

1.41.1版本的变化

修改

• (诉1.41.1)OrganismDbi进行转换。Rnw, OrganismDbi.Rmd

orthogene

1.5.2版本的变化

新功能

• 删除不必要的建议
• map_species
• get_all_orgs:当物种=零,现在返回一个额外的列称为“scientific_name_formatted”。
• format_species_name:新args remove_parentheses remove_subspecies remove_subspecies_exceptions
• report_orthologs
• 使更有效率只有查询ref_genes一次。
• 增加了新的内部func report_orthologs_i而不是递归使这一切变得更简单。
• 确保地图和报告得到rbound分别根据return_report参数并返回。
• format_species
• 以前叫format_species_name导出功能。
• all_species:
• 新的导出函数
• 最初版本的实现EWCE: list_species,但决定延长和出口。
• get_silhouettes
• 以前是内部func: gather_images。
• 现在一个导出的函数。
• plot_orthotree
• “无脊椎动物”添加到默认的演化支
• 更新README展示更多的功能。

错误修复

• drop_non121
• 新的参数symbol_only只考虑基因符号(不是合奏IDs)当识别非- 121直接同源。
• 这个做大的区别在1:1直接同源的数量得到了!
• gather_images
• 更新使用新发布的rphylopic 1.0.0它使用新的phylopic API。
• 添加另一个tryCatch SVG时可用,但不是png。
• is_human
• 添加“9606”和“现代人”物种ID的列表选项。
• all_genes_babelgene
• 不过滤,支持人类物种时,总是会因为这列NA对人类因为它是无关紧要的。
• 修复单元测试:
• report_orthologs
• dMcast

• 修复数据:通过- >数据::na.pass。在Linux上的古怪,只有一个问题。基地R变化基本函数名了吗?

  1.5.1版本的变化

新功能

• 撞到1.5.1 Bioc猛击3.17
• 合并上游重击。
• 现在使用rworkflows GHA。
• 删除Dockerfile
• 主机orthogene Zenodo数据资源:
• https://doi.org/10.5281/zenodo.7315418
• 升级TimeTree发展史到php v5 (2022):
• 50 k +物种- > 137 k +物种!

• 取代dplyr:: % > %使用

  >

• 添加引用文件

错误修复

• prepare_tree:
• 忽略物种名称情况和修剪树”“当过滤。
• map_species:
• 添加trimws一步删除侧翼“”或“”。

先驱者

1.16.1版本的变化

• 添加选项限制罗斯福校正集感兴趣的基因

• 添加opttion检索结果基于这些罗斯福值的基因子集

OutSplice

版本变化0.99.9 (2023-04-17)

• 固定的问题当分配基因id

  版本变化0.99.8 (2023-04-11)

• 固定的错误发生时没有明显的异常值

  版本变化0.99.7 (2023-04-07)

• 增值部分,概述手册页

  版本变化0.99.6 (2023-04-06)

• 添加specificy行名称列选项

• 除了节省输出文件返回函数输出

  版本变化0.99.5 (2023-03-29)

• 为构建报告正确的包

  版本变化0.99.4 (2023-03-29)

• 纠正错误与BiocGenerics导出功能

  版本变化0.99.3 (2023-03-28)

• 增加BiocGenerics描述和导入语句

  版本变化0.99.2 (2023-03-22)

• 许多更改地址在审查过程中所作出的评论

  版本变化0.99.1 (2023-02-27)

• 固定Bioc-devel邮件列表注册和添加包看标签

  版本变化0.99.0 (2023-01-06)

• 提交给Bioconductor

pairedGSEA

0.99.6版本的变化

• 提高测试覆盖率和深度
• 从data.table DataFrame强迫paired_ora输出

• 附加值字段数据手册页

  0.99.5版本的变化

• 删除non-exported手册页

  0.99.4版本的变化

• 删除filter_gene_sets选项,因为它是固有的fgsea::奥拉
• 添加测试深度和覆盖paired_diff和paired_ora

• 固定的错误的存储位置拼接中间结果

  0.99.3版本的变化

• 重写代码库删除tidyverse依赖性
• 添加代码\{…}和{…}\联系在适当的文档
• 添加输入参数检查
• 从aggregate_pvalue降低冗余输入参数
• 模块化paired_ora和plot_ora
• 添加filter_gene_sets参数来帮助用户减少基因集的偏见
• 增加测试覆盖率和深度

• 移动数据脚本本月/脚本

  0.99.2版本的变化

• 实现limma替代分析方法
• 增加测试覆盖率显著

• 删除使用废弃purrr::当

  0.99.1版本的变化

• 更新装饰图案与短款pairedGSEA的动机。

• 命名空间包含所有进口包更新。建议包被添加在notes中。

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

peakPantheR

版本变化1.13.21 (2023-03-28)

• 为下一个Bioc版本更新

  版本变化1.13.1 (2022-12-11)

• 错误修复:plotHistogram变化的警告消息

• 错误修复:peakPantheR_plotPeakwidth问题由于ggplot2行为变化日期轴

• 折旧警告ggplot2. .密度. .来after_stat ()

pfamAnalyzeR

版本变化0.99.7 (2023-04-18)

• 添加许可证

  版本变化0.99.6 (2023-04-13)

• 更新BioConductor审查

  版本变化0.99.5 (2023-04-13)

• 更新BioConductor审查

  版本变化0.99.4 (2023-04-13)

• 更新BioConductor审查

• 主要用户相关是一个扩展的装饰图案

  版本变化0.99.3 (2023-03-15)

• Redbuild文档

  版本变化0.99.2 (2023-03-15)

• 更新augment_pfam()使用信封量

• augment_pfam()的更新文档

  版本变化0.99.1 (2023-03-15)

• 固定问题annoation

  版本变化0.99.0 (2023-02-14)

• 版本撞Bioconductor

• 更好的描述

  版本变化0.1.0 (2022-08-12)

• 方案介绍

phantasus

1.19.3版本的变化

• 闪亮的GAM - >闪亮的GATOM

PharmacoGx

3.3.2版本的变化

• Bioconductor构建系统调试出现的问题

  3.3.1版本的变化

• 增加了新的装饰图案记录支持药物组合造型新药物组合PharmacoGx > = 3.0中新增的特性

phenomis

1.1.2版本的变化

• 小文档更新

PhosR

1.9.1版本的变化

• 错误修复

PhyloProfile

1.14.0版本的变化

• 选择上传排序分类列表

  1.12.6版本的变化

• 固定的错误订购基因IDs当使用类别

  1.12.5版本的变化

• 固定错误多个条目一个(超级)分类单元的ID

  1.12.4版本的变化

• 固定的错误下载数据

  1.12.3版本的变化

• 固定的错误不显示定制的概要文件

  1.12.1版本的变化

• 添加的数量在每个supertaxon co-orthologs和类群的数量

• 取代interpro包含链接的url

Pigengene

版本变化1.25.16 (2023-03-22)

现有功能的变化

• 常数基因现在忽略在compute.pigengene (doWgcna = FALSE,…)函数,以防止一个运行时错误。

  版本变化1.25.12 (2023-03-02)

现有功能的变化

• 默认值改变的基因。映射(leaveNA = FALSE,…)。

  版本变化1.25.10 (2023-01-04)

现有功能的变化

• doWgcna选项添加到计算。pigengene函数。

  版本变化1.25.4 (2022-12-01)

现有功能的变化

• get.enriched。pw函数添加基因符号在excel文件。

planttfhunter

0.99.2版本的变化

变化

• 小的改变建议由Bioconductor评论家。

  0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

plotgardener

1.5.3版本的变化

错误修复

• 固定的页面视图解析相关的bug修复安装R版本4.3.0更新。

  1.5.2版本的变化

错误修复

• annoPixels检测和注释的所有像素plotHicRectangle情节。

  1.5.1版本的变化

错误修复

• yscales plotHicRectangle和plotHicTriangle反映高c垃圾箱的距离。

  版本1.5.0的变化

版本撞Bioconductor 3.16版本。

PoDCall

版本变化1.7.1上(2023-04-04)

• 建议用户更改参考ch 2当没有阈值

podkat

1.31.1版本的变化

• 改变参数在qqplot()方法兼容新版本的标准函数在“统计”包(添加虚拟参数避免错误)

• 细小的帮助页面

  1.31.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.17重击

聚酯

1.99.3版本的变化

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

  1.99.2版本的变化

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

pRoloc

1.39版本的变化

1.39.1版本的变化

• 更新学习装饰图案转移到使用hpar 1.41。

1.39.0版本的变化

• 新的重击版本(Bioc 3.17)

pRolocGUI

2.9.0版本的变化

2.9.0版本的变化

• Bioc 3.17新版本

2.9.1版本的变化

• 修正错误表选择探索和应用进行比较
• 解决透明度滑块在探索应用程序

protGear

版本变化1.3.32 (2022-12-11)

