2021年5月20日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.13，由2042个软件包、406个实验数据包、965个注释包和29个工作流组成。

有133个新的软件包，22个新的数据实验包，7个新的注释包，1个新的工作流，没有新书，对现有软件包进行了许多更新和改进;Bioconductor 3.13兼容r4.1.0，支持Linux、32位和64位Windows以及macOS 10.14.6 Mojave或更高版本。这个版本将包括一个更新的Bioconductor码头工人的容器．

感谢大家对Bioconductor做出的贡献

访问bob 体育平台下载 有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 3.13入门
• 新软件包
• 新的数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 新闻从新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有工作流的新闻
• 已弃用和失效的包

Bioconductor 3.13入门

更新或安装Bioconductor 3.13:

1. 安装r4.1.0。Bioconductor 3.13是专门为R。

2. 按照以下的说明操作bob 体育网址 ．

新软件包

在这个版本的Bioconductor中有133个新软件包。

• airpartAirpart通过利用单细胞等位基因计数，识别出跨细胞类型或状态显示差异细胞类型特异性等位基因失衡的基因集。它利用一种广义融合套索与二项观察的等位基因计数来划分细胞类型的等位基因不平衡。另外，还提供了一种划分单元格类型的非参数方法。该软件包包括许多用于检查单细胞等位基因不平衡数据集的可视化和质量控制功能。

• 自治该软件包为跨平台组学数据分析提供了通用的和直观的解决方案。它具有组学数据的导入、预处理、探查、对比分析和可视化等功能。它遵循一种整洁的函数式编程范式。

• awst我们提出了一种非对称样本内转换(AWST)来规范RNA-seq读取计数，并降低噪声对样本分类的影响。AWST包括两个主要步骤:标准化和平滑。这些步骤对基因表达数据进行转换，以降低低表达特征的噪声，这些特征受到背景效应和低信噪比的影响，以及高表达特征的影响，这可能是放大偏差和其他实验伪影的结果。

• barcodetrackRbarcodetrackR是一个R包，用于克隆跟踪数据的分析和可视化。所需数据是矩阵形式的样本和标签丰度。通常来自细胞条形码实验，整合网站检索分析，或类似的技术。

• biodbbiodb包提供了对标准远程化学和生物数据库(ChEBI, KEGG, HMDB，…)的访问，以及内部本地数据库文件(CSV, SQLite)，易于条目检索，访问web服务，按质量和/或名称搜索化合物，并对LCMS和MSMS进行质谱匹配。它的体系结构作为一个开发框架，有助于为本地项目或在独立发布的包中开发新的数据库连接器。

• BioNEROBioNERO旨在将生物网络推理的所有方面集成到一个包中，包括数据预处理、探索性分析、网络推理和生物解释分析。BioNERO可以从基因表达数据中推断基因共表达网络(GCNs)和基因调节网络(GRNs)。此外，它可以用来探索蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的拓扑特性。GCN推理依赖于流行的WGCNA算法。GRN推理是基于“群体智慧”原则，它包括用多种算法(这里是CLR, GENIE3和ARACNE)推理GRN，并计算每个交互对的平均排名。由于网络分析的所有步骤都包含在这个包中，BioNERO使用户不必学习多个包的语法以及如何在它们之间通信。最后，用户还可以跨独立表达式集识别共识模块，并计算不同网络之间的内部和跨物种模块保存统计数据。

• BloodGen3ModuleBloodGen3Module包为R用户提供了执行模块表分析和生成指纹表示的功能。功能可以通过指纹网格图或指纹热图进行组比较或单个样本分析和可视化。模块库分析通常涉及确定每个模块的组成基因显著增加或减少的百分比。正如我们在https://www.biorxiv.org/content/10.1101/525709v2和https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33624743/中详细描述的那样，模块集分析的结果可以用指纹格式表示，其中红色和蓝色点表示模块活动的增加或减少。这些点随后被表示在网格中，每个位置被分配给一个给定的模块，或者在热图中，样本按列排列，模块按行排列。

• bnembnem结合了间接测量嵌套效应模型(包mnem)和CellNOptR的布尔网络的使用。对细胞内信号节点的扰动实验进行了分析，以确定其对基因整体表达谱的影响。这些配置文件为网络中下游节点的布尔调节提供了证据，例如，父母双方是独立激活其子节点(or -gate)还是联合激活其子节点(AND-gate)。

• BumpyMatrix实现BumpyMatrix类和几个子类，用于在矩阵的每个条目中保存非标量对象。这类似于一个不规则的阵列，但这种不规则是在第三维度，很像一个凹凸不平的表面——因此得名。特别有趣的是BumpyDataFrameMatrix，其中每个条目都是一个Bioconductor数据帧。这允许我们以一种与二维容器(如summarizeexperiment和MultiAssayExperiment对象)兼容的格式自然地表示多元数据。

• 卡昂随着高通量技术的发展，越来越多的基因表达分析倾向于用革命性的技术取代基于杂交的微阵列技术。这种新方法利用每个类中每个基因的样本排序，再次对类别进行编码。然后考虑基因和类的相关系数与样本秩和类的新秩。相关系数最高的基因被认为是对样本分类最有效的特征基因。

• cbpManager这个R包提供了一个R Shiny应用程序，允许用户生成、管理和编辑数据和元数据文件，这些文件适合在Cancer Genomics的cbiopportal中导入。创建癌症研究并编辑其元数据。上传患者的突变数据，并将其连接到本研究的data_mutation_extended.txt文件中。创建和编辑临床患者数据、样本数据和时间轴数据。为患者创建自定义时间轴跟踪。

• CelliDCelliD是一种无聚类的多元统计方法，用于从单细胞RNA-seq中稳健提取每细胞基因签名。CelliD允许在不同的供体、起源组织、模型生物和单细胞组学协议之间进行无偏见的细胞身份识别。该包也可用于探索功能通路富集在单细胞数据。

• cellmigRation导入荧光标记细胞的TIFF图像，并跟踪细胞随时间的移动。并行化支持图像处理和单元格轨迹的快速计算。通过15个轨迹分析功能，可以对细胞轨迹进行深入分析。

• censcyt基于多重imputation和广义线性混合模型的高维细胞术数据差分丰度分析方法，当协变量受到正确的审查(如生存时间)时。

• CIMICECIMICE是肿瘤系统发育领域的一种工具，它的目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症进展马尔可夫链，CPMC)，以模拟肿瘤亚型的进化。CIMICE的输入是一个突变矩阵，即一个布尔矩阵，表示样本集合中改变的基因。假设这些样本是通过单细胞DNA分析技术获得的，该工具是专门编写的，以使用这些数据的特性进行CMPC构建。

• CNVgears这个包包含一组函数，可以对cnv执行多种类型的处理和分析，以集成的方式调用管道/算法结果，而不考虑原始数据类型(SNPs数组或NGS)。它提供了将多个CNV调用结果合并为单个对象、过滤它们、计算CNVRs (CNV区域)和遗传模式、检测基因负载等功能。该软件包最适合于以人类家庭为基础的队列研究。

• CNVizCNViz采用探针、基因和段级log2拷贝数比率，并启动一个Shiny应用程序来可视化样本的拷贝数配置文件。你也可以整合杂合性丢失(LOH)和单核苷酸变异(SNV)数据。

• ComPrAn这个包是用来分析SILAC标记的络合体分析数据的。它使用标签分隔格式的肽表作为输入，并生成现成的表和图。

• conclusCONCLUS是一种用于单细胞RNA-seq (sc-RNA-seq)数据集的稳健聚类和阳性标记特征选择的工具。它利用了共识聚类方法，极大地简化了用户的sc-RNA-seq数据分析。值得注意的是，CONCLUS不包括下一代测序后获得的测序文件的预处理步骤。结论被组织成以下步骤:用一系列参数生成多个t-SNE图，包括从PCA中提取的不同基因的选择。使用基于密度的带噪声的应用空间聚类(DBSCAN)算法来识别每个生成的t-SNE图中的聚类。所有的DBSCAN结果被合并到一个单元格相似性矩阵中。细胞相似矩阵用于定义“CONSENSUS”聚类，这些聚类保守于先前定义的聚类解决方案。为每个一致聚类识别标记基因。

• 调味品这个包封装了许多函数来进行差分拓扑分析。它专注于分析具有多种条件的“组数据集”。虽然这个包主要针对scRNASeq，但它对实际的输入格式没有任何限制。

• CONSTANd规范化数据矩阵数据通过耙取(使用Bacharach的RAS方法，参见参考资料)Nrows by Ncols矩阵，使行均值和列均值等于1。结果是一个规范化的数据矩阵K =拉，行乘子的乘积R列乘法器年代用原始矩阵一个．缺失的信息需要用NA值，而不是零值，因为CONSTANd能够在计算平均值时忽略缺失的值。使用CONSTANd归一化可以直接比较相同甚至不同CONSTANd归一化数据矩阵中的样本之间的值。

• cosmosRCOSMOS(因果导向的多组学空间搜索)是一种基于信号、代谢和基因调节网络的先验知识，集成了磷蛋白组学、转录组学和代谢组学数据集的方法。它估计了转录因子和激酶的活性，并发现了一个网络水平的因果推理。因此，COSMOS为跨多组学数据集的实验观察提供了机制假设。

• CTDquerier包从比较毒理学基因组学数据库(http://ctdbase.org/)检索和可视化数据。下载的数据被格式化为数据帧，用于进一步的下游分析。

• cyanoFilter一种通过流式细胞仪、色素和细胞复杂性信息从所有颗粒中筛选和/或识别浮游植物细胞的方法。它使用预先定义的通道上的一系列一维门来测量特定的色素沉着和复杂性。该软件包特别针对蓝藻，但也适用于浮游植物群落，如果该群落中至少有一个细胞特征可以区分每种浮游植物。

• CytoGLMMCytoGLMM R包实现了两种多元回归策略:一个自引导的广义线性模型(GLM)和一个广义线性混合模型(GLMM)。大多数当前的数据分析工具都比较许多计算发现的单元格类型的表达式。CytoGLMM只关注一种细胞类型。我们更窄的应用领域允许我们定义更具体的统计模型，更容易控制统计保证。因此，CytoGLMM可以在流式细胞术和巨细胞术数据中发现差异蛋白，同时减少标记相关性引起的偏差，防止因患者异质性引起的错误发现。

• dce计算生物网络上的差异因果效应(dce)。给定来自对照实验和非对照(如癌症)的两个基因a和B的观察样本，我们可以用(广义)线性回归计算差异因果效应。如果对照样本中基因A对基因B的因果效应与非对照样本中的因果效应不同，则dce将不同于零。我们通过包含来自路径数据库(如KEGG)的先验网络信息来正则化dce计算。

• 解耦转录组分析和差异基因表达分析通常会导致难以分析和解释的基因列表。下游分析工具可以用来将放松管制的事件总结为一个更小的生物学上可解释的特征集。特别是，从基因表达中估计转录因子活性的方法是常用的。研究表明，与观察转录因子本身的表达相比，转录因子的转录靶点产生了对转录因子活性更可靠的估计。因此，为了估计转录因子活性，需要一个转录调控网络，并结合一种统计算法，将目标基因的表达汇总为一个单一的活性评分。多年来，许多不同的监管网络和统计算法已经被开发出来，大多数是一个网络和一个算法的固定组合。为了系统地评估网络和算法，我们开发了解耦器，这是一个R包，允许用户有效地应用所提供的任何组合。

• DeepPINCS新型复合蛋白相互作用(CPI)的识别是药物开发的重要环节。通过筛选候选化合物，揭示未知的化合物-蛋白质相互作用有助于针对目标蛋白设计新药。准确的CPI预测有助于有效的药物发现过程。为了有效识别潜在CPI，基于机器学习和深度学习的预测方法被开发出来。序列数据作为离散的符号数据提供。在数据中，化合物表示为SMILES(简化分子输入线输入系统)串，蛋白质表示为氨基酸序列。结果被定义为一个变量，表示两个分子之间相互作用的强度或它们之间是否存在相互作用。在这个包中，一个基于深度学习的模型，只将化合物和蛋白质的序列信息作为输入，结果作为输出，用来预测CPI。该模型采用具有实用功能的复合编码器和蛋白质编码器实现。CPI模型还支持其他建模任务，包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)，化学-化学相互作用(CCI)，或单个化合物和蛋白质。 Although the model is designed for proteins, DNA and RNA can be used if they are represented as sequences.

• DelayedRandomArray实现随机值的DelayedArray，其中采样值的实现被延迟到需要时。在任何子数组内的可重复采样是通过分块来实现的，其中每个分块都用不同的随机种子和流初始化。支持stats包中常见的分布，以及参数的标量、向量和数组。

• DExMA执行基因表达元分析的所有步骤，而不排除几乎两个数据集中出现的那些基因。它提供了必要的功能，能够执行不同的基因表达元分析方法。此外，它还包含应用质量控制、下载GEO数据集和显示结果的图形表示的功能。

• diffUTRdiffUTR包为limma/edgeR/DEXSeq驱动的差分bin/外显子使用提供了统一的接口和绘图功能。它还包括limma::diffSplice方法的改进版本。最重要的是，diffUTR进一步扩展了这些框架的应用，使用poly-A站点数据库进行UTR使用差异分析。

• dir.expiry实现一个用于访问版本化目录的过期系统。删除在一定时间内未被注册函数访问的目录。这旨在通过消除旧版本包生成的过时缓存来减少磁盘使用。

• drugTargetInteractions提供用于识别小分子组或基因/蛋白质标识符的药物-靶点相互作用的实用程序。所需的药物-靶标相互作用信息从ChEMBL数据库的本地SQLite实例中获得。ChEMBL被选择用于此目的，因为它为公共领域中可用的药物靶点信息提供了最全面和最好的注释知识资源之一。

• epialleleR外等位基因是有丝分裂和/或减数分裂遗传的特定DNA甲基化模式。该软件包调用下一代测序数据中基因组区域或单个胞嘧啶水平的高甲基化外等位基因频率，使用二进制对齐图(BAM)文件作为输入。其他功能包括计算每读beta值的经验累积分布函数，并测试在特定基因组位置(SNPs)上表观等位基因甲基化状态和基频率之间关联的重要性。

• epidecodeRepidecodeR是一个软件包，能够分析DNA/RNA表观遗传化学修饰的程度对基因或蛋白质失调的影响。该软件包集成了大量表观基因组或转录组技术(如ChIP-seq、ATAC-seq、m6A-seq等)生成的化学修饰数据，以及基因差异表达、核糖体占用或差异蛋白翻译形式的失调基因列表，并识别与基因相关的不同程度的化学修饰引起的基因失调的影响。epidecodeR生成累积分布函数(CDF)图，显示基于与基因相关的修饰程度划分为组的基因之间的整体log2FC趋势的变化。该工具还测试了不同基因组间log2FC差异的显著性。

• epigraHMMepigraHMM提供了一套基于隐马尔可夫模型的表观基因组数据分析工具。它包含两个独立的峰值调用器，一个用于生物/技术重复的一致峰值，另一个用于多重复多条件实验的差异峰值。对于后者，提供了与每个可能组合模式的读计数富集相关的窗口特定后验概率。

• EWCE用于确定基因列表中富集的细胞类型。该工具包提供了测试简单基因列表(如人类疾病相关基因)和差异表达研究结果中富集基因的工具。该包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集，用户定义的数据集可以加载并用于分析。

• 盛宴细胞聚类是单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中最重要和最常用的任务之一。细胞聚类的一个重要步骤是选择一个基因子集(称为“特征”)，它们的表达模式将用于下游的聚类。一个好的特征集应该包括能够区分不同细胞类型的特征集，这种特征集的质量对聚类精度有重要影响。FEAST是一个R库，用于在执行scRNA-seq聚类核心之前选择最具代表性的特征。它可以作为已建立的聚类算法的插件，如SC3, TSCAN, SHARP, SIMLR和Seurat。FEAST算法的核心包括三个步骤:1。共识聚类;2.基因水平显著性推理;3. validation of an optimized feature set.

• fedup一个R包，它使用Fisher确切度测试来测试用户定义路径的丰富和枯竭。该方法是为通用路径注释格式(如。Gmt, txt, xlsx)，允许用户在自定义注释上运行路径分析。该软件包还与Cytoscape集成，以提供基于网络的路径可视化，增强了结果的可解释性。

• fgga实现FGGA算法的包。该软件包提供了一种基于ob因子图的分层集成方法，用于蛋白质编码基因的一致性GO注释。FGGA在图形模型中体现了谓词逻辑、通信理论、监督学习和推理的要素。

• flowGraph考虑到细胞群之间的依赖性，在流式细胞术数据中确定最大的差异细胞群;flowGraph计算并绘制给定细胞数量的SpecEnr丰度分数。

• fobitools一套与食品生物标记本体(FOBI)交互的工具。一组基本操作工具，用于生物意义分析、图表和注释营养数据的文本挖掘策略。

• GenomicDistributions如果您有一组基因组范围，这个包可以帮助您进行可视化和比较。它生成了几种类型的图，例如:染色体分布图，它可视化你的区域是如何在染色体上分布的;特征距离分布图，它可视化了你的区域是如何相对于感兴趣的特征分布的，如转录起始位点(TSSs);基因组分区图，它可视化你的区域如何重叠给定的基因组特征，如启动子、内含子、外显子或基因间区域。它还使比较一组范围与另一组范围变得容易。

• GenomicSuperSignature这个包包含索引，这是从公共RNA测序数据集中通过聚类和平均顶级pc提取的可复制和可解释的变异轴(RAV)。该索引被命名为RAVindex，并进一步使用MeSH术语和GSEA进行注释。在这个包中实现了将pc从新数据集连接到RAVs、提取可解释注释和提供直观可视化的功能。总的来说，这个软件包使研究人员能够在现有数据库的上下文中用最少的计算资源分析新数据。

• GEOfastqGEOfastq用于从欧洲核苷酸档案(ENA)下载fastq文件，从基因表达综合(GEO)开始。为此，从GEO和序列读取存档(Sequence Read Archive, SRA)检索样例元数据。然后使用SRA运行访问为ENA生成的fastq文件构建FTP和aspera下载链接。

• GeomxTools用于纳米串技术的工具。Package提供了基于ExpressionSet派生对象读取DCC和PKC文件的函数。还包括归一化和QC函数。

• geva统计方法评估差异表达(DE)在多种生物条件之间的变化。它考虑了先前使用大规模数据的差分表达式(DE)结果的折叠变化和p值(如。，微阵列和RNA-seq)，并评估哪些基因会对不同的实验产生反应。这一评估涉及一种独特的统计方法，包括加权总结、分位数检测、聚类分析和方差分析检验，以便对DE与某些生物因素相似或依赖的相关基因子集进行分类。

• 制粒机granulator是一个R包，用于基于大量RNA-seq数据或单细胞RNA-seq表达谱的异质组织的细胞类型反褶积。该软件包提供了一个统一的测试接口，以快速运行和基准多种最先进的反褶积方法。还提供了将外周血单个核细胞(PBMCs)反褶积为单个免疫细胞类型的数据。

• 杂环胺这个包为用户提供查询单细胞实验数据的Human Cell Atlas数据存储库的能力。的项目()，文件()，样品()而且包()函数检索这些索引上的摘要信息;相应的* _details ()可用于每个索引的单个条目。基于文件的资源可以使用files_download ()．该包的高级用法允许用户在大型结果集中进行分页，并灵活地查询表示查询响应的“列表中的列表”结构。

• HGCHGC(hierarchy Graph-based Clustering的简称)是一个R包，用于对大规模单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据进行分层聚类。其关键思想是在细胞的共享近邻(SNN)图上构建树突图。HGC提供用于构建单元格图和在图上进行分层聚类的功能。

• HiCDCPlusHi-C和HiChIP系统的三维交互调用和微分分析。HiC-DC+ (Hi-C/HiChIP直接调用者+)包能够对Hi-C和HiChIP数据集进行有原则的统计分析——包括在单个实验中调用重要的相互作用以及在重复实验中给定条件之间进行差异分析——以促进全球整合研究。HiC-DC+通过训练背景模型来解释随机聚合物连接和读取计数变化的系统来源，直接从每个染色体的原始接触矩阵估计Hi-C或HiChIP实验中的重要相互作用，直到指定的基因组距离，由统一的基因组间隔或限制性内切酶片段分类。

• HubPubHubPub为用户提供功能，以帮助使用Bioconductor Hub结构。该包提供了创建Hub样式包框架的能力，用户可以用必要的信息填充该框架。还有一些函数可以帮助向Hub包元数据文件添加资源，以及将数据发布到Bioconductor S3桶。

• immunotationMHC(主要组织相容性复合体)分子是向T细胞提供抗原的细胞表面复合体。在一个特定的遗传背景中，抗原库在很大程度上取决于编码的MHC分子的序列，因此，在人类中，取决于高多态性HLA位点的高度可变的HLA(人类白细胞抗原)基因。据报道，超过28000种不同的HLA等位基因，在世界各地的人群之间等位基因频率有显著差异。在大规模生物信息学工作流程中，对HLA等位基因的可重复性和一致性注释仍然具有挑战性，因为现有的参考数据库和软件工具经常使用不同的HLA命名方案。包免疫在典型的免疫信息学工作流程中为HLA基因的一致注释提供了工具，例如在不同的人类捐献者中预测mhc呈现的多肽。在不同HLA命名方案之间提供映射的转换函数基于MHC限制本体(MRO)。该软件包还提供了对存储在等位基因频率网数据库中的全球人类参考人群中HLA等位基因频率的自动访问。

• interacCircos以一种有效的方法实现在交互式循环基因组(Circos)图中显示基因组数据、关系和信息。' interacCircos '的灵感来自' circosJS '， ' BioCircos.js '和' NG-Circos '，我们将' circosJS '， ' BioCircos.js '和' NG-Circos '模块集成到这个R包中，基于' htmlwidgets '框架。

• InteractiveComplexHeatmap这个包可以轻松地将ComplexHeatmap包生成的热图制作成交互式应用程序。它提供两种类型的交互:在交互式图形设备上，2。它还提供了集成交互式热图小部件的功能，用于更复杂的Shiny应用开发。

• InterCellarInterCellar是一个R/Bioconductor包，包含一个闪亮的应用程序，允许用户从scRNA-seq数据交互分析细胞-细胞通信。从预先计算的配体-受体相互作用开始，InterCellar提供过滤选项、注释和多种可视化来探索集群、基因和功能。最后，用户可以定义交互对模块，并将它们链接到路径或基因本体的重要功能术语。

• IRISFGM单细胞RNA-Seq数据有助于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群的细胞异质性和特征基因。具体而言，功能基因模块(FGM)的研究有助于理解基因交互网络和复杂的生物过程。从scRNA-Seq数据中，QUBIC2被认为是最高效和最有效的FGM识别工具之一。然而，它的可用性仅限于C实现，而且它的应用能力仅受少数下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM(功能基因模块分析综合scRNA-Seq解释系统)的R包，以支持使用scRNA-Seq数据对FGMs和细胞聚类的研究。在QUBIC2的作用下，IRIS-FGM可以识别共表达和共调控的FGMs，预测类型/聚类，识别差异表达基因，并进行功能富集分析。值得注意的是，IRIS-FGM还应用了Seurat对象，可以很容易地在Seurat小插图中使用。

• KBoost重构基因调控网络和转录因子活性对于理解生物过程至关重要，并为开发个性化治疗提供了潜力。然而，这仍然是一个开放的问题，因为现有的算法往往无法处理大量的数据。此外，目前的许多方法预测了大量的假阳性，无法集成其他信息源，如先前已知的交互作用。本文介绍了一种使用核PCA回归、增强和贝叶斯模型平均的算法KBoost，用于快速、准确地重建基因调控网络。KBoost还可以使用先前建立在已知转录因子靶标上的网络。我们使用三种不同的数据集对KBoost与其他高性能算法进行了基准测试。结果表明，我们的方法优于其他方法在数据集。

• lisaClustlisaClust提供了一系列功能来识别和可视化组织中细胞类型之间的空间关联相似的区域。该包可用于提供在以单细胞分辨率分割的多路复用成像数据中细胞类型共定位的高级摘要。

• LRcellLRcell的目标是识别特定的亚细胞类型，驱动在批量RNA-seq差异基因表达实验中观察到的变化。为了实现这一点，LRcell利用从单细胞rna测序(scRNA-seq)中获得的细胞标记基因集作为组织中各种细胞类型的指标。接下来，对于每一种细胞类型，以其标记基因为指标，对具有差异表达p值的完整基因集应用Logistic回归计算细胞类型显著性p值。最后，对这些p值进行比较，以预测哪一个(几个)可能负责在批量RNA-seq实验中观察到的差异基因表达模式。LRcell的灵感来自于Sartor等人开发的LRpath[@sartor2009lrpath]算法，最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要部分:LRcell分析、plot生成和标记基因选择。该包中所有模块都以r字母书写。该包还提供了前额叶皮层(pFC)人类大脑区域、人类PBMC和九个小鼠大脑区域(额皮层、小脑、苍白球、海马、内皮层、后皮层、纹状体、黑质和丘脑)的标记基因。

• MACSr基于模型的ChIP-Seq分析(MACS)是一种广泛用于识别转录因子结合位点的工具。这个包是最新MACS3的R包装器。

• MAGAR“R中的甲基化意识基因型关联”(MAGAR)从匹配样本的DNA甲基化和基因型数据中计算甲基qtl。MAGAR使用线性建模策略调用cpg / snp，它们是methqtl。MAGAR解释了cpg的局部相关结构。

• MatrixQCvis数据质量评估是准备数据分析的重要组成部分，以确保生物信息检索的准确性。我们在这里介绍了MatrixQCvis包，它在每个样本和每个特征级别上提供基于闪亮的交互式数据质量度量可视化。它广泛适用于矩阵格式的定量组学数据类型(特征x样本)。它能够检测数据集中的低质量样本、漂移、异常值和批处理效应。可视化包括(计数/强度)值的条形图和小提琴图，平均值与标准差图，MA图，经验累积分布函数(ECDF)图，样本之间距离的可视化，以及多种类型的降维图。此外，MatrixQCvis允许基于limma(调节t检验)和proDA (Wald检验)包进行差异表达分析。MatrixQCvis建立在流行的Bioconductor summarizeexperimental S4类的基础上，因此可以方便地集成到现有的工作流中。该包特别针对代谢组学和蛋白质组学质谱数据量身定制，但也允许评估可以在summarizeexperiment对象中表示的其他数据类型的数据质量。

• 模因对模因套件系列工具的无缝接口，用于母题分析。“模因”提供了使用GRanges对象作为母题分析入口点的数据感知实用程序，用于检查和编辑母题列表的数据结构，以及新颖的数据可视化。“模因”函数和数据结构都适用于基本R和整齐的工作流程。

• MetaboCoreUtilsMetaboCoreUtils定义了代谢组学相关的核心功能，作为低级函数提供，以允许跨各种R包使用数据结构独立的功能。这包括计算离子(加成物)和化合物之间的质量荷比的函数，以及计算化学公式的质量或函数。该包还提供了一套加成定义和一些在MS实验中常用的商用内部标准混合物的信息。

• metapod实现了在基因组尺度数据集的差异分析中组合p值的各种方法。函数可以在同一分析的不同测试(如ChIP-seq中的基因组窗口，RNA-seq中的外显子)中组合p值，也可以在不同分析的对应测试中组合p值(如重复比较，不同处理条件的影响)。支持处理日志转换的输入p值、缺失值和适当的权重。

• methylscapermethylscaper是一个R包，用于处理和可视化数据，联合分析甲基化和染色质可及性(MAPit, NOMe-seq, scNMT-seq, nanoNOMe等)。该包既支持单细胞数据，也支持单分子数据，并提供一个公共接口，通过生成有序的代表性甲基化状态矩阵来联合可视化这两种数据类型。Shiny应用程序允许进行细化和重加权的交互式序列化过程，从而优化细胞或DNA分子的顺序，以发现甲基化模式和核小体定位。

• 米娅mia实现了基于summarizeexperiment, singlecellexperexperiment和treesummarizeexperiment基础设施的微生物组分析工具。在分类学数据的背景下进行数据的争论和分析是主要的范围。对常用任务实现了社区指数计算和汇总等附加功能。

• miaVizmiaViz实现绘图功能，在微生物组分析的上下文中与TreeSummarizedExperiment和相关对象一起工作。其中包括绘制树、图表和微生物组序列数据。

• midasHLAMiDAS是一个用于免疫遗传学数据转换和统计分析的R包。MiDAS接受HLA等位基因和KIR类型形式的输入数据，并将其转化为具有生物学意义的变量，实现HLA氨基酸精细定位，分析HLA进化差异，KIR基因存在，以及验证HLA-KIR相互作用。此外，它允许与不同测量尺度的表型进行综合统计关联分析工作流程。MiDAS填补了免疫遗传变异的推断与其有效利用之间的差距，从而在T细胞、自然杀伤细胞和疾病生物学方面做出相关发现。

• miloR这个包执行单细胞差异丰度测试。细胞状态被建模为最近邻图上的代表性邻域。假设检验使用负生物广义线性模型进行。

• 米娜在快速发展的测序技术的帮助下，越来越多的微生物组数据被生成和分析。目前，对分类分析数据的分析主要采用基于组合的方法，忽略了群落成员之间的相互作用。此外，缺乏比较微生物相互作用网络的有效方法限制了群落动力学的研究。为了更好地理解微生物群落多样性是如何受到其成员之间复杂相互作用的影响，我们开发了一个框架(微生物群落多样性和网络分析，mina)，一个微生物群落多样性分析和网络比较的综合框架。通过定义和整合网络衍生的社区特征，我们大大降低了用于多样性分析的信噪比。采用基于自举和排列的方法评估社区网络的差异性，并以统计原则的方式提取判别特征。

• miQC单细胞rna测序(scRNA-seq)使得组织中基因表达的高分辨率分析成为可能。在进行下游分析之前，一个重要的预处理步骤是使用质量控制(QC)指标识别和删除样品质量较差或退化的细胞。用于识别“低质量”细胞的两个广泛使用的QC指标是(i)如果细胞包含高比例的映射到线粒体DNA编码基因(mtDNA)的reads和(ii)如果检测到少量基因。miQC是数据驱动的QC度量，它在概率框架中联合建模映射到mtDNA的reads的比例和混合模型检测到的基因的数量，以预测给定数据集中的低质量细胞。

• mirTarRnaSeqmirTarRnaSeq R包可用于交互式mRNA miRNA测序统计分析。该软件包利用表达或差异表达mRNA和miRNA测序结果，并在mRNA和miRNA实验之间进行交互相关和各种GLMs(常规GLM、多元GLM和交互GLMs)分析。这些实验可以是时间点实验，或者条件实验。

• mistyRmistyR是多视图胞间空间建模框架(MISTy)的实现。MISTy是一个可解释的机器学习框架，用于单单元、高度复用、空间解析数据的知识提取和分析。MISTy通过分析细胞内和细胞间的关系促进了对标记相互作用的深入理解。MISTy是一个灵活的框架，能够处理自定义数量的视图。每种视图都可以描述不同的空间背景，即定义观察到的标记表达之间的关系，如细胞内调节或旁分泌调节，但这些视图还可以捕捉细胞类型的特定关系，捕捉功能脚印之间的关系或关注不同解剖区域之间的关系。每个MISTy视图都被认为是测量标记表达式中可变性的潜在来源。然后分析每个MISTy视图对每个标记的总表达的贡献，并解释与其他测量的相互作用，导致观察到的贡献。

• moanin简单高效的时间过程基因表达数据工作流，建立在CRAN和bioconductor上托管的公开可用的开源项目上。Moanin为使用函数式数据分析分析时间过程数据所需的所有步骤提供了辅助函数:(1)时间过程数据的函数建模;(2)差异表达分析;(3)聚类;(4)下游分析。

• ModCon集合的功能，计算一个核苷酸序列周围的剪接供体位点，以激活或抑制供体的使用。提出的替代核苷酸序列编码相同的氨基酸，可以应用于报告系统，以沉默或激活隐剪接供体位点。

• MQmetricsMQmetrics包(MaxQuant metrics)提供了一个工作流，用于分析来自MaxQuant的蛋白质组质谱分析的质量和可重复性。输入数据从几个MaxQuant输出表中提取，并生成一个pdf报告。它包括几个可视化工具，用于检查与作业质量有关的众多参数。它还包括两个功能，以可视化iRT肽从Biognosysin的情况下，在样品中添加。

• MsBackendMassbank质谱(MS)数据后台支持导入和导出来自MassBank记录文件的MS/MS谱库。不同的后端可用，允许处理普通MassBank文本文件格式的数据，也允许直接与MassBank SQL数据库交互。来自这个包的对象应该与光谱生物导体包一起使用。因此，这个包将MassBank支持添加到spectrum包中。

• MsBackendMgf质谱(MS)数据后台支持从吉祥物通用格式(mgf)文件导入和导出MS/MS谱数据。在这个包中定义的对象应该与Spectra Bioconductor包一起使用。因此，这个包将mgf文件支持添加到spectrum包中。

• MsFeaturesMsFeature包定义了质谱特性的功能。这包括基于某些属性对特征(LC-MS)进行分组的功能，如保留时间(协同洗脱特征)或跨样本信号的相关性。因此，这个包允许对特性进行分组，其结果可以用作的输入QFeatures包，它允许在每个组中聚合特征的丰富程度。这个包为基本数据类型和通用数据类型定义了概念和函数，更具体的数据类型的实现预计将在各自的包中实现(例如:xcms)．这个包的所有功能都以模块化的方式实现，这允许不同分组方法的组合，并允许在其他R包中重用它。

• msqrob2msqrob2提供了一个鲁棒的线性混合模型框架，用于评估基于ms的定量蛋白质组学实验中的差异丰度。我们的工作流程可以从原始肽强度或总结蛋白表达值开始。模型参数估计可以通过脊回归、经验贝叶斯方差估计和鲁棒m估计来稳定。Msqrob2的hurde工作流可以处理丢失的数据，而不必依赖难以验证的imputation假设，并且，在高遗漏率和低遗漏率的情况下，都优于最先进的方法。它建立在定量质谱数据的QFeature基础设施上，将模型结果与原始数据和预处理数据一起存储。

• MSstatsLOBDMSstatsLOBD包允许计算和可视化黑限(LOB)和检测限(LOD)。我们将LOB定义为当不含肽的空白样品的重复被测量时，预期肽的最高表观浓度。LOD被定义为在给定虚假宣称肽存在的概率为0.05的情况下，在样本中虚假宣称肽不存在的概率为0.05的测量浓度值。这些功能以前是MSstats包的一部分。该方法见Galitzine (2018) 。

• multiSightmultiSight是一个R包，提供了一个用户友好的图形界面，以基于Stouffer的p值池和多块统计方法的多组学方式分析您的组学数据集。对于您提供的每个omic数据集，multiSight提供具有特征选择的分类模型，您可以将其用作生物签名:(i)预测表型(例如诊断任务、组织学子类型)，(ii)设计路径和基因本体丰富(过表示分析)，(iii)构建与PubMed查询链接的网络推理，使假设更容易和数据驱动。

• mumosa用于单细胞数据集的多模式分析的各种实用程序。包括将多个模式进行下游分析的功能，跨多个模式执行基于mnn的批量校正，并计算不同模式的检测值之间的相关性。

• MungeSumstats的MungeSumstats软件包旨在促进GWAS汇总统计的标准化。它将重新格式化输入的汇总统计信息，以包括SNP、CHR、BP，并在缺少这些值时查找它们。它还可以在snp中去除重复。

• NanoStringNCTools纳米串技术的工具nCounter技术。提供将RCC文件读入ExpressionSet派生对象的支持。还包括用于NanoString数据的QC和规范化的方法。

• nempi以对数概率的不完全扰动剖面和差异基因表达作为输入，并推断出未观察到的扰动和增强已观察到的扰动。推理是通过迭代地从摄动中推导出一个网络，再从网络中推导出摄动来完成的。网络推理是由嵌套效应模型完成的。

• ORFhunteRORFhunteR包是一个R和c++库，用于自动确定和注释大量RNA分子中的开放阅读框(ORF)。它有效地实现了基于核苷酸序列向量化和随机森林分类算法的机器学习模型。ORFhunteR包由一组用R语言和c++编写的函数组成。通过对NCBI RefSeq和ensemble数据库中RNA分子的分析实例，验证了该包的有效性。该包可用于与正常和变异(例如癌症)人类细胞的转录组研究相关的基础和应用生物医学研究。

• PDATK胰导管腺癌(PDA)预后较差，是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类具有识别有意义亚型的潜力，这可以为临床设置的治疗策略提供信息。胰腺癌腺癌工具包(PDATK)提供了一个基于S4分类的接口，用于进行无监督亚型发现、跨队列元聚类、基于基因表达的分类和后续的生存分析，以确定胰腺癌及其以上的预后有用亚型。两种新方法，胰腺癌共识亚型(CSPC)和胰腺癌总体生存预测(PCOSP)分别用于基于共识的meta-聚类和总体生存预测。此外，还包括4个已发表的子类型分类器和3个已发表的预后基因签名，使用户可以轻松地重新创建已发表的结果，将现有的分类器应用于新数据，并对新方法的相对性能进行基准测试。使用现有的Bioconductor类作为所有PDATK类和方法的输入，可以与现有的Bioconductor数据集集成，包括metagx胰腺数据包中可用的21个胰腺癌患者队列。PDATK已被用于复制Sandhu等人(2019)[https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]的结果，另外一篇论文正在使用CSPC验证来自已发表的分类器的子类型，这两种分类器都使用metagx胰腺中可用的数据。从这些出版物和其他出版物中纳入亚型中心和预后基因标记将使研究人员和临床医生能够对新的患者基因表达数据进行分类，允许PDATK中包括的分类器直接临床应用。总的来说，PDATK提供了一套丰富的工具，用于基于基因表达数据识别和验证有用的预后和分子亚型，将新的分类器与现有的分类器进行基准测试，并将发现的分类器应用于新的患者数据，以指导临床决策。

• 亲在“路径指纹:一种新的基于路径知识和拓扑的生物标志物发现和表征方法”中介绍的路径指纹框架的实现。该方法提供了一个基因集(如差异表达基因的列表)和充分研究的“基本通路网络”(KEGG通路)之间的系统比较，测量通路和基因对基因集的重要性。该软件包有助于研究人员发现生物标志物及其功能。

• PhenoGeneRanker该软件包是一个利用多重异构基因表型网络的基因/表型优先排序工具。phengeneranker允许多层基因和表型网络。它还根据基因/表型在网络中的连通性程度，使用基因/表型的随机分层抽样计算基因/表型排序的经验p值。https://dl.acm.org/doi/10.1145/3307339.3342155。

• PhIPDataPhIPData为噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)实验定义了一个S4类。基于rangedsummarizeexperiment类，PhIPData允许用户在分析中协调元数据与实验数据。此外，PhIPData提供了专门的方法来子集和识别珠子样本，使用病毒别名子集对象，并使用现有的肽库填充对象参数。

