2020年的10月28日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.12,包含1974个软件包,398实验数据包,968注释包,28工作流。

有125新的软件包,9新数据实验包、包、2个新的注释1新的工作流,2在线书籍,和许多更新和改进现有的包;与R 4.0.3 Bioconductor 3.12兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows和macOS 10.14.6莫哈韦或更高。这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

Bioconductor谢谢你们每个人的贡献

访问bob 体育平台下载 对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.12
• 新的软件包
• 新数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新的在线书籍
• 来自新的和现有的软件包的新闻
• 新闻来自新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有的工作流的新闻
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.12

更新或安装Bioconductor 3.12:

1. 安装R 4.0.3。Bioconductor 3.12设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在bob 体育网址 。

新的软件包

有125个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• ADImpute单细胞RNA序列(scRNA-seq)方法通常无法量化细胞中所有基因的表达水平,创建一个缺失值的计算预测的必要性(“辍学归罪”)。大多数现有的辍学生归责方法是有限的,他们只使用手头的scRNA-seq数据集和不利用外部基因基因信息的关系。这里我们提出两种新方法:基因调控网络的方法使用基因基因关系从外部数据和基线的方法对应于一个sample-wide平均水平。ADImpute可以实现这些新方法并把它们与现有归责方法(目前支持:DrImpute,储蓄者)。ADImpute可以表现最好的学习方法每个基因和不同方法的结果合并成一个整体。

• aggregateBioVar为单细胞RNA-seq收集的数据来自多个主题(如生物样品或技术复制),这个包包含工具总结单细胞基因表达谱的主题。SingleCellExperiment对象作为输入并转换为SummarizedExperiment对象的列表,每个列表元素对应于一个指定的细胞类型。SummarizedExperiment对象包含聚合gene-by-subject数矩阵和inter-subject列个别对象的元数据,可以使用下游加工批量RNA-seq工具。

• AlpsNMR读取力量核磁共振数据目录压缩和解压。它提供了自动化和高效的信号处理的诸多核磁共振代谢组学。它能够插入样品,检测异常值,排除区域,正常化,检测峰值,使光谱,集成山峰,管理元数据和可视化光谱。光谱proccessing之后,它可以应用多元分析中提取数据。有效的策划与一维数据也可以。基本阅读1 d ACD /实验室出口JDX样品也可以。

• ANCOMBCANCOMBC是微生物正常化的包绝对丰度数据由于不平等的跨样本抽样分数,并确定类群(如门、家庭属物种,等等),不同丰富对感兴趣的协变量(如学习小组)两个或两个以上的组之间的多个样本。

• AnVILBillingR AnVILBilling帮助监控AnVIL-related成本,使用查询成本每天导出BigQuery表。函数定义为帮助分类任务和相关支出,随着时间的推移和可视化并探索费用配置文件。这个包将会扩大到帮助用户评估特定任务集的成本。

• AnVILPublish用这个包来创建或更新砧工作区等资源R / Bioconductor包。关于包的元数据(例如,从装饰图案选择信息从包描述文件和YAML标题)是用来填充“仪表板”。小品文翻译python笔记本准备评估在铁砧。

• bambubambu是多试样的R包记录发现和使用长读RNA-Seq数据量化。您可以使用bambu读对齐后获得成绩单和基因表达式估计已知和小说。bambu的输出可以直接用于可视化和下游或转录基因差异表达分析等使用。

• BayesSpace聚类的工具,提高空间分辨率的基因表达实验。BayesSpace集群的低维表示基因表达矩阵,将一个空间之前鼓励邻近的点聚集在一起。的方法可以提高分辨率低维表示成“sub-spots”,如基因表达和细胞类型的功能成分可以估算。

• BiocIO实现了进口()和export ()标准的仿制药生物数据格式导入和导出。进口()支持整个文件以及chunk-wise迭代导入。的进口()接口(可选)提供了一个“懒”获得通过的标准机制filter ()(行或元素组件文件的资源),select ()(column-like组件文件的资源)收集()。的进口()界面可选提供透明的远程访问(例如通过https)以及本地访问。bob电竞体育官网开发人员可以注册一个文件扩展名,如.loom从基于字符的uri到特定的调度进口()/export ()方法基于类表示文件类型,例如,LoomFile ()。

• biocthis这个包扩展usethis包的目的帮助自动化的过程创建R包Bioconductor或Bioconductor-friendly。

• 咆哮包装一个容易扩展S4框架中常用的聚类算法。后端实现分层,k - means和图论聚类。几个实用程序还提供了比较和评价聚类结果。

• BrainSABER艾伦脑科学研究所提供了一种RNA序列(RNA-Seq)数据资源为研究人类大脑发育的转录机制称为BrainSpan。BrainSABER R是一个包,促进了用户数据的比较中发现的各种发展阶段和大脑结构生成动态相似性的热图BrainSpan阿特拉斯的两个数据集。它还提供了一个自我用户数据的容器。

• CellaRepertorium集群和高通量分析方法单一细胞免疫细胞体验,特别是从10倍基因组学VDJ解决方案。包含一个R接口CD-HIT(李和Godzik 2006)。可视化和分析成对重链数据的方法。测试具体的扩张,以及综合oligoclonality下超几何模型。

• cfDNAProcfDNA片段大小度量是重要的功能在肿瘤早期检测,利用液体活检诊断、治疗personlization和监控。分析和可视化插入大小指标可能费时。这个包打算简化这个探索过程,它提供了两套数据描述和数据可视化的功能。

• ChromSCapeChromSCape -为单个细胞染色质景观分析是一个准备好发射的用户友好的闪亮的应用分析单细胞表观基因组学数据集(scChIP-seq、scATAC-seq scCUT&Tag,…)从对齐数据差异分析与基因集富集分析。是高度互动,使用户能够挽救他们的分析和涵盖范围广泛的分析步骤:QC,预处理,过滤,批处理校正,降维,vizualisation、集群、微分分析和基因分析。

• 科拉尔对应分析(CA)是一个矩阵分解方法,和类似于主成分分析(PCA)。PCA是专为应用程序的连续,而近似正态分布数据,基于CA适合非负,点数据规模相同的添加剂。降维的控制方案实现了CA单细胞数据的一个矩阵,以及CA的多表适应利用数据优化扩展使来自不同的测序平台的数据投影到一个共享潜在空间。畜栏利用稀疏矩阵和快速计算的实现,并可以直接叫Bioconductor对象(例如,SingleCellExperiment),便于管道集成。包还包括选择应用CA-style处理连续数据(例如,蛋白质组TOF强度)车辆疾驰距离改编的CA。

• customCMPdb这个包作为重要的社区小分子的集合的查询接口,同时还允许用户包括定制化合物集合。

• CytoTree一个轨迹推理工具包质量流和血细胞计数数据。CytoTree是一个有价值的工具来构建一个使用质量流和血细胞计数数据树状轨迹。CytoTree的应用范围从聚类和降维轨迹重建和拟时间估计。它提供了完整的质量分析工作流程流和血细胞计数数据。

• dasperdasper的目的是检测从RNA-seq异常剪接事件数据。dasper将使用作为输入结和覆盖率数据RNA-seq计算每个拼接的偏差事件的病人从一组用户定义的控制。dasper使用的无监督异常检测算法的分数每个剪接事件患者的局外人分数代表剪接事件看起来异常的程度。

• DegNorm这个包执行退化正常化散装RNA-seq数据以改进微分表达式分析精度。

• densvis实现了density-preserving修改t-SNE和UMAP被Narayan et al . (2020) < doi: 10.1101 / 2020.05.12.077776 >。非线性降维技术t-SNE UMAP使用户能够概括复杂的高维测序数据,如单细胞RNAseq使用低维表示。这些低维表示支持离散转录状态的可视化,以及连续轨迹(例如,在早期发展)。然而,这些方法关注当地社区的数据结构。在某些情况下,这导致误导性的数据可视化,细胞密度低维嵌入并不代表转录异质性的原始高维空间中的数据。den-SNE和densMAP旨在使更精确的目视判读的高维数据集产生低维嵌入,准确反映原高维空间的异质性,使同类和异类细胞状态的识别。这精度通过优化过程中包括一个术语认为当地原始高维空间点的密度。这可以帮助创建可视化,更代表原始高维空间的异质性。

• 逃避桥接R包促进基因集富集分析(GSEA)的上下文中单细胞RNA序列。使用原始统计信息,修拉的对象,或SingleCellExperiment格式,用户可以执行和可视化GSEA单个细胞。

• ExperimentSubset实验对象如SummarizedExperiment或SingleCellExperiment为一个或多个矩阵像化验数据容器及其相关的行和列的数据。通常只有一个子集的原始数据需要加分析。例如,过滤质量差样品前需要排除一些列分析。ExperimentSubset对象是一个容器来有效地管理不同子集的相同的数据,而不必为每个新子集使单独的对象。

• famatFamat是收集数据列表用户提供的基因和代谢产物,并通过可视化的应用。收集的信息是:——路径包含用户的一些基因和代谢产物(获得使用通路富集分析)。——用户之间的直接交互的元素内部通路。——信息元素(它们的标识符和描述)。——去执行条款浓缩分析用户的基因。闪亮的应用程序组成:基因信息,代谢物,在通路之间的直接交互。从列表中——一个热图显示哪些元素在通路(通路被结构化的层次结构)。——丰富的层次结构方面使用分子功能和生物过程。

• FilterFFPE这个包发现和过滤器人工嵌合读取特别是下一代测序(上天)过程中产生的formalin-fixed石蜡包埋组织(FFPE)。这些人造嵌合读取会导致大量的假阳性结构变化(SV)调用。所需输入的一个索引文件的BAM FFPE样本。

• flowCut堵塞等常见技术并发症会导致虚假的事件和荧光强度变化,flowCut旨在检测和去除技术构件通过删除从你的数据从其他段段显示统计差异。

• 核磁共振提供了参数估计以及变量选择在有限的混合加速失效时间回归和有限的混合回归模型。此外,这个包提供了岭回归和弹性。

• FScanR“FScanR”标识程序从BLASTX核糖体移码(脉冲)事件相同器官之间的序列比对目标基因互补/信使rna序列肽库的同种或近亲属。输出由BLASTX或钻石BLASTX将被用作输入的“FScanR”,应该在14列的表格格式。BLASTX,输出参数应该是:-outfmt”6 qseqid sseqid pident长度不匹配gapopen qstart qend sstart发送安勤科技bitscore qframe sframe”。对于钻石BLASTX,输出参数应该是:-outfmt 6 qseqid sseqid pident长度不匹配gapopen qstart qend sstart发送安勤科技bitscore qframe qframe。

• GCSFilesystem安装谷歌云桶到本地目录中。桶中的文件可以查看和阅读,好像他们是本地存储。使用包,您需要安装在Windows或Linux上gcsfuse GCSDokan和MacOs。

• getDEE2数字表达探险家2(简称DEE2)的存储库处理RNA-seq数据项的形式。它就是这样设计的,研究人员可以进行分析和快速轻松地RNA-seq发表研究的荟萃分析。截至2020年4月,超过100万SRA数据集处理。这个包提供了一个R接口来访问这些表达数据。可以找到更多信息DEE2项目在项目主页(http://dee2.io)和主要出版(https://doi.org/10.1093/gigascience/giz022)。

• ggtreeExtraggtreeExtra扩展映射方法和可视化相关数据在种系发生树使用“ggtree”。这些相关的数据可以被映射到循环布局,风扇布局,或其他布局树由“ggtree”与“ggplot2”的语法。

• GSEAmining基因集富集分析是一个非常强大的和有趣的计算方法,它允许一个简单的相关性差异表达基因和生物过程。不幸的是,尽管它是为了帮助研究人员解释它可以产生大量的基因表达数据结果很难解释的生物意义。许多可用的工具依赖于分层次结构基因本体论(去)减少reundandcy分类结果。然而,由于GSEA更多的基因集合,集合的流行,如分子特征数据库中出现。因为这些集合不是组织的,他们使用GSEA并不总是给一个直截了当的回答,或者换句话说,所有的meaninful信息可以挑战与当前可用的工具。由于这些原因,GSEAmining出生是一个简单的工具来创建可再生的报告来帮助研究人员GSEA输出的生物学意义。给出的结果GSEA GSEAmining集群不同的基因集集合的基础上存在相同的基因leadind边缘(核心)的子集。前缘那些基因子集最有助于浓缩得分的每个基因或基因集的集合。出于这个原因,基因集参与类似的生物过程应该分享共同的基因,进而聚集在一起。之后,GSEAmining能够识别并代表每个集群:——最丰富的条件在基因集的名称(如wordclouds)——最丰富的基因在前缘子集(如酒吧情节)。 In each case, positive and negative enrichments are shown in different colors so it is easy to distinguish biological processes or genes that may be of interest in that particular study.

• GSgalgoR一个疾病子型多目标优化算法的发现基于non-dominated排序遗传算法。Galgo的框架结合了聚类算法的优点异质分组的组学数据和特征选择的遗传算法的搜索性能。的算法寻找最优簇数确定考虑到功能最大化生存亚型之间的区别,同时保持集群一致性高。

• GWAS.BAYES这个包是建立执行GWAS分析自交的物种。相关的研究这个包的部分支持由国家科学基金会奖1853549。

• GWENA高通量测序技术的发展导致增加使用co-expression分析去超越单一特征(即基因)的焦点。我们建议GWENA(基因整个co-Expression网络分析),设计一个工具来执行基因co-Expression网络分析和探索结果在一个单一的管道。它包括功能性浓缩的模块中的基因,phenotypcal协会、拓扑分析和比较两种情况下的网络配置。

• HCAMatrixBrowserHCAMatrixBrowser查询HCA矩阵端点下载数据并返回一个标准Bioconductor对象表达式。它使用LoomExperiment包为矩阵的数据作为HDF5织机格式下载。

• 爬虫许多数据分析工具在R,但存在于像conda公共存储库。爬虫包提供了一组全面的功能与conda包管理公司系统交互。与爬虫用户可以安装、管理和运行conda包在自己舒适的R会话。爬虫还提供了一个特别的方法来处理外部系统要求R包。人发展与python包conda依赖我们建议使用蛇怪(//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/basilisk.html)在内部支持这些系统要求pre-hoc。

• HPAStainR这个包是围绕HPAStainR函数构建的。HPAStainR功能是查询的目的视觉染色人类蛋白质图谱返回一个表中的数据排名染色细胞类型。函数也有多个辩论结局到个性化输出包括癌症数据,csv可读名称,修改结果和更高的信心水平。其他功能存在exlcusively轻松获得HPAStainR运行所需的数据。

• 蜂鸟一个包检测微分甲基化。它利用一个贝叶斯隐马尔科夫模型,其中包括位置依赖基因组位点,与大多数现有的方法假定观测之间的独立性。应用贝叶斯先验允许整个染色体信息共享来提高检测的力量。软件包是最好的的直接输出序列的甲基化状态,消除主观的使用,和大部分时间任意假定值的阈值确定的意义。最后,我们的方法不需要复制在两个或两个比较组。

• idpr“idpr”旨在集成工具的计算分析内在无序蛋白质(idp) r .这个包是用来识别已知特征的国内流离失所者感兴趣的序列与轻松地报道和动态结果。此外,这个包包含工具IDP-based序列分析与其他R包一起使用。

• ILoRegILoReg工具从scRNA-seq数据识别的细胞群。特别是ILoReg寻找有用细胞群与微妙的转录组的差异。该方法利用self-supervised学习方法,称为Iteratitive集群投影(ICP),找到集群概率,用于降噪前PCA和随后的层次聚类和t-SNE步骤。此外,函数微分表达式分析找到种群的基因标记和基因表达可视化。

• infinityFlow管道分析和合并数据文件由BioLegend LEGENDScreen或BD人类细胞表面标记筛选面板(BD Lyoplates)。

• Informeasure这个包编译大多数措施目前可用的信息:互信息,条件互信息、交互信息,部分信息分解和互信息的一部分。利用基因表达谱数据,所有这些估计可以用来量化非线性变量之间的依赖生物调控网络推理。第一个估计量是用来推断二元网络虽然过去四估计是致力于分析小网络。

• ISAnalytics在基因疗法,干细胞是修改使用病毒载体将治疗转基因和替换功能性质由于基因改造是稳定和在所有细胞的后代继承。的检索和映射序列在宿主的DNA侧面连接允许插入站点的标识(是),对于监测转基因细胞体内的进化。全面分析工具包是需要培养克隆trackign研究和支持安全性和长期疗效的评估体内。这个包的目的是(1)支持是工作流的自动化,(2)执行基地,推进分析跟踪(克隆,克隆扩张和插入突变的统计数据,等等),(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

• lefserlefser R的一个实现流行“LDA效应大小(LEfSe)”方法,微生物生物标志物的发现。它使用克鲁斯卡尔-沃利斯检验,Wilcoxon-Rank和测试,和线性判别分析,找到组织和群体的生物标志物。

• 马尔马尔(最高排名再现性)是一种非参数方法,检测到的信号使用高维生物数据的最大秩统计。在这个R包,我们每样例实现措施的再现性的函数特性对每特征和样本对高维生物复制实验。用户友好的情节功能也在这个包中每个样本对情节再现性的直方图特征和样本对每个特性。此外,我们的方法还允许用户选择最优滤波阈值识别的可再生的特性和基于输出样本对可视化检查(柱状图)。

• megadepth这个包提供了一个R接口由克里斯托弗·威尔克斯Megadepth可用(https://github.com/ChristopherWilks/megadepth)。是特别有用的计算一组基因的覆盖地区要人或BAM文件。与这个包,您可以构建碱基对覆盖矩阵对地区或注释从大佬您所选择的文件。Megadepth被用来创建提供的原始文件//www.anjoumacpherson.com/packages/recount3。

• MesKitMesKit提供常用的分析和可视化模块基于突变由多区生成的数据序列(夫人)。这个包可以破译i,推断转移路线以及揭示底层突变的过程。闪亮的应用程序也需要开发的基于gui的分析。作为一个方便的工具,MesKit可以促进癌细胞的理解进化及其与癌症治疗的相关性。

• metabCombiner这个包将LC-HRMS代谢组学数据集从生理上获得类似的标本分析相似,但不一定相同,条件。两个peak-picked和一致的代谢组学特性表(包括m / z、rt和样品丰富测量,加上可选标识符和注释加合物)被接受作为输入。包输出特性对校准表相结合,组织成m / z组相似,相似度得分和排名。输入表认为是获得使用类似(但不一定相同)分析方法。

• metabolomicsWorkbenchR这个包提供了功能与代谢组学工作台RESTful API。研究、化合物、蛋白质和基因信息可以使用API搜索。方法获取研究数据等公共Bioconductor格式SummarizedExperiment和MultiAssayExperiment也包括在内。

• MethRegEpigenome-wide协会研究(ewa)检测大量的DNA甲基化差异,往往差异甲基化区域和成千上万的论文认定,与疾病密切相关,许多位于非编码区域。因此,有一个关键需要更好地了解这些CpG甲基化的功能的影响,进一步优化重大改变。MethReg R包综合建模的DNA甲基化,目标基因表达和转录因子结合位点数据,系统地识别和排序功能CpG甲基化。MethReg评估,重视监管潜力高和注释CpG网站的使用与甲基化和基因表达数据,以及外部TF-target交互数据库基于手工管理,ChIP-seq实验或基因调控网络分析。

• microbiomeExplorerMicrobiomeExplorer R包旨在促进调查标志基因功能的分析和可视化数据。它允许用户执行和可视化典型微生物分析工作流通过命令行或交互式的应用程序包含在包中。除了应用共同分析工作流应用程序支持自动分析报告生成。

• MOFA2MOFA2包包含一组工具运行和分析遐差模型。

• MOGAMUNMOGAMUN是一个多目标遗传算法,确定活动模块在多元生物网络。这允许分析不同生物网络在同一时间。MOGAMUN基于NSGA-II (Non-Dominated排序遗传算法,版本2),我们适应工作网络。

• MouseFM这个包提供了一些方法在纯系小鼠遗传finemapping利用他们的纯合性率很高(> 95%)。

• MSEADbi界面构建注释包MSEA (MSEA.XXX.pb.db)。程序设计是一样Bioconductor LRBaseDbi或MeSHDbi pacakge,和使用这些包也是一样。

• msImputeMsImpute是归责的包肽强度的蛋白质组学实验。它还包含工具3月/ MNAR扭曲的诊断和评估的概率分布数据归责。目前,msImpute完成缺失值由底层数据矩阵的低秩近似。

• MSPrep包执行总结复制、过滤频率,几种不同的选项,将缺失的数据,和转换的多种选择,批量纠正和规范数据。

• MSstatsConvertMSstatsConvert提供了工具导入质谱数据处理工具到R的报告格式适用于统计分析使用MSstats和MSstatsTMT包。

• MSstatsPTMMSstatsPTM提供一般统计方法定量描述的转录后修饰(天车)。通常情况下,量化的分析包括天车网站(即。,modified residues) and their corresponding proteins, as well as the integration of the quantification results. MSstatsPTM provides functions for summarization, estimation of PTM site abundance, and detection of changes in PTMs across experimental conditions.

• MSstatsTMTPTM后转译工具修改(天车)和蛋白质意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组学实验与串联质量标签(TMT)标签。功能后,这个包应该使用天车/蛋白质总结。他们可以用来总结的结果和模型总结了数据集的阴谋。

• MultiBaCMultiBaC策略是正确的批处理影响multiomic数据集分布在不同的实验室或数据采集活动。MultiBaC是第一批效应校正算法处理批处理效应校正multiomics数据集。MultiBaC能够删除批处理效果在不同的组学内产生不同批次提供至少一个共同使数据类型包含在所有的批次。

• multicrispr这个包是设计Crispr / Cas9和'编辑实验。它包含的功能(1)基因组目标定义和变换,(2)找到逆电流器(4)计数offtarget (mis)比赛,和(5)计算Doench2016/2014定位效率。护理被multicrispr很好地扩展到大型目标集,使大型Crispr / Cas9库的设计。

• multiGSEA从途径来自8个不同的数据库中提取特征(KEGG, Reactome、Biocarta等)可用于转录组、蛋白质组学和/或代谢组学水平计算结合GSEA-based浓缩得分。

• musicatk突变的签名是致癌的风险敞口或异常细胞过程,可使改变基因组。我们创建了musicatk(突变特征综合分析工具箱)地址在通用性和易用性缺陷在其他已有的计算工具。尽管许多不同类型的突变数据已经生成,当前软件包没有一个灵活的框架允许用户混合和匹配不同类型的突变突变特征推理过程。Musicatk使用户能够计数和结合多种变异类型,包括SBS, DBS, indels。Musicatk计算链复制,转录链和组合这些特性以及独特和专有的基因组功能的发现与任何突变类型有关。Musicatk还实现了几种方法对新发现的签名以及方法来推断暴露给一组现有的签名。Musicatk提供可视化和下游探索性分析功能包括能够比较组之间的签名和在宇宙V2或宇宙V3找到匹配的签名。

• NanoMethVizNanoMethViz是想象的工具包甲基化数据从牛津纳米孔测序。它可以用来探索甲基化模式读取来自牛津纳米孔直接与甲基化DNA测序由调用者调用包括nanopolish f5c megalodon。甲基化的情节在这个包中允许可视化配置文件聚合实验组织和跨类的基因特性。

• ncRNAtoolsncRNAtools提供了一组基本的工具来处理和分析非编码rna。这些包括工具访问RNAcentral数据库和预测和可视化的非编码rna二级结构。包还提供了工具来读、写和互换等代表的文件格式最常用的二级结构。

• nearBynding提供一个管道来辨别RNA结构和近端内蛋白质绑定的站点区域的转录组由用户定义。剪辑此种数据可以输入BAM对齐或peak-called bedGraph文件。RNA结构可以预测序列或内部用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构绑定配置文件可以跨多个格式可视化和定量比较。

• Nebulosa这个包提供了一个增强的单细胞的可视化数据基于gene-weighted密度估计。Nebulosa复苏信号从退出功能,允许检查联合来自多个特性(如基因)的表达。在Nebulosa修和SingleCellExperiment对象可以使用。

• NewWave降维的模型设计和批处理效果为scRNA-seq数据删除。它被设计成大规模的并行使用共享对象,防止内存复制,它可以用于不同的mini-batch方法以减少时间消耗。它假定的负二项分布数据与色散参数可以genewise commonwise跨基因。

• OmixerOmixer - R包多元和可再生的随机化lab-friendly示例布局。Omixer与证据确凿的方法确保各批次的最优样本分布,并能输出直观的示例表湿实验室。

• 莲花使用多个因子分析计算个性化pathway-centric成绩偏差对基于multi-omic人口抽样化验(如RNA-seq,拷贝数改变,甲基化,等等)。提供图形和数值输出来确定一个特定的高度异常的个人感兴趣的途径,以及异常的基因和组学司机multi-omic概要文件。

• 网页排名实现时间PageRank分析Rozenshtein和Gionis所定义的。实现多路复用PageRank Halu等。应用所定义的时间和多路复用PageRank在基因调控网络分析。

• PeacoQC这是一个包,包括预处理和质量控制功能,可以消除边缘事件,补偿和转换数据,将使用PeacoQCSignalStability质量控制。最后一个函数将首先检测峰值flowframe每个通道的。它将删除异常基于IsolationTree函数和疯狂的孤立点检测方法。这个包可以用于质量流和血细胞计数数据。

• periodicDNA这个R包可以帮助用户识别k-mers定期(如di -或tri-nucleotides)存在的一组基因位点(通常监管元素)。这个包的功能提供了一个简单的方法来找到k-mers在DNA序列的周期性出现,如监管元素。这不是针对识别图案由一个守恒的距离分开;对于这种类型的分析,请访问MEME的网站。

• PhosRPhosR是一揽子comprenhensive phosphoproteomic数据的分析。PhosR有两个主要组件:下游处理和分析。PhosR由phosphoproteomics数据的各种处理工具包括滤波、归责,正常化和功能分析推断活跃激酶和信号通路。

• pipeComp一个简单的框架,促进管道涉及各个步骤和参数的比较。的pipelineDefinition类代表管道,最低限度,一组函数连续执行前一个的输出,并可选地伴随着步进式评价和聚合函数。鉴于这样的一个对象,一组替代参数/方法,和基准数据集runPipeline函数然后通过所有的组合参数,避免验算两次相同的步骤和编译动态评估,以避免存储中间数据可能很大。

• POMAPOMA引入了一个结构化的、可再生的和易于使用的可视化工作流,预处理、探索性和质谱数据的统计分析。POMA的主要目的是使一个灵活的数据清洗和统计分析过程在一个可理解的和用户友好的R包。这个包还有一个闪亮的应用程序版本,实现所有POMA功能。见https://github.com/pcastellanoescuder/POMAShiny。

• preciseTADpreciseTAD提供函数来预测边界的位置相关联的拓扑域(TADs)和染色质循环基本级别的分辨率。作为输入,需要BED-formatted基因组坐标域边界检测的低分辨率高c数据,和高分辨率的基因组注释的坐标编码或其他财团。preciseTAD雇佣了几个特性工程策略和重采样技术解决类不平衡,和火车一个优化的随机森林模型预测低分辨率域边界。翻译在基准面,preciseTAD预测每个基地的概率是一个边界。Density-based集群和可伸缩的分区技术用于检测精确边界地区和峰会点。较低分辨率的边界,preciseTAD边界是CTCF的高纯度,RAD21, SMC3, ZNF143信号和守恒的细胞系。pre-trained模型可以准确预测边界在另一个细胞系使用CTCF RAD21 SMC3, ZNF143注释数据细胞系。

• 高伦雅芙大多数人类基因有多个启动子控制不同亚型的表达。这些替代促进剂的使用使同种型表达式pre-transcriptionally的规定。替代促进剂被发现是重要的在一个广泛的细胞类型和疾病。高伦雅芙是R包,使从RNA-seq数据分析启动子。高伦雅芙使用对齐读取作为输入,并生成计数和规范化推广活动估计为每个注释的启动子。特别是,高伦雅芙接受从TopHat2结文件或明星或BAM文件作为输入。这些估计可以用于识别启动子是活跃的,发起人是不活跃的,发起人在条件改变他们的活动。

• QFeaturesQFeatures基础设施使管理和处理高通量的定量特征质谱分析。它提供了一个熟悉的Bioconductor用户体验管理定量数据在不同试验水平(如肽谱匹配、肽和蛋白质)在一个连贯的和容易处理的格式。

• RadioGx计算工具箱radio-genomic分析集radio-response数据,radio-biological造型和全面的细胞系注释数百癌症细胞系。RadioSet的类可以创建和操纵的标准化数据集包括癌细胞行信息,radio-response化验和剂量反应指标。包括允许拟合方法和策划使用radio-biological模型建立以及质量控制剂量反应数据来验证结果。额外的相关函数拟合和策划剂量反应曲线,定量统计相关性和计算曲线下的面积(AUC)或生存分数(SF)包括在内。更多细节请参阅文档,包括引用,以及:Manem, v . et al (2018) < doi: 10.1101/449793 >。

• 锐步提供公用事业Bioconductor重用内容跨章节的书。这主要是基于功能开发,编写OSCA书,但广义潜在的使用在其他大型书籍重计算。还包含了一些功能部署协助书。

• recount3探索和下载的数据重新计票的项目可以在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount3/。使用recount3包你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平,原始计数,表现型元数据使用,样例报道有重大影响的文件的url。RangedSummarizedExperiment对象可以使用不同的包进行差异表达分析。使用数据从recount3项目可以执行annotation-agnostic微分表达式分析所述http://doi.org/TODO。

• recountmethylationDNA甲基化数组的访问cross-study编译数据库。数据库文件可以下载和使用提供访问功能。后台数据库文件类型(HDF5和HDF5-SummarizedExperiment), SummarizedExperiment类、数据处理和例子,验证和分析,可以发现在包小插曲。bob彩票平台注意包负载的免责声明,和咨询的主要手稿进一步信息。

• RegEnrich这个包是一个管道来识别关键基因生物过程的监管机构,例如在细胞分化和细胞刺激后发展。在这个管道有四个主要步骤:(1)微分表达式分析;(2)regulator-target网络推理;(3)富集分析;和(4)监管机构得分和排名。

• ResidualMatrix提供延迟计算矩阵拟合后的残差的线性模型的输入矩阵的每一列。还支持部分计算残差的选择因素将被保存在输出矩阵。实现了许多有效的方法操作延迟的残差矩阵,最明显的是矩阵乘法和计算的行/列金额或手段。

• RfastpRfastp fastp的R包装在c++开发的。fastp fastq文件执行质量控制。包括低质量基地修剪,polyX修剪,适配器自动侦测和修剪,paired-end读取合并,UMI序列/ id处理。Rfastp可以连接多个文件到一个文件中(如shell命令cat)和接受多个文件作为输入。

• RIPATRIPAT开发作为逆转录病毒整合位点的R包注释和分布分析。RIPAT需要局部比对结果爆炸和咩咩的叫声。特定的输入格式是RIPAT手册中描述。RIPAT提供房车集成模式分析结果形式的R对象,excel文件与多个表和阴谋。

• rnaEditrRNAeditr分析特定站点RNA编辑事件以及hyper-editing地区。可以测试二进制编辑频率,连续或生存的结果。多个协变量的变量以及交互作用也可以纳入统计模型。

• RnaSeqSampleSizeRnaSeqSampleSize包提供了一个基于负二项模型样本容量的计算方法和准确的测试评估微分表达式RNA-seq数据的分析。它控制罗斯福为多个测试和利用读计数和平均色散分布从实际数据估计更可靠的样本大小。还配备了一些独特的功能,包括评估感兴趣的基因或途径,功率曲线的可视化和参数优化。

• rsem编程接口语义MEDLINE数据库。它提供函数搜索数据库概念和概念之间寻找路径。路径搜索也可以根据用户的具体要求,比如限制概念类型和概念之间的联系的类型。它还提供了总结和可视化这些路径的功能。

• RtpcaR包执行热接近co-aggregation分析热蛋白质组分析数据集分析蛋白质复合体组装并在条件(微分)蛋白质-蛋白质之间的关系。

• sangeranalyseR这个包是建立在sangerseqR允许用户创建叠连群Sanger测序读的集合。它提供了一个广泛的选择为一些常见的行为包括阅读修剪,检测二次峰值,并使用一个参考序列检测indels。所有的参数都可以交互地调整在R或相关的应用程序。有广泛的在线文档,包可以输出详细的HTML报告,包括色谱。

• SCATESCATE是一种软件工具,提取和提高稀疏和离散单细胞ATAC-seq信号。单细胞测序鉴定为transposase-accessible染色质(scATAC-seq)是最先进的技术在单个细胞分析全基因组监管景观。单细胞ATAC-seq数据稀疏和噪声,分析这些数据是具有挑战性的。现有计算方法不能准确地重建活动的个人基因元素(不尽在单个细胞或罕见的细胞亚群。从co-activated SCATE开发自适应集成信息,类似细胞,公开regulome数据和大幅增加个人不尽的精度估算活动。我们证明SCATE可以用来更好的重建异类样本的监管环境。

• scCB2scCB2 R包实施区分真正的细胞和CB2空水滴droplet-based单细胞RNA-seq实验(特别是10 x铬)。它是基于聚类相似的条形码和蒙特卡罗计算假定值为每个集群测试背景分布。这个集群级别测试优于single-barcode-level测试在处理低计数条形码和齐次测序库,同时保持罗斯福好控制。

• scDataviz在单个细胞的世界里,包括流式细胞仪、血细胞计数,单细胞RNA-seq (scRNA-seq),和其他人来说,需要提高数据可视化和非技术背景的研究人员甚至分析功能。scDataviz试图融入这个空间,同时满足高级用户。另外,由于scDataviz的方式设计,基于SingleCellExperiment,它有一个“即插即用”的感觉,并立即本身flexibile和超越scDataviz相容性研究。最后,通过ggplot scDataviz生成的图形引擎,这意味着用户可以轻松“添加”功能,这些。

• 短链脂肪酸子类型化通过共识因子分析(SCFA)可以有效地去除噪声信号分子模式multi-omics数据一致。SCFA首先使用一个autoencoder只选择重要的特性,然后反复进行因子分析来表示数据和不同数量的因素。使用这些表示,它能够可靠地识别癌症亚型和准确地预测风险评分的患者。

• scp效用函数用于操作、处理和分析质量spectrometry-based单细胞蛋白质组学(SCP)的数据。这个包是一个扩展QFeatures包为SCP应用程序而设计的。

• scRepertoirescRepertoire建成过程数据来自10 x基因免疫分析铬的t细胞受体(TCR)和免疫球蛋白(Ig)浓缩工作流和随后与流行的修和交互SingleCellExperiment R包。

• 天窗提供基本的效用函数进行单细胞分析,关注简单的标准化、质量控制和数据转换。还提供了一些辅助功能,协助其他包的发展。

• SeqGate过滤低表达的特性(如基因)是一种常见的步骤在执行统计分析之前,但通常任意阈值选择。SeqGate合理化这一步骤的实现方法分析用于计数的复制样品。门上面的阈值,排序功能可以被认为是自信地量化。

• simplifyEnrichment削减(二进制)新方法,提出了有效的集群方面进入组语义相似度矩阵。走在每个集群可视化方面的总结词云。

• 一口提供了一个R包装实施FI-tSNE openTNSE从python包。看到Poličar et al。(2019) < doi: 10.1101/731877 >和描述的算法出演Linderman et al . (2018) < doi: 10.1038 / s41592 - 018 - 0308 - 4 >。

• SpatialDecon使用空间或大量的基因表达数据,估计大量的混合细胞类型在每一个观察。基于“混合单元反褶积的进步使量化在细胞类型的基因表达数据”,Danaher (2020)。设计用于与NanoString GeoMx平台,但适用于任何基因表达数据。

• SpatialExperiment定义了空间实验S4类来存储数据。主要的例子是报道利用seqFISH和10 x-visium空间基因表达数据。这包括专业的方法存储、检索空间坐标,10 x专用参数及其处理。