• 删除kableExtra由于构建错误

• 添加sampleID文件

  1.3.0版本版本的变化(2022-11-15)

• 更新的应用程序加载
• launch_protGear_interactive添加缺失的路径

PSMatch

1.3版本的变化

PSMatch 1.3.3

• 新的罗斯福变量(默认是总是NA_character_现在),它定义了频谱罗斯福(或任何类似/相关的指标,可用于过滤-见下一项)。
• 新filterPsmFdr()函数,用于过滤基于罗斯福变量。

PSMatch 1.3.2

• 特殊矩阵:rowSums()来修复错误的例子。

PSMatch 1.3.1

• 修正输入装饰图案。

QFeatures

1.9版本的变化

QFeatures 1.9.4

• 新dropEmptyAssays()函数(参见问题# 184)。

1.9.3 QFeatures

• 小挖出装饰图案和README。

QFeatures 1.9.2

• 专长:filterFeatures()现在允许选择化验过滤(我的观点)
• 专长:aggregateFeatures()现在可以采取多种化验
• 专长:嫁祸于()现在可以采取多种化验
• 专长:处理功能(规范化、scaleTransform logTransform,扫描)现在可以采取多种化验
• 重构:避免validObject()在可能的情况下

• 使用	>而不是% > %。

QFeatures 1.9.1

• 修正:在selectRowData解决的问题()

QFeatures 1.9.0

• 新Bioconductor 3.17(猛击)释放

qsea

1.25.1版本的变化

• 修正:
  • 固定问题R4.3(“不能xtfrm数据帧”)
  • 固定的文档
  • 更新描述文件

qsmooth

1.15.1版本的变化(2022-11-04)

• 删除,取而代之的是GPL-3 CC 4.0许可证

QuasR

1.40.0版本的变化

用户可见的变化

• 计数bam与坐标对齐,但国旗未映射的映射(如由hisat2),所以qCount, qQCReport和alignmentStats是一致的

RaggedExperiment

1.24.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 在单元测试中使用完整的参数名称。
• 调用colSums MatrixGenerics的单元测试。

Rarr

0.99.9版本的变化

• 响应它初始包审查(谢谢@Kayla-Morrell)
• 提供手动页面示例use_ *压缩过滤器的功能。
• 添加细节的示例数据在本月/ extdata / zarr_examples被创建。

• 通用代码整理

  0.99.8版本的变化

• 补丁压缩库删除R CMD检查警告C函数可能崩溃或写其他的东西比R控制台。在Linux中只有工作。

  0.99.7版本的变化

• 允许读写块用GZIP压缩。

• 压缩级别参数添加到几个压缩工具。

  0.99.6版本的变化

• 让阅读和写作没有压缩的块。
• 使写作LZ4压缩。
• 修复bug在blosc压缩比必要的可能导致更大的块。

• 时提高索引的速度将块组合成最终的输出数组。

  0.99.5版本的变化

• 固定的错误当指定嵌套块,块无法写,除非已经存在的目录。

  0.99.4版本的变化

• 写块阵列边缘重叠时,即使是未定义的过剩地区应该写入磁盘。

  0.99.3版本的变化

• 允许创建Zarr时选择列和行排序数组

  0.99.2版本的变化

• 抓虫子当块文件包含数组范围之外的值。

• 添加通过BBS识别手册页的问题

  0.99.1版本的变化

• 从aws开关。s3爪子。存储在S3数据检索。

  0.99.0版本的变化

• 初始Bioconductor提交。

  版本0.0.1的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

rawrr

版本变化1.7.12 (2023-03-17)

• 取代rtinseconds的开始时间(分钟)提供的TFS大会# 60。

  1.7.4版本的变化(2023-03-01)

• 添加rawrr:: readTrailer。

Rbwa

1.3.1版本的变化

• 现在支持Linux ARM64。

Rcollectl

首次提交

• 这个包可以帮助衡量CPU /网络/存储消费的一系列R命令。

RCy3

2.20.0版本的变化

• 添加一个延迟mergeNetworks方法
  • 等待Cytoscape完成添加注释列到网络表
• 缺陷修正:
  • 省略号在createNetworkFromDataFrames args, # 195
  • setNodeColorBypass:十六进制颜色列表,# 188

ReactomeGSA

版本变化1.13.1 (2023-04-13)

• 在“plot_heatmap”固定的文档不匹配

解决

1.2.0版本的变化

• 主要的代码重构。

• 包在Bioconductor发布3.17。

改造

版本变化0.99.0 (2023-03-05)

• 提交给Bioconductor

ReUseData

0.99.23版本的变化

• ReUseData帮助创建数据食谱可再生的数据处理,任何必要的命令行工具管理使用conda和码头工人。

• ReUseData预先构建的数据数据下载菜谱/管理常见的生物医学数据资源。

• ReUseData支持云下载预生成的策划数据。

• ReUseData配方着陆页面(https://rcwl.org/dataRecipes/)有完整的注释和说明。

rgoslin

在版本1.4.0变化

请注意,这个Bioconductor版本是基于Goslin 2.0.0版本。看到Goslin库和Goslin c++库的更多细节。

BioConductor 3.17 - 1.4.0的变化

改进

• 鞘糖脂和碳水化合物的改进处理
• 改善headgroup鞘糖脂的正常化。
• PMeOH补充道。
• 添加TG-EST (estolide) Estolides [GL0305]。
• 增加了更多的甾醇变体。

错误修复

• 固定的分类SB1a Sulfoglycosphingolipids(硫苷脂)[SP0602]。
• 固定的分类SHex2Cer Sulfoglycosphingolipids(硫苷脂)[SP0602]。
• 固定SMGDG分类Glycosylalkylacylglycerols GL0502,同义词seminolipid补充道。
• 固定的分类SQDG类[GL0501]。
• 固定的固醇类分类。

BioConductor 3.16 - 1.2.0的变化

• 不值得注意的变化。

BioConductor 3.15 - 1.0.0的变化

改进

• 减少内存消耗。
• 添加“切”的缩写。
• 添加FG hydroperoxy中介命名法,改进的介质。
• 增加了更多的鞘氨醇,sphinganine同义词。
• 增加了更多的醚方言LipidMaps语法。
• 改进了对SP的处理没有明确的描述哦。
• 添加Sa所以支持。
• 更新旧的SP的捷径。
• 增加胆汁胆固醇酯的简称。
• Windows的修改和改进。
• 列的元素添加到功能组列表和类。
• 添加“无疑”。
• 添加功能组butylperoxy - >嘘。

错误修复

• 固定的脂质处理地图SP符号。
• 固定时关键缺陷分析脂质地图的名字。
• 固定的隐式羟基数。
• 固定宏碁规则物种水平。
• 固定lcb LipidMaps语法规则。
• 固定S1P和Sa1P处理。
• 固定神经节甘脂Goslin语法。
• 固定的假期间FAs排序正确的处理。
• 固定段错误FA解析器事件处理程序。

0.99.1变化

• 列名在返回的数据帧解析*方法现在使用列名用点代替空间。这使它更容易使用列名非上市R在其他表达式。
• 现在所有解析*方法返回数据帧。
• 列的消息被添加到捕获消息解析器。如果解析成功,这将包含NA和规范化。名字将包含标准化的脂质速记的名字。
• 解析器实现已经更新,以反映最新的脂质速记术语的变化。请参阅Goslin存储库获取详情。
• 异常的c++库的一部分被警告在r .但是,如果你解析多个脂类名称,不会停止解析过程异常。

rGREAT

2.1.9版本的变化

• 添加getKEGGGenome ()

  2.1.8版本的变化

• 添加getGenomeDateFromNCBI ()

  2.1.4版本的变化

• 在线大:输入区域的名称。

• 基于区域坐标(或从零开始的)调整getRegionGeneAssociations ()。

rhdf5

2.44.0版本的变化

变化

• h5closeAll()现在接受对象作为参数,允许关闭一组HDF5标识符。

• 函数H5Teunum_create()和H5Tenum_insert包括()。

• 现在h5set_extent()将测试数据集是否分块,如果不通知用户。它使用新功能H5Dis_chunked ()。

• 函数H5Pset_filter()现在暴露给用户。

错误修复

• 修改常量H5S_UNLIMITED如何被传递到HDF5库。前面的策略是不工作ARM64架构,和导致故障时试图改变数据集的大小。

• 解决问题当在R-to-C索引被报告失踪过滤器应用两次,导致了信息:“idx的论点是过滤器的范围外设置这个属性列表”

rhdf5filters

1.12.0版本的变化

用户可见的变化

• 压缩库更新:
• lz4: 1.9.2 1.9.4
• 添加独立Zstandard过滤器。现在Zstandard 1.5.5的分布式版本。
• 添加了VBZ过滤器。