• 地球该包包含R函数，用于推断胎盘数据补充DNA甲基化分析的附加生物变量。这包括从胎盘DNA甲基化阵列(450k/850k)数据推断种族/血统、孕龄和细胞组成。该包附带一个经过处理的胎盘数据集示例。

• PoDCall读取从“QuantaSoft”导出的文件，其中包含ddPCR(96孔板)的振幅值，并可靠地设置阈值，以确定每个孔的每个通道的阳性液滴。然后计算每口井的浓度和归一化浓度以及其他指标。结果以表的形式返回(可选地写入文件)，以及可选的图(散点图和直方图)。该软件包包括一个闪亮的应用程序，它为PoDCall的全部功能提供了一个交互式的和用户友好的界面。

• POWSC在高通量实验的设计阶段，确定足够的样本量以检测统计显著性是至关重要的一步。尽管在差异表达(DE)的背景下，已有许多方法和工具可用于计算微阵列和RNA-seq的样本量，但单细胞RNA测序领域的这一主题仍有待研究。此外，scRNA-seq中存在的独特数据特征，如稀疏性和异质性增加了挑战。我们提出了一种基于模拟的POWSC方法，为单细胞RNA测序DE分析提供功率评估和样本量推荐。POWSC由一个创建真实表达式数据的数据模拟器和一个功率评估器组成，功率评估器提供了功率和样本大小关系的全面评估和可视化。

• ppcseq相对转录本丰度已被证明是了解基因在生物系统中的功能的一个有价值的工具。对于利用RNA测序数据进行转录本丰度的差异分析，负二项模型是目前最常用的方法。然而，基于负二项模型的常用方法对极端异常值并不稳健，而我们发现在公共数据集中极端异常值非常多。到目前为止，还没有针对RNA测序数据开发出严格的、概率化的异常值检测方法，主要依靠目测进行识别。贝叶斯计算的最新进展允许将观测数据与统计模型中给出的理论分布进行大规模比较。在这里，我们提出了ppcseq，这是一种关键的质量控制工具，用于识别差异表达分析中包含异常数据点的转录本，它不遵循负二项分布。应用ppcseq使用流行工具分析几个公开可用的数据集，我们表明，在算法和数据集之间差异丰富的转录本中，有3%到10%的统计数据由于异常值的存在而被夸大。

• ptairMS这个包实现了一套方法来预处理来自PTR-TOF-MS仪器(HDF5格式)的数据，并生成峰值强度的“按特征采样”表，此外还有样本和特征元数据(作为一个单独的ExpressionSet对象，用于后续的统计分析)。该软件包还允许有用的工具队列管理，如逐步分析数据，可视化工具和质量控制。该步骤包括标定、过期检测、峰值检测与量化、特征对齐、缺失值归责和特征标注。应用呼出空气和细胞培养在顶空描述在小插图和例子。该软件包用于Gassin Delyle研究中因严重COVID-19或非COVID-19急性呼吸窘迫综合征(ARDS)而在重症监护室接受有创机械通气的成人的数据分析，并允许识别4个潜在的感染生物标志物。

• quantiseqr该软件包为quanTIseq方法提供了一个简化的工作流程，用于从RNA-seq数据执行肿瘤免疫环境的量化。量化是根据TIL10签名(解剖十种免疫细胞类型的贡献)进行的，从人类RNA-seq样本集合中精心制作。TIL10信号已通过模拟、流式细胞术和免疫组化数据得到广泛验证。

• ramrramr是一个R包，用于检测使用阵列或高通量亚硫酸氢盐测序甲基化分析获得的大型数据集中的低频畸变甲基化事件。此外，package提供了可视化发现的异常甲基化区域(AMRs)的功能，并生成所有可能区域的集合，用作富集分析的参考集。

• rawrr这个包包装了RawFileReader . net程序集的功能。在R环境中，光谱和色谱图由S3对象表示(Kockmann T.等人(2020))。该软件包提供了下载和安装所需第三方库的基本功能。该软件包是在瑞士苏黎世功能基因组学中心开发、测试和使用的https://fgcz.ch．

• RbecRbec是DADA2的改编版本，用于分析合成群落(SynComs)的扩增子测序数据，其中每个菌株的参考序列都存在。Rbec不仅可以对SynCom中的微生物成分进行准确的分析，还可以对SynCom样品中的污染物进行预测。

• RCSL一种新的聚类算法和工具包RCSL(秩约束相似学习)，可以使用来自复杂组织的scRNA-seq数据准确识别各种细胞类型。RCSL同时考虑细胞之间的低热量相似度和全局相似度，以识别同一类型细胞之间的细微差异和不同类型细胞之间的较大差异。RCSL利用细胞表达载体与其他细胞表达载体的Spearman秩相关性来度量其全局相似性，并自适应地学习细胞的邻居表示作为其局部相似性。一个细胞与其他细胞的整体相似度是其全局相似度和局部相似度的线性组合。

• ReactomeContentService4RReactome是一个免费、开放源码、开放获取、策划和同行评议的生物分子途径知识库。这个包与Reactome内容服务API交互。预先构建的功能将允许用户检索由蛋白质、路径和Reactome中与特定基因或实体相关的其他分子组成的数据和图像。

• ReactomeGraph4RReactome知识中的路径、反应和生物实体被系统地表示为一个有序的网络。实例表示为节点，实例之间的关系表示为边;它们都存储在Reactome图形数据库中。这个包用作从本地Neo4j数据库查询互连数据的接口，目的是尽量减少Neo4j Cypher查询的使用。

• RiboDiPA这个包对Ribo-seq数据执行差分模式分析。它可以在两种情况下识别核糖体足迹中具有显著不同模式的基因。RiboDiPA包含五个主要组件，包括bam文件处理、p站点映射、数据绑定、差异模式分析和足迹可视化。

• RLassoCoxRLassoCox是一个实现了刘伟提出的RLasso-Cox模型的包。RLasso-Cox模型将基因相互作用信息整合到Lasso-Cox模型中，用于精确的生存预测和生存生物标志物的发现。这是基于基因相互作用网络中拓扑上重要的基因往往有稳定的表达变化的假设。RLasso-Cox模型通过随机游走来评估基因的拓扑权重，然后突出拓扑上重要的基因，以提高Lasso-Cox模型的泛化能力。RLasso-Cox模型具有在独立数据集上识别预后性能高的小基因集的优势，这可能在识别各种癌症类型的稳健生存生物标志物方面发挥重要作用。

• 圣诞老人这个包提供了测量网络和表现型之间关联强度的方法。它通过测量跨网络(Knet)的表型聚类来做到这一点。顶点也可以根据它们与高权重顶点(Knode)的关联强度单独排序。

• 土星satuRn为执行差异文本使用分析提供了一个高性能和可伸缩的框架。该软件包包含三个主要功能。第一个函数fitDTU拟合准二项广义线性模型，该模型模拟不同兴趣组的转录物使用情况。第二个函数testDTU测试感兴趣的组之间抄本的使用差异。最后，plotDTU可视化感兴趣组中转录本的使用概况。

• ScaledMatrix提供缩放和居中值的矩阵的延迟计算。结果等同于使用scale()函数，但避免在块处理期间显式地实现密集矩阵。这允许在常见操作中提高效率，最显著的是矩阵乘法。

• SCArray使用基因组数据结构(GDS)文件提供大规模的单细胞RNA-seq数据操作。它结合了存储在GDS文件和Bioconductor基础架构框架(singlecellexperexperiment和DelayedArray)中的密集和稀疏矩阵，以提供内存不足的数据存储和使用R编程语言进行大规模操作。

• scClassifR该软件包包括一套预先训练的机器学习模型，用来预测基本的免疫细胞类型。这使得所有用户都可以快速获得数据集中单元格类型的第一个注释，而不需要事先了解。scClassifR还允许用户根据特定的研究需求训练自己的模型来预测新的细胞类型。

• sechmsechm在summarizeexperiment对象和ComplexHeatmap包之间提供了一个简单的接口。它支持从SE对象绘制带注释的热图，易于访问rowData和colData列，并实现了许多特性，使热图的生成更容易、更灵活。这些功能过去是SEtools包的一部分。

• shinyepicoShinyÉPICo是一个分析Illumina DNA甲基化阵列(450k或EPIC)的图形管道。它允许在用户友好的界面中计算差异甲基化的位置和差异甲基化的区域。此外，它还包括几个选项，用于导出结果和获取文件以执行下游分析。

• SingleMoleculeFootprintingSingleMoleculeFootprinting是一个R包，提供分析单分子足迹(SMF)数据的功能。按照小插图中举例说明的工作流程，用户将能够用最少的编码工作执行SMF数据的基本数据分析。从一个对齐的bam文件开始，我们展示了如何对测序文库进行质量控制，提取两种可能的SMF实验(单酶或双酶)的单分子水平的甲基化信息，基于它们的分子占用模式对单分子进行分类，在给定的基因组位置绘制SMF信息

• sitadela提供一个建立基因组注释及其坐标(基因、转录本和外显子水平)的统一数据库的接口。它的目的是在需要简单的以制表符分隔的注释(或简单的grange对象)而不是更复杂的注释Bioconductor包时使用。当需要组合注释元素时也很有用，例如RefSeq与ensemble生物类型的坐标。最后，它可以下载、构造和处理带有版本化基因和转录本的注释(在可用的地方，例如RefSeq和最新的integrbl)。这在精确医疗应用中特别有用，后者必须报告。

• SOMNiBUS该软件包旨在分析预定义基因组区域上基于计数的甲基化数据，如通过靶向测序获得的数据，从而识别与表型或性状相关的差异甲基化区域(DMRs)。该方法建立了一个丰富灵活的模型，允许影响甲基化水平，多个协变量沿基因组区域平滑变化。同时，这种方法还允许测序错误，并可以调整细胞类型混合物的可变性。

• SplicingFactorySplicingFactory R包使用转录水平的表达值来分析基于各种统计措施的拼接多样性，如香农熵或基尼指数。这些方法可以量化样本内或条件之间的转录本亚型多样性。此外，该程序包分析亚型多样性数据，寻找条件之间的显著变化。

• Summix这个包包含Summix方法，用于估计和调整遗传汇总等位基因频率数据中的祖先。函数summix使用混合模型估计参考祖先比例。adjAF函数为一个与目标人或样本匹配的祖先比例的观察样本产生祖先调整的等位基因频率。

• supersigs从癌症基因组中的单个核苷酸变异中生成SuperSigs(监督突变签名)。包中包含的函数允许用户从数据中学习受监督的突变签名，并将其应用到新数据中。该方法基于Afsari (2021, ELife)中描述的方法。

• systemPipeToolssystemPipeTools包扩展了广泛使用的systemPipeR (SPR)工作流环境，提供了一个增强的数据可视化工具包，包括用于差异表达基因(deg)分析的自动化数据可视化的实用程序。systemPipeTools通过散点图、分层聚类热图、主成分分析、多维标度、广义主成分、t-分布式随机邻居嵌入(t-SNE)、MA和火山图提供数据转换和数据探索功能。所有这些实用程序都可以与systemPipeR环境的模块化设计集成，允许用户轻松地替换任何这些功能和/或自定义替代方案。

• tLOHtLOH，或转录组学sloh，评估预处理的空间转录组学数据中杂合性(LOH)丢失的证据。该工具需要在VCF格式的可能杂合单核苷酸多态性(SNP)位置上的空间转录组聚类和等位基因计数信息。在每个SNP上计算贝叶斯因子，以确定杂合性事件潜在损失的可能性。包含两个绘图函数，以可视化每条染色体的等位基因分数和聚合贝叶斯因子。使用10X Genomics Visium Spatial Gene Expression平台生成的数据必须经过预处理，以获得单个样本VCF，每个簇都有列。必填项是等位基因深度(AD)和参考/备选等位基因的计数和读取深度(DP)。

• TrajectoryGeometry给定基因表达数据的时间序列或伪时间序列，我们可能想知道:这些数据中基因表达的变化是否具有方向性?在这个方向上有转折点吗?数据的不同子集是否向不同的方向移动?这个包使用球形几何来探究这类问题。特别是，如果我们观察(比如说)基因表达PCA的前n个维度，指向性可以被检测为(n-1)维球体上的点的聚类。

• TrajectoryUtils实现用于单单元轨迹分析的底层实用程序，主要用于在更高级别的包中重用。包含创建集群级最小生成树的函数和保存伪时间推断结果的数据结构。

• TraReTraRe(转录重布线)是一个R包，包含必要的工具来执行几个功能。基于模块的基因调控网络的识别通过重新布线测试对这些模块进行基于分数的分类;重构模块可视化，分析基于条件的GRN失调，并通过cliques方法剔除恢复的基因。对于每个工具，都可以生成一个html报告，其中包含关于所生成GRN的有用信息和关于所执行测试的统计数据。这些工具是考虑到测序数据(RNA-Seq)而开发的。

• 旅行为R的ALTREP对象创建一个虚拟指针，该对象在内存中没有分配的数据。该指针是由虚拟文件的文件映射生成的，因此它的行为与普通指针完全相同。所有访问指针的请求都将被发送到底层文件系统，并最终由定制的数据读取函数处理。该包的主要目的是在使用R的向量表示大数据时减少内存消耗。包的用例包括磁盘数据表示、压缩向量(例如。RLE)等。

• treekoRtreekoR是一个新颖的框架，旨在利用单细胞细胞术数据的层次性，找到细胞子集和患者临床终点之间的健壮和可解释的关联。这些关联的目的是概括涉及手动门控的工作流中普遍存在的嵌套比例，这在使用自动聚类来识别细胞群的工作流中经常被忽略。我们开发treekoR的目的是:导出细胞集群的层次树结构;测量与父节点的比例(树中每个节点的细胞相对于属于其父节点的细胞数量的比例)，以及与所有的比例(每个节点的细胞相对于所有细胞的比例);使用计算出的比例进行显著性检验;并提供交互式HTML可视化，以帮助突出显示关键结果。

• 三轮车该包包含使用单细胞RNASeq数据推断和可视化细胞周期过程的函数。它利用了迁移学习的思想，将新数据投射到先前学习过的生物可解释空间。我们提供了一个预先学习的细胞周期空间，可以用来推断人类和小鼠单细胞样本的细胞周期时间。此外，我们还提供了在不同嵌入上可视化单元格周期时间的函数和构建新引用的函数。

• ttgsea基因集富集分析(GSEA)等功能富集分析方法已广泛应用于基因表达数据的分析。GSEA是一种强大的方法，通过计算预定义的基因集的富集分数来推断基因表达数据在基因集水平上的结果。GSEA依赖于基因集的可用性和准确性。由于单个生物过程可能存在多个术语，基因集或类别术语之间存在重叠，从而导致丰富术语中的冗余。换句话说，相关的术语集合是重叠的。使用深度学习，该包旨在预测基因集名称中的文本中唯一标记或单词的富集分数，以解决这个重叠集问题。此外，我们可以通过组合代币来创造一个新术语，并通过预测这样的组合代币来找到它的浓缩分数。

• VarConVarCon是一个R包，它从单个核苷酸变异(SNV)的注释(引用编码序列或参考基因组序列)转换位置信息。它在单核苷酸变异的位置周围检索基因组参考序列。为了评估SNV是否可能潜在地影响剪接调节蛋白的结合，VarCon计算HEXplorer评分作为估计。此外，VarCon还报告了检索到的基因组序列中剪接位点的强度以及任何由SNV引起的变化。

• vissE该软件包支持使用基于网络和文本挖掘的方法对基因集富集分析的结果进行解释和分析。大多数富集分析的结果是大量难以解释的重要基因集。这个工具包中的工具有助于从基因集富集分析中建立一个基于相似性的重要基因集网络，然后可以使用文本挖掘方法研究它们的生物功能。

• wppi蛋白质-蛋白质相互作用数据对组学数据分析和建模至关重要。数据库知识是一般的，不特定于细胞类型、生理状况或任何其他上下文，决定哪些连接是功能性的和有助于信号传递。功能注释如基因本体论和人类表型本体论可能有助于评估相互作用的相关性。该包基于功能注释(如人类蛋白质本体和基因本体)预测蛋白质-蛋白质相互作用的功能相关性，并基于网络拓扑、功能评分和路径搜索算法对基因进行优先级排序。

• XNAStringXNAString包允许在单个对象中描述碱基序列和相关的化学修饰。XNAString可以捕获单链分子，也可以捕获双链分子。化学修饰被表示为与分子的不同特征(碱基序列、糖基序列、主链序列、修饰)相关的独立字符串，可以被读写到HELM符号中。它还可以使用维也纳的RNAfold进行二级结构预测。XNAString被设计为基于核酸的治疗方法的有效表示，因此它存储目标序列的信息，并提供来自Biostrings包的匹配和对齐功能的接口。

新的数据实验包

在这个版本的Bioconductor中有22个新的数据实验包。

• BeadSorted.Saliva.EPIC原始数据对象用于估计唾液细胞的比例估计在ewastool。FlowSorted.Saliva.EPIC对象是由Lauren Middleton等人(2021)分析的样本构建的。

• BioImageDbs该软件包为使用机器学习和深度学习的图像分析提供了一个生物图像数据集。该数据集包括带有监督标签的显微镜成像数据。数据作为R列表数据提供，可以加载到R中的Keras/tensorflow。

• DExMAdataDExMA包的allSameID()函数需要的数据对象。为了能够应用DExMA包的示例，还需要一些对象，这些示例演示了包的功能。

• emtdata该包提供了预处理的RNA-seq数据，其中在细胞系上诱导上皮细胞向间质转变。这些数据来自Cursons et al.(2015)、Cursons etl al.(2018)和Foroutan et al.(2017)三份出版物。在这些出版物中，EMT在TGFb和其他兴奋剂治疗后被诱导跨多个细胞系。这些数据将有助于确定为实现EMT而修改的监管程序。数据由WEHI生物信息部的Davis实验室处理。

• ewceData这个包提供了ewce所需的参考数据。表达加权细胞类型富集(EWCE)用于确定基因列表中富集的细胞类型。该工具包提供了测试简单基因列表(如人类疾病相关基因)和差异表达研究结果中富集基因的工具。该包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集，用户定义的数据集可以加载并用于分析。

• GenomicDistributionsData这个包为基因组分布包提供了准备使用的参考数据。原始数据从ensemble bldb中获取，并使用辅助函数进行处理。以下基因组集合的数据文件可用:hg19, hg38, mm9和mm10。

• GSE13015微阵列表达矩阵平台GPL6106和67例败血症患者的临床数据作为GEO接入GSE13015．GSE13015数据已解析为ExperimentHub中可用的summarizeexperiment对象。此数据数据可作为支持BloodGen3Module R包的示例。

• imcdatasetsimcdatasets包提供了对公开可用的IMC数据集的访问。IMC是一种能够从组织切片中测量> 40蛋白的技术。生成的图像可以分割提取单细胞数据。数据集通常由三个元素组成:包含单细胞数据的singlecellexperexperiment对象、包含多通道图像的CytoImageList对象和包含用于从图像中提取单细胞数据的细胞掩码的CytoImageList对象。

• LRcellTypeMarkers这是LRcell的一个外部实验数据包。该数据包包含从scRNA-seq数据集计算出的基因富集分数，它表明了大脑特定区域中每种细胞类型的基因富集。LRcell包用于识别驱动批量RNA-seq差异基因表达实验中观察到的变化的特定亚细胞类型。详情请访问:https://github.com/marvinquiet/LRcell。

• MACSdata的示例中使用了MACS3测试示例中的测试数据集MACSr包中。所有9个数据集都上传到ExperimentHub．原始数据可以在https://github.com/macs3-project/MACS/上找到。

• methylclockData收集9个数据集，andrews和bakulski脐带血，血gse35069，血gse35069 chen，血gse35069完整，合并脐带血，脐带血d gse68456, gervin和lyle脐带血，guintivano dlpfc和唾液gse48472 "。下载的资料meffil．使用外部表观遗传年龄加速(EEAA)方法估计细胞计数收集12个数据集，使用甲基时钟包估计时间和妊娠DNA甲基化，使用不同的甲基化时钟估计器

• microbiomeDataSetsmicrobiomedat集是从Bioconductor的ExperimentHub基础设施加载的微生物组数据集。这些数据集可作为在Bioconductor上发布的微生物组分析工具旁边的工作流程和小插图的参考。额外的数据集可以添加额外的时间和作者的补充是欢迎的。

• MouseThymusAgeing该软件包提供了使用SMARTseq2和10X基因组化学技术对小鼠衰老过程中胸腺上皮细胞的计数矩阵和单细胞RNA测序数据的数据访问。访问是通过ExperimentHub作为数据包提供的。它旨在促进Baran-Gale数据的重用et al。以一致的格式，包括相关的和有信息的元数据。

• msigdb这个包提供了分子签名数据库(MSigDB)在一个R可访问的对象。签名存储在GSEABase包的GeneSet类对象中，整个数据库存储在GeneSetCollection对象中。然后，这些数据托管在ExperimentHub上。此包中使用的数据来自布罗德研究所的MSigDB。每个基因集的元数据与基因集一起存储在GeneSet类对象中。

• ObMiTi试剂盒提供2株肌肉鼠的RNA-seq计数;野生型和Ob/Ob。每个菌株分为两组，每组分别饲喂周粮和高脂饲料。12周后检测7个组织的RNA表达。

• preciseTADhub一个实验数据包，用于补充preciseTAD包，其中包含预先训练的模型和每个基因组注释的变量重要性，用于构建解析成列表对象的模型，并可在ExperimentHub中获得。总的来说，preciseTADhub提供了访问n=84个随机森林分类模型，优化了预测TAD/染色质环边界区域，并存储为。rds文件。n的值来自于我们考虑l=2个细胞系{GM12878, K562}， g=2个ground truth boundary {Arrowhead, Peakachu}， c=21条常染色体{CHR1, CHR2，…，CHR22}(除去CHR9)。此外，每个对象本身是一个两项列表，包含:(1)模型对象，(2)用于预测边界区域的CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143的变量重要性。每个模型通过“坚持”策略进行训练，使用染色体{CHR1, CHR2，…，CHR1, CHRi+1，…，CHR22}的数据建立模型，保留第i条染色体进行测试。有关模型构建策略的更多细节，请参见https://doi.org/10.1101/2020.09.03.282186。

• ptairDataptairData包包含两组来自质子转移反应飞行时间质谱仪采集(PTR-TOF-MS)的原始数据集，格式为HDF5。一个来自两个志愿者健康个体的呼出的空气，有三个重复，另一个来自两种分枝杆菌的细胞培养顶空和一个对照(仅培养基)，有两个重复。这些数据集在示例和ptairMS包(PTR-TOF-MS数据预处理)的小插图中使用。在pairms数据中也有用于生成ptrSet的:exhaledPtrset和mycobacteriaSet

• scpdata该软件包传播基于质谱(MS)的单细胞蛋白质组学(SCP)数据集。数据从已发表的工作中收集并使用scp数据结构。数据集包含单个细胞或微小样本量的光谱、肽和/或蛋白质水平的定量信息。

• SimBenchDataSimBenchData包共包含35个单细胞RNA-seq数据集，涵盖广泛的数据特征，包括主要的测序协议，多种组织类型，以及人类和小鼠来源。

• SingleMoleculeFootprintingData此数据包包含与单分子足迹包相关的数据对象。更具体地说，它包含一个对齐排序数据的示例(。bam & .bai)必须运行SingleMoleculeFootprinting小插图。此外，我们提供了一些函数(如BaitCapture()和SampleCorrelation())正确工作所必需的数据。

• STexampleData以SpatialExperiment Bioconductor格式收集的空间解析转录组学数据集，用于示例、演示、教程和其他目的。这些数据集来自各种公开来源，涵盖了多个技术平台。

• TENxVisiumData由10X Genomics收集的Visium空间基因表达数据集，格式化为SpatialExperiment类的对象。数据涵盖了各种生物和组织，包括:单节和多节实验，以及单节进行了整个转录组和靶向面板分析。数据集可以用于包中的测试和示例，用于教程和工作流演示，或类似的目的。

新的注释包

在这个版本的Bioconductor中有7个新的注释包。

• AHLRBaseDbs为AnnotationHub提供LRbaseDb许多物种的配体-受体注释数据库。所有的SQLite文件都是由我们的Snakemake工作流生成的lrbase-workflow．详细信息请参见README。lrbase-workflow的Md。

• AHMeSHDbs为AnnotationHub提供MeSHDbNIH MeSH注释数据库用于许多物种。所有的SQLite文件和metadata.csv都是由我们的Snakemake工作流生成的mesh-workflow．

• AHPathbankDbs该软件包提供了与PathBank通路相关的代谢产物和蛋白质的全面映射表。这些表包括HMDB, KEGG, ChEBI, CAS, Drugbank, Uniprot id。表中列出了10个物种(“智人”、“大肠杆菌”、“小家鼠”、“拟南芥”、“酿酒酵母”、“金牛”、“秀丽隐杆线虫”、“褐家鼠”、“黑腹果蝇”和“铜绿假单胞菌”)。这些表信息可用于代谢物集(和其他)富集分析。

• AHPubMedDbs为AnnotationHub提供一些预处理过的sqlite、tibble和数据。表数据集PubMed。所有的数据集是由我们的Snakemake工作流生成的pubmed-workflow．详细信息请参见README。pubmed-workflow的Md。

• gwascatData此包管理云中的文本文件，包含EBI/EMBL GWAS目录的2021年3月30日快照。这简化了对EBI GWASCAT快照的访问。使用gwascat包可以获得更多的当前图像。

• MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38从基因组聚合数据库(gnomAD版本3.1.1)中存储少量等位基因频率数据，用于人类基因组版本GRCh38。

• Orthology.eg.db正交映射包，基于NCBI数据，使用NCBI基因id和分类法id。

新的工作流程包

在这个版本的Bioconductor中有一个新的工作流包。

• ExpHunterSuiteExpHunterSuite实现了转录数据分析的综合协议R软件包和组合它们的结果。它涵盖了RNA-seq数据的DEG检测、CEG检测和功能分析的所有关键步骤。它被实现为一个包含可以交互运行的函数的R包。此外，它还包含包装函数的脚本，可以直接从命令行运行。

新书

没有新的在线图书。

来自新的和现有软件包的新闻

王牌

1.9.3版本更改(21-01-28)

• 现在默认将性染色体排除在模型拟合之外

• 还包括sgc参数在两个样本的比较

• ACEcall的数据帧输出和两个样本比较现在被限制在选定的染色体上

  1.9.1版本更改(21-01-15)

• 只有一个种系拷贝(如雄性的X和Y)的染色体适应拟合

• 增加了指定在方块模型中包含哪个单元格的选项

• 选项保存readCounts-object在runACE

airpart

版本0.0.99的更改

• 提交给Bioconductor…

AlpsNMR

3.1.5版的更改

• 移除关于future_options弃用的警告

  3.1.4版的更改

• 修复了加载bruker文件的错误

  3.1.3版本更改(2020-11-19)

• 增加了指导遵循一个更长的教程

• 修改了Nmr_pca_outliers_plot，以显示plot的所有边界中的名称

  3.1.2版本更改(2020-11-04)

• 修复了与Bioconductor Renviron变量R_CHECK_LENGTH_1_CONDITION相关的Bug

  3.1.1版本更改(20-10-30)

• 修改了作者列表的顺序

  3.1.0版本更改(20-10-22)

• 生物导体中接受的包装

ANCOMBC

1.1.5版本更改(21003-09)

• bug修复:修复了膨胀的p值和不一致的输出格式的bug。

  1.1.4版本更改(21-02-28)

• Bug修复:修复元数据只包含一个变量，并且使用最小库大小截断删除一些样本的错误。

  1.1.3版本更改(21-02-19)

• 为类群数量较少的情况添加警告消息。

  1.1.2版本更改(2020-12-08)

• Bug修复:修复了采样分数估计将返回一个数字而不是一个向量的错误。

  1.1.1版本更改(2020-11-20)

• 与微生物组包的功能集成。

AnnotationDbi

1.54版的更改

新功能

• Inparanoid矫形学包有一个新的替换包，称为orthology . e.g. .db

• 这个包使用NCBI正交学数据，使用常用的select()接口在物种之间映射NCBI基因id

修改

• 已从OrgDb和ChipDb包中移除UniGene数据

• 基因类型数据已添加到OrgDb和ChipDb包中

  1.53版本的更改

新功能

• organizmkeggframe()提供了一个物种名称和KEGG组织的数据框架

修改

• 从KEGG.db(已弃用)到KEGGREST的转换
  • 这涉及到在创建KEGGFrame对象时改变KEGG id的检查方式。
• 删除任何Inparanoid数据/结构的使用，因为hom.*.inp.db包已被删除。这些数据非常过时，没有替代品。
  • 删除InparanoidDb对象和所有方法

AnnotationForge

1.34.0版本的更改

新功能

• 从OrgDb和ChipDb包中删除UniGene

• 为OrgDb和ChipDb包添加了基因类型表

• 增加了构建orthology . g. .db包的功能，该包在物种之间映射NCBI基因id

• RSQLite已弃用dbGetQuery修改数据库语句;更新为使用dbExecute代替

AnnotationHub

在2.99.0版本的更改

主要更新

• 默认的缓存位置已经改变。使用tools::R_user_dir代替rappdirs::user_cache_dir。为了避免缓存冲突，用户必须在继续之前管理旧缓存位置。小插图中提供了处理旧缓存位置的信息。

• 另一个主要的变化是，在非交互会话中自动创建一个默认缓存位置，而不是使用临时位置。在交互会话中，仍然会提示用户输入权限。

  在2.23.0版本中的更改

用户可见的修改

• (2.23.2)创建一个新的包含所有内容的小插图，引用experimenthub和AnnotationHub。在所有四个相关的包中引用这个小插图，而不是试图维护本质上相同的多个小插图。这也涉及到删除CreateAnAnnotationPackage

修改

• (2.23.1)修正了ERROR信息，以更好地显示小插图的故障排除文档，并修正了故障排除小插图中的参考。这些错误都是由AnnotationHub和ExperimentHub触发的，因此故障排除文档在AnnotationHub中明确说明。

AnnotationHubData

在1.21.0版本的更改

修改

• 1.21.9添加PNG为有效的源类型

• 1.21.4删除创建注释集线器包的小插图。在AnnotationHub中引用和引用单个小插图

• 1.21.3数据库的标签现在是biocViews和meta$Tags的组合。还检查有效的AnnotationHub或AnnotationHubSoftware biocview。

• 1.21.2添加mtx.gz作为有效的源类型

错误修正

• 1.21.3修复了make*HubMetadata using " . "的错误

内部bug修正

• 1.21.1放错地方了!条款

删除

• 1.21.5移除BioPax。Url不再有效。资源是旧的，除了第一次添加之外从不使用

铁砧

1.4.0版的更改

新功能

• (v 1.3.1)支持Rawls()服务(' Terra() '编制API的更细粒度实现/扩展)。

• 引入avworkspace_*()函数来查看和更新工作流配置。

• 引入avnotebooks_()函数，用于管理工作区和运行时上的笔记本。

• (v 1.3.11)引入avtable_paged()用于按页访问表

• 引入avworkspace_clone()来克隆现有的工作区。

• avworkspaces()返回可用的工作空间。

• (v 1.3.24) gsutil_rsync()支持一个正则表达式exclude =来排除文件同步。

• avworkflow_localalize()将工作流控制和/或输出文件复制到本地磁盘。

用户可见更改

• (v 1.3.1)服务函数具有fun(x，…，。身体= list(y))，其中x是RESTful接口的“URL”的参数，y是POST和类似请求的“BODY”的参数。的元素提供向后兼容性，并用于填充元素。身体；当URL和BODY的参数名称相同时，需要完整的接口。

• (v 1.3.10, 1.3.11)返回名称为' table_id '的' entity '列，而不是' name '。

• (v 1.3.22)本地化()/ delocalize()在dry = TRUE时发出警告，因此本地化的缺乏更加明显。

• gsutil_stat()返回桶状态的tibble摘要，而不是character()。

• 为所有Leonardo请求添加Referer:头文件

错误修复

• (v 1.3.6)当。身体由一个参数组成，它表示为一个未命名的集合。

• (v 1.3.7)允许位置匹配。身体参数

• (v. 1.2.1 / 1.3.31) drs_stat()在多个散列可用时，每个URL返回一条记录。

AnVILPublish

1.2.0版的更改

新功能

• 包括README。md在工作区登陆页面(感谢Vince Carey)。

错误修复

• As_workspace()在设置仪表板时正确地传递未加框的' description '属性。

APAlyzer

1.5.5版本更改(21-01-31)

• 增加了ThreeMostPairBam来支持成对端bam。

  1.5.4版本更改(21-01-10)

• 修正了PASEXP_3UTR的错误。

  1.5.3版本更改(21-01-05)

• 更新PolyA_DB的链接。

  1.5.1版本更改(2020-12-07)

• 更新了导入和作者。

artMS

1.8.4版本更改(21-05-12)

• artmsanalysisquantiizations功能中的几个调整:
  • 在修改缺失值的数据时使用NAs而不是0 (-log2fc-wide.txt和-log2fc-long.txt文件)
  • 当配置文件中有3个或更多的比较可用时，plotClusteringAnalysis才可用

• 现在需要R > v4.0.0

• 更新文档和插图

• 代码清理

  1.8.3版本更改(21004-05)

• artmsProtein2SiteConversion现在支持uniprot id isoforms(感谢Emily King)

• 更新小插图，使如何在“normalization_reference”中提供几个蛋白id更清楚(感谢Olga Schubert)

  1.8.2版本更改(2021-03-18)

• artmsProtein2SiteConversion:新的PTM可作为参数，一个新的用户定义铝:XXX: yy．查看文档以了解更多信息

• QC图:默认情况下，所有QC图都输出到一个文件夹目录，按类型(QC -basic, QC -extended, qc_summary)

• artMS将创建相对于工作目录的所有文件夹和子文件夹。不需要指定工作目录的完整路径，但用户必须设置工作目录:setwd(" /path/to/working/directory/ ")

• 配置文件数据对象更新:

• “输出”用户可以添加一个文件夹，其中想要有输出结果文件。例如，“output: results_202003/example-results.txt”将创建“results_202003”文件夹(如果它不存在)，其中包含所有可用的结果文件

• “LFC”(log2fc)更新到-0.58到0.58的范围，即比1.5(而不是之前的2)大倍的变化

• 更新和改进文档和插图

• 修复了几个错误

  1.8.1版本更改(20-10-27)

• 更新“plotPCA”消息

• 更新文档和小插图

• 代码清理

ASpli

在2.1.3版本的更改

新引用

• ASpli发表在生物信息学上

• https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab141

特性

• binGenome现在在装箱时显示进度条。

错误修复

• gbCounts正确识别结点名称中的NA

• jCounts中的minAnchor是硬编码的，所以它对分析没有影响。现在它正在被正确地传递。

  2.1版的更改

新的功能和功能

• 新的位点图辅助功能。plotgeneppattern。

• 地块覆盖，连接和建筑

特性

• 增强小插曲。

• 为了使用ASpli包提供的gtf和bam文件，我们修改了快速入门部分

• 在小插图中添加新的ASpli概述部分

错误修复

• binGenome函数正确地分配位于每个基因开始和结束处的箱子

• binGenome函数能正确计算基因范围重叠

ATACseqQC

在1.15.11版本的更改

• 打破序列长度的限制，其末端必须小于或等于536870912。

  在1.15.10版本的更改

• 修复idxstatsBam返回值带有“*”的问题

  在1.15.9版本的更改

• 添加rmarkdown作为建议包。

  在1.15.8版本的更改

• 当没有BSgenome对象可用时，更新文档。

  在1.15.7版本的更改

• 当数据中有无限值时，修正TSSEscore的NA值。

  1.15.6版本的更改

• 修复rtracklyaer文档中缺失的链接:import。

  1.15.5版本的更改

• 当移位读取时删除重复项。

  1.15.4版本的更改

• 修复在exportBamFile中输入空对象时的问题。

  1.15.3版本的更改

• 在splitGAlignmentsByCut函数中使用exportBamFile时重用头文件。

  1.15.2版本的更改

• 修复exportBamFile函数中的标记MC。

  1.15.1版本的更改

• 写exportBamFile函数替换rtracklayer::export.bam。

AUCell

1.13版的更改

• 新函数:plotEmb_rgb()和getSetNames()

自治

0.99.0版本更改(2020-08-05)

• 提交给Bioconductor

awst

在0.99.1版本的更改

新功能

• 为summarizeexperiment类添加了awst和gene_filter方法。
• 为新方法添加了测试。

用户可见的重大更改

• awst和gene_filter的矩阵方法现在通过样本矩阵返回一个基因。

错误修复

• 一个也没有。

  在0.99.0版本的更改

新功能

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。
• 增加了一个小插图来说明包的主要用法。

用户可见的重大更改

• 一个也没有。

错误修复

• 固定gene_filter与NA值一起工作。

barcodetrackR

0.99.0版本的更改(2021-02-22)

• 开始使用生物导体
• 将较大的extdata移动到barcodetrackRData github

基础知识

2.3.4版本更改(21004-18)

• 添加scran中缺失的导入

  2.3.3版本更改(21004-14)

• 版本碰撞触发新的构建

  2.3.2版本更改(21004-14)

• 修复了处理分治推理的错误。

  2.3.1版本更改(2020-12-14)

• 缩放mu.mu在.EmpiricalBayesMu以匹配峰值所给出的规模

• 缩放mu0在.BASiCS_MCMC_Start为mu使用EB先验时，匹配峰值给出的规模

• 低最小公差mintol_mu(1e-5而不是1e-3)作为默认值.BASiCS_MCMC_ExtraArgs

蛇怪

1.4.0版的更改

• 支持从文件系统上的Python包目录安装。

• 在系统安装过程中清理Conda包目录，以减少磁盘占用。

basilisk.utils

1.4.0版的更改

• 在installConda()中执行系统安装时，避免缓存安装程序。否则，缓存在外部目录中，以避免需要/污染BiocFileCache的缓存。

• 在installConda()中正式放弃对Windows 32位的支持。

• 将activateEnvironment()从basilisk迁移回这里。

• 增加了cleanConda()工具来清理Conda环境。

• 增加了setCondaPackageDir()设置Conda包缓存目录。

后面;

1.8.0版本的更改

• 将findMutualNN()迁移到BiocNeighbors。

• 在multiBatchPCA()中支持d=NA，以便在调用函数时更方便地禁用PCA。

• 修正了指定子集的d=NA的错误。row= in fastMNN()。

• 添加了applyMultiSCE()函数，可以轻松地从多个singlecellexperexperiment输入跨主/备用实验应用函数。

• 增加了mnnDeltaVariance()函数，从MNN对之间的差异的方差计算诊断。

• 增加了quickCorrect()函数，可以快速执行交集、归一化、特征选择和校正。

• 从OSCA书籍中添加了一些基于集群的诊断(clusterplentiancevar ()， clusterplentiancetest()和compareMergedClusters())。

