• 使用生物体
• 安装R.
• 安装包
• 查找包裹
• 更新包
• 故障排除包安装
• 为什么BiocManager:安装()?
• 预先配置的生物导体
• 遗留和较旧的R版本

使用Bioconductor

目前的释放Bioconductor是3.12版本;它的工作原理与R4.0.3版本。较老的R和Bioconductor必须更新安装以利用新特性并访问已添加的包吗Bioconductor自上次发布以来。

开发版本Bioconductor是3.13版本;它的工作原理与R版本4.1.0。最近的“devel”版本R(如果可用)将在下一个期间被支持Bioconductor释放周期。

安装R的最新版本，然后获取最新版本Bioconductor通过启动r并进入命令

if（！percennamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（版本=“3.12”）

也许可以改变Bioconductor现有安装的版本;看'改变版本'Biocmanager小插图的部分。

细节，包括指示安装其他软件包和更新,找， 和排除故障下面提供。一种开发版本的Bioconductor是可用的。有很好的使用原因biocmanager :: install（）用于管理Bioconductor资源。

安装R.

1. 下载最新版本R。的R常见问题和安装和管理手册包含在各种平台上(主要是Linux、OS X和Windows)安装R的详细说明。

1. 启动R程序;在Windows和OS X上，这通常意味着在Unix的系统上双击R应用程序，在shell提示符下键入“r”。

2. 作为使用R的第一步，通过键入启动R帮助浏览器help.start（）在R命令窗口中。对于任何函数的帮助，例如“mean”函数，请键入吗?的意思是。

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安装Bioconductor包

要安装核心包，请在R命令窗口中输入以下命令:

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（）

安装特定的软件包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”

biocmanager ::安装（c（“genomicfeatures”，“AnnotationDbi”））

的安装()函数（在Biocmanager包中）有转换其默认行为的参数;类型？安装进一步帮助。

有关使用BiocManager的更详细说明及其高级用法，如版本切换，请参阅Biocmanager小插图。

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找Bioconductor包

参观bob 体育平台下载 发现可用的软件包。

要以编程方式搜索可用的包，可以使用以下方法:

biocmanager ::可用（）

例如，使用“^ org”搜索模式将显示所有可用的有机体注释包。

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更新安装Bioconductor包

Bioconductor包，特别是那些在开发分支中的包，是相当定期地更新的。的版本中识别需要更新的包Bioconductor，开始一个新的R会话并进入

biocmanager :: install（）

使用参数ask = false.更新旧软件包而不会提示。阅读帮助页面？安装有关其他详细信息。

升级已安装Bioconductor包

R的一些版本支持多个版本Bioconductor。使用最新版本的Bioconductor为您的R，输入

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（）

请记住，最近的版本Bioconductor如果您的R版本过期，则可以使用。

有关更多细节Bioconductor版本控制的方法，请参见先进部分在小插图和版本编号中开发人员参考部分。

重新编译安装Bioconductor包

很少情况下，操作系统的底层更改需要重新编译所有已安装的软件包以兼容源代码(C或Fortran)。解决这个问题的一种方法可能是启动一个新的R会话并输入

如果(!安装BiocManager::install(pkgs, type = "source"， checkBuilt = TRUE)

由于这将重新安装所有当前安装的包，因此可能会涉及大量的网络带宽和编译时间。所有包都会隐式更新，累积的效果可能会引入皱纹，从而破坏您的工作流程。它还要求安装必要的编译器。

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故障排除包安装

使用命令

biocmanager ::有效（）## R 3.5或更高版本

标记对您的版本来说过时或太新的软件包Bioconductor。该输出表明解决了识别的问题和帮助页面？有效的列出影响函数行为的参数。

排除BiocManager故障排除

BiocManager不能在您的系统上工作的一个可能的原因是您的R版本太老了Biocmanager.。为了避免此问题，请确保您的系统中安装了最新版本的R.Biocmanager支持3.5.0及以上的R版本。

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为什么使用BiocManager:安装()?

biocmanager :: install（）是推荐的安装方式Bioconductor包裹。偏好这种情况有几个原因，以通过r pacakges通过的“标准”方式install.packages ()。

