2022年4月27日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.15,包含2140个软件包,410实验数据包,909注释包,29工作流和8的书。

有78个新的软件包,5包新数据实验,新注释8包,没有新的工作流程,没有新的书,和许多更新和改进现有的包。

Bioconductor 3.15 R 4.2.0兼容,支持在Linux上,英特尔64位64位Windows和macOS 10.13(高塞拉)或更高。我们目前不支持arm64 arm64 Mac用户想安装Bioconductor Mac二进制包必须安装英特尔64位构建可用的R凹口。这个版本将包括Bioconductor更新码头工人的容器。

Bioconductor谢谢你们每个人的贡献

访问bob 体育平台下载 对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.15
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 来自新的和现有的软件包的新闻
• 新闻来自新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有的工作流的新闻
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.15

更新或安装Bioconductor 3.15:

1. 安装R 4.2.0。Bioconductor 3.15设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在bob 体育网址 。

新的软件包

有78个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• APLAPL是一个包为计算协会的情节(美联社),开发一种方法单细胞转录组数据的可视化和分析。APL的主要焦点是单个集群基因的鉴定特征的细胞从输入数据。包执行对应分析(CA),并允许识别提供集群范围内的基因利用协会的情节。此外,APL计算cluster-specificity分数为所有基因可以排列的基因的特异性选择感兴趣的细胞集群。

• ASURATASURAT是单细胞的软件数据分析。使用ASURAT,一个可以同时执行无监督聚类和生物解释细胞类型、疾病、生物过程和信号通路活动。输入一个单细胞RNA-seq数据和知识数据库,如细胞本体,基因本体,KEGG,等等,ASURAT基因表达表转换成原始多元表,称为sign-by-sample矩阵(ssm)。

• bandleBandle包使微分本地化实验的分析和可视化质谱仪使用数据。实验方法支持包括动态LOPIT-DC hyperLOPIT、动态Organellar地图、动态卡式肺囊虫肺炎。它提供了Bioconductor基础设施来分析这些数据。

• 啤酒啤酒实现贝叶斯模型分析phage-immunoprecipitation测序(PhIP-seq)数据。鉴于PhIPData对象,啤酒返回浓缩抗体反应的后验概率,点估计的相对叠化相比,负控制样本,以及更多。此外,啤酒提供了一个方便的实现使用磨边机识别浓缩抗体反应。

• biodbExpasybiodbExpasy库提供了访问Expasy酶数据库,使用biodb包框架。它允许加入检索条目的数量。Web服务可以搜索访问数据库的名字或评论。

• biodbMirbasebiodbMirbase图书馆是一个biodb框架的扩展包,提供访问数据库miRBase成熟。它允许加入检索条目的数量,并运行特定的web服务。描述:biodbMirbase库提供了访问miRBase数据库,使用biodb包框架。

• biodbNcbibiodbNcbi库提供了访问NCBI数据库ccd,基因,Pubchem Comp和Pubchem路径替换,使用biodb包框架。它允许加入检索条目的数量。Web服务可以搜索访问数据库的名字或质量。

• biodbNcibiodbNci图书馆是一个biodb框架的扩展包。它提供了访问biodbNci、图书馆为连接到国家癌症研究所(美国)仙人掌数据库。它允许加入检索条目的数量,并运行特定的web服务。

• BOBaFIT这个包提供了一种方法来改装和正确的拷贝数的二倍体地区配置文件。它使用一个聚类算法来识别pathology-specific正常(二倍体)染色体,然后使用他们的拷贝数信号改装整个配置文件。包是由三个函数:DRrefit(主要功能),ComputeNormalChromosome PlotCluster。

• 北欧化工北欧化工是一个基于R库执行异常值分析点重亚硫酸盐测序数据。它从酸性亚硫酸盐测序检测异常甲基化CpG网站(BS-seq)。北欧化工的核心是建模Beta-Binomial分布。这对罕见疾病的诊断可能是有用的。

• CBEA这个包实现CBEA,微生物的相对丰度的方法来执行基于集合的分析数据。这种方法构造一个分类单元之间的竞争平衡在每个样本集和剩余类群。更多细节可以发现阮et al . 2021 +的手稿。此外,这个包添加了支持功能,帮助用户执行taxa-set富集分析使用现有的基因分析方法。在未来我们希望还提供策划知识驱动的分类单元集。

• cellxgenedpcellxgene数据门户网站(https://cellxgene.cziscience.com/)提供了一个图形用户接口的集合单细胞序列数据处理标准方法计算矩阵的摘要。cellxgenedp包提供了一种替代方法,R-based inteface, allowind数据发现,观看和下载。

• CNVMetricsCNVMetrics包计算相似性度量来促进拷贝数变异比较样品和/或方法。相似性度量可以用来比较CNV的无关的基因样本以及那些有共同的遗传背景。有些指标是基于共享放大/删除区域,而其他指标依赖程度的放大/删除。作为输入使用的数据类型是一个纯文本文件,它包含基因拷贝数变化的位置,以及地位和/或log2比率值。最后,提供了一个可视化工具探索得到的指标。

• cogeqccogeqc旨在促进系统的质量检查标准比较基因组学分析帮助研究人员发现问题并选择最合适的参数为每个数据集可以使用cogeqc驴:即基因组与车身装配质量;二世。orthogroup使用蛋白质域的方法和推理;三世。同线性检测使用同线性网络特性。也有数据可视化功能探索QC汇总统计。

• comaprcomapr检测交叉间隔为单身配子的单体型状态序列和商店农庄组织对象的跨界车。计算遗传距离可以通过映射函数使用交叉率估计制造商间隔。可视化功能策划基于间隔遗传图谱或累计实现遗传距离,有助于揭示跨界车景观在整个基因组的变化和个人。

• coMethDMRcoMethDMR识别基因组区域与连续表型相关的优化利用之间的共变论文认定在预定义的基因组区域。测试一个基因组区域内的所有论文认定,而是coMethDMR执行一个额外的步骤,选择co-methylated首先不使用任何分区的结果信息。接下来,coMethDMR测试次区域内的甲基化和连续表型之间的联系使用一个随机系数混合效应模型,该模型区域内的CpG位点之间的变化和差异甲基化同时进行。

• CompoundDbCompoundDb提供功能来创建和使用(化学)复合注释数据库从各种不同的来源,如LipidMaps HMDB, ChEBI或MassBank。数据库格式允许存储除了MS / MS谱以及复合信息。包还提供了一个后端Bioconductor光谱的包,因此允许匹配试验对MS / MS MS / MS谱光谱在数据库中。数据库可以存储在SQLite格式,因此便于携带。

• COTAN统计和计算方法来分析基因的co-expression对在单个细胞水平。它提供了单细胞基因interactome分析的基础。基本思想是研究零UMI数的分布,而不是集中在积极的方面;这是完成了一个广义应变表框架。COTAN或反关联可以有效地评估相关基因的表达对。它提供了一个数值指数相关性和相关的近似假定值相关的独立测试。COTAN也可以评估单个基因差异表达,是否用新定义的全球分化指数得分。此外,这种方法提供了方法的情节和集群基因与其他基因根据co-expression模式,有效地帮助基因相互作用的研究,成为一个新工具来识别cell-identity标记基因。

• crisprBase提供了一般的核酸酶,S4类CRISPR核酸酶和基本编辑器。几个CRISPR-specific基因组算术函数实现帮助提取基因组垫片的坐标和protospacer序列。常用CRISPR核酸酶提供了对象很容易在其他包使用。支持DNA和RNA-targeting核酸酶。

• crisprBowtie提供了一个用户友好的界面来映射目标和非目标CRISPR gRNA间隔序列使用领结。对齐快,可以使用常用的或自定义执行CRISPR核酸酶。对齐方式可以处理任何参考或自定义的基因组。支持DNA和RNA-targeting核酸酶。

• crisprBwa提供了一个用户友好的界面来映射目标和非目标CRISPR gRNA使用bwa间隔序列。对齐快,可以使用常用的或自定义执行CRISPR核酸酶。对齐方式可以处理任何参考或自定义的基因组。目前不支持在Windows机器。

• crisprScoreR提供包装的几个目标和非目标评分方法CRISPR指导rna (gRNAs)。以下支持核酸酶:SpCas9、AsCas12a enAsCas12a, RfxCas13d (CasRx)。可用的目标切割效率得分方法是RuleSet1,方位,DeepHF, DeepCpf1, enPAM + GB, CRISPRscan。CFD和麻省理工学院的计分方法可用于非目标特异性预测。包还提供了一个Lindel-derived评分预测的概率gRNA生产indels诱导的转移Cas9核酸酶。注意,DeepHF DeepCpf1 enPAM + GB并不是在Windows机器上可用。

• cytoMEMMEM、标记浓缩建模、自动生成和显示定量标签细胞数量已确定从单细胞的数据。MEM的输入是一个数据集,pre-clustered或与细胞行和pre-gated种群特征列。标签传达的测量功能和特性的相对浓缩在每个人口的水平。MEM可以应用于各种各样的数据类型,可以从流式细胞仪比较MEM标签,质量血细胞计数,单细胞RNA-seq,光谱使用RMSD流式细胞术。

• DepInfeRDepInfeR集成两个实验获取输入数据矩阵:药物敏感性的癌症细胞系或原发肿瘤体外(X)和一组蛋白质药物的亲和力(Y),来推断一个矩阵的分子蛋白依赖的癌症(ß)。DepInfeR deconvolutes蛋白质抑制影响生存能力表型通过正规化多元线性回归。它分配一个“依赖系数”,每个蛋白质和每个样本,因此可以用于因果和准确理解功能基因畸变的后果在异构的疾病,以及指导药理干预的选择对于一个特定的癌症类型,子类型,或个别病人。有关更多信息,请阅读预印本bioRxiv: https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475864。

• DifferentialRegulationDifferentialRegulation方法检测两组之间的差异调节基因样本(例如,健康与疾病,或治疗比未经处理的样品),针对不同的拼接和unspliced mRNA丰度的平衡,获得从单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)数据。DifferentialRegulation占样本变异性,在贝叶斯层次模型和嵌入多个样本。特别是,当读取兼容多个基因或多个基因的剪接版本(unspliced拼接或含糊不清),该方法分配这些multi-mapping读取基因的起源及其剪接版。参数推断通过马尔可夫链蒙特卡罗(密度)技术(Metropolis-within-Gibbs)。

• EpiCompareEpiCompare比较和分析表观遗传数据集用于质量控制和基准测试的目的。包输出HTML报告包括三个部分:(1)。一般指标)指标的峰值(黑名单的比例和非标准峰,峰宽度)和片段(重复率)的样本,(2。峰重叠)百分比和统计学意义重叠,重叠峰。还包括打乱情节和(3。功能注释)功能注释(ChromHMM ChIPseeker和富集分析)的峰值。还包括峰值TSS浓缩。

• epimutacions军售计划包括一些统计离群值检测方法表突变检测DNA甲基化数据。方法包含在包MANOVA,多元线性模型,隔离森林,健壮的mahalanobis距离,分位数和β。方法比较与疑似疾病案例样本和参考面板(健康个体组成的)来识别表突变样品在给定的情况下。它还包含功能注释和可视化识别表突变。

• extraChIPs这个包是建立在现有工具和增加了一些简单但非常有用的用于处理ChIP-Seq数据的功能。重点是检测微分绑定windows /地区。一组函数小说集合操作保留mcols农庄组织对象,而另一组函数来援助visualisatino结果。强迫宠物猫对象也包括在内。

• fastreeR计算距离,构建系统发育树或执行层次聚类样本之间的VCF或FASTA文件。函数是在Java中实现并通过rJava叫。并行实现,直接在VCF或FASTA文件快速执行。

• GBScleanRGBScleanR是质量检查,包过滤和纠错的基因型数据来源于下一代sequcener(上天)基因分型结果的基础平台。GBScleanR需要变量调用格式(VCF)文件作为输入。这个包的主要功能estGeno ()估计样本给读计数的真实基因型基因型标记使用隐马尔科夫模型结合观察等位基因的比例不均。这个实现了强劲的基因型估计即使在嘈杂的基因型数据通常观察到Genotyping-By-Sequnencing (GBS)和类似的方法,例如RADseq。当前实现接受基因型数据的二倍体种群在任何一代multi-parental十字架,例如从内在的父母双亲F2,从远的父母双亲F2, 8路重组自交系(8路瑞来斯),可以提到魔法人口。

• GenomicInteractionNodesGenomicInteractionNodes包可以从bedpe进口交互文件和定义交互节点,多个基因相互作用场所互动循环。节点的交互是一个绑定平台控制一个或多个基因。检测到交互节点将注释下游验证。

• GenProSeq生成建模对蛋白质工程是解决根本问题的关键在合成生物学,医学和材料科学。机器学习使我们产生有用的蛋白质序列在不同的尺度。生成模型是机器学习方法,寻求模型的分布数据,允许小说的生成样本具有相似属性模型的训练。生成模型的蛋白质可以学习生物学意义表征有利于各种下游任务。此外,他们可以学会生成蛋白质序列没有观察到之前和分配更高的概率蛋白质序列满足期望的标准。在这个包中,常见的蛋白质序列的生成模型,如变分autoencoder (VAE),生成对抗网络(GAN)和自回归模型是可用的。在Word2vec VAE甘,用于嵌入。变压器编码器应用于蛋白质序列的自回归模型。

• ggmanh曼哈顿的情节和QQ情节一般用于可视化全基因组关联研究的最终结果。“ggmanh”包旨在将这些情节简单的生成,同时保持可定制性。主要功能包括manhattan_plot qqunif, thinPoints。

• GRaNIE与疾病相关的遗传变异往往影响非编码区域,因此可能有监管职责。理解遗传变异的影响在这些监管区域,调制识别基因通过具体的监管元素(REs)是至关重要的。基因调控因素的影响,如增强剂,通常是特异性,可能因为转录因子的组合(TFs)调节给定强化剂celltype具体活动。这个TF活动可以与现有的工具,如量化diffTF和捕捉不同的绑定的TF在开放的染色质区域。集体,这形成了一个基因调控网络(入库单)和程控数据特有的TF-RE RE-gene链接。在这里,我们使用散装RNAseq和开放的染色质重构这样一个入库单(例如,使用ATACseq或ChIPseq开放染色质标记)和可选的TF活动数据。我们的网络包含不同类型的链接,连接TFs监管元素,后者与基因在附近或在同一个染色质域(少量)。我们使用一个统计框架经验罗斯福和权重分配给所有的链接使用permutation-based方法。

• 爱马仕提供了质量控制类和函数、过滤、规范化和微分表达式分析预处理RNA-seq数据。可以进口数据SummarizedExperiment以及矩阵对象和可以从BioMart注释。过滤所需基因没有过低表达或包含注释,以及过滤样品有足够的相关支持其他样品或读取的总数。包括标准的规范化方法cpm,rpkm和tpm可以使用,DESeq2以及轰微分表达式分析是可用的。

• lineagespotLineagespot R编写的一个框架,旨在识别SARS-CoV-2相关突变基于单个(或列表)的变体(s)文件(s)(即。调用格式),变体。检测的方法可以促进SARS-CoV-2血统废水样品中使用下一代测序,并试图推断SARS-CoV-2血统的电位分布。

• LinTInd当我们结合基因编辑技术和测序技术,我们需要重建一个从等位基因谱系树生成和计算每一对组之间的相似性。FindIndel()和IndelForm()函数将帮助您使每个阅读参考序列和生成疤痕形成字符串分别。IndelIdents()函数将帮助你定义一个疤痕为每个细胞或阅读形式。IndelPlot()函数将帮助您可视化删除和插入的分布。TagProcess()函数将帮助您为每个细胞或提取indels阅读。TagDist()函数将会帮助你计算每一对之间的相似性组在存在中所包含的信息。BuildTree()函数将会帮助你重建树。PlotTree()函数将帮助您可视化树。

• MacarronMacarron优先级是一个工作流的潜在生物活性代谢产物的代谢组学实验。优先级集成优势证据相关变异等生物活性的代谢物,丰度相对于一个已知的代谢物和协会环境或生物活性的表型指标。广泛,工作流包括分层聚类的代谢谱特性共同在一个条件丰富,转移功能注释,估计的相对丰度和微分丰度分析来识别功能和表型/条件之间的关联。

• MBECS微生物组批效应校正套件(MBECS)提供了一组功能评估和减轻这么噪声由于成批处理。最后它把主机批处理纠正算法(贝科)从不同的包。此外,它提供了一个修正和报告管道提供初步看气候资料校正前后的特征为批处理效果。

• mbOmicmbOmic包包含一组microbiomics和代谢组学数据的分析功能,旨在分析inter-omic微生物学和代谢物之间的相关性。综合分析微生物的代谢物mbOmic的目的。此外,菌群使用肠道微生物群却能合成更多形成丰富的识别是preliminaryimplemented。

• MetaboAnnotation高水平的功能,协助注释(代谢组学)的数据集。这些包括函数来执行简单的试探性的注释基于质量匹配还函数考虑m / z和注释的保留时间,质特性考虑到各自的参考价值。此外,该函数提供的高级功能简化了匹配的质/女士光谱与光谱库和对象和功能来表示和管理这样的匹配数据。

• MobilityTransformRMobilityTransformR收集有效迁移工具集规模及其联用/ MS数据转换为了增加再现性。它提供的功能来确定迁移时间从移动标记被添加到基于这些标记分析和执行转换。MobilityTransformR支持数值向量的转换,Spectra-objects, MSnOnDiskExp。

• Motif2Site检测使用IUPAC图案序列结合位点或床上坐标和ChIP-seq实验在床上或bam格式。上的结合位点结合/比较实验,组织,或条件。所有标准化和微分使用TMM-GLM方法步骤做。信号分解是通过设置图案的中心的混合正态分布曲线。

• MSA2distMSA2dist计算两两之间的距离的所有序列DNAStringSet或AAStringSet使用自定义评分矩阵进行基于密码子的分析。它使用评分矩阵中使用这些两两距离calcualtions可以适应任何得分进行DNA或AA字符。例如通过使用文字距离MSA2dist calcualtes成对IUPAC距离。

• MsBackendMsp质谱(MS)数据后端支持导入和处理MS / MS谱从NIST MSP格式(MSP)文件。与不同的MSP从文件中导入数据口味是支持的。对象从这个包添加支持MSP文件Bioconductor光谱的包。这个包是不应该使用没有光谱方案,提供了一个完整的基础设施数据处理。

• MuData保存MultiAssayExperiments h5mu文件支持的μ介子和mudata。子是一个Python框架多通道组学数据的分析。它使用一个HDF5-based格式的数据存储。

• netZooR熊猫(网络之间传递属性数据同化)是一个消息传递模型来重建基因调控网络。它集成了多个来源的生物数据,包括蛋白质相互作用数据,基因表达数据和重建全基因组序列的主题信息,condition-specific监管网络。(玻璃et al . 2013年)。狮(线性插值获得网络单样本)估计方法来估计sample-specific监管网络通过应用线性插值预测由现有的聚合网络推理方法。秃鹫(监管机构的复杂网络描述)是一个由两部分构成的群落结构分析工具的生物网络,特别是eQTL网络,节点评分的方法包括基于模块化的贡献。[(Platig et al . 2016年)。羊驼(改变分区在社区架构)是一种方法来比较两个公司网络来源于不同表型状态识别condition-specific模块。[(Padi和Quackenbush 2018)]。这个包集成pypanda-the Python实现的熊猫和狮子(https://github.com/davidvi/pypanda),秃鹫的R实现(https://github.com/jplatig/condor)和R实现的羊驼(https://github.com/meghapadi/ALPACA)到一个工作流。每个工具可以通过一个函数调用在这个包中,和相关的输出可以访问当前会话为下游分析R。

• nnSVG可伸缩的方法识别空间变量的基因(svg)在转录组数据。该方法是基于近邻高斯过程及使用BRISC算法模型拟合和参数估计。允许识别和svg与灵活的长度尺度跨组织的排名下滑或在空间域定义为协变量。线性扩展的空间位置和数量可以应用于数据集包含数千或多个空间位置。

• 食人魔怪物数据集计算重叠用户定义的基因组区域。任何地区都可以提供即基因单核苷酸多态性,或读取从测序实验。关键数据帮助分析重叠的扩展也可以可视化在基因组水平上。

• omicsVieweromicsViewer可视化ExpressionSet以交互式方式(或SummarizedExperiment)。omicsViewer有单独的前端、后台。在后端,用户需要准备一个包含所有必要的信息ExpressionSet下游数据解释。一些额外要求表型数据的标题或特性数据实施,提供的信息可以清楚地认识到前端,与此同时,保持最小修改现有ExpressionSet对象。纯粹依赖R / Bioconductor保证统计分析在后端最大的灵活性。一旦ExpressionSet准备,它可以使用前端可视化,实现闪亮和阴谋。特征和样本可以从(数据)选择表或图(散点图/热图)。不同类型的分析,如浓缩分析(使用Bioconductor包fgsea或确切概率法)和字符串网络分析,将同时动态和结果可视化。当样品和表型变量的子集被选中时,意味着显著性检验(t检验或基于排名的测试;当表型变量量化)或独立测试(卡方或确切概率法; when phenotype data is categorical) will be performed to test the association between the phenotype of interest with the selected samples. Additionally, other analyses can be easily added as extra shiny modules. Therefore, omicsViewer will greatly facilitate data exploration, many different hypotheses can be explored in a short time without the need for knowledge of R. In addition, the resulting data could be easily shared using a shiny server. Otherwise, a standalone version of omicsViewer together with designated omics data could be easily created by integrating it with portable R, which can be shared with collaborators or submitted as supplementary data together with a manuscript.

