# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '------------------------------- BiocStyle:减价 () ## ---- 呼应= FALSE,结果=“隐藏 "----------------------------------------- 库(knitr) opts_chunk美元集(错误= FALSE ) ## ---- exampleInpProcessing ----------------------------------------------- makeinparanoid8ToAHMs < -函数(currentMetadata) {baseUrl < - http://inparanoid.sbc.su。在helper函数meta <- . inparanidmetadatafromurl (baseUrl) ##中创建AnnotationHubMetadata对象。地图(AnnotationHubMetadata、描述=元美元描述,基因组=元基因组美元,源文件=元美元的源文件,SourceUrl =元SourceUrl美元,SourceVersion =元SourceVersion美元,物种=元美元物种,TaxonomyId =元TaxonomyId美元,Title =元美元标题,RDataPath =元RDataPath美元,MoreArgs =列表(Coordinate_1_based = TRUE, DataProvider = baseUrl,维护者= "马克·卡尔森 ， RDataClass = "SQLiteFile"， RDataDateAdded = Sys.time()， RDataVersion = "0.0.1"， Recipe = "AnnotationHubData::: Inparanoid 8todbsrecipe "， Tags = c("Inparanoid"， "Gene"， "Homology"，”注释 "))) } ## ---- exampleRecipe ------------------------------------------------------ inparanoid8ToDbsRecipe < -函数(ahm){要求(AnnotationForge) inputFiles < -元数据(ahm)源文件dbname < - makeInpDb美元(dir = file.path (inputFiles "),dataDir = tempdir ()) db < - loadDb(文件)= dbname outputPath < - file.path(元数据(ahm) AnnotationHubRoot美元,元数据(ahm) RDataPath美元)saveDb(数据库、文件= outputPath) outputFile(阿 ) } ## ---- eval = FALSE ---------------------------------------------------------- # setClass(“BEDFileResource”,包含=“AnnotationHubResource”)# # setMethod(”。get1”、“BEDFileResource”,#函数(x , ...) # { # . 要求(“rtracklayer”)# yy < - .hub (x) # dat < - rtracklayer:: BEDFile(缓存(yy)) # rtracklayer::导入(dat格式=“床”,基因组= yy $基因组 , ...) # }) ## ---- SessionInfo,回声= FALSE -------------------------------------------- sessionInfo ()