常见问题解答
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包安装
BiocManager::install()警告软件包不可用
Bioconductor有一个“发布”和一个“发展”分支。' release '分支适用于大多数用户，可以使用当前版本的R．新的包首先被添加到“devel”分支中，然后在下一个分支中可用Bioconductor通常在4月和10月。看到为什么使用BiocManager:安装()?有关我们发布政策的更多信息，以及这些指令如果您希望使用devel分支。
大多数Bioconductor软件包适用于Windows、Mac OS和Linux操作系统。有些包在一个或多个平台上不可用。这通常是因为软件包依赖于操作系统不可用的附加软件。例如，一个用户试图安装GeneRfold遇到了这个消息:
> BiocManager::install("GeneRfold") Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.3)， R 3.5.1 Patched (2018-07-30 r75013)安装包(s)'GeneRfold'包不可用(适用于R版本3.5.1补丁)访问包主页显示该包在用户试图安装该包的平台Windows上不可用。如果包装描述中没有说明为什么包装不可用，请随时询问正常词 ．
检查包名的拼写是否正确、大写是否正确是很有用的!
XXX包安装失败
软件包安装失败的一个常见原因是R或Bioconductor软件依赖关系未得到满足，如图所示，用户试图安装affyPLM包:
．.．** inst **准备延迟加载包错误:无法找到'affyPLM'所需的'affy'包执行暂停一定要使用BiocManager:安装来安装包适合您的系统和版本的R．请确保您安装的软件包是最新的更新包．
不太常见的情况是，包可能安装了，但是加载失败，就像这里的Rsamtools包:
dyn.load(file, DLLpath = DLLpath，…):unable to load shared library '/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools. Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath，…所以”:/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools.因此:undefined symbol: ecrc32这可能是一个系统配置问题，例如，Windows路径环境变量没有正确设置，或者Linux . conf设置错误ldconfig程序或LD_LIBRARY_PATH环境变量不正确。
软件包也可能因为第三方软件不可用而安装失败。这经常发生在配置包安装过程的一部分，如这里所示XML包:
*安装“XML”源码包... ...检查xml2-config……错误:XML包配置失败这些类型的错误有时可以很容易地解决(安装必要的库或其他软件，可能引用包的主页)．通常有必要比你想的更彻底地了解你的系统，也许在生物导体的帮助下正常词 ．
从开发存储库安装包
要从Bioconductor存储库的开发版本安装包，请安装并使用R的开发版本。BiocManager:安装()将自动从正确的存储库下载包。同样，如果使用旧版本的R，BiocManager:安装()将安装适当版本的包。
包使用
如何查找有关使用包的信息?
使用包有三个主要步骤。(1)确定合适的包装。使用bob 体育平台下载 浏览可用的软件。(2)探索整个包的功能和工作流。通过阅读包小插图来完成此操作，这些小插图列在描bob彩票平台述包的页面上，并可从biocViews获得。例如,定位IRanges小插曲．(3)在特定职能方面寻求帮助，例如:
library(IRanges) help(package="IRanges") ## overview要查看帮助系统的更探索性界面，请尝试
help.start ()如果你是新手R，那么了解一些基本的R技能在小插图和帮助页面中是有帮助的;花点时间学习R本身。
注释
不同的来源(例如，注释包、biomaRt、制造商、UCSC、GO)不一致。为什么?
不同的源代码采用不同的方法来管理注释。Bioconductor中的注释包是基于每次Bioconductor发布前不久获得的下载，因此与在线资源相比可能滞后6个月(在发布周期结束时)。这种方法的优点是注释不会在分析开发过程中意外地更改，而缺点是资源与当前的理解不完全一致。要查找关于每个注释包使用的数据源的信息，可以尝试类似于
库(org.Hs.eg.db) org.Hs.eg_dbInfo ()Bioconductor包可以帮助进一步调查差异，例如AnnotationDbi、rtracklayer、Biostrings和BSgenome(例如BSgenome. hsapians . ucsc .hg17)。
发展中包
哪些包属于Depends:、Imports:或suggest:字段?
两篇相关邮件列表的文章(一个，b)解决这个问题。通常，在自己的包中使用其代码的包应该尽可能使用Import: ' ed。插图所需要的包装通常是建议的。Depends:适用于不能被Import: ' ed的包(例如，因为它们没有命名空间)，或者适用于提供包用户所需的基本功能的包，例如，你的函数总是返回农庄对象，因此用户将必然需要GenomicRanges在他们的搜索路径上。
引用
如何引用Bioconductor?
许多包提供从R. Try内可用的引用
引用(“DESeq”)对于任何已安装的包。要将项目作为一个整体引用，使用
引用(“Biobase”)