• ompBAM这个包提供了c++头文件为开发人员希望创建处理BAM R包文件。bob电竞体育官网ompBAM自动化文件访问、内存管理和处理多个线程“幕后”,所以开发人员可以专注于开发特定于域的功能。bob电竞体育官网包括装饰图案包含详细文档的API,包括快速启动指令来创建一个新的ompBAM-based包,并一步一步的解释背后的功能包装包括在ompBAM示例。

• PanomiRPanomiR是一个目标群体的包检测microrna基因表达数据的途径。这个包提供了生成途径活性功能概要文件,确定不同激活通路之间指定条件,确定集群的途径通过PCxN包,并生成microrna的集群目标路径。可以使用这些函数分别按顺序或分析RNA-Seq数据。

• pareg计算路径浓缩分数而占term-term关系。这个包使用一个正规化的多元线性回归回归微分表达式假定值从multi-condition实验获得一个通路成员矩阵。通过这样做,它能够把额外的生物知识融入富集分析和估计通路富集得分更加智能化。

• protGear一个通用的三步蛋白质微阵列数据的预处理方案。这个包包含不同的数据预处理过程,允许比较他们的性能。这些步骤背景校正,变异系数(CV)过滤,批校正和标准化。

• PSMatchPSMatch包帮助蛋白质组学从业者负荷,处理和管理肽谱匹配。它提供了功能模型peptide-protein关系邻接矩阵和连接组件,想象这些图表和对共享肽筛选做出明智的决定。包还提供了函数计算和想象一碎片离子。

• qmtoolsqmtools(定量代谢组学工具)包提供了基本的工具来处理定量代谢组学数据与标准SummarizedExperiment类。这包括功能归责,规范化,过滤功能,功能集群、降维,可视化帮助用户准备的数据统计分析。几个函数在这个包也可以用于其他类型的组学数据。

• qsvaRqsvaR包包含函数删除degration rna-seq数据的影响从死亡的脑组织。包装备来帮助用户生成主成分与降解有关。差异表达分析中使用的组件可以消除降解的影响。

• RAREsim单体型模拟罕见的变异基因数据,模拟真实数据与RAREsim可以执行。RAREsim使用MAC垃圾箱的预期数量的变异——作为默认提供的参数或估计从目标数据和大量的罕见变异概率传递模拟HAPGEN2修剪变体。RAREsim生产单,模拟真实的测序数据变异的总数,等位基因频率谱,单体型结构,注释和变体。

• Rbwa提供了一个R包装BWA对齐算法。BWA-backtrack和BWA-MEM都是可用的。便利函数建立BWA指数也提供了一个参考基因组。目前不支持Windows机器。

• RCX创建、处理、验证、可视化和转换网络Cytoscape交换(CX)格式的标准数据类型和对象。包还提供了转换与iGraph和graphNEL的对象。使用的残雪格式也NDEx平台,在线共享生物网络,网络可视化软件Cytocape。

• rgoslinSuccint脂的R实现语法术语解析不同的脂质速记符号方言的名字。它规范化标准名称。它进一步提供了计算单一同位素的质量,并为每个成功解析公式和脂质与脂质地图名称和补充剂类和类的信息。结构水平和进一步的结构性细节头组脂肪酰基和返回功能组,适用。

• rifi从利福平rifi的分析数据时间序列由微阵列或RNAseq。“rifi”是一个转录组数据分析工具的整体识别转录和衰变过程有关。衰减常数和延迟发作的衰变是适合每个探测/ bin。随后,探针/箱等属性组合成段通过动态编程,独立于现有的基因组注释。这允许检测记录段不同的稳定在一个带注释的基因或转录事件。除了经典的衰变常数/半衰期分析,“rifi”检测处理网站,转录暂停网站,在操纵子转录起始点的内部网站部分在操纵子转录终止,识别领域的可能的转录的干涉碰撞机制,给出了一个估计的转录速度。所有数据集成给估计连续转录单位,即操纵子。综合表和全基因组的结果的可视化输出和个人适合所有探测/箱。

• RolDERolDE检测纵向两个条件在嘈杂的high-troughput数据之间的微分表达式。甚至适合数据与适度的缺失值。RolDEis a composite method, consisting of three independent modules with different approaches to detecting longitudinal differential expression. The combination of these diverse modules allows RolDE to robustly detect varying differences in longitudinal trends and expression levels in diverse data types and experimental settings.

• rprimer函数、工作流和闪亮的可视化申请保护和设计简并引物,序列探针,(RT)——(q / d) PCR分析从多个DNA序列比对。结果可以在数据帧格式和可视化为dashboard-like情节。有关更多信息,请参见包装饰图案。

• sccomp一个健壮的和outlier-aware方法测试从单细胞数据微分组织组成。这个模型可以推断出组织成分和异质性的变化,和能产生真实的数据模拟基于任何现有的数据集。这个模型还可以把知识从一个大组集成的数据集,可以进一步提高精度。

• seqArchRseqArchR使无监督发现的新创集群特征序列结构特点是position-specific图案或绵延的核苷酸组成,例如,CG-richness。seqArchR确实不需要任何规格w.r.t.集群的数量,任何个人图案的长度,或者图案之间的距离如果他们发生在双/组;它直接从数据检测。seqArchR使用非负矩阵分解(NMF)为骨干,并雇佣chunking-based迭代过程,使有效地处理大型序列集合。包装器函数提供了可视化集群架构序列标识。

• 单准确的共识序列从纳米孔读取DNA基因文库。单修正系统误差在纳米孔测序读基因库检索的共识序列变异用条形码标识,只需要几个读取/变体。在预印本doi的更多信息:https://doi.org/10.1101/2020.03.25.007146。

• 关注的焦点关注的焦点提供一种方法使用播种deconvolute空间转录组斑点NMF方法和可视化工具来评估结果。空间解决基因表达谱是理解组织结构和功能的关键。然而,小说空间转录组(ST)分析技术缺乏单细胞分辨率,需要结合单细胞RNA序列(scRNA-seq)信息deconvolute空间索引的数据集。利用两种数据类型的优势,我们开发了聚光灯,集成的计算工具,使圣scRNA-seq数据推断出的位置在一个复杂的组织细胞类型和状态。焦点集中在一个播种非负矩阵分解(NMF)回归,初始化使用程控标记基因和非负最小二乘(NNLS)随后deconvolute圣捕获位置(点)。

• sSNAPPY一个样本路径pertrubation RNA-seq数据的测试方法。传播的方法在基因表达变化的基因簇拓扑计算single-sample定向路径扰动分数反映的潜在方向的变化。微扰分数可用于测试的意义途径扰动individual-sample和治疗水平。

• standRstandR是一个用户友好的R包提供的功能来帮助进行良好的实践分析Nanostring GeoMX DSP的数据。包中所有的功能是建立基于SpatialExperiment对象,允许集成到各种空间从Bioconductor transcriptomics-related包。standR允许数据检验、质量控制标准化、批量修正和评估信息可视化。

• STdeconvolveSTdeconvolve作为无监督,reference-free方法来推断潜在的程控比例和多细胞内转录资料在像素从空间转录组(ST)的数据集。STdeconvolve基于潜在狄利克雷分配(LDA),生成统计模型在自然语言处理常用的发现潜在的主题文件的集合。在自然语言处理中,给定的单词数矩阵文件,LDA推断单词为每个主题的分布以及分布在每个文档的主题。圣上下文中的数据,给出计算矩阵多细胞基因表达的圣像素,STdeconvolve LDA适用于推断假定的转录概要文件为每个程控和每个程控在每个多细胞的比例代表制圣像素。

• TEKRABberTEKRABber是提供一个用户友好的管道比较直接同源和转位因子(te)两个物种之间。它认为两个物种之间的orthology信心BioMart规范化表达计数和检测差异表达直接同源/测试工程师。然后,提供一对一的关联分析,期望的直接同源和测试工程师。还有一个应用功能首先了解的结果。用户可以自己准备直接同源/ te RNA-seq表达数据偏好TEKRABber运行后,数据结构中提到的小品文。

• terraTCGAdata利用现有的开放存取TCGA Terra, Bioconductor完善基础设施数据。利用地球的数据模型而不学它的复杂性。有几个功能,你可以复制/下载并生成一个MultiAssayExperiment TCGA的工作区Terra所提供的示例。

• tomoseqrtomoseqr为分析Tomo-seq数据是一个R包。Tomo-seq是一个全基因组RNA断层扫描相结合的方法结合高通量RNA转录组测序和cryosectioning空间解决。tomoseqr从tomo-seq数据重建三维表达模式和可视化重建3 d的表达模式。

• TREGRNA丰度和细胞大小参数可以改善RNA-seq反褶积算法更准确地估计细胞类型比例的不同细胞类型的转录活动的水平。总RNA表达基因(TREG)可以促进估计总RNA含量使用单分子荧光原位杂交(smFISH)。我们开发了一个数据驱动的方法使用的表达式不变性在后期找到候选人亚人类大脑单一RNA-seq核。这个R包实现了从snRNA-seq数据识别候选亚群的方法。

• UCellUCell是单细胞的方案评估基因签名数据集。UCell签名分数,根据Mann-Whitney U统计,健壮的数据集的大小和异构性,及其计算的要求比其他可用的方法减少计算时间和内存,支持大型数据集的处理在几分钟内甚至在机器有限的计算能力。UCell可以应用于任何单细胞数据矩阵,和包括功能直接与SingleCellExperiment和修对象交互。

• updateObject一套工具围绕updateObject()与旧序列化S4实例。包主要是有用的包想要更新维护者序列化S4实例包含在包中。这仍然是在制品。

• xcorexcore是转录因子的R包活动建模基于已知的分子特征和用户的基因表达数据。伴随xcoredata包提供分子特征的集合,由公开ChiP-seq实验。xcore使用岭回归模型的变化表达的线性组合分子签名和发现未知的活动。,估计可以进一步检测意义选择最高的分子特征预测影响观察表情的变化。

新数据实验包

有5个新数据实验包Bioconductor的这个版本。

• crisprScoreData提供了一个接口来访问目标和非目标gRNA活动pre-trained模型预测算法crisprScore包中实现。Pre-trained模型数据存储在ExperimentHub数据库。用户应该考虑使用crisprScore包直接使用和加载pre-trained模型。

• epimutacionsData这个包包括运行功能所必需的数据和例子epimutacions包。DNA甲基化数据的集合。包包含2数据集:(1)控制(GEO: GSE104812), (GEO: GSE97362)情况下样本;和(2)参考面板(GEO: GSE127824)。它还包含候选人在450 k表突变区域甲基化数组。

• healthyControlsPresenceChecker加入一个函数,读取地理代码的基因表达数据集,从地理检索其数据,检查数据是否存在健康对照组的数据集。它返回true如果找到健康对照组的数据,否则,则返回false。地理:基因表达的综合。ID:识别码。地理数据集被下载的URLhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/。

• VectraPolarisData提供了两种复合成像数据集收集威达仪器安舒茨医学科罗拉多大学的校园。数据作为一个空间提供实验对象。以表格的形式提供数据并使用通知软件分段和表型。不包括原始. tiff文件。

• xcoredata提供数据与xcore包使用。

新的注释包

有8个新的Bioconductor注释包在这个版本。

• BSgenome.Cjacchus.UCSC.calJac4完整的基因组序列Callithrix jacchus(绒猴)提供的UCSC (calJac4, 2020年5月)和包装在一个BSgenome对象。

• BSgenome.CneoformansVarGrubiiKN99.NCBI.ASM221672v1全基因组序列为新型隐球菌var. grubii KN99(加入总成ASM221672v1总成GCA_002216725.1)。

• BSgenome.Hsapiens.NCBI.T2T.CHM13v2.0T2T-CHM13v2.0大会(加入GCA_009914755.4),提交给NCBI T2T财团,并裹着BSgenome对象。同伴:“人类基因组”的完整序列Nurk年代,科伦年代(a, Rautiainen M, et al ., 2022。

• BSgenome.Mfascicularis.NCBI.6.0完整基因组序列猕猴属fascicularis (Crab-eating猕猴)提供的NCBI(组装Macaca_fascicularis_6.0,组装加入GCA_011100615.1)并存储在Biostrings对象。

• JASPAR2022JASPAR包含手动策划,是一个开放数据库冗余转录因子(TF)绑定TFs在6个分类群的概要文件。在这9日发布,我们扩大了核心与341年收集新的概要文件(脊椎动物148种植物,101,85,有尾索的昆虫和7),对应于一个19%扩张前发布。thisdatabases搜索,请使用包TFBSTools (> = 1.31.2)。

• MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38轻微的等位基因频率数据存储从数据库基因聚合(gnomAD版本3.1.2)人类基因组GRCh38版本。

• SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造155。这个包的948979291个snp从RefSNP JSON文件中提取染色体22页,X, Y,和山,位于https://ftp.ncbi.nih.gov/snp/latest_release/JSON/(这些文件是由NCBI 5月25日,2021)。这些snp可在BSgenome.Hsapiens.NCBI“注入”。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。

• UCSCRepeatMasker商店UCSC RepeatMasker AnnotationHub资源元数据。提供出处和引用信息UCSC RepeatMasker AnnotationHub资源。说明在一个装饰图案如何访问这些资源。

新的工作流包

没有新的工作流包。

新书

没有新的在线书籍。

来自新的和现有的软件包的新闻

ADaCGH2

版本变化2.35.1 (2022-04-19)

• 添加所需的代码从ffbase (ffbase不再在凹口)(ffbase作者添加到作者的列表)。ffbase不再依赖。

affxparser

版本变化1.67.1 (2022-03-23)

重大的改变

• 这个包需要R(> = 4.0.0)当建立在MS Windows。这是由于增加的支持UCRT MS Windows,这对即将到来的R 4.2.0是必需的。

软件质量

• 更新从源代码构建方案与UCRT女士的窗户。由于托马斯Kalibera的贡献。

• 现在注册本机程序——显然从未发生过。

  版本变化1.67.0 (2021-10-27)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC R-devel 3.15。

airpart

1.3.4版本的变化

• 论文发表在生物信息学…

alevinQC

1.11.1版本的变化

• 增加了对阅读的支持alevin-fry输出

AlpsNMR

3.5.1版本的变化(2022-04-07)

• plot_interactive现在接受一个覆盖参数避免问用户交互
• 改善nmr_detect_peaks_tune_snr调优信噪比阈值和其他参数
• 文档的改进
• Peak_detection页面分割成更小的和更具体的页面
• 让用户选择代码是如何parallellized,所显示BiocParallel文档。
• 用BiocParallel替换水垢/未来parallellization循环。提供了一个警告,以防未来::计划()设置。
• 降级进口表明:SummarizedExpriment、S4Vectors ggrepel GGally
• 为了消除依赖性:tidyselect, plyr furrr
• 添加download_MTBLS242()函数来帮助教程的下载数据
• 跳过mixOmics测试如果受到https://github.com/mixOmicsTeam/mixOmics/pull/199
• 修理汽车设置基线阈值的峰值检测

AnnotationHub

3.3.0版本的变化

新功能

• (3.3.6)序列化S4中心资源(AnnotationHub和ExperimentHub)现在经过updateObject在加载时()

用户可见的修改

• (3.3.8)添加指令创建跨多个用户共享中心

• (3.3.2)删除测试选项只需要暴露猛击orgdb

• (3.3.2)变化对orgdbs过滤器。orgdbs在释放时间将印有猛击(释放),然后手动biocversion添加为即将到来的新的重击。过滤然后基于biocversion号码。这将暴露猛击orgdbs一旦生成

错误修正

• (3.1.9)修复破碎的测试。相同的不合适。所有礼物合适

AnnotationHubData

1.25.0版本的变化

重大更新

• 1.25.7更新菜谱上传azure。NonStandardOrgDb释放配方更新

• 1.25.6更新菜谱上传azure。TwoBit运用和发布标准TxDb和食谱OrgDb更新

新功能

• 1.25.5 helper函数上传添加到azure

修改

• 1.25.2 makeAnnotationHubMetadata改为指向Azure代替AWS

铁砧

版本1.8.0的变化

新功能

• (v 1.7.4)添加avworkflow_configuration_ *()函数用于操作工作流配置,和小短文描述使用。

• (v 1.7.5)添加avdata_import()进口的参考数据和其他数据的表。

• (v 1.7.9)出口repository_stats()总结二进制包可用性。

用户可见的变化

• (v 1.7.4)反对avworkflow_configuration (), avworkflow_import_configuration ()。

• (v 1.7.4)更新md5sum Dockstore。

• (v 1.7.5) avdata()重新实现更忠实地报告只是参考数据和其他数据的空间特性;此前,其他属性描述和标签等(从工作区着陆页)也报道。

错误修复

• (v 1.7.4) avworkflow_files()和avworkflow_localize()工作流时不会失败了没有文件。

• (v 1.7.6)改善gcloud实用程序处理身份验证令牌。

  1.7.13版本的变化

错误修复

• 正确gcloud_project()当用户环境变量集https://github.com/Bioconductor/AnVIL/pull/52

  1.6.6版本的变化

错误修复

• 正确gsutil_pipe()参数位人士,见https://support.bioconductor.org/p/9141780/

APAlyzer

版本变化1.9.4 (2022-02-28)

• 固定错误小插曲

  1.9.3版本的变化(2022-02-27)

• 固定造成的问题的最新运用GRCm39 GTF。

• 固定错误小插曲

  1.9.2版本的变化(2022-01-02)

• 添加支持multi-condition设计APAdiff。

  版本变化1.9.1 (2021-11-28)

• 添加MultiTestAPAdiff参数。

• 改进的性能和在PAS2GEF固定问题。

• 更新文档和作者身份。

aroma.light

版本变化3.25.1 (2022-04-21)

错误修复

• 固定部分中使用参数名称iwpca ()。

ATACseqQC

1.19.3版本的变化

• 解决电子邮件错误。

  在version 1.19.2变化

• 改变的方法解决问题,保护NA生成成绩当gscores打电话。

  1.19.1版本的变化

• 保护修复问题,NA生成成绩当gscores打电话。

atena

版本变化1.2.0 (2022-04-21)

用户可见的变化

• 精度高的TE量化TEtranscripts和望远镜的方法。

• 改进的EM步运行时间。

• 添加了新的AnnotationHub资源:UCSCRepeatMasker。

• 实现函数来检索和解析TE注释。

AUCell

1.17版本的变化

• 新功能:AUCell_run ()

• 支持DelayedArray和稀疏矩阵

强盗

1.11.1版本的变化

• “prior_precision”功能使更快(之前的计算基于一个子集的基因)

bandle

1.0.0版本的变化

版本0.99.8

• 小bioc变化

版本0.99.7

• 加快包编译
• 修复编译问题

版本0.99.6

• 自我修复指针在编译后的代码

版本0.99.5

• 删除超时问题

版本0.99.4

• 修复bioconductor复习建议

版本0.99.2

• bioconductor稳定版本初始化

版本0.0

• 初步方案提交

基础知识

2.7.1版的变化(2021-11-03)

• 添加FixNu参数修正扩展参数残渣正常化因素当WithSpikes = FALSE

• 排除与绝对的估计褶皱变化特性/差小于阈值与BASiCS_TestDE执行微分表达式分析时。

BayesSpace

1.5.1版本的变化

小的改进和修复

• 时更新readVisium正常工作功能名称包含空格
• 解决w_i舍入和密度

• 添加细节装饰图案与spatialEnhance有关

  版本1.5.0的变化

新Bioconductor猛击(3.15)

• 版本编号变化与Bioconductor肿块

BEclear

2.11.1版本的变化(2022-03-31)

• 依赖与dixonTest异常值所取代

啤酒

版本变化0.99.8 (2022-02-14)

• 过时的参数固定小虫子的故事。

  版本变化0.99.7 (2022-02-14)

• 改变了bp.param参数被称为BPPARAM与BiocParallel参数是一致的。

  版本变化0.99.6 (2022-02-09)

• 纠正未来参考自述来BiocParallel

• 改变参数的顺序先把那些没有违约。

  版本变化0.99.3 (2022-01-31)

• 文档
  • 纠正拼写错误、格式错误,丢失的链接。
  • 修改描述包括URL和删除整理
  • 删除安装说明PhIPData在自述和装饰图案。
  • 添加包引用刨边机。
  • 添加包手册页。
  • 额外的细节已经被添加到文档中phipseq_model.bugs。
  • 添加引用。
• 代码
  • 使用标准化的函数名camelCase。
  • 使用标准化的函数参数dot.case。
  • 虽然edgeROne ()和brewOne ()并不是用来直接由用户界面的,这两个函数名已经改变,以反映,他们仍然是出口。
  • 重命名磨边机()来runEdgeR ()更具描述性的。
  • 纠正paste0 ()这应该是file.path ()。

  • 转换为BiocParallel从未来并行化支持。

    版本变化0.99.0 (2022-01-13)

• 提交给Bioconductor

benchdamic

变化的1.1.1版(2021-03-21)

• 纠正一个错误在DA_ALDEx2函数

• 手动更新DA_ALDEx2函数

• 增加了更多的作者在引用

  改变版本1.1.0 (2021-10-26)

• 撞x.y。z版本创建RELEASE_3_14后奇怪的y分支

BindingSiteFinder

1.1.2版本的变化

• coverageOverRanges()可以被允许产生NAs的不均匀范围输出

  1.1.1版本的变化

• coverageOverRanges()匹配的顺序输入范围和输出选项merge_all_replicates和merge_replicates_per_condition矩阵

bioCancer

1.23.03版本的变化

• 主机cgdsr

  1.23.02版本的变化

• 更新新闻

  1.23.01版本的变化

• 从github cgdsr

BiocCheck

1.32版本的变化

新功能

• 添加包元数据主要报告更容易诊断

• < pkgname > .BiocCheck文件夹,上面创建的包文件夹,包括完整的报告和名称空间的建议,如果可用。

• 添加检查发现任何杂散< pkgname > .BiocCheck文件夹

• 更新文档链接附加信息和建议的报告

• 更新BiocCheck更简短的报告只注意的条件;细节都包含在报告全文

BUG修复和小改进

• 初始化默认详细的值(FALSE)供内部参考对象

• 国旗只隐藏”。RData myData文件坏文件并允许。RData”(@hpages, # 155)

• 改善与统一的内部处理条件的消息机制

• 内部改善BiocCheck机制:出口.BiocCheck对象包含所有条件,日志列表,和方法编写JSON

• 更新至4.2 R的变化——no-echo国旗

• 利用lib.loc辅助函数,检查安装和加载方案

• (1.31.36)函数长度略计数减少删除空行。

• (1.31.35)限制文件本月将标记的警告而不是一个错误

• (1.31.32)占S3印刷方法来检查猫使用

• (1.31.31)单包进口在名称空间被打破的代码得到所有包进口。

• (1.31.29)包括其他导入字段名称空间文件时检查进口之间的一致性描述/名称空间。

• (1.31.27)更新和清理单元测试。

• (1.31.26)改善包检查负载测试。

• (1.31.25)排除GitHub的url在HTML从外部数据检查结束。

• (1.31.23)内部的更新需要和图书馆检查。

• (1.31.22)删除旧代码相关的运行BiocCheck在命令行和更新BiocCheck文档。

• (1.31.21)去除冗余=从消息,以避免=任务。

• (1.31.20)添加换行”检查函数长度…”消息

• (1.31.18)当加载或附加包不能下载文件。

• (1.31.17)使用“=”作业应避免和“< -”应该使用而不是清晰,易读性。

• (1.31.16)注意的使用猫和打印外的显示方法。

• (1.31.15)检查固定包的版本描述文件用的使用= =。

• (1.31.14)增强内部辅助函数和BiocCheckGitClone

• (1.31.13)恢复搬到新的包检查。更新Bioc-devel邮件列表检查失败在早期BBS环境。

• (1.31.12)移动Bioc-devel邮件列表和支持网站登记检查新的包检查。

• (1.31.10)各种内部改善BiocCheck和包的标识目录和名称。

• (1.31.6)使用一个更可靠的方法来识别的包名描述文件。

• (1.31.5)固定错误的情况VignetteBuilder在一个包描述有多个上市。

• (1.31.3)添加BioCbooks存储库urlcheckIsPackageNameAlreadyInUse,的观点文件是悬而未决。

• (1.31.2)修复逻辑长度> 1错误checkImportSuggestions(@vjcitn # 141)

• (1.31.1)简化检查函数的长度;消除过度的点。

BiocFileCache

2.3版本的变化

增强

• (2.3.4)添加指令缓存多个用户共享的一个系统

• 2.3.2()直接添加对某些SQL调用检索功能,加快访问时间。这将加快bfcquery tha函数以及任何函数利用底层.sql_get_field, .get_all_rids或.get_all_web_rids。

• (2.3.1)添加@LTLA使bfcrpath线程安全的解决方案

BioCor

1.19.1版本的变化

• 替代文本添加到情节片段。
• 重新激活和GOSemSim作比较

BiocParallel

1.30版本的变化

用户可见的变化

• (v 1.29.1)报告的第一个远程错误。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/165

• (v 1.29.4)添加bpresult()(提取结果的返回值向量tryCatch (bplapply(…))),并允许直接使用tryCatch (bplapply(…))返回值作为arugment bplapply (BPREDO =…)。关闭# 157

• (v 1.29.8)工人的默认超时计算从30天.Machine美元整数。马克斯(没有超时),允许没有设置时的性能改进。

• (v 1.29.11)建立套接字连接的超时设置为getOption(“超时”)(缺省60秒)。

• (v 1.29.15)检查和报告失败的尝试打开SnowParam港口。

• (v 1.29.18)添加bpfallback =选项来控制使用拉普兰人()(后备)0或1的工人是可用的。

• (v 1.29.19)添加bpexportvariables =选项自动出口全局变量或变量中发现包搜索路径,在用户提供的有趣的=功能。

错误修复

• (v 1.29.2)修复回归与SerialParam使用调试()。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/128