• 文件支持的矩阵现在在multiBatchPCA()之前被实现到内存中。

BayesSpace

1.1.3版本的更改

微小的改进和修复

• 为文档添加信息。

• getRDS()更新了新的URL。

  1.1.2版的更改

微小的改进和修复

• clusterPlot()接受字符向量和因子作为参数进行标记。

  1.1.1版的更改

微小的改进和修复

• spatialPreprocess()默认使用精确PCA而不是近似PCA。

  1.1.0版的更改

新的Bioconductor devel (3.13)

• 版本编号更改与Bioconductor版本碰撞

beachmat

在2.8.0版本的更改

• 提高非delayedarray rowBlockApply()中稀疏行子集设置的效率。

• 当DelayedArray是原始的且类型受支持时，避免DelayedArray块处理的开销。

• 从天窗迁移了whohnonzero()。

• 添加到csparse()，使其更容易将SparseArraySeeds转换为csparsematrix。

• 添加了realizefilebackkedmatrix()来实现具有文件支持组件的DelayedMatrix。

BEclear

2.7.1版本更改(2020-11-03)

• 修正了R检查和BiocCheck的一些警告

BgeeCall

1.7.3版本的更改

• 添加基于pValue和qValue的方法来生成当前/缺席调用

• 生成调用的默认方法是pValue

• 添加函数merging_libraries允许合并每个条件的调用

BiocCheck

1.27版的更改

错误修复

• (1.27.17)更新支持站点监视标记。标签不区分大小写

• (1.27.15)无论包类型如何报告小块检查(@lshep， #136)

• 通过parseFile允许Rmd子文档的可移植性

• (1.27.3)正确检查包是否已经存在于CRAN/ bios中

• (1.27.3)单冒号使用的正确检查

• (1.27.2)通过调用R.home(' share ')来纠正R许可证数据库文件的路径。

新功能

• (1.27.16)检查所有包的类型(@lshep， #136)

• (1.27.12)检查LazyData:真在描述(@lshep， #128)

• ' DESCRIPTION '中的R版本依赖检查现在是' NOTE ' (@lshep， #126)

• 检查' error '和其他关键字在信号函数中，' message '， ' warning '和' stop '等(@hpages， #125)

• (1.27.8)检查“测试”条目。Rbuildignore”

• (1.27.7)删除BiocCheck和BiocCheckGitClone安装脚本;建议使用方法为BiocCheck ()

• (1.27.6)检查用户是否在支持站点的监视标签中有包名

• 检查信号器函数中是否有' paste ' / ' paste0 '， ' message '， ' warning '和' stop ' (@LiNk-NY， #64)

• (1.27.4)检查从外部资源(github, giitlab, bitbucket, dropbox;@LiNk-NY # 75)

• (1.27.1)检查许可证不排除用户类别，例如，非学术用户。

BiocFileCache

1.99版的更改

主要更新

• 默认的缓存位置已经改变。使用tools::R_user_dir代替rappdirs::user_cache_dir。为了避免缓存冲突，用户必须在继续之前管理旧缓存位置。小插图中提供了处理旧缓存位置的信息。

• 另一个主要的变化是，在非交互会话中自动创建一个默认缓存位置，而不是使用临时位置。在交互会话中，仍然会提示用户输入权限。

• 可以将环境变量设置为系统范围或用户范围，以控制默认的缓存位置:BFC_CACHE。注意:不要使用R变量或命令行导出来设置该变量。它必须设置为系统范围或用户范围，以便在未来的R会话中再现，否则它必须在每次使用时指定。它必须在调用库(BiocFileCache)生效之前设置。

• 修复SQL函数SQLExecute中的部分参数匹配错误

• (1.15.1)为线程安全的SQL操作增加了文件锁定功能。感谢ltla的公关

错误修复

• (1.99.6) cleanbfc()格式错误;参见https://github.com/Bioconductor/BiocFileCache/issues/31

BiocNeighbors

1.10.0版本的更改

• 从batchelor迁移了findMutualNN()。

• 提供了rcpp惹恼头文件以获得更大的可重复性。

• 为所有算法增加了一个distance= " cos "选项。

BiocParallel

1.26版的更改

用户可见更改

• bpvalidate()获得一个参数来控制警告/错误/静默信号，并返回一个' bpvalidate '对象。

BiocPkgTools

1.10.0版本的更改

新功能

• biocPkgRanges允许从构建报告中轻松识别指定范围包的包状态(按字母顺序排列)

• biocBuildEmail提供向包维护人员发送电子邮件通知的核心团队功能

用户可见的重大更改

• biocBuildEmail方法保存凭据文件以进行电子邮件身份验证credFile论点

• setCache使用工具::R_user_dir(“BiocPkgTools”、“缓存”)而不是rappdirs: user_cache_dir

错误修复

• biocBuildReport某些包的帐户描述文件格式不正确

• biocBuildReport已更新为生成报告格式的更改

BiocStyle

在2.20.0版本的更改

• 解决了rmarkdown 2.7.0版本(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/86)中引入的输出代码块的样式化问题

biocthis

1.1.10版本的更改

新功能

• 根据Luke Zappia等人的请求，添加了函数use_bioc_coc()。

  1.1.9版本的更改

新功能

• 现在use_bioc_github_action()有一个docker参数，它控制是否在GHA工作流的末尾(仅在Linux上)根据Kévin Rue-Albrecht的请求构建一个docker映像。

  1.1.7版的更改

错误修复

• 切换到匹配使用这个2.0.1，它改变了很多biocthis的内部代码。

  1.1.4版的更改

新功能

• 在https://github.com/cboettig/knitcitations/issues/107的讨论中，从knitcitations切换到RefManageR。

  1.1.3版本的更改

错误修复

• 已更新为使用usethis version 2.0.0或更新版本。查看以下有关使用此更改的更多信息:https://twitter.com/JennyBryan/status/1337858543404285952?s=20。

biocViews

1.59.0版本的更改

增强

• (1.57.3)添加生物视图术语差异化的na3dstructure

• (1.57.2)将CRAN包添加到反向依赖列表中

• (1.57.1)添加生物视图术语Chlamydomonas_reinhardtii

biodb

版本0.99.11 (2021-05-17)

• 在BiodbConfig内更改示例，以避免错误理解设置(“缓存。目录”、“~ / my.biodb.cache”)，导致人们认为在运行示例时，一些文件被写入USER HOME文件夹中。

  版本0.99.10 (2021-05-07)

• 正确的c++函数文档。

  0.99.9版本更改(21005-07)

• 解决BiocCheck中的一些注释。

• 在进步课上正确的例子。

  0.99.8版本更改(21005-06)

• 正确的模板travis。Yml为扩展:丢失deps安装，运行所有检查。

• 改进扩展的模板Makefile。

• 添加缺少的test-cpp。Rtemplate file for running C++ tests from testthat.

• 默认情况下，将要测试的条目限制为通用测试中的一个条目。

• 改善小插曲。

• 将默认的小插图重命名为“biodb.Rmd”。

  0.99.7版本的更改(21004-27)

• 将Biodb类重命名为BiodbMain，以避免在Windows平台上出现“Rd警告:Previous alias or file overwritten by alias: Biodb”。

• 实现newInst()全局函数来创建新的BiodbMain实例。

  0.99.6版本的更改(21004-27)

• 重建doc。

  0.99.5版本的更改(21004-27)

• 为runGenericTests()添加缺失的参数文档。

  0.99.4版本的更改(21004-27)

• 将长测试移动到单独的目录“long”。

  0.99.3版本的更改(21004-27)

• 在我的个人资料支持网站https://support.bioconductor.org/上添加了“biodb”作为观看标签。

  0.99.2版本的更改(21004-27)

• 切换到MassBank提取以测试MassCsvFile和MassSqlite连接器。

  0.99.1版本的更改(21004-26)

• 删除被BiocCheckGitClone拒绝的Git文件。

• 在本地测试中使用CHECK_RENVIRON。

• 正确BiodbEntryFields::getRealName()中未通过检查的条件。

• 添加所有文件man/*。Rd for BiocCheck run on //www.anjoumacpherson.com.

  0.99.0版本的更改(21-04-22)

• 提交给Bioconductor

biomaRt

在2.48.0版本中的更改

新功能

• getSequence()现在允许通过' useCache '参数关闭缓存。

• 使用ensemble自动检测SSL问题，并对bioart使用的http函数应用适当的设置。

错误修复

• 解决了getSequence()和ID类型在“sequences”页面上不可用的问题。这可能导致从查询返回的序列被截断。

• 如果getBM()发现缓存项，则会失败，但文件已损坏。现在将检测到无效条目，如果遇到则删除。

BioNERO

0.99.0版本的更改(21003-05)

• 已向Bioconductor提交软件包。

biosigner

1.19.2版本的更改

次要的修改

• getMset:文档中的小修正

BloodGen3Module

在0.99.38版本的更改

• 提交给Bioconductor

咆哮

1.2.0版的更改

• 以前的零权值边现在在makeSNNGraph()中被赋值为名义正权值。

• 增加了MbkmeansParam()从mbkmeans包装小批处理k-means。

• 增加了SOMParam()来包装kohonen的自组织地图实现。

• 添加了AffinityParam()来包装来自apcluster的亲和传播代码。

• 增加了DbscanParam()，以提供一个自定义的DBSCAN实现自动eps选择。

• 添加了PamParam()来包装来自集群的PAM实现。

• 添加了ClaraParam()从集群包装CLARA实现。

• 添加了AgnesParam()来包装群集的凝聚嵌套方法。

• 增加了DianaParam()来包装聚类分离分析方法。

• 增加了clusterSweep()，可以通过clusterRows()轻松执行参数扫描。

• 增加了linkClusters()来查找不同集群中的集群之间的关系。

• 增加了compareClusterings()来计算多个集群之间的相似性。

• 添加了nestedClusters()来量化跨两个集群的嵌套程度。

• 当full=TRUE时，将对象移动到KmeansParam()的objects$kmeans中。

• 当full=TRUE时，移动对象到对象$hclust for HclustParam()。

• 增加了clusterRMSD()来计算每个集群的均方根偏差。

BridgeDbR

2.1.2版的更改

错误修复

• 修正了下载地图文件的网页链接

BUSpaRse

1.5.2版本更改(2020-12-04)

• 更新的代码，查询新版本的biomaRt ensemble。
• 确保当chrs_only = TRUE时tr2g_intron中没有NAs。
• 当基因组为DNAStringSet时，在get_velocity_files中的BSgenome::getSeq中绕过了这个问题。

篮球选手

1.34.0版本的更改

错误修复

• 改革CTSS类。新访问器:CTSS ()(没有点)。

• 修正加载BAM文件时的类错误。(关闭# 36)。

• 如果可以的话，从主环境中使用BSgenome对象。

相机

1.47.1版本的更改

错误修复

• 感谢Lain (INRAe)和W4M团队的PR，修正了参数传递到带注释的diffreport ()

狂欢节

在2.1.0版的更改

• 改变API:为嘉年华的不同口味引入了不同的功能。
• 使用CARNIVAL参数的更方便的方式。可以通过json和函数调用设置参数。
• 更好的文件命名，以防止在运行CARNIVAL的多个实例时并发写入文件。
• 添加更多求解器的简单方法。
• 可以为cplex调优CARNIVAL设置:可以通过jsons手动添加参数。
• 对代码进行了一般性的改进和重构，删除了多个重复。
• 在矩阵形式中删除了多个实验条件(未使用)。
• 输入转换为向量(先验知识网络除外)。
• 保存了MetaInfo: runId、解析数据(内部数据表示)、开始时间、CARNIVAL风格。
• 可以从准备好的数据和/或lp文件中读取。

cbaf

1.14.0版本的更改(21004-28)

新功能

• 热图现在可以存储为PDF文件。

• 函数现在显示更短、更清晰的消息。

• Package不再需要Java Runtime Environment来存储excel文件，它与旧的32位操作系统兼容。

• 使用CGDSR提供的Log z-score代替z-score。

cBioPortalData

在2.4.0版的更改

新功能

• 小插图现在包括额外的信息(#38，@lwaldron)
• getDataByGenePanel已被弃用，它处理基因面板和基因的输入
• cBioPortalData现在允许基因输入作为Entrez id或Hugo符号(#24，@jucor)和sampleid输入
• 当提供基因输入时，by参数必须与所提供的基因类型一致(要么是entrezGeneId，要么是hugoGeneSymbol)。

Bug修复和小的改进

• 修正了cBioDataPack元数据中的标签缺失的问题(' LICENSE '和' Fusion ';# 37)
• loadStudy允许cleanup=TRUE在untar后删除文件
• 已发表的文章现在可引用(“cBioPortalData”)

cbpManager

在0.1.1版本中的更改

新功能

• “验证”选项卡允许验证创建的文件。

• 通过更改描述和添加交互式游览来提高可用性

  0.1.0版的更改

新功能

• 大部分可用的功能，在一个概念证明格式。

  0.0.1版的更改

新功能

• 骨干工程开始了!

celda

1.7.7版本更改(21004-12)

• 增加了稀疏矩阵的处理

  1.7.6版本的更改(21-04-04)

• 增加了创建HTML报表的功能

• 修正了分体绘图的错误

  1.7.4版本更改(21003-09)

• 使原始/液滴矩阵输入到decontX中，以估计周围的RNA

CelliD

在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

cellmigRation

0.99.11(2021-05-11)版本更改

• 解决了Bioconductor评论中的所有问题

• 修复了Bioconductor版本的Bug和文档更新

  0.99.0版本更改(2020-09-02)

• 提交给Bioconductor

chipenrich

在2.16.0版本的更改

• 过渡到王凯担任维护者。

ChIPpeakAnno

3.25.6版的更改

• 修复上次推送时estLibSize中引入的错误。

  3.25.5版的更改

• 在描述中增加LazyDataCompression

  3.25.4版的更改

• 添加endMinusStart选项到annotatePeakInBatch。

  3.25.3版本的更改

• 修复rtracklyaer文档中缺失的链接:import。

  3.25.2版本的更改

• 更新文档。

• 更新findenhagents以获取已知的交互数据

  3.25.1版的更改

• 修复了当峰值长度为零时的基因组分布错误。

ChIPseeker

在1.27.4版本的更改

• 确定下游基因错误(21-04-27,Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/148
• getbiregion现在支持“3UTR”和“5UTR”(21003-30，周二)

• https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/146

  在1.27.3版本的更改

• 在plotAnnoPie中添加两个参数cex和radius

• https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/144

  1.27.2版本的更改

• 修复了getgenomics annotation (21-03-03, Wed)的错误。

• https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues/142

  在1.27.1版本的更改

• 在annotatePeak中添加对EnsDb注释数据库的支持。
• https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/pull/120

ChromSCape

1.1.3版本的更改

重大变化

• 支持“多特征”分析，例如对同一对象的多个特征(bin, peak或基因)进行并行分析。

• 新的“覆盖”选项卡和函数generate_coverage_tracks()和plot_coverage_BigWig()生成集群覆盖跟踪，并交互式可视化应用程序中感兴趣的位点/基因。

• 新的内部和内部相关小提琴图，使细胞之间和簇内的相关分布生动起来。

• 新的归一化方法:TF-IDF结合系统去PC1与文库大小密切相关。

• 使用“calculate_CNA”函数对基因重新排列的样本进行简单的“拷贝数更改”近似和可视化，提供一个或多个对照样本。

• 新的generate_analysis()和generate_report()函数来运行完整的chromescape分析和/或生成现有分析的HTML交互式报告。

• 支持“自定义”差异分析，以找到样本子集和/或聚类之间的差异位点。

• 新的通路覆盖在UMAP上，可直接在细胞上可视化累积通路信号。

• 现在支持“片段文件”输入(例如从10X单元格游器scATAC管道)，使用包装' Signac '包FeatureMatrix()函数。

• 新的“对PCA的贡献”图显示了对PCA的大多数贡献特征和染色体。

• ChromSCape目录的重构&使用包“qs”更快地读取/保存S4对象。

微小的变化

• RAM优化和更快的pearson cell-to-cell相关性与' coop '包，并使用' Rcpp ' as_dist() RAM高效距离计算。

• 使用多并行处理更快的相关滤波。

• Plot_reduced_dim现在支持基因输入到颜色细胞的基因信号。

• 所有情节现在可以保存在高质量的PDF文件。

• 将' geneTSS '改为' genebody '，并扩展启动子，以更好地反映标记在基因体中扩散的事实。

• 在应用程序中重命名示例的可能性。

• 流体导航的umap和热图的下采样。

• 将“基于总细胞百分比”的特征选择改为手动选择顶部覆盖的特征，因为前者强烈依赖于实验规模。

• 更快的稀疏SVD计算。

• 使用' scran '包中的pairWise Wilcoxon秩检验进行更快的差异分析。

CIMICE

在0.99.0版本的更改

概述:

• 第一次提交。

新功能:

• 输入数据集读取创建的数据

• CIMICE分析和CPMC推理

• 输出数据可视化

circRNAprofiler

1.5.3版本的更改

• 从DESCRIPTION中删除citr包

cleanUpdTSeq

1.29.1版的更改

• 重写包由海波

clusterProfiler

3.99.1版本的更改

• 新增数据集DE_GSE8057，包含从GSE8057中获得的DE基因(2020-03-08,Mon)

  3.99.0版本的更改

• 添加KEGG富集分析人肠道微生物组数据(21-02-20,Sat)

  3.19.1版本的更改

• 设置默认下载超时时间为300(21-02-05，星期五)
• 固定下载方法设置
• 能够通过选项(clusterProfiler.download.)设置KEGG下载方法。(2010-12-31, Thu)

clustifyr

1.3.3版本更改(21-02-28)

• 推出闪亮的应用run_clustifyr_app ()

• 在查询和参考的相关性中，绘制和GO的最不同的等级

  1.3.2版本更改(21-02-25)

• build_atlas ()结合参考文献

• 更多的问答

  1.3.1版本更改(2020-12-26)

• 问答部分

• 现在默认Seurat中的前1000个可变基因(包括v4)

• 错误修复

CNVfilteR

1.5.2版的更改

用户可见的重大更改

• loadCNVcalls()不检查cnvs。在加载(read.csv()) cnvs.file时默认的文件名

• loadCNVcalls()允许可选的check.names.cnvs.file参数

• 装饰图案更新

小

• 在DESCRIPTION文件中添加rmarkdown到建议

  1.5.1版的更改

错误修复

• Bug修正:上一次Bioconductor更新后snv无法正确加载

用户可见的重大更改

• plotVariantsForCNV()允许定制图例可视化的两个新参数

• plotAllCNVs()允许“基因组”参数与不同的基因组一起工作

小

• 小插图修复

• 其他小的修复

CNViz

0.99.3版本的更改(21-04-14)

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改
• 提交给Bioconductor

可乐

1.9.1版的更改

• 添加uniquely_high_in_one_group方法get_signatures ()．

• 添加compare_partitions ()．

• 并行计算采用foreach + dopar列实现

  1.9.0版的更改

• 中使用行/列*族函数adjust_matrix ()减少内存的使用以及提高速度。

彗星

1.23.1版本变更(21-05-16)

• 例如:data(allIG) allIG@biomart@httr_config <- list() save(allIG,file= " XXXX ")

ComplexHeatmap

在2.7.10版本的更改

• anno_simple ():文本符号可以有nchar > 1。

• anno_text ():添加show_name论点。

  在2.7.9版的更改

• 添加frequencyHeatmap ()．

• 添加Heatmap3D ()．

  在2.7.8版的更改

• 添加cluster_between_groups ()．

• 添加图形论点anno_block ()．

  在2.7.7版本的更改

• 离散数字图例标签现在是正确的顺序。

• parallel是用foreach + dopar列实现的

• 表达式对离散图例进行了适当的处理

• adjust_dend_by_x ():简化了单位的表示。

• 拆分的数量可以与矩阵行/列的数量相同。

  在2.7.6版的更改

• 传奇():添加新参数grob．

  在2.7.5版的更改

• anno_block ():添加labels_offset而且labels_just．

• anno_lines ()：show_points可以是一个向量。

• pheatmap ():支持kmeans_k．

  在2.7.4版的更改

• 添加save_last选项ht_opt ()．

  在2.7.1版的更改

• normalize_comb_mat ():添加full_comb_sets而且complement_set参数来控制组合集的完整集。

• 根据ggplot2调整列标题的空间。

• 传奇():对于title_position == " lefttop "，调整标题位置。

• 调整设备大小时，图例会根据设备大小自动调整。

• 传奇():添加interval_dist控制两个相邻断口的距离。

• 修正了导致Rstudio崩溃的错误

• make_comb_mat ():当矩阵中有NA值时打印警告信息。

• 使用Rstudio在视网膜显示下工作的临时解决方案

• 添加bin_genome ()而且normalize_genomic_signals_to_bins ()

• 如果直接发送，请打印消息anno_ * ()函数来top_annotation或者类似的论点。

• pheatmap ():设置热图名称为“”，默认不设置图例标题。

• 还翻译统计数据::热图()而且gplots: heatmap.2 ()．

• 移动所有交互式热图的代码到interactivcomplexheatmap包。

ComPrAn

在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

conclus

版本0.99.343(21-04-09)的更改

• 提交给Bioconductor

• 名称空间

• 导入的BiocFileCache包和工具包的R_user_dir()

• 导出的新函数conclusCacheClear()

• 描述

• 移除LazyData: true。

• DataFormatting。R

• 为retrievfromgeo()添加了一个缓存系统
• 创建了conclusCacheClear()来删除缓存

• 更新的文档

• loadDataset。R

• 更新的文档

• 简化了loadDataset中嵌套的“if”。R

• methods-normalization。R

• 修改了使用getBM只检索计数矩阵中的基因(而不是所有数据库)

• test_setters.R / test_getters.R

• 修改了loaddat动脉matrix()的文档

• 简化了loadDataset中嵌套的“if”。R

• test_loadData。R

• 调整单元测试以适应coldata和rowdata的新格式

• test_scRNAseq-methods。R

• 实验名称更改为Light_Experience

• 为输出目录使用tempdir()

• 本月

• 增加inst/script在inst/extdata上生成数据

• 生成的新数据

• 装饰图案

• 为输出目录使用tempdir()
• 为非常小的数据集指定runCONCLUS的第一个示例中的其他参数
• 用新的路径取代旧的路径

调味品

0.99.0版本的更改(21-03-01)

• 提交给Bioconductor

CONSTANd

在0.99.6版本的更改

• 更新小插图:增加MA绘图和DEA部分，以及糟糕的MA绘图示例

  在0.99.5版本的更改

• 取决于:重要

• 更新的BugReports链接

  在0.99.4版本的更改

• 负值输入值是不允许的

• 警告并自动将零输入值替换为NA

• 修正了警告消息格式的错误

  在0.99.3版本的更改

• 修正了警告消息的浮动规范中的错误

  在0.99.2版本的更改

• 修复了删除散落的Rproj文件的错误

  在0.99.1版本的更改

• 文档示例中的bug修复

  在0.99.0版本的更改

• 最初版本

cosmosR

在0.99.2版本的更改

• 投稿至bioRxiv
• 发布github页面
• 提交给Bioconductor

csaw

1.26.0版本的更改

• filterWindowsGlobal()最终对可变宽度的data=行为正确。

• normFactors()和normOffsets()在其对象=和se中接受DGEList输入。=参数。

• mergeResults()和好友现在默认从输入的mcols()接受tab=。

cTRAP

1.10.0版本的更改

图形界面功能的改进:

• 新的启动drugsetenrichmentanalysis()功能，分析药物集富集和可视化各自的结果
• launchCMapDataLoader ():
• 现在允许同时加载多个CMap扰动类型
• 选择另一种扰动类型时，保持所选的时间点、剂量和细胞系选项
• 增加CMap摄动类型的气泡图
• launchResultPlotter ():
• 现在允许查看特定图下面的表，并拖动并选择这些图以过滤相同表中的数据
• 在绘制靶向药物及类似扰动图时，更新可用列，并正确使用用户选择的列进行绘制
• launchMetadataViewer()现在正确地将输入属性中的值解析为数字

重大变化

• preparemap摄动():直接设置摄动类型、细胞系、时间点和剂量条件为参数
• ranksimilarentangations()和predictTargetingDrugs():
• 避免数据块的冗余加载，略微减少了运行时间
• 当使用NCI60的基因表达和药物敏感性关联(现在在HDF5文件中可用)时，通过加载和处理数据块，降低内存占用
• 更快的基于gsea的分数计算(快4-7倍)
• New threads参数允许设置并行线程的数量(Windows不支持)
• 新的chunkGiB参数允许在从支持的HDF5文件中读取数据块时设置数据块的大小(减少峰值RAM使用)
• 新的verbose参数允许增加在控制台中打印的详细信息
• prepareDrugSets():允许根据数字列更好地控制创建容器，包括设置每列的最大容器数和最小容器大小
• analyseDrugSetEnrichment()和plotDrugSetEnrichment():允许在比较数据集之间的复合标识符时选择要使用的列

Bug修复和小的更改

• filterCMapMetadata():允许基于多种扰动类型过滤CMap元数据
• prepareDrugSets():修复包含缺失值的3D描述符的问题
• 图():
• 修复了在绘制targetingDrugs对象时错误的标签
• 避免在标识扰动元数据的标签中打印“NA”
• plotTargetingDrugsVSsimilarPerturbations ():
• 根据药物活性是否与药物敏感性成正比，修正了突出显示的情节点
• 包括地毯图
• 当对摄动的changes或expressiondrugsensiityassociation对象进行子集设置时，只传递一个参数就可以提取出它的列，就像之前版本的cTRAP一样(类似于对data.frame进行子集设置时)
• analyseDrugSetEnrichment():对于生成的表，第一列的名称从路径重命名为描述符

customCMPdb

1.1.0版本的更改(20-10-02)

• 初始版本

CytoGLMM

0.99.0版本的更改(21-02-19)

• 提交给Bioconductor

cytomapper

1.3.6版本更改(21-04-23)

• scaleImages接受数值向量值

  1.3.5版本更改(21-04-07)

• 增加了measureObjects函数

  1.3.4版本更改(2021-03-20)

• 支持图像的磁盘表示

  1.3.3版本更改(21-01-24)

• 增加了快照测试光泽

• 重新支持win32

  1.3.2版本更改(21-01-12)

• 更新的引用

  1.3.1版本更改(2020-12-01)

• 允许粗的边界轮廓

CytoML

3.11版的更改

API的变化

• 在open_flowjo_xml中将参数sampNLoc -> sample_names_from重命名
• 所有解析器(flowjo/cytobank/diva_to_gatingset)现在都基于cytoset返回GatingSet，而不是ncdfFlowSet
• 向cytobank_to_gatingset添加trans参数，允许覆盖来自gatingML文件的转换(#76)
• Gatingset_to_flowjo现在使用一个带有编译转换器的docker映像:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• flowjo_to_gatingset搜索FCS文件的一些更新(#77)
• 向flowjo_to_gatingset添加include_empty_tree选项，以包含不带门的示例
• 允许gatingset_to_flowjo采用GatingSet存档目录的路径
• 添加gating_graphGML来替换门控。openCyto::门控泛型的graphGML方法
• 解析细胞库实验时按面板过滤样本，添加ce_get_samples, ce_get_panels

修复/内部变化

• FlowJo工作空间样本的自动时间缩放现在由flowjo_to_gatingset RGLab/cytolib#33处理
• 在R 4.0中处理默认stringsAsFactors=FALSE的更改
• 消除了工作空间解析期间临时目录中遗留的额外中间文件
• 将GatingSetList的使用方式切换到merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 在c++ FlowJo解析器中从experimental::filesystem切换到boost::filesystem

• 添加巨细胞XSD到安装

  在3.10版的更改

API的变化

• 根据RGLab/cytolib#16更改四栅的处理

• 方法的重命名:

• openWorkspace -> open_diva_xml, open_flowjo_xml
• 细胞银行实验-> open_细胞银行实验
• cytobank2GatingSet -> cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace -> flowjo_to_gatingset, diva_to_gatingset
• getSampleGroups -> fj_ws_get_sample_groups, diva_get_sample_groups
• > fj_ws_get_samples, diva_get_samples
• getKeywords -> fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices -> ce_get_compensations
• gettransform -> ce_get_transforms

• 比较。计数-> gs_compare_cytobank_counts

• 重命名类:

• diva_workspace -> diva_workspace

• flowJoWorkspace -> flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。set、巨细胞名称空间设置参数

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank导出带有属性名称空间的cytobank ML
• 允许diva_to_gatingset使用xml中的补偿矩阵
• 将参数从cytobank_to_gatingset适当地传递到FCS解析器
• 修复了从Diva工作区解析的栅格缩放的一些问题(#64)
• 防止在Diva解析期间向GatingSet添加不支持的转换
• 将diva_to_gatingset切换为使用flowjo_log_trans而不是logtGml2_trans
• 修复了移植的flowUtils::xmlTag以启用自关闭标记
• 使闸门。graphGML查找根据FCS名称和文件id定制的门
• 为gatingset_to_flowjo中使用的getSpilloverMat添加一些灵活性

dagLogo

1.29.1版的更改

• 添加引用。

DAMEfinder

1.3.1版的更改

• 改变cmdscale。出去找特征。methyl_MDS_plot中的向量

  1.3.0版的更改

• 更新为新的bios版本

dce

0.99.0版本更改(2021-01-25)

• 提交给Bioconductor

decompTumor2Sig

2.7.3版本更改(21004-01)

• 修正:修改了adjustSignaturesForRegionSet()的示例，以限制内存使用(以前的示例在检查Windows arch ' i386 '时产生错误)。

• 修正:确保基因组区域扩展一半的序列模式(需要adjustSignaturesForRegionSet()函数)不会导致超出边界的区域。

  2.7.2版本更改(2021-03-26)

• 更新了readAlexandrovSignatures()以读取COMSIC签名格式v3.2(于2021年3月发布)。

  2.7.1版本更改(2021-03-21)

• 更新了readAlexandrovSignatures()，增加了直接从Excel文件读取3.1版本的COSMIC签名的可能性(在COSMIC网站上提供)。

• 增加了调整/规范化人类基因组特定子集的突变特征的可能性(通过GRanges对象定义)。调整/归一化是根据指定区域的核苷酸频率进行的(相对于参考序列中的核苷酸频率，例如，签名最初来源于整个基因组)。

解耦

在0.99.0版本的更改

新功能

• 所有的新功能都允许整齐的选择。使计算同一方法的不同类型的数据更容易。例如，可以指定用作字符串、整数位置、符号或表达式的列。

方法

• 新的去耦()集成了去耦器统计信息的各种成员函数，用于集中计算。

• 共享文档的新家族解耦器统计器由:

• 新的run_gsa()为gsa:: gsa()合并了一个方便的包装器。
• New run_mean()根据经验分布计算非归一化监管活动和归一化监管活动(即z分数)。
• 新的run_ora() fisher精确测试用于计算监管活动。
• New run_pscira()使用与run_mean()等效的逻辑，不同的是它不接受可能性列。
• New run_scira()通过调整线性模型的系数$\beta_1$计算调控活度。
• 新的run_viper()为viper::viper()合并了一个方便的包装器。

转换器

• 新的函数族convert_to_变体，允许将数据转换为标准格式。
• 新的convert_to_()返回未修改的条目。
• 新的convert_to_gsa()返回适合gsa:: gsa()的规则列表。
• 新的convert_to_mean()返回一个有四列的tibble: tf, target, mor和likelihood。
• New convert_to_ora()返回规则的命名列表;Tf与相关的目标。
• 新的convert_to_pscira()返回一个有三列的tibble: tf, target和mor。
• 新的convert_to_scira()返回一个包含三列的tibble: tf, target和mor。
• 新的convert_to_viper()返回适合viper::viper()的规则列表。

DeepPINCS

0.99.0版本的更改(21003-21)

• 提交给Bioconductor

deepSNV

1.99.3版本更改(2013-07-25)

更新

• 对shearwater vignette做了一些改动

• 重命名参数pi。基因和π。makprior()中的backgr

修正

• 修正了bf2Vcf()在没有变量被调用时的错误

  1.99.2版本更改(2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 为bam2R添加verbose选项以抑制输出

• 将loadAllData()的值的mode()更改为" integer "

修正

• 修正了在bf2Vcf()中只调用一个变量的问题

  版本1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用编织为更漂亮的小插图

• 包括shearwater vignette

修正

• 修复了bf2Vcf的删除问题

• makprior()为所有网站添加背景

  1.99.0版本的更改(2013-04-30)

更新

• 新的shearwater算法

• 通过汇总包含VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DEGreport

在1.27.1版本的更改

• 修复:从dplyrs导出n()。# 27

DelayedArray

在0.18.0版本中的更改

新功能

• 实现ConstantArray对象。ConstantArray类是DelayedArray的子类，它有效地模拟一个包含常量值的数组，而不需要在内存中实际创建该数组。

• 为DelayedMatrix对象添加scale()方法。

• 添加sinkApply()，这是一个方便的函数，用于遍历RealizationSink派生函数并向其填充数据块。

• 正确支持dgRMatrix和lgRMatrix对象作为DelayedArray对象种子:
  • is_sparse()现在在dgRMatrix和lgRMatrix对象上返回TRUE。
  • 支持SparseArraySeed对象和dgRMatrix/lgRMatrix对象之间的来回强制。
  • 为dgRMatrix和lgRMatrix对象添加extract_sparse_array()方法。
  • 这些变化使dgRMatrix和lgRMatrix对象的处理与dgCMatrix和lgCMatrix对象的处理达到了相同的级别。例如，在DelayedArray对象中包装dgRMatrix或lgRMatrix对象将在块处理过程中触发与包装dgCMatrix或lgCMatrix对象时相同的稀疏优化机制。

• 现在完全支持稀疏DelayedArray对象上的rbind()和cbind()。

• DelayedUnaryIsoOpWithArgs类型的延迟操作现在在适当的时候保留稀疏性。

• 实现DummyArrayGrid和DummyArrayViewport对象。

用户可见的重大更改

• 重命名为viewportApply()/viewportReduce() -> gridApply()/gridReduce()。

错误修复

• DelayedArray对象的子集现在会传播名称/dimnames，即使drop=TRUE并且结果只有一个维度(issue #78)。

• DelayedArray对象上的log()现在处理' base '参数。

• 修复了DelayedUnaryIsoOpStack和DelayedNaryIsoOp对象的is_sparse()方法中的问题。

• Cbind ()/rbind()不再强制提供的对象为第一个对象的类型(提交f1279e07)。

• 修复dim() setter中的小问题(提交c9488537)。

DelayedMatrixStats

1.14.0版本的更改

• 修复了na的缺失。Rm =参数AvgsPer设置功能。

• DelayedMatrixStats不再对HDF5Array或BiocParallel有硬性要求。

• 按分位数函数正确处理drop= ()。

• 修复了如何处理center参数的2个问题()。

DelayedRandomArray

1.0.0版的更改

• 新包DelayedRandomArray，用于延迟生成随机数。

densvis

1.2.0版的更改

• 使用umap-learn python库代替densmap-learn。为非保密度umap增加umap功能。
• 给dens-SNE添加normalize参数。

服饰

1.7.2版本更改(2021-03-25)

• dualDepeche选项已被弃用，因为它使该函数的维护变得非常繁重，而且不够灵活，没有很大的用处。o dAllocate的接口得到了很大的改进，允许将新数据平滑地分配到已建立的模型中，这使得在函数之外构造的大型dualDepeche运行以比以前更通用的方式成为可能。

  1.7.1版本更改(21-02-02)

• 在depeche函数中添加不伸缩数据的选项

• 为depeche伸缩过程压缩代码

DESeq2

1.31.16版本的更改

• 关闭与glmGamPoi拟合的离群值替换。

  1.31.15版本的更改

• 在results()和lfcShrink()中增加了' saveCols '，将元数据列传递给输出。

  1.31.13版本的更改

• 允许在integrateWithSingleCell()中将附加参数传递给数据访问函数。

  1.31.2版本的更改

• 固定的glmGamPoi接口，以便normalizationFactors可以使用。感谢Michael Schubert发现了这一点，感谢Constantin Ahlmann-Eltze指出了修正。

DEWSeq

1.5.2版本更改(21-05-05)

• 更新色散估计的小插图

  1.4.2版本更改(2020-09-30)

• 修复小插图中的数字缩放问题

DExMA

在0.99.0版本的更改

• DExMA释放。

DIAlignR

1.3.18版本的更改

• 使用数据。用表格代替数据。框架进行就地修改。

• 增加了对代谢组学DIA数据的支持。

• 基于层次聚类的对齐。

• 从两个父级创建子级运行(特征+色谱图)。

• 增加了对sqMass文件的支持。

  1.3.5版的更改

• 支持SAINTq的过渡级强度

• 增加了对pyopenms的支持。

• 增加了对sqMass文件的支持。

• 增加了使用BiocParallel的并行化。

• 使用特定于上下文的q值来确定引用。

• 比对是通过多肽而不是多前体完成的。

• 肽的前体被迫具有相同的特征- rt。

• c++中的Savitzky Golay平滑。

• 快速和轻的全局对齐功能。

DiffBind

3.2版的更改

• 新的情节类型:dba.plotProfile()

• 可以混合单端和成对端bam文件吗

• 各种bug修复

diffuStats

1.10.2版本的更改

• 添加了辅助函数来计算精确的力矩，这样用户就可以描述扩散分数中的系统偏差

  1.10.1版本的更改

• 修正了Rcpp代码中的问题，由于arma的弃用，这里的信息
• 更新了一些来自BiocCheck()的警告和注释
• 更新自述链接到生物导体和期刊出版物

diffUTR

版本0.99.27(21004-06)的更改

• 主要加速或基因层面的计算

• 修正了DEXSeq使用错误的默认系数的错误

  版本0.99.13(21-03-04)的更改

• 修复了从ensemble bldb创建注释时错误命名的变量错误

• 格式化和重命名更改以符合Bioc标准

  0.99.10版本的更改(21-02-05)

• 提交给BioConductor

• limma::diffSplice的改进

• 差分3 ' UTR使用

dittoSeq

1.4版的更改

• 增加了一个新的可视化函数:' dittoFreqPlot() '。

• 通过“交换”增加了与SE和sce的“rowData”的交互。行名称的输入，例如通过符号和id简化var的提供。

• 改进和扩展“分裂”。1-将它们添加到' dittoBarPlot() '， ' dittoDotPlot() '和' dittoPlotVarsAcrossGroups() ';2-添加' split。调整所有函数的输入，以便将判断传递给底层的' facet_grid() '和' facet_wrap() '调用;3-添加' split.show.all。其他的' dittoDimPlot() '和' dittoScatterPlot() '的输入允许完整的点光谱，而不仅仅是用'单元格排除的点。使用'，在所有小面的背景中显示为浅灰色;4- Bug修复:分裂现在与标记Dim/Scatter图一起工作，每个facet计算标签位置，并且不影响facet顺序。

