2022年的11月2日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.16,包含2183个软件包,416实验数据包,909注释包,28工作流和8的书。

有71个新的软件包,9新数据实验包、1新注释包,没有新的工作流,没有新的书,许多更新和改进现有的包。

Bioconductor 3.16兼容4.2 R,并支持Linux上,英特尔64位64位Windows和macOS 10.13(高塞拉)或更高。Bioconductor兴奋开始支持arm64这个版本。这个版本还包括Bioconductor更新码头工人的容器。

Bioconductor谢谢你们每个人的贡献

访问bob 体育平台下载 对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.16
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 新闻从现有的软件包
• 新闻从现有数据实验包
• 新闻从现有的工作流
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.16

更新或安装Bioconductor 3.16:

1. 安装4.2 R。Bioconductor 3.16设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在bob 体育网址 。

新的软件包

有71个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• ATACCoGAPS提供的工具运行CoGAPS算法(多数时候等,2010)的单细胞ATAC测序数据和分析结果。可以用来执行分析的基因,图案,TFs或途径。另外提供了学习和数据传输工具与RNA单细胞测序数据的集成。

• ATACseqTFEA化验Transpose-Accessible染色质使用排序(ATAC-seq)是一个技术评估全基因组染色质易访问性通过探索开放的染色质活跃突变Tn5转座酶将测序适配器插入开放区域的基因组。ATACseqTFEA是当前计算的改进方法,检测转录因子的活性差(TFs)。ATACseqTFEA不仅使用开放地区的差异信息,但也(或强调)的差异TFs足迹(减少站点或插入站点)。ATACseqTFEA提供了一种简便的,严格的方式广泛评估特遣部队活动变化之间的两个条件。

• BASiCStan提供了一个接口来推断的参数基本使用变分推理(ADVI)、马尔可夫链蒙特卡罗(坚果),和最大后验(高炉煤气)推理引擎在斯坦的编程语言。基本是一个贝叶斯层次模型,使用一种自适应大都市在吉布斯抽样方案。斯坦所提供的替代推理方法可能比在某些情况下,例如特别大数据或后验分布与困难的几何图形。

• BiocBaseUtils包提供了实用功能与整体发展。这些包括函数代替槽,选择器显示方法。它旨在结合各种辅助函数经常重用整个Bioconductor生态系统。

• BiocFHIRFHIR R4 JSON格式的包来自https://synthea.mitre.org/downloads。转化的灵感来自一个kaggle笔记本亚历山大Scarlat博士发表的https://www.kaggle.com/code/drscarlat/fhir-starter-parse-healthcare-bundles-into-tables。这是一个非常有限的一些基本的解析和重组过程。额外的工具需要超越Synthea数据插图。

• BioNARR包BioNAR, PPI网络的发达一步一步分析。目标是量化和等级每个蛋白质的同时影响到多个复合物基于网络拓扑和集群。包还支持跨网络评估疾病的多发,特定的集群指向共享/共同机制。

• cardelino方法来推断为人口的细胞克隆树配置使用单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq),可能还有其他形式的数据。方法也提供给细胞的克隆和探索克隆基因表达之间的差异。这些方法可以灵活地集成信息不完美的克隆树木推断基于批量exome-seq数据,和稀疏的变体在scRNA-seq等位基因表达数据。灵活beta-binomial误差模型,随机占辍学事件以及系统使用等位不平衡。

• ccImpute辍学事件使低表达基因与真正的零表达式和不同的低表达在细胞相同的类型。这个问题使得任何后续下游分析困难。ccImpute是一个归责算法使用细胞相似集群建立共识转嫁最可能的辍学事件scRNA-seq数据集。ccImpute证明性能超过现有归责方法的性能同时引入最少的新的噪声以集群性能特征数据集与已知细胞身份。

• CircSeqAlignTkCircSeqAlignTk是专为端到端RNA-Seq圆形基因组序列的数据分析,从对齐到可视化。主要目标类病毒是由246 - 401元环状rna。此外,CircSeqAlignTk实现一个整洁的界面生成合成测序数据,模拟真实RNA-Seq数据,允许开发人员评估校准工具和工作流的性能。bob电竞体育官网

• consICAconsICA实现了一个数据驱动的反褶积方法——独立分量分析(ICA)的共识分解异构组学数据和提取特性适合病人的诊断和预测。方法分离生物相关转录信号从技术效果和提供信息的细胞成分和生物过程。并行计算的实现在包确保高效的现代多核系统的分析。

• crisprDesign提供了一套综合的功能设计和注释CRISPR指导RNA (gRNAs)序列。这包括,非目标搜索、目标效率得分,不相干的得分,完整的基因和TSS上下文注释,SNP注释(人类)。它目前支持五种CRISPR模式(扰动模式):CRISPR淘汰赛,CRISPR激活,CRISPR抑制,CRISPR基地编辑和CRISPR击倒。支持所有类型的CRISPR核酸酶,包括DNA, RNA-target核酸酶,如Cas9 Cas12a, Cas13d。编辑器还支持所有类型的基地。gRNA设计可以参考基因组,转录组和自定义DNA和RNA序列。未配对和成对gRNA设计都启用。

• crisprVerse的crisprVerse R包开发的生态系统是一个模块化的设计和操纵CRISPR指导rna (gRNAs)。所有包分享共同的语言与设计原则。这个包是为了使它易于安装和加载crisprVerse包在一个单一的步骤。了解更多关于crisprVerse,访问https://www.github.com/crisprVerse。

• crisprViz提供了功能说明CRISPR可视化并指导rna (gRNAs)基因组核酸酶和应用程序跟踪。作品结合crisprBase和crisprDesign Bioconductor包。情节就是用Gviz框架。

• CTSVR包CTSV实现CTSV方法由Jinge Yu和象屿罗细胞类型特异的空间变量检测基因占多余的零。CTSV直接模型稀疏的原始统计数据通过zero-inflated负二项回归模型,结合程控比例,并执行基于R包pscl假设检验。包输出p和q值的基因在每个细胞类型,和CTSV可伸缩与成千上万的基因数据集以数以百计的斑点。CTSV可以安装在Windows、Linux和Mac OS。

• demuxmix一个包的多路分解单细胞测序实验池细胞贴上条形码寡核苷酸。包实现方法适合混合回归模型的概率分类细胞,包括多重态检测。多路分解可以估计错误率,和质量控制提供了方法。

• DNAfusionPaired-end测序cfDNA生成的BAM文件可以用作输入发现针对有eml4 - alk变体。这个包是使用位置删除处理BAM文件生成AVENIO肿瘤学分析软件。这些文件是由使用AVENIO ctDNA监测设备和Illumina公司Nextseq 500测序。这是一种有针对性的杂交挥动的方法,包括ALK-specific但不是EML4-specific探针。

• EasyCellType我们开发了EasyCellType可以自动检查输入标记列表从现有软件获得细胞markerdatabases修等。两种量化方法注释提供细胞类型:基因集富集分析(GSEA)和一个确切概率法修改后的版本。函数给出了注释建议图形结果:酒吧情节为每个集群显示候选细胞类型,以及一个点阴谋总结每个集群的前五名重要的注释。

• eds这个包提供了一个函数,读。这是一个低级的效用小鲑鱼EDS格式解读r .这个函数不是被设计为最终用户,而是包主要是为其他Bioconductor包简化包依赖图。

• EpiMixEpiMix是一个全面的工具,用于高通量DNA甲基化数据的综合分析和基因表达数据。EpiMix使自动数据下载(从TCGA或地理),预处理,甲基化建模、交互可视化和功能注释。To identify hypo- or hypermethylated CpG sites across physiological or pathological conditions, EpiMix uses a beta mixture modeling to identify the methylation states of each CpG probe and compares the methylation of the experimental group to the control group.The output from EpiMix is the functional DNA methylation that is predictive of gene expression. EpiMix incorporates specialized algorithms to identify functional DNA methylation at various genetic elements, including proximal cis-regulatory elements of protein-coding genes, distal enhancers, and genes encoding microRNAs and lncRNAs.

• epistasisGA这个包运行设备的方法来识别上位性效应在核心家庭的研究。它还提供了函数permutation-based推理和图形的可视化结果。

• factRfactR包含过程和工具与custom-assembled转录组(GTF)。在其核心,factR构造cd信息定制的成绩单和随后预测其功能输出。此外,factR工具能够策划记录、纠正染色体和基因信息和名单的新记录。

• FuseSOMcorrelation-based多视图自组织映射特性的细胞类型在高度多路复用原位成像血细胞计数分析(FuseSOM)是一种无监督聚类的工具。FuseSOM强劲,达到高精度相结合自组织映射体系结构和一个多视图集成基于相关性的指标。这允许FuseSOM集群高度多路复用原位成像血细胞计数分析。

• gemma.R低收入和高水平包装吉玛的RESTful API。它们使访问策划表达式和微分表达式的数据超过10000发表的研究。吉玛是一个网站,数据库和一个荟萃分析的工具集,基因组数据的重用和共享,目前主要针对基因表达谱的分析。

• GenomAutomorphism这是一个R包之间的同构计算两两对齐从基因组DNA序列表示为元素交换群。在一般的情况下,从一个给定的基因组区域,直到整个基因组人口(从任何物种或密切相关的物种)可以用代数方法表示成一个直接的和循环组或更确切的说阿贝耳p-groups。基本上,我们建议长度为N的多序列比对的代表英国石油公司作为有限阿贝尔群的元素创造的直接和homocyclic阿贝尔群的原动力。

• ggtreeDendro提供了一组“autoplot”方法来可视化树状结构(例如,层次聚类和分类回归树)使用“ggtree”。你可以调整图形参数使用图形语法和整合外部数据的语法树。

• goSorensen这个方案实现了推理方法比较基因列表(在这第一个版本,证明等价)的生物中表达意思同去。相比基因列表具有丰富的交叉表频率表项。不同基因列表之间使用Sorensen-Dice评估指数。最根本的指导原则是两个基因列表作为类似,如果他们分享共同丰富的很大一部分物品。

• HiCDOCHiCDOC规范化染色体内高c矩阵,使用无监督学习来预测A / B隔间从多个复制,和检测舱的重大变化之间的实验条件。它提供了一组功能组装到一个管道过滤和规范化数据,预测隔间和可视化结果。它接受几个类型的数据:表格. tsv文件、冷却器.cool或.mcool文件,榨汁机.hic文件或HiC-Pro.matrix和请全部文件。

• HiContactsHiContacts: R接口(m)酷文件和其他高c处理的文件格式。HiContacts提供了一个工具来分析和可视化高c数据集的集合。它可以从对导入数据或(m)酷文件。

• iSEEhex这个包提供了电池板总结数据点在六角垃圾箱iSEE。它的一部分iSEEu,宇宙iSEE扩展的面板iSEE包中。

• iSEEhub这个包定义了一个定制的着陆页iSEE应用与Bioconductor ExperimentHub。着陆页面允许用户浏览ExperimentHub,选择一个数据集,下载和缓存,并将它直接导入一个Bioconductor iSEE应用。

• 胰岛胰岛是通用的方法进行信号反褶积组学数据。细胞类型特异的参考板,它可以估计细化,当有多个从每个主题样本观察。需要输入的观察到的混合数据(样本矩阵特性),和细胞类型混合比例(由细胞类型矩阵样例),和sample-to-subject信息。它可以解决参考面板在个体基础上。它还可以进行测试细胞类型特异的微分表达式(csDE)来识别基因。

• katdetectrKataegis指的发生区域hypermutation和观察到的现象在各种恶性肿瘤。使用changepoint检测katdetectr旨在识别假定kataegis焦点从常见的数据格式住房基因组变异。Katdetectr已经证明是一个健壮的检测方案,描述和可视化kataegis。

• magrenemagrene允许图形图案的识别和分析(复制)基因调控网络(入库单),包括λ,V, V PPI,δ,bifan图案。入库单可以通过比较检测图案浓缩主题频率零分布从degree-preserving模拟生成入库单。主题频率可以分析基因的复制的背景下探讨小规模的影响和全基因组重复基因调控网络。最后,用户可以交互计算相似基因对基于Sorensen-Dice相似性指数。

• metabinR为执行提供功能丰富和成分装箱基于宏基因组样本,直接从FASTA或FASTQ文件。函数是在Java中实现并通过rJava叫。直接运行的并行实现快速输入FASTA / FASTQ文件执行。

• 比喻比喻被开发来支持用户使用transcriptomic-level数据评估代谢失调(RNA-sequencing和微阵列数据)和生产可发布数据。(度)的差异表达基因的列表,其中包括褶皱变化和p值,从DESeq2或limma,可以作为输入,与样本大小的比喻,将产生一个数据帧的分数为每个KEGG通路。这些分数代表转录变化的大小和方向在通路,连同估计假定值。比喻then uses these scores to visualize metabolic profiles within and between samples through a variety of mechanisms, including: bubble plots, heatmaps, and pathway models.

• MsExperiment基础设施存储和管理所有方面与一个完整的蛋白质组学和代谢组学质谱(MS)的实验。MsExperiment包提供了轻量级的和灵活的容器女士实验基础上新基础设施提供的光谱,女士QFeatures和相关的包。随着原始数据表示,链接到原始数据文件和样品注释,额外的元数据或注释也可以存储在MsExperiment容器。保证最大的灵活性只有最小约束放在容器内的数据的类型和内容。

• mslp一个集成的管道来预测肿瘤的潜在合成杀伤力伙伴(slp)突变,基于基因表达、突变分析和细胞系的遗传屏幕数据。它已经从cBioPortal builtd-in支持数据。主方案得到关联muations WT和补偿的损失函数的突变是随机森林预测的方法(GENIE3)和排名的产品,分别。的遗传屏幕用来identfy共识得到摄动时导致降低细胞生存能力。

• MSstatsShinyMSstatsShiny是R-Shiny图形用户界面(GUI)结合R包MSstats MSstatsTMT, MSstatsPTM。它提供了一个点和点击的端到端分析管道适用于各种实验设计。这些包括data-dependedent收购(DDA) label-free或串联质量标签(TMT)的,以及DIA, SRM,人口、难民和移民事务局收购和那些目标转录后修饰(天车)。应用程序自动保存用户选择和构建一个R脚本,再现他们的分析,支持可再生的数据分析。

• NetActivity#“NetActivity使计算基因集分数从之前训练的稀疏autoencoders。包包含一个函数准备数据(prepareSummarizedExperiment)和一个函数来计算基因设置分数(computeGeneSetScores)。这个包NetActivityData包含不同的pre-trained模型直接应用于数据。另外,用户可能使用包计算基因组分数使用自定义模型。

• octadOCTAD为几乎筛选化合物提供了一个平台定位精确的癌症患者群体。的基本思想是确定药物逆转疾病的基因表达特征通过堵住vegf基因刺激弱表达。包提供了基础参考深度学习组织选择,疾病基因表达特征创建、通路富集分析,药物逆转效能得分,癌症细胞系的选择、药物在硅富集分析和验证。目前占地面积50 ~ 20000病人组织样本覆盖癌症类型,和表达谱~ 12000不同的化合物。

• omada异质性在复杂疾病症状显示不同的分子状态,需要调查。然而,选择一个探索性的众多参数聚类分析在RNA分析研究需要机器学习的深刻理解和广泛的计算实验。工具,协助这些决定事先领域知识不存在和进一步的基因关联分析独立需要执行。我们开发了一套工具来自动化这些流程和健壮的无监督聚类的转录组数据更容易通过自动化的基于机器学习的功能。每个工具的效率测试有四个数据集的特点是不同的表达信号的优点。我们的工具箱的决定反映了实数的稳定的分区数据集的子组是明显的。即使在数据集与生物区分不清楚,稳定子组用不同的表达谱和临床关联被发现。

• oncoscanR软件使用拷贝数段从一个文本文件和标识的所有染色体臂在全球范围内改变和计算各种全基因组的分数。以下HRD分数(BRCA-mutated癌症)的特征包括:LST, HR-LOH, nLST gLOH。包是专为ThermoFisher Oncoscan化验分析和染色体改变套件(底盘),但可以适应任何输入。

• PanViz这pacakge集成数据从京都基因和基因组的百科全书(KEGG)汇总的全基因组协会(GWAS)数据,如提供的GWAS目录或GWAS中央数据库,或用户自己的研究或数据集,为了生产生物网络,称为imon "(集成Multi-Omic网络)。imon "可以用来分析trait-specific多态数据的上下文内生化和代谢反应网络,提供更大的生物可解释性GWAS数据。

• phenomisphenomis的包提供了一些方法来执行后处理(即质量控制和规范化)以及单变量统计分析单和multi-omics数据集。这些方法包括质量控制指标,信号漂移和批处理效应校正,亮度变换,单变量假设检验,而且聚类(以及代谢组学数据的注释)。数据处理标准Bioconductor格式(例如SummarizedExperiment MultiAssayExperiment单一和multi-omics数据集,分别;另一种ExpressionSet和MultiDataSet格式还支持为了方便)。因此,所有的方法都可以随时连接为工作流。管道可以进一步丰富了多元分析和特征选择,通过使用“ropls”和“biosigner”包,它支持相同的格式。数据可以方便地导入和导出到文本文件。虽然方法最初是针对代谢组学数据,大部分的方法可以应用于其他类型的组学数据(如转录组、蛋白质组学)。

• proteasy检索实验推导出蛋白酶和乳沟的数据来源于MEROPS数据库。Proteasy包含映射的功能肽末端已知地点蛋白酶裂解。这个包也可以快速查找已知的基板基于列表(潜在)蛋白酶,反之亦然——查找蛋白酶基于基质的列表。

• RedisParam这个包提供了BiocParallel Redis-based后端,使分布式计算的一种机制。“经理”分配任务到一个“工人”通过中央复述,服务器池,而不是直接工人与其他BiocParallel实现。这意味着工人池可以动态地改变在工作评估。支持BiocParallel的所有功能,包括可再生的随机数流,日志管理器,和替代“负载均衡”任务分布。

• regioneReloadedRegioneReloaded是一个包,允许同时分析基因组区域集之间的联系,使聚类的数据和待发表的图表的创建。它接管,扩展了其前任的所有功能区域。它还集成了一个策略来改善假定值计算和正常化z得分来自多个分析允许直接比较。RegioneReloaded以地区为基础通过添加新的绘图函数获取publication-ready图表。

• 解决癌症是一种基因疾病引起的体细胞突变基因控制等关键生物功能细胞生长和分裂。这些突变可能出现通过细胞内在和外生过程,生成特征突变模式在基因组突变特征。突变特征的研究已经成为现代基因组学研究的标准组成部分,因为它可以揭示(环境和内生)诱变过程是活跃的肿瘤,并可能突出标记对治疗的反应。突变签名计算分析提出了许多陷阱。首先,确定签名的数量的任务非常复杂且依赖于启发式。第二,几个签名没有明确的病因,怀疑他们被计算工件而不是由于诱变过程。最后,方法签名分配很大程度上影响了签名的设置用于分析。为了克服这些限制,我们开发了解决(稳健估计突变签名通过正则化),一个框架,允许突变特征的有效提取和分配。解决实现了一种新型的算法,使(i)高效提取,(ii)暴露估计,和(3)信心评估期间的计算推理突变签名。

• RgnTXRgnTX允许转录组注释的集成模型复杂的可变剪接模式。它支持转录组元素的测试没有明确同种型协会,这通常是真正的场景由于技术的局限性。它涉及的函数做permutaion测试评估特征和转录组区域之间的联系。

• scBubbletreescBubbletree是视觉的量化方法探索scRNA-seq数据。它保留scRNA-seq的生物学意义的属性数据,如当地和全球细胞的距离,以及密度分布的细胞样本。scBubbletree是可伸缩的,避免了overplotting问题,可以想象不同细胞属性源自multiomic单细胞实验。重要的是,重要的是,scBubbletree是易于使用和集成流行的scRNA-seq数据分析方法。

• scDDboostscDDboost R包分析单细胞表达数据的分布变化之间的两个实验条件。相比于其他方法,评估微分表达式,scDDboost好处独特的传达的信息聚类的细胞细胞亚型。通过小说gene-specific经验贝叶斯公式计算后验概率的边际分布表达式相同(或不同)之间的两个条件。实现scDDboost将能够表达数据在每一个条件负二项分布的混合物。

• scif里面你有没有指数排序细胞96或384孔板然后测序利用Sanger测序吗?如果是这样,你可能有一些挣扎,要么手动检查每个单元的electropherogram测序,或当你试图确定哪些细胞是排序后测序。scif开发解决这个问题通过执行桑格序列的基本质量控制和合并流式细胞仪的数据探测单细胞测序数据排序的B细胞。scif里面可以导出汇总表,fasta文件,重复进行目视检查,并生成报告。

• scMET高通量测量单细胞DNA methylomes可以量化的甲基化异构和发现它在基因调控中的作用。然而,技术的局限性和稀疏覆盖可以排除这一任务。scMET分层贝叶斯模型,该模型克服了稀疏,共享信息在细胞和基因功能强劲量化真正的生物学异质性。scMET可以识别高度可变特性驱动表观遗传异质性,并执行差异甲基化和变异性分析。我们说明scMET促进epigenetically截然不同的细胞群的特征以及它如何使小说假说的形成基因表达的表观遗传调控。

• ScreenRScreenR包适合执行达到识别损失函数的高通量生物放映使用条形码执行shRNA-based库。ScreenR结合软件的计算能力,如磨边机的简单使用Tidyverse metapackage。ScreenR执行管道能够找到候选人从条码数支安打,并集成多种可视化模式进行的每一步分析。

• signifindersignifinder是计算的R包和探索肿瘤的签名。它允许计算签名分数只提供基因表达值,并返回一个single-sample得分。目前,signifinder包含46个不同的从文献收集的签名。

• SimBuSimBu可以用来模拟大部分RNA-seq数据集与已知的细胞类型分数。您可以使用自己的单细胞研究模拟或sfaira数据库。存在不同的预定义的仿真场景,选择定制的模拟运行。此外,表达式的值可以通过添加一个适应mRNA偏见,并产生更多的生物相关的模拟。

• simpleSeg图像分割的过程就是识别单个对象的边界(在这种情况下细胞)在一个图像。这允许标记等功能的细胞表达和形态中提取、存储和分析。simpleSeg提供了用户友好的功能,分水岭分割基于多路复用细胞图像基于用户指定的强度R蛋白标记频道。simpleSeg正常化还可以用于单个细胞获得的数据来自多个图像。

• spaSim一套功能模拟细胞在组织图像的空间模式。输出图像multitype SingleCellExperiment格式的数据。每个点代表一个细胞,2 d位置和细胞类型。潜在的细胞模式包括背景细胞,肿瘤/免疫细胞集群,免疫戒指,和血液/淋巴管。

• SpatialFeatureExperiment一个新的S4类将简单的特性与R包科幻将地理空间数据分析方法基于矢量数据空间转录组。还实现了空间社区管理图形和几何操作。这个行囊,构建在SpatialExperiment SingleCellExperiment,因此这些仍然可以使用父类的方法。

• SPIATSPIAT (Spatial我法师一个分析的T问题)是一个R包和一套数据处理、质量控制、可视化和数据分析工具。SPIAT兼容从单细胞空间蛋白质组学平台生成的数据(例如蛋白石、法典、MIBI cellprofiler)。SPIAT读取空间数据的X和Y坐标形式的细胞,标记强度和细胞表型。SPIAT包括六个分析模块,允许可视化,计算细胞colocalization分类相对于肿瘤免疫微环境的地区,分析细胞的社区,和空间异质性的量化,为空间数据分析提供一个全面的工具包。

