# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '-------------------------------------------------------- BiocStyle:减价()选项(宽度= 100,max.print = 1000) knitr:: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。采用“KNITR_CACHE”,“真正的”)),错误= FALSE) # #——txdb ----------------------------------------------------------------------------------------- suppressPackageStartupMessages({库(TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene)}) txdb < - TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5。##找到所有基因ratGenes <- genes(txdb) ## list all sequences seqinfo(ratGenes) ## subset to contain only standard chromosome ratGenes <- keepstandardchromosome (ratGenes) ## find gene 'Acsl5' Acsl5 <- ratGenes[which(mcols(ratGenes)$gene_id==94340)，] Acsl5 ##——bsgenome ------------------------------------------------------------------------------------- suppressPackageStartupMessages({库(BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5)}) ratSeq < - BSgenome.Rnorvegicus.UCSC。##计算GC的内容letterFrequency(acsl5_sequence， "GC")# #——select-rat as.prob = TRUE) ----------------------------------------------------------------------------------- 库(Rattus.norvegicus) # #之间得到一个映射所有entrex id和基因名称ratGeneNames < -选择(鼠属。##添加匹配结果到GRanges mcols(ratGenes) <- ratGeneNames[idx，] ratGenes ## ----gtf-to-gr，eval = FALSE ------------------------------------------------------------------------ # # 库(AnnotationHub) #啊= AnnotationHub () # # ## 找到文件# gtf_humans < -查询(啊,c(“gtf”、“智人”,# gtf_humans ## ##下载文件# gtfFile <- ah[["AH47066"]] ## ## create a txdb # library(GenomicFeatures) # txdb <- makeTxDbFromGRanges(gtfFile) #可能需要一些时间。# txdb # # # #的基因从taxdb对象(txdb) # # # humanGenes < -基因——chainfile ------------------------------------------------------------------------------------ ## # #)得到链文件加载包和查询我们想要的文件找到文件图书馆(AnnotationHub)啊= AnnotationHub()查询(啊,c(“鼠属”、“rn5”,“rn6”)# #更多地了解你想要的文件啊(“AH14761”)# #下载该文件ratChain < -啊[[“AH14761”]]ratChain # # b)执行liftover图书馆(rtracklayer)融通的< liftover (acsl5 ratChain)融通的# #——sessionInfo ---------------------------------------------------------------------------------- sessionInfo ()