• (v 1.29.3)修复回归与bplapply进度条显示()。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/172

• (v 1.29.5)修复默认种子代当用户非默认生成器。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/176

• (v 1.29.9)修复有效性当工人,指定为字符(),数量超过(非零)的任务。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/181

BiocStyle

2.24.0版本的变化

错误修复

• 固定不相容的最新版本longtable乳胶包时产生一个PDF装饰图案。这个bug体现信息的乳胶错误:缺少\{文档}开始。当试图编织。(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/89)

biocViews

1.63.0版本的变化

错误修复

• (1.63.1)修复bug Authors@R解析让视图

biodb

改变v1.3.3 (2022-04-02)

• 解释如何使用自定义装饰图案的CSV文件。

  1.3.2版本的变化(2022-03-11)

• 正确的ext pkg升级:不要再次生成c++的例子文件。

• 默认的装饰图案名称改为包名称。

• 当升级扩展包,不会再次生成c++文件。

• 接受一个未知类总在进步。

• isSearchableByField()接受。类型参数。

  1.3.1版本的变化(2021-12-10)

• 删除自定义缓存文件夹设置在装饰图案。

biodbChebi

变化的1.1.1版(2022-03-15)

• 改变装饰图案的名字。作者姓名。

• 删除代码已经在biodb包。

• 升级维护文件。

biodbExpasy

版本变化0.99.0 (2022-03-15)

• 提交给Bioconductor

biodbHmdb

1.1.2版本的变化(2022-03-13)

• 改变装饰图案的名字。

• 更新HMDB提取zip文件用于装饰图案和测试。

biodbKegg

变化的1.1.1版(2022-03-17)

• 升级维护文件。

• 正确的实例化的例子。

biodbLipidmaps

变化的1.1.1版(2022-03-17)

• 更新维护文件。

• 在检查日志输出添加到输出文件。

biodbMirbase

版本变化0.99.1 (2022-04-01)

• 删除getNbEntries()在装饰图案。存在于miRBase没有这样的web服务。

  版本变化0.99.0 (2022-03-22)

• 提交给Bioconductor

biodbNcbi

版本变化0.99.6 (2022-03-24)

• 纠正例子里面的装饰图案。

  版本变化0.99.0 (2022-03-17)

• 提交给Bioconductor

biodbNci

版本变化0.99.0 (2022-03-22)

• 提交给Bioconductor

biodbUniprot

变化的1.1.1版(2022-03-17)

• 更新维护文件。

• 正确实例化的例子。

biomaRt

2.52.0版本的变化

错误修复

• 停止报告信息的使用https使用useEnsembl时(),一个“版本”的论点。

• 使用virtualSchemaName提供的集市,而不是简单地“默认”。这使得问题运用植物集市。

BiRewire

3.27.5版本的变化

• 更新支持tsne - > Rtsne

  3.27.1版本的变化

• 增加了约束为包括积极的和消极的两个节点之间的弧

BridgeDbR

2.5.0版本的变化

新功能

• 更新为BridgeDb 3.0.13

错误修复

• 小错误修复装饰图案中的代码范例

bugsigdbr

1.2.0版本的变化

• importBugSigDB接受Zenodo必须和Github哈希获取定义数据发布或猛击获得最新版本(新参数版本)。
• 基于本体的查询实验因素和身体网站(新功能getOntology和subsetByOntologies)
• 编译的meta-signatures个人签名为一体的网站和一个条件,加权的样本大小(新功能getMetaSignatures)

篮球选手

version 2.2.0变化

错误修复

• 恢复correctSystematicG选项getCTSS ()。看到# 61。

• 恢复对象类私下if / else语句函数的一致性bam2CTSS。修复# 49。

• 从BAM文件恢复适当CTSS转换(bug引入v1.34.0),而解决问题# 36。

• 确保标签集群Seqinfo。修复# 63。

相机

1.51.1版本的变化

用户可见的变化

• 搬到mzML例如删除后的数据和装饰图案在mzR mzData支持

癌症

1.29.03版本的变化

• 主机cgdsr功能

  1.29.01版本的变化

• 从github cgdsr

cbaf

版本变化1.18.0 (2022-04-24)

新功能

• Packge现在使用cBioPortalData包与cBioPorta沟通,cgdsr包被弃用。

• 包现在支持RNA-seq数据与z分数相对于正常样本。

• 术语更新。

• 小improvemets

CBEA

0.99.3版本的变化

新功能

• 创建一个输出类型对象(CBEAout)。这是一种S3对象本质上是一个列表,包含最后得分矩阵以及其他诊断信息。

用户可见的明显变化

• 由于上面的新功能,现在宠物猫,用户必须提取成绩使用提供的功能或使用一个自定义的方法基于CBEAout list-of-list格式的对象。
• 整洁和一眼方法来实现处理CBEAout对象

错误修复

没有一个

0.99.2版本的变化

新功能

• 添加了一个选项(参数)来指定null参数化估计或是否通过纯粹的排列。支持这一个选项(n_perm)也添加到指定的数量排列。添加一个警告如果参数是假的但n_boot很小(< 100)
• 添加选项(parallel_backend)指定使用BiocParallel并行循环的后端
• 参数控制现在允许一个特殊槽题为fix_comp可以指定哪个组件的双组分混合分布在调整过程中解决。

用户可见的明显变化

• 结合原始参数与输出参数CBEA函数指定返回原始CBEA分数(没有任何分布拟合和变换)。
• 新的和修改小插曲
• 显著减少依赖关系,包括删除phyloseq原生支持

错误修复

没有一个

0.99.1版本的变化

新功能

没有一个

用户可见的明显变化

没有一个

错误修复

• 删除.Rproj文件符合Bioconductor错误

  0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 添加了一个完整的功能来执行从头CBEA捆绑数据集

用户可见的明显变化

没有一个

错误修复

没有一个

cBioPortalData

2.8.0版本的变化

新功能

• 身份验证令牌字符串或文件现在可以包含在cBioPortal函数。
• check_build参数可以设置为FALSE替代api,例如,KidsFirst,当使用cBioPortalData
• IDs queryGeneTable转化基因(“hugoGeneSymbols”< > entrezGeneIds)通过API服务
• getDataByGenes取代getDataByGenePanel
• getStudies()替换数据(“studiesTable”)发现研究id

Bug修复和小改进

• 固定问题的争论并没有传递给getDataByGenes在内部调用
• 添加名称源自GISTIC数据集的元数据元素。

cbpManager

1.3.2版本的变化

• Oncotree功能现在已经具备的样品标签。
• 突变的主要修改选项卡。突变数据现在是可编辑的。

celda

版本变化1.11.0 (2022-03-31)

• 改进对decontX装饰图案
• 添加子样品加快困惑的计算能力
• 使用批量添加能力参数decontX原始矩阵

ceRNAnetsim

1.7.3版本的变化(2022-15-03)

• 新功能,find_affected_nodes和find_targeting节点

• 固定测试文件

• 固定的文件

ChIPpeakAnno

3.29.6版本的变化

• jianhong更新的邮件

  3.29.5版本的变化

• 管道更新文档时避免错误转换data.frame农庄组织对象。

  3.29.3版本的变化

• 文件处理错误的“非标准床。”

  3.29.2版本的变化

• 修复错误:试图从虚拟类生成一个对象“DataFrame”。

  3.29.1版本的变化

• 添加subGroupComparison参数getEnrichedGO getEnrichedPATH。

ChIPQC

1.31.2版本的变化

• 修正

• 处理更大的阴谋

ChIPseeker

1.32.2版本的变化

• 更新装饰图案

  版本的变化应用于

• readPeakFile现在支持.broadPeak和.gappedPeak文件(2021-12-17,星期五,# 173)

  1.31.3版本的变化

• bug修正确定启动子区域负链(2021-12-16,星期四,# 172)

  1.31.1版本的变化

• 臭虫固定带链信息(2021-11-10,结婚,# 167)

chromstaR

1.21.1版本的变化

错误修复

• 固定运用rnorvegicus_gene_ensembl主机。使用默认主机现在而不是may2012.archive.ensembl.org。

CIMICE

1.3.1版本的变化

概述:

• 删除依赖关系

ClassifyR

3.0.0版本的变化

• 现在支持生存模型及其评价,除了现有的分类功能。

• 交叉验证不再需要特定注释数据集名称和标识符名称。现在,用户可以指定任何他们想要的特性和使用这些变量组,或改变外表。同时,特征选择的名字和特征分类器的名字会自动地从一个内部表填写。

• 易用性大大提高crossValidate函数允许规范由单个关键字的分类器。以前,参数对象如SelectParams和TrainParams必须显式地指定,使它具有挑战性的用户不熟悉面向对象编程S4。

• 基本multi-omics数据集成功能可以通过crossValidate可以组合不同的表。Pre-validation和PCA维度技术提供一个公平的方式比较与低维临床数据高维组学数据。同时,可以简单地将所有的数据表。

• Model-agnostic变量重要性计算训练时留下一个选定的变量。默认关闭,因为它大大增加运行时间。看到doImportance ModellingParams参数的更多细节。

• 参数指定交叉验证程序和数据建模形式化为CrossValParams和ModellingParams类。

• 特征选择要么就可以完成一个基于resubstitution指标(即在训练数据训练和测试)或交叉验证指标(如将训练数据分为训练和测试分区调整所选功能)。所有特征选择功能已经转化为功能排名功能,因为选择交叉验证的过程是一个特征。

• 以前所有的函数和类的文档将从手工编写Rd Roxygen格式的文件。

• 人类参考Interactome实验PPI(二进制)包含在pairs-based捆绑数据分类。看到了什么?来源于丰沛的更多细节。

• 表现情节现在可以做箱形图或小提琴的阴谋。箱线图仍然默认风格。

cleanUpdTSeq

1.33.2版本的变化

• 合并的代码叫海波

  1.33.1版本的变化

• 修复一个缺陷所报告的一行农庄叫海波

clusterProfiler

4.3.4版本的变化

• 修复enrichGO, gseGO groupGO当keyType =‘象征’& &可读= TRUE(2022-4-9,坐)

  4.3.3版本的变化

• 解析GAF文件准备去注释数据(特别是在蛋白质组学研究中)(2022-03-08,星期二,# 397,# 418,# 421,# 442)

• 臭虫固定在compareCluster()(2022-01-27,星期四,# 424)

  4.3.2版本的变化

• 臭虫固定在extract_params()(2022-01-12,结婚,# 392,@amcdavid)
• 让gseGO简化工作的()()compareCluster ()

• 支持公式界面GSEA方法compareCluster()(2022-01-04,星期二,@altairwei # 416)

  4.3.1版本的变化

• compareCluster()支持GSEA算法(2021-12-11,坐)
• 更新错误消息download.KEGG.Path()和download.KEGG.Module()(2021-11-21,太阳)
• 更新简化()函数支持=所有(2021-10-27,结婚)

clustifyr

1.7.3版本的变化(2022-03-09)

• vec_out选择直接得到分类结果作为一个向量,插入其他元数据/工作流

• 维护人员变化

CNVMetrics

0.1.6版本的变化

新功能

• calculateLog2ratioMetric()方法使log2比率指标的计算比calculateOverlapRegionsMetric使用类似的工作流()方法。

用户可见的明显变化

• plotMetric()替换plotOverlapMetric()方法。新方法可以画出所有指标(状态调用指标和log2比率指标)。
• 装饰图案部分的工作流度量计算使用放大的程度/删除”就完成了。
• 新的引用部分自述和装饰图案参照发表F1000Research海报(http://www.doi.org/10.7490/f1000research.1118704.1)。
• 而不是计算距离,log2比率指标计算基于距离度量(1 /(1 +距离))。

错误修复

• 没有一个

  0.1.4版本的变化

新功能

• 没有一个

用户可见的明显变化

• 新网站https://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics/index。html相关方案。
• 装饰图案部分的工作流度量计算使用CNV状态调用的完成。

错误修复

• 没有一个

  0.1.3版本的变化

新功能

• 没有一个

用户可见的明显变化

• plotOneOverlapMetric()方法有一个新的论点沉默= TRUE,情节不是默认了。

错误修复

• plotOneOverlapMetric()方法现在使用样本距离聚类作为默认的聚类方法。

  0.1.2版本的变化

新功能

• plotOneOverlapMetric()方法使策划重叠的指标计算的结果。

用户可见的明显变化

• 改为calculateOverlapMetric calculateOverlapRegionsMetric()方法()。

错误修复

• 没有一个

  0.1.1版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• calculateOverlapRegionsMetric()方法使计算相似性度量使用重叠放大/删除区域。

用户可见的明显变化

• 一个也没有。

错误修复

• 没有一个

可乐

2.1.1版本的变化

• 添加分区分层的共识

  2.0.1版本的变化

• predict_classes ():支持支持向量机/随机森林方法预测类标签。

彗星

版本变化1.27.2 (2022-04-18)

• 更新运用函数https

• 删除DNase_UCSC功能

• 添加字体信息。家庭plotTrack和其他Gviz功能

• 添加在彗星showtext图书馆。Rnw装饰图案

coMethDMR

0.99.9版本的变化

我们一直致力于bug修复和格式化/文档变化在Bioconductor审查要求。看到这些请求:https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/2064

突发的变化

• CpGsInfoOneRegion CpGsInfoAllRegions()()和GetCpGsInRegion()函数,注意,我们已经添加了一个新的参数region_gr(在第二位置),允许一个农庄组织对象的输入这些函数。这将导致现有代码中的错误,如果代码使用位置参数匹配。任何现有的代码相匹配参数的名字将不受影响。

  0.99.2版本的变化

重大变化

支持文档所有包帮助手册/文件

错误修复

0.99.1版本的变化

清洁所有文件迁移到这个库。所有的发展历史在https://github.com/TransBioInfoLab/coMethDMR_old

0.0.0.9001版本的变化

重大变化

包括史诗数组注释(# 1)添加了一个检查:(# 5)β矩阵探头的rownames id,和只有数字测试矩阵中的列

错误修复

compcodeR

1.31.1版本的变化

• 根据系统实现模拟正常泊松对数模型

• 实现length-varying模拟

• 新的PhyloCompData对象系统通知仿真数据

• 添加可能长度归一化DESeq2和limma分析

• 添加phylolm分析

ComplexHeatmap

2.11.1版本的变化

• 添加一个全球选项美元ht_opt颜色控制颜色连续映射。

• annotation_label可以是一个表达式对象。

• recycle_gp ():现在考虑当n = 0。

• anno_block ():添加align_to论点。

• 添加anno_text_box ()和grid.text_box ()。

• 添加show_name论点anno_empty ()。

• 注释的验证HeatmapAnnotation ()是简化。

• 添加anno_numeric ()。

• 当rect_gp = gpar (type = "没有"),use_raster执行是假的。

• “全局变量”cell_fun/layer_funaotumatially确认并保存在本地。

CompoundDb

0.99版本的变化

0.99.12版本的变化

• 添加mass2mz CompDb数据库的方法。

0.99.11版本的变化

• 添加peaksVariables方法。

0.99.10版本的变化

• 添加参数列peaksData。

0.99.9版本的变化

• 添加参数dbFile createCompDb并添加一个例子如何从自定义创建一个CompDb数据输入。

0.99.8版本的变化

• 添加引用。

0.99.7版本的变化

• 添加错误报告链接描述。

0.99.6版本的变化

• MsBackendCompDb扩展光谱:MsBackendCached代替光谱::MsBackendDataFrame。

0.99.5版本的变化

• 没有更新,只是撞导致一个新的构建版本。

0.99.4版本的变化

• 从@jianhong解决更多的评论。

0.99.3版本的变化

• 修复BiocCheck警告。

0.99.2版本的变化

• 修复BiocCheck警告。

0.99.1版本的变化

• 从@jianhong地址评论/变更请求。

0.99.0版本的变化

• 准备Bioconductor提交。

  0.9版本的变化

0.9.4版本的变化

• 添加deleteIon和deleteSpectra允许删除离子或光谱。

0.9.3版本的变化

• 插入支持添加额外的数据库列。

0.9.2版本的变化

• 添加instertSpectra方法添加MS / MS谱从光谱对象到数据库。

0.9.1版本的变化

• 添加IonDb构造函数方法。
• 扩大文档和示例。
• 添加单元测试和修复。

0.9.0版本的变化

• 添加IonDb类的扩展CompDb(允许离子信息添加到数据库)和功能创建这些对象。
• 添加插入允许添加新的离子IonDb对象
• 添加ionVariables离子离子函数来访问数据库中的数据。

• 添加过滤器:IonIdFilter、IonAdductFilter IonMzFilter IonRtFilter。

  0.8版本的变化

0.8.1版本的变化

• 进口的光谱类型(MS)和前体类型从蒙娜丽莎。

0.8.0版本的变化

• 重命名数据库表名化合物ms_compound问题# 74。

  0.7版本的变化

0.7.0版本的变化

• 删除mass2mz mz2mass功能支持MetaboCoreUtils中实现的函数。

  0.6版本的变化

版本0.6.6变化

• 从ProtGenerics进口化合物的方法。

0.6.5版本的变化

• 添加参数onlyValid compound_tbl_sdf只允许进口的有效元素问题# 69。

0.6.4版本的变化

• 添加额外的过滤器:MassFilter、FormulaFilter InchiFilter InchikeyFilter。

0.6.3版本的变化

• 添加元数据,spectraVariables和compoundVariables功能。

0.6.2版本的变化

• 没有指定生物支持创建数据库。
• 确保正确地映射到数据库列光谱变量名。

0.6.1版本的变化

• 通过光谱id添加SpectrumIdFilter支持过滤。

0.6.0版本的变化

• 重命名列名称:compound_name - >名称、质量- > exactmass, inchi_key - > inchikey。

  0.5版本的变化

0.5.0版本的变化

• 取代。与peaksData列表。

• 用spectraData替换asDataFrame。

  0.4版本的变化

0.4.3版本的变化

• 更新以匹配新的脂质映射字段名称。

0.4.2版本的变化

• 修复错误的。返回列表,MsBackendCompDb SimpleList而不是一个列表。

0.4.0版本的变化

• 重命名方法spectraData MsBackendCompDb成asDataFrame(适应变化的光谱)。

  0.3版本的变化

0.3.2版本的变化

• 从自卫队文件导入也微笑。

0.3.1版本的变化

• 把包光谱从依赖进口

0.3.0版本的变化

• 改变从MSnbase RforMassSpectrometry包(光谱和MsCoreUtils)。

• 在两个表,存储MS / MS谱msms_spectrum msms_spectrum_peak。

  0.2版本的变化

0.2.3版本的变化

• 添加仪器和precursor_mz光谱数据列(问题# 32)。

0.2.2版本的变化

• 从1月Stanstrup commonMZ包添加加合物信息。
• 添加matchWithPpm函数匹配数值允许一个小差异。
• 添加加合物函数来检索加合物的定义。
• 添加mass2mz和mz2mass转换质量和m / z之间提供的加合物。
• 添加annotateMz方法注释m / z值。

0.2.1版本的变化

• 改变字段collision_energy字符支持值从蒙娜丽莎(问题# 31)。
• 添加函数import_mona_sdf和msms_spectra_mona功能使导入从蒙娜自卫队的频谱数据文件(问题# 30)。
• 添加对莫娜自卫队的支持文件(问题# 30)。

0.2.0版本的变化

• 添加hasMz、频谱和hasMz光谱方法来寻找m / z值在光谱(问题# 28)。
• 添加MsmsMzRangeMinFilter和MsmsMzRangeMaxFilter(问题# 29)。
• 从MSnbase重用光谱对象。

• 添加supportedFilters CompDb方法。

  0.1版本的变化

0.1.1版本的变化

• 添加precursorMz、precursorCharge precursorIntensity、acquisitionNum scanIndex, peaksCount, msLevel,抽搐,ionCount, collisionEnergy, fromFile,极性,平滑,isEmpty、质心和isCentroided Spectrum2List的方法。

0.1.0版本的变化

• 添加expandMzIntensity函数。
• 添加从CompDb数据中提取光谱的光谱方法。
• 添加功能来存储MS / MS谱在CompDb数据(m / z和强度值存储为BLOB)。
• 添加功能加载MS / MS谱从HMDB xml文件。

conclus

1.3.4版本的变化(2022-03-28)

• 提出以下重大变化
• 在方法中添加参数removeNoSymbol normalizeCountMatrix筛选基因没有符号。
• clusterMarkers槽成为topMarkers槽,访问器名称改变way.0相同

CoreGx

2.0.0版本的变化

• @cell槽已成为@sample插槽。相关的泛型和存取方法已经被重命名,然后别名旧名称。因此,旧代码仍应按预期工作,但事实上会调用不同的S4方法。
• 添加了@treatment CoreSet-class槽

COTAN

0.99.12版本的变化

发布正式发布前Bioc 3.15。主要变化:

• COEX矩阵估计的方式和存储改变占据更少的空间和运行得更快。

  0.99.10版本的变化

初始Bioconductor释放

crisprBase

1.0.0版本的变化

• 新包crisprBase,基函数和类CRISPR gRNA设计。

crisprBowtie

1.0.0版本的变化

• 新包crisprBowtie, Bowtie-based对齐CRISPR gRNA间隔序列。

crisprScore

1.0.0版本的变化

• 新包crisprScore,目标和非目标评分指南rna (gRNAs)。

csdR

1.1.3版本的变化

文章引用添加到csdR现在打印出来。

1.1.2版本的变化

明确的文档中,缺失值不允许,写了一个测试。

1.1.1版本的变化

做了一些小修改自述和装饰图案。

customCMPdb

1.5.1版本的变化(2022-01-31)

• 添加DrugAge构建4数据库

cytomapper

版本是1.7.2变化(2022-04-20)

• 对下一次发布的补丁

  版本变化1.7.1上(2021-12-28)

• 添加通道溢出compImage函数补偿

cytoMEM

版本变化0.99.2 (2022-04-11)

• 更新显示build_heatmaps函数的方法

• 更新作业= < -

  版本变化0.99.1 (2022-03-21)

• 类成员检查更新()和= =和! =是(x,“类”)S4类

• 版本撞Bioconductor

  版本变化0.99.0 (2022-03-18)

• 提交给Bioconductor

CytoML

3.11版本的变化

API的变化

• 重命名参数sampNLoc - > sample_names_from open_flowjo_xml
• 现在所有解析器(flowjo / cytobank / diva_to_gatingset)返回GatingSet基于cytoset而不是ncdfFlowSet
• 添加反式参数cytobank_to_gatingset允许覆盖从gatingML文件的转换(# 76)
• gatingset_to_flowjo现在使用一个码头工人形象与编译器:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• 一些更新flowjo_to_gatingset搜索FCS文件(# 77)
• 添加include_empty_tree选项没有盖茨flowjo_to_gatingset包括样本
• 允许gatingset_to_flowjo GatingSet档案目录的路径
• 添加gating_graphGML替代浇注。graphGML openCyto方法:闸门一般
• 过滤器样品面板当解析cytobank实验和添加ce_get_samples ce_get_panels

修复/内部变化

• 自动缩放的样本FlowJo工作区现在由flowjo_to_gatingset RGLab / cytolib # 33
• 处理变更违约stringsAsFactors 4.0 R = FALSE
• 消除多余的中间文件工作区解析期间留在临时目录
• 开关的使用GatingSetList merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 从实验::文件系统来提高::文件系统在c++ FlowJo解析器

• 添加安装CytoML XSD

  3.10版本的变化

API的变化

• 改变处理四门根据RGLab / cytolib # 16

• 重命名的方法:

• openWorkspace - > open_diva_xml open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace - > flowjo_to_gatingset diva_to_gatingset
• getSampleGroups - > fj_ws_get_sample_groups diva_get_sample_groups
• getSamples - > fj_ws_get_samples diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。项- > gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。集,CytoML.par。设置参数得到CytoML名称空间

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank出口cytobank毫升属性名称空间
• 从xml允许diva_to_gatingset使用补偿矩阵
• 通过从cytobank_to_gatingset…args适当FCS解析器
• 修复一些问题与扩展的解析盖茨天后工作区(# 64)
• 防范不支持的转换期间被添加到GatingSet天后解析
• 开关使用flowjo_log_trans代替logtGml2_trans diva_to_gatingset
• 修复移植flowUtils: xmlTag启用自动关闭的标签
• 使闸门。graphGML查找定制盖茨通过FCS的名字以及文件id
• 添加一些灵活性getSpilloverMat gatingset_to_flowjo使用

dasper

1.5.1版本的变化

新功能

• 修复bug相关coverage_norm(),确保区域用于正常化覆盖seqlevels相同输入连接。

dce

1.3.5版本的变化(2022-04-14)

• 更新包数据df_pathway_statistics

dearseq

版本是1.7.2变化(2022-04-13)

• 重新CompQuadForm:戴维斯()再选择当“saddlepoint”方法在调查::pchisqsum计算二次形式渐近假定值()失败

  版本变化1.7.1上(2022-02-07)

• 添加了一个意大利面图的功能

解耦

2.2版本的变化

变化

• 改变垫和净玩具例子例子。

• 玩具数据改变测试数据。

  2.1版本的变化

变化

• 似然参数是弃用,从现在开始,权重(正面或负面)应该去的铁道部列网络。方法仍将运行如果指定可能性,然而他们将被设置为1。

• 添加minsize参数方法,默认设置为5。源包含小于这个值的目标输入垫将被删除从计算。

• 更改默认行为的分离功能。现在如果没有统计数据中指定方法参数,该函数将只运行在我们表现最好的基准(传销,乌尔姆和wsum)。运行前的所有方法,统计数据设置为“所有”。此外,添加了论点consensus_stats过滤统计分数计算的共识。默认情况下只使用传销,乌尔姆norm_wsum,或者统计= = '所有'运行分离后返回的所有方法。

• 毒蛇的方法:

• 现在在铁道部正常化他们妥善处理权重1和+ 1。

• 乌尔姆/传销/ udt /联合化疗方法:

• 改变他们如何处理输入网络。之前模型矩阵只包含垫子和网络之间的交叉功能的目标,现在,它包含了所有功能来自垫确保一个更健壮的预测。预测的值从旧版本可能会略有变化。

• 弃用稀疏的论点。

• 奥拉的方法:

• 现在5%的特性作为默认的输入而不是300和底部特征。

• 增加了种子随机断绝这种关系

• 共识的方法:

• 基于RobustRankAggreg不再。现在得分的均值活动取得共识后双跟踪z分数转换。

• 丢弃filter_regulons函数。

• 主要依赖转移到建议减少依赖性所需的数量。

• 更新的README通过添加:

• 激酶推理的例子
• 图形抽象
• 手稿和引用

• 新装饰图案风格

• 所有方法的文档更新。

新功能

• 添加包装方便地查询Omnipath,最大的数据库收集先有的资源。添加这些功能:

• Omnipath内部show_resources:显示可用资源。
• 从Omnipath get_resource:得到任何资源。
• get_dorothea:得到了多萝西娅基因调控网络估计转录因子(TF)活动。注意:这个版本略有不同的包多萝西娅,因为它包含新的边缘和TFs权重也信心水平的交互作用。

• get_progeny:途径活性的后代模型估计。

• 添加show_methods函数,它显示了目前有多少数据。

• 添加check_corr函数,它展示了相关监管机构网络。它可以用来检查co-linearity传销和联合化疗。

• 添加新的传销当co-variables共线的误差(监管机构太适合相关模型)。

修正

• wmean wsum现在返回正确的经验假设机率。

• 乌尔姆传销,联合化疗,现在udt接受与一列矩阵作为输入。

• 乌尔姆的结果正确,现在传销un-grouped返回。

• 方法正确运行时垫没有列名。

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25)

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

  版本变化1.99.2 (2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

  版本变化1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

  版本变化1.99.0 (2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

1.31.6版本的变化

• 收集迁移到pitvot_longer

• 修复警告在degcovariates融化

• 修复意义功能,问题!信谊

  1.31.3版本的变化

• 当使用修复错误例子头后管

DelayedArray

0.22.0版本的变化

弃用,已经

• 下面的东西现在已经弃用后在以前版本的包:
  • blockGrid():取代defaultAutoGrid ()
  • rowGrid():取代rowAutoGrid ()
  • colGrid():取代colAutoGrid ()
  • multGrids():取代defaultMultAutoGrids ()
  • linearInd():取代Mindex2Lindex ()
  • viewportApply():取代gridApply ()
  • viewportReduce():取代gridReduce ()
  • getRealizationBackend():取代getAutoRealizationBackend ()
  • setRealizationBackend():取代setAutoRealizationBackend ()
  • RealizationSink():取代AutoRealizationSink ()

错误修复

• 小的调整updateObject DelayedArray对象()方法(参见提交abcd154)。

服饰

1.11.4版本的变化

• sPLSDA功能测试BioConductor排除在外,因为它在本地工作,但在BioConductor失败。

  1.11.3版本的变化(2022-03-12)

• 在dColorPlot影响特征向量和故障修复因素作为输入。

  版本变化1.11.2 (2022-03-11)

• 寻找dSlsda身份不明的错误在测试功能。

  1.11.1版本的变化(2022-03-05)

• dColorPlot Bug修复,解决问题与单个连续向量

• microClust,内部功能,已经更新,包括捐助者的计算除了邻居之间的中值和平均计算。

• nUniqueNeihgDons,结合上述改变microClust函数。

• 小更新dSplsda功能测试,希望删除间歇性问题的问题在测试Linux休息平台。

DepInfeR

版本变化0.99.7 (2022-04-05)

• 修改方案的基础上,从第二轮修改评论

  版本变化0.99.4 (2022-03-19)

• 修改方案根据Bioconductor评论团队

  版本变化0.99.0 (2022-01-13)

• 提交给Bioconductor

DEWSeq

1.9.2版本的变化(2022-04-19)

• 基于max函数添加到过滤器读计数。位置数

DExMA

1.3.1版本的变化

• missGenesImput功能添加

• SampleKnn归责方法无边无际的基因补充道

DiffBind

3.6版本的变化

• 改变默认的激增正常化本机框架(TMM)

• 改变激增规范化使用参考图书馆的大小

• 修复bug涉及称为列报告

• 保持FRiP计算

• 改善dba。plotProfile样品标签

• 解决问题方案:平行

• 修复错误/警告dba。有关配对染色体黑名单的名字

• 更新手册页获得dba。报告阐明如何折叠bNormalized = FALSE时更改报告。

• 添加一些新的GenerateDataFiles.R测试条件

截然不同的

版本是1.7.2变化

• 微分测试允许,即使只提供1基因

  1.7.1上版本的变化

• 当协变量消除公害,取代了以往的线性模型与线性混合效应模型:我讨厌)固定效应,和2)随机效应的样本。这个正确的相关结构占细胞属于相同的样本。

dittoSeq

1.8版本的变化

• 少量添加功能:“随机”选择“秩序”输入“dittoDimPlot()”和“dittoScatterPlot ()”

DMRcate

2.8.1发布版本的变化

• 引用更新。

剂量

3.21.2版本的变化

• 启用setReadable compareCluster (GSEA算法),结果(2021-12-13,Mon)
• 更新的默认顺序GSEA结果(2021-12-09,清华)

• 如果p。调整是相同的,按abs (NES)

  3.21.1版本的变化

• upate DisGeNET和NCG数据(2021-11-14,阳光)
• DisGeNET v7: 30170 21671个基因,疾病和1134942的基因与疾病相关性
• 194515个变异,14155疾病和369554 variant-disease关联
• NCG v7: 3177癌症基因,130和6095的基因与疾病相关性疾病

刨边机

3.38.0版本的变化

• 新观点的保持。EList”voomLmFit()来存储规范化log2-CPM价值观和轰权重。

enrichplot

1.15.4版本的变化

• 更新treeplot:支持通过rel对象来抵消和offset_tiplab(2022-04-24,阳光)

  1.15.3版本的变化

• 出口“drag_network”(2022-03-07, Mon)
• 更新cnetplot。enrichResult被drag_network支持(2022-3-6,阳光)
• 添加函数drag_network拖动节点的网络(2022-2-25,星期五)
• 修复一个缺陷在goplot: goplot。gseaResult需要setType槽代替本体槽(2022-2-22,星期二)

• 返回gg对象而不是打印出来的dotplot.compareClusterResult()(2022-01-05,结婚、@altairwei # 160)

  1.15.2版本的变化

• 添加label_format_tiplab和treeplot label_format_cladelab参数(2021-12-24,星期五)
• 支持treeplot compareCluster (GSEA算法),结果(2021-12-13,Mon)
• 支持可视化compareCluster (GSEA算法),结果(2021-12-11,坐)

• 支持科学记数法gseaplot2(2021-12-4,坐)

  1.15.1版本的变化

• 固定的R检查通过导入跑龙套

ensembldb

2.19.10版本的变化

• 解决问题getGeneRegionTrackForGviz如果没有发现记录提供基因组范围(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/132)问题。

  2.19.9版本的变化

• seqlevelsStyle可以提供一个自定义映射数据帧。

  2.19.8版本的变化

• 需要包Biostrings坐标映射装饰图案。

  2.19.7版本的变化

• listColumns并不再报告列从数据库元数据表(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/128)问题。

  2.19.6版本的变化

• 修复的proteinToGenome。

  2.19.5版本的变化

• 添加额外的支持tx_is_canonical列和添加TxIsCanonicalFilter(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/123)问题。

  2.19.4版本的变化

• 解决问题与报价记录名字在导入表记录。

  2.19.2版本的变化

• 恢复向后兼容性问题(https://github.com/jorainer/ensembldb/issues/122)。

  2.19.1版本的变化

• 添加数据库列tx_name存储外部记录名称。

• 在这个数据库列更新TxNameFilter允许过滤。

ensemblVEP

1.37.0版本的变化

• 添加对运用释放105的支持

epialleleR

1.3.6版的变化(2022-02-16)

• 显著加速(1.3.5)

• 甲基化模式

  1.3.2版本的变化(2021-12-24)

• 更高效的数据处理(XPtr代替Rcpp::包装'ping)

EpiCompare

0.99.3版本的变化

新功能

• 新功能的例子/单元测试:
  • import_narrowPeak:导入narrowPeak文件,自动头从编码使用元数据注释。\
  • gather_files:自动峰/皮卡德/床上文件和阅读的列表农庄对象。\
  • write_example_peaks:编写示例峰值数据到磁盘。
• 更新.gitignore

• 更新.Rbuildignore

  0.99.1版本的变化

新功能

• 在EpiCompare新的参数:

  • genome_build:指定基因组构建、“hg19”或“hg38”。这个参数也包含在plot_chromHMM,plot_ChIPseeker_annotation,tss_plot和plot_enrichment。

    0.99.0版本的变化

新功能

• EpiCompare提交Bioconductor。

epigraHMM

1.3.2版本的变化

• 导出函数estimateTransitionProb估计过渡概率从一个马尔可夫链的序列的状态

  这次1.2.1版本的变化

• 输出路径处理路径的错误修正。

epimutacions

0.99.33版本的变化

• bug和笔记(如果可能的话)固定

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

逃避

1.4.1版本的变化

• 版本号和小编辑bioconductor合规

• 删除singscore方法

• 添加内部所以他们兼容Bioconductor UCell功能

EWCE

v1.3.3变化

新功能

• 方法参数从orthogene: create_background orthogene:: convert_orthologs现在EWCE函数作为参数传递给用户更多的控制。“homologene”选为默认为所有功能。“homologene”物种少于“orthogene”,但并不需要导入的数据网络。它还有更多的1:1鼠:人类直接同源。
• 包括笔记不匹配GitHub文档和当前Bioc发布版本。
• 允许bin_specificity_into_quantiles设置名称产生特异性矩阵。
• GHA工作流yaml合并成一个。

错误修复

• 添加试({})和错误= TRUE来避免在小插曲“多边形边找不到”错误。

  1.3.1版本的变化

新功能

• 重大变化:把请求从bschilder_dev分支。
• 现在所有的功能可以使用列表和CellTypeDatasets (CTD)从任何物种和将其转换成一个共同的物种通过orthogene默认(人类)。
• 自动连续油管通过standardise_ctd标准化。
• 可以处理稀疏矩阵。
• 在非常大的数据集可以创建使用DelayedArray对象类。
• 所有功能自动创建适当的基因背景的物种。
• 更模块化,简化的小插曲。
• 额外的基因预滤器选项(DESeq2、桅杆、方差分位数)。
• 新/改进策划功能(例如plot_ctd)。
• 添加示例引导浓缩结果extdata加快例子(data.R记录)。通过访问EWCE: example_bootstrap_results ()。
• 取代GHA check-bioc自动工作流:R-CMD检查运行,运行BiocCheck,重建/部署pkgdown网站。
• 由功能:
• drop_uninformative_genes
• generate_celltype-data
• bootstrap_enrichment_test
• 添加测试(多个函数测试每个文件以减少次数ewceData文件下载):
• test-DelayedArray
• test-merge_sce
• test-get_celltype_table
• test-list_species
• test-run_DGE
• test-check_percent_hits
• 添加is_32bit()函数所有的测试,以确保他们不让Windows操作系统上运行的两倍。
• GitHub的操作添加工作流:
• check-bioc-docker。yml:运行凹口/ Bioc检查,重建和推动pkgdown网站,运行并上传测试覆盖率报告,
• dockerhub。yml:构建Bioconductor码头工人容器安装了EWCE,凹口检查和运行(如果检查成功)将容器neurogenomicslab DockerHub。
• 删除文档文件夹,文档网站来自gh-pages分支现在,和自动由GHA工作流后推动主要分支。
• 添加新的导出函数fix_celltype_names帮助标准化celltype符合standardise_ctd名字。
• generate_bootstrap_plots_for_transcriptome:现在支持任何物种(不仅仅是鼠标或人类)。
• CTD和DGE表(tt)转换成output_species基因符号。
• 自动生成相应的基因背景。
• 快由于现在只选择将生成特定的图表类型。
• 通过新的example_transcriptome_results函数从ewce_expression_data提供预先计算的结果。
• 减少构建运行时和超大号的小插曲,不是评估特定的代码块。
• 防止长小插图完全运行。
• @return文档内部函数。
• 增加了更多的安装检查GHA。
• 固定的单元测试文件命名不一致:test_ = = >测试-
• 删除DGE args drop_uninformative_genes现在直到我们运行基准测试,看看EWCE的相互影响的结果。
• 使bootstrap_plots函数内部。
• 添加报告orthogene如何改进内和跨物种基因映射扩展的装饰图案。
• 额外的信息记录在standardise_ctd输出:
• “物种”:input_species和output_species
• “版本”:EWCE orthogene, homologene

exomePeak2

版本变化1.7.0 (2022-04-20)

• 提高精度,通过引入新的计算模型的GC含量偏差纠正和IP校正效率。

• 改善峰称稳定运用泊松在默认设置下测试。

• 读计数方法的改进。

• 多步骤的功能和量化模式被弃用。

• 删除不必要的功能参数。

ExperimentHub

tripwire版本的变化

用户可见的修改

• (2.3.5)更新documentaion跨多个用户共享中心

ExperimentHubData

1.21.0版本的变化

修改

• 1.21.2 makeExperimentHubMetadata改为指向Azure代替AWS

fastreeR

1.0.0版本的变化

• 新的包fastreeR、系统发育、距离和其他计算VCF和Fasta文件。

  版本变化0.99.7 (2022-04-02)

• 更新和修正后1日Bioconductor审查。

  版本变化0.99.6 (2022-03-26)

• dist2hist下降功能。

  版本变化0.99.5 (2022-03-25)

• 使用dist2hist更新一幕。

  版本变化0.99.4 (2022-03-25)

• 更新java后端(createHistogram)。

  版本变化0.99.3 (2022-03-25)

• 更新java后端。

  版本变化0.99.2 (2022-03-25)

• 更新README。md通知JDK > = 8要求。

• 更新java依赖(jfreechart-1.5.3)。

  版本变化0.99.1 (2022-03-24)

• 更新装饰图案使用BiocFileCache样本vcf和fasta下载不会重复不必要的。

  版本变化0.99.0 (2022-03-21)

• 提交Bioconductor。

fgsea

1.21.1版本的变化

• 解决一个再现性问题(https://github.com/ctlab/fgsea/issues/110)

FindIT2

1.0.3版本的变化(2021-12-29)

• 修复bug当chrosome长度太小(calcRP_coverage函数)

  变化在以前的版本1.0.2中(2021-11-23)

• 修复bug当输入colData因子(integtate_replicates函数)

  版本1.0.1的变化(2021-11-09)

• 简化loadPeakFile函数

鱼池

version 2.2.0变化

• 新装饰图案展示同种型等位基因分析、TSS或能够。请参阅下面的更多细节。
• 新的进口函数等价类鲑鱼或小鲑鱼数据进行的分析,由珀斯吉利·写的。看到salmonEC()和alevinEC()手册页。
• 新plotAllelicGene()和plotAllelicHeatmap()函数来绘制结果等位基因表达分析。
• 新的makeTx2Tss () helper函数进行等位基因分析。
• 现在importFromAllelicCounts()可以把农庄组织对象作为tx2gene的参数,所以范围将分布式的rowRanges SummarizedExperiment输出。
• 添加plotInfReps shiftX参数为数值变量x(),协助overplotting。
• 重新组织计划为新pkgdown主页:https://mikelove.github.io/fishpond

flowAI

1.25.3版本的变化

• 添加选项使用差流量检查较不敏感。

flowSpecs

1.9.2版本的变化(2022-02-15)

• 添加一个hexBin oneVsAllPlot函数参数

• 添加依赖hexbin。

  版本变化1.9.1 (2021-12-18)

• 引入一个目录名参数oneVsAllPlot函数。

• 增加了madFilter函数的多功能性。

核磁共振

2.0.0版本的变化

改进自去年发布

• 包使用打电话给函数重写。
• 威布尔分布的代码改进。

错误修复

• 一些错误是固定导致结果不同,相同的分析。

fobitools

1.3.2版本的变化

• 修复bug的小插曲

弗雷泽

1.6.1版本的变化

• 固定分位数过滤违约(# 28)

• 需要分钟表达5%而不是95%的样本

• 需要最小值表达式两边的结

• 使弗雷泽包与降低管道(# 24)

• 将临时目录从tempdir()工作目录getwd ()

• 改善可视化和文档

• 改善内部对象验证

• 一些小错误修正

gdsfmt

1.32.0版本的变化

公用事业公司

• 优化使用为稀疏矩阵的实用程序包

GeneNetworkBuilder

1.37.2版本的变化

• 为htmlwidgets添加布局按钮

  1.37.1版本的变化

• 修复版本STRINGdb问题

《创世纪》

2.25.5版本的变化

• 添加新的测试选项“fastSMMAT”assocTestAggregate。

  2.25.4版本的变化

• 固定一个bug pcrelate运行时的多个样本块和多核

  2.25.3版本的变化

• 固定一个bug assocTestSingle计算鞍点近似(SPA)假定值的变异(即当使用测试= Score.SPA)当输入零模型不是一个混合模型(即与浸fitNullModel运行时。垫=零,或者所有方差组件聚合为0)和家庭=“二项”

GeneTonic

2.0.0版本的变化

新功能

• GeneTonic现在上传GeneTonicList在运行时提供了可能性。这使它可以使用应用程序服务器1仪表板,没有提供数据集上运行在默认情况下,填充它的组件成功提供数据
• 欢迎面板中的GeneSpector功能提供了一种方法去探索任何基因的表达,着色和分组实验感兴趣的协变量
• 可以输入一组基因和genesets在书签面板中,可以翻了一倍,这些检查的可用特性当前GeneTonicList——这,上传功能相结合,可以轻松地比较不同gtl对象
• GeneTonic应用程序有一个按钮,导出目前提供的数据集——无论输入格式GeneTonicList。这是特别有用如果提供单个组件(dds、res_de res_enrich, annotation_obj)和想获得正确的序列化对象
• gs_upset添加可能富集分析的结果表示为情节,选择装修DE-related信息

其他的笔记

• 手稿关于GeneTonic现在发表在BMC生物信息学在https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859 - 021 - 04461 - 5
• 引用项已相应更新
• 抖动在gene_plot现在完全复制,通过设置抖动产生的种子内部函数

GenomeInfoDb

1.32.0版本的变化

弃用,已经

• releaseName()现在已经在GenomeDescription对象。

• 删除fetchExtendedChromInfoFromUCSC()和available.species ()。两人都已经在BioC 3.14。

GenomicAlignments

1.32.0版本的变化

• 在这个版本没有显著变化。

GenomicDataCommons

1.20.0版本的变化

新功能

• gdcdata有椭圆参数从遗留档案下载数据,例如,遗留= TRUE (# 84, @LiNk-NY)
• 失踪(丢失)和!失踪(不是失踪)操作实现过滤查询,看到小插图(# 96,@LiNk-NY)
• gdc-client版本可以在最后一次正确的版本上验证基于数据发布(# 99,@LiNk-NY)

Bug修复和小改进

• gdc_clinical使用readr: type_convert处理不一致的列类型的API。
• 基于新的数据更新示例文档和装饰图案

GenomicFeatures

1.48.0版本的变化

新功能

• 添加proteinToGenome()通用和方法。松散仿照ensembldb: proteinToGenome ()。

• 添加extendExonsIntoIntrons ()。

用户可见的明显变化

• 使用useEnsembl()而不是useMart尽可能()。

• makeTxDbFromGFF()和makeTxDbFromGRanges()现在“gene_segment”类型的识别和导入功能,“pseudogenic_gene_segment”、“antisense_RNA”、“three_prime_overlapping_ncrna”,或“vault_RNA”记录。注意,根据序列本体,“gene_segment”和“pseudogenic_gene_segment”条款并不通过后代的“成绩单”术语is_a关系,但我们仍然把他们当作如果他们因为什么运用GFF3文件中!

