Bioconductor

的Bioconductor任务是促进统计分析和理解当前和新兴的高通量生物测定。Bioconductor是基于包主要写在R编程语言。Bioconductor致力于开源、协作、分布式软件开发和文字、可复制的研究。支持用户和开发者社区是我们使命的重要组成部分。科学,技术和社区顾问委员会提供项目监督。

发布和核心开发

的Bioconductor发布版本每年更新两次，适合大多数用户。还有一个开发版，新特性和包是在发布之前添加的。大量的元数据方案提供通路、有机体、微阵列等注释。

的Bioconductor项目开始于2001年，由a核心团队，主要总部设在罗斯威尔公园综合癌症中心以及来自美国和国际机构的其他成员。一个社区咨询委员会和一个技术咨询委员会关键参与者的月度会议以支持Bioconductor通过协调培训和外联活动，制定战略以确保核心基础设施的长期技术适宜性，并确定和使长期可行性的筹资战略成为可能。一个科学顾问委员会包括外部专家每年提供指导和问责制。

该项目的主要引用包括Huber等人，2015年自然方法12:115 - 121和Gentleman等人，2004年基因组生物学5:R80

Bioconductor包

大多数Bioconductor组件分布如下R包。功能范围Bioconductor包包括分析DNA微阵列，序列，流量，SNP，和其他数据。

项目目标

的广泛目标Bioconductor项目有:

• 为基因组数据的分析提供广泛的访问广泛的强大的统计和图形方法。
• 促进在基因组数据分析中纳入生物元数据，例如来自PubMed的文献数据，来自Entrez基因的注释数据。
• 提供公共软件平台，支持快速开发和部署可扩展、可扩展和互操作的软件。
• 以生产高质量来进一步科学认识文档和可再生的研究。
• 来bob app下载 基因组数据分析的计算和统计方法的研究人员。

项目主要功能

• 统计计算的R项目。使用R提供了广泛的优势Bioconductor项目,包括:
  • 一种高级解释语言，可以轻松快速地为新的计算方法建立原型。
  • 一种用于将软件与文档打包在一起的完善的系统。
  • 解决计算生物学和生物信息学问题的多样性和复杂性的一个面向对象的框架。
  • 获取在线计算生物学和生物信息学数据。
  • 支持丰富的统计模拟和建模活动。
  • 尖端的数据和模型可视化功能。
  • 积极的开发由一个专门的研究团队，并对良好的文档和软件设计有强烈的承诺。

• 文档和可重复的研究。每一个Bioconductor包包含一个或多个小插曲，为包的功能提供文本的、面向任务的描述的文档。小品有几种形式。许多是“如何”，演示了如何使用该软件包的软件完成特定的任务。另一些则提供了更全面的包概述或讨论与包相关的一般问题。

• 统计和图解方法。的Bioconductor该项目为基因组数据的分析提供了强大的统计和图形方法。分析包地址工作流用于分析寡核苷酸阵列，序列分析，流式细胞术。以及其他高通量基因组数据。的R包系统它本身提供了广泛的最先进的统计和图形技术的实现，包括线性和非线性建模、聚类分析、预测、重新采样、生存分析和时间序列分析。

• 注释。的Bioconductor该项目提供软件，可将微阵列和其他基因组数据与来自web数据库的生物元数据实时关联，如GenBank、Entrez genes和PubMed (注释包)。还提供了一些函数，用于将统计分析的结果合并到HTML报告中，并提供指向注释web资源的链接。软件工具可用于收集和处理基因组注释数据，这些数据来自GenBank、基因本体论联盟、Entrez genes、UniGene、UCSC人类基因组计划(AnnotationDbi包)。注释数据包分布以提供不同探针标识符(如Affy id、Entrez基因、PubMed)之间的映射。还可以组装定制的注释库。

• Bioconductor短期课程。的Bioconductor项目已经开发了一个程序bob app下载 基因组数据分析的软件和统计方法。为具有生物学或统计学背景的听众开设了课程。所有bob app下载 (讲座和计算机实验室)可以在这个网站上找到。

• 开源。的Bioconductor该项目致力于完全开源原则，通过公共git(版本控制)服务器发布。几乎所有的贡献都是在开源许可下进行的。开源软件对微阵列数据的分析和计算生物学的分析有很多不同的原因。的原因包括:
  • 提供对算法及其实现的完整访问
  • 通过bug修复和软件扩展来促进软件改进
  • 通过提供适当的工具和指导，鼓励良好的科学计算和统计实践
  • 提供一个工具工作台，允许研究人员探索和扩展用于分析生物数据的方法
  • 确保国际科学界拥有开展研究所需的软件工具
  • 领导并鼓励那些成功的工具的商业支持和开发
  • 通过提供开放和可获取的工具来促进可重复研究(可重复研究不同于独立验证)
• 开放发展。用户被鼓励成为开发者，或者通过贡献bob电竞体育官网Bioconductor兼容包或文档。另外Bioconductor提供一种机制，用于将具有共同目标的不同组连接在一起，以促进软件上的协作，通常在共享开发的级别上。

的行为准则

请参阅生物导体行为规范