• 使用Bioconductor
• 安装R
• 安装包
• 找到包
• 更新包
• 解决方案的安装
• 为什么BiocManager:安装()?
• 预配置Bioconductor
• 遗留版本和旧R版本

使用Bioconductor

当前版本的Bioconductor是3.15版本;它的工作原理与R4.2.0版本。较老的R和Bioconductor必须更新其安装以利用新特性并访问已添加到的包Bioconductor自上次发布以来。

的开发版本Bioconductor是3.16版本;它的工作原理与R4.2.0版本。的最新“devel”版本R(如果可用)将在下一个版本中得到支持Bioconductor发布周期。

安装R的最新版本，然后得到最新版本的Bioconductor以R开头并输入命令

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.15")

也许有可能改变Bioconductor现有安装的版本;看到“改变版本的部分。

细节，包括指令安装额外的包和更新，找到,进行故障排除提供如下。一个重击版本的Bioconductor是可用的。有很好的使用的原因BiocManager:安装()用于管理Bioconductor资源。

安装R

1. 的最新版本R．的R常见问题和R安装和管理手册包含在各种平台(主要是Linux、OS X和Windows)上安装R的详细说明。

1. 启动R程序;在Windows和OS X上，这通常意味着双击R应用程序，在类unix系统上，在shell提示符下键入“R”。

2. 使用R的第一步是，通过键入启动R帮助浏览器help.start ()在R命令窗口中。对于任何函数的帮助，例如“mean”函数，请键入？的意思是．

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安装Bioconductor包

要安装核心包，在R命令窗口中输入以下命令:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

安装特定的软件包，例如“基因组特征”和“注释dbi”

BiocManager:安装(c(“GenomicFeatures”、“AnnotationDbi”))

的安装()函数(在BiocManager包中)有改变其默认行为的参数;类型安装?为进一步帮助。

有关使用BiocManager及其高级用法(如版本切换)的更详细说明，请参阅BiocManager装饰图案．

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找到Bioconductor包

参观bob 体育平台下载 来发现可用的包。

要以编程方式搜索可用的包，请使用以下命令:

BiocManager:可用()

例如，使用“^org”搜索模式将显示所有可用的生物体注释包。

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更新安装Bioconductor包

Bioconductor包，特别是开发分支中的包，会相当定期地更新。的版本中识别需要更新的包Bioconductor，开始一个新的R会话，然后进入

BiocManager:安装()

使用参数问= FALSE在没有提示的情况下更新旧的包。阅读帮助页安装?额外的细节。

升级安装Bioconductor包

由于开发周期的关系，R的所有版本最终将支持多个版本的Bioconductor．的最新版本Bioconductor对于你的R版本，输入

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

记住最新版本的Bioconductor如果你的R版本过时了，可能会有。当你的R版本过期时，BiocManager会通知你。

有关详情，请参阅Bioconductor版本控制的方法，请参阅先进的部分的版本编号开发人员参考部分。

重新编译安装Bioconductor包

很少情况下，操作系统中的底层更改需要重新编译所有已安装的包以兼容源(C或Fortran)。解决这个问题的一种方法可能是开始一个新的R会话并进入

如果(!install.packages("BiocManager") pkgs <- rownames(installed.packages()) BiocManager::install(pkgs, type = "source"， checkBuilt = TRUE)

由于这将重新安装当前安装的所有包，因此可能会占用大量的网络带宽和编译时间。所有包都是隐式更新的，累积的效果可能会导致工作流程中断。它还要求您安装必要的编译器。

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解决方案的安装

使用的命令

BiocManager::valid() ## R版本3.5或更高版本

标记过期或对您的版本太新的包Bioconductor．输出给出了解决已识别问题的方法，以及帮助页面有效吗?列出影响函数行为的参数。

排除BiocManager

BiocManager不能在您的系统上工作的一个可能的原因是您的R版本太旧了BiocManager．为了避免这个问题，请确保您的系统中安装了R的最新版本。BiocManager支持3.5.0及以上的R版本。

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为什么使用BiocManager:安装()?