错误修复

• 确保ranlib应用于lzf库编译后。这对一些系统导致连接失败。(感谢Sergey Fedorov报告https://github.com/grimbough/rhdf5filters/pull/18)

Rhdf5lib

1.22版本的变化

用户可见的变化

• 删除预编译库为32位Windows这个平台不再是由R。

Rhtslib

version 2.2.0变化

• 在这个版本没有显著变化。

ribosomeProfilingQC

1.11.1版本的变化

• 添加优先级参数readsDistribution

rifiComparative

0.99.5版本的变化

• 更新消息文件

• 使用的蜱虫在变量小插曲

• 删除细节。例如“违约”文档

  0.99.4版本的变化

• 修复错误而构建方案

  0.99.3版本的变化

• 提高导入文件指示soem包使用的功能

• 使rifiComparative documenation可以通过使用“? rifiComparative”

• 改善一些命名文件如装饰图案

  0.99.2版本的变化

• 抑制不必要的评论

• bug的画像被纠正

• 几个拼写错误纠正

  0.99.1版本的变化

• 显著改变文档使其更容易阅读。

• bug的画像被纠正

• 抑制警告可视化

• 几个拼写错误纠正

RnBeads

2.17.1版本的变化

• 暂时删除高兴依赖和CNV的功能

  2.17.0版本的变化

• 固定在微分可变性分析错误

腐烂

1.27.1版本的变化

• 增加了对生存分析的支持

rpx

2.7版本的变化

rpx第2.7.4

• 默认的缓存中删除条目之前运行单元测试。这就确保了实例matche任何更新的类定义。

rpx 2.7.3

• 新px_file_types()和file_types()函数来推断质谱和蛋白质组学基于他们的扩展文件类型。
• 新的pxSubmissionDate()和pxPublicationDate()访问器功能。

rpx 2.7.2

• 弃用警告:PXDataset类/方法和PXDataset1()构造函数。

rpx 2.7.1

• 骄傲不依赖于项目的自述。txt文件了,因为它已经被中断(见问题# 21)。列出的项目文件现在从远程ftp目录。

rrvgo

1.10.1版本的变化

• 添加引用缩微出版生物学

Rsamtools

2.16版本的变化

新功能

• (v 2.15.1) sortBam()获得支持排序通过标签(byTag)和使用多个线程(nThreads)。(见https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues/46。;kriemo)

RTCGAToolbox

2.30.0版本的变化

新功能

• 包括miRNASeqGeneType和RNAseq2Norm输入附加选项,看到了什么? getFirehoseData。
• 功能getCNGECorrelation、getDiffExpressedGenes getSurvival已经不复存在,从包中删除(见?“RTCGAToolbox-defunct”)。
• getFirehoseData RNAseq2Norm参数允许额外的选项:“RSEM_normalized_log2”、“raw_counts”、“scaled_estimate”“预处理”在消防带包。“normalized_counts”违约仍然存在。

Bug修复和小改进

• getFirehoseData miRNASeqGene参数一起使用时被下载阅读项数据而不是RPM。这是固定的miRNASeqGeneType论点。“read_count”和“cross-mapped”数据仍然可用,但是必须在miRNASeqGeneType进入明确。

S4Arrays

1.0.0版本的变化

• 第一个版本的包准备普遍使用。

S4Vectors

0.38.0版本的变化

用户可见的明显变化

• RleTricks插曲从Rnw转化成了限制型心肌病(由于水苍玉Kanali和Jen Wokaty这种转换)。

错误修复

• 改善与S3-typed支持DFrame对象的列(提交3 b83d5f)。

• 修复bug在内部辅助bindROWS2()(提交05 cfd3c)。

SAIGEgds

2.0.0版本的变化

新功能

• 新功能使用稀疏的遗传关系矩阵广义线性混合模型(GLMMs)根据SAIGE-GENE纸(周et al ., 2020)

• “克新观点。垫在seqFitNullGLMM_SPA ():稠密或稀疏的遗传关系矩阵(GRM)可以通过指定“grm.mat”

• MAC类别为多个方差比率seqFitNullGLMM_SPA (),seqAssocGLMM_SPA (),为罕见变异而设计的

• 新功能seqAssocGLMM_SKAT ()纸牌游戏的聚合方法

• 新功能seqAssocGLMM_ACAT_O ()的纸牌游戏聚合方法包括完整的ACAT-O测试

• 快seqSAIGE_LoadPval ()当合并多个输入文件

  1.12.4版本的变化

• 解决编译问题ARM64(参见https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SAIGEgds/issues/8)

  1.12.1版本的变化

• 解决内存问题,因为使用弃用tbb:: RcppParallel task_scheduler_init

sangeranalyseR

99.1版本的变化

• 基类:SangerReads是用来存储每个转发/衣服的翻边读。

scAnnotatR

1.5.3(2023-03-19)更正版本的变化

• 添加paramter“train_classifier”和“test_classifier”设置字符识别细胞是模棱两可的。

  1.5.2版本的变化(2023-03-05)

• 自动包括父分类,如果只有一个子集的classifires被选中。

  1.5.1版本的变化(2023-01-17)

• 添加检查忽略任何分类器/细胞类型的基因缺失的数据集。

SCArray

版本1.8.0的变化

• 新功能scNumSplit ()

• 更新小插曲

• 覆盖S4函数colsum rowsum、规模、pmin2, pmax2 SC_GDSMatrix

• 新S4通用函数row_nnzero (),col_nnzero (),scGetFiles (),scMemory (),scRowMeanVar (),scColMeanVar ()

• 新功能scSetMax (),scSetMin (),scSetBounds (),scReplaceNA ()

• 更新S4功能(,[[,< -名字,dimnames < -aperm行动,数学、crossprod tcrossprod SC_GDSArray

• 覆盖S4函数rowSums colSums、rowSums2 colSums2, rowProds, colProds, rowMeans, colMeans, rowMeans2, colMeans2, rowvar, colVars, rowSds, colSds, rowMins, colMins, rowMaxs, colMaxs, rowRanges, colRanges, rowAnyNAs, colAnyNAs, rowCollapse, colCollapse SC_GDSMatrix

SCArray.sat

0.99.0版本的变化

• 初始版本的SCArray.sat

嘘

1.28.0版本的变化

• 改变exprs_values assay.type(类似的)。

• 调整色彩的小提琴的阴谋。

• 修复在plotGroupedHeatmap使用块参数。

• 添加scattermore和装箱支持各种情节(如plotReducedDim)。

• swap_rownames retrieveCellInfo altExp现在工作以及主要的试验。

• 添加plotDots point_shape参数和plotPlatePosition。

scBubbletree

1.1.8版本的变化

• 曼哈顿距离度量实施

• 其他链接功能聚类实现的

• 跟踪时间戳为集群、bubbletree建设、结束

scDblFinder

版本变化1.13.10 (2023-03-23)

• 固定在多线程序列化错误大单样本

• 计算阈值现在报告元数据

  版本变化1.13.7 (2023-01-09)

• 还可能提供的基因/功能使用,更新文档

  版本变化1.13.4 (2022-11-21)

• 固定在样品报告错误分割模式(分数)并不影响对比

  版本变化1.13.3 (2022-11-20)

• 据https://arxiv.org/abs/2211.00772更新默认参数

  版本变化1.13.2 (2022-11-11)