弃用,已经

• 添加警告FeatureDb-related功能不再积极维护。

• disjointExons()现在已经被弃用后在BioC 3.13。

GenomicRanges

1.48.0版本的变化

新功能

• 添加减去()减去一套基因组范围从一个农庄组织对象。这类似于bedtools减去。

• 添加“na。rm的论点makeGRangesFromDataFrame ()。

弃用,已经

• 删除GenomicRangesList()构造函数。这个构造函数有弃用BioC BioC 3.13中3.10和破产。

错误修复

• 确保启动子()作用于gpo对象。

GenomicScores

2.8.0版本的变化

用户可见的变化

• 支持添加到最新版本的3.1.2 gnomAD加数据,存储在包MafH5.gnomAD.v1.1.2.GRCh38。

错误修复

• 错误修复问题造成的无序输入基因组范围的宽度大于1,其结果是返回错误的秩序;参见https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues/18

• 错误修复当访问多个种群的分数HDF5后端存储。

GenomicSuperSignature

在版本1.4.0变化

• (错误修正)
  • findStudiesInCluster现在:单个元素集群返回正确的研究,而不是零
• (主要)
  • findStudiesInCluster:输出包括PC集群的参与研究和方差解释道。与studyTitle = FALSE,输出将会是一个数据帧,而不是一个特征向量。
  • subsetEnrichedPathways:新观点include_nes是补充道。如果它被设置真正的,输出将包括从GSEA NES。
  • getRAVInfo和getStudyInfo:两个新函数提取红光和研究的基本元数据,分别。
  • 我们描述红光与当前可用的难以解释的相关信息(可以找到更详细的bit . ly / RAVmodel_characterization)。以下功能,将任何输出包括红光defulat信息:meshTable,drawWordcloud,heatmapTable,validatedSignatures。你可以通过设置小睡filterMessage = FALSE
  • 新的所需参数RAVmodel下列功能:annotatePC,heatmapTable和validatedSignatures。
  • 新访问器版本可用来检查RAVmodel的版本吗
  • 新功能availableRAVmodel将输出的不同版本RAVmodels现在可供下载。
  • getModel现在需要一个新的函数参数,版本指定的版本RAVmodel下载。
• (小)
  • miniRAVmodel更新

GenProSeq

版本变化0.99.0 (2021-09-20)

• 提交Bioconductor

GeoDiff

1.1.2版本的变化

• 转移maintainership

  1.1.1版本的变化

• 改变默认值在fitNBth和NBthmDE包装器函数是一致的

  1.1.0版本的变化

• 接受Bioconductor

GeomxTools

2.99.2版本的变化

• 文档更新

  2.99.1版本的变化

• 文档更新

  2.1.9版本的变化

• 文档更新

  2.1.8版本的变化

• 子集中的对象测试&例子来减少时间

  2.1.7版本的变化

• 强迫修和SpatialExperiment S3胁迫

  2.1.6版本的变化

• 添加updateObject能力

  2.1.5版本的变化

新特性:

• 处理多个PKC对单个模块文件版本
• 只有共同探讨为每个模块将使用所有版本
• 默认行为最近PKC版本解决调查作业
• 用户可以覆盖默认的文件名指定版本

• 添加SystematicName和GeneID PKC的元数据

  2.1.4版本的变化

• 添加测试代码grubbs从弃用异常值方案

  2.1.3版本的变化

新特性:

• 允许蛋白质挥动实验数据阅读

• 新位置,分析物,添加到参考分析物类型

  2.1.2版本的变化

缺陷修正:

• 错误修复异常测试

  2.1.1版本的变化

新特性:

• 添加强制修和SpatialExperiment

  版本2.1.0的变化

• 从1.1.4没有变化

GEOquery

2.63.2版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

ggmanh

0.99.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

ggmsa

版本1.1.4的变化

更新光滑的方式上调用simplot (2022-01-03, Mon)

添加simplot平滑曲线。星期五(2021-12-17)

1.1.3版本的变化

固定的错误”posHighligthed”,把它改为snake_case camelCase“position_highlight”“posHighligthed”(2021-12-13, Mon)

1.1.2版本的变化

在第155行“seqlogo.R”固定作业的错误

1.1.1版本的变化

固定的错误:使用

而不是

在geom_msa.R 110行

ggtree

3.3.3版本的变化

• geom_striplab支持aes()()映射(2022-04-22,星期五,# 493)

• 出现。底参数中引入geom_hilight()允许高亮图层添加到最低层堆栈(2022-04-22,星期五,# 492)

  3.3.2版本的变化

• mv识别()方法来“ggfun”(2022-04-01,星期五)
• 更新identify.gg()来支持“ggplot”对象和+ xlim ()

• 人更新文件(2022-03-23,结婚,# 489)

  3.3.1版本的变化

• 使用布局图来可视化树(2021-12-10,星期五,# 460,# 461)
• igraph布局
• graphlayouts: https://cran.r-project.org/web/packages/graphlayouts/index.html
• scale_color_subtree和scale_colour_subtree颜色子树通过分类单元组信息(如cutree,或kmeans)(2021-12-01,结婚)
• na。值=“白色”msaplot()(2021-10-29,星期五)

ggtreeExtra

1.5.4版本的变化

• 设置自动定位参数,当它不提供和几何学参数。(2022-03-24,清华)

  1.5.3版本的变化

• 更新引用格式。星期五(2022-01-28)

  1.5.2版本的变化

• 进口geom_text,与do.call geom_fruit轴的使用。(2021-11-24,结婚)

  1.5.1版本的变化

• 更新参考范围的下限标准化推进的。星期五(2021-11-19)

GOSemSim

2.21.1版本的变化

• 避免在load_OrgDb eval-parse () (2022-01-10, Mon)

石墨

版本变化1.41.2 (2022-04-21)

• 更新所有路径数据。

GSVA

1.50版本的变化

错误修复

• 错误修复为https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/54强迫与常数表达式筛选基因的行为是一样的,不管你的推迟或non-delayed性质的数据容器。

哈曼

1.23.1版本的变化

• 代码的语法调整消除警告R的提高在以后的版本。

• 从10000年到30000年增加forceRand单元测试的迭代。这解决了偶尔由于抽样单元测试失败。

HDF5Array

1.24.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 改善内部的错误报告助手.h5openlocalfile ()

错误修复

• 确保updateObject()处理非常古老HDF5ArraySeed实例。

爱马仕

0.99.4版本的变化

• 纠正作者。

  0.99.2版本的变化

• 第一次公开发布的爱马仕包。
• 提交BioConductor。

杂项

• 新的效用函数cut_quantile切削数值向量分位数。
• 新的效用函数cat_with_newline连接用换行符和印刷。
• 新检查函数check_proportion检查一个比例。
• 更好的传说基因barplot和相关性的热图。

• 改进使用BioConductor风格装饰图案布局。

  0.1.1版本的变化

新功能

• 新功能draw_scatterplot产生散点图的两个基因或基因签名。
• 新功能的箱线图draw_boxplot基因表达值。
• 新功能draw_barplot barplots一分为二的基因表达数量为两个或三个百分位类别。
• 新的辅助函数wrap_in_mae包装一个SummarizedExperiment对象到一个美对象。
• 重命名的新方法,使重命名列构成了rowData colData以及试验的名称在现有SummarizedExperiment对象更容易,当转换成HermesData前一步。
• 拉普兰人新方法,允许用户应用一个函数在所有MultiAssayExperiment实验。
• 新方法isEmpty检查是否SummarizedExperiment对象是空的。
• 新基因筛选选项n_top calc_pca功能,它允许最大过滤基因变异在样本。
• 新的类GeneSpec规范的基因或基因签名,看到了什么? gene_spec对于简单的建设。包含的基因签名函数colPrinComp1和colMeanZscores补充标准列统计功能。
• 新助手函数col_data_with_genes提取样本变量保存在colData一起选择基因信息作为联合数据集。
• 新的辅助函数inner_join_cdisc与CDISC加入基因数据集。

错误修复

• normalize()现在还爱马仕包时不加载,即您可以使用它与爱马仕:正常化()。
• 关联()现在还当有因素变量的样本变量HermesData对象。
• add_quality_flags()并不再返回NA的技术故障标志的样品如果只有一个基因中包含的输入,而是一个向量的假来确保正确的下游功能。

杂项

• 使用新包引用更新执照和README。
• multi_assay_experiment现在包含HermesData实验中,不同的患者id,一个实验与归一化分析,和多个样本每个病人在一个实验中。
• 主要HermesData例子是现在保存在hermes_data包,和前面的summarized_experiment仍然可用。注意患者id已经改变了在新版本与multi_assay_experiment对齐。
• 构成了rowData和colData列重命名所需的更符合标准和使用小写snake-case名称。
• 注释查询和设置更灵活,它还允许查询比需要的注释。
• 基因开始和结束,而是基因外显子现在的总长度作为注释列的大小。相应的查询从BioMart用于返回这个基因的大小。
• df_char_to_factor已经弃用(和仍然可以使用警告),取而代之的是df_cols_to_factor,也把逻辑变量因素变量。

• 当提供SummarizedExperiment对象包含DelayedMatrix化验HermesData()构造函数,这些都是默默地转换为矩阵化验,确保下游功能。

  0.1.0版本的变化

• 第一次内部发布的爱马仕包,其中包含类、方法和函数进口,质量检查,过滤器,正常化,并分析RNAseq计数数据微分表达式。
• 爱马仕的继任者rnaseqTools R包。核心功能是建立在BioConductor生态系统,特别是SummarizedExperiment类。新用户应该首先开始通过阅读“介绍爱马仕”描述熟悉,爱马仕的概念。

新功能

• RNAseq计数数据导入到爱马仕格式做好了准备。
• 通过biomaRt从运用注释基因信息数据库。
• 增加质量控制(QC)标记基因和样本。
• 过滤数据集和子集。
• 正常计数。
• 产生描述性的情节。
• 进行主成分分析。
• 产生一个模板化QC限制型心肌病的报告。
• 执行差异表达分析。

HIBAG

1.32.0版本的变化

• 解决这个问题在Win32因为使用废弃的tbb:: task_scheduler_init

  1.30.2版本的变化

• 要求编译avx GCC > = v8.0 - 512 vpopcntdq intrinsic

• 修复hlaGDS2Geno ()当加载SeqArray GDS文件

HiCDCPlus

1.3.1版本的变化(2022-01-23)

• 固定的错误,防止TopDom上使用不同的窗口大小

hpar

1.37版本的变化

1.37.1版本的变化

• 21.0版本更新HPA < 2021-11-22我>

HPAStainR

1.4.1版本的变化(2021-11-23)

• 快速修复的

HPiP

变化的1.1.1版(2021-11-29)

• 更新了装饰图案的例子
• 添加集群检测算法

HubPub

1.3.0版本版本的变化(2021-11-24)

• 更新CreateAHubPackageVignette使用Azure代替AWS

• 更新AzureStor auth_header

idr2d

1.8.1版本的变化

• 添加网格进口

• 固定的引用

• 更新DOI

IgGeneUsage

1.9.3版本的变化(2022-03-31)

• 输入数据检查扩展

illuminaio

版本变化3.24.0 (2021-05-19)

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC 3.13 R (> = 4.0.3)。

  版本变化3.22.0 (2020-10-27)

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC 3.12 R (> = 4.0.0)。

  版本变化0.37.0 (2021-10-27)

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC R-devel 3.15。

imcRtools

版本变化1.1.9 (2022-04-19)

• 错误修复:patchDetection现在SpatialExperiment对象

• 修复版本

  版本变化1.1.8 (2022-04-03)

• 调整read_cpout函数最新的管道

  1.1.7版的变化(2022-03-30)

• readSCEfromTXT:只有在去年金属. txt文件中出现的名字

  1.1.6版本的变化(2022-01-12)

• Bug修复:正确索引图当阅读小羚羊数据

  1.1.5版本的变化(2022-01-07)

• 更具体的访问的金属标签

  改变版本1.1.4 (2021-12-23)

• 添加选项限制德劳内三角的邻居之间的最大距离

  改变版本1.1.3 (2021-12-15)

• 错误修复:交互数除以总数量的细胞为经典和补丁交互计算

  1.1.2版本的变化(2021-11-28)

• 所有辅助功能转移到单一的脚本

  变化的1.1.1版(2021-11-16)

• 现在testInteractions Bug修复:考虑所有可能的组合的细胞类型

immunoClust

1.27.6版本的变化

• 变化

  • 错误修复违约尺度

    1.27.5版本的变化

• 新功能

  • 默认比例为immunoMeta-objects

    1.27.4版本的变化

• 变化

  • 问题与immunoMeta-objects 1集群

    1.27.3版本的变化

• 变化
  • NA在FCS数据值固定的问题

  • 默认BD情节尺度从meta.process删除

    1.27.2版本的变化

• 变化

  • 类和参数信息添加到重量和μ方法

    1.27.1版本的变化

• 新功能
  • 添加方法对immunoClust-object细胞
  • 改善plot.immunoMeta
  • 对。样本选择events.immunoClust

infercnv

版本变化1.11.2 (2022-02-03)

• 排序时观察组名称存储索引的列表所以他们策划,使其更容易改变排序最后一图。

• 解决绘图错误在Windows上添加一个非空检查bitmapType选项之前检查它是防止错误相比。

• 修复一些组标签被切断在图的底部宽度

• 添加表达式稀疏矩阵格式的数据转换成稠密矩阵分裂引用在n组parallelDist不处理它们。

  1.11.1版本的变化(2021-11-08)

• 链接“plot_chr_scale”和“chr_lengths”选项从plot_cnv () ()。

• 添加参数k_obs_group plot_per_group,以便它可以适用于每一个后续的组织策划调用(如果需要的话)。

• 添加一个检查dynamic_resize plot_cnv当使用选项,增加的大小不能高过马克斯大小允许当使用开罗作为图形在Linux上的后端。如果是,将大小设置为最高允许。

• 更换所有调用与parallelDist dist () (num_threads)。(从@WalterMuskovic建议)

• 更新了代码运行莱顿集群能够处理大数据集(解决R没有长向量实现)和更有效率。

• 添加一个警告infercnv对象创建如果细胞的数量超过一半的设置在R科学记数法,因为它可能会导致一个问题在使用as.hclust (phylo_obj)莱顿subclustering一步。

• 更新plot_cnv处理稀疏矩阵方法和进口。

• 解决主要的热图画在某些情况下导致策划输出的字段。

• 修复方法相比,参数备份与R以下4.4.1的变化

  版本变化1.10.1 (2021-11-08)

• 修复缺失colnames subcluster信息时使用莱顿方法(add_to_seurat下游使用)。

• 解决“plot_per_group”处理与零infercnv对象聚类信息(主要是情节能够使用现有的结果但改变注释)。

InPAS

2.3.1版本的变化

• cata合并更改。

InteractiveComplexHeatmap

1.3.1版本的变化

• 取决于ComplexHeatmap的最近的一个版本。

• 当固定控制图标紧凑= TRUE。

• 加两列“row_label”和“column_label”的输出selectPosition (),selectArea (),selectByLabels ()。

• makeInteractiveComplexHeatmap ():添加两个新参数:show_cell_fun/show_layer_fun控制是否显示图形由cell_fun / layer_fun主要的热图。

• default_click_action ():数据显示三个零位。

• htShiny ():添加app_options论点。

InterCellar

版本变化2.2.0 (2022-04-06)

• 论文引用在README文件更新

感兴趣

1.20.0版本的变化

新功能

• 兴趣limitRanges参数()和interest.sequential()函数允许目标分析。它只加载地图的读取dfined坐标。

IRanges

2.30.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 像DataFrame S4Vectors包中定义的类,类SimpleDataFrameList CompressedDataFrameList SimpleSplitDataFrameList, CompressedSplitDataFrameList,现在虚拟。这就完成了更换DataFrame DFrame宣布2019年9月。参见://www.anjoumacpherson.com/help/course-materials/2019/BiocDevelForum/02-DataFrame.pdf

ISAnalytics

1.5.4版本的变化(2022-04-20)

重大变化

• ISAnalytics现在一个新的“动态var系统”,允许更多的灵活性在用户输入,查看专用的装饰图案与装饰图案(“workflow_start”,包=“ISAnalytics”)
• 综述了所有包功能与这个系统正常工作

新功能

• gene_frequency_fisher()是分析家族的一个新函数,允许确切概率法的计算假定值基因频率——fisher_scatterplot()相关联的绘图功能
• top_targeted_genes()的新函数分析家庭产生前n靶向基因数量的基础上
• NGSdataExplorer()是一个新实现闪亮的接口,允许数据的探索和策划
• 压缩的例子从包中取出包含大小。补偿,新generate_default_folder_structure()函数生成标准的文件夹结构方案中,已有的数据按需
• transform_columns()是一个新的效用函数,内部也使用其他导出功能,允许任意转换数据帧列上

微小的变化

• remove_collisions()现在有一个专门的参数来指定独立样本是如何确定的
• compute_near_integration_sites()现在有一个参数称为additional_agg_lambda()允许聚合附加列
• CIS_grubbs()现在信号refgenes表中如果有缺失的基因,最终返回df
• outlier_filter()现在可以用输入多个测试,并将它们与一个给定的逻辑。现在也生成一个HTML报告。
• 现在几个函数使用数据。表在引擎盖下面
• 地层含低于阈值的颜色现在可以设置在integration_alluvial_plot ()

错误修复

• 固定一个小虫子import_Vispa2_stats()函数失败当传递report_path = NULL
• 固定小问题circos_genomic_density()当试图使用pdf设备

弃用功能

• unzip_file_system()是由已经赞成generate_default_folder_structure ()

• cumulative_count_union()是弃用,其功能是搬到cumulative_is ()

  1.5.3(2022-01-13)更正版本的变化

微小的变化

• 添加参数fragmentEstimate_column和fragmentEstimate_threshold HSC_population_size_estimate ()。稍微修改过滤逻辑。

• 更新包标志和网站

  1.5.2版本的变化(2021-12-14)

新(小)

• 添加函数检查注释问题是矩阵

微小的变化

• 添加参数max_workers remove_collisions()函数
• 更新默认功能aggregate_metadata ()
• 添加注释部分进口矩阵问题报告

修复

• 固定小问题在内部文件系统一致性检查
• 固定小问题在内部调用import_Vispa2_stats从import_association_file () ()

• 添加安全计算共享remove_collisions():如果流程没有功能不停止

  1.5.1版本的变化(2021-10-28)

修复

• 尝试修复问题并行计算在Windows上绘图功能

iSEEu

1.7.1上版本的变化

• 修复bug造成.setCachedCommonInfo()缓存NULL值valid.rowdata.names DynamicMarkerTable面板而不是空的信息特征向量。

IsoformSwitchAnalyzeR

版本变化1.17.04 (2022-01-06)

• 更新类型:小。

• 固定1.17.03 bug

  版本变化1.17.03 (2022-01-06)

• 更新类型:小。

• 由于修正版本撞在稳定分支造成1.15 - > 1.17肿块。

• 固定的最后更新日期。

• 固定的问题使用pairwiseAlignment analyzeSwitchConsequences(),可能导致jaccard相似之处是有点错误的。

• 固定问题switchPlot和transcriptPlot成绩单的颜色是灰色而不是红色的。

• 更新IsoformSwitchAnalyzeR准备未来更新

  版本变化1.17.02 (2021-10-01)

• 更新类型:小。

• 各种错误信息更新

• 固定问题,importGTF()删除后可以seqLevel问题。

• addORFfromGTF()更新给更好的错误消息。

  版本变化1.17.01 (2021-09-01)

• 更新类型:小。

• 由于Bioconductor发布版本撞。

• 预滤器(现在)基因表达截止适用于两种情况下的整体平均水平。

• analyzePFAM()更新,以反映最近的更新tidyverse read_fwf函数。现在furhtermore更好区分利用分离和固定的文件。

karyoploteR

1.21.0版本的变化

错误修复

• 固定的错误定位染色体的名字在一些边界情况(github问题# 114)。

• kpAddLabels现在工作在放大区域(github问题# 112)。

烤肉串

1.29.1版本的变化

• 固定的c++代码使用新版本的Rcpp (STRICT_R_HEADERS执行)

• 更新url和必须(现在要求R > = 3.3.0版)

  1.29.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.15重击

花边

2.0版本的变化

• 实现一个更完整的框架。

• 动态用户界面的实现。

limma

3.52.0版本的变化

• 新功能readSampleInfoFromGEO ()。

• 允许趋势ebay()的参数指定一个一般的方差协变量。

• 更详细的检查和错误消息对象输入lmFit data.frame ()。

• 改善检查错误指定对比论点contrasts.fit ()。

lineagespot

版本变化0.99.0 (2021-09-21)

• 提交给Bioconductor

• 添加一个新闻文件跟踪包的变化

LinTInd

0.99.1版本的变化

修正

• IndelIdents()中定义的默认参数

• 取消不必要的阅读相关的包

  0.99.0版本的变化

初建

• 提交给Bioconductor

  0.0.0.9000版本的变化

新闻。md设置

• 添加新闻。医学博士创建与newsmd

maftools

2.12.00版本的变化

公元前(GitHub主分支/ 3.15 RC)

新功能

• gtMarkers、prepAscat prepAscat_t, segmentLogR提供接口与ASCAT拷贝数分析。
• plotMosdepth和plotMosdepth_t过程生成的输出Mosdepth和DNAcopy执行拷贝数分析
• cancerhotspotsAggr骨料cancerhotspots报告

增强

• 添加支持策划调整somaticInteractions假定值。问题:813
• 添加支持蛋白质结构BECN2问题:696

MAGeCKFlute

1.99.0版本的变化

• 避免下载参考文件

• 默认执行基于人类通路富集分析

MassSpecWavelet

版本变化1.61.3 (2022-04-05)

• 添加信号显示。与信号:取代sav.gol (): sgolayfilt ()。关闭# 2

• 小文件的改进

  版本变化1.61.2 (2022-04-04)

• 去掉xcms和caTools。这些都是伟大的包直接在MassSpecWavelet但我们不使用它们。

• 取代Sweave RMarkdown装饰图案和更新与BiocStyle风格

  版本变化1.61.1 (2022-04-01)

• 改变维护者塞吉奥轮胎式压路机
• 添加新闻。md文件
• 修复警告(错误R > = 4.2)当cwt()有一个矩阵小波参数
• 修复警告由于部分匹配的参数内类()
• 移动waveslim取决于显示
• 让所有调用包推荐合格(如sd - >数据::sd)
• 删除空的部分人/文件。
• 注册C例程

MatrixQCvis

版本变化1.3.8 (2022-04-12)

• 改变后的单元测试改变名称空间在1.3.7

  版本变化1.3.7 (2022-04-12)

• 改变名称空间module_measuredValues_missingValues.R

  1.3.6版的变化(2022-04-08)

• 设置内部参数(聚合氯化铝,batchColumn) normalizeAssay和batchCorrectionAssay时默认值的参数是NULL

  1.3.5版本的变化(2022-04-04)

• 修复错误消息在cvFeaturePlot更新包

  1.3.4版本的变化(2022-02-10)

• 更新后修复bug在hoeffDValues pivot_wider tidyr(1.2.0版)

  改变v1.3.3 (2022-01-25)

• 协调聚类方法在distShiny列/行

  1.3.2版本的变化(2021-12-09)

• 添加进口txt和xlsx maxQuant文件函数

• 改变舍入马赛克,情节显示更详细的数字

  1.3.1版本的变化(2021-12-01)

• 使用make.names特征向量和colnames (colData (se))功能的降维情节,漂移情节,ECDF情节,马赛克的阴谋,特征变量的直方图,颠覆阴谋

• 添加方法transformationAssay“日志”功能

• 添加函数spectronaut上传spectronaut文件

MBECS

0.99.13版本的变化

• 调整计算代码更简单的实现。

• 固定的变量排序LM-variance计算。

  0.99.12版本的变化

• 减少了数据集的大小在测试程序停止单元测试超时。

• 添加示例数据对象和报告功能。

  0.99.11版本的变化

• 清理仓库。

• GitHub Readme教程包括安装说明和简单的工作流。

  0.99.10版本的变化

• 添加BiocViews: ReportWriting、可视化、标准化和质量控制。

• 是“importFrom”ggplot2所有功能。

• 现在住在进口截面所需的包。

• 切换到“aes_string”删除绑定在情节功能可见。

• 包括局部变量闭嘴剩下的笔记。

• 移动的匹配。参数的选择功能。

• 从data-raw移动代码生成模型的虚拟数据到数据。R文件。

• 添加测试虚拟数据。

• 固定装饰图案中高亮显示。

• 固定在箱形图灰色问题。

  0.99.8版本的变化

• 包含消息文件中。

• 在装饰图案添加Bioconductor安装说明。

• 添加包手册页。

• lazyData设置为false。

• 添加URL和BugReports字段描述。

• 从建议删除bapred和交换包,因为他们不再需要。

• 也删除朋友包,但包括表引用,因为我使用台灯。

• 现在执行所需的所有包的依赖”而不是“建议”。

• 修订后的小插图内容、格式和拼写更方便用户体验。

• 固定测试百分比正常化PN-function进行实际测试。

• 预备考试报告现在检查如果clr / tss转换值计算之前存在。

• 报表名称/目录现在可以改变默认的用户。

• 报告功能包含在测试。

• 格式化代码遵守4空间缩进和80个字符宽度的要求。在大多数情况下。

• 包括生成虚拟数据的代码。

mbOmic

0.99.3版本的变化

更新主要类

• 删除mbSet S4类
• 添加设置虚拟类
• 添加bSet和mSet扩展设置类

添加新功能

• 添加函数来确定菌群。却能合成更多形成

模因

1.2.5版本的变化

• 固定误差时,触发ame_compare_heatmap_methods策划没有提供一组参数。

  变化在版本4

• 更新名称空间解决R CMD检查报告。

  改变版本1.2.3

• 固定一个缺陷在importTomTomXML tomtom列表列将包含缺失的数据如果tomtom运行使用多个数据库源作为输入。

  1.2.2版本的变化

• 固定一个bug runStreme导致在数据导入失败STREME版本> = 5.4.1之前

  这次1.2.1版本的变化

• 固定一个bug runStreme导致失败当使用BStringSetLists作为输入

meshr

版本2.0.2的变化

• 引用更新

metabCombiner

1.5.2版本的变化

• 错误修复在fit_model ():

