常用的生物导体方法和类

我们强烈建议重用现有的方法来导入数据，并重用已建立的类来表示数据。下面是导入不同文件类型和常用文件的一些建议Bioconductor类。要了解更多的类和功能，请尝试搜索BiocViews对于您的数据类型。

进口

• GTF, GFF, BED, BigWig等，-rtracklayer::进口()
• VCF -VariantAnnotation:: readVcf ()
• Sam / bam -Rsamtools:: scanBam ()，GenomicAlignments:: readGAlignment * ()
• FASTA -Biostrings:: readDNAStringSet ()
• FASTQ -ShortRead:: readFastq ()
• MS数据(基于xml和mgf格式)-MSnbase:: readMSData ()，MSnbase:: readMgfData ()

常见的类

• 矩形特征x样本数据-SummarizedExperiment:: SummarizedExperiment ()(RNAseq计数矩阵，微阵列，…)
• 基因组坐标-GenomicRanges::农庄()(基于1，闭区间)
• DNA / RNA / AA序列-Biostrings:: * StringSet ()
• 基因集BiocSet:: BiocSet ()，GSEABase:: GeneSet ()，GSEABase:: GeneSetCollection ()
• 〇多组学数据MultiAssayExperiment:: MultiAssayExperiment ()
• 单格数据-SingleCellExperiment:: SingleCellExperiment ()
• 质谱数据MSnbase:: MSnExp ()