• SpliceWiz读和对齐的碎片拼接连接可以用来量化可变剪接事件(ASE)。然而,重叠的ase可以混淆他们的量化。SpliceWiz量化红富士苹果,计算percent-spliced-in使用结读取(PSI),并使用IRFinder-based定量基因内区保留。小说过滤器标识作为由重叠事件相对较少的困惑,即可以计算中具有更高的信心。SpliceWiz是超快的,使用多线程处理的BAM文件。它可以使用一个图形化用户运行或命令行接口。基于gui的交互式可视化的微分红富士苹果,包括小说关于RNA-seq覆盖可视化,简化了短内容RNA-seq分析R。

• SpotCleanSpotClean是现货的计算方法调整空间转录组数据的交换。最近空间转录组实验利用幻灯片包含成千上万的斑点spot-specific条形码结合mRNA。理想情况下,独特的分子标识符点测量spot-specific表达式,但这通常不是由于流血从附近的景点,一个工件我们称之为现货交换。SpotClean能够估计的污染率观测数据和清除现场交换效应,从而增加下游的灵敏度和精度分析。

• StatialStatial是一套识别功能的细胞状态的变化。Statial提供可靠的量化提供的功能的细胞类型本地化不变的组织结构的改变。此外Statial揭示标记表达的变化与不同程度的本地化。这些特性可用于探讨不同细胞类型的结构和功能可能改变代理他们包围。

• stJoincountstJoincount,加入统计分析的应用空间转录组数据集。这个工具转换空间映射到一个光栅对象(一个二维图像作为一个长方形矩阵或方形像素网格),在集群标记点转换为相邻像素计算分辨率。邻居的列表创建基于光栅样品,这对每个像素确定相邻和对角线的邻居。二进制空间权值添加到邻居的列表后,multi-categorical加入计数分析然后执行,允许集群的所有可能的组合配对列表。函数返回观察到的加入,预期的空间随机性数条件下,观察到预期的方差计算在非自由抽样。然后计算z分数是观察和预期之间的差异,除以方差的平方根。

• 追求者交叉验证的方法来选择最优数量的突变特征。突变数量的数据集分为训练和验证数据。签名估计在训练数据,然后用来预测验证数据的变异。

• syntenetsyntenet可以用来推断同线性网络从全基因组蛋白质序列和对它们进行分析。锚对与MCScanX检测算法,这是移植到这个包与Rcpp R和c++框架集成。同线性分析的锚对被视为一个无向(即未加权的图。同线性网络),用户可以执行:即网络聚类;二世。phylogenomic分析(通过识别哪些物种包含集群);三世。与最大似然microsynteny-based发展史重建。

• TENxIO提供了一个结构化的S4方法来导入数据文件从10倍管道。它主要支持单细胞Multiome ATAC +基因表达数据在其他数据类型。主要Bioconductor SingleCellExperiment和RaggedExperiment使用数据表示。

• VDJdive这个包提供了处理和分析功能的免疫受体曲目数据,如由CellRanger V (D) J管道。这包括数据解读R,合并与配对单细胞数据,量化clonotype丰度,计算多样性指标和生产常见的情节。它实现了em算法clonotype任务,以及其他方法,利用模糊细胞提高量化。

• “航行者”号旅行者SpatialFeatureExperiment(医药)就像SingleCellExperiment走开。虽然是一个新的S4类医药,旅行者实现基本的探索性空间数据分析(ESDA)超临界流体的方法。第一个版本支持全球空间ESDA单变量方法如莫兰的我,排列测试莫兰的我,和相关图。“航行者”号还实现了绘图函数绘制技术数据和ESDA结果。当地多元ESDA和单变量指标将被添加在后面的版本。

• vsclust基于特征variance-sensitive组学数据的聚类。优化集群任务通过考虑个体特性差异。统计测试,包括几个模块聚类和富集分析。

• 天顶天顶上执行组基因分析的结果用线性微分表达式(混合)建模与梦想通过考虑基因表达特征之间的相关性。这个包实现了相机吴提出的方法从limma包和史密斯(2012)。天顶的相机是一个简单的扩展兼容线性混合模型中实现variancePartition::梦想()。

新数据实验包

有9新数据实验包Bioconductor的这个版本。

• BioPlexBioPlex包实现访问BioPlex蛋白质相互作用网络和相关资源在r .除了蛋白质交互网络HEK293和HCT116细胞,这包括乔鲁姆蛋白质复杂的数据访问、和转录组和蛋白质组数据的两个细胞系。功能集中在导入各种数据资源并将它们存储在专用Bioconductor数据结构,作为下游综合基础数据的分析。

• EpiMix.data支持数据EpiMix R包。它包括:- HM450_lncRNA_probes。rda——HM450_miRNA_probes。rda——EPIC_lncRNA_probes。rda——EPIC_miRNA_probes。rda——EpigenomeMap。rda——LUAD.sample。注释- TCGA_BatchData会面。数据——mRNA。数据——微rna。数据——lncRNA.data
  • Sample_EpiMixResults_lncRNA - Sample_EpiMixResults_miRNA Sample_EpiMixResults_Regular lncRNA TCGA的肿瘤表达数据存储在ExperimentHub。

• HiContactsData提供了一组高c文件(双和(m)酷)。这些数据集可以读成R和进一步研究和可视化HiContacts包。生成的数据包括酵母高c数据Koszul巴斯德研究所的实验室。

• MerfishDataMerfishData ExperimentHub包,可以公开获得的数据集和多路复用Error-Robust荧光原位杂交(MERFISH)。MERFISH是一个大规模多路单分子成像技术能够同时测量的拷贝数和空间分布数百成千上万的RNA物种在单个细胞。包的范围是提供MERFISH基准测试和数据分析。

• MicrobiomeBenchmarkDataMicrobiomeBenchmarkData包提供微生物的功能访问数据集适合基准测试。这些数据集有一些生物的真理,它允许预期的结果进行比较。数据集来自各种来源和出版作为TreeSummarizedExperiment对象提供。目前,只有数据集丰富适合基准微分方法是可用的。

• NetActivityData这个包包含权重从pre-trained浅稀疏autoencoders。这些数据需要得到基因集分数与NetActivity包。

• octad.db打开发现癌症治疗(OCTAD)包意味着药物发现的分析方法。的基本思想是确定药物逆转疾病的基因表达特征通过堵住vegf基因刺激弱表达。下面的包包含所有必需的预先计算的数据整体OCTAD管道计算。

• SFEData例子空间转录组数据集与简单的功能注释SpatialFeatureExperiment对象。技术包括Visium、slide-seq Nanostring CoxMX, Vizgen MERFISH,和10 x赠与宾客的礼物。组织包括小鼠骨骼肌、人类黑色素瘤转移,人类肺癌、乳腺癌和老鼠的肝脏。

• WeberDivechaLCdata在转录组(SRT)和single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq)数据从蓝斑(LC)在后期人类大脑样本。数据生成的10倍基因组Visium SRT和10倍基因组铬snRNA-seq平台。数据存储在SpatialExperiment和SingleCellExperiment格式。

新的注释包

有两个新注释包Bioconductor的这个版本。

• HDO.db一组注释地图描述整个人类疾病本体组装使用的数据。其注释数据来自https://github.com/DiseaseOntology/HumanDiseaseOntology/tree/main/src/ontology。

• UniProtKeywordsUniProt为代表的受控词汇表数据库提供了一个列表作为基因或蛋白质的关键字。这是总结的有用基因功能以紧凑的方式。这个包提供数据层次结构和gene-keyword关系的关键词。

新的工作流包

没有新的工作流包。

新书

没有新的在线书籍。

新闻从现有的软件包

affxparser

版本变化1.69.1 (2022-04-28)

错误修复

• 移植的bug修复affxparser 1.68.1。

  版本变化1.69.0 (2022-04-26)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC R-devel 3.16。

  版本变化1.68.1 (2022-04-28)

错误修复

• affxparser(> = 1.67.1)未能安装与R建旗- fpic。症状是连接错误的ld: 000. init。o:搬迁R_X86_64_32反对”。rodata”时不能使用共享对象;重新编译- fpic collect2:错误:ld返回1退出状态”。

alevinQC

1.13.2版本的变化

• 允许处理与过滤permitlist alevin-fry数据

  1.13.1版本的变化

• 错误修正;使用丁腈橡胶映射读取计算分数的alevin-fry读取条码列表中

AlpsNMR

版本变化以下4.4.1 (2022-11-02)

• 删除归档的依赖

• 试着在palomino4修复建设,由于R CMD的竞态条件检查

  版本变化3.99.7 (2022-10-27)

微小的变化

• 修复palomino4构建问题,简化helper函数

  版本变化3.99.6 (2022-10-26)

微小的变化

• 当储蓄,规范化额外信息保存。
• 更新downsampled演示示例数据。
• 更健壮的nmr_baseline_threshold ()

• 更快的例子

  版本变化3.99.5 (2022-10-26)

微小的变化

• 删除调用弃用ggplot2: qplot ()

  版本变化3.99.4 (2022-10-19)

重大变化

• 改善了download_MTBLS242()函数,允许下载所需的部分MTBLS242教程或整个数据集,这可能很高兴如果你想玩之外的教程。

• 阅读时力量样本一个zip文件,您现在可以指定文件名的邮政子目录。例如,“/道路/ /是!/样本/ 3”,当样本。zip包含一个文件夹命名为样本和一个叫3包括样本数据的子文件夹你想读。

微小的变化

• 删除Bioconductor构建系统解决方案,因为https://github.com/Bioconductor/BBS/issues/220是固定的。

  版本变化3.99.3 (2022-10-17)

• libarchive作为SystemRequirement添加到解决方案的一个限制Bioconductor构建系统(BBS),不能递归地选择系统需求。感谢詹妮弗Wokaty检查BBS和提供这个建议。

  版本变化3.99.2 (2022-10-14)

突发的变化

• 在nmr_integrate_regions fix_baseline = FALSE()为默认。前真正的方法在这里没有多大意义,如果峰值边界没有完全建立。

重大变化

• 基线评估:我们现在提供nmr_baseline_estimation除了nmr_baseline_removal () ()。估计函数计算基线和保存它,而不是从信号减去它。这是一个更好的方法,因为它允许管道的每一步决定减去基线是否有意义。nmr_baseline_removal()是目前仍然可用,但在未来的版本将被弃用。

• 在nmr_detect_peaks baselineThresh参数()现在我们建议使用nmr_baseline_threshold(数据集、方法=“median3mad”)。这比前者更健壮(但仍然默认)方法。

• 峰值检测和集成:我们想方法峰值检测,聚类集成方式不同。而老管道仍然是预期,我们引入了新的参数峰值检测,向后兼容的违约和峰值集群功能。我们仍然提供装饰图案与前工作流程,因为它仍然相关,但我们可能会反对它在未来的版本中,一旦我们有信心,我们的改革是健壮的跨多个数据集。

• Parallellization:我们从未来计划转向BiocParallel,更好地整合在Bioconductor生态系统。在这个版本中,如果你使用一个不同的未来计划转向BiocParallel你可能会得到一个警告。在以后的版本我们将删除依赖(棒)未来的计划。

微小的变化

• 你现在可以设置实验名称(NMRExperiment)名称(集)< - c (“Sample1”、“Sample2”)。
• 你现在可以通过一个名为nmr_read_samples函数向量和样本的名字。的名字将被用作示例的名字。
• 峰值检测有一个更健壮的基线阈值估计
• 峰值检测估计基线阈值分别在每个样本。阈值计算只使用示例,我们正在检测峰值。
• 峰值检测包括一个简单但有效的洛伦兹拟合(面积和宽度估计)
• 添加功能来评估使用阴谋峰值检测的质量
• 更细粒度的插值轴轴=零在nmr_interpolate_1D ()
• 保存排除地区nmr_dataset对象列表。
• 下降MassSpecWavelet方法对部分参数匹配自固定的上游
• 文档:开始提供详细信息提示功能
• 删除未使用的弃用进口来自未来的包(@HenrikBengtsson # 65,谢谢)
• 添加URL和BugReports描述(@HenrikBengtsson # 64,谢谢)
• 阅读力量样品现在是一个更健壮,给详细回溯的错误。

ANCOMBC

变化在2.0版本中(2022-10-19)

• 添加ancombc2函数

AnnotationForge

1.39.0版本的变化

修改

• 1.39.1更新查询uniprot休息

• 1.39.2 viableID更新。rda为即将发布

AnnotationHub

3.5.0版本的变化

新功能

• (3.5.2)添加dcf dispatchclass

• (3.5.1)添加CompDb dispatchclass

铁砧

1.10.0版本的变化

新功能

• (v 1.9.1)添加drs_access_url()返回签署从drs https:// url: / / uri。加强drs_cp ()。

• (v 1.9.4) auto_unbox =参数添加到服务类,允许其他开发人员仅值传递给REST api的灵活性。bob电竞体育官网

• (v 1.9.7)添加开发人员设施跟踪API的变化罗尔斯,Terra和莱昂纳多服务

用户可见的变化

• (v 1.9.2)反对砧:安装()&朋友赞成BiocManager::安装(),现在知道容器二进制存储库。

• (v 1.9.8)更新罗尔斯,Terra和莱昂纳多服务。改变端点包括:

罗尔斯

删除美元[1]admin_delete_refresh_token admin_statistics_getbob 体育平台下载 refreshToken refreshTokenDate

美元更新[1]listUserBillingAccounts createWorkspace getTags[4]克隆entity_type_metadata get_entity [7] entityQuery createSubmission validateSubmission

泰拉

删除美元[1]userTrial listImportPFBJobs importPFBStatus

美元更新[1]deleteBillingProject billingAccountsbob 体育平台下载 createWorkspace cloneWorkspace [5] entityQuery flexibleImportEntities [7] importEntities createSubmission [9] validateSubmission browserDownloadEntitiesTSV [11] setProfile

莱奥纳多

美元[1]batchNodepoolCreate删除

美元更新[1]listApp listAppByProject deleteApp [4] createApp listDisks listDisksByProject [7] createDisk updateRuntime createRuntime [10] setCookie proxyClusterJupyter proxyClusterJupyterLab [13] proxyClusterRStudio

• (v 1.9.9)添加“小工具”(简单的图形界面)关键功能,avworkspace_gadget (), avtable_gadget (), avworkflow_gadget ()。还browse_workspace()在浏览器中打开terra工作区。

错误修复

• 1.9.3 (v / 1.8.2) avworkflow_localize()查找submissionId文件正确。

• (v 1.9.5 / 1.8.3) drs_stat accessUrl包含在响应时()的作品。

• 于(v 1.9.6 / 1.8.5) gsutil_cp()和gsutil_rsync()使用normalizePath()在源和目标参数避免创建目录包含~在意想不到的地点提供路径,。或者…

• (19.10 v / v 1.8.6) gcloud_account (“ ”)没有缓存的访问令牌失效。https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/66

• (1.9.11 v / v 1.8.7)避免改变“做”工作流的状态‘流产’https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/64

• (v 1.9.11 / v 1.8.7)允许“零”的实体参数avworkflow_run () https://github.com/Bioconductor/AnVIL/issues/65

AnVILPublish

版本1.8.0的变化

新功能

• (诉1.7.1上)支持出版输出“.Rmd”

• (诉1.7.2)支持的四开限制型心肌病ipynb转换

• (诉1.7.3)支持Qmd的文件。

用户可见的变化

• (诉1.7.4)更新工作区出版——直接把“描述”标题下所以它出现在工作区中总结;添加当前日期的引用,如果没有定义。

错误修复

• (诉1.7.4)工作区仪表板和启动链接笔记本在“分析”,而不是“笔记本”位置;清理小插图作者列表。

aroma.light

版本变化3.27.0 (2022-04-26)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC R-devel 3.16。

ATACCoGAPS

版本变化0.99.0 (2022-03-04)

• 提交给Bioconductor

ATACseqQC

1.21.2版本的变化

• 为NA seqlengths factorFootprints.R添加错误消息

  1.21.1版本的变化

• 删除vPlot BSgenome对象的限制

AUCell

1.19版本的变化

• 新功能:AUCell_assignCells ()

bandle

1.1版本的变化

bandle 1.1.3

• 在文档中添加更多的细节如何fitGPs并通过hyppar fitGPmaternPC
• 更新错误的片段和删除不必要的调用库
• 添加安装故障排除部分自述建议用户潜在失踪的二进制库

bandle 1.1.2

• 修复bug plotConvergence函数

bandle 1.1.1

• 使用gh行动来构建网站

版本1.1.0

• 修复拼写错误
• 从bioconductor上游更改

基础知识

版本变化2.9.7 (2022-09-06)

• 在BASiCS_DetectHVG / BASiCS_DetectLVG错误修复。

  版本变化2.9.6 (2022-09-05)

• 添加TransLogit参数BASiCS_PlotDE火山地块规模分对数。的后验概率区间[0,1]这可能更容易想象“有趣”地区的差异(例如,0.6 - 1)

  2.9.5版本的变化(2022-07-29)

• 进一步修复bug子集BASiCS_Chain对象的方法。现在尊重子集排序隐含字符或数字指标,它以前没有。

  2.9.4版本的变化(2022-07-28)

• 更新roxygen版本

  版本变化2.9.3 (2022-07-18)

• 分而治之的代码错误修复——正确处理参数如StoreChains和RunName在这个上下文。

  2.9.2版本的变化(2022-07-18)

• 实现并行测试

• 删除方差decomp绘图代码从一个公共BASiCS_PlotVarianceDecomp内部代码块。

  2.9.1版本的变化(2022-05-04)

• 开关使用DOUBLE_EPS函数调用std:: numeric_limits ::ε()——信用托马斯Kalibera通知由私人信件。

BASiCStan

1.0版本的变化

• 初始版本支持WithSpikes和回归模式。没有增长的版本是支持固定比例正常化因素(食物大小因素在默认情况下使用)。

beachmat

2.14.0版本的变化

• 添加了榻榻米c++库链接的其他包。

BEclear

版本变化2.13.2 (2022-09-21)

• 固定问题测试

• 固定问题的文件夹

啤酒

改变版本1.1.3 (2022-06-26)

• 添加辅助绘图观测与预期读计数(getExpected ())

• 添加辅助绘图贝叶斯因子(getBF ())

  1.1.2版本的变化(2022-06-06)

• 添加codetools来建议为BiocParallel依赖。

  变化的1.1.1版(2022-06-06)

• 增加了对运行的支持刨边机与glmQLFTest而不是确切的。

benchdamic

版本变化1.3.11 (2022-10-31)

• 更新与新ancombc2 DA_ANCOM方法

  版本变化1.3.10 (2022-10-20)

• 从DA_ALDEx2重新利用假定值提取()与测试=“漠视”

  版本的变化就开始(2022-09-18)

• 在v1.3.5临时删除后重新添加玉米棒子

  版本变化1.3.8 (2022-09-18)

• 表头的bug修复第3章的故事

  版本变化1.3.7 (2022-09-18)

• 增加了更多的信息的方法在第三章故事

  1.3.6版的变化(2022-09-10)

• 简化了装饰图案

  1.3.5版本的变化(2022-09-07)

• 暂时把玉米棒子。新版本的detectseparation v0.3打破它。

• 更新介绍相应的装饰图案。

  1.3.4版本的变化(2022-09-07)

• 更新简介故事。

• 删除HMP16SData块。

• 有条件使用kableExtra补充道

• 删除从HMP16SData和ffpe的依赖

• 实现猫函数而不是使用ffpe: CATplot

  改变v1.3.3 (2022-09-06)

• 在DA_basic改变logFC计算= TRUE

• 在介绍装饰图案从10到2修正的数量比较

  1.3.2版本的变化(2022-09-03)

• 更改第一次修订后的“生物信息学”杂志上

• 改善装饰图案与更多的描述、新方法和更多的章节

• 改进的警告和错误消息

• 支持TreeSummarizedExperiment对象

• get_count_metadata()的新函数访问计数和phyloseq或TreeSummarizedExperiment对象的元数据。

• 添加了“fitFeatureModel”实现在DA_metagenomeSeq ()

• “CSS”标准化因素现在返回,没有除以比例因子

• 取代“CSS_median”和“CSS_default”的标准化与“CSS”

• 添加了“千瓦”和“漠视”实现在DA_ALDEx2 ()

• 添加“配对。测试”选项DA_ALDEx2()为“t”和“威尔科克斯”测试

• 添加支持“CLR”、“钢筋混凝土”,“没有一个”DA_Seurat规范化方法()

• 增加了支持“规模。在DA_Seurat因素”()

• 增加了更多的关于标准化和DA方法控制和冗长

• 添加plotLogP()函数plottin假定值负对数分布

• 添加DA_NOISeq (), DA_dearseq (), DA_ANCOM(),和DA_basic()的方法

• 添加detectseparation(< = 0.2.0)“进口”,新版本0.3不兼容0.2玉米棒子

  1.3.1版本的变化(2022-05-16)

• 更新简介装饰图案

• 增加了更多的引文和作者

• 添加图题注和引用

  1.3.0版本版本的变化(2022-04-26)

• 撞x.y。z版本创建RELEASE_3_15后奇怪的y分支

  1.2.5版本的变化(2022-09-10)

• 移植1.3.6释放重击的变化版本

  变化在版本4 (2022-09-07)

• 移植猛击1.3.5版本释放的变化

  改变版本1.2.3 (2022-09-07)

• 移植1.3.4释放重击的变化版本

  1.2.2版本的变化(2022-09-06)

• 移植猛击v1.3.3释放的变化

  这次1.2.1版本的变化(2022-09-03)

• 1.3.2释放移植重击的变化版本

BindingSiteFinder

1.4版本的变化

• 主要装饰图案的返修

• 实现bindingSiteCoveragePlot()函数

• 添加构造子集通过索引功能

• minCrosslinks minClSites可以得到释放,当参数设置为0

• coverageOverRanges()函数失败在下标越界错误消息

• 固定错误ReproducibilityFilter()函数

• 在构造函数BSFDataSet修复沉默的选项

BiocBaseUtils

1.0.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

BiocCheck

1.34版本的变化

新功能

• 冗余包之间的依赖关系检查描述和名称空间已被移除。这些已经出现R CMD检查“检查包依赖性”。

• 使用callr运行BiocCheck在一个单独的进程,这避免了干扰加载包(@vjcitn # 158)

BUG修复和小改进

• 更新checkVigInstalls和checkVigBiocInst为了避免假阳性(@almeidasilvaf # 170)。

• 只计算非评估块当有装饰图案

• 解决假阳性警告”进口{pkg}在名称空间以及描述。“包裹没有使用名称空间,但使用双冒号包裹::函数在一个S4的方法。(@zeehio # 166)

• 修复错误输入getDirFile向量在checkForValueSection(@zeehio # 163)

• 允许lookback匹配T / F和排除列表元素,例如,$ F列表(@lshep # 161)

• 解决缩进数扣除yaml前页的小插曲(@harpomaxx # 100)

• 更新的内部文档BiocCheck-class

• 修复bug,行号都将删除空行解析(@lshep # 159)

• 描述字段检查稍微提高句子计数器(@lshep # 160)