  • rtx &而无参数问题解决

    1.5.1版本的变化

• 新功能updateTables ():
  • 用户更改combinedTable报告
  • 包含non-intersected特性
• 改变metabCombiner ():
  • 处理缺失的功能启用(即当使用update ())
  • 新参数“转嫁”
  • rtOrder参数错误修复
• 改变metabCombine ():
  • 新参数“联盟”和“转嫁”
• 改变fit_model / fit_gam () / fit_loess ():
  • 新的参数rtx &而无
• 改变batchCombine ():
  • 新参数“联盟”
  • 将多个(2或更多)数据集作为输入
  • 结束信息添加
• 改变labelRows () / reduceTable () / labelRowParam () / reduceTableParam ():
  • 新参数“useID”
  • “resolveConflicts”和“删除”设置为TRUE reduceTable ()
• 改变metabData对象:
  • “额外的”“列计数添加到显示()消息
• 包的功能更新来处理“0”

MetaboAnnotation

0.99版本的变化

0.99.15变化

• 强调查询和目标光谱validateMatchedSpectra不同颜色。
• 查询和/或目标SummarizedExperiment支持类型的匹配对象。
• MatchedSummarizedExperiment类移除。
• 查询和/或目标QFeatures支持类型的匹配对象。
• 支持SummarizedExperiment和QFeatures matchValues查询和目标参数。

0.99.14变化

• 改善validateMatchedSpectra plotly-based镜子情节。

0.99.13变化

• 解决问题matchedData不工作结果对象matchValues, Mz2MassParam matchValues, Mz2MassRtParam(问题# 69)。

0.99.12变化

• 更新plotly-based镜子validateMatchedSpectra情节。

0.99.11变化

• matchMz变成matchValues(问题# 65)。

0.99.10变化

• 为手动添加validateMatchedSpectra MatchedSpectra对象的检验和验证。

0.99.9变化

• 添加setBackend MatchedSpectra对象。

0.99.8变化

• 添加matchMz Mz2MassParam matchMz, Mz2MassRtParam。(问题# 56)。

0.99.7变化

• 添加公式匹配功能。

0.99.5变化

• 添加参数…plotSpectraMirror。
• “分数”的定义,“score_rt”改为查询之间的区别(标志)和目标分别m / z或保留时间。
• “ppm_error”成为错误没有信号。

0.99.4变化

• 添加错误匹配m / z(变量“ppm_error”)由matchMz返回匹配的对象。

0.99.3变化

• 地址Herve的言论。

  0.2版本的变化

0.2.11变化

• 修正计算的正确数量的行/列在plotSpectraMirror情节。

0.2.10变化

• 添加参数toleranceRt CompareSpectraParam使保留基于时间的预滤器(问题# 35)。

0.2.9变化

• 手动添加支持定义的加合物Mass2MzParam(问题# 41)。

0.2.8变化

• 添加参数THRESHFUN_REVERSE MatchForwardReverseParam允许正向和反向过滤结果分数(问题# 37)。

0.2.7变化

• 性能改善matchSpectra如果没有前兆m / z(问题# 38)使用过滤器。
• 报告的数量匹配matchSpectra山峰,MatchForwardReverseParam(问题# 36)。

改变0.2.6虽然只是

• 修复bug在matchSpectra错误地计算可接受的m / z差异如果容忍> 0(问题# 34)。修复提出了雨果Varet (@hvaret)。

0.2.5变化

• matchMz提高性能。
• 重命名queryColumn targetColumn queryColname和targetColname。

0.2.4变化

• 支持data.frame DataFrame matchMz矩阵。
• 添加addMatches和filterMatches功能。

0.2.3变化

• 在MatchedSpectra修复。

0.2.2变化

• 添加MatchedSummarizedExperiment。

0.2.1变化

• 重命名TargetMass2MzParam Mass2MzParam。

0.2.0变化

• 添加对匹配的支持对m / m / z z和m / z matchMz除了保留时间。

MetaboCoreUtils

1.3版本的变化

MetaboCoreUtils 1.3.8

• 支持重同位素countElements / pasteElements calculateMass(问题# 53)。

MetaboCoreUtils 1.3.7

• 修复bug containsElements函数(问题# 51)。

MetaboCoreUtils 1.3.6

• 添加函数Kendrick质量缺陷。

MetaboCoreUtils 1.3.5

• 添加缺失的单元测试。

MetaboCoreUtils 1.3.4

• 添加calculateMass函数。

MetaboCoreUtils 1.3.3

• 化学质量的矢量化版本的功能。

MetaboCoreUtils 1.3.2

• 函数转换迁移时间有效的流动性及其联用。

MetaboCoreUtils 1.3.1

• 添加同位素检测功能。

MetNet

版本变化1.13.2 (2022-03-04)

• 添加函数addSpectralSimilarity并允许添加一份相似矩阵(由沙尔茨Liesa贡献)

• 调整阈值的函数,结合能够处理一份相似(由沙尔茨Liesa贡献)

• 调整装饰图案变化带来的新功能addSpectralSimilarity(由沙尔茨Liesa贡献)

  版本变化1.13.1 (2022-02-11)

• 更新单元测试,如删除as.data.frame药物,为贝叶斯设置R = 1000

米娅

1.3版本的变化

• 名称的改变:testForExperimentCrossCorrelation testExperimentCrossCorrelation

• getExperimentCrossCorrelation:过滤禁用默认情况下,选择抑制警告

• 错误修复:taxonomyTree给错误如果类群是凝聚在最高水平(分类单元的名称不匹配)

• 错误修复:subsampleCounts错误如果没有找到样品后二次抽样

• 添加loadFromMetaphlan

• 重命名calculateUniFrac, calculateUniFrac

• 添加na。rm getTopTaxa功能选项

• 错误修复:makeTreeSEFromPseq -取向分析考虑

• 错误修复:getExperimentCrossCorrelation的“矩阵”命名同样”模式与特性

• 错误修复:getExperimentCrossCorrelation命名同样的正确计算相关性特性

• getExperimentCrossCorrelation getExperimentCrossAssociation化名

• getExperimentCrossAssociation:用户的功能支持,在模式= =表启用

• getExperimentCrossAssociation:增加保证金&搭配选择,算法的效率提高

miaViz

1.3版本的变化

• 错误修复绘图函数支持sparseMatrix和其他试验类型(2021-12-31)

微生物组

版本变化1.17.2 (2022-02-15)

• 错误修复错误在变换taxa_are_rows是错误的

• 合并microbiomeutilites功能
  • phyloseq槽转化成宠物猫
  • Combine_otu_tax加入otu_table tax_table
  • 从format_to_besthit合并add_besthit罚款调谐版本
  • 从phy_to_ldf合并psmelt2罚款调谐版本
  • 错误修复的规律变换方法

• 规律转换添加

  版本变化1.17.1 (2022-01-11)

• 固定错误plot_core

• bfratio函数删除

microbiomeMarker

1.1.2版本的变化

• 开发版本上Bioconductor
• 使用第三版testthat修复测试误差(使用expect_snapshot()而不是expect_known_ouput)。
• 添加两个新参数plot_heatmap () scale_by_row和annotation_col改善热图viaualization, # 52。
• 槽marker_table设置为NULL如果没有识别标志。
• 添加新的进口import_picrust2()函数从PICRUSt2进口预测功能表,和所有DA功能支持PICRUSt2输出数据。
• 在进化分枝图之间保持颜色一致的传奇人物和情节,# 42。

• 添加一个新论点clade_label_font_size plot_cladogram()来指定字体大小的进化枝标签,# 49。

  变化的1.1.1版(2020-03-07)

• 添加一个对位only_marker plot_cladogram指定是否只显示标记或进化分枝图中的所有功能。
• 修复一个缺陷在run_test_multiple_groups(),错误组名称丰富集团(2021-10-12,# 48)。
• 修复一个缺陷在plot_abundance()、错误var的效应大小marker_table (2021-10-17, # 47)。

MicrobiotaProcess

1.7.11版本的变化

• 添加mp_plot_diff_cladogram情节mp_diff_analysis的结果。(2022-04-19)

  1.7.10版本的变化

• 优化mp_aggregate_clade mp_balance_clade。(2022-04-13)

  1.7.9版本的变化

• 添加mp_cal_pd_metric计算相关的系统发育多样性度量。(2022-04-02)包括新名词,NTI, PD, PAE,哈哈,ea, IAC。
• 计算平衡分数加上mp_balance_clade内部节点根据其丰度提示节点。(2022-03-22)
• 添加extract_binary_offspring找到后代提示/内部所有类型参数()节点。(2022-03-17)
• 添加mp_aggregate_clade和mp_diff_clade计算和测试内部节点的丰富(微分信号)根据提示节点数量。(2022-03-16)
• 添加mp_select_as_tip和修复bug的mp_diff_analysis与特定的小费。水平(不是OTU)参数。(我2022-03-02)
• 新tidyr replace_na bug修复。星期五(2022-03-04)
• 更新mp_import_metaphlan更好地解析MetaPhlAn2的输出。星期五(2022-03-11)

• 更新tbl_df mp_cal_abundance返回包含样本数值类型的元数据。星期五(2022-03-11)

  1.7.8版本的变化

• 支持多个组名和支持数字类型.group mp_plot_alpha。(星期二,2022-02-15)
• 支持多个组名的.group mp_plot_abundance plot.group = TRUE。(我2022-02-14)

• 固定的宽度与几何学mp_plot_abundance =“flowbar”。(星期二,2022-02-01)

• 相关问题

  1.7.7版本的变化

• 修复bug lda的常数变量群体内部的大规模(2022-01-27,清华)

  1.7.6版本的变化

• 解决这个问题,包含k__或k__王国的分类信息,未知的注释在王国。星期五(2021-01-14)

• 添加mp_extract_taxatree和mp_extract_otutree mp_extract_tree(别名)。星期五(2022-01-14)

  1.7.5版本的变化

• 添加的信息不会在mp_cal_alpha整数。星期五(2021-12-31)
• 删除前丰度为零的特性差异识别不同的类群。(星期二,2021-12-28)
• 在mp_plot_abundance添加栏选项,默认flowbar,其他选项栏和热图
• 使用修正相对特征值在特征值负值。(我2021-12-27)
• 添加新的distmethod hopach。(我2021-12-27)
• 更新不需要phyloseq tax_table。(我2021-12-20)

• 更新mp_diff_analysis支持因素类型组。组指定)。(我2021-12-20)

  1.7.4版本的变化

• 更新taxatree < -之间的交叉和otutree < -这将提取的提示标签输入treedata和rownames MPSE。(星期二,2021-12-14)
• 添加分类<——MPSE分配分类信息,将自动转换为taxatree。(星期二,2021-12-14)
• 添加tax_table MPSE并返回taxonomyTable phyloseq中定义。(星期二,2021-12-14)

• 更新mp_import_metaphlan更好地解析MetaPhlAn2的输出。(星期二,2021-11-30)

  1.7.3版本的变化

• 更新“mp_plot_abundance”(2021-11-24,结婚)
• 支持的热图通过设置几何学。
• .group支持多个人物和.sec。集团在下一个版本将被删除。
• 更新mp_plot_diff_res(2021-11-23,星期二)
• 通过设置tree.type支持otutree和taxatree类。
• 支持多个布局类型的树通过设置布局。
• 支持调整面板和面板宽度之间的差距通过设置偏移量。abun pwidth。abun,抵消。effsize, pwidth.effsize
• 支持是否显示的相对丰度组而不是样本通过设置组。abun = TRUE或样品号> 50

• 添加mp_plot_diff_res可视化mp_diff_analysis的结果。(我2021-11-22)

  版本是1.7.2变化

• 加快mp_cal_abundance, mp_cal_venn和dtplyr mp_cal_upset。(2021-11-18,清华)
• 更新指南在mp_plot_ord ggside x轴的。(我2021-11-15)
• 更新mp_plot_abundance可视化分类的丰度高(底部)低(上)。(我2021-11-15)
• 支持多个注释行或关口的热图mp_plot_dist .group = c (group1, group2),并添加set_scale_theme调整规模或主题的热图的次要情节。(2021-11-10,结婚)
• 解决问题当删除分类信息的选择。(星期二,2021-11-09)
• 更新打印MPSE类。(星期二,2021-11-09)
• 更新otutree < -支持phylo类。(星期二,2021-11-09)
• 加快整合mp_cal_dist结果与行动=“添加”。(星期二,2021-11-09)

• 更新。MPSE biom类来支持元数据解析的样本。(星期二,2021-11-09)

  1.7.1上版本的变化

• 解决这个问题在使用过滤器只返回一个化验(nrow = 1)包含一个功能。星期五(2021-11-05)
• 修复的错误rownames < -当rownames MPSE是NULL。(2021-11-04,清华)
• 更新“消息”或“停止错误消息”当“丰富”不能稀薄一些功能,如mp_cal_alpha mp_cal_venn, mp_cal_upset, mp_cal_abundance mp_cal_NRT_NTI。星期五(2021-10-29)
• 介绍.sec。组参数来指定在mp_plot_abundance第二组的名字,如果是,将显示嵌套的方面。(星期二,2021-11-02)

miloR

1.3.1版本的变化(2022-01-07)

• 修复bug在findNhoodGroupMarkers合并基因标识明确
• 修复bug makeNhoods包括指数细胞nhoods()矩阵
• 介绍基于社区的定义——允许完全兼容graph-only批校正和图表由第三方工具
• 介绍基于空间罗斯福校正排除任何距离计算的必要性
• 添加小插图描述testNhoods对比的使用和应用
• 补丁修正SpatialFDR稀疏nhoods密度在哪里~ 0

mirTarRnaSeq

1.3.2版本的变化(2022-04-06)

• 建议海绵而不是进口

  1.3.1版本的变化(2022-03-26)

• 增加了对海绵的支持

mistyR

在版本1.4.0变化

• 发布版本3.15 Bioconductor。看到1.3.x变化。

  1.3版本的变化

• 从鲁汶转向莱顿社区检测算法(需要igraph > = 1.2.7)编写。
• 现在元模型建立了岭回归。拦截假定值不计算,向后兼容性的值设置为NA。
• 独特的价值简历折叠误差是降级警告。
• 前缀可以添加到生成的列名因数add_juxtaview add_paraview。这允许建模通过自己的juxtaview和paraview制造商表达。

• 错误修正。

  这次1.2.1版本的变化

• 固定一个分隔符的问题结果聚合和签名的一代,可能会导致问题变量名称包含“_”。

中长期规划

1.43.1版本的变化

• getGeneSets:添加“恒河”“物种”(只有‘GOBP’,‘GOMF’,‘GOCC’或‘KEGG’)

MobilityTransformR

0.99版本的变化

• 函数转换迁移时间有效的流动性及其联用。

• 提交给Bioconductor

蒙娜丽莎

1.1.2版本的变化

• 引用添加到生物信息学出版

  1.1.1版本的变化

• 添加链接到前印刷原稿biorXiv README.md
• 添加警告本(…,minAbsX = val)如果调整zero-bin减免从val偏离超过20%
• 添加plotMotifHeatmaps doPlot参数选择是否应该绘制的热图或生成并返回
• 添加许可证。md文件
• 扩大了蒙娜丽莎。限制型心肌病装饰图案与插图如何做一组二进制或单一主题浓缩分析
• 扩大在collineairty selecting_motifs_with_randLassoStabSel回归。限制型心肌病装饰图案和参数值的选择稳定的选择。
• 更新了results.binned_6mer_enrichment_LMRs。rds和results.binned_motif_enrichment_LMRs。rds文件存储在蒙娜丽莎的当前版本包下。

Motif2Site

0.99.5版本的变化

• 解决问题覆盖BiocStyle装饰图案

  0.99.4版本的变化

• 除去data.Rd例子

  0.99.3版本的变化

• 添加帮助页面data.Rd

  0.99.2版本的变化

• 使用BiocManager更新由Bioconductor readme安装说明
• 更新描述通过添加R > = 4.1的依赖
• 通过添加BugReports链接更新描述
• 更新描述通过改变lazyDate为假
• 更新小品文的修复拼写错误、抽象,和作者
• 更新小品文利用BiocStyle和保持代码在80行字符
• 提高编码风格
• 修复一些构建笔记

• 添加Motif2Site。采访一个完整的示例

  0.99.1版本的变化

• 所有HOX-mouse样品是FUR-Ecoli所取代的
• extdata文件夹大小是4 MB,大肠杆菌数据小得多
• 小插曲被大肠杆菌数据更新
• 例子被大肠杆菌更新数据
• 自述被大肠杆菌更新数据

• 构建时间已经大幅下降

  0.99.0版本的变化

• 的第一个版本Motif2Site Bioconductor提交

motifStack

1.39.4版本的变化

• 改变fontfamily从“mono,快递”到mono的小插曲。

  1.39.3版本的变化

• 添加importMatrix XMatrix格式。

  1.39.2版本的变化

• 接受尺度为轴标志当ic.scale是错误的。

  1.39.1版本的变化

• 接受用户定义轴的标志。

MouseFM

1.4.2版本的变化(2022-02-28)

• 引用了

  1.4.1版本的变化(2021-11-13)

• 设置biomaRt url GRCm38存档版本的兼容包

• 引用添加

MQmetrics

v1.3.3变化

• 删除未使用的依赖。

  1.3.2版本的变化

• 如果mqpar Reporthing固定修改。xml是礼物。

  1.3.1版本的变化

• 中值添加到PlotAndromedaScore ()。
• 删除小插曲的警告。
• 现在MQmetrics mqpar可以阅读。xml文件。这个必须位于同一目录合并后的文件夹。
• 报告所使用的线程的数量如果发现mqpar MaxQuant。xml文件。

msa

1.27.2版本的变化

• 应用补丁允许msa使用新的Windows UCRT工具链

  1.27.1版本的变化

• 解决问题的运行texi2dvi R 4.2.0 ();那些发生在包一些例子和装饰图案代码运行时检查

• 更新url和必须(现在要求R > = 3.3.0版)

• 固定msaConvert()函数现在工作与“猿”包的新版本(现在至少需要5.2版本)

  1.27.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.15重击

MSA2dist

版本变化0.99.3 (2022-03-18)

重大变化

小的改进和错误修正

• 修复RcppThread: LdFlags警告

  版本变化0.99.2 (2022-01-28)

重大变化

小的改进和错误修正

• 添加RcppThread:: ProgressBar

  版本变化0.99.1 (2022-01-27)

重大变化

• 版本号变成了0.99.2

小的改进和错误修正

• 改变URL链接描述

  版本变化0.99.0 (2021-12-22)

重大变化

• 版本号变成了0.99.1

• 改变名字从distSTRING MSA2dist

• 提交给Bioconductor

小的改进和错误修正

MsBackendMassbank

1.3版本的变化

1.3.5变化

• 添加参数列peaksData。

1.3.4的变化

• 从光谱导入和使用spectraVariableMapping方法。

1.3.3变化

• 评论映射到光谱变量。

1.3.2变化

• 除了使用单元测试的光谱包。
• 添加filterPrecursorMzValues和filterPrecursorMzRange。

1.3.1变化

• MsBackendMassbankSql扩展光谱::MsBackendCached重用,后端提供的通用缓存机制。

MsBackendMgf

1.3版本的变化

1.3.3变化

• 从光谱导入coreSpectraVariables。

1.3.2变化

• > = 1.5.8 spectraVariableMapping适应光谱版本。

1.3.1变化

• 运行附加单元测试适合光谱中定义。

MsBackendMsp

0.99版本的变化

0.99.4变化

• 从光谱导入coreSpectraVariables。

0.99.2变化

• 小更新和变化。

0.99.1变化

• 地址审核评论。

  0.98版本的变化

0.98.2变化

• 装饰图案。

0.98.1变化

• 提高出口支持多值字段和用户提供的映射方法。

0.98.0变化

• 添加额外的光谱变量映射。
• 从光谱包调用单元测试。

MsBackendRawFileReader

1.1版本的变化

• 光谱测试套件。

• 增加出口片段MGF出口在装饰图案文件。

• 添加.top_n峰值过滤器装饰图案中的示例文件列表。

• 添加测试用例比较.top_n与蛋白质组(n = 10)函数发现者软件v2.5工作流使用扫描9594。

• 改变rawrr依赖v1.3.5受益于单一同位素的mZ值。

MsCoreUtils

1.7版本的变化

MsCoreUtils 1.7.5

• 本收益函数参数returnMids选择是否本应返回的结果列表中点。

MsCoreUtils 1.7.4

• 修复ppm总是返回一个积极的价值(问题# 94)。

MsCoreUtils 1.7.3

• 添加引用。

MsCoreUtils 1.7.2

• 在默认情况下使用矩阵::colSums()来处理sparce“矩阵”和“矩阵”邻接矩阵。

MsCoreUtils 1.7.1上

• 新的aggregate_by_matrix(),使用邻接矩阵总定量功能。
• 设置colnames aggregate_by_matrix的输出()和aggregate_by_vector(),以确保这些总是设置在底层函数而不是答复。

MsCoreUtils 1.7.0

• 新Bioc猛击版本

MSnbase

2.21版本的变化

2.21.7变化

• 修复calculateFragments mz计算与电荷中性损失> 1(见发行573)。

2.21.6变化

• 允许不同方向的轴标签image2(见发行571)。

2.21.5变化

• 适应变化2.29.3 mzR版本。

2.21.4变化

• 为色谱和MChromatograms对象添加transformIntensity函数。

2.21.3变化

• 修复bug(问题# 561)。

2.21.2变化

• 在compareChromatograms修复bug,创建了一个非对称相似矩阵。

2.21.1变化

• 改变默认MSnbase快速加载变量:在macOS也设置为TRUE。

msPurity

1.21.2版本的变化

• 修复由于mz和强度在列mzR和XCMS命名

• 修复连接{基地}文件()开放变化(不再接受w + R v4.2功能)

• 更新测试上面

• 更新的参考grpid averageXFragSpectra功能更加明确(功能没有变化)

• 错误修复的装饰图案

  1.21.1版本的变化

• 错误修复为frag4feature XCMS 3兼容性https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/pull/93

• 删除不再使用的进口

MSstatsConvert

1.5.1版本的变化

• 固定与数据类型相关的bug。
• 固定的错误导致失踪TechReplicate列输出。
• 添加哲学家转换器。
• 添加MSstatsValidated对象的方法。

MSstatsTMT

2.2.7版本的变化(2022-02-18)

• 小改变:延长PhilosophertoMSstatsTMTFormat函数有多种类型的输入

  2.2.6版本的变化。(2022-02-14)