• 改进了' dittoPlot() ' -绘图引擎(也影响' dittoPlotVarsAcrossGroups() '和' dittoFreqPlot() ')):对于y轴绘图，1-扩展geom躲避也工作在抖动时' color。By '用于添加子分组& 2-添加了一个'箱线图。线重控制选项;对于x轴/山脊绘图，1-增加了一个可选的直方图形状选项(尝试' ridgeplot。Shape = " hist " ') & 2-通过新的' ridgeplot.ymax '改进了空白的使用。扩张的输入。

• 标准化的输出逻辑。hover = TRUE '将导致情节转换，即使'数据。out = TRUE '。

• “dittoHeatmap()”:“秩序。By '现在也可以接受多个基因/元数据名称来排序By &错误修复:当给定一个整数向量时，该向量将直接用于设置热图列的顺序。

• ' dittoBarPlot() ':通过添加' retain.factor '改进了分组和' var '顺序控制。水平的输入。

剂量

3.17.1版的更改

• 支持为fgsea方法设置种子，如gseGO(seed = TRUE) (2020-10-28, Wed)
• https://github.com/YuLab-SMU/DOSE/issues/45

DropletUtils

1.12.0版本的更改

• 增加BPPARAM=到read10xCounts()用于并行读取多个样本。

• 给所有*Ambience()函数起了更好的名字，并对当前版本进行了软弃用。

• 添加了ambientContribSparse()来估计在稀疏性假设下的环境贡献。

• 增加了cleanTagCounts()以从标签计数矩阵中删除不需要的条形码。

• 将所有接受矩阵的函数转换为S4泛型，以支持summarizeexperiment输入。

• emptyDrops()现在将强制所有DelayedArray输入到包装的SparseArraySeeds。

• 设置测试。与test.ambient=FALSE相比，emptyDrops()中的ambient=TRUE将不再改变fdr。添加测试。ambient=NA以保留向后兼容的行为。

• 修正了正确使用重定义的lower时。rank=在emptyDrops()中设置。

• 添加了一个常数。ambient=TRUE选项哈希drops()，以更好地支持hto很少的实验。

drugTargetInteractions

0.99.0版本的更改(21-01-11)

• 提交给Bioconductor

沙丘

1.3.01版本更改(2020-11-06)

• 《沙丘》现在接受多种指标

• Dune现在默认使用NMI

dupRadar

1.21.2版本的更改

• 新的pkgdown文档

easyRNASeq

在2.27.1版本中的更改

• DESeq依赖性消除

• 增加了关于RPKM使用的额外警告

• 删除失效函数

刨边机

3.34.0版本的更改

• 新函数featucounts2dgelist()将结果从Rsubread:: featucounts()转换为dgelist。

• 删除plotMDS.DGEList()的" ndim "参数。

• read10X()现在计算mtx文件中的注释行数，并在读入数据时跳过这些行。

• 修复voomLmFit()中由于浮点错误有时会错误地识别零的错误。

• 计划在edgeR的未来版本中弃用plotMDS.DGEList()的" bcv "方法。

EnhancedVolcano

1.10版的更改

• 添加了通过parseLabels解析标签中的表达式的功能(TRUE/FALSE)

• 重写ggrepel的max的新默认值。通过引入maxoverlapsConnectors = 15实现重叠

• 用户现在可以通过directionConnectors为连接器指定一个方向

• 删除labhjust和labvjust

• 添加pCutoffCol (via Andrea Grioni)

EnMCB

1.2.3版的更改

新功能

• 更新小插曲。

• 这是EnMCB包的一个主要版本更新。

• 我们为选择相关方法添加了新的选项。

• 我们在集成预测模型中加入了mboost算法。

用户可见的重大更改

• 删除不使用的数据。

• 更正参数名称。

错误修复

• 一些与测试函数相关的修复。

EnrichedHeatmap

1.21.1版本的更改

• 如果矩阵是非负的，在平滑之后，负的值重置为零。

EnrichmentBrowser

在2.22.0版本中的更改

• GO基因集:分层注释选项(新参数分层对于功能getGenesets）

enrichplot

1.11.3版的更改

• 重构emapplot函数并将emapplot_cluster替换为emapplot(group_category = TRUE)
• 修复emapplot_cluster中的错误。当cluster个数为2时的结果(21-2-24,Wed)
• 修复了树图中的错误:图例的大小不对(21-2-6,Sat)。
• 修复label_format参数的dotplot不工作(21-2-3，周三)。

• 修复gseaplot2的错误(21-1-28,Thu)

  1.11.2版的更改

• 更新文件(21-1-7，星期四)
• 更新dotplot:用ggstar::geom_star替换ggsymbol::geom_symbol (21-1-6, Wed)
• 为三个函数emapplot、emapplot_cluster和cnetplot添加参数shadowtext。(星期二,2021-1-5)
• 更新dotplot:支持使用形状和线的颜色来区分组(21-1-3,Sun)
• 添加树图功能(2020-12-29,Tue)
• 将get_ww函数重命名为get_similarity_matrix (2010-12-29, Tue)
• 将emapplot相关函数移动到emapplot_utilities。R
• 修复了emapplot和cnetplot在富集结果为一行时的错误(2020-12-26,Sat)
• 修复了showCategory重复过滤的bug pairwise_termsim

• 修复cnetplot, emapplot, emapplot_cluster中的showCategory，当showCategory是一个术语描述向量时

  1.11.1版的更改

• 添加orderBy和ridgeplot()的递减参数(2010-11-19,Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/84/
• 更新emapplot_cluster()默认将集群标记在中间，如果设置击退= TRUE则使用ggrepel (2020-11-08, Mon)
• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/81
• 添加一个label_format参数来支持格式化标签
• 如果提供了数值，默认情况下将简单地进行字符串换行
• 如果提供了一个函数，则将在scale函数中设置labels = user_defined_function()
• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/73

ensembldb

2.15.3版本的更改

• 修复缺失的rmarkdown声明。

  2.15.2版本的更改

• 确保远程gzip文件被正确处理ensDbFromGtf．

  2.15.1版本的更改

• 向报告基因规范转录本ID的基因表添加新字段canonical_transcript。

ensemblVEP

1.33.0版本的更改

• 增加对ensemble 102/103/104版本的支持

epialleleR

0.99.0版本的更改(21004-09)

• R>=4.0提交

• 删除未使用的依赖项

• generateVcfReport的正确工作(虽然只有SNV)

• 不匹配的读取现在位于generateBed*输出的末尾

• 编译并在Apple Silicon(原生ARM64 R)上工作

• 完整文档化的方法

• 完全覆盖了测试和示例

• 全面的小插曲

  0.4.0版本的更改(21-03-08)

• 上市

• CX报告现在只包括超过50%的读取中出现的上下文

• 生成evcfreport(目前只能处理snv)

• 增加了一些方法的文档

• 增加了几个例子

• 增加了放大器和捕获NGS的样本数据

• 增加了一些基于样本数据的测试

• README.md

  0.3.9版本更改(21-01-19)

• 快速的c++雪茄解析器在引用空间中放置查询

• 提取基频率的新方法:generateBaseFreqReport

  0.3.7版本更改(21-01-12)

• 再次进行大量重构

• CX报告子现在使用boost::container::flat_map(额外的2倍加速)

• 去掉了dplyr作为依赖项，整个包使用数据。现在表

  0.3.5版本更改(21-01-09)

• 大量的重构

• 新方法:preprocessBam()来节省加载/预处理的时间

• CX报告的新c++ sub with std::map summary(5-10倍加速)

  0.3.2版本更改(21-01-06)

• 第一次尝试稳定API (generateCytosineReport和generateBedReport)

• ECDF的临时方法

• 上传至GitHub

  0.3.1版本更改(20-01-01)

• 大量的重构，添加了许多内部方法

• c++函数几乎可以解决所有瓶颈(快速:雪茄、摘要、基因组加载)

  0.2.1版本更改(2020-12-21)

• 使epialleleR的第二次迭代成为一个可用的包

epigraHMM

在0.99.0版本的更改

• 第一次发布警句。

• 现在可以通过addOffsets添加规范化偏移量。

• epigramhmm现在使用hdf5文件来存储EM算法计算期间的所有中间数据。中间数据包括基于窗口的HMM和混合模型的后验概率和前后向概率。此更改可在收敛时获得更好的内存利用率。

逃避

1.0.1版的更改

• 移除ggrepel, rlang和factor的额外依赖。

• 更新Seurat包开关

• 切换计数的处理方式，在转换为完整矩阵之前，首先消除稀疏矩阵中表达式为0的行

evaluomeR

1.7.5版的更改

• 修复了Mac编译的小错误。

  1.7.4版本更改(20-06-01)

• 为plotMetricsCluster方法增加了' scale '参数。

  1.7.3版本更改(2020-04-16)

• Clusterboot接口可以通过' cbi '参数设置为质量方法。它接受以下值之一:" kmeans "， " clara "， " clara_pam "， " hclust "， " pamk "， " pamk_pam "。

  1.7.2版本的更改(2020-04-14)

• 稳定性分析和质量分析不会卡在bootstrap中。

  1.7.1版本更改(2020-04-13)

• Clusterboot接口可以通过' cbi '参数设置为稳定性方法。它接受以下值之一:" kmeans "， " clara "， " clara_pam "， " hclust "， " pamk "， " pamk_pam "。

EWCE

1.0.0版的更改

新功能

• 在Bioconductor上的EWCE v1.0取代了在Bioconductor v3.5上已经失效的EWCE v1.3.0。
• EWCE已经可以扩展到大型数据集的分析
• Drop_uninformative_genes()已经扩展到允许使用差异表达方法
• EWCE现在可以处理单细胞实验(SCE)对象或其他远程摘要实验(SE)数据类型，并作为输入和原始格式，描述为单细胞转录组(SCT)对象。

已弃用和失效

• 根据Bioconductor命名法，以下函数已重新命名为使用下划线:check. ewces .genelist.inputs cell.list.dist bootstrap. rich .test bin.specific .into.quantiles bin.columns.into.quantiles add.res.to. merge .list prepare.genesize.control.network prepare. dendro get.celltype.table calculate.specificity.for.level calculate.meanexp.for.level generate.celltype.data generate.bootstrap.plot generate.celltype.data generate.bootstrap.plot for.转录组fix.bad. mgmt .symbols fix.bad.hgnc.symbols filter.genes. none .1to1。ewce同系物。绘制细胞。在。ctd滴。非信息。基因

exomePeak2

1.3.7版本更改(2021-03-10)

• 参数平行在exomePeak2()和exomePeakCalling()函数中更改;该参数现在允许用户配置并行计算中使用的特定核数(默认为1)。

• 为避免下游分析的潜在混淆，参数的默认设置为log2FC_cutoffin函数exomePeak2()和exomePeakCalling()从1更改为0。调整对峰值调用结果的影响应该很小。

• 在输出文件中，山峰的命名现在是按基因组顺序排序的。

• 现在增加了峰值宽度的最大值，默认为100*fragment_length。这样一个较高的边界可以显著改善m6A-Seq的DRACH基序发现结果。

  1.3.5版本更改(21-02-07)

• 改进了DESCRIPTION文件和小插图中的语法和细节。

• 当使用exomePeak2()函数进行差异分析时，交互GLM的测序深度将根据背景特征进行估计，默认情况下，背景特征是外显子上检测到的峰值的不相交区域。对实际数据的测试表明，背景方法可以使甲基化的差异方向更符合摄动蛋白调控器的预期。在此之前，背景测序深度估计只能在多步函数中实现，而不能在exomePeak2()中实现。

  1.3.4版本更改(21-02-05)

• 的选项consistent_peak，consistent_log2FC_cutoff，consistent_fdr_cutoff，α,p0已从函数exomePeak2()和exomePeakCalling()中弃用。实现consistent_peak选项是为了再现旧包exomePeak中的一致峰值调用算法，根据我们最近的测试，它的性能明显低于NB GLM派生方法。因此，在exomePeak2的后期版本中删除了与一致性相关的功能。

  1.3.3版本更改(21-02-03)

• 修复当转录注释没有重叠转录本时不合并重叠外显子的错误，当提供非常小的注释时可能会发生这种情况。

ExperimentHub

在1.99.0版本的更改

主要更新

• 默认的缓存位置已经改变。使用tools::R_user_dir代替rappdirs::user_cache_dir。为了避免缓存冲突，用户必须在继续之前管理旧缓存位置。小插图中提供了处理旧缓存位置的信息。

• 另一个主要的变化是，在非交互会话中自动创建一个默认缓存位置，而不是使用临时位置。在交互会话中，仍然会提示用户输入权限。

  1.17.0版本的更改

• (1.17.1)删除创建注释集线器包的小插图。在AnnotationHub中引用和引用单个小插图

ExperimentHubData

1.17.0版本的更改

修改

• 1.17.2删除创建注释集线器包的小插图。在AnnotationHub中引用和引用单个小插图

• 1.17.1数据库的标签现在是biocViews和meta$Tags的组合。还检查有效的AnnotationHub或AnnotationHubSoftware biocview。

错误修正

• 1.17.1修复了使用" . "来运行make*HubMetadata的错误。修正了AnnotationHubData。撞的依赖

ExperimentSubset

1.1.0版本更改(21-05-09)

• 增加了对treesummarizeexperiment和SpatialExperiment类的支持

ExploreModelMatrix

1.3.2版的更改

• 在游览中启用MathJax

FamAgg

1.19.1版本的更改

• 增加亲属配对功能

famat

1.3.0版本更改(2020-11-27)

• 对纸上图形的修饰

fcoex

1.5.5版本变更(21-05-12)

• 更改fcoex对象存储dgCMatrix而不是用于表达式和离散表达式的数据框架。

• 删除3+类多类离散化选项(可能导致向后不兼容)，因为它们将与dgCMatrix系统更好的内存处理不兼容。

盛宴

0.99.0版本的更改(21-04-01)

• 提交给Bioconductor

fedup

0.99.7版本的更改(21004-24)

• 在README和小插图中增加了解释示例数据的信息

• 对导出的函数示例注释做了微小的更改

• plotFemap +参数化了几个硬编码变量

  0.99.6版本的更改(21-02-24)

• 更新了包数据脚本路径

  0.99.5版本的更改(21-02-24)

• 缩减外部数据大小

  版本0.99.4(2021-03-24)的更改

• 更新的包数据集(geneSingle, gendouble, geneMulti)

• 创建了3个小插图来描述使用每个数据集的包实现

• runFedup +在输入列表而不是单个测试向量上运行分析+ fold enrichment计算对0/0个实例计算0 +富集路径定义为fold enrichment≥1(而不是> 1)

• writeFemap +写em格式的表的结果列表

• 如果Cytoscape没有在本地运行，plotFemap +实现tryCatch()返回NULL

• prepInput +新函数准备输入基因列表

  0.99.3版本的更改(2021-02-24)

• 将R版本依赖项更新到4.1

  0.99.2版本的更改(21-02-24)

• 取消跟踪系统文件

  0.99.1版本的更改(2021-02-23)

• 版本撞

  0.99.0版本的更改(21-02-17)

• 提交给Bioconductor

FGNet

3.26版的更改

• 不再支持对DAVID的查询。

FilterFFPE

1.1.2版本更改(2020-11-11)

• 修复了minMapBase过滤时保留额外读取的错误

• minMapBase允许跳过过滤

鱼池

1.8.0版本的更改

• 在小插图中增加了关于如何处理估计的批因素的说明，例如来自RUVSeq或SVA。概述了两种策略:要么离散估计批因素并执行分层分析，要么使用limma的removeBatchEffect回归出批相关的变化。包括演示代码。

flowAI

1.21.6版本的更改

• 流量检查现在不那么灵敏了。注意，alphaFR的默认值现在是0.1而不是0.01

flowCL

1.29.1版的更改

• 端点不再存在。请给Justin发邮件justinmeskas@gmail.com请求修复。

flowGraph

0.99.0版本更改(2020-09-30)

• 提交给Bioconductor

FlowSOM

2.1.16版本的更改

• PlotManualBars允许NewData函数的输入

  2.1.15版本的更改

• 修正了FlowSOMmary中ggtexttable的警告

  2.1.13版本的更改

• 添加RelabelMetaclusters

• PlotFileScatters现在有一个参数来将y轴标签更改为标记和/或通道(yLabel)

• 现在TRUE/FALSE向量被接受为getmarks /GetChannels的输入

  2.1.11版本的更改

• 为AddAnnotation添加了示例

• 增加示例到NClusters, nmetclusters

• 更改了使用fsom到flowSOM.res的示例

• 为AddLabels和PlotNumbers、PlotLabels添加了textColor和textSize

• PlotNumbers可以用参数“level”来绘制集群和元集群

• 在GetFeatures中，填充参数被更改为level

• 增加了GetCounts和getpercentage，分别获取每个集群或元集群的计数或百分比

• FlowSOMmary不再崩溃与热图中具有相同值的列

• 包含了FlowSOM类的打印函数

• 修复了PlotManualBars中的错误

• PlotMarker现在也接受多个标记

  在2.1.8版本的更改

• 解决了将无列矩阵赋给SOM函数的问题

  2.1.5版的更改

• FlowSOM函数中的Scale参数默认为FALSE。

• FlowSOM包装器函数现在返回FlowSOM对象，而不是包含FlowSOM对象和元集群的列表

• 元集群现在作为flowSOM对象中的一个元素被发现。此外，元集群的数量和MFI值被存储，并可由nmetacluster()和GetMetaclusterMFIs()函数访问。

• 如果您想重用以前版本生成的FlowSOM对象，可以使用UpdateFlowSOM函数。

• FlowSOM现在默认使用nClus = 10而不是maxMeta = 10

• FlowSOM现在使用ggplot2进行绘图。PlotFlowSOM提供了主要结构，并具有适应nodeSize、视图(网格、MST或一些自己的布局矩阵)的参数，……PlotStars等通过向ggplot对象添加额外的层来构建。这也允许在所有布局工具中轻松地合并多个情节，如ggarrange, cowplot, patchwork，…

• GetChannels/ getmarker现在也可以接受FlowSOM对象作为输入，而不是flowFrame。新功能:

• 为了使用多个图轻松生成模型的清晰摘要，您现在可以使用FlowSOMmary函数，该函数创建一个pdf文件。

• GetFeatures允许映射新文件(在内部使用NewData函数)，并可以返回每个样本的集群计数、百分比和MFI值。

• 在运行FlowSOM算法之前，PlotFileScatters对于获得潜在批处理效果的概述非常有用

fobitools

在0.99.56版本的更改

• 新的包小插图“用例ST000291”。
• 新的包插图“用例ST000629”。
• 删除AppVeyor和Travis CI，并将codecov移动到GitHub动作。
• 更新小插图“膳食文本注释”。

• 对annotate_foods()函数的改进。

  在0.99.41版本的更改

• 从sigora CRAN包切换到fgsea Bioconductor包执行富集分析。

• 增加了名为msea的新函数，使用FOBI执行GSEA。

  在0.99.38版本的更改

• 听取Vince Carey(来自Bioconductor的包装审稿人)的意见和建议。

  在0.99.35版本的更改

• 启用包含FOBI表的选项，而不是从GitHub下载它。

• 在包数据中增加FOBI表。

  在0.99.29版本的更改

• 修复Bioconductor Single Package Builder错误和警告:

• fobitools。Rprojfile removed
• Rd行宽度设置为小于100个字符
• ora中添加的示例。R
• R版本依赖从3.6.0更新到4.1。

• 用TRUE/FALSE代替ora中的T/F。R

  在0.99.24版本的更改

• 添加小插曲。
• pkgdown更新。

• 提交给Bioconductor!

  在0.99.18版本的更改

• 增加了一个名为fobi_graph的函数来生成FOBI图形。

  在0.99.12版本的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

弗雷泽

1.2.1版的更改

• 添加外部计数的合并

• 添加出版

• 一些小错误修正

gdsfmt

1.28.0版本的更改

新功能

• 新功能exist.gdsn ()

• 新功能is.sparse.gdsn ()

公用事业公司

• LZ4从v1.9.2更新到v1.9.3

• XZ从v5.2.4更新到v5.2.5

• apply.gdsn ():如果存储的是小于32位的整数，则使用因子变量

• 一个新的组件。稀疏的objdesp.gdsn ()

• 选项(gds.verbose = TRUE)要显示附加信息

  1.26.1版本的更改

公用事业公司

• 符合R devel (> v4.0.3)的要求，以处理中的因素变量apply.gdsn ()

GeneExpressionSignature

1.37.0版本的更改

• 添加一个NEWS。Md文件来跟踪包的更改。
• 添加inst/CITATION文件自定义引用。
• 添加README。医学博士CODE_OF_CONDUCT。md，并创建一个biocthis风格的GitHub动作工作流。
• 从PGSEA中添加一个新函数PGSEA，以消除对PGSEA的依赖，因为PGSEA在Bioconductor 3.12版本中已弃用，并从3.13版本中删除。
• 使用styler和biocthis格式化代码，使用Roxygen2重新文档包。
• 重写小插图使用针织，rmarkdown, BiocStyle。
• 修复BiocCheck错误和警告。

《创世纪》

2.21.5版的更改

• 增加了计算变量特定膨胀因子的函数。

  在2.21.4版的更改

• 在assocTestSingle中增加了对评分标准错误执行快速近似的选项。新函数nullModelFastScore准备了一个空模型，与此选项一起使用。

  2.21.1版的更改

• 更新了fitNullModel对象的结构。具有前面结构的空模型对象将自动更新并发出警告，但是您可能需要考虑重新运行fitNullModel如果您计划在当前版本中使用旧的空模型。

GeneTonic

1.4.0版的更改

新功能

• 主函数GeneTonic()获得一个额外的参数gtl——这可以用来提供一个命名列表对象，其中传递一个参数(例如在加载一个序列化对象之后)，而函数保持不变。同样的gtl参数也会出现在包的其他函数中——有关一些示例，请参阅小插图，或者查看每个特定函数的文档。要以标准化的方式创建该对象，现在可以使用函数GeneTonic_list()。

• 添加了一个执行模糊聚类的新函数(在DAVID实现之后)-参见gs_fuzzyclustering()。它返回一个表，其中包含关于基因集集群的附加信息以及组中每个集合的状态。

• ggs_backbone()函数可以从Gene-Geneset图中提取二部图主干，这可以在Gene-Geneset面板的主要元素下面进一步研究。一旦创建了主干，您就离检查基因-基因集图中充当“枢纽”的基因只有一步之遥，并可能根据它们的连通性确定起关键作用的节点。

• 新函数signature_volcano()将签名火山图添加到Gene-Geneset面板。这幅图用彩色显示了所选基因集的基因，而数据中的其余基因则显示为背景中的阴影点。显示的基因的颜色和透明度可以由用户选择，还可以选择显示基因集中所有基因的基因名。

• Gs_summary_overview()还可以生成条形图，而不是默认的段点(棒棒糖)图。

• 一个新函数summarize_ggs_hubgenes()为基因-基因集面板构建DT数据表。本表列出了输入数据的单个基因及其在基因-基因集图中的各自程度。此外，每个基因都包括连接到NCBI、GeneCards和GTEx数据库的操作按钮。

• Gene_plot()获得额外的labels_display参数来控制标签是否显示;标签的显示也考虑到点的抖动

其他的笔记

• Gs_heatmap()现在可以通过省略号设置调用热图生成函数的参数
• gs_heatmap()在不同的执行中以一致的方式处理颜色，而不依赖于Heatmap注释功能提供的随机调色板——如果遇到太相似的颜色是随机选择的，可能会产生误导
• 通过gs_mds()和gs_volcano()获得的图现在总是显示要标记的数据点的线段(增加了可读性-作为“将标签匹配回绘制的圆”-谢谢建议!)

GENIE3

1.13.3版本的更改

• 调控因子现在可以作为每个基因/特征的不同调控因子的列表提供。

GenomeInfoDb

1.28.0版本的更改

新功能

• 对Seqinfo()构造函数的一个小改进:如果用户在调用Seqinfo()构造函数时没有提供' seqnames '参数，现在我们尝试从其他参数推断seqname。

用户可见的重大更改

• 改进seqinfo<-文档和错误消息。

已弃用和失效

• fetchExtendedChromInfoFromUCSC()现在无效(在BioC 3.11中已弃用)

GenomicFeatures

1.44.0版本的更改

用户可见的重大更改

• makeTxDbFromGFF()的几个改进:
  • 更多的GFF3特征类型被认为是转录本或基因(提交d7f5980f)。
  • 改进来自ensemble的GFF3文件的处理(提交c1e3fb92)。
  • 处理没有Parent属性的外显子。包含不带Parent属性的外显子的GFF3文件不再破坏makeTxDbFromGRanges()或makeTxDbFromGFF()。孤儿外显子被丢弃。

已弃用和失效

• 弃用disjointExons()而使用exonicParts()。

• 移除TxDb对象的species()方法(在BioC 3.3中已弃用，在BioC 3.4中无效)。

GenomicOZone

1.5.1版的更改

• 修正了由废弃函数sjstats::eta_sq()引起的错误。
  • 在“MD_perform_zoning。R’, function ‘sjstats::eta_sq()’ is deprecated. Use ‘lsr::etaSquared()’ instead.
  • 在' DESCRIPTION '中，从' Imports '中删除' sjstats ';将' lsr '添加到' Imports '中;从“建议”中删除“GEOquery”。
  • 不再从GEO下载小插图中的数据。增加inst/extdata中的data文件。数据仅供小插图使用。
  • “命名空间”由Roxygen重新自动生成。

GenomicRanges

1.44.0版本的更改

用户可见的重大更改

• 在小插图和例子中用KEGGREST替换KEGG.db的用法。

已弃用和失效

• 基因组rangeslist()构造函数现已失效(在BioC 3.10中已弃用)。

GenomicScores

在2.4.0版的更改

用户可见更改

• gscores()函数现在从输入gscores对象返回SeqInfo。

• 闪亮的网页应用的改进。

GenomicSuperSignature

1.0.0版的更改

• “基因组超级签名”包的初步发布

GEOfastq

在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

  0.6.5版的更改

• BiocCheck::BiocCheck()
• 新增单元测试
• 将sapply替换为vapply
• 缩短线
• 加上一条新闻。Md文件来跟踪包的更改。

geva

0.99.0版本的更改(21-02-01)

• 提交给Bioconductor

ggtree

在2.5.3版的更改

• 优化geom_cladelab中的文本角度(21-05-10,Mon)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/396

  在2.5.2版的更改

• 扩展' continuous '参数以支持4个可能的值，即，' none '禁用连续过渡，' color '(或' color ')启用连续颜色过渡，' size '启用连续大小(分支厚度)过渡，' all '启用连续颜色和大小过渡。
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/385
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/387
• 扩展到现在兼容' inward_circular '和' dendrogram '布局的geom_height参数(21-02-25,Thu)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/379

  在2.5.1版的更改

• 更新geom_rootpoint的man文件(21-01-08，星期五)
• 标签和偏移。(2010-12-23，周三)
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/360
• geom_rootedge支持反转x (20-12-17, Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/358
• geom_nodelab()现在支持圆形布局(2010-11-26,Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/issues/352
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/353
• 分支的大小可以大的改变(20-10-29,Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/349

ggtreeExtra

1.1.12版本的更改

• 导入ggtree通过BiocCheck。星期五(2021-05-14)

  1.1.11版本的更改

• 修复一个bug来解决问题(变量x有NA)。(2021-05-13,清华)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/8

  1.1.10版本的更改

• 修复了compute_aes的bug(这是为了支持将美学(x，而不是在geom_fruit的aes中y)映射到变量函数)。(我2021-05-10)

  1.1.9版本的更改

• 不要继承aes (ggtree的全局aes)。(2021-04-28,结婚)
• 映射中的子集也支持来自ggtree对象的数据。(2021-04-29,清华)

• 支持将美学(x，而不是在geom_fruit的aes中y)映射到变量函数。星期五(2021-05-07)

  1.1.8版的更改

• 添加新的位置函数:position_jitterx和position_jitterdodgex。星期五(2021-04-23)

• 更新小插曲。(2021-04-25,阳光)

  1.1.7版的更改

• 更新人和小插曲。(星期二,2021-04-06)

  1.1.6版的更改

• 检查x的值是否为数值，以避免当x为因式时发出警告。(2021-02-24,结婚)

• 移除vignettes的第一个geom_tile的轴，因为这个层的轴是没有意义的。(2021-02-24,结婚)

  1.1.5版的更改

• 支持面板标题。(2021-02-03,结婚)
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/7
• 添加引用信息。(2021-02-04,清华)

• 不要使用svg dev. (21-02-04, Thu)

  1.1.4版的更改

• 为geom of ggridge添加position_points_jitterx和position_raincloudx。(2021-01-20,结婚)
• 支持ggmsa的geom_msa。(2021-01-21,清华)

• 具体的位置方法为具体的geom方法自动。(2021-01-27,结婚)

  1.1.3版本的更改

• 支持多密度图从掘进的岩洞。(2020-12-31, Thu) geom_density_山脊，geom_density_ridges2, geom_density_ridges_gradient, geom_ridgeline, geom_ridgeline_gradient。

  1.1.2版的更改

• 在映射中支持子集，但还应提供数据。(我2020-11-30)
• 为常用几何函数添加默认位置方法。星期五(2020-12-18)

GlobalAncova

在4.9.1版的更改

• 由于KEGG包已弃用，删除了用于测试路径集合的函数“GAKEGG”

GOSemSim

在2.17.1版本中的更改

• 根据GO.db的更新修正了错误(2010-10-29,Thu)
• https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/issues/32

制粒机

0.99.0版本的更改(2021-03-30)

• 提交给Bioconductor

石墨

1.37.1版本变更(2020-05-04)

• 去除Biocarta和NCI通路。

• 增加了WikiPathways路径。

• 更新所有路径数据。

GSEABase

1.54版的更改

用户可见的重大更改

• orgDb不再提供Unigene信息。删除的支持。

GSVA

1.40版的更改

用户可见更改

• 小插图已在R Markdown中重写，以生成HTML小插图页，并使其生成更短、更快。

• 通过' igsa() '函数开发一个闪亮的应用程序。

错误修复

• 在https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/39讨论后，用IRanges::match,CharacterList-method替换fastmatch::fmatch()，以避免通过添加属性的fastmatch::fmatch()更改输入表达式矩阵的行名。

• 修正了在GeneSetCollection对象中给出基因集时对. mapgenesetstofeatures()的错误调用。

HDF5Array

1.20.0版本的更改

新功能

• 实现H5SparseMatrix类和H5SparseMatrix()构造函数。H5SparseMatrix是一个DelayedMatrix子类，用于表示和操作存储在CSR/CSC/Yale格式的HDF5稀疏矩阵。

• 实现H5ADMatrix类和H5ADMatrix()构造函数。H5ADMatrix是一个DelayedMatrix子类，用于表示和操作一个' h5ad '文件的中心矩阵，或者它的' /layers '组中的任何矩阵。

• 实现H5File对象。H5File类提供了HDF5文件(本地或远程，包括存储在Amazon S3桶中的文件)的正式表示。

• HDF5Array对象现在与Amazon S3上的文件一起工作(通过使用H5File())。

错误修复

• 卸载时删除“全局计数器”文件(提交f7913043)。

Heatplus

在2.99.4版本的更改

• 改进了具有连续协变量的面板的标签和轴处理

• 正式弃用的heatmap_2和heatmap_plus

• 重构以切换到devtools工具链

爬虫

1.1.1版本更改(21-02-19)

• 包括选项从yml导入构建miniconda，并更新vignette

HGC

版本0.99.3 (2021-05-14)

• 删除构建/文件夹。

  0.99.2版本的更改(21004-20)

• 删除一些丰富的文件。

  版本0.99.1(21-04-18)的更改

• 删除一些丰富的文件。

  0.99.0版本的更改(21004-10)

• 第一个版本0.99.0提交给Bioconductor

HIBAG

1.28.0版本的更改

• hlaPredict ()返回type=“response+ dose”时HLA等位基因的剂量，和hlaPredict ()默认情况下返回最佳猜测和剂量

• 一个新的选项“Pos+等位基因”hlaPredict ()，hlaGenoCombine ()，hlaGenoSwitchStrand ()，hlaSNPID ()而且hlaCheckSNPs ()根据位置、参照和替代等位基因进行基因型匹配;当训练集和测试集都匹配同一参考基因组时，例如，1000基因组计划，它是特别有用的

• hlaGDS2Geno ()支持SeqArray GDS文件

• 一个新的选项' maf '在hlaAttrBagging ()而且hlaParallelAttrBagging ()

• pos。开始'和' pos。End '被' pos '取代。在中期hlaFlankingSNP ()而且hlaGenoSubsetFlank ()

• 新功能hlaAlleleToVCF ()用于将归入的HLA经典等位基因转换为VCF文件

  1.26.1版本的更改

• hlaAttrBagging对象可以在垃圾收集中删除，而不需要调用hlaClose ()

• 启用内部GPU API

• 与v1.26.0相比，改进了多线程性能

HiCDCPlus

版本0.99.14(21-04-13)的更改

• 修正了阻止向.hic文件传递负值的错误

  版本0.99.13(21003-23)的更改

• 在construct_features中添加了re -不可知论特性

  0.99.12版本的更改(21-02-19)

• 提交给Bioconductor

HilbertCurve

1.21.1版本的更改

• 为mean_mode增加“max_freq”方法，使在每个间隔中选择最大频率对应的值。

HPAanalyze

1.9版本的更改

• 1.9.5版的更改
  • hpaVisTissue现在默认绘制所有组织
  • 现在可以组合downloadList参数的hpaDownload快捷方式
  • Bug修复和性能改进
• 1.9.4版的更改
  • hpaVisPatho现在可以受到癌症或基因的影响
  • 小插曲更新
  • Bug修复和性能改进
• 1.9.3版的更改
  • 更新默认颜色，使其更容易访问(基于viridis::magma)
  • 更新了hpaSubset和hpaListParam以正确处理新数据
• 1.9.2版的更改
  • hpaDownload现在可以从HPA下载所有可下载的数据集。
  • 将内置数据更新到HPA版本20.1。
• 1.9.1版的更改
  • 将内置数据更新到HPA版本20。
• 1.9.0版的更改
  • 开始开发Bioconductor 3.13

hpar

1.33版的更改

1.33.2版本的更改

• 更新到HPA版本20.0 <2020-11-24 Thu>

1.33.1版的更改

• 更新到HPA版本19.3 (2020.03.06)<2020-10-26 Mon>
• 新发布的Bioconductor devel 3.12 <2020-10-26 Mon>
• 更新R版本(>= 3.5.0)在依赖字段<2020-10-26 Mon>
• 新增Secretome数据<2020-10-28 Wed>
• 更新pkgdown <2020-10-29 Thu>的文档和文档文件夹
• Automated allHparData() < 20-10-29 Thu>

1.33.0版本的更改

• 新的生物开发版本

HPAStainR

1.0.4版的更改

• 响应F1000注释的第一次更新

• 为HPA_data_downloader添加了日期参数

• 现在，当您将save_file设置为true时，文件将被标记为下载日期。这允许对您创建的文件进行可复制访问。

• 为了处理有日期的文件，我们现在有了参数version_date_normal而且version_datecancer，它允许用户根据下载日期选择他们想要使用的下载的HPA数据。默认值为" last "，它将搜索文件的最新版本save_location

• 最后添加的是force_download，如果您希望下载HPA数据的最新版本，该参数将覆盖函数对本地文件的默认用法。

• 更改为HPAStainR，并通过扩展shiny_HPAStainR

• 在HPAStainR的主要功能中增加了Fisher精确测试

• 由于在使用模拟p值时存在不一致性chisq.test默认的新测试是Fisher精确和一个参数test_type已添加，所以用户可以在两者之间选择。

• 将p值的输出更改为数字而不是字符。

  1.0.3版本更改(21-02-03)

• 修改了HPA_data_downloader中的read.table()。R到数据。表的从文件中读()

  1.0.2版本更改(2021-25-20)

• 更改了由于dplyr更新而导致的代码崩溃的部分。

  1.0.1版本更改(2020-11-20)

• HPA_data_downloader testthat()。由于拼写更改，R失败

• HPA由“不利”改为“不利”

• 测试()已被更改，以反映它们的更改

• 更多的更新后，所有的评论从F1000很快

HTSFilter

1.31.1版的更改

• -删除所有与DESeq包相关的引用和功能。-维尼特已经更新为Rmarkdown从Sweave。

HubPub

0.99.0版本的更改(21004-23)

• 提交给Bioconductor

理想的

1.16.0版本的更改

新功能

• 现在可以将处理过的数据(计数数据、结果、功能丰富表)导出到一个组合列表对象中，该对象可以无缝地提供给GeneTonic (//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/GeneTonic.html)。
• 调整了使用LRT建模的行为，使用额外的通知通知用户如何最大限度地利用该功能。

其他的笔记

• 理想的手稿现在发表在BMC生物信息学!引文文件已相应更新。
• 一个完整的样式应用于代码库。

immunoClust

1.23.6版本的更改

• 变化

  • 代码清理

    1.23.3版的更改

• 变化

  • 修复一个拼写错误的测试

    1.23.2版本的更改

• 变化

  • 第一次模型细化试验不需要足够的细胞聚类公差

    1.23.1版的更改

• 新功能
  • 为immunoMeta-object添加了方法clusterDist, clusterProb, clusterCoeff
  • 从单元测试开始

immunotation

0.99.7版本更改(2021-05-04)

• 尝试连接到webresource的次数增加了

  0.99.6版本更改(2021-05-04)

• 处理来自Bioconductor评论的意见

• 包含了一个不需要解压缩就可以读取的imo . bo.gz文件

  版本0.99.1(2021-01)的更改

• 提交给Bioconductor

infercnv

1.7.2版本更改(20-05-05)

• 新的依赖项:RANN、leiden、phyclust

• 增加了基于K-nn邻接矩阵的Leiden算法的子聚类划分方法。

• 更改默认的子聚类方法为莱顿，这比随机树方法快得多。

• 将贝叶斯滤波步骤分为两个步骤，一个步骤运行模型，另一个步骤应用滤波阈值。这允许更新阈值，而不必重新运行整个模型。

• 修正子聚类是在哪些引用分组上进行的。

• 在绘制引用时更新内部存储的集群信息的期望，以允许绘制从~1.3版本到此版本之间获得的结果。

• 修复了add_to_seurat方法在重新排序修复后没有提供seurat对象时工作的问题。

• 修复随机树子集群，应用不同的方法对存储在infercnv_obj@tumors_subclusters$hc中的hclust和infercnv_obj@tumors_subclusters$subclusters中的拆分之间的数据进行定心。

• 只在plot_steps为true时生成去噪步长图。(它与基于不同选项绘制的最终数字相同，因此是多余的)

Informeasure

1.1.1版本更改(20-10-30)