• 更新文档链接指向contributions.bioconductor.org (@LiNk-NY # 157)

BiocFHIR

1.0.0版本的变化

• 从https://synthea.mitre.org/downloads专门处理JSON数据

BiocFileCache

2.5版本的变化

增强

• (2.5.2)添加选项覆盖独特标识符时将文件添加到缓存中。这将允许精确匹配的原始文件的名字。

错误修复

• (2.5.1)如果交互式地决定不removebfc错误

BiocParallel

1.32版本的变化

新功能

• (v 1.31.10) bpiterate()当ITER不是一个函数将使用bpiterateAlong()尝试遍历元素ITER [[1]], ITER (2https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2022-July/019075.html)等

用户可见的变化

• (v 1.31.3)反对BatchJobsParam BatchtoolsParam

• (v 1.31.11)代替随机数.Rnw装饰图案与限制型心肌病(html)版本(谢谢Madelyn卡尔森!)https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/215

• (v 1.31.12)阐明违约数量的核心,并使用在共享集群(感谢达里奥Strbenac) https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/218 https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/217

• (v 1.31.15)取代介绍BiocParallel .Rnw装饰图案与限制型心肌病(html)版本(由于菲莉Atieno !) https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/226

错误修复

• (v 1.31.1)抑制包在工人https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/198启动消息

• (v 1.31.1)强制超时整数(通常从数字)https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/200

• (v 1.31.2)避免段错误当ipcmutex()函数生成c++错误。这很少发生,例如当促进文件锁定所使用的目录(在/ tmp)是由另一个用户。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/202

• (v 1.31.2)重置bpRNGseed bpstart后()()是可再生的https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/204

• (v 1.31.5)启用日志为多个经理分享相同的工人。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/207

• (1.31.13 v / v 1.30.4)只出口变量.GlobalEnv或包:https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/223https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/224

• (v 1.31.14)减少bpmapply内存使用。由于塞吉奥轮胎式压路机。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/227

BiocPkgTools

1.16.0版本的变化

用户可见的明显变化

• get_cre_orcids和orcid_table允许ORCID API来获取信息的查询ORCID记录在的维护者描述文件(@vjcitn)

• biocBuildEmail现在允许来维护人员邮件覆盖cc和bcc输入。

• biocLastBuildDate给最后的日期发布构建特定发布版本,bioconductor.org网站所示

• 参数默认值为buildPkgDependencyDataFrame改变了比赛的吗工具::package_dependencies哪个更适合识别“强有力”的依赖关系(@vjcitn, # 55)。

• latestPkgStats,activitySince,pkgDownloadRank是为了把包从GitHub API使用统计数据“大酒店”从Bioconductor包或。他们是资助机构特别是有用的报告。

biocthis

1.7.0版本的变化

新功能

• use_bioc_pkgdown_css():帮助你风格pkgdown网站Bioconductor颜色。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/biocthis/issues/34。
• use_bioc_badges():帮助你列出所有Bioconductor徽章(软件)。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/biocthis/pull/35。
• use_bioc_feature_request_template():创建一个GitHub库特性请求模板。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/biocthis/pull/33。use_bioc_issue_template()和use_bioc_support()也更Bioconductor-centric更新。
• 增加了支持tinytest use_tinytest ()。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/biocthis/pull/32。

错误修复

• 固定pkgdown网站创建。有关详细信息,请参阅https://github.com/lcolladotor/biocthis/issues/29。这也没什么深交的https://github.com/lcolladotor/biocthis/issues/31。
• r-lib /动作的固定用法。我们现在使用v2。见https://github.com/lcolladotor/biocthis/issues/36, https://github.com/lcolladotor/biocthis/pull/37,和https://github.com/r-lib/actions/issues/639。
• 由于每个人贡献拉请求和GitHub问题!

biocViews

1.65.0版本的变化

增强

• (1.65.4)改变允许Mac ARM64二进制文件

• 限制型心肌病(1.65.2)转换Sweave小品文

• (1.65.2)添加.gitignore

BioNAR

0.99.001版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

biosigner

1.25.6版本的变化

次要的修改

• 次要的修改更新

  1.25.4版本的变化

次要的修改

• biosigner。限制型心肌病装饰图案:更新

  1.25.2版本的变化

新功能

• biosign:现在处理SummarizedExperiment和MultiAssayExperiment实例

BridgeDbR

2.7.5版本的变化

错误修复

• 固定方法定义

  第2.7.4版本的变化

新功能

• 改进代码

  2.7.3版本的变化

新功能

• 更新为BridgeDb 3.0.14

• 支持主要/次要标识符注释

• 添加映射Bioregistry。io紧凑的标识符

• 添加Bioregistry获得数据源。io前缀

错误修复

• 固定的一些元数据方案限制型心肌病

cageminer

v1.3.3变化

新功能

• 添加引用文件链接到发表论文。
• 单元测试覆盖率提高到100%。
• 改变pkgdown网站模板匹配我的所有包的新标准。

红衣主教

版本变化2.99.1 (2022-10-31)

用户可见的明显变化

• 更新后的小插曲红衣主教3

• 扩大默认m / z“宽容”稀疏的光谱

• 切换为稀疏光谱线性插值

  版本变化2.99.0 (2022-10-26)

用户可见的明显变化

• 更新后端问题2.0内存不足

• 删除对遗产类和方法的支持

cbaf

版本变化1.20.0 (2022-10-24)

新功能

• 引入oneOfEach !使用此选项将迫使availableData()返回一个研究每个癌症类型,包含感兴趣的技术,而不是将所有数据存储在一个excel文件。

• 现在可以为单个基因生成的热图。

cBioPortalData

2.10.0版本的变化

新功能

• 添加cgdsr cBioPortalData迁移装饰图案(@kmezhoud # 54)
• 地图上未标明的实验现在在cBioDataPack添加元数据
• 设置默认的api。= api / v2 / api文档cBioPortal api来访问协议的新位置
• fetchData developer功能添加到处理molecularData和mutationData请求从molecularProfileIds推导出向量

Bug修复和小改进

• 检查有效studyIds cBioDataPack getStudies
• 要求论点正确传递到cBioDataPack缓存机制
• check_build选择cBioDataPack尤其是新研究还没有检查。

celda

版本变化1.13.0 (2022-10-20)

• Bug修复与集群相关的标签存储为因素和策划
• 更新v1.4-2稀疏矩阵变换与矩阵

CellBarcode

1.2.2版本的变化

增强

• 减少内存使用通过移除barcodeObj原始序列。

• 通过使用Rcpp Impromve fastq阅读效率。

新功能

• bc_splitVDJ分裂VDJ条形码(实验)。

• bc_extract_10X_scSeq函数用于提取记录条形码在10倍基因组scRNASeq数据。

错误修复

• 修复bc_cure_cluster的错误。

cellxgenedp

1.2版本的变化

用户可见的明显变化

• (诉1.1.4)允许自定义files_download()缓存。由于@stemangiola, https://github.com/mtmorgan/cellxgenedp/pull/9

• (诉1.1.6)数据集重新命名为self_reported_ethnicity种族领域

• (诉1.1.7)使用zellkonverter basilisk-based Python解析器来读取H5AD文件在装饰图案,见https://github.com/theislab/zellkonverter/issues/78

其他

• (诉1.1.2)重置缓存每周在构建机器上

• (诉1.1.6)使用{rjsoncons}凹口方案查询,而不是当地的实现。由于@LiNk-NY, https://github.com/mtmorgan/cellxgenedp/pull/12

ChIPanalyser

1.19.0版本的变化

包更新

• 新模型——整合染色质亲和力和染色质状态

• 遗传算法推断出最优的目的

ChIPpeakAnno

3.31.4版本的变化

• 更新oligoFrequency函数来删除序列长度的限制

  3.31.3版本的变化

• 支持CSV格式toGRanges

  3.31.2版本的变化

• 使用“entrez_id”而不是“EntrezID”getEnrichedPATH()的输出

  3.31.1版本的变化

• proximal.promoter添加参数检查。截止和immediate.downstream。cutoff for assignChromosomeRegion.

• 修复bug在plotBinOverRegions

ChIPQC

1.33.1版本的变化

• 利用BiocParallel更健壮,现在决定

• 错误修复(is.na(山峰)的问题

ChIPseeker

1.33.4版本的变化

• 添加引用问:王(2022)(2022-10-29,坐)

  1.33.3版本的变化

• 允许通过用户定义的颜色vennpie()(2022-10-20,星期四,# 202,# 207)
• 添加列paramter annotatePeak(),以更好地支持通过EnsDb annoDb (# 193, # 205)

• 出口getAnnoStat () (# 200, # 204)

  1.33.2版本的变化

• 支持通过= " ggVennDiagram " vennplot函数(2022-09-13,星期二)

  1.33.1版本的变化

• plotPeakProf()允许通过农庄对象或农庄组织对象的列表TxDb参数(2022-06-04,坐)
• 添加测试文件getTagMatrix()和plotTagMatrix ()
• getBioRegion()支持UTR区域(3 'utr + 5 'utr)
• makeBioRegionFromGranges()支持从白手起家的生成windoes农庄组织对象
• 允许指定颜色covplot()(2022-05-09,星期一,# 185,# 188)

CHRONOS

1.25.1版本的变化

• 更新失效链接在downloadKEGGPathwayList ()。

CircSeqAlignTk

版本变化0.99.0 (2022-08-09)

• 发布CircSeqAlignTk

ClassifyR

3.2.0版本的变化

• 快考克斯生存分析。

• 简单的参数设置,使用crossVaildate,现在有调优参数网格作为标准。

• 包装是大大简化。现在,只有一个方法,一个数据帧和他们不出口,因为他们不是由最终用户直接使用。

• prepareData函数过滤和输入数据子集使用常用方法,如missingness和可变性。

• 无效的列名称的数据(如空间、连字符)转化为安全名称造型但转换回原来的名称跟踪排名和选择功能。

• 可用函数显示关键字对应转换,选择分类器函数。

• 更多的功能有自动选择参数输入数据的基础上,减少所需指定的参数。

• 添加新分类器对随机生存森林和极端的梯度增加。

• 自适应抽样模型的不确定性与adaptiveResamplingDelta类标签可以启用。

• 参数调优固定只使用样本训练集。

切肉刀

版本变化1.35.1 (2022-08-31)

• 解决办法:适应新UniProt.ws装饰图案的代码。

clusterExperiment

2.17.3版本的变化

• 固定的错误plotBarplot在处理non-assigned(1)当比较两个集群(颜色集群是不正确的)

• 固定的错误的构造子集ClusterExperiment集群对象如果未赋值的类别(1)给出了一个标签clusterLegend不同于“1”(将这些样品常规集群)。

clusterProfiler

4.5.3版本的变化

• GSEA()支持GSONList对象(2022-09-21,结婚)

• 浓缩器()支持GSONList对象(2022-09-06,星期二)

  4.5.2版本的变化

• 支持GSON对象传递给浓缩器(USER_DATA)和GSEA (USER_DATA) (2022-8-01, Mon)
• gson_kegg_mapper()允许建立一个gson KEGG映射器服务的对象从输出(2022-07-29,星期五,# 492)
• 修正显示方法compareClusterResult(2022-06-21,星期二,# 473)
• gson_KEGG()下载最新KEGG和输出GSON对象(2022-06-08,结婚)
• 支持通过GSON对象gseKEGG(生物)

• 支持通过GSON对象enrichKEGG(生物)(2022-06-06,Mon)

  4.5.1版本的变化

• 遵循KEGG api升级,从http, https (2022-06-06, Mon)
• 时使用“经由wininet”下载KEGG数据.Platform $ OS。类型=“windows”(2022-06-03,星期五)
• mv阅读。格林尼治时间和read.gmt。wp gson的包和再出口这两个函数从“gson”(2022-04-28,清华)
• 修复compareCluster当有趣= enrichPathway(2022-4-28,清华)

CNVfilteR

1.11.1版本的变化

错误修复

• 小虫固定:现在loadVCFs()正确覆盖vcf生成tabix文件如果临时使用dir。它阻止一个不太可能的但不必要的情况:当,在相同的R会话,用户更新VCF内容没有重命名它。在这种情况下,文件已经存在和新VCF / GZ文件没有被CNVfilteR。

cogeqc

1.1.8版本的变化

变化

• 现在还考虑无标度拓扑适合同线性评估公式。

错误修复

• Reference-based orthogroup推理不要求完全相同的物种了。

  1.1.7版的变化

错误修复

• 变量Duplications_50重复的数据帧不匹配变量dup的统计数据帧的输出read_orthofinder_stats ()

新功能

• 取代分散公式与一个更有意义的和可翻译的。

• 添加了一个max_size param plot_og_sizes()忽略og超过一个特定的大小。

  版本1.1.4的变化

新功能

• 添加选项量表分数的最大值

  1.1.3版本的变化

新功能

• 添加了一个修正的overclustering calculate_H(),处罚在多个orthogroups蛋白质域。
• 更新描述提供一个详细的解释,同质性得分是如何计算的。

彗星

版本变化1.29.2 (2022-10-26)

• 删除依存关系工具

• 添加函数来替换包工具

compEpiTools

1.31.1版本的变化

• 以下功能更新
  • GRbaseCoverage / GRcoverage / GRenrichment: ApplyPileupsParam的maxDepth设置是提高到1000000

ComplexHeatmap

2.13.4版本的变化

• anno_barplot ():固定一个错误当分开设置,酒吧是错误的策划下除了= TRUE。

• anno_boxplot ():添加两个新的argumetn:add_points和pt_gp。

• 固定大小的错误列标题错误计算。

  2.13.2版本的变化

• HeatmapAnnotation ():固定一臭虫,其注释传说并非都是时生成的df是集。

• 沮丧():现在bg_col可以是一个向量的长度超过两个。

• oncoPrint ():添加pct_include论点。

• anno_density ()固定一臭虫,其xlim被忽略的“热图”。

  2.13.1版本的变化

• column_title_rot可以设置值。

• 自动识别Jupyter环境。

• 沮丧():comb_col现在是正确分配当组合矩阵转置。

CompoundDb

1.1版本的变化

1.1.6版本的变化

• CompDb测试还对NA输入。

1.1.5版本的变化

• MsBackendCompDb总是返回collisionEnergy数值。

版本1.1.4的变化

• 添加脚本创建一个从MassBank CompDb数据库。

1.1.3版本的变化

• 扩大装饰图案与例子从头开始创建CompDb数据库。

1.1.2版本的变化

• 添加insertCompound和deleteCompound函数来添加或删除从CompDb或IonDb化合物。

1.1.1版本的变化

• 在deleteIon修复错误的警告消息。
• 更改数据库数据类型为内部ion_id从性格到整数。

CoreGx

2.1.7版本的变化

• 固定一个错误当删除TreatmentResponseExperiment试验通过NULL赋值
• 添加一个名字S4方法fo TreatmentResponseExperiment启用标签自动完成美元进入交互式会话
• 添加额外的药物组合建模方法;这些变化将被记录在一个新的装饰图案一旦彻底测试了新的功能

• 现在这些实验和不应被认为是一个稳定的API

  2.1.6版本的变化

• 改变默认的并行化策略在aggregate2(因此在聚合,TreatmentResponseExperiment-method和endoaggregate)将表分成nthread表而不是使用
• 结果应该是(1)并行现在总是比串行计算,那是假的
• 内存使用的并行化应该更小,因为我们没有分裂成很长表的列表
• 优化的内部表示的NA TreatmentResponseExperiment化验指标删除存储rowKey-colKey组合没有观测试验
• 这是导致内存使用气球如果rowKey和colKey都大序列
• 前缀“。“内部分析指数为每个试验列名

• 这应该减少内部之间的名称冲突混乱关系元数据和分析的列名(具体地说,您现在可以有一列具有相同名称的分析)

  2.1.5版本的变化

• 添加错误消息CoreSet show方法,让用户知道使用updateObject如果槽名称无效

  2.1.4版本的变化

• 添加endoaggregate方法计算TreatmentResponseExperiment测定聚合内的对象

• 添加mergeAssays方法允许加入TreatmentResponseExperiment内分析

  2.1.3版本的变化

• 更新CoreSet装饰图案,以反映最近的更改对象结构
• 改名为LongTable装饰图案TreatmentResponseExperiment和更新内容以反映从2.1.1类结构的变化
• 生成新的TreatmentResponseExperiment类和结构图,是他们在TreamentResponseExperiment装饰图案
• 添加新示例TreatmentResponseExperiment对象包数据
• 添加各种单元测试LongTable(因此也TreatmentResponseExperiment)
• TREDataMapper-accessors添加适当的文档对象
• 添加聚合数据的方法。表和LongTable
• 添加endoaggregate LongTable方法,它使用聚合内部但分配结果回对象并返回更新的对象。因此该方法是一种内变质版本的聚合。
• 增添了新的论证总结分析,LongTable-method只有高度列已经总结了如果假的

• 添加assayCols和assayKeys辅助方法能够利用有效测定列名或化验的键列,分别。

  2.1.2版本的变化

• 修复bug在logLogisticRegression导致Bioconductor 3.16每日构建测试失败

  2.1.1版本的变化

• Bioconductor以来首次更新3.15版本
• 返工LongTable类的合并回主干
• 该对象已被更新

cTRAP

1.14.1版本的变化

• 添加cTRAP版本欢迎模态
• 修复崩溃当提交芹菜工作(包括失踪的函数)
• 解决大型JSON响应从DT被反向代理默认设置

cytomapper

1.9.2版本的变化(2022-10-24)

• measureObjects占单一物体的图像

  版本变化1.9.1 (2022-07-24)

• measureObjects功能转移mcols图像和面具colData (sce)

• SpatialExperiment允许返回的对象

CytoML

3.11版本的变化

API的变化

• 重命名参数sampNLoc - > sample_names_from open_flowjo_xml
• 现在所有解析器(flowjo / cytobank / diva_to_gatingset)返回GatingSet基于cytoset而不是ncdfFlowSet
• 添加反式参数cytobank_to_gatingset允许覆盖从gatingML文件的转换(# 76)
• gatingset_to_flowjo现在使用一个码头工人形象与编译器:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• 一些更新flowjo_to_gatingset搜索FCS文件(# 77)
• 添加include_empty_tree选项没有盖茨flowjo_to_gatingset包括样本
• 允许gatingset_to_flowjo GatingSet档案目录的路径
• 添加gating_graphGML替代浇注。graphGML method for openCyto::gating generic
• 过滤器样品面板当解析cytobank实验和添加ce_get_samples ce_get_panels

修复/内部变化

• 自动缩放的样本FlowJo工作区现在由flowjo_to_gatingset RGLab / cytolib # 33
• 处理变更违约stringsAsFactors 4.0 R = FALSE
• 消除多余的中间文件工作区解析期间留在临时目录
• 开关的使用GatingSetList merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 从实验::文件系统来提高::文件系统在c++ FlowJo解析器

• 添加安装CytoML XSD

  3.10版本的变化

API的变化

• 改变处理四门根据RGLab / cytolib # 16

• 重命名的方法:

• openWorkspace - > open_diva_xml open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace - > flowjo_to_gatingset diva_to_gatingset
• getSampleGroups - > fj_ws_get_sample_groups diva_get_sample_groups
• getSamples - > fj_ws_get_samples diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。counts -> gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。集,CytoML。par.get for setting parameters in CytoML namespace

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank出口cytobank毫升属性名称空间
• 从xml允许diva_to_gatingset使用补偿矩阵
• 通过从cytobank_to_gatingset…args适当FCS解析器
• 修复一些问题与扩展的解析盖茨天后工作区(# 64)
• 防范不支持的转换期间被添加到GatingSet天后解析
• 开关使用flowjo_log_trans代替logtGml2_trans diva_to_gatingset
• 修复移植flowUtils: xmlTag启用自动关闭的标签
• 使闸门。graphGML lookup tailored gates by FCS name as well as file id
• 添加一些灵活性getSpilloverMat gatingset_to_flowjo使用

dagLogo

1.35.1版本的变化

• 更新uniprot rest api。

dcanr

版本变化1.14.0 (2022-10-11)

• 实现了ECF方法作为计算统计的包,余弦,现在已经弃用
• 添加了一个方法运行z分数方法具有更大的灵活性

dearseq

版本变化1.9.4 (2022-07-20)

• 使用scattermore plot_weights ()

  版本变化1.8.3 (2022-07-13)

• 固定一个缺陷在NA处理which_weights ! =“没有”

  版本变化1.8.1 (2022-04-28)

• 固定排列的一个小错误的假定值引入1.8.0释放

decompTumor2Sig

版本变化2.13.1 (2022-05-09)

• 修正:修正承认EstimatedParameters(从包pmsignature)获得的对象使用一个后台签名。

• 修正:修正内部生产的外部脚本示例数据。

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25)

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

  版本变化1.99.2 (2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

  版本变化1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

  版本变化1.99.0 (2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

  版本变化1.42.1 (2022-05-31)

修正

• 全面调整VCF创建使用VariantAnnotation 1.27.6后来的API(修复破碎的VCF输出# # fileformat = < ID = fileformat值= VCFv4.1 >)

• 修复崩溃当遇到读没有纳米领域

• 解决编译与CentOS 8的GCC 8.3.1-4时崩溃

• 正确的模板已文件的#铬头线

DegNorm

1.7.1上版本的变化

• .gtf_parse功能已更新所以重叠的外显子是合并后的总记录

DEGreport

1.33.2版本的变化

• 把lasso2从依赖关系

  1.33.1版本的变化

• 去除喷嘴。R1的依赖关系

DelayedArray

0.24.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 移动aperm () S4 BiocGenerics通用。

DExMA

1.5.1版本的变化

• 改进的一些函数

• 删除seeCov函数

• ACAT假定值组合方法补充道

• 归责指标添加到missGenesImput因数

DiffBind

3.8版本的变化

• 从发布分支翻转的修正

• 运用黑色/ greylists后重新规范

• 应用Rhtslib补丁

• 更新装饰图案

• 消除Gord的联系信息

DifferentialRegulation

1.0.7版本的变化

• 错误(仅促使集群在分析1)DifferentialRegulation功能固定的

  1.0.6版本的变化

• 错误给错误(plot_pi函数)固定

  1.0.5版本的变化

• 信息融合添加(DifferentialRegulation函数)

  1.0.4版本的变化

• 错误给错误(DifferentialRegulation函数)固定

  1.0.3版本的变化

• 小插曲扩展

  在以前的版本1.0.2中变化

• 函数的plot_pi补充道

  版本1.0.1的变化

• 内存使用量(DifferentialRegulation函数)降低

恐龙

1.3.1版本的变化

• 错误修正输入数据格式:矩阵与命名rownames DelayedMatrix
• 装饰图案的更新
• 引用更新
• 联系更新

dittoSeq

1.10版本的变化

• 添加多个“var”情节的能力在一个“dittoPlot ()”,“dittoDimPlot ()”,“dittoScatterPlot ()”,“dittoDimHex()”,和“dittoScatterHex()的调用通过给一个向量的基因或连续元数据“var”或“颜色。var的输入。定制的“multivar”数据显示可以控制:1 - multivar。aes(背景:“dittoPlot()”)——情节美学是用于显示var-values。2 - multivar.split。dir”——小面方向用于var-data当结合一个额外的分裂。的变量。
• 改善兼容的分裂。的/小面定制,具体的分裂。调整=列表(尺度=“免费”)”,通过实现“min”/“max”输入较小的干扰。注意:这种变化非常小的改变默认输出的策划者。
• 改进的“对象”的情况下错误消息没有cell /列名。