• 添加双行程聚合模式特性

scp

1.9版本的变化

scp 1.9.2

• 更新的引用

scp 1.9.1

• 修复小错误在readSCP()手册页

scp 1.9.0

• 新Bioconductor 3.17(猛击)释放

食物

1.28版本的变化

• 添加了一个限制=选项quickSubCluster()来启用subclustering特定集群。

scReClassify

1.5.1版本的变化

• Bug修复:处理celltypes 1细胞multiAdaSampling函数

• 澄清在multiAdaSampling文档参数标签。

  版本1.5.0的变化

• Bioconductor 3.16版本

screenCounter

1.2.0版本的变化

• 通过countDualBarcodes双计数支持添加条形码()。

• 重构countSingleBarcodes()来支持任意数量的替换,插入和删除。

• 简化countComboBarcodes()下降为代价支持编辑区域内部变量。

  1.0.0版本的变化

• 新包screenCounter,包含条形码gp.sa.screen计数工具之前。

scRNAseqApp

1.1.1版本的变化

• 修复bug,报道函数不是进口的。

  0.99.27版本的变化

• 解决字幕scATACseq数据。

  0.99.25版本的变化

• 修复一个问题当修复染色体的名字风格scATACseq数据。

  0.99.24版本的变化

• 为scATACseq添加跟踪数据。

  0.99.23版本的变化

• 为ATAC情节按钮添加标题。

  0.99.22版本的变化

• 解决这个问题如果没有参考。

  0.99.21版本的变化

• 修复的错误createDataset函数。

  0.99.20版本的变化

• 添加放大和缩小atac跟踪情节。

  0.99.19版本的变化

• 更新atac跟踪情节。

  0.99.18版本的变化

• 简化模块。

  0.99.17版本的变化

• 更新文档cellgene贵宾。

  0.99.16版本的变化

• 修复bug waffleplot细胞指数。

  0.99.15版本的变化

• 如果没有参考可以被检索修复bug。

  0.99.14版本的变化

• 修复bug如果没有标记能被探测到。

  0.99.13版本的变化

• 删除aes_string。

  0.99.12版本的变化

• 修复下拉名字的问题。

  0.99.11版本的变化

• 添加细胞检查/取消所有子集。

  0.99.10版本的变化

• 解决多个加载。

  0.99.9版本的变化

• 修复装饰图案的长桌子。

  0.99.8版本的变化

• app_path添加到应用程序修复丢失的文件的问题。

  0.99.6版本的变化

• 添加ATAC情节。

  0.99.5版本的变化

• 更新安装依赖从4.2.0 4.3.0 R版本

• 删除‘CellChat’,‘monocle3’和‘SeuratWrappers’。

• 重组extdata脚本并添加文档的文件。

• 删除eval = FALSE《天方夜谭》中并添加publish_folder脚本。

• 变化的参数猫来类别为helper1函数。

• 删除suppressWarnings /消息。

• 需要格式化您所需要的代码风格适合80线宽度和空间行缩进。

• 添加函数保存ATAC峰值。

  0.99.4版本的变化

• 更新文档。

  0.99.3版本的变化

• 修复的热图donwload按钮。

  0.99.2版本的变化

• 解决多个笔记。

  0.99.1版本的变化

• 准备释放。

天窗

1.10版本的变化

• .subset2index现在转换因子输入特征向量,而不是把他们当作整数。

seq.hotSPOT

0.99.6版本的变化

• 提交给Bioconductor

seqArchRplus

0.99.0.10版本的变化

新

• (面向用户的)另一个函数绘制图案使用R包裹seqPattern热图。函数名:plot_motif_heatmaps2 ()

  0.99.0.7版本的变化

新

• (面向用户)现在可以执行每个集群词浓缩去分析通过per_cluster_go_term_enrichments()当orgDb包是可用的有机体

  0.99.0.6版本的变化

新

• (面向用户的)例子添加多数功能使用的例子/假数据

  0.99.0.5版本的变化

漏洞修复

• (面向用户)per_cluster_annotations ():
• 默认为clusts设置为NULL。这使得清洁指定tc_gr床文件作为输入

• 帮助页面现在除了curate_clusters函数例子。详细的文档这个函数可以作为装饰图案的一部分

  0.99.0.4版本的变化

新功能

• (面向用户)write_seqArchR_cluster_track_bed ():
• 新的论点use_q_bound选择如果你想使用分位数作为标签集群边界
• 新论点use_as_names指定任何列info_df用作输出轨道路基文件的名字列在集群
• dominant_ctss信息为每个标签提出了集群thickStart thickEnd想象的轻松。看到文档以了解更多的细节
• (面向用户)per_cluster_annotations ():
• tc_gr现在可以接受bedfile阅读记录作为一个农庄组织对象

• 细节中添加文档有选择地选择集群注释的方法

  0.99.0.3版本的变化

Bux-fixes

• 固定bug curate_clusters()函数,和触摸它的文档

  0.99.0.2版本的变化

新功能

• (面向用户)并行支持加快注释基因组区域

  0.99.0版本的变化

新

• 包准备Bioconductor提交

SeqArray

1.40.0版本的变化

• 解决编译器警告:sprintf弃用

SGCP

版本变化0.99.0 (2022-10-06)

• 第一个版本提交0.99.0 Bioconductor

ShortRead

1.58版本的变化

错误修复

• (v 1.57.1 1.56.1)避免整数溢出countFastq () https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/10

签名者

2.1.1版本的变化

• 固定的医生的问题

• 固定cpp问题

signifinder

1.1.1版本的变化

• 添加evaluationSignPlot函数计算显示一些技术信息的签名。

• 添加geneHeatmapSignPlot nametype参数函数允许更多的基因名称标识数据。

• 单细胞的装饰图案现在包含一个例子数据集和一个示例空间转录组数据集。

SimBu

1.1.2版本的变化(2023-01-12)

• dataset_seurat错误修复的功能,自定义参数的名称cell_id_col和cell_type_col没有工作(感谢@orange-whale提起这个)

• 改变默认的remove_bias_in_counts参数的函数simulate_bulk虚假与@ZheFrench讨论后

  变化的1.1.1版(2022-11-02)

• 错误修复mirror_db场景中,细胞类型分数不正确标注在cell_fraction输出(这里感谢@arielah帮助)

simplifyEnrichment

1.9.1版本的变化

• term_similarity_from_gmt ():以前忘了分裂行。

singleCellTK

2.8.1发布版本的变化(2022-03-10)

• 从控制台添加scanpy包装器函数使用
• 添加scanpy UI策划工作流程
• 综合scanpy点菜工作流
• 固定一个bug进口fluidigm数据集
• 闪亮的应用下载更新功能
• Enrichr周围添加错误检查功能
• 情节轻微的调整默认设置

SiPSiC

0.99.2版本的变化

• 删除文件许可证和焦油。广州的包来满足Bioconductor包的要求

SNPRelate

1.34.0版本的变化

• 解决编译器警告:sprintf弃用

SparseArray

1.0.0版本的变化

• 第一个版本的包准备普遍使用。

spaSim

1.1.2版本的变化

错误修复

• 固定参数抖动的文档是()和simulate_background_cells ()。

• 在README固定正确绘制形象。

  1.1.1版本的变化

SIGIFICANT用户改变

• simulate_background_cells()添加了一个选项(方法=“甚至”)来模拟均匀间隔的背景图像。这种变化是伴随着增加两个参数,方法,选择背景细胞分布和抖动

• 的参数来模拟细胞均匀间隔的背景。相应的教程和TIS()函数被修改。

SpatialExperiment

版本变化1.9.5 (2023-03-02)

• 错误修复组织的职位读不正确的顺序与read10xVisium()与多个样本数据集(bug引入版本1.7.1上)

SpatialFeatureExperiment

1.1.6版本的变化

• 读取图像作为SpatRaster read10xVisiumSFE
• read10xVisiumSFE也可以全分辨率图像像素转换成微米基于Visium点间距
• read10xVisiumSFE不再转置输出read10xVisium斑点会默认匹配图像,并与SpatialExperiment保持一致
• 读标准Vizgen MERFISH readVizgen输出
• SpatRasterImage类继承VirtualSpatialImage SpatialExperiment兼容性
• 碱的方法,mirrorImg transposeImg SpatRasterImage和超临界流体
• 镜子和转置作为对象,操作在两个几何图形和图像
• 裁剪图像裁剪时作为对象

• 图片也当removeEmptySpace转移

  版本1.1.4的变化

• 超临界流体包版本存储在对象和添加方法医药updateObject spatialGraphs潜在重新铺平道路。

  1.1.3版本的变化

• 使用BiocNeighbors基于k距离最近的邻居和邻居、保持距离信息,以避免精炼慢一步的距离与科幻小说在spdep完成。

• 添加swap_rownames论点localResult (s) getter所以基因符号构成了rowData列从任何可以用来获取本地结果存储在运用id。

  1.0.3版本的变化

• 当有多个样本正确移动的几何图形
• 使用翻译= FALSE当使用localResult setter几何图形

• 更有用的错误信息几何图形、localResult或空间图是缺席

  在以前的版本1.0.2中变化

• 正确地移动spatialCoords removeEmptySpace
• 保存rownames当设置colGeometry一些样品

spatialHeatmap

2.5.4版本的变化(2023-04-14)

• 存储aSVG的SPHM类开发,批量数据,单细胞数据,匹配列表。

• 空间富集:异常空间featuers引用支持。

• 闪亮的应用:k - means聚类,功能丰富,和集群下载,重新设计数据挖掘和空间浓缩。

• 在后台更新数据结构(R函数,闪亮的应用程序),并在单孔位微吹气扰动数据预处理步骤。

• Co-visualization:开发了一个新特性的颜色每个单元格选择生物分子的自身价值;发达co-visualizing批量的新特性和空间解决单细胞数据;开发了一个可视化反褶积结果的新特性。

