26包装终结政策

BioConductor项目致力于提供一个与社区用户相关的软件存储库。每年100-150个新软件包都会添加到存储库中;截至2021年春季,2000年的包裹已托管。每24小时安装,构建和检查每个软件包。定期执行示例,小插图和单元测试代码可确保该软件包按预期运行,并且所有必需的依赖项都可以使用。这构建系统在三个平台上为每个软件包提供详细的报告:Linux,Windows和Mac。

为了维持高质量的存储库,我们为不再通过构建或检查且没有积极维护者的包裹采用了一年的生命结束(EOL)流程。在每次生物导体释放之前,评估包装的EOL贬值;EOL策略适用于软件,注释,工作流和实验数据包。

26.1核心团队包裹弃用的标准

  1. R CMD构建或检查一个或多个平台上的错误

    在所有平台上,包装必须在所有平台上进行构建和检查(在有限的情况下提供跨平台构建的例外)在每个生物通用器版本中。如果维护者正在积极尝试修复修复程序,则将尽一切努力将包裹保留在存储库中。

    如果延长一段时间的包裹被打破,则将给予维护者最后2周的通知。如果包裹在2周结束时未固定,则将开始生命的尽头。

  2. 不活跃的维护者

    描述文件中列出的维护者必须对支持网站上的问题,用户和生物导体团队成员的包裹相关电子邮件,构建系统中与包装相关的错误以及对错误修复的请求。描述中的电子邮件还必须仍然是有效的,有效的电子邮件。

26.2用户要求贬值

或者,软件包维护者可以请求软件包折旧。维护者可能有多种贬低其包裹的原因。一些常见原因:

  1. 他们不再希望保持包裹

  2. 该软件包已经取代了其他软件包

  3. 包装材料已经过时,退休包裹很有意义。

我们要求希望贬低其包裹的维护者发送电子邮件通知Bioc-devel邮件列表。核心团队将确保可能发生所有必要的步骤和通知。

26.3终结过程

第一步:贬值

要弃用的软件包将以折旧警告标记,包裹名称将在构建报告中有罢工。加载软件包时会发出警告,并在“登录页面”包上报告。该消息提醒用户该软件包当前未能使最小的构建和检查标准失败,并且该软件包可能会在下一个版本中从生物导体中删除。

如果在这个6个月内的任何时间满足所需的标准(例如,包裹返回主动维护,也许是在第三方“收养”之后),则删除了警告。

第二步:已删除

当包裹在没有补救措施的情况下以“弃用”为“弃用”时,该软件包被标记为“已删除”。该软件包将从夜间构建系统中删除,不再通过“ Biocmanager :: install()”获得,也没有当前的“着陆页”。

该包装在GIT档案中以及先前版本的Bioconductor中都可用。

已解决的软件包不能重新输入生物导体存储库,除非通过审查为“新软件包”。

例子

在生物充电器版本3.2 / DEVEL 3.3期间确定的用于折旧的软件包将进行以下过渡:

- 在Devel 3.3 ** Bioc版本中弃用**  - 在版本3.3中弃用(即发行状态无更改) -  DEVEL 3.4 ** BIOC版本中的已删除**  - 版本3.4中已删除3.4-在DEVEL 3.5 ** BIOC释放中删除。**  - 发行版3.5

26.4实施细节

  1. 根据,根据或建议包裹将被弃用的软件包,通知Bioc-pevel邮件列表和软件包的维护者。如果合适,请表示欢迎新维护者接管。

  2. 将以下代码块添加到文件中的“ Devel”版本r/zzz.r,将生物导体版本调整为版本当前的Devel版本。

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  3. 将以下注释添加到软件包描述文件中。

    packagestatus:弃用

  4. 该软件包在“ Devel”分支机构中保持弃用长达6个月,此后BioConductor Core Team成员从“ Devel”包装中删除了该软件包。

26.5逆转生命状况

如果在下一个生物导体释放之前将其固定在生命过程结束时,则可以将弃用的软件包从生命过程结束时进行删除。要使包裹不受约束,请联系。如果一个软件包已经处于已解决的阶段;该软件包大部分可能被要求再次通过新的软件包提交过程。bob体育取款很慢

26.6“孤儿”包

“孤儿”软件包是一个生物导体包装,具有不活跃和无反应的维护器。如上所述,Bioconductor做出了多种努力,以接触到包装维护者以修复损坏的包装。如果维护人员对核心团队发送的电子邮件没有任何回应,则该软件包被视为“孤儿”。有时,生物导体社区的成员伸出援手接管“孤儿”包的维护。有兴趣的替换者被要求发送电子邮件给原始维护者和,正式要求允许接管。除非有明确要求退休的包裹,否则生物导体将根据生物处理器包的开源软件许可证授予感兴趣的更换维护者的访问权限包装命名政策维护者同意提交。