剂量

3.23.3版本的变化

• 取代。db HDO。星期五db (2022-10-7)
• 加值的生物,keytype和setType GSEA_internal()(2022-09-21,结婚)
• 加值的生物,keytype和本体enricher_internal()(2022-09-21,结婚)
• 本月移动/ extdata / parse-obo。HDO R。db包(2022-08-29,Mon)

• 重命名qvalues在gseaResult qvalue对象(2022-08-29,Mon)

  3.23.2版本的变化

• 支持在GSEA_internal GSON对象()(2022-06-08,结婚)

  3.23.1版本的变化

• 支持GSON对象enricher_internal () (2022-06-06, Mon)

DropletUtils

1.18.0版本的变化

• 添加了一个相交。基因read10xCounts =选项()和样品不一致的基因信息。自动修复空染色体名称线粒体基因在某些Cellranger输出。

刨边机

3.40.0版本的变化

• 新观点的hairpinBeforeBarcode processAmplicons ()。发夹的修正函数可以处理读取/ sgRNAs /样本指数序列变量的位置在每个阅读。当“plotPositions = TRUE”密度图的匹配位置创建允许用户评估他们是否发生在预期的位置。

• 更新调用c++布拉斯占USE_FC_LEN_T设置安装在R 4.3.0。

• R_compute_apl Bug修复。cpp to make sure GLM working weights are zero when fitted mu=0.

enrichplot

1.17.4版本的变化

• 重命名参数emapplot (), centplot()和treeplot()(2022-09-11,太阳)

  1.17.3版本的变化

• 对齐的点treeplot()(2022-10-1,坐)

• 修复一个错误的颜色的传奇treeplot()(2022-10-1,坐)

  1.17.2版本的变化

• autofacet自动barplot和dotplot分割成几个方面(2022-09-06,星期二)
• dotplot enrichResultList对象的方法
• 添加参数hilight_category alpha_hilight, alpha_nohilight cnetplot()和emapplot(2022-09-4,阳光)
• 改变圆的数字cnetplot scatterpie传奇1 (2022 _8_29 Mon)。
• gsearank()可以导出结果作为表当输出=“表”(2022-08-29,星期一,# 184)
• 修复一个缺陷在fc_readable()(2022-08-29,星期一,# 189)

• 允许通过颜色= " NES”dotplot gseaResult对象()(2022-08-29,星期一,# 14)

  1.17.1版本的变化

• 修复一个缺陷在https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/488(2022-08-25,清华)
• 支持多个基因集geom_gsea_gene层(2022-08-25,清华)
• geom_gsea_gene层(2022-08-24,结婚)
• 添加参数符号和pvalue heatplot.enrichResult()(2022-08-20,坐)
• 改变默认值group_category和node_label ssplot () (2022-07-04, Mon)
• 更新文档ssplot () (2022-07-04, Mon)
• gseaplot()和gseaplot2()返回gglist对象而不是绘制图(2022-05-05,清华)
• 修复ridgeplot当x@readable = TRUE(2022-04-30,坐)

ensembldb

2.21.5版本的变化

• 修复拼写错误(感谢迈克爱)。

  2.21.3版本的变化

• 添加所需的最小运用API版本特定数据字段(stable_id_version)。问题https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/139

  2.21.1版本的变化

• 自是循环的国旗为染色体提取使用Perl API总是运用假:手动设置isCircular来真正的对染色体(s)命名“太”(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/133)问题。

EpiCompare

1.1.2版本的变化

新功能

• rebin_peaks:
• 添加参数drop_empty_chr自动下降不是任何peakfiles铬。
• 添加“分数”作为默认intensity_cols所有相关功能。
• 示例使用5000个基点垃圾箱加速。
• translate_genome:
• 添加default_genome参数来处理基因组=零。
• bpplapply:
• 新的出口函数自动化处理的已知问题BiocParallel跨操作系统平台。
• 允许用户指定他们自己的应用功能。
• get_bpparam:添加参数允许用户选择BiocParallel函数使用。
• checkCache:默认参数缓存= BiocFileCache: BiocFileCache(问= FALSE)跳过运行时用户输入。
• precision_recall:
• 改变increment_threshold arg n_threshold参数,使用seq (length.out =)特性来避免意外地选择一个大型increment_threshold不当。
• gather_files:
• 用bpplapply代替迭代器。
• 通过从bpplapply arg游戏。
• 提供警告消息,而不是错误,0文件时发现。返回NULL。
• 添加“multiqc”作为搜索选项。
• 添加专用的子功能阅读在各种nf-core / cutandrun输出文件:read_picard, read_multiqc, read_bowtie, read_trimgalore, read_bam read_peaks
• 每个对象添加文件路径。
• 添加新的参数rbind_list。
• rebin_peaks / compute_corr:改改defaultbin_size从100 - > 5 kb到提高效率和结合其他违约的其他包(e。g Signac)。
• tss_plot:
• 通过更多的参数用于指定上游或下游。
• EpiCompare:通过新参数:
• bin_size
• n_threshold
• 工人

错误修复

• 修复rebin_peaks单元测试。
• 修复包裹大小问题通过添加本月.Rbuildignore /报告。
• EpiCompare不是运行时引用是一个非上市农庄组织对象,因为它确实是长度> 1,但名字都是零。现在修好了。
• plot_precision_recall:设置默认initial_threshold = 0。

• 从BiocParallel平行,前者是极其错误和不一致的。

  1.1.1版本的变化

新功能

• check_genome_build:添加translate_genome prestep。
• rebin_peaks:
  1. 将所有步骤,只可以做一次(如创建全基因组瓷砖对象)以外的BiocParallel:: bpmapply迭代器。
  2. BiocParallel:确保所有输出:bpmapply长度相同,在相同的垃圾箱,这样我们可以返回创建所需的最低限度的数据矩阵(1数值向量/样本)。
  3. 而不是rbinding结果然后铸造他们回一个矩阵(公元前安全它可以处理不同长度的向量),简单地cbind所有向量为一个矩阵直接使用预定义的全基因组瓷砖和名称的行。
  4. 因为我们不再rbinding一系列很长的表,这避免了遇到问题# 103。这意味着这个函数是现在更可伸缩的许多/成千上万的样品(细胞)即使在非常小的本大小(例如100个基点)。
  5. 一个新的论点keep_chr允许用户指定他们想要限制使用染色体在装箱。默认情况下,所有参考基因组的染色体(keep_chr = NULL)使用,但指定染色体的一个子集(例如paste0(“空空”,seq_len(12)))可以大大加快计算时间和减少内存使用量。它也可以用于消除非标准染色体(例如“chr21_gl383579_alt”,“chrUns…”,“chrRand…”)。
  6. 作为奖励,rebin_peaks现在报告最后被矩阵维度和一个稀疏矩阵。
• compute_corr:
• 添加单元测试在不同本大小。
• 允许为空引用。
• 自述文件进行更新,以反映最新的版本与gather_files EpiCompare。

错误修复

• 撞版本结合Bioc猛击(目前1.1.0版)。
• compute_percentiles:
• 使默认initial_threshold = 0,这样就不会承担任何特定的阈值。
• rebin_peaks:
• 解决错误发生在有很多样品/细胞与小箱子。
• plot_precision_recall:不要图参考曲线作为公关的一部分。

epimutacions

1.1.2版本的变化

• 获得块固定
• 让注释固定
• 从注释删除额外的斜杠

EWCE

1.5.8版本的变化

错误修复

• GHA修复。

  1.5.7版本的变化

错误修复

• orthogene依赖已经取代用户输入背景基因列表与一个来自所有已知的基因在物种在基因列表和参考数据集是相同的。这个已经被修正了。

  1.5.5版本的变化

错误修复

• standardise_ctd:

• 总是强迫“specificity_quantiles”在每一层的一个矩阵。

  1.5.4版本的变化

新功能

• filter_ctd_genes
• 现在出口。
• 可以处理标准化CTD格式。
• get_ctd_matrix_names:新功能列表供的所有数据矩阵。

错误修复

• check_ewce_genelist_inputs:
• 用户代码中潜在的错误报道:https://github.com/NathanSkene/EWCE/issues/71
• 固定通过删除条件,而总是过滤基因不存在供/ SCT。
• standardise_ctd:
• 添加check_species ()
• 确保所有矩阵as_sparse = TRUE时变得稀疏。
• 推广到矩阵的名字。
• fix_celltype_names:

• 确保所有celltype名称标准化后是独一无二的。

  1.5.3版本的变化

新功能

• genelistSpecies现在传递给prepare_genesize_control_network bootstrap_enrichment_test意义的基因列表中物种将从用户输入的推断。

  1.5.2版本的变化

新功能

• drop_uninformative_genes:
• 公开新参数:dge_method、dge_test min_variance_decile
• merged_ctd:实际上ctd合并成一个当as_SCE = FALSE。

错误修复

• 删除硬编码的文件路径分隔符(如sprintf (“% s / MRK_List2。rpt”, tempdir()))更兼容Windows。

  1.5.1版本的变化

新功能

• orthogene取得了实质性的更新,所以经历并确保仍然工作/一切都是能够利用新特性(如non121_strategy分离和agg_func args,许多:许多映射):
• 从orthogene filter_nonorthologs:传递参数::convert_orthologs。
• generate_celltype_data: @inheritDotParams
• GHA更新。
• 撞到R(> = 4.2),现在我们正在开发Bioc 3.16。

错误修复

• 避免下载大”MRK_List2。rpt文件任何超过是必要的测试。

exomePeak2

版本变化1.8.1 (2022-05-16)

• 将参数添加到启动模式基于主题的分析。

• 添加参数配置保存目录。

• 修复储蓄问题当日志pvalues NA /南(不改变默认的方法)。

ExploreModelMatrix

1.9.2版本的变化

• 修正共存的矛盾情节直接获得在提供设计矩阵,如果样本表不包含附加列用于设计矩阵。

extraChIPs

1.1.5版本的变化(2022-10-11)

• 添加makeConsensus()和更新的装饰图案

  改变版本1.1.3 (2022-08-01)

• 添加plotOverlaps()为一代的维恩图和ComplexUpset情节

  1.1.2版本的变化(2022-07-22)

• 添加collapseTranscripts =“汽车”作为默认plotHFGC ()
• getProfileData()现在返回log2默认转换数据
• 内部getProfileData()现在使用bplapply ()

• colToRanges plotPie修正(),distinctMC()()和stitchRanges ()

  变化的1.1.1版(2022-06-01)

• 错误修复所以as_tibble()方面最初的列名

fastreeR

1.3.0版本版本的变化(2022-11-01)

• 撞x.y。z版本创建RELEASE_3_16后奇怪的y分支。

  版本变化1.2.0 (2022-11-01)

• 撞x.y。甚至y z版本之前创建RELEASE_3_16分支。

  1.1.6版本的变化(2022-09-26)

• 更新java后端BioInfoJavaUtils-1.2.4(修改FastaManager)。

  1.1.5版本的变化(2022-06-23)

• 更新出现的小错误。

  改变版本1.1.4 (2022-06-16)

• 更新装饰图案处理获得示例文件通过https失败。

  改变版本1.1.3 (2022-06-06)

• 更新装饰图案处理获得示例文件通过https失败。

  1.1.2版本的变化(2022-05-15)

• 更新可能损坏samples.vcf.gz。

  变化的1.1.1版(2022-05-08)

• 更新测试来改进报道。

  改变版本1.1.0 (2022-05-08)

• 撞x.y。z版本创建RELEASE_3_15后奇怪的y分支。

fgga

版本变化1.5.0 (2022-07-13)

• 提出以下重大改变o varianceSVM和svmSVM函数的名称改为分别varianceOnto和svmOnto o添加了阿宝,ZFA和HPO本体preCoreFG函数o添加函数来评估分类过程的性能

fgsea

1.23.1版本的变化

• 介绍了GESECA multi-conditional基因集富集方法(有关详细信息,请参阅geseca-tutorial插曲)

• 现在浓缩表中使用cowplot(问题# 101)

• 浓缩表情节更容易调整(问题# 29)

FindIT2

改变版本1.2.3

• 修复一个错误当Txdb没有基因支架

  这次1.2.1版本的变化

• 添加FindIT2出版信息,所以人们可以引用

鱼池

版本变化测试盒框

• 对于简单的搭配时髦的分析,添加一个快速= 1的方法使用了一个示例的z分数配对利物浦(样本的平均值,然后在推论中值复制)。排列计算通过改变利物浦的符号矩阵和验算z得分。测试上的装饰图案的例子,但使用的所有记录,一次采样的z计分方法接受< 20秒而签署的排名方法接受> 200秒(12 x加速),虽然他们有一个高速率检测协议组(30:1的共同点与不整合)。
• 快速删除= 0的方法以前实现排名可以选择为每个排列被重新计算。这是慢得多,没有任何明显的好处。
• 读()已经到eds包,这样鱼塘不再需要Rcpp和c++代码编译。

• 修复bug被GitHub用户@JosephLalli, importAllelicCounts会发现a1和a2字符串内部基因id,而不是在后缀。

  2.3.22版本的变化

• 修复bug被GitHub用户@JosephLalli, importAllelicCounts会发现a1和a2字符串内部基因id,而不是在后缀。

  2.3.14版本的变化

• 对于简单的搭配时髦的分析,添加一个快速= 1的方法使用了一个示例的z分数配对利物浦(样本的平均值,然后在推论中值复制)。排列计算通过改变利物浦的符号矩阵和验算z得分。测试上的装饰图案的例子,但使用的所有记录,一次采样的z计分方法接受< 20秒而签署的排名方法接受> 200秒(12 x加速),虽然他们有一个高速率检测协议组(30:1的共同点与不整合)。

• 快速删除= 0的方法以前实现排名可以选择为每个排列被重新计算。这是慢得多,没有任何明显的好处。

  2.3.7版本的变化

• 读()已经eds包。

FlowSOM

2.5.6版本的变化

• 逆转PlotDimred回到scattermore代替geom_hex。使用geom_point如果scattermore不是可用的。

• 支持自定义颜色和限制在PlotDimRed补充道

  2.5.5版本的变化

• AddAnnotation现在使用UpdateMetaclusters后工作正常。功能也略有不同。看到的例子。

• 固定问题错在PlotDimRed着色

  2.5.4版本的变化

• percentage_positives GetFeatures现在使用FlowSOM metacluster更新标签

  2.5.3版本的变化

• 在GetChannels错误修复

  2.5.2版本的变化

• 修正通过BioConductor检查

• Plot2DScatters修正:当ggpointdensity不安装,正常使用ggplot颜色

• ParseNodeSize现在出口

  2.5.1版本的变化

• 版本撞在BioConductor得到相同的版本

• 改变yMargin参数PlotFileScatters yLim一致性

• 还可能使用abbrevations GetFeatures、GetCounts GetPercentages, PlotFileScatters, PlotDimRed, ParseQuery, Plot2DScatters PlotNumbers

• _flowsom.r UpdateFlowSOM搬到0

• 改变在PlotFlowSOM例子,PlotVariable PlotStars

• 从检查固定问题:删除例子GetFlowJoLabels和使用csv相反,改变geom_scattermore geom_hex少依赖关系。包搬到建议而不是进口。

• ParseNodeSize现在出口

flowSpecs

变化在1.11版本中(2022-07-23)

• 更新specMatCalc函数,允许包含样品内部负控制。

• 移除依赖hexbin,因为它不使用(ggplot2因为1.9.3)

核磁共振

2.0.0版本的变化

改进自去年发布

• 包使用打电话给函数重写。
• 威布尔分布的代码改进。

错误修复

• 一些错误是固定导致结果不同,相同的分析。

弗雷泽

1.8.1版本的变化

• 错误修复合并拼接计数(# 41)

计

2.47.1版本的变化

• 现在korg包括8282种KEGG或超过2020 1449个新物种。

• 更新khier包括新添加的参考途径。kegg。现在gsets可以处理477通路。

gdsfmt

1.34.0版本的变化

公用事业公司

• 更新网页链接

GeneNetworkBuilder

1.39.2版本的变化

• 添加subsetNetwork函数。

  1.39.1版本的变化

• 添加网络拔起。

• 添加图子集的示例代码。

GeneTonic

version 2.2.0变化

新功能

• gs_heatmap winsorize_threshold参数,来控制的行为geneset热图的极端值,消极或积极的。如果没有指定,热图不引入任何winsorization。
• map2color()的行为更好的占不对称的范围值。这种传播的一些函数,用它来映射到颜色,如enrichment_map(),或ggs_backbone ()。

其他的笔记

• 固定的行为反应元素后上传GeneTonicList对象在运行时。
• 固定的标签命名gs_heatmap函数
• enhance_table()函数可以处理的情况下基因富集结果表中,但没有出现在注释(如更新注释,所以一些通讯可能迷路)。它还提供了一个有用的消息genesets /基因可能负责的行为。
• 一些额外的检查控制的情况下,z_score geneset检测是NA之间的不匹配(例如,因为有注释的基因名称和标识符)。

GenomeInfoDb

1.34.0版本的变化

新功能

• 为Seqinfo添加更新()方法()对象。看到“? Seqinfo”。

• 实现getChromInfoFromUCSC()“离线模式”选择的基因组。看到“? getChromInfoFromUCSC”。

• 注册以下NCBI组件:
  • 一些小麦总成(面包小麦)
  • 狐蝠阿勒克图组装
  • 一个桉树茅组装
  • 一些恶性疟原虫总成(疟原虫)
  • Dog10K_Boxer_Tasha大会
  • Felis_catus_9.0大会
  • UCB_Xtro_10.0大会

• 注册以下UCSC基因组:equCab1、equCab2 equCab3, mpxvRivers, hs1, canFam6, felCat9 xenTro10。

• 出口和文档find_NCBI_assembly_ftp_dir ()。

弃用,已经

• 删除releaseName为GenomeDescription对象()方法。GenomeDescription对象releaseName()方法在Bioconductor 3.12和已经弃用Bioconductor 3.15。还把releaseName BSgenome包()通用函数。

GenomicAlignments

1.34.0版本的变化

错误修复

• 修复cigarNarrow缓冲区溢出()/ cigarQNarrow()见提交5 d0a29b2795a95dfb006e8e54c7532b12bd5e79c。

GenomicFeatures

1.50.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 使用useEnsemblGenomes()而不是useMart尽可能()。

• 改善pcoverageByTranscript()实现。功能现在使用分块策略来处理更大的CompressedGRangesList对象和减少内存占用。请注意,即使这样改进,功能还不是非常有效。

• 重命名proteinToGenome()的论点“txdb”- >“数据库”。

错误修复

• 改变测试“circ_seqs”论点makeTxDbPackageFromUCSC()从一个错误警告如果参数设置为NULL。

GenomicFiles

1.34版本的变化

错误修复

• (v 1.33.1) reduceRanges()的支持文件作为特征向量。

GenomicRanges

1.50.0版本的变化

• 在这个版本没有变化。

GenomicScores

2.10.0版本的变化

用户可见的变化

• 添加了两个新的mm39分数集和相应的元数据:phastCons35way.UCSC。mm39 phyloP35way.UCSC.mm39。

• 添加新方法“wgscores()的发现,基因组分数是出现在一个给定的基因组范围。由https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues/20特性请求

• 改进错误信息可选参数没有名称或与mispecified名称叫“gscores ()”。

错误修复

• 错误修复参数“ref”和“alt”用于HDF5后端。

GeomxTools

3.1.1版本的变化

• 文档修正

  3.1.0版本的变化

• 从2.99.2没有变化

ggmsa

v1.3.3变化

• 调用\ dontrun{}为例子ggmsa ()

  1.3.2版本的变化

• 错误修复:geom_msaBar保护层不正确对齐的问题# 34(2022-5-13,星期五)

  1.3.1版本的变化

• 一个新的feature-selects祖先序列Tree-MSA情节treeMSA_plot(2022-4-14,清华)
• 新的基因组比对feature-visualization ggmaf(2022-4-14,清华)
• 测试feature-visualization蛋白质交互(2022-4-14,清华)
• 更新光滑的方式上调用simplot (2022-01-03, Mon)

ggspavis

1.3.1版本的变化(2022-10-11)

• 支持multiple-sample数据集

ggtree

3.6.0版本的变化

• Bioconductor RELEASE_3_16(2022-11-02,结婚)

  3.5.3版本的变化

• 添加新的引用(iMeta 2022纸)(2022-09-26,Mon)
• 移动scale_color_subtree()到“ggtreeDendro”包(2022-09-23,星期五)
• 更新增强方法pvclust对象(2022-08-15,Mon)

• 添加引用树的数据手册(2022-08-13,坐)

  3.5.2版本的变化

• scale_color_subtree()现在支持通过一个数值和内部调用cutree(树,k)(2022-08-11,清华)
• 支持“链接”类“mdendro”中定义的包(2022-08-11,清华)
• 克隆情节环境分配布局之前(2022-07-19,星期二,# 516)
• 臭虫固定在“equal_angle”布局(2022-07-08,星期五,# 514)

• 优化geom_tiplab更好的兼容系统树图布局(2022-06-23,星期四,# 508)

  3.5.1版本的变化

• as.phylo。hclust2正确的边缘长度显示在数据:::情节。星期二,hclust (2022-06-21)
• 添加大纲nodepies(2022-06-20,星期一,# 506)
• 新的分支“倾斜”的布局。长度= ‘none’ (2022-04-29, Fri, #497)
• 只适用于笛卡尔的协调,这就意味着它不会工作布局=“辐射”

ggtreeExtra

1.7.1上版本的变化

• 修复一个缺陷的数据子集(当x的值映射到美学包含负值)。

• 修复一个错误当x映射的数据只有一个独一无二的。

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/24

glmGamPoi

1.9版本的变化

• 断变化的方式处理非标准的评价参数。变量参数,如“pseudobulk_by”或“subset_to”评估单个字符串不再解释为指一列。这种变化使得处理了无更一致。

• 添加新功能的pseudobulk_sce容易形成pseudobulk样本

GOSemSim

2.23.1版本的变化

• 替换。与HDO db。db (2022-07-29, Mon)

GRaNIE

版本变化1.1.21 (2022-12-13)

重大变化

• 主要对象更改和优化,特别是有关存储数矩阵的优化和简单的格式。简而言之,现在数矩阵存储正常或稀疏矩阵,根据零的数量。此外,只有数归一化保存后,原始计数前应用规范化不存储了。如果没有用户希望的正常化,和之前一样,“规范化”计数等于原始计数。GRaNIE现在更容易适用于更大的分析和单细胞分析尽管我们刚刚开始积极优化,所以我们还不能推荐应用框架以单细胞的方式。年长的入库单对象时自动改变内部执行主要功能在第一次调用。
• 各种文档和R帮助更新
• 函数generateStatsSummary现在不改变过滤连接存储在对象了。这使得其使用更直观和它可以使用工作流的任何地方。
• 删除冗余biomaRt调用的代码。这将节省时间,并使得代码更不容易遭受远程服务造成的超时问题
• 由于上述变化,函数plotPCA_all现在只能绘制规范化不再计数和原始计数(当没有正常化希望除外)
• 去充实现在也存储,为每个术语,运用id基因被发现的前景。这有助于进一步探索富集的结果。