• spatialHeatmapspatialHeatmap包提供了可视化的功能细胞,组织,瀑特异性着色的生物化验的数据对应的空间特性中定义关键解剖图像数字显示颜色。

• 光谱光谱包定义了一个有效的基础设施来存储和处理质谱光谱和功能子集,过程,可视化和比较光谱数据。它提供了不同的实现(后端)来存储质谱数据。这些包括后端调整了快速数据访问和处理和后端到非常大的数据集确保一个小内存占用。

• SPsimSeqSPsimSeq使用专门设计的指数对密度估计家庭结构的分布从一个给定的基因表达水平真正的RNA序列数据(单细胞或散装),随后模拟一个新的数据集使用Gaussian-copulas保留从边际分布估计基因之间的依赖。它允许模拟多个组和批次所需的样本量大小和图书馆。

• systemPipeShinysystemPipeShiny (SPS)扩展了广泛使用systemPipeR (SPR)工作流环境通用图形用户界面提供了一个闪亮的应用。这允许模拟用户,如实验,许多systemPipeR的工作流设计、运行控制、和可视化功能交互,而无需了解R .最重要的是,SPS被设计为一个通用的框架与其他R包在一个直观的方式进行交互。最喜欢的应用程序,SPS可以使用本地电脑上以及集中式服务器的部署,可以远程访问web服务作为公共使用SPR与社区和/或私人数据的功能。框架可以从R /集成很多核心包Bioconductor生态系统。SPS的例子目前的功能包括:(a)创建交互式实验设计和元数据使用一个容易使用的表格编辑器或文件上传;(b)的可视化工作流拓扑结合R减价预览交互式地设计工作流的自动生成;(d)获得各种数据处理例程;(e)和一组可扩展的可视化功能。复杂的视觉结果可以管理一个画布工作台允许用户组织和比较情节在一个高效的方式结合会话快照功能继续工作在稍后的时间。目前套预配置可视化例子。SPR的模块化设计便于设计定制函数没有任何闪亮的知识,以及扩展环境与社区的贡献在未来。

• TADCompareTADCompare R包旨在识别和描述微分拓扑关联域(TADs)多个高c之间联系矩阵。它包含函数寻找两个数据集之间的微分TADs,找到微分TADs随着时间的推移和识别共识TADs跨多个矩阵。需要所有的主要类型的嗝输入并返回简单、全面、易于分析的结果。

• tidySingleCellExperimenttidySingleCellExperiment是一个抽象的适配器的SingleCellExperiment容器形式的宠物猫,并允许数据操纵,策划和嵌套使用“tidyverse”

• tidySummarizedExperimenttidySummarizedExperiment是一个抽象的适配器的SingleCellExperiment容器形式的宠物猫,并允许数据操纵,策划和嵌套使用“tidyverse”

• TileDBArray实现了一个DelayedArray端读写稠密或稀疏阵列的TileDB格式。结果TileDBArrays兼容所有可以接受DelayedArray Bioconductor管道实例。

• TimiRGeNTimiRGeN(时间合并miR-mRNA代网络)是一种新型R包的功能分析和整合时间进程miRNA-mRNA微分表达数据。这个工具可以生成小型网络内R或导出结果cytoscape或pathvisio更详细的网络建设和假说的一代。这个工具为研究者希望创建深入阅读时间序列multi-omic数据集。TimiRGeN进一步比许多其他工具的数据减少。这里,可能成千上万的潜在miRNA-mRNA交互可以减少为少数高信心miRNA-mRNA交互影响的信号通路,在时间进程。

• 但在这个包提供了很多简单易用的方法来分析和可视化tomo-seq数据。tomo-seq技术是基于cryosectioning组织和执行RNA-seq连续部分。(参考:克鲁斯F,破车JP,范Oudenaarden,赞美上帝j . Tomo-seq:一个方法来获得全基因组表达数据和空间分辨率。方法细胞杂志。2016;135:299 - 307。doi: 10.1016 / bs.mcb.2016.01.006)包的主要目的是找到区与相似的转录概况和空间表达基因tomo-seq样本。几个visulization函数可用来创建易于修改的情节。

• ToxicoGx包含一组函数执行大规模toxicogenomic数据的分析,提供一个标准化的数据结构来保存信息相关注释,toxicogenomic数据的可视化和统计分析。

• transomics2cytoscapetransomics2cytoscape为3 d transomics可视化生成一个文件通过提供输入指定多个KEGG通道层的IDs,相应的z轴的高度,和一个输入代表通路之间的边缘层。边缘,例如,描述之间的关系激酶途径和酶的另一个途径。这个包自动创建一个transomics网络如图Yugi.2014 (https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)使用Cytoscape自动化(https://doi.org/10.1186/s13059 - 019 - 1758 - 4)。

• UMI4CatsUMI-4C是一种技术,允许3 d染色质交互的描述感兴趣的诱饵,利用声波降解法一步生产独特的分子标识符(umi)有助于消除重复偏差,从而允许一个更好的微分学染色质之间的交互情况。这个包允许UMI-4C处理数据,从FastQ文件排序提供的设施。它提供了两种统计方法检测微分接触和包括一个可视化功能从UMI-4C情节综合信息分析。

• uncoverappLib一个闪亮的应用程序包含一套图形和统计工具来支持低覆盖地区的临床评估。它显示三个web页面提供一个不同的分析模块:房颤覆盖分析,计算等位基因频率的应用和二项分布。

• 伶盗龙这个包提供了RNA Bioconductor-friendly包装速度计算单细胞RNA-seq数据。我们使用的是蛇怪包管理Conda环境,和zellkonverter包SingleCellExperiment之间转换数据结构(R)和AnnData (Python)。速度的方法产生的信息存储在SingleCellExperiment类的各种组件。

• 左页突变,迅速积聚在病毒基因组大流行期间可以用来追踪病毒的进化,因此,解开病毒感染网络。到这种地步时,病毒测序样品可以用来估计模型从基因流行病学和服务,例如,估计未被发现的感染者的比例揭开神秘的传输,以及预测可能趋势的感染,住院,死亡,恢复的人。封底是一个算法框架,过程变异病毒样本的资料产生病毒进化的系统模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化对数似函数。左页包括两个独立的和后续步骤;在这个包中我们提供了一个R封底步骤1的实现。

• VplotR从DNA核酸酶消化和保护的模式如DNAse我,微球菌的核酸酶,和Tn5转座酶可以用来推断的位置相关的蛋白质。这个包包含有用paired-end测序片段密度函数分析模式。VplotR促进代V-plots和足迹档案在单一或聚合感兴趣的基因位点。

• 个字这是一个闪亮的应用程序创建板计划。它使用一个backtracking-inspired算法基于特定的社区将样品放在盘子的约束。

• zellkonverter提供的方法在Python AnnData对象和SingleCellExperiment对象之间进行转换。这些是主要用于下游Bioconductor包包装使用Python单细胞数据分析的方法。它还包括函数来读取和写入H5AD文件用于AnnData对象保存到磁盘。

新数据实验包

有9新数据实验包Bioconductor的这个版本。

• celldex为引用的集合表达数据集提供策划细胞类型标签,用于过程自动化注释的单细胞数据或散装RNA-seq反褶积。

• clustifyrdatahub引用由外部单细胞信使rna序列数据集,存储为平均基因表达矩阵。使用clustifyr//www.anjoumacpherson.com/packages/clustifyr分配细胞类型的身份。

• DropletTestFiles生成各种文件从droplet-based单细胞协议,用于在DropletUtils测试功能。主要用于存储文件,直接处理管道的10倍基因组学”CellRanger软件,形成之前SingleCellExperiment对象。不像其他的包,这不是旨在提供对象立即准备分析。

• FieldEffectCrcRNA-seq数据处理1139年人类原发性结直肠组织样本在三个表型,包括肿瘤、正常adjacent-to-tumor,健康,可作为突触ID syn22237139在synapse.org上。数据被解析成SummarizedExperiment对象可以通过ExperimentHub促进结果的再现性和扩展丹皮尔et al。(PMCID: PMC7386360, PMID: 32764205)。

• MethylSeqData级(即cytosine-level)重要公共bisulfite-seq数据集的集合(例如,WGBS和rrb),作为SummarizedExperiment对象提供样本和基准面的元数据。

• NanoporeRNASeqNanoporeRNASeq包包含长阅读RNA-Seq数据生成使用牛津纳米孔测序。6个样本的数据由两个人类细胞系K562和MCF7 SG-NEx生成的项目。这些细胞系有三个复制,1直接RNA序列数据和2 cDNA序列数据。读取正确对齐,22号染色体(Grch38)和存储为bam文件。原始数据来自SG-NEx项目。

• SCATEDataSCATEData是SCATE ExperimentHub包是一个软件工具,提取和提高稀疏和离散单细胞ATAC-seq信号。

• timecoursedata这个包包含timecourse基因表达数据集的数据。第一个数据集,从鞋匠等,由微阵列的小鼠肺组织样本暴露于不同influenzy株来自14个时间点。另外两个数据集是高粱作物的叶和根样本暴露在预处理和post-flowering干旱胁迫和控制条件,整个植物生命周期采样。

• TMExplorer这个包提供了一个工具来搜索和下载的肿瘤微环境单细胞RNA序列数据和元数据。TMExplorer旨在作为一个单一的入口点为用户想研究肿瘤微环境在单细胞水平。用户可以快速搜索可用的数据集使用的元数据表,然后下载他们感兴趣的进行分析。

新的注释包

有两个新的Bioconductor注释包在这个版本。

• metaboliteIDmapping包提供了一个全面的映射表的九个不同代谢物ID格式和他们共同的名字。在收集数据和合并从四个公开源代码,包括HMDB Comptox仪表板,ChEBI,石墨Bioconductor R包。

• geneplast.data包geneplast。数据提供了一个接口获取输入数据用于分析管道从geneplast包。对象包含物种系统发育树和orthology不同同源的真核生物数据库提供的信息

新的工作流包

1新工作流包Bioconductor的这个版本。

• BP4RNAseq一个自动化管为可再生的RNA-seq分析与研究人员的最小的努力。这个包可以处理大部分RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据。加入你只能提供分类单元的名称和id RNA-seq数据存入国家生物技术信息中心(NCBI)。一杯茶或更长时间后,你会得到合成基因表达数据作为基因计数和记录数根据alignment-based和alignment-free工作流。

新的在线书籍

有两个在线书籍Bioconductor的这个版本。虽然OSCA书已经存在了比这更长一段时间释放,这是第一个版本,这本书被托管,。由Bioconductor建筑商和检查。

• OSCA这是网站“编排与Bioconductor单细胞分析”,这本书教用户一些常见的工作流分析单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)。这本书将教你如何利用尖端Bioconductor工具的过程,分析、可视化和探索scRNA-seq数据。此外,它是一个在线的同伴的手稿与Bioconductor“编排单细胞分析”。

• SingleRBook这本书涵盖了单一的使用,自动注释的一种实现方法。如果你想要不同的注释方法的调查——这本书不适合你。如果你想创建手工集群定义——这本书不适合你。(读另一个相反。)如果你想使用的pre-Bioconductor版本包,这本书不适合你。但如果你厌倦了手动标注单细胞数据和你想用你的生活做些更有意义的事情,然后继续读下去。

来自新的和现有的软件包的新闻

a4

1.37.2版本的变化

• 添加进口跑龙套packageDescription

a4Base

1.37.3版本的变化

• 修复规范fct不同名称的帮助页面的链接

  1.37.2版本的变化

• 使用进口而不是取决于+使用roxygen2文档

• 使用Authors@R

• 取代toptable(弃用limma 3.36.0) limma::: .topTableT

  1.37.1版本的变化

• spectralMap:修复win-32传奇

a4Classif

1.37.1版本的变化

• 使用进口而不是取决于+使用roxygen2文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案,例子

a4Core

1.37.1版本的变化

• 使用进口而不是取决于+使用roxygen2文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

a4Preproc

1.37.1版本的变化

• 使用进口而不是取决于+使用roxygen2文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

a4Reporting

1.37.1版本的变化

• 使用进口而不是取决于+使用roxygen2文档

• 使用Authors@R

• 添加装饰图案

ADImpute

版本2.1.0的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

AffiXcan

1.7.1上版本的变化

错误修复

• 零特征向量与零方差或稍后通知NA训练集返回正确的值

aggregateBioVar

版本变化0.99.0 (2020-09-03)

• 提交给Bioconductor

alevinQC

1.5.2版本的变化

• 添加选择分布总结报告,以及一个函数绘制直方图cbTable任意数字列

AlphaBeta

改变版本1.2.3 (2020-06-06)

• 固定的臭虫。

• 兼容新版本的dplyr data.tables

  这次1.2.1版本的变化(2020-04-20)

• 固定的臭虫。

• 提出以下重大变化
  • 使用猿的包树。
  • 添加了一些情节。

• 添加SOMA的功能。

• 策划的估计

AlpsNMR

版本变化2.99.5 (2020-10-14)

• 错误在bp_kfold_VIP_analysis解决
• 几包从依赖进口
• 再出口的一些函数删除
• to_rDolphin_blood代码重组
• 拼写错误从教程

• norm_pqn_diagnostic norm_factor美元用于教程而不是阴谋

  版本变化2.99.4 (2020-09-28)

• 警告plot_interactive功能补充道

• 抑制其他plot_interactive警告功能

  版本变化2.99.3 (2020-09-21)

• 酸式焦磷酸钠调用vapp的改变
• Bioconductor安装说明包括
• MIT许可删除
• LazyData:真正的删除
• 过度的打印语句从小品文
• sessionInfo()添加到年底小品文
• 本月/脚本创建directoy描述本月/ extdata源和创建# TODO falta rellenar el archivo

• 注释掉的代码删除

  版本变化2.99.2 (2020-08-26)

• AlpsNMR。Rproj从git存储库
• 演示数据集,以避免减少包大小> 5 MB

• 修改介绍alpsnmr vignette和一些测试与减少演示数据集

  版本变化2.99.1 (2020-08-25)

• AlpsNMR。Rproj添加到gitignore

• 修改后的示例,以避免创建文件主要包文件夹

  版本变化2.99.0 (2020-08-24)

• 引导和排列方法和相关的一些情节

• 次要的修改为bioconductor submision

  版本变化2.5.9002 (2020-05-25)

• 通过改变BiocCheck

• 添加置换试验和置换试验nmr_data_analysis阴谋

  版本变化2.4.9002 (2020-05-13)

• 通过检查R4变化

  2.3.3.9002版本的变化

• NIHS_specific删除
• 测试覆盖率高达30%
• 更新save_profiling_plots
• 添加教程
• 遥控器安装

• nmr_diagnose弃用。自nmr_diagnose只是用于获得额外的标准化信息,是被替换为nmr_normalize_extra_info少提供了一个令人困惑的名字。

  2.3.3.9001版本的变化

• 添加nmr_identify_regions_cell函数
• 添加文档HMDB_cell
• 小插曲更新
• 新功能应用多层次统计数据

• README文件的更新

  2.3.3版本的变化

• nmr_identify_regions_blood函数的变化
• 添加nmr_identify_regions_urine函数
• 添加文档HMDB_urine
• 添加computes_peak_width_ppmfunction nmr_integrate_peak_positions
• 新get_integration_with_metadata
• 小插曲更新

• 新功能将机器学习应用到proccessed数据集

  2.3.2版本的变化

• 使用assymetric最小二乘的基线消除
• 改变baselineThresh零个
• 小插曲更新包括基线移除
• 在nmr_baseline_threshold Bug修正
• 消除包小插曲(有一个错误需要解bob彩票平台决)
• 新的nmr_identify_regions函数
• 添加文档HMDB_blood

• 新的files_to_rDolphin函数

  2.3.1.9000版本的变化

• 重命名AlpsNMR NIHSnmr寄来的包裹

  2.3.1版本的变化

• 信噪比的变化。从3到4 Th价值pipeline_example.R
• 更新安装说明

• 最后版本形式Sergio (tripwire以来变化不显著)

  tripwire版本的变化

• 提高安装说明在R < 3.5
• nmr_peak_detection_tune_snr功能补充道。

• 小bug修复

  version 2.2.0变化

• 提高安装说明
• 澄清添加元数据描述
• 添加标准化诊断
• 添加一些数据分析的帮手
• 为示例加载,启用parallellization峰值检测和数据分析的帮手
• 不设置-区域值为零,避免偏差异
• 添加元数据从一个整洁的excel函数
• 获取和设置添加nmr_diagnose诊断信息
• 添加nmr_normalize nmr_diagnose支持

• 小bug修复

  版本2.1.0的变化

• 文档的改进

• nmr_dataset_peak_table对象峰值检测的结果

  2.0.0版本的变化

• 太多的变化是列在这里。检查装饰图案的一个总结的所有特性。使用browseVignettes (“NIHSnmr”)。

  1.2.0版本的变化

突发的变化

• 重命名injection_id NMRExperiment。

• nmr_dataset_load现在nmr_dataset_save readRDS saveRDS而不是使用加载和保存。这是正确的方法R序列化一个对象。如果你需要一个脚本转换之前保存的数据集(使用nmr_dataset_save创建)请使用NIHSnmr::: nmr_dataset_load_old_and_save (“your_old_file。RData”、“your_old_file.RDS”)转换文件。抱歉给您带来的不便,但是我们解决这个问题越早越好。

• 样本的过滤器来选择一个子集nmr_dataset对象已经适应dplyr > = 0.7.4。除非你. dot参数用于调用不需要改变什么。这意味着我们现在使用一笔可观的评价语法过滤器。

• nmr_get_metadata总是()返回一个数据帧/宠物猫,即使只有一个列请求。它还总是包括“NMRExperiment”专栏。

• 有两个表的元数据和metadata_ext nmr_dataset对象。metadata_ext表包括所有我们添加nmr_add_metadata而元数据的元数据的内部元数据(采集参数等)。请使用nmr_get_metadata (nmr_dataset)而不是nmr_dataset美元元数据。

其他的变化

• 删除解决方案dplyr问题:https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/2203 (Sergio轮胎式压路机报道和固定问题,dplyr-0.7.0是固定的)

• 力量的标题文件有一个自由格式的定义。标题文件可以包含行像“字段值”或“字段值;”或简单的“价值”。启发式解析标题文件已得到改进。

• 取决于tidyr 0.8.1。tidyr 0.8.0有漏洞,我们报道(和我们还提供了一个解决):https://github.com/tidyverse/tidyr/pull/419

• nmr_get_metadata给了一个警告如果用户请求元数据列失踪。

• 新的nmr_integrate_regions函数。

• nmr_normalize接受pqn正常化。

ANCOMBC

版本变化0.99.5 (2020-10-19)

• 更新的自述

  版本变化0.99.4 (2020-09-26)

• 更新的自述

  版本变化0.99.3 (2020-09-13)

• 使用GlobalPatterns数据集的例子

  版本变化0.99.2 (2020-09-05)

• 结合phyloseq-class实验层次对象

  版本变化0.99.1 (2020-08-23)

• 解决评论家的评论

  版本变化0.99.0 (2020-08-10)

• 提交给Bioconductor

AnnotationHub

2.21.0版本的变化

错误修复

• 设置AnnotationHubOptions(2.21.5)修复文档

• (2.21.3)解决印刷代理当礼物

用户可见的修改

• (2.21.6)使网络连接测试不那么严格

• (2.21.4)添加链接到github报告问题

• (2.21.2)更新引用hubs@bioconductor.org寻求帮助

• (2.21.1)更新.tidyGRanges占错误或丢失的基因组

AnnotationHubData

1.19.0版本的变化

内部错误修正

• 从运用函数使用GenomeInfoDb 1.19.2更新元数据:::fetch_species_index_from_Ensembl_FTP代替解析文件路径

• 1.19.1错位!条款

annotatr

1.16.0版本的变化

面向用户的变化

• 出口expand_annotations (), tidy_annotations()和subset_order_tbl ()。

修正

• 修复错误的快捷搜索摘要。

铁砧

1.2.0版本的变化

新功能

• (v 1.1.3)引入.deprecated国旗操作()/标记();不包括默认弃用api;警告在弃用api的使用。

• (v 1.1.4)添加存储库()返回二进制(如果可用),Bioconductor,凹口库路径。

• (v 1.1.6) md5sum提供检查服务版本。

• (v 1.1.9)添加avfiles_ *()来管理工作区桶文件。

• (v 1.1.15)添加avtable_import_set()来创建表的子集,在Terra数据模型。

• (v 1.1.16)添加avruntimes (), avworkspace_jobs()查询运行时和工作与活动相关计费帐户。

• (v 1.1.17)添加avdisks()查询持久磁盘与活跃的结算账户。

• (v 1.1.21)添加avworkflow_ *()和输出与流程进行交互工作。

AnVILBilling

0.0.12版本的变化

• 通过CMD检查和BiocCheck

  0.0.11版本的变化

• 删除browse_reck参数、封装验证更好

  0.0.10版本的变化

• 新参数browse_reck bq_auth运行(),默认为不明确。现在只有一个执行身份验证每个会话如果do_auth是错误的

  0.0.9版本的变化

• 情节在情节选项卡现在情节点态分段显示,和简单的累积显示

  0.0.7版本的变化

• 没有警告R CMD检查或BiocCheck;一个错误关于支持网站注册
• 包括browse_reck(),一个应用程序的汇总费用
• 更新装饰图案,包括演示静态图形
• 似乎页大小参数不正确传播BigQueryConnection;这个需要时间记录;现在避免长时间间隔时间查询

AnVILPublish

0.0.10版本的变化

• 添加“最佳实践”,理由Rmarkdown-to-jupyter笔记本转换。

  0.0.9版本的变化

• 创建一个笔记本的00——«工作区名称»“安装包/书中指定依赖项原始来源。
• 从仪表板不链接到小插曲,因为名称空间克隆工作空间的变化。

• as_workspace(…,创建= FALSE,更新= FALSE)现在评估代码,默默地。

  0.0.8版本的变化

• 支持限制型心肌病文件不包的集合,例如,bookdown网站。

• R / Bioconductor版本添加到仪表板

  0.0.7版本的变化

• 修改Rmd-to-ipynb工作流程

• 不评价代码块(不包括输出在笔记本,和副作用,因为rmarkdown::呈现不启动一个单独的进程)

• 插入的元数据使用R内核。jupytext可以更优雅,但从。海事呈现代码块和预格式化,而不是评估细胞,从.Rmd并不处理减价,例如,没有支架(foo)[]风格当定义其他文档的链接。

  0.0.6版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

• 丰富的接口重命名

• as_workspace()(原package_source_as_workspace ())
• as_notebook()(原vignettes_to_notebooks ())
• add_access()(原bioconductor_user_access ())

APAlyzer

改变v1.3.3 (2020-07-20)

• 固定hg38_REF.RData。

  1.3.2版本的变化(2020-07-20)

• 更新引用。

  1.3.1版本的变化(2020-07-19)

• 在hg38_REF固定间隔问题。RData mm10_REF.RData。

• 更新引用。

artMS

1.6.7版本的变化(2020-10-22)

• 下面的情节已经弃用

• .clustering.log2fcSign.all-zoom.pdf

• .clustering.log2fc.all-zoom.pdf

• 修正错误

  1.6.6版本的变化(2020-10-21)

• 新的多功能天车MaxQuant格式转换为旧的格式

• MSstats消息使用artmsQuantification时默认是不显示的。用户可以通过选择启用MSstats消息“display_msstats = TRUE”

• 防止artmsWriteConfigYamlFile()从覆盖现有的配置文件,除非用户允许它(覆盖= TRUE)

• printPDF现在可用在所有功能块印刷pdf,这意味着可以使用笔记本电脑和打印所有的情节。违约仍printPDF = TRUE

• 修正错误

  版本变化1.6.5 (2020-05-20)

• 修复ggplot警告(NA值所致)

• 修复artmsAnalysisQuantification再现性情节

• 改善artmsQualityControlEvidenceBasic()相关矩阵集群阴谋

• 修复pca01。pdf的阴谋

• 新的pca04。pdf的阴谋(dot plot)

• artmsAnalysisQuantifications检查:检查是否足够的数据可用

  1.6.4,版本变化(2020-05-12)

• 修复质量控制函数来处理少量的运行(小于5)

• 新的artmsQualityControlSummaryExtended论点“printPDF”,选择是否打印情节pdf文件(默认= TRUE)

• 装饰图案:情节添加示例

  1.6.3版本的变化(2020-05-06)

• Bug修复影响artmsAnalysisQuantifications ()

  1.6.2版本的变化(2020-05-05)

• 修复消息格式

• 更新装饰图案与AC选项

  1.6.1版本的变化(2020-04-29)

• 修复消息格式

• 更新装饰图案与AC选项

ASpli

1.99.3版本的变化

新功能和功能

• 新gbCounts和jCounts功能参数:

• libType:指定单端(SE)或双端(PE)图书馆

• strandMode:

  • 0:链的副总是*。
  • 1:对链的链首次对齐

  • 2:对链的链最后对齐。

    1.99.1版本的变化

新功能和功能

• 计数:gbCounts jCounts。我们添加库类型和strand-specificity参数。

• 对于杜估算:DUreport。规范和DUreport.offset

• 准备DU报告:filterSignals、gbDUreport integrateSignals, jDUreport, splicingReport junctionsPJU

• 打印报告:exportIntegratedSignals writeJDU writeSplicingReport

弃用功能

• loadBAM:将被gbCounts取代。proccesed Bams文件,根据目标对象。它可以提高运行时间和内存使用

• readCounts:被gbCounts所取代

• AsDiscover:被jCounts所取代

• DUreport:被gbDUreport和jDUreport所取代

• mergeBinDUAS:没有直接替代。

• plotGenomicRegions:没有直接替换。有新功能exportiing结果转换成HTML页面。

AssessORF

版本变化1.7.1上(2020-10-23)

• 基因组浏览器情节现在将显示正向链在反向链,和阅读框架将会在1到6顺序向下运动基因组浏览器之前(逆转)

  版本变化1.7.0 (2020-10-21)

• 现在可以切换交互性基因组的观众当策划评估对象

• 现在可以放大一个初始和基因组观众当策划评估对象范围吗

• 记录了基因组浏览器的阴谋。评估手册页

• 添加一个基因组浏览器示例装饰图案

• 修正了错误,造成了一个错误当用户试图缩小十倍基因组浏览器的阴谋

ATACseqQC

1.13.9版本的变化

• 修复的问题plotCorrelation热图由行了。

  1.13.8版本的变化

• 抛出一个错误如果没有核小体自由能读还是单核小体读取进行训练。

  1.13.7版本的变化

• 修复一个缺陷引入由matchPWM ^和$粘贴到排除序列的名字。

  1.13.6版本的变化

• plotFootprints更新文档。

  1.13.4版本的变化

• 修复TSSE分数的公式的。

  1.13.3版本的变化

• 修复一个缺陷的转变后,该指数是没有改变。

  1.13.2版本的变化

• 改变大小归一化法通过图书馆factorFootprints为用户定义的组样本。

  1.13.1版本的变化

• 添加文档描述的格式bindingSites factorFootprints。

自动调谐

1.3.0版本版本的变化(2020-09-24)

• 更新所需的依赖项

• 为情节的峰值由约翰Bouranis添加了国旗

强盗

1.4.1版本的变化

• 并行:makeCluster()更新为“顺序”战略;默认策略与RStudio卡住macOS x 4. R。

基础知识

版本变化2.1.16 (2020-10-22)

• 更新.BASiCS_MCMC_Start使用不同的起始值,当一个经验贝叶斯先验分配给μ

• 增加了log_scale参数.EmpiricalBayesMu

• 修复的小虫子.BASiCS_MCMC_Start

• 更新单元测试的变化有关.BASiCS_MCMC_Start

• 增加了固定的种子test_divide_and_conquer.R

  版本变化2.1.14 (2020-10-08)

• 支持分而治之推论BASiCS_DivideAndConquer函数。添加支持这个功能BASiCS_MCMC

• 添加BASiCS_MockSCE函数创建一个SingleCellExperiment对象具有任意维度。

• 解决有关PKG_CXXFLAGS Makevars警告

  版本变化2.1.13 (2020-10-05)

• 添加PriorParam参数BASiCS_MCMC

  版本变化2.1.12 (2020-10-01)

• 删除未使用的DelayedArray电话测试

  2.1.11版本的变化(2020-09-30)

• 更新的文档线程在BASiCS_MCMC显示默认值。

  2.1.10版本的变化(2020-09-30)

• 文档线程论点。

  2.1.9版本的变化(2020-09-28)

• 添加线程参数BASiCS_MCMC,允许parallelisation获得更新的细胞或基因使用openMP。

• 减少BatchInfo没有峰值采样器一个警告,要求从一个错误。

  版本变化2.1.8 (2020-09-28)

• 装饰图案的小编辑建议使用的种子在使用可再生的结果BASiCS_MCMC。

  2.1.7版本的变化(2020-09-23)

• 错误修复为ResultVG类格式的方法。

• 为BASiCS_PlotDE,如果只有一个情节,情节作为裸ggplot对象,而不是使用返回cowplot: plot_grid

• 添加EpsilonThreshold理由BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG。它使用一个阈值识别拉斯维加斯和HVGsε值。还增加了一个矿山参数BASiCS_DetectHVG和BASiCS_DetectLVG。

• 弃用newBASiCS_Data和格式方法为结果类。对于后者,使用as.data.frame代替。

• 改进为BASiCS_ResultVG类文档

• BASiCS_MCMC现在计算并存储ESS的属性参数矩阵,当抽样已完成。

• 利用参数参数一致的跨多个方法,参数和之前使用。

• 扩展BASiCS_DiagPlot启用其他诊断措施

• 搬到存储分子数量rowData (altExp (sce))而不是元数据(sce)

• 消除依赖KernSmooth

• 设置一些值NA如果他们在< 2细胞与基因捕获

• 添加选项排除spike-insBASiCS_DenoisedCounts。还在内部使用一个稍微原则计算。

• 看到问题# 182,# 39,# 91,# 169,# 181,# 178,# 202,# 190,# 173

  2.1.6版本的变化(2020-08-05)

• 防止使用BASiCS_VarThresholdSearchVG当使用剩余overdispersion参数

  2.1.5版本的变化(2020-08-05)

• 小变化对的定义OrderVariable在BASiCS_DetectVG

  2.1.4版本的变化(2020-08-05)

• 扩展单元测试来验证输入参数的有效性BASiCS_DetectLVG和BASiCS_DetectHVG。

• 更新的文档BASiCS_DetectVG占新默认值和输出(现在的对象与类的类型BASiCS_ResultVG)。

• 举债经营单元测试LVG更新新的默认值ProbThreshold每当使用EFDR校准失败(2/3,而不是0.5)。

• 轻微的变化BASiCS_VarThresholdSearch为了避免错误的存在与否ε。这个函数可能会被弃用。

• 违约概率阈值更新.ThresholdSearch当EFDR校准失败。这是现在开始ProbThreshold(0.9)

  2.1.3版本的变化(2020-07-29)

• 新的默认值PercentileThreshold(= NULL),VarThreshold(= NULL)ProbThreshold(= 2/3)BASiCS_DetectVG)。后者是兼容的默认值BASiCS_TestDE。

• 更改默认的行为BASiCS_DetectLVG,BASiCS_DetectHVG依照变化了BASiCS_DetectVG。

  2.1.2版本的变化(2020-07-29)

• 移动举债经营HVG / LVG分析相关的辅助功能utils_VG.R。这包括.VGPlot,.VGGridPlot,.HeaderDetectHVG_LVG和.VG。

• 更新警告消息.HeaderDetectHVG_LVG

• 更新规则EFDR和ProbThreshold参数BASiCS_DetectVG。如果EFDR =零不使用,EFDR校准和后验概率阈值设置为等于ProbThreshold。这种行为与使用的规则是一致的BASiCS_TestDE。

• 创建.CheckProbEFDR执行有效性检查ProbThreshold和EFDR在所有测试举债经营(HVG / LVG和德)。

• 清理代码在.ThresholdSearch和BASiCS_DetectVG

• 删除阈值从提供的输出BASiCS_DetectVG

• 删除重复的绘制代码BASiCS_DetectVG。现在电话BASiCS_PlotVG。

• 变化.VGGridPlot和.VGPlot使用ggplot2: theme_classic ()

  改变版本2.1.1 (2020-07-28)

• 错误修复BASiCS_DetectHVG BASiCS_DetectLVG。ε/δσ值错误不回来了。

• 更详细的色彩微分表达式的情节。

• 在标签错误修复DE情节。

蛇怪

1.2.0版本的变化

• 增加了对不同Conda渠道的支持BasiliskEnvironment()构造函数。

• 添加锁定setupBasiliskEnv()安全并行环境的建设。

• 在使用前确保环境总是激活在useBasiliskEnv ()。

basilisk.utils

1.2.0版本的变化

• 大多数环境相关的功能迁移到蛇怪。

• 添加锁定installConda()安全平行懒惰Conda安装。

• 切换到最新Miniconda3安装程序。

后面;

1.6.0版本的变化

• 允许regressBatches没有批=当设计=()操作。添加d =和相关选项,以方便执行ResidualMatrix PCA。

• 添加正确的。所有=选择校正功能一致性。

• 添加了一个延迟= TRUE默认multiBatchPCA和它的调用者,鼓励使用延迟矩阵乘法速度。

• 在multiBatchPCA IrlbaParam切换默认PCA算法。

• 添加add.single =模式内变质的校正结果correctExperiments ()。

BayesSpace

0.99.8版本的变化

小的改进和修复

• spatialCluster()和spatialEnhance()现在使用更快的实现多元正态密度,减少运行时的大约40%。

  0.99.7版本的变化

小的改进和修复

• 现在文档示例使用更少的迭代以减少R CMD的运行时检查。

• 在qTune (), min_rep max_rep参数替换为燃烧。分别在nrep spatialCluster是一致的()。

  0.99.6版本的变化

新功能

• getRDS()获得一个缓存参数。当真实,RDS是使用BiocFileCache本地缓存。

小的改进和修复

• 解决评论家担忧(https://github.com/Bioconductor/Contributions/issues/1624)
• 停止/警告/消息更新语句删除冗余和不必要的粘贴()的使用。
• 内联条件语句删除。
• 缓存下载RDS getRDS()(见上图)。
• spatialCluster()和spatialEnhance()处理边缘情况只有一个迭代排除老化后保存。
• coda::密度mcmcChain返回的对象(现在)指定使用的稀疏间隔强化对象。
• spatialCluster()和spatialEnhance()现在包括特定于平台的γ参数的默认值。

• 小内部重构。

  0.99.5版本的变化

小的改进和修复

• 在spatialCluster()和spatialEnhance(),设置燃烧。现在等于nrep提出了一个错误。

  0.99.4版本的变化

新功能

• enhanceFeatures()现在需要一个nrounds xgboost参数对应于相同的参数。如果nrounds设置为0,我们自动调优参数使用火车/测试分割改进特性预测。
• spatialCluster()和spatialEnhance()获得燃烧。在parameter specifying the number of MCMC iterations to exclude when aggregating cluster labels and enhanced PCs.
• 在clusterPlot(),标签现在接受因素和字符串向量,除了在colData数值向量或一列的名字。
• 附加片段提供了繁殖的分析黑色素瘤,背外侧前额叶皮层、鳞状细胞癌数据集提出了bioRxiv手稿。

小的改进和修复

• 面向subspots现在正确的内部布局(占点坐标的垂直翻转)当使用空间情节功能增强Visium数据。
• 在spatialEnhance(),电脑现在平均密度的迭代(老化期除外)。
• 在enhanceFeatures(),消极的表达现在剪为0。
• spatialPreprocess()现在增加了一个布尔值。构成了rowData。HVG列

• 在featurePlot(),附加参数geom_polygon()通过正确。

  0.99.3版本的变化

小的改进和修复

• 更新的自述。md包括系统需求,额外的安装细节,并链接到演示的装饰图案包功能,每指南》杂志上。

  0.99.2版本的变化

小的改进和修复

• spatialEnhance()错误地添加行抵消现货列坐标在生成subspot colData,反之亦然。这导致subspots被反映在y = x空间情节,并固定。