SpatialOmicsOverlay

版本变化0.99.0 (2022-04-01)

• 提交给Bioconductor

散斑

0.99.7版本的变化

• 添加convertDataToList()允许螺旋桨与任何比例数据
• 添加单元测试
• 为Bioconductor提交添加了微小的变化

• 更新装饰图案包括分析数据直接比例的例子

  0.99.0版本的变化

• 删除在准备提交Bioconductor classifySex功能

• 散斑只包含螺旋桨的功能

  0.0.3版本的变化

• 添加功能分类细胞作为男性或女性

• 改变螺旋桨分对数变换违约

  发布版本的变化

• 添加函数绘制均值方差的细胞数量和比例关系
• 添加函数来估计贝塔分布的参数

• 螺旋桨添加分对数转换选项

  版本0.0.1的变化

• 第一个版本的斑纹包包含螺旋桨功能测试样品组之间细胞类型组成的不同单细胞RNA-Seq数据

光谱

1.9版本的变化

1.9.15变化

• 解决问题MsBackendMemory未能返回强度或m / z值峰值数据时是空的。
• 修复bug在filterPrecursorScan()(见# 194和公关# 277)。

1.9.14变化

• filterMzValues解决问题,只会使(或删除)第一个匹配的峰值,而不是所有匹配的山峰(鉴于ppm和宽容)。问题# 274。
• 添加参数保持filterMzRange支持保留或删除匹配的山峰。

1.9.13变化

• 添加backendBpparam方法,允许评估MsBackend是否支持所提供的(或违约)BiocParallel-based并行处理设置。
• 轻微调整内部.peaksapply函数来避免分裂/合并的数据如果不需要(例如,如果不执行并行处理)。
• 轻微的调整在光谱比较函数来避免重复在循环中调用的函数。

1.9.12变化

• 扩展可用MsBackend列表后端所提供的其他包(在自述文件和包小插图)。

1.9.11变化

• 修复MsBackend头装饰图案。

1.9.10变化

• 添加supportsSetBackend MsBackend方法指定后端是否支持setBackend,光谱。
• 使用supportsSetBackend端是否支持setBackend setBackend检查。

1.9.9变化

• 重构setBackend只分裂和合并后端在必要时并没有改变dataOrigin最初的后端。
• 支持setBackend MsBackendMemory空光谱对象(问题# 268)。
• 禁用自动检测峰值变量MsBackendMemory(问题# 269)。
• 解决问题在光谱空字符(# 267)问题。

1.9.8变化

• 地址的评论米歇尔Stravs关于MsBackend装饰图案。
• 添加额外的测试检查MsBackend合规。

1.9.7变化

• 添加一个小插图描述如何从头构建一个MsBackend(问题# 262)。
• 扩展单元测试套件来评估MsBackend实现的有效性。

1.9.6变化

• 用之间的调用替换< =。

1.9.5变化

• 修复bug在containsMz()当mz不是命令(见# 258)。

1.9.4变化

• 修复错误的MsBackendMzR提取光谱变量时长度为0。

1.9.3变化

• chunkapply函数添加到一个光谱分割成块并逐步应用一个函数有趣。

1.9.2变化

• combineSpectra光谱与只读后端端改为一个MsBackendDataFrame MsBackendMemory代替。

1.9.1变化

• 扩大文档对compareSpectra GNPS-like相似性得分。

1.9.0变化

• Bioconductor 3.17发展版本。

SpectralTAD

版本变化1.15.3 (2023-03-07)

• 凯伦SpectralTAD固定:“有什么设计代码中扩大窗口如果未发现TADs但它不是正常工作。不知道为什么现在才刚刚开始。”

• 改变例子SpectralTAD_Par (mat_list =对应,从而向标签=标签,核= 2)

• 更新的作者,描述电流

SPIAT

1.1.6版本的变化

错误修复

• 固定混合分数和正常化混合分数计算。现在每个参考参考交互计算一次(被定向,并计算两次)和正常化的分数混合分数是固定的。

  1.1.5版本的变化

用户可见的明显变化

• 返回消息的错误当没有细胞图像中感兴趣的礼物(identify_neighborhoods ())。
• 删除的选项手动定义肿瘤地区identify_bordering_cells ()。删除参数n_of_polygons和画。

笔记

• 把下面的包从进口建议:图形、umap, Rtsne, rlang, ComplexHeatmap和埃尔莎。> = 1.8.0 SpatialExperiment需要版本。xROI删除。

  版本1.1.4的变化

错误修复

• 固定的错误当只有一个细胞集群。(identify_neighborhoods ())。

  1.1.3版本的变化

错误修复

• 感兴趣的细胞类型的计算在calculate_proportions_of_cells_in_structure All_cells_in_the_structure()是不正确的。现在修好了。

  1.1.2版本的变化

用户可见的明显变化

• 重组的小插曲。

  1.1.1版本的变化

错误修复

• 当细胞修复bug。ID列丢失从spe_object identify_neighborhood ()。

  1.1.0版本的变化

开发版本上Bioconductor 3.17。

飞溅

版本变化1.24.0 (2022-04-26)

• 固定bug splatPopSimulate()条件组批作业时不正确的影响是应用(从克里斯蒂娜Azodi)

• 核心的依赖减少了进口破坏而不是拟声唱法(拟声唱法建议),使ggplot2建议依赖性。

SpliceWiz

版本变化1.1.8 (2023-04-17)

• 用户不再需要为processBAM和collateData输出指定单独的文件夹。相反,使用GUI, processBAM将输出pbOutput子目录内的指定NxtSE文件夹

• 按钮在实验中创建和加载接口已经精简

• 用户可以使用套索选择和取消事件/盒/点击选择工具在火山和散点图(以前只有选择有可能点击除外)

• 一个统一的事件过滤界面实现了可视化

• 一个新系统来创建覆盖率情节已经实现了。现在报道情节中创建一个三步:getCoverageData(得到覆盖率数据!),getPlotObject (ASE事件标准化和定制数据/条件),和plotView(实际上生成图)。这个系统更易于提炼情节,而不必从磁盘每次获取数据。

• 所有的GUI可视化现在可以直接导出为pdf文件

• 内部函数添加到NxtSE对象- row_gr()获取每个ASE EventRegion农庄

  1.1.7版的变化(2023-03-27)

• 错误修复:t检验跟踪情节为零任何非谓语形式的假定值(当所有规范化保险出现相同的值)

• 现在错误修复:BAM2COV使用正确的线程数量

• 错误修复:固定重复junc_ *元素rbind NxtSE对象

• 功能:添加abs_deltaPSI作为微分分析结果列delta-PSI(绝对值)

• 特点:去互动情节现在显示更多的信息

• 特点:快速检索makeMatrix和makeMeanPSI功能

• 特点:makeSE()现在给更详细的加载信息

• 特点:提高性能在getCoverageBins ()

• 特点:快速检索从运用FTP(使用房车代替XML)

• 特点:plotCoverage轻微的性能优化

  1.1.6版本的变化(2023-02-24)

• 基因本体论分析可用!这是通过一个包装器实现fgsea的论坛()函数(代表分析)

• plotCoverage改进——现在外显子是绘制在更高的分辨率,并且可以在隔离(例如策划,通过移除intronic地区)使用静态图(通过as_ggplot_cov ())。进一步plotCoverage改进:

• 更好的hover-info plotly-based事件

• 现在unstranded报道显示unstranded结项

• 固定显示的小说记录只显示那些支持结项显示数据。所有注释记录仍然显示

• 其他杂项的修正

• collateData的产量提高。临时输出文件删除,参考被压缩,从而降低存储足迹。这有助于合作者之间的文件传输。此外,浸文件可以复制到NxtSE文件夹文件传输的目的

• 小说拼接——(可选)串联连接现在可以从数据外推。给定的已知的外显子和观察到的路口,“假定的串联连接”列入观察串联连接,在小说剪接事件的一代。这允许更好的识别,特别是对小说卡式录音带外显子跳过。

• 介绍StrictAltSS过滤器——这删除投产/ A3SS事件的两个备用接头地点由观察基因内区。

• 综合分析进入GUI。热图和事件列表中浸现在可以由顶级基因本体类别子集。去分析之前必须先执行这个选项是可用的。

• 不兼容之前的版本:

• 1.1.6 buildRef现在生成基因本体论注释。

• collateData输出与之前的版本不兼容

• processBAM产出仍比1.1.5基本未变

• NxtSE对象是不兼容之前的版本

  1.1.5版本的变化(2022-12-20)

