一揽子生命终止政策

创作日期:2015年3月3日。
最后编辑日期:2020年3月23日

Bioconductor项目致力于提供一个稳定的、与社区用户相关的软件存储库。每年有100-150个新的软件包被添加到存储库中;截至2019年秋季，托管了超过1800个软件包。Bioconductor构建系统每24小时构建并检查每个软件包。示例、实例和单元测试代码的定期执行确保包按预期运行，所有必需的依赖项都可用。的构建系统提供跨三种平台的每个包的详细报告:Linux、Windows和Mac。

为了努力维护高质量的存储库，我们对那些不再通过构建或检查并且没有积极的维护者的包采用了一年的生命结束(EOL)过程。在每次释放生物导体之前，对包进行EOL报废评估;EOL策略适用于软件、注释、工作流和实验数据包。

核心团队弃用包的标准

1. R CMD在一个或多个平台上构建或检查错误

   在每个Bioconductor版本中，包必须在所有平台上构建和检查，并且没有错误(在有限的情况下，跨平台构建也有例外)。如果维护者正在积极尝试修复，那么将尽一切努力将包保存在存储库中。

   如果一个包在一段较长的时间内损坏，维护人员将得到最后两周的通知。如果2周后包还没有固定，则开始使用end of Life。

2. 不活跃的维护者

   描述文件中列出的维护人员必须响应支持站点上的问题、来自用户和Bioconductor团队成员的与包相关的电子邮件、构建系统中与包相关的错误以及修复bug的请求。描述中的电子邮件也必须保持有效的、活跃的电子邮件。

用户要求弃用

或者，包维护者可能会请求弃用包。维护人员可能有各种各样的理由弃用他们的包。一些常见的原因:

1. 他们不再希望维持他们的一揽子计划

2. 这个包已经被其他包取代了

3. 包装材料已经过时了，让包装退役是有道理的。

我们要求希望弃用他们的包的维护者向bioc-devel@r-project.org发送电子邮件通知。核心团队将确保所有必要的步骤和通知能够发生。

生命结束过程

一步我:弃用

要弃用的包将被标记为弃用警告，并且包名将在构建报告上有一条删除线。当包装加载时发出警告，并在包装的“着陆页”上报告。该消息提醒用户，当前的包没有达到最小构建和检查标准，下一个版本可能会从Bioconductor中删除该包。

如果在这6个月期间的任何时候满足了要求的标准(例如，包返回到主动维护，可能在第三方“采用”后)，警告将被删除。

步骤二:已经

当一个包作为“deprecated”经历了一个开发周期而没有采取补救措施时，这个包就会被标记为“Defunct”。这个包从夜间构建系统中移除，不再可以通过' BiocManager::install() '使用，并且没有当前的'登陆页'。

这个包仍然可以在git归档文件中使用，也可以在以前的Bioconductor版本中使用。

失效的包不能重新进入Bioconductor存储库，除非以“新包”的形式进行检查。

例子:

在Bioconductor发行版3.2 / devel 3.3中被标识为弃用的包将会进行以下转换:

- deprecate in devel 3.3 ** Bioc Release ** - deprecate in devel 3.4 ** Bioc Release ** - deprecate in devel 3.5 ** Bioc Release

实现细节

1. 通知bioc-devel邮件列表和包的维护者依赖、导入或建议这个包将被弃用。在适当的情况下，表示欢迎新的维护人员接手。

2. 将以下代码块添加到文件中的包的“devel”版本中R /打鼾声。R，调整Bioconductor版本号后当前的开发版本。

   .onAttach <- function(libname, pkgname) {- sprintf("Package '%s'已弃用，将从Bioconductor版本%s中移除"，pkgname， "3.4") .Deprecated(msg=paste(msg, exdent=2, collapse="\n"))}

3. 向包描述文件添加以下注释。

   PackageStatus:弃用

4. 这个包在“devel”分支中保留了6个月的弃用时间，之后Bioconductor核心团队成员从“devel”包清单中删除了这个包。

倒转寿命终止

如果一个已弃用的包在下一次Bioconductor发布之前被修复，那么它就可以被重新弃用，并从生命结束过程中移除。要使软件包不被弃用，请联系maintainer@bioconductor.org。如果一个包已经处于defunct阶段;这个包很可能会被请求再次进行新的包提交过程。bob体育取款很慢

“孤儿”包

“孤立的”包是一个生物导体包，它有一个非活动的和无响应的维护者。如上所述，Bioconductor努力与包维护者联系以修复损坏的包。如果维护者没有回应从核心团队发出的电子邮件，则认为该包是“孤立的”。偶尔，生物导体社区的成员伸出手来接管一个“孤儿”包的维护。感兴趣的替换维护人员被要求向原始维护人员和maintainer@bioconductor.org发送电子邮件，以正式请求接管的许可。除非有明确要求一个包退役的请求，Bioconductor将根据Bioconductor包所要求的开源软件许可，向感兴趣的替换维护者授予访问权。