bob电竞说
bob电竞说的Bioconductor项目是在Git源代码控制系统中维护的。bob电竞说包维护者通过向git存储库推送更改来更新他们的包。
总结了从SVN过渡到git的基本步骤
- 新的包工作流程:包接受后更新你的GitHub仓库。
- 创建一个新的GitHub存储库对于现有的包。
- 保持一个Bioconductor只有库对于现有的包。
创建存储库的更多场景:
- 同步一个现有的GitHub存储库与Bioconductor。
- 创建本地存储库供私人使用。
代码更新场景:
- 上游拉动变化例如，由核心团队介绍。
- 推送到GitHub和Bioconductor存储库。
- 解决合并冲突。
- 放弃改变。
- 修复devel和发布中的bug。
Github的场景
看到其他常见问题。
基本工作流程
最小的工作流程是签出、更新、提交和向存储库推送更改。使用BiocGenerics举个例子:
git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocGenerics cd BiocGenerics ##添加一个文件，例如，' touch README ' ##编辑文件，例如，' vi DESCRIPTION ' BiocGenerics$ git commit README DESCRIPTION BiocGenerics$ git push这就要求Bioconductor知道您用来建立身份的SSH密钥。
两个有用的命令是
BiocGenerics$ git diff #在提交之前审查更改BiocGenerics$ git log #审查最近的提交如果存储库已经被克隆了，那么工作流程是确保您在“主”分支上，拉出任何更改，然后引入您的编辑。
BiocGenerics$ git checkout master BiocGenerics$ git拉##添加，编辑，提交和推送如上所述在哪里提交更改
GIT存储库的主分支(' devel ')引入了新特性和错误修复。
BiocGenerics$ git checkout master BiocGenerics$ git pull ## edit 'R/foo。然后在master BiocGenerics上提交$ git commit R/foo。r# [master c955179]你的提交消息1文件更改，10个插入(+)，3个删除(-)BiocGenerics$ git推送要进行更广泛的更改，请参见修复devel和发布中的bug。
Bug修复可以移植到当前发布分支。使用择优挑选确定您想移植的提交。例如，对于3.6版本，将最新的commit移植到master
BiocGenerics$ git checkout RELEASE_3_6 BiocGenerics$ git精选主BiocGenerics$ git推送检查和版本碰撞
每次提交都被推到Bioconductor构建和检查存储库时应该没有错误或警告
BiocGenerics$ cd ..R CMD构建BiocGenerics R CMD检查BiocGenerics_1.22.3.tar.gz每次提交，无论是发布版还是devel，都应该在z部分x.y.z包版本控制方案。
每天进行一次构建，大约需要24小时。看到构建报告对于在最近的构建中捕获的git提交(左上角)
注释包
由于注释文件的大小，传统的注释包不存储在GIT中。要更新现有的Annotation包，请发送电子邮件至maintainer@bioconductor.org。Bioconductor团队的一名成员将会收到更新的包。
更新的注释包可以存储在GIT中，因为使用AnnotationHub或类似的服务器托管数据。较大的文件不直接包含在包中。要贡献一个新的Annotation包，请联系hubs@bioconductor.org获取指导并阅读文档如何创建集线器包。
目前不支持对注释包的直接更新，即使是存储在git中的注释包。如果您希望更新注释包，请进行必要的更改并推送到git.bioconductor.org。然后发送电子邮件到hubs@bioconductor.org或maintainer@bioconductor.org，要求传播包。
更多的帮助
需要更多帮助吗?问bioc-devel邮件列表。