• 数据在演示装饰图案已经更新修复。

  0.99.1版本的变化

小的改进和修复

• 删除维护者字段描述坚持Bioconductor指南。

  0.99.0版本的变化

新功能

• 初始Bioconductor提交

BgeeCall

1.5.3版本的变化

• 添加函数generate_slurm_indexes生成kallisto索引与粘那些排队很多集群系统

• 添加函数generate_slurm_calls生成表达式调用与粘那些排队很多集群系统

• 更新文档

• 添加? BgeeCall文档与主要功能链接

BgeeDB

2.14.1版本的变化

• 解决下载超时与Windows

bigPint

1.5.1版本的变化(2020-08-23)

plotClusters()函数叠加对现在有选择使用showPairs或全部数据参数。

BiocCheck

1.25版本的变化

弃用的声明

• (1.25.11)R CMD BiocCheck和CMD BiocCheckGitClone弃用。运行函数的推荐方法是在R。

新功能

• (1.25.4)检查结肠单输入错误时使用合格的进口包裹::foo ()

• (1.25.1)检查警告/笔记这次描述:字段(@federicomarini # 65)

• (1.25.8)验证ORCID id(如果有的话)在描述文件(@LiNk-NY # 97)

• (1.25.10)添加检查正确格式化的引用文件

• (1.25.12)不加注意改变dontrun

错误修复

• IDs (1.25.14) ORCID ID检查现在接受最后一个X。

• (1.25.9)所有包包括基础设施需要装饰图案

• 使用的不要和dontrun手册页标记为关键字“内部”将不再触发注意(@grimbough # 59)

• (1.25.7)添加sessionInfo末端的小插图(@llrs)

用户显著变化

• (1.25.3)需要Aurhors@R格式/作者/维护者描述文件中的字段。这已经被升级到一个错误。

• (1.25.2)解决https://github.com/Bioconductor/BiocCheck/issues/57:整建议器formatR自动代码,css非常适于重建。

• (1.25.5)添加预警与非零x版本新包版本(@mtmorgan # 101)

BiocParallel

1.24版本的变化

错误修复

• (v.1.23.1) bpvalidate()检测在父环境中定义的变量;在使用全局变量的警告。

• (v.1.23.2) bplapply()运行gc()之后,每一个评价有趣的(),所以工人不积累过多的内存分配(记忆每个进程的基础上并不太大,但cluster-wise可能)。见https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/pull/124: x

BiocSet

1.3版本的变化

错误修复

• (1.3.5)改善GeneSetCollection功能。

• (1.3.3)修复失败的测试kegg_set ()。

• (1.3.1)由于新版本的GO.db修复失败测试。

新功能

• (1.3.6)使得开关在rtracklayer BiocIO导入/导出功能。

• (1.3.4)扩展我们的出口功能,允许鄂博文件。还创建函数来显示一个OBOSet对象的关系。

• (1.3.2)扩展我们的导入功能允许鄂博文件。

BiocSingular

1.6.0版本的变化

• ResidualMatrix类迁移到自己的ResidualMatrix包。

biocthis

0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 添加bioc_style()提供部分Bioconductor编码风格兼容斯泰勒。
• 添加use_bioc_citation usethis-style功能(),use_bioc_description (), use_bioc_github_action (), use_bioc_issue_template (), use_bioc_news_md (), use_bioc_pkg_templates (), use_bioc_readme_rmd (), use_bioc_support()和use_bioc_vignette ()。这些函数提供Bioconductor-friendly usethis包中的几个函数。
• use_bioc_github_action()允许您使用一个Bioconductor-friendly GitHub操作工作流程检查Bioconductor包(或一个取决于Bioconductor包)。检查小插曲的细节功能以及开发人员指出。

biocViews

1.57.0版本的变化

新功能

• (1.57.5)新AnnotationHubSoftware和ExperimentHubSoftware的看法

错误修复

• 一代(1.57.4)消息,修复格式。

• (1.57.1)视图生成修复但vignetteTitles。当置不同格式类型可能会删除小插图标题以“RNA,”结束。严格的开始和结束的字符串格式化的支票。

biomaRt

2.46.0版本的变化

错误修复

• getLDS()现在发现如果试图使用数据从不同的集市和报告给用户。

BioMM

1.5.7版本的变化

• 改进的描述在本教程(BioMM()函数返回预测分数,而不是度量)

• 更新BioMMstage2pred()和BioMM()函数得到预测分数而不是性能指标

• 更新getMetrics()来应对“概率”预测评分。

  1.5.4版本的变化

• 在本教程中改进的描述

  1.5.2版本的变化

• 更新R函数报告结果和策划。

• 添加另一个组学数据(基因表达)和KEGG途径。

• 更新教程通过展示BioMM与另一组学数据(基因表达)和KEGG通路注释。

biosigner

1.17.2版本的变化

次要的修改

• getMset:轻微调整文档

BrainSABER

版本变化0.99.0 (2020-02-14)

• *提交Bioconductor

breakpointR

版本是1.7.2变化

• 添加新功能,允许删除阅读报道的峰值出现在复合文件。

  1.7.1上版本的变化

• 增加了新的deltaW计算器允许定义原始窗口大小的乘法用于deltaW计算。一个可以调用通过设置的多。大小的参数。

BRGenomics

1.1.3版本的变化

• 防范自动增加向量矩阵和dataframes的胁迫
• 增加公差精度的解决方案在getStrandedCoverage()(工作区releveant GenomicRanges问题# 39;将需要移除的下一个主要Bioconductor版本)

• 各种小效率&格式更改

  1.1.1版本的变化

• 从0.99.33到发布分支合并更改
• getStrandedCoverage缺陷解决方案()和依赖方法获得的报道规范化数据(IRanges明显缺陷::报道()的加权规范化值)
• Bug修复在getCountsByPositions()获得计数在一个unstranded地区expand_ranges = TRUE

BridgeDbR

1.99.1版本的变化

错误修复

• 没有更多的下载数据库的例子

  1.99.0版本的变化

错误修复

• 添加1.23.1失踪的消息部分

• BridgeDb 3.0.0-SNAPSHOT (2020-10-18)

  1.23.1版本的变化

用户级的重大变化

• 不再支持32位Windows上

篮球选手

版本的变化应用于

错误修复

• 更新结束坐标之前开始坐标的函数.aggregateTagClustersGR ()。这应该停止触发”的宽度(x)不能包含负整数”错误。

  1.31.3版本的变化

错误修复

• 正确的.make.consensus.clusters内部函数。这应该停止触发“共识集群必须相互不重叠”错误。

  1.31.2版本的变化

错误修复

• 允许空CTSS.chr对象。

• 正确的plotInterquantileWidth ()真正的参数传递时使用一致的集群的集群=“consensusClusters”。

• 修复失败CAGEexp对象只包含一个样本。

相机

1.45.2版本的变化

错误修复

• 由于Sebastien Hutinet @shutinet CF3COOH修复加合物的质量。在单元测试中包括相应的变化。关闭# 61

红衣主教

2.7.2版本的变化(2020-10-21)

用户可见的明显变化

• “mzAlign ()”,“ref”参数目前预计的参考向量m / z值而不是一个完整的频谱

  2.7.1版的变化

错误修复

• 固定问题,spatialDGMM()”有时会失败与奇异细分功能

• 抑制警告“Mclust()的初始化“spatialDGMM()”由4.0 R的变化引起的

• 固定像素/特性映射的spatialDGMM()的元数据

cbaf

版本变化1.12.0 (2020-04-08)

新功能

• 术语更新。包可以只有认识更多癌症研究!

• 改进甲基化分析。

• 如果需要基因作为一个向量,输入转换为列表中却没有返回一个错误。

cBioPortalData

version 2.2.0变化

新功能

• studiesTable包括附加列pack_build和api_build向用户显示哪些数据集已经成功构建作为MultiAssayExperiment对象。用户将数据集时通知报告为不建筑是cBioDataPack函数的输入。
• 添加getDataByGenePanel sampleIds参数作为缓存回修的一部分
• 允许更多的灵活性在主机名访问的API cBioPortal (@inodb # 16)
• cBioDataPack下载从一种更健壮的库(AWS S3;@inodb # 22)
• removePackCache现在removeDataCache删除数据从缓存用户的基于输入各自的功能(cBioDataPack和cBioPortalData)

Bug修复和小改进

• 尝试额外的临床数据文件从tarball cBioDataPack合并。
• 切换到使用read.delim代替read_tsv内部避免分配NA染色体列
• 时使用“PATIENT_ID”可用来确定tarball文件中提供实验数据。
• 使用testthat添加测试
• 更新和包括百分比的研究成功地导入使用cBioDataPack和cBioPortalData文档
• 修复时写入标识符数字而不是字符(@jucor # 27)
• 包括分页参数geneTable函数(@xinwei-sher # 29)

CellaRepertorium

版本变化0.99.0 (2020-09-28)

提交bioconductor。

CellTrails

1.7.1上版本的变化

• 兼容R 4.0.0

• 修正:

  • 删除isSpike
  • 解决错误与提取潜在的空间信息在“showTrajInfo”
  • 解决倒颜色为“plotManifold”和“plotMaps”
  • 解决机器的精度问题“findStates”

CeTF

在以前的版本1.0.2中变化

• 修复bug netConditionsPlot函数

cfDNAPro

0.99.1版本的变化

• 在plotSingleGroup.R删除错误

• 文档的改进。

  0.99.0版本的变化

• 现在cfDNAPro支持bam文件作为输入数据描述。
• 编码风格的改进。
• 文档的改进。
• 提交Bioconductor。

冠军

2.18.2版本的变化

• 添加了ebGSEA并联运行功能。并让它返回列表丰富基因。

芝加哥

版本变化1.17.1 (2020-09-08)

• 固定一个小错误,影响距离函数估计在某些情况下,特别是当使用four-cutter酶。

ChIPpeakAnno

3.23.12版本的变化

• 修复bug, genomicElementDistribution SortedByQueryHits的顺序是不正确的。

  3.23.11版本的变化

• 使用seqlevelsStyle格式化seqlevels注释。

  3.23.10版本的变化

• 更新文档genomicElementDistribution

  3.23.9版本的变化

• 添加新函数enrichmentPlot、genomicElementDistribution genomicElementUpSetR, methagenePlot改善可视化。

  3.23.8版本的变化

• 为findOverlapsOfPeaks更新文档。

  3.23.7版本的变化

• 为findOverlapsOfPeaks更新文档。

  3.23.6版本的变化

• 改变参数从otherCount otherCounts makeVennDiagram函数。

  3.23.5版本的变化

• 添加图参数makeVennDiagram函数。

  3.23.4版本的变化

• 更新README文件。

  3.23.3版本的变化

• 使用roxygen2生成帮助文件。

• 将多个包从进口来显示。

  3.23.2版本的变化

• 解决这个问题对新粘贴输出。

  3.23.1版本的变化

• 消除依赖Rfast

ChIPQC

1.25.1版本的变化

• 3.0更新与DiffBind保持兼容性

ChromSCape

版本变化0.99.0 (2020-10-23)

• 提交给Bioconductor

chromstaR

1.14.2版本的变化

错误修复

• 修正格式检查实验。表:空间不再除外,因为他们会导致下游错误。

  1.14.1版本的变化

错误修复

• 兼容性更新:取代类()检查是()。

CHRONOS

1.17.2版本的变化

• 介绍了使用rJava getLinearSubpath ()。

• 在课堂上介绍了期货LinearPaths。

circRNAprofiler

1.3.1版本的变化

添加文件修复bug

cleanUpdTSeq

1.27.1版本的变化

• 更新数据集分类器

切肉刀

版本变化1.27.1 (2020-06-05)

• 修复乳沟规则谷酰基肽链内切酶在文档由于Mariia Chernigovskayamariia.chernigovskaya@medisin.uio.no报告这个错误。

clusterProfiler

3.17.5版本的变化

• 更新[[.compareClusterResult(2020-10-14,结婚)

  3.17.3版本的变化

• 浓缩的内部杆分析使用WikiPathways(2020-09-09,结婚)
• enrichWP奥拉分析
• gseWP GSEA分析
• get_wp_organisms清单支持生物

• read.gmt。从wikiPathways wp格林尼治时间解析文件下载

  3.17.2版本的变化

• 使用libcurl如果能够(2020-09-08,星期二)

• https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/pull/290

  3.17.1版本的变化

• 错误的固定extract_params(2020-08-18,星期二)
• https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/282

clustifyr

1.1.2版本的变化(2020-09-21)

• 南加州大学细胞浏览器参考建筑

• 教程更新

• 错误修复

  改变版本1.1.0 (2020-05-21)

• Bioc释放

• 错误修复

CNVPanelizer

1.21.2版本的变化

• 移动BiocGenerics描述从建议进口

可乐

1.5.5版本的变化

• 添加执行论点get_signatures ()。

• 子集可以是一个向量的指标consensus_partition_by_down_sampling ()。

  1.5.3版本的变化

• predict_classes ()是加快2 x。

• get_signatures ():添加top_signatures参数控制的数量上签名。

  1.5.2版本的变化

• 添加一个DownSamplingConsensusPartition类和相应的方法。

• 添加回HierarchicalPartition类和相应的方法。

  1.5.1版本的变化

• 添加一个predict_classes ()函数。

• Golub添加可乐分析数据集的数据对象包中。

• 自动安装包“建议”。

ComplexHeatmap

2.5.6版本的变化

• ht_shiny ():添加参数应用程序。

• grid.dendrogram ():改变递归和迭代实现。

• 改变默认光栅设备CairoPNG。

• 热图():如果离散上校覆盖超过水平矩阵,全彩色集仍然是得救了,这意味着,在heatmap_legend_param你可以设置在在矩阵,但并不是所有的上校。

• 填充整个情节和空间的调整以适应ggplot2列标题

• 添加row_gap和column_gap在传奇()。

• oncoPrint ():现在画传说一样alter_fun。

• 添加一个新的功能attach_annotation ()。

• 传说为行注释可以分组列注释的传说。

• 注释名称允许旋转。

  2.5.5版本的变化

• 仍然把传说当所有注释中的值是NA。

• 添加show_fraction论点anno_oncoprint_barplot ()函数显示突变的分数,而不是数量。

• pheatmap ():改善的设置颜色和休息时间。

• ht_opt TITLE_PADDING美元可以设置两个长度单位。

• HeatmapAnnotation ():删除颜色不注释。

• pheatmap ():固定一个错误当长度(减免)=(颜色)+ 1

• pheatmap ():传说优惠如果矩阵扩展为中心为零。

• pheatmap ():颜色映射是对称的规模设置时为零。

• 支持ragg包写临时png文件

• densityHeatmap ():列系统树图由列意味着ks方法重新排序。

  2.5.4版本的变化

• 固定一臭虫,其集群被错误重新排序。

• 热图():添加border_gp论点。

• 传说是很好。

• anno_block ():允许设置高度和宽度。

• 支持更好的光栅化。

• 支持设置图形系统树图节点上。

• 添加一个新的装饰图案“互动的热图”

• 传说():固定错误mixtype“传奇”“传奇”。

• 现在分配正确envirdecorate_dend ()。

• pheatmap ():检查NA在矩阵。

• grid.dendrogram ():考虑分支与高度为零。

• 校验矩阵的维数和注释的脑袋当添加它们。

  2.5.3版本的变化

• 添加selectArea ()/selectPosition ()它允许交互式地选择一个地区的热图。

• 出口的热图的闪亮的应用! ! !

• 上校在热图()接受一个ColorMapping对象。

• default_col ():打印一条消息如果有异常值矩阵。

• discrete_legend_body ():调整ncol和nrow如果还有空行和列的布局。

• anno_image ():固定一个缺陷图片不是重新排序。

• anno_mark ():现在正确表达支持。

• anno_zoom ():订单指数panel_fun调整的顺序的热图

• list_to_matrix ():将元素转换为字符。

• 打印信息anno_mark (),anno_zoom (),draw_legend ()(如果传说是包装)如果RStudio下工作。

  2.5.2版本的变化

• 翻译pheatmap热图

• upset_top_annotation ()和upset_right_annotation ():注释的名称被改变了intersection_size,set_size和union_size。

• list_components ():补充道模式论点。

  2.5.1版本的变化

• 一个临时解决方案的两个复杂的和单位(temp.R)。

CoreGx

1.1.5版本的变化

• 实现一个新类,LongTable存储的治疗反应的实验结果。这个类提供了一个灵活和快速的数据存储对象,可以派生子类使用在其他R包。

• 添加装饰图案记录LongTable访问器和使用的新对象。

  在以前的版本1.0.2中变化

• 错误修复:抑制扔钢琴:警告:runGSA connectivitScore内部函数

  版本1.0.1的变化

• 更新了CoreGx装饰图案包括扩展CoreSet类的更多信息用于其他治疗反应实验。

CRISPRseek

1.29.2版本的变化

• 添加参数,比如predIndelFreq允许预测indels及其frequecies Cas9目标网站

  1.29.1版本的变化

• calculategRNAefficacyForOfftargets添加参数,默认为TRUE。

csaw

1.24.0版本的变化

• 接受bam的BamFiles列表。文件=所有功能。

cTRAP

1.8版本的变化

互动功能加载数据和分析结果

• 新Shiny-based图形界面功能:
• launchDiffExprLoader():加载数据微分表达式
• launchCMapDataLoader():提出数据加载
• launchResultPlotter():视图和数据结果
• launchMetadataViewer():检查一个给定对象的元数据

重大变化

• downloadENCODEknockdownMetadata():元数据自动保存到一个文件下载,以避免每次运行这个函数,元数据
• plotTargetingDrugsVSsimilarPerturbations ():
• 自动寻找匹配的化合物在多个列的数据集
• 允许手动选择列合并数据集
• prepareDrugSets():药物组基于数字分子描述符现在准备使用均匀分布区间

• 简化教程

  1.6.1版本的变化

• listExpressionDrugSensitivityAssociation()列出了可用的基因表达和药物敏感性关联
• rankSimilarPerturbations()的第一个参数和predictTargetingDrugs()改变名字从diffExprGenes输入和现在接受:
• 指定数值向量微分包含基因表达值与基因符号名称,像以前一样;
• 特征向量包含一套定制的基因测试浓缩(只使用GSEA)。
• 在rankSimilarPerturbations()和predictTargetingDrugs(),当执行gsea方法,允许不同的基因集合大小充值,下调基因geneSize论点:
• 例如geneSize = c(100、200)创建基因集的前100名,下调基因200强
• 使用geneSize = c(150、150)或geneSize = 150是等价的
• 策划:
• 图()现在支持策划predictTargetingDrugs()结果对于一个给定的药物,如情节(targetingDrugs,“1425”)
• 图()现在允许与参数设置图标题标题
• 图()现在情节结果根据可用的方法而不是试图阴谋从斯皮尔曼方法只基于结果
• GSEA情节现在支持两个或更少的基因
• GSEA情节现在支持策划多个扰动
• 现在GESA情节显示排名的第一个和最后一个值的基因
• 现在plotDrugSetEnrichment()返回一个列表的名字是药物组的名字
• as.table()的改进:
• 返回细胞标识符和基因信息和需要(如果可用)
• 支持predictTargetingDrugs()的结果
• 返回结果命令上发现的输入

Bug修复和微小的变化

• downloadENCODEknockdownMetadata()现在正确检索元数据后从编码元数据内容的变化
• 修复bug时呈现GSEA情节由于ggplot2弃用功能
• 提高教程
• 编辑CMap-related控制台消息
• 编辑功能文档

customCMPdb

改变版本1.1.0 (2020-10-02)

• 初始版本

  版本变化0.99.5 (2020-10-09)

• 解决硬链接在“processDrugage”等功能

  版本变化0.99.0 (2020-09-30)

• 合并两个包成一个命名为customCMPdb
• 支持定制化合物注释数据库
• 添加自定义注释表
• 删除
• 列表,并设置默认
• 更新查询接口
• 支持选择注释资源
• 支持查询添加自定义注释

cytomapper

1.1.6版本的变化(2020-10-23)

• 了32位Windows支持

  1.1.5版本的变化(2020-10-11)

• 准备Bioc 3.12版本

• 开始单元测试的应用程序

  改变版本1.1.4 (2020-09-13)

• 允许channel-specific inputRange输入正常化

  改变版本1.1.3 (2020-09-12)

• 扩展的装饰图案

• 改变包的标题

  1.1.2版本的变化(2020-07-17)

• 添加的程序包

  1.1.1版本的变化

• 图像通道合并后不再重新规范(> 3频道)

• 而不是图像剪1导致更明亮的色彩

• 也是一样的颜色着色面具时,合并特性表达式

CytoML

3.11版本的变化

API的变化

• 重命名参数sampNLoc - > sample_names_from open_flowjo_xml
• 现在所有解析器(flowjo / cytobank / diva_to_gatingset)返回GatingSet基于cytoset而不是ncdfFlowSet
• 添加反式参数cytobank_to_gatingset允许覆盖从gatingML文件的转换(# 76)
• gatingset_to_flowjo现在使用一个码头工人形象与编译器:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• 一些更新flowjo_to_gatingset搜索FCS文件(# 77)
• 添加include_empty_tree选项没有盖茨flowjo_to_gatingset包括样本
• 允许gatingset_to_flowjo GatingSet档案目录的路径
• 添加gating_graphGML替代浇注。graphGML openCyto方法:闸门一般
• 过滤器样品面板当解析cytobank实验和添加ce_get_samples ce_get_panels

修复/内部变化

• 自动缩放的样本FlowJo工作区现在由flowjo_to_gatingset RGLab / cytolib # 33
• 处理变更违约stringsAsFactors 4.0 R = FALSE
• 消除多余的中间文件工作区解析期间留在临时目录
• 开关的使用GatingSetList merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 从实验::文件系统来提高::文件系统在c++ FlowJo解析器

• 添加安装CytoML XSD

  3.10版本的变化

API的变化

• 改变处理四门根据RGLab / cytolib # 16

• 重命名的方法:

• openWorkspace - > open_diva_xml open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace - > flowjo_to_gatingset diva_to_gatingset
• getSampleGroups - > fj_ws_get_sample_groups diva_get_sample_groups
• getSamples - > fj_ws_get_samples diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。项- > gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。集,CytoML.par。设置参数得到CytoML名称空间

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank出口cytobank毫升属性名称空间
• 从xml允许diva_to_gatingset使用补偿矩阵
• 通过从cytobank_to_gatingset…args适当FCS解析器
• 修复一些问题与扩展的解析盖茨天后工作区(# 64)
• 防范不支持的转换期间被添加到GatingSet天后解析
• 开关使用flowjo_log_trans代替logtGml2_trans diva_to_gatingset
• 修复移植flowUtils: xmlTag启用自动关闭的标签
• 使闸门。graphGML查找定制盖茨通过FCS的名字以及文件id
• 添加一些灵活性getSpilloverMat gatingset_to_flowjo使用

CytoTree

版本变化0.99.6 (2020-06-19)

• 删除信息/警告/错误标签

• 添加小插曲

  版本变化0.99.5 (2020-06-18)

• 重建这个包

  版本变化0.99.4 (2020-06-05)

• 改变的例子并提供用例

  版本变化0.99.3 (2020-06-02)

• 更新的评论家的评论

  版本变化0.99.2 (2020-05-24)

• 更新4.0 R版本

  版本变化0.99.1 (2020-05-10)

• 固定在BiocCheck一些警告

  版本变化0.99.0 (2020-05-10)

• 第一次提交

dagLogo

1.27.9版本的变化

• 更新p.adjust的超链接。方法在文档。

  1.27.8版本的变化

• 为testDAU添加调整假定值函数。

  1.27.7版本的变化

• 优化标志的标签标记的位置。

  1.27.6版本的变化

• 添加标记的标志。

  1.27.5版本的变化

• prepareProteome允许多个物种。

  1.27.3版本的变化

• 修复错误dagLogo文档中。

  1.27.2版本的变化

• 添加availableSchemes函数。

• 修复轴。

  1.27.1版本的变化

• 调整取决于进口和建议方案

DAMEfinder

1.1.3版本的变化

• 添加引用

• 删除“坏染色体”过滤

• 论点构建在extract_bams()删除

  1.1.2版本的变化

• 删除vcfR依赖和添加VariantAnnotation

  1.1.1版本的变化

• 在split_bams修复错误,排除了一些染色体

dasper

0.99.2版本的变化

新功能

• 将文档合并到一个页面连接,覆盖和异常处理功能,减少运行时的roxygen例子。

  0.99.1版本的变化

新功能

• 改变outlier_detect()为接口使用蛇怪到python取代网状。

  0.99.0版本的变化

新功能

• dasper转换为使用biocthis Bioconductor-friendly格式。
• 添加junction_load(),它从RNA-sequencing生结数据装入一个RangedSummarizedExperiment对象。包含一个选项允许用户指定的控制连接下载。
• 添加junction_annot(),它使用信息从参考注释和分类连接的链结的“注释”,“novel_acceptor”、“novel_donor”、“novel_exon_skip”,“novel_combo”、“ambig_gene”和“未经”。
• 添加junction_filter(),过滤器连接数,宽度、注释或重叠的一组用户定义的区域。
• 添加junction_norm(),它正常化生结项(成proportion-spliced-in)每个结的数量除以总数的统计相关的集群。
• 添加junction_process(),所有“junction_”前缀的函数的包装器函数除了junction_load ()。
• 添加junction_score(),它的分数患者连接基于他们的重要偏离程度控制计数分布。
• 添加coverage_norm(),它将负载和正常化覆盖其实/ intronic区域对应于每一个结。
• 添加coverage_score(),它的分数报道与每个结基于关联偏离控制覆盖分布。
• 添加coverage_process(),所有“coverage_”前缀的函数的包装器函数。
• 添加outlier_detect(),它使用结分数和分数报道作为输入到一个无监督异常值检测算法寻找最outlier-looking连接在每个样本。
• 添加outlier_aggregate(),聚合junction-level集群级别的异常数据。
• 添加outlier_process(),所有“outlier_”前缀的函数的包装器函数。
• 添加plot_sashimi(),使结数据的可视化基因/成绩单或地区的利益。

decompTumor2Sig

2.4.1版本的变化(2020-07-27)

• 删除依赖包的凹口vcfR(2020-07-05)存档,使用功能Bioconductor包VariantAnnotation代替

• 改进的突变筛选,以便multiallelic SNVs装船时不排除肿瘤基因组从VCF文件

• 更新引用和联系信息

• 为参考基因组和基因组注释添加了一致性检验

• 改进的错误消息

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25)

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

  版本变化1.99.2 (2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

  版本变化1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

  版本变化1.99.0 (2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DegNorm

0.99.13版本的变化

• 错误修复和版本肿块。

  0.99.12版本的变化

• 版本肿块。

  0.99.11版本的变化

• 修复一个缺陷在plot_coverage功能和更改配色方案。

  0.99.10版本的变化

• 从回顾了额外的要求更改

  0.99.9版本的变化

• 最需要改变由审查

  0.99.8版本的变化

提交BIOCONDUCTOR进行审查

• 纠正警告和错误

DEGreport

1.25.1版本的变化

• 解决办法:负载dplyr:: n()来避免错误

DelayedArray

0.16.0版本的变化

新功能

• 添加”。稀疏的论点read_block()(看? read_block)和AutoRealizationSink()(看? AutoRealizationSink)。

• 现在可以容纳dimnames SparseArraySeed对象。因此read_block()现在也传播dimnames稀疏的街区,不仅密集的街区。

• 矩阵乘法是通过sparseMatrices sparse-aware。

• 添加is_sparse < -通用(HDF5Array / HDF5ArraySeed对象的方法,看到了什么? HDF5Array HDF5Array包中)。

• 添加viewportApply()和viewportReduce blockApply的()()的家庭。

• 添加set_grid_context()进行测试/调试回调函数传递给blockApply()和家庭。

用户可见的明显变化

• 更名为第一write_block()的论点“x”- >“沉”

• 重命名:RealizationSink () - > AutoRealizationSink()得到/ setRealizationBackend () - > get / setAutoRealizationBackend () blockGrid () - > defaultAutoGrid()行/ colGrid() - >行/ colAutoGrid ()

• 稀疏数据的改进的支持:
  • 更有效的强制从SparseArraySeed dgCMatrix / lgCMatrix(小加速和减少内存占用)。这提供了一个小加速稀疏意识到block-processed行/坳总结方法DelayedMatrix对象时,对象是稀疏的。(这些方法:行/ colSums(),行/ colMeans(),行/ colMins(),行/ colMaxs(),和行/ colRanges ()。中定义的方法DelayedMatrixStats尚未稀疏知道所以不受影响。)
  • 提出以下block-processed DelayedArray对象上的操作稀疏意识到:anyNA (), (), max ()、min(),(),(),和刺激(),(),(),()。与典型的50% - -60%时加速DelayedArray对象是稀疏的。
  • 一群方法实现经营本地SparseArraySeed对象。他们的主要目的是支持以上即支持块处理方法等DelayedArray对象sum(),(),(),等等…当对象是稀疏的。注意,更多的还需要支持稀疏知道block-processed行/坳总结方法DelayedMatrix对象所以我们终于可以抛弃的昂贵的胁迫SparseArraySeed dgCMatrix / lgCMatrix目前依赖。

• 效用函数来检索当前块网格背景/窗口现在应该不带参数调用(以前需要通过当前的块)。这些函数是effectiveGrid (), currentBlockId(),和currentViewport ()。

• DelayedArray现在取决于MatrixGenerics包。

错误修复

• 各种修复和改善块稀疏的处理逻辑DelayedMatrix对象(例如DelayedMatrix对象与刺lgCMatrix种子矩阵包)。

• 修复extract_sparse_array()低效dgCMatrix和lgCMatrix对象。

• 从bpiterate开关矩阵乘法bplapply2()()来修复错误处理。

DelayedMatrixStats

1.12.0版本的变化

• 调度为稀疏sparseMatrixStats种子,没有自己的方法(< URL: https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/65 >)。

• 修复中心=处理所有受影响的函数(< URL: https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/65 >)。

• 从MatrixGenerics DelayedMatrixStats现在进口仿制药。由于亚伦Lun解决这个(< URL: https://github.com/PeteHaitch/DelayedMatrixStats/pull/62 >)。

DeMixT

1.6.0版本的变化

• MPI并行计算是勾选下R 4.0.0 linux和Mac OS平台。

• 基因表达数据的正常组织(肺癌、前列腺癌和甲状腺)GTEx研究包括在内。

• 重命名DeMixT_S1 DeMixT_DE函数。

densvis

版本变化0.99.0 (2020-09-24)

• 第一个版本的包。

服饰

1.5.4版本的变化(2020-09-17)

• 校正的输出信息内容的服饰。

  1.5.3(2020-07-02)更正版本的变化

• 纠正p-adjustments,事实上使用Benjamini-Hochberg,和

• 不是业务更为保守,因为违约。

  1.5.2版本的变化(2020-06-05)

• 引入samplingSubset服饰的功能

• 在dOptPenalty Bug修复

• 小文本更新主要vinjette和例子,没有代码含义。

  1.5.1版本的变化(2020-05-18)

• 引入neighSmooth——groupStatPlot的泛化。

• 错误修正和简化dOptPenalty终止条件。

• Re-tidying代码的基础。

DESeq2

1.30.0版本的变化

• 大修的分散估计和GLM估计函数江诗丹顿Ahlmann-Eltze,这将允许使用glmGamPoi包从DESeq2内部,特别是相关的单细胞的数据集。DESeq()可以直接使用glmGamPoi色散和GLM配件通过指定fitType =“glmGamPoi”。glmGamPoi估计原始DESeq2估计单细胞要快得多的数据集,例如30000个细胞,称glmGamPoi比原始DESeq2快13倍。此外,分散估计更精确的基因和许多小数量,单细胞中数据集。有关详细信息,请参阅glmGamPoi手稿上方法,doi: 10.1101 / 2020.08.13.249623。

• 添加integrateWithSingleCell(),夸梅写的《福布斯》,指导用户菜单上可用的单细胞数据集Bioconductor和下载/加载一个选择的用户进一步分析可视化。(互动)

DEWSeq

1.3.0版本版本的变化(2020-09-30)

• 修改后的作者和描述部分中描述

DIAlignR

1.1.5版本的变化

• ananlyteFDR multipeptide限制功能。

• 移除诱饵的功能。

• 错误修复对齐如果所有强度为零。

• 固定打印数据。

DiffBind

3.0版本的变化

• 这是一个重大DiffBind和新版本3.0的发布。

主要升级涉及到如何做造型和规范化。DiffBind现在支持任意复杂的模型和对比使用/ DESeq2或/和磨边机,以及无数的标准化方案。

注:

之前的造型方法保持向后兼容性,然而他们不违约。重复分析,早些时候dba.contrast()必须明确设计= FALSE。看到了什么? DiffBind3以获取更多信息。

的默认模式dba.count()现在是围绕峰会(导致401 bp的间隔)。避免重定位在峰会就像之前的违约,设置峰会= FALSE(或一个更合适的值)。

标准化期权已经从dba.analyze()新接口函数dba.normalize ()。任何非标准化期权必须指定使用dba.normalize ()。

• 总结的变化:

  •dba.analyze ():

  •自动模式可以在任何时候,包括从纸样,并继续违约分析

  •删除bSubControl正常化选项,bFullLibrarySize、过滤和filterFun dba.analyze(),现在在dba.normalize ()。

  •添加使用完整的模型设计公式分析的支持。

  •更新DESeq2分析方法。

  •更新刨边机分析方法。

  •移动刨边机bTagwise参数配置选项

  •删除DESeq分析方法支持。

  •添加检索DESeq2或磨边机对象的能力

  •dba.contrast ():

  •添加设计参数设计公式

  •添加对比参数来指定使用各种方法对比

  •添加reorderMeta参数设置因素价值秩序

  •添加bGetCoefficients参数设计系数的名字使用对比

  •新:dba.normalize ():

  •支持TMM、RLE和库大小noramlization DESeq2和磨边机

  •支持背景本使用csaw正常化

  •支持偏移和黄土正常化

  •支持激增正常化与联合或单独的参考基因组

  •支持并行因子归一化

  •bSubControl违约取决于Greylist的存在

  •dba.count ():

  •改变默认峰会= 250;为了避免重定位在峰会,必须设置峰会= FALSE

  •默认bUseSummarizeOverlaps的dba。数现在是正确的

  •自动检测单头/ paired-end dba.count

  •自动指数在dba去bams取消建立索引。计数和dba.normalize

  •移动bSubControl参数

  •分数现在新的分数DBA_SCORE_NORMALIZED违约

  •添加dba.count minCount参数(),现在默认0,而不是1

  •通过读计数阈值过滤峰值仅可在dba.count ()

  •修复bug在dba.count()和用户提供的peakset峰会= n

  •新:dba.blacklist ():

  •应用编码黑名单

  •自动检测参考基因组黑名单

  •应用Greylists

  •从控制使用生成Greylists GreyListChIP包

  •策划的变化:

  •添加黄土适合行dba.plotMA ()

  •添加dba.plotMA能力()情节aribitrary样品(没有对比)。

  •添加蒙版参数dba.plotBox ()

  •支持负分数,如褶皱report-based对象的变化,使叠化的热图。

  •删除bCorPlot dba()作为参数,dba.count(),和dba.analyze ()。使用配置。

  •dba.show() /打印的变化:

  •更新dba.show()和print()来处理设计和对比不同类型

  •添加在dba.show检索设计公式的能力()

  •删除bUsePval参数dba.show ()

  •添加常数变量DBA_READS访问图书馆的大小

  •小插图,帮助页面:

  •取代多因素分析部分

  •添加大量的标准化

  •添加黑名单/ greylist部分。

  •增加的幅度和并行正常化的例子

  •添加DiffBind3帮助页面和装饰图案部分向后兼容性的信息。

  •更新技术细节部分

  •一般更新所有部分

  •添加GenerateDataFiles。R包

  •各种修正和表面的改变。

导演

1.15.1版本的变化(2020-10-04)