微小的变化

• 许多小的变化的代码

  版本变化1.1.13 (2022-09-13)

重大变化

• 许多文档和R帮助更新,包装细节装饰图案是在线
• 工作流装饰图案现在改善:更好的图分辨率,图方面比进行了优化,和一些其他的变化
• eGRN图结构由build_eGRN_graph GRaNIE对象()现在重置时函数filterGRNAndConnectGenes()成功执行,以确保浓缩功能等不使用过时的图结构。
• 网站的登陆页面已经扩展和调整
• 删除一些依赖包和其他进入显示降低安装包的负担。此外,从依赖部分移除topGO(现在显示)和删除tidyverse(取决于之前)。详细说明何时、如何显示以下列出的包需要现在可以发现新的包细节装饰图案,显然是给用户在执行相应的功能
• 主要更新函数getGRNConnections,现在有更多的参数允许更精确的和丰富的检索eGRN连接,元数据的特性和功能
• 一个新的函数add_featureVariation量化和解释多个来源的生物和技术变化特性(TFs,山峰和基因)在一个入库单对象,看到R帮助的更多信息
• filterGRNAndConnectGenes现在并不包括特征元数据列在结果数据帧,节省空间。明确的帮助已经更新getGRNConnections现在包含这些特性。

微小的变化

• 入库单对象结构的变化小,移动GRN@data GRN@annotation@TFs TFs@translationTable美元。所有的导出函数自动运行一个小助手函数为任何入库单对象这一变化自动适应新的结构
• 许多小的改变代码,更新参数检查和严格的单元测试包含做准备

• 内部重命名(最近修改/重命名)基因类型从biomaRt lncRNA lincRNA GRaNIE兼容旧版本的

  变化在1.1版本中(2022-05-31)

微小的变化

• 添加参数maxWidth_nchar_plot情节丰富功能的所有功能,并改变了默认从100年到50。

错误修复

• 固定一个小错误,导致浓缩情节忽略maxWidth_nchar_plot的价值

石墨

版本变化1.43.2 (2022-10-31)

• 更新所有路径数据。

GreyListChIP

1.29.1版本的变化

• 改变维护者邮件Gord罗里。

GSVA

1.46版本的变化

错误修复

• 错误修复为https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/61使用ssgsea方法使单个列输入数据(样本)的容器。

• 当输入错误修复SummarizedExperiment化验包含data.frame而不是一个矩阵。

HDF5Array

1.26.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 努力找到和负载的矩阵rownames 10倍基因组数据集。看到提交abafbb9e99ad54a64e5013305486b97daa9442bc。

错误修复

• 处理HDF5稀疏矩阵,形状不是整数向量。当返回的形状内部辅助.read_h5sparse_dim()是一个双矢量现在强迫一个整数向量。整数溢出这个胁迫引发一个错误信息所产生的错误消息。GitHub问题# 48。

爱马仕

版本1.0.1的变化

• 额外的版本理由connect_biomart指定一个运用版本。
• 固定测试。

爬虫

1.6.1版本的变化

• 添加小插图描述如何使用爬虫机器上用旧GCC编译器

• 添加更多的消息和消息传递的控制

• 固定在新的miniconda安装错误导致错误路径略“~”

HIBAG

1.34.0版本的变化

• 修复编译器问题在Mac M1的筹码

• 修复C RStudio堆栈错误

HiCDCPlus

1.5.2版本的变化(2022-06-06)

• 固定的错误,避免榨汁机设置

  1.5.1版本的变化(2022-05-08)

• 更新引用榨汁机

hipathia

版本变化2.13.1 (2022-07-27)

• 修复bug在节点与limma高0-variance基因。

HPAanalyze

1.15版本的变化

• 1.15.1版本的变化
  • 更新内置数据HPA 21.1版。
• 1.15.0版本的变化
  • 起始猛击Bioconductor 3.16

IgGeneUsage

版本变化1.11.2-1.11.11 (2022-10-24)

• 人的文件更新

• 装饰图案更新

• d_zibb数据和本月/脚本/ d_zibb。R说:模拟数据从zero-inflated beta-binomial (ZIBB)分布

• 只是小修小补,功能清晰/ readibility改善

• 在Windows上探针编译错误

• 在诉1.11.10 stanmodels使用得当,没有额外的编译

• stanmodels测试/固定,没有额外的编译

illuminaio

版本变化0.41.0 (2022-11-01)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前Bioconductor R-devel 3.17。

  版本变化0.40.0 (2022-11-01)

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioconductor 3.16 R (> = 4.2.2)。

  版本变化0.39.2 (2022-10-31)

杂项

• 修复的消息。md版本格式。

  版本变化0.39.1 (2022-09-23)

错误修复

• readIDAT()将只返回第一个五未知。N字段。额外的将会下降。

• readIDAT()可以产生警告消息:readChar (con nchars = n):删除字符串使用嵌入式nul如果IDAT文件有Unknown.6字段。直到我们知道该字段代表什么,它被解析为一个(nbytes, )整数向量。

  版本变化0.39.0 (2022-04-26)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前Bioconductor R-devel 3.16。

imcRtools

版本变化1.3.10 (2022-10-22)

• 修复轴。比率为1 plotSpatial功能和设置尺度=“固定”

  版本的变化就开始(2022-10-14)

• 新功能空间社区检测

  版本变化1.3.8 (2022-10-13)

• 排除一个有效性检查类ggraph包的变化

  版本变化1.3.7 (2022-08-11)

• 新功能来衡量最小距离感兴趣的细胞

  1.3.6版的变化(2022-07-28)

• 新功能测量补丁的大小

  1.3.5版本的变化(2022-06-15)

• 添加三个空间上下文功能

  1.3.4版本的变化(2022-06-14)

• 避免重复列plotSpatial当生成节点

  改变v1.3.3 (2022-06-03)

• 错误修复:指定节点的数量patchDetection函数

  1.3.2版本的变化(2022-05-30)

• 错误修复:避免重复的元数据条目

  1.3.1版本的变化(2022-04-28)

• 错误修复:避免使用因素group_by testInteraction函数

immunoClust

1.29.2版本的变化

• 变化

  • 代码清理

    1.29.1版本的变化

• 变化
  • 小代码改进

infercnv

版本变化1.13.1 (2022-10-17)

• 如何更新莱顿subclustering运行使用igraph而不是通过网状的Python实现,和之前运行PCA建筑相邻的图。

• 添加选项来运行一个第二轮的subclustering每个染色体(HMM的预测)。

• 添加方法,每个染色体subclustering 16嗯预测的基础上。

• 添加参数/莱顿的选项设置和更改缺省值。

• 改变默认subclusters分析模式。

• 解决绘图时没有hclust已经存储在对象和集群只有1或2细胞。

• 修复add_to_seurat这样无序染色体只被读取的字符而不是整数,导致使用无序的命名功能指数作为一个名字。

• 允许使用add_to_seurat时添加一个自定义列前缀(@matt-sd-watson)

• 添加一个“assay_name”选项来add_to_seurat化验是名为“RNA”不像预期。

• 更有帮助的消息显示在错误当试图运行add_to_seurat没有运行嗯。

• 添加选项过滤器用于基于zscore subclustering基因。

• 修复i3设置计算。

• 变化不输出“缩放”CNV比例值的嗯i3模式运行时我们不知道如果一个增益/损失是只有1份或更多。

• 更新实际使用的“水平”因子用于存储基因染色体信息,这样叠连群完全过滤掉不混乱的颜色的热图上酒吧。

• 有关write_expr_matrix选项plot_cnv情节的方法观察和引用,这样分裂矩阵也不得到输出时设置为false。

• 解决plot_cnv (plot_chr_scale = T)处理单个基因的染色体,尽管这些染色体应该完全放弃了。

InteractiveComplexHeatmap

1.5.1版本的变化

• do_default_click_action和do_default_bruch_action被重置假如果subHeatmapOutput ()是不习惯。

IRanges

2.32.0版本的变化

新功能

• splitAsList()现在可以执行“哑分裂”,也就是说,当没有分裂因子提供“splitAsList (x)”相当于“unname (splitAsList (x, seq_along (x)))”但更高效。

用户可见的明显变化

• 添加参数的省略号(…)差距()泛型函数。

ISAnalytics

版本变化1.7.6 (2022-10-25)

• 固定的小错误和拼写错误

  1.7.5的变化版本(2022-10-05)

• 固定的构建问题

  1.7.4版本的变化(2022-10-04)

可见用户更改

• 进度条长时间通过包progressr现在处理功能实现,为快速实现进度条,添加了一个包装器函数enable_progress_bars ()
• 介绍了问题日志HSC_population_size_estimate()——信号最终计算估计中存在的问题和原因

BUG修复和微小的变化

• 固定的小错误和拼写错误

  1.7.3版本的变化(2022-06-17)

BUG修复和微小的变化

• 所有功能检查选项现在有一个默认值,如果没有设置选项
• CIS_grubbs函数现在是快(删除从心理依赖性::描述)

新

• 新功能CIS_grubbs_overtime()和相关的绘图函数top_cis_overtime_heatmap()计算CIS_grubbs测试

  版本是1.7.2变化(2022-05-23)

BUG修复和微小的变化

• import_association_file固定小问题()函数有小问题在导入*。把错误xlsx失踪文件和可选的列
• 固定错误as_sparse_matrix()函数失败时处理一个聚合矩阵

新

• 增加了2个新的效用函数export_ISA_settings()和import_ISA_settings(),允许更快的工作流设置

  版本变化1.7.1上(2022-05-04)

BUG修复和微小的变化

• compute_near_integrations固定小问题()函数错误当report_path参数被设置为NULL
• 内部固定dplyr警告integration_alluvial_plot ()
• 固定问题VISPA2统计报告,报告失败由于轻微的错误限制型心肌病片段
• 内部remove_collisions()在内部使用dplyr再次加入和分组操作,需要因为data.table的性能问题
• fisher_scatterplot()有两个新参数,使突出的禁用一些基因即使他们假定值在阈值

iSEE

2.9.12版本的变化

• 出口iSEEu中使用的常量。

  2.9.11版本的变化

• 修复R CMD检查警告缺失的文档。

  2.9.10版本的变化

• 使定制的悬停提示DotPlot板构成了rowData信息包括colData或。

  2.9.9版本的变化

• 允许截图《天方夜谭》中使用的全宽pkgdown网站。

  2.9.8版本的变化

• 启用自动完成功能名称的热图特征选择模态。

  2.9.7版本的变化

• 更新FontAwesome图标question-circle circle-question (v6)。

  2.9.6版本的变化

• 错误修复与https://github.com/rstudio/shiny/issues/3125,主要适用于定制登录页面呈现一个DT:: datatable selectInput之前()()。

  2.9.5版本的变化

• 错误修复恢复2.9.3打破重新呈现的变化重新激活面板。

• 完整的错误修复,防止不必要的重新呈现ComplexHeatmapPlot面板当传入多个维度的选择是被孩子的选项面板。

  2.9.4版本的变化

• 错误修复设置主动多重选择信息表板的固定信息,作为面板不使用搜索框时重新呈现。

• 错误修复重新呈现ComplexHeatmapPlot面板时显示输入列选择。

  2.9.3版本的变化

• 部分错误修复避免重新呈现ComplexHeatmapPlot面板当传入的行选择的变化是否在使用自定义行。部分错误修复也仅适用于如果ComplexHeatmapPlot禁用限制任何传入的列选择。

  2.9.2版本的变化

• 文档修改现有的面板模式。

  2.9.1版本的变化

• 增加ComplexHeatmapPlot转轮。

iSEEu

1.9.3版本的变化

• 修复编号问题影响LogFCLogFCPlot电池板的着色。

  1.9.2版本的变化

• 取决于iSEEhex包启动“iSEEverse”。

isomiRs

1.25.1版本的变化

修复

• 删除DiscriMiner依赖性和功能,因为它不是用于3.16

烤肉串

1.31.2版本的变化

• 改变依赖“矩阵”包(现在至少需要1.5版本0)

  1.31.1版本的变化

• 轻微改变强制按照最新版本的“矩阵”包

  1.31.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.16重击

KEGGREST

1.37.0版本的变化

错误修正

• 1.37.1修复新的端点

• 1.37.2 http, https修复windows错误

limma

3.54.0版本的变化

• goanaTrend()的新函数的概率估计covariate-dependent趋势在微分表达式用于goana()和kegga ()趋势= TRUE。趋势估计goanaTrend()挤压略向恒常性提供稳定当DE基因的数量很小。的压缩量随DE基因的数量。

现在goana()和kegga()调用goanaTrend()时趋势使用参数。当情节= TRUE情节现在由goanaTrend()而不是barcodeplot ()。

• 重命名参数prior.prob来null.prob在goana()和kegga ()。

• 更新goana()和kegga()代码捕获NA基因id或协变量值。

• goana()和kegga()不再给一个错误当趋势估计但没有DE基因。

• kegga()现在使用https而不是http链接从rest.kegg.jp当阅读。

• 添加新的参数足球俱乐部topTable()和topTableF ()。改变默认的利物浦零而不是0。

• lmFit()现在检查明确为NAs在设计矩阵。

• 更新引用列在帮助页面使用必须而不是url。

MassSpecWavelet

版本变化1.63.6 (2022-10-15)

• 修复cwt回归()当尺度的长度是1。

  版本变化1.63.5 (2022-10-11)

• getRidge()支持scaleToWinSize参数。该参数控制尺度如何映射到窗口大小。这些窗户是用来追踪当地maxima山脊。MassSpecWavelet有标准winsize < - 2 *规模+ 1,而xcms修改它winsize < -地板(规模/ 2)。这个新观点使xcms维护者叫MassSpecWavelet getRidge(如果他们想)使用他们的标准,虽然它仍在我们的结果让我们保持向后兼容性。看到了什么? getRidge为进一步的细节。

• 现在isAmpThreshRelative getLocalMaximumCWT () is_amp_thres_relative参数,与其他参数的一致性资本化的包。因为它介绍了10天前,我不认为会有多个用户使用它。

• getLocalMaximumCWT()和peakDetectionCWT exclude0scaleAmpThresh参数。计算相对amp.Th时,如果此参数设置为TRUE, amp.Th将排除第零规模最大(wCoefs)。第零尺度对应于原始信号,可能比小波系数更大的基线,可以扭曲了阈值的计算。默认值为假保持向后兼容性。

• getRidge peakDetectionCWT让用户通过自定义参数()。

  版本变化1.63.4 (2022-10-10)

• 的改进localMaxima()()和连续小波变换提供显著的加速peakDetectionCWT()以及更好的可伸缩性。

• prepareWavelets()函数允许用户pre-compute女儿小波更高效的cwt当应用于多个光谱()计算。使用时将1000光谱,2000点长,使用25个不同的尺度,cwt()是在以前版本的两倍。进一步改善,以避免一些内存分配仍然可行的在未来的版本中。

• 通过prepareWavelets()函数,我们提供extendLengthScales参数,提供相同的功能比xcms extendLengthMSW参数:::MSW.cwt ()。

• peakDetectionCWT()函数接受一个prepared_wavelets对象尺度参数为更好的效率。

  版本变化1.63.3 (2022-10-10)

• localMaxima()更有效的实现算法,现在比以前快10倍,同时给予相同的结果。

• 实验,localMaxima()可以使用一个新的和不同的检测算法局部极大值。看到新的“寻找当地的最大值”装饰图案为进一步的细节。

  版本变化1.63.2 (2022-09-29)

• 有一个相对amp.Th让getLocalMaximumCWT ()。# 4。
• 修复bug identifyMajorPeaks () nearbyWinSize被迫150如果nearbyPeak被设置为TRUE。# 4。

• 添加identifyMajorPeaks excludeBoundariesSize参数()。之前,nearbyWinSize是用于两个不同但相关的标准:包括峰值接近大峰的范围和范围排除峰信号的开始和结束。现在,我们有两个独立的参数为每个设置。当前的行为并没有改变,但现在更加灵活。# 4。

  版本变化1.63.1 (2022-07-08)

• 干腊肠。高尔别名的文档。与# 2
• 解释与定义的尺度参数是母小波。
• 添加sessionInfo装饰图案()

MatrixGenerics

1.9.1版本的变化

• 解决函数的第一个参数不是x (https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/issues/28和https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/pull/29)。

MatrixQCvis

版本变化1.5.9之后(2022-10-19)

• 添加ShinyApps biocViews

  版本变化1.5.8 (2022-09-30)

• 替代素食:metaMDS质量::isoMDS nmd降维

  版本变化1.5.7 (2022-09-29)

• 更改renderUI函数来更新…输入尽可能

• 删除的双界面测量/缺失值帮助页面的值标签

• 改进的公式/表达式检查标签使用模型。矩阵和makeContrasts功能

  1.5.6版本的变化(2022-09-23)

• 加快非服务器端功能时有

  1.5.5版本的变化(2022-08-23)

• 为归责缺失值添加单元测试

• 故障修复(ncol代替nrow)计算BPCA归责

  1.5.4版本的变化(2022-08-18)

• 改善缺失值的归责

  1.5.3(2022-08-01)更正版本的变化

• 只使用最高5000功能的一个子集霍夫丁是D的计算值。以防有不到10000特性SummarizedExperiment对象,SummarizedExperiment的所有功能

• createBoxplot precalculates箱线图的值,而不是依靠geom_boxplot计算的统计数据

  1.5.2版本的变化(2022-07-20)

• 删除功能biocrates、maxQuant spectronaut MatrixQCvis和MatrixQCUtils包

  1.5.1版本的变化(2022-07-18)

• 加载包MatrixQCvis report_qc.Rmd

事

版本变化1.99.2 (2022-10-31)

错误修复

• 解决“chunkApply()的行为当nchunks = = 1

• 解决“原子”失败当‘源’是一个压缩的drle

• 适当忽略缺失组织“rowsweep()”和“colsweep ()”

  版本变化1.99.1 (2022-10-30)

错误修复

• 小bug修复“matter_list”和“结构()的行为

• 小错误修正内变质构造子集的稀疏矩阵

• 小bug修复“binvec()的行为在矢量端点

  版本变化1.99.0 (2022-10-23)

新功能

• 完整的重新实现稀疏阵列在c++代码

• 完整的重新实现c++对象后端问题

• 新的“sparse_arr”类和“sparse_mat”和“sparse_vec”

• 新的“matter_arr”类和“matter_mat”和“matter_vec”

• 新的“asearch()的函数和插值近似搜索

• 新的“chunkApply()的函数替换“chunk_apply()”,等等。

• 新的“colsweep()”和“rowsweep()的函数w /组参数

• 新的“colscale()”和“rowscale()的函数w /组参数

• 新的“drle_fct”类delta-run-length编码因素

• 新的插值选项“sparse_arr”对象

• 简化递延算术操作界面

用户可见的明显变化

• 新的简化大多数物质对象的构造函数

• 更新S4内部对于大多数物质对象

• 更新S4稀疏数组对象的内部

• 弃用一些很少使用的函数和类

• 弃用一些S4通用核心BioC包冲突

错误修复

• 解决“stream_var”和“stream_sd”行为当n = 0或n = 1

模因

1.5.2版本的变化

• 添加一个警告在runFimo bfile参数匹配现有的本地文件。

  1.4.1版本的变化

• 增加了信息的错误消息在importMeme parse_genomic_coords失败时使用自定义fasta导入。

metabCombiner

1.7.1上版本的变化

• 增加过滤功能metabData对象和过滤方法

• 错误修复在metabData ():
  • 现在视为失踪在问计算零值(0 = TRUE)
• 错误修复在calcScores () / evaluateParams ():
  • rtrange计算占缺失值
• 错误修复在reduceTable () / reduceTableParam ():
  • 方法参数包含在“mzrt”选项
• 小逻辑修复labelRows () / reduceTable ()
  • 以前版本复制特性匹配在极少数情况下引起的

MetaboAnnotation

1.1版本的变化

1.1.6变化

• scoreVariables函数返回分数变量的名称匹配的对象。

1.1.5变化

• BioC构建机器上解决问题。

1.1.4的变化

• matchSpectra:支持CompDb参数目标。
• 添加CompAnnotionSource类支持注释的引用资源的定义。
• 添加CompDbSource CompDb数据类定义一个引用。
• matchSpectra:支持CompDbSource参数目标。

1.1.3变化

• 延长filterMatches框架(# 86)问题。ScoreThresholdParam添加到执行过滤匹配基于阈值的分数。

1.1.2的变化

• 拉普和endoapply方法(问题# 84)。拉普兰人允许任何函数应用于每个子集每个查询匹配的元素,并返回相应的结果列表。endoapply相似但应用一个函数返回一个匹配,并返回一个匹配,表示匹配更新。

1.1.1变化

• 延长filterMatches框架(# 81)问题。SelectMatchesParam和TopRankedMatchesParam分别添加到执行手动过滤,只保留最好的排名为每个查询元素匹配。

MetaboCoreUtils

1.5版本的变化

MetaboCoreUtils 1.5.2

• substractElements滴元素为零(问题# 57)。

MetaboCoreUtils 1.5.1

• 添加函数formula2mz adductFormula和multiplyElements(问题# 55)。

MetCirc

版本变化1.27.2 (2022-10-19)

• 使用光谱光谱的谱表示而不是从MSnbase MSpectra

• 删除compare_Spectra和normalizeddotproduct函数和利用光谱compareSpectra包

• 改变装饰图案从Rnw限制型心肌病

  版本变化1.27.1 (2022-10-12)

• 添加ShinyApps biocViews

MetNet

1.15.2版本的变化(2022-05-18)

• 改善文档功能相关性和统计,包括信息,也可以使用药物

  1.15.1版本的变化(2022-04-27)

• 设置ci在corr.test假加快计算的相关值(函数相关性)

米娅

1.5版本的变化

• 添加HintikkaXOData

• 添加元数据样本getExperimentCrossAssociation选项

• 对多个rowTrees estimateFaith:添加支持

• calculateRDA / CCA:添加变量参数&替换与altexp altexp争论

• getExpCrossCorr:错误修复;样品时应匹配特性之间的相关性计算

• getExpCrossCorr:肯德尔τ是默认的方法

• 合并:错误修复;树木和行/关口之间的联系构成了rowData并未包括所有的信息是错误的和

• calculateDPCoA calculateUnifrac &合并:添加支持多种树

• altExp altExp参数

• 默认agglomerateByRank: rownames独特

• calculateDistance删除,calculateUniFrac别名

miaViz

1.5版本的变化

• 情节*树& * TreeData:添加支持多种树

• 情节*树布局错误修复

microbiomeExplorer

1.7.1上版本的变化

• 删除ZILN metagenomeSeq fitFeatureModel遇到问题的方法改变方法比较ncol和nrow limma lmFit

• 矩阵将data.frame之前调用lmFit规避相同的检查ncol & nrow lmFit(如果维度命名,结果是相等的,但是不完全相同)

microbiomeMarker

1.3.2版本的变化

• 修复错误在lefse子群,# 62,# 55

  1.3.1版本的变化(2022-05-26)

• Bioconductor开发版本。

  这次1.2.1版本的变化(2022-05-26)

• “分析。
• 比较不同的方法。

MicrobiotaProcess

1.9.5版本的变化

• 修复mp_plot_diff_boxplot和更新mp_plot_abundance的颜色。(2022-10-27,清华)

  1.9.4版本的变化

• 保持一致的颜色mp_plot_diff_boxplot面板之间的。(星期二,2022-10-18)
• 优化dtplyr进口。星期五(2022-10-14)
• 支持自定义更新mp_plot_diff_res DAA结果。(星期二,2022-09-27)
• 更新显示MPSE避免colname建议的方法。(星期二,2022-09-27)
• 添加mp_dmn、mp_dmngroup mp_divergence和更新mp_plot_diff_boxplot, mp_plot_diff_cladogram支持自定义样式。(2022-09-25,阳光)
• 更新mp_cal_dist支持distmethod指定一个函数。(星期二,2022-09-20)

• 更新left_join加入dist类的支持。(星期二,2022-09-20)

  1.9.3版本的变化

• 修复一个缺陷mp_plot_diff_boxplot当taxatree槽是空的。(我2022-08-22)

  1.9.2版本的变化

• 固定的当地的小插曲。(2022-07-06,结婚)
• 添加mp_import_biom构建从biom-format MPSE类文件。(2022-07-13,结婚)

• 添加“mp_plot_diff_boxplot”替换ggdiffbox。星期五(2022-07-29)

  1.9.1版本的变化

• 修复在mp_plot_diff_cladogram传奇的颜色。(2022-05-25)
• 添加mp_plot_diff_cladogram vignetters。(2022-05-14)
• 固定一个错误当样品的总数量小于mp_plot_rarecurve块。(2022-05-14)
• 添加rm。零参数mp_plot_abundance控制是否掩盖了零物种的丰富性。(2022-05-06)
• 添加分类单元。class argument in mp_diff_analysis to test the specified taxa level. (2022-04-28)

midasHLA

1.5.2版本的变化

• 等位基因和吉珥frequenceis更新。

• 失败的测试固定在潮流更新后依赖。

minfi

1.43版本的变化

• v1.43.1收紧的识别代码27 k数据避免冲突与过敏和哮喘数组的下一个版本。

miRspongeR

2.1.1-2.1.3版本的变化

• 添加新的参考和修复bug < 2022-09-22,星期四>。

mirTarRnaSeq

1.5.1版本的变化(2022-07-21)

• 添加贴纸和README。md文件

mistyR

1.5版本的变化

• 添加不同的建模功能。可能不是完全向后兼容的!