• 做出改变

InPAS

在1.99.4版本的更改

• 更新get_PAscore2。

  1.99.3版本的更改

• 添加rmarkdown作为建议。

  1.99.2版本的更改

• 修复ut3列表为空的错误。

  在1.99.1版本的更改

• 为getcandmappability文档添加dontrun。

  在1.99.0版本的更改

• 合并海波的代码。

InteractiveComplexHeatmap

在0.99.10版本的更改

• 添加响应参数，使服务器只能响应来自UI的一个事件。

  在0.99.9版本的更改

• 输出可以随鼠标位置一起浮动。

  在0.99.8版本的更改

• 点击和悬停不会与笔刷冲突。

  在0.99.7版本的更改

• 在次热图中，它允许从四面移除行和列。

  在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

InterCellar

版本0.0.0.9000的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

IRanges

在2.26.0版本的更改

新功能

• 添加commonColnames()访问器，以获取或设置SplitDataFrameList对象的各个DataFrames中出现的列名的字符向量。

• 实现AtomicList派生的一元+和-。

用户可见的重大更改

• 大大改进了irams()构造函数中的错误处理和消息

已弃用和失效

• 移除RangesList()构造函数(在bioc3.7中已弃用，在bioc3.8中无效)。

错误修复

• 修复了命名List对象上的unplit()。

• 修复了缺失主题的findOverlapPairs()(修复#35)。

• AtomicList对象上的quantile()总是返回一个矩阵(修复了#33)。

• 修复了CompressedNumericList对象的which.min()/which.max()(修复#30)。

• 导出CharacterList/RleList对象的startwith()和endsWith()方法(修复#26)。

IRISFGM

在0.99.8版本的更改

• 提交给Bioconductor

ISAnalytics

1.1.11版本变更(21005-11)

新功能

• hsc_population_size估计和HSC_population_plot允许估计造血干细胞的种群大小
• 导入每个池的Vispa2统计现在有一个专用的函数import_Vispa2_stats
• Outlier_filter和outliers_by_pool_fragments提供了一种基于自定义离群值测试的方法来过滤表现不佳的样本

可见的用户更改

• aggregate_metadata的参数import_stats已被正式弃用，取而代之的是import_Vispa2_stats
• Aggregate_metadata现在可以通过新的参数aggregating_functions在列上执行什么操作方面灵活得多
• import_association_file允许直接导入Vispa2统计数据，并将时间点转换为尚未存在的月份和年
• import_association_file的文件系统对齐现在为路径生成3个单独的列
• 除了量化之外，Separate_quant_matrices和comparison_matrix现在不需要强制列了——这也允许对聚合矩阵进行分离或连接

修复

• 修正了CIS_volcano_plot中的一个小问题，如果输入中提供了突出显示的基因，则会导致一些标签重复

  1.1.10版本变更(21004-08)

修复

• 修正了compute_near_integrations中的问题:当提供重新校准映射导出路径作为文件夹时，现在该函数可以正常工作并自动生成文件名
• 修正了aggregate_metadata中的问题:现在可以正确查找包含Vispa2统计信息的文件夹路径。此外，如果在输入数据帧中独立于参数import_stats发现VISPA2统计列，则会进行聚合。

改进

• Compute_abundance现在可以作为输入聚合矩阵，并具有额外的参数，为用户提供更大的灵活性。主要更新和改进还包括文档和可复制的示例。
• import_single_Vispa2Matrix函数的主要改进:import现在优先使用数据执行。Table::fread大大加快了进程——在不可能的情况下使用reader::read_delim来代替
• 函数import_association_file的主要改进:大大提高了解析精度(每个列都有一个专用的类型)，导入报告现在信号解析问题及其位置，信号解析日期的问题。报告还包括列名中的潜在问题和重要列中数据缺失的信号。还增加了在输入中提供各种文件格式的可能性，包括*.xls(x)格式。
• 函数top_integration现在可以附加参数来计算每个指定组的前n个基因
• 在CIS_volcano_plot中删除了由于精度不高(更容易手动添加面绘制)的面绘制参数，并添加了返回生成图的数据帧作为附加结果的参数。另外，现在可以指定要突出显示的基因名称向量，即使它们没有超过注释阈值。

小

• ISAnalytics网站改进了图形主题，并在右侧增加了一个按钮，用于引导网站的开发(或发布)版本
• 更新后的小插曲

仅针对开发者

• 完成测试套件的返工，以符合v.3的测试

  1.1.9版本更改(21-02-17)

修复

• 修复了绝对文件路径内部函数中的小问题，并纠正了拼写错误

  1.1.8版本更改(20-02-15)

修复

• 修复了内部函数中的小问题，以优化文件系统对齐

  1.1.7版本更改(20-02-10)

修复

• 修正了检查参数时import_association_file中的小问题

  1.1.6版本更改(20-02-06)

升级

• 现在可以从import_parallel_Vispa2Matrices_auto和import_parallel_Vispa2Matrices_interactive, remove_collision和compute_near_integration保存html报告到文件

修复

• 修正sample_statistics:现在有数据帧输出的函数不会产生嵌套表。平面表可以保存到文件中，也可以嵌套。

• 简化remove_collisions中的关联文件检查逻辑:现在函数只在af不包含所需列的情况下才阻塞

  1.1.5版本更改(20-02-03)

升级

• 升级了import_association_file函数:现在文件对齐不再是强制性的，可以将html报告保存到文件中

• 更新的小插图和文档

  1.1.4版本更改(2020-11-16)

升级

• 大大改进了碰撞删除功能的报告

• 对所有小部件报告的一般性改进

  1.1.3版本更改(2020-11-10)

修复

• 进一步修复了小部件不可用时打印报表的问题
• 在remove_collisions中增加了碰撞处理的进度条
• 更新后的小插曲

新

• 增加了“在不支持RStudio的情况下使用ISAnalytics”的插图

  1.1.2版本更改(2020-11-05)

修复

• 修复了非阻塞小部件重启失败的问题

  1.1.1版本更改(2020-11-04)

修复

• 如果在生产或打印小部件时抛出错误，使用小部件的函数将不再中断执行
• 优化了widget打印导入功能
• 如果不能打印小部件且激活verbose选项，则报告现在会显示在控制台上(在不能访问浏览器的环境中使用需要)。
• 其他小的修复(拼写错误)
• Bug修复:修复了一些导入和重新校准函数的Bug
• import_association_file文件函数中的小修正:增加了多个字符串被翻译为NA

重要的笔记

• 由于包“knitcitations”通过CRAN暂时不可用，Vignette构建可能会失败
• ISAnalytics终于在bioconductor上发布了!

iSEE

在2.3.14版本的更改

• 允许在ComplexHeatmapPlot中修改行名和列名的字体大小。

• 修复了在ComplexHeatmapPlot中分配注释颜色的问题。

  2.3.13版本的更改

• 避免在. getcachedcommoninfo中进行部分名称匹配。

• 弃用iSEEOptions，支持panelDefaults(用于构造时全局变量)和registerAppOptions(用于运行时全局变量)。

  在2.3.12版本的更改

• 为下游面板添加了一个. allowablecolorbydatachoices泛型来控制ColorBy*Data选项。

  在2.3.11版本的更改

• 清理了Tables和ComplexHeatmapPlot的旅游。

  在2.3.10版本的更改

• 记录并导出. getdotplotcolorhelp实用程序。

• 修复了RowDotPlot颜色导航的错误。

  在2.3.9版的更改

• 为每个UI元素添加一个分布式浏览。

• 修复了ComplexHeatmapPlot中选定列的排序问题。

  在2.3.8版的更改

• 使用shiny::MockShinySession$new()来模拟shiny会话对象。

  在2.3.7版的更改

• 修复了丢失geom_density_2d导入的错误

  在2.3.6版的更改

• 修复了在各种构造函数中适当弃用旧形参的错误。

  2.3.5版的更改

• 增加了使用多行/列选择作为轴上的因子，用于面或着色的功能。
• 移动选择透明度setter到“可视参数”框中。
• 已弃用SelectionEffect= " Color "，改为ColorBy= " Column selection "和ColorBy= " Row selection "。
• 已弃用的SelectionColor作为选择的颜色由colDataColorMap()来决定。
• 已弃用SelectionEffect= " Restrict "，支持ColumnSelectionRestrict和RowSelectionRestrict。

• 已弃用ColumnSelectionType和ColumnSelectionSaved(与行相同)，因为现在传输所有活动/保存的选择。

  在2.3.4版的更改

• 将按钮观察器的接线固定到打开小插图。

  2.3.3版的更改

• 修复了正确清理零行/列摘要实验的边例错误。

  在2.3.2版的更改

• 添加了cleandatset()泛型，以确保summarizeexperiment中的所有名称都是存在的和唯一的。

  在2.3.1版的更改

• 修复了接近零长度范围的热图颜色选择的错误。

iSEEu

1.3.5版的更改

• 通过registerpvalueppatterns和相关函数，切换到注册来存储DE面板选项。

  1.3.4版的更改

• 通过registerFeatureSetCollections支持内存中的特性集集合及其统计。

  1.3.3版的更改

• 重新分发文档，从面板参观到特定的ui参观。

  1.3.2版的更改

• 旅游相关补丁，暂时修复构建。

  1.3.1版的更改

• 增加了MarkdownBoard面板来显示任意markdown格式的内容。
• 消除可用字段中的重复项，因为这些字段会中断选择。

IsoformSwitchAnalyzeR

1.13.07版本更改(21005-06)

• 更新类型:minor。

• importGTF()和importtrdata()已更新，以处理混合搁浅和非搁浅异构体的罕见情况(未立得异构体现在被丢弃)。

• 如果没有或只添加少量orf，则更新addORFfromGTF()以更好地报告。

• 各种维护更新。

  1.13.06(21004-09)版本更改

• 更新类型:minor。

• isoformSwitchTestDEXSeq()报告的运行时也进行了更新，以考虑所分析的转录本的数量。

• 更新analyzeORF()，以便在没有发现重叠时使用analyzeNovelIsoformORF()进行分析。

• switchPlot被固定，所以alpha参数现在工作。

• 各种更新的警告，描述和错误消息。

• 如果终止密码子包含在注释中，则更新extractSequence()以删除终止密码子。

• 当alsoSplitFastaFile=TRUE时，extractSequence()被更新为生成均匀大小的文件。

• analysORF不再允许识别截断的orf。

  1.13.05版本更改(21-01-07)

• 更新类型:重要。

• analyseORF被orfMethod“longest”更新。一个nnotatedWhenPossible” a hybrid between “longes” and “longestAnnotated”. See ?analyseORF for details.

• importGTF、importtrdata和analyseORF也被更新为对ORF注释的源进行注释。如果removeNoncodinORFs = TRUE，则analyzeCPAT和analyzeCPC2也会更改这些。

• 为了实现更好的ORF分析，在IsoformSwitchAnalyzeR中添加了addORFfromGTF()和analyzeNovelIsoformORF()函数。这些应该用来代替analyzeORF()。这些函数还注释ORF注释的源。参见小插图的描述，为什么这些是可取的。

• analyseORF()更新了一个用于ORF检测的额外方法:" longest.AnnotatedWhenPossible "。

• getCDS()函数和CDSSet类被用户删除，因为addORFfromGTF() + analyzeNovelIsoformORF()提供了更好的方法来分析orf。

• 依赖于ORF数据的下游功能现在检查所有的异构体是否为ORF进行了评估。它们是extractSequence()， analyzeSwitchConsequences()， switchPlotTranscript()和switchPlot()。

• isoformSwitchAnalysisPart1()和isoformSwitchAnalysisPart2()也进行了更新，以支持新的ORF注释方案。

• isoformSwitchAnalysisPart1()和isoformSwitchAnalysisPart2()通过删除许多传递给子函数的参数，从而更多地依赖于默认参数，使其使用变得不那么复杂。

• importtrdata()被更新为导入“引用gene_ids”而不是StringTie gene_ids(用于所有注释的基因)。

• importtrdata()中的StringTie注释拯救被更新为使用“reference gene_ids”而不是“reference gene_names”，从而修复了由StringTie合并的具有相同基因名的紧密间隔基因的问题。

• importGTF()现在还从StringTie gtf导入ref_gene_id，以启用上述对importtrdata()的更新。如果不存在，它将复制gene_name代替。

• 对extractGeneExpression()进行了更新，以方便地输出基因注释。

• isoformToGeneExp()被更新为使用rowsum()而不是tidyverse实现，因为它对于大型数据集来说要快得多。

• importRdata()的estimatedifferalgenerange选项的结果现在报告的条件名称与IsoformSwitchAnalyzeR的其余部分一致。

• 删除对StringTie2的提及，因为它已经合并到StringTie中。

• 文档和插图相应更新。

  1.13.04版本更改(2020-12-10)

• 更新类型:minor。

• 装饰图案更新。

  1.13.03版本更改(2020-12-08)

• 更新类型:minor。

• 装饰图案更新。

  1.13.02(2020-12-07)版本更改

• 更新类型:minor。

• 更新描述。

• 更新了关于银河分析运行的小插图。

  1.13.01(20-10-29)版本更改

• 更新类型:minor。

• 由于生物导体版本的碰撞。

• 修正了importRdata()中的错误，该错误在修复StringTie注释时可能会导致问题。感谢@yaccos发现了这个问题。

• 修正了在importRdata()中估计DTU会导致错误的边缘情况。

• 已更新analyseSignalP()以处理没有发现信号肽的情况，并发出警告而不是错误。

isomiRs

1.19.2版本的更改

修复

• 增加GE的隶属关系

• 从dplorer中删除fun以避免未来的错误

• 修复存在行名时的column_to_names错误

烤肉串

1.26.0版本的更改

• 作为Bioconductor 3.13的一部分发布

  1.25.2版本的更改

• 从ksort.h中的宏中删除' register '，以避免Mac OS上的警告

  1.25.1版本的更改

• MismatchC.cpp的小修正

  1.25.0版本的更改

• Bioconductor 3.13 devel的新分支

KnowSeq

1.4.5版本更改(21-04-15)

• SVA批处理效果修正改进

• MAD异常值检测修复

• KnowSeq报告更新，包括SVA和MAD修改的变化

• 交叉验证DEGs提取实现了进一步版本

• RUV与批效方法的结合

limma

3.48.0版本的更改

新功能

• 显式地设置重量=零在调用lmFit()时不再覆盖权重价值所在对象．在lmFit()中的默认设置更改为ndups =而且间隔= 1来ndups =零而且间隔=零，尽管从用户的角度来看，这并不会改变函数行为。

• 对duplicateCorrelation()的许多改进使结果更健壮，并使接口与lmFit()一致。duplicateCorrelation()集权重与lmFit()相同。设置重量=零函数调用中找到的权重不再覆盖对象．duplicateCorrelation()现在检查块因子是否由设计矩阵张成。如果是，它将返回块内相关性为零并发出警告。以前，这种使用错误没有被专门捕获，可能会导致相关性为或NA或接近1，这取决于浮点错误。duplicateCorrelation()现在在design不是满秩时发出一个简化的消息，并使用message()来代替cat()。就输出而言，duplicateCorrelation()现在将基因相关的边界与上界和下界隔开0.01，以便相关矩阵始终是正定的。当没有块或副本存在时，对duplicateCorrelation()返回的值也有一个修复。

• 新论点足球俱乐部对于treat()，可以选择在折叠变化尺度上指定折叠变化阈值，而不是作为log2-fold-change。

• plotMDS()不再调用cmdscale()，而是直接执行必要的特征向量计算。现在计算由每个维度解释的方差比例，并可选地添加到维度标签中。的ndim参数现在被删除。所有的特征向量现在都被存储了，所以plotMDS。当绘制不同维度时，MDS不需要重新计算它们。

• 新的参数路径而且bgxpathread.idat()。read.idat()现在检查gzip格式的IDAT文件，如果检测到，则给出信息性错误消息。read.idat()现在在调用illuminaio读取函数之前检查输入文件是否存在。

其他代码改进

• 由write.fit()编写的平均日志表达式列现在具有列标题“AveExpr”，以匹配topTable()的输出。该专栏之前被称为“A”。

文档

• 的附加文档设计的观点lmFit使用术语“样本”而不是“数组”，并提到设计矩阵默认为美元对象设计当该组件不是NULL时。

• duplicateCorrelation()帮助页已修改，包括新的代码示例。

• voom()的帮助页面现在解释了设计矩阵将从集团DGEList对象的因子(如果可用)。

• Coolmap()帮助页现在澄清哪些heatmap.2()参数被保留，哪些参数可以包含在Coolmap调用中。

错误修复

• 修复当检测到负计数时，boom()警告中的拼写错误。

LoomExperiment

1.10.0版本的更改

错误修复

• 在import()、export()和LoomFile()定义中使用BiocIO而不是rtracklayer。

LRcell

在0.99.7版本的更改

• 修复错误

  在0.99.6版本的更改

• 编辑小插图

  在0.99.5版本的更改

• 从ExperimentHub添加PBMC数据集

  在0.99.4版本的更改

• 调试test-LRcell。R而且修复the problem due to the data uploaded
• 在utils中添加PBMC数据集信息。R

• 编辑描述

  在0.99.3版本的更改

• 将两个依赖项更改回R>=4.1

• R>=3.6产生警告

  在0.99.2版本的更改

• 将LRcellTypeMarkers依赖性更改为R>=3.6

• 将LRcell依赖项更改为R>=3.6

  在0.99.1版本的更改

• 移除LRcell。Rproj

• 更改.gitignore文件

  在0.99.0版本的更改

• 0.99.0版本发布
• 提交给Bioconductor

Maaslin2

1.5.1版的更改

• 更新日志从基数10到基数2。

• ZICP现已弃用(https://cran.r-project.org/web/packages/cplm/NEWS)

• 为了支持未来所有模型的R2功能，删除了SLM

• 拟合值连同残差一起返回

• 提取的随机效果也会返回

maftools

在2.8.0版本的更改

新功能

• 肿瘤BAM文件中已知的癌症热点基因型
• bamreadcounts从BAM文件中提取目标变体的核苷酸计数。
• maftools现在本地加载TCGA队列。tcgaAvailable和tcgaLoad将显示和加载所需的队列。
• 增加了MAF构造函数
• 增加了将MAF转换为MultiAssayExperiment类对象的maf2mae
• 增加了plotProtein和mafbarplot

增强

• 添加ALMS1基因的蛋白质结构域。问题:705
• 为oncoplot添加了titv_col参数。问题:702
• 为基因FAM205A添加蛋白质结构域。问题:701
• oncoplot现在可以总结不同的分类类似于cbiopportal风格。问题:686
• 增加了对mafCompare()或clinicalEnrichment()的路径支持。问题:681
• 为oncoplot增加了侧边和顶部栏的默认标题。问题:682
• 为coOncoplot添加了annotationOrder参数。问题:676
• 为survGroup添加了情节参数。谢谢OmarElAshkar: 674
• 增加rmFlags参数read.maf。问题:668
• 为oncoplot增加了path_order参数，以自定义oncoplot上的路径顺序。
• coBarplot增加了geneMar参数。问题:260

错误修复

• coOncoplot不允许多个附加功能。问题:675

马尔

1.1.2版的更改

• 2021年5月10日添加了功能标签输出

• 2021年4月27日增加了功能标签输出

• 2021年3月6日增加截止值

  1.1.1版的更改

• alpha的硬编码将于2020年12月21日固定。

MatrixGenerics

1.2.1版的更改

• 与matrixStats v0.58.0同步API。

MatrixQCvis

版本0.99.12 (2021-05-18)

• 将XLSX替换为openxlsx

  版本0.99.11 (2021-05-10)

• 将normalize函数重命名为normalizeAssay

• 将transform函数重命名为transformAssay

• 将batch函数重命名为batchCorrectionAssay

• 将函数impute重命名为imputeAssay

  版本0.99.10 (2021-05-06)

• 碰撞版本触发构建

  0.99.9版本的更改(21004-29)

• 在建议中添加hexbin

• 修复了地图显示正确的错误

  0.99.8版本的更改(21004-28)

• 设置S4Vectors所需版本为>= 0.29.15

  0.99.7版本的更改(21004-28)

• 在描述文件中添加依赖项的版本号

  0.99.6版本的更改(21004-27)

• 将MatrixQCvis添加到Bioconductor支持站点上的监视标签

  0.99.5版本的更改(21004-27)

• 通过使用partial_bundle for driftPlot来减少vignette的文件大小

  0.99.4版本的更改(21004-26)

• 减少包依赖
  • 解除魔法
  • 使用stats::cmdscale而不是ape::pcoa
  • 删除MsCoreUtils
  • 删除preprocessCore
  • 删除矩阵

• 添加PCoA的解释方差

• 在create_boxplot中添加se参数，允许对样本进行排序

• 使用ggplotly替换driftPlot

• 允许在ma图中根据提供的样本名称的字符向量灵活添加样本

• 退出闪亮的应用程序时返回summarizeexperiment

• 添加函数maxQuant，允许从maxQuant输出创建summarizeexperiment对象(.xlsx文件)

  版本0.99.3(2021-03-18)的更改

• 通过使用partial_bundle来减少小插图的文件大小

  0.99.2版本的更改(2021-03-18)

• 降低小插图中的图像分辨率以减少文件大小

  版本0.99.1(2021-03-17)的更改

• 减少小插图的文件大小

  0.99.0版本的更改(21003-12)

• shinyQC包括可视化/功能
  • 样本类型直方图，
  • 关于缺失/测量值数量的信息
  • 缺失/测量值集(相交，不相交)的信息
  • Barplot和小提琴plot(计数/强度)值
  • 可视化检测(计数/强度)值的漂移/趋势
  • 样本的变异系数，
  • mean-sd情节,
  • 马情节,
  • 经验累积分布函数，
  • 样本之间距离的可视化，
  • 特征强度和特征变异系数，
  • 降维图(PCA, PCoA, NMDS, tSNE, UMAP)
  • 微分表达式

• 为数据操作和绘图编写函数

• 为这些函数编写测试

• 为shinyQC创建UI和服务器模块

• 为UI和服务器模块编写测试

• 根据数据类型加载不同的UI元素(如果数据包含缺失的值或已完成)

• 加载不同的UI，如果summarizeexperiment在shinyQC开始时加载或不加载

事

1.17.1版本更改(2020-11-27)

错误修复

• 修复了4.1版本的' apply() '签名

megadepth

1.1.5版的更改

新功能

• 添加了process_junction_table (https://github.com/ChristopherWilks/megadepth#junctions的r实现)，它将read_junction_table的输出解析为star兼容的格式。

模因

在0.99.11版本的更改

• 使用runStreme()添加对STREME的支持。STREME将在未来的MEME Suite版本中取代DREME。

  在0.99.10版本的更改

• 修正了在某些条件下作为数据库条目使用时路径不能正确展开的错误

  在0.99.8版本的更改

• 移除integrative_analysis小插图中的内联调用，以修复生物构建机器的问题

  在0.99.7版本的更改

• 版本碰撞强制pkg重建

  在0.99.6版本的更改

• 为plot_sequence_heatmap添加了list S3方法，所以现在命名的序列列表可以原生地传递给这个函数。

• 更新ChIP-seq vignette来演示这一点

  在0.99.5版本的更改

• 增加了制作序列列表热图的plot_sequence_heatmap
• 为ChIP-seq小插图增加了更多的解释

• 为了一致性，重命名为ame_plot_heatmap -> plot_ame_heatmap

  0.1.2版本的更改

• runfio () skip_matched_sequence default现在是FALSE。如果fimo运行时间较长，则将其设置为TRUE，然后在需要时使用add_sequence()将其添加回来。

• runTomTom() dist default现在是ed(由pearson更改)。

  0.1.0版的更改

• 移除as_universalmotif_df()， as_universalmotif()和update_motifs()。
• 这些函数被universalmotif::to_df()、universalmotif::to_list()和universalmotif::update_motifs()替换。
• runDreme和runTomTom结果现在以universalmotif_df格式返回(行为就像data.frame)
• universalmotif_df对象的motif列再也不能在view_motifs(df$motif)等universalmotif操作中直接调用。使用to_list()代替此行为。
• 为了支持此更改，pvalue、value和qvalue列被重命名为pval、eval和qval。tomtom输出列match_pvalue -> match_pval、best_match_pvalue -> best_match_pval等也是如此。
• 更新示例数据集，以使用universalmotif_df类型
• Ame_plot_heatmap的排序问题得到解决，现在可以正确排序了
• 增加了remove_duplicate_motifs和has_duplicate_motifs用于检测和删除通用motif对象或数据帧中的重复矩阵
• 为更广泛的EDA和重复数据删除的演示修改了整洁的主题小插图
• 更新了flyFactorSurvey_cleaned。模因示例数据库，以反映对小插图的新更改

metabCombiner

1.1.3版本的更改

包添加

• metabCombine():主包工作流包装器函数

• 用于加载主要工作流方法默认值的参数列表函数

对labelRows的更改

• " conflict "参数替换为" delta "，默认值为0.2

• minScore参数的默认值增加到0.5

更改calcScores

• A (75)， B (10)， C(0.25)的默认参数值

更改为fit_黄土

• 控制黄土适合度的新参数“control”(表参数)
  • 消除“iter黄土”参数

更改selectAnchors

• " tolrtq "参数的默认值从0.5更改为0.3

  1.1.2版本更改(2020-12-28)

更改为fit_gam()/ fit_黄土

• 增加了新的基于箱线图/ IQR的离群值检测方法

• 新参数:异常值，接受“MAD”或“boxplot”作为值

• 参数名称更改:“frac”为“prop”，“ratio”为“coef”

• 对主要功能和支持功能的文档和小的代码更改

对plot_fit的更改

• 显示、隐藏或突出显示(用图例)异常值的新选项

• 新参数:outlier，接受" show " / " s "， " remove " / " r "，或" highlight " / " h "作为参数;Ocol，如果离群参数设置为" highlight " / " h "离群点颜色

  • 删除。异常值参数被移除

其他的变化

• fit_gam()的新测试用例

  1.1.1版本更改(2020-12-02)

错误修复

• 检查缺少的组值(Issue #7)

• calcScores / evaluateParams组错误(问题#8)

• 对带有括号字符“{([])}”的列名的警告(问题#9)

• QCol bug (Issue #10)

新功能

• getExtra方法添加到metabCombiner对象(Issue #11)

MetaboCoreUtils

在0.99版的更改

MetaboCoreUtils 0.99.1

• 添加[M+H-2(H2O)]+加成定义。

MetaboCoreUtils 0.99.0

• 添加包装插图和准备Bioconductor提交。

metabolomicsWorkbenchR

1.1.1版的更改

• 错误修复

• 增加了一些辅助功能

metagene2

1.7.2版本更改(2020-12-17)

• 删除了对NCIS规范化的支持，它依赖于一个现已弃用的包。

metapod

1.0.0版的更改

• 新的包元脚，用于来自差异测试的p值的元分析。

metaseqR2

1.3.13版本更改(21-02-20)

新功能

• 能够使用具有不同条件名称但具有相同样本集(或子集)的不同样本列表与具有相同样本的前一个基因模型。

错误修复

• 一个也没有。

methylGSA

1.9.1版的更改

• 增强包装小插图

methylInheritance

1.15.1版本的更改

Bug修复和改进

• 修复了在观察文件和排列文件的不同目录下使用loadConvergenceData()时引起的问题。

methylKit

1.17.5版本的更改

改进和bug修复

• 从文件中读。gzipped:跳过tabix文件中的头行来修复https://github.com/al2na/methylKit/issues/226

  1.17.4版本的更改

改进和bug修复

• .setMethylDBNames:将可能的甲基dbclass从" methylDB "纠正为" methylRawDB "

• 从文件中读。Gzipped:禁用fread.gzipped的解压缩跳过

  • 会导致严重的问题，如在https://groups.google.com/g/methylkit_discussion/c/UruFjvX89B4/m/vV2Qnd8NEAAJ调查和解释在https://github.com/al2na/methylKit/issues/222

    1.17.3版本的更改

改进和bug修复

• 导出甲基rawlistdb和甲基rawlist构造函数

  1.17.2版本的更改

改进和bug修复

• 更新装饰图案:
  • 添加关于系统使用的注释。文件函数
  • 显示行顺序时，减少行数

  • 增加关于合并甲基raw到甲基rawlist更新小插曲的faq部分

    1.17.1版本的更改

改进和bug修复

• readmethylDB:在读取之前检查文件是否存在

• 加载tabix文件:

  • 改进使用头文件读取tabix文件
  • 更新加载表文件的测试

MetNet

1.9.5版本更改(21-05-04)

• 添加功能以调整相关性中的多个测试

• 返回结构中的PPM范围时返回对称矩阵

  1.9.4版本的更改(21-04-30)

• 添加字体在mz_vis到mono

• 将如何在mz_summary中使用过滤器的示例从可视化中分离出来

  1.9.3版本更改(21-04-28)

• 引入来自summarizeexperiment的邻接矩阵S4类来存储邻接矩阵。邻接矩阵对象可以是结构型、统计型和组合型

• 调整邻接矩阵对象的文档和测试

• 添加函数mz_summary和mz_vis(由Liesa Salzer贡献)

  1.9.2版本更改(2021-03-24)

• 添加结构矩阵生成部分为有向=FALSE

  1.9.1版本更改(21-02-20)

• 修复插图中的错别字

米娅

0.99.0版本的更改(2021-03-19)

• 提交给Bioconductor

miaViz

0.99.0版本的更改(2021-03-19)

• 提交给Bioconductor

微生物组

2.1.2版本更改(2020-07-01)

• 改进了堆芯热图标记

• aggregate_top_taxa弃用

• 双模态和电位分析功能固定

  2.1.1版本更改(2020-04-06)

• 增加重叠功能

microbiomeExplorer

1.0.3版的更改

• 增加了在应用程序内拆分分类列(通过qiime获得)的选项

  1.0.2版的更改

• 修复了表型与NaN值相关分析的错误

• 防止了加载格式错误的特性数据时应用程序崩溃

  1.0.1版的更改

• 调整为与shinyjs 2.0.0兼容

MicrobiotaProcess

1.3.11版本的更改

• 填充ggclust bug来映射颜色和形状。(2021-05-12,结婚)

  1.3.9版的更改

• ggdiffclade的更多布局。星期五(2021-04-16)

• 删除未分类的、模糊的分类法名称。(星期二,2021-03-30)

• https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues/23

  1.3.8版的更改

• 重命名代码文件。(星期二,2021-03-23)

• 为ggbartaxa和ggdiffbartaxa添加别名。(星期二,2021-03-23)

  1.3.7版的更改

• 优化了安装导入。(我2021-03-15)
• 在ggbartax中添加sampleLevels来调整轴标签的顺序。星期五(2021-03-12)

• 当只提供特征表时，更新import_qiime2以避免错误。星期五(2021-02-26)

  1.3.6版的更改

• 转换svg开发到pdf开发。

  1.3.5版的更改

• 修复一个错误，例如ggrarecurve。(21-01-07, Thu) factorNames= " Group " to " Group "

  1.3.4版的更改

• 修复了数字样例名称的错误。(2020-11-26,清华)

• Geom_tiplab也支持圆形布局，所以删除geom_tiplab2。(2020-11-26,清华)

  1.3.3版的更改

• 添加。taxonomyTable类的treedata。(我2020-11-23)

  1.3.2版的更改

• grgrarecurve可以为每个样品设置颜色的组变量。(星期二,2020-11-11)
• 使用shadow=FALSE并提供因子名
• https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues/21
• 添加get_rarecurve以避免在显示稀有曲线时重复计算。(星期二,2020-11-17)

• rares <- get_rarecurve(obj, chunks=400) p <- ggrarecurve(rares)

  1.3.1版的更改

• Ggordpoint添加showsample以显示样品的标签。(2020-10-29,清华)
• ggordpoint的点使用ggstar的点。星期五(2020-10-30)
• 为了获得diff_analysis的动态参数，调用被更改为someparams。有些params包含在其他函数中使用的参数。(我2020-11-09)
• https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues/20

midasHLA

在0.99.15版本的更改

• 修复了导致LRT报告错误检测残留物数量的bug。

  在0.99.13版本的更改

• 更改版本号以符合Bioconductor软件包提交指南。bob体育取款很慢
• 重命名包为midasHLA;迈达斯已经在使用了。

miloR

版本0.99.1(21-03-13)的更改

• 修复模型规范化的错误-现在默认使用TMM规范化。通过传递范数可以使用Log(M_s)偏移量。方法= " logMS "到testnhood。

  0.99.0版本的更改(21003-04)

• 提交给Bioconductor

miQC

0.99.9版本的更改(2021-03-24)

• 增加了新的功能，plotMetrics

• 如果flexmix没有识别出两个发行版，mixtureModel将抛出警告

• Vignette包含了评估是否在数据集上使用miQC的说明

  0.1.0版本的更改(21-02-10)

• 提交给Bioconductor

miRSM

1.9.4-1.9.5版本的更改

• 添加引文信息< 21004-15，即>

  1.9.3版的更改

• 添加海绵模块(SM)方法< 21-02-02,Thue>

  1.9.1-1.9.2版本的更改

• 更新miRSM。R<2020-11-26, Thus>

miRspongeR

1.17.1-1.17.2版本的更改

• 更新src <2020-11-09, Mon>。

mirTarRnaSeq

版本0.99.11 (2021-05-14)

• 更改的新闻文件

  在0.99.10版本的更改

• 缩小回购

  在0.99.9版本的更改

• 更新了建议的注释

  在0.99.8版本的更改

• 固定检查错误

  在0.99.7版本的更改

• 处理下载问题

  在0.99.6版本的更改

• 处理插图问题

  在0.99.5版本的更改

• 固定文档警告数据集和警告R CMD文件大小

  在0.99.4版本的更改

• 修正了数据集的文档警告

  在0.99.3版本的更改

• 修正了代码的文档警告

  在0.99.2版本的更改

• 发起

mistyR

在0.99.11版本的更改

• 修正了一个在Nystrom近似中创建paraview的错误。
• 增加了一套高覆盖率的测试。

• 更干净的缓存控制。

  在0.99.9版本的更改

• Bioconductor要求修改
• 从依赖删除magrittr。再出口管道操作员。从例子中删除。
• 缓存默认关闭。
• 在run_misty中增加了附加性能和系数文件的参数。
• 视图中的内部函数。R现在是显式的。
• 从文档中删除了函数使用的备选方案和其他示例。
• 删除多余的消息，升级到必要的警告。
• Run_misty清理空缓存目录。
• Vignette与SpatialExperiment的新版本的兼容性。
• 由于缺少MacOS CRAN上r4.1的hdf5r二进制文件，从包中删除Seurat小插图。
• 其他的变化
• README.mdfigures moved to the cloud.
• 所有传递的路径和缓存位置都是规范化的。

• 在mistyR小插图的变化，以反映从论文的硅评价的变化。

  在0.99.0版本的更改

• 版本与小插图准备提交给Bioconductor。

  0.1.0版的更改

• 带有函数文档的mistyR(命名为MISTy)的初始beta版本。

MLInterfaces

1.71.1版本的更改

• Rda已失效，所有引用都已删除

• hclusterwidget中的bug禁止使用更多的功能-这是固定的

中长期规划

1.39.1版本的更改

• 使用导入而不是依赖

• 使用Authors@R

• KEGG.db(从BioC >= 3.13不可用)-> KEGGREST .db

• getGeneSets:只返回所选路径的描述

• 更新示例基因集

ModCon

0.99.0版本更改(2018-05-15)

• 提交给Bioconductor

MOFA2

1.1.9版本的更改

• 将MEFISTO整合到MOFA2中

• 提高与Seurat和singlecel实验的互操作性

• 通过有选择地用float32数组替换float64数组来提高内存使用和训练时间

• Mofapy2已经更新到0.6.0版本，现在它有了自己的存储库

  1.1.4版的更改

• 将MEFISTO整合到MOFA2中

• 使用basilisk改进Python接口

• 样例元数据可以在训练前后合并到MOFA对象中

motifStack

1.35.2版本的更改

• 添加rmarkdown作为建议包。

mpra

1.12.1版的更改

• 修复MPRASet构造中的参数检查，使用户不必指定barcode或eseq。

• 修复了使用aggregate= " none "选项的日志比对象中eid的排序错误

MQmetrics

在0.99.4版本的更改

• 函数generateReport()现在接受参数name_output_file来命名输出pdf文件。
• 在报表中增加了关于多肽和多肽/蛋白质比率的信息。

• 添加了函数PlotProteinPeptideRatio()来可视化比较所识别的蛋白质和实验中肽/蛋白质的比率。

  在0.99.3版本的更改

• 函数现在使用由make_MQCombined()产生的通用输入。
• 代码中的缩短行。
• 使用seq_len而不是1:…
• 行缩进使用4个空格的倍数。

• 移除LazyData: TRUE。

  在0.99.2版本的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

msa

1.24.0版本的更改

• 作为Bioconductor 3.13的一部分发布

  1.23.1版的更改

• texshade更新。麦套到最新版本

  1.23.0版本的更改

• Bioconductor 3.13 devel的新分支

MsBackendMassbank

在0.99版的更改

改动在0.99.4

• 修复了selectSpectraVariables,MsBackendMassbankSql如果被子集为@localData问题#29中的单个变量/列将失败的问题

改动在0.99.3

• 在peaksData上写上名字。

改动在0.99.2

• 在包审查过程中，根据要求进行了微小的更新和更改。

改动在0.99.1

• 如果在bplapply中使用:::直接调用包内部函数，以避免在Windows上出错。

在0.99.0的变化

• 准备Bioconductor提交。

MsBackendMgf

在0.99版的更改

改动在0.99.3

• 导出readMgf函数。

改动在0.99.2

• 更新小插图中的安装说明。

改动在0.99.1

• 直接从MsBackendMgf调用内部函数，以避免在Windows上并发处理错误(函数未找到)。

MsCoreUtils

1.3版本的更改

1.3.3的变化

• 添加join_gnps和gnps，允许计算gnps谱相似性分数。

1.3.2的变化

• 添加rt2numeric()、rt2character()和formatRt()。
• 新的impute_fun()函数用于用户提供的imputation函数。

1.3.1的变化

• 添加Josep Badia Aparicio为贡献者

1.3.0的变化

• 新生物发展versin

MSnbase

在2.17版本的更改

2.17.7中的变化

• 碰撞强制传播在Bioc

2.17.6中的变化

• 从ProtGenerics导入ProcessingStep。

2.17.5中的变化

• 从ProtGenerics导入量化泛型。
• 修复calculateFragments手册页中的默认值(参见issue #537)。

2.17.4中的变化

• 用MsCoreUtils::impute_matrix()重新实现impute, msnset方法。
• 用MsCoreUtils::normalize_matrix()重新实现normalise, msnset方法。
• 使用ttm16演示ReporterIons类。
• 使用MsCoreUtils::formatRt()重新实现formatRt()。
• 使用MsCoreUtils::robustSummary()(此包中已删除的代码)。
• 使用MsCoreUtils:: medianPolish()。