• 更新描述和消息格式。

DiscoRhythm

1.5.6版本的变化(2020-07-22)

• 视觉改变屏幕的情节(“后”不再适用α)。

• 错误修正。

截然不同的

1.0.3版本的变化

• FC和log2-FC计算添加(通过“log2_FC”功能);

• “top_results”功能编辑通过假定值和log2-FC排序结果。

  版本1.0.1的变化

• 大幅加速distinct_test(~ 7倍);

• 介绍了并行计算;

• 协变量的模型,通过设计矩阵;

• 两个新功能可视化结果:plot_cdfs和plot_densities。

dittoSeq

1.2版本的变化

• 添加3个新的可视化功能,dittoDotPlot (),dittoDimHex ()&dittoScatterHex ()。

• 扩大SummarizedExperiment兼容性在整个工具集。

• 添加ComplexHeatmap集成dittoHeatmap ()由一个新的控制输入,复杂的。

• 添加光栅化改善图像编辑器兼容性复杂的情节。(参见专用部分的装饰图案细节。)

• 添加labels.split.by输入&do.contour,contour.color,contour.linetype分散/ dim-plots输入。

• 添加订单输入/ dim-plots分散控制策划。

• 添加搜索输入显示这些数据dittoHeatmap ()。

• 添加调整输入元(),完全一样基因()(但这是没有实现在数据抓取visualiation功能)。

• 添加adj.fxn输入元()椅子和基因()如何调整数据的添加控制(但这不是中实现数据抓取visualiation功能)。

• 取代(弃用)highlight.genes输入与highlight.features在dittoHeatmap ()。

• 取代(弃用)OUT.List输入与list.out对所有multi_ *策划者。

DMCFB

1.3.1版本的变化

新功能

• 读取的数据添加到readBismark-method平行。

删除

• 出口。床上被警告。将被修改和添加到下一个版本。

DMCHMM

1.11.1版本的变化

变化

• 阅读是添加到readBismark-method平行。

错误修复

• 一些错误是固定在methHMMCMC-method避免创建无穷。

剂量

3.15.4版本的变化

• 更新setReadable和geneInCategory compareClusterResult对象的方法(2020-10-12,Mon)

  3.15.3版本的变化

• 允许通过额外的参数fgsea(2020-10-09,星期五)
• https://github.com/YuLab-SMU/DOSE/pull/40
• 添加termsim和方法槽compareClusterResult, enrichRestul gseaResult

• https://github.com/YuLab-SMU/DOSE/pull/39

  3.15.2版本的变化

• 更新NCG和DGN数据(2020-10-09,清华)

drawProteins

1.9.0版本的变化

• 默认添加链缺席。

DropletUtils

1.10.0版本的变化

• 迁移downsampleMatrix()天窗再出口。

• 添加特性= downsampleReads per-feature-set downsampling ()。

• 添加矩阵支持maximumAmbience y =和环境= ()。

• 添加controlAmbience(),以方便评估环境污染与控制功能。

• 添加removeAmbience()函数删除数矩阵的环境解决方案,主要用于美学。

• 报告库指数和特性的输入输出read10xMolInfo ()。

• 构造子集的支持库索引/输入函数,使用分子信息文件,如swappedDrops()和chimericDrops ()。

• 补充道。排名=选项estimateAmbience()和emptyDrops(),为评估环境概要文件的不包括条形码最大的总数。

• 添加exclude.from =选项barcodeRanks(),避免与不稳定在低等级的膝盖问题/变形计算(Stefano Mangiola贡献)。

• bug修复在barcodeRanks()计算曲线拐点。注意,这个影响的默认选择保留= emptyDrops ()。

• 分裂HTO氛围推论到一个单独的inferAmbience()函数。

• 添加支持组合条形码hashedDrops ()。

easyRNASeq

2.25.1版本的变化

• 从2.24.1移植更改

  2.24.1版本的变化

• 最终文档修复和删除已经RangedData单元测试。

EDASeq

2.23.1版本的变化

• 强制删除方法CountDataSet后DESeq弃用。

• 展示如何使用更新的一幕EDASeq与DESeq2。

刨边机

3.32.0版本的变化

• cpm.default()和rpkm.default()现在接受抵消。

• scaleOffset()现在接受CompressedMatrix抵消和norm.factors占。

• 修改洛斯趋势拟合voomLmFit () downweight基因精确零,因此更少的df估计方差。

• 添加as.data.frame DGEList类的方法。

• 改变默认选择为refColumn calcNormFactors()方法=“TMMwsp”。新方法选择的列sqrt-counts最大的总和。

• processAmplicons()现在可以容纳数据更新屏幕使用交错引物设计。

• 固定一个bug, diffSpliceDGE()接受一个以上的系数。现在给了一个警告如果不止一个系数或对比提供。它只使用第一。

  3.30.2版本的变化

• voomLmFit()的新函数,结合limma voom-lmFit管道残余df由于零损失项至于glmQLFit ()。新功能更强大的零计数比跑轰()和lmFit分别()。新功能允许样本质量权重和intra-block相关性估计它包含的功能duplicateCorrelation()和voomWithQualityWeights ()。

• SE2DGEList()的新函数将SummarizedExperiment对象转换成一个DGEList对象。

• S3方法SummarizedExperiment对象添加以下功能:aveLogCPM (), calcNormFactors (), cpm (), cpmByGroup (), estimateDisp (), filterByExpr (), glmFit (), glmQLFit (), plotMD (), plotMDS (), predFC (), rowsum (), rpkm (), rpkmByGroup()和sumTechReps ()。

• 新cpm和rpkm DGEGLM和DGELRT对象的方法。

• effectiveLibSizes()的新函数提取标准化库大小的磨边机数据对象或拟合模型对象。

• 添加as.data.frame DGEExact DGELRT对象和方法删除的“可选的”论点as.data.frame.TopTags ()。

• readBismark2DGE()现在部队“文件”的特征向量。

• 添加警告消息当filterByExpr()没有指定组或设计使用。

• 添加警告消息当calcNormFactors()应用于DGEList对象包含一个偏移量矩阵。

• 重写用户指南3.5节多层次的实验,这样的代码是有效的不管每个疾病组的受试者的数量。

EnhancedVolcano

1.8版本的变化

• 添加功能来包围感兴趣的变量

• 添加选项来删除箭头连接器

• 添加选项通过ggrastr rasterise图片::geom_point_rast(本杰明Ostendorf)

• axis.text改变。y= element_text(…, vjust = 1.0) to 0.5 (Benjamin Ostendorf)

ENmix

1.25.9版本的变化

• 错误修复、更新用户手册

EnrichmentBrowser

2.20.0版本的变化

• 新功能进口进口与limma微分表达式的结果分析,磨边机,DESeq2

• 新功能showAvailableSpecies列出支持物种选择的一组基因数据库(KEGG, MSigDB Enrichr,…)

• 新功能showAvailableCollections提供基因列表设置集合一组支持物种的基因数据库的选择(KEGG, MSigDB Enrichr,…)

• 基因的基因集:获取和缓存ID设置为不同基因类型(新论点gene.id.types对于功能getGenesets)

• 基因集:滤去证据代码(新论点evid对于功能getGenesets)

• 包括整洁nbea方法之一

enrichplot

1.9.5版本的变化

• 修复wordcloud_i(2020-10-15,清华)

• 从emapplot删除相似度计算

  1.9.4版本的变化

• 实现pairwise_termsim计算相似性丰富的术语(2020-10-09,星期五)
• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/67
• 更改参数一致

• https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/pull/62

  1.9.3版本的变化

• 添加node_label_size参数调整大小的节点标签emapplot函数(2020-09-18,星期五)

  1.9.2版本的变化

• 添加函数emapplot_cluster(2020-09-01,星期二)

ensemblVEP

1.32.0版本的变化

• 添加支持运用释放100/101

epivizrServer

999.999版本的变化

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

逃避

0.99.9版本的变化

• 改变修依赖性,更新的装饰图案

  0.99.8版本的变化

• 编辑getSignificance方差分析模型

  0.99.7版本的变化

• 编辑getSignificance适合调用匹配文档

  0.99.6版本的变化

• 编辑match.args getSignificance ()

  0.99.5版本的变化

• 编辑match.args getSignificance ()

  0.99.4版本的变化

• 添加match.args getSignificance ()

• 改变停止消息()()

• 在方差分析和T.test getSignficance允许更改

  0.99.3版本的变化

• 更新链接getGeneSets的描述。

  0.99.2版本的变化

• *固定一个括号,是的一个括号。(在enrichIt()调用我编辑99.1)

  0.99.1版本的变化

• 并行调用在gsva()和biocparallel补充道

• 改变核心= 4核= 2的故事

  0.99.0版本的变化

• 准备bioconductor提交

ExperimentHub

1.15.0版本的变化

错误修复

• (1.15.2)代理消息格式

用户可见的变化

• (1.15.4)不严格的互联网检查

• (1.15.3)添加链接github问题报告

• (1.15.1)添加hubs@bioconductor.org发邮件寻求帮助

ExperimentSubset

版本变化0.99.0 (2020-10-02)

预发布

• 预发布版本提交给Bioconductor ExperimentSubset包

ExploreModelMatrix

版本1.1.4的变化

• 更新的接口来更好地利用屏幕空间
• 扩大统计概念的解释

FamAgg

1.17.1版本的变化

• 解决问题# 20(二进制特征滴名字在转换)。

famat

版本变化0.99.9 (2020-10-26)

• 更新的示例数据

  版本变化0.99.8 (2020-10-24)

• 固定的单元测试

  版本变化0.99.7 (2020-10-19)

• 删除UniprotR包

  版本变化0.99.6 (2020-10-19)

• 更新Biocmanager重击的版本

  版本变化0.99.5 (2020-10-19)

• 固定的单元测试

  版本变化0.99.4 (2020-10-16)

• 删除biomart包

  版本变化0.99.3 (2020-10-16)

• 新闻更新文件

  版本变化0.99.2 (2020-10-16)

• 改变循环的应用功能
• 数据集更新文档

• 更新描述文件

  版本变化0.99.1 (2020-10-01)

• 固定testthat问题

  版本变化0.99.0 (2020-09-24)

• Bioconductor提交的更新版本

  版本变化0.0.0.9000 (2020-09-01)

• 创建包

FGNet

3.23版本的变化

• Kegg-related功能已被移除。

fgsea

1.15.2版本的变化

• 由于Nikolay Budin perturbate更快

• 更清洁的假定值和误差估计

FilterFFPE

版本变化0.99.3 (2020-10-08)

• 修复错误的算法在多个线程

• 使用minMapBase加快过滤过程

  版本变化0.99.0 (2020-08-20)

• 提交给Bioconductor

鱼池

1.6.0版本的变化

• 添加makeInfReps()来创建pseudo-inferential复制通过负二项模拟从均值和方差矩阵。注意:均值和方差提供推论分布计算矩阵的每个元素。有关详细信息,请参阅预印本,doi: 10.1101 / 2020.07.06.189639。

• 添加splitSwish()和addStatsFromCSV(),它可用于分发的嗖嗖声的管理工作Snakemake。看到小插图的描述建议工作流。单细胞大数据集的均值和方差的摘要推理不确定性,splitSwish()可以避免生成推论复制计数,直到数据被分割成小块,把不同的工作,那么只有必要的收集汇总统计信息和q值计算addStatsFromCSV ()。

• plotInfReps()获得许多新功能便于绘图推论统计分布的单个细胞,随着量化与tximport小鲑鱼和进口。如允许数字x论点+分组与浸显示计数在拟时间跨组织的细胞。还添加了applySF参数可用于分配一个大小因素,和重新排序参数将再订购样品/细胞群体内部的计数。plotInfReps()将画箱线图与逐步稀释剂的视觉特性的细胞数量的增加使情节依然清晰。

  1.5.2版本的变化

• makeInfReps()的第一个版本,创建pseudo-infReps通过负二项组均值和方差矩阵的模拟SummarizedExperiment的化验。

flowCut

1.0.0版本的变化

新功能

• (诉0.99.0)这是提交版本的包。
• (诉0.99.6)添加了许多事故,以避免崩溃。
• (诉0.99.7)添加装饰图案文件。
• (诉0.99.8)添加“文件运行两次”数据表。编辑数据文件从其他版本和修复相一致。手册页更新。
• (诉0.99.11)添加UseCairo参数自码头工人不需要创建png时开罗。
• (诉0.99.12)添加UnifTimeCheck参数允许用户调整值。
• (诉0.99.13)改变默认UseCairo f . UseCairo和UnifTimeCheck参数添加到第二个运行代码。改变了电子邮件。
• (诉0.99.14)添加AlwaysClean参数允许不跳过好了。也添加到手册页。
• (诉0.99.16)添加IgnoreMonotonic参数忽略时间的单调递增萎靡不振的测试。
• (诉0.99.17)改变许可。
• (诉0.99.18)添加单调时间修复选项。

错误修复

• (v 0.99.1)小的修复bioconductor机器人审查过程。
• (v 0.99.2)检查修复。
• (v 0.99.9)固定发生的故障,如果是第一个第一频道被打扫。这只发生如果没有FSC或SSC频道。
• (v 0.99.10)修复时间测试失败中第二个flowCut运行
• (v 0.99.15)单调递增的小bug修复通道。
• 在装饰图案(v 0.99.19)固定格式问题。
• 在装饰图案(v 0.99.20)固定格式问题。
• (v 0.99.21)固定间距问题。
• (v 0.99.22)改变1:seq_len
• (v 0.99.23)改变编码格式
• (v 0.99.24)改变编码格式
• (v 0.99.25)更多的格式和代码优化编辑,新闻改为NEWS.md
• (v 0.99.26)解决安装问题
• (v 0.99.27)单调递增的小bug修复通道。

flowFP

1.47.0版本的变化

• 更新导致R4.0.2警告:警告消息:1:打电话给(“bin_level”, fcs@exprs model@。tmp_tags, model@split_axis[[上]],将空指针转换为R NULL。c代码更新,以避免返回一个空指针。

• 更新引用语法引用文件中成立。

flowSpecs

改变v1.3.3 (2020-09-03)

• 由于小错误更改两个测试

• 不包括推荐使用flowVS,由于其弃用。

  1.3.2版本的变化(2020-05-15)

• 添加peakNorm和相关测试。

  1.3.1版本的变化(2020-05-15)

• 在arcTrans Bug修复。

• 纠正exprs specUnmix交往对象的方式。

核磁共振

0.99.3版本的变化

改进自去年发布

• 兼容bioconductor是补充道。

  0.99.0版本的变化

• 包搬到bioconductor。

错误修复

• 一些错误是固定的。

弗雷泽

1.1.6版本的变化

• 使用适当的S3 / S4方法之间共享功能包

• 小API变化由于S3 / S4变化(e。g fds - >对象)

• 开关从psiSiteθ

• 改进的文档

• 一些小错误修正

  1.1.3版本的变化

• 更新和调整injectOutlier和hyperParameter功能

• 选择计算z分数分对数空间

• 增加上限价值[0.01,0.99]分对数函数

• 用Rsubread pairedEnd计数

• 正确assayName pajd - > padj

• 一些小错误修正

  1.1.2版本的变化

• 选择只考虑标准的染色体计数

• 选项包括附加列mcols (fds)结果表

• 注释的连接与相应的基因名称/ ids现在产生一个额外的列mcols (fds)包含进一步的基因名称/ id如果结与多个基因

• 一些小错误修正

  1.1.1版本的变化

• 纠正错误修复链paired-end读取的具体计算

FScanR

版本变化0.99.7 (2020-09-08)

• 重新提交Bioconductor

  版本变化0.99.6 (2020-08-27)

• 重新提交Bioconductor

  版本变化0.99.5 (2020-08-27)

• 重新提交Bioconductor

  版本变化0.99.4 (2020-08-27)

• 重新提交Bioconductor o删除重复的检测从输出脉冲事件

  版本变化0.99.3 (2020-08-26)

• 提交给Bioconductor

计

2.39.3版本的变化

• 固定的警告”go.gsets.R图书馆(GO.db)”。现在“进口”。数据库,而不是“建议”。

  2.39.2版本的变化

• 固定误差引起的类(exprs) = =”gagePrep.R data.frame”。类(exprs)现在返回一个向量的长度2,导致错误。

GAPGOM

1.5.1版本的变化(2020-07-01)

改变了

• 添加cre新维护者描述文件。

GCSConnection

1.1.6版本的变化

• 添加gcs_rm函数

  1.1.5版本的变化

• gcloud添加到默认的验证过程

  版本1.1.4的变化

• gcs_is_requester_pays支持uri

• gcs_get_cloud_auth更好的打印格式

  1.1.3版本的变化

• 现在FileClass对象可以显示文件的URL

• 没有警告将有如果gcs_dir找到一个非标准的文件路径

• 修复一些词问题:所有xxx_url xxx_uri函数重命名

  1.1.2版本的变化

• 支持请求支付

• 支持~去叶根象征

• 支持从文件夹/文件类字符转换

gdsfmt

1.24.1版本的变化

公用事业公司

• 在“显示”选项print.gds.class ()对数组预览

《创世纪》

2.19.7版本的变化

• 改变small.samp的默认值。正确的pcrelate为TRUE。

• 添加选项来删除NxN矩阵从一个空模型(函数nullModelSmall和fitNullModel参数return.small)。

• 添加检查协变量共线性的。

  2.19.6版本的变化

• 添加测试选项“BinomiRare”和“CMP”assocTestSingle assocTestAggregate。

  2.19.5版本的变化

• 添加函数jointScoreTest执行联合评分测试一组变量使用一个空模型和基因型剂量一个矩阵。

  2.19.4版本的变化

• 添加函数为协会测试effectAllele返回等位基因的影响。

  2.19.1版本的变化

• 力non-sparse设计矩阵。

GeneTonic

1.2.0版本的变化

新功能

• geneset酒厂正式开放!GeneTonic提供功能基因集到包罗万象的生物主题聚合在一起,一个基于网络的细化的基础上浓缩地图。相应的图形功能也扩展来适应meta-genesets。马尔可夫聚类的一种有效的实现还提供了图形对象

• GeneTonic现在可以获得许多其他工具的输入功能富集分析-这包括大卫的输出(文本出口)(shake_davidResult) enrichr(从网站,通过包,shake_enrichrResult), fgsea (shake_fgseaResult)和g:分析器(shake_gprofilerResult,可以处理的文本输出的网站,以及一个从调用gost gprofiler2)

• 导出按钮为iSEE SummarizedExperiment对象和它的底层机械已被添加。如果GeneTonic可视化选项不正是你所期望的,你可能会找到一个很好的场地iSEE框架

其他的笔记

• 添加一个额外的安全机制失败时,找不到词去寻找定义——这可能发生如当这个词变得过时和删除。数据库包,或者也输错的如果手工输入。
• plot_title gs_heatmap有了一个新的参数,覆盖标题显示和设置为任何自定义字符串
• 现在可以保存图形用visNetwork创建的快照
• 基因盒现在还包含链接到GTEx门户为选定的功能
• export_to_sif使图形对象导出到一个文本文件,SIF的编码格式

GenomeInfoDb

1.26.0版本的变化

新功能

• seqlevelsStyle () getter和setter现在支持风格”RefSeq“当底层的基因组。

• 注册一堆新NCBI组件和UCSC基因组。使用registered_NCBI_assemblies()和registered_UCSC_genomes()来获得支持的列表NCBI组件和UCSC基因组。

用户可见的明显变化

• seqlevelsStyle () getter和setter底层基因组时做得更好。旧的新的行为解决两个长期不足的行为:
  • 一般来说,seqlevelsStyle () setter不知道如何重命名对象的支架。现在它。
  • 同时,对于一些组件使用非传统的染色体命名约定(例如Macaca_fascicularis_5.0),在seqlevelsStyle () getter无法检测的命名风格和seqlevelsStyle () setter无法重命名染色体。现在他们都做正确的事。这些改进解决这些缺点,但只有在情况最基本的基因组是如当“独特(基因组(x))”是“macFas5”或“Macaca_fascicularis_5.0”。当底层基因组不知道,什么都没有改变。

弃用,已经

• 反对releaseName为GenomeDescription对象()方法。

错误修复

• 小修理getChromInfoFromNCBI ()。

genomeIntervals

1.45.2版本的变化

• 从1.44.2移植更改

  1.45.1版本的变化

• 从1.44.1移植更改

  1.44.2版本的变化

• 更新维护人员的电子邮件地址

• 扫清了进口

  1.44.1版本的变化

• 更新了装饰图案(data.frame()违约不再一个因素为特征向量在R4)

• 删除了已经RangedData使用

GenomicFeatures

1.42.0版本的变化

新功能

• 实现一个限制seqinfo () setter TxDb对象支持改变只有seqlevels和/或基因组的对象,但不是其seqlengths或循环标志。这都是我们需要改进的seqlevelsStyle () setter TxDb工作对象(见下文)。

用户可见的明显变化

• seqlevelsStyle () getter和setter底层基因组时做得更好。看到新闻文件GenomeInfoDb包的更多信息。

GenomicOZone

1.3.1版本的变化

• 固定的错误总是使用Enssembl我们服务器来注释的基因。

• 更新描述文件中的描述。

• 更新引用。

GenomicRanges

1.42.0版本的变化

新功能

• 添加nearestKNeighbors GenomicRanges衍生品()方法。

• 覆盖()现在支持”=“幼稚”的方法。这是除了已经支持“排序”和“散”的方法。这种新方法是一种慢版的“哈希”方法的优点是避免浮点文物numeric-Rle没有覆盖的区域的覆盖率()返回的对象时的权重提供的数值向量类型“双”。参见“浮点运算可以带来一个惊喜”的例子”?覆盖的IRanges包中。

getDEE2

0.99.16版本的变化

• 功能getDee2Metadata和queryDee2现在被称为getDee2Metadata和queryDEE2与其他功能分别是一致的。

• 固定的错误和一些样品#在这个名字。感谢@uilnauyis建议。

• 新功能getDEE2_bundle从http://dee2.io/huge/获取整个项目数据

  0.99.9版本的变化

• se()的新函数,构造SummarizedExperiment对象

  发布版本的变化

• 一些细微的变化的装饰图案

ggtree

2.3.7版本的变化

• 添加label_pad()函数来添加填充字符分类群标签(2020-10-09,星期五)——https://groups.google.com/g/bioc-ggtree/c/INJ0Nfkq3b0/m/lXefnfV5AQAJ

• 添加家庭参数geom_tiplab ()

  2.3.6版本的变化

• 新的布局,绘制和椭圆
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/344
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/346
• 巩固treedataList对象()方法(2020-09-20,阳光)
• vexpand()和ggexpand()来展开情节限制情节的比率范围(2020-09-18,星期五)
• geom_cladelab(),一个更新版本的支持aes geom_cladelabel映射(2020-09-17,清华)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/342

  2.3.5版本的变化

• td_unnest()返回一个函数来平ggtree情节数据(2020-09-14,Mon)
• https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter12.html td_unnest
• 更新geom_hilight支持geom_hilight (data = mydata,节点= selected_node)(2020-09-03,清华)
• 已经geom_nodelab2()(2020-09-02,结婚)
• geom_tiplab()和geom_nodelab()支持几何学=“shadowtext”
• td_filter()返回一个功能子集ggtree情节几何学中的数据层(2020-08-29,坐)
• https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter12.html td_filter
• 更新文件geom_rootedge和geom_point2人

• 更新geom_hilight支持geom_hilight (data = tbl_tree、节点= selected_node)。(2020-09-03,清华)

  版本2.3.4的变化

• zoomClade和geom_zoom_clade放大选择进化枝(2020-08-04,星期二)
• 这两个函数的包装器函数ggforce: facet_zoom
• 更新facet_labeller根据ggplot2的变化(2020-07-28,星期二)
• 已经set_hilight_legend现在geom_hilight审美映射和支持可以生成automotically传奇
• 删除annotation_image, phylopic和子视图,因为他们已经很长时间了。用户应该参考ggimage包如果他们想注释树形象和情节中。
• as_ylab参数添加到geom_tiplab(),它支持显示提示标签轴标签和只适用于矩形和系统树图布局

• hexpand扩大x比例限制的范围,同时支持方向(lh rhs和1)(2020-07-27,Mon)

  2.3.3版本的变化

• 在geom_hilight添加类型参数,默认是自动,可选矩形矩形层,包围包围层原始geom_hilight和评论,在审美和支持子集。(2020-07-23,清华)
• 更新geom_hilight支持审美映射(2020-07-22,结婚)
• 更新geom_taxalink支持审美映射(2020-07-20,Mon)

• layout_circular layout_inward_circular () + scale_x_reverse()(2020-07-16,清华)

  2.3.2版本的变化

• 更新geom_taxalink支持循环布局树(2020-07-13,Mon)。

  2.3.1版本的变化

• 增强方法pvclust对象(2020-06-21,Mon)
• 添加点参数的颜色或大小geom_hilight和更多细节消息extendto的警告。(星期二,2020-06-16)
• 修改了进化枝角标签。添加水平参数来控制是否进化枝标签设置为水平。参数设置为FALSE时,这将是有用的在coord_polar布局,如圆形、风扇、径向。为了更好地查看进化枝的标签,他们的角度调整。(我2020-06-15)
• 臭虫固定在getYcoord_scale_category(2020-05-13,结婚)

ggtreeExtra

0.99.0版本的变化

0.99.0或0.99。xversion mean I am submitting it to Bioconductor. (20200710, Fri)

• 0.99.1改变svg dev png, dpi设置为300。(星期二,20200714)
• 0.99.2 geom_axis_text支持单一列轴。星期五(20200717)
• 0.99.3支持inward_circular树和geom_axis_text被position_identityx构建。星期五(20200724)
• 0.99.4修复barplot bug的常数。(坐2020-07-25)
• 0.99.5层x轴扭转时更好的支持。(2020-07-29,结婚)
• 0.99.6支持geom_text调整角度。星期五(2020-07-31)
• 0.99.7修改风格的评论R代码和例子。(星期二,2020-08-04)
• 0.99.8改变格式的代码块。(星期二,2020-08-04)

0.99.9

• 修改了颜色美学geom_boxplot和geom_violin。星期五(2020-08-14)
• 保持所有列的数据树的合并与外部数据。星期五(2020-08-14)

0.99.10

• 添加geom_ringline创建外部环层的网格线。星期五(2020-08-21)
• addbrink和其他参数控制保证金已被删除的行。星期五(2020-08-21)
• 在geom_axis_text添加伪轴行。星期五(2020-08-21)

0.99.11

• geom_axis_text和geom_ringline移除。(我2020-08-24)
• 用户可以使用axis.params =列表(add.axis = TRUE)和grid.params = (add.grid = TRUE)添加轴和网格线的外部层,分别。(我2020-08-24)

0.99.12

• 添加上下y的网格线。(2020-08-26,结婚)

0.99.13

• 更新ggplot_add的方法。layer_fruits,当不同fruit_plot之间的偏移量是不同的,将使用每个在每个fruit_plot抵消。(我2020-08-31)

0.99.14

• 更新normxy支持系统树图布局。(2020-09-02,结婚)

0.99.15

• 添加add.another。轴在geom_fruit添加另一个轴。星期五(2020-09-04)
• 更新normxy负值时修复bug。星期五(2020-09-04)
• 更新ggplot_add geom_fruit方法支持外部的x轴的取向从下到上,当布局系统树图。星期五(2020-09-04)

0.99.16

• 改变add.axis轴。从真或假params x或y或xy。(坐2020-09-05)
• 删除add.grid网格。参数和默认的网格。参数是NULL。(我2020-09-07)
• 轴蜱虫和删除nbreaks更新方法,将计算优惠漂亮。(我2020-09-07)
• 轴的使用替代允许列表。参数或网格。params空参数,如grid.params =列表(颜色=“黑色”)。(我2020-09-07)

0.99.17

• 改变add.axis axis.params轴。(星期二,2020-09-08)

0.99.18

• 添加nbreak轴。geom_fruit参数,它将被发送到n的漂亮来生成所需的轴的区间数。(星期二,2020-09-08)

0.99.19

• 修改了名称空间,删除geom_vline,添加geom_segment。星期五(2020-09-11)

  版本0.0.1的变化

• 添加小插曲。(星期二,20200707)

  0.0.0.9版本的变化

• 支持添加额外的层的轴文本使用geom_axis_text geom_fruit。(星期二,20200630)
• 优化层数据的标准化。(20200701,结婚)

• 固定的错误:层改为层。星期五(20200703)

  0.0.0.8版本的变化

• geom_fruit零的支持数据,用户可以添加数据ggtree % < + %。(20200628,阳光)

  0.0.0.7版本的变化

• 添加geom_fruit_list支持添加多一层的同一位置。(我20200622)

  0.0.0.6版本的变化

• 自动检测的“位置”。(20200612)

  0.0.0.5版本的变化

• 改变pratio参数pwidth和删除tippoint参数。

• 改变geom_add geom_totree函数的函数。(20200610)

  0.0.0.4版本的变化

• 支持geom_star尖点或geom_point

• 支持geom_boxplot和geom_violin (20200606)

  0.0.0.3版本的变化

• 增加边际线,当x是性格,新的x规范化应该从0开始。(20200601)

  0.0.0.2版本的变化

• 面板和树之间的距离可以调整使用“抵消”。副板的价值是树的规范化的x。使用“pratio”的宽度可以调节。“抵消”和“pratio”比率与树有关。(20200529)

  0.0.0.1版本的变化

• 第一个版本,github (20200528)

Glimma

2.0.0版本的变化

• 全新的后端与重大变化和API

• 情节现在可以嵌入在html报告

• 情节现在可以得救

• 基因注释和计数数据现在可以得救

• 添加了许多情节在MDS图定制选项

glmGamPoi

1.1版本的变化

• 消除双重overdispersion似然函数估计。而不是功能合并到conventional_ * * *。这用户面对变化,然而应该更容易维护方案

• 使conventional_score_function_fast()更健壮的极端的输入。避免数值不精确的减法和基于系列扩展使用范围非常小的输入

• 如果分散估计退出,因为没有最大值或y都是0,返回迭代= 0

• 添加限制nlminb (1 e-16 / 1 e16天)估计的色散。这可防止错误conventional_likelihood_fast由于NA

• 自动设置“size_factors = FALSE”输入0或1行。这将改变估计β,但不是μ的

• 重命名gampoi_overdispersion_mle () - > overdispersion_mle ()

• 在返回的对象中存储数据glm_gp ()

• 把Y从残差的界面。glmGamPoi,because I can just get it directly from fit$data

• 添加函数test_de(),一个quasi-likelihood比值判别法来检测差异表达基因

• 添加功能,使直接从test_de pseudobulk测试()通过聚合在一列的数据

• 在group-wiseβ估计,回到优化()如果牛顿法失败

• 改变默认大小因素估计方法从“poscounts”到“normed_sum”并提供一种简单的方法来调用残渣::calculateSumFactors ()

• 为分散估计新的“全球”模式

GNET2

1.5.5版本的变化

• 添加函数给定标签样本之间的相似性得分和集群在每个预测模块。

  1.5.2版本的变化

• 现在extract_edges()返回一个邻接矩阵为交流过程和他们的分数。

GOSemSim

2.15.2版本的变化

• 新网站,https://yulab-smu。来p/biomedical-knowledge-mining-book/ for documentation (2020-09-04, Fri)
• 更新装饰图案

• 更新数据/ gotbl

  2.15.1版本的变化

• 臭虫固定IC方法当输入id包含无效的条款。(坐2020-07-25)

平均绩点

1.1.0版本的变化

• 提出以下重大变化

• 结合ShinyGPA由艾玛Kortemeier R一揽子计划的一部分。

• 添加fitAll()符合GPA模型可能对表型。

• 添加shinyGPA()打开的应用程序的交互式可视化基因多效性。

石墨

版本变化1.35.2 (2020-10-12)

• 更新所有路径数据。

GreyListChIP

1.22.0版本的变化

• 为秀丽隐杆线虫ce11添加黑名单,鼠标德国马克。

• 更新现有的黑名单版本2,或人类GRCh37版本3,GRCh38。

GSEAmining

0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

GSgalgoR

版本变化0.99.3 (2020-10-23)

• 解决几个问题根据bioc修订

• galgo添加访问器功能。Obj对象

  版本变化0.99.0 (2020-09-01)

• 删除gpuR支持

• 解决人口问题小

• Bioconductor提交

  版本变化0.5.0 (2020-08-02)

• 重命名为GSGalgoR

  版本变化0.4.2 (2020-07-21)

• 预发布Bioconductor之前提交

Gviz

1.33.1版本的变化

新功能

• 分数在生鱼片情节可以使用函数转换指定sashimiTransformation或transfromation(后者也适用于覆盖)

错误修复

• 没有一个

gwascat

2.21.7版本的变化

用户可见的变化

• 2020年10月19日——在CHR_ID特有的内容和CHR_POS导致截断。改善read_tsv通过设置col_types打电话

  2.21版本的变化

用户可见的变化

• 2020年4月30日从EBI使用BiocFileCache来管理检索

• 50000年5月2日2020 - ebicat_2020_04_30样本从一个完整的检索记录吗

• 2020年5月2日——许多数据元素()搬到本月/遗产,LazyData关掉吗

GWASTools

1.35.2版本的变化

• 取代阅读。表和写作。用更快的数据表。表::从文件中读数据。表::写入文件与文本之间的转换的功能。唯一的例外是createAffyIntensityFile和checkIntensityFile (affy.inten = TRUE),仍在使用阅读。表来保存删除代码被注释的行为“#”字符。

HCAMatrixBrowser

1.0.0版本的变化

新功能

• HCAMatrixBrowser最后Bioconductor !
• HCAMatrixBrowser使用OpenAPI规范版本2 R和rapiclient提供API表示。
• loadHCAMatrix为用户提供矩阵数据给定一组“bundle_fqids”
• 过滤的主要支持API对象看到HCAMatrix细节
• 这包括支持(表示在所有格式。csv, .mtx .loom)
• 缓存使用BiocFileCache实现
• MTX马丁@mtmorgan提供的格式支持
• 支持织机LoomExperiment所提供的文件
• CSV格式的文件列表作为宠物猫

Bug修复和小改进

• 片段包含API的变化更新
• 允许单bundle_fqid查询v0端点(@dvantwisk # 2)

HDF5Array

1.18.0版本的变化

新功能

• 添加”。稀疏的参数h5mread (), HDF5Array (), HDF5ArraySeed (), writeHDF5Array (), saveHDF5SummarizedExperiment(),和HDF5RealizationSink ()。即使它不会改变数据如何存储在HDF5文件(数据仍将存储通常密集),”。稀疏的参数允许用户控制HDF5数据集是否应该考虑稀疏(和治疗等)。更准确地说,当HDF5Array ()”。稀疏= TRUE”,返回的对象将被视为稀疏即块在对象将作为稀疏对象加载块处理。这将导致更少的内存使用,希望更好的整体性能。

• 添加is_sparse () setter HDF5Array和HDF5ArraySeed对象。

用户可见的明显变化

• 改变默认值的详细论证假为writeHDF5Array NA (), saveHDF5SummarizedExperiment(),和writeTENxMatrix ()。

错误修复

• 修复的处理逻辑NAs h5mread ()。

• 修复bug在saveHDF5SummarizedExperiment()当chunkdim指定。

爬虫

版本变化0.99.2 (2020-10-19)

• 更新Bioconductor审查

  版本变化0.99.0 (2020-09-17)

• 提交给Bioconductor

HIBAG

1.26.0版本的变化

• 用户可以中断R模型构建一个交互式会话

• 删除hlaErrMsg ()因为这是从未使用过

• 一个新的选项“nthread”hlaAttrBagging ()作为一个补充hlaParallelAttrBagging ()

• 内核版本1.5:生成相同的训练模型作为v1.4,但2-6x更快,利用英特尔AVX, AVX2 AVX512 intrinsic

• 新功能hlaSetKernelTarget ()自动选择CPU的算法优化目标

HiCcompare

1.11.1版本的变化(2020-08-14)