• 修复小插曲不是建筑

  改变版本1.1.3 (2022-12-18)

• 提高性能的SpliceWiz processBAM()多试样设置

• 固定内存泄漏processBAM和BAM2COV功能

• 增加了edgeR-based微分ASE包装,包括构建自定义模型矩阵模型复杂的实验设计。

• 改革明星包装,添加功能允许明星基因组参考生成(没有GTF)。暂时的明星基因组可以随后派生通过提供一个包含必要的GTF SpliceWiz引用文件。

• 包括更多的串联连接到小说拼接引用(会发现更多小说剪接事件与< = 1.1.2版本相比)

• collateData lowMemoryMode现在限制使用4线程(而不是1),这将限制~ 16 - 20 Gb RAM的使用,根据基因组大小和小说拼接模式是否开/关。考虑使用更少的内存

• 运行时有所buildRef和collateData功能

• collateData现在是单线程在Windows (MulticoreParam不可用)

  1.1.2版本的变化(2022-11-08)

• 实现时间序列分析在limma使用样条函数

• makeSE减少加载时间的重叠基因内区

• 数据库优化H5分块加速数据加载时间

• 添加安装说明使用conda SpliceWiz环境

• 错误修复:collateData染色体不匹配问题的解决

• 错误修复:固定小说拼接计数过滤

• 错误修复:深度计算collateData跨连接固定,以正确地反映最大的拼接

• 错误修复:固定plotCoverage / plotGenome坐标

SpotClean

1.1.2版本的变化

• 固定一个错误片段对稀疏矩阵列求和。

  版本1.0.1的变化

• 固定一个错误由于SpatialExperiment更新插槽对象

standR

版本就开始变化

• 使用R包添加功能prepareSpatialDecon帮助SpatialDecon使用standR预处理后GeoMx数据。

• 新RUV-4:现在使用RUV-4等standR允许您执行rank-based分析基因片段的得分与RUV-4-normalised计数。

• 新装饰图案——standR包的快速入门指南。

• 许多bug修复。

statTarget

2.0版本的变化

新功能

• 新的GUI o鼠标悬停帮助信息o . log文件

• 新的信号校正o战斗QC-free信号校正o QC-RFSC代谢组学和蛋白质组学数据的方法

• 新特性选择只o随机森林和基于排列的变量重要性措施o新MDSplot基于随机森林o假定值的重要情节

• 新的数据预处理o PQN /金额/没有正常化o中心/没有一个扩展方法

  1.29.4版本的变化

• 删除GUI

• 删除QCRLSC

stJoincount

1.1.1版本的变化

• 更新描述和介绍

SummarizedExperiment

1.30.0版本的变化

弃用,已经

• 最后删除readKallisto()(在BioC弃用3.12和已经在BioC 3.15)。

surfaltr

1.5.1版本的变化(2022-08-12)

• 固定的警告

SVMDO

版本变化0.99.24 (2023-04-22)

• 解决问题在新闻文件隐形

  版本变化0.99.23 (2023-04-18)

• 接受Bioconductor包夜重击的构建

  版本变化0.99.0 (2022-12-29)

• 发送重启请求bioconductor提交更新包

• 重新包提交问题bob体育取款很慢

突触

的变化版本2021-07-02 (2021-07-02)

变化:

• 添加这个消息文件

SynExtend

1.11.8版本的变化

• 在MoransI修复各种小虫子
• 增加了一些支持多处理(将被添加在未来)
• 轻微的返工物种树与ProtWeaver对象以及它们之间的交互
• speciesTree ProtWeaver有新的属性,可以初始化一个系统树图对象
• 新方法SpeciesTree物种树从ProtWeaver对象(或计算,如果它不存在)
• 各种内部改善Bioc风格一致性

• 各种文档的更新

  1.11.7版本的变化

• 增加了新的优化dendrapply实现(过载数据::dendrapply)
• AddsHungarianAlgorithm线性分配问题的最优解(O (n ^ 3)复杂性)
• 添加新C代码快速计算皮尔逊的R和p值
• 添加新祖先。从相关的残留变化ProtWeaver共同进化计算算法
• Ancestral.ProtWeaver支持代码和文档
• 其他新的内部方法
• 各种内部方法和文件的更新和优化
• 更新平方法被称为CI(距离)的聚类信息

• 方法=“CI”PhyloDistance现在使用模拟数据计算近似假定值从史密斯(2020)

  1.11.6版本的变化

• 添加新残留方法NVDT使用自然向量和二核苷酸基因序列和三核苷酸频率
• 增加了一些新的NVDT C方法加速计算
• 修复打电话给()不使用包= " SynExtend”

• 更新文档

  1.11.5版本的变化

• 添加新ColocMoran colocalization算法,为系统使用与MoransI Coloc正确信号
• 添加新TranscripMI colocalization算法,使用互信息的转录方向
• 添加新修正/检查允许转录方向标签
• 各种修正来支持新的四个号码标签计划
• 各种文档的更新

• 添加新函数MoransI计算莫兰的我一组空间分布的信号

  1.11.4版本的变化

• 内部代码重构
• 使用R set.seed ShuffleC现在支持再现性

• ShuffleC现在支持放回抽样,性能比样品快2.25倍左右

  1.11.3版本的变化

• JRF Distance-previous提交内部修正为正确计算值
• 添加新的ProtWeaver TreeDistance预测,将所有树的距离度量;这些指标是捆绑由于一些后台优化,提高性能
• 修正为PhyloDistance
• 增加随机投影MirrorTree预测解决内存问题,提高准确性
• 新的内部随机数字生成器使用xorshift,显著高于样本()
• HammingGL改为CorrGL,现在使用皮尔逊被假定值R加权
• 重构内部预测来减少代码库的大小和去除冗余
• 内部ShuffleC函数复制样品与2-6x加速功能
• 方法GainLoss现在使用引导估计假定值

• 更新文档文件

  1.11.2版本的变化

• 增加了KF距离树
• 添加Jaccard罗宾逊福尔兹距离树
• 重做树距离PhyloDistance函数
• 许多新文档页面

• 更新内部函数使用拉普而不是dendrapply避免由于R递归栈溢出问题

  1.11.1版本的变化

• bug修复射频距离

• 更新gitignore为工作流

  1.10.1版本的变化

• 内存泄露错误修复

synlet

1.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

• 下降土坯房,reshape2 dplyr依赖。

• 添加数据。表支持。

syntenet

1.1.6版本的变化

错误修复

• 添加了一个检查,IQ-TREE版本安装。如果安装IQ-TREE2(而不是IQ-TREE),参数和调用相应的修改,因为IQ-TREE开发人员改变一些参数(例如,现在bb - b)。bob电竞体育官网

新功能

• 添加了一个参数,parse_collinearity(),允许提取同线性块从.collinearity文件信息。装饰图案是相应更新。

  1.1.5版本的变化

错误修复

• 固定物种ID检索通过添加一个导出的函数命名create_species_id_table()正确地创建独特的物种ID(3 - 5个字符),即使在前5字符是相等的。

• intraspecies_synteny()和interspecies_synteny()(原unexported)现在的相同的输出process_input(),这使得他们与整个包一致。

新功能

• 方便用户想从命令行运行钻石,我添加了功能export_sequences()和read_diamond(),这写加工序列FASTA文件和读钻石输出,分别。一个示例代码如何从命令行运行钻石已经添加到装饰图案。

• 包括一节在装饰图案如何使用syntenet同线性检测程序(即。,找到同线性基因组在一个或两个基因之间)。

  版本1.1.4的变化

错误修复

• 取代与snprintf调用sprintf调用c++代码解决警告Bioc重击的分支

更新

• 添加引用文件参照论文发表

  1.1.3版本的变化

错误修复

• 整洁的评价与aes_()在ggplot 3.0.0弃用,现在testthat返回警告。取代aes_与aes()()和. data rlang包。

  1.1.2版本的变化

新功能

• 添加参数clust_function和clust_params cluster_network()允许用户通过任何igraph:: cluster_ *功能集群同线性网络。

• 添加参数clust_function和clust_params plot_profiles()来让用户有更多的控制方法用于集群的距离矩阵在phylogenomic概要(列)。

• 装饰图案的更新以反映上述变化和包括一个FAQ条目如何更新R路径变量的说明。

  1.1.1版本的变化

新功能

• 病房的同线性聚类簇现在在plot_profiles之前执行策划(),而不是在phylogenomic_profile ()。因此,phylogenomic_profile()现在只返回一个矩阵的概要文件,不包含矩阵和一个hclust对象列表。

