# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '------------------------------- knitr: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。gettenv ("KNITR_EVAL"， "TRUE"))，缓存=as.logical(Sys. txt);采用“KNITR_CACHE”,“真正的”)))选项(宽度= 75 ) ## ---- 消息= FALSE ------------------------------------------------------ 库(EnrichmentBrowser ) ## ---- 消息= FALSE,回声= FALSE -------------------------------------- 库(DESeq2)库(气管)图书馆(dplyr)图书馆(org.Hs.eg.db)图书馆(GO.db)图书馆(limma ) ## ------------------------------------------------------------------------ 库(气管)数据(气管)气道敏捷< relevel(气道敏捷美元,美元“untrt ") ## ------------------------------------------------------------------------ 库(DESeq2) < - DESeqDataSet(气道,设计= ~细胞+敏捷)des < - DESeq (des) (des res < -结果 ) ## ------------------------------------------------------------------------ 库(dplyr)库(宠物猫)台< - res % > % as.data.frame () % > % rownames_to_column(“运用”)% > % as_tibble()台 ## ------------------------------------------------------------------------ 库(org.Hs.eg.db)台< -资源% > %变异(ENTREZID = mapIds (org.Hs.eg.db,运用“ENTREZID”,“运用”)% > % unname())(资源 ## ------------------------------------------------------------------------ 台< -资源% > %过滤器(! is.na (padj) ! is.na (ENTREZID))(资源 ## ------------------------------------------------------------------------ 库(limma) < - goana(台$ ENTREZID[台美元padj < . 05],台ENTREZID美元,“海关”)% > % as_tibble () ## ------------------------------------------------------------------------ 库(GO.db)去< - % > %变异(GOID = mapIds (GO.db。美元,“GOID”,“词”)% > % unname ()) % > % dplyr::选择(GOID,一切())% > % (P.DE安排 ) ## ------------------------------------------------------------------------ % > %过滤器(grepl(“糖皮质激素”,术语 )) ## ------------------------------------------------------------------------ genesets < - AnnotationDbi:选择(org.Hs.eg.db台ENTREZID美元,“去”,“ENTREZID”)% > % as_tibble () % > % dplyr::选择(ENTREZID,走,本体)% > % ()genesets截然不同 ## ------------------------------------------------------------------------ sessionInfo ()