• 添加引用,README。md文件

• 更新新闻

• 更新描述添加米哈伊尔·Dozmorov维护者o添加URL和BugReports字段

• 恢复打破o KRnormalization变化。R, 75行,Z = rk / v;rho_km1 = t (rk) % * % Z;o hic_compare。R, 99行,。min < -上限(平均(A_q10))

  版本变化1.11.0 (2020-02-11)

• 新方法读入.cool文件,cooler2bedpe ()

• 新方法比较,hic_compare ()

HPAStainR

版本变化0.99.2 (2020-09-02)

• R代码

• 改变高紧缩,包括增强和支持删除批准

  版本变化0.99.1 (2020-08-06)

• 对Bioconductor评论家的评论作出回应

• 描述

• 移动宠物猫和闪亮的进口

• 小插曲

• 制作安装部分

• 添加目录

• 文本同意代码更新的一幕

• 包括sessionInfo ()

• R代码

• 更新HPA_data_downloader适合bioconductor accesing网站标准。

• 减少行数> 80

• 减少缩进的不是4的倍数空间

  版本变化0.99.0 (2020-07-15)

• 包准备提交Bioconductor

• 更新为编码实践

• 没有Biocheck错误

• 更新进口和例子

超

1.05.03版本的变化

• rctbl_build()现在包装忧郁对象到unlabled multihyp对象

• rctbl_build()嵌套表显示丰富genesets的数量

  1.05.02版本的变化

• 正确的文件扩展名(.rmd / . html)的输出hyp_to_rmd ()

• 现在支持相对路径hyp_to_rmd ()

  1.05.01版本的变化

• 固定的错误的错误的列名enrichr_available ()

• 添加geneset选择的第一个闪亮的模块

  1.05.00版本的变化

• 版本撞bioconductor
• 固定hyp_dots(合并= TRUE)错误,一些genesets没有显示
• 添加支持获取非人类Enrichr库(如酵母、苍蝇、蠕虫、鱼)
• 更好的报告通过rctbl_hyp()和rctbl_mhyp ()

理想的

1.14.0版本的变化

其他的笔记

• 取代依赖从d3heatmap热图的功能

idr2d

1.2.2版本的变化

• 跳过i386 Python-dependent测试系统(64位版本的Python是必需的)

IgGeneUsage

改变v1.3.3 (2020-10-15)

• 更加灵活的模型微生物样本分析本月文件夹中提供,然而,没有提供接口。

illuminaio

版本变化0.31.1 (2020-07-15)

更新

• 错误消息由readIDAT()当解密失败不再附加额外的换行符。

• 内部readIDAT()使用显式stringsAsFactors = FALSE。

• readIDAT()不再保持两个文件连接打开的。

文档

• 助理URL的引用(包=“illuminaio”)被打破了。

错误修复

• readBGX()将一个开放的连接是否有一个文件读取错误。

  版本变化0.31.0 (2020-04-27)

笔记

• 版本号是撞Bioconductor开发版本,目前BioC 3.12 R (> = 4.0.0)。

ILoReg

版本变化0.99.0 (2020-06-25)

• 第一个版本提交0.99.0 Bioconductor

immunoClust

1.21.2版本的变化

• 变化
  • 情节的集群
  • sof flowCore弃用警告

  • 代码清理

    1.21.1版本的变化

• 变化
  • 作者电子邮件联系

infercnv

1.5.3(2020-10-23)更正版本的变化

• 添加检查detectCores()比较之前不会返回NA。以防它,就直接使用作为一个选项提供的价值。

  1.5.2版本的变化(2020-10-23)

• 添加细胞重新排序在元数据导出修对象,以便它总是匹配,如果细胞不排序顺序相同的数据提供给infercnv修。

  1.5.1版本的变化(2020-10-06)

• 解决重载的情况下比较空/ NA。

• 固定问题试图重新加载时去噪结果步骤18或19。

• 获得固定的模型诊断情节增加了诊断的一代。

• 更新数据对象包含额外的选项包括槽,并防止常见的名称冲突。

• 完全重命名数据对象和var它们提供的名称。

• 修复参考策划没有获得实际subclustering信息但之前提供的数据对象(改名为避免名称冲突,这样的错误)。

• 添加检查在add_to_seurat方法有收益/损失时发现点击率最高。

• 添加检查输出写add_to_seurat最高地区不是零和输出没有错误,如果它是一个空文件。

• 改变删除基因“chr_exclude”筛选的细胞计数之前做阅读水平。

• 添加最低读计数要求每个细胞1后取消“chr_exclude”基因,使没有分歧的正常化时0。

• 改变默认min_max_counts_per_cell默认选择细胞至少有100项。

• 解决策划嗯着色的热图的全部范围值时不存在。

• 修复时策划没有参照群体是用来产生警告。

Informeasure

版本变化0.99.8 (2020-10-06)

• 做出改变

  版本变化0.99.7 (2020-10-06)

• 做出改变

  版本变化0.99.6 (2020-09-21)

• 做出改变

  版本变化0.99.5 (2020-09-20)

• 修复这个问题报道构建报告中使用“1:长度””而不是“seq_len”

• 使用“< -”转让,而不是“=”

• 解决压痕

  版本变化0.99.4 (2020-08-14)

• 解决不必要的包调用的警告

  版本变化0.99.3 (2020-08-14)

• 解决不必要的包调用的警告

  版本变化0.99.2 (2020-08-14)

• 解决不必要的包调用的警告

  版本变化0.99.1 (2020-08-13)

• 提出以下重大变化

• Informeasure补充道。Rproj .gitignore文件

• 取代了作者/维护者Authors@R描述文件

• 添加一个新闻文件

• 添加了一个r /目录文件测试

• 更新R版本依赖从3.5.0到4.0

• 用真/假代替T / F PMI.plugin ()

  版本变化0.99.0 (2020-08-09)

• 提交给Bioconductor

intansv

1.29.0版本的变化

笔记

• 修复Windows和Mac上构建错误。

IRanges

2.24.0版本的变化

新功能

• 覆盖()现在支持”=“幼稚”的方法。这是除了已经支持“排序”和“散”的方法。这种新方法是一种慢版的“哈希”方法的优点是避免浮点文物numeric-Rle没有覆盖的区域的覆盖率()返回的对象时的权重提供的数值向量类型“双”。参见“浮点运算可以带来一个惊喜”的例子吗?覆盖。

弃用,已经

• 删除RangedData RangedData类和任何相关对象。

错误修复

• 修复bug列表元素的回收利用。

ISAnalytics

版本变化0.99.15 (2020-10-22)

• 小import_association_file文件中修复功能:添加多个字符串翻译成NA

  版本变化0.99.14 (2020-10-21)

• 小补丁在测试中

  版本变化0.99.13 (2020-10-19)

新功能

• 分析函数CIS_grubbs和cumulative_count_union补充道

• 添加绘图函数CIS_volcano_plot

  版本变化0.99.12 (2020-10-04)

新功能

• 添加分析功能sample_statistics

用户可见的明显变化

• aggregate_values_by_key简化界面,支持multi-quantification矩阵

微小的变化

• 更新后的小插曲

• import_parallel_Vispa2Matrices_interactive和import_parallel_Vispa2Matrices_auto现在有一个选项来返回一个multi-quantification矩阵后直接进口,而不是一个列表

  版本变化0.99.11 (2020-09-21)

新功能

• 添加分析功能threshold_filter top_integrations
• 添加支持multi-quantification compute_abundance矩阵

只是小修小补

• 固定在comparison_matrix bug,忽略定制列名

• 固定的问题在某些文档页面

  版本变化0.99.10 (2020-09-14)

ISanalytics正式bioconductor !

新功能

• 分析函数comparison_matrix和separate_quant_matrices补充道
• 添加效用函数as_sparse_matrix
• 添加包标志

用户可见的明显变化

• 改变compute_near_integrations算法
• 添加支持multi-quantification remove_collisions矩阵
• 添加使用文档的生命周期徽章:用户现在可以看看一个特性实验/到期/稳定等

只是小修小补

• 添加修复import_single_Vispa2Matrix删除非0值

  版本变化0.99.9 (2020-09-01)

新功能

• 附加功能:聚合函数
• 在聚合函数添加装饰图案
• 添加校准功能
• 增加了第一次分析功能(compute_abundance)

用户可见的明显变化

• 减少结构ISADataFrame:现在包只使用标准的宠物猫

• 修改方案文档

  版本变化0.99.8 (2020-08-12)

• 提交给Bioconductor

iSEE

2.1.27版本的变化

• 小编辑API文档。

  2.1.26版本的变化

• 禁用dimnames模态上的导入按钮当发射机没有作出选择。

• 单独的因素水平的最大数量的颜色从其他应用程序。

  2.1.25版本的变化

• 支持一个名为向量SearchColumns字段表的子类。

  2.1.24版本的变化

• 启用自定义通过新的saveState =保存应用程序的状态参数。

• colormap getter转向使用一个内部缓存来避免冲突与用户条目。

  2.1.23版本的变化

• ExperimentColorMap继承自注释的。

  2.1.22版本的变化

• 分裂和重命名为测试设置脚本。

  2.1.21版本的变化

• 轻微的修复单元测试。

  2.1.20版本的变化

• 在下游出口更多的内部工具重用包。

• 只是小修小补ComplexHeatmapPlot文档。

  2.1.19版本的变化

• 在下游出口更多的内部工具重用包。
• 添加一个通用的定义UI选择的影响。
• 修复ComplexHeatmapPlot观察者,最明显的是分析选择。

• 修复反应的基本框架,以避免错误由于反应迟钝。

  2.1.18版本的变化

• 着陆页错误修复正确支持动态类。

  2.1.17版本的变化

• .refineParameters FeatureAssayPlot (), SampleAssayPlot保护轴的选择对缺席的元数据。

• CSS类为每个小组现在定义在应用程序运行时,更容易编写登陆页面没有指定初始= iSEE ()。

  2.1.16版本的变化

• 错误修复ColumnDotPlots ColorByFeatureDynamicSource UI元素的初始化。

  2.1.15版本的变化

• 允许标签medoid的每一层的离散变量scatter-type DotPlot。

• 打开有效性检查在[[< -分配到面板类。

  2.1.14版本的变化

• 右对齐对个人的帮助图标面板之旅。
• 添加了鼠标悬停在工具提示DotPlot面板。

• 允许自定义注释对选定的表行显示在表板。

  2.1.13版本的变化

• 重构可重用的热图特征选择模态选择行或列在其他上下文。

  2.1.12版本的变化

• 泛型添加panel-specific旅游通过.definePanelTour ()。

• 广义表子类HiddenColumns机制。

  2.1.11版本的变化

• 添加HiddenColumns槽ColumnDataTables和RowDataTables隐藏列。

  2.1.10版本的变化

• 避免传输多个选择表列的数量变化。
• 隐藏不相关的UI元素表多个选择。
• 广义的信息选择的行/列的数量在每个面板。

• Streamlined .defineOutput签名。

  2.1.9版本的变化

• 改进为泛型和类文档。
• ComplexHeatmapPlot .exportOutput方法定义的类。
• 添加缺失的文档ComplexHeatmapPlot插槽和方法的类。
• 实施合理的动态选择设置的默认值。

• 提取化验与dimnames正确的索引。

  2.1.8版本的变化

• 固定的传奇点大小协变量连续控制。

• 扩展控制传奇点大小的小提琴情节和辛顿的情节。

  2.1.7版本的变化

• 添加控制传奇点大小的“文本”类别下“视觉参数”框。

  2.1.6版本的变化

• 固定的错误sizeBy观察员。

  2.1.5版本的变化

• 固定的初始化面板大小的当前值“组织面板”窗口时关闭并重启。

• 固定移除最后一个面板的接口。

  2.1.4版本的变化

• 添加进度条时输出面板输出。

• 固定失踪的部分createLandingPage()手册页。

  2.1.3版本的变化

• 固定的处理逻辑> 1当处理ComplexHeatmapPlot CustomRowsText槽的构造函数。

  2.1.2版本的变化

• 增加了一个新的小插图描述面板链接。
• 固定的文档* DynamicSource插槽。
• 固定的接待单从情节选择初始化。

• 被弃用功能。

  2.1.1版本的变化

• 添加装饰图案记录的使用内存不足为大数据矩阵。
• TENxPBMCData表明:补充道。

iSEEu

1.1.9版本的变化

• 确保全局参数只影响面板在施工期间。

  1.1.8版本的变化

• 添加AggregatedDotPlot面板显示概略介绍点阴谋。

  1.1.7版的变化

• 改进的安全性和正确性的计算度的数量。

  1.1.6版本的变化

• 版本撞击触发重新安装新的iSEE类定义。

  1.1.5版本的变化

• 添加了所有面板类通过.definePanelTour panel-specific旅游()一般。

  版本1.1.4的变化

• 广义DE-related全局的工作模式,而直接指定可接受的名字。

• 对齐DynamicMarkerTable对待getTableExtraFields()与全局策略。

  1.1.3版本的变化

• 进行全局参数的处理更大的一致性。
• 添加了LogFCLogFCPlot绘制两个相互比较。

• 转向KEGGREST通路的名字。

  1.1.2版本的变化

• 与一般FeatureSetTable GeneSetTable所取代。改进处理任意的特性集。
• 重命名DifferentialStatisticsTable DynamicMarkerTable更合适。构成了rowData。支持包含额外的字段

• 全局参数现在只影响MAPlots建设和VolcanoPlots。

  1.1.1版本的变化

• ReducedDimensionHexPlot方法改进文档。

IsoCorrectoR

1.6.2版本的变化

• 作为回应的是齐默尔曼bioconductor支持网站(https://support.bioconductor.org/p/132345/),日志空间阶乘被用来计算内部修正概率。

IsoformSwitchAnalyzeR

利用1.11.11版本的变化(2020-10-13)

• 更新类型:小。

• 固定的错误importIsoformExpression()在上次更新

  版本变化1.11.10 (2020-10-13)

• 更新类型:小。

• importIsoformExpression()的更新修复countsFromAbundance进口

  版本变化1.11.9 (2020-10-12)

• 更新类型:小。

• 更多更新的关于名称空间和依赖关系

  版本变化1.11.8 (2020-10-09)

• 更新类型:小。

• 描述更新关于名称空间

  版本变化1.11.7 (2020-09-30)

• 更新类型:小。

• 各种文档的更新

• 的绘制顺序的插曲switchPlot()时被改变,从而避免问题长期同种型的名字。

• analyzeSignalP()在处理SignalP5数据更新更健壮,很少进行预测。

  版本变化1.11.6 (2020-09-17)

• 更新类型:小。

• 更新的名称空间。

  1.11.5版本的变化(2020-09-14)

• 更新类型:小。

• 更新示例代码在importIsoformExpression ()

• 更新的名称空间

  版本变化1.11.4 (2020-09-10)

• 更新类型:媒介。

• importRdata()更新给序列名称的例子当fasta文件和表达数据之间没有重叠。

• importRdata()更新,试图营救失踪gene_name annoations(必须可能由于小说成绩单)和分裂合并基因(一个问题经常发生在记录装配工具,如袖扣/ StringTie)。

• importRdata()和importCufflinksFiles()与一个选项来udated打印一个估计的数量基因与微分同种型使用。

• isoformToGeneExp()和importGTF()更新寻找固定的注释问题importRdata()和给警告如果。

• 示例数据(从单个文件)更新,包括cd。

• extractGeneExpression()函数,提取基因switchAnalyzeRlist计数/表达水平。

• prepareSalmonFileDataFrame()和importSalmonData ()。联合这些功能使进口鲑鱼数据通过tximeta从而忽略注释的手动集成数据(gtf / fasta)

• isoformSwitchAnalysisPart2()更新只做浓缩分析如果足够多的事件被发现。

• 预滤器()更新应用这两个条件下的基因表达而不是平均在所有样本从而更好的过滤不可靠的基因。

• extractSplicingGenomeWide()和extractConsequenceGenomeWide()更新来处理缺失值在计算汇总统计。

• extractSplicingEnrichmentComparison extractSplicingEnrichment (), (), extractConsequenceEnrichment (), extractConsequenceEnrichmentComparison()更新使用binom.test()而不是prop.test()这个测试更适合在分析小数量的事件。

• extractSplicingEnrichment()和extractSplicingEnrichmentComparison()可说明的描述更容易被更新。

• extractSwitchOverlap()更新也在同种型开关图重叠,现在允许控制的维恩图。

• switchPlot()更新时只考虑dIFcutoff分类“增加/减少/不变的使用”。

• switchPlotIsoExp switchPlotGeneExp (), (), switchPlotIsoUsage()和switchPlotTranscript ggplot2()更新,使返回的对象(而不是印刷)

• 所有extractConsequence()和extractSplicing()函数更新使返回的ggplot2对象(而不是印刷)

• switchPlotTopSwitches()更新也有onlySigIsoforms论点。

• 各种文档更新。

  1.11.3版本的变化(2020-05-20)

• 更新类型:小。

• 处理GTF importRdata更新文件的附加信息。

• analyzeSignalP和analyzePFAM更新修复一个问题处理多个文件。

• analyzePFAM更新试图处理两个固定宽度文件和破碎的固定宽度的文件。

• isoformSwitchTestDEXSeq()和isoformSwitchTestDRIMSeq()与“keepIsoformInAllConditions”更新参数,允许一个同种型的数据保存在所有哪怕只是认为比较重要的在一个比较。真正的默认。

• importCufflinksData()更新处理pathToSplicingAnalysis时不习惯。

  版本变化1.11.2 (2020-05-12)

• 更新类型:小。

• 一个错误被纠正extractSequence()造成一个错误:“对象”filterShortAALength“未找到”。

• extractSequence () minimul长度一直在使用“removeShortAAseq”参数提高到11个氨基酸与包含了网站。

• 一个错误在importRdata固定只启用删除亚型在注释中找到。

  1.11.1版本的变化(2020-05-05)

• (凹凸版由于Bioconductor释放)。

• 更新类型:小。

• 更新的代码注释importRdata ()

• 更新的印刷信息importIsoformExpression ()

• analyzePFAM()的更新,使更健壮的进口fwf文件包括有或没有头。它还处理错误文件包含了关于文件的固定宽度时“卷曲螺旋”类型。

isomiRs

1.17.2版本的变化

修复

• 从dplyr解决n()错误。现在导入命名空间。

  1.17.1版本的变化

修复

• 修复错误的宠物猫在选择列。现在需要unlist coarce一个向量。

KEGGprofile

1.31.1版本的变化

• 修复bug genes_kept处理数据中NA

花边

版本1.0.1的变化

• 从Travis-CI Github的行动。

lefser

1.0.0版本的变化

• lefser是LEfSE R实现微生物标记方法发现。
• 它使用了克鲁斯卡尔-沃利斯检验,Wilcoxon-Rank和测试,和线性判别分析,发现生物标记物在组织和子块。
• 看到纸上的方法:https://doi.org/10.1186/gb - 2011 - 12 - 6 - r60

limma

3.46.0版本的变化

新功能

• 添加新函数chooseLowessSpan ()。

• 与一个非空fitFDist ()协变量现在适合一个平滑的趋势比以前用更少的花键(节)除非有至少30观测。这也影响squeezeVar()和ebay ()趋势= TRUE。

• 添加新的参数output.styleweightedLowess ()。

• write.fit(现在)输出一个空白的列标题行名称,这样的列名称分隔输出文件会同意的列数(类似于写作。在基本包csv)。

代码的改进

• 构造子集和contrasts.fit()现在工作即使浸MArrayLM对象。系数组件是缺席。

• volcanoplot()现在提示用户运行ebay()如果不包含假定值的对象。

• 检查和添加更多的信息错误消息getEAWP()和lmFit()数据对象时失踪,零或零行。

• RGList构造子集,MAList、EListRaw EList, MArrayLM或检测结果对象现在除了接受参数我或j但忽略了他们没有一个错误。如果一个用户添加了一个相关的下降类比论证的矩阵构造子集。以前产生一个错误。

• 构造子集的检测结果现在需要两个参数,与上面列出的所有其他数据对象类。以前单一指数构造子集(例如对象[我])是允许的。

• 零权重的改进治疗weighted.median ()。

• 更一致的使用rep.int (), rep_len()和代表整个包()。

• 在适当的地方用NA_real_代替NA。

• 添加一个消息topTableF()警告说,函数是过时和limma的未来版本将被删除。删除用法topTableF()从用户的指南。

• 删除过时的toptable()函数,它已被正式弃用赞成toptable()自2018年2月1日起。

文档

• 修改和扩展weightedLowess帮助页面。

• 添加更多关于“等级式”的解释方法的细节部分decideTests()帮助页面。

• 加注意强调轰轰帮助页面不是一个适当的工具来分析expresssion措施规范化了图书馆的大小。

• 修改的帮助页面plotMDS()澄清,该函数可以产生PCA情节以及PCoA情节。

• 添加示例EList-class帮助页面。

• 编辑到易趣帮助页面。

• 编辑概念的帮助文件的条目(参考手册索引)。

错误修复

• 修改write.fit(),以便输出文件的列名称是正确的时候数字=零和适合对象只包含一个系数列。以前同样的对比的名字是重复的列名系数,t和p。值,使他们难以区分。

• 错误修复arrayWeights()时y包含NAs,设计矩阵有几个列和一些但不是全部基因没有残余df。

lipidr

2.4版本的变化

• 添加归罪函数没有针对性lipidomics数据集

• 添加函数相关的箱线图丰富lipidsets链长度和不饱和现象

LRBaseDbi

2.0.0版本的变化

• pkgtitle makeLRBasePackages pkgdescription选项被添加

Maaslin2

1.3.2版本的变化

• 解决问题为元数据变量x从箱线图标签失踪没有水平和增加马克斯jpg格式写。

• 更新检查变量有超过两个的水平需要的用户提供的参考模型和箱线图更严格(忽略UNK水平数,不检查,如果是一个因素,并检查所有的水平数字忽略连续变量)。

• 修复ZINB错误。

  1.3.1版本的变化

• 添加其他non-LM随机效应能力模型。

• 添加方差过滤选项的默认设置为0。

• 标准化目前过滤和N.not后执行。0是计算untransformed空间。还包括小编辑同步的手稿。

• 添加引用选项所需固定效应变量有超过两个的水平。参考模型和使用的箱线图。

• 更新的热图包括所有分类的水平。

maftools

3.12版本的变化

错误报告

• 错误的重复数据删除的情况下,验证加。问题:623
• 解决重复lollipopPlot2域标签。问题:614
• 修复拷贝数在coBarPlot标签和着色。问题:609
• 解决颜色问题注释在oncoplot R < 4.0。问题:599

增强

• 更新,TCGA三甲。所有变体MC3结果限制和协调安捷伦35.8 MB捕获工具。看到了什么? tcgaCompare细节。问题:612
• 添加SIMC1蛋白质域数据库。问题:616
• 增加coOncoplot sampleOrder1和sampleOrder2参数。问题:592
• 添加gene_mar coOncoplot outer_mar参数。问题:260
• 增加样本容量mafCompare警告消息。问题:602
• 添加cohortFontSize axisFontSize tcgaCompare

新功能

• 添加filterMaf函数。

弃用

• signatureEnrichment将在未来被弃用。目前遗留的目的一直警告消息。问题:607 615

MAGeCKFlute

1.9.1版本的变化

• 关掉Depmap分析《天方夜谭》中,因为它是费时

• 使用计数在EnrichedView NES是不可用的

  1.8.1版本的变化

• 更新标准基因的名字

• 调试ScatterView的颜色问题

• 删除scale_color_npg和数据的使用。表::从DensitiView融化

• 删除从enrich.GSE nPerm参数

• 从NCBI ftp下载GO-gene关系文件夹

• 多个进口表明移动

• 用pathview替换view_allpath。来p in FluteMLE to allow users to set the number of pathways for pathview visualization.

马尔

0.99.4版本的变化

• 缩进代码更新。

• 重命名类和构造函数从马尔马尔10月23日,2020年。

  0.99.3版本的变化

• Bioconductor单包构建错误

  0.99.2版本的变化

• 扩展描述和改变了binwidth参数柱状图10月16日,2020年。

  0.99.1版本的变化

• 添加Authors@R描述文件。

  0.99.0版本的变化

• 提交马尔0.99.0 Bioconductor 10月2日,2020年。

MatrixGenerics

1.2.0版本的变化

• 下降和类型添加到通用的签名(行|坳)分位数(< URL: https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/pull/14 >)。

• 同步API与matrixStats v0.57.0 (< URL: https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/issues/17 >)。

• 添加默认方法与用户友好的回退机制(< URL: https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/pull/16 >)。建议包现在加载第一次MatrixGenerics”一般被称为(如第一次MatrixGenerics: colVars ())。使用这种新方法,如果用户通过dgCMatrix对象,如果sparseMatrixStats已经加载,将“工作”和回退机制不会试图加载任何东西。

• 调度方法矩阵对象表对象时提供(< URL: https://github.com/Bioconductor/MatrixGenerics/pull/15 >)

事

1.15.1版本的变化

错误修复

• 从“()”删除“…”

megadepth

0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 文档的网站现在可以在http://LieberInstitute.github.io/megadepth/。它被更新主分支上的每一个承诺(bioc-devel)使用GitHub行动和pkgdown。

MesKit

0.99.11版本的变化

变化

• 准备Bioconductor 4.0版本。

• 修正:
  • 解决“plotCNA”没有显示“chrSilent”。
• 其他变化:
  • 更新例子。

  • 删除无用的数据集。

    版本变化0.99.0 (2019-06-01)

变化

• 创建包。

metabCombiner

版本变化0.99.0 (2020-09-11)

• 提交给Bioconductor

metabolomicsWorkbenchR

0.99.0版本的变化

• Bioconductor提交

metaMS

1.25.1版本的变化

• 单元测试故障修复

  1.25.0版本的变化

• 添加新函数SearchNIST(只有Windows操作系统)

MetaNeighbor

1.9.1版本的变化

• 添加几个参数来控制快速MetaNeighbor和MetaNeighborUS的版本

• 添加函数pre-train MetaNeighbor模型。

• 添加预处理函数合并SingleCellExperiment对象。

• 集群添加有关meta-clusters效用函数,图形和可视化。

metaseqR2

版本变化1.1.21 (2020-08-05)

新功能

• 创建UCSC的跟踪和装配中心通过提供FASTA基因组组装和/或申请一个不受支持的或自定义的有机体。

错误修复

• 固定的问题rownames在导入现有的计算表。

  版本变化1.1.19 (2020-07-29)

新功能

• 没有一个

错误修复

• 固定的几个问题关于定制GTF注释导入,尤其是当GTF符合小GTF标准。

• 固定的几个警告导致错误R > 4.0。

  版本变化1.1.18 (2020-07-03)

新功能

• 简单的量化,QC和报告现在允许无需定义一个对比或统计测试。

• 只有对比的定义,但没有统计测试只需要褶皱变化计算。

错误修复

• 固定定义类/函数剩菜NOISeq集成。

  版本变化1.1.17 (2020-06-29)

新功能

• 集成功能从弃用包DESeq和NOISeq为了保持潘多拉

错误修复

• 固定报告事故与新readTargets包装器函数。

  版本变化1.1.16 (2020-06-22)

新功能

• 增加了对阅读目标YAML的支持

错误修复

• 固定“rnacomp”情节试图导入JSON db而不会运行。

• 固定的报告“exportWhere”NA时崩溃。

• 其他一些小的bug修复

  1.1.15版本的变化(2020-06-12)

新功能

• 允许简单的微分外显子分析

错误修复

• 固定注释从UCSC的(rn, danRer)休息。

• 固定崩溃当使用excludeList(由于属性列表构造子集)后消失了。

  版本变化1.1.13 (2020-05-25)

新功能

• 调和平均数的假定值组合方法(威尔逊,2019 - https://doi.org/10.1073/pnas.1814092116)

• 添加一个新的数据集(hg19pvalues)包含一组基因的假定值从Giakountis et al ., https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.05.038中使用的主要装饰图案以及操场假定值的组合

错误修复

• 重大故障修复!statDss返回的假定值的顺序是不一致的与其余的统计功能。

• 其他一些小的bug修复。

MetCirc

版本变化1.19.0 (2020-07-02)

• 适应MSnbase变化(MSpectra重命名的光谱)

MethReg

0.1.0版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

methrix

1.4.00版本的变化

• read_bedgraphs()支持bedgraphs文件从“Bismark_cov”、“MethylDackel”、“MethylcTools”,“BisSNP”、“BSseeker2_CGmap”

• write_bedgraphs()支持输出multiBed和metilene文件格式

• write_bigwigs()出口methrix对象作为要人

  1.2.10版本的变化

• BSgenome ref构建解析错误。问题:# 24

• 显示哪些论文认定bedGraphs装船时失踪。问题:# 22

• 快HDF5处理。公关:# 21

• 包括手工write_bedgraphs SeqStyle选项()函数。体育:# 20

• 添加的理由SeqlevelsStyle bedgraph trackline。公关:# 19

methylKit

1.15.3版本的变化

新功能和特性

• methCall冗长参数添加到允许输出的完整沉默,这将由processBismarkAln设定了详细的论证

改进和错误修正

• 更新R要求(> = 3.5.0)

• processBismarkAln:
  • 添加详细的参数
  • 更新测试
  • 更新文档
• joinsegmentneighbours:
  • 抓时只有一个组
• regionCounts:
  • 更新文档:提到输出将默认排序
  • 修复# 195
• 装饰图案:
  • faq段关于regionCount添加到小插图解释为什么我们订单输入区域
  • 更新款代替processBismarkAln methyldackel何时使用它
  • 修复# 162

• 添加大量测试bedgraph出口

• 更新为getMethylationStats和导出测试

• 为getCoverageStats添加大量的测试

• 为normalizCoverage添加大量的测试

• 更新检查dataSim:
  • 如果样品标识检查长度(sample.ids) = = #复制

• 更新测试getMethylDiff

• 团结destranding:
  • 确保高的数字不是用于科学记数法
  • 修复# 129
  • 切换到数据。基于表destranding是更快和更节省内存更多的地区
• methseg:
  • 捕获错误时加入片段只生产单一的范围
  • 修复# 195
• calculateDiffmeth:
  • 检查输出等于记忆和tabix文件

  • 修复# 189

    1.15.2版本的变化

改进和错误修正

• 检查。dbdir:抓住如果路径= root dir (“/”)

• methRead:

  • 为调用.procBismarkCytosineReport添加缺失的环境参数
  • 修复https://github.com/al2na/methylKit/issues/198

微生物组

2.1.2版本的变化(2020-07-01)

• 核心的热图标签改善

• aggregate_top_taxa弃用

• 双峰性和potential_analysis功能固定的

  改变版本2.1.1 (2020-04-06)

• 添加重叠函数

microbiomeExplorer

1.0.0版本的变化

• 释放

MicrobiotaProcess

1.1.13版本的变化

• 删除retrieve_seq mapply_retrieve_seq功能,因为这些需要互联网。这可能会导致时间时检查。星期五(2020-10-16)

  1.1.12版本的变化

• 在diff_analysis修改一个错误。phyloseq:改变tax_table (ps) ps@tax_table避免tax_table为空时产生误差。(2020-10-15,清华)

  1.1.11版本的变化

• 更新drop_taxa的例子。(2020-10-14,结婚)

  1.1.10版本的变化

• 时更新ggdiffclade支持data.frame输入减少是正确的。星期五(2020-08-28)

  1.1.9版本的变化

• 更新ggordpoint适合使用当用户想要通过手动设置映射。(星期二,2020-08-25)

  1.1.8版本的变化

• get_taxadf, get_alltaxadf diff_analysis支持函数数据集或其他类型的数据集。(我2020-08-17)

  1.1.7版的变化

• 错误修复:cladetext论点ggdiffclade忽略了,现在已经修好了。星期五(2020-08-14)

• 弃用论点:树的大小参数控制线路的宽度被弃用。(2020-08-14,星期五linewd取代它)。

  1.1.6版本的变化

• removeUnkown参数已经在ggdiffbox removeUnknown取代,ggeffectsize, ggdifftaxbar ggdiffclade。(2020-08-12,结婚)
• 类参数与diff_analysis classgroup所取代。(2020-08-12,结婚)

• 添加在ggdiffclade inward_circular布局。(2020-08-12,结婚)

  1.1.5版本的变化

• ggdifftaxbar支持png, tiff格式。(我2020-08-10)

• 添加停止信息在diff_analysis状态类参数。(我2020-08-10)

  版本1.1.4的变化

• 添加tax_table get_taxadf信息的结果。星期五(2020-08-07)

  1.1.3版本的变化

• 改变根据dplyr (v = 1.0.0)(2020-08-05,结婚)
• 删除rename_和group_by_

• 修改90年在ggdiffclade布局的角度倾斜或矩形(2020-08-05,结婚)

  1.1.2版本的变化

• 修复一个缺陷。当第一个等级分类单元级别(国)是NA。

miRSM

1.7.2-1.7.3版本的变化

• 更新miRSM。R < 2020-09-18,星期五>

  1.7.1上版本的变化

• 更新module_Coexpress函数< 2020-08-21,星期五>

米奇

1.0.12版本的变化

• 修复问题> 3 d绘图造成相反的名字

mixOmics

6.14.0版本的变化

新功能/改进/改变

• circosPlot:特征的径向位置的名字现在可以使用var.adj cutomised
• 添加情节和打印方法nipals输出(# 87)
• 所有Discriminat现在只在模式运行=回归分析(# 79)
• cim参数变化:阈值被截止
• nipals和pca与缺失值允许跳过输入矩阵的调整
• tune.block。splsda现在允许随机数种子也是并行处理(# 72)
• 新biplot pca方法家庭(# 90)

错误修复

• plotIndiv:传说bug misspecified组解决
• plotIndiv:传说现在命令输入,而不是按字母顺序
• spca的阴谋方法问题解决
• plotLoadings。spca bug var.names现在固定(# 81)
• ipca弃用警告固定

MOFA2

0.99.0版本的变化

• 方案提交给Bioconductor

MOGAMUN

0.99.0版本的变化

• 提交Bioconductor。

motifStack

1.33.14版本的变化

• 消除RNA图案的反向互补对齐。

  1.33.13版本的变化

• 狭窄的预定义的字体。

  1.33.12版本的变化

• 解决这个问题pcm2pfm如果列数不相同。

  1.33.11版本的变化

• 更新标记允许标签+线/矩形。

  1.33.10版本的变化

• 为AA主题添加校准功能。

  1.33.9版本的变化

• 解决这个问题clusterMotifs AA的主题

  1.33.8版本的变化

• 解决的问题为预定义的字体符号的位置

  1.33.7版本的变化

• 更新检查内容

  1.33.6版本的变化

• 在pcm2pssm修复bug

  1.33.5版本的变化

• 在pcm2pssm修复bug

  1.33.4版本的变化

• 添加pssm类

  1.33.3版本的变化

• 取代MotIV matalign。

• 添加cutoffPval motifSignature函数。

  1.33.2版本的变化

• 添加参数coloredSymbols环境

  1.33.1版本的变化

• 改变grImport grImport2 MotIV建议。

• 使用roxygen2生成帮助文件。

MouseFM

版本变化0.99.9 (2020-08-23)

• 检查包错误修复getURL函数

  版本变化0.99.8 (2020-08-13)

• Getter / Setter后端服务器的URL

  版本变化0.99.7 (2020-06-08)

• 更新数据库

• 新作者

  版本变化0.99.1 (2020-05-22)

• 更新.gitignore

  版本变化0.99.0 (2020-05-21)

• 提交Bioconductor

  版本变化0.1.0 (2020-05-04)