Modstrings

版本变化1.13.1 (2022-08-13)

• 固定错误combineIntoModstrings

蒙娜丽莎

1.3.1版本的变化

• 更新引文信息

motifStack

1.41.1版本的变化

• 修复的问题importMatrix MEME格式的混合情况下的字母。

msa

1.29.3版本的变化

• 修复可能畸形的输入:所有被迫大写字符序列(以前,ClustalW和ClustalOmega时产生错误的结果称为与小写字母序列)

  1.29.2版本的变化

• 在texshade修复。住在猪圈里,建议在CTAN TeXshade主页

  1.29.1版本的变化

• 修复argtable图书馆(ClustalOmega)最新的Mac OS上避免编译错误

  1.29.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.16重击

MSA2dist

1.1.7版的变化(2022-10-05)

重大变化

• 执照换上GPL-3占谷湖计算器2.0许可证

小的改进和错误修正

1.1.6版本的变化(2022-09-22)

重大变化

小的改进和错误修正

• 改变test-rcpp_KaKs

  1.1.5版本的变化(2022-09-19)

重大变化

小的改进和错误修正

• 改变从data.frame rcpp_KaKs数据访问列表

  改变版本1.1.4 (2022-07-16)

重大变化

小的改进和错误修正

• 固定rcpp警告

  改变版本1.1.3 (2022-07-11)

重大变化

小的改进和错误修正

• 固定rcpp缩进的警告

  1.1.2版本的变化(2022-07-05)

重大变化

• 2.0模型作为rcpp实现添加谷湖的计算器

小的改进和错误修正

• 固定一些拼写错误

  变化的1.1.1版(2022-06-30)

重大变化

小的改进和错误修正

• 添加cds2codonaln

MsBackendMgf

1.5版本的变化

1.5.1变化

• 解决出口方法失败如果一个或多个列包含S4类或类似的结构。

MsCoreUtils

1.9版本的变化

MsCoreUtils 1.9.2

• 专长:归责兼容HDF5Matrix对象
• 专长:标准化是兼容HDF5Matrix对象
• 专长:矩阵聚合兼容HDF5Matrix对象
• 修复+壮举:aggregate_by_matrix现在正确地处理缺失数据和实现“na.rm”
• 修复rla / rowRla手册页。

MsCoreUtils 1.9.1

• 随机森林归责(使用missForest)现在是可用的('方法=“射频”)

MsCoreUtils 1.9.0

• 新Bioc猛击版本

msImpute

1.7.1上版本的变化

• 添加宽度和改变参数的高斯分布的转变模式msImpute提供更多控制的形状分布时观察到的肽有很高的平均表达和失踪的类属特异性的。

mslp

0.99.6版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

修复

• 添加单元测试comp_slp和corr_slp。

• 更新后的装饰图案。

• 各种修复审稿人的问题。

MSnbase

2.23版本的变化

2.23.2变化

• 修复MsCoreUtils 1.9.2健壮的聚合。

2.23.1变化

• 从ProtGenerics进口spectrapply通用。

2.23.0变化

• 新版本(3.16 Bioc)

msqrob2

1.5.3版本的变化

• 添加的选项没有岭回归使用混合模型

• 构成了rowdata变量添加的选项使用在混合模型

  1.5.1版本的变化

• 修正加权方差协方差矩阵和QR分解msqrobLmer函数

MSstatsTMT

2.4.1版本的变化(2022-09-12)

• 小改变:修复bug的数据表执行当地的正常化

MultiAssayExperiment

1.24.0版本的变化

新功能

• 复制提供了实际colnames确认为复制sampleMap观察特定生物单元

Bug修复和小改进

• 添加了一个分析< -替代方法robustifying saveHDF5MultiAssayExperiment与普通的矩阵
• 使用BiocBaseUtils:: setSlots和避免使用三重结肠的警告。
• 解决问题当colData一列合并两个MultiAssayExperiment对象时,即使用c方法(@cvanderaa # 315)
• 提高效率在colnames rownames方法(@cvanderaa # 314)
• 让“前缀”输入一致saveHDF5MultiAssayExperiment和loadHDF5MultiAssayExperiment (@asiyeka # 313)
• 为复制方法提高性能
• 时更新wideFormat文档,复制存在额外的列集将附加到生产DataFrame (@DarioS # 312)

MungeSumstats

1.5.18版本的变化

错误修复

• GHA修复。

  1.5.17版本的变化

新功能

• 默认情况下ES作为β添加新参数,用户可以指定如果不是这样(es_is_beta)。如果设置为FALSE,映射移除。

• 冠β订购已经改变日志(或)将从Z,起诉前计算。

  1.5.16版本的变化

新功能

• 新方法计算的z分数sumstats (compute_z输入)添加了:β/ SE。用它设置compute_z =“BETA”继续使用假定值计算使用compute_z =“P”。注意默认还是compute_z = FALSE。

错误修复

• 删除错误的print语句。

  1.5.15版本的变化

错误修复

• 修复NA表示表格输出——默认情况下,data.table::从文件中读()叶子NAs空白而不是包括文字NA。没关系为csv和如果输出被从文件中读阅读,但它打破了其他工具tsv,难以阅读。更新和添加一个消息当表变成了未压缩的索引。

  1.5.14版本的变化

新功能

• read_header:
• 现在可以读取整个文件通过设置n = NULL。
• 提高阅读的VCF文件(可以阅读.vcf。现在bgz)。
• 现在出口。
• 添加单元测试。
• 从所有的代码删除seqminer(车)。
• tabix后自动清除残余. tsv文件索引。
• import_sumstats:
• 使用@inheritDotParams format_sumstats更好的文档。
• parse_logs:添加新字段。
• format_sumstats:添加时间报告结束时(分钟)。由于这是一个消息,将被纳入日志,现在解析parse_logs投入列“时间”。

错误修复

• 用Rsamtools取代seqminer index_tabular:固定。
• SNP ID与格式1:123456789通过时,它将会妥善处理。

• compute_n无法处理SNP级别N值只归咎人口水平。解释错误信息已经补充道。

  1.5.13版本的变化

错误修复

• 特殊字符引起的问题找到空的列功能。现在修好了。

  1.5.12版本的变化

错误修复

• Mitchondrial (MT)染色体snp的价值被sort_coords被迫NA函数。这是固定的。

  1.5.11版本的变化

错误修复

• 必须通过check_dups其他检查所以他们也不会运行。现在non-biallelic独立的检查。

  1.5.10版本的变化

新功能

• check_dups参数添加所以副本不会删除如果格式化QTL的数据集

  版本1.5.9之后的变化

错误修复

• validate_parameters dbSNP包的检查错误的版本,修正。

  1.5.6版本的变化

错误修复

• 海量存储系统(MSS)中现在可以转嫁空空的,英国石油公司在SNP级别。的情况所对应和/或BP NA但RS ID存在,这些将会估算fromt他参考基因组。注意以前,这归咎是装备和/或bp列时失踪。
• 当不需要liftover Print语句从liftover沉默
• 检查丢失数据功能将不再删除与NA SNP_INFO列的情况下。SNP_INFO列是由海量存储系统(MSS)中,例RS ID和其他一些信息在同一SNP列(像rs1234:……)。而不是扔了这信息,存储在一个新列,SNP_INFO。然而,删除丢失数据功能也在这一列删除单核苷酸多态性。这已经被修正。
• find_sumstats ():

• 解决N列元数据。

  1.5.5版本的变化

新功能

• save_format参数为format_sumstats创建。这将取代ldsc_format现在已经弃用。使用save_format =“LDSC”。save_format是通用的标准化的其他选项(零)和内外加厚开放GWAS VCF格式(“openGWAS”)。
• dbSNP版本155已被添加。用户现在可以控制dbSNP用于归责的版本(144或155)。注意,与9 x更snp dbSNP 155 vs 144,运行时间将会增加。

错误修复

• 改变性染色体是由小写来匹配UCSC的删除

  1.5.4版本的变化

新功能

• 进一步映射添加

错误修复

• 重复的non-bi-allelic和indels固定的

• 正确compute_nsize文档

  1.5.1版本的变化

新功能

• 出口vcf2df。
• 移动某些后期处理函数在这个函数(例如,减少重复的关口/行)。
• 现在可以parallised read_vcf:将查询分为块,进口,(可选)将它们转换成数据。表rbinding他们回到前一个对象。
• 添加报告VCF大小(变量x样本)在处理之前给用户一个想法的时间过程。
• 添加参数时避免使用parallelisation mt_thresh vcf很小,由于开销超过好处在这些情况下。
• 添加axel下载Linux安装说明。
• 添加第二tryCatch与不同的下载工具下载。文件参数可能对某些机器更好地工作。
• 避免使用文件。指定URL路径:
• get_chain_file
• import_sumstats
• 直接让download_vcf通过url(无需下载文件)当vcf_download = FALSE。
• download_vcf:
• 使超时10分钟而不是30分钟。
• 阿克塞尔详细。
• load_ref_genome_data:
• 提供更多的信息,让用户知道哪些步骤需要很长时间。
• 加速子串预处理。
• read_vcf_genome:从已获得基因组构建更健壮的方法。
• read_sumstats:加快利用remove_empty_cols (sampled_rows =),而且只有竞选表格文件(内部read_vcf已经这样做了)。

错误修复

• select_vcf_field:摆脱“REF坳并不存在”被省略rowRanges警告。
• 确保了几个未鉴定的代码块在片段/ MungeSumstats。限制型心肌病被蜱虫周围。
• vcf2df:占场景writeVcf意外地将基因族群的数据转换成3 d矩阵冗余。
• 使用data.table:: rbindlist(填补= TRUE)绑定的块。
• read_vcf升级后删除未使用的功能:
• infer_vcf_sample_ids
• is_vcf_parsed
• check_tab_delimited
• read_vcf_data
• remove_nonstandard_vcf_cols
• 删除冗余dt_to_granges成to_granges通过合并功能。
• 调整liftover适应轻微改变。
• 修复is_tabix(我有错误路径所有小写)。
• 让index_vcf识别所有压缩vcf后缀。
• 添加额外的错误处理,. gz实际上不是bgz-compressed。

• 设置BiocParallel注册线程回到1 read_vcf_parallel结束后,为了避免潜在的冲突与下游步骤。

  版本1.5.0的变化

新功能

• 增加“查询”栏目find_sumstats输出跟踪搜索参数。
• import_sumstats:
• 检查是否格式化文件(save_path)存在之前下载来节省时间。
• 错过force_new force_new_vcf附加。
• 更新描述标签描述文件,以更好地反映MungeSumstats的范围。
• 升级read_vcf更健壮。
• 编辑Deps /建议
• 提升IRanges进口。
• 拆卸stringr(不再使用)
• 添加新的内部函数is_tabix来检查一个文件是否已经tabix-indexed。
• read_sumstats:
• 现在以样品作为参数。
• 使用GenomicFiles Parallises VCF阅读。
• read_sumstats:现在以样品作为参数。默认情况下,只使用第一个样本(如果存在多个文件)。
• 除去ALS VCF例子INFO_filter =小插曲(现在不再需要这些信息解析已经纠正)。
• download_vcf现在可以处理情况vcf_url =实际上是一个本地文件(远程)。

错误修复

• 房颤(等位基因频率)不小心被分配信息列在vcf信息行始于“对焦”。这导致大量snp是错误在check_info_score一步下降。
• 如果信息不可用,信息列现在完全下降(而不是分配所有1 s)。
• 调整test-vcf_formatting来反映这一点。这避免了歧义信息是否得分是真实的。
• check_info_score:
• 添加额外的消息在各种条件信息不用于过滤,不要添加log_files info_filter美元在这些实例。
• 添加单元测试。
• check_empty_cols意外下降比它应该更多的列。
• 修复GHA pkgdown建筑:
• git的最新版本引入bug在构建pkgdown网站在码头工人容器(例如通过我的Linux GHA工作流)。调整GHA来解决这个问题。
• 修复write_sumstats当索引VCF。
• 确保read_sumstats可以阅读任何VCF文件(本地/远程索引/非索引)。
• 修复test-vcf_formatting.R
• 51行:错误的AF值的字符串
• 109行:遇到错误呢?由于重复的单核苷酸多态性?
• 修复test-check_impute_se_beta
• 行51/52:setkey SNP read_vcf(现在自动重命名ID)。
• 修复test-read_sumstats:
• 标准化的头现在由read_sumstats内部处理。
• 确保所对应一个特征向量时被读入。
• 44行:确保额外的关口vcf_ss下降。
• parse_logs:添加行解析子功能允许处理日志,不包含某些信息(从而避免创建最终data.table时警告)。
• “避免使用“粘贴”状态信号的修正:
• check_pos_se
• check_signed_col
• 过去依赖gunzip bgz阅读文件,但显然不再支持这个功能(可能由于更改Rsamtools:: bgzip Bioc 3.15压缩。转而使用fread + readline:
• read_header
• read_sumstats
• read_header:不够阅读行过去的VCF头。增加到readline (n = 1000)。
• read_vcf:有时会导致重复的行。现在只使用独特的行(在示例和列过滤)。
• 问题所对应的:英国石油公司:a1, a2和装备:英国石油公司和rs id解决

马斯喀特

1.11.1版本的变化

• 错误修复在pbHeatmap():以前失败的结果的多()”

NanoMethViz

版本变化测试盒框

• 固定plot_region_heatmap()生产时错误的情节因素是用于染色体。
• 固定nanopolish f5c进口位置1。
• 固定破碎样品()为NanoMethResults setter。
• 添加plot_agg_genes()函数作为plot_agg_regions速记(x, exons_to_genes(外显子(x)))。
• 添加能够中断methy_to_bsseq()调用。
• 添加处理filter_methy NanoMethResults对象的()。如果使用NanoMethResult作为输入,然后NanoMethResult无形作为输出返回。
• 注释添加黑色轮廓外显子区相邻段串联重复序列等功能。
• 添加plot_gene line_size参数(),plot_region()和plot_granges()块调整线的大小。
• 添加子样品参数的热图情节,默认50。这减少了阴谋的行数显示指定的金额。
• 添加get_exons_mm10 (), get_exons_hg19()和get_exons_hg38更换get_exons_mus_musculus()()和get_exons_homo_sapiens ()。
• 不再改变的热图情节缺席样本标注的样本。
• 改变的热图标签出现在右边而不是顶部。
• 改变的热图α从0.33到0.5。
• 外显子连接器中改变箭头出现在中间作为开放箭头而不是在封闭的箭头。
• 改变默认新适当SI-style X轴标签。例如Kb, Mb, Gb。

纳米管

1.3.7版本的变化

• ruv:除了政府:RUVIII RUVSeq:: RUVg现在可以用于数据归一化方法。选项已经被添加到允许调优参数的这些方法。提供更多细节的装饰图案。
• csv或txt文件包含设计矩阵的输入,可以作为“sampleTab”processNanostringData ()。这有助于简化微分表达式分析更复杂的模型,和一个示例添加到装饰图案。

• 其他改进装饰图案。

  1.3.6版的变化

• 纳米管可以压缩和柏油(现在的过程。zip或. tar)目录,以及gzip (. gz) RCC文件,比如那些在许多情况下,从地理下载。

  1.3.5版本的变化

• 纠正一个错误,导致纳米管不认识到记者贴上“Endogenous1”,“Endogenous2”等作为内生。

ndexr

1.19.1版本的变化

• 更新:使用RCX包处理网络。已倒闭的功能:

• rcx_fromJSON:RCX: readJSON ()

• rcx_toJSON:RCX: toCX ()

• rcx_aspect_toJSON:rcx_aspect_toJSON

• rcx_new:RCX: createRCX ()

• rcx_asNewNetwork:RCX: createRCX ()

• rcx_updateMetaData:RCX: updateMetaData ()

• print.RCX:RCX: print.RCX ()

• rcx_toRCXgraph:RCX: toIgraph ()

• rcxgraph_toRCXRCX: fromIgraph ()

netZooR

1.1.12版本的变化

• 重新激活单元测试为Ubuntu GitHub的行为。
• 狮现在可以构建single-sample coexpression网络使用@kshutta的实现
• 修复羊驼singleton社区情况(由@talkhanz检测)
• 解决起重机显著性检验在恒定的模块化分数(由@talkhanz检测)
• 由@kshutta改进方法描述
• 修复提供了熊猫边缘情况下只有表达式

ngsReports

2.0.0版本的变化

• 添加状态栏使用pachwork所有情节从FastQC报告

  1.13.3版本的变化

• 错误修复进口macs2日志

  1.13.2版本的变化

• 对进口DuplicationMetrics Bug修复

  1.13.1版本的变化

• Bug修复进口macs2日志

• Bug修复进口bowtie2日志

nnSVG

1.1.2版本的变化(2022-05-17)

• 使non-SpatialExperiment输入

NxtIRFcore

1.3.2版本的变化(2022-10-25)

• 宣布NxtIRFcore将被从Bioc 3.16开始SpliceWiz取代。

  这次1.2.1版本的变化(2022-06-22)

• 错误修复BuildReference:忽略了“N”基地当翻译密码子(而不是返回一个错误)

• 错误修复BuildReference:更多功能处理BiocFileCache缓存位置

oncoscanR

1.1.0版本的变化

• 为了简化工作流程,病人的性别不再考虑。意味着男性样本,获得X或Y染色体上的3个额外的副本被认为是获得,而不是一个放大了。女性样本,没有什么变化。
• oncoscan覆盖率只有被修正以反映地区的调查。孤立的探测器,导致问题识别arm-level改变底盘部分,没有扩展到这些探针和90%的门槛可能永远不会得到满足(尤其是染色体臂上9 p和Yq)。

• 微小的修改在装饰图案

  1.0.0版本的变化

• nLST测试一直在临床验证PAOLA-1试验的384名患者,现在推荐的阈值> = 15。
• arm-level改变的默认值设置为90%所出版(Christinat et al ., 2021年J摩尔成岩作用;PMID: 34454110)。
• 基因LOH分数(LOH基地百分比)已添加;score_gloh。
• 添加一个标志“没有肿瘤?“如果改变基地的比例还不到1%。

• Bioconductor包发布

  0.2.0版本的变化

• 小说HRD得分(nLST: lst,规范化的倍性):score_nlst
• 改变Oncoscan工作流使用nLST分数和阈值。
• 新函数来计算Mb的数量改变了(有或没有LOH): score_mbalt
• 新函数计算平均拷贝数:score_avgcn
• 新函数来估计全基因组复制事件的数量(基于平均拷贝数和卡特et al。定义的阈值):score_estwgd

OncoSimulR

4.0版本的变化

• 主要变化:用户可以模拟干预和自适应治疗,以及定义、跟踪,并使用在fitness-dependent规范定义的变量。

• 主要变化:用户可以指定他们想要的出生率和死亡率,包括让或只有一个频率相关。

• onlyCancer = FALSE默认调用oncoSimul *。这是一个可能的BRAEKING变化。

• 阴谋失败有意义的错误如果模拟不可恢复的异常或达到最大壁时间或max num尝试。

• 装饰图案的改善速度。

• 提高编译速度。

  版本变化3.99.12 (2022-10-19)

• 试图让小插图构建ARM64 Mac中成功构建:在块fdfmutex2使用一试(情节)。

• 使用apa样式引用和一些修复龙头。

• 轻微增加装饰图案。

  版本变化3.99.11 (2022-10-13)

• 增加max.wall。两个测试的时候,在非常缓慢Windoze机器可以达到最大壁时间。

  版本变化3.99.10 (2022-10-13)

• onlyCancer = FALSE默认调用oncoSimul *。这是一个可能的BRAEKING变化。

• 阴谋失败有意义的错误如果模拟不可恢复的异常或达到最大壁时间或max num尝试。

• 更快的装饰图案。

  版本变化3.99.9 (2022-09-30)

• 小装饰图案分割代码,试图发现ARM64 Mac版的位置问题。

  版本变化3.99.8 (2022-09-15)

• 使用“统一构建”减少构建(编译)时间;看到文件本月/ miscell / README_Unity_compilation。

  版本变化3.99.7 (2022-09-13)

• 使用c + + 14,在windows中,不要使用o3:尽量减少构建时间。

  版本变化3.99.6 (2022-09-12)

• Udpated exprtk。

  版本变化3.99.5 (2022-07-19)

• 资金标志添加到README。md和装饰图案。

  版本变化3.99.4 (2022-07-04)

• 在test.Z-intervention考试不及格。在Mac OS R;没有正确解决以前的时间。

  版本变化3.99.3 (2022-06-30)

• 在test.Z-intervention考试不及格。R在Mac OS

  版本变化3.99.2 (2022-06-29)

• 装饰图案:作者和引用列表。

  版本变化3.99.1 (2022-06-25)