2.17.3中的变化

• 加入归一化、色谱法。
• 添加滤镜强度，色谱法。
• 添加对齐，色谱法。
• 打印保留时间秒时使用两位数字

2.17.2中的变化

• 添加ttm16报告离子(由Miguel Cosenza-Contreras贡献)

2.17.1中的变化

• 使用ProtGenerics::calculateFragments泛型
• 记录spectrumId (spectrumId)、acquitisionNum和scanIndex之间的差异。

2.17.0的变化

• 新的生物开发版本

MSPrep

1.1.1版本更改(20-03-27)

• 添加随机森林归责
• 修复参数验证错误

msPurity

1.17.2版本的更改

• 更新dev以匹配主版中的bug修复

  1.17.1版本的更改

• 更新dev以匹配主版中的bug修复

  1.16.2版本的更改

• 作者列表更新

  1.16.1版本的更改

• 更新createDatabase，在数据库中记录所有的内部平均光谱

• 在代码中添加许可和版权信息

• 添加github工作流CI(以及通过测试的后续格式更新)

msqrob2

在0.99.6版本的更改

• 更新描述文件中的作者

  在0.99.5版本的更改

• 修复使用doQR = TRUE时msqrobLmer对模型参数估计的标准错误

  在0.99.4版本的更改

• 小更新小插图。在一个R块中替换eval=FALSE，以便对代码求值。

  在0.99.3版本的更改

• 关于信号器的解决注意事项
• 解决了行宽超过100个字符的示例

• 避免sapply和1:…

  在0.99.2版本的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。
• 将依赖关系从R(>= 4.0)更改为R (>= 4.1)
• 更新的引文文件

在0.99.1版本的更改

• 提交给Bioc

MSstatsConvert

1.1.2版的更改

• 更新了Spectronaut转换器，允许在输入文件中注释。

  1.1.1版的更改

• 小错误修复
• 更新了msstatlogssettings函数，允许对不同的包进行不同的设置

MSstatsTMT

2.0.0版本更改(21005-14)

• 重构包，使其模块化

  1.8.2版本更改(2020-12-17)

• 更新进度条

• 更新groupComparisonTMT以避免重用从lmer包复制的本地函数

  1.8.1版本更改(2020-12-10)

• 增加MSstatsTMT论文的引用

• 修复由于依赖包更新导致的groupComparisonTMT()的错误

• 修复MedianPolish摘要的错误

• proteinsummary():将零值替换为肽归一化前后的NA

MultiAssayExperiment

1.18.0版本的更改

新功能

• saveHDF5MultiAssayExperiment允许用户从大多数类(不包括raggeexperiment)保存数据到单个H5文件(ctb @hpages)
• 支持maftools转换已添加为MultiAssayExperimentToMAF (ctb @PoisonAlien)
• renameColname和renamprimary分别为实验中的列名和colData中的行名提供重命名功能
• 用户现在可以在实验中使用colnames(mae) <- value重命名部分或所有列名
• 当替换colData或实验(包括[[<-)，新的行名和colname(分别)将根据现有值进行检查，当没有匹配时给出一个错误
• 现在支持使用List对象替换ExperimentList中的数据
• splitAssay允许用户在测试中分离/拆分列
• makeHitList是一个辅助函数，用于创建作为splitAssay输入所需的逻辑列表
• 当subsetting MultiAssayExperiment时drop参数现在默认为FALSE

Bug修复和小的改进

• 更新了构造函数，在colData中缺少行名时自动填充行名(@LTLA， #287)
• 元数据现在包括被删除的实验的名称
• 更新了有效性检查以支持类数组类
• 丢弃的实验在元数据中被跟踪

multiGSEA

1.1.7版本更改(21-05-10)

• 从vignette中删除Biocarta数据库-它不再被石墨R包支持。

• 在错误消息中列出所有可用的数据库。

  1.1.5版本更改(21-04-19)

• 错误修复。

• 添加关于指标的信息和参考来计算特征等级。

  1.1.4版本更改(2020-12-09)

• 添加BMC Bioinformatics文章的正确引文。

  1.1.3版本更改(2020-11-19)

• 防止由于导入两个不同的select()函数而产生警告。

  1.1.2版本更改(2020-11-07)

• 加速不同ID格式之间的代谢物ID映射

  1.1.1版本更改(2020-11-05)

• 错误修复。防止重复的路径标题导致错误。

• 包含枚举重复路径标题的新功能。

multiHiCcompare

2.0.0版本更改(2020-11-23)

• 更新“topDirs”函数中重要结果的选择。主要变化，结果将比2.0.0之前的版本更严格

• 删除' BLMA '和' metap '依赖，添加'聚合'依赖

• 默认情况下使用' max '聚合p值。即，对于一个区域与多个区域的差分相互作用，将选择一个最大的p值。Fisher, Lancaster和Sidak方法也可用

• 使用' p '协调重要区域的计数。Adj_cutoff ' only (' alpha '截止删除)

• “manhattan”功能与“topDirs”功能相协调

• ' perm_test '函数与' topDirs '函数协调

• 更新小插图以匹配函数

multiSight

在0.99.0版本的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

MungeSumstats

1.0.0版的更改

新功能

• MungeSumstats发布到Bioconductor

马斯喀特

1.5.2版的更改

• 在prepSim()中添加edgeR::calcNormFactors()步骤

• 为simData()添加参数' dd '，以指定是否模拟两个组

• prepSim()和simData()现在支持模拟“单一”设计(无样本，无集群)，以及只支持样本/集群

• simData()默认模拟尽可能多的样本，以避免重用(重复)参考样本

  1.5.1版的更改

• 通过用scutle::summarizeAssayByGroup()替换列表上的rowX()， aggregateData()的显著加速

• 添加的选项在aggregateData()中使用" prop.detected "和" num.detected "作为汇总统计信息(参数' fun ')

• 通过参数BBPARAM在aggregateData()和pbDS()中添加了并行化支持(分别传递给scater::sumCountsAcrossCells()和BiocParallel::bplapply)

• aggregateData()现在在int_colData(.)$n_cells (vs. metadata(.)$n_cells)下存储进入聚合的单元格数量，以支持自动分组

• 在所有可并行化函数(aggregateData()， pbDS()， mmDS())中，将参数n_threads替换为BPPARAM

• 修复了prepSim()中的错误:当cluster/sample/group_id单元元数据列非因子时，函数先前失败

• 修正了resDS(): cpm = TRUE之前没有正确处理丢失的集群样本组合

musicatk

1.1.2版本更改(21-02-03)

释放

• 增加了新的分析功能，包括使用多种方法(如k-means)聚类样本暴露，使用多种方法(如Wilcoxon秩和，Kruskal Wallis, GLM)的差异暴露，以及热图创建。修正了在创建indel表时导致不正确计数突变的错误。

MutationalPatterns

3.1.4版的更改

• 斑块病变分离现在有背景条带。
• Plot_rainfall现在可以从标签中删除更多的染色体前缀。染色体()、组()和chrom现在可以删除除了chr。所有都不区分大小写。
• 改进了小章节中选择严格改装的截止点的描述。

• 修正了拼写错误。

  3.1.2版的更改

• plot_lesion_isolation已被改进。它现在可以同时绘制多个样本。用户还可以指定他们想要绘制的染色体。这幅图现在还包含了颜色，染色体链上的突变比例通过每条染色体的水平线显示出来。

  3.1.2版的更改

• 对于缺少的签名，plot_correlation_bootstrap输出现在显示较少的主导颜色。
• 默认情况下，rename_nmf_signatures函数现在为重命名的签名添加了“-like”后缀。
• plot_river函数现在显示了每个样本的突变数量。
• read_vcfs_as_granges函数现在有一个" predefined_dbs_mbs "参数，用于在vcfs中已经定义了dbs和mbs变量。这防止了snv的合并。
• get_indel_context函数现在查找indel的左边和右边的重复。以前它只看indel的右边。

mzR

2.25.5版的更改

• 修复Kurt Hornik报告的clang-11编译错误(已经修复!)，关闭#244

  2.24.4版的更改

• 将依赖项“rmarkdown”添加到“suggest”:

  2.24.3版本的更改

• 确保头for CDF返回数据类型正确的列。

  2.25.2版本的更改

• 修复问题#238:确保头调用为所有后端返回相同的列。

  2.25.1版的更改

• 碰撞版本，使用最新的Rcpp触发新的构建

  2.24.0版本的更改

• 新的生物开发版本

NADfinder

1.15.2版本的更改

• 添加rmarkdown作为建议包。

  1.15.1版本的更改

• 修复rtracklayer::export缺少的链接。

NanoMethViz

1.1.4版的更改

• 增加了调色板参数聚合图
• 增加了exons_to_genes()函数将外显子注释转换为基因注释

• 增加了plot_granges_heatmap()函数来使用grange绘制热图

  1.1.3版本的更改

• 修复了plot_agg_regions()中列表区域输入的组处理问题
• 修复了plot_region_heatmap()中未使用的窗口大小参数

• 修复了内部函数StatLM()读取名称和位置重叠的错误

  1.1.2版的更改

• 更改示例数据集外显子注释，从所有基因组外显子到仅包含在数据中的外显子。
• 固定甲基化热图不再是硬编码的Peg3。
• 添加了类似于plot_region()的plot_region_heatmap()。
• 修正了plot_agg_regions_sample_groups()使用NanoMethViz::samples(x)的组列而不是单倍型。

• 增加了单元测试。

  1.1.1版的更改

• 通过plot_gene_heatmap()增加了甲基化热图。
• 修正了参数plot_gene()中的gene_anno()，因此FALSE实际上关闭了基因注释。
• 增加了cpp11版本<0.2.5的警告，当试图导入甲基化数据时可能会导致内存崩溃。
• 增加了cpp11版本依赖来处理tidyverse/ reader #1145。
• 使用query_meth_gene()增加了基因甲基化查询。

NanoStringNCTools

0.99.5版本更改(2020-12-21)

• 修复构建报告中的问题

  0.99.4(2020-12-18)版本更改

• 修复构建报告中的问题

  0.99.3版本的更改(2020-12-18)

• 修复构建报告中的问题

  0.99.2版本的更改(2020-12-18)

• 修复构建报告中的问题

  0.99.1(2020-12-17)版本的更改

• 修复构建报告中的问题

  0.99.0版本的更改(2020-12-15)

• 提交给Bioconductor

ncRNAtools

1.1.1版本变更(21-05-04)

• 修复了在Ubuntu 20.04系统中，当防火墙存在时导致无尽查询的错误

nearBynding

1.1.4版的更改

变化

• 从symmetryContext中删除变量赋值错误

netboost

1.99.4(21-04-15)版本更改

• 为较小的网络删除mcupgma依赖。

  1.99.0(21003-08)版本更改

• 完全基于排名的扩展(netboost(…，robust_PCs=TRUE,filter_method= " spearman "，method= " spearman "))。

• 全支持非参数版本。

ngsReports

1.7.3版本的更改

• 简化版的plotFastqcPCA。现在群体是一个可选因素。不执行集群

  1.7.2版的更改

• 弃用runFastQC

  1.7.1版的更改

• 将macs2 callpeak日志添加到importnglogs中

  1.6.1版本的更改

• 为plotAlignmentSummary添加了asPercent

• 增加了通过fqName<-分配新值的能力

NormalyzerDE

1.9.1版的更改

• 与Bioconductor版本同步

NuPoP

在1.99.0版本的更改

• 包含predNuPoP_chem函数，该函数基于基于化学图谱训练的图谱预测核小体定位

• Vignette文件已创建与R markdown

• 增加新闻文件到文档版本碰撞

OmaDB

2.7.1版本更改(2020-11-11)

• 修复OMA API版本更改后的问题

OmnipathR

在2.99.19版本的更改

• NicheNet管道工程

• 修正了即使没有引用的记录n_references列值为1的错误

  在2.99.17版本的更改

• 改进了细胞间网络的质量过滤

  在2.99.16版本的更改

• translate_ids的改进API

• 细胞间网络的质量过滤

  在2.99.13版本的更改

• 函数访问KEGG路径

• 更健壮的UniProt访问(在网络故障的情况下)

  在2.99.11版本的更改

• 改进的下载后端

  在2.99.8版本的更改

• 鄂博解析器
• 基因本体访问，使用本体树的函数

• 数据库管理器

  在2.99.7版本的更改

• 新的交互查询参数:loops

• 修复了许多缓存bug

  在2.99.6版本的更改

• 所有下载尝试3次

• 新资源:人类表型本体论和基因本体论注释

  2.99.0版本的更改(21003-08)

• 除了OmniPath，还有许多新的资源:BioPlex、ConsensusPathDB、EVEX、药理学指南(IUPHAR/BPS)、Harmonizome、HTRIdb、InWeb InBioMap、Pathway Commons、Ramilowski等人2015、RegNetwork、ReMap、TF普查、trust和Vinayagam等人2011
• 将网络元素转换为生物模型分析仪(BMA)主题的方法
• NicheNet工作流
• 一些与金学相关的方法:寻找到一定长度的所有路径;提取图的巨大分量
• 缓存
• 日志记录
• 配置处理

OncoSimulR

3.0版更改

• 主要变化:频率依赖适应度可用。

• 删除了v.1功能。

• 多个initMutants。

• 增加了麦哲伦的来源和功能从麦哲伦。

  版本2.99.93(21004-30)的更改

• 修正了错误，改进了三元素尺度向量的r适应度测试。

  版本2.99.92(21004-27)的更改

• r适应度:尺度可以取一个三元向量。

• 小插图:偏离swm的示例(未运行)。

  2.99.9版本的更改(21004-22)

• 固定日期打印在一个引用。

• 我们是不一致的，允许一个基因的一些例子。

• 自述:nem。

  2.99.8版本更改(2021-01)

• 删除不使用的代码。

• 长测试:不再使用v.1。

  2.99.7版本更改(2020-12-30)

• 小插图:修正了两个缺失的参考，并在两个例子中添加种子。

  2.99.6版本更改(2020-12-30)

• 不再是v.1功能。

• 稍快的插图。

  2.99.5(2020-12-18)版本更改

• 构建tokay2 (Windows, bios)时随机超时;固定种子在小插图。

  2.99.4(2020-12-17)版本更改

• 清理c++代码。

  2.99.3版本更改(2020-12-13)

• 在运行测试时，删除不必要的(和杂乱的)输出和不相关的警告。

• 减少man (Rd)文件中运行时间较长的示例的执行时间。

• 减少小插图的时间。

  2.99.2版本更改(2020-12-11)

• 在Mac上的测试失败。

  2.99.1(2020-12-10)版本更改

• Bump BioC的版本号，所以在下一个版本中它将成为3.0.0版本。

• exprtk的最新版本。

  2.21.995(2020-12-09)版本更改

• Vignette:为适应度规范使用名称(而不是数字)重写了大多数FDF示例。

  2.21.994(2020-12-08)版本更改

• 可以从任意配置开始模拟:多个init突变体(和多物种功能)。

• freq - depo -fitness不需要在健身表中有WT。

• 新bios开发的碰撞版本(到2.21.xyz)。

onlineFDR

在2.0.0版的更改

修改

• 增加了用于在线测试算法的Rcpp代码

• 增加了Zrnic等人的在线批处理算法[2020]

• 增加了层- bh算法

• 添加的setBound函数

• 更新的插图和pkgdown网站

• 更新的单元测试

• 更新的引用

openCyto

3.11版的更改

增强

• 允许控制GatingTemplate #298的每个步骤的最小事件数量

错误修复

• 在。improvedmindensity中处理更多的边缘情况

• 增加了一个修正gate_tautstring使用的密度估计

  在3.10版的更改

API的变化

简单的重命名

• gate_flowClust_1d -> gate_flowClust_1d
• gate_flowcluster_2d -> gate_flowcluster_2d
• tautStringGate -> gate_tautstring
• templateGen -> gh_generate_template
• Add_pop_init -> gs_add_gating_method_init
• Add_pop -> gs_add_gating_method
• Remove_pop -> gs_remove_gating_method
• 得到的。helperGates -> gs_get_helpergates
• 切换。helperGates -> gt_toggle_helpergates
• 删除。helperGates -> gs_delete_helpergates
• getNodes -> gt_get_nodes
• getParent -> gt_get_parent
• getChildren -> gt_get_children
• getGate -> gt_get_gate
• 门控-> gt_门控

• registerPlugins -> register_plugins

  不再导出类和方法

• registerGatingFunction
• gtMethod
• gtPopulation
• polyFunctions
• ppMethod

错误修复

• gt_toggle_helpergates的一些小修正
• 修正gate_mindensity的" positive "参数以匹配doc

oposSOM

在2.9.1版的更改

• 版本碰撞以匹配Bioconductor版本

pathview

1.31.3版本的更改

• 修复了由easygsea报告的mol.sum单基因数据的错误。类似地，在mol.sum和node.map中的其他几行添加drop=F。

  1.31.2版本的更改

• 解决了由于KEGGgraph包(版本1.51.1)中与KEGGEdgeSubtype相关的更改而导致的检查错误。

  1.31.1版的更改

• 2017年以后，korg已经包含了6833个KEGG物种或1588个新物种。

PCAtools

在2.4.0版的更改

• 添加DESeq2节插图介绍

• 允许用户现在只指定一台PC来加载plot ()

• 改进了椭圆功能，增加了参数ellipseType, ellipseLevel和ellipseSegments

• 重写ggrepel的max的新默认值。通过引入maxoverlapsConnectors = 15实现重叠

• 用户现在可以通过directionConnectors为连接器指定一个方向

• 删除labhjust和labvjust

peakPantheR

1.5.4版本更改(21-04-15)

• mzML参数解析优化

  1.5.3版本更改(2021-03-30)

• 未经平滑的原始峰值面积的附加计算(peakArea raw)

• 跨函数的峰值积分算法对齐，integrateFIR()现在对丢失的扫描具有弹性

  1.5.2版本更改(21-01-31)

• 更改包别名，因为Windows上的.rd文件警告被覆盖(不区分大小写的名称和路径)

• 移动到Github动作持续集成

  1.5.1版本更改(21-01-19)

• 单元测试已更新，以符合新的r-devel all.equal()环境检查行为

PepsNMR

1.9.1版本更改(21-01-14)

CI工具

• 从travis切换到GitHub动作

错误修正

• 调试了类型的规范化。Norm = "第一四分位数"

亲

在0.99.12版本的更改

• 删除*中的bug。R，date: 2020.12.19.

  在0.99.11版本的更改

• 我们在第一次评审后更新包。

  在0.99.7版本的更改

• 1. rank_PFP中THRESH_slot =NULL的报错问题为
• 在pfp类中求解。
• 1. 实现网页更新路径信息的分组。
• 添加get_pathway_info函数，get_PFPRefnet函数修改ID
• 列的pathway_info(添加了物种名称，如Hsa04010)，
• 并更改trans_graph2pfprefnet。对pathway_info的R操作
• 在load_kegg_graphs.R中。

• 1. 添加pathway_info_hsa。Rdata到data。

     在0.99.6版本的更改

• 我们在第一次评审后更新包。

  在0.99.5版本的更改

• 我们将R版本依赖关系从4.0.0更新到4.1。

  在0.99.4版本的更改

• 我们订阅了bio -devel邮件列表

  在0.99.3版本的更改

• 删除*中的bug。R，date: 2020.11.19.

  在0.99.2版本的更改

• 删除*中的bug。R，date: 2020.11.8.

  在0.99.1版本的更改

• 删除*中的bug。R

  在0.99.0版本的更改

• 我们构建了一个实现路径指纹框架的包。

PhIPData

0.99.0版本的更改(21-02-17)

• 提交给Bioconductor

PhosR

1.1.9版本的更改

• 修复文档、示例和样式以满足bios要求

  1.1.8版的更改

• 修复文档和示例，以满足bios要求

  1.1.7版的更改

• 固定getSPS期望残留信息。

  1.1.6版的更改

• 包括创建没有属性的PhosphoExperiment对象的警告标志。

  1.1.5版的更改

• 修复了树状图在plotQC中生成的警告信息。(警告消息:官方不支持element_text()的向量化输入。)

  1.1.4版的更改

• 修正了plotQC的参数从cols到grps

  1.1.3版本的更改

• 修正了ptImpute函数的一个错误
• 更具体地编辑medianScaling文档

PhyloProfile

1.4.12版本的更改

• 域图与包含pipe的组ID一起工作

Pigengene

1.17.10版本更改(21-02-02)

错误修复

• 在构建Ubuntu时，Neda在构建小插图“参数的长度为0”时得到了一个错误消息。这是由于她的旧版本BiocStyle, 2.14.4。为了解决这个问题，Pigengene现在依赖BiocStyle Version >= 2.19.1。即使是2.18.1和R 4.0.3也可能足够了。

地球

在0.99.4版本的更改

• 将小片段组合成一个单一的

• 更新的引用

  在0.99.3版本的更改

• 更新细胞组成参考

• 已被生物导体接收，将在下个周期释放

  在0.99.2版本的更改

• 用新函数名更新的小插图
• 从示例中删除了minfi，因为在某些R版本上安装失败
• 移动。orig文件到inst/script
• 移动data-raw/ contents到inst/script
• 移动man/figures/logo.png到inst/figures/logo.png，更新README

• Lazydata设置为false

  在0.99.0版本的更改

• 改进小插图的数字质量
• 使用github-actions从biocthis检查
• 从建议中移除viridis

• 重写了许多数据手册页

  在0.3.0版本的更改

• Bioconductor提交的最后准备工作
• 更改license为=> GPL-2
• 更详细的归属glmnet
• 将所有函数重命名为驼峰大小写约定，包括函数、数据、测试、文档、小插图
• planet-deprecated补充道。R
• pl_infer_ethnicity()和pl_infer_age()现在已弃用，分别替换为predictEthnicity和predictAge。

pmp

1.3.4版的更改

• 为QCRSC增加了限制spar值的选项。

  1.3.2版的更改

• 增加pqn的输入/输出。

• 修正了glog plot错误。

  1.2.1版的更改

• 解释QCRSC中缺失的注射。

PoDCall

0.99.6版本的更改(21004-06)

• NEWS.Rd更新)

  0.99.5版本更改(2020-12-09)

• 修改后的作者姓名)

  0.99.4(2020-12-09)版本更改

• 更改R版本依赖为>= 4.1 (R-devel)

  在0.99.3版本的更改

• 根据Bioconductor审查员的建议，对代码进行了微小的更改

  0.99.2版本的更改(2020-11-11)

• 更改示例中的参数以运行得更快

  0.99.1(2020-11-11)版本的更改

• 从存储库中删除.Rproj文件

  0.99.0版本的更改(2020-11-10)

• 提交给Bioconductor

podkat

1.24.0版本的更改

• 作为Bioconductor 3.13的一部分发布

  1.23.2版本的更改

• 更新和文档vignette，以适应新版本的Illumina的TruSeq DNA Exome库准备工具包

• 更改了readRegionsFromBedFile()中的默认col.names;相应的帮助页面更新

  1.23.1版的更改

• 重新创建基因组数据对象(旧的数据对象与更新的“BSgenome”版本不兼容)

  1.23.0版本的更改

• Bioconductor 3.13 devel的新分支

聚酯

1.99.3版本的更改

• NB函数现在导出

• 注意GitHub上的1.99.3版本是Bioconductor上的1.1.0版本。

  1.99.2版本的更改

• 修复了片段生成的错误(最后两个碱基的转录本从未测序)

POMA

1.1.15版本的更改

• 从Imports中移除reshape2和Biobase包
• 实现PomaBoxplots, PomaDensity和pommultivariate的viridis调色板
• 更新PomaMultivariate中的mixOmics输出名称
• 新的包描述和biocview

• 修正了PomaMultivariate中的Bug

  1.1.8版的更改

• PomaNorm和PomaImpute在传递给消息的方法参数丢失时发出警告
• 修复了小错误
• 情节风格的微小改变
• 在PomaVolcano中使用的plotly包切换为建议
• Bioconductor徽章表添加到README

POMA 1.0.0

• 发布于Bioconductor 3.12版本

POWSC

在0.99版的更改

新功能

• 初步审查。

  在0.99.0版本的更改

• 修改所需的文件并格式化代码样式。

高伦雅芙

1.1.22版本的更改

• 更新下包站点

• 更新Bioconductor 3.13的新闻

  1.1.18版本的更改

• 基因表达数据现在存储在proActiv返回的summarizeexperimental对象的分析中，以方便更容易地过滤summarizeexperimental对象。元数据槽位现在为空。

• 绘制启动子活性:实现boxplotPromoters功能，绘制启动子绝对活性、相对活性和基因表达的箱线图。

• 可选启动子的识别:getAlternativePromoters的实现，用于识别可选使用的启动子。

  1.1.15版本的更改

• 实现用于标识备选启动子的getAlternativePromoters

• 实现boxplotPromoters以可视化启动子的使用

  1.1.6版的更改

• 强制条件向量遵循命名约定

pRoloc

1.31版的更改

1.31.3版本的更改

• lopims()函数移动到GitHub上的lgatto/lopims包

1.31.2版本的更改

• 更新dunkley2006params, andy2011params和MartInterfaces对象

1.31.1版的更改

• 建议魔法(需要建立小插图)

1.31.0版的更改

• 新的devel版本(Bioc 3.13)

ProtGenerics

在1.23.9版本的更改

• 增加了新的uniqueMsLevel泛型< 21004-08 Thu>

  在1.23.8版本的更改

• 增加了新的filterPrecursorCharge generic < 21004-06 Tue>

  1.23.7版本的更改

• 添加ProcessingStep对象和相关方法(从spectrum移动)

  1.23.6版本的更改

• 增加量化泛型(从MSnbase移动)< 21-01-02 Sat>

  1.23.5版本的更改

• 新alignRt泛型。

  1.23.4版本的更改

• 新的虚拟参数类。

  1.23.3版的更改

• 新滤波器强度通用。

  1.23.2版本的更改

• 新化合物。

  1.23.1版的更改

• 新calculateFragments泛型(从MSnbase移动)

psichomics

1.18.0版本的更改

• discardLowCoveragePSIvalues():提高性能(2倍速度)
• 当量化或加载PSI值时，psichomics丢弃其连接的拼接事件:
• (1)在结量化数据中不存在或
• (2)所有样本的读数都很低。在PSI量化过程中会显示丢弃事件的数量。
• 当规范化基因表达时，支持将任何具有OrgDb数据的物种的基因标识符转换为基因符号名称
• 允许在PSI表中直接使用plotSplicingEvent()来绘制其中的可选拼接事件的图表
• 分布图(plotDistribution()):
• 以密度、小提琴或框状图绘制样本分布(命令行界面中的参数类型)
• 在显示500或更多值时隐藏地毯图(默认情况下)，以避免性能问题
• 在地毯图上添加抖动(有助于识别多个点)
• 在工具提示中显示每个组的分位数范围(IQR)
• 添加字幕(命令行界面中的参数subtitle)
• 允许反转轴(命令行界面中的参数inver税负)

Bug修复和小的更改

• loadLocalFiles():打印加载本地文件后的运行时间
• filterGroups()被修改为返回一个字符向量，其名称为原始名称(而不是groups)，并包含一个属性groups，其中包含每个值的各自组(以及它们的颜色，如果可用的话):
• 图形界面中的分布图现在在每个示例的工具提示中显示示例名称
• 导入VAST-TOOLS注释:
• 修复了某些注释(包括Hs2)中插入子保留事件被跳过的外显子解析问题
• 内含子保留事件的完整外显子坐标支持图
• 图形用户界面的改进:
• 避免“将受试者与样本进行匹配/完成匹配过程”的循环
• 在没有服务器响应的情况下，GTEx数据检索在3秒后超时
• 避免不必要的消息时加载Firebrowse界面
• 修复了分布图中内含子保留图不显示内含子的问题
• 当搜索特定的剪接事件时，根据错误的基因组坐标修复结果
• 提高教程

ptairMS

0.99.5版本的更改(21004-08)

• 在gitignore文件夹src-x64和src-i386

  0.99.4版本的更改(21004-08)

• 小插图:eval=FALSE在安装卡盘

  0.99.3版本的更改(21-04-01)

• 在描述文件中添加BugReports

• 更改在vigette:删除echo = FASLSE和添加安装部分

• 从示例中删除dontrun

• 避免slot()，并为插槽访问和设置器创建泛型方法

• 修改了两个数据集文档

• 在inst/script中增加了文档

  0.99.0版本的更改(21003-12)

• 提交给Bioconductor

PureCN

1.22.0版的更改

新功能

• calculateNormalDatabase现在建议一个脱靶间隔宽度，在保持尽可能高的分辨率的同时最小化噪声

• 增加了对GATK4 CollectAllelicCounts输出的支持，可以替代Mutect

• 添加segmentationGATK4使用GATK4的分割功能ModelSegments

用户可见的重大更改

• 为filterinterval添加了min.total.counts过滤器，以删除肿瘤和正常肿瘤中读取计数较低的间隔。特别有用的脱靶滤波在高效的分析，标准滤波器保持太多的高方差区域。

• 将preprocessinterval中对目标间隔的最小映射能力默认值更改为0.6(从0.5)

• 也为filterinterval添加了最小映射能力，这样在normalDB生成后可以测试更保守的截断

• PSCBS: 1.20.0两步分割略有调整，只在第一个分割中使用高质量的目标区间(高可映射性和低PoN噪声)

• 增加-skipgcnorm标志覆盖。R跳过gc归一化

• 为非标准基因组数据库导入添加了AF.info.field选项calculateMappingBiasGatk4

• 如果分段函数在诱饵中添加断点，这些断点现在被移动到诱饵的开头或结尾，以避免将单个诱饵分配给两个片段

• Dx。Rnow always generates a _signatures.csv file with –signatures, even if insufficient number of mutations

• 移除失效的calculateIntervalWeights函数

修正

• 修复了VCF不包含种系变种时的荒谬错误信息(#166)。

• 修复了与seqlevelsStyle函数相关的各种问题(例如#171)

• 修复了在calculateMappingBiasGatk4中，当不是所有的样本都对特定的染色体有单一的变量调用时崩溃的问题(chrY)

• 修复了与三等位基因位点和基因组数据库注释映射偏差相关的问题

• 修复了Mutect 1.1.7数据中好的snp被忽略的问题(#174)

qcmetrics

1.29版的更改

qcmetrics 1.29.1

• 清理(删除.gitignores以用于特定于分支的.gitingore, README.Rmd)。
• 移除对yaqcaffy的依赖(已被弃用)。

qcmetrics 1.29.0

• Bioc devel版本

QFeatures

1.1.0版的更改

QFeatures 1.1.4

• 添加了replaceRowDataCols和removeRowDataCols，这两个函数简化了QFeature对象中rowData的操作。

QFeatures 1.1.3

• 增加了countUniqueFeatures，一个计算每个样本中唯一特征数量的函数。

QFeatures 1.1.2

• 手动安装preprocessCore(详见https://github.com/Bioconductor/bioconductor_docker/issues/22)，以便在小插图和测试中使用分位数规范化。

• 更新小插图以直接在QFeatures对象上显示normalize()和logTransform()，并引用QFeaturesWorkshop2020研讨会和WSBIM2122第8章。

QFeatures 1.1.1

• 修复小插图中的错别字
• 改进第一段的介绍小插图。

QFeatures 1.1.0

• 新的Bioconductor devel版本

qPLEXanalyzer

1.9.4版的更改

• 增加了新数据集的文档。

  1.9.3版的更改

• 新特性:增加了IRSnorm函数，该函数使用一个公共参考样本(内部参考量表)对多个TMT运行的强度进行规范化。

  1.9.2版的更改

• Bug修复:更新getContrastResults测试引用

• 修复了is_validScalingFunction - switch from的错误are_equal来相同的

  1.9.1版的更改

• 修复了getcontrastresults中写入文件的错误. txt，文件名现在应该从对比名称正确形成

quantiseqr

在0.99.0版本的更改

• Bioconductor提交都准备好了!

  0.0.1版的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

RadioGx

1.0.1版的更改

• 将RadioGx的进一步功能抽象到CoreGx依赖包中
• 协调功能和API设计，以符合PharmacoGx R包装

RaggedExperiment

1.16.0版本的更改

新功能

• sparseAssay和compactAssay现在支持来自Matrix包的sparseMatrix输出

ramr

0.99.2(2020-12-21)版本更改

• 生物导体的代码清理

• 初步提交给bioconductor

randRotation

1.3.3版本更改(2020-11-18)

• 停用函数df_estimate()

  1.2.1版本更改(2020-11-17)

• pFdr根据(Phipson and Smyth 2010)

Rbowtie

1.31.1版的更改

新功能

• 更新了蝴蝶结到1.3.0版本(修复了错误，改进了编译器支持，删除了对色彩空间对齐的支持)

RcisTarget

1.11版的更改

• importtrankings()更新以扩展兼容性:
  • indexCol现在默认为' NULL '，它将接受第一列。如果将其设置为任何其他列，则将使用该列。

Rcwl

1.7.12版本更改(21-02-24)

• 使用Basilisk来管理python依赖项(cwltool)。

• 将' cwlParam '重命名为' cwlProcess '， ' cwlStepParam '重命名为' cwlWorkflow '。

• 在Rcwl工具中添加对包装R函数的支持。

RcwlPipelines

1.7.7版本更改(21-02-24)

• 移动所有食谱到https://github.com/rworkflow/RcwlRecipes。

• 增加了新的核心功能:cwlUpdate, cwlSearch和cwlLoad。

• 核心函数返回一个' cwlHub '对象。

RCy3

2.12.0版本的更改

• 对云托管的Jupyter笔记本的新支持!
  • 在云中运行RCy3的Jyputer笔记本可以与本地Cytoscape实例通信
  • 包括一个沙盒机制来管理云和本地目录之间的文件传输
• 新功能:
  • addAnnotationText
  • getAnnotationList
  • deleteAnnotation
  • 设置过滤器，模型传播和捕获延迟
  • 许多沙盒相关的功能
  • getStyleMapping
  • getAllStyleMappings
  • paletteColorRandom
  • paletteColorBrewer*(总共33 !)
  • 用于颜色、不透明度、尺寸、线条样式、箭头和形状的内部映射值生成器
• 新的参数:
  • 添加到导出函数的Overwrite_file
  • 应用添加到create_*_filter函数
  • ndex。Url和ndex。添加到CyNDEx函数的版本

• 节点|边缘|网络名称和suid的一致可互换处理

• createNetworkFromDataframes很好地处理了tibbles

• 缺陷修正:
  • .edgeNameToEdgeSUID修改，以更好地处理重复的边名

ReactomeContentService4R

1.0版本的更改

• 第一个版本

ReactomeGraph4R

版本0.0.0.9000的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

ReactomeGSA

1.5.2版本更改(21-04-16)

• 增加了检查，以确保在路径分析之前在Seurat对象中执行聚类。

  1.5.1版本的更改(21-04-01)

• 修复了perform_reactome_analysis的错误:错误消息没有正确显示。

锐步

1.2.0版的更改

• 增加了rmd2id()函数，以方便地确定每个章节的ID。

• 链接到extraccached()中设置代码的初始章节。

• 公开用于手动创建可折叠块的崩溃启动()和崩溃结束()。

• 添加了scrapeReferences()以刮取一个bookdown书的参考，以供外部使用。

• 添加了configureBook()将Bioconductor包配置为图书部署。

• 增加了link()快速链接到已配置的Bioconductor图书包中的参考资料。

• 增加了extractfromppackage()来从已安装包中的Rmarkdown文件中提取对象。

• 增加了createRedirects()从旧的、已弃用的页面重定向到新位置。

recount3

1.1.7版的更改

错误修复

• Read_counts()现在将每个样本的基因/外显子计数读取为数字而不是整数，以便支持超过32位整数阈值的计数值(如2447935369)。以前，read_counts()将为如此大的数字报告很小的分数。此错误由Christopher Wilks报告。

  1.1.6版的更改

错误修复

• 现在project_homes()从count3_url/ organic /homes_index读取文本文件，从而支持自定义url，如http://snaptron.cs.jhu.edu/data/temp/recount3test。

  1.1.4版的更改

错误修复

• 固定project_homes()， available_projects()和available_samples()，以支持使用非标准的count3_url，用户知道这是他们选择的有机体的project_homes()。此修复使用户能够创建自己的自定义的类似于count3的web服务器，并使用此包中的功能访问其数据。此修复将参数available_homes引入到available_projects()和available_samples()。此错误由Christopher Wilks报告。

  1.1.3版本的更改

新功能

• 增加了由Andrew E Jaffe贡献的expand_sra_attributes()。这个函数扩展了存储在给定SRA研究中的SRA属性，这使得使用该数据更容易。然而，它使得合并研究变得更加困难，因此应该谨慎使用。

  1.1.1版的更改

错误修复

• 修正了GTEx和TCGA BigWig文件的locate_url()。

recountmethylation

1.1.4版的更改

• 改进用户指南，修复打字错误，新的引用，增加免责文本，更新servermatrix()块。

• 更新示例以进一步限制下载。函数get_rmdl()使用download = FALSE，

• 更新数据分析小插图。在数据分析小插图中为图像使用减少的dpi以限制包的大小。使用更新后的元数据文件名。

• 压缩新的元数据v.0.0.2文件以限制包的大小。

• 为v.0.0.1文件使用统一的元数据文件标签。

  1.1.3版本的更改

• 为服务器添加了v.0.0.2数据库编译文件(rewrite .bio/data)，并修改了重计数甲基化函数，以支持跨平台。新文件反映了2020年11月从GEO/GDS完成的IDAT下载，包括EPIC/HM850K数组的第一次编译。

• 添加平台相关论证getdb功能。

• 添加which.platform参数get_rmdl

• 新增功能smfilt筛选服务器数据表中的最新编译文件，文件名中包含平台。

• 清理和加固servermatrix函数。这现在处理“dn”的RCurl调用get_rmdl)处理时的状况dn = NULL．

• 更新了用户指南，以修复错别字，反映v.0.0.2示例，并添加了下载故障排除部分。增加了数字引用格式，删除了评估验证部分，由于可能的包构建失败，从不良的互联网连接。

• 更新了ExperimentHub文件元数据脚本和表，以添加新的v.0.0.2编译文件。

• 将示例元数据目录重命名为“gsm_metadata”，以避免与集线器的“metadata.csv”文件表混淆。

regutools

1.3.2版的更改

用户可见的重大更改

• 在connect_database()中提供的链接已经更新，以便连接到最新版本的regulonDB v10.8。

  1.3.1版的更改

错误修复

• 修正了数据库的URL。解决了https://github.com/ComunidadBioInfo/regutools/issues/33。

RGMQL

1.11.1版的更改

新功能

• 增加了新的函数show_all_metadata()