• 创建

msa

1.21.1版本的变化

• 改变msaClustalW()例子与R 4.0.x顺利运行在Windows上

• 关于集群添加警告msaClustalW()帮助页面=“upgma”窗口

  1.21.0版本的变化

• 新分支Bioconductor 3.12重击

MsCoreUtils

1.1版本的变化

1.1.7变化

• 重写c(“左”、“右”,“内”“外”)加入c < 2020-10-06 >星期二。

1.1.6变化

• 重写最近在C < 2020-09-24 >星期四。
• 解决# 65和# 66。

1.1.5变化

• 添加…功能加入和比较峰值;也看到# 131。

1.1.4的变化

• 改变引用特性QFeatures < 2020-07-14 >星期二
• 确保最近接受参数公差的长度1或(x);参见# 61,公关# 62 < 2020-08-07 >星期四。
• 现在应该紧公差参数在长度1或(x)(之前的长度(表))< 2020-08-20 >星期四。

1.1.3变化

• 为空表最亲密的、共同返回一个向量的长度x NA或假,分别(而不是1和真正的)。修复55 # < 2020-06-18 >星期四。
• 最近和共同忽视NA表< 2020-06-19 >星期五。
• 针对单一data.frame或修复rbindFill DataFrame作为输入< 2020-06-23 >星期二。

1.1.2的变化

• 新的colCounts()聚合函数< 2020-05-27 >结婚。

1.1.1变化

• 添加一些流行的距离/相似矩阵:ndotproduct neuclidean navdist nspectraangle;参见公关# 33。

• 弃用注意添加到dotproduct < 2020-05-22 >星期五。

1.1.0变化

• Bioconductor猛击(Bioc 3.12版本)

MSEADbi

0.99.0版本的变化

• 包发布

msImpute

0.99.26版本的变化

• 更新文档msImpute

  0.99.25版本的变化

• 修复错误msImpute手册页

  0.99.24版本的变化

• 错误修复l2bary内部函数

  0.99.23版本的变化

• selectFeatures msImpute现在使用信息理论方法为3月/ MNAR找到信息特征的诊断和评估优化排名,分别。

• λmsImpute现在估计的数据,使用贝叶斯解释收缩算子。

• msImpute可以运行在三个模式:“v1”是原始softImpute-als算法的实现,“v2”是增强低秩估计在这个版本更新,实现“v2-mnar”改编的低秩MNAR数据模型。关于方法在文档的更多细节。

  0.99.22版本的变化

• 提交给Bioconductor

MSnbase

2.15版本的变化

2.15.7变化

• 固定的一些一致性处理报告(由@stanstrup贡献)。

2.15.6变化

• 添加extractSpectraData函数从MSnExp或光谱中提取所有数据对象作为DataFrame光谱包使用。

2.15.5变化

• combineSpectraMovingWindow收益参数ppm允许定义m / z的相对差异。

2.15.4变化

• 添加splitByFile OnDiskMSnExp提供一个更有效的分割方法。

2.15.3变化

• 重命名MSpectra光谱类。
• 重命名MChromatograms色谱类。

2.15.2变化

• 添加MSnbase2引用条目< 2020-05-15 >星期五

2.15.1变化

• 解决办法:不读mzTab两次< 2020-05-05 >星期二

2.15.0变化

• Bioconductor猛击(Bioc 3.12版本)

MSPrep

版本变化0.99.0 (2020-10-02)

• 提交给Bioconductor

msPurity

1.15.1版本的变化

• 更新开发匹配错误修复的主人

  1.14.1版本的变化

• rdpc算法的更新(参见https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/78)

• 对齐算法的更新(参见https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/79)

• 解决spectralMatching类型的“扫描”之前错误输出不匹配

MSstatsConvert

0.99.0版本的变化

• 添加日志utitilies: MSstatsLogsSettings MSstatsSaveSesionInfo。
• 导入和清洗数据添加功能:MSstatsImport MSstatsClean。
• 添加预处理功能:MSstatsMakeAnnotation、MSstatsPreprocess MSstatsBalancedDesign。

• 添加装饰图案。

  版本0.0.1的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

MSstatsPTM

版本变化0.99.0 (2020-09-28)

• 提交给Bioconductor

MSstatsTMT

1.6.6版本的变化(2020-10-13)

• 修复bug在转换器由于分数相同的意思是,和和最大价值

• 在转换器由于summaryforMultipleRows修复bug

• 修复bug OpemMS转换器由于重复的行

  1.6.3版本的变化(2020-06-05)

• 允许NA注释文件

  1.6.2版本的变化(2020-06-02)

• 修复bug在proteinSummarization()函数,确保输入dataProcess data.frame

  1.6.1版本的变化(2020-05-10)

• 更新groupComparisonTMT每个蛋白质()进行预测

MSstatsTMTPTM

版本变化0.99.0 (2018-09-21)

• 提交给Bioconductor

MultiAssayExperiment

1.16.0版本的变化

新功能

• 强制方法列表/ MultiAssayExperiment方法现在可用。

Bug修复和小改进

• 提供更多的细节为mergeReplicates文档
• 改进的文档访问器函数返回值,helper函数例子(@llrs # 281)
• 固定错误当使用longFormat性格分析矩阵(@jonocarroll # 282)

multicrispr

版本变化0.99.0 (2020-04-24)

• 提交给Bioconductor

multiGSEA

0.99.0版本的变化

• 包添加到Bioconductor

multiHiCcompare

版本变化1.7.1上(2020-08-28)

• 跟踪消息

• 凹凸版

• 更新R版本依赖从3.5.0到4.0

• 导出的对象添加到名称空间BiocCheck错误引起的

• 添加引用,README。md文件

• 更新描述添加米哈伊尔·Dozmorov维护者o添加URL和BugReports字段

musicatk

版本变化0.99.10 (2020-10-02)

预发布

• 预发布版本提交给Bioconductor musicatk包

NanoMethViz

1.0.0版本的变化

• 初始Bioconductor释放

NBAMSeq

1.5.1版本的变化(2020-05-04)

• 更新的引用

ncRNAtools

版本变化0.99.9 (2020-10-01)

• 引入0.99.6恢复变化

• 将SSL安全级别设置为1在Linux环境中在OpenSSL 1.1.1绕过一个bug

  版本变化0.99.6 (2020-09-29)

• 改变了所有url的http来防止问题通过HTTPS访问网站时由于在OpenSSL 1.1.1 bug

  版本变化0.99.4 (2020-09-07)

• 介绍了在Bioconductor审查修改建议

  版本变化0.99.0 (2020-07-24)

• 提交给Bioconductor

Nebulosa

0.99.94版本的变化

• 颜色规模现在基于scale_color_viridis_c ()

  0.99.93版本的变化

• bioconductor发布稳定版

  0.99.92版本的变化

• 设置BiocCheck需求

netDx

版本1.1.4的变化

变化

• 新功能在交互光滑的突变,从稀疏

体细胞突变

• BiocFileCache使用更新

NewWave

版本变化0.99.5 (2020-09-08)

• 修改optimd函数来防止减少的似然函数采用mini-batch commonwise色散

  版本变化0.99.0 (2020-09-08)

• 提交bioconductor

  版本变化0.2.0 (2020-09-07)

• 矩阵和延迟数组框架完成运行

ngsReports

1.5.5版本的变化

• 添加进口SJ.out importSJ。标签文件从对准器明星

• 添加plotType = plotSeqContent“残差”()

  1.5.4版本的变化

• 允许忽略所有importNgsLogs basename()调用函数

• 添加累积GC阴谋plotGcContent()作为plotType =“提供”

• 改变了plotSeqLengthDistn绘图选项名称从累积提供()

• 宣布弃用runFastQC ()

  1.5.3版本的变化

• 固定错误plotOverrep

Omixer

0.99版本的变化

• Bioconductor最初版本。

• 添加新闻文件。

• 改变图像路径在装饰图案。

OmnipathR

版本变化1.99.0 (2020-10-03)

• 新的测试
• 很多小的修正
• 更新包元数据

• 准备Bioconductor 3.12

  1.3.4版本的变化(2020-08-04)

• 许可证和密码处理

• 可以针对不同的服务器选择吗

  1.3.1版本的变化(2020-06-05)

• 除了包的网站。
• 修改pdf装饰图案的html。
• 主要的重构功能。
• 补充细胞间网络的功能。
• 修改细胞间的类别。

OncoSimulR

版本变化2.19.2 (2020-06-03)

• 所有更新:添加麦哲伦exprTk和澄清的贡献。

  2.19.1版本的变化(2020-05-05)

• 偶尔的失败@test.sample-prob。在Windows 386 R # 42

  版本变化2.19.0 (2020-05-05)

• 当前Biocdevel撞版本相匹配。

onlineFDR

版本1.8.0的变化

修改

• 统一输入算法

• 添加单元测试

• 更新的作者

openCyto

3.11版本的变化

增强

• 允许控制每一步的最低限度的事件数量GatingTemplate # 298

错误修复

• 以.improvedMinDensity处理更多的边界情况

• 添加了一个修复gate_tautstring所使用的密度估计

  3.10版本的变化

API的变化

简单的重命名

• gate_flowClust_1d - > gate_flowClust_1d
• gate_flowClust_2d - > gate_flowClust_2d
• tautStringGate - > gate_tautstring
• templateGen - > gh_generate_template
• add_pop_init - > gs_add_gating_method_init
• add_pop - > gs_add_gating_method
• remove_pop - > gs_remove_gating_method
• 得到的。helperGates - > gs_get_helpergates
• 切换。helperGates - > gt_toggle_helpergates
• 删除。helperGates - > gs_delete_helpergates
• getNodes - > gt_get_nodes
• getParent - > gt_get_parent
• 调用getChildren - > gt_get_children
• getGate - > gt_get_gate
• 门- > gt_gating

• registerPlugins - > register_plugins

  类和方法不再出口

• registerGatingFunction
• gtMethod
• gtPopulation
• polyFunctions
• ppMethod

错误修复

• 一些小gt_toggle_helpergates修复
• 解决“积极的”参数gate_mindensity匹配文档

OrganismDbi

1.32.0版本的变化

错误修复

• (诉1.31.1)负载OrganismDb对象即使不是搜索路径。参见https://support.bioconductor.org/p/134141/

先驱者

1.7.1上版本的变化

• 搬到S3 / S4方法兼容弗雷泽

• 由于S3 / S4变化较小的参数名称发生变化主要ods - >对象或x

• 修正:# 29

莲花

0.99版本的变化

• 实质性的变化准备Bioconductor提交添加S4泛型类/方法/ o与MultiAssayExperiment集成

  变化在0.1版本中(2020-01-09)

• 最初的开发版本

网页排名

版本变化0.99.0 (2020-09-21)

• 提交给Bioconductor

过去的

1.4.1版本的变化(2020-04-30)

• bug修复和新最低R版本

pathview

1.29.1版本的变化

• 发展版本现在可以在GitHub: https://github.com/datapplab/pathview

• 固定警告”requireNamespace (pkg.name)”geneannot.map。R和sim.mol.data.R。现在从org.Hs.eg“进口”。数据库,而不是“建议”。也从AnnotationDbi进口更多的函数和类。

• 避免潜在的错误引起的类(exprs) = =“data.frame”或“阶级()= =”如果条件多个函数。类(exprs)现在返回一个向量的长度2,导致错误。

pcaExplorer

2.16.0版本的变化

其他的笔记

• 取代依赖从d3heatmap热图的功能

PCAtools

version 2.2.0变化

• 添加支持覆盖可变载荷biplot箭头

• 更好的定位三角形对电脑标签的阴谋

• 添加功能来包围样品组

• 添加功能绘制统计椭圆置信区间

• 用户现在可以添加标题和传奇这些默认将被添加

peakPantheR

1.3.4版本的变化(2020-10-23)

• 添加缺失的函数导出的GUI

  改变v1.3.3 (2020-10-11)

• 闪亮的图形用户界面

  1.3.2版本的变化(2020-09-29)

• Unittest Ubuntu 20.04.1 LTS校正数值精度

  1.3.1版本的变化(2020-09-21)

• 基于参考化合物的保留时间校正过程

• 高斯(EMG)峰值拟合指数修改

PepsNMR

版本变化1.7.1上(2020-07-21)

错误修正

• 调试ReadFid当原始数据的类型是双(即如果DTYPA = = 2)

periodicDNA

0.3.2版本的变化

• 重要的是:

• 实现data-raw的再现性

• 小:

• 改变了xlim常态。distr.情节在plotPeriodicityResults ()

  版本变化0.3.1 (2020-05-05)

• 重要的是:

• rollmean (k = 3)现在应用正常化之前,原始分布向量
• plotPeriodicityResults()输出返回一个情节(cowplot)
• 现在返回Rle getPeriodicityTrack ()
• 改善绘图功能-现在显示重组plotPeriodicityResults ()

• 添加ggplot2主题

• 小:

• 改变了许多变量名(所有snake_case)
• DNAStringSet sampleGRanges现在成熟的函数(农庄,性格和BSgenome方法)
• sampleGenome sampleGRanges.character别名
• 增加了sacCer3 getPeriodicity BSgenomes
• 添加getPeriodicity DNAString方法
• 添加了一个小插图描述内部步骤
• 在README澄清用户级函数
• 添加ce11_TSSs数据
• 重命名generateperiodicitytrack作为getPeriodicityTrack
• 在getFPI和getPeriodicity重命名变量

• 创建一个实用程序char2BSgenome ()

  版本变化0.3.0 (2020-05-03)

• 添加测试
• 添加getFPI函数
• 清理的功能
• 清理的功能依赖关系
• 添加玩具数据

• 添加装饰图案

  版本变化0.2.1 (2020-03-04)

• 添加特拉维斯构建检查
• 简化README.md

PGA

1.19.1版本的变化

• set2key、set2keyv key2的数据。表被弃用,已经被移除。

phantasus

1.9.5版本的变化

• 支持预加载的会话

  1.9.3版本的变化

• 改变Dockerfile nginx + rApache(默认端口更改)

PharmacoGx

2.1.12版本的变化

• 添加实验支持一个新类,LongTable, PharmacoSet存储敏感数据。
• 因为这不是测试,我们不离开更新通过downloadPSets PSets可用的函数。
• convertSensitivitySlotToLongTable,相反,我们提供了一个方便的函数将PharmacoSet对象,将@sensitivty槽中的数据转换为LongTable PharmacoSet对象并返回一个更新。
• LongTable类将用于未来允许PharmacoSets商店与多种药物治疗反应的实验或细胞系,极大地扩大了各种数据可以存储在一个PharmacoSet对象。
• LongTable类的更多信息,请参见CoreGx包的装饰图案。

PhosR

0.1.5版本的变化

• 重要更新和添加到文档
• 主要写作风格符合BioC改变代码
• 更新TC示例数据

PhyloProfile

1.3.11版本的变化

• 添加过滤parseInfoProfile co-orthologs数量()

  1.3.10版本的变化

• 计算的百分比呈现类群var1和var2后过滤

• 固定过滤器在处理高分类排名

  1.2.8版本的变化

• 增加了新的NCBI分类排名(如生物型、孤立、pathogroup…)

• 添加函数重置分类数据

  1.2.7版本的变化

• 解决问题与新NCBI分类排名“进化枝”,代之以“norank”

  版本1.2.6的变化

• 固定的错误不能点击定制概要文件子集的分类单元

  变化在版本4

• 固定的错误检查无效的分类单元的id

  这次1.2.1版本的变化

• 固定的错误rankIndexing processNcbiTaxonomy

• 改善检查无效输入分类单元的id

Pigengene

版本变化1.15.20 (2020-09-28)

现有功能的变化

• 当自动计算共识的阈值函数,我们现在不允许超过1是兼容bnlearn 4.6.1。

  版本变化1.15.16 (2020-09-22)

现有功能的变化

• 现在可以确定模块的模块。热图函数使用新的mes的论点。

  版本变化1.15.14 (2020-09-08)

错误修复

• combine.networks汤姆现在真正消除了大文件当doRemoveTOM = TRUE。

  版本变化1.15.12 (2020-06-22)

现有功能的变化

• DiseaseColors参数的阴谋。pigengene函数现在可以自动设置。

错误修复

• pheatmap。类型现在好工作即使样本的数量只是一个条件1。

pipeComp

版本变化0.99.43 (2020-07-20)

• 现在有可能继续运行尽管错误,和扩大合并的能力

  版本变化0.99.27 (2020-04-29)

• 的绘图函数scRNAseq集群管道(scrna_evalPlot_DR和scrna_evalPlot_clust)已经被更灵活,pipeline-generic函数(evalHeatmap)和silhouette-specific绘图函数(scrna_evalPlot_silh)。一般的热图着色方案也被更改为清晰的做有意义的改变。

  版本变化0.99.23 (2020-04-21)

• 添加SVA-DEA管道和装饰图案

• 对任何PipelineDefinition标准化结果的热图

  版本变化0.99.7 (2020-04-01)

• 提交给Bioconductor

  版本变化0.99.3 (2020-02-07)

• 作出了重要修改scRNAseq管道,大大简化的格式输出。结果,结果包不了的旧版本兼容当前版本的聚合和绘图功能。

plyranges

1.9.3版本的变化

• 小拼写和布局补丁装饰图案,

• 在装饰图案@PeteHaitch更正表布局

  1.9.2版本的变化

• 小文档的整理

  1.9.1版本的变化

• 斯宾塞Nystrom join_nearest家族多次重大贡献的功能:

1. join_nearest_ (x, y,…,距离= TRUE)家庭功能现在需要一个新的论点,距离,它允许用户添加一个列的距离最近的范围y的x。
2. add_nearest_distance_ (x, y,…)的家庭功能,将添加一个新的元数据列的x范围对象包含距离其最近的邻居y。如果没有最近的邻居,新列将缺失值。

聚酯

1.99.3版本的变化

• NB函数现在出口

• 注意,在GitHub上版本1.1.0版本1.99.3 Bioconductor。

  1.99.2版本的变化

• 错误修正片段一代(最后2基地的成绩单没有测序)

POMA

0.99.45版本的变化

• PomaOutliers bug修复
• 新引用PomaRankProd帮助
• PomaLimma和PomaUnivariate缺陷相关的协变量分析固定

• 弯头的方法来计算最优数量的集群PomaClust函数中添加了

  0.99.37版本的变化

• POMA Bioconductor已被接受!
• PomaRankProd小虫固定
• 作者更新

• Bioconductor标志

  0.99.33版本的变化

• 评审过程中所有问题Bioconductor已经解决

• POMA EDA装饰图案添加

  0.99.16版本的变化

• BiocCeck要求固定
• 例子中添加功能

• pkgdown文件从主分支

  0.99.0版本的变化

• POMA现在提交Bioconductor !
• 所有功能实现正常工作
• 所有测试完成
• 实现所需的覆盖(> 95%)
• 小插曲和文档准备好了第一个版本

preciseTAD

版本变化0.99.6 (2020-08-30)

• 主要preciseTAD函数的简化,许多参数保持默认

• 主要装饰图案重写

• 添加pkgdown网站

• 更新描述阿包描述

• 开始跟踪消息

  版本变化0.99.4 (2020-07-14)

• 准备释放

  版本变化0.99.0 (2020-06-16)

• 初始版本

高伦雅芙

0.99.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

proDA

1.3版本的变化

• 逃避结果系数的名字如果result_names(),它们包含潜在的有问题的字符(参见问题# 4)

后代

的变化版本2020-10-14 (2020-10-14)

• 模型矩阵不是访问的本地和全球环境

  的变化版本2020-09-01 (2020-09-01)

• 固定问题rownames当使用后代与排列的功能

  的变化版本2020-06-09 (2020-06-09)

• 网站:谷歌分析

  的变化版本2020-04-27 (2020-04-27)

• 后代网站开发

重大更新以下要点:

• 添加鼠标模型中包含14通路矩阵

• 人类的模型矩阵扩展到14通路

• 增加了以下功能:progenyPerm progenyScatter, progenySavePlots getModel

• 添加测试和测试数据

• 添加的小插图使用的后代单细胞RNA-seq数据

• 处理修对象添加功能

pRolocGUI

1.99版本的变化

1.99.2版本的变化

• 固定警告概要图
• 固定颜色匹配factet阴谋

1.99.1版本的变化

• 应用程序更新为新的shinydashboardPlus风格
• 选项保存块高清图像
• 用户设置colourpicker创建人物
• 支持数据导出到csv
• 支持批量导入搜索
• 主成分分析应用与探索应用所取代
• 新的聚合应用程序
• 分类应用程序删除

psichomics

1.14.4版本的变化

• 提高文件浏览器对话框:
• 现在正确地允许在macOS选择单个文件
• 现在正确地在Windows允许选择一个目录
• 正确设置默认位置在Linux中打开一个文件
• 内部改进
• 数据加载:
• 加载压缩数据时提高性能(广州和BZ2文件获取)
• 增加可选的冗长而加载文件
• 加速加载VAST-TOOLS的夹杂物水平
• 解决加载VAST-TOOLS的夹杂物水平有时关于复制行名称返回一个错误
• 解决问题和缺失值可变剪接事件的复杂性VAST-TOOLS的夹杂物水平

• 编辑教程加载用户提供的数据,使用命令行版本

  1.14.3版本的变化

• 修复由于运用API的变化响应单元测试

  1.14.2版本的变化

对加载更多数据格式的支持

• getSplicingEventData():得到一个表的所有信息对于一个给定的数据集可变剪接的量化数据
• VAST-TOOLS包含水平和基因表达表:
• 进口VAST-TOOLS输出文件(包含水平,cRPKMs和基因读计数表);在可视化的界面,使用用户提供的数据加载面板和加载一个特定的可变剪接量化或加载文件夹包含这样的文件;在命令行界面,使用loadLocalFiles ()
• 解析VAST-TOOLS剪接事件的命令行界面,使用例如parseSplicingEvent (“HsaEX0007927”,数据= VASTTOOLSpsi)
• 支持导入包含表与任意可变剪接事件标识符(这些事件将不可用的信息,比如事件类型和同源基因)
• SRA元数据:
• 从SRA运行自动加载元数据选择器(通常会在文件名为SraRunTable.txt)避免需要使用prepareSRAmetadata ()
• GTEx数据加载(loadGtexData ()):
• 支持从V8 GTEx加载数据,V7中,V6或V4版本
• 组织GTEx数据文件夹命名为基于发布版本
• 编辑教程加载用户提供的数据

新功能

• plotSplicingEvent ():
• 可变剪接图现在自动呈现,而不是显示SVG代码(如果打印多个事件,一个表显示事件标识符和各自的图)
• 情节基因内区保留事件(如从VAST-TOOLS)
• plotLibrarySize():情节图书馆从基因表达数据的大小
• 可变剪接量化滤波(可视化界面):
• 新的面板允许过滤已经加载的可变剪接量化基于事件类型,样品,PSI统计(如中值、方差和范围)和同源基因(一些过滤步骤可能不是在使用用户提供的表包含水平)
• 基于个人ψ值过滤数据量化可变剪接时(也可用)
• 过滤器VAST-TOOLS事件基于其质量分数读报道
• 切换的具体统计数据基于可变剪接量化值时过滤
• 预览原始和过滤事件在一个易于使用的阴谋
• 基因表达过滤:
• 切换时特定的基于基因表达数据值过滤(视觉接口)
• 参数用于filterGeneExpr()和normaliseGeneExpression()现在作为属性的函数返回
• 差异分析:
• 工具提示的火山地块现在包括可变剪接事件的图
• 基因转录和蛋白质注释(可视化界面):
• 表明基因根据加载数据
• 改变物种和组装时获取信息
• 改善PubMed文章查询的接口,包括持久用户输入标签即使改变选定的基因
• 提高PubMed文章结果的相关性
• 更快的计算行/列意味着,中位数、方差和范围(有利于策划大型数据集的统计信息)
• 包括Dockerfile创建码头工人图像基于代码修改

Bug修复和微小的变化

• 进度条现在动画在较早的版本
• 数据加载(可视化界面):
• 允许丢弃选定的文件在文件浏览器输入元素
• 当创建组样本指数/标识符,表明样品名称不仅从样本中获得信息,而且从可变剪接量化和基因表达数据集
• 现在“浏览…”按钮打开文件浏览器选择文件夹数据存储(如预期)GTEx和SRA面板
• 只有pre-create组基因(基于以基因列表)如果至少一个基因存在于任何加载数据集
• 正确解析基因符号包含下划线
• 修复基因表达总结情节在特定情况下不显示
• 解决图书馆规模情节不能正常工作,导致呈现问题
• 修复设置用来量化可变剪接不出现
• 读取一个文件时显示错误了(例如,如果文件可用内存太大)
• 显示警告如果没有GTEx数据选项被选中
• 显示文件的文件名用于负载基因表达和可变剪接GTEx和SRA的数据
• 在面板的接口显示有用的上下文信息
• 提高视觉界面和次要的出版者
• 本地数据加载:
• 支持加载数据从GTEx V8或以前的版本
• 修复错误格式的帮助提示当使用闪亮的1.4.0或更新(视觉接口)
• 基因表达过滤:
• 隐藏信息的使用没有设计矩阵
• 可变剪接注释:
• 试图加载缓存可变剪接注释如果超时
• 包括基因符号定义注释(如果有)
• 考虑可能的文件名更改从VAST-TOOLS解析注解时,rMATS, SUPPA和味噌
• 可变剪接事件选择(视觉界面):
• 包括加载指标而寻找事件
• 减少数量的操作在选择一个事件
• 修复崩溃当改变可变剪接量化数据集没有选中的剪接事件
• 允许直接搜索使用事件标识符
• 显示事件标识符,而不是漂亮的标识符,以避免混乱
• 数据分组(可视化界面):
• 简化群体选择界面
• 修复建议属性和索引/标识符在组的创建不了不断变化的数据集,这些数据不可用时(因此显示的属性/索引/标识符之前的数据集)
• 展示一个警报当没有数据创建组
• 降维:
• performPCA()和performICA()现在直接提高错误(不是简单地捕捉和返回)
• PCA:加载块现在显示解析信息的事件(同源基因,事件类型和基因组的位置),如果可用
• PCA:正确的剪接事件现在被选中当点击任何载荷的载荷图(视觉接口)
• 微分分析(可视化界面):
• 使用组颜色密度块微分表达式表
• 修复偶尔崩溃当执行差异分析与不同数量的组织在同一会话
• 工具提示的火山地块现在正确地定位在高分辨率的屏幕
• 正确的剪接事件现在被选中当点击密度图或表中的生存曲线
• 当创建一组从微分拼接结果,正确设置同源基因的可变剪接事件
• diffAnalyses():弃用ψ参数已经删除
• 分布的阴谋(plotDistribution ()):
• 隐藏所有情节系列后,隐藏Y轴(地毯情节的不同群体有任意的Y值容易区分)
• 地毯区基因表达密度现在放在X轴
• 相关性分析(可视化界面):
• 警告在选择基因在选定的基因表达数据集(而不是崩溃的应用)
• print()扩展到更好的基因列表对象上的显示信息;如打印(getGeneList ())
• 解决问题在安装包:
• 修复错误当R中的单元测试4.0或更高版本(字符串数据帧不默认转换为因素)
• 修复R CMD检查Unicode的警告符号翻译在Windows

• 修复比较Rcpp签署和无符号整数函数

  1.14.1版本的变化

修复单元测试4.0 R

PureCN

1.20.0版本的变化

新功能

• 支持GATK4 GenomicsDB导入映射计算偏差

• 添加-additionaltumors PureCN。R提供覆盖文件从额外可用的从同一个病人活检

• 现在PSCBS分割识别目标断点的第一个不相干的吵时,在目标地区从而提高灵敏度

• Beta-binomial模型runAbsoluteCN现在使用的适合数据库映射的偏见。我们计划在即将到来的版本设置为默认,感谢反馈。

用户可见的明显变化

• 我们现在检查如果POP_AF或POPAF log10新的Mutect2版本一样。

• 添加支持GERMQ信息字段包含Phred-scaled生殖系概率。

• 检测Mutect2 VCF更可靠

• 更新Mutect2失败标志:“strand_bias”、“滑动”,“weak_evidence”、“定位”,“单体型”

• 删除已经normal.panel.vcf。文件从setMappingBiasVcf

• 删除已经interval.weight。文件从segmentationPSCBS segmentationCBS processMultipleSamples

• 使calculateIntervalWeights已经

• 改变默认的min.normals calculateMappingBiasVcf / Gatk4 1从2

• 改变默认的“signatures.exome.cosmic.v3 -signature_databases。may2019”(v3代替v2)

• 现在警告如果不使用-funsegmentation推荐

• 添加callAmplificationsInLowPurity并行选择

• callMutationBurden现在使用所有未经目标时可调用的地区不提供可调用的

• plotAbs染色体模式现在显示广泛的log2比率(可以检查离群值)

• vcf.field移动。前缀从predictSomatic runAbsoluteCN因为现在增加了更多的前体细胞和映射VCF偏见

• 改变默认的runAbsoluteCN min.ploidy至1.4

修正

• 修复与CNVkit崩溃时输入log-ratio包含高度负异常值

• 固定一个bug preprocessIntervals / IntervalFile。R时输入包含重叠和滞留时间间隔

• 修复崩溃当GC-correction试图在空覆盖(例如非目标区域没有任何不相干的读)

• 解决VCF FA字段包含缺失值时崩溃

• 修复的bug callAmplificationsInLowPurity会导致一个错误的染色体百分位

QFeatures

0.99版本的变化

QFeatures 0.99.4

• 解决办法:提高nNA新的实现和额外的单元测试< 2020-10-23 >星期五

QFeatures 0.99.3

• 新特性:longFormat函数返回一个长DataFrame定量数据与元数据(见# 116)< 2020-10-8 >星期四
• 构成了rowData方法返回一个列表,其中包含新功能:构成了rowData为所有的化验(见# 86)< 2020-09-16 >结婚
• 读单个列的时候colnames试验(见# 108)< 2020-09-09 >结婚

QFeatures 0.99.2

• infIsNA补充道。
• 添加克利斯朵夫Vanderaa作为一个作家。

QFeatures 0.99.1

• 地址评论Bioconductor审查(有关详细信息,请参阅提交问题。

QFeatures 0.99.0

• Bioconductor提交

qPLEXanalyzer

1.7.3版本的变化

• 修复的规模限制corrPlot c (0, 1)

• 修复bug在回归强度控制列没有被删除

  1.7.1上版本的变化

• 装饰图案改为HTML

• 添加corrPlot textsize参数

• 允许缺失值比例正常化

QuasR

1.30.0版本的变化

新功能

• 添加qProfile binSize理由

RadioGx

版本1.0.1的变化

• 进一步从RadioGx功能抽象为CoreGx依赖包

• 协调功能和API设计符合PharmacoGx R包

  1.0.0版本的变化

• RadioGx存档为提交Bioconductor凹口
• 分子配置文件数据已经从ExpressionSet迁移到SummarizedExperiment允许将多个化验以及符合Bioconductor最佳实践
• 写了一个装饰图案突出包装的简单用法

RaggedExperiment

1.14.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 更新包MatrixGenerics变化(rowRanges通用的新位置)

randRotation

变化的1.1.1版(2020-09-23)

• contrastModel()函数添加到支持与旋转

• 小插图扩展

• 反对df_estimate()函数

rBiopaxParser

2.29.1版本的变化

• 删除功能传递减少,进口nem包(Bioconductor退出)。

RCy3

2.10.0版本的变化

• 新功能:
  • getCurrentStyle, # 15
• 添加系统。睡眠车cyr步骤…
  • createNetworkFromDataFrames, # 98
  • importNetworkFromFile
  • importNetworkFromNDEx
  • exportNetworkToNDEx
  • updateNetworkInNDEx
  • importFilters
  • 创建* * *过滤器
  • applyFilter
  • updateStyleMapping
  • setVisualPropertyDefault

• 重构getNetworkViewSuid

• 特殊的404例.cyError处理

• 错误修复# 94:添加基础。url参数

• 进行错误处理和消息传递

ReactomeGSA

1.3.6版的变化(2020-09-01)

• 改善analyse_sc_clusters SingleCellExperiment对象定义单元分组因素和使用一个字符串指定metada字段。

  1.3.4版本的变化(2020-09-01)

• 固定错误analyse_sc_clusters当处理SingleCellExperiment对象。

  改变v1.3.3 (2020-05-26)

• 更新的文档

  1.3.2版本的变化(2020-05-26)

• 添加SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE错误在较早的Windows系统的解决方案。

  1.3.1版本的变化(2020-04-29)

• 添加选项隐藏在plot_correlations非重要途径

reconsi

1.1.2版本的变化

• 恢复到非参数null估计

• 默认随机抢七了reconsi(),但在testDAA ()

  1.1.1版本的变化

• “参数”更名为“permZvals resamZvals”,这是更准确的
• 允许₀提供而不是估计
• 实现返回参数

recount3

0.99.0版本的变化

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 文档的网站现在可以在http://LieberInstitute.github.io/recount3/。它被更新主分支上的每一个承诺(bioc-devel)使用GitHub行动和pkgdown。

recountmethylation

0.99.0版本的变化

• 添加getdb数据库文件下载和加载的功能

• 添加servermatrix函数来获得最新的数据库文件的元数据

• 添加用户指南和数据分析小插曲

• 添加元数据和data_analyses。RData /本月/ extdata

  0.01版本的变化

• 添加关键查询/访问器函数。

• 添加包装饰图案。

收回

版本变化1.17.1 (2020-05-03)

新功能

• 新的注释基于SQLite数据库。重建必须执行,否则此应用程序就会打破。下载一个现成的注释也可以(见小插图)。

• 更支持基因组

• 快,高层概要文件基于RPM的报道

• 速度和代码的改进

错误修复

• 固定的错误导致多次运行相同的操作当分块请求。

RegEnrich

0.99.19版本的变化

• 修复bug在.regSEA函数。

  0.99.18版本的变化

• 更新R 4.0.0依赖版本。

  0.99.17版本的变化

• regenrich_diffExpr函数的修正错误。
• 为% > %添加一个例子。

• 使用Authors@R (cre)的名称。

  0.99.16版本的变化

• 进口magrittr

  0.99.15版本的变化

• 修复一个缺陷在regenrich_rankScore函数。

• 再出口管道% > %。

  0.99.14版本的变化

• 添加\不标记。
• 优化科恩函数。

• 取代bplapply pickSoftThreshold2拉普兰人的功能。

  0.99.13版本的变化

• 修复bug的plotSoftPower窗口。
• 科恩和入库单函数的隐藏文件。

• 把doParallel包从进口。

  0.99.12版本的变化

• 删除.Rpoj文件。

  0.99.11版本的变化

• 删除\ dontrun标签的例子。
• 删除lazyData:真正的描述。
• 格式化使用BiocStyle小品文。
• 替换消息文件的消息。md文件来track changes to the package.
• 一些包在描述文件移动到依赖进口。
• DeaSet类继承SummarizedExperiment类。
• RegenrichSet类继承DeaSet类。
• TopNetwork类继承BiocSet类。
• topResult和丰富对象allResult槽宠物猫而不是数据帧。
• 分数类继承了宠物猫。

• TopNetwork DeaSet显示方法,丰富,分数和RegenrichSet对象已经优化。

  0.99.1版本的变化

• 提交Bioconductor。

regionReport

1.23.2版本的变化

用户可见的明显变化

• 不再显示DESeq以来这个包已被弃用。

regutools

1.1.3版本的变化

用户可见的明显变化

• 现在的包引用文件已经更新,在线论文regutools https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btaa575/5861528 DOI 10.1093 /生物信息学btaa575 PMID: 32573705。

文档更新

• roxygen版本更新包括建立新roxygen版本和文档。

  1.1.1版本的变化

用户可见的明显变化

• 现在的包引用文件已经更新的预印regutools DOI https://doi.org/10.1101/2020.04.29.068551 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.068551v1。

ResidualMatrix

1.0.0版本的变化

• 新包ResidualMatrix,包含从BiocSingular ResidualMatrix类迁移。

rfaRm

版本变化1.1.10 (2020-10-13)

• 添加丢失的物品(alignmentEndPositionQuery)输出rfamSequenceSearch文档的列表

  版本变化1.1.9 (2020-10-13)

• 固定一个错误导致序列与序列搜索超过10000基地崩溃

  1.1.6版本的变化(2020-10-01)

