常见问题解答

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包安装

BiocManager::install()警告软件包不可用

Bioconductor有一个“发布”和一个“发展”分支。' release '分支适用于大多数用户,可以使用当前版本的R.新的包首先被添加到“devel”分支中,然后在下一个分支中可用Bioconductor通常在4月和10月。看到为什么使用BiocManager:安装()?有关我们发布政策的更多信息,以及这些指令如果您希望使用devel分支。

大多数Bioconductor软件包适用于Windows、Mac OS和Linux操作系统。有些包在一个或多个平台上不可用。这通常是因为软件包依赖于操作系统不可用的附加软件。例如,一个用户试图安装GeneRfold遇到了这个消息:

> BiocManager::install("GeneRfold") Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.3), R 3.5.1 Patched (2018-07-30 r75013)安装包(s)'GeneRfold'包不可用(适用于R版本3.5.1补丁)

访问包主页显示该包在用户试图安装该包的平台Windows上不可用。如果包装描述中没有说明为什么包装不可用,请随时询问正常词

检查包名的拼写是否正确、大写是否正确是很有用的!

XXX包安装失败

软件包安装失败的一个常见原因是RBioconductor软件依赖关系未得到满足,如图所示,用户试图安装affyPLM包:

...** inst **准备延迟加载包错误:无法找到'affyPLM'所需的'affy'包执行暂停

一定要使用BiocManager:安装安装包适合您的系统和版本的R.请确保您安装的软件包是最新的更新包

不太常见的情况是,包可能安装了,但是加载失败,就像这里的Rsamtools包:

dyn.load(file, DLLpath = DLLpath,…):unable to load shared library '/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools. Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath,…所以”:/usr/local/lib64/R/library/Rsamtools/libs/Rsamtools.因此:undefined symbol: ecrc32

这可能是一个系统配置问题,例如,Windows路径环境变量没有正确设置,或者Linux . conf设置错误ldconfig程序或LD_LIBRARY_PATH环境变量不正确。

软件包也可能因为第三方软件不可用而安装失败。这经常发生在配置包安装过程的一部分,如这里所示XML包:

*安装“XML”源码包... ...检查xml2-config……错误:XML包配置失败

这些类型的错误有时可以很容易地解决(安装必要的库或其他软件,可能引用包的主页).通常有必要比你想的更彻底地了解你的系统,也许在生物导体的帮助下正常词

从开发存储库安装包

要从Bioconductor存储库的开发版本安装包,请安装并使用R的开发版本。BiocManager:安装()将自动从正确的存储库下载包。同样,如果使用旧版本的R,BiocManager:安装()将安装适当版本的包。

包使用

如何查找有关使用包的信息?

使用包有三个主要步骤。(1)确定合适的包装。使用bob 体育平台下载 浏览可用的软件。(2)探索整个包的功能和工作流。通过阅读包小插图来完成此操作,这些小插图列在描bob彩票平台述包的页面上,并可从biocViews获得。例如,定位IRanges小插曲.(3)在特定职能方面寻求帮助,例如:

library(IRanges) help(package="IRanges") ## overview

要查看帮助系统的更探索性界面,请尝试

help.start ()

如果你是新手R,那么了解一些基本的R技能在小插图和帮助页面中是有帮助的;花点时间学习R本身。

注释

不同的来源(例如,注释包、biomaRt、制造商、UCSC、GO)不一致。为什么?

不同的源代码采用不同的方法来管理注释。Bioconductor中的注释包是基于每次Bioconductor发布前不久获得的下载,因此与在线资源相比可能滞后6个月(在发布周期结束时)。这种方法的优点是注释不会在分析开发过程中意外地更改,而缺点是资源与当前的理解不完全一致。要查找关于每个注释包使用的数据源的信息,可以尝试类似于

库(org.Hs.eg.db) org.Hs.eg_dbInfo ()

Bioconductor包可以帮助进一步调查差异,例如AnnotationDbi、rtracklayer、Biostrings和BSgenome(例如BSgenome. hsapians . ucsc .hg17)。

发展中包

哪些包属于Depends:、Imports:或suggest:字段?

两篇相关邮件列表的文章(一个b)解决这个问题。通常,在自己的包中使用其代码的包应该尽可能使用Import: ' ed。插图所需要的包装通常是建议的。Depends:适用于不能被Import: ' ed的包(例如,因为它们没有命名空间),或者适用于提供包用户所需的基本功能的包,例如,你的函数总是返回农庄对象,因此用户将必然需要GenomicRanges在他们的搜索路径上。

引用

如何引用Bioconductor?

许多包提供从R. Try内可用的引用

引用(“DESeq”)

对于任何已安装的包。要将项目作为一个整体引用,使用

引用(“Biobase”)