• 添加一个选项来处理名称向量cluster_species热图显示新名称。这种方式,物种缩写可以很容易地替换为物种的全名,使情节看起来更好。

• 添加参数dist_function和dist_params允许用户指定的功能和参数计算距离矩阵,将被传递给沃德的集群。

systemPipeShiny

1.9.04版本的变化

主要变化

• 添加视频教程主页和所有模块。

轻微的变化

• 取代主要图标欢迎页面,现在有3个圈而不是3,反映了SPS的三个主要功能,工作流、可视化、和画布。
• 改变了一些命名工作流创建选项
• 空:从头开始
• 现有:上传自定义工作流

错误修复

• 修复FontAwesome 6.0引入名称更改

• 一个也需要安装开发版本的spsComps和抽屉。

• 修复不工作标签链接欢迎页面。

• 解决空图标问题。

• 修复bug, RNAseq模块一直是禁用的

TargetSearch

version 2.2.0变化

错误修复

• C代码:重构函数get_line由于失败与CR行结束符,文件在MacOS系统随处可见。

TBSignatureProfiler

1.92.0版本的变化

错误修复

• 固定的tableAUC引导置信区间是2.5和97.5百分点,而不是5和95百分位数
• pROC /固定上层CI值DeLong AUC CI方法bootstrapAUC函数

重大变化

• 改变tableAUC置信区间默认引导而不是德龙(pROC论点)

微小的变化

• 更新了github和网站介绍。
• 添加Natarajan_7 Kaul_3签名
• 添加Francisco_OD_2 Kwan_186签名
• 缩短一些运行时的例子

TCGAutils

1.20.0版本的变化

新功能

• makeSummarizedExperimentFromGISTIC和splitAssays现已倒闭。

TDbasedUFE

0.99.7版本的变化

• 错误修复

• selectFeaureVectorLarge, selectFeaureVectorSmall

  0.1.0版本的变化

• 更换菜单和闪亮的拼写检查
• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

TDbasedUFEadv

版本变化0.99.21 (2023-04-14)

• 修正描述:

• 纠正错误的格式描述

  版本变化0.99.20 (2023-04-12)

• 修正描述:

• 修改描述,从前面packpage disrtnct TDbasedUFE

  版本变化0.99.19 (2023-03-28)

• 解决评论评论:

• 删除一些“«——“在测试。

  版本变化0.99.18 (2023-03-27)

• 解决评论评论:

• 破碎testthat向个人功能

  版本变化0.99.17 (2023-03-25)

• 解决评论评论:
• 用L代替as.integer
• 添加链接TDbasedUFE小品文

• 正确的testthat(使用test_that ())

  版本变化0.99.16 (2023-03-23)

• 解决评论评论:
• 重命名类
• 删除一个for循环
• 将评论添加到GUI

• 在本月/ extdata添加的解释数据

  版本变化0.99.15 (2023-03-21)

• 解决评论评论:
• 添加参数检查
• 添加测试函数
• 重命名和合并小插曲
• 等等

TENxIO

1.2.0版本的变化

新功能

• TENxTSV类被添加到处理压缩的和未压缩的TSV文件。

Bug修复和小改进

• TENxFileList导入方法是返回一个嵌套在SingleCellExperiment SummarizedExperiment。计数和分析(…,i =“计数”)方法应该只返回光矩阵而不是嵌入SummarizedExperiment (@dgastn # 2)。

terraTCGAdata

在版本1.4.0变化

新功能

• findTCGAworkspaces不复存在。使用selectTCGAworkspace代替。

tomoseqr

1.11.1版本的变化(2022-10-25)

• 做出以下更改:添加3 d可视化功能imageview o改变normCount和normMask选项estimate3dExpressions ()来正常化选择。当它真正的(默认),函数是如果normCount = "数",normMask = TRUE。当它假,函数是如果normCount = "没有",normMask = FALSE。

  1.3.2版本的变化(2022-11-29)

• 更新tomo-seq从破车et al ., 2014年的数据。

泛太平洋伙伴关系

3.27.1版本的变化

• 固定的错误和警告之后dplyr更新

trackViewer

1.35.5版本的变化

• 用稻草嗝导入。

  1.35.4版本的变化

• 汉德尔label.parameter。画的标签。

  1.35.3版本的变化

• 添加文档选择标签突变。

  1.35.2版本的变化

• 添加支持节点标签参数。

  1.35.1版本的变化

• 添加对单一分辨率冷却器的支持文件。

treeio

1.23.1版本的变化

• 支持转换dendro对象(输出ggdendro: dendro_data ()) phylo对象(2023-03-02,星期四,# 95)
• 添加inner_join()方法允许附加数据的变量
• 使用嵌套的数据结构和tidyr: unnest运算可以提取并将数据转换为一个简单的宠物猫数据帧(# 93)
• 更新full_join方法(# 92)
• 支持的标准dplyr UI = c (“columnX”=“cloumnY”)
• 把数据从外部data.frame不呈现在树上
• 使用嵌套列是否存在重复的行

tRNA

版本变化1.17.1 (2022-12-19)

• 为gettRNAstructureSeqs错误修复

tximeta

1.17.2版本的变化

• GENCODE 43 (h),两个同伴M32(规则),并运用109

tximport

1.27.1版本的变化

• 改变LGPL许可证从GPL。

UniProt.ws

2.40.0版本的变化

用户可见的变化

• 装饰图案从RSweave转换为基于web的RMarkdown

BUG修复和小改进

• 增加容错单元测试
• 添加示例mapUniProt文档

universalmotif

1.18.0版本的变化

新功能

• read_meme (readsites.meta.tidy):新选项,清洁readsites的输出。到一个data.frame元选项。

微小的变化

• create_motif():更健壮的参数检查。

• colMeans, rowMeans rowSums, colSums仿制药进口现在代替BiocGenerics MatrixGenerics包。

错误修复

• 清理内部导出函数的输出参数检查。

• 删除一个参考IntroductionToSequenceMotifs装饰图案non-exported函数。

• 关于convert_motifs函数删除过时的MotifManipulation装饰图案。

updateObject

在版本1.4.0变化

• 在这个版本没有变化。

variancePartition

1.28.9版本的变化

• 2023年3月14日,
• 修复makeContrastsDream舍入误差()

• 添加皮尔逊残差残差()

  1.28.8版本的变化

• 2023年3月8日,

• 添加测试()与功能列表

  1.28.7版本的变化

• 2023年3月7日,

• 通过添加droplevels修复bug在makeContrastsDream () ()

  1.28.6版本的变化

• 2023年3月1日

• diffVar()现在适合对比估计在第一步

  1.28.5版本的变化

• 2023年2月24日

• 修复错误vcov()当样品由于协变量有NA价值下降

  1.28.4版本的变化

• 2023年2月2日,

• 提高文档对比

  1.28.3版本的变化

• 2023年1月19日

• 改善检查和文档对比

  1.28.2版本的变化

• 2023年1月13日
• canCorPairs()现在允许随机效应的公式

• 但是不会改变结果

  1.28.1版本的变化

• 2023年1月4日,
• 错误修复

伶盗龙

1.9.2版本的变化

• 从降低维度矩阵删除列名gridVectors ()。

“航行者”号

1.1.12版本的变化

• 情节形象背后的几何图形绘制几何图形的所有功能

• 添加黑暗主题支持函数,绘制几何图形

  1.1.11版本的变化

• 添加MULTISPATI PCA
• 从2019年Anselin添加多元当地Geary C
• 作为一个统一的用户界面添加calculateMultivariate多元空间分析
• 变差函数和方差图映射gstat和相关绘图功能

• 为当地的导致plotLocalResult允许非标准名称

  1.1.10版本的变化

• 记录参数用于获取空间的结果

• 运行时强制用户使用一个新名字相同的方法与不同的参数

  1.1.9版本的变化

• 弃用show_symbol参数,更换与swap_rownames符合拟声唱法

  1.1.7版的变化

• 添加bbox参数空间策划与一个边界框放大作用

weitrix

1.11.1版本的变化

• 不进口colSums rowSums,从BiocGenerics消失。

xcms

3.21.5版本的变化

• 解决问题色谱图在过滤结果对象(问题# 511)。

  3.21.4版本的变化

• 将乘从显示在依赖进口

  3.21.3版本的变化

• 只在长时间运行测试补丁

  3.21.2版本的变化

• 重写的reconstructChromPeakSpectraDIA数据分析来解决一个问题与色谱峰重叠片隔离windows和一般以提高性能。

  3.21.1版本的变化

• 修复错误fillChromPeaks对稀疏数据(许多空光谱)和峰值检测与执行MatchedFilterParam(问题# 653)。

• 更新更新的函数名rgl包(# 654)问题。

zellkonverter

1.10.0版本的变化

重大变化

• 添加兼容anndata本机R作家v0.8 H5AD格式(@jackkamm和@mtmorgan)

• 添加函数转换熊猫所使用的数组anndata当数组有缺失值

微小的变化

• 添加Robrecht Cannoodt和杰克卡姆贡献!