BiocManager:安装()是否推荐安装方式Bioconductor包。相比安装R包的“标准”方式，选择这种方式有几个原因install.packages ()．

Bioconductor有一个不同于R (Bioconductor有一个“devel”分支，它会引入新的包和更新，还有一个稳定的“release”分支，每6个月发布一次，它会修复bug，但不会引入新特性)。

R和之间不匹配的结果Bioconductor发布时间表是Bioconductor确认的版本install.packages ()有时不是可用的最新“版本”。例如，一个R小版本可能会在下一个Bioc版本发布前的几个月被引入。在Bioc发布后，R小版本的用户将被指向过期的版本Bioconductor．

独特的“devel”分支的结果是install.packages ()有时只指向“发布”存储库，而Bioconductorbob电竞体育官网希望获得前沿功能的开发人员和用户都希望访问Bioconductor“重击”库。例如,Bioconductor3.0版本可用于R.3.1。x,所以Bioconductorbob电竞体育官网开发人员和前沿用户需要能够安装的开发版本Bioconductor包到支持版本2.14的R的相同版本(尽管可能是不同的实例或至少库位置)Bioconductor．

的间接后果Bioconductor的结构化发布是包之间通常有更广泛的依赖关系，既可以通过通常的包机制显式地依赖，也可以隐式地依赖，因为存储库、发布结构和Bioconductor社区交互有利于跨包重用数据表示和分析概念。因此，如果知道包来自同一个版本，并且所有的包都在该版本中是当前的，那么就会有更高的溢价。

BiocManager包作为确保适当的Bioconductor安装是针对正在使用的R的版本而使用的，而不考虑R和Bioconductor发布周期。

>库(BiocManager) Bioconductor版本3.9 (BiocManager 1.30.4)， ?BiocManager::install for help

的安装()功能由BiocManager提供。这是一个包装install.packages的版本选择的存储库Bioconductor在使用中，而不是R发布时相关的版本。

安装()还会提醒用户在一个版本中保持最新，默认情况下检查过期的包并询问用户是否愿意更新

更新旧包:'BBmisc'， 'genefilter'， ' genome icalignments '， ' genome icranges '， 'IRanges'， 'MASS'， 'reshape2'， 'Rgraphviz'， 'RJSONIO'， 'rtracklayer'全部/部分/不更新?[/ s / n):

BiocManager包提供了切换到“devel”版本的工具Bioconductor

> BiocManager::install(version = "devel")升级89个包到Bioconductor版本“3.10”?[y/n]: y安装包'BiocVersion'尝试URL '//www.anjoumacpherson.com/packages/3.10/bioc/src/contrib/BiocVersion_3.10.0.tar.gz'内容类型'应用程序/x-gzip'长度987字节==================================================下载987字节*安装*源*包'BiocVersion'…**帮助***安装帮助索引**构建包索引**测试安装的包是否可以加载* DONE (BiocVersion)…Bioconductor版本3.10 (BiocManager 1.30.4)， ?BiocManager::install用于帮助

(在R /Bioconductor在发布周期中使用' devel '需要使用不同版本的R本身，在这种情况下，安装devel的尝试失败，并出现适当的消息)。

BiocManager包还提供有效的()测试所安装的包不是来自不同的大杂烩Bioconductor发布(“太新”的包已经从源代码而不是存储库安装;普通用户很少有这些功能)。

> BiocManager::valid() * sessionInfo() R version 3.6.0 Patched (2019-05-02 r76454) Platform: x86_64-pc-linux-gnu(64位)…Bioconductor版本“3.9”* 2包过时* 0包太新…创建一个有效的安装与BiocManager::install(c(" genomics icfeatures "， "AnnotationDbi")， update = TRUE, ask = FALSE)更多的细节:BiocManager::valid()$too_new, BiocManager::valid()$out_of_date警告消息:2 packages out- date;0包太新

为那些花大量时间在Bioconductor，上述特征变得越来越重要和安装()更受欢迎install.packages ()．

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预配置Bioconductor

Bioconductor也可以通过码头工人的图片或可在铁砧

遗留版本和旧R版本

的最新版本R和Bioconductor．如果这是不可能的R < 3.5.0，请使用以下方法进行安装Bioconductor包

要安装核心包，在R命令窗口中输入以下命令:

源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)

安装特定的软件包，例如“基因组特征”和“注释dbi”

BiocInstaller: biocLite (c(“GenomicFeatures”、“AnnotationDbi”))

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