• 主要变化:添加PhilosophertoMSstatsTMTFormat函数作为转换器输出的哲学家

  2.2.5版本变化)(2021-10-25)

• 小更改:添加不同的点形状dataProcessPlotsTMT指标的估算值

  2.2.3版本的变化(2021-10-06)

• 小改变:当df修复bug。之前是无限的

MuData

0.99.0版本的变化

• 方案提交给Bioconductor

MultiAssayExperiment

1.22.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 添加数据(“miniACC”)删除延迟加载后的例子。
• 类定义原型为更清洁的可扩展性定义(@hpages # 306)。
• 医生和内部改进MultiAssayExperimentToMAF
• synAssay MultiAssayExperimentToMAF nonSynAssay现在需要准确测定的名字

multiHiCcompare

版本变化1.13.0 (2022-04-21)

• 新闻和描述版本相匹配

MungeSumstats

1.3.18版本的变化

新功能

• 现在可以处理一般的远程sumstats不仅内外加厚GWAS吗

• 更多的列标题的映射

  1.3.17版本的变化

新功能

• 列标题映射文件的清理,包括频率为主加器和添加新的空空的映射。

  1.3.15版本的变化

错误修复

• 处理情况下的多性状GWAS当P列存在单独的特征具体P值,这样当发生重命名没有两个P列。输入P列将被重新命名为“P_input”

• 问题“检查等位基因翻转”不是运行时sumstats都SNP IDs失踪,不正确的方向A1 / A2和影响列已经被修正了。

  1.3.14版本的变化

新功能

• liftover
• 现在导出功能。
• 添加参数为更多用户的灵活性。
• 使用GenomeInfoDb: mapGenomeBuilds标准化建设的名字。
• 警告用户映射时建立不匹配转换选项之一。
• 选择输出数据。表或农庄。
• 添加为出口单位测试版本。
• standardise_sumstats_column_headers_crossplatform
• 导出为standardise_header同时保持原始的函数名作为一个内部函数(调用相同的代码)。
• 为导出添加单元测试版本。
• 添加块*开始的装饰图案
• liftover教程
• “快速格式化”的标题和文件格式。

错误修复

• check_pos_se:删除额外的消息()调用字符串。
• check_signed_col:删除额外的消息()调用字符串。
• write_sumstats

• 添加额外的排序时tabix_index = TRUE因为这是tabix所需。

  1.3.13版本的变化

新功能

• 额外的映射对应
• A1, A2大写

错误修复

• 错误修复处理冠当indels SNP ID

  1.3.11版本的变化

新功能

• MungeSumstats现在可以更好地处理Indels。它将:
• 不是转嫁的RS ID Indel SNP
• 不删除Indel基于RS ID不出现在苏格兰民族党ref数据集。
• 不删除Indel如果它有相同的碱基对位置作为sumstats SNP。
• 现在可以处理vcf .vcf与扩展。.vcf.tsv tsv。广州和.vcf.tsv.bgz

错误修复

• 对于non-bi-allelic SNP运行,不再移除重复的单核苷酸多态性基于他们的碱基对的位置或RS ID。

  版本就开始变化

新功能

• 导出功能。添加示例和单元测试:
• compute_nsize
• standardise_sumstats_column_headers_crossplatform
• formatted_example
• 新观点:
• standardise_sumstats_column_headers_crossplatform:添加参数uppercase_unmapped允许用户指定他们想要做的列不能被映射到一个标准的名字大写(缺省为backcompatibility = TRUE)。添加参数return_list指定是否返回一个列表(默认)或只是data.table命名。
• formatted_example:添加参数格式化指定文件是否应该有其colnames标准化。添加参数排序指定的文件是否应该按坐标数据排序。添加参数return_list指定是否返回一个列表(默认)或只是data.table命名。
• codecode删除。yml _pkgdown。yml文件(不再需要)。
• 添加问题模板缺陷和功能的要求。
• .datatable补充道。意识到= TRUE .zzz作为额外的预防措施。
• vcf2df:记录参数。
• 由六角v2的贴纸:本月/十六进制/ hex.png

错误修复

• 再生gh-pages分支后,不小心删除了。
• 删除临时文件/文件夹。
• GitHub更新操作。
• 更新Dockerfile所以它不运行检查(这是现在照顾的GHA工作流)。
• 增加.Rbuildignore windows文件夹。

• to_GRanges。R和to_VRanges。R文件名小写与函数名一致。

  1.3.7版本的变化

错误修复

• 错误检查坏字符RSID固定

  1.3.6版的变化

新功能

• 列测试和标准错误现在可以估算。不过请注意,这归责是一个近似可能影响下游分析。谨慎使用。

  1.3.5版本的变化

错误修复

• 翻转的优势比修正(1 /或而不是1 *)

  1.3.4版本的变化

错误修复

• 下载链文件解决问题

  v1.3.3变化

新功能

• 更多的映射添加到默认的映射文件。

  1.3.2版本的变化

错误修复

• 以前rsids添加了字符(例如rs1234567w)会导致一个错误当检查rsid参考基因组。这是固定的,正确的rsid现在将估算参考基因组的这些情况。

  1.3.1版本的变化

新功能

• import_sumstats:为每个GWAS数据集创建个人文件夹,各自的日志文件夹,以避免在处理多个GWAS覆盖日志文件。
• parse_logs:新功能转换从一个或多个日志GWAS data.table。加上参数
• list_sumstats:新函数递归搜索本地汇总统计文件之前与MungeSumstats加上参数。
• 添加新的数据集本月/ extdata / MungeSumstats_log_msg。三种测试日志文件。
• list_sumstats和parse_logs添加单元测试。
• 增加了新的码头工人装饰图案。
• 更新使用r_workflows GHA工作流。
• 删除文档/文件夹的网站现在将自动推到gh-pages分支新GHA工作流。
• 在README文档更清晰和简洁。
• 添加检查假定值> 1或< 0通过args convert_large_p和convert_neg_p,分别。这些都是由新check_range_p_val内部函数,也报道的数量单核苷酸多态性找到满足这些标准控制台/日志。
• check_small_p_val记录哪些snp估算以更强劲的方式,通过记录的snp符合之前的标准变化(相对于推断这个信息从列是0后的变化)。这个功能现在只处理非负假定值,所以这行-假定值check_range_p_val步骤中可以单独记录/报告。
• check_small_p_val现在报道的snp数量< = 5 e - 324控制台/日志。
• 单元测试添加了check_range_p_val和check_small_p_val。
• parse_logs check_range_p_val报道和check_small_p_val现在可以提取信息。
• 新的内部函数logs_example提供方便地访问日志文件存储在本月/ extdata,和包括文档是如何创建的。
• check_range_p_val和check_small_p_val现在使用# ' @inheritParams format_sumstats改善文档的一致性。

错误修复

• 装饰图案的大小减少。
• 删除suppressWarnings尽可能的使用。
• 删除旧.Rproj文件和隐藏文件夹(包含大文件)。
• 配置.Rproj所以不存储大型数据文件。
• 修复獾问题:https://github.com/GuangchuangYu/badger/issues/34

• 防止test-index_tabix。R(现在)由于运行错误。

  1.3.0版本版本的变化

新功能

• 版本凹凸结合Bioconductor 3.14版本。

马斯喀特

1.9.3版本的变化

• 错误修复的pbd():样品w / o任何检测功能下降,否则磨边机:calcNormFactors lib.size 0时()失败

  1.8.1版本的变化

• bug修复在prepSim():删除与NA基因以前不会传播到色散系数估计

• 在test-resDR bug修复。R:设置“min_cells = 0”以确保一切都是被测试的,否则单元测试可能失败

mzR

2.29.4版本的变化

• 重新应用解决编译错误的叮当声Kurt Hornik关闭# 263

• 删除文本描述暗示坡道包装2.29.3 mzData移除

  2.29.3版本的变化

• 更新Proteowizard 3 _0_21263

• 坡道的后端,mzData阅读能力下降

• 头总是返回data.frame甚至单个扫描。

  2.29.2版本的变化

• 在构建文件清理

  2.29.1版本的变化

• Pwiz后端部分重写避免段错误macOS (https://github.com/sneumann/xcms/issues/422)。

NanoMethViz

version 2.2.0变化

• 添加的热图参数plot_gene (), plot_region()和plot_granges ()。这增加了read-heatmap阴谋。
• 添加cluster_regions k -均值聚类在桌子上()函数来执行基于甲基化的基因区域形象。
• 添加值平均方法的趋势plot_gene (), plot_region()和plot_granges ()。使用新的avg_method参数,这可以改变默认的意思。
• 添加filter_methy()函数来创建一个过滤甲基化文件。
• 添加region_methy_stats()来获得特定区域的甲基化平均分数。
• 添加methy_to_edger()直接转换包装methy_to_bsseq()和bsseq_to_edger ()。
• 添加面板参数plot_gene (), plot_region()和plot_granges()允许自定义颜色的调色板。
• 固定bsseq_to_edger()失败的区域参数时使用。
• 固定的热图不是呆在一个列中当两组以上。

NanoStringNCTools

1.3.1版本的变化(2022-01-12)

• 使信用社与创2.5兼容

  1.3.0版本版本的变化(2021-10-26)

• 初始Bioconductor猛击3.14版本

ndexr

1.17.0版本的变化

• 更新:使用RCX包处理网络。弃用功能:

• rcx_fromJSON:RCX: readJSON ()

• rcx_toJSON:RCX: toCX ()

• rcx_aspect_toJSON:rcx_aspect_toJSON

• rcx_new:RCX: createRCX ()

• rcx_asNewNetwork:RCX: createRCX ()

• rcx_updateMetaData:RCX: updateMetaData ()

• print.RCX:RCX: print.RCX ()

• rcx_toRCXgraph:RCX: toIgraph ()

• rcxgraph_toRCXRCX: fromIgraph ()

nnSVG

版本变化0.99.0 (2022-03-02)

• Bioconductor版本提交

NormalyzerDE

1.13.2版本的变化

• 固定leastRepCount设置为零的统计报告

nullranges

版本1.1.4的变化

• 需要下降0宽度在bootRanges修剪后的特性。

• 使得bootRanges有效性测试只寻找iter。

  1.1.1版本的变化

• 改变为bootRanges简化下游plyranges factor-Rle输出。

NxtIRFcore

变化的1.1.1版(2022-01-11)

• 错误修复NxtSE构造函数。

• 错误修复的一致性滤波器:以前一个“普通”过滤器,这样上游或下游过滤器引发数为0.5,而增加了1.0如果上/下游过滤器被触发。从1.1.1起,1.0添加上游或下游一致性滤波器时触发。

• 添加了两个新的基于注解的过滤器:终点站和ExclusiveMXE。看到了什么? NxtFilter细节

• 注释保留内含子国际扶轮是由任何由一个外显子内含子是完全重叠的任何记录。他们计算二进制事件,即PSI RI和特定拼接基因内区之间,也不考虑重叠拼接事件(不像红外事件,这对其他所有本构计算内含子)

  1.1.0版本的变化

• 初始释放重击Bioconductor 3.15

食人魔

0.99.8版本的变化

• 添加覆盖图

  0.99.6版本的变化

• 添加GUI

  0.99.5版本的变化

• 添加AnnotationHub支持

  0.99.4版本的变化

• 延迟加载为假

orthogene

1.1.5版本的变化

错误修复

• map_orthologs_babelgene
• 添加“坏”凭证检查肩扛。
• 添加use_old作为一个可选的参数,这样我就能切换到最近版本的babelgene:: orthologs_df如果需要。
• 在默认情况下使用内置babelgene更新::orthologs_df。
• 把错误如果试图映射两个非人类物种。
• 过滤器支持= = NA映射在默认情况下,不但是支持> = 2像babelgene默认情况下(即使babelgene:直接同源(min_support = 1)。
• 看到讨论的差异babelgene维护者:https://github.com/igordot/babelgene/issues/2

新功能

• aggregate_rows_delayedarray删除,因为它没有被使用,比其他方法更有效(这也兼容DelayedArray矩阵)。*新单元测试:
• load_data
• aggregate_mapped_genes(方法=“统计”)

• 稀疏

  版本1.1.4的变化

错误修复

• 删除source_all包括库调用。

  1.1.3版本的变化

新功能

• 更新GHA

错误修复

• 修复失败的基准测试。

  1.1.2版本的变化

错误修复

• convert_orthologs(方法= " babelgene ")现在基因映射来自all_genes_babelgene而是babelgene::直接同源(似乎不工作很好,尽管他是专门为了这个目的)。
• map_species:
• 避免多余地运行这个函数在多层嵌套其他的功能。
• common_species_names_dict现在返回默认“scientific_name”,而不是“taxonomy_id”
• 匹配map_species任何方法的方法是在函数中使用包装内,避免下降由于命名的物种差异。
• 添加“id”列(例如“celegans”)所有组织数据库,以提高它们的功能。
• 添加map_species_check_args。
• 确保正确method-specific output_format当物种传递给其他函数。

新功能

• plot_orthotree:自动绘制系统发育树的1:1直接同源报告注解。包括几个子功能:
• prepare_tree(出口):阅读、修剪和标准化系统发育树。
• gather_images(内部):更强大的方式来查找和导入有效phylopic剪影。将公关请求rphylopic和ggimage / ggtree包括此功能。
• 对report_orthologs添加单元测试,尤其是当方法=“babelgene”。
• GitHub的行动:
• 合并两个GHA工作流到一个,templateR的实现。
• 添加引用信息README。

• 保存all_genes_babelgene直接同源数据orthogene-specific缓存而不是tempdir避免重新下载每个R会话。

  1.1.1版本的变化

错误修复

• 使GHA较少依赖硬编码的R / bioc版本。

  1.1.0版本的变化

新功能

• 现在Bioconductor 3.14版本。
• 码头工人容器自动构建和推动通过GitHub DockerHub行动。
• Dockerfile构建并检查任何R包提供有效的铁砧。
• 凹口检查和通过GitHub Bioc检查运行操作。
• 添加文档使用集装箱码头工人README。
• 文档网站现在自动构建通过GitHub的行动。
• 代码覆盖率测试自动运行并通过GitHub上传操作。

PanomiR

0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

pareg

版本变化0.99.22 (2022-02-18)

• 提交给Bioconductor

pcaExplorer

2.22.0版本的变化

其他的笔记

• get_annotation_orgdb()获得一个额外的参数,key_for_genenames,默认为“象征”。这应该不会改变的行为函数,如果未指定,但适应使用注释包的信息(如org.Sc.sgd编码不同。数据库的信息都包含在“开放”专栏)

错误修复

• pcaplot正确返回值解释方差的百分比,这是正确的显示在图而不是作为他们应该存储在属性槽

peakPantheR

1.9.2版本的变化(2022-04-18)

• (使用GUI的修正和改进bslib)

  版本变化1.9.1 (2021-12-18)

• BiocCheck格式更新

pengls

1.1.2版本的变化

• 允许罚款。因素是用户提供的

  1.1.1版本的变化

• 同样适用空间校正拦截

phantasus

1.15.7版本的变化

• 在统计元数据使用相对路径

  1.15.5版本的变化

• 修复windows-related错误在测试中

  1.15.3版本的变化

• 的重大返工RNA-seq计数的支持外部hdf5文件(如ARCHS4)

• 纠正打字错误

  1.15.1版本的变化

• 选项来忽略基因转换之前版本id(比如在运用)

• 注释是trasnmitted型信息,许多bug修复

PhIPData

改变v1.3.3 (2022-02-04)

• 转换为使用BiocFileCache用于存储别名和肽库。

  1.3.2版本的变化(2022-02-02)

• 纠正错误的样品名称错误。

• 改变了paste0 ()调用file.path ()调用。

PhosR

1.5.1版本的变化

• 开发版

  1.4.1版本的变化

• 在PCA区域方差Bug修复

PhyloProfile

版本1.8.6的变化

• 选择识别序列来源

  于版本1.8.5变化

• 添加函数导出的情节设置

  1.8.4版本的变化

• 固定的错误阅读taxonNamesReduced。三种,其中包含“#”

• 添加函数导入和导出分类数据库

  1.8.3版本的变化

• 固定的错误比较函数组

  1.8.2版本的变化

• 固定负载集群的配置文件

  1.8.1版本的变化

• 不显示链接包含了智能领域,反之亦然

Pigengene

版本变化1.21.40 (2022-04-15)

现有功能的变化

• 从hu.mouse Habil改变默认值(主机= " useast.ensembl.org ",…) hu.mouse(主机= " www.ensembl.org ",…),以防止Bioconductor检查错误。

  版本变化1.21.36 (2021-11-16)

现有功能的变化

• Habil doReturNetworks参数添加到one.step.pigengene ()。

  版本变化1.21.34 (2021-11-12)

现有功能的变化

• determine.modules Habil更名为identify.modules () ()。

  版本变化1.21.30 (2021-11-12)

新功能

• Neda出口identify.modules (), make.filter(),和apply.filter()函数。

plotgardener

1.1.18版本的变化

新功能

• hicTriangles和hicRectangles现在可以注释与annoDomains或annoPixels翻转。

  1.1.17版本的变化

新功能

• plotIdeogram现在可以接受自定义颜色填充参数。颜色可以指定一个命名的或无名的向量。看到这污渍被指定颜色,看起来在表意文字对象。

  1.1.16版本的变化

错误修复

• ENTREZ id获得AnnotationDbi: select () ENTREZID列的子集只是在确定违约基因优先事项,消除dplyr不兼容的类型错误。

• +和负链基因的名字标签解析plotGenes现在只有一个非零数字进行链的基因。

  1.1.15版本的变化

• 引用相关生物信息学plotgardener出版。

  1.1.14版本的变化

错误修复

• plotSignal yrange解析为负的成绩现在有固定的错误在第418行“score2”“分数”。

  1.1.13版本的变化

错误修复

• plotSignal默认yrange解析现在抓住无效0,0范围,不再把视点相关的错误。

  1.1.12版本的变化

错误修复

• readHic和功能相关的阅读.hic文件现在离开染色体输入格式(例如“chr1”和“1”)。函数将抛出一个错误如果没有找到输入染色体在染色体中列出.hic文件。

  1.1.11版本的变化

错误修复

• plotHicRectangle annoDomains坐标固定。
• 剪裁逻辑plotPairsArches现在剪辑拱门左边和右边的阴谋。
• 固定匹配plotPairsArches构造子集plotPairs逻辑。

新功能

• 夹。noAnchors参数plotPairsArches允许包含或拱的剪裁,没有锚在给定的基因组区域。
• plotPairsArches现在允许输入指定archHeights列名。

聚酯

1.99.3版本的变化

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

  1.99.2版本的变化

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

POMA

1.5.16版本的变化

• MSnbase:: MSnSet类SummarizedExperiment阶级所取代
• 颜色范围为所有情节设置为冬青(没有黄色)
• 所有输出表作为宠物猫而不是矩阵或data.frame提供
• 允许用户选择特定的协变量和它们的位置PomaLimma(重要性)模型,PomaUnivariate(方法=“方差分析”),和PomaOddsRatio
• 添加SD PomaUnivariate输出表
• 减少依赖
• 更新小插曲
• 更新文档
• 其他一些主要和次要的改进
• 一些小错误和拼写错误修复
• 在PCA加载新的“阴谋”
• 计算假定值并在PomaCorr罗斯福

preciseTAD

版本变化1.5.0 (2022-04-21)

• 新闻和描述版本相匹配

后代

的变化版本2020-10-14 (2020-10-14)

• 模型矩阵不是访问的本地和全球环境

  的变化版本2020-09-01 (2020-09-01)

• 固定问题rownames当使用后代与排列的功能

  的变化版本2020-06-09 (2020-06-09)

• 网站:谷歌分析

  的变化版本2020-04-27 (2020-04-27)

• 后代网站开发

重大更新以下要点:

• 添加鼠标模型中包含14通路矩阵

• 人类的模型矩阵扩展到14通路

• 增加了以下功能:progenyPerm progenyScatter, progenySavePlots getModel

• 添加测试和测试数据

• 添加的小插图使用的后代单细胞RNA-seq数据

• 处理修对象添加功能

pRolocGUI

2.5版本的变化

2.5.4版本的变化

• 固定的问题# 108通过移除scrollX DT包中的已知问题

2.5.3版本的变化

• 更新的自述

2.5.2版本的变化

2.5.1版本的变化

• 解决# 109错误在pRolocVis“标记”从fvarLabels失踪
• fontawesome弃用开关齿轮侧栏
• 修复错误的颜色菜单# 110由于从shinyWidgets更改类名checkboxGroupButtons checkbox-group-buttons

2.5.0版本的变化

• 新版本Bioc

ProteoDisco

1.1.3版本的变化

• 添加引用的手稿。

protGear

版本变化0.99.546 (2022-03-25)

• 更新的应用程序路径

• 添加Bioconductor安装的应用程序

  版本变化0.99.545 (2022-03-23)

• 新闻更新文件

• 其他非Bioconductor文件删除

  版本变化0.99.544 (2022-03-17)

• 删除非Bioconductor文件
• 建议添加描述
• 更新4.2 R要求

• 添加了数据文档

  版本变化0.99.543 (2022-02-14)

• 报Bioconductor审查

  版本变化0.99.55 (2022-04-08)

• 装饰图案。R和csv文件

  版本变化0.99.1 (2021-12-15)

• 提交给Bioconductor

ProtGenerics

1.27.1版本的变化

• 添加addProcessing通用的< 2022-01-04 >星期二

• 添加新的adjacencyMatrix通用的< 2021-12-11 >坐

  1.27.0版本的变化

• 新Bioc猛击版本

psichomics

1.20.2版本的变化

• 错误修正:修正limma-trend方法在使用新版本的limma计算平均基因表达

  1.20.1版本的变化

• 错误修复:允许执行一次后进行相关分析

PSMatch

0.99版本的变化

0.99.5变化

• 修复calculateFragments mz计算与电荷中性损失> 1(573年从MSnbase移植——看到问题)。

0.99.4变化

• 设置种子ConnectedComponents单元测试集群后停止随机误差。

0.99.3变化

• 修复bug在describePeptides()(关闭# 11)。

0.99.2变化

• 描述ConnectedComponents()返回值。
• 添加/更新安装说明。

0.99.1变化

• 修复错误和改进文档。

0.99.0变化

• 包准备Bioconductor提交。

PureCN

version 2.2.0变化

新功能

• 添加块参数覆盖。R和calculateBamCoverageByInterval减少内存使用量(# 218)

用户可见的明显变化

• 当基质量分数已被发现,他们现在用来计算最小数量的支持读取(而不是假设默认BQ 30)。默认情况下BQ限制在50和变异,25岁以下忽略。设置min.supporting。读到0关闭这个(# 206)。

• 更健壮的间隔与基因的注释符号

• 删除没有出现在着丝粒染色体农庄对象;有用的移除altcontigs以某种方式呈现(不应该发生在间隔由IntervalFile.R)

修正

• 固定的问题老R版本因素没有转化为字符串,导致数字而不是基因符号

• 解决崩溃时没有不相干的读取非目标区域(# 209)。

• 固定的基质量分数在Mutect 2.2解析

• 固定在GenomicsDB解析时没有变异叠连群(# 225)

QDNAseq

版本变化1.31.0 (2021-10-27)

释放

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前BioC R-devel 3.15。

QFeatures

1.5版本的变化

QFeatures 1.5.2

• 解决办法:实现一个updateObject为QFeatures对象()方法。

QFeatures 1.5.1

• 文档使用肽/蛋白在aggregateFeatures邻接矩阵()和新adjacencyMatrix()访问器。

QFeatures 1.5.0

• 新的重击版本(Bioc 3.15)

qmtools

版本变化0.99.3 (2022-04-12)