• 将SSL安全级别设置为1在Linux环境中在OpenSSL 1.1.1绕过一个bug

  1.1.5版本的变化(2020-09-30)

• 引入1.1.4恢复变化

  改变版本1.1.4 (2020-09-29)

• 改变了所有url的http来防止问题通过HTTPS访问网站时由于在OpenSSL 1.1.1 bug

  改变版本1.1.3 (2020-07-18)

• 固定一个错误导致序列搜索崩溃时应用家族竞争过滤和一些Rfam家庭没有发现相关的家族

  1.1.2版本的变化(2020-07-15)

• 固定一个错误导致序列搜索崩溃时应用家族竞争过滤和匹配被发现——链

  变化的1.1.1版(2020-07-08)

• 添加过滤器的可能性的一个序列搜索家族竞争

• 现在可以提供超过10000个核苷酸序列作为输入的序列搜索Rfam数据库

rGREAT

1.21.1版本的变化

• parseRegionGeneAssociationFile():解析还考虑职位,没有信号。

rgsepd

1.21版本的变化

• 改变一些比小于或等于迹象,以确保我们得到结果。

• 规划一个重构来处理其他基因识别系统和数据集的例子。没有完成

rhdf5

2.34.0版本的变化

新功能

• 添加支持对文件的读访问Amazon S3 bucket(目前只能在非windows平台上)。

• 包括读和写的支持分布在rhdf5filters动态压缩过滤器。

变化

• 所有数据集用h5write rhdf5-NA()现在有属性。好的补充道。这是用来表明rhdf5是用来创建文件,用户不需要告知特定的值将被映射到NA在R。

错误修复

• 修复bug在H5Dget_storage_size错误的C函数被称为()。

• NA值逻辑数据类型在读写时,现在保存回R (https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/58)。

• 固定的错误当试图写一个向量只包含空字符串(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/60)。

• h5ls()和h5dump()不再崩溃当给定一个文件包含递归或重复组(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/48)。

• 阅读复合数据集至少有一个8位整数字段现在(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/71)。

• 固定的问题写data.frame包含一个列的原始值。这些列查找在创建一个复合数据集。

• 补丁早期解除()阅读时一个枚举类型,可能导致段错误(https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/73)

rhdf5filters

1.2.0版本的变化

错误修复

• 现在通过R CMD的编译配置LDFLAGS BLOSC过滤器。

ribosomeProfilingQC

1.1.6版本的变化

• 解决这个问题在shiftReads读取宽度和readsEndPlot seqlevels。

  1.1.5版本的变化

• 关于R版本的更新文档的需求。

  版本1.1.4的变化

• 更新的作者。

  1.1.3版本的变化

• 修复错误“qnarrowing后雪茄是空的”。

  1.1.2版本的变化

• 更新装饰图案修复拼写错误。

• 更新plotTranscript给更多的信息警告消息。

  1.1.1版本的变化

• 更新装饰图案为更好地理解管道通过添加背景颜色。

RNAAgeCalc

1.1.2版本的变化(2020-09-20)

• 添加引用和自述文件

  变化的1.1.1版(2020-06-24)

• 取代“DESeq”与“DESeq2”整个包

rnaEditr

0.99.1版本的变化

2020-10-01

rnaEditr补充道。Rproj成.gitignore修复错误。

0.99.0版本的变化

2020-09-22

我们计划提交到这个星期五Bioconductor,这里是gitlab链接问题,我们解决BiocCheck()错误,警告,并指出:https://gitlab.com/Jennyzly2016/rnaEditr/-/issues/64

RNAmodR

1.3.5版本的变化(2020-08-30)

• 错误修复为GRangesList注释数据。只允许重叠元素

  1.3.1版本的变化(2020-04-29)

• 添加统计函数访问使用的阅读数量的详细信息进行分析

RnaSeqSampleSize

版本变化1.99.2 (2020-10-22)

错误修复

• 改变代码的包通过R 4.0.3的所有Rcmd检查

RnBeads

2.7.1版的变化

• 转换从RnBeadRawSet RGChannelSet补充道

的方式

2.17版本的变化

2.17.4版本的变化

• 修复失败的单元测试< 2020-08-26 >结婚

2.17.3版本的变化

• 修复失败的单元测试(匹配错误消息改变)< 2020-07-01 >结婚

2.17.2版本的变化

• 修复失败的单元测试(术语改变)< 2020-06-09 >星期二

2.17.1版本的变化

• 修复失败的单元测试(去描述改变)< 2020-05-01 >星期五

2.17.0版本的变化

• Bioconductor猛击(Bioc 3.12版本)

ROSeq

1.99.01版本的变化

• 没有错误,但从男人文件夹删除额外的文件

  1.1.12版本的变化

• 更新后的小插曲和自述文件和主文件中的示例
• 出版(预印本BioRxiv):补充道

rrvgo

1.1.3版本的变化

• 警告用户在没有分数,从而提供回落项的大小分数排名

  1.1.2版本的变化

• 修复错误,将打破reduceSimMatrix ()当没有分数

rScudo

1.5.1版本的变化

用户可见的变化

• 更新的引用

• 返回一个错误如果有重复表达数据样本的名字

rsem

0.99.0版本的变化

• 初始释放Bioconductor

Rsubread

版本变化测试盒框

• isPairedEnd的参数featureCounts()现在是用来检查是否输入读取(paired-end或单头)的类型是正确地指定。

• 添加了一个新的参数的countReadPairs featureCounts指定如果读双应该paired-end读取数据。

• 变化的输入参数和输出cellCounts()函数。CellCounts将生成一个纸样scRNA-seq样本包含的数据,基于样本指数集名称由用户提供。返回的列表对象结构cellCounts()也简化了。cellCounts()现在也输出文件和一个gzip的BAM FASTQ文件为每个样本包括生读。

RTCA

2009-07-13版本的变化

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

RTCGAToolbox

2.20.0版本的变化

新功能

• 添加了RNASeq2Gene槽FirehoseData类。本数据类型主要获得RNASeq v2 raw_counts管道(scaled_estimates也可用;@mherberg # 39)
• 添加了一个accmini示例数据集从getFirehoseData获得
• getLinks函数显示了用户一些文件来源基于请求的数据
• 新弃用功能:getDiffExpressedGenes、getCNGECorrelation getSurvival getReport。不再是维护人员可以更新这些函数的方式将有利于用户。需要转移责任,即另一个包。
• 小插曲就会更新来反映代码库的变化。

Bug修复和小改进

• 改进内部函数将表格数据转换为Bioconductor类
• 失踪(NA) seqnames皈依RaggedExperiment时被删除
• 从GitHub删除静态文件的依赖关系,并使用文本内部函数(@DavisWeaver # 34)
• 为使SummarizedExperiment辅助数据集添加默认值
• 强迫样品名称字符时(罕见)情况下它们的数字
• 添加了一个省略参数biocExtract指定名称。在表格数据对应于行SummarizedExperiment的名字

Rtpca

版本变化0.99.2 (2020-06-05)

• 提交给Bioconductor

rWikiPathways

1.10.0版本的变化

• 已经getColoredPathway

• 医生解决办法:例子包括固定和格林尼治时间样本

  于版本1.8.5变化

• 医生解决办法:clusterProfiler添加引用

  1.8.4版本的变化

• 医生解决办法:固定路径分析装饰图案

  1.8.3版本的变化

• 错误修复:格林尼治时间解析# 16

  1.8.2版本的变化

• 医生:与BridgeDbR装饰图案

• 错误修复:固定rjson替换

S4Vectors

0.28.0版本的变化

用户可见的明显变化

• DataTable类与RectangularData类所取代。

• DataTable_OR_NULL换成DataFrame_OR_NULL类。

• 添加parallel_slot_names()通用矢量衍生品和方法。这个替换vertical_slot_names ()。“纵向”和“横向”的概念槽现在RectangularData概念只即RectangularData衍生品应该定义vertical_slot_names()和horizontal_slot_names()方法。RectangularData衍生品也向量衍生品,这两种方法应该通常被定义为一个同义词parallel_slot_names ()。例如horizontal_slot_names()现在返回parallel_slot_names () DataFrame导数和vertical_slot_names()将返回parallel_slot_names SummarizedExperiment导数()。

• makeClassinfoRowForCompactPrinting()现在是出口。

• showAsCell()现在修剪> 22个字符的字符串。

• 小的调整显示为Rle对象()方法。现在使用showAsCell()而不是as.character()的更紧凑的显示运行Rle对象的值,并与其他显示的一致性()方法(如DataFrame对象与方法)。

弃用,已经

• parallelSlotNames()现在已经在BioC 3.11)(后被弃用。

错误修复

• 修复胁迫SimpleList DataFrame。

• 修复bug在showAsCell()在普通的数据帧。

• 确保showAsCell()作用于non-subsettable对象的列表。

SAIGEgds

v1.3.3变化

• 基于集合的测试:负担,ACAT-V

  1.2.2版本的变化

• 更新引用

• 解决gcc-10

sangeranalyseR

0.99.1版本的变化

• 基类:SangerReads是用来存储每个转发/衣服的翻边读。

  0.1.0版本的变化

• 项目开始。

SCATE

1.0.0版本的变化

• 提交Bioconductor

scCB2

0.99.31版本的变化

• 添加额外的过滤的数据(多个物种)的混合物。

  0.99.30版本的变化

• 添加的数量阈值最高的基因,用于测试步骤。这避免了大量的假阳性超高空间数据集,例如10 x粗俗的数据。

  0.99.29版本的变化

• 稀疏矩阵计算皮尔逊相关的更新功能。新功能更准确。

  0.99.25版本的变化

• 改变了R回到4.0.0的依赖。

  0.99.24版本的变化

• 删除《天方夜谭》中加快构建直接下载文件。
• 改变了R依赖性,这样包可以建在老R版本。

• 改变小插图标题匹配引用。

  0.99.23版本的变化

• 小编辑的README.md

  0.99.22版本的变化

• 收到了来自Bioconductor评论家的评论。
• 从进口BiocStyle:建议:。
• 修改后的小插曲。删除GitHub安装指令。
• 改变默认值的Ncores 2。

• 改变输出CB2FindCell SummarizedExperiment对象。GetCellMat相应改变。改变的例子,并相应地testthat。

  0.99.21版本的变化

• 更新testthat脚本。

• 在Read10xRaw.R小bug修复。补充道。numeric when building sparse matrix.

  0.99.20版本的变化

• 更新的引用。

  0.99.19版本的变化

• 小编辑包小插曲。bob彩票平台

  0.99.18版本的变化

• 小错误修正。

• 小编辑包小插曲。bob彩票平台

  0.99.17版本的变化

• 初始版本Bioconductor准备提交。

  0.99.16版本的变化

• 改变函数名Read10X Read10xRaw, Read10Xh5 Read10xRawH5。
• 改变参数名称PrintProg冗长。
• 参数的描述函数GetCellMat小编辑。

• 添加一个快速函数QuickCB2通过结合所有必要的功能。输入:原始数据的目录中。输出:过滤矩阵,或修对象包含过滤矩阵。

  0.99.15版本的变化

• 将条形码分成组类似的条形码数量时,最后一组最后将结合第二组如果条形码最后一组的数量小于一半的在第二组。

  0.99.14版本的变化

• 改变参数名称相匹配的论文:保留- >上。背景- >低。

  0.99.13版本的变化

• 圆形的基线阈值。
• 小变化对装饰图案。

• 错误修复时保留阈值大于任何条码。

  0.99.12版本的变化

• 小变化对装饰图案。

• 基线(2 *背景)聚类阈值将被打印出来。

  0.99.11版本的变化

• 定制的膝盖点计算函数。
• CB2FindCell将在标准输出打印保留阈值。

• 小bug修复当没有集群。

  0.99.0版本的变化

• 创建初始github页面。
• 创建包。
• 创建的小插曲。
• 检查包…通过R CMD检查和BiocCheck。
• 准备提交Bioconductor。

scDataviz

1.0.0版本的变化

• 提交给Bioconductor

scDblFinder

版本变化1.3.25 (2020-10-26)

• scDblFinder有重要的改进速度、鲁棒性和准确性

• 额外的双重要求,scDblFinder报告假定的起源(集群)的对比

  版本变化1.3.19 (2020-08-06)

• scDblFinder现在主机的双重检测方法以前部分食物

scDD

版本变化1.13.1 (2020-08-17)

• 当测试不同比例的0,如果贝叶斯逻辑回归不能收敛对于一个给定的基因(例如,如果有完美的分离条件),那么将返回NA(而不是抛出错误。

短链脂肪酸

版本变化0.99.0 (2020-08-13)

• 提交给Bioconductor

scp

0.99版本的变化

scp 0.99.4

• 更新安装说明< 2020-10-14 >结婚

scp 0.99.3

• 解决办法:解决无效构造子集的问题< 2020-10-14 >结婚
• 适应了装饰图案消除警告和修复缺失的PCA阴谋。< 2020-10-14 >结婚
• 自述文件。md:扩展安装指南,提供了一个稳定的和猛击的安装。< 2020-10-13 >星期二
• LazyLoad从描述文件中删除和调整数据加载(如数据(scp1)数据(“scp1”)) < 2020-10-13 >星期二
• 文档:添加数据集合描述3示例数据集< 2020-10-13 >星期二

scp 0.99.2

• 解决办法:computeFDR可以处理缺失值(参见问题# 12)< 2020-10-02 >星期五

scp 0.99.1

• 维护人员订阅bioc-devel邮件列表
• 删除infIsNA,实现感动QFeatures包

scp 0.99.0

• Bioconductor提交

scPCA

版本变化1.3.10 (2020-10-16)

• 从亚伦Lun实施改进建议

  版本的变化就开始(2020-10-12)

• scPCA现在接受DelayedMatrix对象作为目标和背景的数据集。

  版本变化1.3.8 (2020-09-01)

• 小bug修复

  1.3.6版的变化(2020-08-30)

• 固定问题,需要n_centers当只有一个点球和对比

• 用户现在可以通过集群因素和特征向量参数。

  1.3.5版本的变化(2020-08-18)

• 固定引用文档
• 提供更详细的警告当RSpectra: eigs_sym无法收敛

• 包括argumetns scPCA控制RSpectra: eigs_sym收敛:错误宽容和最大迭代次数

  1.3.4版本的变化(2020-08-12)

• 取代调用基础:由RSpectra特征::eigs_sym加速eigendecompositions对比协方差矩阵。cPCA现在执行更快只有实现计算少数几个主要的对比主要组件。
• 取代调用数据::x和coop::柯伐合金加快大样本协方差矩阵的计算。

• 在未来的更新,我们想探讨使用DelayedArray框架支持大数据集的分析。

  改变v1.3.3 (2020-08-08)

• n_centers参数不再重要时当长度的对比参数是1和惩罚项设置为0。

• 用户现在可以通过在自己的集群标签

  1.3.2版本的变化(2020-08-05)

• 更新scPCA功能文档
• 佩林纠正的错误

食物

1.18.0版本的变化

• 弃用coassignProbs(),因为这是被咆哮::pairwiseRand ()

• 弃用boostrapCluster(),因为这是被咆哮::bootstrapStability ()。

• 弃用gene.names =各种成对*函数的范围。

• 添加了testLinearModel()函数来获得线性模型的推论。

• 修改pseudoBulkDGE()使用公式/函数在设计=参数。允许对比=一个特征向量通过运行makeContrasts ()。

• 添加了pseudoBulkSpecific()函数来测试semi-label-specific度视总体分析。

• 添加了summaryMarkerStats()函数来计算一些基本的汇总统计数据标记过滤。

• 行修改。在findMarkers data =()来支持列表输入。添加了一个add.summary =选项包括摘要信息。

• 修改combineVar()和combineCV2()来支持输入列表。

• 弃用doubletCells(),因为这是取代scDblFinder:: computeDoubletDensity ()。

• 弃用doubletCluster(),因为这是取代scDblFinder:: findDoubletClusters ()。

• 弃用doubletRecovery(),因为这是取代scDblFinder:: recoverDoublets ()。

• 添加sparse-optimized方差计算modelGeneVar (), modelGeneCV2()和相关功能,这可能会导致轻微的变化由于数值结果精度。

• 出口combineBlocks()相结合,协助其他包的基于块的统计数据。

• 加洛斯=和密度。重量=选项fitTrendVar()来拯救overfitted曲线。

• 提出一个错误在denoisePCA()在不匹配矩阵和技术统计数据。

scRepertoire

改变版本1.2.3

• 改变了访问github的示例数据。我o repo: readRDS(url(“https://ncborcherding.github.io/vignettes/scRepertoire_example.rds”))

  1.2.2版本的变化

• 删除为了通过建立在Bioconductor Startrac-based功能。弃用,已经

• 反对StartracDiversity ()

  1.2.0版本的变化

提交

• Bioconductor scRepertoire提交的第一个版本。

用户可见的明显变化

• 添加支持SingleCellExperiement格式。

弃用,已经

• 反对combineSeurat赞成或combineExpression ()。

• 反对seurat2List赞成expression2List ()。

  0.99.18版本的变化

• 更新后的小插图作者信息

  0.99.17版本的变化

• 更新消息格式

• 编辑描述SingleCellExperiment R包

• 装饰图案中的信息更新

  0.99.16版本的变化

• 添加getCirclize ()

  0.99.15版本的变化

• 修改后的分子为指数函数

  0.99.14版本的变化

• 将支架从索引功能

  0.99.13版本的变化

• 添加exportTable剩余即功能

• 修改morisita指数来纠正错误

  0.99.12版本的变化

• 减少screp_example履行< 5 mB大小的要求。随机样本100个细胞和RNA数量从修对象删除

  0.99.11版本的变化

• 更新compareClonotype允许clonotype比较

  0.99.10版本的变化

• Bioconductor没有检测到更新的版本。

  0.99.9版本的变化

• Bioconductor没有爱——改变了修包进口而不是必需的,看看这将解决编制问题,导致死亡:9错误。

  0.99.8版本的变化

• 通过检查体系,让我们看看bioconductor有多恨它

  0.99.7版本的变化

• 但这一次,改变了colData导入

  0.99.6版本的变化

• 改变colData进口

  0.99.5版本的变化

• screp_example数据添加到包中

• 添加visVgene函数可视化V基因在细胞的分布

• 添加支持monocle combineExpression函数

• 更新文档combineTCR()和combineBCR ()

• 利用SingleCellExperiment更新文档格式

• 利用SingleCellExperiment格式更新的一幕

• 添加作者信息来装饰图案

• 介绍和结论添加到装饰图案

• 删除html编织装饰图案

• 删除描述性的代码片段

  0.99.4版本的变化

• 修改expression2List(),以便在元数据变量

  0.99.1版本的变化

• 改变了R (> = 3.6) (> = 4.0)

  0.99.0版本的变化

• 描述版本改为0.99.0

• seurat_example删除文件。rda,意外地承诺

• 删除git属性

• 减少修对象大小alluvialClonotype装饰图案

• 改变了alluvialClonotype评估仅占1条件

scTensor

2.0.0版本的变化

• 扩展到使用LRBase.XXX.eg 2.0.0版本。db-type包

• 省略了多次键入回车键执行示例(“cellCellReport”)

• lr。选项添加证据cellCellRanks()和cellCellDecomp中的()选择数据库构建CCI-tensor (cf。证据代码:https://github.com/rikenbit/lrbase-workflow)

• 唐森证据是嵌入在HTML报告。

• 相关的错误链接是.hyperLinks固定。

• 汽车库安装/ MeSH.XXX.eg.db加载。注意,这个函数是基于NCBI分类ID嵌入METATDATA表LRBase.XXX.eg.db sqlite3文件中。

• 参数的顺序cellCellSetting改变cellCellSetting (sce、lrbase标签,lr。证据=“所有”,颜色= NULL),和颜色参数被改变为可选参数。如果没有指定,颜色是自动选中。

• 的方式来指定cellCellSetting celltype标签了。

• 小插曲被修改。

• convertNCBIGeneID弃用。相同的功能可以作为scTGIF可用:convertRowID代替。

  1.4.1-3版本的变化

• 一个错误是固定在.cellCellDecomp.Halpern ()

scTGIF

这次1.2.1版本的变化

• 一个错误是固定在convertRowID ()

天窗

1.0.0版本的变化

• 从拟声唱法分裂破坏迁移所有non-visualization代码从后者。

• 蛇开始过渡到dot-separate参数名称从原始格式。

• 添加了一个geometricSizeFactors()函数,弃用几何在librarySizeFactors = TRUE ()。

• 求解downsampling downsampleBatches()现在与多目标将采样行为更加一致。

SDAMS

1.9.2版本的变化

• 更新描述单细胞参考手册中的数据。

  1.9.1版本的变化

• 添加单细胞的示例数据。

semisup

版本变化1.14.0 (2020-05-05)

• 更新的文档

SeqArray

1.29.2版本的变化

公用事业公司

• 显示一个警告,当一个未排序的索引中使用seqSetFilter ()

• 显示一个消息seqVCF_Header ()失败

• 一个新的选项“chr_prefix”seqGDS2VCF ()

错误修复

• seqVCF_Header ()修复的重叠群头的VCF如果有不同的领域

  1.28.1版本的变化

错误修复

• seqRecompress (verbose = FALSE)工作正常

• seqSetFilter (action =“推+组”)不应该重置过滤器之前设置一个新的过滤器吗

SeqGate

版本变化0.99.3 (2020-09-18)

• 更新关于SummarizedExperiment装饰图案和文档

• 更新关于SummarizedExperiment名称空间

  版本变化0.99.2 (2020-09-08)

• 改变代码SummarizedExperiment对象作为输入和输出

• 改变测试新代码

  版本变化0.99.1 (2020-09-01)

• 添加BugReports字段描述文件

• 固定的错误checkForReplicates函数的名称

• 取代了猫的消息,警告或停止

• 抑制unappropriate关键字(例如,错误,警告)的消息

• 取代外部数据集生成的数据集的测试

• 抑制rm(列表=())的测试

  版本变化0.99.0 (2020-07-09)

• 提交给Bioconductor

seqLogo

1.55.2版本的变化

新功能

• 添加访问器函数来访问pwm集成电路和共识

• 还可能指定颜色(通过设置填充)

• 增加了对RNA的支持标识

错误修复

• 取代类语句与是(…,"class")

SeqVarTools

1.27.1版本的变化

• 添加“平行”参数的方法。

sevenbridges

在version 1.19.2变化

改进

• 包maintainership转移。

  1.19.1版本的变化

错误修复

• 固定一个API问题无效的JSON运行时任务。
• 固定一个微妙的列类R 4.0.0以来绑定数据帧时不匹配的问题。

改进

• 使用data.table:: rbindlist()在可能的情况下增加数据帧绑定性能。

SharedObject

1.3.18版本的变化

• 使包函数过程安全

  1.3.8版本的变化

• 支持复杂的

• 支持pairlist

• 在可能的情况下使用memcpy复制数据

  1.3.7版本的变化

• 变化的参数。共享功能

• mustWork = FALSE默认情况下,将没有错误当nonsharable对象共享

• 支持环境对象

  1.3.6版的变化

• 支持S4对象

• 新调度方法(签名“任何”)的份额,并共享。共享功能

ShortRead

1.48版本的变化

新功能

• (v 1.47.1)countFastq ()数量的记录数量、核苷酸和质量分数在一个或几个fastq文件。

signatureSearch

变化在版本4 (2020-08-14)

• 支持定义基因设置数据库从得分矩阵通过设置高,低,以及padj达标gCMAP和方法的费希尔斯如是说

  1.2.2版本的变化(2020-07-11)

• 支持文件HDF5格林尼治时间转换文件(01矩阵)基因设置参考数据库gCMAP方法的和费歇尔斯如是说

simplifyEnrichment

0.99.5版本的变化

• 集群,考虑集群的大小只有1。

• 添加partition_by_kmeanspp ()。

• 上校可以设置为一个向量的颜色。

  0.99.4版本的变化

• 支持更多的本体。

• 支持计算相似矩阵基因重叠。

• 节点分区pam的有趣变化

SingleCellExperiment

1.12.0版本的变化

• 添加了rowSubset()函数作为标准位置的行子集。

• 添加colPairs()和rowPairs()来存储成对信息(如图表)。

• 添加方法规范S4Vectors兼容性。

singleCellTK

2.0.0版本的变化(2020-10-16)

• 增加了质量控制(空液滴检测、双重检测等)功能

• 导入数据从不同预处理工具的能力

• 出口能力SingleCellExperiment对象不同文件类型(平面文件,Python anndata)

• 添加功能的可视化数据

• 新CellViewer UI功能

• 改进的微分表达式,现在包括DESeq2, limma,方差分析

• 了修拉的工作流

单

在版本1.4.0变化

• 迁移的所有数据集getter函数celldex包。

• 流线型的小插图指向在< URL: //www.anjoumacpherson.com/books/devel/SingleRBook/ >这本书。

• 添加了一个限制trainSingleR =参数()和单()轻松地限制功能的一个子集。

• 弃用单一的方法=参数()。

• 防止意外data.frames ref =或测试=所有功能。

sitePath

1.5.25版本的变化

• 错误修复:使用“geom_point2”而不是“geom_tippoint”,以避免错误。

  1.5.24版本的变化

• 添加类型选择DNA序列和氨基酸。

• 反对“multiFixationSites”功能。

• 使用“y”参数突变标签选项的阴谋。sitePath”功能。

• 更好的传承“lineagePath”功能的解决方法。

  1.5.23版本的变化

• 创建“groupTips”函数来代替”。列表的函数fixationSites’和‘fixationPath”对象。

• 创建“sitesMinEntropy”函数输出原始熵最小化的结果。

• 创建“parallelSites”函数和其他函数返回对象如“plotSingleSite”和“as.data.frame”

  1.5.22版本的变化

• 解决缺少换行时打印“phyMSAmatched”对象。

• 创建“as.list。fixationSites”分组的检索技巧。

• 在“as.data.frame.fixationSites”删除“tipname”选项。

  1.5.21版本的变化

• 在某个角落情况下修复错误的组名。

• 使用“ggtree”“plotSingleSite”。

  1.5.20版本的变化

• 进一步解决“fixationSites”的合并问题。

  1.5.19版本的变化

• 加快“SNPsites”。

  1.5.18版本的变化

• 分岔检查分岔的系统发育树和力量。

• 在“fixationSites”修复路径合并问题。

  1.5.17版本的变化

• 导入“aes”和“主题”从“ggplot2”。

  1.5.16版本的变化

• 允许关闭标签突变的阴谋。fixationSites虽然集群名称变成了强制性的传奇。

• 从“ggplot2”导入“scale_color_manual”。

• 更新装饰图案。

  1.5.15版本的变化

• 错误修复:NA在集群名称。

  1.5.14版本的变化

• 添加”。treedata“函数”fixationSites”。

  1.5.13版本的变化

• 分层命名的集群。

  1.5.12版本的变化

• 建立“phyMSAmatched”S3类更好的封装。

  1.5.11版本的变化

• 反对“multiFixationSites”功能。

  1.5.8版本的变化

• 包装突变文本“plot.fixationSites”。

• 删除“颜色”理由的阴谋。fixationSites”群体的数量通常是未知的。

  1.5.7版本的变化

• 集群名称左填充为0。

• 当阴谋的fixationSites添加突变标签。

• 添加“fixationSites”“as.data.frame”函数。

  1.5.6版本的变化

• 添加“sitewiseClusters”功能和情节功能的可视化。

  1.5.5版本的变化

• 添加“plotMutSites”函数可视化突变的每棵树的小费。

  1.5.4版本的变化

• 使用“ggtree”“plot.lineagePath”。

• 更多信息情节sneakPeek和添加lineagePath函数的返回。

  1.5.3版本的变化

• 添加“as.phylo。fixationSites的函数,代表网站固定简化phylgenetic树。

  1.5.2版本的变化

• 添加“minEffectiveSize”的阴谋。fixationSites”过滤小尺寸的集群。

  1.5.1版本的变化

• 添加的阴谋。fixationSites”功能。

  1.4.1版本的变化

• 解决办法:在描述失效链接。

一口

版本变化0.99.0 (2020-07-17)

• 第一个版本的包。

SNPRelate

1.24.0版本的变化

• 肠易激综合症的定义snpgdsIBS帮助文件

sparseMatrixStats

版本变化1.0.5 (2020-05-17)

• 修复链接文档的警告

  1.0.4版本的变化(2020-05-17)

• 修复bug在colTabulates

• 在构建Windows更新文档,以避免警告

  1.0.3版本的变化(2020-05-17)

• 修复bug colAnys colAlls如果价值= TRUE

  变化在以前的版本1.0.2中(2020-05-10)

• 在colMaxs修复bug, colMins相关缺失值

  版本1.0.1的变化(2020-05-08)

• 在colMaxs修复bug, colMins colAnys

• 修复bug在colLogSumExps

SparseSignatures

2.0.0版本的变化

• 从Travis-CI迁移到Github的行动。

• 主要的重构。

SpatialDecon

版本变化0.99.0 (2020-10-02)

• 提交给Bioconductor

spatialHeatmap

版本变化0.99.0 (2020-09-21)

• 第一个版本提交给Bioconductor

光谱

0.99版本的变化

0.99.11变化

• 重新添加mz和强度为核心的光谱变量。

0.99.10变化

• 修复在spectraData < -,光谱避免删除m / z和强度值(问题# 146)。
• 添加默认为MsBackend过滤功能的实现。

0.99.9变化

• 修复在光谱中,字符构造函数确保后端改变即使源继承自端(问题# 143)。

0.99.8变化

• combineSpectra前处理队列中的数据处理步骤适用于组合(问题# 140)。

0.99.7变化

• dropNaSpectraVariables解决问题,还会降低m / z和大多数后端(问题# 138的强度值。

0.99.6变化

• 支持强度filterIntensity方法使峰值灰度滤波函数的谱(问题# 126)。

0.99.5变化

• 添加filterMzRange和filterMzValues滤波器光谱根据m / z范围或目标m / z值的列表,分别。

0.99.4变化

• 增加出口,出口MsBackendMzR光谱数据mzML或mzXML文件(s)。
• 添加一个出口,MsBackend方法允许后端处理数据导出。
• 重构出口,光谱使用MsBackend类导出数据。
• 改变参数源光谱、性格MsBackendMzR和设置参数后端=来源。因此,默认情况下,导入后端也将用于存储数据。

0.99.3变化

• 与spectrapply取代lapp,光谱,光谱。

0.99.2变化

• 取代asDataFrame MsBackend spectraData, MsBackend。
• 取代asDataFrame < -, MsBackend spectraData < MsBackend。
• 取代。列表,与peaksData MsBackend MsBackend。
• 取代replaceList < -, MsBackend peaksData < MsBackend。
• 取代。列表,与peaksData光谱,光谱和添加方法来迫使一个列表或SimpleList光谱。

0.99.0变化

• 添加复位方法。
• 添加处理块compareSpectra。

飞溅

版本变化1.14.0 (2020-10-28)

• 添加splatPop模拟。这是一个扩展的长条木板模拟了克里斯蒂娜Azodi和戴维斯麦卡锡,增加了人口的影响。它允许您指定个体间亲缘和产生特异性eQTL效果。

• 添加一批。长条木板rmEffect参数模拟。这允许代一批成对仿真没有任何影响。

• 添加一个新的minimiseSCE函数可以用来去除不需要的信息从模拟输出(或任何SingleCellExperiment)

• 所有模拟现在返回默认稀疏矩阵分析当他们将小于等效密度矩阵。这是由一个新的sparsify论点。

• 用户现在将自动提示安装包如果他们试图使用一个模拟的建议依赖性并不可用

splineTimeR

版本变化1.17.1 (2020-07-18)

• 固定的臭虫。限制内循环计数器的功能splinePlot纠正

• 重要的改变输出到控制台登录功能splinePlot o包消息文件补充道

SPsimSeq

0.99.0版本的变化

• 第一个私人GitHub文档
• 主要包括基因/修订featurewise依赖
• 轻微修订文档和添加新功能
• 优化输出,进一步增强,修复bug,解决问题
• 添加单元测试

statTarget

2.0版本的变化

新功能

• 新的GUI o鼠标悬停帮助信息o . log文件

• 新的信号校正o战斗QC-free信号校正o QC-RFSC代谢组学和蛋白质组学数据的方法

• 新特性选择只o随机森林和基于排列的变量重要性措施o新MDSplot基于随机森林o假定值的重要情节

• 新的数据预处理o PQN /金额/没有正常化o中心/没有一个扩展方法

  1.19.1版本的变化

• 为coCV函数修正bug

结构体

1.1.2版本的变化

• 改进的“显示”输出对象

• 允许任何实体

  1.1.1版本的变化

• 添加引用槽结构类

• 添加相应的引用方法

• 添加方法来获取/设置seq_in槽

• 作为。SummarizedExepriment现在工作正常

• 使用seq_in现在在序列工作超过2步骤

structToolbox

1.1.2版本的变化

• 文档更新

• 错误修复

  版本1.0.1的变化

• 修复HCA错误

SummarizedExperiment

1.20.0版本的变化

用户可见的明显变化

• SummarizedExperiment现在取决于MatrixGenerics包。

• DelayedArray从依赖进口。

弃用,已经

• 弃用readKallisto ()。

错误修复

• 避免触发副本的化验分析()的getter。

• 解决长期存在的缺陷在昏暗的()方法为分析对象。

• 修复化验(x) < - SimpleList ()。解决这个操作之前把SummarizedExperiment对象(或导数)“x”到一个无效的对象中。

SWATH2stats

1.19.3版本的变化

更新

• 添加链接到网站

  在version 1.19.2变化

错误修复

• 删除网格描述

  1.19.1版本的变化

新功能

• validate_columns

更新

• 更新文档roxygen2(感谢艾什顿特雷Belew (abelew)从这个,做的大部分工作)(# 1,公关# 2,# 3)公关

• 一些参数被更名为省略点。例如rm.decoy现在被称为rm_decoy。如果你想要以前的名字使用SWATH2stats 1.19.0版本

  1.19.0版本的变化

新功能

• SWATH2stats BioC 3.12开发版本

TADCompare

版本变化0.99.35 (2020-05-15)

• 适当的新闻文件的格式

  版本变化0.99.33 (2020-04-27)

• 提交给Bioconductor

TargetSearch

1.46.0版本的变化

新功能

• 新功能ri_data_extract从国际扶轮文件提取峰值。它的工作原理类似于FindAllPeaks但是使用不同的(简单)的输入参数,与ncdf4_data_extract相提并论。

• 新功能ri_plot_peak建立在情节的山峰从国际扶轮文件ri_data_extract。它可以作为替代plotPeakRI因为它有一个简单的接口。

• 新功能ncdf4_plot_peak。另一个功能plotPeakSimple用一个简单的接口,情节山峰从NetCDF格式4。这个函数取代plotPeakSimple。

错误修复

• 删除不需要的图标文件。

• 手册页的改进。主要是语法和拼写的变化。

用户可见的明显变化

• 这个函数peakPlotSimple被弃用,应该避免使用。使用的函数ncdf4_plot_peak代替。

• 的参数列现在在很多列零默认情况下。改变列名使用全局选项TS_RI_columns而不是

移行细胞癌

1.29.1版本的变化

• 删除“deseq”选项,因为从Bioconductor deseq弃用,将被删除

TCGAutils

1.10.0版本的变化

新功能

• correctBuild试图提供一个特定的人类基因组的官方名称建立同意GenomeInfoDb的变化
• isCorrect检查构建名称匹配的正式名称

次要的修改和bug修复

• 文档改进simplifyTCGA
• 改进findGRangesCols DataFrame定位范围列
• 固定一个缺陷在UUIDtoBarcode只返回第一条记录(@DarioS # 26日)
• 固定一个bug filenameToBarcode当使用多个输入(@DarioS # 22日)

tofsims

099.1版本的变化

用户可见的明显变化

• 改变函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

内部

• 现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

• 与消息交换各种print () ()

但在

版本变化0.99.0 (2020-09-15)