• 用户可以指定他们想要的出生率和死亡率,包括让或只有一个频率相关(由于阿尔贝托·冈萨雷斯Klein)。

• 干预措施(由于哈维尔·穆尼奥斯哈罗德)。

• 用户定义的变量和自适应治疗(多亏了哈维尔·洛佩兹卡诺)。

orthogene

1.3.4版本的变化

错误修复

• 删除矩阵。跑龙套因为现在弃用。
• 重装dMcast函数作为一个新的orthogene内部函数,因为这是唯一我从Matrix.utils使用函数。

• 修复GHA工作流现在r-lib / actions@master被移除。

  v1.3.3变化

错误修复

• 让test-map_orthologs_babelgene不那么严格的基因数量的预期。

  1.3.2版本的变化

新功能

• 添加本月/ grofiler_namespace.csv。广州文档的目的。

错误修复

• create_background:
• 确保用户提供的bg使用:https://github.com/neurogenomics/orthogene/issues/22

• 适当的文档内部数据,以便devtools:文档并不期望他们出口对象。

  1.3.1版本的变化

新功能

• plot_orthotree:放弃tree_source参数。

  1.3.0版本版本的变化

新功能

• aggregate_mapped_genes:
• 通过从map_genes额外的参数。
• 自动添加map_orthologs来创建gene_map,当gene_map = NULL和input_species ! = output_species。
• 物种分割成input_species output_species args。
• - > agg_method改变方法,和使用方法通过map_orthologs代替。
• 通过从map_orthologs额外的参数。
• 添加链接的详细解释矩阵聚合在many2many_rows docs /扩张。
• 自动选择最佳方法很多:1或许多:映射。
• 使用地板as_integers:新参数。
• 重命名agg_fun乐趣。
• gprofiler_namespace添加新数据。用于验证目标= arg gprofiler2功能。
• 升级aggregate_mapped_genes:
• 现在可以使用gene_map map_orthologs或map_genes。
• 现在可以处理许多:许多关系。
• 会自动选择最好的方法来执行聚合和/或扩张。
• 删除内部函数aggregate_mapped_genes_twice
• 从non121_strategy提取聚合args,放在他们自己的新的自己的(agg_fun)因为这些选项不再相互排斥的原因很多:很多扩张/聚合。
• 错过as_DelayedArray
• 撞v1.3.0和R > = 4.2现在我们正在开发Bioc 3.16。
• 添加ISSUE_TEMPLATE。
• prepare_tree:
• 添加tree_source选项:路径/ URL / OmaDB UCSC / timetree

错误修复

• map_genes:修复报告完成。
• 使用聚合时添加防范gene_df不是一个矩阵。
• 删除DelayedMatrixStats进口(不再需要)。
• 修复所有单元测试和例子后更新。
• 识别稀疏/稠密矩阵或delayedarray check_agg_args。

pathview

1.37.1版本的变化

• 在下载修复bug。kegg最近kegg rest API的变化引起的url (http, https)。

• 现在korg包括8282种KEGG或超过2020 1449个新物种。

peakPantheR

1.11.1版本的变化(2022-08-05)

• 错误修复:管理mxML文件没有时间戳标记

pengls

1.3.2版本的变化

• 与预测函数的简历。pengls对象

  1.3.1版本的变化

• 扩展到MSE损失函数
• 随机折甚至分裂导致更多的褶皱

phantasus

1.17.5版本的变化

• 所有地理数据集和< 100 k行可以加载

  1.17.4版本的变化

• 更新DESeq2用法

PharmacoGx

3.1.4版本的变化

• 修改downloadPSet函数自动更新PharmacoSet类结构,下载后把更新的对象
• 这项工作是必要的,直到我们可以重新运行数据工程管道重新生成所有PharmacoSet使用3.1.0包更新

• 添加一些额外的方法计算药物协同作用指标

  3.1.1版本的变化

3.1.0

• 更新槽的名字“细胞”- >“样本”和“药物”- >“治疗”
• 更新标准化的标识符列名称匹配上述插槽命名:“cellid”- >“sampleid”、“drugid”- >“treatmentid”

PhyloProfile

1.10.3版本的变化

• 固定的错误解析为输入超过9999类群分类单元的名称

  1.10.1版本的变化

• # 119固定故障树上传按钮消失

• 改进的解析seq ID来创建链接外部DB # 117

• 固定的错误fn grep域组比较

• 固定错误解析数据的列表输入基因IDs # 122

plotgardener

版本就开始变化

错误修复

• 固定装饰图案链接“plotgardener概论”装饰图案。

  1.3.7版本的变化

错误修复

• plotGenes和相关功能将定制OrgDbs适当的检查和处理。
• getExons将仔细检查适当的染色体数据根据相关的染色体叠连群,避免不正确的策划。

新功能

• plotManhattan假定值数据可以根据自定义缩放变换,而不是仅限于log10。

• plotRanges元素可以下令随机或减少宽度之前策划行分配。

  1.3.6版的变化

错误修复

• mapColors可以适当颜色映射到一个数值向量具有相同的值,只要提供了一个范围。

  1.3.5版本的变化

新功能

• plotMultiSignal函数可以画出多个信号跟踪数据集符合对方。
• calcSignalRange helper函数来计算一个适当的范围内对多个信号数据集。
• pageLayoutRow和pageLayoutCol函数生成的行和列的位置的情节元素。

• 可以突出显示基因转录基因名称或记录名称与参数transcriptHighlights plotTranscripts。

  1.3.4版本的变化

错误修复

• plotPairsArches贝塞尔曲线高度计算是对不同大小的锚固定。

  v1.3.3变化

新功能

• plotSignal现在可以情节负面信号数据单独或作为第二上市文件。

• 添加了一个标签参数为plotSignal方便的标签。

  1.3.2版本的变化

错误修复

• plotSignal范围解析错误修复是解决。

• 注意双页面呈现已添加到pageGuideHide()的文档。

  1.3.1版本的变化

• plotSignal bug修复相关功能找不到posSignal2和negSignal2变量数据不足。

• 文档介绍小插图添加解释双页面呈现在使用任何删除功能,尤其是pageGuideHide ()。

  1.3.0版本版本的变化

版本撞Bioconductor 3.15版本。

聚酯

1.99.3版本的变化

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

  1.99.2版本的变化

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

POMA

1.7.19版本的变化

• 新biocViews和描述
• 调用外部包在每个POMA功能一致性
• 新方法:UMAP, PCR(主成分回归),RNA-seq分析(通过DESeq2包)
• 添加不同的统计方法在PomaVolcano ()
• 估计相对质量权重PomaLimma ()
• 更新测试
• 更新小插曲
• 几个bug修复

proDA

1.11版本的变化

• 解决复制粘贴错误意味着错误的值用于unregularized特性估计过程(见# 18。感谢@amackey发现bug)。

pRoloc

1.37版本的变化

1.37.1版本的变化

• 修复bug在PerTubro classifiction函数(见# 146和# 147),由mgerault贡献。

pRolocGUI

2.7版本的变化

2.7.2版本的变化

• 聚合应用程序显式地添加重新映射函数

2.7.1版的变化

• 移动LMB的维护者
• 更新url Github回购
• 被弃用齿轮齿轮图标
• 修复bug在shinyhelper

2.7.0版本的变化

• Bioc 3.15新版本

psichomics

1.24.0版本的变化

• 错误修复:psichomics应用现在打开像预期的那样,而不是崩溃

  1.22.1版本的变化

• 错误修复:GTEx数据v8现在可以下载使用新版本的R
• 错误修复:UniProt REST API调用现在使用更新的API
• 错误修复:更新弃用设置删除ggplot2指南
• 文档:澄清如何生存情节CLI教程

QDNAseq

版本变化1.33.1 (2022-04-27)

杂项

• 现在包提供了一个有益的错误消息,当一个过时的版本的“未来”计划。它需要未来的(> = 1.22.1)。

错误修复

• 几类使用的函数(x) = =“data.frame”而不是继承(x,“data.frame”)。

  版本变化1.33.0 (2022-04-26)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC R-devel 3.16。

QFeatures

1.7版本的变化

QFeatures 1.7.3

• 解决办法:固定filterFeatures当选择包含环境变量

QFeatures 1.7.2

• 专长:结合QFeatures对象添加“c”方法。
• 专长:添加nrows和ncols方法。还添加了use.names参数(cf ? BiocGenerics::;
• 文档:改进文档filterFeatures ()
• 测试:单元测试改善filterFeatures ()
• 专长:添加了一个参数保持在filterFeatures()来控制是否保留或删除功能不包含筛选变量的分析。还添加了消息打印到一个更好的概述的变量被发现。
• 解决办法:固定addAssay # 104()来解决问题。
• 重构:重构addAssay()和显著提高计算资源的使用。
• 专长:colData自动从试验转移到QFeatures对象。
• 专长:实现removeAssay()和replaceAssay ()。一起addAssay(),这些函数是用来实现所需要的替换方法[[< -解决问题# 57。
• 添加使用cc许可的小品文。

QFeatures 1.7.1上

• 重构:归责现在增加了一个新的分析而不是替换值。

QFeatures 1.7.0

• 新Bioc猛击版本。

qPLEXanalyzer

1.15.3版本的变化

• 修复错误的devtools::检查测试引起的不同的地区

quantiseqr

1.6.0版本的变化

其他的笔记

• 固定的行为mapGenes函数时没有发现重复的名字,避免不必要的重新映射和有一个一致的行为与原来的实现

RaggedExperiment

1.22.0版本的变化

• 添加。列表和as.data.frame RaggedExperiment方法促进mcols的提取和转换表的格式,分别。

rawrr

变化在1.5版本中(2022-08-22)

• 添加centroid.PreferredNoises。

Rcpi

版本变化1.33.2 (2022-07-17)

改进

• 更新UniProt API来解决访问问题的端点URL (# 14)。

  版本变化1.33.1 (2022-05-07)

改进

• 把提高字段描述提高清晰度。

  版本变化1.33.0 (2022-04-25)

改进

• 固定一个构建错误在macOS猛击分公司由于依赖不可用。

RCy3

2.18.0版本的变化

• 新功能:
  • exportPNG
  • exportJPG
  • exportPDF
  • exportPS
  • exportSVG
  • importFileFromUrl
  • selectEdgesAdjacentToNodes

ReactomePA

1.41.1版本的变化

• 添加函数gson_Reactome(2022-7-13,结婚)

reconsi

1.9.1版本的变化

• 显式地加载Vandeputte数据

rGREAT

1.99.7版本的变化

• 计算已经加速。

  1.99.6版本的变化

• 集getGeneSetsFromBioMart ()公共

  1.99.2版本的变化

• 默认情况下排除地区的差距

• 在空空的前缀gr删除当biomart_dataset是集。

  1.99.0版本的变化

• 添加大()和相关功能以支持当地的伟大。

• 添加shinyReport ()输出结果到一个闪亮的应用程序中。

rhdf5

2.42.0版本的变化

变化

• H5Ocopy()函数被包括在内。

• utf - 8编码的字符datsets将标记为拥有相同的编码当读入一个R会话。

错误修复

• h5write()不再多字节utf - 8编码的字符串截断(感谢亚伦Lun @LTLA报告提供一个修复,https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/111)。

Rhdf5lib

1.20版本的变化

错误修复

• 安装在一个系统与现有SZIP图书馆会导致空链接位置时,链接方案。这可能导致下游编译问题在某些系统。(感谢@brgew报告和菲利普Bordron @bordron帮助诊断https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/109)

• 固定的问题,在一些系统中,原子能委员会库将被安装到一个目录命名为“lib64”而不是“自由”所期望的包Makevars(感谢罗比恩格尔曼氏@robby81报告,https://github.com/grimbough/Rhdf5lib/issues/44)

Rhisat2

1.13.1版本的变化

• 更新hisat2 v2.2.1

• 包括支持arm64 SIMD无处不在库(https://github.com/simd-everywhere/simde)

Rhtslib

2.0.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 更新htslib 1.15.1 (1.7)

RLSeq

1.3.0版本版本的变化

Bioc 3.16版本添加噪声分析的功能。

RMassBank

3.7.1版本的变化

• 删除getCompTox(),因为EPA AcTORWS web服务已经退休了

• 解决问题# 309文件列表时没有“模式”专栏

rmelting

1.13.3版本的变化

• 恢复与SystemRequirements Java (> = 11)。删除访问私人键盘代码。

  1.13.2版本的变化

• 添加Java SystemRequirements (> = 11)。

  1.13.1版本的变化

• 更新从融化的5.1.1 5.2.0融化
• 添加选项连续锁核酸(method.consecutive。锁和method.consecutive.locked.singleMM)。

RnBeads

2.15.1版本的变化

• 添加自定义重新从芝麻dye-bias和背景校正方法

的方式

2.25版本的变化

2.25.5版本的变化

• 失败,不能转化为有用的信息当ols查询条件。

2.25.4版本的变化

• 修复错误由于失败项()。

2.25.3版本的变化

• 修复失败的单元测试以来的变化。

2.25.2版本的变化

• 当将本体转换为data.frame修复新的错误。

2.25.1版本的变化

• 修复错误时转换项data.frame失踪的插槽。

2.25.0版本的变化

• 新的重击版本(Bioc 3.16)

ropls

1.29.32版本的变化

• 观点:小修改

  1.29.30版本的变化

• 观点:小修改

  1.29.28版本的变化

• 观点:小修改

  1.29.26版本的变化

• gg_scoreplot:小修改

  1.29.24版本的变化

• gg_scoreplot:小修改

  1.29.22版本的变化

• gg_scoreplot:通用的方法应用到SummarizedExperiment或者一个opls对象

  1.29.20版本的变化

• gg_scoreplot:修改信息显示与阴谋

  1.29.18版本的变化

次要的修改

• 小文档更新

  1.29.16版本的变化

次要的修改

• 小文档更新

  1.29.14版本的变化

新功能

• 从可用MultiAssayExperiment和MultiDataSet omicade4 NCI60数据集

  1.29.12版本的变化

次要的修改

• 小文档更新

  1.29.10版本的变化

次要的修改

• 小文档更新

  1.29.8版本的变化

新功能

• 现在处理MultiAssayExperiment opls的方法

  1.29.6版本的变化

新功能

• 现在处理SummarizedExperiment opls的方法

  1.29.4版本的变化

新功能

• 现在处理SummarizedExperiment视图的方法

• “sacurine”数据集包括ExpressionSet和SummarizedExperiment格式

  1.29.2版本的变化

次要的修改

• 新的bioc版本

rpx

2.5版本的变化

rpx 2.5.1

• 地址没有单元测试,因为骄傲URL改变了回来。

rpx 2.5.0

• 新bioconductor猛击版本

rrvgo

1.8.1版本的变化

• 新功能在散点图():
  • 降维与UMAP
  • 情节只有父母

• 选择正确的点大小固定在散点图()

• 改善装饰图案

Rsubread

2.12.0版本的变化

• 提高cellCounts所使用的数据结构,进一步提高它的速度。

• 更多的检查输入参数,以防止cellCounts崩溃。

• 提高cellCounts屏幕输出。

RTCGA

1.27.2版本的变化

• 移动createTCGA()的包

  1.27.1版本的变化

• 固定的http和https调用https://gdac.broadinstitute.org/

RTCGAToolbox

2.28.0版本的变化

新功能

• 解决不同的列从GBMLGG突变文件(@andreagrioni # 45)
• 更新代码库下载https的资源更新的布局在gdac.broadinstitute.org (@biostars-nyc # 44)。
• 更新与rownameCol makeSummarizedExperimentFromGISTIC接口输入,类型检查,并设置行名称不重复。

Bug修复和小改进

• 使用缓存目录获得工具::R_user_dir
• 清理阶级成员检查,例如,是(x,“名称”)
• 设置缺失行”“与SummarizedExperiment下游兼容性。

S4Vectors

0.36.0版本的变化

新功能

• 实现DataFrameFactor对象。看到“? DataFrameFactor”。

• 为因素对象添加droplevels()方法。

• 现在因素对象使用原始的向量,而不是一个整数向量存储其内部索引时255年的水平或更少。这大大减少了内存占用。

用户可见的明显变化

• 构造子集DataFrame对象不再试图保持其colnames独特。

sangeranalyseR

99.1版本的变化

• 基类:SangerReads是用来存储每个转发/衣服的翻边读。

  1.6.1版本的变化

• 解决色谱颜色问题。

土星

1.4.1版本的变化

我们报告一个缺陷在土星1.4.0。(Bioconductor版本3.15)。土星1.3.1中引入的错误是无意中(从前者Bioconductor猛击)。注意,错误并不因此出现在任何老Bioconductor 1.0版本3.13和3.14(土星。1.1 x。x和1.2.x)。

错误信息:

想象一个有三个亚型和两个细胞类型的基因。我们的目标是评估细胞类型之间的差。所有亚型表达的细胞类型1的所有细胞。然而,没有一个亚型表达的细胞在细胞2型(即。,基因不表达的细胞类型2)。

土星计算的log-odds一定从池中同种型的亚型在每个细胞类型,然后比较这些log-odds细胞类型之间的估计。然而,在这个例子中,挑选的log-odds一定从池中同种型的亚型细胞类型2无法计算,因为没有数据。因此,系统应该NA检验统计量。然而,由于错误的处理NA的估计,这是无意中介绍了土星1.3.1。旨在解决github问题16时,log-odds相比,细胞类型1将为零。因此,(错误的)获得的结果可以对比,即使没有数据在细胞类型2。

注意,在许多情况下这些亚型可能完全不经过过滤,不会得到评估。然而,当分析sprase scRNA-Seq与宽容的过滤标准数据集,这个问题将,将导致错误的推理。

嘘

1.26.0版本的变化

• projectReducedDim函数添加到项目分维数嵌入到现有的减少。

• 支持“颜色”和“颜色”拼写在所有绘图功能。

• 添加order_by参数cellwise情节功能。

• 使用rasterise添加plotReducedDim rasterise参数。

短链脂肪酸

版本变化1.7.1上(2022-07-29)

• 改变了神经网络计算从Tensorflow火炬。

scp

1.7版本的变化

scp 1.7.4

• 更新的引用

scp 1.7.3

• 符合BiocCheck重构:包
• 文档:固定错误在装饰图案

scp 1.7.2

• 添加使用cc许可的小品文。

scp 1.7.1上

• 重构:移除弃用rowDataToDF()函数
• 失败测试:固定一些测试由于SCE版本的差异。
• 专长:用户现在可以指定9月当样品名称自动生成。

scp 1.7.0

• 新的重击(Bioc 3.16)

scRepertoire

版本是1.7.2变化

• Rebumping Bioconductor的版本变化与新版本

• 说的意思是调用vizGenes的热图()

• combineTCR, filteringMulti现在与0细胞检查删除列表元素。

• 删除top_n()调用,因为它现在已经弃用,使用slice_max()没有关系。

• 添加parseTCR期间安排()调用()组织链

• 正确的gd翻转combineContig和随后的功能

• viridis召集clonalNetwork删除()函数,它是导致错误

• 严格匹配语法clonotype combineBCR ()

• 添加组。通过变量所有适用的可视化

• 添加返回。靴子clonalDiversity(),允许出口的引导价值

scTGIF

1.11.1版本的变化

• 有些错误是固定在reportTGIF ()

天窗

版本1.8.0的变化

• 支持使用删除。在aggregateAcrossCells altexps =()和logNormCounts ()。

seqArchR

1.1.1版本的变化

• (面向用户)固定:太多的警告从Python的scikit-learn被打印到控制台(警告对未来预期的变化scikit-learn版)

SeqArray

1.38.0版本的变化

公用事业公司

• 新选项的ext_nbyte seqGet2bGeno ()

• seqAlleleCount ()和seqGetAF_AC_Missing ()返回NA而不是零当所有基因型网站人失踪

• seqGDS2VCF ()不输出格式列如果没有选中的样品(例如,网站只VCF文件)

• seqGetData (“chrom_pos2美元”)类似于seqGetData (“chrom_pos美元”)除了重复的后缀(“_1”、“_2”或> 2)

新功能

• seqGDS2BED ()可以转换为叮铃声床文件与揣测基因型时只有数字剂量GDS文件

• seqEmptyFile ()输出一个空的GDS文件

  1.36.2版本的变化

错误修复

• 修复bug multi-allelic地点有超过15种不同的等位基因,见https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/78

  1.36.1版本的变化

错误修复

• seqExport ()失败时没有变异

• seqSetFilter ret.idx = TRUE (),请参阅https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues/80

shinyepico

1.4.2版本的变化(2022-05-18)

• Bug修复:亚硫酸氢dplyr问题情节和对比表

  1.4.1版本的变化(2022-05-10)

• Bug修复:亚硫酸氢dplyr问题情节和对比表

签名者

2.0.0版本的变化

• 交互式的界面:signeRFlow

• 选择使用之前定义的签名,只是估计风险敞口。

• 并行处理,

• 找到新方法签名的数量(或组)出现在数据,基于统计睾丸BIC值,

• 测试签名与生存的关系数据或连续变量,

• 暴露聚类方法

simplifyEnrichment

版本是1.7.2变化

• anno_word_cloud ()固定一臭虫,其exclude_words不正确地传递给内部函数。

• simplifyGOFromMultipleLists ()固定一臭虫,其控制不正确地传递给内部函数。

• simplifyGOFromMultipleLists ():画barplots显示数字的能指在集群上。

singleCellTK

2.7.3版本的变化(2022-10-25)

• 固定依赖更新相关的bug

  2.7.2版本的变化(2022-10-19)

• 弃用findMarkerDiffExp (), findMarkerTopTable()和plotMarkerDiffExp(),由runFindMarker取代(),getFindMarkerTopTable()和plotFindMarkerHeatmap(),分别
• 添加useReducedDim detectThresh理由找到标记功能
• 弃用getUMAP()和getTSNE(),取而代之的是runUMAP()和runTSNE(),分别
• 添加runQuickUMAP()和runQuickTSNE()函数直接从原始计数计算适当的嵌入矩阵与一个简化的参数设置
• 添加参数aggregateRow和aggregateCol plotSCEHeatmap ()
• 更新输出元数据结构的质量控制功能,以及combineSCE()合并新结构正常
• 精批处理回调函数集

• 固定与UI相关的bug和控制台的功能

  2.7.1版的变化(2022-06-29)

• 重构扩展工作流的相关部分,包括变量特征检测,减少尺寸和2 d嵌入
• 重新设计的UI着陆页和UI提示运行
• 在UI添加标记表模块
• 增加了更多的单元测试
• 固定的bug TSCAN UI
• 其他一些小的bug修复

单

2.0.0版本的变化

• trainSingleR()的输出的格式已经改变了,不再是back-compatible。

• 在trainSingleR验算= FALSE()没有;所有集成分析现在都完成了再计算= TRUE。为此,combineCommonResults()也弃用。

• 基因在trainSingleR =“sd”及其相关的选项()不再支持。

• 第一。标签不再报道classifySingleR ()。

• 添加另一个并行机制通过num.threads =和c++ 11线程。这应该是内存效率比使用BiocParallel得多。

• combineRecomputedScores()将自动处理不匹配输入默认引用。

SNPRelate

1.32.0版本的变化

• 更新网页链接

  1.30.1版本的变化

• 修复一个便携的问题通过USE_FC_LEN_T & FCONE Fortran字符串

SpatialDecon

版本变化1.8.0 (2022-08-09)

• 更新包logNormReg 0.4.0 +

• 重量没有用于logNormReg 0.3.0、重量现在被用作最初

• Bioconductor发布3.16版本

SpatialExperiment

版本是1.7.2变化(2022-10-07)

• 支持看到colData名字RStudio美元

  版本变化1.7.1上(2022-07-29)