Bioconductor具有与r不同的存储库和发布计划（Bioconductor有一个“devel”分支，可以引入新的包和更新，还有一个稳定的“release”分支，每6个月发布一次，可以修复bug，但不引入新特性)。

r和r和r的不匹配的结果Bioconductor发布时间表是Bioconductor确认的版本install.packages ()有时不是最近的“释放”。例如，可以在下次BIOC释放之前几个月推出R小版本。Buoc释放后，RMINE版本的用户将指出到过期版本Bioconductor。

独特的'devel'分支的结果是install.packages ()有时只能点为“释放”存储库，而Bioconductorbob电竞体育官网想要前沿功能的开发人员和用户希望访问Bioconductor'devel'存储库。例如，Bioconductor3.0版本可用于R.3.1.x，所以Bioconductorbob电竞体育官网开发人员和前沿用户需要能够安装Devel版本Bioconductor支持版本2.14的R的包装到同一版本（虽然可能是不同的实例或至少图书馆位置）Bioconductor。

的间接结果Bioconductor的结构化发布是包之间通常有更广泛的依赖关系，包括通过通常的包机制显式的依赖关系和由于存储库、发布结构和Bioconductor社区交互有利于跨包重用数据表示和分析概念。因此，知道包来自同一个发布版本，并且所有的包都是当前发布版本中的，就有了更高的价值。

BiocManager包是确保正确使用的主要方法Bioconductor无论r和r如何，安装都与r的版本一起使用Bioconductor释放循环。

> library(BiocManager) Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4)，

的安装()功能由BiocManager提供。这是一个包装install.packages，但与根据版本选择的存储库Bioconductor在使用中，而不是在释放R的时间内相关的版本。

安装()默认检查过日期包并询问用户是否希望更新，也不要轻推用户在发布中保持最新状态

> BiocManager :: Install（）Bioconductor Version 3.9（Biocmanager 1.30.4），R 3.6.0修补（2019-05-02 R76454）更新旧包装：'BBMISC'，'Genefilter'，'Genomicalign'，'Genomicranges'，'Genomicranges'，“讽刺”，'Mass'，'Reshape2'，'rghrachviz'，'rjsonio'，'rtracklayer'更新全部/ some / none？[A / S / N]：

BiocManager软件包提供切换到“devel”版本的设施Bioconductor

> BiocManager::install(version = "devel")[y/n]: y安装包'BiocVersion' trying URL '//www.anjoumacpherson.com/packages/3.10/bioc/src/contrib/BiocVersion_3.10.0.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 987 bytes ==================================================下载987 bytes * installing *source* package 'BiocVersion'…**帮助***安装帮助索引**构建包索引**测试安装包是否可以加载*完成(BiocVersion)…Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.4)，

（在R /的某些点Bioconductor使用“devel”的发布周期需要使用R本身的一个不同版本，在这种情况下，尝试安装devel会失败，并给出相应的消息)。

Biocmanager套件还提供有效的()要测试已安装的软件包不是来自不同的HodgePodgeBioconductor发布（“太新”包已从源而不是存储库安装;常规用户很少有这些）。

> Biocmanager :: valid（）* sessioninfo（）R版本3.6.0修补（2019-05-02 R76454）平台：X86_64-PC-Linux-GNU（64位）... Bioconductor版本'3.9'* 2包装过时* 0封装太新...创建使用Biocmanager :: Install的有效安装（C（“GenomicFeatures”，“AnnotationDBI”），Update = True，Ask = False）更多详细信息：BiocManager ::有效（）$ too_new，biocmanager :: valid（）$ out_of_date警告消息：2包过期;0包太多了

对于那些花了很多时间在Bioconductor，上面概述的功能变得越来越重要安装()是众所周心的install.packages ()。

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预先配置Bioconductor

Bioconductor是否也可作为一套亚马逊机器图像（AMIS）和Docker映像。

遗留和较旧的R版本

始终建议更新到最新版本R和Bioconductor。如果这是不可能的R < 3.5.0，请使用以下方式进行安装Bioconductor包

要安装核心包，请在R命令窗口中输入以下命令:

源（“https://biocumon.org/bioclite.r”）

安装特定的软件包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”

Biocinstaller :: Bioclite（C（“GenomicFeatures”，“AnnotationDBI”））

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