用户可见的重大更改

• 整个数据集必须有正确的文件夹结构才能正常工作 --->

• 交换collect()函数的参数' dir_out '和' name '的顺序，现在后者出现在前者之前。

已弃用和失效

• 没有一个

错误修复

• 固定远程处理

rhdf5

在2.36.0版本的更改

新功能

• 增加了HDF5 1.10.7中引入的额外的hyberslab选择函数(h5scombine_hyperlab, H5Scombine_select, H5Sget_select_npoints)。

• 对S3桶中文件的读访问支持现在包括Windows。

• 增加了h5deleteAttribute()函数。

错误修复

• 解决了在加载. rprofile时打印的消息破坏rhdf5filters包检测的问题。(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/81)

rhdf5filters

1.4.0版的更改

用户可见更改

• 压缩库更新:

• blosc: 1.16.3 1.20.1
• lz4: 1.8.3 1.9.2

• zstd: 1.3.8 1.4.5

• 增加LZF滤波器

错误修复

• 修正了在包编译中缺少对CFLAGS, CPPFLAGS和LDFLAGS的引用(https://github.com/grimbough/rhdf5filters/pull/4)
• 改进了非x86架构上的CPU检测，允许编译继续使用默认指令集，而不是安装失败。(https://github.com/grimbough/rhdf5filters/issues/3)
• 在处理时打印消息的编译中出现的地址问题。rprofile已添加到LDFLAGS (https://github.com/grimbough/rhdf5filters/issues/11)(#11)

Rhdf5lib

1.14版的更改

新功能

• 更新内部版本HDF5到1.10.7

错误修复

• 用于构建R的cppflag现在在HDF编译期间使用。

• 如果编译HDF5时遇到错误，包配置脚本现在将停止。这应该使诊断问题更容易。

RiboDiPA

在0.99.3版本的更改

• 按照生物导体惯例重新命名R功能

  在0.99.2版本的更改

• 初版供审阅

ribosomeProfilingQC

1.3.4版的更改

• 添加rmarkdown作为建议包。

  1.3.3版的更改

• 添加github动作。

  1.3.2版的更改

• 修复映射读取中存在软剪辑且读取长度小于shfit范围的问题。

  1.3.1版的更改

• 为countReads保留原始计数。

RLassoCox

0.99.0版本的更改(20-10-21)

• 提交给Bioconductor

rmelting

1.7.1版的更改

• 修复链接中的小错误。

RNAmodR

1.5.4版本更改(21-01-23)

• 添加绘图类型“points”到plotCompare函数

  1.5.3版本更改(21-01-12)

• 修复了零长度注释的错误

• 修复了设置功能的错误

• 修复了绘图函数的错误

  1.5.2版本更改(2020-12-12)

• 修复了由plotCompareByCoord绘制的名称的错误

RNAmodR。一个lkAnilineSeq

1.5.1版本更改(21-01-12)

• 修复了设置功能的错误

RNAmodR。RiboMethSeq

1.5.1版本更改(21-01-12)

• 修复了设置功能的错误

RnBeads

2.9.3版本的更改

• 更改了一些默认选项值

• 一些修正

  在2.9.2版的更改

• 实现了函数rnb.execute.pOOBAH。感谢Nathan Steenbuck。

• 更新描述中的联系人信息

  在2.9.1版的更改

• 改进的功能强度。感谢Nathan Steenbuck。

的方式

在2.19版的更改

在2.19.4版本的更改

• 更换GO:0032801更改后失败的单元测试。

在2.19.3版本的更改

• 修复空查询结果的错误
• 新的as.data.frame OlsSearch S3方法

在2.19.2版本中的更改

• 修复单元测试失败(test_Terms.R中过时术语的数量)

在2.19.1版本中的更改

• 修复由Andrew Clugston (AndrewC160)贡献的ebi.ac.uk结果的分页问题-参见第27个问题。
• 对于失败的单元测试(test_Terms.R中过时术语的数量)

ropls

1.23.12版本的更改

次要的修改

• 文档的小更新

  在1.23.8版本的更改

次要的修改

• 小插图:小更新

  1.23.6版本的更改

次要的修改

• ' view '方法:文档的小更新

  1.23.4版本的更改

错误修复

• ' view '方法:显示行名

  1.23.2版本的更改

错误修复

• ' view '方法:显示行名(在以前的版本中颠倒过来了)

ROSeq

1.99.01版本的更改

• 没有bug，但是从man文件夹中删除了额外的文件

rpx

在1.99.0版本的更改

rpx 1.99.8

• 删除rappdirs从建议。

rpx 1.99.7

• 添加降价建议。

rpx 1.99.6

• 从rappdirs::user_cache_dir()切换到tools::R_user_dir()来设置包缓存目录，在BiocFileCache中进行更改(参见详细信息)。

rpx 1.99.5

• 用户可以在下载< 21004-03 Sat>文件时传递自己的缓存

rpx 1.99.4

• 自动检测/修复正确的url < 21-03-22 Mon>

rpx 1.99.3

• 当PRIDE:0000411返回空字符串时，使用MS:1002852获取URL。

rpx 1.99.2

• 不要在非交互模式下要求缓存位置。这将强制使用默认缓存位置(而不是使用Rtmp目录)，并支持在不同的构建/检查周期中重用持久缓存。

rpx 1.99.1

• 使用BiocFileCache缓存下载的PXD文件。

1.27.0版本的更改

• 新的devel版本

rrvgo

1.3.1版的更改

• 修复了过时的GO术语的Bug

Rsamtools

2.8版的更改

新功能

• idxstatsBam工作在远程(例如，http://)文件和报告未映射的(' seqnames '等于*)读取。见https://support.bioconductor.org/p/9136222。

Rsubread

在2.6.0版的更改

• 改进了cellCounts的速度，也减少了它的内存使用。

• 增加了参数‘umi’。'到cellCounts调用所有UMI总计数大于指定阈值的单元。

• 在CellCounts中增加了对fastq格式读取输入的支持。

rSWeeP

1.3.2版本更改(2020-11-24)

• baseMatrix错误修复

RTCGAToolbox

在2.22.0版本中的更改

新功能

• makummarizeexperimental fromgistic从TCGAutils转移

Bug修复和小的改进

• biocExtract现在合并来自相同平台的数据集
• 重做和简化了FirehoseData和FirehoseGISTIC的getData方法
• 从DataFrame中创建GRanges和GRangesList时删除缺失的范围

研制

在2.16.0版本的更改

• 定期维护，释放稳定。

RTNduals

1.16.0版本的更改

• 定期维护，释放稳定。

RTNsurvival

1.16.0版本的更改

• 定期维护，释放稳定。

Rtpca

1.1.2版本更改(2020-11-27)

• 所有主要功能的性能均有显著改善

rWikiPathways

1.12.0版本的更改

• 删除getColoredPathway

• 新增功能:写egmt

• 更新了BridgeDb datasource .tsv的url(again)

• Bug修复:downloadPathwaysArchive与重定向url一起工作

  1.11.4版的更改

• 更新了BridgeDb datasource .tsv的url

  1.11.3版的更改

• 新功能

  • 新的readGMT和readGMTnames方法

S4Vectors

在0.30.0版本中的更改

新功能

• 为DataFrame对象添加combineRows()、combineCols()和combineUniqueCols()。它们是rbind()和cbind()的更灵活版本，不需要将对象组合为具有相同的列或行。

• 为Vector对象添加unname()泛型和方法。

已弃用和失效

• 删除parallelSlotNames()。在3.11中已弃用，在3.12中无效。

错误修复

• 修复了长期存在于DataFrame对象的rbind()方法中的错误。当要组合的DataFrame对象的列是普通列表和其他列表类对象(如IntegerList对象(在IRanges包中定义)的混合时，该错误导致rbind()返回错误的结果。

• 修复DataFrame打印问题(提交735c6b7f和89b045e7)。

• 修复了expand()中要展开的DataFrame对象有一个或没有未选中列的错误(提交a8f839bb)。

SAIGEgds

1.6.0版的更改

• seqFitNullGLMM_SPA ()是否可以直接使用推定剂量而不将剂量转换为最佳猜测基因型

• 新功能glmmHeritability ()近似的遗传力估计

sampleClassifier

1.16.0版本的更改

错误修复

• 修正了classifyProfile.svm()和classifyProfile.rnaseq.svm()中的错误，方法是在调用svm()函数时将Profile名称的向量从字符改为因子。

圣诞老人

0.99.0版本的更改(21-01-06)

• 重新提交给Bioconductor

土星

在0.99.0版本的更改

新功能

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

用户可见的重大更改

• 对函数foo()或参数param的主要更改。

错误修复

• bug修复。详情请访问//www.anjoumacpherson.com/developers/packbob电竞体育官网age-guidelines/#news。

SBGNview

1.5.1版的更改

• SBGNview的大量更新和重写，由Kovidh Vegesna和Weijun Luo编写。

scAlign

1.5.60版本更改(21-05-18)

• 保存到tempdir而不是用户home

SCArray

1.0.0版的更改

• SCArray的初始版本

嘘

1.20.0版本的更改

• runMDS可以使用用户提供的函数来计算距离矩阵。runMDS可以选择存储计算出的距离矩阵。runMDS还存储返回对象的eig和GOF字段。

• 在plotDots、plotHeatmap和plotGroupedHeatmap中对中心、比例、颜色和限制的处理相似

• 向runTSNE添加use_fitsne参数，允许使用快速插值的t-SNE来代替Barnes-Hut t-SNE。

scClassifR

0.99.5版本的更改(2020-12-30)

• 根据Bioconductor评审改编的代码

scDblFinder

1.5.11版本更改(2021-01-19)

• scDblFinder现在提供双态富集测试

• 双态生成和默认参数进一步优化

司康饼

1.15.1版本更改(21005-06)

• 添加PsiNorm归一化方法及其包装器。

• 添加描述如何使用PsiNorm的小插图。

scp

1.1版的更改

scp 1.1.6

• 特性:readSCP现在允许使用后缀参数来更好地自定义示例名称。< 2021-03-17 >

scp 1.1.5

• 弃用:由于medianCVperCell中新的归一化方法，' computeMedianCV_SCoPE2 '现在已弃用，不应再使用。< 2021-02-19 >
• 壮举:为medianCVperCell添加了一个新的归一化方法。SCoPE2归一化方法现在可以重新生成SCoPE2的结果。< 2021-02-19 >
• 文档:改进的小插图< 21-02-16>
• 壮举:增加一个rowDataName参数到computeSCR <2021-02-08>

scp 1.1.4

• 修正:移除小标题< 21-02-06>的错误
• data:使用SCoPE2 <2021-02-06>的最新版本更新示例数据
• 壮举:在readSCP中增加removeEmptyCol参数，自动删除只包含NA < 21002-06 >的列

scp 1.1.3

• 文档:改进了pep2qvalue的手册页和小插图中相应的部分。< 2021-01-23 >
• refactor:重新实现computeFDR以跟上SCoPE2的新版本。computeFDR重命名为pep2qvalue。这更符合理论。还调整了单元测试。< 2021-01-23 >

scp 1.1.2

• 文档:改进了< 21-01-05>小插图中SCP数据结构的描述
• 重构:在computeFDR中将groupCol重命名为groupBy，将pepCol重命名为PEP。< 2020-12-08 >
• 重构:将computeMedianCV重命名为computeMedianCV_SCoPE2，并弃用该函数。该功能将保留以向后兼容SCoPE2分析的复制(Specht等人，2020年)。取而代之的是实现一个名为medianCVperCell的新函数。更多信息请参见issue#7 <2020-12-07>

scp 1.1.1

• 修复新闻文件

scp 1.1.0

• 新开发(Bioc 3.13)

scPCA

1.5.3版本更改(2021-03-14)

• 更新插图中的绘图问题:cPCA和scPCA负载的比较。
• 添加pkgdown站点。

• 移动ScaledMatrix到DESCRIPTION的“imports”部分。

  1.5.2版本更改(2020-12-21)

• 将LTLA/ScaledMatrix添加到DESCRIPTION的“Remotes”部分。

  1.5.1版本更改(2020-12-17)

• scPCA()和其他内部函数现在可以利用ScaledMatrix对象类。当分析大型数据集时，这允许更高效的计算对比协方差矩阵估计。
• safeColScale()现在使用MatrixGenerics来处理特性标准化。

食物

1.20.0版本的更改

• 上一个版本中所有已弃用的函数现在都已失效。

• 为quickSubCluster()增加了一个simplify=选项，以直接获取集群分配。

• 已弃用的combinePValues()被metapod::combineParallelPValues()所取代。

• getClusteredPCs()现在默认使用bluster::clusterRows()。

• belongtestsperlabel()现在自动检测pval。字段=如果没有提供。

• 为bluster功能添加了clusterCells()包装器。

• 从pseudoBulkDGE()中删除在design=中传递矩阵的选项。

• 将所有与规范化相关的函数(computeSumFactors()、calculateSumFactors()、cleanSizeFactors()和computeSpikeFactors())迁移到天窗中更好的位置。软弃用的现有函数。

• 修改gettophgs()以接受一个singlecel实验并使用modelGeneVar()计算数据帧。

• 添加了fixedPCA()来计算具有固定数量组件的PCA, la scater::runPCA()(但不需要scater)。

• 修改了降噪epca()，使它现在抱怨如果子集。没有提供Row =。

• 修改了所有成对*函数，使来自direction= " any "的p值由来自片面检验的两个p值派生。这对于lfc=和block=的所有选择的正确性是必要的，代价是当block=NULL和lfc较大时的保守性。

scRepertoire

1.2.3版的更改

• 更改了对github样本数据的访问。readRDS(url(" https://ncborcherding.github.io/vignettes/scRepertoire_example.rds "))

  1.2.2版的更改

• 移除基于startrace的功能，以便通过生物导体的构建。已弃用和失效

• 反对StartracDiversity ()

  1.2.0版的更改

提交

• 提交给Bioconductor的第一个版本的scRepertoire。

用户可见的重大更改

• 增加了对SingleCellExperiement格式的支持。

已弃用和失效

• 用combineExpression()代替combeseurat。

• 弃用seurat2List，改用expression2List()。

  1.1.2版的更改

• 克隆重叠系数问题固定，是比较唯一的条形码而不是克隆型

• 添加了checkBlanks函数来删除没有克隆类型的列表元素，这防止了可视化错误

• 重新添加Startrac指标剥离包，并添加碎片

• 大量修改依赖项以减少总数

天窗

1.2.0版的更改

• 已将hnonzero()迁移到海滩垫。

• 修正了aggregateAcrossCells()中基于因素的colData聚合的错误。增加了对向量的正确支持。

• 修正了使用时的正确响应。altexps= in perellqcmetrics ()， perFeatureQCMetrics()。

• 添加了一个规范化。all=选项normalizeCounts()。删除了停机时不必要的警告。Target =未指定。暴露默认大小。在singlecel实验方法中的factors=。

• 修改了logNormCounts()的singlecellexperexperiment方法，使手动指定的大小因子不适用于替代的实验。只与尺寸有关。因子=和使用。指定Altexps =。

• 不赞成使用。altexps=支持logNormCounts()和aggregateAcrossCells()中的applySCE()。

• 为了一致性，将addPerCellQC()和addPerFeatureQC()重命名为addPerCellQCMetrics()和addPerCellFeatureMetrics()。对旧函数进行软弃用。

• 移动quickPerCellQC()的大部分功能到新的perCellQCFilters()函数。重新使用前者直接返回一个过滤的summarizeexperiment对象。

• 将scran的规范化相关函数迁移到此包中。增加了pooledSizeFactors()， computePooledFactors()， cleanSizeFactors()和computeSpikeFactors()。

• 在normalizeCounts()和logNormCounts()中增加了transform= " asinh "，用于CITE-seq数据的反双曲转换。

• 修改isOutlier()现在返回离群值。过滤器对象。这些只是在子集设置时保留“阈值”属性的逻辑向量。

• 从散射器迁移了correctGroupSummary()，以计算组级汇总统计信息的更正版本。

SDAMS

1.11.5版的更改

• 返回和作为矩阵

  1.11.4版的更改

• 用SC RNA测序数据更新小插图

  1.11.2版的更改

• 重新上传1.11.1版本下的文件

  1.11.1版的更改

• 用单细胞RNA测序数据更新参考手册

sechm

1.0.0版本更改(21004-19)

• sechm从SEtools包中移出

• 广义的注释

seq2pathway

1.23.1版的更改

• 升级数据集到hg38和mm10

• python脚本从python2升级到python3

SeqArray

1.32.0版的更改

新功能

• 新选项' ret。idx的seqSetFilter ()对于未排序的样本和变量指标

• 新选项' ret。idx的seqSetFilterAnnotID ()对于未排序的变量索引

• 重写函数seqSetFilterPos ():新的选项' ref '和' alt '， ' multi。pos=TRUE '默认值

• 新选项“打包”了。idx的seqAddValue ()用于打包索引变量

• 新选项“警告”seqSetFilter ()启用或禁用警告

• 新功能seqNewVarData ()而且seqListVarData ()对于变长数据

公用事业公司

• 不允许任何变体进入seqApply ()而且seqBlockApply ()

• 返回的列表对象seqGetData ()如果有多个输入变量名，那么一定要有名称

错误修复

• seqGDS2VCF ()应该输出”。而不是过滤栏中的NA

• seqGetData ()当'时应该支持因子。padNA=TRUE '或' .tolist=TRUE '

• 修复seqGDS2VCF ()有了因子变量

• seqSummary (gds,“过滤器”美元)如果' annotation/filter '不是一个因素，应该返回一个零行数据帧吗

SeqGate

1.1.1版本更改(21-01-22)

• 更新插图和文档，以修复错别字

SeqGSEA

1.31.1版本更改(2020-11-30)

• 取决于DESeq2(以前是DESeq)

SEtools

1.5.3版本更改(21-04-19)

• 绘图功能移动到“sechm”包

SharedObject

1.5.0版的更改

• 新特性:
  • 支持共享字符向量
  • 支持创建空共享对象
  • 新的目的shareAttributes而且最小长度在包选项中
  • 新paramter深度在函数中是共享的
  • R级开发者API支持向量输入
  • 在Linux上共享对象之前增加一个更安全的内存检查方法
  • 中国装饰图案
• 变化:
  • 这个包在这个版本中不提供C api
  • c++ api与旧版本不兼容
  • 是多少。shared函数通过在属性名后面附加“shared”来报告对象属性的共享状态。

shinyepico

0.99.9版本更改(21-01-07)

• 修正:DMR图组颜色

  0.99.0版本的更改(2020-11-13)

• 提交给Bioconductor

ShortRead

1.50版本的更改

新功能

• (v 1.49.1)(。，"QualityScaledDNAStringSet")传播的名字。见https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/3。

• (v 1.49.1)实现(。，"DNAStringSet")．见https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/3。

错误修复

• 在重新序列化的对象上报告无效的FastqStreamer / FastqSampler。修复https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues/5。

signatureSearch

1.5.3版本的更改(21-04-12)

• 创建cellNtestPlot函数，以可视化在细胞类型中测试的化合物数量以及主位点信息
• 增加了get_treat_info函数来获取参考数据库中的治疗信息，包括pert, cell, pert_type列。

• 支持setReadable函数和TSEA函数中的可读参数，将Entrez id转换为富集结果表itemID列中的基因符号。

• 支持Reactome路径上的dtnetplot

  1.5.2版本更改(2021-02-22)

• 在反应组途径上支持TSEA的3种富集方法

SimFFPE

1.3.1版本更改(2020-11-11)

• 加快

• 根据公开的FFPE样本修改了更多默认值

• 为更好的模拟添加了新的参数sameChrProp

• 修正了相邻dna结合SRCR距离模型:由正态分布变为对数正态分布

• 参数的重命名

• 修正了在没有SRCR的情况下产生嵌合读数的错误

• 修正了在低覆盖率时产生读副本的错误

simplifyEnrichment

1.1.4版的更改

• 添加export_to_shiny_app ()

• 添加simplifyGOFromMultipleLists ()

  1.1.2版的更改

• 添加anno_word_cloud ()函数

SingleCellExperiment

1.14.0版本的更改

• 添加unsplitAltExps()函数来逆转拆分替代实验的效果。

• 添加了mainExpName() getter和setter来记住主实验的名称。

• splitAltExps()现在将选择的ref存储为mainExpName。

• swapAltExp()现在从输出中的可选实验列表中丢弃提升的实验。当withColData=TRUE时，它还会在交换的实验之间交换colData。这些变化有助于实现输出的可逆性。

• 添加了applySCE()来方便地将一个函数应用到主实验和备用实验。

• 增加withDimnames=到reducedDim<-()和reduceddimms <-()。如果为TRUE，这些方法现在会在观察值中不兼容的行名时发出警告。

• 尊重以reducedDims<-()和altExps<-()值传入的任何元数据。

• 增加了reduce .dim.matrix类，以在子集设置/组合过程中保留reduceddim中的属性。

• 在altExp()和altExps()中设置withColData=TRUE现在将在输出colData前加上colData(x)。

• 添加withDimnames=到altExp<-()和altExps<-()。如果为TRUE，这些方法现在会在观察值中不兼容的列名时发出警告。还添加了colData =，如果最左边的列与colData(x)相同，它现在将反转getter中的前置项。(如果不相同，则发出警告。)

singleCellTK

2.1.2版本更改(21-05-13)

• 增加了diffplentiancefet和plotClusterAbundance函数

• 链接闪亮的UI帮助按钮到新的在线帮助页面

• 扩展了convertscetseurat()函数以复制附加数据

• 更新并合并了pkgdown文档

• 添加HTML报告Seurat策划的工作流程和标记查找

• 重构规范化UI

• 增加了矩阵类型的标签系统

• 修复了几个错误

• 增加了通用包装函数，用于规范化，降维和特征选择

  2.0.1版本更改(21-01-07)

• 增加了细胞类型标签功能，包装SingleR方法

• 在差异表达标签下增加细胞类型标签UI

• 在Seurat工作流程中增加了标记识别

单

1.6.0版的更改

• 放宽了combineRecomputedResults()中对一致行名的要求。

• 在classifySingleR()中支持稀疏DelayedArray输入。

• 在aggregateReference()中对标签而不是行进行并行化，只对种子的设置进行微小更改。为了速度，将PCA限制在前1000个最易变的基因上。

sitadela

0.0.1版本的更改(2021-02-07)

新功能

• 第一个版本

sitePath

1.7.8版的更改

• 更改' parallelSites '函数的默认' minSNP '值。

  1.7.7版本的更改

• 修正:添加' rmarkdown '在'建议'。

• ' sneakPeek '功能只绘制重复数量的路径。

  1.7.6版的更改

• 修正:' groupTips '函数生成的空组。

• 创建' paraFixSites '和' fixationIndel '函数。

  1.7.5版的更改

• 为简单起见，将' phyMSAmatched '对象视为' lineagePath '类。

• 改进的多处理。

• 修复:重复的集群名称'。assignClusterNames的内部函数。

• 将“allSitesPos”重命名为“allSitesName”。

• 为“lineagePath”和“fixationSites”对象添加“plotMutSites”支持。

  1.7.4版的更改

• cl。核心选项，用于开启和关闭多处理。

  1.7.3版本的更改

• 修复:无法获得所有网站的位置。

  1.7.2版的更改

• 修正:丢失出口的'情节。phyMSAmatched”功能。

• 修正:' addMSA '函数无法处理' treedata '对象。

• 多进程用于' addMSA '和' sitesMinEntropy '功能。

  1.7.1版的更改

• 根据' addMSA '的ATCG比例猜测序列类型。

弹弓

在2.0.0版的更改

• 增加了一个新闻。Md文件来跟踪包的更改。

• 将大多数函数的默认输出从SlingshotDataSet更改为pseudotimeorders，并添加了它们与singlecellexperexperimental之间的转换函数。

• getLineages现在依赖于createClusterMST

• 删除plotGenePseudotime

• 补充道。选择slingCurves和slingMST，它们提供了作为data.frame对象绘制的相关信息。这应该有助于那些使用ggplot绘制Slingshot结果，特别是对于我们的流量包。

• 更新所有文档。

猎犬

1.5.0版的更改

新功能

• 导入10X Visium数据的选项
• 更新了10X Visium数据的小插图

错误修复

• 修正了导致构建失败的依赖项问题

SpatialExperiment

1.1.700版本变更(21005-05)

• 更新DESCRIPTION文件中的角色

• 添加GeneExpression biocVie

• 将LazyData切换为false

• 修正show方法文档中的返回值

  1.1.434版本变更(2021-26-02)

• 根据summarizeexperiment的通用定义固定子集方法

  1.1.432版本变更(2021- 2015-02)

• 修复乳胶错误的文档

  版本变更1.1.430-1.1.431 (2021-12-02)

• 添加BumpyMatrix建议

• 更新文档

  1.1.429(2021-12)版本变更

• 添加cd_keep = TRUE将所有colData绑定到spatialData

• 修复cd_keep多元素的错误

  1.1.428(2021-12)版本变更

• 添加itemize以分析小插图项目

• 修正了spatialData文档中的cd_keep->cd_bind错别字

  1.1.427版本变更(2021-09-02)

• 正在修理十张小插图

  版本1.1.426 (2021-09-02)

• 修复read10xVisium的数据参数示例

  版本1.1.425 (2021-08)

• 在read10xVisium中恢复数据参数

• 合并文档中缺少条目

  1.1.424版本变更(2021-07-02)

• 清洁的文档

• 删除spatialImage-methods。R文件

  1.1.423版本变更(2021-02)

• 修复imgData上的文档问题

  1.1.422版本变更(2021-29-01)

• 删除数据，因为本地图像问题(使用示例(read10xVisium)代替)

  1.1.421(2021-28-01)版本变更

• 修复数据本地图像问题

  1.1.42版本更改(2021-21-01)

• 实现新的空间实验类

• spatialData槽

• 数据和图像处理方法(HLC)

  1.1.6版本更改(21-02-04)

• 删除SPE类定义中的额外插槽(即spatialData和spatialCoordsNames)

• 存储在int_colData() =数值矩阵中的spatialCoords

• 存储在int_metadata()中的spatialDataNames =字符向量，指定colData()的子集

• SPE显示方法不包含colData中的spatialData;相反，spatialData/CoordNames是单独打印的

• SPE构造函数现在允许spatialData/Coords/-Names的规范，其中-Names可以是colData()的子集;因此，spatialData/坐标是可选的

• Cbind()现在允许重复的sample_ids，它们在消息中是唯一的

• 在所有示例中对SpatialExperiment对象使用一致的“spe”(之前也使用ve和se)

• 修复了在SpatialImage单元测试中的窗口缓存/路径相关错误

• 增加了空间实验类效度单元测试

• int_metadata中的imgData字段现在必须存在(但可以是空的DFrame)

• -保护sample_id和spatialDataNames字段;spatialData<-保护colData

  1.1.5版本更改(2021-31-03)

• 版本碰撞到X.Y.Z格式，增加.z增量

• 一般代码风格的修订，以保持Bioc的指导方针，包括，例如。

• 访问器的使用(而不是@)

• 字数限制在80个字符以内

• 逻辑运算符周围有空格(但不包括函数实参)

• 内联{用于函数定义，if-else语句等。

• 重新排序roxygen2文档，使其在脚本之间保持一致

spatialHeatmap

1.1.6版本更改(21-05-17)

• 空间热图能够保持aSVG中定义的轮廓(行程)宽度。笔画宽度可以用“update_feature”来更新。

• asvg中的文本可以独立于特征，即具有独立的颜色、笔画宽度等。

• aSVG文件中只允许“g”、“path”、“rect”、“ellipse”、“use”和“title”元素，其他元素会引发错误或警告。" use "元素不应该出现在" g "中，" g "元素不应该有" transform "属性和" matrix "值。

• 形状坐标的提取包括两种方法。如果一个失败，则默认使用另一个。所以在大多数情况下，尽管由于不规则的形状而丢失了一些坐标，但仍然可以创建空间热图。

• 增加了水稻胚芽的时空示例到闪亮的应用程序和小插图。

• 下载的基因表达数据被缓存。

• 在" spatial_hm "中，" tis。Trans”参数被“ft.trans”替换;宽度和高度参数被删除，因为空间热图宽高比被设置为与原始aSVG相同。

• 闪亮应用:函数shiny_all被重命名为shiny_shm;应用程序可以自带HDF5数据库后台，其中包含数据和aSVG文件，也可以在用户界面上传HDF5数据库;重新组织的用户界面:登陆页面(包括不同应用实例的链接)、空间热图(包括图像、交互、视频、矩阵热图、交互网络的子标签)、空间富集(识别空间特征特定基因)、关于;引入了新功能:自动完成搜索框、特定应用状态的url可以被书签、全屏、滚动高度、工具提示、空间特征的一对多重匹配、固定长宽比(多个asgs不压缩shm)、数据矩阵的元数据列和链接列;代码被组织在模块中，等等。

光谱

1.1版的更改

1.1.20的变化

• 修复了连接空光谱的问题(第200期)。

1.1.19的变化

• 新的filterPrecursorCharge()方法。

1.1.18的变化

• 将plotSpectraMirror定义为方法。

1.1.17的变化

• 修复187号问题。
• 添加函数concatenateSpectra允许连接光谱对象和光谱对象列表。

1.1.16的变化

• 支持任意光谱变量传递给addProcessing提供/添加的函数;问题# 182。

1.1.15的变化

• 将谱的前体m/z传递给compareSpectra中的MAPFUN;问题# 171。
• 添加joinPeaksGnps来执行光谱之间的峰值匹配，类似于GNPS中执行的峰值匹配(issue #171)。

1.1.14的变化

• 支持空光谱绘图(第175期)。

1.1.13的变化

• 将ProcessingStep移动到ProtGenerics。

1.1.12的变化

• 修正显示光谱的方法，只列出最近的3个处理步骤(第173期)。
• 增加processingLog功能，显示一个spectrum对象的所有处理步骤的日志消息。

1.1.11的变化

• 为pickPeaks和smooth添加了对…的支持(第168期)。

1.1.10的变化

• 从protgeneric中导入filterIntensity。

1.1.9的变化

• 在plotSpectra中固定标签。

1.1.8的变化

• filterIntensity支持向使用的filter函数传递附加参数(issue 164)。

1.1.7的变化

• 修复show,ProcessingStep (issue 162)中的错误。

1.1.6的变化

• 新的joinSpectraData()函数。

1.1.5的变化

• 增加[[，Msbackend和[[<-，Msbackend方法(issue 149)。
• 增加[[，谱和[[<-，谱方法。

1.1.4的变化

• 修复plotSpectra中labelCol的问题(issue #157)。

1.1.3的变化

• 实现一个通用的光谱，任何构造函数替换光谱，数据帧和光谱，字符。

1.1.2的变化

• 修复了导出到mzML文件时光谱为空而失败的问题(问题#145)

1.1.1的变化

• 数字标题的圆形保留时间。
• 记录spectrumId (spectrumId)、acquitionnum和scanIndex之间的差异。

1.1.0的变化

• 新的生物开发版本

SpectralTAD

1.7.1版本更改(2020-11-22)

• 为Juicebox修复床架输出

飞溅

1.16.0版本更改(2020-05-20)

• splatPop模拟的实质性更新(来自Christina Azodi)

•增加了模拟复杂多路复用序列设计数据的能力

•增加了“条件”效应的模拟，其中DE和eQTL效应的子集只应用于个体的子集(例如疾病vs.健康样本)

•增加了模拟每个样本不同数量的细胞的能力，从伽马分布采样。

更新了描述这些变化的splatPop小插图

• 当最小化输出singlecellexperexperimental对象时，逻辑矩阵现在应该被正确处理

• 其他小的修复

SplicingFactory

在0.99.18版本的更改

• R版本更新

  在0.99.17版本的更改

• 微小的修改

  在0.99.16版本的更改

• 微小的修改

  在0.99.15版本的更改

• 调整示例数据集创建脚本，以使用summarizeexperiment

  在0.99.14版本的更改

• 文档更新

  在0.99.13版本的更改

• 摘要为calculate_difference的实验输入
• 更改SE_assay参数名称为assayno

• 文档和示例更新

  在0.99.12版本的更改

• 文档和示例更新

  在0.99.11版本的更改

• SummarizedExperiment修正

• 装饰图案的更新

  在0.99.10版本的更改

• 总结了calculate_diversity的实验输出
• 装饰图案的更新

• 示例数据集更新

  在0.99.9版本的更改

• 文档和代码格式更新。

  在0.99.8版本的更改

• 分集计算函数示例。

  在0.99.7版本的更改

• 更灵活的单一计算熵函数代替单独的朴素熵和拉普拉斯熵。
• p值校正方法可由用户设置。

• 格式修正。

  在0.99.5版本的更改

• 更新描述。
• 格式修正。
• 修正了数据描述中的错误。
• 更新了获取输入类的方法。

• 为函数添加详细参数。

  在0.99.4版本的更改

• 代码和文档格式更正。

• 更新示例数据集。

  在0.99.3版本的更改

• 在calculate_diversity中更新了实验输入类型，新参数:se_化验。

• 文档，小插图已更新。

  在0.99.2版本的更改

• summarizeexperiment输入类型而不是ExpressionSet。

  在0.99.1版本的更改

• 更正:删除不必要的文件。

  在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor。

statTarget

1.21.1版本的更改

• 更新coCV输出

structToolbox

1.4.0版的更改

• 新增VIP汇总图

• 向pca_scores_plot添加椭圆绘图选项

• Mv_sample_filter可以在训练/预测模式下使用

• 文档更新

• 小问题修复

• 增加折变中位数法

• 根据pmp包的变化，用新的输入/输出更新PQN

• 更新SBC与新的输入/输出由于pmp包的变化

• 由于SBC的变化，更新MTBLS79

SummarizedExperiment

1.22.0版的更改

新功能

• 为summarizeexperiment对象和衍生物添加combineRows()和combineCols()方法。它们是rbind()和cbind()的更灵活版本，不需要将对象组合为具有相同的列或行。Aaron Lun贡献。

Summix

0.99.9版本的更改(21-02-19)

• 固定新闻文本格式

  0.99.8版本的更改(21-02-11)

• 固定多个问题在审查的发展

• 不再在函数代码中使用for循环

supersigs

在0.99.0版本的更改

• 遵守Bioconductor提交指南
• 增加simplify_signature函数

SWATH2stats

1.21.2版本的更改

错误修复

• 添加rmarkdown到DESCRIPTION

  1.21.1版本的更改

更新

• 更新轴。Text和theme_bw

  在1.21.0版本的更改

新功能

• 在BioC 3.13开发版本中的SWATH2stats

SynExtend

1.3.15版本的更改

• 修改了pair摘要中的一致评分。

  1.3.14版本的更改

• 主要更改了pairsummaraps函数，次要更改了NucleotideOverlaps、ExtractBy和FindSets。对用来预测pid的pairsummary调用的模型的调整。

  1.3.13版本的更改

• 增加了ExtractBy函数。允许将特征序列提取到由pairsummarates对象组织的XStingSets中，或由pairsummarates对象中的配对所暗示的单个链接集群中。

• 添加了DisjointSet函数，用于从pairsummarents对象中提取单个链接集群。

  1.3.12版本的更改

• pairsummary现在计算预测对之间的4-mer距离。

  1.3.11版本的更改

• pair撮要现在返回一个标题为相邻的列，提供预测对的直接相邻邻居对的数量。间隙填充代码调整。

• 已经添加了函数FindSets，并使用Union-Find算法在由整数向量表示的对列表上执行单个链接聚类。长期来看，这个功能将有一个更大的包装器功能，以方便用户访问，但仍将公开。

  1.3.10版本的更改

• NucleotideOverlap现在将它的GeneCalls对象向前传递，允许pairsummary放弃包含该对象作为参数。

  1.3.9版的更改

• 小插图和建议的包变化。

  1.3.8版的更改

• pairsummarements现在允许用户使用参数allowgap和offsetsallows在预测对块中填充特定的匹配空白。

  1.3.7版的更改

• 调整了pairsummarements和NucleotideOverlap中的进度条。

• pair撮要中的PID预测模型调整。

  1.3.6版的更改

• 实现了Contig名称匹配。Scheme希望用户遵循NCBI的contig命名和gff格式，直接从gff中接受contig名称，并从FASTA标头中删除第一个空格和其后的所有内容。如果用户愿意，可以使用参数AcceptContigNames禁用Contig名称匹配，但确保GeneCalls对象中的正确Contig与Synteny对象中的适当Contig相匹配则由用户负责。

  1.3.5版的更改

• pairsummary现在根据基因调用提供的transl_table属性翻译序列
• pair撮要现在使用通用模型来预测PID

• gffToDataFrame现在解析出transl_table属性

  1.3.2版的更改

• 核苷酸重叠的微小变化
• 对pairsummarements的主要更改-现在可以接受由DECIPHER函数FindGenes()构建的类Genes的对象

systemPipeShiny

1.1.40版本的更改

主要变化

• 添加is_demo选项:现在只影响工作流模块。在使用WF模块时，将用户锁定在临时文件夹中，并在每次刷新时为用户提供一个新的临时文件夹。这将防止多个用户使用同一个部署实例时目录存在问题。

• 添加welcome_guide选项:是否启用突出显示指南下拉菜单的欢迎指南。

• 用图库重写欢迎选项卡，以显示所有SPS功能。

• loadDF、dynamicFile和dynamicFileServer被添加回这个大型机工作包，而不是spsComps，因为这些依赖已经在SPS中使用了。将这些函数保留在spsComps中会引入额外的依赖关系，而且这些函数在框架之外并不经常使用。

轻微的变化

• 选项warning_toast现在也检查你是否在“本地”模式。

• 删除引用生成yaml文件中一些不需要的条目。

• 修正一些错别字。

• 当无法找到spsOptions的配置文件时，提供更多信息的错误消息

• 添加一些. onload方法，以便用户可以使用spsOption获取包加载的默认值。

• 更新了essquise函数

• 添加更多参考线。

• 通过shinyDashboardPlus删除滚动到顶部的按钮，我们有自己的“进入顶部”按钮。

• 向spsInit添加断言。

• 为自述文件添加一些截图。

错误修复

• 修复了服务器加载两次时的错误
• 修复一些默认选项值
• 修复了addResourcePath工作目录和应用程序目录不相同的错误。
• 修复链接不工作造成的网站变化
• 修复了spsInit中覆盖所有当前SPS选项的代码。
• 修复管理页面的错误时，服务器统计无法找到，更好的文本和警告消息
• 修复新版本essquise引入的错误

• 修复了由于列类型问题导致的vroom警告

  1.1.35版本的更改

主要变化

• 新增登录功能:

• 用户可以在全局中选择是否启用登录。负责的选择。

• 还有可以打开和关闭的登录加载屏幕功能。

• 现在有3个不同的登录加载界面，用户可以与它们进行交互。

• 网站更新。https://systempipe.org/sps

• 管理面板上的更新:

• App信息:增加了CPU、温度和RAM的实时图表

• 用户控制:管理员现在可以直接从这个选项卡添加/删除/更改用户，而不是只从命令行。

轻微的变化

• Addtarget= " _blank "到应用程序中的所有外部链接，因此当它们被单击时，它将在一个新的选项卡中打开。

错误修复

• 修复由于登录页面导致服务器不加载的错误

• 在登录后的javascript中添加1s延迟，以调整页面的大小，使仪表盘可以正常显示。

• 修复了工作流cwl步进标记文本中的表格呈现错误。

  1.1.30版本的更改

主要变化

• 新的spsAccount类。这个类与登录管理相关联，它允许用户创建/删除用户/管理员帐户、更改密码和更改角色。

• 弃用spspplotcontainer类，因为我们重写了Canvas特性并移动到一个独立的包{抽屉}。

• 新的spsCoreTabReplace，它允许用户覆盖默认的核心选项卡。

• 更多的SPS选项。

• 用户现在可以选择是否在启动时加载或不加载某些选项卡，即使是默认的核心选项卡。结合spsCoreTabReplace函数，现在用户可以自定义原始应用程序的所有内容。

• 用户可以更改应用程序的标题和logo图像。

• 管理面板添加到应用程序。用户现在可以通过添加“?”User_definded_string”到url的末尾。默认为“admin”。需要使用管理员帐户登录。用户可以使用spsAccount类在启动应用程序之前添加/更改一个管理帐户。

• 应用程序信息:一个选项卡显示当前SPS应用服务器的信息，如CPU, RAM，大小等。

• 用户控件:一个选项卡，查看当前SPS应用的账户信息。

• 改变了安装模块的方式。默认情况下不安装默认的模块、工作流、RNAseq和快速ggplot依赖包，除非在安装命令中使用dependency = TRUE。这意味着所有这些依赖项都从Imports移动到suggest类。这有助于节省大量安装SPS包的时间。用户根据自己的需要安装这些包。当用户加载这些模块但依赖包没有完全安装时，应用程序不会崩溃，相反，控制台和应用程序UI上会显示一条带有安装说明的警告消息。

• 基于模块安装的变化，模块加载方法也发生了变化。只有当用户设置了加载模块服务器函数的选项时，才会调用模块服务器函数。在以前的版本中，服务器函数仍然被加载，只是隐藏未加载的模块UI。这在应用程序启动时间上节省了很多时间，如果没有加载任何默认模块，大约从> 10s到< 3s。

错误修复

• 更新我们新网站的所有链接:https://systempipe.org/sps

• 修复了引导系统中的一些bug

  1.1.20版本的更改

主要变化

• 3默认模块完成:工作流，RNAseq，快速ggplot。这些课程的详情已在我们的网站上更新:

https://systempipe.org/sps{.uri}。

• 将SPS较小的功能分离到3个不同的包中。我们希望这些软件包能够帮助他们开发自己的Shiny应用程序或其他R项目。

• {spsComps}: SPS组件，所有新的闪亮自定义组件和在闪亮服务器端使用的实用函数。

• {drawer}: Canvas的重新设计，纯前端图像编辑工具。

• {spsUtil}: SPS实用程序，一般有用的实用程序函数，可以与Shiny一起使用或不使用。

• 重新设计了新的标签功能。现在用户使用spsNewTab函数来创建新的自定义可视化选项卡。旧的newSpsTab函数已弃用。使用了更简单的语法和模板。默认情况下，它将使用“简单”模板封装90%的闪亮代码，这样用户就可以专注于绘图代码。还有一个“完整的”模板，它向用户公开所有的Shiny代码。

• 新的spsEzUI和spsEzServer函数在“simple”模板中用于包装复杂的Shiny代码。

• 新的spsOptDefaults，它打印出控制台上所有默认的SPS选项和这些选项的当前值。

• 新的通知系统。bob电竞体育官网开发者可以编写一些存储在远程位置的通知，当应用程序启动时，它将尝试下载和解析这个文件通知消息广播给用户。通过这种方式，开发者bob电竞体育官网可以经常向用户发送消息，而无需重新部署应用程序。通知将出现在右上角。

• 互动指南又回来了。经过几个版本的测试后，我们重新添加了引导系统。这一次，开发人员可以定bob电竞体育官网制他们自己的指南。guide_content。R文件is created when a SPS project initialize. It is stored in R of folder relate to the project root. The guide will also be displayed on the app top right corner.