• 包已被接受

• README.md更新安装指令

  版本变化0.99.2 (2022-04-11)

• 更新包文件应对第二轮Bioconductor审查

  版本变化0.99.1 (2022-03-17)

• 改名为包“qmtools”

• 了重大变化总体根据Bioconductor审查

• 添加了removeFeatures从数据功能来过滤不提供信息的特性

• 添加了clusterFeatures函数来确定一组功能相同的原始化合物

  版本变化0.99.0 (2022-01-03)

• 提交给Bioconductor(以前的包命名为“府绸”)

qpgraph

2.30版本的变化

错误修复

• 固定名称空间问题

• 固定电话一些Fortran LAPACK函数符合写作R扩展§6.6.1

qPLEXanalyzer

1.13.2版本的变化

• 固定导= FALSE指导= "没有"。

  1.13.1版本的变化

• 固定在computeDiffStats bug。

qsea

1.21.2版本的变化

• 上限增加浓缩模型,允许更高的浓缩与CpG密度的增加。(Github公关# 9)

  1.21.1版本的变化

• 修正:

  • makeTable用一个窗口(github公关# 8)

qsvaR

0.99.0版本的变化

新功能

• 这是第二次迭代的初始版本qSVA框架,这是最初被Jaffe et al, PNAS 2017 https://doi.org/10.1073/pnas.1617384114。

Qtlizer

版本变化1.8.1 (2022-02-28)

• 引用了

RAREsim

0.99.4版本的变化

• 固定格式的afs_afr和nvariant_afr数据

  0.99.3版本的变化

• 固定的“安装包”的故事

  0.99.2版本的变化

• 重新格式化装饰图案

• 解决BiocCheck笔记

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

rawrr

变化在1.3版本中(2022-03-19)

• 添加准系统模式para readSpectrum # 43。

• 在帮助页面添加rawrr名称空间。

• 添加“单一同位素的M / Z:“从TrailerExtraHeaderInformation列rawrr:: readIndex函数。

Rbwa

1.0.0版本的变化

• 新包Rbwa R BWA对准器包装器

RcisTarget

1.15版本的变化

• 新功能:showLogo()主题浓缩表显示为HTML。

• 解决maxRank检查:现在考虑数据库中的基因/区域数量。

RCM

1.11.3版本的变化

• 无约束的模型:适合功能模型,gram - schmidt使正交化和中心之后,而不是使用拉格朗日乘数法和巨大的雅可比矩阵。这将使用更少的内存和速度计算,但可能会略有不同的解决方案。没有变化的约束模型。

  1.11.2版本的变化

• 显式导入数据::模型。矩阵,和only load necessary VGAM functions

  1.11.0版本的变化

• 添加FAQ部分装饰图案与第一频繁问题没有显示数量的样品。
• 固定的错误块数据缺失值,并添加测试。

Rcpi

版本变化1.31.1 (2022-04-25)

改进

• 固定一个构建错误在macOS猛击分公司由于依赖不可用。

RCy3

2.16.0版本的变化

• 快selectAll *功能

• 添加一个新的装饰图案与RCy3关于云的笔记本电脑

• 医生修复:
  • 亮度/对比度冲突文档,# 172
  • 冲突的不透明度文档,# 173
  • updateAnnotationText清理,# 177
• 新功能:
  • createView
  • selectAll
• 缺陷修正:
  • addAnnotationShape customShape只能添加矩形,# 160
  • setEdgeLineWidthMapping问题,# 164
  • openAppStore函数打开Cytoscape App Store 404网页,# 169
  • groupAnnotation清理,# 175

ReactomeGSA

版本变化1.9.1 (2021-11-05)

• 调整默认罗斯福阈值在“plot_heatmap”比赛中其他功能。

recountmethylation

1.5.1版本的变化

• 增加质量控制功能BeadArray指标和日志M / U信号

• 添加数据和访问器函数可交叉反应的论文认定

• 增加了装饰图案与pwrEWAS展示如何做动力分析

• 增加了装饰图案显示如何使用闪光/ EPISTRUCTURE推断基因血统

• 增加了装饰图案展示如何做最近的邻居搜索使用搜索索引

• 增加了散列函数特性,搜索索引构建和资讯搜索

红色的

2.0.0版本的变化

• 用户界面的主要升级。

rgoslin

0.99版本的变化

请注意,这个Bioconductor版本是基于Goslin 2.0.0版本。看到Goslin存储库获取详情。

0.99.1变化

• 列名在返回的数据帧解析*方法现在使用列名用点代替空间。这使它更容易使用列名非上市R在其他表达式。
• 现在所有解析*方法返回数据帧。
• 列的消息被添加到捕获消息解析器。如果解析成功,这将包含NA和规范化。名字将包含标准化的脂质速记的名字。
• 解析器实现已经更新,以反映最新的脂质速记术语的变化。请参阅Goslin存储库获取详情。
• 异常的c++库的一部分被警告在r .但是,如果你解析多个脂类名称,不会停止解析过程异常。

rgsepd

1.27版本的变化

• 库(hash)是在2022年,所以我们需要更换,与原生4.2 R环境功能。不影响用户。

rhdf5

2.40.0版本的变化

新功能

• 添加H5R函数处理对象和数据集区域引用。

• HDF5的n位滤波器通过功能被启用H5Pset_nbit ()。这可以结合H5Tset_precision()压缩整数和浮点数据集。

变化

• 参数的cset h5createAttribute()和h5writeAttribute()已被弃用。应该使用“编码”的论点。这样可以确保一致性和h5create()和h5write ()。

错误修复

• h5createDataset的文档编码的参数()和h5writeDataset()表示“utf - 8”是一个有效的选择,然而这将产生一个错误。这个已经被修正了。(感谢@ilia-kats识别,https://github.com/grimbough/rhdf5/pull/101)

• 修复未初始化值中使用的C代码底层h5dump()可能导致崩溃。

• 解决问题h5dump()和h5ls()错误地宣布有重复的组织与外部链接文件使用时(感谢@acope3报告,https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/107)。

Rhdf5lib

1.18版本的变化

新功能

• 包现在包括预编译库为Windows建立UCRT工具链的r - 4.2

• 交换LIBAEC SZIP捆绑的版本。这反映了官方HDF5集团发布。

• HDF5配置选项“-disable-sharedlib-rpath”现在暴露在包安装(由于本·富尔顿@benfulton https://github.com/grimbough/Rhdf5lib/pull/39)

Rhtslib

1.28.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 承认站点范围内的或指定的Makevars文件如果存在。

RiboDiPA

1.3.1版本的变化

• 函数可视化跟踪通过基因组浏览器igvr补充道

• 函数导出ribo-seq跟踪外部基因组浏览器补充道

ribosomeProfilingQC

1.7.1上版本的变化

• 出口readLen estimatePsite。

RMassBank

3.5.1版本的变化

• 切换到使用mzML文件后的小插图mzR支持mzData下降

RnaSeqSampleSize

2.5.1版本的变化(2021-12-02)

新功能

• 支持定义两组之间的样本量的比例参数k

错误修复

• 在装饰图案改变网站的URL

• 没有运行一些示例代码

RnBeads

2.13.2版本的变化

• 支持RefFreeEWAS,自包不支持了

RolDE

0.99.4版本的变化

• 更新版本依赖4.2.0 R。

  0.99.3版本的变化

• 在装饰图案添加Bioconductor安装说明。

• 固定的一些相关的bug在诉0.99.2改变编码实践

  0.99.2版本的变化

• 添加一个新闻文件。

• 添加Bioconductor README安装说明。

• 单独的许可证文件删除。使用GPL-3执照。

• 添加信息包括数据集。

• 添加小插图的目录。

• 更新了RolDE主要功能文档。

• 改进的编码实践匹配更多Bioconductor风格。

  0.99.1版本的变化

• 提交Bioconductor。

的方式

2.23版本的变化

2.23.2版本的变化

• 删除失败CVParams()例子

2.23.1版本的变化

• 不显示空termDesc (trm)的故事。

2.23.0版本的变化

• 新的重击版本

ropls

1.27.8版本的变化

次要的修改

• 小装饰图案校正

  1.27.6版本的变化

次要的修改

• 小装饰图案校正

  1.27.4版本的变化

次要的修改

• 小插曲更新

  1.27.2版本的变化

次要的修改

• 小文档更新

rpx

tripwire版本的变化

rpx 2.3.3

• 不要跑高速缓存的例子,它回答的骄傲,失败往往在所有系统上测试通过。

2.3.2 rpx

• 提供修复骄傲迁移和注释差异(见问题# 17)。此修复但是会导致重新下载一些缓存文件由于不同的url。修复可能只是暂时的,基于如果/骄傲将如何解决他们的矛盾。

rpx 2.3.1

• 正确使用BiocFileCache:: bfcrpath rpath,无论绝对或相对。

rpx tripwire

• 新bioconductor猛击分支

rrvgo

1.7.1上版本的变化

• 反对org.Pf.plasmo.db

Rsubread

2.10.0版本的变化

• mm39添加内置RefSeq注释(老鼠基因组构建39)。

• Streamlined cellCounts映射和计算过程。

• 增加了对处理的支持在cellCounts dual-index 10 x数据。

rWikiPathways

1.16.0版本的变化

• HTTPS更新

• 更新装饰图案包括新的clusterProfiler函数

S4Vectors

0.34.0版本的变化

新功能

• 实现subassignment TransposedDataFrame对象。

用户可见的明显变化

• DataFrame现在是虚拟类!这就完成了更换DataFrame DFrame宣布2019年9月。参见://www.anjoumacpherson.com/help/course-materials/2019/BiocDevelForum/02-DataFrame.pdf

错误修复

• 避免假警报当DataFrame DataFrameList()提供。

• 修复bug combineRows (DataFrame (), DataFrame (ref = IRanges (1:2, 10)))。

• 修复TransposedDataFrame对象的显示有超过11行。

• 修复isEmpty()普通列表和衍生品。

• 修复处理嵌套DataFrames combineUniqueCols ()。

• 确保内部辅助lowestListElementClass()不失去“包”属性返回的类(修复问题# 103)。

土星

1.3.1版本的变化

• 错误修复:允许符合错误传播NA结果(由@jgilis github问题15)
• Bug修复:正确处理与空因素水平实验设计(由@XueyiDong github问题16)
• Bug修复:识别记录,是唯一表示一组基因和NA结果的记录(由@jgilis github问题17)
• 错误修复:处理极端的z得分与diagplot2 testDTU选项
• 增强:plotDTU现在允许sparseMatrix输入

SCArray

在版本1.4.0变化

• 新功能scMEX2GDS ()和scHDF2GDS ()

  这次1.2.1版本的变化

• 新概述。限制型心肌病的小插曲

嘘

1.24.0版本的变化

• 删除扩散映射函数依赖的命运。

• 添加点。填充,迫使args plotReducedDim;传递给geom_text_repel。

• 添加警告未使用use_dimred runTSNE论点。

scDblFinder

版本变化1.9.11 (2022-04-16)

• 大的资讯大小固定

  1.9.9版本的变化

• 改进的护身符重新

• 添加clamulet和scATAC装饰图案

  版本变化1.9.1 (2021-11-02)

• 重新添加scATAC-seq护身符的方法

scPCA

版本变化1.9.1 (2022-01-19)

• 更新版权年
• 更新引文信息

scTensor

2.4.1版本的变化

• 一个装饰图案修改。

sechm

1.3.1版本的变化(2022-04-15)

• 固定的几个错误

• 更好地支持默认参数

• 被弃用参数

• 添加meltSE

seqArchR

0.99.339版本的变化

• seqArchR Bioconductor上可用

  0.99.0版本的变化

新功能

• 现在viz_seqs_acgt_mat()函数可以通过新的参数add_legend和use_legend添加一个传奇。
• 包名称改变archR seqArchR

突发的变化

• (面向用户)函数名archR_set_config()改为set_config ()
• (面向用户)函数名viz_seqs_acgt_mat_from_seqs()改为viz_seqs_acgt_mat ()
• (面向用户)runArchRUI()函数,推出了一个闪亮的应用程序移动到一个不同的包在未来出现

SeqArray

1.36.0版本的变化

新功能

• 新功能seqUnitCreate (),seqUnitSubset ()和seqUnitMerge ()

• 新功能seqFilterPush ()和seqFilterPop ()

• 新功能seqGet2bGeno ()和seqGetAF_AC_Missing ()

• 新功能seqGetData (“dosage_sp美元”)稀疏矩阵的剂量

• 第一个参数“gdsfile”可以是一个文件的名字seqAlleleFreq (),seqAlleleCount (),seqMissing ()

• 新功能seqMulticoreSetup ()设置一个多核集群根据数值分配给“并行”的论点

公用事业公司

• 允许打开一个文件复制GDS (allow.duplicate = TRUE)当输入一个文件名,而不是在GDS对象seqGDS2VCF (),seqGDS2SNP (),seqGDS2BED (),seqVCF2GDS (),seqSummary (),seqCheck ()和seqMerge ()

• 删除过时的。进步的seqMissing (),seqAlleleCount ()和seqAlleleFreq ()

• 添加summary.SeqUnitListClass ()

• 没有基因型和相位数据节点seqSNP2GDS ()如果SNP剂量GDS是输入

错误修复

• seqUnitApply ()正常工作与选定的样本是否non-fork集群“并行”

• seqVCF2GDS ()和seqVCF_Header ()正常工作如果VCF头白色空间

• seqGDS2BED ()与选定的样本为性和表型信息

• 但修复中seqGDS2VCF ()如果没有整数的基因型

seqcombo

1.17.1版本的变化

• 更新文档(2021-12-15,结婚)
• 删除在ggmsa注册码

SEtools

1.9.2版本的变化(2022-04-16)

• 删除功能已经搬到sechm包

signatureSearch

版本变化1.9.6 (2022-01-28)

• 解决在cell_info2警告非ascii

  版本变化1.9.5 (2022-01-26)

• 更新lincs_pert_info2和cell_info2

  1.9.3版本的变化(2021-12-17)

• 支持反对最新的搜索距离2020年猛击β数据库版本

• 修改gess_ *功能支持添加定制的复合结果表的注释表斯如是说。

  1.9.2版本的变化(2021-12-06)

• 嗯.onLoad函数

simplifyEnrichment

1.5.2版本的变化

• 添加keyword_enrichment_from_GO ()

  1.5.1版本的变化

• 词云支持对关键字进行浓缩

• value_fun binary_cut()现在以1-AUC为违约

singleCellTK

2.5.2版本的变化

• 添加修报表功能
• 添加TSCAN轨迹分析功能
• 重构EnrichR包装器函数(runEnrichR)
• 添加新否决DE功能

• 其他重构和bug修复

  2.5.1版本的变化(2022-03-31)

• 添加SoupX方法净化(runSoupX)
• 添加useReducedDim参数分析和热图
• 微分丰富区域添加到教程
• 固定的线粒体基因列表

• 其他重构和bug修复

  2.4.1版本的变化(2021-12-22)

• 添加新功能度火山情节(plotDEGVolcano)
• 添加新功能策划途径得分(plotPathway)
• 添加路径分析部分教程
• 种子参数添加到几个再现性的功能和用户界面
• 更新R控制台和GUI教程互相匹配
• 固定的GUI控制台登录

sitePath

1.11.2版本的变化

• 更多的功能可用性的对象

  1.11.1版本的变化

• 包装器函数寻找固定和并行的网站

• 核心数设置为1将禁用多处理

SNPRelate

1.30.0版本的变化

• 返回一个对象的S3类“snpgdsGRMClass”snpgdsGRM ()而不是当列表with.id = TRUE

麻雀

1.2版本的变化

增强

• 默认“zero-centering”逻辑更新mgheatmap2当上校没有指定,但回到中心位置(3.14补丁发布)

错误修复

• calculateIndividualLogFC处理情况更新基因data.frame列名,美元与统计数据生成的微分表达式相撞,像pval padg, AveExpr。感谢@sandersen12 bug报告。

SpatialDecon

版本变化1.5.0 (2021-10-27)

• 1.3.0任何更改的版本

SpatialExperiment

1.5.3(2022-02-28)更正版本的变化

• 重命名SpatialImage VirtualSpatialImage类

  1.5.2版本的变化(2022-01-09)

• 搬迁和轻视spatialData /名称

  1.5.1版本的变化(2021-12-15)

• 改善从SingleCellExperiment SpatialExperiment强制方法

• 为图像旋转/镜像添加新方法

• 添加路径参数imgSource ()

• 用户灵活性是否在read10xVisium提供细节/目录()

• 文档更新显示方法

• 附加的文档更新

• 在描述更新标题和描述

spatialHeatmap

改变版本2.1.1 (2022-04-06)

• 开发的新功能co-visualization批量和单个细胞数据通过auto-matching / coclustering,即源大部分组织匹配通过coclustering /自动分配给单个细胞。这个功能实现命令行和闪亮的应用与测试数据提供。

• 开发优化函数coclustering工作流提供测试数据。

• Co-visualization通过手工匹配实现命令行。

spatzie

版本1.0.1的变化

• 添加引用NAR纸

光谱

1.5版本的变化

1.5.20变化

• 添加参数ppm和宽容PrecursorMzParam(中性损失计算)并添加选项filterPeaks =“removePrecursor”。

1.5.19变化

• 提高了本方法。

1.5.18变化

• 设置默认的参数列peaksData,光谱和peaksData MsBackend c (“mz”、“强度”)。

1.5.17变化

• 添加peaksVariables(…)方法添加参数列peaksData。
• 列参数添加到peaksData MsBackendDataFrame方法,MsBackendMzR MsBackendHdf5peaks。

1.5.16变化

• neutralLoss解决问题,防止中性光谱如果损失的计算

1.5.15变化

• 修复错误在MZ三角洲情节标题。

1.5.14变化

• 添加coreSpectraVariables函数导出核心光谱变量及其预期的数据类型。

1.5.13变化

• 修复图大小的小插图。

1.5.12变化

• 添加neutralLoss方法和第一算法计算中性丢失光谱。

1.5.11变化

• 修复中性装饰图案中损失的例子。

1.5.10变化

• 添加引用。

1.5.9之后的变化

• 添加示例combineSpectra装饰图案。

1.5.8变化

• 添加spectraVariableMapping通用。

1.5.7变化

• 添加缺失的出口filterPrecursorMz方法。

1.5.6变化

• 添加filterPrecursorMzValue方法允许过滤使用多个前体m / z值(问题# 230)。
• 修复单元测试套件。

1.5.5变化

• 添加一个测试框架允许运行为新的MsBackend实现标准化的单元测试(问题# 186)。

1.5.4变化

• 添加MsBackendCached后端。

1.5.3变化

• 只计算每个光谱峰值的数量如果处理队列的光谱不是空的。否则调用后台的实现(问题MsBackendSql # 31)。

1.5.2的变化

• 小文档更新(MsCoreUtils相关问题# 87)。
• 新countIdentifications()函数。
• 添加filterFourierTransformArtefacts函数删除快速傅里叶产物峰出现在如Orbitrap仪器(问题# 223)。

1.5.1变化

• 不读头信息在导入山峰macOS矩阵。

SpectralTAD

版本变化1.11.0 (2022-04-21)

• 新闻和描述版本相匹配

飞溅

版本变化1.20.0 (2022-04-27)

• splatPop模拟现在发表doi.org/10.1186/s13059 - 021 - 02546 - 1 !

• 改善initalisation Params对象(从王蕴结)

• 提高拟合的辍学splatEstimate ()

•更好的拟合初始化所显示InferCNV包

•额外的回退的方法

• 错误修复的长条木板模拟

• 错误修复的splatPop仿真(从克里斯蒂娜Azodi)

SplicingFactory

1.3.1版本的变化

• 引用更新
• 其他一些小的修正

关注的焦点

0.99.1版本的变化

• 文本

  0.99.0版本的变化

• 初始提交Bioc猛击v3.15

sSNAPPY

0.99.1版本的变化

• 更新的小插图使用预计算输出

• 允许删除孤立节点plot_gs_network

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

standR

0.99.0版本的变化

• 第一个版本的包。

statTarget

1.25.4版本的变化

• 删除RGtk2描述,应该安装手动从旧的来源

  1.24.1版本的变化

• 删除GUI

STdeconvolve

0.99.10版本的变化

• Bioconductor和R版本包分支机构:(> = 4.1)

• R版本重击在GitHub: (> = 3.6)

  0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

结构体

1.7.1上版本的变化

• 修复。通用代码

• 改善。代码为所有对象

structToolbox

版本是1.7.2变化

• 内部更新,请

• 一些图表请重命名与其他方法的一致性

  1.6.1版本的变化

• 热修复补丁vector_norm现在正确地正常化样品的长度是1

• 添加vector_norm_tests

SummarizedExperiment

1.26.0版本的变化

弃用,已经

• readKallisto()现在已经被弃用后在BioC 3.12。

SynExtend

1.7.14版本的变化

• 各种改进GenRearrScen,提高一致性和输出格式
• 主要错误修复ProtWeaver使用系统树图对象的方法

• ProtWeaver现在正确防范non-bifurcating系统树图的方法,期望它

  1.7.13版本的变化

• 引入了新的ProtWeaver类预测功能基因协会齿轮或基因树。这实现了许多算法在文献中常用的,如MirrorTree和逆Potts模型。
• 预测(ProtWeaverObject)返回一个ProtWeb类与预测信息关联。

• 添加BlastSeqs上运行查询爆炸序列存储为一个XStringSet或FASTA文件。

  1.7.12版本的变化

• 更新ExtractBy函数。方法和输入简化和调整,显著提高速度。

  1.7.11版本的变化

• 更新NucleotideOverlaps现在正确地登记在基因很大程度上的重叠基因的前面。

• 固定异常行为在BlockExpansion叠连群零功能可能会导致一个错误在扩张。

  1.7.10版本的变化

• BlockReconciliation现在允许设置块大小或意味着和解的PID优先。

  1.7.9版本的变化

• 增加BlockReconciliation保留阈值。

  1.7.8版本的变化

• BlockExpansion为零情况下纠正补充说行。

  1.7.7版本的变化

• 改进BlockExpansion和BlockReconciliation功能。

  1.7.5版本的变化

• 开始破译的ScoreAlignment功能的集成。

  1.7.4版本的变化

• 固定一个bug PairSummaries函数。

  1.7.3版本的变化

• 添加BlockExpansion函数。

  版本是1.7.2变化

• 调整PairSummaries如何处理缺省转换表和人造石铺地面基因调用派生而来。

  1.7.1上版本的变化

• 在罩PairSummaries巨大变化。
• 未能准确地分配邻居在某些情况下,现在应该是固定的。
• 提取基因组功能现在更快。
• OffSetsAllowed现在参数默认值为FALSE。这个论点可能下降在未来post-summary支持更复杂的函数。
• 小编辑SequenceSimilarity

systemPipeShiny

1.5.10版本的变化

主要变化

• 重新设计的欢迎页面。旧的内容搬到。现在欢迎页面更清晰了。

• SPR适应2.1。x版本。

• 添加更多的指示图片工作流模块。
• 添加一个警告消息如果spsOption(“演示”,真的),让人们知道一些工作流模板将会失败如果他们使用演示服务器运行工作。

轻微的变化

• 修复一些文字错误,链接。
• 添加更多的数据在不同的模块/标签指示。
• 文本/固定在工作流模块的链接。

TADCompare

版本变化1.5.0 (2022-04-21)

• 新闻和描述版本相匹配

TargetSearch

1.52.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 反对参数“libId”,代之以“libId”参数libIdlibId冲突的方法,并在其他功能我们已经使用一个变量libID相对应的库标识符。因此,我们替换它的一致性。这种变化影响的功能plotRIdev,plotSpectra和

错误修复

• 附近plotRIdev:使用比较的平等。函数比较选择性或群众反对int的列