• 支持阅读空间管理员V2输出read10xVisium ()

spatialHeatmap

2.3.1版本的变化(2022-10-22)

• co-visualization, bulk-to-cell映射的一个新功能开发,co-clustering方法简化,和闪亮的应用程序更新选项的注释/手动,自动,cell2bulk bulk2cell。

• SVG的S4类开发存储aSVG的实例。

• 小插曲被更新。

光谱

1.7版本的变化

1.7.5的变化

• 力串行处理一些单元测试,以避免潜在的失败Bioconductor构建并检查服务器(在某些情况下)。

1.7.4变化

• 添加MsBackendMemory后端类提供一个更有效的比MsBackendDataFrame内存中的数据表示。

1.7.3变化

• 从ProtGenerics进口spectrapply。

1.7.2变化

• 修复setBackend如果提供光谱是空的。
• 光谱,backendInitialize MsBackendDataFrame返回一个光谱对象提供的完整的光谱数据。

1.7.1上的变化

• 添加uniqueMsLevels函数允许更有效率,特定后台,实现检索独特的水平女士从一个数据集。

飞溅

版本变化1.22.0 (2022-10-31)

• 固定的背景气量BASiSSimulate高峰时()。的意思是重新取样

• 固定bug splatPopSimulate()与配对rownames当抽样批次

sSNAPPY

变化的1.1.1版(2022-08-03)

• 固定失踪weight_ss_fc列名问题

  改变版本1.1.0 (2022-06-27)

• 固定的几个拼写错误

statTarget

2.0版本的变化

新功能

• 新的GUI o鼠标悬停帮助信息o . log文件

• 新的信号校正o战斗QC-free信号校正o QC-RFSC代谢组学和蛋白质组学数据的方法

• 新特性选择只o随机森林和基于排列的变量重要性措施o新MDSplot基于随机森林o假定值的重要情节

• 新的数据预处理o PQN /金额/没有正常化o中心/没有一个扩展方法

SummarizedExperiment

1.28.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 现在接受NAs rownames SummarizedExperiment对象。重要提示:
  • NAs的rownames现在下游容忍但会导致问题构成了rowData () getter除非他们打破“use.names = FALSE”使用。
  • NAs的colnames目前,无法不支持!现在他们打破SummarizedExperiment()构造函数在一个丑陋的方式(错误消息不是超级有帮助):

    在DataFrame SummarizedExperiment (m)错误(x = seq_len (ncol (a1)), row.names = nms):“row.names”中的遗漏值这将需要改进。

  • 这些问题的根源是目前DataFrame对象不支持rownames NAs。底线:NAs的dimnames SummarizedExperiment对象应该不惜一切代价避免。处理这些问题的方法之一是用空字符串(" ")。看到提交71872 cc03b7c0195fb80d1d09409243f049ebb3f。
• 小调整combineRows / combineCols: combineRows()和combineCols()不再需要“修复”最终的dimnames SummarizedExperiment对象返回的的综合分析。所以分析dimnames现在按原样返回。见提交1 d6610eb168330f32433273e4fe49da173dcd33b。

synapter

2.21版本的变化

2.21.1版本的变化

• fragmentmatching呈现。限制型心肌病rmarkdown:: html_document()(见# 139)

SynExtend

1.9.20版本的变化

• 添加新GeneralizedRF函数来计算信息理论广义Robinson-Foulds距离两个系统树图。
• 新功能的文档
• 新ProtWeaver GeneralizedRF指标预测的基础

• 新的GeneralizedRF内部C源代码

  1.9.19版本的变化

• 添加新的DPhyloStatistic函数计算d值的二进制状态与发展史弗里茨和普维斯(2009)。
• 新功能的文档
• 新的DPhyloStatistic内部C源代码

• 新的随机效用函数内部C源代码,目前只有函数来生成随机数

  1.9.18版本的变化

• 各种内部改进存在/没有配置文件的方法

  1.9.17版本的变化

• 添加新GainLoss预测算法
• 添加新内部系统树图的C实现,大大快于R系统树图
• ProtWeaver方法Behdenna GainLoss现在可以推断出一个物种树如果可能的话
• 更新Jaccard和汉明方法使用C实现的距离计算
• 添加HammingGL方法计算增益/损失事件的汉明距离
• 轻微的修正ProtWeaver方法与构造子集

• 更新各种手册页

  1.9.16版本的变化

• 删除flatdendrapply、功能已经包含在SynExtend

• 轻微的修正ProtWeaver

  1.9.15版本的变化

• 编辑SelectByK,函数可以预想的工作,但仍过于保守,去除假阳性。

  1.9.14版本的变化

• 添加新函数flatdendrapply更多选择函数应用于系统树图。函数是用于SuperTree。
• 添加新函数SuperTree构造一个物种树从一组基因树。

• 添加新数据集SuperTreeEx SuperTree和flatdendrapply例子。

  1.9.13版本的变化

• SelectByK函数参数ClusterSelect转向ClusterScalar。集群数量选择现在由拟合和集群内的总平方和直角双曲线和half-max的天花板。标量允许用户选择不同的公差选择更多,或更少的集群。策划行为更新。

  1.9.12版本的变化

• simMat类现在支持空索引(s [])

• simMat类现在支持逻辑加入(s (c (T, F, T)))

  1.9.11版本的变化

• 添加函数SelectByK允许快速去除假阳性预测对基于一个相对简单的k - means方法。函数是目前设计用于在单一genome-to-genome成对比较,而不是一个all-vs-all许多基因组规模,规模,尽管它可能提供可接受的结果。

  1.9.10版本的变化

• 新的simMat类等dist-like相似性矩阵,可以操纵基础矩阵
• 主要更新ProtWeaver内部
• 所有内部调用使用simMat对象尽可能减少内存占用
• 注意ContextTree和ProfDCA需要内部矩阵
• 现在继承simMat ProtWeb对象
• ProtWeb。展示和ProtWeb。现在打印显示预测在一个更自然的方式
• GetProtWebData()弃用;现在ProtWeb继承as.matrix。simMat和as.data.frame.simMat
• 新文档页面simMat类
• GetProtWebData文档页面被重组成ProtWeb文档文件。

• 新bug修复方法=“汉明”中引入SynExtend 1.9.9

  1.9.9版本的变化

• 修复小虫方法=“汉明”

• 移动周围的一些代码

  1.9.8版本的变化

• 主要重构ProtWeaver使单个文件的文件结构更易于管理

• 添加新文档文件为个体预测predict.ProtWeaver流

  1.9.7版本的变化

• PairSummaries BlockReconciliation现在返回一个对象的类。

  1.9.6版本的变化

• 修复一个错误警告被错误地输出给用户

  1.9.5版本的变化

• 移动平台的文件在src /(最初由错误添加)

  1.9.4版本的变化

• 许多的修正ResidueMI.ProtWeaver
• 预测。ProtWeaver现在正确标签行/列基因名称,不是数字
• 预测。ProtWeaver现在正确地处理参数子集

• 预测。ProtWeaver(…,子集= 3)能正确地预测所有对涉及基因3(或任何基因x,只要是一个长度为1字符或整数向量子集)。

  1.9.2版本的变化

• 增加残渣MI ProtWeaver方法
• 各种修正ProtWeaver

systemPipeShiny

1.7.03版本的变化

一般:

• 提高版本要求SPR 2.2.0, SPRdata 2.0.0, 0.2.0 spsComps 0.3.2,抽屉。

小的改变:

• 自从bs3 xl模态不支持,改变所有模态在WF模块大小。
• 固定一些链接
• 添加BiocView关键词描述。

缺陷修正:

• 随着新版本的SPR,当添加Linewise一步R代码,如果代码存储在一个变量中,这是不受支持的。然而,SPS捕捉用户输入代码作为变量。现在的解决方法是用于解决这一问题,等待SPR支持更好的方法代码变量或引用的代码。

TargetDecoy

1.3.4版本的变化(2022-10-21)

• 限制数量的点绘制PP-plots (# 8, @lievenclement)

• 最大的诱饵分数(# 8,@lievenclement)

• 装饰图案:从代码生成图1而不是图像文件(# 8,@lievenclement)

• 更新设备与新颜色代码截图(# 8,@lievenclement)

  改变v1.3.3 (2022-09-12)

• 闪亮的小玩意:允许分数输入非数值变量

  1.3.2版本的变化(2022-06-17)

• (log10)

• evalTargetDecoysHist():更新目标和诱饵的默认颜色

  1.3.1版本的变化(2022-05-20)

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 闪亮的小工具添加到交互式地选择变量名(# 7)
• 移动decoyScoreTable()自己的文件:R / decoyScoreTable.R

TargetSearch

2.0.0版本的变化

新功能

• 尽管是2.0版本,最小的是这个版本的新特性主要包含文档的改进,代码重构和清理,bug修复。

• 新方法相结合tsLib,tsRim和tsSample对象。这些对象可以结合c操作符。该方法长度报道的数量标记的对象类tsRim。

• 这个函数quantMatrix现在已经固定,它接受三种方法来生成输出。quantmass使用图书馆的量化质量(QM),maxint以最丰富的质量为QMmaxobs需要最多的QM观测。此外,参数selmass允许选择选择性质量只有在打开。

• 这个函数Write.Results有一个新的参数selmass这是传递给quantMatrix,论点quantMatrix接受的值quantmass也通过了quantMatrix。这个论点前缀改变其默认值NA来零。

错误修复

• C代码:使用相同的变量大小(size_t vs int)

• C代码:宏替换和更新用户控制内存接口。

• 基线分位数。与部分排序数据更新分位数计算而不是分类数据。这个收益率三倍的速度增长。

• 函数配置文件:设置正确的rownames。的插槽msProfile没有正确的rownames对象。

• 示例数据:修复由于错误rownames对象不一致。

• 绘图功能:他们应该返回看不见的()。

• 现代化的描述文件。

• 导入整个统计数据包装清单每个函数代替。

• 替换实例真/假的T / F函数和小品文。

• 添加示例功能缺乏。

• 修复quantMatrix。函数被打破多年,因为它没有像预期的那样工作。然而,默认选项quantmass现在意味着输出是正确的(印版,选项maxint和maxobs只是忽略)。

TBSignatureProfiler

1.92.0版本的变化

错误修复

• 固定的tableAUC引导置信区间是2.5和97.5百分点,而不是5和95百分位数
• pROC /固定上层CI值DeLong AUC CI方法bootstrapAUC函数

重大变化

• 改变tableAUC置信区间默认引导而不是德龙(pROC论点)

微小的变化

• 更新了github和网站介绍。
• 添加Natarajan_7 Kaul_3签名
• 添加Francisco_OD_2 Kwan_186签名
• 缩短一些运行时的例子

tomoseqr

1.11.1版本的变化(2022-10-25)

• 做出以下更改:添加3 d可视化功能imageview o改变normCount和normMask选项estimate3dExpressions ()来正常化选择。当它真正的(默认),函数是如果normCount = "数",normMask = TRUE。当它假,函数是如果normCount = "没有",normMask = FALSE。

topdownr

1.19版本的变化

在version 1.19.2变化

• 避免胁迫的方法将弃用矩阵1.4 - 2。
• stopifnot调用替换如果(…)停止调用。

1.19.1版本的变化

• 新版本3.17 Bioc(猛击)
• 最新roxygen2重新运行。
• 删除如果(getGeneric(…))在AllGenerics语句。在装包R做避免问题。

trackViewer

1.33.8版本的变化

• 修复一个错误如果没有freatures的名称。

  1.33.7版本的变化

• 打印在browseTracks伪代码。

  1.33.6版本的变化

• 修复bug browseTracks“无效的颜色名称”

• 打印browseTracks的伪代码

  1.33.5版本的变化

• 酷的文件打开标志更改为“H5F_ACC_RDONLY”

  1.33.4版本的变化

• 修复一个问题跟踪通过插入0到第一个信号。

  1.33.3版本的变化

• 添加支持棒棒糖图案标志。

  1.33.2版本的变化

• 为viewTrack添加支持多个运营商。

  1.33.1版本的变化

• 修复bug时locateScale返回NA值。

transomics2cytoscape

1.7.1上版本的变化

数据或文档更改

• 改变了网络层的名称索引extdata / usecase1和2。

• 改变了Z高度值在extdata / usecase1和2。

treeio

1.21.3版本的变化

• 更新。phylo和作为。treedata data.frame对象(2022-10-31,星期一,# 88)

• as.phylo()方法的列表(2022-09-14,结婚,# 86)

  1.21.2版本的变化

• 更新as.treedata。pvclust方法(2022-08-15,星期一,# 82)

• 添加引用树的数据手册(2022-08-13,坐)

  1.21.1版本的变化

• read.nextstrain.json树()函数来解析json文件从NextStrain(2022-08-03,结婚,# 81)

tximeta

1.15.3版本的变化

• GENCODE 42 (h), M31(规则),并运用108

  1.15.2版本的变化

• GENCODE 41 (h)、M30(规则),并运用107

tximport

1.25.1版本的变化

• 现在的eds包出口读()而不是“鱼塘”。

UCell

2.1.2版本的变化

• SmoothKNN()的新函数UCell再平滑的分数。它可以应用在SingleCellExperiment和修对象(S3)方法。

• 添加两个新的小插曲:除了基本用法(小插图1),现在有专门的小插曲为运行UCell SingleCellExperiment对象(小插图2)和修对象(小插图3)。然而,平滑对象类型的说明。

• 修复一个缺陷,防止存储的功能。

UniProt.ws

2.38.0版本的变化

用户可见的变化

• UniProt.ws使用https://rest.uniprot.org/ API接口查询。
• mapUniprot是一个导出函数通过UniProt直接映射标识符使用的吗选择方法。
• allToKeys和allFromKeys提供所有可用的来和从键映射标识符
• returnFields提供所有可能的输入列论点的选择和mapUniProt函数(id的名字列)

Uniquorn

版本变化2.17.3 (2022-10-13)

固定的解析问题

• Fixd重要安装误差R dpendency“Runit”“

  版本变化2.17.1 (2022-06-28)

固定的解析问题

• 一些小错误修正

  版本变化2.17.0 (2022-03-22)

固定的解析问题

• 关于宇宙和CCLE固定一个解析的问题。数据库

universalmotif

1.16.0版本的变化

新功能

• write_transfac(名字。手动设置标签,altname.tag):新参数的名称和altname标签最后TRANSFAC图案。

微小的变化

• write_matrix(职位):部分参数匹配的允许。

• 从ggtree motif_tree():沉默的消息。

错误修复

• create_motif():不要忽视nsites参数在生成随机的图案。

• read_meme():正确解析背景线是否已经有一个空格。

• convert_type (pseudocount):变化中的pseudocount主题在执行类型转换和选项设置。

  1.14.1版本的变化

错误修复

• read_meme():处理主题文件和自定义的字母在字母表的定义中没有“结束”线。由于@manoloff错误报告(24号),和斯宾塞Nystrom修复(# 25)。

updateObject

1.2.0版本的变化

• 在这个版本没有变化。

variancePartition

1.27.6版本的变化

• 删除FMT功能

  1.27.5版本的变化

• 更新附件

• 使topTable()一般与R 4.2.1和Bioc 3.16准备工作

  1.27.4版本的变化

• 更新附件

  1.27.3版本的变化

• 协变量的更新过滤,特别是当很多样品都下降了

  1.27.1版本的变化

• 更新plotPercentBars参数

  1.26.1版本的变化

• 补丁更新文档

vissE

1.6.0版本的变化

• 添加信息的错误消息。改进的边界情况处理。

wppi

1.5.1版本的变化(2022-06-07)

• 工作流计算重量和分数蛋白质间交互作用的基因
• 数据库知识自动获取来自OmniPath基因本体和人类表型本体
• 提交给Bioconductor

zellkonverter

版本1.8.0的变化

重大变化

• 改善与R的兼容性anndata包中。这需要修改转换函数,所以Python对象显式转换而不是依靠自动转换。

• 添加支持numpyrecarrays。这解决了一个长期存在的问题,并允许的结果scanpy要读取的rank_genes_groups()函数。

微小的变化

• Python版本现在是固定的anndatav0.7.6兼容环境的变化蛇怪

• Instatiate Python环境所以他们可以正确被蛇怪::configureBasiliskEnv ()

• 允许失踪观察/ var名字当use_hdf5 = TRUE

• 次要的修改UI功能兼容cliv3.4.0

• 兼容的微小的变化矩阵v1.4-2

• 改进的UI警告

• 更新和改进测试

新闻从现有数据实验包

curatedMetagenomicData

3.6.0版本的变化

• 从93年研究curatedMetagenomicData现在包含22588个样本

• 共2055个样本添加自Bioconductor 3.15(2022年4月)

• 研究添加自Bioconductor 3.15(2022年4月):

• BedarfJR_2017(59个样本)

• IaniroG_2022(165个样本)

• MetaCardis_2020_a(1831个样本)

• “做空”和“NCBI”一行的情况下将名字与NCBI分类法

depmap

1.11.2版本的变化

• 22 q1数据添加crispr copyNumber, TPM, mutationCalls、元数据和阿基里斯的数据集。注意:22 q2是遵循一个季度的最后一个版本发布计划。未来Depmap版本将遵循一个一年两次的发布时间表和数据集每6个月更新一次。

  1.11.1版本的变化

• 嗯数字pdated在最新的数据集(见# 78)

imcdatasets

1.5.4版本的变化(2022-10-21)

• 可能检索单个细胞SpatialExperiment中的数据格式。

  1.5.3(2022-10-19)更正版本的变化

• 更新所有数据集对象格式一致。

• 添加数据版本控制。

• 添加新的数据集加载函数和弃用旧的。

• 新装饰图案的贡献和数据集格式指南。

  1.5.2版本的变化(2022-07-04)

• 更新包装器函数

• 更新后的测试函数

• 更新BiocViews和文档

• 添加许可证文件

  1.4.1版本的变化(2022-06-29)

• 添加弃用注意.onLoad功能

NxtIRFdata

1.3.2版本的变化(2022-10-25)

• 引入SpliceWiz Bioc 3.16(取代NxtIRFcore)

  1.3.1版本的变化(2022-10-07)

• 更有用的消息当ExperimentHub()加载失败或无法检索Mappability文件

RforProteomics

1.35.1版本的变化

• 删除失败的代码块。

scpdata

1.5.5版本的变化

• 添加包stcker

  1.5.4版本的变化

• 解决办法:固定字符编码错误

  1.5.3版本的变化

• 测试:确保每个数据集是可用的

• 医生:不要运行示例。他们花太多时间和碰撞检查

  1.5.2版本的变化

• 添加引用

  1.5.1版本的变化

• brunner2022:添加数据集
• derks2022:添加数据集
• 添加许可声明
• leduc2022:添加数据集

spatialLIBD

1.9.18版本的变化

错误修复

• 固定一个bug相关磨边机:filterByExpr()内registration_pseudobulk ()。

• 移动registration_pseudobulk min_ncells过滤步骤()而不是registration_wrapper()因为你应该低ncell之前使用磨边机::filterByExpr ()。

  1.9.15版本的变化

错误修复

• 固定的一些bug registration_stats_anova()在这种情况下,我们只有两个不同的独特的值来计算统计量,当我们需要至少3。

• 使部分registration_stats_anova()和registration_stats_pairwise()更灵活。

• registration_model()现在提供了一个更加有用的错误信息,当你有一个空的因素水平,从而导致non-full等级模型矩阵。

  1.9.12版本的变化

新功能

• 添加函数计算使用的建模统计数据空间注册过程。看到registration_wrapper()和相关功能。

• 添加一个函数使用的输出layer_stat_cor()和标签的集群。这可以帮助解释空间注册结果。看到annotate_registered_clusters()为更多的细节。

  1.9.11版本的变化

错误修复

• 固定的bug gene_set_enrichment @sparthib报告的反向= TRUE ()。

• 添加了一个反向选择在闪亮的应用在基因集富集选项卡下,我们测试了spe的示例数据。

  1.9.10版本的变化

用户可见的明显变化

• 提高了自动时颜色选择器开关离散变量。它现在也支持ManualAnnotation选项。

• 离散变量(集群)传说不再重复下集群互动选项卡。

• 你现在可以搜索模型试验,帮助如果你有很多可供选择的测试(这最有可能发生当你看着成对结果)。

  1.9.9版本的变化

用户可见的明显变化

• 闪亮的应用程序更多的内存效率在不同的领域。

• 改变默认point_size从1.25到2。

• 添加选择显示或隐藏的空间图像的网格板闪亮的web应用程序。默认关闭,因为它是更有效率。

  1.9.5版本的变化

错误修复

• 修复https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD/issues/41。由@abspangler13报道。现在的基因选择器改变时自动改变“模型结果”(模型类型)或模型试验的输入。内的基因选择器目前仅显示“模型箱线图”面板,因为它只会影响。

  1.9.4版本的变化

错误修复

• 修复https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD/issues/40。由@Erik-D-Nelson报道。

  1.9.3版本的变化

错误修复

• 添加更丰富的错误消息,当“统计数据”并没有运用基因id作为rownames ()。报道@abspangler13和@sparthib https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD/issues/33 # issuecomment - 1137544893

STexampleData

版本变化1.5.0 (2022-04-27)

• 重新格式化数据集SpatialExperiment版本1.5.3。更正

TargetSearchData

1.36.0版本的变化

新功能

• 辅助函数添加到包中。这些函数是一个简单的接口来检索这个包提供的数据文件。功能主要是有关TargetSearch示例中。

新闻从现有的工作流

GeoMxWorkflows

在版本1.4.0变化

• 更新的链接

SingscoreAMLMutations

版本变化1.12.0 (2022-04-05)

• 更新的数据下载TCGA下载最新版本的数据

• 使用匹配的版本(v36) GENCODE的数据

弃用和已经包

二十八软件包被从这个版本(Bioc 3.15中被弃用后):ABAEnrichment,自动调谐,BioPlex,萤石,caOmicsV, clonotypeR, CountClust, diffloop, GCSConnection, GCSFilesystem, GenoGAM, genphen, gprege, networkBMA,奥纳西斯,perturbatr, ppiStats, ProteomicsAnnotationHubData, PSICQUIC, PubScore, Rgin, RmiR, RpsiXML, ScISI, SLGI,寿司,tofsims TSRchitect

请注意:phemd和印度豹,此前宣布弃用在3.15,已经更新,留在Bioconductor。

三十个软件包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.17: AffyCompatible, BAC, BitSeq, BrainSABER,桥,cellTree, coexnet, conclus, ctgGEM, CytoTree, DEComplexDisease, flowCL, flowUtils,盖亚,gpart软件,反转,IsoGeneGUI, iteremoval, MACPET, PoTRA,罗摩,Rcade, RNASeqR, scAlign, scMAGeCK,寄居,TCGAbiolinksGUI, TDARACNE, TimeSeriesExperiment, TraRe, tspair XCIR

三个实验数据的包从这个版本(BioC 3.15中被弃用后):DREAM4, MSstatsBioData ppiData

两个实验数据包弃用在此版本中,将被删除在Bioc 3.17: gatingMLData RNASeqRData

一个注释包被撤这个版本(Bioc 3.15中被弃用后):MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38_3.13.1.tar.gz

没有弃用注释包在这个版本和Bioc 3.17将被删除。

一个工作流包被撤这个版本(后被弃用Bioc 3.15)蛋白质组学

没有弃用工作流包3.17这个版本,将被删除。