轻微的变化

• 更新了所有单元测试以测试v3格式。

错误修复

• 修复由于1.6.0的闪亮更新而导致的bug

• 修复所有由{shinydashboardPlus} v2.0更新引起的bug。

  1.1.10版本的更改

1.1.0到1.1.05的更改

工作流模块R会话

• 现在工作流模块R会话使用一个后台子R进程，它独立于运行闪亮的父R会话运行。
• 因此，当代码在后台运行时，闪亮不会被阻塞(当子会话忙时，您仍然可以单击其他按钮)-同步和非阻塞。UI中还放置了一个子指示器，每秒钟更新一次。
• R会话的UI设计类似于Rstudio。四个面板、源代码、控制台、日志(特定于SPR)和图。
• 标准的输出/错误和图被捕获在工作流文件夹中。用户可以在第5步Workflow Run中下载它们。
• 地块将显示在地块面板上。现在支持打开R设备(base和ggplot)的绘图，html小部件绘图目前不支持。
• 一个新的闪亮的SPS断开弹出窗口。除了光泽断开的灰色层外，还会向用户显示一个面板来指示问题。类似于在闪亮的服务器上显示的内容，但更有信息，也可以在本地工作。
• 这个会话的结果可以通过关闭会话并返回到工作流模块的第5步来下载，有一个按钮可以将所有结果下载到一个压缩文件中。

RNAseq模块

• 重新设计了UI和服务器逻辑。用于DEG分析和画布连接的图。
• {SummarizedExperiment}的支持。现在，一旦标准化或DEG计算完成，它将summarizeexperiment对象返回到全局环境。

普通用户界面

• 在右下角添加了一个“Go Top”按钮，点击这个按钮会自动滚动到页面顶部。此按钮仅在客户端滚动高度为> 50px时显示。

工作流模块CWL选项卡

• 现在可以编辑CWL文件和CWL输入文件了。编辑将每一秒钟导入到CWL解析器中。现在，这是一个非常有用的地方来测试或编写新的CWL脚本。
• 现在，这个选项卡有一个动态呈现的下拉面板，允许用户选择目标表的哪一列映射到CWL输入文件中的变量。

工作流程模块功能齐全

• 现在，您可以通过在工作流设置步骤中选择“示例”选项，在SPS中运行完整的示例工作流。

• 其他systemPipeR预先配置的工作流会导致问题，因为格式化问题会导致不是由SPS引入的systemPipeR::runWF函数中的错误。请等待systemPipeR上的更新来修复此问题。您仍然可以使用SPS为所有工作流准备文件。这意味着，步骤1-4将工作，如果您选择的工作流不是“示例”，步骤5将给您错误。

重做工作流部分

• 所有3个选项卡合并到主选项卡中

• 更改配置选项卡为CWL选项卡

• 增加了运行wf作为子选项卡的支持

• 现在主选项卡有5个子选项卡，它们都是连接的。

• 更好的用户指南，步式使用，如果上一个步骤没有完成，就不能到达其他步骤。

• 原来的快照管理下拉页面更改为运行工作流会话。这个会话将用户锁定到一个唯一的页面，他们不能交互页面上的其他应用部分(工作目录更改)，以防止应用程序因wd更改而崩溃。

其他的变化

• 一个新的UI组件spsTimeline:水平时间轴UI单元，具有状态，可以通过updateSpsTimeline在服务器上更新。

• 一个新的UI bsHoverPopover:增强了bsPlus::HoverPopover的高级功能，额外的JS用于使弹窗工作在按钮以及。

• 修复了renderDesc中的一些链接问题。更好的链接在renderDesc，扩大和间隔动画链接。

• 更改关于页面

• 新闻现在呈现在应用程序的关于标签

• 减少了关于页面上的开发人员内容。

• 更改了开发人员的电子邮件到github链接。

可视化的改变

• RNAseq部分现在只在一个选项卡中作为大模块:用户上传目标文件和一个原始计数表，并在子选项卡中制作不同的图。

• 这引入了许多依赖性，稍后将决定我们是保持原样还是将其分离到spsBio。

TargetSearch

1.48.0版本的更改

新功能

• 函数ri_data_extract允许每个搜索m/z的时间范围，而不是所有质量的单一范围。

• 手册页的错别字和澄清。不再有用户重要的更改。

错误修复

• 添加额外的断言ncdf4_convert．

• 依赖包ncdf4应该是打开的进口而不是取决于在DESCRIPTION文件上。

移行细胞癌

1.31.1版的更改

• 当使用edgeR时，将缺省DE估计方法从exactTest更改为基于glm的测试(glmQLFit, glmQLFTest)。

• 删除了无重复数据集的DE估计方法。

TCGAutils

1.12.0版本的更改

新功能

• makesummarizeexperimimentfromgistic已移动到RTCGAToolbox。
• splitAssays现在已弃用TCGAsplitAssays，以避免与MultiAssayExperiment::splitAssays发生冲突

较小的更改和bug修复

• 正确识别oncoPrintTCGA中的基因组注释(hg*)
• qreduceTCGA现在与seqlevelsStyle的更新一起工作，其中基因组注释包括可用的补丁版本

ternarynet

1.35.1版的更改

• 增加了复制交换MCMC并行拟合算法

TFutils

1.11.1版的更改

• retrieve_lambert_main修改了Cell补充xlsx文件的URL

烤面包

1.5.1版的更改

• 正确的f检验用于多级测试。

topdownr

1.13版的更改

• Bioc 3.13的新版本(devel)

在1.13.1版的更改

• as(…，" NCBSet ")现在也将中性损失和修改视为债券。
• readTopDownFiles获得一个新的参数customchanges，以允许用户定义的修改。maa baboviic的建议和首次实现masab@bmb.sdu.dk[2021-03-15]。

ToxicoGx

1.1.0版的更改

• 继续将功能抽象到CoreGx中
• 添加额外的绘图功能，如分组箱线图
• 将单元测试的覆盖率扩展到>的90%
• 实现一个更快版本的drugPertubationSignature
• 添加额外的绘图功能
• 包括毒物基因组数据的差异表达分析和GSEA脚本(limma)

trackViewer

1.27.15版本的更改

• 更新geneModelFromTxdb的文档

  1.27.14版本的更改

• 添加rmarkdown到建议

• 更新importScSeqScore。

  1.27.13版本的更改

• 从文件读取时按数字固定大小。

  1.27.12版本的更改

• 为hicc .cpp添加解构函数。

  在1.27.10版本的更改

• 将小插图拆分为多个文件。

  在1.27.9版本的更改

• 绘制背靠背交互数据轨迹

  在1.27.8版本的更改

• 修复hicc .cpp中的打印错误

  在1.27.7版本的更改

• 找出dyn.load trackviewer中的错误

  在1.27.6版本的更改

• 为importGInteraction添加对.hic和.cool的支持

  1.27.5版本的更改

• 添加importGInteraction

  在1.27.4版本的更改

• 更改viewTracks的重新采样方法

  在1.27.3版本的更改

• 更新文档。

• 为lolliplot添加label_on_feature

  1.27.2版本的更改

• 修复蒲公英的饼图bug。当引入label.parameters时绘制。

  在1.27.1版本的更改

• 修复了如果所有分数都大于10并且所有分数都是整数的错误。

tradeSeq

1.5.02版本更改(21-01-21)

• 对associationTest的主要更新，其中对比不再依赖于结，而是依赖于一个新的nPoints参数，该参数指定了在对比中每个沿系使用的点的数量。associationTest还有一个新的参数contrastType，它允许使用三种不同的对比类型来进行测试。更多细节请参见associationTest文档。

TrajectoryGeometry

在0.99.12版本的更改

重大变化

• 删除顶层文档/文件夹

  在0.99.11版本的更改

重大变化

• 依赖R更改为>= 4.1

  在0.99.10版本的更改

重大变化

• 新闻。Md文件已添加
• 单细胞轨迹分析的格式。限制型心肌病的改善

transomics2cytoscape

1.1.2版的更改

用户可见的重大更改

• 将一个功能分离为两个

• 向上述函数引入新的输入数据格式

TraRe

在0.99.13版本的更改

• 没有变化

  在0.99.12版本的更改

• 修复了小错误

  在0.99.11版本的更改

• T/F由TRUE/FALSE改变

  在0.99.10版本的更改

• 在小插图中有更多的计算块

  在0.99.9版本的更改

• XLSX文件更改为html，库删除

• Generate_cliques结构改变，新的plot函数。

  在0.99.8版本的更改

• 添加到runrewiring方法的日志文件。

• 对预备布线方法的消息结构进行了清理。

  在0.99.7版本的更改

• 重接线方法输出每个超模块

  在0.99.6版本的更改

• Vignette文件在本地可用(而不是github)

• 允许使用summarizeexperiment对象

• 代码样式和结构得到了改进

  在0.99.5版本的更改

• Openxlsx到XLSX库的更改

  在0.99.4版本的更改

• Class()函数被删除。

  在0.99.3版本的更改

• Excel_generation函数添加

• Vignette文件更新

  在0.99.2版本的更改

• 重接线方法部分并行化

  在0.99.1版本的更改

• Vignette文件已添加

• 修复了小错误

  在0.99.0版本的更改

• 重接线测试中自动选择模块。

• 重新连接HTML报告文件已添加。

• 新增单元测试。

旅行

0.99.0版本的更改(2020-12-30)

• 提交给Bioconductor

treeio

1.15.6版本的更改

• 优化阅读。用于大型树文件(21-03-12，星期五)

• https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/51

  1.15.5版本的更改

• read.beast.newick和write.beast.newick用于导入和导出带有BEAST样式元数据的newick文本(21-03-11,Thu)

• https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/50

  1.15.4版本的更改

• qiime2支持解析树qza文件(2017-03-01,Mon)

• https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/46/files

  1.15.3版本的更改

• 支持解析系统xml (21-02-04, Thu)

• https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/44

  1.15.2版本的更改

• 修正了解析nhx的错误，现在兼容缺失的nhx标签(2020-11-19,Thu)

• https://github.com/YuLab-SMU/treeio/pull/40

  1.15.1版本的更改

• 删除magrittr::%<>%，因为它抛出“error: could not find function”%>%<-”的错误(2020-11-19,Thu)

treekoR

在0.99.3版本的更改

• 第一个版本的软件包提交给BioConductor

三轮车

在0.99版的更改

• 最初的版本。

• 增加了引文预印本，插图。

TSCAN

1.30.0版本的更改

• 将createClusterMST()迁移到trajectory toryutils包。

• 修改了orderCells()以返回信息更丰富的pseudotimeordered对象。

• 通过分别测试每个路径来处理testPseudotime()中的伪时间矩阵。支持包含自定义行。data=在每个输出DataFrame。

ttgsea

0.99.0版本更改(2020-09-30)

• 提交给Bioconductor

tximeta

1.10.0版本的更改

• 增加了更多关于在linkedTxome中指定“源”的tximeta()消息。从本质上说，这会触发用户可能希望避免的GTF处理行为，因此可能会优先指定“ensemble”以外的字符串。还增加了小插图的说明。

• 增加了关于tximeta导入alevin的注释，其中' tgMap '步骤需要基因id而不是基因符号。

• 增加了GENCODE 38 (H.s.)， M27 (M.m)和ensemble 104的散列;GENCODE 37 (H.s.)， M26 (M.m)，和ensemble 103;GENCODE 36和ensemble 102。

• 修正了使用RefSeq作为源时AnnotationHub下拉的错误。

  • 修正了多个解析后的ensemble GTF TxDb会以相同的名称添加到BiocFileCache的错误。

    1.9.11版本更改

• 增加了GENCODE 38 (H.s.)， M27 (M.m)和ensemble 104的散列。

  1.9.6版的更改

• 使用tools::R_user_dir代替rappdirs，符合BiocFileCache..

  1.9.5版的更改

• 增加了GENCODE 37 (H.s.)， M26 (M.m)和ensemble 103的散列。

  1.9.2版的更改

• 增加了GENCODE 36和ensemble 102的散列。

tximport

1.19.4版本的更改

• ' ignoreAfterBar '和txOut=TRUE现在将剥离输出矩阵的行名上' | '之后的字符。

UMI4Cats

1.1.9版本的更改

• 在准备和拆分函数中，允许选择从FastQ文件加载的读取数量。默认值:1M reads (1e9)。

• 修复BiocCheck。

  1.1.8版的更改

• 使用query_regions选择用于差异测试的限制片段diffWaldUMI4C．

  1.1.7版的更改

• 修正了绘图差分窗口时对log2 OR值的限制。

  1.1.6版的更改

• 修复当一个外显子属于多个转录本时创建基因注释的错误。

• 修正了只提供一个样品的错误(在分析栏中没有名字)。

  1.1.5版的更改

• 修复了当超过1个样本有相同数量的总uis时，参考UMI4C样本的选择错误。现在它会选择第一个。控件可以覆盖要用作参考的样本的选择ref_umi4c论点。

  1.1.4版的更改

• 修正了域图绘制中白色没有与0 log2 FC对齐的错误。

  1.1.3版本的更改

• 修正了当提供一个参考样本用于标准化UMI计数时的错误。

  1.1.2版的更改

• 修复当cut_pos!=0在消化的基因组对象中产生了一个缺口(见问题#8)

universalmotif

1.10.0版本的更改

新功能

• 一个新的数据结构universalmotif_df已经可用。这允许像操纵data.frame对象一样操纵motif。to_df()函数用于从主题列表中生成这种结构。update_motifs()函数用于将更改应用到实际的主题，而to_list()返回实际的主题。注意，这只是为了更方便地同时操作多个图案的图案槽，然后将它们返回到列表中;universalmotif_df结构不能在各种universalmotif函数中使用。此外，requires_update()可用于确定universalmotif_df对象中的motif是否过期。非常感谢@snystrom的讨论和重要贡献。

• View_motifs (): universalmotif包现在完全依赖于它自己的代码来生成ggplot2用来绘制motif的多边形数据，这意味着ggseqlogo导入已经被删除。现在有许多新的选择，包括绘制多频标志和对字母间距的更精细控制。已经努力确保函数的默认行为与以前的版本保持不变。此更改还应允许更容易地修复错误，并为未来的添加或更改提供灵活性。

• 新函数merge_similar():在主题列表中识别和合并相似的主题。实质上，是compare_motifs()、hclust()、cutree()和merge_motifs()的包装器。

• 新函数view_logo():使用矩阵输入而不是主题对象输入绘制徽标。允许任意列高度和多字符字母。

• 新函数average_ic():计算主题列表的平均信息内容。

• Trim_motifs(…，trim.from):从两个方向或只从一个方向进行修剪。

• Shuffle_sequences(…，window, window.)Size, window.overlap):在指定大小的窗口中迭代打乱序列。

• scan_sequences(…，return. GRanges):可选地返回一个GRanges对象。

• scan_sequences(…,不。重叠,no.overlaps.by。Strand, no.overlap .strat):扫描后删除重叠的命中，防止相同图案的重叠命中被返回。每条链都可以选择这样做。每组重叠的击球都可以保留第一次击球或得分最高的击球。这些新参数也可以在rich_motifs()中使用。

• Scan_sequences(…，respect.strand):是否根据motif链槽扫描序列链。只适用于DNA/RNA基序。这个选项也可以在rich_motifs()中使用。

微小的变化

• 对文档和小插图进行了一些补充和清理。

• 对motive -pwm2格式的motif的支持已被删除，因为该包不再是当前Bioconductor版本的一部分。

• read_matrix()/write_matrix(): sep参数现在可以为NULL(没有分隔符)。

• Rdpack依赖已被删除。

• Merge_motifs():单主题输入现在只返回主题而不是抛出错误。

• view_motifs(…，dedup.names):现在默认为TRUE。此外，make.unique()函数现在用于重复数据删除名称。

• compare_motifs(…，method):默认的比较方法已经更改回PCC。

错误修复

• 使用带有单个字符的create_motif()不再抛出错误。

• 生成随机图案填充多频槽现在工作。

VarCon

0.99.0版本更改(2018-05-15)

• 提交给Bioconductor

VaSP

1.2.5版本更改(21-02-14)

• 将包名从VaSP更改为VaSP。

  1.2.1版本更改(21-01-16)

• 增加了引文，改进了一些代码。

伶盗龙

1.1.6版的更改

• 将健全检查小插图移动到insert /。

  1.1.5版的更改

• 将Michael Stadler添加到包作者。

  1.1.4版的更改

• 修复文档中的拼写错误。

  1.1.3版本的更改

• 添加带有健全检查的小插图子目录。

  1.1.2版的更改

• 添加函数plotVelocity和plotVelocityStream。

  1.1.1版的更改

• 刷新缓存的环境。

  1.1.0版的更改

• Bioconductor版本1.1.0。

vissE

在0.99.0版本的更改

• 提交给bioconductor

wppi

0.99.8版本更改(2021-05-07)

• 该工作流计算蛋白质-蛋白质相互作用的权重和得分基因
• 数据库知识自动从OmniPath、基因本体和人类表型本体中获取
• 提交给Bioconductor

xcms

3.13.8版本的更改

• 修复了XCMSnExp对象的plotQC()

  3.13.7版本的更改

• 添加featureArea函数提取特征的m/z-rt区域。

• 修复featureSpectra函数。

• 重新添加LC-MS/MS小插图。

• 特性:plotQC()现在支持XCMSnExp对象

  3.13.6版本的更改

• 修复问题#545:在未定义峰值边界/扫描范围的感兴趣区域使用CentWavePredIsoParam跳过第二次centWave运行。

• 暂时删除LC-MS/MS小插图(直到MsBackendMgf被添加到Bioconductor)。

  3.13.5版的更改

• 添加filterChromPeaks一种色谱峰过滤方法XChromatogram或XChromatograms对象。

• 添加filterChromPeaks方法XCMSnExp(问题# 541)。

• 支持退货光谱对象chromPeakSpectra，featureSpectra而且reconstructChromPeakSpectra．

• 支持MS1光谱的提取chromPeakSpectra．

• 支持提取中总信号最大或基峰信号最大的频谱chromPeakSpectra．

• 增加了对提取所选/个别峰/特征的光谱的支持山峰而且特性参数chromPeakSpectra而且featureSpectra,分别。

  3.13.4版本的更改

• 进口参数对象从ProtGenerics．

• 进口filterIntensity，正常化而且alignRt为色谱图而且MChromatograms从MSnbase．

  3.13.3版本的更改

• 对齐,色谱图获得新方法“没有”它只会保持相同的保留时间的值。为method = "matchRtime"(更快的)匹配函数最亲密的从MsCoreUtils使用包。

• 方法关联,色谱图获得参数useIntensitiesAbove只对大于此阈值的值执行相关性(避免由于许多0值而产生的高相关性)。

• 添加方法filterIntensity,色谱图这允许过滤色谱对象只保留强度高于用户提供的阈值的数据点。

  3.13.2版本的更改

• 添加新功能manualChromPeaks允许手动添加和集成色谱峰。

  3.13.1版的更改

• 支持对XChromatograms与drop = FALSE．

YAPSA

1.17.2版本的更改

• 我们提供了一个新函数LCD_extractCohort_callPerPID()，它也属于LCD家族，在队列范围的级别上执行签名检测，但只使用在队列范围的调用中识别的签名，重新运行每个pid暴露的实际计算。整体包装器函数LCD_complex_cutoff_combined()现在也调用新函数，并将结果存储在项目名称为extractCohort_callPerPID的返回列表中

  1.17.1版本的更改

• 为函数LCD_complex_cutoff_perPID()， LCD_complex_cutoff_consensus()和LCD_complex_cutoff_combined()引入一个输入参数minimumnumberofchanges。如果一个样本的突变数低于这个临界值，就会发出警告。默认情况下，该值设置为25，这对于分析SNV突变特征可能是一个很好的选择。对于Indel突变特征的分析，更好的选择是20。

zellkonverter

1.2.0版的更改

• 更新anndata和其他Python依赖项，现在正在使用anndatav0.7.6

• 改进了AnnData2SCE()中所有槽位的转换检查

• 在AnnData2SCE()中启用var槽的返回转换

• 避免在AnnData2SCE()中将obsp和varp转换为密集矩阵

• 当分析稀疏时，AnnData2SCE()现在应该总是返回dgCMatrix矩阵

• SCE2AnnData()中更一致的元数据到uns的转换

• 处理SCE2AnnData()中的colData和rowData中的列表列转换

• 更好地支持转换anndataSparseDataset数组

• 改进了对HDF5支持的AnnData对象转换的支持

• 更好地支持在writeH5AD()中写入DelayedArray测试

• 在AnnData2SCE()中存储X_name以供SCE2AnnData()使用，并向AnnData2SCE()和readH5AD()添加X_name参数

• 添加一个压缩参数来写入h5ad ()

• 导出zellkonverterAnnDataEnv供其他包使用

新闻从新的和现有的数据实验包

BioImageDbs

在0.99.3版本的更改

新功能

• 包发布

chipenrich.data

在2.16.0版本的更改

• 过渡到王凯担任维护者。

curatedMetagenomicData

在3.0.0版的更改

• curatedMetagenomicData目前包含来自86项研究的20,283个样本

• 自Bioconductor 3.10(2019年10月)以来，共添加了10084个样本

• 自Bioconductor 3.10(2019年10月)以来新增的研究:

  • AsnicarF_2021(1098样本)
  • BrooksB_2017(408个样本)
  • ChuDM_2017(86个样本)
  • DeFilippisF_2019(97个样本)
  • gensip_2019(113个样本)
  • GuptaA_2019(60个样本)
  • HallAB_2017(259个样本)
  • HMP_2019_ibdmdb (1628 sample)
  • HMP_2019_t2d(296个样本)
  • IjazUZ_2017(94个样本)
  • KaurK_2020(31个样本)
  • KeohaneDM_2020(117个样本)
  • LassalleF_2017(23个样本)
  • LifeLinesDeep_2016(1135个样本)
  • LokmerA_2019(57个样本)
  • MehtaRS_2018(928个样本)
  • NagySzakalD_2017(100个样本)
  • PasolliE_2019(112样本)
  • RosaBA_2018(24个样品)
  • RubelMA_2020(175个样本)
  • (37个样本)
  • ShaoY_2019(1644个样本)
  • ThomasAM_2019_c(80个样本)
  • VilaAV_2018(355个样本)
  • WampachL_2018(63个样本)
  • WirbelJ_2018(125个样本)
  • YachidaS_2019(616个样品)
  • YassourM_2016(36个样品)
  • YassourM_2018(271件样品)
  • ZhuF_2020(171个样本)
• 所有原始数据都已用MetaPhlAn3和HUMAnN3重新处理

• 的curatedMetagenomicData ()方法已被重构以提高效率

  • 它现在返回summarizeexperiment / treesummarizeexperiment对象
  • 示例元数据总是保持最新，每周更新一次
  • 它现在是访问数据的主要(也是唯一的)手段
• 的mergeData ()方法已被重构以提高准确性和效率
• 的returnSamples ()增加了跨研究回报的方法
• 的sampleMetadata对象替换combined_metadata对象
• 的combined_metadata对象将在下一个版本中删除

• 许多方法已经直接转移到失效状态:

  • cmdValidVersions ()
  • getMetaphlanTree ()
  • ExpressionSet2MRexperiment ()
  • ExpressionSet2phyloseq ()

• 所有命名访问器(例如。HMP_2012.pathcoverage.stool ())已不复存在

  • 这些都很难维护和记录;现在这个方案更简单了
  • 的curatedMetagenomicData ()方法将替换所有已命名的访问器

curatedTCGAData

1.14.0版本的更改

新功能

• version参数现在允许用户选择1.1.38或2.0.1。

• 版本2.0.1包含RNASeq2Gene数据作为RSEM TPM基因表达值(#38，@mherberg)。

• raggeexperiment类型数据对象的基因组信息更新，其中“37”现在是“GRCh37”(#40，@vjcitn)。

• 包含多个可以合并的分析的数据集(例如，OV, GBM)现在作为合并分析提供(#27，@lwaldron)。

• 小插图现在包含了关于如何使用tcgaprimarytumor和getWithColData函数的部分。

Bug修复和小的改进

• mRNAArray测试现在返回矩阵类型的数据而不是DataFrame (#31， @lgeistlinger， @vjcitn)。

depmap

1.5.1版的更改

• 20Q4数据新增crispr，copyNumber，TPM，mutationCalls而且元数据数据集。其他数据集的更新版本没有发布。

DExMAdata

在0.99.0版本的更改

• DExMAdata释放。

多萝西娅

1.3.2版本更改(21003-09)

• 增加了应用于癌症的胰腺规则。

  1.3.1版本更改(21-02-08)

• 修正了Seurat的相关单元测试的错误，因为Seurat包更新到4.0版本。s@assays$dorothea@misc现在是list()，之前是NULL。

emtdata

在0.99.0版本的更改

• 提交给bioconductor

GSE13015

在0.99.11版本的更改

• 提交给Bioconductor

HCAData

1.8.0版本的更改

其他的笔记

• 加载数据的函数增益为。参数，以控制底层的HDF5数据集是否应该被视为稀疏的。

imcdatasets

0.99.9版本的更改(21004-20)

• 添加了Zanotelli等人的数据。Mol system Biol 16:e9798(2020)

  0.99.8版本的更改(21-04-15)

• 允许在磁盘上存储图像和掩码

  0.99.7版本的更改(2021-03-24)

• 改进的文档

• pkgdown网站

  0.99.6版本的更改(21003-23)

• 增加了Jackson, Fischer等人的数据。自然578615 - 620 (2020)

  0.99.0版本的更改(2020-11-12)

• 扩展的装饰图案

• 新增功能文档

• 新增数据集文档

• 格式化了Bioconductor提交包

  0.1.0版本的更改(2020-11-02)

• 最初的承诺

• imcdatasets包的创建

• 新增damond-胰-2019数据集

LRcellTypeMarkers

在0.99.3版本的更改

• 添加人工PBMC数据

• 在小插图中添加LRcell相关信息

  在0.99.2版本的更改

• 将依赖项更改回R >=4.1

• R>=3.6触发警告

  在0.99.1版本的更改

• 将依赖项更改为R >=3.6

  在0.99.0版本的更改

• 0.99.0版本发布

• 提交给Bioconductor

microbiomeDataSets

0.99.0版本的更改(21-01-21)

• 提交给Bioconductor

MouseThymusAgeing

0.99.5版本的更改(21004-21)

• 提交给Bioconductor

msigdb

在0.99.0版本的更改

• 提交给bioconductor

ptairData

0.99.8版本的更改(21004-08)

• 将ptairData监视标签添加到Bioconductor支持站点用户配置文件

  0.99.7版本的更改(21-04-01)

• 扩展描述

• 在描述文件中添加BugReports

• 完成的新闻文件

• 添加本月/脚本/脚本。R

• 在小插图中添加了section installation和sessionInfo

  0.99.0版本的更改(21003-05)

• 提交给Bioconductor

RforProteomics

1.29.2版本的更改

• 建议使用rpx版本1.99.2或更高版本(以利用缓存并避免重复下载)。

• 删除shinyMA函数。

• 从rTANDEM部分删除代码，只提到包。

• 删除突触(数据)建议。

  1.29.1版的更改

• 指定MSnID::peptide()(参见https://github.com/vladpetyuk/MSnID/issues/12)。

SBGNview.data

1.5.1版的更改

• SBGNview的主要更新。数据，by Kovidh Vegesna and Weijun Luo.

scpdata

在0.99.3版本的更改

• 更新文档<2020-05-03>

• 添加liang2020_hela数据集的< 2020-04-23 >

  在0.99.2版本的更改

• 删除<2020-01-09>手册页中剩余的波浪线(U+223C)

  在0.99.1版本的更改

• 删除手册页<2020-01-09>中的波浪线(U+223C)

  在0.99.0版本的更改

• Bioconductor提交< 20-01-06>

scRNAseq

在2.6.0版的更改

• 新增Bacher T细胞数据集。

• 增加Bhaduri类器官数据集。

• 增加了Darmanis大脑数据集。

• 增加了恩斯特精子发生数据集。

• 添加Fletcher嗅觉数据集。

• 增加了Giladi HSC数据集。

• 新增He器官图谱数据集。

• 增加了洁莎大脑数据集。

• 增加了诺瓦科夫斯基皮质数据集。

• 增加花粉胶质数据集。

• 增加了Zeisel神经系统数据集。

• 新增赵免疫肝脏数据集。

• 新增钟前额皮质数据集。

• 增加了Bunis HSPC数据集(Dan Bunis)。

SimBenchData

版本0.99.1(21003-05)的更改

• 提交给Bioconductor

SingleCellMultiModal

1.4.0版的更改

新功能

• SingleCellMultiModal功能允许多种多模式技术的组合。

• 来自Macaulay等人(2015)的GTseq数据现已可用(@lgeistlinger)

• Specht等人的SCoPE2数据现在可以使用了，感谢@cvanderaa (#26)

• scMultiome提供来自10X Genomics的PBMC，感谢@rargelaguet

Bug修复和小的改进

• 元数据信息(函数调用和对技术图的调用)包含在SingleCellMultiModal中

• scNMT在MultiAssayExperiment元数据中包含原始调用

• 改进和编辑了贡献指南的清晰度

spatialLIBD

1.3.19版本的更改

用户可见的重大更改

• spatialLIBD已更新为与SpatialExperiment版本1.1.701一起工作，该版本将作为Bioconductor 3.13的一部分发布。这将改变spatialbd的内部代码，该代码将与使用SpatialExperiment版本1.1.700创建的任何对象一起工作。

  1.3.16版本的更改

用户可见的重大更改

• 引用信息已经改变，现在spatialLIBD有一个bioRxiv预打印在https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.29.440149v1。

  1.3.15版本的更改

用户可见的重大更改

• 我们现在使用plotly::toWebGL()使web应用程序的响应性更好。

  1.3.14版本的更改

用户可见的重大更改

• web应用程序中显示的文档和帮助消息已经进行了修改和改进。

  1.3.12版本的更改

新功能

• 我们添加了一个新的小插图，展示了如何将spatialLIBD与使用spaceranger处理的任何10x Genomics Visium数据集一起使用。小插图使用了10x基因组网站上公开的人类淋巴结例子。

  1.3.3版的更改

新功能

• 总体而言，该包已更新为使用在Bioconductor 3.13 (bio -devel)上可用的SpatialExperiment版本1.1.427。一些函数被重新命名，如sce_image_gene_p()现在有一个更短的名称vis_gene_p()。此更新还更改了这些可视化函数，使其只支持SpatialExperiment对象，而不是原来修改过的singlecellexperexperiment对象。

• 更新了引文信息，以反映https://doi.org/10.1038/s41593-020-00787-0现已公开。还在README上添加了一个链接到https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13623902.v1的手稿高分辨率图像。

STexampleData

0.99.0版本的更改(21003-28)

• 初步提交给Bioconductor

TENxVisiumData

在0.99.0版本的更改

• 由10X Genbob体育取款很慢omics提交的13个Visium空间基因表达数据集的初始包

TMExplorer

1.1.2版的更改

• 数据现在托管在FigShare上。

• 新增数据集:GSE150430, GSE154778, GSE125969, GSE134520, GSE123366

  1.1.1版的更改

• 现在使用BiocFileCache下载数据。

来自新的和现有工作流的新闻

ExpHunterSuite

在0.99.11版本的更改

• 改进的文档和代码样式<2021-02-21,Sun>

已弃用和失效的包

65个软件包从这个版本中被移除(在bio3.12中被弃用后):adaptest, ArrayTV, BioSeqClass, CHARGE, chimera, CNVtools, CorMut, DESeq, explorase, flowFit, flowSpy, flowType, focalCall, FourCSeq, FunciSNP, GeneticsDesign, GenRank, GGBase, GGtools, GOFunction, gQTLBase, gQTLstats, hicrep, impsede, impse2, joda, JunctionSeq, LINC, Logolas, mcaGUI, metaArray, metaseqR, methVisual, methyvim, Mirsynergy, MmPalateMiRNA, MOFA, MotIV, NarrowPeaks, netbenchmark, netReg, OGSA, OmicsMarkeR, pathprint, PathwaySplice, PGA, PGSEA, plrs, prada, Prize, Rariant，reb, Roleswitch, rTANDEM, sapFinder, scsR, shinyTANDEM, sigaR, signet, simpleaffy, spotSegmentation, Starr, SVAPLSseq, TxRegInfra, xps

49个软件在此版本中已弃用，并将在bio3.14中移除:AffyExpress、affyQCReport、AnnotationFuncs、ArrayTools、bigmemoryExtras、biacastuddies、CancerMutationAnalysis、CexoR、ChIPSeqSpike、CompGO、CoRegFlux、CrossICC、cytofast、DBChIP、dexus、EasyqpcR、EDDA、eisa、ELBOW、ExpressionView、FlowRepositoryR、基因集、HCABrowser、HCAExplorer、HCAMatrixBrowser、Imetagene、IntramiRExploreR、mdgsa、metagenomeFeatures、methyAnalysis、MSEADbi、OutlierD、pcot2、PCpheno、Polyfit、POST、RchyOptimyx、RDAVIDWebService、RNAither、RNAprobR、rnaSeqMap、SAGx、samExploreR, seqplots, simulatorZ, spa, ToPASeq, XBSeq, yaqcaffy

14个实验数据包在本次发布中被移除(在BioC 3.12中已弃用):flowFitExampleData, FunciSNP。geuvPack、geuvStore2、GGdata、methyvimData、mitoODEdata、Mulder2012、pathprintGEOData、pcaGoPromoter.Hs. data . data。hg19 pcaGoPromoter.Mm。mm9 pcaGoPromoter.Rn。rn4, waveTilingData, yriMulti

有11个实验数据包在此版本中已弃用，并将在bio3.14中删除:ceu1kg, ceu1kgv, ceuhm3, cgdv17, dsQTL, facsDorit, gskb, hmyriB36, JctSeqData, MAQCsubsetAFX, yri1kgv

从这个版本中删除了14个注释包(在bio3.12中已废弃):hom.At.inp.db, hom.Ce.inp.db, hom.Dm.inp.db, hom.Dr.inp.db, hom.Hs.inp.db, hom.Mm.inp.db, hom. rm .inp.db, hom. rm .inp.db, hom.Sc.inp.db, KEGG.db, MeSH.Eco.55989.eg.db, MeSH.Eco.ED1a.eg.db, MeSH.Eco.IAI39.eg.db, MeSH.Eco.UMN026.eg.db, MeSH.Eqc.eg.db

87个注释包在此版本中已弃用，并将在bio 3.14: 12 lrbase . xxx . gg .db包(替换为AHLRBaseDbs)、MafDb.gnomAD.r3.0中删除。GRCh38 MafH5.gnomAD.r3.0。GRCh38, 73 MeSH.XXX.eg.db包(替换为ahmeshdb)

在这个版本中没有删除工作流包。

有一个工作流包在本版本中已弃用，将在3.14:eQTL中删除