• 较小的调整测试匹配读者的变化

天顶

1.1.2版本的变化

• 2023年4月20日

• 修复警告limma

  1.1.1版本的变化

• 修复警告

  1.0.7版本的变化

• 更新文档

  1.0.6版本的变化

• 在天顶()设置inter.gene.cor = 0.01是默认符合limma::相机

  1.0.5版本的变化

• 错误修复在天顶progressbar = FALSE ()

  1.0.3版本的变化

• 解决问题corInGeneSet()当一些残差是NA

  在以前的版本1.0.2中变化

• 添加zenithPR_gsa ()

• 国旗在天顶禁用相关()

  版本1.0.1的变化

• 修复Bioconductor

• 提高文档
• get_GeneOntology()使用getGenesets(等级= TRUE…)

ZygosityPredictor

版本变化0.99.0 (2023-02-22)

• 提交给Bioconductor

新闻从现有数据实验包

CoSIAdata

新包发布

• CoSIAdata包括方差稳定读计数从Bgee RNA-Seq表达数据在6个物种(智人,亩,鼠属norvegicius,鲐鱼类、果蝇,线虫)和132多个组织。每个物种都有自己的独立的数据帧以其独特的组织和特定的基因表达数据。

• CoSIAdata是集成到CoSIA包,可视化工具来表达他们的跨物种的比较指标。然而,它可以用来进行独立的物种,组织,和gene-specific表达分析。

curatedTCGAData

1.22.0版本的变化

Bug修复和小改进

• RNASeq2Gene化验的论点时,curatedTCGAData错误包括RNASeq2GeneNorm化验。用户想返回两种分析类型应该进入RNASeq2Gene *(星号)。

gDNAinRNAseqData

1.0.0版本的变化

用户可见的变化

• 提交的第一个版本Bioconductor项目在3月30日,2023年。

imcdatasets

1.7.3版本的变化(2023-02-26)

• 添加HochSchulz_2022_Melanoma数据集。

  版本是1.7.2变化(2023-02-25)

• 添加IMMUcan_2022_CancerExample数据集。

• 使用IMMUcan_2022_CancerExample数据集的故事。

  版本变化1.7.1上(2023-01-31)

• 添加完整数据集(面具和单细胞数据)为JacksonFischer数据集。

• 添加“苏黎世”队列JacksonFischer数据集。

• 添加完整数据集(面具和单细胞数据)Damond…数据集。

• 弃用功能(DamondPancreas2019Data,JacksonFischer2020Data,ZanotelliSpheroids2020Data)已经不复存在。

marinerData

0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

用户可见的明显变化

• 你的主要变化参数函数foo()或参数。

错误修复

• 你的bug修复。看到更多的细节在//www.anjoumacpherson.com/developers/pbob电竞体育官网ackage-guidelines/新闻。

红外望远镜

0.99.0版本的变化

• 预发布版本的红外望远镜Bug修复

• 关于数据的固定检查错误消息。表::从文件中读阅读通过添加R . gz文件。跑龙套的进口。重大变化

• 提交给Bioconductor轻微变化

microRNAome

1.21.1版本的变化

• microRNAome数据更新到最新发布的版本(v3)处理miRge的最新版本。

pRolocdata

1.37.1版本的变化

• 添加数据从Moloney et al。(2023)

• 更新语法在作者的描述

• 删除冗余itzhak2016别名

  1.37.0版本的变化

• 新的Bioc猛击版本

scMultiome

0.99.5版本的变化

新闻。md设置

• 添加NEWS.md

SFEData

1.2.0版本的变化

• 添加seqFISH鼠标原肠胚形成的数据

• 纠正宾客礼物数据集格式

SingleCellMultiModal

1.12.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 路德维希Geistlinger作为作者(@lgeistlinger)贡献GTseq数据集。

spatialLIBD

1.11.13版本的变化

用户可见的明显变化

• 现在的装饰图案有一节描述的数据spatialDLFPC, Visium_SPG_AD,和locus-c项目由克里Martinowich,克里斯汀·r·梅纳德和莱昂纳多Collado-Torres LIBD团队以及我们的合作者。

  1.11.12版本的变化

用户可见的明显变化

• fetch_data (“Visium_SPG_AD_Visium_wholegenome_spe”), fetch_data (“Visium_SPG_AD_Visium_targeted_spe”), fetch_data (“Visium_SPG_AD_Visium_wholegenome_pseudobulk_spe”),和fetch_data添加了(“Visium_SPG_AD_Visium_wholegenome_modeling_results”)。使用这个访问https://github.com/LieberInstitute/Visium_SPG_AD的数据项目。

  利用1.11.11版本的变化

用户可见的明显变化

• fetch_data (spatialDLPFC_snRNAseq)现在如果你想下载snRNA-seq数据中使用http://research.libd.org/spatialDLPFC/。

  1.11.10版本的变化

错误修复

• read10xVisiumAnalysis()现在支持spaceranger版本2023.0208.0(内部10 x基因版本)输出文件存储分析华禾投资细节/ analysis_csv目录下还不是出局/分析和使用gene_expression_前缀为每个分析目录。这是测试与@heenadivecha文件从https://github.com/LieberInstitute/spatial_DG_lifespan/blob/main/code/02_build_spe/01_build_spe.R。

  1.11.9版本的变化

用户可见的明显变化

• 费舍尔gene_set_enrichment()现在在内部使用。测试(替代=“更大的”)来测试的优势比大于1。否则优势比(0)可能是重要的。

  1.11.4版本的变化

用户可见的明显变化

• 一些默认的策划方面发生了改变vis_gene (), vis_clus()和相关的绘图功能。这样做是与输入@lahuuki @nick-eagles和详细描述:https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD/commit/8fa8459d8fa881d254824d43e52193bf2c3021c0。最明显,长宽比不再是在绘图区域,NA值将显示与阿尔法混合的浅灰色,和传说的位置之间取得了一致的情节。

  1.11.3版本的变化

新功能

• 添加函数frame_limits()和介绍了vis_clus auto_crop参数(),vis_gene()和所有相关的功能。这个新功能使自动裁剪图像,从而调整策划领域的情况下是有用的图像不是集中和不是一个广场。这是基于工作@lahuuki在https://github.com/LieberInstitute/spatialDLPFC/blob/2dfb58db728c86875a86cc7b4999680ba1f34c38/code/analysis/99_spatial_plotting/01_get_frame_limits.R和https://github.com/LieberInstitute/spatialDLPFC/blob/ef2952a5a0098a36b09488ebd5e36a902bb11b48/code/analysis/99_spatial_plotting/vis_gene_crop.R。

新闻从现有的工作流

seqpac

• 初始Bioconductor提交

弃用和已经包

三十岁两个软件包从这个版本(Bioc 3.16中被弃用后):AffyCompatible, BAC, BitSeq, BrainSABER,桥,cellTree, coexnet, conclus, ctgGEM, CytoTree, DEComplexDisease, flowCL, flowUtils,盖亚,gpart软件,反转,IsoGeneGUI, iteremoval, MACPET, PoTRA,罗摩,Rcade, RNASeqR, scAlign, scMAGeCK,寄居,TCGAbiolinksGUI, TDARACNE, TimeSeriesExperiment, TraRe, tspair XCIR

请注意:彗星,此前宣布弃用在3.16,在Bioconductor已经更新并保持。

三十五软件包中弃用这个版本将被删除在Bioc 3.18:高山,ArrayExpressHTS, ASpediaFI, BiocDockerManager,别致,chromswitch, copynumber,文案,dasper, epihet, GAPGOM, gcatest, GeneAccord, genotypeeval, lfa maanova, metavizr, MethCP, MIGSA,含羞草,NanoStringQCPro, NBSplice, netboxr, NxtIRFcore,奥得河,pkgDepTools, PrecisionTrialDrawer, proBatch, proFIA, pulsedSilac, savR, sigPathway,斯坦,TarSeqQC tscR

两个实验数据的包从这个版本(BioC 3.16中被弃用后):gatingMLData RNASeqRData

两个实验数据包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.18: alpineData plasFIA

没有从这个版本注释包Bioc弃用后(3.16)。

没有弃用注释包在这个版本和Bioc 3.18将被删除。

这个版本没有工作流包被撤Bioc弃用后(3.16)。

没有弃用工作流包3.18这个版本,将被删除。