• 提交给Bioconductor

topconfects

1.5.3版本的变化

• 小的调整,以更好地显示weitrix_confect输出。

• 少数字当print ()。

  1.5.2版本的变化

• 现在nest_confects应对NA假定值。

  1.5.1版本的变化

• 修复限制confects_plot计算。

ToxicoGx

1.1.0版本的变化

• 继续功能抽象为CoreGx
• 添加额外的绘图等功能分组箱线图
• 扩展单元测试的覆盖率> 90%
• drugPertubationSignature的实现更快的版本
• 添加额外的绘图功能

• 包括微分表达式分析脚本和GSEA toxico-genomic数据(limma)

  1.0.0版本的变化

• 包存档在凹口
• 方案提交给Biocondcutor
• 修改包依赖CoreGx更新
• 现在所有molecularProfiles SummarizedExperiment代替ExpressionSet

• 抽象CoreGx一些额外的功能

  0.1.2版本的变化

• 更新downloadTSet函数使用发表Zenodo必须检索数据

• 修改rankGeneDrugsPerturbation修复坏的单位转换将返回错误的浓度单位

  0.1.1版本的变化

• 错误修复:再生TGGATESsmall(样本数据集)来修复使装饰图案的结果与以前的版本一致。

  0.1.0版本的变化

• 改写情节利用ggplot2改善美学
• 现在也可以扩展绘图函数使用标准ggplot2语法

• 改进方案文档

  版本0.0.1的变化

• 最小的方案提交

泛太平洋伙伴关系

3.17.6版本的变化

• 修复警告由于未使用参数的选择(! ! !信谊(…))语句在直方图生成数据供参考

  3.17.5版本的变化

• 在可执行示例中修正错误和警告

  3.17.4版本的变化

• 在构建报告Bioconductor修复错误

• 修复警告由于非数字值转换期间2 d-tpp导入

• 修复警告ggplot命令

• 弃用dplyr升级功能

• 使语法testthat检查更一致文件

  3.17.2-3版本的变化

• 固定的错误和警告之后更新dplyr v1.0.0。

  3.17.1版本的变化

• 固定的错误在tpp2dCreateTPPTRreferenece用户请求(# 10)

• 删除添加花键配合列从2 dtpp输出表

• 固定的错误在装饰图案tpp2dCreateTPPTRReference,示例中工作

• 剩下的参数在tpp2dCreateTPref函数

• 最终解决现在tpp2dCreateTPPTRreference和调用的一幕

  3.17.0版本的变化

• 新Bioconductor发行候选版

TPP2D

1.5.5版本的变化

• 新的可视化选项

• volcanoplot:plot2dTppVolcano

• 褶皱的热图的变化:plot2dTppFcHeatmap

  1.4.1版本的变化(2020-06-20)

• 错误修复在主持F统计量计算——旧版本是借机严格

trackViewer

1.25.4版本的变化

• 把http_status从文档。

• 添加函数把棒棒糖情节分成多层膜。

  1.25.3版本的变化

• 解决这个问题AddArrowMark网格改变单位id。

  1.25.2版本的变化

• 修复网络连接的问题如果有中断产生装饰图案。

  1.25.1版本的变化

• 提供更清晰的警告或错误消息如果输入不排序或包含NA值。

tradeSeq

版本变化1.3.19 (2020-10-16)

• 合并后的条件分支成主。现在,主因此可以处理多个分支条件。有一个新的条件论点fitGAM处理,将适合每个血统condition-specific顺畅。还有一个新的测试,conditionTest内部条件之间,测试DE血统。这样做是在引擎盖下面的方式是完全一样的patternTest。

石棉水泥板

在版本1.6.3变化

• 添加限制理由谱情节来认识颜色协调多个频谱图的规模

• 取代Rcpp:: RcppArmadillo::现在样品()与固定Rcpp::样本()

  1.6.2版本的变化

• 更新论文引用

• 固定小格式问题

• 增加Roxygen2版本

transomics2cytoscape

1.0.0版本的变化

用户可见的明显变化

• 包了。

新功能

• 包了。

treeio

1.13.1版本的变化

• Mon pvclust as_tibble (2020-06-22)
• 作为。phylo和作为。treedata方法pvclust对象(2020-06-21,阳光)

TRONCO

2.21.1版本的变化

• 从Travis-CI Github的行动

TSCAN

1.28.0版本的变化

• 添加createClusterMST()来创建一个基于集群的MST从各种输入,从食物包。

• 添加reportEdges边缘坐标绘图()报告。

• 添加mapCellsToEdges()来映射细胞在MST最近的边缘。

• 添加orderCells()来计算一个pseudotemporal命令映射细胞。

• 添加quickPseudotime()包装MST结构和排序成一个电话。

• 添加testPseudotime()来测试DE基因通过一个MST沿着一个或多个路径。

• 添加rowmean()函数来计算列方法行分组。

• 添加perCellEntropy()来计算每个细胞熵矩阵在各种类型。

tximeta

版本1.8.0的变化

• addIds还说“fromDb参数()允许添加id相关联的TxDb / EnsDb而不是org包(这是默认情况下使用)。从首都功能建议Vitting-Seerup。

• 添加retrieveCDNA()函数,将下载或加载缓存版本的成绩单序列用于量化。注意,返回的序列不是命令或匹配的行SummarizedExperiment对象。从首都功能建议Vitting-Seerup。

• 添加addCDS()函数,将添加cd范围编码记录(填写原始非编码的范围),以及“编码”列是一个合乎逻辑的指标。从首都功能建议Vitting-Seerup。

• 添加选项,可以使用环境变量TXIMETA_HUB_CACHE tximeta缓存的位置,以避免引发的用户在第一次运行tximeta ()。

• tximeta()现在将把GENCODE TxDb从上市时AnnotationHub(只有智人在这个时间点)。由于达芬奇Collado-Torres建议!

• 现在summarizeToGene()将tx_ids添加一列,这是一个CharacterList记录的id。

  1.7.13版本的变化

• addIds还说“fromDb参数()允许添加id相关联的TxDb / EnsDb而不是org包(这是默认情况下使用)。从首都功能建议Vitting-Seerup。

  1.7.12版本的变化

• 添加retrieveCDNA()函数,将下载或加载缓存版本的成绩单序列用于量化。注意,返回的序列不是命令或匹配的行SummarizedExperiment对象。从首都功能建议Vitting-Seerup。

  1.7.11版本的变化

• 添加addCDS()函数,将添加cd范围编码记录(填写原始非编码的范围),以及“编码”列是一个合乎逻辑的指标。从首都功能建议Vitting-Seerup。

  1.7.10版本的变化

• 添加选项,可以使用环境变量TXIMETA_HUB_CACHE tximeta缓存的位置,以避免引发的用户在第一次运行tximeta ()。

  1.7.9版本的变化

• tximeta()现在将把GENCODE TxDb从上市时AnnotationHub(只有智人在这个时间点)。由于达芬奇Collado-Torres建议!

  1.7.6版本的变化

• 现在summarizeToGene()将tx_ids添加一列,这是一个CharacterList记录的id。

  1.7.1上版本的变化

• 100年运用版本更新,GENCODE 34 / M25公路。

tximport

1.18.0版本的变化

• 弃用功能代码清理。tximport读入只有小鲑鱼0.14.0或更高版本。tximport对于旧数据,使用以前的版本。

UMI4Cats

0.99.21版本的变化

• 改善装饰图案和文档。

  0.99.20版本的变化

• 避免重复的片段结束plotDifferential DESeq2结果的计算。

  0.99.19版本的变化

• 小文档变化通过Bioconductor检查。

  0.99.18版本的变化

• 修复DESeq2例子。

• 减少安装示例tsv的大小。广州数文件。

  0.99.17版本的变化

• 从figshare再次重新运行示例数据和使用链接。

  0.99.16版本的变化

重要的

• 这个版本不兼容. tsv。广州由以前版本的文件。您将需要运行contactsUMI4C ()再次生成更新. tsv。gz文件。

更新

• 改进的分组参数UMI-4C对象:现在创建一个新的UMI-4C对象可以访问使用美元groupsUMI4C (umi4c)条件。这允许保留复制主要UMI4C对象中的信息,同时允许策划分组存储在趋势groupsUMI4C ()。

• 增加了新的使用DESeq2统计检验:differentialNbinomWaldTestUMI4C ()。

  0.99.15版本的变化

• 固定重复读数字读id (.singlePrepUMI4C)(见问题# 5)。

• 改变了示例url下载到千钧一发服务器。

  0.99.14版本的变化

• 修复自适应平滑的趋势中标准化(见问题# 4)的两倍。

  0.99.11版本的变化

• 上传示例数据集的urldownloadUMI4CexampleData ()一个更加稳定和永久位置(figshare.com)。

  0.99.10版本的变化

• 避免长时间运行和冗余的例子,已经测试了装饰图案以避免超时构建错误。

  0.99.9版本的变化

• 添加数据对象ex_ciita_umi4c使用例子和减少检查运行时间。

  0.99.8版本的变化

• 更新包小插图澄清的起源不同的样本文件用于例证工作流使用UMI4Cats包。

  0.99.7版本的变化

• 添加单元测试使用testthat。

• 使用BiocFileCache下载示例文件。

• 使用tempdir()用于演示目的在装饰图案和例子。

• 添加本月\脚本描述样本数据是如何生成的。

• 其他一些小变化符合Bioconductor评审(见https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues/2问题——637249954)

  0.99.6版本的变化

• 删除下载的文件夹和中间当建筑装饰图案。

• 添加UMI4Cats_index在BioCCheck .Rbuildignore防止错误和警告。

  0.99.5版本的变化

• 增加的速度getViewpointCoordinates ()通过允许预选的观点染色体sel_seqname论点。

• 添加减少extdata fastq文件并允许下载减少领结指数增加装饰图案建造速度。

  0.99.4版本的变化

• 添加.Rproj文件.gitignore

  0.99.3版本的变化

• 改变的例子在装饰图案和手册CIITA。

• 增加观点的名字plotTrend ()。

• 改进的多层面板绘制的plotUMI4C ()。

  0.99.2版本的变化

• 允许ref_umi4c用作参考绘图颜色,domainogram和微分分析(不仅对归一化)。

• 固定的错误使用时sampleID作为分组变量makeUMI4C ()。

• 固定的错误结果()当fomat = data.frame和命令= TRUE。

• 改进的可视化差地区的改造正和负最大和最小(分别)奇怪的比例值。

• 添加更多的功能细节分析与UMI4Cats UMI-4C数据装饰图案。

  0.99.1版本的变化

• 固定误差函数createGeneAnnotation和plotGenes当没有发生在该地区的基因或基因具有多个标识符。

• 固定重复泛型定义SummarizedExperiment当重新加载包对象,以避免错误。

• 固定的错误时bait_exclusion设置为0。

• 还可能指定样本作为参考正常化(ref_umi4c论点makeUMI4C)。

• 现在,分组变量makeUMI4C ()使用更多的上游分析。使用不同的分组变量,用户必须创建不同的UMI4C对象。

• 固定的错误有时诱饵坐标输出tsv文件在哪里NA。

• statsUMI4C现在也输出统计汇总表wk_dir /日志/ stats_summary.txt。

• 改善功能的文档。

• 改善pkgdown UMI4Cats网站。

• 修改和完善分析与UMI4Cats UMI-4C数据装饰图案。

  0.99.0版本的变化

• UMI4Cats的首次公开发行。

• 增加了一个NEWS.md文件跟踪更改方案。

uncoverappLib

0.0.0.9000版本的变化

设置

• 添加新闻。医学博士创建

universalmotif

版本1.8.0的变化

新功能

• scan_sequences () / enrich_motifs()现在可以用来扫描/丰富有缺口的图案。添加了一个新的部分SequenceSearches。限制型心肌病装饰图案。

• use.gaps scan_sequences (…), enrich_motifs (…, use.gaps):忽略主题信息的差距。

• read_meme (), write_meme():现在完全支持自定义的字母。

• prob_match (), prob_match_bkg():基于背景的主题匹配的概率计算频率提供的主题对象或值,分别。

• get_matches enrich_motifs (), (), get_scores (), motif_pvalue (), motif_score (), scan_sequences (), score_match():新允许。非限定的参数,允许函数工作即使出现在主题PWM非限定的值。

• read_matrix(…、评论):允许评论主题文件中被忽略。

• write_matrix(…,位数):控制数字的数量用于写作主题的位置。

• 新的mask_seqs()效用函数:注入硬面具序列。

• warn.NA scan_sequences (…), enrich_motifs (…, warn.NA):新选项,可以禁用警告标字母输入序列中被发现。

• get_bkg(…,窗口,窗口。大小,window.overlap):新选项计算序列的背景窗口。

• merge.res get_bkg(…):新选项返回单个序列的背景信息。

• calc.pvals scan_sequences(…):新选项来计算假定值的序列。这只是自动化使用结果scan_sequences()计算假定值手动motif_pvalue ()。

• view_motifs (…。位置,show.positions。一次,show.names):自定义绘制图案的外观的新选项。

微小的变化

• read_matrix(…,职位):增加了部分参数匹配。

• shuffle_sequences create_sequences (), (), motif_pvalue (): c++随机引擎已经从std:: default_random_engine std:: mt19937。这将允许相同的提高。种子值导致相同的输出与操作系统无关。

• score_match()已经向量化(与新prob_match()函数)。

• 猿猴和ggtree包现在不再进口割裂,必须安装才能使用motif_tree ()。

• processx包不再是割裂,必须安装才能使用进口run_meme ()。

• 现在pseudocount槽显示当universalmotif类对象是印刷。

• get_bkg ():。出去。概率选择已经被禁用。为了简化功能,唯一可能的输出(例外:如果。meme not NULL)是一个DataFrame显示统计和概率。

• 改变默认的主题策划由view_motifs ()。

• 一般文档清理。

错误修复

• 改变主题背景(< -现在将确保设置正确的向量的名字。

• get_bkg()现在将会正确地忽略非标准的字母和字母失踪期间提供的字母计数。

  1.6.4,版本变化

错误修复

• cbind():不要忽视pseudocount槽。

• 固定在IntroductionToSequenceMotifs.Rmd错字。

• 固定在IntroductionToSequenceMotifs U()函数。限制型心肌病,不再返回NA值0。

• read_cisbp():没有解析错误主题与失踪/偏头信息。

  在版本1.6.3变化

错误修复

• 制品scan_sequences():注释掉代码扫描有缺口的图案。

  1.6.2版本的变化

错误修复

• motif_tree():“日光”布局不再是禁用的。

  1.6.1版本的变化

错误修复

• summarise_motif():正确检索altname槽。从斯宾塞Nystrom贡献(https://github.com/bjmt/universalmotif/pull/9)。

• read_meme():用于输入字母,确保蛋白质像理解为AA。

variancePartition

1.19.20版本的变化

• 修复bug发现当特征的数量小于块的数量iterBatch ()

  1.19.19版本的变化

• 简单的bug修复通过R CMD检查

  1.19.18版本的变化

• 简化calcVarPart lm和lm。添加对glm的兼容性

• 简化checkModelStatus。merMod允许公式(A | B),一个是连续的

• 删除未使用的“调整”参数为清晰

  1.19.17版本的变化

• lm的结果添加get_prediction () ()

• 提高文档get_prediction ()

  1.19.16版本的变化

• 在canCorPairs()改变统计用来总结CCA克莱姆诉的区别是非常微妙的,但现在是基于第一原则。

• 在梦中,检查数据是data.frame

• 梦想()违约为相容性与天顶computeResiduals = TRUE

  1.19.14版本的变化

• 解决问题与残差()失败的例子

  1.19.13版本的变化

• 解决问题与残差()
  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/18

• 解决问题出口ebay, topTable等等

  1.19.12版本的变化

• 改善dream.Rmd文档对比

• 检查对比plotContrasts总和为零。

  1.19.11版本的变化

• 在voomWithDreamWeights()与不定义设计解决问题

  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/17

    1.19.10版本的变化

• 在voomWithDreamWeights()返回设计矩阵解决问题

• 更好的错误如果数量不能转换为矩阵

  • https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues/15

    1.19.7版本的变化

• 整数在plotContrasts ()

• 解决问题与字符串传递给参数的公式

  1.19.6版本的变化

• 新的梦想使意思完整的错误消息(),等当变量中没有数据。

  1.19.5版本的变化

• 更好的错误捕获运行时fitVarPartModel fxn失败()

• 添加get_prediction()函数

  • 下面的代码现在可以并行运行fitList = fitVarPartModel (Y) ~(1 |批)数据,fxn = function () {B = variancePartition: get_prediction(健康,~(1 |批)fit@resp $ Y - B}, BPPARAM = SnowParam (3))

    1.19.4版本的变化

• 更新装饰图案# 3和更新的文档REML论点

  1.19.3版本的变化

• 添加新的FAQ.Rmd

  在version 1.19.2变化

• canCorPairs()现在返回NA相关当两个变量没有重叠的观测值

• plotCorrMatrix()现在处理NA相关值

  1.19.1版本的变化

• 撞下Bioconductor版本

  1.18.3版本的变化

• 提高文档

• 移动的位置eBayesFMT代码

  1.18.2版本的变化

• 清理一些代码和添加文档

• 文档ebayesFMT

  1.18.1版本的变化

• 清理一些代码和添加文档

• 计算每个模型的有效自由度

VariantAnnotation

1.36.0版本的变化

新功能

• ref < - alt <、定性< - - - filt <允许替换值长度回收

伶盗龙

0.99.9版本的变化

• 各种功能转化成S4仿制药与SingleCellExperiment对象,用起来更方便。

  0.99.8版本的变化

• 触发新的构建重复ExperimentHub下载。

  0.99.7版本的变化

• 删除空行强制缓存更新。见https://github.com/rubocop-hq/rubocop/pull/4342 # issuecomment - 305449759。

  0.99.6版本的变化

• 在调用中设置自动定量= FALSE scvelo函数velocity_embedding避免问题与Qt和策划。

  0.99.5版本的变化

• 触发新的构建检查窗户是否问题自己解决。

  0.99.4版本的变化

• 触发新的构建Windows上检查是否超时问题是可再生的。

  0.99.3版本的变化

• 显式地声明scvelo Conda所有依赖项。

  0.99.2版本的变化

• 添加hexsticker。

  0.99.1版本的变化

• 删除.Rproj文件从git存储库。

  0.99.0版本的变化

• 第一次提交Bioconductor。

左页

1.0.0版本的变化

• 2020年10月发布的包。

ViSEAGO

1.3版本的变化

• 印刷图与虎鲸

• Ensembl2GO () biomart更新

• show_heatmap()升级

• 心烦意乱打印更新

• merge_enrich_terms升级pvalue截止

• merge_enrich_terms整体升级

• GOterms_heatmap删除行边颜色正确文本和showIC列

• 小插曲更新

• uniprot注释()更新

• fgsea支持

VplotR

版本变化0.5.0 (2020-05-25)

• 重要的是:

• 创建plotProfile函数

• 小:

• 改变颜色规模scico包,罗马的规模

  版本变化0.4.2 (2020-05-10)

• 重要的是:

• 改善nucleosomeEnrichment计算和背景
• 在computeVmat分别治疗链

• 添加情节主题

• 小:

• 澄清的归一化方法
• 改进的文档
• 使computeVmat快一点通过删除一些中间步骤

wavClusteR

2.23.0版本的变化

• 弃用CWT-based集群边界识别

weitrix

1.1.10版本的变化

• 修复bug和weitrix_confects由于[[]]< -零从列表中删除元素,而不是存储空列表中。

  1.1.9版本的变化

• 山峰在相反的顺序有时在APA示例中,数据文件更新。

• 试图摆脱一个奇怪的新构建错误使用串行处理《天方夜谭》中关于堆栈使用。

  1.1.8版本的变化

• 使用geom_bin2d weitrix_calplot散点图。

  1.1.7版的变化

• 添加mu_min weitrix_calibrate_all mu_max参数。

  1.1.6版本的变化

• 使用glm2,它是不容易优化失败。
• 自毁式并行处理如果X11设备是开放的。

• 添加SLAM-Seq装饰图案。

  1.1.5版本的变化

• well_knotted_spline自然样条函数结的好选择。

  版本1.1.4的变化

• weitrix_confects微分测试。
• weitrix_rms_confects现在叫weitrix_sd_confects。

• weitrix_calplot现在显示是趋势,是+ / -标准差的趋势。

  1.1.3版本的变化

• weitrix_calibrate_all现在包括一个简单的比例因子来解释从拟合模型残差小于从真正的模型残差。
• weitrix_calplot蓝色准则是类似的调整。

• 添加weitrix_rms_confects找到行与自信过度的变异。

  1.1.2版本的变化

• 小插曲使用weitrix_calibrate_all,演示weitrix_calplot。

• weitrix_calplot现在使用sqrt(重量)*残留在y轴上。

  1.1.1版本的变化

• 开关从线性模型校准日志分散使用伽马的漠视。
• 添加weitrix_calibrate_all函数非常灵活的校准。
• 添加weitrix_calplot检查质量的权重。

个字

0.99.13版本的变化

• 添加鼾声大作。欢迎消息当R文件加载包在一个R会话
• 修正在包小插图和闪亮的应用程序的帮助选项卡

• 修改后的所有文档的功能

  0.99.12版本的变化

• 固定的缺乏在帮助选项卡显示的图像
• 固定的设置不一致引用在导入数据

• 添加一个信息框板尺寸兼容样本的数量

  0.99.11版本的变化

• 固定的问题# 10
• 固定的问题# 22
• 改变了结果中的datatable的显示选项卡

• Vignette和帮助页面更新数据集玩具(CSV部分)

  0.99.10版本的变化

• 修正单元测试导入CSV
• 纠正README R命令convertCSV部分
• 上传文件的部分纠正帮助选项卡

• 修正参数部分的装饰图案

  版本变化0.99.9 (2020-06-18)

• 解决关于坏设置在导入CSV崩溃
• 现在可折叠的参数部分
• 创建模块的迭代次数
• 定义浏览器在端口8000上启动
• 改变了顺序面板CSV进口部分的参数
• 现在可以使用一些上传参数只有在正确导入CSV文件

• 添加预览的CSV文件导入时UI

  版本变化0.99.8 (2020-06-11)

• 修改结构的标签在闪亮的应用程序
• 添加新模块的帮助选项卡。
• 创造了帮助。md文件for the Help tab of the app.
• 添加CSS表和图片。
• 改变了“空白”字“缓冲”整个包。
• “随机”项改为“固定”在整个包。

• 更新教程中装饰图案的图像和文本。

  版本变化0.99.7 (2020-06-05)

• 添加convertSE函数在命令行版本管理SummarizedExperiments对象
• 添加的分组因素选择数据导入(在两个闪亮的应用程序和命令行)。现在用户可以指定的列名称对应的分组因素一般用于回溯。
• 关于项目标题输入修改app_ui结构
• 教程中装饰图案的内容更新
• 自述文件更新
• 修订后的单元测试导入功能
• WPM包版本的输出在国内面板现在获得packageVersion ()

• 创建一个新模块集成的减价在闪亮的应用程序文件。

  版本变化0.99.6 (2020-06-02)

• 添加函数checkWpmInputs控制wrapperWpm函数的正确使用(使用命令行)。

• 最新的README文件和本教程解释如何使用小插曲WPM使用命令行。

  版本变化0.99.5 (2020-06-02)

• 添加函数导入CSV文件和ExpressionSet / MSnSet对象
• 增加了包装器函数允许在命令行中使用一般
• 增加了对eSet的支持和MSnSet对象包装器函数作为输入

• 添加单元测试导入功能

  版本变化0.99.4 (2020-05-28)

• 在R CMD检查修复超时错误

  版本变化0.99.3 (2020-05-28)

• 现在/ R R所有代码目录中。
• 修改R代码结构通过创建额外的模块:
• mod_home、主面板之间的融合和小组的帮助
• mod_data_export,一个特定的模块进行数据导出
• mod_plate_dimensions
• mod_special_wells,这主要是为了避免代码冗余,增加可读性
• convertVector2Df函数添加单元测试

• 添加Rd convertVector2Df和drawMap函数的例子

  0.99.2版本的变化

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package
• 修改的代码和文件的结构方案
• 添加Roxygen评论功能

xcms

3.11.8版本的变化

• 禁用并行处理的小插曲。

  3.11.7版本的变化

• 更有效的分割数据/文件特别是对大的数据集。

• 禁用并行处理的例子。

  3.11.6版本的变化

• 添加FilterIntensityParam过滤色谱峰强度(问题# 502)。

• 添加estimatePrecursorIntensity函数来确定一份的前体强度从邻国MS1光谱光谱。

  3.11.4版本的变化

• 改变光谱和色谱图来MSpectra和MChromatograms从> = 2.15.3 MSnbase版本。

  3.11.3版本的变化

• reconstructChromPeakSpectra:极性和报告precusorIntensity。

• reconstructChromPeakSpectra:确保重建的一份报告保留时间光谱(问题# 485)。

• 改变默认的expandRt来0在reconstructChromPeakSpectra。

• 修复错误refineChromPeaks, MergeNeighboringPeaksParam如果没有山峰发现合并。

  3.11.2版本的变化

• 添加fillChromPeaks, ChromPeakAreaParam为基础的区域丢失的峰值数据应该填实际检测色谱峰的特性。

• 潜在的问题# 481:修复功能不应再抛出一个错误,因为保留时间长度为0的。

• 更有效的分割处理,应该增加的速度findChromPeaks, refineChromPeaks, reconstructChromPeakSpectra chromPeakSpectra调用。

  3.11.1版本的变化

• 从解决问题# 471:转换XCMSnExp来xcmsSet失去phenodata(感谢哪Jankevics报告和提供解决方案)。

• 添加正常化方法色谱图和色谱图对象。

• featureChromatograms得到新的参数n和价值提取启德集团只有从顶部n样品强度最高。

• filterFile得到新的参数keepFeatures支持保留对应结果即使设置过滤的数据文件。

• 导出虚拟参数类。

• 添加filterColumnsIntensityAbove方法色谱对象,允许选择列(样本)色谱图对象的强度的色谱数据高于阈值。

• 添加removeIntensity方法色谱、色谱XChromatogram和XChromatograms对象允许删除基于不同的标准强度。

• 添加相关色谱方法允许多个色谱相互关联。

zellkonverter

1.0.0版本的变化

• 录取Bioconductor 3.12版本

• zellkonverter提供Python AnnData对象之间的转换方法和SingleCellExperiment对象。这些是主要用于下游Bioconductor包包装使用Python单细胞数据分析的方法。它还包括函数来读取和写入H5AD文件用于AnnData对象保存到磁盘。

zinbwave

版本变化1.11.6 (2020-07-18)

• 固定一个bug beta_j的初始化。

• 固定zinbsurf bug。

• 改变zinbwave默认K = 2。

• 修复bug的初始化。

新闻来自新的和现有的数据实验包

chipseqDBData

1.6.0版本的变化

• 从所有getter函数返回BamFile对象,正确捕获与不同的名字从BAM文件索引文件。

clustifyrdatahub

版本变化0.99.4 (2020-09-02)

• 添加鼠标阿特拉斯

  版本变化0.99.0 (2020-07-02)

• 为bioc清理

curatedTCGAData

1.12.0版本的变化

Bug修复和小改进

• 输出数据集的选择如表启用dry.run时在主函数。

• 检查RaggedExperiment依赖加载数据时使用数据表示(@vjcitn # 39)

depmap

1.3版本的变化

1.3.2版本的变化

• 20第三季度数据添加crispr copyNumber, TPM, mutationCalls和元数据的数据集。新版本的其他数据集没有公布。

1.3.1版本的变化

• 20 q2数据添加
• 包括新的蛋白质组学数据集
• 表达变量改为rna_expression TPM数据集

多萝西娅

1.1.2版本的变化(2020-10-08)

• 改变TF普查TFclass到最近的版本从兰伯特et al . .信息监管模式为每个特遣部队(活化剂、supressor、双)仍然来自Garcia-Alonso et al . .

• 更新弃用基因符号与limma包的最新版本(版本3.44.3)。

• 转移毒蛇包描述文件的建议取决于。

• 添加了一个进一步论证specifially run_viper ()。修拉的选择一个特定的试验名称提取归一化基因表达值。

  变化的1.1.1版(2020-09-02)

• 出口df2regulon函数

• 改进的文档(gh页面URL添加到描述)

  版本1.0.1的变化(2020-08-13)

• 改进方案文档

• 更新链接到10倍基因组数据集在单细胞的装饰图案

• 固定测试与修和SCE类

dsQTL

2.17版本的变化

用户可见的变化

• ch2locs(可收回通过dsQTL:: getSNPlocs)已经改变了在1850位置rs号码已经与hg19地址;dsQTL地区作为都是chr2 hg18…SNP地址。以前发现rs数据用在芝加哥分布从http://eqtl.uchicago.edu/dsQTL_data/GENOTYPES/映射通过SNPlocs…20111119,但现在他们直接来自芝加哥的文本文件。

FieldEffectCrc

版本变化0.99.2 (2020-09-20)

• (0.99.2)添加PMCID和PMID引用原始研究

• (0.99.2)更新引用包括完整的参考

• (0.99.2)轻微改善R代码的可读性

  版本变化0.99.1 (2020-07-24)

• 安装代码(0.99.1)简化的一幕

• (0.99.1)更新装饰图案typical-filter代码块来评估R代码

  版本变化0.99.0 (2020-07-14)

• (0.99.0)通过CMD检查和R CMD BiocCheck没有错误或警告

• (0.99.0)提交Bioconductor

  版本变化0.1.0 (2020-07-03)

• (0.1.0)开始构建FieldEffectCrc包

MethylSeqData

1.0.0版本的变化

• 新包MethylSeqData,提供DNA甲基化测序数据集。

pRolocdata

1.27.1版本的变化

• 添加数据从Kozik et al。(2020)

RegParallel

版本1.8.0的变化

• 添加了包括调查权重通过调查:东东:svyglm

• 固定的错误,,在必然的情况下,一个不正确的数量的块计算

RforProteomics

1.27.1版本的变化

• 移除过时IPPD依赖

SCATEData

1.0.0版本的变化

• 提交Bioconductor

scRNAseq

版本变化测试盒框

• 添加了Zilionis肺数据集(Jens Preussner)。

• 添加了赫尔曼精子形成的数据集(夏洛特Soneson)。

• 添加了更多的和Kotliarov PBMC数据集(Stephany Orjuela)。

• 添加了Stoeckius细胞散列数据集。

• 添加了吴肾脏snRNA-seq数据集。

• 添加了胡锦涛皮层snRNA-seq数据集。

• 构成了rowData各种激增浓度添加到altExp数据集(艾伦·奥卡拉汉)。

signatureSearchData

这次1.2.1版本的变化(2020-08-14)

• 编辑小插图包含度和图中定义的部分文档如何定义查询度和基因集参考数据库通过设置利物浦成绩和罗斯福被切断。

SingleCellMultiModal

1.2.0版本的变化

新功能

• CITEseq功能、装饰图案和“cord_blood”数据(@drighelli # 18)

• 包括seqFISH功能、装饰图案和“mouse_visual_cortex”数据(从@drighelli v1和v2, # 14)

• 新的“mouse_gastrulation”公布的数据集(“2.0.0版本)。

• 使用版本参数表明mouse_gastrulation数据版本

• 数据包括所有细胞不仅通过了质检的所有三个的组学(谢谢@rargelaguet, @ajabadi)。

Bug修复和小改进

• 缓存机制使用工具::R_user_dir而不是rappdirs。

• 改进使用ExperimentHub显示的可用数据的元数据。

• 改进的文档解释版本的差异。

• 贡献原则可以在https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/wiki/Contributing-Guidelines

• 现在默认版本scNMT函数中参数设置为“2.0.0”(版本1.0.0仍然可用)

spatialLIBD

1.1.5版本的变化

新功能

• fetch_data()需要大带宽的数据对象和创建一个VisiumExperiment对象包含这些数据。VisiumExperiment对象可以获得与fetch_data(“我”)。

  版本1.1.4的变化

新功能

• 现在使用BiocFileCache fetch_data()()下载数据时从Dropbox。

timecoursedata

版本变化0.99.0 (2020-05-15)

• 提交给Bioconductor

TMExplorer

0.99.6版本的变化

• 更名为装饰图案TMExplorer(“教程”太通用)

• 更多的人页面更新

  0.99.5版本的变化

• 最新的手册页和清理一些代码。

  版本变化0.99.3 (2020-07-03)

• 在Windows上固定一个错误当下载数据

  版本变化0.99.2 (2020-07-03)

• 固定失踪在某些细胞类型标签的数据集

  版本变化0.99.1 (2020-06-25)

• 现在使用SingleCellExperiment对象

  版本变化0.99.0 (2020-06-22)

• 提交给Bioconductor

来自新的和现有的工作流的新闻

fluentGenomics

版本1.0.1的变化

• 修复的ATAC seq文件下载窗口

弃用和已经包

五十六软件包被从这个版本(Bioc 3.11中被弃用后):affypdnn, AnalysisPageServer, anamiR, BayesPeak, bgafun, biosvd, birta, CALIB, CAMTHC, cellGrowth, chroGPS, cobindR, CTDquerier, CVE, DChIPRep, DEDS, DupChecker,有限元,gCMAP, gCMAPWeb, geecc, Genominator, IdMappingAnalysis, IdMappingRetrieval, IPPD, kimod, LMGene, lol, LVSmiRNA, M3D,外套,MaxContrastProjection, MCRestimate, MergeMaid, mitoODE,拖把,motifRG, MTseeker, nem,爸爸,pcaGoPromoter,品脱,plw, PowerExplorer, proteoQC,限定符,readat, RefNet, RIPSeeker,圣诞老人,scfind, splicegear, sRAP, triform,织女星,waveTiling

六十八软件弃用这个版本将被删除在Bioc 3.13:适应,ArrayTV, BioSeqClass, CGEN,电荷,妄想,CNVtools, CorMut, DESeq, explorase, flowFit, flowSpy, flowType, flowVS, focalCall, FourCSeq, FunciSNP, GeneticsDesign, GenRank, GGBase, GGtools, GOFunction, gQTLBase, gQTLstats, hicrep, ImpulseDE, ImpulseDE2, joda, JunctionSeq,林肯,Logolas, mcaGUI, metaArray, metaseqR, methVisual, methyvim, Mirsynergy, MmPalateMiRNA,遐差(请参见MOFA2), MotIV, NarrowPeaks, netbenchmark, netReg, OGSA, OmicsMarkeR, pathprint, PathwaySplice, PGA, PGSEA,赢钱,普拉达、奖,Rariant,犹太人的尊称,Roleswitch, rTANDEM, sampleClassifier, sapFinder, scsR, shinyTANDEM, sigaR,图章,simpleaffy, spotSegmentation,斯塔尔,SVAPLSseq, TxRegInfra, xps

两个实验数据包被移除这个版本(BioC 3.11中被弃用后):MTseekerData RIPSeekerData

16个实验数据包弃用这个版本,将被删除Bioc 3.13: flowFitExampleData FunciSNP。数据、geuvPack geuvStore2、GGdata methyvimData, mitoODEdata, Mulder2012, pathprintGEOData pcaGoPromoter.Hs。hg19 pcaGoPromoter.Mm。mm9 pcaGoPromoter.Rn。rn4、RNAinteractMAPK sampleClassifierData、waveTilingData yriMulti

九个注释包应该是这个版本,但我们决定给一个额外的周期维护人员适应和将被删除在3.13:hom.At.inp。db, hom.Ce.inp。db, hom.Dm.inp。db, hom.Dr.inp。db, hom.Hs.inp。db, hom.Mm.inp。db, hom.Rn.inp。db, hom.Sc.inp。db, KEGG.db。

五个注释包弃用这个版本,将被删除Bioc 3.13: MeSH.Eco.55989.eg。db, MeSH.Eco.ED1a.eg。db, MeSH.Eco.IAI39.eg。db, MeSH.Eco.UMN026.eg。db, MeSH.Eqc.eg。MeSH.Eca.eg.db db(重命名)

在这个版本没有工作流包被移除。

在这个版本没有工作流包被弃用。